Usages vtrinaires des antibiotiques, rsistance bactrienne et consquences pour la sant humaine

Janvier 2006

Coordination Mme Corinne Danan (Afssa DERNS) Secrtariat administratif (Afssa DERNS) Mme Aurore Petit

Composition du Groupe de travail Prsident M. Didier GUILLEMOT (Institut Pasteur - Paris) Membres du comit d'experts spcialis Microbiologie : Mme Anne BRISABOIS M. Hubert BRUGERE M. Roland LECLERCQ M. Francis MEGRAUD Membres du comit d'experts spcialis Alimentation animale : M. Jean Franois GUILLOT Membres du comit d'experts spcialis Sant animale : Mme Arlette LAVAL M. Yves MILLEMANN M. Pascal SANDERS Autres experts : Mme Anne BOUCHARDON (Afssa - Ploufragan) Mme Elisabeth CHASLUS-DANCLA (INRA Nouzilly) Mme Claire CHAUVIN (Afssa - Ploufragan) M. Pierre COLIN (Afssa Brest) M. Henri DABERNAT (Centre Hospitalier Universitaire Purpan - Toulouse) Mme Isabelle KEMPF (Afssa - Ploufragan) Mme Danile MEUNIER (Afssa - Lyon) M. Grard MOULIN (Agence Nationale du Mdicament Vtrinaire) Mme Isabelle PELLANNE (Afssaps) M. Benot SCHLEMMER (Hpital Saint-Louis Paris ; Prsident du Comit national de suivi du Plan pour prserver l'efficacit des antibiotiques) M. Pierre-Louis TOUTAIN (Ecole Nationale Vtrinaire - Toulouse) Agence franaise de scurit sanitaire des aliments Mme Hlne Aubry-Damon (Derns-UERB) Mme Corinne Danan (Derns-UERB) Mme Muriel Eliaszewicz (Derns)

Rpartition des contributions - Section I. Usage des antibiotiques chez lanimal C. Chauvin (coordinateur), P. Colin (coordinateur), J.F. Guillot, A. Laval, Y. Millemann, G. Moulin, I. Pellanne - Section II. Impact de lusage des antibiotiques sur la rsistance chez lanimal (incluant la surveillance de la rsistance bactrienne chez lanimal A. Brisabois, I. Kempf, D. Meunier, Y. Millemann, P. Sanders (coordinateur), P.L. Toutain - Section III. Diffusion de la rsistance l'Homme et consquences pour la sant publique A. Bouchardon, A. Brisabois, E. Chaslus-Dancla (coordinateur), P. Colin, H. Dabernat, D. Guillemot (coordinateur), R. Leclercq, F. Mgraud, B. Schlemmer, P.L. Toutain

Relecteurs : Experts des Comits spcialiss placs auprs de lAfssa - Microbiologie : Mmes Marie-Laure De Buyser et Christine Vernozy-Rozand, M. Hubert Brugre, - Alimentation animale : MM. Michel Etienne, Herv Pouliquen et Philippe Schmidely, - Sant animale : MM. Bertrand Faroult, Alain Milon et Jacques Poirier. Comit extrieur de lecture
NOM Jacques Acar Jean-Pierre Alno Vronique Vaillant Genevive Benard Claude Danglot Patrick Dehaumont Dominique De Furst, Jean-Michel Azanowsky Vincent Jarlier Franois Lhriteau Yves Levi Philippe Maugendre Antoine Monteil Jean-Pierre Orand Frdrique Touffet Affiliation Hpital Saint-Joseph, Paris Syndicat National des Groupements Techniques Vtrinaires Institut de Veille sanitaire Ecole nationale vtrinaire, Toulouse Centre de recherche et de contrle des eaux de Paris Agence nationale du mdicament vtrinaire Direction gnrale de la sant Hpital Piti-Salptrire, Paris Centre de Coordination de la Lutte contre les Infections Nosocomiales, Paris Nord Facult de Pharmacie, Chatenay-Malabry Agence franaise de scurit sanitaire des produits de sant Socit anonyme de gestion des eaux de Paris Direction gnrale de lalimentation Agence franaise de scurit sanitaire environnementale

Organismes extrieurs consults:

Assemble permanente des chambres d'agriculture, Association des fabricants daliments du btail, Association franaise des directeurs et cadres de laboratoires vtrinaires publics d'analyses, Association franaise des vtrinaires pour animaux de compagnie, Association des vtrinaires salaris de l'ouest, Centre de coopration internationale en recherche agronomique pour le dveloppement, Centre national de rfrence des antibiotiques, Centre national de rfrence des Salmonella, Chambre Rgionale dAgriculture de Normandie, Conseil de l'ordre des pharmaciens, Conseil Suprieur de l'Ordre des Vtrinaires Franais, Fdration nationale des syndicats exploitants agricoles, Groupe de dfense sanitaire d'Indre-et-Loire, Groupe franais de lassociation mondiale des vtrinaires de laviculture, Service de microbiologie de lhpital europen Georges-Pompidou, Institut technique de l'aviculture, Institut de l'levage, Institut technique du porc, Les entreprises du mdicament, Office national interprofessionnel des viandes de l'levage et de l'agriculture, Observatoire national de lpidmiologie de la rsistance bactrienne aux antibiotiques, Service des maladies infectieuses du centre hospitalier rgional universitaire de Tours, Service des maladies infectieuses et tropicales du centre hospitalier universitaire de Dijon, Socit franaise de buiatrie, Socit franaise de microbiologie, Syndicat de l'industrie du mdicament vtrinaire et ractif, Syndicat national des groupements techniques vtrinaires, Syndicat national des producteurs d'additifs et d'ingrdients de la chane alimentaire, Syndicat national des vtrinaires dexercice libral, Union fdrale des consommateurs - Que Choisir, Union des groupements de producteurs de viande bovine. Suite la consultation nationale organise en novembre 2005 sur le projet de rapport du groupe de travail, les principaux commentaires ayant appel une rponse du groupe de travail, sans modification du rapport, sont rassembls en annexe 17.

Sommaire gnral
Introduction gnrale Section 1 : Usage des antibiotiques I. Contexte rglementaire et conditions dutilisation des antibiotiques chez lanimal II. Les antibiotiques concerns III. Les mthodes et outils de suivi des utilisations des antibiotiques IV Les quantits dantibiotiques utilises V. Analyse des points critiques VI. Rsum et recommandations VII. Bibliographie Section 2 : Impact de lusage des antibiotiques sur la rsistance bactrienne chez lanimal I. Dfinitions de la rsistance bactrienne aux antibiotiques II. Suivi de la rsistance aux antibiotiques en filire de production animale III. Analyse de limpact de lusage des antibiotiques sur la rsistance bactrienne chez lanimal IV. Rsum et recommandations V. Bibliographie Section 3 : Diffusion de la rsistance lhomme et consquences pour la sant publique I. Y a t-il des consquences de la rsistance bactrienne aux antibiotiques en termes de Sant Publique ? II. A-t-on la preuve que des gnes de rsistance ont t acquis par les bactries humaines partir de bactries animales ? III. Dispose t-on dtudes pidmiologiques dmonstratives de la transmission de bactries rsistantes de lanimal lhomme ? IV. Faut-il dfinir, pour lhomme ou pour lanimal, des antibiotiques critiques ? V. Rsum et recommandations VI. Bibliographie Conclusion gnrale Recommandations gnrales Annexes Abrviations Remerciements Glossaire Liste des annexes Liste des tableaux Liste des figures 7 9 10 19 21 28 37 39 44 46 47 66 82 106 115 125 126 128 148 156 157 160 175 179 186 227 228 229 231 232

Introduction gnrale
Contexte national
L'Afssa a t saisie en fvrier 2003 par lassociation UFC-Que choisir sur les risques pour le consommateur, lis l'apparition de bactries rsistantes aux antibiotiques, gnres par les usages d'antibiotiques en mdecine vtrinaire et en alimentation animale. Cette saisine entre dans le champ des travaux de surveillance de la rsistance aux antibiotiques des bactries dorigine animale, conduits lAfssa depuis plus de 5 ans avec le soutien de la Direction gnrale de lalimentation. En juillet 2003, l'Afssa a mis en place un groupe de travail (groupe Antibiorsistance ) pour conduire cette expertise, qui s'articulera notamment avec la rflexion mene, par le Ministre charg de la sant, dans le cadre du plan "Antibiotique" (2001-2005). Lorganisation du groupe de travail de lAfssa a permis de rassembler les comptences dexperts de plusieurs disciplines, principalement dans les domaines de la sant animale, du mdicament vtrinaire, de la microbiologie, de lpidmiologie et de lalimentation animale, afin de prendre en compte diffrents aspects lis cette problmatique de sant publique et de sant animale.

Contexte international
La rsistance aux antibiotiques est affiche au niveau europen comme un problme majeur en termes de sant humaine et animale. Les premires recommandations europennes dans ce domaine ont t mises lissue dune confrence europenne, organise en 1998 Copenhague, qui avait runi des reprsentants de la recherche, des ministres chargs de la sant, de lagriculture, du corps mdical et vtrinaire, des industriels du secteur pharmaceutique, et de lUnion europenne. Plus rcemment, une commission tripartite, rassemblant des reprsentants de lOrganisation des nations unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO), lorganisation mondiale pour la sant (OMS) et loffice international des pizooties (OIE), a t constitue afin de faire le point, partir des connaissances actuelles de l'utilisation des antibiotiques hors domaine humain, et sur les consquences de l'utilisation des antibiotiques dans l'agriculture et l'levage. Cette consultation a conduit, lors dune confrence organise Oslo, en mars 2004, laborer des stratgies pour lutter contre le dveloppement des rsistances bactriennes d'origine non humaines destines tre discutes dans le cadre du Codex Alimentarius.

Mthode et objectifs de travail du groupe de lAfssa

Le groupe de travail de lAfssa a procd un tat des lieux concernant les risques de l'utilisation des antibiotiques en levage sur la sant humaine. Le groupe a t constitu en juillet 2003 ; sa premire runion sest tenue lautomne 2003. Lexpertise a t scinde en 3 parties : 1- Usage des antibiotiques chez lanimal, 2- Impact de lusage des antibiotiques sur la rsistance chez lanimal (incluant la surveillance de la rsistance bactrienne chez lanimal), 3- Diffusion de la rsistance l'Homme et consquences pour la sant publique.

Compte tenu de lampleur et de la diversit des questions scientifiques pouvant tre souleves par le problme de la rsistance bactrienne aux antibiotiques, ainsi que des enjeux possibles de scurit alimentaire, il a t choisi: de focaliser principalement lexpertise sur les animaux de rente aux dpens des animaux de compagnie. Les tudes portant sur la transmission de lantibiorsistance des animaux de compagnie lhomme sont actuellement peu nombreuses et les donnes dusage des antibiotiques chez ces animaux sont parcellaires. On ne peut pas vacuer lhypothse dun impact de lusage des antibiotiques chez les animaux de compagnie sur la transmission de la rsistance lhomme, nanmoins le groupe de travail a privilgi les enjeux de scurit des aliments ; de privilgier les aspects relatifs la rsistance bactrienne susceptibles de concerner les pathognes humains issus du monde animal. Nanmoins, compte tenu de labsence de spcificit exclusive des mcanismes de rsistance vis vis dun pathogne, une partie importante de ce document porte sur les mcanismes gntiques de la rsistance bactrienne aux antibiotiques.

Le rapport dexpertise a t soumis, avant publication, trois comits dexperts spcialiss (CES) placs auprs de lAfssa, le CES Microbiologie (pilote), le 26/04/05 et le 27/09/05, le CES Sant animale, le 10/05/05, et le CES Alimentation animale, le 14/04/05, et un comit de lecture en avril 2005. Par ailleurs une consultation dexperts extrieurs a t organise pour approfondir des sujets plus spcifiques identifis par le groupe de travail. Enfin, une coordination a t assure avec un second groupe dexperts de lAfssa, rassembls ultrieurement pour rpondre une saisine de la Direction gnrale de la sant (DGS), concernant les risques pour la sant publique lis la prsence de bactries rsistantes aux antibiotiques dans leau destine la consommation humaine. Il faut souligner que ce travail sest exclusivement consacr aux aspects dvaluation des risques lis lutilisation des antibiotiques en levage et non la gestion de ces risques. Cest pour cela que les conclusions et les recommandations portent essentiellement sur ce quil faudrait faire progresser pour amliorer les outils dinformation et les modalit de production de ces informations, sans lesquels toute intention de matrise raisonne des consquences possible de lusage des antibiotiques en levage sur la sant humaine serait vaine. Lanalyse critique des moyens de laction, voire des rsultats de dcisions, portant sur la modification des conditions de lusage des antibiotiques en levage na donc pas fait partie du champ de cette analyse. A ce titre, il faut souligner que si le dispositif dinformation nvolue pas quant son aptitude amliorer lalerte et la surveillance de lusage des antibiotiques et de la rsistance bactrienne ces molcules chez les animaux, ainsi que de leurs possibles consquences sur la sant humaine, il est prvisible que : - cette analyse aurait t trop prcoce pour nourrir suffisamment des recommandations - toute tentative danalyse future de limpact des dcisions relative la gestion des risques, prendrait le risque de rester vaine. Mais ce travail doit tre considr comme une premire tape et devra dans le futur tre rgulirement actualis et surtout se prolonger vers une valuation des modalits de la gestion des risques.

Section I. Usage des antibiotiques

I. Contexte rglementaire et conditions dutilisation des antibiotiques chez lanimal 1. Contexte rglementaire national et international 1.1. Les conditions d'obtention de l'autorisation de mise sur le march (AMM) 1.2. La prescription et les conditions de dlivrance 1.3. La cascade 1.4. Ladministration 1.5. Contrle 1.6. Pharmacovigilance 1.7. La publicit 1.8. Utilisation des antibiotiques en tant quadditifs 2. Usages des antibiotiques 3. Les diffrentes voies dadministration, modalits dusage 4. Particularits des productions rgies par des cahiers des charges particuliers 5. Bonnes pratiques dusage 6. Alternatives II. Les antibiotiques concerns 1. Inventaire des antibiotiques utiliss et historique dutilisation 2. Les autres molcules 3. Comparaison des antibiotiques utiliss en mdecine humaine et vtrinaire III. Les mthodes et outils de suivi des utilisations des antibiotiques 1. Les mthodes de recueil de donnes 1.1. Donnes requises 1.2. Sources de donnes 1.3. Contraintes oprationnelles 1.4. Les systmes existants en France 1.5 Les systmes existants ltranger 2. Les units dexpression 2.1. Les diffrentes units de mesure 2.2. Les indices de mesure des consommations 3. Linterprtation et lanalyse des donnes IV Les quantits dantibiotiques utilises 1. Donnes gnrales 1.1. Utilisations vtrinaires 1.2. Utilisations en mdecine humaine 1.3. Comparaison des usages 2. Donnes par espce 2.1. Estimations quantitatives 2.2. Les pratiques thrapeutiques V. Analyse des points critiques 1. Prescription 2. Observance 3. Automdication-pharmacie dlevage 4. Les recommandations dutilisation VI. Rsum et recommandations VII. Bibliographie 10 10 10 11 12 13 13 14 14 14 15 16 17 17 17 19 19 20 20 21 21 21 21 23 24 25 25 25 26 26 28 28 28 2 29 35 35 35 37 37 38 38 39 39 44

Les antibiotiques sont des substances naturelles produites par des micro-organismes, ayant une activit sur d'autres bactries. Au sens large, on y inclut galement les antibactriens de synthse (produits par synthse chimique). Leur importance est capitale dans la lutte contre les maladies infectieuses. Ces molcules sont employes dans de nombreux domaines comme principal moyen de lutte contre les infections bactriennes, en particulier en mdecine humaine mais galement en mdecine vtrinaire, que ce soit dans les levages danimaux de production ou pour soigner les animaux de compagnie. Dune manire plus anecdotique, il peut tre soulign galement lutilisation potentielle de certaines molcules activit antibiotique pour matriser certaines maladies bactriennes prsentes sur les vgtaux. Cette pratique ne peut tre applique en France et dans lUnion Europenne. En effet, les rglementations en vigueur sont bases sur une procdure dautorisation des produits phytosanitaires et assimils1 ; ce jour, aucune substance activit antibiotique na t autorise2. Les vgtaux ne sont pas pris en compte dans le cadre de ce rapport. La premire partie du prsent rapport est consacre lutilisation des antibiotiques chez lanimal. Aprs une description des conditions dutilisation des antibiotiques et du contexte rglementaire actuel, le document dfinit successivement la nature des antibiotiques utiliss chez lanimal et chez lhomme, les outils de suivi des usages et lanalyse des quantits utilises chez lanimal et lhomme. Enfin les points critiques de lusage des antibiotiques chez lanimal sont examins. Cette tude sur lusage des antibiotiques est ralise partir de donnes obtenues ou calcules sur la base des productions animales nationales. Celles-ci ne reprsentent quune partie des produits mis sur le march et consomms en France (Annexe 1). Pour les autres denres, aucune information ne permet vritablement dvaluer les pratiques courantes relatives lutilisation des antibiotiques.

I. Contexte rglementaire et conditions dutilisation des antibiotiques chez lanimal

1. Contexte rglementaire national et international La pharmacie vtrinaire est rgie par la loi de 1975 et ses dcrets dapplication parus en 1977. Le Code de la Sant Publique et le Code Rural rassemblent les principales dispositions relatives au mdicament vtrinaire. Ces dispositions sont compltes par un nombre important d'arrts. La rglementation franaise est troitement lie la rglementation communautaire. Cette rglementation est trs voisine de celle du mdicament humain. 1.1. Les conditions d'obtention de l'autorisation de mise sur le march (AMM) Pour pouvoir commercialiser un mdicament vtrinaire, il est ncessaire dobtenir une autorisation de mise sur le march (AMM). Ce dossier dAMM fait lobjet dune valuation scientifique qui a pour but de vrifier la qualit, linnocuit envers lutilisateur, le consommateur, lenvironnement, lanimal de destination et lefficacit du mdicament vtrinaire. Pour les antibiotiques, le dossier prvu lappui de la demande dAMM doit comporter des informations relatives la rsistance aux antibiotiques. La directive 2001/82/CE (reprise dans larrt franais du 5 septembre 1994 modifi) prcise les donnes ou tudes fournir : - Il convient dtudier le risque microbiologique auquel les rsidus de produits antimicrobiens exposent la flore intestinale humaine en tenant compte des connaissances scientifiques au moment du dpt du dossier. - Il y a lieu de fournir des donnes relatives lapparition dorganismes rsistants dans le cas de mdicaments utiliss pour la prvention ou le traitement de maladies infectieuses ou dinfestations parasitaires atteignant les animaux.

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Directive 91/414/CEE du Conseil, du 15 juillet 1991, concernant la mise sur le march des produits phytopharmaceutiques http://e-phy.agriculture.gouv.fr

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Des lignes directrices ont t labores au niveau europen en vue de prciser les exigences en matire dantibiorsistance. Ces lignes directrices europennes ont servi de base la rdaction de lignes directrices internationales du VICH (International Cooperation on Harmonisation of Technical Requirements for Registration of Veterinary Products). - GL27 Guidance on pre-approval information for registration of new veterinary medicinal products for food producing animals with respect to antimicrobial resistance - GL36 Studies to evaluate the safety of residues of veterinary drugs in human food: General Approach to establish a microbiological ADI. Dans le cas des mdicaments vtrinaires destins aux animaux producteurs de denres alimentaires, les autorits comptentes fixent, lorsque cela s'avre ncessaire, un temps d'attente3 minimal que doit respecter le dtenteur de lanimal trait. Le temps d'attente pour chaque denre dorigine animale correspond au temps ncessaire pour que les rsidus ne prsentent plus de risque pour le consommateur. Il est bas sur la limite maximale de rsidus (LMR) fixe au plan communautaire. Ce temps d'attente prcise la dure pendant laquelle les denres alimentaires produites par l'animal trait ne peuvent tre commercialises en vue de la consommation humaine. Pour obtenir une AMM, le demandeur doit utiliser une des trois procdures fixes par la rglementation europenne : - La procdure "centralise", obligatoire pour les mdicaments issus de la biotechnologie et optionnelle pour le mdicament innovant. - La procdure de reconnaissance mutuelle sil dsire commercialiser le mme mdicament dans plus dun Etat Membre. - La procdure nationale nest possible que pour les mdicaments commercialiss dans un seul Etat Membre ou pour lesquels celui-ci sera Etat Membre de Rfrence dans le cadre dune procdure de reconnaissance mutuelle. Le code franais de la Sant Publique prvoit, dans larticle L5141-10, la possibilit dans des cas particuliers, de dlivrer des autorisations temporaires dutilisation (ATU). Ces ATU peuvent constituer, dans de rares cas, une solution temporaire une absence de mdicaments pour une indication thrapeutique particulire chez une espce donne.
Article L5141-10 (Ordonnance n 2001-313 du 11 avril 2001 art. 4 Journal Officiel du 14 avril 2001) Par drogation aux dispositions de l'article L. 5141-5, l'Agence franaise de scurit sanitaire des aliments peut autoriser, lorsque la situation sanitaire l'exige et qu'il n'existe pas de mdicament vtrinaire autoris appropri, l'utilisation pour une dure limite : 1 D'un mdicament vtrinaire dj autoris dans un autre Etat membre de la Communaut europenne ou partie l'accord sur l'Espace conomique europen ; 2 Ou, dfaut, d'un mdicament vtrinaire autoris dans un Etat autre que ceux mentionns au 1. En cas d'pizootie et en l'absence de mdicament vtrinaire autoris appropri, l'Agence franaise de scurit sanitaire des aliments peut galement autoriser, pour une dure limite, l'utilisation de mdicaments vtrinaires n'ayant fait l'objet d'aucune autorisation de mise sur le march dans aucun Etat. Ces autorisations temporaires d'utilisation peuvent tre suspendues ou supprimes tout moment si les conditions prvues au prsent article ne sont plus remplies ou si ces mesures sont ncessaires pour assurer la protection de la sant humaine ou de la sant animale.

1.2. La prescription et les conditions de dlivrance La prescription de mdicaments vtrinaires obit des rgles proches de celles dictes pour ceux destins l'homme. Pour les mdicaments vtrinaires, les ordonnances sont exigibles dans les mmes conditions que les mdicaments humains. La rglementation des substances vnneuses
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temps d'attente : priode ncessaire entre la dernire administration du mdicament vtrinaire l'animal dans les conditions normales d'emploi et l'obtention des denres alimentaires provenant de cet animal, afin de garantir qu'elles ne contiennent pas de rsidus en quantits suprieures aux limites maximales tablies en application du rglement (CEE) n 2377/90

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est commune au mdicament vtrinaire et au mdicament humain, seules les exonrations font lobjet darrts spcifiques. En outre, les obligations de prescriptions vtrinaires s'tendent notamment aux mdicaments immunologiques et aux mdicaments faisant l'objet de temps d'attente. La prescription se matrialise par la rdaction dune ordonnance o figurent, notamment, les noms des mdicaments choisis, leur dosage, leur posologie, leur mode dadministration et le temps dattente si ncessaire. Cette ordonnance doit tre conserve 5 ans et incluse dans le registre dlevage selon les dispositions de larrt du 5 juin 2000 relatif au registre dlevage (JORF du 25 juin 2000, art. L). Cependant, la diffrence des mdecins, les vtrinaires peuvent dlivrer eux-mmes les mdicaments vtrinaires pour les animaux auxquels ils donnent personnellement leurs soins ou dont ils assurent la surveillance sanitaire et dont les soins leur sont rgulirement confis (article L 5143-2). Les pharmaciens sont aussi des dispensateurs au dtail des mdicaments vtrinaires. Ils ne peuvent dlivrer les mdicaments soumis prescription que sur prsentation de lordonnance du vtrinaire. Dans certaines conditions prcises, les groupements de producteurs agrs peuvent aussi dlivrer des mdicaments vtrinaires, si ceux-ci ne sont pas soumis prescription ou pour ceux soumis prescription sils sont inscrits sur une liste positive et utiliss dans le cadre dun plan de prvention (programme sanitaire d'levage). Lacquisition, la dtention et la dlivrance de ces mdicaments doivent tre faites sous le contrle dun vtrinaire ou dun pharmacien participant effectivement la direction technique du groupement (article L. 51438 du CSP 4. La dlivrance des mdicaments vtrinaires est assure, pour 66 % dentre eux, par les vtrinaires, pour 8,5 %, par les pharmaciens et pour environ 25,5 % par les groupements de producteurs (animaux producteurs de denres alimentaires) (source AIEMV, 2000). Si, pour la plupart des mdicaments vtrinaires, la dlivrance ne peut tre assure que par les ayants droits voqus ci-dessus, une drogation existe pour certains produits antiparasitaires externes destins aux animaux de compagnie qui peuvent tre commercialiss dans les grandes ou moyennes surfaces ou dans les animaleries. 1.3. La cascade La rgle gnrale veut que la prescription vtrinaire soit dabord envisage partir des mdicaments autoriss pour lespce considre et dans des indications valides. Cependant, les vtrinaires ont aujourdhui la possibilit dutiliser les mdicaments hors AMM dans des conditions dfinies par larticle L5143-4 du Code de la Sant Publique, grce une ordonnance du 11 avril 2001, transposant les dispositions de la directive 2001/82/CE. Cette possibilit est dnomme usuellement sous le terme de cascade . Principe, dmarche, modalits de mise en uvre : La mise en uvre de la cascade chez les animaux est envisage lorsquil nexiste pas de mdicament disponible (avec AMM) pour lespce considre avec lindication souhaite. La cascade est une dmarche pour choisir des mdicaments destins des espces dites mineures ou pour des indications orphelines (principe des MUMS pour Minor Use Minor Species ), et constitue donc une aide la dcision pour le praticien. Pour pouvoir appliquer cette cascade le vtrinaire doit sassurer quune LMR existe pour le produit considr. Il doit galement observer un temps dattente qui ne peut pas tre infrieur aux temps dattente forfaitaires fixs par larrt du 16 octobre 2002 qui sont dans certains cas incompatibles avec le mode dlevage des animaux (par exemple le temps dattente forfaitaire pour la viande est fix 28 jours).

4 Arrt du 5 septembre 2003 fixant la liste des mdicaments vtrinaires prvue au deuxime alina de larticle L. 5143-6 du code de la sant publique

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Cas particulier de la prescription restreinte : la rserve hospitalire Le dcret n2003-263 du 20 mars 2003 donne aux vtrinaires laccs aux mdicaments usage humain classs par leur AMM dans la catgorie des mdicaments de prescription restreinte ( rserve hospitalire ).
Article L5143-4 (Ordonnance n 2001-313 du 11 avril 2001 art. 12 Journal Officiel du 14 avril 2001) Le vtrinaire doit prescrire en priorit un mdicament vtrinaire autoris pour l'animal de l'espce considre et pour l'indication thrapeutique vise ou un aliment mdicamenteux fabriqu partir d'un prmlange mdicamenteux autoris rpondant aux mmes conditions. Dans le cas o aucun mdicament vtrinaire appropri bnficiant d'une autorisation de mise sur le march, d'une autorisation temporaire d'utilisation ou d'un enregistrement n'est disponible, le vtrinaire peut prescrire les mdicaments suivants : 1 Un mdicament vtrinaire autoris pour des animaux d'une autre espce dans la mme indication thrapeutique, ou pour des animaux de la mme espce dans une indication thrapeutique diffrente ou un aliment mdicamenteux fabriqu partir d'un prmlange mdicamenteux autoris rpondant aux mmes conditions ; 2 Si le mdicament mentionn au 1 n'existe pas, un mdicament vtrinaire autoris pour des animaux d'une autre espce dans une indication thrapeutique diffrente ou un aliment mdicamenteux fabriqu partir d'un prmlange mdicamenteux autoris rpondant aux mmes conditions ; 3 Si les mdicaments mentionns aux 1 et 2 n'existent pas, un mdicament autoris pour l'usage humain ; 4 A dfaut des mdicaments mentionns aux 1, 2 et 3, une prparation magistrale vtrinaire. Les mdicaments mentionns aux 1, 2, 3 et 4 ci-dessus sont administrs soit par le vtrinaire soit, sous la responsabilit personnelle de ce dernier, par le dtenteur des animaux, dans le respect de la prescription du vtrinaire. Lorsque le vtrinaire prescrit un mdicament destin tre administr des animaux dont la chair ou les produits sont destins la consommation humaine, les substances action pharmacologique qu'il contient doivent tre au nombre de celles qui figurent dans l'une des annexes I, II et III du rglement (CEE) n 2377/90 du Conseil du 26 juin 1990 tablissant une procdure communautaire pour la fixation des limites maximales de rsidus de mdicaments vtrinaires dans les aliments d'origine animale. Le vtrinaire fixe le temps d'attente applicable qui ne peut tre infrieur au minimum fix pour la denre animale considre, par arrt des ministres chargs de l'agriculture et de la sant aprs avis de l'Agence franaise de scurit sanitaire des aliments ; on entend par temps d'attente le dlai observer entre la dernire administration du mdicament l'animal dans les conditions normales d'emploi et l'obtention des denres alimentaires provenant de cet animal. 1.4. Ladministration Art. R. 5146-53-6. - Les vtrinaires exerant dans les conditions prvues l'article L. 5143-2 sont autoriss administrer eux-mmes, dans le cadre de leur emploi exclusif par ces vtrinaires pour leur usage professionnel et dans le cas prvu au 3 de l'article L. 5143-4, des animaux dont la chair ou les produits ne sont pas destins la consommation humaine les mdicaments usage humain classs dans l'une des catgories de prescription restreinte mentionnes l'article R. 5143-5-1 bnficiant d'une autorisation de mise sur le march, ncessaires pour viter des souffrances inacceptables ces animaux ou rpondre des situations sanitaires spcifiques .

Ladministration des antibiotiques est ralise par le vtrinaire et/ou le dtenteur des animaux ou la personne leur donnant les soins. Celle-ci doit donner lieu une retranscription dans le registre dlevage (arrt du 5 juin 2000) comportant les informations relatives : la nature du mdicament administr, aux animaux ayant reu lantibiotique, la voie dadministration employe, la dose quotidienne administre, aux dates de dbut et fin de ladministration, en sus le nom de la personne administrant lantibiotique et, sil ne sagit pas de lui, celui du vtrinaire sous la responsabilit duquel ladministration est effectue. 1.5. Contrle Le contrle du respect des dispositions rglementaires est assur par les vtrinaires inspecteurs, les inspecteurs de la pharmacie et les agents du service de la rpression des fraudes dans le cadre de leurs missions dinspection. Lagence nationale du mdicament vtrinaire est quant elle en charge du contrle des tablissements pharmaceutiques vtrinaires. Enfin la brigade nationale denqutes vtrinaires et sanitaires peut tre mandate pour raliser des enqutes dpassant le cadre dpartemental. Outre la ralisation de ces missions dinspection par les agents de ltat, de la dlivrance des mdicaments vtrinaires la tenue du registre dlevage, des plans de surveillance et de contrle des rsidus chimiques dans les denres animales sont annuellement conduits.

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1.6. Pharmacovigilance La pharmacovigilance vtrinaire a pour principal objet la surveillance des effets indsirables des mdicaments vtrinaires sur les animaux et les tres humains. Elle recueille aussi les informations sur le mdicament vtrinaire concernant : une efficacit insuffisante par rapport celle prvue, les risques ventuels de son utilisation pour lenvironnement, la validit de son temps dattente. Cette activit de veille sanitaire sexerce sur : tous les mdicaments vtrinaires bnficiant dune autorisation de mise sur le march (AMM) dlivre par lAFSSA ou dune autorisation de mise sur le march communautaire dlivre par la Commission europenne, les mdicaments homopathiques vtrinaires bnficiant dun enregistrement, les auto-vaccins, les aliments mdicamenteux ainsi que les mdicaments vtrinaires extemporans, les mdicaments usage humain utiliss dans le cadre des dispositions de larticle L. 5143-4 ( la cascade ). 1.7. La publicit La rglementation sur la publicit des mdicaments usage vtrinaire est voisine de celle concernant le mdicament humain (Annexes 2 et 3). Il ny a par contre pas de commission charge du contrle de cette publicit. A retenir Le mdicament vtrinaire nest pas un produit de consommation ordinaire. Sa mise sur le march, sa prescription, sa dlivrance, son usage sont viss par des rglementations nationales et europennes et sont trs encadrs, notamment par le Code de la Sant Publique. Ce contexte rglementaire est trs proche de celui relatif au mdicament humain. 1.8. Utilisation des antibiotiques en tant quadditifs On entend par additif pour lalimentation animale5, les substances, micro-organismes ou prparations, autres que les matires premires pour aliments des animaux et les pr mlanges dlibrment ajouts aux aliments pour animaux ou leau pour remplir notamment une ou plusieurs des fonctions suivantes : - avoir un effet positif sur les caractristiques des aliments pour animaux ; - avoir un effet positif sur les caractristiques des produits dorigine animale ; - avoir un effet positif sur la couleur des poissons ou oiseaux dornement ; - rpondre aux besoins nutritionnels des animaux ; - avoir un effet positif sur les consquences environnementales de la production animale ; - avoir un effet positif sur la production, le rendement ou le bien tre des animaux notamment en influenant la flore gastro-intestinale ou la digestibilit des aliments pour animaux ; - avoir un effet coccidiostatique ou histomonostatique. La directive 70/254/CEE du Conseil de lUnion Europenne subordonne lutilisation des antibiotiques en tant quadditifs une autorisation des principes actifs dans des conditions dutilisations dfinies, pour chaque espce de destination, des doses faibles, en vue damliorer la croissance des animaux par un effet rgulateur au niveau de la flore intestinale. Cette utilisation est trs controverse et en 1998, quatre antibiotiques ont t supprims au sein de lUnion europenne (virginiamycine, bacitracine Zinc, spiramycine, phosphate de tylosine). Dans son avis du 28 mai 1999, le comit scientifique directeur de la Direction Gnrale de la Commission Europenne (DG SANCO) (Anonymous, 1999), a dclar que lutilisation en
5 Rglement (CE) N1831/2003 du parlement europen et du conseil du 22 septembre 2003 relatif aux additifs destins lalimentation des animaux.

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tant que facteurs de croissance dantimicrobiens appartenant aux catgories utilises en mdecine humaine et animale, ou susceptible de ltre (cest--dire lorsquil existe un risque de rsistance croise aux agents de traitement des infections bactriennes) devrait tre rduite le plus vite possible et terme proscrite. Dans un deuxime avis, adopt en mai 2001, ce comit directeur soulignait que ce processus dlimination devait tre planifi et coordonn, car des mesures prises la hte pouvaient avoir des rpercussions sur la sant animale. Selon le rglement 1831/2003 du 22/11/2003, entr en vigueur en octobre 2004, qui abroge et remplace la directive 70/254/CEE, aucune nouvelle autorisation dantibiotiques, autre que les coccidiostatiques ou les histomonostatiques, ne peut tre dlivre en tant quadditif pour lalimentation animale, et lautorit europenne de scurit sanitaire des aliments est invite examiner, avant 2005, les progrs en matire dlaboration de substances de remplacement et dautres mthodes de gestion, dalimentation des animaux, dhygine, etc. Le rglement N1831/2003 du 22/11/2003 prvoit la suppression dfinitive de lusage des antibiotiques comme additifs en alimentation animale la fin de lanne 2005. Dans ce contexte, lutilisation des 4 antibiotiques (Monensin :E714, Salinomycine : E716, Avilamycine : E717et Flavophospholipol : E712) a t supprime fin 2005. Il est important de noter que certains additifs antibiotiques sont encore largement utiliss dans diffrents pays. Les donnes disponibles pour les USA sont prsentes dans le tableau 1. Tableau 1 : Additifs antibiotiques autoriss aux Etats-Unis
Molcule En usage aux Etats-Unis Avilamycine non Avoparcine non Bacitracine oui Bambermycine oui Carbadox oui Erythromycine oui Lincomycine oui Monensin oui Olaquindox non Penicilline oui Salinomycine non Spiramycine non Tetracycline oui Tiamuline oui Tylosine oui Virginiamycine oui (Source : http://www.fda.gov/ohrms/dockets/ac/03/slides/3919S2_03_Carnevale/sld025.htm)

2. Usages des antibiotiques Les antibiotiques peuvent tre utiliss de quatre faons diffrentes, avec des objectifs variables (Schwarz et al., 2001a; Schwarz et al., 2001b). 1/ Les antibiotiques sont tout d'abord utiliss titre thrapeutique curatif. Lobjectif majeur est dobtenir la gurison des animaux cliniquement malades et dviter la mortalit. Le traitement a aussi pour effet de rduire la souffrance et de restaurer la production (lait, viande). Il rduit lexcrtion bactrienne, permettant dans certains cas dobtenir une gurison bactriologique et, lors dinfection zoonotique, il peut viter la contamination humaine (McKellar, 2001). 2/ Lorsqu'une infection collective et trs contagieuse se dclare dans un levage avec de grands effectifs et volue sur un mode aigu, avec suffisamment d'lments concordants pour incriminer une (des) bactrie(s), lensemble du groupe danimaux est trait. Les sujets qui sont exposs mais ne prsentent pas encore de signes cliniques (sains ou en incubation) font donc lobjet dun traitement en mme temps que ceux qui sont dj malades. Cette pratique est qualifie de mtaphylaxie. Elle permet de traiter les animaux soumis la

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pression infectieuse alors quils sont encore en incubation ou lorsque les manifestations cliniques sont trs discrtes. La mtaphylaxie est gnralement mise en uvre partir dun seuil datteinte des animaux au sein du lot de 10-15% de leffectif (par exemple dans un lot de taurillons lengrais affects par une broncho-pneumonie) (Maillard, 2002). 3/ Les antibiotiques peuvent, parfois, tre administrs des priodes critiques de leur vie, sur des animaux soumis une pression de contamination rgulire et bien connue, aprs contrle de la nature de linfection par des examens de laboratoire. Dans ces conditions, on parle dantibioprvention car le traitement permet dviter totalement lexpression clinique. Cette modalit dutilisation des antibiotiques est adapte une situation sanitaire donne et doit tre provisoire. Lantibioprophylaxie est galement utilise lors doprations chirurgicales pour prvenir les infections bactriennes. 4/ L'usage des antibiotiques dans laliment titre dadditifs en vue damliorer la croissance a fait lobjet de nombreuses critiques. Il est trs limit actuellement et sera totalement abandonn fin 2005 en Europe. Ces antibiotiques rgulateurs de flore (ARF) ou antibiotiques promoteurs de croissance (AGP pour "antibiotic growth promotors") sont utiliss des doses trs faibles, non curatives et sont tous des agents chimiothrapeutiques non utiliss en mdecine humaine pour limiter les risques de slection de rsistance vis--vis de molcules dintrt mdical majeur (Bezoen et al., 1999). 3. Les diffrentes voies dadministration, modalits dusage Les moyens mis en uvre pour un traitement antibiotique peuvent diffrer notablement en fonction de la taille du groupe danimaux (Schwarz et al., 2001a; Schwarz et al., 2001b). Des traitements individuels sont gnralement mis en uvre pour les animaux de grande taille (vaches, veaux, brebis, chvres, truies) selon des modalits comparables celles de la mdecine humaine (examen clinique de chaque animal, avec ventuellement prlvement en vue dune recherche bactriologique et de la ralisation dun antibiogramme ; administration du traitement aux seuls animaux malades ; posologie adapte lindividu et la maladie diagnostique). Ces traitements individuels sont inadapts pour des larges effectifs danimaux producteurs de denres, comme par exemple un lot de 20 000 poulets de chair ou une bande de 150 porcs. Dans ces cas, il est prfrable (et facilement justifiable) de recourir un traitement collectif. Celui-ci sappuie galement sur un diagnostic bactriologique qui oriente le choix de lanti-infectieux. En gnral, le vtrinaire intervient prcocement pour garantir une efficacit maximale au traitement, aprs avoir constat une expression clinique sur les premiers animaux du lot. Les diffrentes voies dadministration sont tablies par des aspects pharmacologiques (volume de distribution, rapidit daction) et microbiologiques (spectre dactivit). Le choix se fera galement entre les voies orale et parentrale en fonction du statut monogastrique-polygastrique de lanimal ainsi que du nombre danimaux traiter. La voie orale sera privilgie pour les traitements collectifs. Elle peut tre mise en uvre soit par lintermdiaire de leau de boisson (avec utilisation dune pompe doseuse permettant de rguler la posologie), soit laide dun aliment mdicamenteux, dlivr sur ordonnance et ralis avec un prmlange bnficiant dune AMM ou dune ATU. Lors dutilisation parentrale, la voie dinjection sera raisonne en fonction des critres defficacit voqus plus haut (rapidit daction notamment), des objectifs poursuivis (limiter une infection digestive, gnrale, ou mammaire) mais aussi en fonction de critres pratiques et conomiques : cot, diminution du nombre dinterventions (limiter les stress chez lanimal, limiter les risques daccidents). Ainsi des formules longue action sont elles souvent privilgies. Des spcialits vtrinaires ont t spcifiquement dveloppes pour les voies locales : collyres, pommades, oblets gyncologiques et surtout prparations intra-mammaires, trs largement utilises pour le traitement et la prvention des mammites des ruminants.

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4. Particularits des productions rgies par des cahiers des charges particuliers Certaines productions animales se rfrent des cahiers des charges bass sur lapplication de certains critres alimentaires, zootechniques et autres. Parmi ceux-ci, lusage des antibiotiques peut faire lobjet de clauses spciales ; ainsi dans les productions franaises labellises ( Label Rouge ), les diffrentes notices techniques stipulent quoutre le programme de prophylaxie tabli en accord avec les Services Vtrinaires comptents et linterdiction dutilisation dantibiotiques en tant quactivateurs de croissance et conomiseurs daliments, les traitements pendant la dure dlevage sont limits aux interventions strictement ncessaires au rtablissement de la bonne sant des sujets et la matrise de la reproduction (httt://www.agriculture.gouv.fr). De la mme manire , le cahier des charges concernant le mode de production et de prparation biologique des animaux et des produits animaux (Rglement europen n 2092/91 modifi) indique clairement que lutilisation de mdicaments vtrinaires allopathiques chimiques de synthse ou dantibiotiques des fins de traitement prventif est interdite . Ce cahier des charges privilgie le recours des produits phytothrapeutiques et homopathiques de prfrence aux mdicaments vtrinaires allopathiques chimiques de synthse. Il est possible de recourir, si ces produits se rvlent inefficaces titre curatif, aux mdicaments vtrinaires sous la responsabilit dun vtrinaire. De plus, le rglement dfinit, pour chaque espce, le nombre maximum de traitements base de mdicaments vtrinaires allopathiques chimiques de synthse ou dantibiotiques autoriss en un an ou par cycle de vie productive, nombre au del duquel les animaux ne peuvent tre commercialiss sous cette appellation. 5. Bonnes pratiques dusage De nombreux guides dusage prudent des antibiotiques ont t publis au niveau national et international. Ces guides dtaillent les responsabilits des leveurs, des vtrinaires, de lindustrie pharmaceutique et des autorits des pays ou rgions. Quelques exemples de guide dusage prudent des antibiotiques figurent ci-aprs au tableau 2. 6. Alternatives Dune manire thorique il est parfaitement envisageable dlever des animaux sans devoir leur donner de traitement antibiotique. Cet objectif peut tre atteint tout dabord en amliorant, lorsque cela est possible, ltat sanitaire des animaux reproducteurs situs au sommet des pyramides de production. Cette mesure est parfaitement raliste pour les animaux monogastriques. Ainsi, dans lespce porcine, certains levages de slection sont de plus en plus frquemment repeupls avec des animaux issus de csarienne, donc indemnes de tout contaminant bactrien et introduits dans des locaux rnovs, sous air filtr afin dviter la rintroduction de contaminants dans llevage (Cariolet et al., 2000). Ces animaux reproducteurs, commercialiss dans les tages infrieurs de la pyramide de production, dans les levages de multiplication et chez les naisseurs-engraisseurs, ont alors un tat sanitaire excellent qui permet de limiter, des usages trs ponctuels, le recours aux anti-infectieux. Par contre, pour les ruminants, il nest pas possible dintroduire des reproducteurs issus dlevages assainis par csarienne, mais llimination des animaux infects latents, en particulier les vaches atteintes de mammites chroniques, permettent de limiter lutilisation des antibiotiques. Ces mesures doivent saccompagner dune politique de ramnagement complet des btiments et des installations dlevage afin de garantir un statut sanitaire de haut niveau. En levage porcin, lamnagement des locaux de faon lever les porcelets du sevrage la vente sans changer de local ni de congnres (systme wean to finish ) est extrmement bnfique sur le plan sanitaire (Pedersen et al., 2000).

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Tableau 2 : Exemples de guide dusage de lantibiothrapie

Organisation OIE CCRVDF FVE Titre Responsible and prudent use of antimicrobial agents in veterinary medicine Code of Practice to Minimize and Contain Antimicrobial Resistance (draft) Rsistance aux antibiotiques et usage prudent des antibiotiques en mdecine vtrinaire Lutilisation des antibiotiques en mdecine vtrinaire (dossier n4) Guide des bonnes pratiques de lantibiothrapie en production animale Guide de bonne utilisation du mdicament vtrinaire Guidelines on the responsible use of antimicrobials in poultry production Guidelines on the responsible use of antimicrobials in pig production Guidelines on the responsible use of antimicrobials in dairy and beef cattle production Guidelines on the responsible use of antimicrobials in sheep production Guidelines on the responsible use of antimicrobials in fish production Rfrences liens Internet (Anthony et al., 2001) http://www.codexalimentarius.net/web/reports.jsp?lang=en http://www.fve.org/index.html?home/changefs.htm&3

SIMV SNGTV

http://www.simv.org/Publications/Dossier4/Index.htm http://www.sngtv.org/

RUMA Alliance

http://www.ruma.org.uk/

http://www.ruma.org.uk/

http://www.ruma.org.uk/

http://www.ruma.org.uk/

http://www.ruma.org.uk/

En complment, lapplication rigoureuse de mesures zootechniques et hyginiques permet galement dassurer une meilleure sant des animaux et par consquent une moindre utilisation de substances activit antibiotique (Chauvin et al., 2005a). Ces mesures doivent prendre en compte les diffrents facteurs mis en exergue par Tillon (Madec, 1994) ds 1988 et notamment : les facteurs humains, car lleveur demeure le matre de son levage et conserve son pouvoir dcisionnel ; celui-ci peut tre parfois trs loign des bonnes pratiques thrapeutiques et, dans ces conditions, lencadrement technique et vtrinaire est essentiel ; les caractristiques du btiment : nature du sol, conditions de ventilation, respect des normes de densit, etc ; lalimentation, dans ses aspects quantitatifs et qualitatifs, lquilibre des rations et la nature des ingrdients utiliss pouvant avoir un impact considrable sur les maladies digestives. La qualit de leau fait partie des points surveiller par ses consquences sur la pathologie digestive en particulier ;

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lorigine des animaux, plus ou moins contamins et plus ou moins rsistants compte tenu de leurs particularits gntiques ; la conduite dlevage, en respectant les mthodes permettant dtablir une marche en avant afin de ne pas contaminer les jeunes animaux, les conditions de bioscurit, la rigueur de la quarantaine tant dans sa dure que dans sa localisation.

Certaines mesures mdicales peuvent galement viter lutilisation intempestive dantibiotiques. Les pratiques vaccinales constituent la mesure probablement la plus efficace. Lintroduction en Norvge en 1992 dun vaccin contre la furonculose des salmonids a t suivie dune rduction trs marque des quantits antibiotiques vendues (Markestad et al., 1997). En France, des observations issues du terrain montrent que le dveloppement de la vaccination contre Mycoplasma hyopneumoniae chez le porc, a permis de rduire la consommation dantibiotiques pendant la priode dengraissement. Cette observation a t confirme par un essai contrl (Le Grand et al., 1996). De mme, la vaccination utilise depuis quelques annes en Amrique du nord contre lilite du porc, une maladie intestinale jusqu prsent contrle uniquement par lusage de macrolides, a permis une rduction importante de la consommation de ces antibiotiques (Maala et al., 2004). De plus, les supplmentations vitaminiques et minrales peuvent aider lorganisme se dfendre. Le rle de la vitamine E et du slnium sur le fonctionnement du systme immunitaire par exemple, est bien tabli (Stoffel et al., 1996; Giadinis et al., 2000). A cot de la vaccination et des traitements antibiotiques, dautres moyens peuvent tre envisags, comme le recours des flores de barrire (Nurmi et al., 1973) ou des additifs alimentaires (acides organiques ou probiotiques par exemple). Des recommandations scientifiques europennes ont t tablies pour valuer la prsence de gnes de rsistance aux antibiotiques ou la production dantibiotiques chez les micro-organismes utiliss comme additifs (SCAN 2001). Sans prtendre lexhaustivit, diffrents traitements peuvent enfin concourir la gurison de lanimal et circonscrire linfection, comme les traitements anti-inflammatoires ou symptomatiques. Ces mesures sont plus anecdotiques et, pour nombre dentre elles, ncessiteraient une valuation scientifique rigoureuse. A retenir : Les antibiotiques sont utiliss avec des objectifs variables qui peuvent tre de gurir des animaux cliniquement atteints ou de prvenir lexpression clinique de la maladie. Lusage dantibiotiques en tant quadditifs en vue damliorer la croissance et les performances des animaux est banni depuis 2006 dans lUnion Europenne. Les traitements antibiotiques ont pour objectifs la matrise des maladies, la restauration ou le maintien du bien-tre animal et la prvention de la transmission des agents pathognes aux autres animaux voire lhomme. Dautres facteurs peuvent concourir la matrise de certaines maladies, tels que la conduite dlevage dans le respect des mesures zootechniques et hyginiques appropries, lemploi de vaccins, lassainissement des troupeaux et la slection gntique. Lusage dadditifs alimentaires, flores de barrire, supplmentations vitaminiques ou traitements adjuvants fait aussi lobjet dinvestigation.

