PEMBENTUKAN BIOFILM

ABSTRACT
Praktikum Mikrobiologi Air dengan judul Pembentukan Biofilm bertujuan untuk mengetahui apa saja mikroorganisme penyusun biofilm dan proses pembentukan biofilm. Praktikum dilaksanakan pada tanggal 1 maret 2012 di Laboratorium Selatan Mikrobiologi Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta. Bahan yang digunakan adalah sampel air sumur, air kolam ikan, air selokan, air sawah, air PDAM, dan medium NA. Alatnya adalah petridish, Erlenmeyer, deckglass, pinset, dan Bunsen. Pertama-tama medium Na cair dituang kedalam petridish steril, ditunggu memadat. Lalu sebanyak 6 buah deckglass ditancapkan secara tegak lurus pada medium yang sudah padat dalam petridish. Sampel air dituang ke atas medium hingga dari tinggi petridish. Lalu diinkubasi pada suhu kamar sekitar 3 minggu. Cara ini diperlakukan untuk semua sampel dan dilakukan pengamatan di setiap minggunya. Namun hasil yang diperoleh belum sesuai harapan. Preparat yang diuji pada pengamatan terakhir belum menunjukkan terbentuknya biofilm. Ini disebabkan terjadinya kompetisi antar bakteri sehingga biofilm belum terbentuk sempurna.

I. PENDAHULUAN A. Latar Belakang Berbicara mengenai biofilm seharusnya tidak asing lagi bagi kita semua. Biofilm terdapat di sekitar kita, baik dalam tubuh kita maupun dilingkungan sekitar kita. Biofilm merupakan kumpulan mikroorganisme yang terus tumbuh di sebuah permukaan. Contoh sederhana adalah karang yang tumbuh pada gigi kita merupakan salah satu bentuk biofilm. Biofilm adalah suatu istilah yang digunakan untuk menggambarkan suatu lingkungan kehidupan yang khusus dari sekelompok mikroorganisme, yang melekat ke suatu permukaan padat dalam lingkungan perairan. Hal ini membentuk mikro lingkungan dimana mikroorganisme dalam biofilm berbeda secara struktural maupun fungsional dengan yang hidup bebas (planktonik). Biofilm memberi dampak kepada berbagai kehidupan sehari-hari, oleh sebab itu penelitian mengenai biofilm menjadi penting. Biofilm dapat tumbuh di berbagai permukaan, termasuk batu dan air, gigi, makanan, pipa, alat-alat medis dan jaringan implant. Walaupun biofilm biasanya mengakibatkan kerugian seperti infeksi, adakalanya biofilm juga menguntungkan. Contohnya, biofilm dapat untuk memurnikan air dengan cara menguraikan senyawa-senyawa berbahaya dalam perairan. Sedangkan efek negatif biofilm diantaranya adalah kontaminasi air, makanan, gangguan terhadap alat pendistribusian panas, dan kontaminasi peralatan medis serta jaringan implant seperti infeksi jantung buatan. Dampak ini sudah menjadi perhatian banyak peneliti dari negara-negara maju seperti Amerika, Australia, Inggris terutama bidang-bidang terkait dengan mikrobiologi untuk menggali proses terjadinya biofilm, keanekaragaman spesies, faktor-faktor pemacu, akibat dan pengendalian biofilm (Wikipedia, 2012).

