Universidade Federal do Rio de Janeiro Centro de Cincias da Sade Instituto de Bioqumica Mdica Disciplina: Bioqumica Ff I Docente: Francisco Prosdocimi

Discentes: Carine Alves Jourdan Eliane Paiva dos Santos Letcia Godinho de Menezes Louise Paloma Luz Alves Vinicius Alves Moura

Contedo: ED1 Estudo dirigido

Rio de Janeiro 2.2012

ED1 Estudo Dirigido 1) A partir do incio do sculo XX, a idia de que a vida possui propriedades nicas,

maravilhosas e desconhecidas (vitalismo) comeou a morrer. Finalmente, atravs dps estudos de gentica e bioqumica, era possvel associar as cincias fsicas, qumicas e biolgicas num s contexto amplo e coerente. A biologia molecular trouxe, para a biologia, um tipo de rigor lgico e matemtico antes s aplicado nas cincias exatas. a) Quais os desenvolvimentos voc acredita que permitiram biologia integrar-se qumica e a fsica, matando assim o vitalismo? Os filsofos antigos acreditavam que todo organismo vivo possua ia uma fora divina, misteriosa, que dava vida aos organismos, o nome dessa teoria o Vitalismo. Porm, com o avano da biologia, qumica e fsica, descobriu-se que todo organismo vivo composto de matria inanimada. Todos os seres vivos so formados por molculas inanimadas, que estudadas isoladamente, se comportam segundo todas as leis da fsica e da qumica, ou seja, o comportamento de uma matria inanimada, porm os organismos vivos apresentam suas peculiaridades, os quais no so encontrados num conjunto de matria inanimada. b) Qual a relao moderna entre fsica, qumica e biologia?

No incio a biologia tratava de problemas puramente descritivos. Mas aos poucos, com os avanos tecnolgicos, foi possvel penetrar no interior dos corpos vivos, inicialmente do ponto de vista global, e atualmente, do ponto de vista molecular. Assim, as propriedades fsicas e qumicas da matria, onde se destacam reas como a termoqumica, a mecnica quntica, a cintica qumica e a eletroqumica puderam ser aplicadas para descrever fenmenos biolgicos. Estas anlises variam desde interpretaes das escalas moleculares at observaes de fenmenos macroscpicos. c) O que voc pensa que ocorrer no futuro com essas disciplinas?

A tendncia, como ocorreu com outras cincias, e que haja uma fuso entre elas e que se possam estudar os fenmenos fsico, qumicos e biolgicos como um todo.

2) a) Quando aprendemos bioqumica, estamos estudando a bioqumica de quais tipos de organismos? Estamos estudando as reaes qumicas de processos biolgicos que ocorrem nos organismos vivos. b) Em que consiste a chamada Lgica molecular da vida?

Os organismos vivos so compostos de molculas destitudas de vida. Quando essas molculas so isoladas e examinadas individualmente, elas obedecem a todas as leis fsicas e qumicas que descrevem o comportamento da matria inanimada. 3) Quais so as 4 principais biomolculas presentes nos organismos vivos e quais as suas

principais funes? Protenas: Constituem a maior frao da matria viva; so as macromolculas mais complexas; desempenham nos seres vivos as seguintes funes: estrutural, enzimtica, hormonal, de defesa, nutritivo, coagulao sangunea e transporte. cidos nucleicos: so os responsveis pelo armazenamento e transmisso da informao gentica; Glicdios: so os principais combustveis celulares; possuem funo celular como: fonte de energia, reserva de energia, estrutural e matria prima para a biossntese de outras biomolculas. Lipdios: Formam nossa principal fonte de armazenamento de energia assim como a composio das membranas celulares, isolantes trmicos e ainda facilitao de determinadas reaes qumicas que ocorrem no organismo dos seres vivos. 4) a) Qual a diferena entre catabolismo e anabolismo?

Anabolismo so processos metablicos que implicam na construo de molculas complexas a partir de substancias simples, gerando energia. Catabolismo o processo que implica na "quebra" de substancias complexas em substancias mais simples, ocorrendo absoro de energia. b) Qual deles mais importante e por que?

O anabolismo o mais importante pois gera sua prpria energia a ser utilizado pelo organismo.

5) a) O que a estrutura primria de uma protena?

