Alineamiento de secuencias genticas mediante el uso de BioEdit. Calvo G. J.F1, Garca M.J.L.A. y Rojas M.N.J1.

1Laboratorio de Sistemtica Vegetal, Facultad de Ciencias, Universidad Autnoma del Estado de Mxico.

INTRODUCCIN Bioedit es un programa gratuito para edicin de alineamientos y anlisis de secuencias que funciona nicamente sobre ambiente MS/Windows. Es uno de los programas ms conocidos para edicin de secuencias para dicho sistema operativo.BioEdit cuenta con varias herramientas que van desde la creacin de alineamientos hasta la anotacin de plsmidos. En la ventana principal de BioEdit, el alineamiento de nuestras secuencias, por defecto cada aminocido es resaltado en un color diferente, este esquema de colores puede ser cambiado en cualquier momento mediante la utilizacin de las diferentes opciones en la barra de herramientas(BioEdit, [s.f.]). Para la realizacin de la prctica se hizo uso del paquete computacional Bioedit, y de secuencias de material gentico de especies de inters para cada alumno, estas fueron extradas de Genbank en NCBI, se hizo uso de Bioedit utilizando un archivo guardado en formato FASTA, para un mejor anlisis se recomienda copiar directamente la secuencia de la informacin del taxn, una vez exportadas todas las secuencias de inters, se seleccionan todas las secuencias, se elige la opcin de ClustalW multiple alignament en el comando AccessoryApplication, seligen todas las opciones del cuadro de dialogo y se corre el anlisis, el resultado son todas las secuencias alineadas estas se guardan para su posterior anlisis en MacClade y PAUP. ANTECEDENTES La comparacin de secuencias es una de las actividades fundamentales en el anlisis bioinformtico. Es un primer paso hacia el anlisis estructural y funcional de nuevas secuencias descubiertas. A medida que nuevas secuencias estn siendo generadas a tasas exponenciales, la importancia de la comparacin de secuencias ha aumentado considerablemente. En trminos simples el alineamiento de secuencias es el proceso en el cual diferentes secuencias son comparadas mediante la bsqueda de patrones de caracteres comunes y el establecimiento de correspondencias residuo-residuo entre secuencias relacionadas (Rodrguez, 2011). El alineamiento de secuencias consiste en la comparacin de dos secuencias homlogas para localizar las inserciones, deleciones o cambios puntuales en los nucletidos que se hayan podido producir en el proceso de divergencia de ambas desde el ancestro comn. As, cuando dos secuencias quedan alineadas se van a producir tres tipos de pares de alineamiento: emparejamientos ( match), no emparejamientos (mismatches) y huecos (gaps). Un match se produce cuando un nucletido ocupa idntica posicin en las dos secuencias. En caso contrario, si el emparejamiento se produce entre nucletidos diferentes, se producir un mistmach. Finalmente un gap se forma cuando un nucletido se empareja con una base nula (inexistencia de un nucletido), debido a que se ha producido una insercin o una delecin (indel) en una de las secuencias (Martnez & Gonzlez, 2003).

BioEdit es un editor de secuencias biolgicas, est destinado a proporcionar las funciones bsicas de edicin de secuencia de protenas y nucleicos, la alineacin, la manipulacin y anlisis (Hall, 2001). Una interfaz de documentos mltiples intuitiva con funciones prcticas hace que la alineacin y la manipulacin de secuencias sean relativamente fciles en el equipo de escritorio. Y la manipulacin de anlisis de secuencias con varias opciones y enlaces a programas externos para facilitar un entorno de trabajo que le permiten ver y manipular secuencias con operaciones sencillas (Hall, 2007). OBJETIVO Alinear secuencias de DNA de distintos taxa, mediante el uso de BioEdit. MATERIAL Y MTODO 1. Se obtuvieron secuencias de nucletidos de los taxones de inters de cada alumno, las secuencias se obtuvieron en GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/), donde dichos archivos fueron descargados como archivos FASTA files.

2.- Abrir el programa BioEdit. Abrir el archivo previamente guardado, el cual tiene que estar en formato FASTA.

3.Seleccionar todas las secuencias, ir a la pestaa de la barra de herramientas que dice

AccessoryApplication, dar click en ClustalW Multiple alignment..

4.- Aparecer una ventana donde hay que seleccionar las cinco opciones que se encuentran en el recuadro naranja, y dar click en la opcin RunClustalW.

5.- Una vez alineadas las secuencias, guardarla.

6.- Abrir el archivo, guardado anteriormente, con McClade. Posteriormente guardarlo en la carpeta de Mc Clade (Execwin32/Apps/MacClade/SampleNexus data), para su posterior anlisis.

RESULTADOS

DISCUSION El alinieamiento de secuencis es una parte escencial en la realizacin de trabajos filogenticos moleculares, ya que las secuencias del gen que se quiera estudiar para observar las relaciones filogenticas en las unidades taxonmicas operativas CONCLUSIONES

REFERENCIAS Hall, T. 2001. BioEdit version 5.0.6. North Carolina State University, Department of Microbiology Hall, T. 2007. BioEdit version 7.0.9. North Carolina State University, Department of Microbiology Martnez L. A. & A. Gonzlez T. 2003. Aplicaciones De La Bioinformtica En La Elaboracin De Filogenias Moleculares. Departamento de Biologa Celular y Molecular Universidade da Corua. Rodrguez T. E. A. 2011. Alineamiento de pares de secuencias. CINVESTAV-Tamaulipas. Biological sequence alignment editor, Bio Edit. [s.f.] Consultado en lnea el 12 de marzo del 2011 en: http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html