II. Les antibiotiques concerns

1. Inventaire des antibiotiques utiliss et historique dutilisation Les antibiotiques actuellement utiliss en mdecine vtrinaire sont indiqus en annexe 6. En ce qui concerne les mdicaments vtrinaires, les anti-infectieux suivants (Tableau 3) ont t interdits chez les animaux destins la consommation humaine.

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Tableau 3 : Anti-infectieux dont lusage est interdit pour le traitement des animaux dont les productions sont destines la consommation humaine
Principe Actif Chloramphnicol Dapsone Dimtridazole Metronidazole Furazolidone seule Autres nitrofuranes Ronidazole Rglement 1430/94 3426/93 1798/95 613/98 14402/95 2901/93 3426/93 Date 22/06/94 14/12/93 25/07/95 18/10/98 26/06/95 18/10/93 14/12/92

2. Les autres molcules Outre les substances activit antibiotique recommandes pour lutter contre les infections bactriennes animales, dautres produits faisant lobjet dune utilisation dans les pratiques dlevage peuvent avoir des consquences sur lmergence de rsistances aux antibiotiques, selon des phnomnes de co-slection. Les anticoccidiens : les animaux sont parfois atteints de maladies parasitaires ncessitant lutilisation titre prventif ou curatif de molcules actives. Parmi ces produits, les anticoccidiens autoriss (Annexe 4) peuvent parfois prsenter une activit antibactrienne. Les dsinfectants : dans le cadre des procdures de nettoyage et de dsinfection des locaux et du matriel dlevage, des produits activit dsinfectante sont utiliss. Parmi ceux-ci (Annexe 5), certains peuvent galement tre lorigine de lapparition de rsistance. Les antifongiques : quelques mdicaments vtrinaires base dantifongiques sont utiliss pour un usage externe (natamycine, nystatine), gyncologique (nystatine). Les sels de mtaux lourds : les oligo-lments (cuivre, zinc, fer, manganse, cobalt, iode) sont incorpors des supplments nutritionnels. Leur taux dincorporation dans lalimentation animale est fix par les textes relatifs aux additifs. 3. Comparaison des antibiotiques utiliss en mdecine humaine et vtrinaire Les donnes par familles et sous-familles sont prsentes dans le tableau 4, celles dtailles par principe actif sont prsentes dans l annexe 6. Les antibiotiques utiliss en mdecine humaine et vtrinaire appartiennent aux mmes familles et sous-familles. Seule la sous-famille des pleuromutilines (macrolides apparents) est spcifique la mdecine vtrinaire, avec la fumagiline, la novobiocine et le thiostrepton. Dautres familles ou sous-familles sont spcifiques la mdecine humaine ; il sagit des : - Pnicillines anti-pyocyaniques (carboxypnicillines, uridopnicillines), - Carbapnmes - Monobactames - Antibiotiques glycopeptidiques - Ktolides (macrolides apparents) - Synergistines/Streptogramines (macrolides apparents). - Mupirocine - Oxazolidinones (linzolide) - Clofazimine - Clofoctol * - Dapsone - Fosfomycine - Fusafungine * - Gramicidine * * Molcules en cours de rvaluation (retraits/abrogations en cours de discussion).

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A retenir Les antibiotiques utiliss en mdecine humaine et vtrinaire appartiennent diffrentes familles et sous-familles, communes lhomme et lanimal ; lexception de quelques sousfamilles utilises exclusivement en mdecine humaine et dune sous-famille propre la mdecine vtrinaire.

III. Les mthodes et outils de suivi des utilisations des antibiotiques

1. Les mthodes de recueil de donnes 1.1. Donnes requises Le recueil de donnes relatives lutilisation des antibiotiques doit permettre de quantifier et dcrire les divers usages tels quils ont t prsents prcdemment. Il sagit de pouvoir dterminer, partir de donnes quantitatives et qualitatives fiables, les antibiotiques employs, leur quantit, les modalits, les volutions et les disparits gographiques. Il est pour cela ncessaire de recueillir tous les lments relatifs lusage des antibiotiques en tant en mesure de les classer par : antibiotique ou famille antibiotique, type dusage (additif ou mdicament vtrinaire), voie dadministration (voie orale, parentrale, intra-mammaire, externe), espce animale, type dlevage, stade physiologique, ge, indication, anne, saison, mois, rgion ou secteur gographique. Cette liste est une liste optimale ncessitant un recueil de donnes dtailles difficile raliser. Une liste minimale a donc t tablie dans le cadre de recommandations (Code sanitaire pour les animaux terrestres 2003 ; joint FAO/OIE/OMS consultation). Par ordre de priorit dcroissant, les quantits dantibiotiques doivent pouvoir tre exprimes en kilogrammes, par substance active ou par famille dantibiotiques et anne. La distinction doit pouvoir tre faite entre un usage titre dadditif ou de mdicament vtrinaire. Les diffrentes voies dadministration doivent galement pouvoir tre identifies. 1.2. Sources de donnes Plusieurs sources dinformations peuvent tre identifies chaque tape du processus de distribution des antibiotiques et employes dans le suivi de leurs utilisations. Fabrication, exploitation et distribution en gros Les fabricants, les exploitants et les distributeurs en gros du mdicament vtrinaire, par lenregistrement de leur production et de leur ventes, constituent un premier niveau pour ce recueil de donnes. Prescription La prescription vtrinaire, matrialise par une ordonnance est, en France, obligatoire pour toute dlivrance dantibiotiques (cf. partie rglementation). Les ordonnances constituent donc une seconde source dinformations dtailles (telles que nom dpos, posologie, animaux destinataires) dont laccs est conditionn par les obligations existantes de leur enregistrement et de leur conservation par le prescripteur et lleveur. Dlivrance La dlivrance est assure par des ayant-droit dont la nature peut varier selon les lgislations nationales. Cette dlivrance constitue une transaction commerciale et donne lieu la dlivrance dune facture et, dans le cas dun aliment mdicamenteux, dun bon de livraison stipulant la composition de laliment. Elle fait en outre lobjet dun enregistrement par les fournisseurs.

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Tableau 4 : Familles et sous-familles des antibiotiques ayant une AMM en thrapeutique humaine/thrapeutique animale pour toutes les voies dadministration autorises et commercialises au moins une fois entre 1999 et 2003 (janvier 2004).
Antibiotique ayant une AMM chez lhomme Bta-lactamines Pnicillines Pnicillines sensibles aux pnicillinases Pnicilline G Pnicilline V Pnicillines rsistantes aux pnicillinases Pnicillines M Pnicillines spectre largi Pnicillines A Pnicillines anti-pyocyaniques carboxypnicillines ureidopnicillines Cphalosporines Cphalosporines de premire gnration Cphalosporines de deuxime gnration Cphalosporines de troisime gnration Autres Carbapenemes Monobactames Cyclines Aminosides Macrolides et apparents Macrolides Lincosamides Pleuromutilines Ketolides Synergistines/streptogramines Quinolones Quinolones de premire gnration Quinolones de deuxime gnration - Fluoroquinolones Furanes Phnicols Trimthoprimes Polymyxines Sulfamides X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X Antibiotique ayant une AMM chez lanimal X X X X X X X X

X X X X

X X X X X X

X X X X X X X X

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Tableau 4 (suite) Familles et sous-familles des antibiotiques ayant une AMM en thrapeutique humaine/thrapeutique animale pour toutes les voies dadministration autorises et commercialises au moins une fois entre 1999 et 2003 (janvier 2004).
Divers antibactriens Antibiotiques glycopeptidiques X Imidazols X X Anti-tuberculeux X X** Autres Acide fusidique X X Bacitracine X X Clofazimine X Clofoctol* X Dapsone X Fosfomycine X Fumagilline X Fusafungine* X Gramicidine* X Novobiocine X Mupirocine X Oxazolidinones (linzolide) X Thiostrepton X Thyrotricine X X *Molcules en cours de rvaluation (retraits/abrogations en cours de discussion) **le traitement antibiotique en cas de tuberculose est interdit en mdecine vtrinaire ; une molcule antibiotique classe dans la famille des antituberculeux est autorise dans le traitement des mammites (Annexe 6).

Administration Toute administration dantibiotiques aux animaux doit donner lieu une transcription sur le registre dlevage selon la rglementation en vigueur relative au registre dlevage6. Ce registre, dtenu dans llevage, est une source consultable dinformations dtailles (telles que date dadministration, traitement, animal, motif, dose). En levage de volailles de chair, la conjonction de lapplication des rglementations sur le registre dlevage et sur linspection ante-mortem des volailles (arrt du 8 septembre 2000, JO du 23 septembre 2000 p. 14977) donne lieu une transmission labattoir destinataire des volailles, au moins 48 heures avant abattage, de documents nomms Fiches sanitaires dlevage , rcapitulant les traitements administrs aux volailles et les caractristiques zootechniques du lot. Lensemble des sources de donnes identifies, leur localisation ainsi que les informations quelles contiennent sont synthtises dans lannexe 7. Lorganisation des systmes de distribution des mdicaments vtrinaires tant variable selon les rglementations nationales, tous les intervenants susceptibles dtre sollicits et interrogs et tous les documents susceptibles dtre consults ou collects peuvent ne pas coexister au sein de toutes les nations. Linventaire des dispositifs de surveillance est prsent au paragraphe 4.

1.3. Contraintes oprationnelles En labsence dune informatisation gnralise des acteurs concerns par lutilisation des antibiotiques, la multiplicit des localisations dun mme type de donnes constitue un premier obstacle une collecte exhaustive des informations. Seul un chantillonnage dlevages peut faire lobjet dune consultation et dune analyse des registres dlevage ou des factures. Une analyse de la variabilit des usages selon la localisation gographique des levages, le type de production ralis, lunit de temps (mois, saison, anne), ncessite de prendre en compte ces diffrents paramtres dans la constitution de lchantillon et la dfinition du rythme de recueil. La consultation de documents en levage est alors peu

Arrt du 5 juin 2000, JO du 25 juin 2000, p 9613.

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compatible avec linclusion de nombreux levages, de rgions distantes et sur plusieurs units de temps. Lensemble de ces contraintes et les disparits nationales entranes par lhtrognit des systmes de distribution du mdicament vtrinaire et de lorganisation des filires de production animale, ont conduit lOffice International des Epizooties mettre des lignes directrices pour la surveillance de lutilisation des antibiotiques en levage (Nicholls et al., 2003) recommandant la mise en pratique dun systme national minimal simple de recueil des donnes de ventes sur le territoire national ; complt si possible par dautres dispositifs tels que des enqutes ponctuelles cibles sur la collecte de donnes dtailles par espce, motif, etc. 1.4. Les systmes existants en France 1.4.1.Recueil des quantits utilises Suivi national des ventes de mdicaments vtrinaires Depuis 1999, un suivi national des ventes de mdicaments vtrinaires contenant des antibiotiques a t mis en place. LAgence nationale du mdicament vtrinaire (ANMVAfssa), en collaboration avec le syndicat de lindustrie du mdicament vtrinaire et ractif (SIMV), recueille chaque anne auprs de chaque entreprise titulaire dune autorisation de mise sur le march, le nombre dunits vendues pour chaque prsentation de chaque mdicament. Ces donnes ensuite converties en quantit pondrale de matire active, daprs la composition des units commerciales, permettent de calculer les quantits vendues par familles dantibiotiques espces de destination (animaux de compagnie et/ou animaux producteurs de denres), voie dadministration. Dans cette tude, lutilisation hors AMM de spcialits humaines ou de prparations extemporanes dans le cadre des dispositions de la cascade (article L. 5143-4 du Code de la Sant Publique) nest pas prise en compte. Il en est de mme pour dventuelles utilisations frauduleuses. Suivi des utilisations des additifs antibiotiques et coccidiostatiques La Direction gnrale de lalimentation du Ministre de lagriculture et de la pche assure, en collaboration avec le Syndicat national des producteurs dadditifs et dingrdients alimentaires, le recueil auprs des tablissements agrs ou enregistrs pour la fabrication daliments pour animaux, des quantits dadditifs utilises en France. 1.4.2. Suivi des utilisations en levages Enqutes ponctuelles Afin de collecter des donnes descriptives sur la prescription et lutilisation des antibiotiques en levage, plusieurs enqutes ponctuelles, parfois rgulirement reconduites, sont mises en uvre. Elles visent collecter des informations prcises et cibles. Les posologies prescrites et les motifs de prescription dans lespce porcine ont t tudis au travers dun chantillon de prescriptions recueilli par sondage postal auprs des vtrinaires praticiens (Chauvin et al., 2002), Lexposition des animaux au cours de leur levage, selon leur ge et la nature des antibiotiques employs a t tudie par des suivis dlevages porcins avec enregistrement des administrations par lleveur (Afssa). La nature des antibiotiques utiliss en levage de volailles, la variabilit des quantits utilises et les facteurs susceptibles dinfluencer ces quantits, sont tudis par lanalyse des factures dachat consultes dans un chantillon reprsentatif dlevages (Chauvin et al., 2005a). Systme prenne de surveillance des utilisations Un observatoire prenne des consommations dantibiotiques en levage de volailles de chair a t mis en place en septembre 2003 ; il se fonde sur le recueil des fiches sanitaires dlevage , chantillonnes en abattoirs de volailles. Lexposition denviron 10% des lots de volailles abattues dans la rgion Bretagne est ainsi mensuellement suivie au travers de

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lenregistrement des traitements dclars (substance active, ge des animaux, espce, type de production, localisation gographique, dure du traitement). 1.5 Les systmes existants ltranger La plupart des systmes ont t mis en place dans les annes quatre-vingt-dix, avec un fonctionnement similaire bas sur le recueil annuel des ventes auprs des fabricants ou des grossistes. Des exemples de systmes nationaux de surveillance de lutilisation des antibiotiques sont prsent en annexe 8. Seul le Danemark dispose dun systme de recueil exhaustif des utilisations dantibiotiques lchelle de llevage, nomm VetStat (Stege et al., 2003). Les dispositifs de recueil de donnes non-exhaustifs, cibls sur quelques espces ou productions, consistent gnralement en des tudes scientifiques ponctuelles dont les principes sont plus htrognes. En labsence de dispositifs de recueil de donnes, il convient de signaler que des estimations des quantits dantibiotiques utilises ont toutefois t ralises dans certains pays tels que les Etats-Unis (Mellon et al., 2001) ou la France (Raymond et al., 1998, donnes du SIMV, audition des reprsentants du SIMV par le groupe de travail, le 5 juillet 2004) pour toutes ou certaines productions animales. Les estimations reposent sur la combinaison de celles de la prvalence des maladies infectieuses donnant lieu un traitement antibiotique, des consommations daliments mdicamenteux, des effectifs de populations consommatrices, de la quantit de matire active utilise pour chaque traitement, de la quantit incorpore aux aliments et des quantits daliment consommes. Les rsultats sont conditionns par la prcision des estimations des paramtres requis. La difficile prise en compte de toutes les maladies et de la variabilit des pratiques thrapeutiques fait surtout de ces estimations des indicateurs de lordre de grandeur des quantits utilises. 2. Les units dexpression 2.1. Les diffrentes units de mesure Plusieurs units peuvent tre employes afin de quantifier lutilisation des antibiotiques (Chauvin et al., 2001). Lensemble des units susceptibles dtre rencontres et le dtail de leurs caractristiques est prsente en annexe 9. Elles peuvent tre classes en : Units montaires. Ces units refltent le cot des antibiotiques pour lleveur ou le chiffre daffaires ralis par les entreprises du mdicament vtrinaire. Si ce sont des chiffres clefs pour les approches conomiques et comptables des professionnels suscits ce sont de pitres reflets de la pression thrapeutique exerce par les antibiotiques, car la diversit des prix est importante entre les familles dantibiotiques, les prsentations commerciales et les espces destinataires. Units pondrales. Ces units dcrivent la quantit de matire active utilise en unit de masse internationale. La majorit des antibiotiques sexprime aisment dans cette unit ( lexception de quelques principes actifs quantifis en units internationales (UI) convertibles en units pondrales selon des coefficients prtablis) partir des compositions des units commerciales utilises ou vendues. Ceci explique le trs large emploi de cette unit tant lchelle dune nation que dun levage. Units commerciales. Ces units sont relatives aux nombres de prsentations commerciales changes. Elles sont principalement utilises en tant quunits transitoires de recensement, par les entreprises interlocutrices des organismes assurant la surveillance des ventes nationales ou les ayant-droits assurant la dlivrance des spcialits antibiotiques aux leveurs. Elles permettent terme dtablir une quantification en unit pondrale ou montaire partir des compositions et prix de vente des spcialits antibiotiques considres. Units dcrivant lactivit thrapeutique des antibiotiques. Ces units tendent reflter la pression thrapeutique exerce au travers des consommations antibiotiques. Dfinies par rapport un standard (les ttracyclines pour la potency unit) ou un rfrentiel thrapeutique (dose journalire requise pour le traitement dentretien,

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applique par les prescripteurs (pour la Prescribed Daily Dose, PDD), recommande (pour lAnimal Daily Dose, ADD) ou dfinie par un panel dexperts (pour la Defined Daily Dose, DDD) elles permettent de saffranchir des diffrences de posologie et de prix. Il est alors possible de raliser une comparaison entre les quantits mesures, indpendamment de la famille dantibiotiques considre. Lusage des DDD fait lobjet de recommandations et rflexions internationales (Nicholls et al., 2003; Anonymous, 2005). Cependant, en labsence dune procdure harmonise de fixation de DDD et de standard internationalement reconnu, seules quelques valeurs de doses journalires nationales ou ADD ont t dfinies et publies linitiative de quelques nations, pour des espces animales, des antibiotiques et des systmes de production particuliers (Jensen et al., 2004). Cependant, un processus de discussion et de dfinition de DDD animales a t initi par le centre collaborateur de lOMS, permettant le dmarrage de ltude des DDD, pour quelques espces et quelques molcules. 2.2. Les indices de mesure des consommations Quelques indices permettent de mesurer lintensit de lexposition des animaux aux antibiotiques. Ils reposent sur le rapport entre la population utilisatrice ou la quantit utilise et la population potentiellement utilisatrice. Le dnominateur de ce rapport correspond au nombre danimaux dune bande, dun lot, dun levage, dune rgion ; il peut tre standardis sur le temps de prsence des animaux en lexprimant en animal-jour ou animal-anne. Dautres dnominateurs sont frquemment utiliss, principalement pour lapprciation conomique des dpenses dites de sant : la surface en m de btiments dlevage en production de volailles, la taille du cheptel danimaux reproducteurs en levage de porcs, la quantit de poids vif ou de poids de carcasse, la quantit de lait produite en levage laitier. Le numrateur de ce rapport peut tre une quantit exprime en toute unit prcdemment prsente. Il peut aussi sagir du nombre danimaux exposs un antibiotique afin de dterminer un pourcentage dutilisateurs . Ces indices sont peu employs, lexception de quelques tudes ralises en levage, car ils ncessitent un recueil de paramtres rarement disponibles tels que les effectifs des populations animales potentiellement consommatrices. 3. Lanalyse et linterprtation des donnes Lanalyse et linterprtation des donnes dutilisation des antibiotiques en levage doivent tenir compte des modalits de collecte et dexpression des donnes prsentes prcdemment. Lors de collecte des donnes de vente auprs des fabricants ou distributeurs de mdicaments vtrinaires, lANMV garantit lexhaustivit du systme et la qualit des informations produites en ce qui concerne les mdicaments vtrinaires disposant dune AMM. Cependant, lutilisation hors AMM de spcialits humaines ou de prparations extemporanes dans le cadre des dispositions de la cascade (article L. 5143-4 du Code de la Sant Publique) nest pas prise en compte. Il en est de mme pour dventuelles utilisations non autorises. Par ailleurs, le suivi des ventes dantibiotiques en France ne prend pas en compte les changes dans les zones frontalires ou lors dimportations illgales. Lexistence et lapplication dune rglementation relative la distribution et lutilisation du mdicament vtrinaire peuvent ainsi conditionner la qualit des donnes recueillies lchelle dune nation. Le suivi des utilisations en levage peut rarement prtendre lexhaustivit, il doit cependant sefforcer dtre reprsentatif. Lorsque les enregistrements pr-existent (factures, registres dlevage), le tirage au sort des levages inclus est ralisable. Lorsque la mthode denregistrement des donnes dutilisation nest pas pr-existante dans tous les levages et quelle requiert limplication de lleveur, le volontariat de ce dernier conditionne linclusion de llevage. Dans tous les cas, lorsque lenregistrement repose sur les dclarations ou notifications de lleveur il peut tre entach de biais de mmorisation ou de prvarication, domissions pouvant entraner une sous-estimation importante des quantits antibiotiques utilises (Dunlop et al., 1998a; Bair, 2003).

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Quelle que soit la mthode de recueil de donnes employe, lexpression des quantits mesures doit, pour pouvoir tre correctement interprte et compare, tre accompagne dindications relatives aux populations animales potentiellement consommatrices correspondantes. Toute modification des effectifs pourra elle seule entraner des volutions de quantits utilises. Les effectifs danimaux susceptibles davoir consomm les quantits antibiotiques mesures, pendant la priode et dans la rgion considres, ainsi que les particularits nationales ou rgionales de production (ge et poids lors de labattage) doivent tre rapports et pourraient tre consults par le lecteur. Cependant, la dclaration conjointe pour chaque espce animale, des quantits utilises et des effectifs correspondants nest pas toujours possible. Lexistence de mdicaments vtrinaires destins plusieurs espces peut rendre difficile lestimation par espce des consommations partir des ventes nationales dantibiotiques (Anonymous, 2003a). Lexpression des consommations globales en kilogrammes constitue aussi une difficult linterprtation des diffrences temporelles ou gographiques dutilisation des antibiotiques. La substitution de lutilisation dun antibiotique par un autre, dont les doses sont plus faibles (requrant alors moins de matire active pour un nombre de traitements quivalent) peut conduire une diminution apparente des quantits dantibiotiques utilises (Mudd et al., 1998). Lemploi des DDD, recommand pour tenir compte des diffrences de posologies, ncessite la connaissance des consommations par espce. Lusage des DDD est donc ce jour principalement limit aux donnes recueillies en levage. Mais labsence dharmonisation internationale des DDD constitue un ultime frein la comparaison de donnes ainsi exprimes, notamment lorsque leurs valeurs ne sont pas clairement indiques. Les posologies et poids des animaux pris en compte peuvent diffrer grandement. Un dfaut dharmonisation rside aussi dans la dfinition des diffrentes familles antibiotiques. Certaines distinctions entre classes de principes actif ne sont pas faites dans tous les pays et des intituls similaires recouvrent parfois des substances actives diffrentes. La classification ATCvet7 a t propose (Dahlin et al., 2001) et recommande (Anonymous, 2005). Son usage est principalement limit aux pays scandinaves, la codification des substances proposes pouvant prsenter des inconvnients pratiques (par exemple, la multiplicit des codes pour une mme substance). A retenir Le suivi des utilisations antibiotiques chez lanimal se heurte la difficult de dfinir une mthodologie de recueil et dexpression des donnes optimales. La multiplicit des acteurs de lutilisation des antibiotiques et labsence dinformatisation centralise de ceux-ci saccompagnent dune grande varit de sources dinformations. La richesse de ces sources en informations dtailles, utiles une description fine des pratiques dutilisation, est inversement proportionnelle leur accessibilit lchelle nationale. Plusieurs niveaux dinformations sont ainsi exploits en France au travers dun recueil global des quantits vendues par les industries pharmaceutiques et denqutes conduites auprs dleveurs et prescripteurs. La quantification et lanalyse des donnes recueillies ncessite le choix dune unit dexpression des consommations antibiotiques. Si les units dcrivant lactivit thrapeutique des antibiotiques (telles que les defined daily dose ) semblent tre les plus appropries, leur utilisation se heurte la multiplicit des espces animales. Lusage des units pondrales est majoritaire et demeure le standard international de publication de rsultats de plans nationaux de surveillance de lusage des antibiotiques.

La classification ATCvet est disponible sur le site : http://www.whocc.no/atcvet/

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IV Les quantits dantibiotiques utilises

1. Donnes gnrales 1.1. Utilisations vtrinaires Les additifs antibiotiques et coccidiostatiques Les quantits annuelles dantibiotiques additifs et coccidiostatiques utilises dans lalimentation animale sont recueillies par les Services Vtrinaires auprs de l'ensemble des tablissements agrs ou enregistrs pour la fabrication d'aliment pour animaux, sur le territoire national. Ceux-ci doivent communiquer les quantits d'additifs contenant des agents antimicrobiens utiliss pour la fabrication d'aliments consomms en France (les quantits utilises pour les fabrications destines l'exportation ne sont pas comptabilises). Ces enqutes sont en cours ; ce jour, aucune donne na t officiellement publie. Les mdicaments vtrinaires Le suivi de lutilisation des antibiotiques en mdecine vtrinaire est bas sur le volontariat des laboratoires commercialisant des mdicaments et a t ralis dans le cadre dune convention avec le ministre de lagriculture et de la pche. Le protocole de ce suivi a t finalis en lien avec le Syndicat de lIndustrie du Mdicament Vtrinaire et ractif (SIMV). Le principe de cette tude est bas sur lenvoi dun questionnaire par lAgence Nationale du Mdicament Vtrinaire (ANMV) tous les titulaires dune autorisation de mise sur le march. Pour chaque prsentation de chaque mdicament, et donc pour chaque numro CIP, le nombre dunits vendues doit tre indiqu pour la priode comprise entre le 1er janvier et le 31 dcembre de lanne n-1. Les chiffres de vente de chaque prsentation ont t croiss avec les donnes disponibles dans la base de donnes de lANMV (composition qualitative et quantitative, forme pharmaceutique, contenance des prsentations destines la vente, espces de destination) concernant chaque mdicament. Des calculs ont ensuite t effectus afin dobtenir la quantit vendue en masse de matire active. Ce suivi couvre la totalit des mdicaments autoriss contenant des antibiotiques, de rares exceptions prs. Il convient de rappeler que lutilisation hors AMM de spcialit humaine ou de prparation extemporane dans le cadre des dispositions de la cascade ne sont pas prises en compte. Toutefois, il est noter que la consommation dantibiotiques provenant de spcialit humaine ou de prparation extemporane devrait vraisemblablement tre rduite dans la mesure o, rglementairement, ce cas de figure ne peut tre envisag que sil nexiste aucune spcialit vtrinaire pour la mme espce ou la mme pathologie. Ces donnes ne prennent pas en compte dventuelles utilisations non autorises. Le tableau 5, recense les rsultats ainsi obtenus par famille antibiotique de 1999 2002. Ces chiffres indiquent une diminution de plus de 6% des tonnages vendus de mdicaments contenant des antibiotiques depuis 2000. Quatre familles dantibiotiques (ttracyclines, sulfamides, bta-lactamines et macrolides) reprsentent environ 80% du tonnage vendu. Les ttracyclines reprsentent elles seules prs de la moiti du total des ventes. La variation des tonnages en matire de fluoroquinolone est minime (moins dune tonne). Il convient de prciser quen matire de rsistance pour cette famille, il faut envisager non seulement les tonnages de fluoroquinolones mais aussi de quinolones. Pour les quinolones, il y a une diminution de 34 tonnes sur la mme priode. Au total il y aurait donc une diminution des ventes dantibiotiques de la famille des quinolones. La figure suivante (Figure 1) permet de visualiser lvolution des ventes (en tonnage) par famille dantibiotiques de 1999 2002. 1.2. Utilisations en mdecine humaine Les donnes dutilisation des antibiotiques sont tablies en France par lAfssaps dans le cadre du programme ESAC (Programme ESAC, European Surveillance of Antibiotic

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Consumption8). Les donnes de consommation ncessaires au projet sont exprimes en DDD (Defined Daily Dose) selon la classification ATC (Anatomical Therapeutic Chemical) de lOMS par an, diffrencies entre ville et hpital. Une expression des ventes des antibiotiques en mdecine humaine en "tonnes" a t effectue afin de pouvoir comparer les donnes selon une mme unit de comparaison, le tonnage tant l'unit utilise en mdecine vtrinaire. La classification des antibiotiques par familles a t modifie afin de considrer les familles ou sous-familles dintrt en mdecine vtrinaire. Le tableau 6 rapporte les rsultats ainsi exprims, relatifs aux spcialits utilises par voie systmique. 1.3. Comparaison des usages En vue de comparer les tonnages dantibiotiques utiliss en mdecine humaine et en mdecine vtrinaire, il a t procd une harmonisation des modalits de calcul et un regroupement des donnes par famille en tenant compte des contraintes de recueil des informations au niveau humain et vtrinaire. Compte tenu des regroupements effectus les chiffres de vente des antibiotiques vtrinaires peuvent diffrer de ceux des rapports originaux de ventes dantibiotiques. La figure 2 suivante, permet de visualiser lvolution des ventes dantibiotiques utiliss en mdecine humaine, en tonnes, de 1999 2002. Comparaison des tonnages Le tableau 7 compare, pour lanne 2002, les tonnages utiliss dans les deux populations animales et humaines, Ces donnes sont reprsentes figures 3 et 4. Comparaison des usages par kilogramme de masse corporelle Afin de comparer les utilisations des diffrentes familles antibiotiques chez lhomme et dans les espces animales, le rapport de la quantit de principe actif utilis sur la masse corporelle des utilisateurs potentiels a t calcul. Le dnominateur masse corporelle dans lespce humaine a t calcul partir des recensements de la population franaise par sexe et age (Source INSEE, site internet consult9. Le poids moyen des individus considr, pour chaque ge selon le sexe, est issu des donnes collectes dans les centres dexamens de sant IRSA CPAM 10. Ces poids moyens ont t considrs constants sur la priode 1999-2002. Le dnominateur masse corporelle dans les espces animales a t calcul partir des donnes de recensements agricoles (Source SCEES)11 pour les espces majeures dlevage, partir des sondages sur le taux de possession danimaux familiers (source Sofres Facco) ainsi quavec les donnes de recensement des interprofessions piscicoles et de gibier dlevage. Le poids moyen des animaux adultes a t considr ou le poids par classe dage et stade physiologique, Il a t tenu compte du nombre de portes par reproducteur et par an lorsque seule une estimation ponctuelle des effectifs danimaux dont le cycle de production est infrieur un an tait disponible. Linventaire des espces considres et des donnes calcules est prsent en annexe 10. Le tableau 8 indique les dnominateurs ainsi calculs de 1999 2002 pour les populations humaines et animales. Le tableau 9 et la figure 5, ci-dessous, indiquent en mg/kg de masse corporelle, lusage annuel des diffrentes familles dantibiotiques considres dans les populations humaines et animales. Le tonnage total utilis en mdecine vtrinaire en 2002 (1295 tonnes) est 1,8 fois plus important que le tonnage total des antibiotiques utilis en mdecine humaine (728 tonnes). Cependant si on prend en compte la masse corporelle totale potentiellement traite par an dans les populations animales et humaines, on constate que le rapport sinverse et est de 2,7 entre les quantits vendues chez lhomme en mg/kg et celles vendues chez lanimal (201 mg/kg/an chez lhomme pour 75 mg/kg/an chez lanimal).
http://www.ua.ac.be/main.asp?c=*ESAC http://www.ined.fr/population-en-chiffres/france/ 10 Institut inter-Rgional pour la sant, prvention et sant publique, examens IRSA CPAM, S. Vol, 2001 ge 19-74 ans, poids en fonction de lge, 32352 hommes et 36138 femmes, 11pp., et Distributions de poids, taille et corpulence de 6 9 ans et de 10 18 ans, 45 rue de la Parmentire, 37521 La Riche. 11 http://www.agreste.agriculture.gouv.fr/
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La comparaison des tonnages des diffrentes familles dantibiotiques indique que les familles les plus utilises ne sont pas identiques en mdecines humaine et vtrinaire. Cependant, compte-tenu des diffrents types dutilisation, des diffrentes espces animales concernes et de leur dure de vie variable, la comparaison des usages entre mdecine humaine et vtrinaire a une signification toute relative. Par contre cette collecte de donnes tant en mdecine humaine que vtrinaire est importante dans un contexte dtude de lvolution des ventes au cours du temps.

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Tonnes

700

600

1999
500

2000 2001 2002

400

300

200

100

Macrolides et apparents

Sulfamides et trimthoprimes

Ttracyclines Ttracyclines

Nitrofuranes

Phnicols

Figure 1 : Evolution des ventes, exprimes en tonnage, de 1999 2002 des diffrentes familles dantibiotiques utilises en mdecine vtrinaire (source Afssa/ANMV)

Tonnes

700

600

1999 2000 2001 2002

500

400

300

200

100

Macrolides et apparents

Aminosides antibactriens

Phnicols

Sulfamides et trimthoprimes

res antibactriens Autres antibactriens

Betalactamines

Aminosides

Quinolones

Autres Betalactamines

Nitrofuranes

FluoroQuinolones FluoroQuinolones Quinolones

Autres btalactamines

Polymyxines

Figure 2 : Evolution des ventes, exprimes en tonnage, de 1999 2002 des diffrentes familles dantibiotiques utilises en mdecine humaine (source Afsaps).

Betalactamines

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Polymyxines

Tableau 5 : Tonnage dantibiotiques vendu en France, de 1999 2002, en mdecine vtrinaire (Source ANMV).
Classe dantibiotiques Aminosides antibactriens Betalactamines Autres Betalactamines a Macrolides, lincosamides et streptogramines Nitrofuranes Phnicols Polymyxines Quinolones FluoroQuinolones Sulfamides et trimthoprimes Ttracyclines Autres antibactriens b TOTAL a Cphalosporines, b Acide fusidique, Imidazols 1999 77,70 112,97 6,15 92,54 0,04 4,74 64,77 21,19 3,29 305,08 627,65 1,71 1 317,83 2000 85,81 120,38 6,05 107,55 0,04 5,12 67,68 17,35 3,69 312,85 659,10 1,71 1 387,32 2001 88,86 118,00 6,54 120,46 0,03 4,94 68,68 17,34 4,06 281,90 669,19 1,61 1 381,61 2002 86,82 117,21 7,21 129,36 0,03 5,64 65,45 17,15 4,14 259,54 600,98 1,72 1 295,25

Tableau 6 : Tonnage dantibiotiques vendu en France, de 1999 2002, en mdecine humaine pour un usage systmique (Source Afssaps).
Classe dantibiotiques Aminosides antibactriens Betalactamines Autres Betalactamines a Macrolides, lincosamides et streptogramines Nitrofuranes Phnicols Polymyxines Quinolones FluoroQuinolones Sulfamides et trimthoprimes Ttracyclines Autres antibactriens b TOTAL 1999 Officine 0,50 398,09 102,13 119,08 1,13 0,05 0,60 4,01 27,65 24,77 12,89 7,17 Hpital 0,96 49,99 24,98 6,31 0,05 0,01 0,39 0,36 4,41 2,30 0,10 11,59 2000 Officine 0,52 371,09 87,84 123,02 1,17 0,05 0,86 3,87 30,40 22,92 12,93 7,71 Hpital 1,99 45,65 25,34 5,95 0,05 0,01 0,41 0,31 4,42 2,24 0,18 17,08 2001 Officine 0,39 370,04 74,92 121,66 1,23 0,03 0,92 3,27 30,97 21,45 11,97 8,63 645,49 Hpital 1,90 50,92 16,32 5,66 0,05 0,01 0,37 0,26 5,16 2,05 0,96 19,97 103,65 2002 Officine 0,24 369,14 62,35 104,71 1,28 0,03 0,98 4,08 29,48 19,87 13,55 18,99 624,70 Hpital 1,53 53,16 13,95 5,53 0,06 0,01 0,36 0,23 4,59 1,60 0,22 22,69 103,92

698,07 101,44 662,37 103,63 Monobactams, Carbapnmes b Glycopeptides, Acide fusidique, Imidazols, Fosfomycine, Linzolide, Clofoctol
a Cphalosporines,

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Tableau 7 : Tonnages dantibiotiques vendus en 2002, en mdecine humaine et vtrinaire, et part relative des deux populations dans le tonnage de chaque famille dantibiotiques (Sources Afssaps, ANMV).
Tonnage vendu dans les populations humaines animales 1,77 86,82 422,30 117,21 76,30 7,21 110,24 129,36 1,33 0,03 0,04 5,64 1,34 65,45 4,30 17,15 34,08 4,14 21,47 259,54 13,77 600,98 41,68 1,72 728,62 1 295,25 Rpartition (%) du tonnage total entre les populations humaines animales 2,00 98,00 78,28 21,72 91,37 8,63 46,01 53,99 97,80 2,20 0,70 99,30 2,00 98,00 20,05 79,95 89,17 10,83 7,64 92,36 2,24 97,76 96,04 3,96 36,76 63,24

Classe dantibiotiques Aminosides antibactriens Betalactamines Autres Betalactamines a Macrolides, lincosamides et streptogramines Nitrofuranes Phnicols Polymyxines Quinolones FluoroQuinolones Sulfamides et trimthoprimes Ttracyclines Autres antibactriens b TOTAL
a Cphalosporines, b

Monobactams, Carbapnmes Glycopeptides, Acide fusidique, Imidazols, Fosfomycine, Linzolide, Clofoctol

Tableau 8 : Masse corporelle, exprime en kilogrammes, des populations totales, humaines et animales, potentiellement traites par des antibiotiques, de1999 2002.
1999 Population humainea
a

2000 3 600 983 952 17 340 667 135

2001 3 589 672 778 17 806 250 500

2002 3 608 347 850 17 245 034 350

3 582 115 285

Population animale 17 245 985 990 er au 1 janvier de lanne considre

Tableau 9 : Ventes annuelles dantibiotiques, de1999 2002, rapportes la masse corporelle de la population humaine ou animale considre, exprimes en milligramme de principe actif par kilogramme de masse corporelle (Sources Afssaps, ANMV).
Classes dantibiotiques Aminosides antibactriens Betalactamines Autres Betalactamines Macrolides, lincosamides streptogramines Nitrofuranes Phnicols Polymyxines Quinolones Fluoroquinolones Sulfamides et trimthoprimes Ttracyclines TOTAL Usage en mdecine vtrinaire 1999 2000 2001 2002 4,51 6,55 0,36 et 5,37 0,27 3,76 1,23 0,19 17,69 36,39 76,41 6,20 0,30 3,90 1,00 0,21 18,04 38,01 80,00 6,77 0,28 3,86 0,97 0,23 15,83 37,58 77,59 7,50 0,33 3,80 0,99 0,24 15,05 34,85 75,11 4,95 6,94 0,35 4,99 6,63 0,37 5,03 6,80 0,42 Usage en mdecine humaine 1999 2000 2001 0,41 0,7 0,64 125,09 115,73 117,27 35,48 31,43 25,42 35 0,33 0,02 0,28 1,22 8,95 7,56 3,63 223,2 35,81 0,34 0,02 0,35 1,16 9,67 6,98 3,64 212,72 35,47 0,36 0,01 0,36 0,99 10,07 6,55 3,6 208,69 2002 0,49 117,03 21,15 30,55 0,37 0,01 0,37 1,19 9,44 5,95 3,82 201,93

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700

600

usage vtrinaire usage humain

500

400

300

200

100

Figure 3 : Parts des mdicaments humains et vtrinaires dans les ventes des familles dantibiotiques en 2002.

100% 90% 80% 70% 60% 50% 40% 30% 20% 10% 0%

Figure 4 : Part relative du tonnage total des diffrentes familles dantibiotiques, des mdicaments humains et vtrinaires dans les ventes enregistres en 2002.

Be tal ac tam Au tre ine sB s eta lac Ma tam cro ine lid es s et ap pa re nt s Ni tro fur an es Ph n ico ls Po lym yx ine s Qu ino lon es Flu or Su o Qu lfa ino mi de lon se es t tr im th op rim es T tra cy cli ne s
usage vtrinaire usage humain

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Am ino

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2. Donnes par espce 2.1. Estimations quantitatives Le recueil des quantits de mdicaments antibiotiques utilises dans les diffrentes espces animales se heurte, - dune part, lexistence de spcialits pharmaceutiques multi-espces, pour lesquelles les donnes de ventes nationales ne permettent pas dimputer, avec certitude, leur usage lune ou lautre des espces potentiellement destinataires ; - dautre part, la difficult dtablir un recueil de donnes en levage, tel que dcrit prcdemment, dans lensemble des diffrentes espces animales. Il est cependant possible de calculer une possible rpartition des ventes nationales entre les diffrentes espces animales (Afssa/ANMV, 2004). Les rsultats obtenus par cette imputation peuvent ensuite tre compars aux donnes issues dlevage pour les espces pour lesquelles de telles donnes existent. Cependant la mthode dimputation des ventes aux diffrentes espces, tout comme celle destimation des usages en levage, sont imparfaites. Seule la distinction entre animaux de compagnie (chats, chiens, oiseaux dagrments et chevaux de sport) et animaux dlevage, parmi les animaux destinataires des ventes nationales recueillies et pralablement prsentes est ici ralise (Figure 7). Lintrt dune telle distinction a t souligne dans dautres pays disposant de donnes dtailles tel que le Danemark (Heuer et al., 2005). Si on sintresse aux mdicaments qui sont destins uniquement aux animaux de compagnie, on peut sapercevoir que les familles dantibiotiques les plus utilises sont diffrentes de celles les plus utilises chez les animaux de production. 2.2. Les pratiques thrapeutiques En labsence de donnes descriptives homognes issues denqutes relatives lutilisation des antibiotiques dans les diffrentes espces animales, les vtrinaires des filires concernes, et plus prcisment les Prsidents des comits spcialiss des Groupements Techniques Vtrinaires ainsi que, pour les bovins, de la Socit Franaise de Buiatrie et, pour les animaux de compagnie, de lAssociation Franaise des Vtrinaires pour Animaux de Compagnie, ont t sollicits afin de dresser un bilan de lutilisation des antibiotiques dans certaines espces animales prsent en annexe 11. Ce bilan est une valuation gnralisatrice, des pratiques thrapeutiques par motif majeur ; des diffrences peuvent donc exister dans la pratique selon les modes de production, les contextes sanitaires, etc. Certaines des informations, quantitatives ou qualitatives, peuvent ainsi diverger des rsultats dtudes ponctuelles relatives lutilisation des antibiotiques conduites dans certaines de ces espces. A retenir Lanalyse des donnes nationales dutilisation dantibiotiques en mdecine vtrinaire en France depuis 1999 montre que les quantits totales vendues naugmentent pas. A lchelle des familles antibiotiques une augmentation des tonnages est observe pour les macrolides et apparents tandis quune diminution est observe pour dautres familles comme les sulfamides et ttracyclines. Les ttracyclines reprsentent presque la moiti du tonnage vendu. A linverse, cette famille est quantitativement peu importante en mdecine humaine o les bta-lactamines reprsentent plus de la moiti du tonnage total vendu. Le tonnage total vendu en mdecine humaine est infrieur au tonnage vendu en mdecine vtrinaire (728 tonnes et 1295 tonnes en 2002). Cependant la comparaison des usages humain et vtrinaire, base sur le rapport des tonnages vendus aux masses corporelles potentiellement traites montre que la quantit commercialise en mdecine humaine est plus importante quen mdecine vtrinaire (201mg/kg contre 75mg/kg).

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mg/ kg 120

1 999
100

2000 2001 2002

80

60

40

20

Figure 5 : Evolution de lusage vtrinaire des diffrentes familles dantibiotiques, exprimes en milligramme de principe actif par kilogramme de masse corporelle animale, de 1999 2002.

mg/ kg 120

1 999
100

2000 2001 2002

80

60

40

20

Figure 6 : Evolution de lusage chez lhomme des diffrentes familles dantibiotiques, exprimes en milligramme de principe actif par kilogramme de masse corporelle, de 1999 2002.

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Tonnage - animaux de production 700 600 500 400 300 200 100 0
M IN ES M IN ES SI D ES TE S N ES

Tonnage - animaux de compagnie seuls 7

animaux de production animaux de production et de compagnie animaux de compagnie

6 5 4 3 2 1 0
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Figure 7 : Ventes de spcialits antibiotiques en tonnage en 2002 par familles et selon les animaux destinataires : animaux de compagnie seuls (axe de droite), animaux de production seuls et animaux de compagnie et de production (axe de gauche). Les informations prsentes en annexe 11, relatives aux usages des antibiotiques dans les diffrentes espces animales ne rsultent pas du travail dexpertise du groupe de lAfssa ; elles tendent rendre compte des pratiques, telles que dcrites par les organisations professionnelles ; elles ne constituent pas des recommandations dusage. Dans la mesure o elles ont t rdiges par des rdacteurs diffrents, intervenant dans des filires dont les proccupations ne sont pas superposables, elles ne prsentent pas toujours un caractre homogne. V. Analyse des points critiques 1. Prescription Le choix de lantibiotique, de la voie dadministration, du mode de traitement (individuel ou collectif), de la dure du traitement, est le fait du vtrinaire, au vu de lexamen clinique, parfois confort dans les cas les plus graves par un examen ncropsique et des analyses de laboratoires. En premire intention, le recours aux examens de laboratoire (isolement et antibiogramme) nest pas systmatique. Dabord, la prcocit de mise en oeuvre du traitement est un facteur important de russite et il est impensable dattendre pour intervenir le retour dun examen de laboratoire. Ensuite, dans la plupart des cas, les traitements de premire intention sont trs efficaces. Lefficacit du traitement est value par lleveur, et cest lui qui alerte le vtrinaire en cas dchec, dclenchant une visite, des analyses si ncessaires et une prescription en seconde intention. A la diffrence du propritaire danimaux de compagnie, lleveur, en contact avec ses animaux, est mme de suivre au plus prs lefficacit des traitements et des plans de prvention mis en uvre dans son levage. Le suivi rgulier des levages par les vtrinaires sappuie sur un bilan sanitaire raliss au moins une fois par an. Ceux ci peuvent prescrire des protocoles de soins qui seront mis en uvre par lleveur ; protocoles qui seront modifis si lvolution de la situation sanitaire de llevage ncessite une rvision des plans de prvention.