Biofilm berkembang di permukaan keras yang cenderung lembab dalam lingkungan akuatik, peralatan industri dan masih banyak lagi. Permukaan hidup itu berisi banyak tipe mikroorganisme seperti fungi, bakteri,, archae, algae, dan protista. Biofilm juga dapat berkembang di alat-alat industri sebagai penukar panas dalam pipa-pipa pembuangan limbah. Ini bisa menimbulkan korosi pada alat-alat perindustrian. (Dong, H.Choi, et all, 2010). Masalahnya sekarang seberapa jauh para peneliti menyadari fakta tentang biofilm sehingga akan dapat memfokuskan penelitian-penelitian terutama mikrobiologi dengan merujuk kepada fakta yang sudah ada tentang biofilm. Karena akan dapat dikacaukan oleh banyak penelitian selama ini yang berdasarkan kepada sel mikroorganisme yang planktonik terutama yang bertujuan untuk pengendalian serta pemanfaatan. Sedangkan bentuk kehidupan yang dominan dari mikroba di alam adalah dalam bentuk biofilm (lebih dari 90%). Selain itu biofilm mempunyai keunggulan dibandingkan sel planktonik dimana dia lebih tahan terhadap bahan antimikroba, temperatur, pH dan lainnya sampai beberapa ribu kali. Maka akan sangat efektif bila pengendalian dan pemanfaatan mikroba dilakukan terhadap mikro lingkungan biofilm ini. Dalam bidang bioteknologi, peranan biofilm sangat penting, sebab adanya biofilm ini akan sangat mempengaruhi keberhasilan dari rekayasa bioteknologi (Ratih Dewanti & Hariadi, 2002).

B. Tujuan 1. Mengetahui keragaman mikroorganisme pembentuk biofilm dari lingkungan. 2. Mengetahui proses-proses pembentukan biofilm

II. TINJAUAN PUSTAKA

Biofilm adalah lapisan yang merupakan koloni dari konsorsium mikroba yang menempel dan menutupi suatu permukaan benda padat di lingkungan berair. Para ahli mikrobiologi memperkirakan bahwa biofilm adalah cara hidup mikroorganisme yang dominan dibandingkan dengan cara hidup melayang-layang di dalam cairan atau planktonis. Biofilm merupakan sebuah struktur komunitas dari bakteri, algae atau jenis sel lainnya yang menghasilkan matriks polimerik dan melekat pada permukaan. Bakteri kebanyakan hidup sesil (pada suatu permukaan), membentuk komunitas kehidupan jika memungkinkan, yang dapat memberikan keuntungan lebih dibanding hidup secara planktonik. Secara fisik, keberadaan biofilm dapat dicirikan sebagai berikut (Yoo, ES.2000). Jarak ketebalan dari beberapa mikron sampai lebih dari 1000 mikron. Permukaan tidak rata (kasar) Spesies heterogen Tersusun dari dua bagian, yaitu dasar biofilm dan permukaan biofilm.

Biofilm lebih toleran terhadap bahan kimia dan sejenisnya. Oleh karena itu bisa mengontrol dan mengeliminasi sel planktonik. Lebih dari itu,standar test membuktikan bahwa komunikasi antar mikroorganisme yang terjadi dalam biofilm dapat membuat biofilm mereduksi senywa kimia seperti detergen (Jasmin Gattlen et all, 2010). Biofilm terbentuk khususnya secara cepat dalam sistem yang mengalir dimana suplai nutrisi tersedia secara teratur bagi bakteri. Pertumbuhan bakteri secara ekstensif disertai oleh sejumlah besar polimer ekstraseluller, menyebabkan pembentukan lapisan berlendir (biofilm) yang dapat dilihat dengan kasat mata pada permukaan baik biotik seperti daun dan batang tumbuhan air, kulit hewan-hewan air maupun abiotik seperti batu-batuan, bagian bawah galangan kapal serta pada tempat lainnya. Walaupun banyak bakteri dapat tumbuh pada keadaan bebas (free-living) atau planktonik, secara umum bakteri melekat ke suatu permukaan dengan menghasilkan polisakarida ekstra seluller (EPS) atau pada beberapa kasus dengan menggunakan holdfast. Pelekatan ini menghasilkan mikro koloni, sebagai awal perkembangan biofilm yang dimulai dari satu sel tapi sering berkembang menjadi beberapa bakteri membentuk multilayers dengan matrik yang hidup pada komunitas komplek. Dalam

