Corrige type structure et utilisation du gnome vgtal Rponse 1 A) Le gnome : est, par dfinition, l'ensemble des gnes ports

par les chromosomes. La gnomique : est la Science qui tudie l'ensemble des gnes. La gnomique s'intresse tout d'abord la cartographie physique des gnomes et la structure des gnes : il s'agit de la gnomique structurale anciennement appele gntique molculaire (localisation des gnes, nombre d'exons, d'introns, polymorphismes, ) A)

La gnomique structurale analyse la structure des gnes et autres parties du gnome. Elle permet l'annotation des gnomes et l'identification des squences informatives (les gnes avec ou sans introns codant des protines ou des ARN fonctionnels, les squences rgulatrices, les squences rptes, les lments transposables, ...). La gnomique fonctionnelle analyse la fonction des gnes et autres parties du gnome. Elle inclue l'analyse du transcriptome (ARN messagers) ou transcriptomique. Elle permet aussi l'annotation des gnomes et l'identification des squences informatives. La protomique est l'analyse du protome (protines). Elle permet aussi l'annotation des gnomes et l'identification des squences informatives.

Reponse 2 Le schma reprsente les deux notions des gnes homologues et des gnes orthologues et il illustre lexemple de 2 types d'homologie et lorthologie de gnes base sur des vnements volutionnaires diffrents : (A) et (B) reprsentent les possibilits les plus simples. (C) reprsente un cas de figure plus complexe. Lorsqu'une population volue de manire indpendante (exemple : sparation gographique), ses caractristiques gntiques voluent de faon diffrente. Ce phnomne est appel spciation et il aboutit la cration de gnes orthologues : les mmes gnes dans des espces diffrentes. Donc deux gnes homologues (qui ont une forte similitude de squence) de deux espces diffrentes sont dits orthologues s'ils descendent d'un gne unique prsent dans le dernier anctre commun aux deux espces. Les espces actuelles contiennent dans leur gnome des gnes hrits d'un anctre commun (gnes homologues). Pour obtenir un arbre phylogntique, on compare les gnes homologues. Quant un gne appartient une famille multignique, il est difficile de diffrencier les spciations et les duplications.

L'analyse des gnes paralogues est donc un lment important pour l'tude de l'volution des gnomes. Rponse 3 Le choix de la communaut scientifique internationale s'est port sur Arabidopsis thaliana qui prsente de nombreux avantages :

un trs petit gnome donc plus facilement squenable. Par comparaison, le riz et le mas ont un gnome respectivement 4 et 20 fois plus grands facilit de culture lie sa petite taille (infrastructure lgre pour la cultiver) reproduction principalement par autofcondation. rapidit de dveloppement : son cycle de reproduction est court (6 semaines de la germination la graine mature) enfin, et c'est un point important : aucune importance conomique donc pas de risque de "conflits" d'intrts et une meilleur collaboration internationale

Rponse 4 Le tableau reprsente le rsultat de GO en cherchant le terme "glycolysis" Un terme GO est dfini par:

un nom de terme : dans l'exemple ci-contre "glycolysis" un N d'accession unique (prfixe "GO") : "0006096" une "ontologie" : "Biological Process" une dfinition dont les sources sont mentionnes des commentaires sur la signification ou l'utilisation du terme le cas chant : des synonymes qui ont un lien avec le nom du terme ("related") ou qui sont exactement quivalents ("exact") ou qui ont une acception plus large ou plus restrictive ("broad") le cas chant : des rfrences croises avec d'autres bases de donnes ("xref") Ces dmarches d'annotation vont aussi de paire avec l'utilisation de langages spcifiques pour standardiser le format des donnes afin qu'ils soient transmis sans difficult d'un service (logiciel) bioinformatique un autre.