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2. Observance On entend par observance (en anglais compliance ), la conformit de ladministration du traitement avec la prescription, autrement dit le respect de la dose prescrite, de la dure du traitement et de la voie dadministration. Dans le cas des animaux producteurs de denres destines la consommation, il faut ajouter le respect du dlai de retrait de la viande, du lait, des ufs ou du miel. En mdecine vtrinaire, ladministration du traitement est ralise le plus souvent par lleveur et lobservance nest pas toujours vidente car des erreurs sont possibles quelle que soit la voie dadministration, la fois du fait de lleveur et des difficults dajustement entre la dose et le poids. La voie injectable est apparemment la plus scurisante, car la dose peut en principe tre ajuste au poids de lanimal et les moments des administrations sont prcis. Cependant, le volume de liquide inject peut varier, lestimation du poids nest pas forcment facile, la voie intramusculaire nest pas toujours respecte car les animaux bougent ds que la gurison est amorce. Le plus gros risque est larrt prmatur du traitement lorsque lleveur ne dispose pas de facilits pour immobiliser les animaux (couloirs de contention par exemple) si les animaux sont apparemment guris. Cette voie est peu utilise pour les trs grands effectifs, chez les volailles et les poissons en particulier. En mdecine humaine o le problme de lobservance des traitements est tout fait comparable, lattitude consiste promouvoir les dures valides de traitement raccourcies. Il existe quelques traitements vtrinaires injectables ralisables avec une seule ou deux injections ; le choix des molcules est encore restreint. La voie orale permet de traiter tous les animaux, quils soient malades ou en phase dincubation. Laliment est un vecteur particulirement sr en termes dobservance du traitement car lanimal consomme la dose prvue, pendant la dure prvue. Quelques incertitudes psent cependant sur les ingrs alimentaires en particulier pour les malades. Cette voie nest pas bien adapte aux animaux trs svrement atteints qui ont totalement perdu lapptit. Cependant, il est possible de dmarrer le traitement par une prparation injectable et de le poursuivre par la voie orale avec la mme molcule, ds que ltat de lanimal samliore et que lapptit revient. On cumule ainsi lintrt de la voie parentrale avec son action immdiate, tout en en rduisant les inconvnients puisque le traitement est prolong par la voie orale, ce qui vite la rptition des injections. Lorsque les animaux ont conserv leur apptit, cette voie peut tre utilise sans restriction. Il faut videmment reconnatre quune certaine incertitude pse sur la dose effectivement ingre puisquelle est totalement lie la consommation alimentaire et que celle-ci nest pas rigoureusement constante dun animal lautre. Par ailleurs, il existe des risques dinstabilit du principe actif dans le silo de stockage en fin de traitement. Leau de boisson est un vecteur plus souple dans son utilisation. Elle est trs largement utilise pour les volailles, mais ncessite des installations particulires dans les levages de porcs car une pompe doseuse et une desserte spciale des salles sont indispensables. Dans la plupart des cas, les sujets malades restent capables de boire, au moins sils ne sont pas dans lincapacit de se dplacer, et il est possible de limiter ladministration du traitement des groupes restreints danimaux. Cette mthode prsente deux inconvnients : la qualit de leau doit tre bien surveille et les installations doivent tre propres pour viter les incompatibilits physico-chimiques ; ensuite, le calcul des taux dincorporation nest pas toujours facile. Les leveurs restent totalement matres du traitement et des erreurs sont possibles la fois dans le dosage et le respect de la dure dadministration. 3. Automdication-pharmacie dlevage Tous les levages disposent de mdicaments conservs dans une pharmacie dlevage . Cette pharmacie est approvisionne sur prescription et en principe dans des conditions bien dfinies avec le vtrinaire traitant. Il est indiscutable cependant quelle prdispose lautomdication et que cette dernire peut tre dsastreuse dans la gestion de lantibiorsistance lorsque les traitements concernent des antibiotiques. Le registre dlevage o sont nots

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tous les traitements permet de rpondre au moins en partie cette proccupation. Il permet en particulier de noter les prescriptions faites par les diffrents vtrinaires qui peuvent tre amens intervenir dans une mme exploitation ce qui vite les risques de dpassement des temps dattente et dintoxication lors de prescription de mdicaments incompatibles. 4. Les recommandations dutilisation Hormis quelques initiatives de groupes de vtrinaires spcialiss (confrences de consensus), il nexiste pas en mdecine vtrinaire de recommandation officielle dutilisation. VI. Rsum et recommandations Lutilisation des substances activit antibiotique en mdecine vtrinaire, est soumise des rglementations nationales et europennes ; ces mdicaments vtrinaires ne doivent donc pas tre considrs comme des produits de consommation ordinaire et leurs prescriptions, leurs utilisations et leurs usages sont fortement encadrs, notamment dans le cadre du Code de la Sant Publique. Cette rglementation est trs voisine de celle relative aux mdicaments humains. Cependant, la diffrence des mdecins, les vtrinaires peuvent, dans certaines conditions, dlivrer eux-mmes les mdicaments. Dans ces conditions, il leur est parfois possible dassocier la prescription et la dlivrance, causant ainsi une situation conomique dlicate entre la perception dhonoraires relatifs la consultation et les bnfices de vente de mdicaments conscutifs cette prescription. Les achats, facilits actuellement par les moyens de publicit et de communications, en particulier en provenance de pays tiers, reprsentent une nouvelle source dapprovisionnement difficilement contrlable. Cependant, lutilisation de ces mdicaments, sans prescription vtrinaire, demeure interdite dans le contexte rglementaire actuel. La rglementation est en fait trs scuritaire. Le vtrinaire ne peut pas prescrire et a fortiori dlivrer des mdicaments sil na pas pralablement examin les animaux. En fait, il est matriellement impossible de raliser un tel examen avant chaque prescription et cette rglementation est en train dvoluer pour tenir compte des impratifs des levages modernes. Le relais doit ensuite tre pris par lleveur. Son intervention doit se situer dans le cadre du suivi rgulier de llevage par le vtrinaire qui value lefficacit du traitement et le modifie en fonction de lvolution de la situation, en concertation avec lleveur. Dune manire gnrale, les antibiotiques sont utiliss avec des objectifs variables : titre thrapeutique curatif, leur utilisation a pour objectif de gurir les animaux cliniquement malades et dviter ainsi la souffrance et des mortalits ; dans des troupeaux de taille importante, lorsquune maladie se dclare et bien que tous les animaux ne soient pas encore atteints, un traitement peut tre appliqu prcocement, afin de prvenir lexpression clinique ; cela il convient dajouter des possibilits de traitements, titre prventif galement, mis en place lors de certaines priodes critiques de la vie des animaux, permettant dviter, l encore, lexpression clinique de la maladie. Ces diffrentes pratiques peuvent varier en fonction des espces animales dune part, des cahiers des charges applicables pour certaines productions dautre part. Enfin, lutilisation des antibiotiques en tant quadditifs dans les aliments destins aux animaux en vue damliorer leur croissance et leurs performances, a t bannie fin 2005 dans tous les Etats de lUnion Europenne. Le traitement aura pour objectifs la matrise des maladies, mais aussi le bien tre animal, et la prvention de la transmission lHomme dagents zoonotiques. Les rsultats attendus sont dabord bien sr une gurison clinique (sur laquelle lefficacit est gnralement value par lleveur) mais aussi une gurison bactriologique, permettant de limiter la transmission de lagent pathogne aux autres individus du troupeau, voire lHomme. Lefficacit de ce traitement repose tout dabord sur les proprits antibiotiques des molcules (voire leurs proprits non antibiotiques comme les proprits anti-inflammatoires de certaines familles : ttracyclines, macrolides) et ensuite sur la rponse immunitaire de lhte qui prend le relais.

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Lefficacit dun traitement antibiotique est trs lie la situation sanitaire de llevage : dans un milieu trs infect et avec des conditions dlevage dgrades, lchec thrapeutique peut tre envisag. A linverse, la matrise des facteurs dlevage conditionne la russite dun traitement. Parmi les alternatives aux traitements des animaux par des antibiotiques, la vaccination doit tre considre comme la mesure la plus efficace. Dautres solutions (supplmentations vitaminiques et minrales, flores de barrire) font galement lobjet dinvestigations intressantes. De plus, il est admis que, pour certaines productions, la slection gntique et lamlioration de ltat sanitaire des troupeaux facilitent la matrise de certaines maladies bactriennes ; le dveloppement de ces mesures devrait donc galement contribuer une meilleure apprhension de lutilisation des antibiotiques. Le recueil des donnes relatives lutilisation des antibiotiques en levages, est sujet de nombreux obstacles pour une collecte exhaustive des informations. En France, un suivi national des ventes des mdicaments usage vtrinaire a t instaur ; il permet dtablir annuellement, le nombre dunits commercialises pour chaque mdicament faisant lobjet dune autorisation de mise sur le march (AMM). Des enqutes ponctuelles permettent galement dvaluer les quantits utilises pour certaines productions animales, notamment pour les volailles. Les donnes obtenues au cours des annes scoulant entre 1999 et 2002, permettent de conclure que les quantits utilises naugmentent pas, lexception des macrolides et des molcules apparentes ; au contraire, une diminution est observe pour dautres antibiotiques, notamment les sulfamides et les ttracyclines. La comparaison entre ces donnes et celles relatives lutilisation des antibiotiques en mdecine humaine, permet de constater que les antibiotiques utiliss sont parfois les mmes dans ces deux secteurs ; dautres (carbapnmes, monobactames) sont spcifiquement utiliss en mdecine humaine. Les donnes quantitatives montrent que les familles dantibiotiques les plus utilises sont diffrentes ; ainsi, en mdecine vtrinaire, les ttracyclines et les sulfamides-trimthoprime reprsentent la plus grande quantit du tonnage des antibiotiques commercialiss (respectivement 46,4 et 20,0 %, en 2002). En mdecine humaine, les bta-lactamines (pnicillines, cphalosporines, carbapnmes et monobactames) et les macrolides et substances apparentes sont les plus frquemment utilises (68,4 et 15,1 % respectivement) ; notons cependant que ces molcules reprsentent 19,6 % du tonnage produit en 2002, pour la mdecine vtrinaire. Ces constatations doivent tre relativises en fonction des diffrents modes dutilisation et des diffrentes espces animales concernes. En effet, il apparat actuellement difficile de connatre rellement les quantits dantibiotiques utilises en fonction de ces diffrentes espces, du fait, dune part de lexistence de spcialits pharmaceutiques multi-espces et, dautre part, de la relle difficult dtablir un recueil des donnes dans tous les levages. Les estimations ralises, soit partir des informations recueillies sur les ventes et les usages, soit par linterrogation de vtrinaires concerns par les pratiques thrapeutiques, sont parfois contradictoires et difficilement comparables. En prenant comme base de comparaison annuelle, les usages rapports au kilogramme de masse corporelle, il peut tre not que la quantit dantibiotiques, ramens au kilogramme de poids vif, commercialiss en mdecine humaine, est plus importante quen mdecine vtrinaire (201 mg/kg/an contre 75 mg/kg/an respectivement). Cependant, globalement, le tonnage employ en mdecine vtrinaire (1295 tonnes en 2002) est plus important que celui utilis en mdecine humaine (728 tonnes). Ces chiffres doivent tre relativiss en particulier lorsque lon sait que les ttracyclines et les sulfamides (familles peu utilises en mdecine humaine) reprsentent eux seuls 63,9 % du tonnage dantibiotiques vendus en mdecine vtrinaire en 2002. Les donnes plus spcifiques concernant les ventes dantibiotiques, par familles, en mdecine humaine et en mdecine vtrinaire, constituent des bases intressantes pouvant servir non seulement dans le cadre danalyses de risques spcifiques, mais galement pour un suivi temporel des utilisations.

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Recommandations
1. Mise sur le march, prescription et dlivrance des mdicaments vtrinaires. 1.1. Rvision des dossiers dAMM Pour les mdicaments destins tre mis sur le march, le potentiel de slection de bactries rsistantes est pris en compte par les autorits valuant les dossiers de demande de mise sur le March. Par contre, les mdicaments prsents sur le march depuis longtemps nont pas bnfici dune telle approche. Compte tenu de lvolution des connaissances, des conditions dlevage et des exigences rglementaires, il est recommand une rvision des mdicaments contenant des agents antimicrobiens. Il est recommand de prendre en considration le potentiel de slection de rsistance aux antibiotiques lors de cette rvision dossiers. Des lignes directrices europennes ont t publies en ce sens (EMEA/CVMP/627/01-final) par lEMEA (www.emea.eu.int). Une approche pharmacocintique/pharmacodynamique ( PK/PD ) pour la ralisation des essais pr-cliniques permet daider la dtermination des schmas posologiques adapts (dose, intervalle dadministration) rduisant le risque dmergence de la rsistance. Une meilleure apprciation de la relation entre le traitement des animaux et lefficacit des traitements et leur impact sur la slection de la rsistance aux antibiotiques suppose de collecter des donnes pharmacologiques et bactriologiques lors des essais pr-cliniques et cliniques. Les agences denregistrement doivent promouvoir lutilisation des outils statistiques dits de population pour estimer la variabilit de lexposition des animaux aux niveaux systmique et intestinal et dterminer la variabilit de la sensibilit des souches bactriennes, pathognes et commensales. 1.2. Amlioration de la procdure de prescription. Lutilisation des antibiotiques est rglemente au niveau national et est base sur la prescription vtrinaire et lenregistrement des traitements. Les modalits dutilisation des antibiotiques sont dfinies sur le rsum des caractristiques des produits et le risque de dveloppement de la rsistance y est dcrit. Plusieurs voies damlioration de la prescription vtrinaire sont possibles, allant dune dmarche individuelle et responsable des prescripteurs, une dmarche rglementaire avec contrle. Ainsi, la procdure de la cascade , permet, dans certaines conditions, la prescription dun antibiotique non destin cet usage. Son principe permet de pallier le manque de disponibilit en anti-infectieux dans certaines espces et/ou pour certaines indications. Son application doit cependant tre encore prcise et amliore pour viter une utilisation abusive. Sa mise en uvre devrait tre encadre par des guides dusage hors AMM des mdicaments. Il convient dencourager la rdaction et la diffusion de ce type de guides, pour les diffrentes espces animales. Le processus dlaboration et de validation devrait associer les organisations professionnelles concernes et des experts (microbiologistes, pharmacologues). Les conditions rgissant les relations commerciales entre la prescription et la distribution des mdicaments, devraient faire lobjet dune valuation particulire, en accord avec les recommandations de lOMS (ref : WHO/CDS/CSR/APH/2000.4, 5-9 june 2000 WHO global principles for the containment of antimicrobial resistance in animals intended for food, Geneva, Switzerland), afin dviter toutes drives potentielles lies la double comptence du vtrinaire en matire de prescription et de distribution. Une politique de contrle en matire de prescription et de distribution devrait tre mise en place pour tablir un tat des lieux des utilisations, lgales et illgales, et ainsi amliorer la matrise de lutilisation des antibiotiques. Cette politique devrait saccompagner dune communication auprs des diffrents acteurs de la filire.

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1.3. Contrle de la publicit. Un contrle sur lapplication stricte de la rglementation, voire un renforcement de cette dernire, devrait permettre une meilleure utilisation des mdicaments vtrinaires. 2. Recueil des donnes. 2.1. Gnralisation de lexploitation du registre dlevage. Le registre dlevage, prvu par la rglementation, doit permettre laccs toutes les donnes relatives lusage des antibiotiques pour lensemble des levages danimaux de production. Lexploitation de cet outil devrait amliorer la connaissance des quantits et des modes dutilisation des mdicaments vtrinaires par espce animale. 2.2. Amlioration des autres sources dacquisition des donnes. Le suivi des ventes dantibiotiques, en prcisant les espces concernes et en tendant les tudes par sondages dautres espces (bovins, lapins, chiens, poissons, animaux de compagnie), sont des outils quil conviendrait de dvelopper afin de pouvoir non seulement mieux valuer les quantits utilises, mais galement disposer de donnes sur lvolution des utilisations dans le temps. Ce suivi devrait tre officialis par une approche rglementaire, rendant obligatoires les dclarations des ventes des mdicaments contenant des antibiotiques. 2.3. Mise en place dun systme national centralis. Lensemble des donnes obtenues par les moyens cits prcdemment devrait faire lobjet dune exploitation centralise afin de garantir lobjectivit et la prennit dun fichier internationalement reconnu. 2.4. Amlioration du systme de suivi de lutilisation des anticoccidiens. Les anticoccidiens, et notamment ceux prsentant une activit antibiotique, devraient faire lobjet dun suivi identique celui prconis pour les autres molcules activit antimicrobienne; lintroduction des donnes dans le systme centralis de surveillance serait une mesure tout fait justifie. 3. Observance 3.1. Formation des acteurs professionnels. Il apparat fondamental dinciter les acteurs professionnels (vtrinaires, leveurs) se former notamment sur les modes dutilisation des antibiotiques et les risques encourus lors de mauvaises pratiques (arrts prmaturs, automdication). La sensibilisation du vtrinaire doit commencer ds sa formation dans les Ecoles Nationales Vtrinaires, quelle que soit lactivit laquelle il se destine. En exercice, il doit entretenir ses connaissances dans le cadre de la formation continue et, parfois, de la spcialisation. Il conviendrait dvaluer l'impact d'une bonne connaissance de la filire par le vtrinaire intervenant dans l'levage sur les quantits
d'antibiotiques prescrites.

Lleveur doit recevoir une formation approprie, pour le sensibiliser aux risques inhrents aux initiatives intempestives en matire dantibiothrapie. Il est important de lui faire prendre conscience des consquences de la prsence de rsidus, qui entraneront des saisies voire des poursuites judiciaires si sa responsabilit est tablie. Dans tous les cas, la prsence de rsidus altre limage de toute une filire avec des consquences qui vont bien au-del de la saisie isole dun lot danimaux. Lleveur est souvent moins conscient des consquences dune utilisation abusive et irraisonne des antibiotiques sur lmergence de bactries rsistantes. Des formations doivent donc tre organises, linitiative des vtrinaires. La mise en place de chartes de qualit qui dfinissent un cadre strict dutilisation des mdicaments avec en particulier linterdiction dutiliser des antibiotiques pendant une priode dfinie avant labattage a contribu la prise de conscience de limportance de leur usage raisonn.

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Entre vtrinaires et leveurs, les techniciens sont chargs de faire appliquer les mesures dfinies par les vtrinaires. Apportant un il extrieur sur llevage, leur rle est important car ils peuvent dpister les drives de ltat sanitaire avant lleveur en particulier en cas dinfections chroniques. Ils doivent recevoir une formation approprie sur le bon usage des antibiotiques et doivent tre encadrs strictement dans le cadre des organisations qui les emploient. 3.2. Elaboration de guides dusage. Llaboration et la validation des recommandations dutilisation des antibiotiques devraient faire lobjet dune concertation avec les Autorits comptentes. La validation et la mise en pratique, dans les levages, des mesures prconises dans ces guides devraient tre suivies par un organisme certifi. 3.3. Utilisation des antibiotiques. Des conditionnements des produits, adapts aux posologies, devraient tre privilgis afin dviter le stockage intempestif de ceux-ci sur lexploitation et ainsi dviter les tentatives dautomdication. Il apparat galement ncessaire didentifier et viter les usages inappropris des antibiotiques, tels que : - lutilisation dans le cadre dinfections virales, - le recours lutilisation de nouvelles gnrations dantibiotiques sans une prise en compte des alternatives existantes, - la rduction des concentrations des agents zoonotiques chez lanimal, afin den rduire les probabilits de dtection, - les usages zootechniques (facteurs de croissance, matrise de la flore intestinale). 4. Les alternatives lutilisation des antibiotiques Linformation, notamment au travers des guides spcialiss, et la formation des oprateurs, devront prciser que certaines maladies ou dysfonctionnements, observs ou prvisibles dans un levage, peuvent parfois tre solutionns par la mise en place de mthodes alternatives autres que lutilisation des antibiotiques. Des efforts doivent tre mens au niveau de la recherche pour amliorer lefficacit de ces mthodes alternatives lutilisation dantibiotiques. 5. Conditions dhygine Par ailleurs, il serait utile dvaluer les consquences de l'assainissement des levages de slection en remplaant les troupeaux contamins par des troupeaux sains sur les consommations d'antibiotiques dans les levages de production.

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VII. Bibliographie
Afssa (2002). Rapport intermdiaire : utilisation des antibiotiques chez l'animal et rsistance aux antibiotiques chez les bactries d'origine animale. Programme franais 1999 2000. Afssa/ANMV (2004). Suivi des ventes de mdicaments vtrinaires contenant des antibiotiques en France en 2002. Anonymous (1999). Opinion of the scientific committee on antimicrobial resistance consumer policy and consumer health protection, European Commission Directorate general XXIV. Anonymous (2003). Monitoring of antimicrobial resistance and antibiotic usage in animals in the netherlands in 2002. Anonymous (2005). Guidelines for ATC classification and DDD assignment. Oslo, WHO Collaborating Centre for Drug Statistics Methodology. Anthony, F., J. Acar, et al. (2001). "Antimicrobial resistance: responsible and prudent use of antimicrobial agents in veterinary medicine." Rev Sci Tech 20(3): 829-39. Bair (2003). Measuring antimicrobial use in beef production in Ontario, Canada. 10th symposium ISVEE, Vina del Mare Chile. (Bezoen et al., 1998) Cariolet, R., J. Callarec, et al. (2000). Validation et gestion d'units protges en levage porcin. Journes de la recherche porcine en France. Chauvin, C., P. A. Beloeil, et al. (2002). "A survey of group-level antibiotic prescriptions in pig production in France." Prev Vet Med 55(2): 109-20. Chauvin, C., I. Bouvarel, et al. (2005). "A pharmaco-epidemiological analysis of factors associated with antimicrobial consumption level in turkey broiler flocks." Vet Res 36(2): 199-211. Chauvin, C., F. Madec, et al. (2001). "The crucial question of standardisation when measuring drug consumption." Vet Res 32(6): 533-43. Dahlin, A., A. Eriksson, et al. (2001). "The ATCvet classification system for veterinary medicinal products." J Vet Pharmacol Ther 24(2): 141-142. Dunlop, R. H., S. A. McEwen, et al. (1998). "Individual and group antimicrobial usage rates on 34 farrow-to-finish swine farms in Ontario, Canada." Prev Vet Med 34: 247-264. Giadinis, N., G. Koptopoulos, et al. (2000). "Selenium and vitamin E effect on antibody production of sheep vaccinated against enzootic abortion (Chlamydia psittaci)." Comp Immunol Microbiol Infect Dis 23(2): 129-37. Heuer, O. E., V. F. Jensen, et al. (2005). "Antimicrobial drug consumption in companion animals." Emerg Infect Dis 11(2): 344-5. Jensen, V. F., E. Jacobsen, et al. (2004). "Veterinary antimicrobial-usage statistics based on standardized measures of dosage." Prev Vet Med 64(2-4):201-215. Le Grand, A. and M. Kobisch (1996). "[Comparison of the use of a vaccine and sequential antibiotic treatment in a herd infected with Mycoplasma hyopneumoniae]." Vet Res 27(3): 241-53. Maala, C., M. C. Cosico, et al. (2004). Field efficacy of enterisol SC54 in two philippines herds. 18th IPVS Congress, Hambourg. Madec, F. (1994). "Utility of obtaining descriptors prior to ecopathological studies." Vet Res 25(2-3): 92-7. Maillard, R. (2002). "Antibiothrapie respiratoire." La Dpche Vtrinaire 80(Suppl): 15-17. Markestad, A. and G. K. (1997). "Reduction of antibacterial drug use in Norwegian Fish farming due to vaccination." Dev Biol Stand 90(365-369). McKellar, Q. (2001). Pharmacokinetic and dosage regimen of antimicrobials. Compte-rendus des actualits en buiatrie, Paris, Socit Franaise de Buiatrie. Mellon, M., C. Benbrook, et al. (2001). Hogging it: estimates of antimicrobial abuse in Livestock. Cambridge, Union of concerned scientists.

44

Mudd, A. J., K. Lawrence, et al. (1998). "Study of Sweden's model on antimicrobial use shows usage increased since 1986 ban." Feedstuffs 70(44): 18. Nicholls, T., J. Acar, et al. (2003). Antimicrobial resistance: monitoring the quantities of antimicrobials used in animal husbandry. OIE international standards on antimicrobial resistance. OIE. Paris: 109-117. Nurmi, E. and M. Rantala (1973). "New aspects of Salmonella infection in broiler production." Nature 241(5386): 210-1. Pedersen, B. K., T. Jensen, et al. (2000). Production in pigs raised in the same pen from narrow to finish or from weaning to finish. 16th IPVS Congress, Melbourne, Australie. Raymond, J. C. and G. Blanc (1998). "Estimation of the consumption of medicinal subsatnces in the new marine fish farmng in France." Bull Fr Pche Piscic 349: 229233. Schwarz, S. and E. Chaslus-Dancla (2001). "Use of antimicrobials in veterinary medicine and mechanisms of resistance." Vet Res 32(3-4): 201-25. Schwarz, S., C. Kehrenberg, et al. (2001). "Use of antimicrobial agents in veterinary medicine and food animal production." Int J Antimicrob Agents 17(6): 431-7. Stege, H., F. Bager, et al. (2003). "VETSTAT-the Danish system for surveillance of the veterinary use of drugs for production animals." Prev Vet Med 57: 105-115. Stoffel, B., K. Kramer, et al. (1996). "Murine thymocyte proliferation, maturation and emigration in response to selenium." Arzneimittelforschung 46(8): 829-31.

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Section 2 : impact de lusage des antibiotiques sur la resistance bacterienne chez lanimal
I. Dfinitions de la rsistance bactrienne aux antibiotiques 47 1. Rappels de pharmacologie 47 1.1. Pharmacocintique 47 1.2. Pharmacodynamie 54 1.3. Approche pharmacocinetique-pharmacodynamique pk/pd 52 2. Les mcanismes microbiologiques de la rsistance 53 2.1. Dfinitions de la rsistance 53 2.2. Mcanismes bactriens de la rsistance 55 3. Ecologie microbienne 56 3.1. Fentre de slection 57 3.2. Compartiment de slection 57 4. Mesure de la rsistance 59 4.1. Mthodologie de lantibiogramme 59 4.2. Mthodologie molculaire 61 4.3. Mthodologie pidmiologique 63 4.4. Les indicateurs de la rsistance 65 II. Suivi de la rsistance aux antibiotiques en filire de production animale 66 1. Dispositif de surveillance de la rsistance bactrienne chez lanimal en France 67 1.1. Surveillance des pathognes vtrinaires 68 1.2. Surveillance de la flore commensale 69 1.3. Surveillance des bactries zoonotiques 72 1.4. Analyse des programmes de surveillance 76 2. Harmonisation des donnes 77 2.1. Harmonisation nationale 77 2.2. Harmonisation au niveau europen 77 III. Analyse de limpact de lusage des antibiotiques sur la rsistance bactrienne chez lanimal 82 1. Etude de lmergence de la rsistance 82 2. Etude de la slection et la diffusion de la rsistance 83 2.1. Etude de limpact sur les bactries responsables de zoonose 83 2.2. Etude de limpact sur les bactries de la flore commensale intestinale 86 2.3. Etude de limpact sur les bactries pathognes vtrinaires 91 3. Effet dun arrt de lusage dun antibiotique 92 4. Limites et perspectives des travaux pidmiologiques 93 4.1. Biais de slection 93 4.2. Biais de classement 95 4.3. Biais de confusion 96 4.4. Valeur quant linfrence biologique 96 5. Consquences indsirables 98 5.1. Sant animale 98 5.2. Consommation dantibiotiques 99 5.3. Influence sur les plasmides de rsistance aux antibiotiques 99 IV. Impact environnemental 100 1. Modalits dvaluation du risque 100 2. Devenir des antibiotiques dans lenvironnement 100 3. Devenir des bactries et des gnes de rsistance dans lenvironnement 102 4. Rsidus de traitements et flore intestinale humaine 102 V. Rsum et recommandations 106 VI. Bibliographie 115

46

Les antibiotiques sont utiliss essentiellement en tant que mdicaments vtrinaires pour la prvention, le traitement et le contrle de maladies animales dtiologie bactrienne. Quelques molcules sont ou ont t utilises comme additifs lalimentation animale pour leur effet comme facteurs de croissance. Certaines molcules ayant une activit coccidiostatique ont galement un effet antibiotique. Pour tudier leffet de ces traitements antibiotiques chez lanimal sur la rsistance aux antibiotiques chez les bactries, il faut dabord rappeler la dfinition de la rsistance. Les antibiotiques partagent avec les mdicaments antiparasitaires, la particularit que leurs cibles thrapeutiques ne sont pas des processus biologiques du sujet trait mais des cibles (bactries ou parasites pathognes) prsentes chez ce sujet. La sensibilit de ces cibles, et a contrario, leur rsistance lantibiotique, se dfinit vis--vis des concentrations en antibiotique ayant un effet sur leur dveloppement au sein du sujet. En plus de ces cibles thrapeutiques, le traitement antibiotique peut avoir un effet sur la flore bactrienne, non pathogne, dite flore commensale, hberge par ce sujet trait au niveau du tube digestif, sur des muqueuses ou sur la peau. En perturbant le dveloppement des populations bactriennes sensibles, sans affecter les populations bactriennes rsistantes, les traitements antibiotiques vont modifier leurs proportions relatives chez les sujets traits. Une partie des quantits dantibiotiques administres, ainsi quune partie des bactries hberges par les animaux sera rejete dans lenvironnement ou se retrouvera sur ou dans les produits alimentaires issus de ces animaux. Ces diffrents phnomnes dcrivent limpact des antibiotiques sur la rsistance. Lvaluation de ces phnomnes, ltude de la relation entre les usages et la rsistance aux antibiotiques supposent de disposer de donnes recueillies via des tudes pidmiologiques et des systmes de surveillance pour complter les informations issues des tudes bactriologiques et pharmacologiques. Le prsent chapitre a pour objet de dfinir la notion de rsistance aux antibiotiques et les modalits de mesure de cette rsistance chez les bactries. Les modalits de surveillance pidmiologique de la rsistance seront discutes selon leurs objectifs et en fonction de la pertinence des indicateurs utiliss. Les travaux, raliss chez les animaux producteurs de denres alimentaires, sur limpact des traitements antibiotiques sur le dveloppement de la rsistance seront prsents et discuts dun point de vue pidmiologique en terme de causalit. Enfin, limpact des traitements antibiotiques sur le transfert dans lenvironnement dantibiotiques et de bactries rsistantes sera analys ainsi que les modalits danalyse de risque associ aux rsidus dantibiotiques.

I.

Dfinitions de la rsistance bactrienne aux antibiotiques

1. Rappels de pharmacologie En fonction des maladies, les bactries pathognes sont localises dans diffrents sites dinfection (arbre respiratoire, tube digestif, mninges, etc.). Laccs ce site daction par lantibiotique dpend de ses proprits pharmacocintiques, de la voie dadministration et de la formulation mdicamenteuse. Le devenir dun antibiotique chez un sujet trait est dcrit par sa pharmacocintique. Leffet dun antibiotique sur une bactrie dpend de son mcanisme daction, et de la concentration atteinte entranant un effet sur la croissance et/ou la mortalit bactrienne. Leffet dun antibiotique sur une bactrie est dcrit par sa pharmacodynamie. 1.1. Pharmacocintique La pharmacocintique dcrit les quatre phases du devenir dune molcule dans un organisme qui sont labsorption, la distribution, le mtabolisme et lexcrtion. La distribution, le mtabolisme et lexcrtion dune molcule dpendent de ses proprits physico-chimiques et de son interaction avec lorganisme. Absorption et biodisponibilit Labsorption dune molcule, cest--dire son passage du site dadministration la circulation sanguine est fonction la fois des proprits de la molcule et des modalits dadministration notamment de la voie (orale, parentrale) et de la formulation du

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mdicament. La biodisponibilit dun antibiotique, cest--dire la fraction absorbe qui atteint la circulation gnrale et la vitesse dabsorption, dpend galement des conditions de ladministration. Ainsi pour la voie orale, le mdicament pourra tre administr par leau de boisson, par lalimentation, par lutilisation de formes pharmaceutiques comme les comprims, glules, etc. Des facteurs tels que la qualit de leau, la composition de laliment, la priode par rapport au repas peuvent influencer la biodisponibilit du principe actif. Distribution A la suite de ladministration dun mdicament contenant un antibiotique, les concentrations varient dans le temps et dans les diffrents compartiments de lorganisme. Les concentrations atteintes dans diffrents compartiments de lorganisme qui sont des sites daction potentielle de lantibiotique varient au cours du temps et sont diffrentes un temps donn. Cependant les concentrations au sein des organes internes de lanimal exprimes sous forme de concentrations tissulaires atteignent au cours du temps un tat dquilibre avec la concentration sanguine exprime sous forme de concentration plasmatique ou srique. Pour le pharmacocinticien, les concentrations plasmatiques (libres) sont le meilleur critre de substitution de la pharmacocintique de la molcule au niveau de la biophase cest--dire du site daction de lantibiotique. Cela exige quil nexiste pas de barrire spcialise entre le sang et la biophase (comme la barrire hmato-encphalique) ou encore de barrire pathologiques (dbris, tissus ncross). Cette valeur prdictive des concentrations plasmatiques est lie au fait quune majorit dinfections sont dues des bactries pathognes localisation extracellulaire. Toutefois, la structure des organes avec leur compartiment extravasculaire, les compartiments extracellulaire et intra-cellulaire et au sein de la cellule, les sous structures cellulaires, crent des gradients de concentration expliquant que les concentrations totales dans un tissu peuvent tre trs diffrentes des concentrations plasmatiques. Il importe de remarquer que les concentrations tissulaires totales obtenues sur un broyat dun tissu ne peuvent pas tre utilises pour prdire les concentrations au niveau de la bactrie. En revanche, il est gnralement accept que les concentrations actives au niveau de bactries extracellulaires sont similaires celles des concentrations libres des liquides extracellulaires et du plasma. Mtabolisme Les substances actives peuvent tre mtabolises par diffrents organes. Si toutes les cellules de lorganisme possdent une capacit mtabolique de base, certains organes ont une capacit mtabolique importante (foie, rein, poumon). La transformation dune molcule par le mtabolisme dpend de la structure de la molcule et des voies mtaboliques exprimes chez lanimal. Certaines molcules sont rapidement dgrades en mtabolites inactifs au plan de lactivit antimicrobienne tandis que dautres sont peu mtabolises ou que le mtabolisme conduit des mtabolites actifs au plan microbiologique. Si chez les mammifres, les voies mtaboliques de base sont similaires, leur importance dans le mtabolisme diffre dune espce lautre. Chez les autres vertbrs, des processus mtaboliques comparables existent. Chez les poissons, les processus dlimination dpendent des conditions de temprature. Excrtion Les concentrations dans un certain nombre de scrtions ou excrtas de lorganisme (bile, urine, lait, salive, mucus pulmonaire, scrtion intestinale, sueur, etc.) varient au cours du temps en fonction des modalits dexcrtion passive ou active de la molcule et de ses mtabolites. Ltude de la cintique plasmatique dune molcule aprs administration intraveineuse et la mesure des quantits mises sous forme de substance parentale et de mtabolites, estime sur la base des concentrations moyennes mesures sur des quantits dexcrtas collects au cours du temps, permet de mesurer la clairance totale et la part relative de la clairance mtabolique et de la contribution des principaux organes dlimination. La capacit dlimination dun principe actif, est exprime par la clairance totale (ou clairance plasmatique) qui est la somme des diffrentes clairances (clairance mtabolique du foie, clairance dexcrtion biliaire, clairance dexcrtion rnale). Ces clairances peuvent

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prsenter de grandes variabilits interspcifiques. La concentration plasmatique moyenne (Cmoy ltat dquilibre dun mdicament au cours dun traitement est relie la dose dentretien (D) par lquation suivante qui prend en compte lensemble des paramtres pharmacocintiques (F =biodisponibilit, Cl = Clairance plasmatique).

Cmoy =

F .D Cl

Compte tenu de la complexit des tapes impliques dans la pharmacocintique dun antibiotique, les concentrations mesures un instant t chez diffrents animaux traits la mme dose, avec le mme mdicament, par la mme voie dadministration, ont une variabilit importante qui saccrot avec le temps. Paramtres pharmacocintiques Les courbes de concentrations au cours du temps sont analyses par des mthodes mathmatiques permettant de calculer les valeurs de paramtres pharmacocintiques rsumant les proprits des molcules et des formulations tudies. Les principaux paramtres classiquement utiliss sont rsums dans le tableau 10. A retenir La pharmacocintique dune molcule se rsume en 4 phases concomitantes (absorption, distribution, mtabolisme, excrtion). Les concentrations plasmatiques (ou sriques) reprsentent la meilleure information prdictive de lexposition des bactries prsentes au sein des tissus. Ces concentrations varient en fonction de lespace (site daction) et du temps. Les antibiotiques ont des comportements pharmacocintiques diffrents selon les espces animales et une variabilit importante entre sujets dune mme espce. La pharmacocintique dun antibiotique est trs influence par la voie dadministration et la formulation du mdicament le contenant. Une mme dose de mdicament ne signifie pas les mmes concentrations au sein des diffrentes espces animales du fait de ces multiples facteurs de variation. La concentration totale en antibiotique mesure dans un tissu est un mauvais estimateur de la concentration active en antibiotique au site daction (biophase). La concentration plasmatique ou srique est le meilleur indicateur disponible mais nest pas le reflet de la concentration locale dans les monctoires (urine, fces) et les scrtions (lait). 1.2. Pharmacodynamie Mode daction La cible pharmacologique dun antibiotique est la bactrie pathogne. Les diffrentes classes dantibiotiques ont des mcanismes daction diffrents et le plus souvent plusieurs effets sur une bactrie. Les cibles d'action des antibiotiques sont varies : ribosomes, paroi bactrienne, topoisomrases, etc. avec comme consquences l'inhibition de la synthse protique, l'inhibition de la synthse de la paroi, l'altration de la structure des acides nucliques. Ces mcanismes d'action font entrer en jeu des interactions entre antibiotique et cible d'action, avec par exemple fixation de l'antibiotique sur une cible bien dtermine. Laction de lantibiotique sur une espce bactrienne dpend donc de la prsence de la cible au sein de la cellule bactrienne ou de la capacit daccs cette cible. Dun point de vue pharmacodynamique, les antibiotiques ont un effet, variant selon la concentration, allant du ralentissement de la croissance bactrienne (effet sub-inhibiteur), linhibition de la croissance (effet bactriostatique) la mort de la bactrie (effet bactricide) (Figure 8). Les effets des antibiotiques sur une population bactrienne peuvent tre tudis in vitro par diffrents tests dits statiques ou dynamiques (Tableau 11). Les principaux tests statiques dterminent ltat de la population bactrienne aprs un temps dexposition une concentration dantibiotique. On peut ainsi dterminer la concentration minimale inhibitrice (CMI) pour une souche donne. La CMI est la premire concentration en antibiotique pour laquelle aucune croissance bactrienne nest observe. La concentration

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ayant rduit la population dun facteur 1000 est dfinie comme la concentration minimale bactricide (CMB). Ces valeurs de CMI et CMB sont dpendantes des conditions de culture de la bactrie notamment du milieu de culture, de la temprature dincubation et de latmosphre de lenceinte de culture. Les conditions de dtermination dune CMI doivent donc tre standardises pour assurer la comparabilit des rsultats entre laboratoires. Les mthodes sont optimises pour dterminer laction de lantibiotique sur une bactrie en croissance. En effet, la plupart des antibiotiques ne sont actifs que sur des bactries en rplication car leurs cibles daction sont des tapes des processus de synthse protique, de synthse des membranes ou de la paroi, de synthse de lADN. Trs peu dantibiotiques sont actifs sur des bactries en non croissance. Rcemment, des tests de dtermination de leffet des concentrations sur la slection de mutants rsistants aux antibiotiques ont t proposs (Allen et al., 2003). Ces tests dterminent la concentration prvenant lapparition de mutants. Les tests dynamiques dterminent lvolution au cours du temps de la population bactrienne par des techniques de dnombrement. On peut ainsi tudier la cintique de bactricidie ou leffet post antibiotique qui dtermine le temps ncessaire la recroissance aprs exposition une concentration dantibiotiques suivie de son retrait de lantibiotique. Ces tests peuvent tre raliss avec des concentrations statiques en antibiotique ou des concentrations variables reproduisant la cintique plasmatique. De nombreux modles de tests in vitro sont dcrits dans la littrature et ils sont utiliss durant les phases de dveloppement pr-clinique de lantibiotique. Tableau 10 : Principaux paramtres pharmacocintiques
Nom Aire sous la courbe Acronyme ASC AUC demi-vie T Cl Cmax Tmax Cmin Ceq Css F Unit g.h.ml-1 h ml.h-1 g.ml-1 h g.ml-1 g.ml-1 Dfinition Surface sous-tendue par la courbe des concentrations en fonction du temps Temps ncessaire la division par 2 des concentrations plasmatiques dans la phase terminale Constante de proportionnalit entre le taux dlimination dune molcule et ses concentrations plasmatiques Concentration maximale observe de molcule dans le plasma Temps dobtention de la concentration maximale Concentration minimale obtenue avant ladministration suivante Concentration plasmatique moyenne ltat dquilibre cest-dire lorsque les quantits de mdicament administres sur lintervalle de dosage compensent les quantits limines Fraction de la dose atteignant la circulation sanguine systmique (artrielle)

Temps de plasmatique Clairance plasmatique

Concentration maximale Temps dobtention de Cmax Concentration minimale Concentration lquilibre Fraction biodisponible

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Temps dpendant
Spiramycin versus Staphylococcus aureus
11 10 9 Tmoin 8 log (cfu/ml) 1.87 IU/ml 3.75 IU/ml 7 6 5 4 3 0 6 12 18 24 Tim e (h) 30 36 42 48 7.5 IU/ml 15 IU/ml 30 IU/ml 60 IU/ml 120 IU/ml

Concentration dpendant
Colistin against E. Coli

11 10 9 log (cfu/ml) 8 7 6 5 4 3 0 6 12 Tim e (h) 18 24

Tmoin 1 UI/ml 2 UI/ml 4 UI/ml 8 UI/ml 16 UI/ml 32 UI/ml 40 UI/ml 64 UI/ml 80 UI/ml 128 UI/ml 160 UI/ml

Figure 8 : Courbes de bactricidie (taille de la population exprime en units formant colonies (UFC) en fonction du temps) obtenues avec diffrentes concentrations en antibiotique pour un antibiotique tempsdpendant (spiramycine contre Staphylococcus aureus (Renard et al., 1993) et un antibiotique concentration dpendant (Colistine contre Escherichia coli (Renard et al., 1996). Tableau 11 : Paramtres pharmacodynamiques
Nom Concentration inhibitrice Acronyme minimale CMI Unit g/ml g/ml g/ml H Dfinition Premire concentration en antibiotique sans croissance visible de la population bactrienne Premire concentration en antibiotique permettant une rduction dun facteur 1000 de linoculum Premire concentration en antibiotique sans apparition de mutants rsistants au sein dun inoculum. Diffrence de temps ncessaire lobtention dune recroissance dun log par rapport un tmoin sans antibiotique.

Concentration minimale CMB bactricide Concentration prvenant CPM lapparition de mutant Effet post-antibiotique (in EPA vitro)

Relation concentration-effet La relation entre la concentration en antibiotique et leffet sur une population bactrienne peut tre dfinie par un modle simplifie de croissance et mort bactrienne (Zhi et al., 1988).

O g est la vitesse de croissance (h-1), Emax, la vitesse maximale de dcroissance obtenue avec lantibiotique (h-1), EC50 la concentration en antibiotique permettant datteindre 50 % de la vitesse maximale, n un facteur de sigmodicit de la courbe de rponse en fonction de la concentration, B est le nombre de bactries par unit de volume (cfu/ml) et dB sa variation par intervalle de temps dt. A partir de cette quation, la concentration minimale inhibitrice thorique (Austin, 1998) peut tre calcule par la formule suivante :

dB E max .c n = (g ). B n + Cn dt EC50

Cmic = C 50 .(

g )1 / n E max g

La plupart des effets antibiotiques prcdemment dcrits peuvent tre modliss par cette quation, les paramtres g, Emax et n variant en fonction du mode daction. Pour les antibiotiques dits concentration-dpendants, lamplitude de la courbe de rponse permet un accroissement de leffet avec laugmentation de la concentration. Ceci se traduit par des concentrations minimales bactricides loignes de la CMI. Ces antibiotiques se caractrisent par une valeur dEmax plus importante que la croissance maximale g et par une valeur dindice de sigmodicit infrieure 1. Pour les antibiotiques dits temps-dpendants, laugmentation de la concentration ne permet pas un accroissement de leffet bactricide. Ceci se traduit par une valeur de CMB proche de

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la valeur de CMI. On peut distinguer cependant le cas des antibiotiques bactricides ayant un Emax trs suprieur la vitesse de croissance, des antibiotiques dits bactriostatiques ayant un Emax de lordre de 2 fois la vitesse de croissance. Dans certains cas, leffet de lantibiotique sur certaines souches est uniquement de stopper la croissance bactrienne sans induire de mortalit fortes concentrations, on parle dans ce cas de bactries tolrantes. Celles-ci ne seront pas facilement dtectes par les tests statiques classiques mais uniquement par lanalyse des mesures de CMB ou les cintiques de bactricidie. La relation entre leffet dun antibiotique et la concentration suit une relation non linaire dont les paramtres sont diffrents selon les antibiotiques. Deux antibiotiques diffrents, ayant pour un germe donn, une CMI identique peuvent donc avoir des effets pharmacodynamiques trs diffrents des concentrations sub- et supra-inhibitrices. Lorsque lon compare les paramtres pharmacodynamiques dun antibiotique sur diffrentes souches dune espce bactrienne ayant les mmes CMI, on peut galement observer des profils pharmacodynamiques diffrents. 1.3. Approche pharmacocinetique-pharmacodynamique pk/pd Lutilisation de paramtres, dits PK/PD pour dcrire, prdire et comprendre les relations entre le droulement dun traitement et son efficacit au plan clinique et bactriologique, sest dveloppe depuis une vingtaine danne (Schentag et al., 1985). La mesure de lefficacit dun traitement antibiotique ne se mesure pas uniquement par la gurison clinique mais galement par llimination de la bactrie du site dinfection. En effet, si llimination de la bactrie nest pas obtenue la fin du traitement, une population plus rsistante peut devenir prdominante (Dagan et al., 2001) crant un risque de rechute chez le sujet trait mais aussi un risque de dissmination de souches rsistantes vers dautres sujets. En fonction des maladies provoques par des bactries, il est important de dterminer si le succs clinique est seul suffisant, ou sil est ncessaire de dfinir des critres de cures bactriologiques. La relation entre les traitements antibiotiques et llimination des bactries peut tre tudi par diffrents types de modles in vitro, ex vivo et in vivo sur des animaux de laboratoire. Ces modles sont utiliss pour tudier la relation entre des paramtres pharmacocintiques (AUC, Cmax) ou des paramtres PK/PD et les rsultats cliniques et bactriologiques. La limite principale des modles in vitro ou de certains modles in vivo est quils ne tiennent pas compte de la rponse du systme immunitaire (pour de nombreux essais in vivo mens sur les rongeurs, le systme immunitaire est invalid pour mieux mettre en vidence laction propre de lantibiotique). Les principaux paramtres PK/PD utiliss sont le temps de maintien dune concentration suprieure la CMI (T>CMI), le rapport de la concentration maximale par rapport la CMI (Cmax/CMI) et le rapport de laire sous la courbe par la CMI (AUC/CMI) ou laire sous la courbe au dessus de la CMI (AUIC). Les tudes ralises avec les bta-lactamines dans les modles animaux exprimentaux ont montr que le maintien dune concentration suprieure la CMI pendant plus de 40 % des intervalles de dosage permettait une cure bactriologique dans 85 100 % des cas (Craig, 1998). Pour les fluoroquinolones des rapports AUC/CMI infrieurs 30 h sont associs une mortalit de plus de 50 % tandis que des valeurs suprieures 100 h ne sont pas associes de la mortalit (Craig, 1998). Chez lhomme, pour la ciprofloxacine administre par voie intraveineuse, des valeurs dAUC/CMI suprieures 125 h correspondent une amlioration clinique satisfaisante chez des sujets svrement malades (Forrest et al., 1993). Pour les aminoglycosides, le rapport AUC/CMI sur 24 h est un bon prdicteur dans les modles exprimentaux (Craig, 1998) tandis que la rponse clinique est corrle au ratio Cmax/Cmi dans les essais cliniques (Moore et al., 1984) avec plus de 90 % de gurison ds que le rapport est de 8 10. Pour cette classe dantibiotiques, o une rsistance adaptative, phnotypique et rversible, sinstalle (Daikos et al., 1991), le maintien dune concentration leve nest pas recommande. De plus, lutilisation dune administration quotidienne rduit le risque de nphrotoxicit et doto-toxicit.

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Ltude de la relation entre les paramtres PK/PD et le dveloppement de la rsistance ont fait lobjet de nombreux travaux avec les fluoroquinolones. Cette voie de recherche a tudi la relation entre la probabilit dmergence de mutants rsistants au site de linfection. De fortes valeurs du ratio Cmax/CMI ou dAUIC rduisent le risque de slection de mutants rsistants. Cependant des valeurs moyennes, prdictives dune bonne efficacit sur les souches sensibles peuvent accrotre le risque de mutants rsistants selon les travaux exprimentaux de Firsov (Firsov et al., 2003). Chez lhomme, lintrt de cette approche a t vrifie dans le cadre des infections respiratoires. Cependant, la nature du germe infectieux doit tre prise en compte puisque les rsultats diffrent selon la nature de la bactrie et des mcanismes de rsistance (Thomas et al., 1998). En effet, cette relation nest pas dmontre pour le traitement par les btalactamines despces bactriennes capables de produire des bta-lactamases de type I. En mdecine humaine, les rsultats obtenus avec ce type dapproche mthodologique sont dus la possibilit de raliser une individualisation des posologies au chevet du patient (Schentag et al., 1985) et peuvent tre utiles dans llaboration de politique dutilisation lhpital. Rcemment, lutilisation de ces approches a t propose pour tablir les concentrations critiques en se basant sur la connaissance des variations individuelles en termes de pharmacocintique et de la distribution des CMI des germes viss (Ambrose et al., 2000). Lutilisation de la dmarche PK/PD a galement fait lobjet de travaux en mdecine vtrinaire laide de modles exprimentaux chez lanimal de destination (Renard et al., 1996; Aliabadi et al., 2003; Greko et al., 2003), ou durant une infection exprimentale (Renard et al., 1996). Llaboration de concentrations critiques, ayant une valeur en termes defficacit thrapeutique a t propose pour tenir compte de la variabilit des expositions individuelles en thrapeutique vtrinaire (Toutain, 2003). 2. Les mcanismes microbiologiques de la rsistance 2.1. Dfinitions de la rsistance La rsistance aux antibiotiques peut tre dfinie selon diffrents points de vue. - Pour le clinicien, une souche bactrienne est rsistante un antibiotique si le traitement nest pas efficace. - Pour le pharmacologue, une souche bactrienne est rsistante un antibiotique si les concentrations atteintes au site daction, sont infrieures la concentration minimale inhibitrice. - Pour le microbiologiste, une souche bactrienne est rsistante un antibiotique si elle dispose dun mcanisme de rsistance augmentant la valeur de la concentration minimale inhibitrice. - Pour lpidmiologiste, une souche bactrienne est rsistante un antibiotique si elle a une concentration minimale inhibitrice significativement diffrente de celles de la population normale. Afin de classer les bactries en catgories sensible, intermdiaire ou rsistante, des seuils critiques, breakpoints , sont dtermins par des groupes dexperts sur la base des informations cliniques, pharmacologiques, microbiologiques et pidmiologiques. Ces seuils critiques sont donns pour des mthodes standardises de dtermination de la concentration minimale inhibitrice (concentration critique) ou de mesure de diamtres dinhibition par une mthode de diffusion (diamtre critique). En France, ces seuils critiques sont dfinis priodiquement par le comit de lantibiogramme de la Socit Franaise de Microbiologie (CA-SFM) ; ils sont dfinis par des approches comparables dans dautres pays tels que les travaux du National Committee for Clinical and Laboratory Standards (NCCLS12) aux Etats-Unis, le Deutsche Institt fr Normung (DIN) en Allemagne. Les valeurs de ces seuils peuvent varier dune norme lautre, selon lexpertise ralise. En Europe, un travail de standardisation est en cours sous lgide de lEUCAST (European Union Committee of Antimicrobial Susceptibility Testing).
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Nomm dsormais Clinical Laboratory Standard Institut (CLSI)

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Les dfinitions du CA-SFM (2004) sont les suivantes pour les trois catgories cliniques retenues pour l'interprtation des tests de sensibilit in vitro : Sensible ( S ), Rsistant ( R ) et Intermdiaire ( I ). Les souches catgorises S sont celles pour lesquelles la probabilit de succs thrapeutique est forte dans le cas d'un traitement par voie systmique avec la posologie recommande dans le rsum des caractristiques du produit (RCP). Les souches catgorises R sont celles pour lesquelles il existe une forte probabilit d'chec thrapeutique quels que soient le type de traitement et la dose d'antibiotique utilise. Les souches catgorises I sont celles pour lesquelles le succs thrapeutique est imprvisible. Ces souches forment un ensemble htrogne pour lequel les rsultats obtenus in vitro ne sont pas prdictifs d'un succs thrapeutique. En effet, ces souches : - peuvent prsenter un mcanisme de rsistance dont l'expression in vitro est faible, avec pour consquence leur classement dans la catgorie S . Cependant, in vivo, une partie de ces souches apparat rsistante au traitement ; - peuvent prsenter un mcanisme de rsistance dont l'expression n'est pas suffisante pour justifier un classement dans la catgorie R , et suffisamment faible pour esprer un effet thrapeutique dans certaines conditions dutilisation (fortes concentrations locales ou posologies accrues) dfinies pour le produit approuv par l'Agence Franaise de Scurit Sanitaire des Produits de Sant (Afssaps). Une espce bactrienne sera dfinie comme naturellement rsistante lorsque les valeurs de CMI mesures dans un ensemble de souches sont suprieures aux concentrations sanguines normalement atteintes chez lhomme. Une espce bactrienne sera dfinie comme sensible si les valeurs de CMI mesures chez la majorit des souches sont infrieures aux concentrations sanguines atteintes chez lhomme pendant un traitement. La notion de rsistance est donc relative la technique utilise et aux modalits dinterprtation. Ceci explique la variation des valeurs critiques en fonction des rfrentiels nationaux (National Committee of Clinical Laboratory Standards, NCCLS, Comit de lantibiogramme de la Socit Franaise de Microbiologie, CA-SFM, British society of antimicrobial chemotherapy, BASC, Deutsches Institt fr Normung, DIN) (Gnanou et al., 2000). En mdecine humaine, une dmarche dharmonisation europenne est en cours sous la responsabilit de lESCMID (European society of clinical microbiology and infectious diseases). On applique galement les dfinitions suivantes pour les diffrentes espces bactriennes en fonction de leur sensibilit lantibiotique : - espce habituellement sensible : espce appartenant au spectre naturel de lantibiotique et pour laquelle, la rsistance acquise concerne moins de 10% des souches isoles en clinique, - espce inconstamment sensible : espce pour laquelle la rsistance acquise dpasse 10% des souches isoles en clinique, - espce rsistante : espce pour laquelle plus de 50% des souches sont rsistantes lantibiotique ou la famille de lantibiotique. Dans la ligne directrice de rdaction du rsum des caractristiques du produit, lagence europenne dvaluation du mdicament et les agences nationales se basent sur les informations dcrivant la sensibilit des espces bactriennes pour chaque antibiotique et utilisent les dfinitions suivantes. La catgorie sensible inclut les espces bactriennes naturellement sensibles avec leur pourcentage de rsistance acquise cet antibiotique. La catgorie modrment sensible inclut les espces bactriennes qui prsentent une sensibilit intermdiaire lantibiotique (ex : entrocoque et pnicilline G) ; La catgorie rsistante inclut les espces bactriennes naturellement rsistantes et celles chez lesquelles le taux de rsistance est lev (ex : S. aureus et Moraxella catarrhalis et pnicilline G) (Cornaglia et al., 2004).