Estrutura primria de uma protena dada pela sequncia de aminocidos e ligaes peptdicas da molcula. Ela resulta em uma longa cadeia de aminocidos, com uma extremidade amido terminal e uma extremidade carboxi terminal. b) Invente um trecho contendo 10 aminocidos diferentes que represente a estrutura primria de uma protena hipottica. Estrutura primria de uma protena hipottica (1 letra): M-G-H-E-F-Q-R-T-Y-A; Estrutura primria de uma protena hipottica (3 letras): Met-Gly-His-Glu-Phe-Gln-Arg-Thr-Tyr-Ala. c) Desenhe a estrutura qumica de quatro resduos de aminocidos do trecho inventado (ligados em ligaes peptdicas).

Glu-Phe-Gln-Arg 6) a) O que uma cadeia lateral de um aminocido?

Cadeia lateral um radical, genericamente chamado de R, responsvel pela diferenciao entre os aminocidos. ela quem define uma srie de caractersticas dos aminocidos, tais como polaridade e grau de ionizao em soluo aquosa. b) Quantos tipos de cadeias laterais existem?

Existem cerca de 20 tipos de cadeias laterais.

c)

Como elas influenciam na forma e funo das protenas?

As cadeias laterais variam em forma, tamanho, carga, capacidade de formao de pontes de hidrognio, caractersticas hidrofbicas e reatividade qumica: Aminocidos com cadeias laterais no polares e alifticas: Glicina, Alanina, Valina, Leucina, Isoleucina, Prolina e Metionina; Aminocidos com cadeias laterais aromticas: Fenilalanina, Tirosina e Triptofano; Aminocidos com cadeias laterais polares no carregados: Serina e Trionina (grupo hidroxil), Asparagina e Glutamina (grupo amida) e Cistena (grupo sulfidril); Aminocidos com cadeias laterais carregados positivamente (Bsicos): Lisina, Arginina e Histidina; Aminocidos com cadeias laterais carregados negativamente (cidos): Aspartato e Glutamato. 7) a) possvel trabalhar com protenas isoladamente?

Sim, possvel trabalhar com protenas isoladamente. b) Descreva com detalhes alguma das tcnicas de purificao de protenas apresentadas na

nossa aula. A Cromatografia uma tcnica que permite a separao de diferentes molculas presentes em uma mesma mistura. O mtodo baseado na circulao de uma fase mvel (que arrasta a mescla de compostos a separar) atravs de uma fase estacionria. Dependendo da afinidade relativa que ambas as fases tenham, os distintos compostos presentes na mescla resultar sua separao. Existem vrios tipos de Cromatografia: Cromatografia por troca inica: A fase estacionria altamente carregada, sendo que os componentes com cargas de sinais contrrios a estas so seletivamente absorvidos pela fase mvel. Os componentes absorvidos poder ser subsequentemente eludos, por deslocamento com outros ons, com o mesmo tipo de carga, porm com maior fora de interao com a fase estacionria. A afinidade entre os ons da fase mvel e a matriz podem ser controlados utilizando fatores como pH e a fora inica; Cromatografia por excluso: Efetua a separao de acordo com o tamanho efetivo das molculas. A velocidade de deslocamento das molculas pequenas menos, pois estas precisam passar atravs do gel ou suporte. As molculas grandes apresentam maior

velocidade de descolamento dentro da coluna, emergindo mais rapidamente, promovendo a separao dos componentes de acordo com o peso das molculas; Cromatografia por afinidade: Utiliza as propriedades das substncias de se unirem reversivelmente a fase estacionria composta por um ligante especfico associado a um suporte inerte. Uma amostra contendo diferentes componentes, sendo apenas uma de interesse, este componente poder de ligar fase estacionria sob determinadas condies de pH ou fora inica do meio. O componente que se liga fase estacionria somente ser liberado por uma alterao no pH ou na fora inica, ou por outro componente que apresente maior afinidade pela fase estacionria. 8) A figura 1 apresenta um alinhamento da sequncia primrica de uma protena hipottica

entre diferentes organismos.

a)

Faa um mapa simples contando as diferenas nas sequncias dos aminocidos entre as espcies.

