Você está na página 1de 1

Simulações de dinâmica molecular com GROMACS dos peptídeos A-β (1-40) e A-β (1-42) Nelson Augusto Alves, Pedro Henrique Rodrigues da Silva

Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto-FFCLRP-USP
pedrojoanabrit@usp.com

Objetivos
Visamos ao estudo computacional das proteínas, uma vez que elas possuem grande importância biológica. O projeto consiste na compreensão e implementação da ferramenta computacional GROMACS (GROningen Machine for Chemical Simulation) com o intuito de obter conformações de proteínas sobre o enovelamento proteico.

realizamos a dinâmica molecular, podendo notar as mudanças conformacionais dos sistemas na figura 2:

Métodos/Procedimentos
Através do software GROMACS, escolhemos um campo de forças que consiste de uma função energia potencial clássica e parâmetros ajustáveis, produzindo através de uma simulação de dinâmica molecular resultados como a energia do estado nativo da proteína estudada [1, 2, 3].

Figura 2: Conformações pós-dinâmica molecular de (a) Aβ (1-40) e (b) Aβ (1-42) visualizadas com

VMD.

Conclusões
Os peptídeos utilizados foram de grande valia no aprendizado da geração de conformações proteicas por causa de seu pequeno tamanho, facilitando a repetição dos experimentos computacionais em minutos de tempo computacional. Estamos agora em condições de avançar em estudos das características destes e de outras proteínas. Em particular, estudos que sugerem a compreensão futura de mecanismos que compõem o surgimento de doenças neurodegenerativas como encefalopatias espongiformes ou amiloidoses como o Alzheimer.

Resultados
As proteínas utilizadas para a compreensão do pacote GROMACS foram os peptídeos A-β (140) e A-β (1-42). Eles são componentes das placas neuríticas encontradas na doença de Alzheimer (AD). Em nossas simulações, obtemos primordialmente informações gráficas sobre a energia potencial média do sistema no processo de minimização de energia, com as quais obtemos a conformação proteica que pode ser vista na figura 1:

Referências Bibliográficas
[1] VAN GUNSTEREN W. F.; BERENDSEN H. J. C.. Gromos-87 manual. Biomos B. V., Nijenborgh 4, 9747 A. G. Groningen, The Netherlands (1987). [2] LINDAHL, E.; HESS, B. A.; VAN DER SPOEL, D.. GROMACS 3.0: a package for molecular simulation and trajectory analysis. J Mol Model 7, 306-317 (2001). [3] HESS, B.; KUTZNER, C.; VAN DER SPOEL D.; LINDAHL, E.. Gromacs 4.0: algorithms for higly efficient, loadbalanced, and scalable molecular simulation. J Chem Theory Comput 4, 435-447 (2008).

Figura 1: Conformações nativas de (a) Aβ (1-40) e (b) Aβ (1-42) visualizadas com o auxílio do VMD (Visual Molecular Dynamics).

Após as etapas de equilibração termodinâmica dos sistemas de ambos os peptídeos,