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A retenir La dfinition de la rsistance aux antibiotiques est fonction de diffrents points de vue (clinicien, pharmacologue, bactriologiste, pidmiologiste). La classification des bactries en sensible, intermdiaire ou rsistante volue en fonction de lacquisition des connaissances et doit tre comprise selon le contexte de son utilisation pour des raisons de diagnostics, de dfinition des conditions dutilisation des mdicaments ou de surveillance pidmiologique. Deux notions de la rsistance acquise sont aujourdhui dfinies. La premire concerne le phnotype de rsistance acquise mise en vidence au laboratoire par rapport la population des souches sauvages sensibles. Elle se dfinit par rapport une valeur seuil Breakpoint pidmiologique. La seconde est celle dfinie dun point de vue clinique et pharmacologique comme une concentration minimale inhibitrice ne permettant pas datteindre chez la majorit des patients, des valeurs seuils de critres pharmacologiques prdisant le succs clinique et bactriologique. Les travaux mens dans ce domaine en mdecine vtrinaire sont rares. 2.2. Mcanismes bactriens de la rsistance Les mcanismes de rsistance sont varis, mais on peut les classer en trois catgories principales (Tableau 12). Tableau 12 : Mcanismes de rsistance aux antibiotiques
Catgories Inaccessibilit la cible "blindage" Inactivation Esquive ou camouflage Mcanismes Systme actif defflux hors de la cellule Familles concernes Ttracyclines, macrolides, phnicols, quinolones, bta-lactamines Diminution de la permabilit Phnicols, ttracyclines Inactivation enzymatique de lantibiotique bta-lactamases, estrases (macrolides), phosphorylases (aminosides, macrolides), actyltransfrases (chloramphnicol) Modification /protection de la cible (par Trimthoprime-sulfamides, ttracyclines, mutation ou voie enzymatique) macrolides, bta-lactamines, fluoroquinolones Court circuit de voie mtabolique utilise

Rsistance naturelle Pour chaque classe dantibiotique, il existe des espces bactriennes sur lesquelles lantibiotique est inactif par dfaut de cible ou daccs la cible. On parle despces bactriennes naturellement rsistantes et de mcanismes de rsistance intrinsques. Ceci peut tre d l'absence de la cible (comme l'absence de paroi chez les mycoplasmes les rendant insensibles aux bta-lactamines) ou encore l'absence de pntration de l'antibiotique (rle de la membrane externe par exemple chez les bactries Gram ngatifs avec la vancomycine). Rsistance acquise Les bactries peuvent galement acqurir la rsistance un antibiotique. Cette acquisition peut tre lie une (des) mutation(s) modifiant la cible de l'antibiotique, ou un schma mtabolique (Chopra, 2003). Cette acquisition peut tre la consquence d'un transfert horizontal, y compris entre espces loignes phylogniquement. Les gnes de rsistance aux antibiotiques chez les micro-organismes producteurs (et par lesquels ils rsistent leurs propres produits) sont gnralement localiss sur le chromosome. Le transfert de ces gnes sera rendu plus efficace aprs leur intgration sur des lments mobiles tels que plasmides, transposons, intgrons (Rowemagnus, 2001) ou encore sur des phages. Ces mcanismes de rsistance peuvent alors diffuser trs rapidement dans une population (Licht, 1999).

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Les mcanismes de transfert (Figure 9) correspondent des mcanismes bien connus : transformation ( partir d'ADN nu, notamment dans l'cosystme du sol), conjugaison ( partir de plasmides), transduction ( partir de phages).

Bactrie morte

ADN nu

Plasmide R

Tra nsf orm ati on

ison juga n o C

Gne de rsistance

Phage

on ducti Trans

Bactrie receveuse

TRANSFERTS DE GENES DE RESISTANCE AUX ANTIBIOTIQUES

Figure 9 : Mcanismes de transferts des gnes de rsistance Un gne peut coder pour un mcanisme de rsistance aux antibiotiques. On parle de rsistance croise quand la rsistance confre par ce seul gne de rsistance concerne plusieurs molcules appartenant la mme famille ou des familles diffrentes. Par exemple, la rsistance la mticilline des staphylocoques due la production d'une nouvelles protine liant les pnicillines (PLP2a) est une rsistance croise envers toutes les molcules appartenant la famille des bta-lactamines. Un autre exemple est la rsistance due un systme d'efflux qui va confrer une rsistance croise entre des molcules antibiotiques de diffrentes familles, toutes substrats pour la pompe d'efflux. Quand plusieurs gnes de rsistance diffrentes molcules ou familles d'antibiotiques s'associent au sein d'une structure gntique tel qu'un transposon, un plasmide ou un intgron, on parle alors de co-rsistance aux antibiotiques. Quand ces rsistances sont transfrables, elles sont gnralement transfres en bloc. Lutilisation dun des antibiotiques pour lequel la bactrie est rsistante slectionnera en mme temps, les autres gnes de rsistance. Ce phnomne est appel co-slection. Les gnes associs dans ces structures peuvent concerner la rsistance aux antibiotiques mais aussi dautres mcanismes tels que la rsistance aux mtaux lourds ou ladaptation certains milieux particuliers. Des conditions, autres que les traitements antibiotiques peuvent tre, ds lors, slectionnantes (Petkewich, 2002) dans certains environnements tels que les sols pollus ou les rivires. 3. Ecologie microbienne La comprhension des mcanismes de slection, puis de transmission de la rsistance aux antibiotiques est base sur une approche cologique qui tient compte des capacits dadaptation des souches bactriennes des variations de leur environnement proche, de la

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richesse et de la diversit des populations bactriennes dans diffrents types denvironnements (animaux, lisiers, litires, sols, eaux, etc.), des modalits dchanges de gnes entre ces populations bactriennes et la survie des diffrentes espces bactriennes dans les diffrents environnements rencontrs. On distingue les notions de fentres et de compartiment de slection. 3.1. Fentre de slection Lorsque des souches prsentes dans un mme milieu contenant un antibiotique ont des sensibilits diffrentes, un domaine de concentrations va favoriser la multiplication dune souche par rapport une autre (Lipsitch et al., 1997). Il faut tenir compte la fois de lavantage donn en termes de croissance positive ou pour la phase de dcroissance en termes de diffrence de vitesse de rduction des populations. La largeur de cette fentre de slection par rapport la diffrence des CMI des deux souches est plus ou moins large en fonction de lindice de sigmodicit et de lamplitude de leffet bactricide. Si les concentrations varient au cours du temps, la priode pendant laquelle les concentrations locales sont contenues dans le domaine de concentrations slectionnantes dlimite une fentre de slection. Compte tenu des variations pharmacocintiques, la taille des fentres de slection varie entre les sites daction. Du fait de la variabilit individuelle, les fentres de slection varient galement entre les animaux et sont fonction des bactries prsentes dans les diffrents sites daction. Au cours dun traitement, les souches despces bactriennes naturellement rsistantes ou de sensibilit rduite lantibiotique seront favorises par rapport des souches sensibles durant les fentres de slection existant dans diffrents sites daction. Ce phnomne contribuera lenrichissement de lcosystme par des bactries rsistantes. Si la rsistance apparat par mutation, les souches mutantes, rsistantes lantibiotique, pr-existantes avant traitement, au sein de la population bactrienne, seront favorises. De mme, les bactries ayant une rsistance acquise transfrable, seront favorises et dans certains cas, le taux de transfert vers les bactries sensibles sera augment. La capacit denrichissement au cours dune fentre de slection dans un environnement donn est donc galement fonction des populations initiales sensibles et rsistantes et du mode dacquisition de la rsistance. Dans le cas dune acquisition par mutation, le nombre de mutants rsistants apparaissant au cours de la fentre est fonction de la taille de la population sensible prsente. Dans le cas dacquisition par transfert dlments gntiques, laccroissement du nombre de bactries rsistantes est fonction de la taille initiale des populations de souches donneuses et rceptrices et du mcanisme de transfert (transformation, conjugaison). Ce taux de transfert est fonction des conditions de viabilit des souches, de leur capacit recevoir et donner et dans de nombreux cas est influenc par la densit bactrienne et la prsence dantibiotique. Ces phnomnes de slection contribuent lmergence de bactries rsistantes au sein de populations danimaux traits mais galement dans leur environnement proche (litire, etc.) et dans les lisiers mis par ces animaux qui contiendront lantibiotique et ses mtabolites actifs. 3.2. Compartiment de slection Les flores intestinales de lhomme et des animaux sont un environnement privilgi en termes de compartiment de slection et damplification des bactries rsistantes et des gnes de rsistance. Dautres flores prsentes sur les sujets traits sont galement exposes au traitement antibiotique. Lors de leur utilisation, les antibiotiques pourront contaminer lenvironnement (poussire, eau dabreuvement) et aprs traitement se retrouveront dans les excrtions des animaux puis dans lenvironnement (sols, eaux). Ils pourront galement contaminer les denres alimentaires sous forme de rsidus. Flore intestinale

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Chez lhomme, la flore intestinale avec ses 1014 micro-organismes forme un cosystme complexe dont la composition varie en fonction de la localisation dans le tube digestif et en fonction de lindividu. Lestomac, le duodnum et lintestin grle proximal contiennent peu de bactries (103-104 bactries/ml) pour la plupart des lactobacilles et des streptocoques. Le colon abrite la densit microbienne la plus forte avec 109-1011 bactries/ml et une majorit de bactries anarobies strictes, composes de 400 500 espces diffrentes (Khan et al., 2001). A ct de cette flore rsidente, il peut exister chez certains individus, ou chez un mme individu mais de faon inconstante, une flore dite allochtone ou transitoire, qui sauf circonstances pathologiques, ne simplante pas dans le tube digestif. Les diffrentes techniques dtude de la flore intestinale telles que la microbiologie classique, la biologie molculaire, les modles animaux flore contrle ou les modles in vitro, ont permis de mieux comprendre lcosystme bactrien, ses interactions avec lhte et son rle. Chez les animaux, lanatomie du tube digestif et les flores intestinales qui y rsident, sont variables dune espce animale lautre et comme chez lhomme, varient en fonction des stades physiologiques et de lalimentation. La flore intestinale est un des principaux compartiments o les phnomnes de slection de bactries rsistantes peuvent se drouler. La flore tablit des relations multiples avec lhte, crant un quilibre dynamique dont la stabilit est maintenue par des interactions partiellement connues. Lacidit gastrique, le pristaltisme intestinal, le systme immunitaire participent cette stabilit. Mais cet cosystme est constamment sollicit par le milieu extrieur, quil sagisse de bactries exognes ou de substances alimentaires. Pour se dfendre de ces agressions, les bactries de la flore intestinale assurent un rle de barrire en sopposant limplantation et la multiplication des micro-organismes dorigine exogne. Cette rsistance la colonisation est principalement assure par la flore anarobie. Leffet drastique de cette barrire provoque une limination rapide dune souche exogne tandis quun effet permissif permet une souche exogne de se maintenir, parfois trs longtemps, mais un niveau de population tel quelle ne peut sy dvelopper. Les mcanismes de rsistance la colonisation sont encore mal connus mais font probablement intervenir une comptition entre les micro-organismes pour des substrats tels que les constituants alimentaires ou les mucines, des sites dadhsion sur la muqueuse intestinale ou encore la production de substances inhibitrices comme les bactriocines ou dautres impliques dans les phnomnes de quorum sensing (Sperandio et al., 2003). Cet quilibre peut tre perturb par les antibiotiques, le stress, les oprations chirurgicales ou encore par un dfaut du systme immunitaire. Dans le cas dune antibiothrapie, la fraction de la dose administre qui est excrte sous forme active par voie biliaire ou scrte par la muqueuse intestinale, laquelle sajoute en cas dadministration orale la fraction non absorbe, peut suffire altrer lquilibre cologique microbien de la flore intestinale. Les effets observs chez lhte peuvent tre alors (Corpet, 1993; Cerniglia et al., 1999; Khan et al., 2001) : i) llimination des bactries sensibles aux concentrations actives de lantibiotique, ii) la slection et la prolifration de bactries rsistantes au sein de la flore endogne, iii) la colonisation du tractus digestif par des micro-organismes exognes rsistants, en particulier ceux apports par lalimentation et iv) la translocation bactrienne (passage de bactries de la lumire intestinale aux ganglions msentriques et ventuellement dautres organes). Ces microorganismes peuvent tre responsables dinfections graves. Chez lhomme, les colites pseudomembraneuses, lies au dveloppement de Clostridium difficile producteur de toxines, sont lillustration de leffet des antibiotiques sur la flore intestinale. La prise dantibiotiques est un facteur de risque de survenue dune infection salmonelles (Dore et al., 2004). De mme chez le lapin, des colites conscutives lutilisation de clindamycine ont t dcrites et rsultent de la production de iota-toxines par Clostridium spirofome (Borriello et al., 1983; Paddenberg et al., 1998). Inversement Collier et al. (Collier et al., 2003) montrent que ladministration de tylosine permet de rduire les

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bactries mucolytiques et la colonisation par Clostridium perfringens chez le poussin, entranant ainsi une diminution des lsions dentrite ncrotique Plusieurs facteurs interviennent sur lintensit des modifications de lcosystme intestinal au cours dun traitement antibiotique donn, notamment la concentration dantibiotique qui atteint la lumire intestinale, lactivit intrinsque de la molcule sur les bactries qui composent lcosystme, de sa fixation des composants du bol alimentaire (protines, cellulose,) et son inactivation ventuelle dans le contenu intestinal. En effet, les concentrations dantibiotiques prsentes dans la lumire intestinale sont notablement diffrentes des concentrations sriques qui servent dfinir la sensibilit ou la rsistance des souches bactriennes dun point de vue thrapeutique, ce qui donne lieu lobservation deffets apparemment paradoxaux de certains antibiotiques sur lcosystme intestinal. Par exemple, chez le jeune enfant, lrythromycine administre per os entrane llimination des populations dentrobactries car les concentrations atteintes dans la lumire intestinale dpassent largement les concentrations minimales inhibitrices pour ces bactries (Butel et al., 1986). Lorsque le traitement antibiotique a permis la slection ou le dveloppement de bactries rsistantes, le transfert et la dissmination du gne de rsistance lantibiotique considr augmente. Ces changes peuvent survenir entre souches rsidentes de la flore intestinale, de faon spontane, mme en labsence de lantibiotique, entre espces identiques, diffrentes, voire loignes. Par exemple, certains gnes de rsistance sont prsents la fois chez des Gram+ et des Gram- appartenant au mme cosystme intestinal. Les gnes tetM et ermB ont pour hte originel les cocci Gram+ et sont pourtant retrouvs chez des Gram- appartenant au tube digestif. Lamplification du nombre de copies dun gne de rsistance port par une bactrie commensale peut tre considrable puisque ce gne peut tre transfr verticalement ( la descendance) ou horizontalement (aux autres lignes bactriennes). En conclusion, lcosystme intestinal, avec le systme immunitaire, participe aux dfenses de lhte contre les agressions microbiennes. Les antibiotiques sont une cause majeure de perturbation de cet quilibre qui peut devenir alors une voie dentre des bactries potentiellement pathognes. La flore intestinale tant un rservoir important de gnes de rsistance, contrler lutilisation des antibiotiques est ncessaire pour prvenir la dissmination de ces gnes. Autres flores commensales Sur les animaux et lhomme, les autres flores commensales sont la flore cutane, la flore oro-pharynge, la flore vaginale, etc. Ces flores bactriennes sont moins denses que la flore intestinale et ont t moins tudies du point de vue des conditions de slection de la rsistance aux antibiotiques. Mais les mcanismes gnraux de slection et damplification de la rsistance y sont comparables ceux mis en uvre dans la flore intestinale. La capacit de rsidence des bactries pathognes au sein de ces flores est importante connatre pour valuer les risques de slection et de transfert de gnes de rsistance par rapport aux bactries pathognes. 4. Mesure de la rsistance 4.1. Mthodologie de lantibiogramme Dfinitions Lantibiogramme est conu pour prdire la sensibilit des bactries aux antibiotiques en termes defficacit clinique. Il permet de catgoriser une souche pathogne en catgories cliniques sensible (S), intermdiaire (I) ou rsistante (R) et non en classes thrapeutiques comme modrment sensible . Lantibiogramme sert galement la surveillance pidmiologique de la rsistance bactrienne, et peut orienter lidentification bactrienne par la mise en vidence de rsistances naturelles. Mthodes

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Lantibiogramme a pour but de dterminer la sensibilit dune souche bactrienne vis--vis de divers antibiotiques. Diffrentes techniques sont utilises pour apprcier cette valeur.

Mthodes de dilution Les mthodes de dilution sont effectues en milieu liquide ou en milieu solide. Elles consistent mettre un inoculum bactrien standardis au contact de concentrations croissantes dantibiotiques selon une progression gomtrique de raison 2. En milieu liquide, linoculum bactrien est distribu dans une srie de tubes (mthode de macro-dilution) ou de cupules (mthode de micro-dilution) contenant lantibiotique. Aprs incubation, la concentration minimale inhibitrice (CMI) est indique par le tube ou la cupule qui contient la plus faible concentration dantibiotique o aucune croissance nest visible. La mthode de dilution en milieu glos est la mthode de rfrence pour la mesure de la sensibilit bactrienne aux antibiotiques et elle est habituellement utilise pour valuer lactivit dun anti-infectieux donn sur une ou plusieurs souches bactriennes. Cette mthode est ralise en incorporant lantibiotique dans un milieu glos. La surface de la glose est ensemence avec un inoculum des souches tudier. Aprs incubation, la CMI de chaque souche est dtermine par linhibition de la croissance sur le milieu contenant la plus faible concentration dantibiotique. Mthode de diffusion La mthode de diffusion en milieu glos consiste valuer simultanment lactivit inhibitrice de plusieurs anti-infectieux reprsentatifs des principales familles dantibiotiques sur une souche bactrienne en mesurant les diamtres dinhibition autour de disques chargs en antibiotique. Lorsque lon dpose la surface de la glose, un disque de papier buvard imprgn dun anti-infectieux, celui-ci diffuse au sein de la glose en crant un gradient de concentration dcroissant au fur et mesure que lon sloigne du disque. Si, avant de dposer le disque, on a ensemenc en nappe la surface dun milieu glos avec une culture bactrienne pure sensible cet anti-infectieux, aprs incubation, la culture est inhibe autour du disque. La zone dinhibition est circulaire et centre sur le disque. Le diamtre suit une loi inverse la valeur de la CMI. A la limite des zones dinhibition, il existe dans la glose des concentrations dantibiotiques gales aux CMI. La mthode de diffusion ne permet pas de chiffrer directement ces valeurs. Il existe cependant une relation entre les diamtres des zones dinhibition et les log base 2 des CMI mesures par les techniques de dilution. Ces relations appeles droites de concordance ou de rgression sont tablies dans les conditions standard pour chaque type de disque dont la charge en anti-infectieux est parfaitement dfinie. Autres mthodes Technique en milieu glos : le Etest Le Etest (AES) permet de dterminer la CMI grce lutilisation de bandelettes imprgnes dun gradient exponentiel continu de lantibiotique tester. Le Etest associe les caractristiques des mthodes de diffusion et de dilution en milieu solide. Les bandelettes sont appliques sur la surface dun milieu glos pralablement ensemenc avec un inoculum de la souche tudier. Aprs incubation, linhibition de la croissance se traduit par une ellipse dinhibition dont les points dintersection avec la bandelette dfinissent la CMI. Une chelle de lecture, imprime sur la bandelette, permet une interprtation rapide. Antibiogramme automatis Ce terme est utilis pour dsigner les appareils effectuant la lecture et linterprtation des tests faits manuellement. Ces appareils fonctionnent selon deux grands principes :

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ils miment les tests conventionnels dtude de la sensibilit des bactries aux antibiotiques, - ils comparent la croissance dun tmoin celle observe en prsence dune ou plusieurs concentrations dantibiotiques. Les systmes tudient la croissance bactrienne soit en prsence dune seule concentration dantibiotique (concentration permettant de discriminer les bactries sensibles des bactries rsistantes) soit en effectuant une analyse cintique de la croissance (exemples : systme ATBExpression (Biomrieux), Vitek 2 (Biomrieux), Phoenix (Becton Dickinson). Standardisation La fiabilit des rsultats est influence par de nombreux paramtres qui doivent tre contrls. Les recommandations techniques sont mises par diffrents comits dexperts, en France par le Comit de lAntibiogramme de la Socit Franaise de Microbiologie (CA-SFM). Les laboratoires doivent organiser un contrle de qualit interne et participer des contrles de qualit externe. Expression des rsultats Les laboratoires disposent gnralement des diamtres ou des concentrations minimales inhibitrices qui sont les donnes brutes de lantibiogramme. Ces donnes sont interprtes par rapport aux seuils critiques pour chaque antibiotique. Si le diamtre mesur est infrieur au diamtre critique infrieur ou si la concentration obtenue est suprieure la concentration critique suprieure, la souche est rsistante. Si le diamtre mesur est suprieur ou gal au diamtre correspondant au seuil critique suprieur ou si la concentration obtenue est infrieure ou gale la concentration critique infrieure, la souche est sensible. Si le diamtre est compris entre les deux valeurs, la souche est considre comme intermdiaire. Ces rgles dinterprtation ne sont applicables que si les recommandations suivies sont celles du Comit de lAntibiogramme de la Socit Franaise de Microbiologie (CA-SFM). Cependant cette catgorisation nest pas suffisante et il convient de raliser une lecture interprtative qui permet de dtecter les phnotypes et mcanismes de rsistance connus ou nouveaux (communiqu du Comit de lAntibiogramme de la Socit Franaise de Microbiologie13). La rponse ainsi interprte, en ce qui concerne les mcanismes de rsistance, sera ensuite confronte aux donnes cliniques et aux donnes pharmacologiques. Cette lecture interprtative ncessite quelques rgles notamment pour la disposition des disques imprgns dantibiotique les uns par rapport aux autres. Cest le cas dans le cadre de la recherche de bta-lactamases spectre tendu (BLSE). Ces bta-lactamases sont des pnicillinases qui inactivent toutes les bta-lactamines ( lexception des cphamycines et des carbapnmes) ; elles sont inhibes par lacide clavulanique. Leur recherche repose donc sur la mise en vidence dune synergie entre une cphalosporine de 3me gnration (ceftazidime) ou laztronam et linhibiteur de btalactamase, lacide clavulanique. Le test consiste placer un disque contenant lassociation amoxicilline/acide clavulanique 3 cm des disques des bta-lactamines dsignes ci-dessus et observer la synergie ventuelle qui confirme la production de BLSE. Dans le cas de la dtection dune BLSE et de mise en vidence dune synergie, il est ncessaire dinterprter I , tout rsultat S obtenu pour le cfotaxime, le ceftriaxone, la ceftazidime, le cfpime, laztronam et pour le ceftiofur et la cefquinome dans le cas dun antibiogramme ralis en mdecine vtrinaire. 4.2. Mthodologie molculaire Dtection de gnes de rsistance La rsistance aux antibiotiques peut tre due une absence de la cible de lantibiotique, lacquisition de gnes de rsistance ou alors la modification gntique de gnes du mtabolisme, rgulant la permabilit ou lefflux. Diffrents outils molculaires sont
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http://www.sfm.asso.fr/nouv/general.php?pa=2

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actuellement utiliss pour la dtection et la caractrisation des gnes et des mutations impliqus dans la rsistance aux antibiotiques. Ces gnes de rsistance aux antibiotiques sont situs soit sur des structures auto-rplicatives autonomes (de type plasmides), soit sur le chromosome. Ils peuvent tre intgrs dans des lments gntiques mobiles (de type transposon, intgron, lot gnomique). La mthode de choix, utilise la fois pour la dtection des gnes de rsistance et pour la mise en vidence de mutations est la PCR (Polymerase Chain Reaction). La PCR est utilise pour mettre en vidence un gne responsable dun phnotype de rsistance mais galement pour estimer la prvalence des gnes de rsistance dans une population bactrienne. Cette technique peut permettre ainsi didentifier une rsistance unique mais galement lorganisation de gnes par rapport dautres gnes. Ce type dapproche a t utilis pour dterminer lorganisation, au niveau du locus de multirsistance, des gnes confrant la pentarsistance chez Salmonella Typhimurium de lysotype DT104 (Arcangioli et al., 1999a). La PCR peut tre combine une restriction enzymatique dans le cadre de la dtection de mutations confrant une rsistance aux antibiotiques. En effet, il se peut que de telles mutations puissent crer ou modifier les sites de reconnaissance des endonuclases. La dtection de mutations est galement ralise en utilisant des oligonuclotides spcifiques. Une Mismatch Amplification Mutation Assay PCR (MAMA PCR) est ainsi utilise pour la dtection de la mutation dans le gne gyrA confrant la rsistance aux quinolones chez C. coli et C. jejuni (Zirnstein et al., 1999; Zirnstein et al., 2000). La localisation gntique des gnes sur des structures mobiles ou sur le chromosome peut tre tudie par PCR. Grce la prsence de squences conserves au niveau des intgrons, la prsence de gnes de rsistance sur ces structures peut tre confirme (Levesque et al., 1995). De mme, la dtection de transposons est ralise grce cette technique. Lhybridation ADN-ADN est galement utilise pour la dtection de gnes de rsistance. Cette technique plus lourde mettre en place que la PCR permet grce des sondes internes de confirmer la prsence de gnes, ou lorganisation de gnes. Epidmiologie molculaire Les mthodes molculaires se sont beaucoup dveloppes ces dernires annes notamment pour linvestigation pidmiologique et la comparaison de souches bactriennes. Ces mthodes permettent galement dapprcier la diffusion dun clone au sein dune population donne ou bien de mettre en vidence des transferts horizontaux de gnes et sont donc bien adaptes au suivi de la diffusion de gnes de rsistance ports sur des structures mobiles telles que les plasmides ou intgrons par exemple. De nombreuses mthodes ont t dcrites, certaines sont bases uniquement sur lanalyse de plasmides, dautres sintressent lensemble du gnome bactrien que ce soit spcifiquement pour lidentification de certaines rgions de lADN chromosomique ou de faon plus gnrale pour lanalyse de fragments reprsentatifs de lensemble du gnome. Le pouvoir de discrimination des souches est variable selon les mthodes et lespce bactrienne analyses. Schmatiquement, les mthodes reposent sur deux grands principes : - soit lamplification par PCR de squences donnes telles que Random Amplified DNA polymorphism (RAPD), Repetitive Element Polymorphism (REP-PCR), IS-PCR, - soit la restriction de lADN bactrien suivie ou non dune hybridation de certains fragments, cest le cas de la ribotypie qui met en vidence les ADN codant pour les ARNs ribosomaux, de toutes les technique de type RFLP suivie dune rvlation de fragments cibls, ou de llectrophorse en champ puls aprs macrorestriction de lADN (PFGE). Certaines mthodes font appel la combinaison des deux principes, cest le cas de lAFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), dautres plus rcentes encore utilisent la mthode de squenage sur de rgions dfinies, cest le cas de la technique MLST (Multi Locus Sequence Typing). Ces diffrentes techniques sont parfaitement adaptes linvestigation pidmiologique et les critres de choix tiennent compte de leur performance en termes de pouvoir de discrimination, de reproductibilit, de standardisation et de facilit de mise en uvre au laboratoire. Ces mthodes molculaires permettent la fois de caractriser les gnes de

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rsistance et danalyser le gnome bactrien. La combinaison de ces deux applications permet de diffrencier la diffusion horizontale de rsistance aux antibiotiques de celle impliquant une dissmination clonale. Dans la plupart des cas, la diffusion horizontale dun ou de plusieurs gnes de rsistance plasmidiques ou chromosomiques est marque par la prsence de profils molculaires ou gnotypes diffrents des isolats tests portant le support de rsistance. Cest le cas, par exemple, de la rsistance au florfnicol de type plasmidique chez E. coli. Au contraire, lors dune diffusion clonale de la rsistance, les profils molculaires des souches hbergeant cette rsistance sont identiques, cest ce qui a t observ, en 1998, par Ridley et Threlfall (Ridley et al., 1998a) dans le cas de la pentarsistance de type ACSSuT code par un cluster de gnes chromosomiques chez S. Typhimurium de lysotype DT104, nanmoins, dautres travaux ont pu mettre en vidence la prsence de cette structure pour dautres lysotypes et mme dautres srotypes chez Salmonella, laissant ainsi supposer quil existe galement un transfert horizontal de ces gnes. Les mthodes molculaires ont pu ainsi mettre en vidence limplication des intgrons, dans les transferts horizontaux de cluster de gnes et par consquent dans la diffusion de souches multi-rsistantes. Dautres mthodes molculaires sont actuellement en cours de dveloppement, elles font appel la technologie de PCR en temps rel permettant la dtection rapide et sensible de gnes de rsistance, ou la technologie de puces ADN qui permet la mise en vidence simultanment de mutations et de nombreuses squences gnomiques, en particulier celles codant pour les rsistances diffrentes familles dantibiotiques. 4.3. Mthodologie pidmiologique Au plan pidmiologique, on distingue la surveillance, des tudes cibles ponctuelles (enqutes). Programme de surveillance La surveillance consiste en un recueil et une analyse systmatique et durable de donnes, faisant lobjet dun retour vers ceux qui les ont gnres, utilises pour la planification, la mise en place et le suivi de politique de sant publique. La surveillance de la rsistance est une activit primordiale dun programme de lutte contre le dveloppement de la rsistance et le succs dune surveillance europenne dpend de lefficacit des programmes nationaux de rfrence et de la pertinence de ces systmes en termes de techniques microbiologiques utilises. Quatre types dinformations peuvent tre gnrs qui sont destins diffrentes catgories dacteurs impliqus dans lutilisation des antibiotiques (Tableau 13). Tableau 13 : Types dinformation sur la rsistance bactrienne (Allouch et al., 2001)
Type 1 2 3 4 Objet Analyse des populations bactriennes selon le niveau de sensibilit, au sein des diffrentes espces Statistiques globales de rsistance par espce bactrienne Rsistance bactrienne dans les infections documentes : pidmiologie et facteurs de risque Prvalence, incidence et caractristiques des bactries multirsistantes Utilisation Etablissement des valeurs critiques permettant la classification des bactries en sensible ou rsistante . Aide ltablissement du spectre dactivit, des indications Profils de probabilit dactivit des antibiotiques Aide la prescription mdicale courante Dtection de nouvelles pidmies Dcisions sanitaires Politique dantibiothrapie

Enqutes cibles A ct des rseaux dpidmio-surveillance gnralement centrs sur une bactrie pathogne (animal ou zoonotique) ou un rservoir potentiel de gnes dintrt ( indicateur ) (Aarestrup, 1998), il importe de complter le recueil dinformation par des enqutes pidmiologiques ponctuelles. Ces dernires peuvent tre conduites de faon rtrospective. Elles peuvent avoir pour objectif de reprer un facteur associ lmergence de la contamination par une bactrie prsentant un phnotype de rsistance nouveau (Ward et al., 2002; Gupta et al., 2003a). Il

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sagit denqutes de type cas-tmoins ou de cohorte. Dautres tudes peuvent tre menes au sein de collections de souches pour y rechercher (toujours rtrospectivement) des gnotypes dintrt mergents (Faldynova et al., 2003; Gado et al., 2003). Des enqutes pidmiologiques prospectives peuvent galement tre faites dans le but de surveiller lvolution de lantibiorsistance de bactries dintrt dans un contexte hospitalier (Chiappini et al., 2002), dans un contexte de sant animale (Arcangioli et al., 2000) ou encore afin de contrler les effets de linterdiction dun additif sur lvolution des profils dantibiorsistance dune population bactrienne, avec des rsultats parfois contrasts (exemple des VRE, entrocoques rsistants la vancomycine et de linterdiction de lavoparcine en Europe) (Kruse et al., 1999; van den Bogaard et al., 2000; Aarestrup et al., 2001a; Borgen et al., 2001). Elles doivent aussi tre envisages dans le but dabonder une analyse (quantitative) des risques (Salisbury, 2002), en gnrant des donnes reprsentatives dune population donne, en reprant et en hirarchisant des facteurs de risque associs. Echantillonnage Les modalits de recueil dchantillons dans une population dfinie ncessitent un cadre mthodologique pour estimer lindicateur de la rsistance dans la population cible et permettre des analyses statistiques (Davison, 2000). Le nombre dchantillons requis dpend des objectifs de ltude, de la population vise et de la puissance statistique demande. La taille de lchantillon est limite par des contraintes pratiques lies au cot du recueil et de lanalyse. Par exemple, pour estimer la proportion (prvalence) de bovins porteurs dE. coli rsistant dans un levage de 200 animaux avec un intervalle de confiance 95 %, de 5 %, ltude de 132 animaux choisis alatoirement sera ncessaire si la prvalence attendue est de 50 %. Cette estimation est base sur un test parfait ayant 100 % de sensibilit et 100 % de spcificit et si la population cible au niveau de lanimal ou de la bactrie est homogne en ce qui concerne la rsistance. Plusieurs niveaux dtudes peuvent tre pris en compte dans le cas de la rsistance aux antibiotiques : - Gne de rsistance - Colonie bactrienne - Bactrie viable (ex : isolat sur milieu de culture) - Densit de linoculum - Echantillon (ex : fces) - Animal individuel - Groupe danimaux (ex : classes dge) - Population animale La connaissance de la variabilit a priori de la rsistance chaque niveau et entre eux est ncessaire pour dvelopper des stratgies de prlvements appropries. Dun point de vue thorique, on peut donc analyser la mesure de la rsistance du point de vue de lespce bactrienne, de lhte ou de la population animale. Les paramtres cls sont la moyenne et la distribution du nombre (b) de bactries testes par sujet et le nombre et la proportion (p) de bactries rsistantes dans chaque sujet. Il nest pas possible de relier directement la proportion (P) dhte portant des bactries rsistantes la proportion de bactries rsistantes sans connatre ces 4 composantes. De plus, il nest pas possible de comparer directement les rsultats dtudes pour lesquels un ou plus de ces composants diffrent. Ceci signifie quil nest pas possible de comparer directement les rsultats de deux tudes ayant diffrents nombres de bactries testes par sujet et que des diffrences de prvalence de la rsistance aux antibiotiques chez les sujets peuvent rsulter de diffrences (non mesures) dans la distribution statistique des nombres de bactries testes par sujet. Si P est la proportion de sujet pour lequel une rsistance un antibiotiques est dtecte, la relation entre P, p et b, scrit dans le cas le plus simple correspondant un nombre de souches testes par hte b gal, et une proportion p gale chez chaque sujet, de la manire suivante : P=1-(1-p)b

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P est aussi sensible une variation de b qu une variation de p. On ne peut donc pas relier p P sans connatre b qui est dpendant de la taille de la population bactrienne chez chaque hte, de la mthode de prlvement et de la mthode disolement. Plus gnralement, si pour un sujet i dans un chantillon de N sujets, bi bactries sont testes et que la proportion pi de rsistance varie dun sujet lautre, alors on obtient

P=

1 N (1 (1 pi ) bi N i =1

P est donc dpendant des valeurs de pi et bi. Une htrognit dans les valeurs de pi ou de bi influence la relation entre P et les taux individuels pi. La proportion pi au niveau de chaque individu est le rapport de la taille de la population de bactries rsistantes par la population totale. La mesure de ce rapport au sein des sous-populations bactriennes dune flore complexe dpend donc de la taille de ces populations au sein de linoculum analys par les mthodes bactriologiques plus ou moins slectives. Au niveau gnral, la relation entre p (taux de rsistance) et P (prvalence chez lhte) est simplifie si une seule souche, isole de manire alatoire du prlvement issu dun animal lui mme choisi au hasard au sein de lots diffrents, est teste du point de vue de la rsistance aux antibiotiques. Mthodes microbiologiques Le choix des mthodes microbiologiques dpend des objectifs du programme de surveillance ou du type dtude et influence donc les rsultats. Pour un chantillon donn obtenu sur un animal, il est possible disoler alatoirement une ou quelques souches en utilisant un milieu slectif ou non de lespce bactrienne vise. Il est galement possible disoler les bactries rsistantes un antibiotique donn en utilisant un ou plusieurs milieux slectifs contenant diffrentes concentrations de lantibiotique. Les performances en termes disolement sont alors dpendantes de la taille de linoculum utilis sur chaque bote, du type de milieu slectif et de la taille des populations bactriennes. Enfin pour des bactries ayant des densits trs faibles au sein de la flore tudie, la procdure disolement peut inclure une tape denrichissement comme dans le cas de la recherche de salmonelles (Nolan et al., 1995). Pour des isolats cliniques, on suppose en gnral que lon a une diffusion clonale et que lantibiogramme vaut pour les souches individuelles (Andrews, 2001a; Andrews, 2001b). Cependant pour les flores commensales, il ny a pas de recommandations sur les mthodes appropries pour mesurer quantitativement la rsistance dans ces populations. Au sein dun chantillon, labondance en souches rsistantes peut sexprimer sous forme de nombre de bactries par unit de poids (Linton et al., 1978) ou sous forme de proportion (pourcentage) de bactries rsistantes (Langlois et al., 1983; Dunlop et al., 1998b). Dans ces tudes, lestimation de la rsistance dpend dune mesure sur des isolats provenant de population contenant des millions de bactries. Rcemment, des mthodes danalyse de la distribution de la rsistance un antibiotique donn au sein de la population dE. coli ont t proposes (Humphry, 2002). 4.4. Les indicateurs de la rsistance Plusieurs types dindicateurs de la rsistance sont donc utilisables pour exprimer les rsultats de programme de surveillance ou ceux issus dtudes pidmiologiques. Pour les programmes de surveillance, il est recommand de recueillir les donnes brutes (CMI, diamtres dinhibition) pour chaque souche bactrienne rcolte, conjointement des informations pidmiologiques et/ou cliniques. Les rsultats sont rapports sous forme dhistogrammes de distribution de la sensibilit des souches un antibiotique donne. Ce type de donnes permet didentifier et de dcrire les sous-populations de souches selon leur niveau de sensibilit au sein des principales espces bactriennes. Ces donnes sont utiles pour dfinir les valeurs critiques qui dlimitent les catgories cliniques (S, I, R).

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Pour les principales espces bactriennes, les rsultats interprts, reports sous la forme du nombre de souches rsistantes par le nombre total de souches testes, sont des taux de rsistance un (des) antibiotique(s) donn(s). Ce taux de rsistance est exprim sous forme dun pourcentage, en fonction de paramtres pertinents disponibles et dpendants des informations recueillies lors de lchantillonnage. Il est possible danalyser le taux de rsistance en fonction de lespce animale dorigine, du moment de lchantillonnage (diagnostic, surveillance labattoir), du type dlevage (si linformation est recueillie), de ltat de sant des animaux (maladie, sain), du site disolement (caecal, fcal, pulmonaire, etc.). Dans le cas dinfections documentes, il sagit dexprimer les rsultats selon lorigine du prlvement en fonction de paramtres cliniques et pidmiologiques connus pour tre des facteurs de risque de rsistance (ex : antcdents dantibiothrapie, rechute), pour les principales catgories dinfections. Pour les bactries pathognes vtrinaires, ces donnes peuvent servir ltablissement du spectre dactivit de la molcule et de ses indications thrapeutiques (rsum des caractristiques du produit) et sont utiliss dans le cadre de lenregistrement des mdicaments et de laide la prescription. Si les lieux et moments de recueil sont standardiss entre pays avec des mthodes microbiologiques quivalentes, ces informations peuvent servir de base un programme de surveillance international. Les modalits de prlvement influent donc sur la nature de la population chantillonne et donc sur le taux de rsistance mesur dans lespce bactrienne. Ainsi, par exemple, le taux de rsistance un antibiotique chez E. coli dpend du statut clinique de lanimal (sain, malade), du site de prlvement (fcal, urinaire, pulmonaire), de lge de lanimal, etc. Lorsquil est possible de mesurer au sein de la population le nombre de sujets porteurs de bactries rsistantes, il est possible de mesurer la prvalence de la rsistance qui sexprime sous forme dun ratio gal au nombre de sujets positifs (porteur de la bactrie rsistante) par rapport au nombre danimaux tests. Cette prvalence peut tre calcule pour des individus ou pour des groupes danimaux tels que les lots abattus ou les levages. La prvalence est alors exprime sous la forme du ratio gal au nombre de groupes positifs par rapport au nombre de groupes tests. Les rsultats en termes de prvalence dpendent de la densit de la population bactrienne rsistante chez chaque sujet test, cest--dire de la proportion de souches rsistantes au sein dune population bactrienne donne dans un chantillon et de la capacit de dtection de la mthode danalyse utilise. La modification du taux de rsistance peut tre du fait de la diffusion dun clone rsistant remplaant une fraction de la population sensible ou dun changement dans la pression de slection entranant un accroissement de la population rsistante. La dtection de ce changement peut tre obtenue par lanalyse des sries chronologiques. A retenir Plusieurs types dindicateurs de la rsistance sont utilisables pour exprimer les rsultats de programme de surveillance ou ceux issus dtudes pidmiologiques. Pour les principales espces bactriennes, les rsultats interprts, reports sous la forme du nombre de souches rsistantes par le nombre total de souches testes, sont des taux de rsistance un (des) antibiotique(s) donn(s). Lorsquil est possible de mesurer au sein de la population le nombre de sujets porteurs de bactries rsistantes, il est possible de mesurer la prvalence de la rsistance qui sexprime sous forme dun ratio gal au nombre de sujets positifs (porteur de la bactrie rsistante) par rapport au nombre de sujets tests.

II.

Suivi de la rsistance aux antibiotiques en filire de production animale

Face laugmentation du pourcentage de rsistance chez des bactries pathognes, aussi bien en mdecine humaine que vtrinaire, la mise en place de programmes de surveillance est indispensable. La surveillance de la rsistance aux antibiotiques chez lanimal a pour principaux enjeux de dtecter lmergence, et dapprcier une ventuelle diffusion, de

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bactries pathognes pour lhomme (ou lanimal), qui auraient acquis un gne de rsistance des antibiotiques utiliss en mdecine humaine (ou animale), donc susceptibles dtre lorigine dchec thrapeutique, voire de mortalit. Aussi, la mise en place dun systme de surveillance, au sein dun dispositif national de scurit sanitaire, peut avoir diffrents niveaux dobjectifs : - documenter le taux de rsistance pour diffrentes espces bactriennes isoles diffrents niveaux (animaux malades et sains, produits alimentaires, homme) ; - dtecter des nouveaux vnements lorigine dune alerte (par exemple mergence dune rsistance bactrienne susceptible de reprsenter un danger pour la sant publique ou animale), soit pour en tudier les causes, soit dans un objectif de prvention des risques ce qui ncessite, outre de sassurer de la qualit du systme de surveillance, de sassurer de la capacit des organismes nationaux comptents ragir en temps voulu ; - surveiller un ensemble de donnes afin de caractriser des tendances; ainsi, le dispositif de surveillance doit-il permettre de collecter des donnes de qualit, comparables dans le temps et lespace ; - le systme de surveillance peut galement avoir la capacit dtudier les changements de prvalence de multirsistance (dtection de clones multirsistants) par lanalyse rgulire de la distribution des phnotypes de rsistance en fonction du temps par lexploitation des bases de donnes. La mise en place de programmes de surveillance peut tre fonde sur plusieurs types dapproches permettant le recueil de diffrents indicateurs mesurs diffrents niveaux de population animale (animaux, bandes ou lots, levage, groupement, type de production, rgion, pays) et dans diffrents secteurs de la chane de production alimentaire (alimentation animale, animaux, levage, environnement, arrive abattoir, environnement abattoir, atelier de transformation, produit brut, produit la vente). Chez lanimal, les isolements proviennent, soit danimaux malades dans le cadre dun diagnostic bactriologique vtrinaire, soit danimaux sains (prlvement la ferme ou labattoir). Les indicateurs mesurs dans un programme de surveillance de la rsistance aux antibiotiques peuvent tre : - le taux de rsistance aux antibiotiques dans une population bactrienne, - la prvalence de la rsistance aux antibiotiques dans une population animale. 1. Dispositif de surveillance de la rsistance bactrienne chez lanimal en France Au plan national, la rsistance aux antibiotiques chez les bactries dorigine animale est surveille par trois programmes. - Le rseau de laboratoires Resapath (Rseau de surveillance de lantibiorsistance des bactries pathognes), anim par lAfssa (laboratoires de Ploufragan et Lyon) et financ par une convention avec le Ministre de lagriculture, et de la pche, collecte les donnes sur la rsistance aux antibiotiques chez des bactries isoles danimaux (bovins, porcins et volailles) malades dans le cadre du diagnostic bactriologique vtrinaire. - Les plans de surveillance annuels, mis en place par la Direction gnrale de lalimentation (DGAl) permettent la rcolte, labattoir, des fces ou caeca danimaux sains, desquels sont isoles des souches dE. coli, dEnterococcus faecium et de Campylobacter sp. Quelques isolats de salmonelles ont aussi t obtenus dans les trois filires (bovine, porcine et aviaire). - Le rseau de laboratoires Salmonella , anim par lAfssa (laboratoire LERQAP14 de Maisons-Alfort) permet de recueillir des souches de salmonelles dorigine non humaine, envoyes pour srotypage, pour les soumettre un antibiogramme.