kenyataannya, hampir semua permukaan berhubungan dengan cairan dan nutrisi akan dikoloni oleh mikroorganisme (Rheinheimer G. 2000). Contoh klasik dari biofilm adalah yang terdapat pada gigi, mengawali pembentukan gigi berlubang (dental caries) bilamana bakteri seperti Streptococcus mutan memecah gula menjadi asam-asam organik. Untuk dapat melihat biofilm lebih dekat dapat dilakukan dengan cara tidak membersihkan pipa kamar mandi seminggu atau pada bebatuan pada aliran sungai di pegunungan. Biofilm juga biasa ditemukan pada badan kapal, peralatan medis, kontak lensa (contact lenses), pipa pada industri minyak, serta saluran-saluran yang tersumbat. Selain itu, biofilm juga ditemukan di tempat-tempat (lingkungan) yang ekstrim, seperti di daerah kutub, lingkungan dengan kadar garam yang sangat tinggi, daerah beracun atau kotor, sumber air panas serta di daerah dengan kadar asam yang tinggi (Suriawiria, 2001). Proses Terbentuknya Biofilm Bakteri di habitat alamiah umumnya dapat hidup dalam dua lingkungan fisik yang berbeda:

Keadaan planktonik, berfungsi secara individu dan Keadaan diam (sesil) dimana dia melekat ke suatu permukaan membentuk biofilm

dan berfungsi sebagai komunitas yang bekerjasama dengan erat.

Kepadatan populasi yang rendah adalah karakteristik umum dari

komunitas

planktonik pada ekosistem mikroba di alam. Keadaan oligotropik dari ekosistem ini mendapatkan ketidakcukupan masukan nutrisi untuk mendukung aktivitas mikroba. Jika kepadatan populasi rendah, kompetisi antara bakteri secara individu untuk tempat, oksigen, serta faktor-faktor pembatas lainnya hanya sedikit. Pada keadaan planktonik, kesempatan bagi induvidu untuk terpisah dari komunitas, khususnya oleh arus dalam medium berair, relatif lebih besar. Hal ini juga dialami oleh bakteri yang motil, termasuk respon kemotatis yang sesuai dengan gradien nutrisi. Pada medium air, bakteri oligotropik tumbuh secara aktif walaupun lambat, sedangkan banyak diantaranya tidak dapat mengambil makanan yang cukup untuk mendukung pertumbuhan lalu hanya bertahan pada keadaan kekurangan nutrisi. Keadaan ini memberikan beberapa kesimpulan adanya kemampuan bakteri untuk bertahan (revert) dalam keadaan diam (sesil). Seringkali kekurangan nutrisi disertai oleh mengecilnya

ukuran dan respirasi endogenous, peningkatan hidrofobisitas permukaan sel dan meningkatkan pelekatan. Faktor ini membuat bakteri cenderung melekat ke permukaan padat, dimana kesempatan untuk mendapatkan nutrisi lebih tinggi (Evi Damayanti, 2001).

III. METODOLOGI

Praktikum Mikrobiologi Air dengan acara Pembentukan Biofilm dilaksanakan pada tanggal 1 maret 2012 di Laboratorium Selatan Mikrobiologi Fakultas Pertanian, Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta. Bahan yang digunakan adalah sampel air sumur, air kolam ikan, air selokan, air sawah, air PDAM, dan medium NA. Alatnya adalah petridish, Erlenmeyer, deckglass, pinset, dan Bunsen. Pertama-tama medium Na cair dituang kedalam petridish steril, ditunggu memadat. Lalu sebanyak 6 buah deckglass ditancapkan secara tegak lurus pada medium yang sudah padat dalam petridish. Sampel air dituang ke atas medium hingga dari tinggi petridish. Lalu diinkubasi pada suhu kamar sekitar 3 minggu. Cara ini diperlakukan untuk semua sampel dan dilakukan pengamatan di setiap minggunya.