O Gorila, o Homem e o Chimpanz apresentam os aminocidos M- L no incio de sua sequncia primria, o que no presente nos demais organismos da Tabela. Na quarta coluna, o Gorila e as Leveduras 1 e 2 apresentam o aminocido A, enquanto os demais organismos apresentam o aminocido G. Na coluna 18, o verme C. Elegans apresenta aminocido A na sequncia enquanto as Leveduras 1 e 2 e os fungos 1 e 2 apresentam aminocido S, e os Arabidopsis 1 e 2, Chimpanz, Gorila, Homem e a Mosca Drosophila apresentam aminocido G. Na coluna 24, o Verme apresenta aminocido D, enquanto os demais organismos apresentam o aminocido A ou E. Na coluna 26, todos os organismos apresentam o aminocido Q em sua estrutura primria, menos as Leveduras 1 e 2, que possuem o aminocido T.

Na coluna seguinte, a 27, as Arabidopsis 1 e 2 e o verme apresentam o aminocido D em sua sequncia, enquanto os demais indivduos apresentam o aminocido E. Na coluna 29, os organismos apresentam aminocido K, porm as leveduras e os fungos apresentam aminocido P. Na coluna 31, todos os organismos apresentam aminocido K, exceto os fungos, com aminocido Q. Nas demais colunas, h muita semelhana entre as sequncias, apenas alguns organismos mudam alguns aminocidos na sequncia. Nas 3 colunas finais as Leveduras possuem a mesma sequncia: S-V-Q. Os demais organismos no apresentam as 3 colunas finais, exceto a mosca, que termina com o aminocido T e as Arabidopsis com o aminocido K.

b)

A que concluso voc pode chegar analisando essas diferenas?

Analisando as sequencias dos aminocidos entre as espcies, pode se concluir que todos os organismos vivos so constitudos das mesmas molculas orgnicas. O que os diferencia uns dos outros a sequncia que essas molculas esto posicionadas ao longo da escala evolutiva. 9) O que e para que serve o diagrama de ramachandran?

O diagrama de Ramachandran foi criado pelo fsico G. N. Ramachandran, quando esse props uma teoria sobre os ngulos possveis de toro da ligao peptdica e, no diagrama, as conformaes da cadeia polipeptdica podem ser descritas atravs da enumerao dos pares de valores (phi) e (psi). O diagrama capaz de mostrar, segundo a teoria, asregies onde Ramachandran previu

que seria possvel ou no ocorrer um enovelamento estvel das protenas, sendo essas regies as hachuradas e as no hachuradas, respectivamente, considerando-se que cada ponto representa um aminocido. 10) a) O que uma estrutura secundria de uma protena? D exemplos.

Estrutura secundria a disposio espacial regular, repetitiva, que a cadeia polipeptdica pode adotar, geralmente mantida por ligaes de hidrognio. Como exemplos, tem-se as Hlices-Alfa e as conformaes Beta. b) Por que estas estruturas so quimicamente estveis?

Tais estruturas so quimicamente estveis, j que nelas as ligaes de hidrognio esto otimizadas: nas Hlices-Alfa, uma hlice se estabiliza formando ligaes intramoleculares com pontes de hidrognio; nas Conformaes Beta, as filas paralelas se estabilizam de maneira intermolecular mediante pontes de hidrognio. 11) Por que a estrutura terciria de uma protena mais conservada que a estrutura

primria? A estrutura terciria de uma protena mais conservada do que a estrutura primria por ser formada por arranjos da estrutura secundria, e , assim, conservada pelas foras no covalentes. 12) a) O que a conformao nativa de uma protena?

A conformao nativa de uma protena ela em sua estrutura tridimensional especfica e funcional estrutura alcanada pela protena quando ela passa pelo processo chamado de enovelamento e que pode ser perdida pelo processo conhecido como "desnaturao". b) Quais so as principais interaes responsveis pela estrutura tridimensional de uma protena? A estrutura tridimensional se d principalmente por interaes fracas, como a de Van der Waals; podem haver ligaes de hidrognio e de dissulfeto. c) O que pode acontecer caso haja problemas na formao dessa estrutura 3D?

Protenas que no adquirem uma configurao tridimensional correta so exportadas do retculo endoplasmtico, sofrem ubiquitinao e so degradadas em estruturas denominadas de

proteassoma; Em doenas neurodegenerativas como o Alzheimer, essas protenas mal enoveladas no so degradadas no proteassoma e se depositam nas clulas neuronais, gerando aglomerados proteicos que levam degenerao celular, que no Alzheimer comprometem a memria. 13) De que modo a modelagem estrutural pode auxiliar na criao de novos frmacos?