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Laboratoire dtude et de recherche sur la qualit des aliments et des procds

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Les trois programmes sont dcrits ci-dessous et sont analyss selon le principe dune grille danalyse commune afin de juger de leur adquation par rapport leurs objectifs initiaux et de proposer des modalits dvolution en fonction des objectifs dfinis de sant publique et animale. Les rsultats dtaills de la surveillance nationale annuelle de la rsistance aux antibiotiques chez les bactries dorigine animale, par filire et par espce bactrienne, font lobjet de rapports annuels des travaux de lAfssa. 1.1. Surveillance des pathognes vtrinaires Les donnes recueillies par un tel systme sont utiles : - aux vtrinaires praticiens pour les informer de lexistence de souches pathognes rsistantes leurs traitements de premire ou seconde intention, - aux pidmiologistes pour analyser lvolution du taux de rsistance selon les espces bactriennes, lespce animale et le type de pathologie, et dtecter lmergence de nouveaux phnotypes de rsistance. En France, la surveillance de la rsistance aux antibiotiques chez les bactries pathognes des bovins est assure depuis plus de vingt ans (Martel et al., 1993) et a t tendue aux filires avicole et porcine, en 2001, pour donner naissance un rseau unique : le Resapath. Une quarantaine de laboratoires de diagnostic vtrinaire, publics et privs, ont adhr volontairement au rseau aprs signature dune charte dfinissant les rgles de fonctionnement du rseau. Les laboratoires de lAfssa (Ploufragan et Lyon) recueillent les donnes, organisent la diffusion dinformations et proposent des essais daptitude pour la ralisation des antibiogrammes. Le Resapath est gr par un comit de pilotage compos de 5 partenaires : la DGAl, lAfssa, la Socit nationale des groupements techniques vtrinaires (SNGTV), un reprsentant de laboratoires danalyses privs et un reprsentant de laboratoires danalyses publics. Le Resapath fait partie de lONERBA (Observatoire National de lEpidmiologie de la Rsistance Bactrienne aux Antibiotiques) qui fdre en France, les rseaux de surveillance de la rsistance aux antibiotiques chez lhomme et lanimal. Les comits techniques spcialiss ont dfini dune part les espces bactriennes surveiller pour chaque espce animale et dautre part les antibiotiques prendre en compte pour chacune delle (Tableaux 14, 15 et 16). Les antibiotiques ont t dfinis en fonction de leur intrt thrapeutique et/ou pidmiologique. Les laboratoires danalyses vtrinaires volontaires choisissent, selon leur localisation gographique ou leurs activits, le site de lAfssa auquel ils communiquent les rsultats dantibiogrammes effectus. Les donnes sont communiques anonymes lAfssa. Chaque laboratoire choisit la ou les filire(s) animale(s) pour laquelle (ou lesquelles) il souhaite adresser ses rsultats dantibiogrammes, accompagns de renseignements concernant les souches analyses. Les commmoratifs demands sont les suivants : - les rfrences denregistrement, la date et le lieu de prlvement (dpartement ou code postal), la nature du prlvement, lespce animale, lge de lanimal, le type dlevage, la pathologie observe, le(s) traitement(s) antibiotique(s) administr(s). Les fiches cliniques ne permettent pas toujours, cependant, de distinguer les cas cliniques primaires nayant pas t prcdemment traits, de ceux correspondant des rechutes. Cette source dinformation doit donc tre utilise avec prcaution car elle relve dun biais dchantillonnage (les prlvements ou les animaux pouvant tre soumis ce diagnostic bactriologique la suite dchecs thrapeutiques). Ainsi, la surveillance de la rsistance aux antibiotiques chez les bactries pathognes vtrinaires est fonde sur lanalyse des rsultats d'antibiogrammes raliss au cours dun

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diagnostic. Les rsultats sont exprims en pourcentage de rsistance pour les principaux pathognes vtrinaires. Les informations recueillies sont destines aux praticiens et aux autorits comptentes en matire dAMM des mdicaments vtrinaires. Tableau 14 : Liste des bactries suivies par le Resapath en fonction des filires animales
Filire Bovine Bactries Escherichia coli pathognes (K99, autres E. coli) Salmonella enterica subsp enterica pathognes Mannheimia haemolytica, Pasteurella multocida, autres Pasteurelles, Streptococcus agalactiae, Streptococcus dysgalactiae et Streptococcus uberis, Staphylococcus coagulase positive, Staphylococcus coagulase ngative Escherichia coli pathognes (K88, O78:K80, O141:K85, O9, autres E. coli) Salmonella enterica subsp enterica pathognes Actinobacillus pleuropneumoniae, Pasteurella multocida Streptococcus suis Staphylococcus hyicus, Staphylococcus coagulase positive, Staphylococcus coagulase ngative Escherichia coli pathognes (O78:K80, O1:K1, O2:K1, autres E. coli) Salmonella enterica subsp enterica pathognes Pasteurella multocida

Porcine

Avicole

On peut ainsi noter que depuis 1992, en France, la majorit de staphylocoques coagulase positive isols partir de mammites chez les vaches laitires est reste sensible loxacilline. Aprs linterdiction du chloramphnicol comme antibiotique chez les animaux producteurs de denres alimentaires en application du rglement LMR, il na pas t observ de rduction rapide du pourcentage de rsistance cet antibiotique chez les principaux germes pathognes des bovins. Depuis 1993, la majorit des souches de E. coli isoles en filire bovine est sensible aux cphalosporines. Ds 2002, on a constat un dcalage, au sein de la population, des diamtres dinhibition des souches sensibles vers la catgorie rsistante. En 2003, lmergence de souches rsistantes dans les trois filires surveilles par le Resapath a t confirme et des gnes de rsistances aux bta-lactamines et aux cphalosporines ont t mis en vidence par PCR chez ces souches (Meunier et al., 2005). 1.2. Surveillance de la flore commensale La surveillance de la rsistance aux antibiotiques chez les bactries prsentes au sein de la flore intestinale des animaux est complmentaire de la surveillance des bactries pathognes. Elle est considre comme un indicateur pidmiologique pertinent de suivi de la politique dusage (Franklin et al., 2001). En France, la surveillance de la flore commensale a t initie en 1999 pour la filire poulet de chair et a t tendue aux filires porcine et bovine, respectivement en 2000 et 2002. La surveillance de la rsistance bactrienne des bactries de la flore commensale est suivie en France dans le cadre dun plan de surveillance mis en place par la DGAl, en collaboration avec lAfssa. Le programme actuel a pour objectif de fournir une valuation annuelle du taux de rsistance chez des bactries commensales des animaux (Escherichia coli et Enterococcus faecium) au sein des 3 principales filires de production (poulet de chair, porc, bovin). Une stratification est galement ralise en fonction du type de production (filire aviaire : standard, label ou export ; filire bovine : veau, bovin de boucherie, vaches de rforme). Fonds sur un tirage alatoire national, les rsultats sont obtenus selon les principes des recommandations internationales. Une souche, par animal prlev, est isole partir dun milieu de culture adapt et chaque animal provient dun lot diffrent. Le nombre dchantillons de fces et caeca collects par espce animale labattoir est de 200 environ pour analyser 100 souches indpendantes par espce bactrienne. Les antibiotiques tests pour chaque genre bactrien sont prsents au tableau 17.

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Tableau 15 : Antibiotiques suivis par le Resapath en filire bovine

Antibiotique Salmonelle E. coli digestif Pasteurelle E. coli1 Staphylocoques1 X X X X X X X X X X X X X X X X X* X X (X) X X X (X) X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X (X) X X (X) X X X (X) (X) X X X X X X X X X X X X Streptocoques1

Pnicilline G Ampicilline Amoxicilline + ac. clavulanique Oxacilline Cfalotine Cfoprazone Cfuroxime Ceftiofur Cefquinome Streptomycine Kanamycine Gentamicine Apramycine Spectinomycine Florfnicol Chloramphnicol Ttracycline Erythromycine Spiramycine Lincomycine Tilmicosine Bacitracine Colistine Trimthoprime + Sulfamides Acide nalidixique Enrofloxacine Marbofloxacine Danofloxacine O129

(X) ( ) Option, sans transmission au demandeur, intrt pidmiologique * Option, avec transmission au demandeur 1 : contamination du lait

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Tableau 16 : Liste minimale dantibiotiques tests par le Resapath en filires avicole et porcine
Bactries Gram + Streptococcus Suis Amoxicilline Quinolone 1re G Enrofloxacine Sulfamide + TMP Pnicilline G Lincomycine Gentamicine Ceftiofur Ttracycline Ceftiofur Ttracycline Oxacilline Staphylococcus hyicus Bactries Gram Actinobacillus pleuropneumoniae E. coli et Salmonelles Porc Volaille Pasteurella multocida Porc Volaille

Amoxicilline+Clav Florfnicol Ceftiofur Ttracycline Tylosine Nomycine Colistine Gentamicine Colistine Ceftiofur Ttracycline Tylosine Ceftiofur Ttracycline

Tableau 17 : Antibiotiques tests dans le cadre du plan de surveillance en France

Antibiotiques Acide nalidixique Amoxicilline Amoxicilline+acide clavunalique Ampicilline Apramycine Avilamycine Cfalotine Cfixime Cfoxitine Ceftazidine Chloramphnicol Ciprofloxacine Erythromycine Florfnicol Gentamicine Kanamycine Nomycine Streptomycine Ttracycline Trimethoprime Vancomycine Virginiamycine Campylobacter E. coli E. faecium

Lisolement est ralis par des laboratoires vtrinaires dpartementaux, pour les prlvements des filires aviaire et porcine, avant transmission des souches aux laboratoires de lAfssa pour la ralisation de la mesure des concentrations minimales inhibitrices. Ce processus danalyse introduit un dlai de ralisation du fait du regroupement des souches. Cette organisation ne permet donc pas un processus dalerte rapide en cas de dtection dune souche particulire. Les prlvements sont rpartis alatoirement sur les abattoirs des principales rgions de production. Cependant, ils ne sont pas rpartis de manire uniforme sur lanne, car dpendant de lactivit des services vtrinaires. La saisonnalit nest donc pas prise en compte et peut tre une source de biais dans lanalyse des variations temporelles qui sont aujourdhui limite lanne.

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Les informations gographiques ne sont pas prises en compte dans lanalyse des donnes. Cependant, il a t possible en production avicole danalyser le lien entre utilisation et rsistance aux antibiotiques, grce au recueil des fiches de lot correspondant la majorit des prlvements. En production avicole, il est donc envisageable de renforcer le programme pour assurer un suivi en continu du lien entre utilisation et rsistance. Ce type danalyse est uniquement descriptive mais elle pourrait tre effectue par des techniques statistiques adaptes ds lors quune srie temporelle suffisante est obtenue (Lopez-Lozano et al., 2000; Monnet et al., 2001). Les rsultats obtenus pour E. coli et E. faecium indiquent que les pourcentage de rsistance un antibiotique diffrent selon les espces animales chez lesquelles les souches ont t prleves. Les rsultats obtenus entre 1999 et 2003 chez E. coli dmontrent : - une rduction significative du taux de rsistance lapramycine en filire aviaire et porcine, - une rduction du taux de rsistance au chloramphnicol et au trimthoprime en filire aviaire, - une rduction du taux de rsistance la streptomycine en filire porcine. Ceux obtenus sur la mme priode chez Enterococcus faecium dmontrent une rduction du taux de rsistance au chloramphnicol et aux streptogramines en filire aviaire. Chez les souches dEnterococcus faecium isols du porc, les taux de rsistance les plus levs sont ceux observs avec la ttracycline, lrythromycine, la streptomycine et les streptogramines avec une augmentation mene en parallle entre 2001 et 2002 suivie dune rduction en 2003. Sur les 4 ans de suivi, le pourcentage de rsistance la vancomycine, infrieur 10 %, a augment de 3,3 % en 2000 8,5 % en 2003. 1.3. Surveillance des bactries zoonotiques Les bactries zoonotiques sont transmises lhomme par les aliments quil consomme et sont responsables de toxi-infections alimentaires. Elles peuvent tre galement transmises par contact avec les animaux, ou indirectement par dautres voies. La prvalence leve et les consquences de ces infections sur la sant humaine justifient leur surveillance en amont de la chane alimentaire. Lobjectif de la surveillance de la rsistance aux antibiotiques des bactries zoonotiques est de fournir des donnes permettant lanalyse des tendances volutives en termes de rsistance des souches aux antibiotiques et en particulier de mettre en vidence lmergence de souches multirsistantes ou prsentant de nouveaux phnotypes de rsistance. Cette surveillance au niveau des animaux et de lalimentation est compare aux rsultats issus de la surveillance des infections chez lhomme. Lanalyse pidmiologique de ces donnes permet danalyser le poids relatif des diffrentes sources de contamination, danalyser les incidents pidmiques et de prvenir certaines infections humaines par la mise en uvre de processus dalerte. En France, deux principaux genres bactriens zoonotiques font lobjet de surveillance pour leur caractre de rsistance aux antibiotiques : Campylobacter et Salmonella. Campylobacter Les infections Campylobacter constituent la premire cause d'infections bactriennes intestinales dans le monde et leur incidence est en augmentation dans la plupart des pays qui en font la surveillance. Les cas sporadiques sont la principale forme dexpression des infections Campylobacter (Friedman et al., 2000). Cependant, les cas sporadiques pourraient correspondre des pidmies communautaires ou cas groups non dtects par des systmes de surveillance insuffisamment performants (absence de systme de surveillance et dalerte, diversit des techniques de laboratoires utilises en routine et insuffisance du diagnostic despce et de type pour relier les cas entre eux). En France, 2 tudes d'incidence menes en Charente Maritime en 1996 (Charlet, 1996) et dans la Mayenne entre 1998 et 2000 ont montr une incidence de 27 et 38 pour 100 000 respectivement Une extrapolation ralise pour la France indique un nombre de cas confirms de 15 995 21 650 dont 3247 4395 seraient hospitaliss et 16 22 dcderaient (InVS, 2003). Les donnes obtenues partir des statistiques sur les voyageurs sudois ont confirm une incidence de 33,5 cas pour 100 000 (Ekdahl et al., 2004).

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La mise en place d'une surveillance base sur les laboratoires de ville en France a confirm l'importance de ce pathogne dans les laboratoires qui effectuent sa recherche. L'infection Campylobacter est une zoonose et la transmission principale semble se faire par ingestion soit d'aliments contamins dans la chane de production principalement la volaille (contamination des carcasses lors de l'viscration) et consomms insuffisamment cuits, soit indirectement par la consommation d'aliments mangs crus comme certains lgumes contamins au foyer par les prcdents Pour ce qui concerne les volailles, la contamination se retrouve au niveau des produits finis, du fait de la contamination des carcasses lors de lviscration labattoir (Afssa, 2004). Il faut aussi noter qu'une part non
ngligeable des poulets consomms en France (25%) en 2003 est importe et chappe au systme de surveillance mis en place dans la filire volaille.

Les Campylobacter sont peu pathognes pour lanimal et de nombreux animaux sont porteurs de Campylobacter. Les rservoirs sont les animaux domestiques (volaille, bovins, porcins, ovins et caprins), les animaux de compagnie (chiens, chats) et les animaux sauvages (oiseaux, rongeurs). Si le contact avec des animaux domestiques ou de compagnie a t retrouv comme facteur de risque des infections Campylobacter chez lhomme dans certaines tudes, le lien pidmiologique avec les animaux sauvages est en revanche difficile tablir. Cependant les animaux sauvages sont lorigine dune contamination environnementale, notamment de leau (Friedman et al., 2000). Les voyages ltranger (pays en voie de dveloppement), le contact avec de la viande crue dans le cadre dune activit professionnelle, les activits aquatiques sont galement des facteurs de risque dacquisition des infections Campylobacter. En France, la surveillance de la rsistance aux antibiotiques chez Campylobacter, est ralise dans le cadre du plan de surveillance dcrit ci-dessus pour les bactries de la flore commensale. Cette surveillance a concern la filire avicole ds 1999 puis la filire porcine en 2000 et la filire bovine partir de 2002. Elle a port sur deux espces de Campylobacter : C. coli et C. jejuni. Les modalits de cette surveillance ont suivi celles du plan de surveillance des bactries sentinelles. Les prlvements effectus au niveau des abattoirs selon des plans dchantillonnage reprsentatifs des productions franaises ont permis disoler plusieurs centaines de souches puis den analyser la sensibilit vis--vis des principales familles dantibiotiques (pnicillines, macrolides, ttracyclines, quinolones et aminosides) selon une mthode de dilution en milieu glos. Les rsultats montrent que les souches de Campylobacter jejuni isoles de volailles sont frquemment rsistantes aux ttracyclines, inconstamment sensibles aux fluoroquinolones et lampicilline, habituellement sensibles aux macrolides et toujours sensibles la gentamicine. Salmonella Les salmonelles non typhiques constituent la majorit des bactries du genre Salmonella et demeurent les principales responsables de gastro-entrites dorigine infectieuse dans le monde. Le rservoir majoritaire de ces salmonelles est le rgne animal et stend toutes les espces (mammifres, oiseaux, reptiles, insectes), pour lesquelles les salmonelles vont se multiplier au niveau du tube digestif de lhte animal. De nombreux travaux apportent la preuve de la transmission de souches de salmonelles partir de produits alimentaires dorigine animale responsables de toxi-infections alimentaires. Daprs les donnes europennes compiles (Anonymous, 2003b), les produits alimentaires associs des salmonelloses sont (donnes 2000): - les ufs et les ovoproduits 67,6% - les produits carns 8,6% - les produits isols de volaille 4,3% - les produits de la mer et coquillages 3,6% Il sagit le plus souvent daliments crus ou peu cuits dont les caractristiques physicochimiques permettent la multiplication des salmonelles.

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La contamination humaine peut galement tre lie une transmission directe partir de llevage, la diffusion se faisant soit directement par portage chez lanimal sain ou le plus souvent partir de lenvironnement proche de llevage. Lorsque lanimal infect dveloppe une salmonellose clinique, celui-ci sera cart de toute la chane de transformation et dans ce cas, la transmission par voie alimentaire est peu probable. Cependant, lanimal infect est susceptible de contaminer lenvironnement dlevage et mme dautres animaux proches, si bien que la transmission de Salmonella lhomme est encore possible soit par contact direct avec lanimal infect, soit de faon indirecte par lenvironnement proche de lanimal infect. Les srotypes les plus frquemment impliqus dans les toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) sont (anne 2000) (Anonymous, 2003b) : - Enteritidis 70,5% - Typhimurium 20,1% - Virchow 1,4% - Heidelberg 0,7% - Hadar 1,4% Cette infection peut sexprimer sous diffrentes formes cliniques en fonction dune part du srotype et de la souche lorigine de linfection et dautre part de la rceptivit de lhte. Compte tenu de la gravit des infections salmonelliques, de leur impact en sant publique et surtout de limportance du rservoir animal permettant la diffusion de nombreuses espces, il est apparu depuis longtemps indispensable dexercer une surveillance pidmiologique aussi bien des salmonelles dorigine humaine que de celles isoles chez lanimal, dans les aliments et dans lenvironnement. Si depuis quelques annes, lincidence des infections Salmonella semble en diminution dans les pays dvelopps, une augmentation de la rsistance aux antibiotiques est constate, en particulier pour certains srotypes qui semblent pouvoir acqurir plus facilement que dautres de multiples rsistances. Ceci a justifi pleinement la mise en place dune surveillance de lvolution de la sensibilit des souches dorigine non humaine collectes partir de rseaux spcifiques coordonns par lAfssa. Les donnes relatives la rsistance aux antibiotiques des salmonelles dorigine non humaine sont obtenues, soit dans le cadre du Resapath (dans le cas dune pathologie animale), soit dans le cadre du rseau Salmonella . Le nombre le plus important de souches collectes est obtenu partir du rseau Salmonella , dont lobjectif premier est de suivre les tendances volutives et spatiotemporelles des srotypes de Salmonella dorigine non humaine isoles de diffrents secteurs : - secteur Sant et production animale qui comprend les souches isoles de prlvements effectus sur lanimal et partir de son environnement dlevage immdiat. - secteur Hygine des aliments qui comprend les souches isoles de lalimentation humaine ou animale et celles provenant de lenvironnement des ateliers de transformation et des abattoirs. - secteur Ecosystme naturel qui regroupe toutes les souches issues du milieu naturel. Les souches reues dans le cadre du rseau Salmonella sont accompagnes de renseignements pidmiologiques, en particulier lorigine et la nature du prlvement (espce animale, nature de laliment, lorigine gographique) et ltude de leur sensibilit aux antibiotiques est ralise selon la technique dantibiogramme par diffusion en milieu glos Mueller Hinton selon les recommandations du Comit de lAntibiogramme de la Socit Franaise de Microbiologie (CA-SFM). Les souches sont testes vis vis dun panel dantibiotiques reprsentatifs des principales familles dantibiotiques. La lecture des antibiogrammes seffectue de faon automatise, depuis 1997, permettant une bonne standardisation des rsultats et lintgration de ces rsultats dans une base de donnes permet la ralisation de requte spcifique. Ces rsultats sont exprims sous forme de diamtres dinhibition sur la base des critres du CA-SFM, partir desquels sont dduits les rsultats interprts permettant une classification clinique en souches rsistantes ( R ),

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intermdiaires ( I ) ou sensibles ( S ). Seize antibiotiques sont tests systmatiquement (Tableau 18) et seize autres antibiotiques sont tests sur les souches prsentant une rsistance aux cphalosporines de troisime gnration ou aux fluoroquinolones ou les souches prsentant un profil de penta-rsistance de type ASCTSu (rsistance lampicilline, la streptomycine, le chloramphnicol, la ttracycline et les sulfamides). Les souches collectes par lAfssa sont adresses par les laboratoires vtrinaires ou agroalimentaires participant au rseau ; environ 150 laboratoires adhrents envoient rgulirement, de faon volontaire, au total 5000 10000 souches selon les annes pour srotypage depuis 1997. Les souches sont ensuite ddoublonnes pour ltude de lantibiorsistance ; lorsque plusieurs souches de mme srotype isoles dun prlvement de mme nature et de mme origine et issues dun mme colis sont collectes, une seule souche est teste afin dviter une surestimation de certaines catgories de prlvements et dapprcier au mieux les tendances et volutions de la rsistance aux antibiotiques. Ce ddoublonnage est ralis en dynamique et une procdure de vrification de lexistence de doublons rsiduels est en cours de dveloppement. Tableau 18 : Liste des antibiotiques tests systmatiquement pour la surveillance des salmonelles dorigine non humaine.
Famille dantibiotique bta-lactamines Cphalosporines Aminoglycosides Antibiotiques tests (charge, diamtres critiques selon le CA-SFM (mm)) Ampicilline (10 g, 19-14) Amoxicilline + acide clavulanique (20g + 10g, 21-14) Cfalotine (30 g, 18-12) Cfotaxime (30 g, 21-15) Ceftazidime (30 g, 21-15) Streptomycine (10UI, 15-13) Gentamicine (10UI, 16-14) Kanamycine (30UI, 17-15) Chloramphnicol (30 g, 23-19) Ttracycline (30UI, 19-17) Sulfamthoxazole-trimthoprime (23.75 +1.25 g, 16-10) Sulfamides (200 g, 17-12) Acide nalidixique (30 g, 20-15) Ofloxacine (5 g, 22-16) Enrofloxacine (5 g, 22-17) Colistine (50 g, 15)

Phnicols Ttracyclines Sulfamides Quinolones Pomyxine

La surveillance de la rsistance aux antibiotiques chez les salmonelles dorigine non humaine est une activit provenant dune dmarche volontaire. Elle permet le suivi depuis plus dune dcade de lvolution du taux de rsistance pour les principaux srotypes et les principales sources disolement non humaines de salmonelles. Les rsultats prsents dans le tableau 19 montrent lvolution et la distribution de la rsistance chaque antibiotique en fonction de la filire animale dorigine dans le secteur Sant et production animales de 2001 2003. Durant cette priode, il est observ une diminution de la frquence de souches rsistantes aux aminopnicillines, la streptomycine, au chloramphnicol et aux sulfamides dans les filires bovine et porcine, ainsi que labsence de rsistance aux cphalosporines et aux fluoroquinolones en 2003. Dans la filire bovine, on observe une diminution trs importante de la rsistance la ttracycline alors que dans la filire porcine, des souches rsistantes la gentamicine apparaissent depuis 2002. Dans la filire volaille , des souches rsistantes la cfalotine ont t identifies parmi lesquelles des souches de srotype Virchow sont apparues rsistantes au cefotaxime par production de CTX-M. Cest dans cette filire que les frquences de rsistance lacide nalidixique sont les plus leves et quelques souches rsistantes aux fluoroquinolones ont t identifies.

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Si la tendance volutive soriente dans lensemble pour les trois filires dorigine animale vers une diminution de la frquence de rsistance des souches certains antibiotiques, cest dans la filire porcine quon identifie la frquence la plus faible de souches multisensibles et aucune souche sensible lensemble des antibiotiques tests na t observe en 2003. Le grand nombre de srotypes, de type de sources disolement, et la liste des antibiotiques tests rend les analyses de donnes complexes. Le dveloppement doutils de gestion de base de donnes a permis ces dernires annes une exploitation multi-critres des rsultats et la mise en place de la dtection de phnotypes dintrt ainsi que la recherche rtrospective de souches de phnotype de rsistance spcifique. Ces donnes, couples des informations dpidmiologie molculaire peuvent tre utilises dans le cas denqute pidmiologique. Lutilisation de panels dantibiotiques comparables en surveillance mdicale humaine et non humaine permet des comparaisons de donnes des fins dpidmiologie (Weill et al., 2003). Tableau 19 : Frquences de rsistance (Souches classes R) de Salmonella spp. chaque antibiotique en fonction de la filire animale dorigine dans le secteur sant et production animale en France entre 2001 et 2003 (Source Rseau Salmonella , Afssa-Lerqap)
Bovins Anne 2001 n 174 Ampicilline 27,6 Amoxicilline + ac. Clavulanique 4,0 Cfalotine 0,0 Cfotaxime 0,0 Ceftazidime 0,0 Streptomycine 34,5 Gentamicine 0,0 Kanamycine 0,6 Chloramphnicol 28,2 Ttracycline 42,5 Sulfamthoxazoletrimthoprime 1,1 Sulfamides 36,8 Acide nalidixique 5,2 Ofloxacine 0,0 Enrofloxacine 0,0 Multisensible 23.0 2002 307 15,0 3,9 1,6 0,0 0,0 30,3 1,0 0,0 16,3 24,1 0,7 19,5 3,3 0,0 0,0 29.0 2003 199 12,1 0,0 0,0 0,0 0,0 29,6 0,0 0,0 12,6 16,6 0,5 22,1 1,0 0,0 0,0 23.1 Porcins 2001 34 26,5 2,9 0,0 0,0 0,0 61,8 0,0 0,0 17,6 73,5 8,8 58,8 0,0 0,0 0,0 5.9 2002 50 30,0 2,0 0,0 0,0 0,0 44,0 2,0 0,0 28,0 68,0 10,0 44,0 2,0 0,0 0,0 6.0 2003 28 14,3 0,0 0,0 0,0 0,0 53,6 3,6 0,0 14,3 78,6 17,9 50,0 0,0 0,0 0,0 0.0 Volaille 2001 1990 23,3 0,8 0,9 0,0 0,0 23,2 1,2 1,9 6,9 38,9 15,6 21,3 18,0 0,1 0,2 25.2 2002 1776 21,6 1,2 1,1 0,0 0,0 30,6 1,0 1,4 7,5 29,4 14,5 19,1 16,4 0,2 0,3 21.0 2003 1492 18,4 0,6 1,5 0,1 0,0 40,5 0,4 1,2 5,4 30,0 11,9 15,0 13,9 0,1 0,3 13.3

1.4. Analyse des programmes de surveillance Une tude analytique des trois programmes de surveillance peut tre ralise en se rfrant la publication de Cornaglia et al. (Cornaglia et al., 2004) (Tableaux 20, 21 et 22). Cinq objectifs principaux des systmes de surveillance ont t distingus dans cette publication : - suivi des tendances de la rsistance aux antibiotiques, - volution de lincidence dun mcanisme particulier de rsistance, - volution de lincidence dun clone particulier, - volution de lincidence des infections lies une rsistance aux antibiotiques, - dtection de lmergence de micro-organismes inhabituels potentiellement importants en termes de rsistance (alerte). Les trois tableaux comparatifs ci-dessous permettent de faire un tat des lieux et didentifier certains points faibles. Le systme actuel permet de collecter une information sous forme de taux de rsistance pour diffrentes espces bactriennes collectes dans diffrentes espces animales productrices de denres alimentaires. Cependant, la collecte des informations, lanalyse des donnes et la communication auprs des acteurs des filires,

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devraient tre amliores pour permettre de suivre lvolution dindicateurs tels que la prvalence des bactries rsistantes, leur incidence et, pour les bactries pathognes vtrinaires, les consquences en termes de sant animale. Les recommandations pour lvolution du systme national de surveillance sont dtailles dans le chapitre recommandations de cette section. A retenir Le dispositif national de surveillance bnficie dune exprience de plusieurs annes dans le cadre de la surveillance des salmonelles et des bactries pathognes des bovins. Grce au soutien du Ministre de lAgriculture, cette surveillance a t renforce ces 5 dernires annes par la mise en place de plans de surveillance au niveau de labattoir pour les bactries de la flore intestinale (E. coli, Enterococcus, Campylobacter) et par lextension de la surveillance des bactries pathognes vtrinaires des filires porcines et avicoles. Il est le fruit dune bonne collaboration avec les services vtrinaires, les laboratoires danalyse vtrinaire privs et publics, les organismes de recherches, lONERBA et est en relation avec un programme de surveillance europen (ARBAO). Cependant, ces rseaux ne couvrent pas lensemble des filires de productions, ni les animaux de compagnie. Linformation sur les taux de rsistance pour les bactries prsentes dans les aliments nest obtenue de manire rgulire que pour les salmonelles et on ne dispose que dinformations parcellaires pour les autres bactries. Enfin, les donnes recueillies sont des taux de rsistance par espce bactrienne et non des taux de prvalence des bactries rsistantes chez les animaux ou leurs produits et donc ne refltent pas directement le risque dexposition du consommateur, ni le risque pour la sant publique. 2. Harmonisation des donnes 2.1. Harmonisation nationale La comparaison des rsultats obtenus par diffrents laboratoires suppose de vrifier les rsultats fournis et dorganiser des contrles daptitude rguliers destins harmoniser les rsultats. Cette harmonisation a t ralise dans le cadre du fonctionnement du Resapath. Ce rseau tant un rseau multicentrique, il sest avr ncessaire de s'assurer que tous les rsultats d'antibiogrammes taient comparables entre eux, quels que soient les laboratoires o ils ont t raliss. La cohrence des antibiogrammes est vrifie par lorganisation rgulire dessais interlaboratoire daptitude et la participation de lAfssa des essais daptitude europens dont lAfssa est co-responsable dans le cadre de laction concerte ARBAO-II. Les objectifs dun Essai Inter-Laboratoires (EIL) sont, d'une part, de faire un tat des lieux des techniques utilises par les laboratoires adhrant au rseau et, d'autre part, de valider les rsultats d'antibiogrammes raliss en routine par les laboratoires. En effet, le traitement des donnes d'antibiogrammes adresses au rseau ne devrait pas prendre en compte celles issues d'un laboratoire qui aurait obtenu des rsultats statistiquement diffrents des autres participants lors de l'EIL. 2.2. Harmonisation au niveau europen Le Danemark a mis en place ds 1995 un plan annuel de surveillance complmentaire de la surveillance de la rsistance chez les bactries pathognes de lhomme, des animaux et les bactries zoonotiques. Les rsultats de cette surveillance ont t publis ds 1997. Aprs revue des programmes de surveillance existants (Gnanou et al., 2000), des recommandations ont t labores visant lharmonisation de la mise en place de ces recommandations dans le cadre dune action concerte europenne (Caprioli et al., 2000). Ces recommandations ont t reprises par un groupe dexperts de lOIE (Franklin et al., 2001).

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Tableau 20 : Objectifs et caractristiques des diffrents rseaux nationaux. Type de surveillance Sous-type Resapath Plan de surveillance Dcrire et quantifier les Dcrire et quantifier les phnotypes de rsistance Oui : analyse nationale Oui : tirage alatoire des tendances vis vis de critres pidmiologiques et annuelle prlvements et des souches, mais variation dans le planning annuel Non pertinent : prlvements sur Dcrire et quantifier les rsistances vis vis de Oui : mais critres cliniques pas dinformations sur animaux sains les consquences cliniques Evolution de lincidence dun Oui Oui : actuellement au niveau mcanisme particulier de global, mais risque de biais lis rsistance au recueil des souches et la rpartition par type de production Evolution de clones rsistants Phnotype du clone Oui Oui : analyse de profil de particuliers rsistance possible Gnotype du clone Non : tude spcifique Non : ncessite la mise en place dtudes particulires ; souches disponibles pour la recherche Evolution des infections Non : mais ralisable Non pertinent antibio-rsistantes techniquement Systme dalerte Mise en place de systme dalerte Oui : la ractivit Non dpend de la transmission de linformation du laboratoire la tte de rseau

Rseau Salmonella Oui : envoi volontaire massif ; reprsentativit +/-bonne : tendances/filires/type de prlvement Non : pas dinformations prcises ; pourrait tre fait si les questionnaires taient mieux renseigns Oui : exemple phnotype penta-R (ASCTSu) chez S. Typhimurium Oui Non : tude spcifique Non Evennements qualifis dalerte (rsistance aux cphalosporines de troisime gnration, fluoroquinolones, pentarsistance chez Salmonella non typhimurium)

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Tableau 21 : Nature des informations collectes par les diffrents rseaux nationaux
Description de linformation Information sur les laboratoires Information sur les sujets Critre Identification individuelle Fiche de description du sujet Type dlevage, production Plan de surveillance Oui : information sur performance en termes disolement Oui Oui Oui : donnes Oui : en production avicole, possibilit anonymes dassocier lusage des antibiotiques sur les lots via la fiche de lots Resapath Oui Rseau Salmonella Oui : feuille de renseignements

Information sur dates

Information sur souches Thsaurus clinique Indicateurs, dnominateurs et stratification

Activit laboratoire

Nombre de praticiens

Population couverte Nombre dchantillons analyss

Activit levage

Taille de llevage Type dlevage Taille de bandes

Oui : feuille de renseignements Non : information pouurait tre plus prcise si les questionnaires taient mieux renseigns ; information sur localisation gographique des levages dtenue par le laboratoire fournisseur Oui Oui : pour des raisons organisationnelles, Oui : date de rception des souches, mais la date le recueil nest pas stratifi au niveau de prlvement nest pas systmatiquement mensuel ou trimestriel do un risque de renseigne biais Oui Oui Oui : srotype, gnotype (ventuellement) (lysotype) Oui Non pertinent Non Non : pas Stratification par classe dge (bovin), type Staritification des donnes au niveau des filires de dinformation sur la de production (volaille) production animale frquence de recours aux laboratoires par les praticiens Non Non Non : les laboratoires participant disposent dinformations sur le nombre dchantillons soumis analyse pour recherche de salmonelles, mais cette information de nature confidentielle (client) nest pas transmise Non Oui : mais non exploit Non Non : pas Oui : mais non exploit Non : pas dinformation sur lactivit des laboratoires dinformation sur lactivit des laboratoires Oui Oui : mais non exploit Non Oui Oui : exploit pour volaille Non : information pourrait tre plus prcise si questionnaires taient mieux renseigns. Non Oui : mais non exploit Non

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Tableau 21 (suite) : Nature des informations collectes par les diffrents rseaux nationaux
Description de Critre linformation Donnes Prise en compte des doublons Resapath Oui Plan de surveillance Non : tirage d1 animal/bande Rseau Salmonella Non : limination prospective des chantillons identiques avant la ralisation de lantibiogramme et en rtrospectif au niveau de la base de donnes Oui : isolat de mme date, mme laboratoire, mme srotype, mme origine pidmiologique de Diamtres dinhibition + RIS Fichier OSIRIS puis transfert dans base de donnes sous Access Annuelle + vnements identifis ponctuellement et qualifis dalertes (rsistance aux cphalospororines de troisime gnration, rsistance aux fluoroquinolones, pentarsistance chez Salmonella non Typhymurium.. ) Non dfini : environ 3000 4000 isolats (ddoublonns rtrospectivement) sont tests annuellement ; Rsultats de surveillance rendus si nombre de souches suprieur 10 Non Non Publication, rapport annuelle National + LCR Dtails par secteurs, filires et srotypes Oui

Justification de la prise en compte des Oui doublons Dfinition des dupliqus Oui Type de donnes collectes

Non

Diamtres dinhibition : essai Quantitative CMI : nombre daptitude et vrification des souches/CMI phnotypes rares Mode de stockage de donnes Base de donnes sous Access Base de donnes sous Excell et donnes brutes archives sur papier Frquence de lanalyse des donnes Annuelle Annuelle : le processus de recueil et la taille des quipes entranent un traitement squentiel des souches recueillies et un dlai long dobtention de linformation Nombre minimum de souches pour 10 100 : peut tre infrieur 100 si rapporter les rsultats prvalence faible Influence des informations cliniques sur Non la frquence danalyse Analyse des variations saisonnires Non Prsentation des rsultats Frquence des rapports Mode de diffusion des rapports Informations incluses dans les rapports Papier Annuelle + lettres dinformation Courrier Dtailles Non Non : problme de reproductibilit du plan de prlvement Rapport Annuelle Limit : services ministriels, Afssa Origine des souches, mthodologie, rsultats et analyses Oui

Mode de comparaison de donnes de Oui diffrentes sources

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Tableau 21 (suite) : Nature des informations collectes par les diffrents rseaux nationaux
Description de Critre linformation Prsentation des R/I/S rsultats Quantitatif Tableau Graphique Format de rapport Papier Internet Resapath Oui Diamtre Oui Oui Oui : site Afssa.fr Plan de surveillance Rseau Salmonella Oui : + multi rsistance Oui CMI Diamtres, CMI (si besoin) Oui Oui Oui : histogramme de distribution Oui des CMI Oui Oui Possible : format pdf Non

Tableau 22 : Modalits de gestion des diffrents programmes de surveillance nationaux

Critre Comit de pilotage Plan de diffusion de rapports Plan dinformation alerte Resapath Oui Oui En cours discussion Plan dintervention En cours discussion Transfert dinformation pour la Oui vers ANMV mise jour du rsum des caractristiques du produit Transfert dinformation pour la Non dfinition des indications thrapeutiques Etablissement de Non recommandations dusage et de bon usage Plan de surveillance Oui Non de Non de Non Oui vers lANMV Non Rseau Salmonella Oui : comit pour collecte des souches Non En cours de discussion Non Non Non

Non : juste des tendances dans lvolution Ponctuelle dans les cas dalerte de la rsistance pour chaque antibiotique

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A la suite de recommandations concernant la surveillance de la rsistance, un programme europen ARBAO (Antimicrobial Resistance in Bacteria of Animal Origin) a t mis en place en 1997 et sest droul jusquen 2001. Ce projet a abouti un ensemble de recommandations concernant les programmes europens de surveillance de la rsistance chez lanimal (Caprioli et al., 2000). Le projet ARBAO-II a dbut en 2002 avec pour principaux objectifs lharmonisation des rsultats dantibiogramme, la mise en place dun rseau de laboratoires nationaux vtrinaires de rfrence et dun site pour la saisie de donnes de qualit gale. Dans le cadre de lharmonisation des rsultats, quatre sries d'essais inter-laboratoires (EIL) concernant les techniques de ralisation dantibiogrammes pour salmonelles, staphylocoques/streptocoques, pasteurelles et Campylobacter ont t organises au cours des annes 2003 et 2004. Vingt laboratoires nationaux des tatsmembres ont particip ces EIL (ARBAO II)15. En tant que coordinateurs du Resapath, ainsi que du programme de surveillance de l'antibiorsistance des bactries sentinelles et du rseau Salmonella , les laboratoires de l'Afssa sites de Ploufragan, Lyon, Fougres et Maisons-Alfort - ont particip ces EIL. LAfssa (Lyon et Ploufragan) a galement organis un EIL pour pasteurelles et Actinobacillus. L'objectif de ces essais est de savoir si les techniques et les rfrentiels utiliss par les diffrents pays participants produisent des rsultats comparables. Les animateurs dARBAO II ont pris rcemment contact avec les responsables de la standardisation europenne EUCAST pour tablir des valeurs critiques pour les bactries dorigine animale via un sous groupe de travail informel, VET-CAST. Les modalits de ralisation des plans de surveillance suivent les recommandations de laction concerte europenne ARBAO (Caprioli et al., 2000). La rcolte des souches via un chantillonnage alatoire des animaux labattoir est comparable celle ralise par les programmes nationaux de surveillance danois, sudois, norvgiens, nerlandais, anglais et espagnol. Laction concerte ARBAO II sest fixe comme objectifs dorganiser des essais inter-laboratoires concernant les antibiogrammes raliss et a entrepris de collecter les donnes issues des surveillances nationales. Les recommandations europennes labores dans le cadre de la directive zoonose se sont inspires des recommandations dARBAO II et des recommandations internationales (Franklin et al., 2001). A terme, un laboratoire communautaire europen devrait tre dsign par la Commission Europenne sur proposition des tats-membres. Lexprience acquise par les animateurs des actions ARBAO sera alors mise profit pour le dveloppement dune surveillance prenne europenne.

III. Analyse de limpact de lusage des antibiotiques sur la rsistance bactrienne chez lanimal
La rsistance bactrienne aux antibiotiques se retrouve dans diffrents rservoirs, environnemental, humain et animal. Lexpertise scientifique du rle des antibiotiques dans la constitution dun rservoir de rsistance chez lanimal, doit pouvoir conduire des recommandations claires sur lusage des antibiotiques, dans un contexte de sant animale et publique. Cette expertise repose sur un certain nombre de travaux et de publications dont la qualit doit tre analyse avec une rigueur la hauteur des enjeux sanitaires et conomiques associs. Lanalyse ci-dessous concerne les tudes publies portant sur la rsistance aux antibiotiques tudie sur des populations animales dans le secteur de llevage. 1. Etude de lmergence de la rsistance Lmergence de la rsistance aux antibiotiques peut avoir plusieurs dfinitions en fonction du phnomne tudi : - au niveau de la bactrie, lmergence peut tre due lacquisition dun nouveau mcanisme de rsistance par une bactrie naturellement sensible un antibiotique ;
15

http://www.dfvf.dk

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au niveau dune population, lmergence peut tre caractrise par lapparition dun nouveau mcanisme de rsistance un antibiotique au sein dune population bactrienne inconstamment sensible cet antibiotique, ou laugmentation de la prvalence de la rsistance au sein dune population faiblement rsistante un antibiotique donn. La probabilit de mise en vidence dun nouveau phnotype ou mcanisme au sein dune population dpend de la taille de lchantillon de la population tudie. Cependant, lutilisation de milieux de culture contenant un antibiotique permet de mettre en vidence, au sein dune flore complexe, des bactries rsistantes cet antibiotique mme si elles sont prsentes en faible proportion. La capacit de dtection dpend du nombre de souches collectes et analyses ainsi que de la vigilance de lquipe en charge de lanalyse des souches pour reporter lmergence du phnomne. La probabilit de dtecter un vnement rare dpend de sa frquence au sein de la population. Compte tenu des outils dobservation disponibles, il est aujourdhui difficile de dater lmergence dune rsistance dans une espce bactrienne ou une population. Lutilisation de la littrature scientifique pour rsoudre ce problme, mme de faon qualitative, peut avoir de lintrt. Nanmoins, la hirarchie chronologique des dates de publication de lmergence dun nouveau mcanisme de rsistance ne reflte pas ncessairement la chronologie de lmergence. On peut aussi souligner que les rsultats relatifs une mergence peuvent faire lobjet dun biais de notorit (tudes de la rsistance cibles un temps donn sur des molcules nouvellement mises sur le march), sauf si la rsistance est directement lie des nouvelles molcules antibiotiques dorigine synthtique, pour lesquelles aucune rsistance naturelle nest possible. 2. Etude de la slection et de la diffusion de la rsistance La relation entre lusage des antibiotiques chez lanimal et la rsistance aux antibiotiques chez des bactries isoles chez lanimal peut tre apprcie par trois types dapproche: - une approche descriptive : description conjointe de lusage des antibiotiques et des taux de rsistance en fonction de paramtres tels que le temps, la filire animale, le type dlevage, les modalits dusage (ces paramtres ntant pas indpendants) ; - une approche exprimentale : mise en oeuvre dessais cliniques ne visant pas connatre la relation entre exposition et rsistance dans la population relle, mais uniquement vrifier une hypothse par un protocole exprimental ad hoc et dont la mise en uvre se fait dans des conditions loignes de la ralit; les rsultats ne peuvent donc tre extrapols quavec une extrme prcaution (ce type dtude est en particulier conduit dans le cadre dune demande dautorisation de mise sur le march dun additif antibiotique lalimentation animale ou dun mdicament vtrinaire) ; - une approche tiologique : quantification de la relation entre usage dantibiotiques et risque de colonisation des animaux par des bactries rsistantes ces molcules, en conditions relles; ces tudes pidmiologiques doivent pouvoir dmontrer le lien de cause effet selon les critres de Hill, dont la chronologie (la cause doit prcder leffet), leffet dose ou dure, la force dassociation, et la rversibilit. 2.1. Etude de limpact sur les bactries responsables de zoonose Les travaux prsents ci-dessous portent essentiellement sur Campylobacter et Salmonella. Campylobacter - Etudes descriptives Les tudes descriptives portant sur la rsistance des Campylobacter permettent de comparer lvolution de taux de rsistance divers antibiotiques avec leurs modalits dusage, principalement en filires aviaire et porcine. Ainsi, un lien temporel est suggr par de nombreux auteurs entre la mise sur le march de quinolones en levage, et chez lhomme, et laugmentation observe ultrieurement de la rsistance, cette famille dantibiotiques, de souches de Campylobacter isoles chez lanimal et lhomme (Endtz et al., 1991; Zhang et al., 2003 ). Cette augmentation a t observe en filire aviaire, par comparaison des taux de rsistance au dbut des annes

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1990 et au dbut des annes 2000, en Allemagne (Luber et al., 2003) et en France (Desmonts et al., 2003). Les travaux de surveillance danois (programme DANMAP) ont dcrit une augmentation du taux de rsistance lacide nalidixique, pour les Campylobacter jejuni isols en filire aviaire de 1996 2001, passant de 0% 8% ; linverse, chez le porc, les taux de rsistance observs chez Campylobacter coli ont diminu de 17% 5%, de 1998 2001, concidant avec la priode suivant le retrait dune formule orale compose de fluoroquinolone (DANMAP, 2001; DANMAP, 2003). De mme, des taux plus levs de rsistance aux macrolides chez des souches de C. coli isoles de porcs sont attribus, par plusieurs auteurs, lutilisation importante de macrolides, en tant que facteur de croissance et de mdicaments vtrinaires, dans la filire porcine (Van Looveren et al., 2001; van Boven et al., 2003);(Aarestrup et al., 1997; Aarestrup et al., 1998c) ; les mmes observations sont issues des plans de surveillance franais (donnes non publies). Des associations du mme type, entre les taux de rsistance observs et les usages selon les filires, sont galement rapportes pour la streptomycine (Aarestrup et al., 1997; Aarestrup et al., 1998b; Pezzotti et al., 2003) et les quinolones (Aarestrup et al., 1998b). Des diffrences de frquences de sensibilit des Campylobacter isols de mmes espces animales, selon les pays, pourraient rsulter, au moins dans certains cas, de diffrences dutilisation des antibiotiques (Tableau 23). Les comparaisons sont cependant relativement difficiles raliser en labsence de systme de surveillance des usages, harmoniss dun pays lautre. Tableau 23 : Pourcentage de rsistance des souches de Campylobacter jejuni isoles de poulets selon les pays
Pays Danemark Espagne France Irlande du Nord Taiwan Erythromycine 0 0 0,3 0,4 17 Tetracycline 4 31,8 57 13 83 Enrofloxacine ciprofloxacine (C) 0 (E) 98,7 (C) 17 (E) 2,9 (C) 92 (C) (E) ou Rfrence (Aarestrup et al., 1997) (Saenz et al., 2000) (Avrain et al., 2003) (Oza et al., 2003) (Li et al., 1998)

Dans une mme filire, des tudes descriptives ont galement rapport des diffrences selon le type de production. Par exemple, en filire aviaire, les C. coli sont trouvs moins souvent rsistants chez les poules pondeuses par rapport aux volailles de chair (Van Looveren et al., 2001), ce qui pourrait tre li une moindre utilisation dantibiotiques chez les pondeuses. Cette association nest pas toujours observe. En effet, par exemple, en filire bovine, Sato et al (Sato et al., 2004) rapportent des niveaux de rsistance semblables entre des souches isoles de vaches dlevages conventionnels ou issues de lagriculture biologique . Par ailleurs, Piddock et al. nobservent pas de relation entre la sensibilit de souches isoles dlevages de vaches laitires et les traitements administrs aux animaux (Piddock et al., 2000). - Etudes exprimentales Lmergence et la persistance de souches de Campylobacter rsistantes aux fluoroquinolones par un traitement lenrofloxacine dose thrapeutique, a t dmontre exprimentalement pour C. coli chez le porc (Delsol et al., 2004b) et pour C. jejuni chez le poulet (van Boven et al., 2003, McDermott et al. 2002). Leffet du traitement na pas t dmontr sur le taux de rsistance des colibacilles (van Boven et al., 2003). Ces expriences dmontrent que, dans les conditions exprimentales, lexposition aux fluoroquinolones est responsable dune mergence rapide de la rsistance des Campylobacter vis vis de ces antibiotiques ; cette rsistance peut persister aprs larrt de lexposition. - Etudes tiologiques Une tude rcente a dmontr lassociation entre lusage thrapeutique de fluoroquinolones en filire aviaire et laugmentation du taux de rsistance cet antibiotique des