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Hasil

(Foto Penampakan mikroskopis yang diduga Biofilm dari air kolam perbesaran 100x)

(Foto Penampakan mikroskopis yang diduga Biofilm dari air sumur perbesaran 10x)

(Foto Penampakan mikroskopis yang diduga Biofilm dari air selokan)

Foto-foto diatas adalah hasil yang diduga adalah biofilm. Dan ternyata foto diatas bukanlah biofilm. Melainkan kumpulan mikroorganisme yang belum sempurna membentuk biofilm. Ini disebabkan terjadi kompetisi antar bakteri pembentuk biofilm sehinga formasi biofilm belum terbentuk sempurna. Biofilm adalah suatu istilah yang digunakan untuk menggambarkan suatu lingkungan kehidupan yang khusus dari sekelompok mikroorganisme, yang melekat ke suatu permukaan padat dalam lingkungan perairan. Hal ini menjadi mikrolingkungan yang unik dimana mikroorganisme dalam biofilm berbeda secara struktural maupun fungsional dengan yang hidup bebas (planktonik). Biofilm memberi dampak kepada berbagai kehidupan sehari-hari, oleh sebab itu riset mengenai biofilm menjadi penting dan memperoleh popularitas. Biofilm dapat tumbuh di berbagai permukaan, termasuk batu dan air, gigi, makanan, pipa, alat-alat medis dan jaringan implant. Walaupun biofilm biasanya mengakibatkan kerugian seperti infeksi, adakalanya dia juga menguntungkan. Contohnya biofilm dapat untuk memurnikan air dengan cara menguraikan senyawa-senyawa berbahaya dalam perairan. Sedangkan efek negative biofilm diantaranya adalah kontaminasi air, makanan, gangguan terhadap alat pendistribusian panas, dan kontaminasi peralatan medis serta jaringan implant seperti infeksi jantung buatan. Kolonisasi ini dapat menimbulkan operasi ulang, amputasi bahkan kematian. Dampak ini

sudah menyita perhatian banyak peneliti dari egara-negara maju tseperti Amerika, Australia, Inggris terutama bidang-bidang terkait dengan mikrobiologi untuk menggali proses terjadinya biofilm, keaneka ragaman spesies, faktor-faktor pemacu, aakibat dan pengendalian biofilm (Suriawiria, 2003). Kepadatan populasi yang rendah adalah karakteristik umum dari komunitas

planktonik pada ekosistim mikroba di alam. Keadaan ologotropik dari ekositim ini menyiratkan ketidakcukupan masukan nutrient untuk mendukung aktivitas mikroba lebih jauh. Jika kepadatan populasi rendah, kompetisi antara bakteri secara individu untuk ruang, oksigen, serta faktor-faktor pembatas lainnya hanya sedikit. Pada keadaan planktonik, kesempatan bagi induvidu untuk terpecah dari komunitas, khususnya oleh arus dalam fasa berair, secara relatif tinggi. Hal ini jugai dialami oleh bakteri yang motil, termasuk respon khemotactic yang sejalan dengan gradien nutrien. Pada air oligotropik bakteri tumbuh seara aktif walaupun lambat, sedangkan banyak diantaranya tidak dapat mengambil makanan yang cukup untuk mendukung pertumbuhan lalu hanya survive pada keadaan lapar. Keadaan suvive-lapar ini memberikan beberapa kesimpulan adanya kemampuan bakteri untuk bertahan (revert) dalam keadaan diam (sesil). Seringkali kelaparan disertai oleh mengecilnya ukuran dan respirasi endogenous, peningkatan hidrofobisitas permukaan sel dan meningkatkan pelekatan. Faktor ini membuat bakteri cendrung melekat ke permukaan padat, dimana kesempatan untuk mendapatkan nutrisi lebih tinggi. Beberapa sel pada populasi yang berbeda dari bakteri planktonik menempel ke berbagai macam permukaan. Pada sistim mengalir, bakteri yang melekat memperoleh akses ke sumber nutrien yang kontinyu yang dibawa oleh yang mengalir. Di laboratorium ditemukan bakteri yang kelaparan, setelah melekat ke permukaan, tumbuh menjadi ukuran yang normal kemudian memulai reproduksi sel. Pelekatan kontinyu dan pertumbuhan mendukung pembentukan biofilm. Biofilm terbentuk karena adanya interaksi antara bakteri dan permukaan yang ditempeli. Interaksi ini terjadi dengan adanya faktor-faktor yang meliputi kelembaban permukaan, makanan yang tersedia, pembentukan matrik ekstraseluller (exopolimer) yang terdiri dari polisakarida, faktor-faktor fisikokimia seperti interaksi muatan permukaan dan bakteri, ikatan ion, ikatan Van Der Waals, pH dan tegangan permukaan serta pengkondisian permukaan. Dengan kata lain terbentuknya biofilm adalah karena adanya daya tarik antara

