Manifestasi Klinik Atresia Ani Pada sebagian besar anomati ini neonatus ditemukan dengan obstruksi usus.

Tanda berikut merupakan indikasi beberapa abnormalitas: 1) Mekonium tidak keluar dalam 24 jam pertama setelah kelahiran. 2) Tidak dapat dilakukan pengukuran suhu rectal pada bayi. 3) Mekonium keluar melalui sebuah fistula atau anus yang salah letaknya (vagina atau uretra). 4) Distensi bertahap dan adanya tanda-tanda obstruksi usus (bila tidak ada fistula). 5) Bayi muntah-muntah pada umur 24-48 jam. 6) Pada pemeriksaan rectal touch terdapat adanya membran anal. 7) Perut kembung. (Betz. Ed 7. 2002) Tidak adanya anus, dengan ada/tidak adanya fistula Pada atresia ani letak rendah distensi perut, muntah, gangguan cairan elektrolit dan asam basa. Kesukaran defekasi, misalnya dikeluarkannya feses mirip seperti stenosis Untuk mengetahui kelainan ini secara dini, pada semua bayi baru lahir harus dilakukan colok anus dengan menggunakan termometer yang dimasukkan sampai sepanjang 2 cm ke dalam anus. Atau dapat juga dengan jari kelingking yang memakai sarung tangan. Jika terdapat kelainan, maka termometer atau jari tidak dapat masuk. Bila anus terlihat normal dan penyumbatan terdapat lebih tinggi dari perineum. Gejala akan timbul dalam 24-48 jam setelah lahir berupa perut kembung, muntah berwarna hijau.