A modelagem molecular fornece informaes importantes para o processo de descoberta de frmacos. Ela permite a obteno de propriedades especficas de uma molcula que podem influenciar na interao com o receptor. Como exemplos, podemos citar o mapa de potencial eletrosttico, o contorno da densidade eletrnica e a energia e os coeficientes dos orbitais de fronteira HOMO (Highest Occupied Molecular Orbital) e do LUMO (Lowest Unoccupied Molecular Orbital) etc. Outras informaes importantes tambm podem ser obtidas a partir da comparao estrutural entre diferentes molculas, o que pode permitir a gerao de um ndice de similaridade que pode ser correlacionado com a atividade farmacolgica. A modelagem molecular tambm permite a visualizao tridimensional (3D) do complexo frmaco-receptor e fornece informaes sobre os requisitos estruturais essenciais que permitem uma interao adequada do frmaco no seu stio receptor. Esta ferramenta tambm tem o potencial de planejar teoricamente novas molculas que satisfaam as propriedades eletrnicas e estruturais para um perfeito encaixe no stio receptor. 14) a) Qual a diferena entre uma protena fibrosa e uma globular?

As protenas globulares so formadas por cadeias polipeptdicas que se dobram adquirindo a forma esfrica ou globular. Tais protenas, em sua maioria, so solveis em gua. As protenas globulares tm uma funo dinmica e incluem a maioria das enzimas, os anticorpos, muitos hormnios e protenas transportadoras, como a albumina srica e hemoglobina. As protenas fibrosas so insolveis em gua e so fisicamente resistentes; tais protenas so formadas por cadeias polipeptdicas paralelas dispostas em longas fibras ou lminas. Como exemplo de protenas fibrosas temos o colgeno (tendes e osso), a queratina (cabelo, pele, chifre, unha), e a elastina (tecido conjuntivo elstico).

b)

Cite exemplos de ambos os casos.

Protenas globulares: Albumina srica; Hemoglobina. Protenas fibrosas: Queratina; Colgeno 15) a) Qual a importncia da reversibilidade das interaes ligante-protena para uma clula?

A interao protena-ligante ou protena-protena um dos principais eventos para a regulao e para a atividade proteica, sendo responsvel pela inibio ou ativao enzimtica; por mudanas conformacionais nas protenas para a sinalizao celular; transporte e armazenamento de substncias; etc. b) Por que os mecanismos de inibio das reaes enzimticas so vantajosos para as clulas? (Cite exemplos de mecanismos) Um grande nmero de substncias pode inibir a atividade enzimtica. Algumas dessas substncias so constituintes da clula e outras so estranhas, levando com a sua presena a alteraes significativas do metabolismo. Quando o inibidor produzido pela prpria clula, a variao na sua concentrao vai ser muito empregado pela prpria clula como uma forma de controle da velocidade das reaes. Esse mecanismo vai possibilitar ao organismo responder a diferentes condies fisiolgicas. Muitos medicamentos usados rotineiramente baseiam-se na inibio especfica de enzimas. O bloqueio de uma nica reao vai afetar toda a sequncia de reaes, j que a reao bloqueada no vai gerar o produto que vai ser necessrio pra reaes seguintes. Os inibidores podem ser reversveis ou irreversveis, de acordo com a estabilidade gerada pela sua ligao com a enzima: Os inibidores irreversveis se ligam as enzimas levando a inativao definitiva desta. Estes inibidores so muito txicos para o organismo j que no so especficos, sendo capazes de inativar qualquer enzima. J os inibidores reversveis podem ser divididos em dois grupos: os competitivos e os nocompetitivos. Essa diviso baseada na presena ou no de competio entre o inibidor e o substrato pelo centro ativo da enzima. Os inibidores competitivos competem com o substrato pelo centro ativo da enzima. Estas molculas apresentam configurao semelhante ao substrato e por isso so capazes de se

ligarem ao centro ativo da enzima. Eles produzem um complexo enzima-inibidor que semelhante ao complexo enzima-substrato. Os inibidores no-competitivos no tem semelhana estrutural com o substrato de reao que inibem. A sua inibio se d pela sua ligao a radicais que no pertencem ao grupo ativo. Esta ligao vai alterar a estrutura da enzima e inviabiliza a sua catlise. 16) Explique com detalhes como a protena hemoglobina pode ser capaz de transportar