kedua permukaan (psikokimia) dan adanya alat yang menjembatani pelekatan (matrik eksopolisakarida) dll. Walaupun banyak bakteri dapat tumbuh pada keadaan bebas (free-living) atau planktonik, secara umum mereka melekat ke suatu permukaan dengan menghasilkan polisakarida ekstra seluller (EPS) atau pada beberapa kasus dengan menggunakan holdfast. Pelekatan ini menghasilkan mikrokoloni, sebagai awal perkrembangan biofilm yang dimulai dari satu sel tapi sering berkembang menjadi beberapa bakteri membentuk multilayers dengan matrik yang hidup pada komunitas komplek. Hampir semua permukaan berhubungan dengan cairan dan nutrisi akan dikoloni oleh mikroorganisme. Plak pada gigi adalah salah satu contoh biofilm yang menempel pada lapisan gigi. Proses pembentukaannya tidak jauh berbeda seperti pembentukan biofilm pada umumnya. Berikut adalah mekanisme pembentukan plak gigi (Anonim, 2012). a. Pembentukan pelikel dental Pembentukan pelikel dental pada permukaan gigi merupakan fase awal dari pembentukan plak. Pada tahap awal ini permukaan gigi atau restorasi akan dibalut oleh pelikel glikoprotein. Pelikel tersebut berasal dari saliva dan cairan sulkus, begitu juga dari produk sel bakteri dan pejamu, dan debris. Komponen khas pelikel pada berbagai daerah bervariasi komposisinya. Pengamatan terhadap pelikel enamel baru terbentuk (dua jam) menunjukkan bahwa komposisi asam aminonya berbeda dari komposisi saliva, hal ini berarti bahwa pelikel dibentuk oleh adsorpsi makromolekul sekitar secara selektif. Pelikel merupakan suatu lapisan organik bebas bakteri dan terbentuk dalam beberapa menit setelah permukaan gigi yang bersih berkontak dengan ludah dan pada permukaan gigi dan berupa material stein yang terang apabila diwarnai dengan bahan pewarna plak. Pelikel berfungsi sebagai penghalang protektif, yang bertindak sebagai pelumas permukaan dan mencegah desikasi (pengeringan jaringan). Selain itu pelikel merupakan substrat tempat bakteri dari sekitarnya melekat. Selain itu, pelikel bekerja seperti perekat bersisi dua, satu sisi melekat ke permukaan gigi, sedangkan permukaan lainnya merupakan sisi yang melekatkan bakteri pada permukaan gigi. b. Kolonisasi awal pada permukaan gigi Dalam beberapa jam bakteri akan dijumpai pada pelikel dental. Bakteri yang pertama-tama mengkoloni permukaan gigi yang dibalut pelikel adalah didominasi oleh mikroorganisme fakultatif gram positif, seperti Actinomices viscosus dan Streptococus

sanguis.18-20 Pengkoloni awal tersebut melekat ke pelikel dengan bantuan adhesin, yaitu molekul spesifik yang berada pada permukaan bakteri. Adhesin akan berinteraksi dengan reseptor pada pelikel dental. Masa plak kemudian mengalami pematangan bersamaan dengan pertumbuhan bakteri yang telah melekat, maupun kolonisasi dan pertumbuhan spesies lainnya. Dalam perkembangannya terjadi perubahan ekologis pada biofilm, yaitu peralihan dari lingkungan awal yang aerob dengan spesies bakteri fakultatif gram positif menjadi lingkungan yang sangat miskin oksigen dimana yang dominan adalah mikroorganisme anaerob gram-negatif. c. Kolonisasi sekunder dan pematangan plak Plak akan meningkat jumlahnya setelah kolonisasi awal permukaan gigi melalui dua mekanisme terpisah, yaitu: Multiplikasi dari bakteri yang telah melekat pada permukaan gigi Multiplikasi serta perlekatan lanjut bakteri yang ada dengan bakteri baru