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Campylobacter isols de fces (Griggs et al., 2005; Humphrey et al., 2005). Une mutation sur le gne gyrA, identifie pour la majorit des souches rsistantes, correspondrait au mcanisme lorigine de la persistance des souches rsistantes. Leffet des antibiotiques sur la rsistance, selon les types de production (label, standard ou export), a t tudi en France en filire aviaire dans le cadre dune tude de cohorte (Avrain et al., 2003). Les facteurs de croissance (bacitracine zinc, spiramycne, virginiamycine, et phosphate de tylosine) autoriss en France jusquau 30 juin 1999, taient utiliss uniquement en production standard, et exceptionnellement en production destine lexport. Les rsultats de cette tude suggrent des associations entre les usages et les taux de rsistance observs chez les animaux ; ainsi, ont t rapportes, en filire standard, une association entre lusage davilamycine et une augmentation de la rsistance la ttracycline, et toutes filires confondues, lusage doxyttracycline et de doxycycline avec une augmentation significative des taux de rsistance la ttracycline. Salmonella - Etudes descriptives Les principaux travaux descriptifs portant sur Salmonella permettent de distinguer les effets dun traitement dose thrapeutique, dune administration dose sub-thrapeutique. Usage thrapeutique En France, en filire bovine, ltude de la rsistance lapramycine (mdicament exclusivement vtrinaire) et la gentamicine chez Salmonella enterica srotype Typhimurium, isole chez le veau, a montr la rapidit de la diffusion de ce type de rsistance (par production de laminoglycoside acetyltransferase AAC(3)IV) au sein des levages, une fois celle ci apparue quatre ans aprs l'autorisation de mise sur le march de l'apramycine (Chaslus-Dancla et al., 2000). Lhypothse mise par les auteurs de cette tude, en labsence de donnes sur les consommations dantibiotiques, porte sur les consquences dun usage important d'une nouvelle molcule par les vtrinaires, lorsqu'elle est autorise. Les travaux danois, en revanche, indiquent que les taux de rsistance des Salmonella lapramycine restent bas en filires porcine et bovine, voire nuls en filire aviaire, dans les conditions de leurs tudes (Aarestrup et al., 1998b). Ces mmes travaux danois nont pas mis en vidence daugmentation significative des taux de rsistance chez Salmonella lgard de diffrentes familles dantibiotiques utilises en mdecine vtrinaire (colistine, diffrents aminosides, quinolones, trimethoprime). Des diffrences ont t mises en vidence, en revanche, selon les filires animales lgard de la streptomycine, des sulfamides, et de la ttracycline, avec des taux de rsistance toujours plus levs en filire porcine. Usage sub-thrapeutique Aux Etats-Unis, lexposition au carbadox, en tant que facteur de croissance, a t compare aux taux de rsistance chez Salmonella isole du porc. Edrington et al. (Edrington et al., 2001) concluent sur ce type dobservation, que lusage dose sub-thrapeutique de cet antibiotique naugmente pas la prvalence des Salmonella rsistantes. Les travaux danois des annes 1995-1996 aboutissent aux mmes conclusions (Aarestrup et al., 1998c). - Etudes exprimentales Plusieurs tudes exprimentales ont t ralises, chez le porc, pour dfinir limpact des modalits dusage des antibiotiques sur la rsistance de S. Typhimurium, pralablement inocule. Les rsultats apparaissent variables selon les modalits dtude. Une corrlation positive entre les concentrations en chlorttracycline et le nombre de S. Typhimurium multirsistantes, de type DT104, excrtes a t dmontre, suggrant la responsabilit des traitements antibiotiques, administrs des doses thrapeutiques, dans la diffusion de ces micro-organismes responsables de zoonose (Delsol et al., 2003; Delsol et al., 2004a). Quelques travaux concernant leffet dun traitement lenrofloxacine sur la rsistance des salmonelles, indiquent quune administration par voie orale, dans les

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conditions recommandes lors dun usage thrapeutique vtrinaire, entrane une augmentation de la frquence de salmonelles rsistantes aux quinolones (Wiuff et al., 2003; Delsol et al., 2004a). Chez la dinde, ltude de limpact de la dose dun traitement antibiotique sur lmergence et la diffusion de la rsistance de salmonelles a t dveloppe pour la chlorttracycline (Nivas et al., 1976). Ladministration de cet antibiotique a gnr lapparition de rsistance de multiples antibiotiques ; dans cette tude, leffet dose na pas t clairement dmontr sur cette mergence ; en revanche les doses thrapeutiques ont t associes une rduction plus importante de lexcrtion des salmonelles. Des diffrences dimpact peuvent tre observes selon la voie dadministration. Un traitement par voie intramusculaire exerce une pression de slection moindre sur les bactries du tube digestif par rapport une administration orale. Cette diffrence dexposition, est un argument permettant dexpliquer des taux de rsistance plus faibles aux fluoroquinolones chez des salmonelles isoles de porc recevant un traitement intramusculaire lenrofloxacine, par rapport une traitement oral (Wiuff et al., 2003). Dans cette tude, laugmentation des doses du traitement intramusculaire sest accompagne dune rduction plus rapide de lexcrtion des salmonelles ainsi que du taux de rsistance aux fluoroquinolones. Alors que limpact dun traitement antibiotique sur la rsistance de salmonelles artificiellement inocules a t dmontr chez le porc, avec diffrents traitements antibiotiques administrs par voie orale (Ebner et al., 2000), Mathew et al. (Mathew et al., 2001) nont pas mis en vidence cet effet, quelles que soient les caractristiques du traitement (administration orale dune dose maximale constante dapramycine, concentration croissante, expositions rptes ponctuelles dose maximale ou alternance avec dautres antibiotiques). - Etudes tiologiques Lassociation entre lexposition lapramycine des doses sub-thrapeutiques et la rsistance des salmonelles divers antibiotiques de la famille des aminosides utiliss notamment en mdecine humaine, a t tudie par lquipe de Edrington, dans le cadre dune tude de cohorte chez le porc (Edrington et al., 2001). Les rsultats de cette tude ne mettent pas en vidence deffet de cette exposition sur le taux de rsistance des salmonelles lgard des aminosides tests, par rapport des animaux non exposs. Les auteurs stonnent de ce rsultat et mettent en avant le faible nombre danimaux tests, compte tenu dtudes similaires ayant dmontr une corrlation positive entre lexposition lapramycine et la rsistance chez E. coli (Mathew et al., 1998); cependant, ces rsultats corroborent les rsultats descriptifs des tudes danoises, cites plus haut. 2.2. Etude de limpact sur les bactries de la flore commensale intestinale Leffet des antibiotiques sur la flore intestinale commensale des animaux traits a port principalement sur la flore coliforme et le genre Enterococcus (E. faecalis et E. faecium). Flore coliforme - Etudes descriptives Les tudes descriptives portant sur la rsistance de la flore coliforme permettent de comparer lvolution de taux de rsistance de cette population bactrienne aux modalits dusage des antibiotiques, dans les filires de production bovine, aviaire et porcine. Lmergence de la rsistance dans la flore coliforme, lie lusage des antibiotiques vtrinaires, peut tre illustre par les travaux de Chaslus-Dancla et al. (Chaslus-Dancla et al., 1986a) relatifs la rsistance dtecte lapramycine et la gentamicine de souches dE. coli isoles en filire bovine, lors de deux pidmies de salmonellose. Les taux de rsistance aux antibiotiques chez E. coli sont dpendants des filires animales, suggrant un lien avec les modalits dusage (voie dadministration, dose, ge des animaux, etc.). Chez le porc, les taux de rsistance divers antibiotiques observs chez E. coli isols de la flore intestinale, sont associs la frquence dexposition aux antibiotiques reus durant les 6 premires semaines de vie (Sunde et al., 1998). En production de dindes, des

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comparaisons de lexposition la gentamicine et des taux de rsistance associs, chez E. coli, ne dmontrent pas dimpact des usages sub-thrapeutiques de cet antibiotique ; en revanche, certaines pratiques dexposition des ufs et de jeunes poulets, doses thrapeutiques, pourraient tre lorigine de taux de rsistance plus levs lors des premires semaines de vie des animaux (Dubel et al., 1982). Selon la voie dadministration, on constate des diffrences sur la rsistance de souches dE. coli lenrofloxacine, autorise sous forme orale pour une utilisation chez la volaille dans plusieurs pays europens alors quaucune formulation orale nest disponible pour les porcs ou les bovins (plusieurs molcules de la famille des fluoroquinolones sont autorises sous forme injectable chez les bovins, le nombre de molcules autorises est plus faible pour les porcins). Ainsi, au Pays-Bas, par exemple, les taux de rsistance la ciprofloxacine sont plus levs pour des souches dE. coli isoles de dindes, par rapport celles du porc (Nijsten et al., 1994). En France, plus rcemment, les variations dans les taux de rsistance chez E. coli ont t tudies en fonction du mode de production et des rgles dutilisation des antibiotiques. Une tude mene par les instituts techniques de llevage fournit quelques informations sur les diffrences existant entre le type dlevage (levage bio et levage conventionnel fort utilisateur dantibiotiques), et les taux de rsistance aux antibiotiques chez des souches dE. coli isoles de la flore intestinale de veaux, porcs ou dindes (Tableau 24). Les rsultats obtenus sur quelques levages ne sont pas reprsentatifs de la situation dune filire de production, mais illustrent que les frquences de rsistance observes dans les 3 levages conventionnels de ltude sont plus leves pour les reprsentants des familles dantibiotiques les plus couramment utiliss et depuis le plus longtemps (amoxicilline, streptomycine, ttracycline, sulfamides, trimthoprime et acide oxolinique). A noter que, pour le porc, les taux de rsistance sont plus faibles pour lamoxicilline et lacide oxolinique. Chez la dinde, le taux de rsistance pour la spectinomycine est nul. Ces diffrences sexpliquent par lautorisation de mise sur le march, ou non, de formulation de ces antibiotiques dans les diffrentes filires de production. Les taux de rsistance pour les familles plus anciennes (ttracycline, sulfamides, amoxicilline, trimthoprime) sont galement levs en levage Bio . Ceci pourrait sexpliquer par la diffusion des souches rsistantes dans les diffrents environnements et le fait que plusieurs annes peuvent tre ncessaire pour rduire la frquence de rsistance un antibiotique, mme en absence de pression de slection. De plus, la plupart des tudes dcrivant lusage dantibiotiques sur la rsistance de la flore coliforme des animaux mettent en avant, dans leur conclusion, leffet de facteurs cologiques sur lapparition et la diffusion de populations bactriennes rsistantes. Une des premires tudes dans ce domaine dmontre, chez le poulet, que la rsistance la ttracycline de la population coliforme augmente durant la dure du traitement ; pendant la mme priode, la population coliforme de la flore intestinale de lleveur et de sa famille proche augmente galement, suggrant le transfert des souches rsistantes de lanimal lhomme (Levy et al., 1976). De mme, lintroduction de la nourseothricine, un agent antimicrobien de la famille des streptothricines, comme additif lalimentation animale chez le porc a entran la slection de la rsistance la strepthotricine chez des bactries coliformes de la flore intestinale du porc. Des bactries rsistantes la streptothricine ont t galement retrouves dans la flore intestinale des personnels travaillant dans les porcheries, et en moins de deux ans, chez les familles de ces personnels ainsi que dans la population vivant dans les communauts proches (Hummel et al., 1986). Ces exemples seraient en faveur dune diffusion des bactries susceptible de se faire entre animaux dun mme levage. Tableau 24 : Taux de rsistance aux antibiotiques chez Escherichia coli isols soit dun levage agriculture biologique soit dun levage conventionnel fort consommateur dantibiotiques dans 3 filires de production (Bertrand et al., 2002).
Dinde Porc Veau

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Amoxicilline Amoxicilline+Acide Clavulanique Cfalexine 0% 2% 0% 0% 0% Nomycine 8% 2% 1% 0% 42 % Gentamicine 0% 0% 0% 0% 0% Apramycine 0% 0% 0% 0% 0% Spectinomycine 0% 0% 13 % 37 % 8% Streptomycine 29 % 63 % 41 % 72 % 57 % Ttracycline 51 % 100 % 69 % 96% 49 % Chloramphnicol 2% 42 % 9% 1% 17 % Sulfamides 24 % 75 % 25 % 47 % 55 % Trimthoprime 24 % 70 % 9% 37 % 13 % Acide oxolinique 6% 65 % 0% 1% 2% Flumquine 3% 62 % 0% 0% 2% Enrofloxacine 0% 14 % 0% 0% 0% Bio : production labellise Biologique , Conv : production conventionnelle

Bio (n=240) 22 % 0%

Conv (n=240) 64 % 7%

Bio (n=240) 7% 0%

Conv (n=240) 3% 0%

Bio (n=240) 47 % 16 %

Conv (n=240) 99 % 18 % 0% 75 % 27 % 16 % 12 % 94 % 99 % 77 % 98 % 53 % 90 % 75 % 48 %

- Etudes exprimentales Les travaux de Delsol (Delsol et al., 2003; Delsol et al., 2004a) dmontrent exprimentalement lacquisition de mcanismes de rsistance par la flore coliforme, en comparant les concentrations minimales inhibitrices (CMI) lgard de chlorttracycline pour des souches de porcs traits cet antibiotique, par rapport des souches isoles danimaux non traits. Les effets des modalits dadministration des antibiotiques, sur lacquisition de rsistances par E. coli, ont t dmontrs exprimentalement dans plusieurs espces animales. Chez le porc, Mathew et al. (Mathew et al., 2002) dmontrent quentre diffrentes conditions dadministrations dantibiotiques, celles correspondant une exposition orale lapramycine, rpte, ponctuelle, dose maximale, conduit des taux de rsistance les moins importants. Chez le poulet, un traitement par voie orale aux quinolones conduit la disparition de E. coli et ninduit donc pas de rsistance dans cette population (van Boven et al., 2003), Chez le bovin, (Stabler et al., 1982) la rsistance de la flore coliforme augmente suite un traitement la ttracycline ; cette augmentation est diffrente selon que le traitement est donn dose sub-thrapeutique ou thrapeutique. Dans le premier cas, laugmentation sinscrit dans le temps, dans le second, elle se manifeste deux jours aprs le traitement et ne persiste pas aprs larrt. Des paramtres dcologie microbienne sont galement mis en avant, dans ce type dtude, pour expliquer limpact des antibiotiques sur la rsistance bactrienne. Ainsi, un suivi de la flore intestinale de porc permet de mettre en vidence que laugmentation des taux de rsistance des E. coli, lors dun traitement par voie gnrale avec une fluoroquinolone, est lie llimination de la population dE. coli sensible aux quinolones, favorisant la colonisation des animaux par une population dE. coli rsistante (Wiuff et al., 2003). La contamination des animaux par lenvironnement a galement t mise en avant dans une tude exprimentale ayant dmontr une augmentation du taux de rsistance des E. coli la ttracycline, chez le porcelet nayant pas reu dantibiotique, lors des manipulations des animaux au moment du sevrage (Hinton et al., 1985). Chez le poulet, Hinton et al. (Hinton et al., 1986) mettent en avant lquilibre de flore variant avec lge des individus, pour expliquer une augmentation des taux de rsistance la ttracycline, la fois chez des animaux exposs loxyttracycline et chez des animaux non exposs, sans toutefois avoir deffet sur le nombre total de E. coli. - Etudes tiologiques

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Une des premires tudes pidmiologiques dans ce domaine a mis en vidence, dans le cadre dune tude transversale, une association entre le taux de rsistance des bactries entriques Gram ngatif, avec la pression de slection dans diffrentes filires de production animale (Siegel et al., 1974), avec des taux de rsistance les plus levs chez des souches dE. coli isoles de porcs. Plusieurs tudes pidmiologiques rcentes, dans cette filire, ont confirm limpact des antibiotiques sur lacquisition de rsistances chez E. coli. Les travaux franais de Belloc et al. (Belloc et al., 2000) sont dmonstratifs de la pression de slection exerce par la flumquine. Ils vrifient la chronologie des vnements ainsi que la rversibilit de leffet de lantibiotique, avec une disparition des souches rsistantes deux mois aprs larrt du traitement. Limpact des modalits dusage des antibiotiques a t approfondi dans le cadre dune tude de cohorte (Dunlop et al., 1998b). Une des conclusions de cette tude est la mise en vidence dun risque plus important de slection de souches rsistantes dE. coli lorsque les antibiotiques sont dispenss dose sub-thrapeutique dans la nourriture, par rapport des traitements individuels. Par ailleurs, les effets observs chez E. coli varient selon la nature de lantibiotique et lge des animaux (Mathew et al., 2001). Enterococcus - Etudes descriptives Le programme DANMAP a identifi les entrocoques comme la population bactrienne intestinale qui prsentait les taux de rsistance les plus levs, par rapport aux autres bactries vises par ces plans de surveillance (Aarestrup et al., 1998c). Les rsultats de cette surveillance permettent de corrler des diffrences de taux de rsistance avec des pratiques diffrentes selon les filires animales. Ainsi, les taux de rsistance rapports pour E. faecium vis vis de lavilamycine, utilis en filire aviaire (Figure 10), taient de prs de 80% dans cette filire, contre 2 % en filire porcine et 0% en filire bovine en 1996 ; de mme, les taux de rsistance chez cette espce bactrienne lgard de la bacitracine (utilis en filires aviaire et porcine, et interdit depuis 1998 en Europe) taient de 31% et 41% respectivement en filires porcine et aviaire, contre 8% en filire bovine. Les rsultats franais de surveillance conduisent aux mmes observations (Afssa-b, 2002). Les travaux de surveillance descriptive ont galement permis de mettre en vidence des diffrences de taux de rsistance, selon les pays europens. Ainsi, dans une tude portant sur la rsistance de E. faecium en filire porcine, Aarestrup et al. (Aarestrup et al., 2002a) ont mis en vidence des taux de rsistance, divers antibiotiques utiliss en tant que facteurs de croissance ou titre thrapeutique, plus levs en Espagne et au Danemark par rapport la Sude. Cette diffrence serait corrle aux pratiques dusages des antibiotiques selon les pays.
90 80 Taux de rsistance 70 60 50 40 30 20 10 0
19 94 19 96 19 98 20 00 20 02

3000 2500 2000 1500 1000 500 0 Taux de rsistance Quantit (kg de substance active)

Annes

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Figure 10 : Variation des niveaux de rsistance chez Enterococcus faecium isols des fces de volaille au Danemark en fonction des quantits d'avilamycine consommes (daprs source DANMAP). - Etudes exprimentales Les principaux travaux exprimentaux dans ce domaine consistent tudier les effets dantibiotiques, utiliss comme facteurs de croissance. Concernant la tylosine, des tudes chez le porc, ont dmontr quune exposition par voie alimentaire des doses comparables un usage vtrinaire (aliment supplment avec 30 g/g de tylosine), est responsable dune augmentation immdiate du taux de rsistance aux macrolides des entrocoques intestinaux (Aarestrup et al., 1998a). Les mmes types de rsultats ont t obtenus sur des entrocoques et des staphylocoques dorigine nasale ou isols de la peau de porcs (Christie et al., 1983). Les conclusions de travaux raliss chez le poulet trait la tylosine des doses plus fortes (550 mg/l deau de boisson), sont en revanche nuances (Hinton et al., 1986; Kaukas et al., 1987). En effet, dans ces expriences, il est constat une augmentation du taux dentrocoques rsistants la tylosine la fois chez les animaux traits et non traits. Dautres facteurs ont t mis en avant dans cette tude, telle que la variation, en fonction de lge des animaux, de la composition en espces dentrocoques communment rsistantes la tylosine. Dans la mme espce animale, la slection de lespce la plus rsistante dans la flore intestinale lors dun traitement la tylosine (par exemple E. faecium par rapport E. gallinarum), est illustre par les travaux de Kaukas et al. (Kaukas et al., 1988). Concernant lavoparcine, glycopeptide utilis jusquen 1997 en Europe comme facteur de croissance principalement en filires aviaire et porcine, des tudes exprimentales chez le poulet ont dmontr un effet slectif de ladministration de cet antibiotique sur E. faecium porteur du gne de rsistance vanA (Robredo et al., 1999). Des travaux amricains portant sur leffet de la virginiamycine, facteur de croissance autoris aux Etats-unis, font apparatre lmergence de rsistance diffrentes familles dantibiotiques (ampicilline, ciprofloxacine, ttracycline) chez E. faecium isols de poulets ou de porcs traits. Lanalyse molculaire des souches suggre une dissmination possible entre les animaux (Donabedian et al., 2003). - Etudes tiologiques Quelques travaux pidmiologiques apportent une dmonstration de limpact de lusage des facteurs de croissance antibiotiques sur lacquisition de rsistance des entrocoques en filire de production animale. Lassociation pidmiologique entre la consommation davoparcine en filire aviaire et porcine, et le taux de rsistance des E. faecium la vancomycine a t dmontre par une tude de cohorte rtrospective au Danemark (Bager et al., 1997). Les risques relatifs taient de 2,9 (1,4-5,9) et 3 ,3 (0,9-12,3) respectivement en filires aviaire et porcine. En outre, cette tude dmontre la non rversibilit du phnomne, compte tenu de la persistance de souches rsistantes dans des levages non exposs depuis plusieurs mois. De mme, une tude de cohorte, ralise aux Etats-Unis (Welton et al., 1998), sur les effets dune exposition de dindes la virginiamycine, des doses sub-thrapeutiques, rapporte une augmentation de la rsistance lgard de lassociation quinupristine/dalfopristine, associe avec lge des animaux ; les auteurs suggrent une corrlation positive avec le temps dexposition lantibiotique. La relation pidmiologique entre lutilisation de lavilamycine dans un lot de poulet et la rsistance lavilamycine chez la souche dEnterococcus faecium isole alatoirement de ce lot, a t analyse laide des donnes recueillies sur la consommation dantibiotiques dans le cadre du programme de surveillance franais. Une tude cas-tmoin a dmontr (Chauvin et al., 2005b) que le risque relatif de slectionner une souche rsistante lavilamycine sur un lot ayant reu lantibiotique est de 2,3 avec un intervalle de confiance de 1,2 4,3 (p<0,01). La plupart des critres pour considrer que lassociation statistique est valide selon

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les postulats de Hill sont atteints dans cette tude. Une association forte a t observe entre la consommation davilamycine sur les lots et le portage de souches dE. faecium rsistantes lavilamycine. Lassociation est plausible au plan biologique et est compatible avec la squence des vnements. Le dernier critre qui est la relation dose-effet et notamment la relation entre la dure dexposition du lot avec la probabilit disoler une souche rsistante na pas t vrifi. Cette vrification suppose une taille dchantillons plus importante. Cette tude est compatible avec diffrentes tudes danoises (Aarestrup, 1998; Aarestrup et al., 2000a). 2.3. Etude de limpact sur les bactries pathognes vtrinaires La revue de la littrature publie indique que de nombreuses tudes concernent les effets des antibiotiques sur les bactries dorigine animale, mais quen revanche peu dentre elles traitent des effets sur les bactries pathognes vtrinaires. - Etudes descriptives La rsistance bactrienne peut tre apprcie pour des bactries pathognes animales, isoles de cas cliniques. Dans le cadre du programme DANMAP, relatifs aux impacts des antibiotiques utiliss comme facteurs de croissance, ou comme mdicaments vtrinaires, Aarestrup et al. (Aarestrup et al., 1998c) concluent que les taux de rsistance les plus levs peuvent tre observs chez les entrocoques et les E. coli pathognes (Aarestrup et al., 1998b). Les taux de rsistance observs chez les staphylocoques pathognes se sont rvls moins levs. Cette diffrence pourrait tre due une moindre exposition aux antibiotiques dispenss par voie orale, de ces bactries prsentes sur la peau des animaux. Pour ce qui concerne les E. coli pathognes, les taux de rsistance les plus levs sont gnralement observs en filire porcine, par rapport la filire bovine, sauf vis vis des bta-lactamines et de la gentamicine (Aarestrup et al., 1998b). Les taux de rsistance lampicilline obtenus pour cette population bactrienne taient de 80% chez le veau, contre 19% chez le porc. Les auteurs attribuent cette diffrence au fait que les veaux de moins de 2 mois reprsentent une population risque pour les diarrhes E. coli et sont donc plus frquemment exposs au traitement antibiotique. Pour la gentamicine, des diffrences similaires ont t obtenues, alors que cet antibiotique nest autoris que pour la diarrhe du porcelet au Danemark. Cette observation conduit les auteurs supposer un ventuel msusage de la gentamicine chez le veau (Aarestrup et al., 1998b). En France, pour la filire bovine, les rsultats de surveillance de la rsistance des bactries pathognes dorigine animale permettent de disposer dinformations sur une priode suprieure une dizaine danne et ont permis ltude de lmergence de nouveaux phnotypes de rsistance et de leur volution au cours du temps (cf. 1.1 de cette section). - Etudes exprimentales Les expriences de Allen et al. (Allen et al., 1992) consistent tudier leffet de traitement antibiotique chez le veau atteint dinfection respiratoire. Les rsultats dmontrent une rsistance la pnicilline, lampicilline et aux ttracyclines, en relation avec le traitement, chez des souches de Mannheimia haemolytica isoles danimaux malades. Ce rsultat nest pas obtenu pour Pasteurella multocida. - Etudes tiologiques Lassociation entre lusage des antibiotiques et la sensibilit de S. aureus, pathogne majeur des infections intramammaires, a t dmontre en levage de vaches laitires (Tikofsky et al., 2003). Dans cette tude, les taux de rsistance de S. aureus taient significativement suprieurs plusieurs antibiotiques (ampicilline, ttracycline et pnicilline) en levage conventionnel par rapport des levages de type bio , considrs comme groupe tmoin du fait dune pression de slection nulle.

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3. Effet dun arrt de lusage dun antibiotique Ce chapitre illustre les consquences de larrt de lusage de certaines molcules antibiotiques sur la rsistance bactrienne selon les espces animales. Les interdictions mises quant lutilisation de facteurs de croissance constituent ce titre des situations privilgies pour tudier cet impact. Ainsi, les tudes publies peuvent faire rfrence larrt de lutilisation au Danemark, de lavoparcine (en 1995), de la virginiamycine (en 1998) et de tous les autres facteurs de croissance antibiotiques (volontairement, depuis dbut 1999) (Aarestrup et al., 2001b), ou encore aux interdictions de la Communaut europenne depuis 1997 pour lavoparcine et 1999 pour la virginiamycine, la bacitracine zinc, la spiramycine et le phosphate de tylosine. Lavenir devrait constituer galement une priode de transition prsentant le mme type dintrt, avec la suppression dfinitive, en Europe, de tous les antibiotiques utiliss comme facteurs de croissance fin 2005. Le lien de cause effet nest pas toujours immdiat et/ou direct. Larrt des usages des antibiotiques ne saccompagne pas toujours dune rduction immdiate de la rsistance bactrienne. Dans les annes 1980, Langlois et al. (Langlois et al., 1983) avaient mis en vidence, dans des levages de truies, quun arrt de lutilisation des antibiotiques ne saccompagnait pas dune rduction significative du taux de rsistance, et ce, jusqu 126 mois aprs larrt. Dans le cadre de la surveillance des programmes danois, la baisse initiale de la rsistance la virginiamycine, chez le porc (8% en 1999), a suivi larrt de lutilisation de cet additif, mais en 2000 un clone dE. faecium rsistant la ttracycline, la pnicilline, lrythromycine, la virginiamycine a diffus et entran une hausse du pourcentage de souches rsistantes aux streptogramines (24% en 2000) ; pour des raisons inconnues, ce clone na pas persist les annes suivantes. Chez le poulet, (Emborg et al., 2004), la probabilit disoler une souche rsistante la virginiamycine reste leve dans des levages de poulets, plus dun an aprs la dernire prise de cet antibiotique. Ce dernier phnomne serait associ lmergence de souches ayant une rsistance croise entre les bta-lactamines et la virginiamycine, slectionne par lusage thrapeutique de bta-lactamines (Emborg et al., 2004). Cette observation a galement t faite dans le cadre des travaux de surveillance danois : la rduction de la prvalence de la rsistance la virginiamycine a suivi, larrt dutilisation des streptogramines comme additifs alimentaires, mais depuis 1999, le taux de souches rsistantes reste relativement lev (28-25% en 2002 ou 2003) du fait de phnomnes de co-slection des souches par une utilisation importante des pnicillines. En 1998, les taux de rsistance la vancomycine observs au Danemark, restent levs chez E. faecium isols de poulets et de porcs, malgr linterdiction dutiliser lavoparcine (Aarestrup et al., 1998c). A cette poque, les auteurs avaient mis comme biais possible, linterprtation des rsultats exprims sous la forme de taux de rsistance ; ils suggraient dune part que la prvalence (nombre danimaux porteurs de la rsistance) avait du tre rduite plusieurs mois aprs linterdiction de lavoparcine et dautre part que le taux de colonisation dE. faecium rsistant la vancomycine avait t rduit chez les animaux porteurs. Lvolution de la surveillance de cette rsistance au cours des annes suivantes sest traduite par une baisse du taux de rsistance chez le poulet, passant de 72,7%, en 1995, 5,8%, en 2000 (Aarestrup et al., 2001b). Cette volution a t plus lente chez les souches isoles de la flore intestinale du porc ; ceci est probablement li des phnomnes de co-slection par dautres antibiotiques (macrolides) ou par des additifs alimentaires (cuivre) pour lesquels les gnes de rsistance sont ports sur le mme plasmide (Hasman et al., 2002); outre les phnomnes de co-rsistance, la rsistance aux glycopeptides est observe en filires aviaire et porcine jusqu 6 ans aprs linterdiction de lavoparcine (Aarestrup et al., 2001b). Ces dernires observations sont concordantes avec les rsultats des travaux allemands qui dmontrent une rduction de la prvalence de la rsistance la vancomycine en filire

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aviaire, suite linterdiction dutiliser lavoparcine (Klare et al., 1999). Le mme phnomne est observ chez le poulet lgard dautres facteurs de croissance (Aarestrup et al., 2001b) ou dans la viande de poulet destine la consommation humaine (Emborg et al., 2003). Emborg et al. (Emborg et al., 2004) ont dmontr par ailleurs que la probabilit disoler des entrocoques rsistants 3 facteurs de croissance (avilamycine, erythromycine, virginiamycine) diminuait avec le temps sparant lanalyse microbiologique de la dernire utilisation de lantibiotique. Les consquences de linterdiction des facteurs de croissance peuvent galement tre opposes celles attendues. En France, les travaux de Desmonts et al. (Desmonts et al., 2004) dmontrent une augmentation des taux de rsistance de C. coli en filire aviaire, entre 1992-1996 et 20012002, notamment vis vis des quinolones, de la ttracycline et des macrolides. Outre les biais relatifs ltude elle mme (chantillonnage, priode de prlvement proche de la date de linterdiction), les auteurs attirent lattention sur de possibles augmentations des usages des antibiotiques utiliss en mdecine vtrinaire (dont les ttracyclines, les macrolides et les fluoroquinolones) conscutifs larrt des facteurs de croissance. De mme, larrt de la tylosine, comme additif, na pas t suivi dune rduction significative des entrocoques rsistants aux glycopeptides, chez le porc, du fait dune utilisation maintenue de cette molcule en tant que mdicament vtrinaire. Cette utilisation sexplique par laugmentation de lincidence des entrites chez le porc dues Lawsonia intracellularis et Brachyspira hyodysenteriae ncessitant la mise en place de traitements lengraissement. Les donnes franaises de surveillance obtenues depuis une vingtaine dannes ont permis dvaluer les consquences en filire bovine du retrait du chloramphnicol au niveau de la rsistance des E. coli. En 1994, le chloramphnicol a t retir du march. Son analogue fluor, le florfnicol, a t mis sur le march partir de 1995. Ltude de la rsistance au chloramphnicol et au florfnicol, de 1982 2002, et des gnes responsables de ces rsistances, montre que le retrait du chloramphnicol a eu peu de consquences sur la rsistance des E. coli dorigine bovine vis--vis de cet antibiotique. Le pourcentage de souches rsistantes a diminu mais la population rsistante reste cependant majoritaire. Ces rsultats pourraient tre dus des rsistances croises entre le chloramphnicol et le florfnicol (Schwarz et al., 2004). Ces diffrents exemples soulignent le fait quil nest pas toujours ais de prdire lvolution dun taux de rsistance aprs larrt dutilisation dune famille dantibiotiques. De nombreux phnomnes (cot biologique de la rsistance, co-slection par dautres antibiotiques ou dautres anti-infectieux, caractre pidmique ou non de certains clones ou gnes de rsistance, report de consommation dantibiotiques vers dautres familles...) peuvent influencer lvolution de la rsistance. Il est galement important de souligner que la suppression de lusage des antibiotiques ne saccompagne pas toujours de la disparition immdiate des rsistances associes. 4. Limites et perspectives des travaux pidmiologiques Aucune tude tiologique nest exempte de biais. Ils constituent des sources de variabilit et derreurs en pidmiologie quil importe danalyser, de prendre en compte ou dviter pour ceux qui peuvent ltre, lors de linterprtation des rsultats. 4.1. Biais de slection Les biais de slection portent sur les diffrences entre lchantillon analys et la population source. Ils conduisent une vision dforme de la population source et/ou de la population cible indpendamment de la prcision des mesures (Bouyer et al., 1995). Les biais de slection peuvent galement concerner la constitution des groupes tests et tmoins qui doivent tre comparables. Etudes descriptives Les tudes descriptives rpondent deux enjeux diffrents :

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le premier est un enjeu qui porte sur les levages (connatre et suivre la dynamique de la rsistance bactrienne au sein de ces populations avec la perspective de pouvoir valuer limpact des actions visant matriser le phnomne) ; - le deuxime enjeu porte sur une quantification au plus prs du consommateur, ceci dans une perspective sanitaire. Bien quil soit vraisemblable que le second dpende du premier, il est frappant dobserver que les tudes descriptives sont peu explicites sur ce sujet et ne prcisent pas toujours dans quelle perspective elles se situent. Le biais de slection concerne ici principalement la reprsentativit de lchantillon, lment dterminant des possibilits dextrapolation des rsultats la population source qui correspond la population sur laquelle porte lobjectif du travail. Les tudes descriptives reposent en majorit sur le programme DANMAP. Elles fonctionnent avec un chantillonnage alatoire des carcasses de porcs, poulets et bovins en abattoir ainsi quavec un chantillon dantibiogrammes provenant de laboratoires danalyses vtrinaires correspondant des prlvements raliss en levage par les vtrinaires de terrain en cas de pathologie ou dchec thrapeutique. On peut identifier 2 biais importants : - dune part, le prlvement en abattoir conduit nchantillonner que les animaux sains (sous-estimation du risque) ; - dautre part, lchantillonnage de prlvements envoys aux laboratoires conduit ne considrer que les animaux atteints de maladies graves et probablement dchecs thrapeutiques. De plus, les petits abattoirs sont souvent exclus de lchantillon. Lchantillonnage de produits animaux dans les points de vente au dtail conduit au mme type de biais que les abattoirs (Klare et al., 1999). Essais cliniques Les biais de slection ne portent pas ici sur une dformation possible de limage de la population source (puisquil ne sagit pas dextrapoler les rsultats la ralit), mais sur la constitution des groupes contrles et des groupes tests. Sil existe des diffrences systmatiques entre les groupes, les rsultats peuvent tre affects. Do limportance dun choix alatoire des individus affects chacun des groupes dans lensemble des individus recruts pour lessai, ce qui permet dassurer lgalit des contextes entre les individus. Parmi les travaux examins, si tous les essais cliniques sont contrls (prsence dun groupe contrle), tous ne comportent pas de tirage au sort (essais contrl randomis). Etudes tiologiques La population source est, comme souvent dans les tudes tiologiques, mal dfinie dans nombre des travaux. Dans les faits, il sagit, suivant les travaux, des animaux issus dlevages dits conventionnels ou intensifs (notamment en filires porcine et aviaire) ou des animaux issus dlevages nutilisant pas dantibiotiques, dont les levages biologiques. On retrouve souvent dans ces tudes tiologiques un recrutement dlevages industriels qui ne reflte quune partie de llevage des diffrents pays. Des biais peuvent porter sur le choix des levages tests et tmoins dans des rgions diffrentes ou le choix despces diffrentes entre les groupes tests et tmoins (Siegel et al., 1974). Ils peuvent galement porter sur un chantillonnage diffrentiel selon les groupes danimaux tudis o lchantillonnage est plus important pour les animaux exposs aux antibiotiques thrapeutiques par rapport aux autres groupes danimaux (Gellin et al., 1989). Le problme du biais de slection est difficile analyser en raison dune part de la mauvaise dfinition des populations source, et dautre part de labsence dexplication concernant les modalits de choix des lments de lchantillon, levages ou animaux. Etudes interventionnelles On retrouve ici les mmes problmatiques que dans les tudes tiologiques. Deux travaux sont illustratifs de ce type de biais. Dans ltude de Langlois et al. (Langlois et al., 1978b), les troupeaux considrs ont des statuts sanitaires diffrents. Lun deux est un troupeau dit pathogen free donc indemne

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dun certain nombre de maladies. De plus, les races sont diffrentes. Il sagit ici dun biais de slection portant sur la comparabilit des groupes test et tmoins. La porte des rsultats en est amoindrie. Les travaux dEmborg et al. (Emborg et al., 2003) portant sur la rsistance dans les carcasses et les produits carns de poulet au Danemark ont inclus des produits animaux dorigine non danoise, mais aucune carcasse non danoise. On a donc ici un biais dans le recrutement des chantillons qui peut conduire une surestimation du risque pour les produits animaux, les facteurs de croissance tant encore utiliss dans la plupart des pays. On constate ici que le choix des levages sonds est rarement motiv et concerne la plupart du temps un type dlevage bien spcifique ou une rgion gographique restreinte, le ct pratique semblant lemporter sur la rigueur. De plus, le choix des groupes tmoins nest pas toujours appropri. Ltude dAvrain et al. (Avrain et al., 2003) fait ici figure dexception avec les tudes issues du programme DANMAP, lchantillon tant reprsentatif de lensemble des levages du fait de lobligation dabattre les animaux en abattoir ; mais ces travaux souffrent dun biais venant du fait que seuls les animaux sains sont abattus en abattoirs. 4.2. Biais de classement Les biais de classement portent sur la mesure de lexposition ou de la rsistance. Un biais de classement conduit une erreur de classement des individus portant sur lexposition aux antibiotiques (variable explicative) ou la rsistance bactrienne (variable explique), indpendamment de la reprsentativit de lchantillon. Les biais de classement peuvent tre diffrentiels ou non. Un biais diffrentiel, est un biais qui atteint prfrentiellement lune des modalits de la variable considre (les exposs plutt que les non exposs ou les rsistants plutt que les sensibles) (Bouyer et al., 1995). Etudes descriptives Les principaux biais de classement des tudes descriptives portent la fois sur la mesure dexposition, dans la mesure o les quantits dantibiotiques consomms par filire ne sont pas connues, et sur la rsistance des bactries, du fait de la participation de diffrents laboratoires danalyse pouvant gnrer des rsultats diffrents. Etudes cliniques Le problme principal de ce type dtude est la rigueur de lisolement des animaux tests et tmoins et de leur nourriture, afin dcarter toute contamination interindividuelle des animaux par des bactries rsistantes ou toute contamination de laliment blanc par laliment supplment en antibiotique. De plus, dans la plupart des tudes concernant les facteurs de croissance, les animaux reoivent laliment supplment volont, ce qui ne permet aucun contrle des quantits ingres. Enfin, le stress li au transport des animaux peut tre cit (Langlois et al., 1978; Dawson et al., 1983; Dawson et al., 1984) comme un biais susceptible daugmenter la valeur de la rsistance. Etudes tiologiques et interventionnelles Comme dans les tudes cliniques, pour tous les travaux avec aliment supplment en antibiotique fourni volont, la quantit ingre tant non mesure, il est impossible de connatre la dose dexposition. En liaison avec le caractre rtrospectif du recueil des donnes concernant lexposition aux antibiotiques, des biais dinformation sont constats, relatifs la qualit des donnes dutilisation des antibiotiques dans les exploitations (Aarestrup et al., 2000a) ou des diffrences entre les traitements achets et effectivement utiliss (Bager et al., 1997; Dunlop et al., 1998b). De plus, certaines tudes prsentent un traitement diffrent entre chantillons li la participation de plusieurs laboratoires danalyse, un changement de mthode de calcul (Linton et al., 1988) ou de dtection de la rsistance, et certains sont mme lis au statut dexposition de lchantillon, crant ainsi un biais diffrentiel.

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4.3. Biais de confusion Un biais de confusion correspond linfluence dun tiers facteur sur lassociation entre exposition et rsistance qui empche davoir accs la relation propre et conduit une sous ou une sur-valuation de cette relation (Bouyer et al., 1995). Les biais de confusion sont les seuls biais dont on peut analyser leffet sur la relation entre exposition et rsistance. Certains des articles prennent en compte dans leur analyse un certain nombre de biais au travers de la modlisation (rgression logistique, analyse de variance, modle mixte,). Parmi les biais qui persistent sans tre analyss, deux se retrouvent quel que soit le type dtude : 1 - lhygine des exploitations : une exploitation qui matrise au mieux lhygine risque dtre moins consommatrice dantibiotiques et de limiter les phnomnes de contamination interindividuelle ou inter-bandes par des bactries rsistantes (notamment par le systme de vide sanitaire entre deux bandes danimaux) ; 2 - les phnomnes dquilibre de populations bactriennes qui peuvent agir comme des biais de confusion : certaines espces de bactries sont plus frquemment porteuses de rsistance, or certains antibiotiques agissent sur lquilibre des populations bactriennes indpendamment de leur niveau de rsistance (slection dE. faecium au dpend dE. faecalis et gallinarum par exemple). Ils slectionnent ainsi indirectement les rsistances portes de faon privilgie par lespce bactrienne quils favorisent. 4.4. Valeur quant linfrence biologique Association entre usage et rsistance bactrienne Les tudes cliniques permettent de mettre en vidence une relation forte entre lexposition et la rsistance bactrienne, que lusage correspondent une posologie thrapeutique (Allen et al., 1992; DePaola et al., 1995), ou une posologie correspondant un additif facteur de croissance (Welch et al., 1979; Christie et al., 1983; Robredo et al., 1999; Donabedian et al., 2003; Langford et al., 2003). Cette relation est galement dmontre par des tudes pidmiologiques portant sur les deux types dusages, facteurs de croissance (Aarestrup et al., 2000a) (Siegel et al., 1974; Bager et al., 1997) et/ou usages thrapeutiques (Linton et al., 1988; Gellin et al., 1989; Tikofsky et al., 2003). Les tudes portant sur leffet des doses thrapeutiques dmontrent un effet significatif de lexposition sur laugmentation de la rsistance des populations bactrienne la molcule administre, quil sagisse de cyclines (Stabler et al., 1982; Hinton et al., 1986; DePaola et al., 1995), de macrolides (Hinton et al., 1986; Kaukas et al., 1987), de pnicillines (Allen et al., 1992), de quinolones (McDermott et al., 2002; Humphrey et al., 2005) ou daminosides (Chaslus-Dancla et al., 2000). Si cette association se traduit, par exemple, par des taux de rsistance gnralement plus levs dans des levages conventionnels par rapport des levages biologiques moins exposs aux antibiotiques, il est intressant de noter que Tikofsky (Tikofsky et al., 2003) observe un taux de rsistance de S. aureus lrythromycine (antibiotique important en thrapeutique humaine) similaire entre ces deux types dlevage. Ce rsultat pourrait tre li la persistance dans les levages biologiques dun effet rsiduel des antibiotiques administrs avant la certification (en cohrence avec lhypothse dun effet long terme des facteurs de croissance) effet qui peut tre entretenu par une exposition aux antibiotiques autoriss une deux fois par an et par animal en agriculture biologique. Les tudes concernant les facteurs de croissance portent majoritairement sur les entrocoques ou sur un ensemble de bactries entriques (coliformes, Gram -, ) et les antibiotiques dexposition sont la tylosine, lavoparcine, lavilamycine, la virginiamycine, la ttracycline, la bacitracine et lolaquindox, molcules qui sont toutes interdites en Europe depuis au moins 5 ans, lexception de lavilamycine. Ltude de Linton et al. (Linton et al., 1988) apporte un argument particulirement fort sur la force dassociation entre lusage dantibiotique et la rsistance, en dmontrant une relation chronologique entre lintroduction chez le porc dun nouveau facteur de croissance, lolaquindox, et lmergence de la rsistance associe.