oxignio. O transporte de oxignio dos pulmes aos tecidos feito pela hemoglobina presente nos glbulos vermelhos (hemcias). A hemoglobina dos seres humanos adultos (HbA) formada por quatro cadeias peptdicas, duas e duas . Mantidas juntas por atraes no-covalentes, como interaes hidrofbicas, ligaes de hidrognio e pontes salinas. A capacidade desta protena de fixar oxignio depende da presena de uma unidade no-peptdica, o grupamento heme, o que tambm fornece cor hemoglobina. O heme constitudo de uma parte orgnica, a protoporfirina, e um tomo de ferro. O tomo de ferro no heme pode estar no estado de oxidao ferroso (+2) ou frrico (+3), e as formas correspondentes de hemoglobina so chamadas ferro-hemoglobina e ferri-hemoglobina ou metahemoglobina, sendo que somente a ferro-hemoglobina capaz de se ligar ao oxignio. O grupo heme se localiza na parte interna de uma cavidade hidrofbica, delimitada por aminocidos apolares, formam-se seis ligaes: liga-se aos quatro tomos de nitrognio do anel porfirnico, cadeia polipeptdica (atravs de um resduo de histidina do segmento F, a His 87, chamada histidina proximal) e pode fazer uma ligao reversvel a uma molcula de oxignio (O2). O oxignio se liga ao ferro (Fe2+), sem que ele seja oxidado ao estado frrico (Fe3+). Alm disso, o oxignio estabelece uma ponte de hidrognio com a His 58, chamada histidina distal, que fica oposta histidina proximal. Com isso, a molcula de oxignio fica presa entre o tomo de ferro e a histidina distal, proporcionando mudanas na conformao da hemoglobina. A estrutura quaternria da hemoglobina mantida por ligaes no-covalentes e resulta em uma molcula tetramrica, composta por dois dmeros,1, 1 e 2, 2, dispostos simetricamente em torno de um eixo central. As interfaces entre os dmeros sofrem importantes mudanas durante a oxigenao e a desoxigenao da hemoglobina. A distribuio feita atravs da interao da hemoglobina com o oxignio do ar, formando-se o complexo oxi-hemoglobina, representado pela notao HbO2. Chegando s clulas do organismo, o

oxignio libertado e o sangue arterial transforma-se em venoso. A hemoglobina livre pode ser reutilizada no transporte do oxignio. A hemoglobina distribui o oxignio para todas as partes do corpo irrigadas por vasos sanguneos. 17) a) Explique genericamente como uma enzima funciona.

As enzimas aceleram a velocidade de uma reao por diminuir a energia livre de ativao da mesma, sem alterar a termodinmica da reao. A energia dos reagentes e produtos da reao enzimtica e de sua equivalente no enzimtica so idnticas. Elas desempenham diversas funes, e cada uma delas tem uma forma diferenciada de ao. Elas atuam no processo de digesto dos alimentos, conhecidas como enzimas digestivas e na absoro dos alimentos; desempenham a funo de construo de protenas maiores; contribuem na desintoxicao do corpo; atuam na formao estrutural do organismo; contribuem para o crescimento; agem na defesa do organismo; agem sobre o equilbrio hormonal; atuam sobre o sistema imunolgico; participam do funcionamento da atividade cerebral; agem sobre os sentidos: olfato, paladar, viso, audio e tato; agem no sistema circulatrio e respiratrio, entre outros. b) Escolha uma enzima e explique com detalhes seu mecanismo de funcionamento.

De acordo com Alton Meister, os aminocidos so transportados como dipeptdeos do cido glutmico. Nesse sistema de transporte, o glutation (GSH) se presta como doador do grupo gamaglutamil. A formao do dipeptdeo catalisada pela enzima gama-glutamil transpeptidase (CGT), uma enzima da membrana celular, presente, principalmente, no fgado, ducto biliar e rim. A determinao dos nveis da enzima no sangue usada na identificao de doenas nesses rgos.

18)

Dado o que voc aprendeu, como voc acredita que o conhecimento em bioqumica o

tornar um melhor profissional? Todo conhecimento obtido ao decorrer da vida considerado vlido, no caso especfico, a bioqumica tem uma grande importncia para o curso de farmcia, pois nos levar a entender mais profudamente o funcionamento do corpo humano, permitindo a identificao de doenas e anomalias, com isso podendo desenvolver pesquisas e posteriormente a produo de novos frmacos mais eficazes contra doenas, garantindo assim melhor qualidade de vida.