Dalam tiga hari, Pengkoloni sekunder yang tidak turut sebagai pengkoloni awal ke permukaaan gigi yang bersih, diantaranya Prevotella intermedia, Prevotella loescheii, spesies Capnocyttophaga, Fusobakterium nucleatum, dan Porphyromonas gingivalis. Mikroorganisme tersebut melekat ke sel bakteri yang telah berada dalam massa plak.Interaksi yang menimbulkan perlekatan bakteri pengkoloni sekunder ke bakteri pengkoloni awal dinamakan koagregasi. Fase akhir pematangan plak pada hari ke 7 ditandai dengan menurunnya jumlah bakteri gram positif dan meningkatnya bakteri gram negatif

V. KESIMPULAN

Dari praktikum yang telah dilakukan didapatkan bahwa biofilm tersusun dari berbagai tipe mikroorganisme. Dapat diisi oleh fungi, bakteri, yeast, atau protista. Jadi proses pembentukan biofilm secara umum berlangsung menjadi 5 tahap yaitu Pelekatan dimana mikrob melekat pada permukaan suatu benda dan dapat diperantarai oleh fili. Lalu pelekatan permanen dimana mikrob melekat dengan bantuan eksopolisakarida (EPS). Lalu terjadi maturasi I atau proses pematangan biofilm tahap awal. Kemudian maturasi II atau proses pematangan biofilm tahap akhir, mikrob siap untuk menyebar. Dan akhirnya Dispersi, dimana sebagian bakteri akan menyebar dan berkolonisasi di tempat lain. Pemicu pembentukkan biofilm salah satunya adalah kondisi lingkungan yang kurang menguntungkan atau mencekam. Contohnya adalah produksi EPS oleh Escherichia coli berupa asam dan P. aeruginosa saat ketersediaan nutrisi menipis. Dari hasil yang didapat, biofilm gagal terbentuk karena terjadi antara kompetisi bakteri penyusun biofilm.

DAFTAR PUSTAKA

Anonim. 2012. http://naturaterapi.com/mekanisme-pembentukan-plak-gigi/. Diakses pada tanggal 28 Maret 2012 pukul 17. 20. Dewanti, R dan Hariadi. 2002. Pembentukan Biofilm Pada Permukaan Padat. Petunjuk Praktikum Jurusan Teknologi Pangan dan Gizi, Fakultas Teknologi Pertanian, IPB. Dong H.Choi, Jae H.Noh, Ok H, Yu, and Yeon S. Kang. 2010. Bacterial Diversity in Biofilms Formed on Condenser Tube Surfaces in a Nuclear Power Plant. Biofouling Journal. Vol 26, no 8, November 2010, 953-959. Evi Damayanti, 2001. Karakterisasi Biofilm pada Escherichia coli Enteropatogen. Skripsi. Jurusan Biologi, FMIPA Institut Pertanian Bogor. .http://id.wikipedia.org./wiki/biofilm/. Diakses pada tanggal 27 maret pukul 14.21 Jasmin Gattlen, Caroline Amberg, manfred Zinn, and Laurie Mauclaire. 2010. Biofilms Isolated from Washing Machines from Three Continents and Their Tolerance to a Standard Detergent. Biofouling Journal. Vol 26, no 8, November 2010, 873-882.

Rheinheimer, G. 2000. The Aquatic Microbiology. John Wileys & Sons, Chicester. Toronto.

Suriawiria. 2001. Mikrobiologi Air. Penerbit Alumni, Bandung. Yoo, ES. 2000. Biological and Chemichal Mechanism of Reductive Decolorization od Azzo dyes biofilm. The Dissertation. Genehmitge, Berlin.

LAPORAN RESMI PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI AIR ACARA I PEMBENTUKAN BIOFILM

Disusun Oleh: Ngurah Kamandanu (11537)

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI PROGRAM STUDI MIKROBIOLOGI PERTANIAN FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITAS GADJAH MADA YOGYAKARTA 2012