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Quant aux rsistances multiples, certains auteurs constatent une slection des rsistances multiples plus particulirement par des doses thrapeutiques (Gellin et al., 1989); dautres, inversement, estiment que les agents thrapeutiques antibiotiques ne slectionnent pas de rsistances multiples (Kaukas et al., 1987). Rversibilit Des arguments forts en faveur de la causalit de la relation entre lusage et la rsistance bactrienne relvent de la rversibilit des effets ; ce qui revient tudier si un retrait de lexposition aux antibiotiques est associ une diminution de la rsistance, mme si celle-ci nest que partielle. Trois types dtudes disponibles permettent dtudier le caractre rversible de leffet des antibiotiques sur la rsistance bactrienne : - les tudes portant sur larrt dun antibiotique facteur de croissance, - les tudes portant sur larrt de lensemble des facteurs de croissance (situation du Danemark), - les tudes portant sur larrt de tout ou partie des antibiotiques pour un troupeau exprimental. Peu dtudes exprimentales ont t mises en uvre pour ltude de la rversibilit dun traitement antibiotique. Les travaux de De Paola ont dmontr dans ce domaine, chez le poisson chat, une rversibilit de la rsistance bactrienne un traitement doses thrapeutiques par une ttracycline (DePaola et al., 1995). Ltude de Robredo et al., sur des poulets exposs lavoparcine en tant quadditif (Robredo et al., 1999), voque un effet transitoire de cet antibiotique sur la rsistance aux glycopeptides li la prolifration de souches sensibles en labsence de pression slective. Pour ce qui relve des tudes ralises dans un contexte dinterdiction dusage des facteurs de croissance, les rsultats sont gnralement en faveur dune diminution de la rsistance bactrienne observe chez lanimal suite larrt de ces antibiotiques (Pantosti et al., 1999; Boerlin et al., 2001; Emborg et al., 2004) , voire une probabilit moindre disoler des bactries rsistantes sur les aliments dorigine animale (Emborg et al., 2003). La diminution peut tre rapide (macrolides et lincosamides suite larrt de la tylosine (Boerlin et al., 2001) ou beaucoup plus lente (rsistance la ttracycline suite larrt total des antibiotiques : (Langlois et al., 1978b);(Langlois et al., 1983). Cependant, cette relation na pas t observe par lquipe de Kruse, en levage de poulets, un an et demi aprs linterdiction de lavoparcine (Kruse et al., 1999). Laspect transitoire de cet effet rversible est variable, avec un dlai de retour la normale de plusieurs semaines (DePaola et al., 1995; McDermott et al., 2002), quelques jours (Kaukas et al., 1987). Les rsistances semblent cependant ne jamais disparatre compltement, que ce soit en termes de taux de rsistance ou de taux de prvalence (Langlois et al., 1978b; Bager et al., 1999; Kruse et al., 1999; Boerlin et al., 2001; Emborg et al., 2003; Emborg et al., 2004). Les raisons principales voques cette observation sont lies des phnomnes de co-slection, lhygine avec la possibilit de contamination par lenvironnement et des piqres de rappel thrapeutiques, quand lantibiotique supprim est un facteur de croissance dont lutilisation thrapeutique reste autorise. Largument de la rversibilit est dautant plus fort que plusieurs de ces tudes raisonnent en prvalence (Klare et al., 1999; Pantosti et al., 1999; Emborg et al., 2004). Il importe de souligner cependant que les mcanismes impliqus ont une importance dans le caractre rversible, ou non, des la rsistance des souches, mme aprs la suppression de la pression de slection. Ceci est par exemple illustr par la persistance de souches de Campylobacter rsistantes aux fluoroquinolones, gnre par une mutation du gne gyrA (Zhang et al., 2003). Effet dose En ce qui concerne la mise en vidence dun effet dose, les travaux de Langford dmontrent un effet proportionnel entre la dose dantibiotiques contenue dans le lait administr par voie orale de jeunes veaux et le caractre rsistant de la flore bactrienne intestinale (Langford

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et al., 2003). En revanche concernant les tudes portant sur la hirarchisation des effets respectifs des doses thrapeutiques et subthrapeutiques sur la rsistance, les rsultats peuvent diverger : les facteurs de croissance peuvent tre associs un effet suprieur sur la rsistance par rapport aux agents thrapeutiques (Gellin et al., 1989); inversement leffet des agents thrapeutiques a t estim suprieur celui des facteurs de croissance par Dawson et al. (Dawson et al., 1984). Cette opposition peut tre explique notamment par certains biais dexposition ou de classement cits prcdemment. Le faible nombre des animaux observs (do une perte de puissance des analyses statistiques) et le mauvais isolement des animaux (possibilit de contamination croise des individus par des bactries rsistantes) peuvent galement expliquer ces divergences. Modification des quilibres microbiologiques Lassociation entre lusage des antibiotiques et la rsistance bactrienne doit galement prendre en considration des quilibres cologiques de microflore. Ainsi, par exemple, ltude de Kaukas (Kaukas et al., 1987) voque le biais li aux modifications des populations bactriennes qui permet de comprendre pourquoi une exposition lampicilline semble avoir un effet contradictoire en diminuant la rsistance la tylosine ; ceci serait d la suppression des E. faecium par lampicilline, principales bactries porteuses de rsistance la tylosine parmi les entrocoques. 5. Consquences indsirables 5.1. Sant animale Les antibiotiques utiliss comme facteurs de croissance, ont galement un effet sur la barrire intestinale et le contrle de populations bactriennes notamment anarobies de la flore intestinale des animaux. Dans plusieurs pays, larrt dutilisation a t suivi du dveloppement de maladies intestinales chez le porc et la volaille. En Sude, la diffrence en termes de productivit, observe chez le porc aprs larrt des facteurs de croissance, na pas t totalement annule plus de 15 ans aprs (Wierup, 2001). Au Danemark, une morbidit et une mortalit accrues ont t enregistres chez le porc du fait dinfections intestinales avec un accroissement des diarrhes chez les porcs lengrais et le dveloppement dinfections chroniques Lawsonia intracellularis. Ces maladies ont entran une rduction de la vitesse de croissance et une augmentation de la mortalit a t enregistre. Au Royaume-Uni, un accroissement du syndrome dermatite-nphrite et du syndrome damaigrissement du porcelet a t observ entre 1999 et 2000 (Directorate., 2002). Chez les poulets, une augmentation des entrites ncrotiques clostridies a t observe au Danemark ds 1998 (DANMAP, 1998; Tornee, 2002) et en France avec un doublement de la prvalence en 1999 (Afssa-a, 2002). Des problmes au niveau des pattes et de la peau des volailles ont t galement rapports en augmentation depuis la fin des annes 1990 au Danemark (Petersen, 2002) . Cependant, dun point de vue pidmiologique, il est difficile de sparer les maladies qui seraient en rapport avec le retrait des additifs avec le dveloppement naturel de maladies infectieuses dorigine virale sans rapport avec ce retrait ou des changements de pratiques zootechniques (retrait des farines animales, changements alimentaires). A retenir Le bilan des tudes publies portant sur limpact de lusage des antibiotiques sur la rsistance bactrienne chez lanimal, indique que la majorit des rsultats sont issus dtudes descriptives. De nombreux travaux sont issus des plans de surveillance descriptifs danois, dmarrs en 1995 ; ce programme est le premier tudier systmatiquement la rsistance aux antibiotiques utiliss la fois comme facteurs de croissance et comme additifs, paralllement ceux utiliss comme mdicaments vtrinaires (il a t associ depuis 2002 une surveillance quivalente chez l'homme). Quant au peu dtudes tiologiques et interventionnelles, il est fait le constat dune relative faiblesse mthodologique des travaux en ce qui concerne les aspects pidmiologiques. En effet, il est dommage que peu de ces travaux utilisent des mesures de risque et dassociation

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rigoureuses (taux de prvalence et risque relatif pour les tudes de cohorte) et que peu de travaux tiologiques soient des tudes de cohorte prospective, qui est le protocole le plus puissant pour valuer lassociation entre un facteur de risque et une maladie (ici la rsistance). Quant aux biais, ils sont certes invitables dans les tudes pidmiologiques qui sont des tudes de terrain dans lesquelles on ne peut matriser tous les paramtres, mais il est possible et ncessaire de prvoir et prvenir les biais qui peuvent ltre. Sil existe un faisceau de preuves au sens de Hill, qui tend confirmer la nature causale de lassociation entre exposition aux antibiotiques et rsistance chez lanimal, lassociation considre dans la grande majorit des travaux est exprime en taux de rsistance et non en taux de prvalence. Il est donc difficile de conclure sur les risques pour lhomme quand on considre que la progression de la rsistance dans les populations est le rsultat de linteraction entre lexposition aux antibiotiques et la transmission inter-individuelle des bactries rsistantes. Il importe galement de souligner le caractre multifactoriel du phnomne dacquisition et de diffusion de la rsistance aux antibiotiques dans des populations bactriennes chez les animaux dlevage ; parmi les nombreux facteurs, les modalits dusage des antibiotiques spcifiques des filires animales, des types de production, des pays, les caractristiques cologiques de la microflore des animaux, les mcanismes de rsistances croises, et les facteurs environnementaux (matrise de lhygine notamment) ont un rle dterminant. 5.2. Consommation dantibiotiques Laccroissement de lusage dantibiotiques aprs larrt des facteurs de croissance a t observ dans tous les pays ayant un suivi de la consommation des antibiotiques. Au Royaume Uni (Directorate., 2002), la quantit totale dantibiotiques utiliss comme mdicaments vtrinaires est passe de 383 437 tonnes entre 1999, date de larrt et 2000. Cette augmentation est due un accroissement de lutilisation des ttracyclines (+36 t), des sulfamides et du trimthoprime (+12 t) et des macrolides (+12 t). Au Danemark, la quantit dantibiotiques utilise comme mdicament vtrinaire a doubl entre 1996 (DANMAP, 1997) et 2001 (DANMAP, 2002). Les antibiotiques ayant subi une augmentation sont ceux principalement utiliss chez le porc, les ttracyclines (de 13 28 t), les macrolides et lincosamides de 7,6 14,3 tonnes et les aminoglycosides de (7 12 t). Cette augmentation a eu lieu malgr les efforts raliss pour sadapter larrt des facteurs de croissance. Elle est due au dveloppement de nouveaux syndromes pathologiques en production porcine et est galement imputable au dveloppement du syndrome damaigrissement du porcelet de son cortge de complications. Le mme phnomne daugmentation de la consommation dantibiotiques titre thrapeutique avait t observ en Sude aprs larrt des facteurs de croissance (Wierup, 2001). Les donnes franaises montrent galement une augmentation de lutilisation des macrolides pour matriser les nouveaux syndromes pathologiques en levage porcin. 5.3. Influence sur les plasmides de rsistance aux antibiotiques Le flavophospholipol (bambermycin, ou moenomycin) est un antibiotique glycolipidique phosphor utilis comme facteur de croissance et qui nest apparent aucune famille antibiotique utilise en mdecine vtrinaire et humaine. Cette molcule inhibe la synthse du peptidoglycane mais aucune rsistance croise nexiste avec la famille des btalactamines. Un effet d limination des plasmides chez Escherichia coli et dautres membres de la famille des entrobactries a t dcrit pour cette molcule (Brana et al., 1974; Crawford, 1984). Leffet est une inhibition slective de la croissance bactrienne de cellules hbergeant certains plasmides. La CMI du flavophospholipol chez E. coli est normalement suprieure 64 g/ml mais pour certaines souches hbergeant des plasmides, la CMI est comprise entre 0,125 et 5 g/ml (Mitsuhashi et al., 1970). Cette effet inhibiteur existe vis--vis de certaines souches porteuses de plasmides R, mais pas sur dautres (Sokol et al., 1973; George et al., 1984). In vitro, le flavophospholipol rduit la frquence de transfert de certains plasmides R (Lebek, 1971). Dans un modle souris, Corpet a dmontr une rduction significative du nombre de E. coli rsistants la ttracycline chez les animaux

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recevant du flavophospholipol (Corpet, 1984). Chez des tudes chez le porc et le veau, portant sur des nombres limits danimaux recevant des aliments supplments en flavophospholipol, une diminution de la frquence de la rsistance lampicilline, aux ttracyclines, la streptomycine et aux sulfamides est observe chez les E. coli fcaux (Dealy et al., 1976; Dealy et al., 1977). Chez le porc, une rduction significative de la prvalence et du portage de E. coli rsistants a t observe (van den Bogaard et al., 2002b) chez le groupe recevant du flavophospholipol comme additif par rapport au groupe tmoin non trait et au groupe supplment avec de lavoparcine. Aucun effet na t observ dans ce groupe en ce qui concerne la prvalence de la rsistance chez les entrocoques tandis que le taux de rsistance la vancomycine augmentait significativement chez le groupe recevant de lavoparcine (van den Bogaard et al., 2002b). IV. Impact environnemental 1. Modalits dvaluation du risque Ds le dbut des annes 80, les risques potentiels pour lenvironnement, associs lutilisation des mdicaments vtrinaires ont fait lobjet dune rflexion au niveau de lUnion Europenne par lAgence Europenne dEvaluation des Mdicaments. Dans la ligne directrice EMEA/055/96-final, le Comit Permanent des Mdicaments Vtrinaires a dfini les rgles dvaluation du risque environnemental pour les mdicaments chimiques. Cette ligne directrice tablit une valuation en plusieurs phases. La phase 1 value le potentiel de libration dans lenvironnement laide du calcul des concentrations prdites dans lenvironnement ( Predicted Environmental Concentration PEC), ralis partir des caractristiques physico-chimiques de la molcule et de ses principaux mtabolites et des modalits dutilisation des fumiers dans le pire scnario. En fonction des valeurs de PEC calcules, la seconde phase est ralise ou non. La phase 2 est rpartie en 2 tapes. Ltape A value plus prcisment le devenir potentiel de la substance et ses effets court terme sur lenvironnement, laide de diffrents modles reconnus et standardiss. En cas deffets dmontrs dans ltape A, ltape B tudie les effets moyen et long terme de la substance sur diffrentes cibles des compartiments terrestres ou aquatiques. Au cours de ces valuations, leffet des molcules sur lactivit de la flore bactrienne du sol est tudi. Les effets mesurs court terme concernent lactivit mtabolique de la flore microbienne du sol (mthanogense, fixation de lazote). Cette valuation du risque est requise pour toutes les nouvelles molcules, utilises comme mdicaments vtrinaires mais na pas t ralise pour les molcules, les plus anciennes, cest--dire celles autorises avant la mise en vigueur de ces rglements en 1996. 2. Devenir des antibiotiques dans lenvironnement Quelques publications existent sur le devenir des antibiotiques dans lenvironnement. Lusage des antibiotiques chez les animaux (Lindsey et al., 2001; Campagnolo et al., 2002), notamment en aquaculture, permet leur introduction dans lenvironnement. Les antibiotiques excrts, par les animaux se retrouvent dans la litire, le fumier ou le lisier, ainsi que dans les poussires prsentes dans llevage. Ces antibiotiques seront ensuite retrouvs dans les bassins de rtention des levages. Lactivit microbienne dgradera en partie les molcules antibiotiques en molcule de plus petite taille jusqu la minralisation tandis quune partie des molcules sera adsorbe sur les solides. Lefficacit de cette dgradation nest toutefois pas parfaitement connue pour tous les antibiotiques. Runsey et al. (1977) (Runsey et al., 1977) ont tudi le devenir de la chlorttracycline utilise comme additif lalimentation animale chez des bovins. Lantibiotique a t recherch dans le fumier frais, aprs stockage, dans les eaux de ruissellement, dans le fumier pandu sur les ptures et dans les sols des prs fertiliss avec le fumier. 17 % de la dose administre aux animaux sont retrouvs dans le fumier frais et 11 % dans le fumier aprs un stockage de 12 semaines Aga et al. (Aga et al., 2003) ont analys les lisiers provenant de fosses de stockage dlevage de porc et le fumier de bovins pour la prsence de rsidus de ttracyclines en utilisant une technique ELISA. Les rsultats varient dantibiotique non dtect (Limite de dtection = 0,5 g/kg) une concentration de 200 g/g. La dgradation

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des ttracyclines dans les sols sur lesquels les lisiers ont t pandus, a galement t tudie par mthode ELISA et des concentrations dtectables sont retrouves pendant 28 jours. Lanalyse des extraits par chromatographie liquide couple la spectromtrie de masse a mis en vidence des concentrations plus faibles que par ELISA, indiquant la prsence de molcules de ttracyclines dgrades ou de structures proches. De Liguoro et al. (De Liguoro et al., 2003) ont tudi le devenir dans le temps de loxyttracycline et de la tylosine dans les fces, la litire et les fumiers ainsi que dans les sols des champs sur lesquels les fumiers sont pandus comme engrais et dans les eaux de ruissellement. Cinquante veaux Simmental ont t traits pendant 5 jours avec 60 mg/Kg/jour doxyttracycline. Aprs une priode de 15 jours, les animaux ont reu pendant 5 jours de la tylosine la dose de 20 mg/kg/jour. La tylosine est dgrade rapidement et nest plus dtecte dans les fumiers, 45 jours aprs larrt du traitement et aucune trace de tylosine nest retrouve dans les sols et les eaux environnantes (limite de dtection= 10 g/L). La demi-vie de loxyttracycline dans les fumiers est de 30 jours et la molcule reste dtectable dans le fumier aprs 5 mois. Hamscher et al. (2002) (Hamscher et al., 2002) ont tudi la distribution et la persistance des ttracyclines et de la tylosine dans des terrains fertiliss avec un engrais liquide. La premire fois, lengrais contenait 4,0 mg/Kg de ttracycline et 0,1 mg/Kg de chlorttracycline. Un engrais ayant des concentrations similaires a t appliqu un an plus tard. Des prlvements de sol ont t raliss 4 niveaux, 1 et 7 mois aprs le premier traitement et 1 mois aprs le second. Au 3me prlvement, les concentrations de ttracycline les plus fortes retrouves ont t de 86,2 g/Kg (entre 0 et 10 cm), 198,7 g/Kg (entre 10 et 20 cm), et 171,7 g/Kg (entre 20 et 30 cm) et de 4,6 7,3 g/Kg de chlorttracycline ont t mesures dans les 4 niveaux dmontrant une persistance et une accumulation des ttracyclines dans le sol. Loxyttracycline et la tylosine nont pas t dtectes dans tous les chantillons tudis. Campagnolo et al. (2002) (Campagnolo et al., 2002) ont analys des chantillons provenant de fosses lisier dlevage porcin et les eaux de surface et en profondeur de sites proches dlevage intensif de porcs ou de volailles. Des rsidus de diffrentes classes dantibiotiques ont t retrouvs dans les fosses de stockage des lisiers. Schlusener et al. (2003) (Schlusener et al., 2003) ont dvelopp des mthodes sensibles danalyse des macrolides, des antibiotiques ionophores et de la tiamuline dans les fumiers. Les concentrations maximales retrouves dans les chantillons de fumiers rcolts deux mois aprs utilisation de ces molcules sur les animaux sont de 43 g/kg pour la tiamuline et de 11 g/kg pour la salinomycine. Ingerslev et Halling-Sorensen (2001) (Ingerslev et al., 2001) ont tudi la biodgradabilit de lolaquindox, du mtronidazole et de la tylosine, dans les sols fertiliss avec de lengrais. Aucune de ces substances ne persiste dans les tudes de biodgradation. Les temps de demi-vie de la phase initiale de dgradation sont de 3,3-8,1 jours pour la tylosine, 5,8-8,8 jours pour lolaquindox, et 13,1-26,9 jours pour le mtronidazole. Loke et al. (Loke et al., 2000) ont tudi la stabilit de la tylosine A (composant majoritaire de la tylosine) dans les engrais stocks sous conditions mthanognes. Le temps de demi-vie est de moins de 2 jours. Ces auteurs nont pas pu tudier la dgradation de la tylosine A dans des conditions arobiques et anarobiques du fait de problme dadsorption et de dgradation chimique. Haller et al. (2002) (Haller et al., 2002) ont analys six prlvements dchantillons de fumiers provenant de fermes o des aliments mdicamenteux taient utiliss et ont trouv des concentrations totales en sulfamides allant jusqu 20 mg/Kg de fumiers. Les usages chez lhomme contribuent galement leur introduction dans lenvironnement. Dans une tude des effluents dhpitaux, la ciprofloxacine a t retrouve des concentrations de lordre de 3 87 g/L. Hirsch et al (Hirsch et al., 1999) ont analys les eaux provenant de station dpuration et des eaux de surface pour 18 antibiotiques de plusieurs familles (macrolides, sulfamides, pnicillines, ttracyclines). Bien que les pnicillines (sensibles lhydrolyse) et les ttracyclines qui prcipitent en prsence de calcium ou de cations, ne soient pas retrouves, les autres molcules sont dtectes des concentrations de lordre du g/L. En utilisant un bryophyte, comme bio-indicateur de la

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prsence des antibiotiques dans leau, Delepee et al. (Delepee et al., 2004) ont tudi la bioaccumulation de loxyttracycline, de lacide oxolinique et de la flumquine sur un cours deau mettant en vidence les diffrents apports en antibiotique en aval des zones dlevage, des fermes aquacoles et des villes prsentes sur ce cours deau. Les antibiotiques, utiliss dans un levage, notamment via les aliments mdicamenteux, peuvent tre retrouvs dans la poussire prsente dans les btiments o ils persistent sur de longues priodes (Hamscher et al., 2002). A retenir : Une fraction des antibiotiques administrs comme mdicaments, chez lhomme et chez lanimal se retrouvent sous forme active dans les excrta qui seront ensuite traits et recycls sous forme de fertilisants. Les antibiotiques seront plus ou moins rapidement dgrads et adsorbs au niveau des sols. Un certain nombre dentre eux pourront persister dans lenvironnement et se retrouver au niveau des eaux de surface et dans les rivires des concentrations faibles mais dtectables par les outils analytiques modernes. 3. Devenir des bactries et des gnes de rsistance dans lenvironnement De nombreuses bactries de la flore intestinale de lhomme et des animaux sont retrouves dans lenvironnement au niveau du sol et des eaux de surface. Leur prsence signe une contamination fcale. Ces bactries seront retrouves au niveau des effluents dlevage tout comme au niveau des effluents de stations dpuration (Kuhn et al., 2003). Elles pourront tre mises en vidence dans les rivires et les ressources en eau potable mettant en vidence la dissmination aise des bactries via lenvironnement. Des gnes de rsistance aux ttracyclines provenant vraisemblablement de bactries issues dlevages de porcs sont mis en vidence dans des bactries du sol, des eaux de ruissellement et deaux profondes et soulignent que ces gnes de rsistance slectionns dans lintestin des animaux peuvent tre transmis aux bactries de lenvironnement, la slection directement dans lenvironnement de bactries rsistantes du fait des ttracyclines excrtes dans lenvironnement jouant sans doute un rle ngligeable (Chee-Sanford et al., 2001; Aminov et al., 2002). Koenraad et al. (Koenraad et al., 1995) observent une rsistance plus frquente des souches de Campylobacter des effluents provenant dun abattoir de volailles, compars aux autres effluents et Bischoff et Jacob (Bischoff et al., 1996) montrent que des Campylobacter rsistants la streptothricine peuvent tre isols des lisiers de porcs ou de bovins ou des eaux de stations dpuration. 4. Rsidus de traitements et flore intestinale humaine Modalits dvaluation du risque Les rsidus dantibiotiques prsents dans les denres animales reprsentent un danger dont les risques associs (toxicologiques, microbiologiques) sont valus durant la procdure de fixation des limites maximales de rsidus (Cerniglia et al., 1999). La capacit perturber la flore intestinale humaine est un des risques pris en compte. La flore intestinale joue un rle important dans le maintien et la protection de la sant d'individus. Cette flore fournit des fonctions importantes l'hte telles que - la digestion des aliments et la libration de composs endognes et exognes; - la production de substances qui seront ensuite absorbes; - la protection contre l'invasion et la colonisation par des micro-organismes pathognes. Des antibiotiques ingrs peuvent potentiellement changer l'cologie de la flore intestinale. Ils peuvent atteindre la flore intestinale de la partie extrme du tractus intestinal en raison dune absorption incomplte ou aprs absorption si ils sont excrts via la bile ou scrts par la muqueuse intestinale. La barrire vis--vis de la colonisation est une fonction importante de la flore intestinale normale qui limite la colonisation de lintestin par des micro organismes exognes, aussi bien que la croissance trop rapide dune flore indigne potentiellement pathogne. A doses thrapeutiques, la capacit de quelques antibiotiques perturber cette barrire est bien tablie et connue pour avoir des consquences en sant animale et humaine.

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Lvaluation de leur effet potentiel sur la flore intestinale humaine est base sur lvaluation de leffet sur les bactries, de la possibilit datteindre celles-ci et de leffet possible des rsidus microbiologiquement actifs au niveau du site de rsidence des bactries dans le tube digestif. Leffet de lantibiotique sur la flore intestinale est tudi en analysant les concentrations minimales inhibitrices des principaux genres prsents dans la flore intestinale (E. coli et Bacteroides sp., Bifidobacterium sp., Clostridium sp., Enterococcus sp., Eubacterium sp., Fusobacterium sp., Lactobacillus sp., Peptostreptococcus/Peptococcus sp.). La capacit exposer la flore intestinale est value laide des connaissances pharmacocintiques acquises sur la substance. Lactivit des rsidus est value en tudiant la perte d'activit microbiologique, laide des tudes d'inactivation in vitro de la substance incube en prsence de fces ou les rsultats dtudes in vivo valuant l'activit microbiologique de la substance dans les fces ou le contenu intestinal obtenu chez des animaux traits. Leffet sur la flore intestinale peut donc tre apprci par des tudes ralises in vitro avec diffrents modles telles que la dtermination des CMI, ltude sur des masses fcales, des cultures de flore complexe en mode semi-continu ou continu, ou ltude en incubateur ou lors dtudes in vivo avec des animaux ayant une flore humaine associe. La flore de barrire sera mise lpreuve laide dune bactrie pathogne rsistante lantibiotique test (Salmonella spp., Campylobacter spp. ou Clostridium spp.). La cintique dlimination de la bactrie pathogne chez les animaux traits avec des doses croissantes dantibiotiques sera compare avec celles danimaux non traits et celle dun indicateur de transit intestinal. La rupture de la flore de barrire se caractrisera par une vitesse dlimination plus lente ou linstallation de la bactrie pathogne au sein de la flore intestinale des animaux. Leffet sur la rsistance aux antibiotiques sera dfini comme l'augmentation des populations de bactries du tube digestif qui ne sont pas sensibles lantibiotique test ou dautres antibiotiques. Cet effet peut tre d l'acquisition de gnes de rsistance par des bactries initialement sensibles ou par une augmentation relative de la proportion des microorganismes ayant une sensibilit diminue ou une rsistance naturelle ou acquise lantibiotique par rapport la population totale. La dure d'exposition ncessaire au dveloppement de la rsistance dpend de lantibiotique, de la nature des mcanismes de rsistance et de leur support gntique (transferts horizontaux de gnes de rsistance ou mutation). Compte tenu de ces phnomnes, les tudes ralises avec des cultures pures ne sont pas appropries. La dtermination des CMI ne peut donc pas tre un indicateur du dveloppement potentiel de la rsistance aux antibiotiques, ni les tudes en passage rpt. Sur la base de ces tudes, il est possible de calculer une dose journalire admissible microbiologique. Plan de surveillance et de contrle Principes gnraux Seules les molcules inscrites dans les annexes I, II ou III du rglement 2377/90 (rglement adopt par les Etats Membres sur proposition de la Commission Europenne) peuvent tre utilises comme constituants dun mdicament vtrinaire. Cette proposition seffectue aprs valuation scientifique par lagence europenne dvaluation des mdicaments. Les mdicaments contenant ces molcules sont soumis une valuation de la qualit, de la scurit et de lefficacit selon des procdures nationales ou europennes. Le cadre rglementaire national dutilisation des mdicaments ayant une autorisation de mise sur le march assure le contrle de la prescription par le vtrinaire. Lors de la prescription du mdicament, le vtrinaire devra sur lordonnance prciser lleveur les conditions dadministration et le temps dattente. Lleveur doit les respecter et conserver cette ordonnance.

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Afin de sassurer du respect de cette rglementation et mettre en vidence dventuels problmes aprs la mise sur le march, les tats membres ont la responsabilit de mettre en uvre un plan de contrle destin surveiller et contrler la prsence de rsidus de mdicaments vtrinaires dans les denres alimentaires. Les plans de contrles annuels sont tablis conformment la directive 96/23/CE qui dfinit le nombre minimum de prlvements effectuer par production animale. Les plans de contrle permettent la recherche des substances interdites dusage chez les animaux producteurs de denres alimentaires (Groupe A), dont les antibiotiques classs en annexe IV du rglement 2377/90 (chloramphnicol, nitrofuranes, dapsone) et la vrification du respect des limites maximales de rsidus et des limitations dutilisation dans certaines productions animales (Groupe B). Le programme de contrle 2003 prvoyait plus de 10000 prlvements pour la recherche de chloramphnicol, plus de 600 pour les nitrofuranes, plus de 6800 pour la recherche des rsidus dantibiotiques par la mthode microbiologique, prs de 4000 pour la recherche des ttracyclines, plus de 6800 pour les sulfamides, 1200 pour les quinolones et 150 pour la streptomycine dans le miel. Les services vtrinaires effectuent ces contrles dans le cadre des plans de contrle dits orients, raliss sur la base de suspicion ou dans le cadre de contrles renforcs. Ce ne sont pas des plans dits de surveillance bass sur un chantillonnage alatoire et les rsultats de ces plans sont biaiss car destins rechercher les productions positives. Mthodes analytiques Les plans de contrle des rsidus dantibiotiques dans les denres alimentaires dorigine animale seffectuent en deux tapes avec la recherche dun effet antibiotique par une mthode de dpistage (microbiologique, immunologique ou physico-chimique) et la confirmation de la prsence de lantibiotique par une mthode physico-chimique (chromatographie liquide couple la dtection UV, fluorimtrie ou la spectromtrie de masse). Pour les plans spcifiques de familles dantibiotiques (sulfamides, quinolones, ttracyclines), des mthodes physico-chimiques sont directement mises en uvre pour le dpistage et la confirmation. La mthode microbiologique permet de couvrir plusieurs classes dantibiotiques simultanment. Dveloppe avant la mise en place des limites maximales de rsidus, elle permet de dtecter la prsence dantibiotiques des concentrations infrieures, proches ou suprieures aux LMR tandis que pour la mthode de confirmation la concentration la plus basse valide pour confirmer la prsence dun antibiotique est infrieure la LMR. Pour amliorer la performance de la dtection, des mthodes plus spcifiques de famille dantibiotiques sont utilises ou en cours de dveloppement. Le tableau 25 rsume les pourcentages de prlvements positifs obtenus dans le cadre du plan de contrle orient. Ces plans sont destins dtecter dventuelles non conformits et les prlvements sont orients sur la base dlments de suspicion amenant les services vtrinaires faire le prlvement (signes de maladies infectieuses rcentes, enregistrement de traitements rcents). De ce fait, les rsultats obtenus lors de ces contrles ne sont pas extrapolables la production nationale. La mise en vidence de rsultats non conformes est gnralement suivie de contrles renforcs et denqutes afin de dterminer lorigine des rsidus et de mettre en place des mesures adaptes. Le dpassement ponctuel de la limite maximale de rsidus ne fait pas courir de risque au consommateur compte tenu de la frquence faible de ces dpassements et de la marge de scurit par rapport la dose journalire admissible. Les pourcentages de positifs les plus levs sont observs sur des espces mineures (Ovins, Caprins, Lapins, Gibiers, Poissons, Abeilles). Ce rsultat est li un problme de disponibilit des mdicaments et de moindre connaissance des comportements pharmacocintiques des antibiotiques dans ces espces et leurs productions. La mise en vidence de rsidus dans le miel est lie lutilisation de mthodes analytiques performantes permettant de mettre en vidence des antibiotiques autoriss ayant des limites

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maximales de rsidus pour les autres productions sans quune limite maximale de rsidus nait t propose pour cette denre. Tableau 25 : Rsultats du plan des rsidus chimiques 2002 Contrle orient. (Note de service DGAL/SDSPA/N2004-8104 du 29 mars 2004. Bilan des plans de contrle 2002 des rsidus chimiques dans les denres dorigine animale produites au niveau national.) Antibiotiques Sulfamides Ttracyclines Quinolones Espces
Nb %+ Nb %+ Nb %+ Bovins 2753 1,1 668 0 656 0.3 Porcs 2830 1 1084 0.1 1069 0.3 Ovins 742 2,2 259 0.4 252 0.8 Equins 178 1,1 Poulets de chair 628 0,5 321 0 310 0 Poules de rforme 37 0 20 0 20 0 Dindes 495 0 238 0 253 0.4 Autres 164 1 82 1 82 0 Lapins 183 0 186 0 191 3.1 Gibiers 40 2,5 40 0 45 0 Salmonids 125 0 Lait de bovin 740 0 748 0 Lait dovin 20 0 21 0 Lait de caprin 63 1,6 62 0 ufs 277 0 Miel 105 1 113 18 Nb : Nombre de prlvements %+ : Pourcentage de prlvements positifs par rapport au rglement LMR (2377/90) -: Non planifi Nb 299 237 84 188 45 124 %+ 0 0 0 0 0 2.4 -

A retenir Les rsidus dantibiotiques prsents dans les denres animales reprsentent un danger dont les risques associs (toxicologiques, microbiologiques) sont valus durant la procdure de fixation des limites maximales de rsidus. Des antibiotiques ingrs peuvent potentiellement changer l'cologie de la flore intestinale. Lvaluation de leur effet potentiel sur la flore intestinale humaine est base sur lvaluation de leffet sur les bactries, de la possibilit datteindre celles-ci et de leffet possible des rsidus microbiologiquement actifs au niveau du site de rsidence des bactries dans le tube digestif. Leffet sur la rsistance aux antibiotiques sera dfini comme l'augmentation des populations de bactries du tube digestif qui ne sont pas sensibles lantibiotique test ou dautres antibiotiques. Sur la base de ces tudes microbiologiques, il est possible de calculer une dose journalire admissible.

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V. Rsum et recommandations Lefficacit clinique dun traitement antibiotique est le rsultat dune interaction entre le principe actif, le sujet trait et la bactrie vise. Chaque traitement individuel a un effet sur les populations de bactries prsentes chez le sujet trait quelles soient pathognes ou commensales. Compte tenu des interactions entre les sujets traits et leur environnement, chaque traitement antibiotique a galement un effet cologique au sein des groupes danimaux et de leurs cosystmes. La dfinition de la rsistance aux antibiotiques est fonction de diffrents points de vue (clinicien, pharmacologue, bactriologiste). La classification des bactries en sensible, intermdiaire ou rsistante volue en fonction de lacquisition des connaissances et doit tre comprise selon le contexte de son utilisation pour des raisons de diagnostic, de dfinition des conditions dutilisation des mdicaments ou de surveillance pidmiologique. Deux notions de la rsistance acquise sont aujourdhui dfinies. La premire concerne le phnotype de rsistance acquise mis en vidence au laboratoire par rapport la population des souches sauvages sensibles. Elle se dfinit par rapport une valeur seuil Breakpoint pidmiologique. La seconde est celle dfinie dun point de vue clinique et pharmacologique comme une concentration minimale inhibitrice ne permettant pas datteindre chez la majorit des patients, des valeurs seuils de critres pharmacologiques prdisant le succs clinique et bactriologique. Les travaux mens dans ce domaine en mdecine vtrinaire sont rares. La distinction entre les notions de taux de rsistance dans une espce bactrienne, de prvalence des bactries rsistantes au sein des populations animales et dincidence de la rsistance est fondamentale dans la mise en place de programmes dtudes ou de surveillance tout comme dans lanalyse des rsultats pour la prise de dcision en matire de gestion de risque. Pour cette raison, les principales recommandations en matire dtudes et de programmes de surveillance sont de dfinir leurs objectifs, les modalits dchantillonnage, les indicateurs, les modalits pratiques de ralisation en tenant compte des risques de biais introduits par les mthodes disolement, didentification bactrienne et de dtermination de la sensibilit aux antibiotiques et de recueillir ces donnes sous forme quantitative (CMI, diamtres dinhibition) plutt que qualitative. Le dispositif national de surveillance bnficie dune exprience de plusieurs annes dans le cadre de la surveillance des salmonelles et des bactries pathognes des bovins. Grce au soutien du Ministre de lAgriculture, cette surveillance a t renforce ces 5 dernires annes par la mise en place de plans de surveillance au niveau de labattoir pour les bactries de la flore intestinale (E. coli, Enterococcus, Campylobacter) et par lextension de la surveillance des bactries pathognes vtrinaires aux filires porcines et avicoles. Il est le fruit dune bonne collaboration avec les services vtrinaires, les laboratoires danalyses vtrinaires privs et publics, les organismes de recherches et lONERBA et est en relation avec un programme de surveillance europen (ARBAO). Cependant, ces rseaux ne couvrent pas lensemble des filires de productions, ni les animaux de compagnie. Linformation sur les taux de rsistance pour les bactries prsentes dans les aliments nest obtenue de manire rgulire que pour les salmonelles et on ne dispose que dinformations parcellaires pour les autres bactries. Enfin, les donnes recueillies sont des taux de rsistance par espce bactrienne mais ne sont pas des taux de prvalence des bactries rsistantes chez les animaux ou leurs produits et donc ne refltent pas directement le risque dexposition du consommateur, ni le risque pour la sant publique. La relation entre lusage des antibiotiques en mdecine vtrinaire et la prsence de bactries rsistantes chez les animaux a fait lobjet de diffrents types dtudes qui ont dmontr limpact des traitements antibiotiques sur le taux de rsistance dans lespce bactrienne tudie ou la probabilit disoler des souches rsistantes au sein despces bactriennes commensales intestinales (E. coli, Enterococcus sp, Campylobacter sp.). Sil existe un faisceau de preuves au sens de Hill, qui tend confirmer la nature causale de

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lassociation entre exposition aux antibiotiques et rsistance chez lanimal lassociation considre dans la grande majorit des travaux est exprime en taux de rsistance et non en taux de prvalence. Il est donc difficile de conclure sur les risques pour lhomme quand on considre que la progression de la rsistance dans les populations est le rsultat de linteraction entre lexposition aux antibiotiques et la transmission interindividuelle des bactries rsistantes. Chez les animaux traits, le mcanisme principal est la rduction de la taille de population bactrienne sensible par rapport la taille de la population bactrienne rsistante. Les capacits de survie et de dissmination des souches sensibles et rsistantes entre les animaux et dans lenvironnement jouent dans la dynamique de dveloppement ou de rduction de la frquence de la rsistance. Le dveloppement de la rsistance aux antibiotiques chez Salmonella enterica fait galement lobjet dune surveillance qui montre des variabilits dans la dynamique de lvolution de la rsistance en fonction des clones bactriens. Ces tudes montrent quil y a un lien de causalit entre lusage des antibiotiques et la rsistance aux antibiotiques. Cependant, lanalyse des donnes montre galement limportance de la prise en compte des supports gntiques dans lanalyse de ces rsultats et lexistence dautres facteurs de risques associs lhygine et aux modalits de production. En mdecine vtrinaire, lamlioration de lutilisation des antibiotiques et la rduction de limpact sur la rsistance aux antibiotiques ncessitent de travailler dans deux directions. La premire est damliorer le processus dtablissement des posologies dantibiotiques et de leurs indications thrapeutiques en tenant compte la fois de leur efficacit thrapeutique et de leurs effets sur la slection de la rsistance en intgrant les connaissances acquises en pharmacologie et en pidmiologie de la rsistance. La seconde consiste dans le dveloppement des tudes et enqutes pidmiologiques autour du contexte dutilisation des antibiotiques afin daccrotre la prise en compte des informations pidmiologiques sur les maladies animales, dont la rsistance aux antibiotiques, par les praticiens vtrinaires. Dans le cadre des bonnes pratiques dlevage et des bonnes pratiques cliniques, il sagira de favoriser le dveloppement des rseaux de surveillance mis en uvre par les praticiens et les leveurs, en partenariat avec les laboratoires de diagnostic, afin dobtenir une gestion locale de la rsistance aux antibiotiques. Ceci suppose de dvelopper les outils de communication autour des rseaux existants vers les cliniciens et de favoriser la mise en uvre de dmarche locale de surveillance, utile lanalyse des prises de dcision thrapeutique et de leurs effets cliniques et sanitaires. En sant publique, lamlioration de la connaissance ncessite de mieux mesurer la prvalence des bactries rsistantes en fonction des produits alimentaires, dtudier la relation pidmiologique avec les modes de production et de transformation des animaux afin didentifier les principaux risques pour les consommateurs et de dfinir les politiques daction les plus adaptes pour rduire ces risques. Recommandations 1. Dfinition des seuils dinterprtation de la rsistance Lharmonisation des breakpoints vtrinaires (seuils dinterprtation S/I/R) et des mthodes de dtection de la rsistance bactrienne est une priorit afin de rendre les donnes comparables; elle fait lobjet de lignes directrices dfinies par lOIE et devrait faire lobjet de recommandations techniques internationales comme base de la rglementation europenne dans ce domaine (directive zoonose). Un travail dharmonisation technique est en cours de ralisation aux niveaux europen (programme ARBAO II) et national. Au niveau national, lAfssa anime un groupe de travail vtrinaire dans le cadre du CA-SFM. La dfinition de valeurs seuils breakpoints pidmiologiques est en cours, au niveau international, via EUCAST et les travaux du CLSI (ex NCCLS). En collaboration avec EUCAST, un programme de collecte de donnes sous forme de CMI a t mis en place via ARBAO II afin dtablir des distributions de CMI rassembles dans le programme VETCAST dmarr en novembre 2004. Les donnes lorigine de la dfinition des concentrations minimales inhibitrices devraient tre mises jour rgulirement, en fonction des situations pidmiologiques rencontres concernant les espces pathognes pour lhomme et pour les animaux.

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Cependant, chez lanimal, la diversit des situations cliniques pour lesquelles un traitement antibiotique est requis, suppose la dfinition de seuils critiques vise thrapeutique. Ces seuils critiques, dtermins sur la base des connaissances pharmacologiques et cliniques pour un triplet (antibiotique, bactrie, animal) doivent guider le vtrinaire et tre associs une lecture interprtative de lantibiogramme par le praticien. Cette dmarche scientifique est dbutante en mdecine vtrinaire. Un important travail dlaboration de cette dmarche vise thrapeutique doit se faire dans un cadre international, en associant les socits savantes, les reprsentants de laboratoires de diagnostic, les firmes pharmaceutiques et les agences denregistrement du mdicament vtrinaire. A terme, cette dmarche aura un impact sur lutilisation des antibiotiques et contribuera un bon usage. Ltablissement de rgles dinterprtation de lantibiogramme adaptes la mdecine vtrinaire, est ncessaire pour amliorer lutilisation de lantibiogramme dans le choix raisonn des antibiotiques par les prescripteurs. La formation des laboratoires la ralisation des antibiogrammes et leurs lectures interprtatives repose sur le cadre classique de lorganisation des rseaux de laboratoires et de formation continue par un (des) laboratoire(s) de rfrence. La formation initiale et continue des vtrinaires intgre cette comptence. 2. Dfinition de lindicateur de la rsistance pour la surveillance Dfinir lindicateur de la rsistance et sa signification reste un point cl. Ce nest pas le taux de rsistance un antibiotique pour une espce bactrienne donne qui conditionne le risque de passage lhomme, mais plutt la prvalence (nombre danimaux porteurs de la rsistance par rapport au nombre total danimaux tudis) ou lincidence (variation dans le temps de la prvalence) ou la virulence (nombre de sujets infects/nombre de sujets exposs) et leur combinaison. Pour ce raisonnement, le danger est bien la bactrie rsistante. En effet, lexposition de lhomme des bactries rsistantes est dautant plus importante que les bactries se trouvent prsentes dans son environnement. Par exemple, le risque sanitaire pour lhomme, li aux bactries rsistantes prsentes dans les aliments, pourrait tre considr comme faible si la contamination de laliment (ou autre vecteur de transmission) par cette bactrie est faible (taux de prvalence faible), alors mme que la rsistance est communment dtecte chez cette bactrie (taux de rsistance lev) et que le risque dinfection est faible (faible charge bactrienne, faible virulence pour lhomme)... A linverse, le risque pour lhomme pourrait tre considr comme lev dans le cas dune bactrie rsistante classiquement isole dun aliment (taux de prvalence lev), bien que la proportion bactrienne porteuse de la rsistance soit faible (taux de rsistance faible). Dans ces exemples, seules les bactries rsistantes sont considres ; il faudrait galement considrer le potentiel de transmission de gnes de rsistance dune bactrie faible taux de prvalence vers une bactrie fort taux de prvalence et inversement. Ceci pose galement la question des indicateurs utiliss, du dispositif de surveillance, de sa comparabilit entre les pays et de sa stabilit sur le temps. Selon les triplets bactrie/antibiotique/animal, il convient de dfinir lobjectif de la surveillance, de dfinir lindicateur appropri cet objectif (prvalence dans une population animale spcifie) et de le mettre en uvre en sassurant de sa stabilit dans le temps. 3. Dfinition des dispositifs de surveillance La comparaison des diffrents systmes de surveillance nationaux, selon la grille analytique tire de la publication de Cornaglia et al. (Cornaglia et al., 2004), permet de dgager certaines recommandations quant leur volution selon les objectifs atteindre et la nature des informations recueillies (Annexes 12 et 13). Il convient dapprcier la rsistance au regard des diverses sources dinformation (plan de surveillance, tudes ponctuelles) et des risques dexposition et de dveloppement de pathologie associe chaque type de bactries. Ainsi, lvolution de la rsistance chez les entrocoques et les E. coli est considre comme un bon indicateur de leffet de lutilisation des antibiotiques chez les animaux sur la slection

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de la rsistance mais nest pas associe un risque infectieux immdiat chez lhomme. Cependant, lanalyse pidmiologique plus dtaille des E. coli est recommande pour identifier si certains clones ne peuvent pas tre en partie responsable dinfections chez lhomme. De mme, on peut sinquiter de la dissmination de gnes de rsistance, de facteurs de virulence pour lhomme, dcrits lhpital, dans la communaut et/ou chez les animaux. La collaboration troite entre les deux types de surveillance, existant au niveau national, doit donc tre encourage et renforce. Dans le cas des Campylobacter, linfection humaine est fonction de nombreux facteurs et est considre comme polyclonale avec diffrentes modalits dexpositions des consommateurs dont la contamination via les aliments. La comparaison des souches isoles des surveillances pidmiologiques en mdecine humaine et vtrinaire a pour objectif didentifier si certains clones peuvent tre de nature pidmique et de prconiser des modalits de meilleur contrle de ces infections. Pour les salmonelles, la diffusion des souches est de type clonal avec la possibilit dincidents pidmiques associs la contamination daliments. Le srotype le plus frquemment isol est Salmonella Enteritidis qui prsente une frquence faible de rsistance aux antibiotiques, mais certains clones de quelques srotypes (ex Typhimurium) et lysotypes (ex : DT104) prsentent une capacit intgrer dans leur gnotype une rsistance multiple aux antibiotiques. Cette rsistance multiple, associe des facteurs de virulence, peut compliquer lissue dinfections humaines dues ces souches. Dans ce cas, les donnes issues des programmes de surveillance humain et vtrinaire ont pour objectifs de dclencher des alertes prcoces et de rduire le risque de diffusion clonale de ces souches. Le dveloppement des outils de fouille des donnes (data mining) et de modlisation est recommand pour dtecter et alerter les gestionnaires de risques, pour proposer des plans daction de rduction des risques et valuer les effets des plans mis en uvre. Sur la base de lanalyse des diffrents systmes de surveillance, des recommandations par systme et pour lensemble des systmes existants sont proposes : Pour le Resapath, ce rseau doit voluer pour amliorer la surveillance spatio-temporelle de la rsistance aux antibiotiques chez les bactries pathognes vtrinaires. Les consquences de cette rsistance en terme defficacit clinique de mdicaments vtrinaires devront tre values en dveloppant les relations entre les vtrinaires praticiens et les laboratoires de diagnostic afin de construire des bases de donnes dinformation associant donnes bactriologiques et cliniques. Le rseau doit se structurer pour tudier lvolution de lincidence des infections bactries rsistantes au sein des levages. Les partenaires du rseau Resapath, en collaboration avec les reprsentants des vtrinaires praticiens devraient discuter les pathologies sur lesquelles les mesures de prvalence et dincidence des bactries rsistantes seraient pertinentes. Une surveillance active de la rsistance aux antibiotiques, centre soit sur les praticiens, soit sur les levages pourrait tre organise selon le principe de filire de soins. Des tudes de faisabilit sont promouvoir dans les diffrentes espces animales. Les outils de la surveillance (fiches commmoratives, bases de donnes, outils de requtes) seraient alors adapts pour cette surveillance active. Les outils de traitement dinformation seraient galement amliors pour communiquer les rsultats de cette surveillance active vers les praticiens concerns. Dans le cadre des plans de surveillance de la rsistance chez les bactries de la flore intestinale, le planning des plans de prlvement doit tre adapt pour permettre un suivi temporel (mensuel, trimestriel) destin la prise en compte de la saisonnalit et des variations de conditions dlevage (alimentation, conditions zootechniques). Ce programme devrait tre tendu dautres types de production. Un suivi de lincidence de mcanisme de rsistance particulier au sein des diffrents types de production est envisageable mais suppose daccrotre le nombre de prlvements et de souches recueillies par production. Des techniques disolement de certains phnotypes de rsistance peuvent tre introduites mais ceci suppose des tapes de choix de mthodes, de standardisation et de mise en

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place adquate au sein des laboratoires de routine. Leurs comptences en termes de techniques disolement doivent tre vrifies par des essais daptitude pour sassurer de la cohrence du plan de surveillance. Auparavant, il est ncessaire dtudier limputabilit des espces commensales et zoonotiques aux cas dinfections humaines, ou de dfinir les gnes de rsistance prsentant un risque important pour la sant humaine du fait de transfert ventuel des bactries zoonotiques humaines (par exemple les gnes de rsistance aux cphalosporine de troisime gnration (C3G) de E. coli constituant un rservoir pour Salmonella), pour dterminer les objectifs de surveillance de lincidence au sein des diffrents types de production. La capacit danalyser la relation entre utilisation et rsistance, ralise dans le cadre du plan de surveillance chez le poulet de chair doit continuer. Les outils mthodologiques doivent tre utiliss pour des tudes similaires chez les autres espces animales. La russite de telles approches ncessite un bon recueil des informations concernant la thrapeutique en levage (fiches de lots, registres dlevage). Ce recueil dinformations doit tre promu par les diffrents intervenants en levage sur la base de la rglementation existante. Pour le rseau Salmonella , le dveloppement des outils de gestion de donnes et des mthodes pidmiologiques danalyse des donnes doit se poursuivre afin de dvelopper la possibilit dune analyse spatio-temporelle. Au sein du rseau, la discussion doit porter sur la possibilit de mesurer le taux de prvalence des salmonelles selon les diffrents types de prlvements analyss ainsi que le recueil dinformation sur les priodes disolement et leur origine. Pour les trois types de surveillance, les travaux de recherches sur les mthodes pidmiologiques dexploitation des donnes doivent tre encourags et se poursuivre tout comme le support du dveloppement de systmes de recueil dinformations sur les usages permettant une exploitation pidmiologique de type spatio-temporel via la connexion des bases de donnes gographiques. Dun point de vue pidmiologique, des indicateurs plus pertinents doivent tre mis en place pour des tripls (bactrie, antibiotique, animal) ncessitant une investigation plus fine compte tenu dune estimation du risque. Il sagit aussi de disposer doutils danalyse des donnes (Analyse de srie temporelle, fouille de donnes Data mining ) permettant de dtecter des phnomnes nouveaux ou des volutions dans le temps et dvaluer limportance de ces phnomnes en termes de sant publique et de sant animale. A ce titre des travaux en statistique sur les bases de donnes existantes sont dvelopper pour optimiser le dispositif actuel. Afin damliorer la ractivit des systmes dalerte des diffrents types de surveillance, il est donc indispensable de dfinir des profils dalerte pour lesquels une vigilance particulire est ncessaire. Dun point de vue dpidmiologie molculaire, tout lintrt de la confirmation des phnotypes mergents par le partenariat entre quipes de surveillance et quipes spcialises a t dmontr. La mise en place doutils de biologie molculaire adapts certains indicateurs est soutenir pour mieux valuer les risques et comprendre les volutions gntiques des populations bactriennes. De plus, des procdures de partenariat pr-tabli sur la base des profils dintrt contribuera la ractivit du dispositif de surveillance. Sur la base des donnes actuelles, les couples (salmonelles, quinolones), (salmonelles, cphalosporines), (Campylobacter, macrolide) (Campylobacter, quinolone) sont le plus souvent cits au niveau international. Mais dautres couples (E. coli, cphalosporine) peuvent savrer pertinents. Compte tenu de la diversit des productions animales, il est important damliorer la surveillance en affinant le choix des espces et sous espces bactriennes au regard des espces animales.

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4. Proposer des moyens doptimiser la sensibilit du dispositif de surveillance, son exploitation et sa ractivit Un certain nombre de recommandations peut tre formul pour amliorer la ractivit et la capacit de vigilance des systmes de surveillance nationaux, selon la nature des informations recueillies. Le rseau de surveillance Resapath est bas sur les antibiogrammes raliss dans le cadre du diagnostic vtrinaire. Linformation du personnel des laboratoires de diagnostic sur la vigilance et la ractivit mettre en uvre lors dun phnotype de rsistance particulier peut tre renforce. Il sagit de dfinir des profils types (rsistance rare, phnotype de rsistance dintrt, multi-rsistance) sur lesquels une vrification de lantibiogramme doit tre ralise pour viter les erreurs de diagnostic (identification bactrienne, antibiogramme). Si le phnotype est confirm, lenvoi rapide de la souche aux laboratoires de tte du rseau doit tre assur et la confirmation ralise dans les meilleurs dlais. Un dlai court de ralisation de ces tapes peut entraner la mise en place dune recherche complmentaire dinformations auprs du vtrinaire prescripteur. La surveillance de la rsistance aux antibiotiques chez Salmonella dpend de lenvoi de souches au laboratoire de lAfssa o sont raliss les antibiogrammes. La mise en place de protocoles dantibiogrammes adapts la dtection phnotypique de certains mcanismes de rsistance, et la mise en place de profil dalerte, contribuent la vigilance. Un protocole dinformations et dalerte a t labor au sein de lAfssa et permet la diffusion de linformation vers les partenaires scientifiques et les autorits de contrle. La mise en place, pour certains phnotypes, dun protocole daction permettant une investigation sur le terrain serait souhaitable pour identifier les facteurs de risque associs lmergence de certains phnotypes. La surveillance de la rsistance aux antibiotiques chez les bactries indicatrices et Campylobacter est organise via un plan de prlvements en abattoir et isolements des souches par un rseau de laboratoires de routine, avant envoi pour identification prcise et ralisation des antibiogrammes aux laboratoires de lAfssa. Compte tenu des diffrentes tapes du programme de surveillance, le dispositif a une faible ractivit lors de mise en vidence de phnotypes de rsistance dintrt. La ractivit ne pourrait tre amliore que par un regroupement des diffrentes tapes analytiques (isolement, identification, antibiogramme) dans un nombre limit de laboratoires de routine avec une analyse en continu des souches prleves favorisant, sur des profils types, la possibilit dinvestigation complmentaire. Ceci suppose donc une rflexion sur les objectifs pidmiologiques du rseau en termes danalyses spatio-temporelles de la rsistance. 5. Dvelopper des tudes et/ou des programmes de surveillance de la rsistance dans les produits alimentaires Le dispositif de surveillance doit galement voluer pour atteindre les objectifs dfinis dans la directive zoonose. Sur la base de lexprience acquise, des tudes pidmiologiques prospectives doivent tre mises en place paralllement au programme de surveillance pour mesurer lincidence en levage et dans les productions alimentaires de couples bactrie/antibiotique jugs importants du point de vue sant humaine. Except le programme de surveillance des salmonelles, peu de donnes franaises ont t gnres sur la prsence de bactries rsistantes dans les aliments et les indicateurs utiliss (taux de rsistance) sont insuffisants. Il est recommand daccumuler des informations sur des contaminations bactriennes rsistantes des antibiotiques identifies comme pouvant prsenter un risque potentiel pour lhomme. Cette surveillance est complique par la diversit des produits alimentaires et suppose donc de cibler les aliments surveiller ainsi que les couples (bactries, antibiotiques) dont la prvalence et la densit sur les aliments seraient documenter.

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Par exemple, la mise en place du dispositif de vigilance sur les salmonelles et E. coli rsistantes aux cphalosporines de troisime gnration dtectes dans le secteur agroalimentaire pourrait tre largie dautres bactries rsistantes des antibiotiques identifis comme critiques pour la sant humaine ou animale. Laccumulation dinformations recueillies par de tels dispositifs pourrait constituer une aide la dcision, au cas o la situation pidmiologique se rvlerait modifie (modifications pouvant tre lies une modification des usages des antibiotiques, des conditions dlevage, lvolution des changes de produits alimentaires au niveau international, au flux de bactries entre les diffrents cosystmes homme-environnement-animal). 6. Identifier les utilisations dantibiotiques surveiller plus spcifiquement/usages en mdecine humaine et animale et les rsistances associes Ltude des relations entre les donnes dusage et les donnes de rsistance est dvelopper, dans un contexte dapprciation des risques dmergence et de diffusion de la rsistance et didentification des points daction pour une rduction du risque. Lors de la mise en place des tudes dassociation entre usage et rsistance, il importe de dfinir clairement les objectifs et dadapter les outils en fonction de ces objectifs. Afin dexploiter convenablement les rsultats et de comparer diffrentes tudes, les auteurs doivent utiliser des dfinitions prcises et tre rigoureux dans lexpression de leurs rsultats. En effet, lanalyse mthodologique des tudes publies portant sur la relation entre exposition aux antibiotiques en levage et rsistance chez lanimal rvle certaines faiblesses. Ces tudes ncessiteraient dtre compltes par des tudes plus rigoureuses dun point de vue pidmiologique (par exemple, de type tude de cohorte) bases sur de vritables estimations du risque dfinir (prvalence, taux dincidence, consquences thrapeutiques) et tenant compte des biais inhrents ce type dtude. De plus, lharmonisation des tudes pidmiologiques (notamment au regard de la surveillance) est recommander afin de conforter des tudes permettant la comparaison des donnes interpays. 7. Associer surveillance de la rsistance et de lusage des antibiotiques Des outils danalyse de liens bass sur le recueil rgulier de donnes en matire dutilisation des antibiotiques et des taux de rsistance ont t dvelopps ces dernires annes en mdecine humaine. De tels outils ncessitent un recueil rgulier dinformations dans des environnements identiques. Dans un premier temps, le programme national de surveillance a t bas sur un recueil annuel permettant de mettre en relation consommation nationale et niveaux de rsistance. Ce programme est purement descriptif et les donnes ne peuvent tre utilises que dans une approche cologique globale avec une comparaison des rsultats entre tats-membres. Cette comparaison est difficile en mdecine vtrinaire compte tenu de la diversit intra-europenne de modalits de production animale. Lanalyse de sries temporelles suppose de disposer de sries parallles comprenant plusieurs dizaines de temps de contrle et portant sur des chantillons importants. La taille de ces chantillons est dfinir en fonction des variations anticipes que lon souhaite dtecter. Latteinte dun tel objectif suppose donc de renforcer la capacit de surveillance en matire dutilisation des antibiotiques et de dveloppement de la rsistance, sur une base trimestrielle ou mensuelle. Un tel programme pourrait tre envisag en production avicole pour laquelle on dispose dun recueil mensuel de donnes dutilisation sur un chantillon suffisant dlevages et pour lesquels il faudrait obtenir des informations sur les antibiogrammes. Des tudes de faisabilit doivent tre menes dans les autres filires de production animale. Par ailleurs, il est ncessaire de dvelopper les aspects cintiques de l'antibiorsistance au sein des populations bactriennes : Aprs l'arrt d'un traitement antibiotique, l'volution des sous-populations sensibles et rsistantes au sein des flores commensales est peu tudie, notamment les facteurs influant sur sa dynamique. Ils peuvent faire l'objet d'tudes destins faciliter la restauration rapide dune flore majoritairement sensible.

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8. Dfinir les conditions de surveillance gnrant des donnes utiles lanalyse de risque pour la sant humaine Lanalyse des donnes de surveillance dorigines humaine et non-humaine pourrait faire lobjet de recherches des fins de construction de modles danalyse quantitative du risque pour servir daide la dcision en matire de gestion des risques. 9. Amliorer les voies de communication des donnes en matire de sensibilit et de rsistance des souches et lutilisation de ces donnes par les prescripteurs La communication des informations sur la rsistance aux antibiotiques au sein du rseau et destination des praticiens favorise lutilisation raisonne de ces mdicaments. Les laboratoires vtrinaires de diagnostic ont une relation privilgie avec les vtrinaires prescripteurs et sont un relais en termes dinformations sur la rsistance aux antibiotiques. Cette voie dinformation contribue au renforcement de la vigilance des praticiens en termes dutilisation des antibiotiques (Chaslus-Dancla et al., 2000). La mise en vidence par un laboratoire de phnotypes particuliers doit tre vrifie par les animateurs du rseau avant information sur lmergence dun nouveau phnomne. Cette vrification seffectue en partenariat avec des laboratoires de recherches spcialiss (INRA, quipes hospitalo-universitaires, centres de rfrence). La ractivit scientifique est bonne, compte tenu des rsultats rcents dans ce domaine. De plus, les quipes de recherches plus spcialises sur des mcanismes de rsistance particuliers assurent une veille scientifique cible (Baucheron et al., 2004 ; Doublet et al., 2004b ; Kehrenberg et al., 2004; Olliver et al., 2004 ; Doublet et al., 2005a). Lvolution du dispositif peut permettre une meilleure prise en compte des variations gographiques et temporelles des taux de rsistance afin dutiliser lensemble des informations collectes comme aide la dcision thrapeutique et systme de dtection dmergence de rsistance. La combinaison des informations sur lutilisation des antibiotiques en levage, les taux de rsistance chez les principaux pathognes et lefficacit thrapeutique supposerait de construire une dmarche denregistrement rgulire des taux de rsistance, des modalits de traitement au sein des levages et de leur effet. Cette surveillance permettrait alors de documenter et danalyser les facteurs associs la rsistance aux antibiotiques et de mieux analyser les risques pour la sant animale. A terme, le dispositif de surveillance, sil intgrait des outils de modlisation des risques en fonction de la situation pidmiologique locale et des connaissances pidmiologiques gnrales, contribuerait une meilleure utilisation. Aujourdhui dans le monde, un tel dispositif nexiste pas notre connaissance en mdecine vtrinaire mais il permettrait dtudier leffet de la rsistance aux antibiotiques sur la sant animale. Ces outils, daide la prescription, existant actuellement dans le secteur hospitalier pourraient tre adapts au contexte de llevage. 10. Intervention sur les pratiques vtrinaires et les approches zootechniques Les praticiens vtrinaires devraient dvelopper des rgles dintervention plus strictes dutilisation des antibiotiques titre prventif. Lefficacit de leurs pratiques de prvention doit tre analyse dans les conditions actuelles de llevage. En tenant compte des modalits de gestion de troupeau, le recours la prescription dantibiotique titre prventif doit tre analys par rapport lusage titre curatif ou titre mtaphylactique (analyse du rapport risque/efficacit des diffrents types dinterventions) en fonction du contexte pidmiologique propre chaque pathologie. La rduction du nombre de prescriptions vise curative, passe par un meilleur diagnostic (actuellement fond sur les analyses microbiologiques, les autopsies, les tudes srologiques ..) et la rduction de lutilisation des antibiotiques pour prvenir des surinfections bactriennes aprs infection virale. La rduction de lusage des antibiotiques titre prventif suppose la promotion des moyens zootechniques ou des vaccinations ayant un effet sur la rduction de lincidence et de la transmission des infections bactriennes et le dveloppement de la recherche dans ce domaine.

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Les mesures de bioscurit destines rduire lexposition des animaux vis--vis dagents pathognes peuvent conduire des modalits dlevage (claustration, sparation des classes danimaux) qui doivent tre comprises par les consommateurs comme des mesures de scurit sanitaire. Associes une bonne conduite dlevage, elles peuvent contribuer la rduction de lutilisation des antibiotiques. La dfinition de programmes dintervention destins rduire lutilisation des antibiotiques en levage devrait tre ralise sur la base dtudes pidmiologiques prospectives. Ces tudes destines analyser les bnfices et les risques de tels programmes par rapport une situation existante ou une situation de rfrence, contribueraient laccroissement de nos connaissances sur le sujet. Lexprience darrt des facteurs de croissance, combine une surveillance de la rsistance et des usages a montr un certain nombre deffets sur la sant des animaux, la consommation dantibiotiques et la rsistance aux antibiotiques mais ne permet pas didentifier les modes dlevage les plus favorables. Des programmes dtudes dintervention (formation, outils de gestion pidmiologique, guide dutilisation, confrence de consensus, etc.) sont dvelopper afin dexprimenter diffrentes approches selon les systmes dlevage et inciter la mise en place dintervention qui ont un effet bnfique la fois pour la sant animale et la scurit des consommateurs. La mise en place de telles tudes permettrait de dvelopper des bases de connaissances utiles pour la diffusion de ces dmarches aux niveaux national, europen et international. Ces connaissances seront utiles la formation des prescripteurs et des leveurs et contribueront crer un cercle vertueux en termes dutilisation des antibiotiques en levage. Lintgration des modalits dusage des antibiotiques et autres mdicaments vtrinaires dans les cahiers des charges des programmes de certification dlevages contribue une rduction de lutilisation. Cette dmarche doit tre soutenue par lensemble des professionnels de lindustrie agro-alimentaire et les consommateurs. La surveillance pidmiologique des maladies dorigine bactrienne doit tre soutenue au niveau national car elle est ncessaire dans la mise en vidence prcoce de nouveaux syndromes pathologiques dorigine bactrienne et dans la mesure de limpact des changements techniques dans les levages sur le dveloppement de ces syndromes. La mise en place de collaboration entre les professionnels de llevage, les vtrinaires, les organismes de recherches, les agences dvaluation et les firmes pharmaceutiques doit tre soutenue pour lvaluation rapide de lefficacit de traitements, lidentification de facteurs de risques et la dtermination de dmarches zootechniques destines limiter ces infections. Des travaux de recherches sur les modalits dintervention bases sur la prvention vaccinale et/ou la modulation des dfenses immunitaires via le recours des additifs alimentaires doivent tre soutenus prcocement par les pouvoirs publics. Le suivi et lvaluation de ces travaux doivent tre raliss selon le principe dun rapport bnfices/risques favorable vis--vis de la sant des animaux et de la protection des consommateurs et de lenvironnement. La formation des vtrinaires en matire de sant publique et de gestion sanitaire des troupeaux doit se poursuivre dans le sens de ces dmarches. De mme, la formation des leveurs doit comprendre une prsentation des risques associs lutilisation des antibiotiques afin de dvelopper un dialogue responsable avec le prescripteur.

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VI. Bibliographie Aarestrup, F. M. (1998). "Association between decreased suceptibility to a new antibiotic for treatment of human disease, everninomycin (sch 27899), and resistance to an antibiotic used for growth promotion in animals, avilamycin." Microb Drug Resist 4(2): 137-141. Aarestrup, F. M., F. Bager, et al. (2000). "Association between the use of avilamycin for growth promotion and the occurrence of resistance among Enterococcus faecium from broilers: epidemiological study and changes over time." Microb Drug Resist 6(1): 71-5. Aarestrup, F. M., F. Bager, et al. (1998). "Resistance to antimicrobial agents used for animal therapy in pathogenic-, zoonotic- and indicator bacteria isolated from different food animals in Denmark: a baseline study for the Danish Integrated Antimicrobial Resistance Monitoring Programme (DANMAP)." Apmis 106(8): 745-70. Aarestrup, F. M., F. Bager, et al. (1998). "Surveillance of antimicrobial resistance in bacteria isolated from food animals to antimicrobial growth promoters and related therapeutic agents in Denmark." Apmis 106(6): 606-22. Aarestrup, F. M. and B. Carstensen (1998). "Effect of tylosin used as a growth promoter on the occurrence of macrolide-resistant enterococci and staphylococci in pigs." Microb Drug Resist 4(4): 307-12. Aarestrup, F. M. and J. Engberg (2001). "Antimicrobial resistance of thermophilic Campylobacter." Vet Res 32(3-4): 311-21. Aarestrup, F. M. and L. B. Jensen (2002). "Trends in antimicrobial susceptibility in relation to antimicrobial usage and presence of resistance genes in Staphylococcus hyicus isolated from exudative epidermitis in pigs." Vet Microbiol 89(1): 83-94. Aarestrup, F. M., E. M. Nielsen, et al. (1997). "Antimicrobial susceptibility patterns of thermophilic Campylobacter spp. from humans, pigs, cattle, and broilers in Denmark." Antimicrob Agents Chemother 41(10): 2244-50. Aarestrup, F. M., A. M. Seyfarth, et al. (2001). "Effect of abolishment of the use of antimicrobial agents for growth promotion on occurrence of antimicrobial resistance in fecal enterococci from food animals in Denmark." Antimicrob Agents Chemother 45(7): 2054-9. Afssa (2004). Apprciation des risques alimentaires lis aux Campylobacters. Application au couple poulet/Campylobacter jejuni. Afssa-a (2002). Rapport sur le botulisme d'origine aviaire et bovine. p :1-82. Afssa-b (2002). Rapport intermdiaire : utilisation des antibiotiques chez l'animal et rsistance aux antibiotiques chez les bactries d'origine animale. Programme franais 1999 - 2000. Aga, D. S., R. Goldfish, et al. (2003). "Application of ELISA in determining the fate of tetracyclines in land-applied livestock wastes." Analyst 128(6): 658-62. Aliabadi, F. S., M. F. Landoni, et al. (2003). "Pharmacokinetics (PK), pharmacodynamics (PD), and PK-PD integration of danofloxacin in sheep biological fluids." Antimicrob Agents Chemother 47(2): 626-35. Allen, J. P., G. W. Kaatz, et al. (2003). "Activities of mutant prevention concentration-targeted moxifloxacine and levofloxacine against Streptococcus pneumoniae in an in vitro pharmacodynamic model." Antimicrob Agents Chemother 47(8): 2606-2614. Allen, J. W., L. Viel, et al. (1992). "Changes in the bacterial flora of the upper and lower respiratory tracts and bronchoalveolar lavage differential cell counts in feedlot calves treated for respiratory diseases." Can J Vet Res 56(3): 177-83. Allouch, P., O. Bellon, et al. (2001). Recommandations mthodologiques pour la surveillance de la rsistance aux antibiotiques dans les laboratoires de microbiologie., ONERBA. Ambrose, P. G. and D. M. Grasela (2000). "The use of Monte Carlo simulation to examine pharmacodynamic variance of drugs: fluoroquinolone pharmacodynamics against Streptococcus pneumoniae." Diagn Microbiol Infect Dis 38(3): 151-7.

115

Aminov, R. I., J. C. Chee-Sanford, et al. (2002). "Development, validation, and application of PCR primers for detection of tetracycline efflux genes of gram-negative bacteria." Appl Environ Microbiol 68(4): 1786-93. Andrews, J. M. (2001). "BSAC standardized disc susceptibility testing method." J Antimicrob Chemother 48 Suppl 1: 43-57. Andrews, J. M. (2001). "The development of the BSAC standardized method of disc diffusion testing." J Antimicrob Chemother 48 Suppl 1: 29-42. Anonymous (2003). WHO surveillance programme for control of foodborne infections and intoxications in Europe - 8th report 1999-2000, OMS. Arcangioli, M. A., S. Leroy-Setrin, et al. (1999). "A new chloramphenicol and florfenicol resistance gene flanked by two integron structures in Salmonella typhimurium DT104." FEMS Microbiol Lett 174(2): 327-32. Arcangioli, M. A., S. Leroy-Setrin, et al. (2000). "Evolution of chloramphenicol resistance, with emergence of cross-resistance to florfenicol, in bovine Salmonella Typhimurium strains implicates definitive phage type (DT) 104." J Med Microbiol 49(1): 103-10. Austin, D. J. (1998). "The dynamics of drug action on the within host population growth infectious agents: melding pharmacokinetics with pathogen population dynamics." J Theor Biol 194(3): 313-339. Avrain, L., F. Humbert, et al. (2003). "Antimicrobial resistance in Campylobacter from broilers: association with production type and antimicrobial use." Vet Microbiol 96(3): 267-76. Bager, F., F. M. Aarestrup, et al. (1999). "Glycopeptide resistance in Enterococcus faecium from broilers and pigs following discontinued use of avoparcin." Microb Drug Resist 5(1): 53-6. Bager, F., M. Madsen, et al. (1997). "Avoparcin used as a growth promoter is associated with the occurrence of vancomycin-resistant Enterococcus faecium on Danish poultry and pig farms." Prev Vet Med 31(1-2): 95-112. Baucheron, S., E. Chaslus-Dancla, et al. (2004). "Role of TolC and parC mutation in highlevel fluoroquinolone resistance in Salmonella enterica serotype Typhimurium DT204." J Antimicrob Chemother 53(4): 657-9. Belloc, C., G. Scimia, et al. (2000). "Effet de l'administration de flumquine par voie orale sur le profil d'antibiorsistance des Escherichia coli de la flore fcale du porc." Journes Rech. porcine en France 32: 39-44. Bertrand, G., I. Bouvarel, et al. (2002). Sampling considerations for herd-level measurement of faecal Escherichia coli antimicrobial resistance in different types of calves, pigs and turkeys production. 48me International Congress of Meat and Science Technology, Rome. Bischoff, K. and J. Jacob (1996). "[The sat4 streptothricin acetyltransferase gene of Campylobacter coli: its distribution in the environment and use as epidemiological marker]." Zentralbl Hyg Umweltmed 198(3): 241-57. Boerlin, P., A. Wissing, et al. (2001). "Antimicrobial growth promoter ban and resistance to macrolides and vancomycin in enterococci from pigs." J Clin Microbiol 39(11): 41935. Borgen, K., M. Sorum, et al. (2001). "VanA-type vancomycin-resistant enterococci (VRE) remain prevalent in poultry carcasses 3 years after avoparcin was banned." Int J Food Microbiol 64(1-2): 89-94. Borriello, S. P. and R. J. Carman (1983). "Association of iota-like toxin and Clostridium spiroforme with both spontaneous and antibiotic-associated diarrhea and colitis in rabbits." J Clin Microbiol 17(3): 414-8. Bouyer, J., D. Hmon, et al. (1995). Epidmiologie, Principes et mthodes quantitatives. Paris, Inserm. 498 p. Brana, H., J. Hubacek, et al. (1974). "The effect of actinomycin D and flavomycin on Escherichia coli R+ strains." Folia Microbiol 18: 257-259. Butel, M. J. and Y. Boussougant (1986). "[Effect of erythromycin on the fecal flora of infants less than 1-year old]." Pathol Biol (Paris) 34(5 Pt 2): 591-5.

116

Campagnolo, E. R., K. R. Johnson, et al. (2002). "Antimicrobial residues in animal waste and water resources proximal to large-scale swine and poultry feeding operations." Sci Total Environ 299(1-3): 89-95. Caprioli, A., L. Busani, et al. (2000). "Monitoring of antibiotic resistance in bacteria of animal origin: epidemiological and microbiological methodologies." Int J Antimicrob Agents 14(4): 295-301. Cerniglia, C. E. and S. Kotarski (1999). "Evaluation of veterinary drug residues in food for their potential to affect human intestinal microflora." Regul Toxicol Pharmacol 29(3): 238-61. Charlet, F. (1996). Les gastro-entrites Campylobacter en Charente Maritime, Direction dpartementale de l'action sanitaire et sociale. Chaslus-Dancla, E., J. P. Lafont, et al. (2000). "Spread of resistance from food animals to man: the French experience." Acta Vet Scand Suppl 93: 53-60; discussion 60-1. Chaslus-Dancla, E., J. L. Martel, et al. (1986). "Emergence of aminoglycoside 3-Nacetyltransferase IV in Escherichia coli and Salmonella typhimurium isolated from animals in France." Antimicrob Agents Chemother 29(2): 239-43. Chauvin, C., M. Gicquel-Bruneau, et al. (2005). "Use of avilamycin for growth promotion and avilamycin-resistance among Enterococcus faecium from broilers in a matched casecontrol study in France." Prev Vet Med 70(3-4):155-163. Chee-Sanford, J. C., R. I. Aminov, et al. (2001). "Occurrence and diversity of tetracycline resistance genes in lagoons and groundwater underlying two swine production facilities." Appl Environ Microbiol 67(4): 1494-502. Chiappini, E., L. Galli, et al. (2002). "Results of a 5-year prospective surveillance study of antibiotic resistance among Salmonella enterica isolates and ceftriaxone therapy among children hospitalized for acute diarrhea." Clin Ther 24(10): 1585-94. Chopra, I. O., A.J; Miller, K. (2003). "The role of mutators in the emergence of antibioticresistant bacteria." Drug Resist Updat 6(3): 137-145. Christie, P. J., J. N. Davidson, et al. (1983). "Effects of tylosin feeding on the antibiotic resistance of selected gram-positive bacteria in pigs." Am J Vet Res 44(1): 126-8. Collier, C. T., J. D. van der Klis, et al. (2003). "Effects of tylosin on bacterial mucolysis, Clostridium perfringens colonization, and intestinal barrier function in a chick model of necrotic enteritis." Antimicrob Agents Chemother 47(10): 3311-7. Cornaglia, G., A. Lonnroth, et al. (2004). "Report from the European Conference on the Role of Research in Combating Antibiotic Resistance, 2003." Clin Microbiol Infect 10(5): 473-97. Corpet, D. E. (1984). "The effect of bambermycin, carbadox, chlortetracycline and olaquindox on antibiotic resistance in intestinal coliforms: a new animal model." Ann Microbiol (Paris) 135A(2): 329-39. Corpet, D. E. (1993). "An evaluation of methods to assess the effect of antimicrobial residues on the human gut flora." Vet Microbiol 35(3-4): 199-212. Craig, W. A. (1998). "Pharmacokinetic/pharmacodynamic parameters: rationale for antibacterial dosing of mice and men." Clin Infect Dis 26(1): 1-10; quiz 11-2. Crawford, L. (1984). Bambermycins. Antibiotics, sulphonamides and public health. T. Jukes, D. HL and C. LM. Boca Raton, Fla, CRC Press. 1: 351-354. Dagan, R., K. P. Klugman, et al. (2001). "Evidence to support the rationale that bacterial eradication in respiratory tract infection is an important aim of antimicrobial therapy." J Antimicrob Chemother 47(2): 129-40. Daikos, G. L., V. T. Lolans, et al. (1991). "First-exposure adaptive resistance to aminoglycoside antibiotics in vivo with meaning for optimal clinical use." Antimicrob Agents Chemother 35(1): 117-23. DANMAP (1997). DANMAP 97 - Consumption of antimicrobial agents and occurrence of antimicrobial resistance in bacteria from food animals, food and humans in Denmark. F. BAGER. Copenhaguen, Danish Zoonosis Center.

117

DANMAP (1998). DANMAP 98 - Consumption of antimicrobial agents and occurrence of antimicrobial resistance in bacteria from food animals, food and humans in Denmark. F. BAGER. Copenhaguen, Danish Zoonosis Center. DANMAP (2001). DANMAP 2001 - Consumption of antimicrobial agents and occurrence of antimicrobial resistance in bacteria from food animals, food and humans in Denmark. Copenhaguen, Danish Zoonosis Center. DANMAP (2002). DANMAP 2002 - Consumption of antimicrobial agents and occurrence of antimicrobial resistance in bacteria from food animals, food and humans in Denmark. H. EMBORG. Copenhaguen, Danish Zoonosis Center. DANMAP (2003). DANMAP 2003 - Consumption of antimicrobial agents and occurrence of antimicrobial resistance in bacteria from food animals, food and humans in Denmark. Copenhaguen, Danish Zoonosis Center. Davison, H. C. L., J.C; Woolhouse, M.E. (2000). "What is antibiotic resistance and how can we measure it?" Trends. Microbiol. 8(12): 554-559. Dawson, K. A., B. E. Langlois, et al. (1983). "Multiple antibiotic resistance in fecal, cecal and colonic coliforms from pigs fed therapeutic and subtherapeutic concentrations of chlortetracycline." J Anim Sci 57(5): 1225-34. Dawson, K. A., B. E. Langlois, et al. (1984). "Antibiotic resistance in anaerobic and coliform bacteria from the intestinal tract of swine fed therapeutic and subtherapeutic concentrations of chlortetracycline." J Anim Sci 58(1): 123-31. De Liguoro, M., V. Cibin, et al. (2003). "Use of oxytetracycline and tylosin in intensive calf farming: evaluation of transfer to manure and soil." Chemosphere 52(1): 203-12. Dealy, J. and M. W. Moeller (1976). "Influence of bambermycins on Salmonella infection and antibiotic resistance in swine." J Anim Sci 42(5): 1331-6. Dealy, J. and M. W. Moeller (1977). "Effect of bambermycins on Escherichia coli and antibiotic resistance in calves." J Anim Sci 45(6): 1239-42. Delepee, R., H. Pouliquen, et al. (2004). "The bryophyte Fontinalis antipyretica Hedw. bioaccumulates oxytetracycline, flumequine and oxolinic acid in the freshwater environment." Sci Total Environ 322(1-3): 243-53. Delsol, A. A., M. Anjum, et al. (2003). "The effect of chlortetracycline treatment and its subsequent withdrawal on multi-resistant Salmonella enterica serovar Typhimurium DT104 and commensal Escherichia coli in the pig." J Appl Microbiol 95(6): 12261234. Delsol, A. A., J. Sunderland, et al. (2004). "Emergence of fluoroquinolone resistance in the native Campylobacter coli population of pigs exposed to enrofloxacin." J Antimicrob Chemother 53(5): 872-4. Delsol, A. A., M. J. Woodward, et al. (2004). "Effect of a 5 day enrofloxacin treatment on Salmonella enterica serotype Typhimurium DT104 in the pig." J Antimicrob Chemother 53(2): 396-398. DePaola, A., J. T. Peeler, et al. (1995). "Effect of oxytetracycline-medicated feed on antibiotic resistance of gram-negative bacteria in catfish ponds." Appl Environ Microbiol 61(6): 2335-40. Desmonts, M. H., F. Dufour-Gesbert, et al. (2004). "Antimicrobial resistance in Campylobacter strains isolated from French broilers before and after antimicrobial growth promoter bans." J Antimicrob Chemother 54(6): 1025-30. Desmonts, M. H., I. Lebeau, et al. (2003). Antimicrobial susceptibility of Campylobacter isolated from chickens in France between 1992 and 2002. CHRO. Directorate., V. M. (2002). Sales of antimicrobial products used as veterinary medicines, growth promoters and coccidiostats in the UK in 2000., Veterinary Medicines Directorate. Donabedian, S. M., L. A. Thal, et al. (2003). "Molecular characterization of gentamicinresistant Enterococci in the United States: evidence of spread from animals to humans through food." J Clin Microbiol 41(3): 1109-13.

118

Dore, K., J. Buxton, et al. (2004). "Risk factors for Salmonella typhimurium DT104 and nonDT104 infection: a Canadian multi-provincial case-control study." Epidemiol Infect 132(3): 485-93. Doublet, B., D. Boyd, et al. (2005). "The Salmonella genomic island 1 is an integrative mobilizable element." Mol Microbiol 55(6): 1911-24. Doublet, B., P. Butaye, et al. (2004). "Salmonella genomic island 1 multidrug resistance gene clusters in Salmonella enterica serovar Agona isolated in Belgium in 1992 to 2002." Antimicrob Agents Chemother 48(7): 2510-7. Dubel, J. R., D. L. Zink, et al. (1982). "Bacterial antibiotic resistance: frequency of gentamicin-resistant strains of Escherichia coli in the fecal microflora of commercial turkeys." Am J Vet Res 43(10): 1786-9. Dunlop, R. H., S. A. McEwen, et al. (1998). "Measurement of antimicrobial-resistant Escherichia coli in pig feces with a hydrophobic grid membrane filter interpreter system." Appl Environ Microbiol 64(1): 366-9. Ebner, P. and A. G. Mathew (2000). "Effects of antibiotic regimens on the fecal shedding patterns of pigs infected with Salmonella Typhimurium." J Food Prot 63(6): 709-714. Edrington, T. S., R. B. Harvey, et al. (2001). "Evaluation of subtherapeutic use of the antibiotics apramycin and carbadox on the prevalence of antimicrobial-resistant Salmonella infection in swine." J Food Prot 64(12): 2067-70. Ekdahl, K. and J. Giesecke (2004). "Travellers returning to Sweden as sentinels for comparative disease incidence in other European countries, Campylobacter and giardia infection as examples." Euro Surveill 9(9). Emborg, H. D., J. S. Andersen, et al. (2003). "Relations between the occurrence of resistance to antimicrobial growth promoters among Enterococcus faecium isolated from broilers and broiler meat." Int J Food Microbiol 84(3): 273-84. Emborg, H. D., J. S. Andersen, et al. (2004). "Relations between the consumption of antimicrobial growth promoters and the occurrence of resistance among Enterococcus faecium isolated from broilers." Epidemiol Infect 132(1): 95-105. Endtz, H. P., G. J. Ruijs, et al. (1991). "Quinolone resistance in Campylobacter isolated from man and poultry following the introduction of fluoroquinolones in veterinary medicine." J Antimicrob Chemother 27(2): 199-208. Faldynova, M., M. Pravcova, et al. (2003). "Evolution of antibiotic resistance in Salmonella enterica serovar typhimurium strains isolated in the Czech Republic between 1984 and 2002." Antimicrob Agents Chemother 47(6): 2002-5. Firsov, A. A., S. N. Vostrov, et al. (2003). "In vitro pharmacodynamic evaluation of the mutant selection window hypothesis using four fluoroquinolones against Staphylococcus aureus." Antimicrob Agents Chemother 47(5): 1604-13. Forrest, A., D. E. Nix, et al. (1993). "Pharmacodynamics of intravenous ciprofloxacin in seriously ill patients." Antimicrob Agents Chemother 37(5): 1073-81. Franklin, A., J. Acar, et al. (2001). "Antimicrobial resistance: harmonisation of national antimicrobial resistance monitoring and surveillance programmes in animals and in animal-derived food." Rev Sci Tech 20(3): 859-70. Friedman, C. R., J. Neimann, et al. (2000). Epidemiology of Campylobacter jejuni infections in the United States and other industrialized nations. Campylobacter. I. Nachamkin and M. J. Blaser. Washington DC, ASM press: 121-138. Gado, I., J. Paszti, et al. (2003). "Integron content of Salmonella enterica serotype Typhimurium strains isolated in Hungary in the years 1997-1999." Acta Vet. Hung. 51: 121-135. Gellin, G., B. E. Langlois, et al. (1989). "Antibiotic resistance of gram-negative enteric bacteria from pigs in three herds with different histories of antibiotic exposure." Appl Environ Microbiol 55(9): 2287-92. George, B. and D. Fagerberg (1984). "Effect of bambermucins, in vitro, on plasmid-mediated antimicrobial resistance." Am J Vet Res 43(299-303).

119

Gnanou, J. C. and P. Sanders (2000). "Antibiotic resistance in bacteria of animal origin: methods in use to monitor resistance in EU countries." Int J Antimicrob Agents 15(4): 311-22. Greko, C., M. Finn, et al. (2003). "Pharmacokinetic/pharmacodynamic relationship of danofloxacin against Mannheimia haemolytica in a tissue-cage model in calves." J Antimicrob Chemother 52(2): 253-7. Griggs, D. J., M. M. Johnson, et al. (2005). "Incidence and mechanism of ciprofloxacin resistance in Campylobacter spp. isolated from commercial poultry flocks in the United Kingdom before, during, and after fluoroquinolone treatment." Antimicrob Agents Chemother 49(2): 699-707. Gupta, A., J. Fontana, et al. (2003). "Emergence of multidrug-resistant Salmonella enterica serotype Newport infections resistant to expanded-spectrum cephalosporins in the United States." J Infect Dis 188(11): 1707-16. Haller, M. Y., S. R. Muller, et al. (2002). "Quantification of veterinary antibiotics (sulfonamides and trimethoprim) in animal manure by liquid chromatography-mass spectrometry." J Chromatogr A 952(1-2): 111-20. Hamscher, G., S. Sczesny, et al. (2002). "Determination of persistent tetracycline residues in soil fertilized with liquid manure by high-performance liquid chromatography with electrospray ionization tandem mass spectrometry." Anal Chem 74(7): 1509-18. Hasman, H. and F. M. Aarestrup (2002). "tcrB, a gene conferring transferable copper resistance in Enterococcus faecium: occurrence, transferability, and linkage to macrolide and glycopeptide resistance." Antimicrob Agents Chemother 46(5): 1410-6. Hinton, M., D. J. Hampson, et al. (1985). "The effects of oxytetracycline on the intestinal Escherichia coli flora of newly weaned pigs." J Hyg (Lond) 95(1): 77-85. Hinton, M., A. Kaukas, et al. (1986). "Preliminary observations on the influence of antibiotics on the ecology of Escherichia coli and the enterococci in the faecal flora of healthy young chickens." J Antimicrob Chemother 18 Suppl C: 165-73. Hirsch, R., T. Ternes, et al. (1999). "Occurrence of antibiotics in the aquatic environment." Sci Total Environ 225(1-2): 109-18. Hummel, R., H. Tschape, et al. (1986). "Spread of plasmid-mediated nourseothricin resistance due to antibiotic use in animal husbandry." J Basic Microbiol 26(8): 461-6. Humphrey, T. J., F. Jorgensen, et al. (2005). "Prevalence and subtypes of ciprofloxacinresistant Campylobacter spp. in commercial poultry flocks before, during, and after treatment with fluoroquinolones." Antimicrob Agents Chemother 49(2): 690-8. Humphry, R. W. B., D.;Fenlon, D.;Horgan, G.;Low, J.C; Gunn, G.J. (2002). "The quantitative measurement of antimicrobial resistance in escherichia coli at the meta-population level (meta-population analysis)." Lett Appl Microbiol 35(4): 326-330. Ingerslev, F. and B. Halling-Sorensen (2001). "Biodegradability of metronidazole, olaquindox, and tylosin and formation of tylosin degradation products in aerobic soil--manure slurries." Ecotoxicol Environ Saf 48(3): 311-20. InVS (2003). Morbidit et mortalit due aux maladies infectieuses d'origine alimentaire en France. Kaukas, A., M. Hinton, et al. (1987). "The effect of ampicillin and tylosin on the faecal enterococci of healthy young chickens." J Appl Bacteriol 62(5): 441-7. Kaukas, A., M. Hinton, et al. (1988). "The effect of growth-promoting antibiotics on the faecal enterococci of healthy young chickens." J Appl Bacteriol 64(1): 57-64. Kehrenberg, C., K. K. Ojo, et al. (2004). "Nucleotide sequence and organization of the multiresistance plasmid pSCFS1 from Staphylococcus sciuri." J Antimicrob Chemother 54(5): 936-9. Khan, A. A., M. S. Nawaz, et al. (2001). "Identification of predominant human and animal anaerobic intestinal bacterial species by terminal restriction fragment patterns (TRFPs): a rapid, PCR-based method." Mol Cell Probes 15(6): 349-55. Klare, I., D. Badstubner, et al. (1999). "Decreased incidence of VanA-type vancomycinresistant enterococci isolated from poultry meat and from fecal samples of humans in

120

the community after discontinuation of avoparcin usage in animal husbandry." Microb Drug Resist 5(1): 45-52. Koenraad, P. M., W. F. Jacobs-Reitsma, et al. (1995). "Antibiotic susceptibility of Campylobacter isolates from sewage and poultry abattoir drain water." Epidemiol Infect 115(3): 475-83. Kruse, H., B. K. Johansen, et al. (1999). "The use of avoparcin as a growth promoter and the occurrence of vancomycin-resistant Enterococcus species in Norwegian poultry and swine production." Microb Drug Resist 5(2): 135-9. Kuhn, I., A. Iversen, et al. (2003). "Comparison of enterococcal populations in animals, humans, and the environment--a European study." Int J Food Microbiol 88(2-3): 13345. Langford, F. M., D. M. Weary, et al. (2003). "Antibiotic resistance in gut bacteria from dairy calves: a dose response to the level of antibiotics fed in milk." J Dairy Sci 86(12): 3963-6. Langlois, B. E., G. L. Cromwell, et al. (1978). "Influence of type of antibiotic and length of antibiotic feeding period on performance and persistence of antibiotic resistant enteric bacteria in growing-finishing swine." J Anim Sci 46(5): 1383-96. Langlois, B. E., G. L. Cromwell, et al. (1978b). "Influence of chlortetracycline in swine feed on reproductive performance and on incidence and persistence of antibiotic resistant enteric bacteria." J Anim Sci 46(5): 1369-82. Langlois, B. E., G. L. Cromwell, et al. (1983). "Antibiotic resistance of fecal coliforms after long-term withdrawal of therapeutic and subtherapeutic antibiotic use in a swine herd." Appl Environ Microbiol 46(6): 1433-4. Lebek, G. (1971). "Die wirkung von flavomycin auf episomal resistente." Keime. Zentbl. Vet. Med. reihe B 19: 532-539. Levesque, C., L. Piche, et al. (1995). "PCR mapping of integrons reveals several novel combinations of resistance genes." Antimicrob Agents Chemother 39(1): 185-91. Levy, S. B., G. B. FitzGerald, et al. (1976). "Spread of antibiotic-resistant plasmids from chicken to chicken and from chicken to man." Nature 260(5546): 40-2. Li, C. C., C. H. Chiu, et al. (1998). "Antimicrobial susceptibilities of Campylobacter jejuni and coli by using E-test in Taiwan." Scand J Infect Dis.A 30(1): 39-42. Licht, T. R. C., B.B.;Krogfelt, K.A; Molin, S. (1999). "Plasmid transfer in the animal intestine and other dynamic bacterial populations: the role of community structure and environment." Microbiology 145 (9)(9): 2615-2622. Lindsey, M. E., T. M. Meyer, et al. (2001). "Analysis of trace levels of sulfonamide and tetracycline antimicrobials in groundwater and surface water using solid-phase extraction and liquid chromatography/mass spectrometry." Anal Chem 73(19): 46406. Linton, A. H., B. Handley, et al. (1978). "Fluctuations in Escherichia coli O-serotypes in pigs throughout life in the presence and absence of antibiotic treatment." J Appl Bacteriol 44(2): 285-98. Linton, A. H., A. J. Hedges, et al. (1988). "Monitoring for the development of antimicrobial resistance during the use of olaquindox as a feed additive on commercial pig farms." J Appl Bacteriol 64(4): 311-27. Lipsitch, M. and B. R. Levin (1997). "The within-host population dynamics of antibacterial chemotherapy: conditions for the evolution of resistance." Ciba Found Symp 207: 112-27; discussion 127-30. Loke, M. L., F. Ingerslev, et al. (2000). "Stability of Tylosin A in manure containing test systems determined by high performance liquid chromatography." Chemosphere 40(7): 759-65. Lopez-Lozano, J. M., D. L. Monnet, et al. (2000). "Modelling and forecasting antimicrobial resistance and its dynamic relationship to antimicrobial use: a time series analysis." Int J Antimicrob Agents 14(1): 21-31.

121

Luber, P., J. Wagner, et al. (2003). "Antimicrobial resistance in Campylobacter jejuni and Campylobacter coli strains isolated in 1991 and 2001-2002 from poultry and humans in Berlin, Germany." Antimicrob Agents Chemother 47(12): 3825-30. Martel, J. L. and M. Coudert (1993). "Bacterial resistance monitoring in animals: the French national experiences of surveillance schemes." Vet Microbiol 35(3-4): 321-38. Mathew, A. G., M. A. Beckmann, et al. (2001). "A comparaison of antibiotic resistance in bacteria isolated from swine herds in which antibiotics were used or excluded." Journal of Swine Health and Production 9(3): 125-129. Mathew, A. G., F. Jackson, et al. (2002). "Effect of antibiotic regimens on resistance of Escherichia coli and Salmonella serovar Typhimurium in swine." Journal of Swine Health and Production 10(1): 7-13. Mathew, A. G., W. G. Upchurch, et al. (1998). "Incidence of antibiotic resistance in fecal Escherichia coli isolated from commercial swine farms." J Anim Sci 76: 429-434. McDermott, P. F., S. M. Bodeis, et al. (2002). "Ciprofloxacin resistance in Campylobacter jejuni evolves rapidly in chickens treated with fluoroquinolones." J Infect Dis 185(6): 837-40. Meunier, D., E. Jouy, et al. (2005). Dissemination of extended-spectrum and AmpC-type lactamases in Escherichia coli isolated from cattle, swine and poultry in France. First symposium on Antimicrobial Resistance in Animals and the Environment, Lyon. Mitsuhashi, S., S. Iyobe, et al. (1970). "[Preferential inhibition of the growth of Escherichia coli strains carrying episomes.]." J Antibiot (Tokyo) 23(7): 319-23. Monnet, D. L., J. M. Lopez-Lozano, et al. (2001). "Making sense of antimicrobial use and resistance surveillance data: application of ARIMA and transfer function models." Clin Microbiol Infect 7 Suppl 5: 29-36. Moore, R. D., C. R. Smith, et al. (1984). "Association of aminoglycoside plasma levels with therapeutic outcome in gram-negative pneumonia." Am J Med 77(4): 657-62. Nijsten, R., N. London, et al. (1994). "Resistance in faecal Escherichia coli isolated from pigfarmers and abattoir workers." Epidemiol Infect 113(1): 45-52. Nivas, S. C., M. D. York, et al. (1976). "Effects of levels of chlortetracycline in the diet of turkey poults artificially-infected with Salmonella Typhimurium." Poultry science 55: 2176-2189. Nolan, L. K., C. W. Giddings, et al. (1995). "Detection and characterization of Salmonella typhimurium from a dairy herd in North Dakota." Vet Res Commun 19(1): 3-8. Olliver, A., M. Valle, et al. (2004). "Role of an acrR mutation in multidrug resistance of in vitro-selected fluoroquinolone-resistant mutants of Salmonella enterica serovar Typhimurium." FEMS Microbiol Lett 238(1): 267-72. Oza, A. N., J. P. McKenna, et al. (2003). "Antimicrobial susceptibility of Campylobacter spp. isolated from broiler chickens in Northern Ireland." J Antimicrob Chemother 52(2): 220-223. Paddenberg, R., A. Weber, et al. (1998). "Mycoplasma nucleases able to induce internucleosomal DNA degradation in cultured cells possess many characteristics of eukaryotic apoptotic nucleases." Cell Death Differ 5(6): 517-528. Pantosti, A., M. Del Grosso, et al. (1999). "Decrease of vancomycin-resistant enterococci in poultry meat after avoparcin ban." Lancet 354(9180): 741-2. Petersen, J. S. (2002). Animal welfare and health as affected by management procedures in commercial broiler flocks. Beyond Growth Promoters in Food Animal Production, Foulum, Denmark. Petkewich, R. (2002). "Mercury pollution may contribute to antibiotic resistance." Environmental Science & Technology 36(15): 310A-311A. Pezzotti, G., A. Serafin, et al. (2003). " Occurrence and resistance to antibiotics of Campylobacter jejuni and Campylobacter coli in animals and meat in northeastern Italy." Int J Food Microbiol. 82(3): 281-287. Piddock, L. J., V. Ricci, et al. (2000). "Activity of antibiotics used in human medicine for Campylobacter jejuni isolated from farm animals and their environment in Lancashire, UK." J Antimicrob Chemother 46(2): 303-6.

122

Renard, L., M. Gicquel, et al. (1996). "[Bactericidal effect of colistin on Escherichia coli. Model and simulation or the pharmacokinetic-pharmacodynamic relation for prediction of efficacy in veterinary antibiotic therapy]." Vet Res 27(1): 23-32. Renard, L., P. Sanders, et al. (1993). "[Modeling of the bactericidal effect of spiramycin. Choice of a pharmacodynamic model]." Vet Res 24(1): 33-45. Ridley, A. and E. J. Threlfall (1998). "Molecular epidemiology of antibiotic resistance genes in multiresistant epidemic Salmonella typhimurium DT 104." Microb Drug Resist 4(2): 113-8. Robredo, B., K. V. Singh, et al. (1999). "From vanA Enterococcus hirae to vanA Enterococcus faecium: a study of feed supplementation with avoparcin and tylosin in young chickens." Antimicrob Agents Chemother 43(5): 1137-43. Rowemagnus, D. A. M., D. (2001). "Integrons: natural tools for bacterial genome evolution." Curr Opin Microbiol 4(5): 565-569. Runsey, T. S., R. W. Miller, et al. (1977). "Residue content of beef feedlot manure after feeding diethylstilbestrol, chlortetracycline and Ronnel and the use of stirofos to reduce population of fly larvae in feedlot manure." Arch Environ Contam Toxicol 6(23): 203-12. Saenz, Y., M. Zarazaga, et al. (2000). "Antibiotic resistance in Campylobacter strains isolated from animals: Foods, and humans in Spain in 1997-1998." Antimicrob Agents Chemother 44(2): 267-271. Salisbury, J. G. N., T.J.;Lammerding, A.M.;Turnidge, J; Numm, M.J. (2002). "A risk analysis framework for the long-term management of antibiotic resistance in food-producing animals." Int J Antimicrob Agents 20(3): 153-164. Sato, K., P. C. Bartlett, et al. (2004). "Comparison of prevalence and antimicrobial susceptibilities of Campylobacter spp. isolates from organic and conventional dairy herds in Wisconsin." Appl Environ Microbiol 70(3): 1442-1447. Schentag, J. J., D. J. Swanson, et al. (1985). "Dual individualization: antibiotic dosage calculation from the integration of in-vitro pharmacodynamics and in-vivo pharmacokinetics." J Antimicrob Chemother 15 Suppl A: 47-57. Schlusener, M. P., K. Bester, et al. (2003). "Determination of antibiotics such as macrolides, ionophores and tiamulin in liquid manure by HPLC-MS/MS." Anal Bioanal Chem 375(7): 942-7. Schwarz, S., C. Kehrenberg, et al. (2004). "Molecular basis of bacterial resistance to chloramphenicol and florfenicol." FEMS Microbiol Rev 28(5): 519-42. Siegel, D., W. G. Huber, et al. (1974). "Continuous non-therapeutic use of antibacterial drugs in feed and drug resistance of the gram-negative enteric florae of food-producing animals." Antimicrob Agents Chemother 6(6): 697-701. Sokol, A., V. Kremery, et al. (1973). "The influence of flavomycin on the elimination of R factors of Escherichia coli in vitro." Folia Microbiol 18: 176-179. Sperandio, V., A. G. Torres, et al. (2003). "Bacteria-host communication: the language of hormones." Proc Natl Acad Sci U S A 100(15): 8951-6. Stabler, S. L., D. J. Fagerberg, et al. (1982). "Effects of oral and injectable tetracyclines on bacterial drug resistance in feedlot cattle." Am J Vet Res 43(10): 1763-6. Sunde, M., K. Fossum, et al. (1998). "Antibiotic resistance in Escherichia coli of the normal intestinal flora of swine." Microb Drug Resist 4(4): 289-99. Thomas, J. K., A. Forrest, et al. (1998). "Pharmacodynamic evaluation of factors associated with the development of bacterial resistance in acutely ill patients during therapy." Antimicrob Agents Chemother 42(3): 521-7. Tikofsky, L. L., J. W. Barlow, et al. (2003). "A comparison of antimicrobial susceptibility patterns for Staphylococcus aureus in organic and conventional dairy herds." Microb Drug Resist 9 Suppl 1: S39-45. Tornee, N. (2002). Consequences of terminating AGP use for broiler health and usage of antimicrobials for therapy and prophylaxis. Abstracts of the International Invitational Symposium: Beyond Antibiotic Growth Promoters inFood Animal Production, Foulum, Denmark.

123

Toutain, P. L. (2003). "Antibiotic treatment of animals--a different approach to rational dosing." Vet J 165(2): 98-100. Van Boven, M., K. T. Veldman, et al. (2003). "Rapid selection of quinolone resistance in Campylobacter jejuni but not in Escherichia coli in individually housed broilers." J Antimicrob Chemother 52(4): 719-23. Van den Bogaard, A. E., N. Bruinsma, et al. (2000). "The effect of banning avoparcin on VRE carriage in The Netherlands." J Antimicrob Chemother 46(1): 146-8. Van den Bogaard, A. E., M. Hazen, et al. (2002). "Effects of flavophospholipol on resistance in fecal Escherichia coli and enterococci of fattening pigs." Antimicrob Agents Chemother 46(1): 110-8. Van Looveren, M., G. Daube, et al. (2001). "Antimicrobial susceptibilities of Campylobacter strains isolated from food animals in Belgium." J Antimicrob Chemother. 48(2): 23540. Ward, B., R. Andrews, et al. (2002). "The use of sequential studies in a salmonellosis outbreak linked to continental custard cakes." Epidemiol Infect 129(2): 287-93. Weill, F., E. Espi, et al. (2003). "Epidmie de salmonellose Salmonella enterica srotype Newport multirsistante aux antibiotiques, lie la viande de cheval importe." BEH: 158-159. Welch, B. and C. W. Forsberg (1979). "Chlortetracycline and sulfonamide resistance of fecal bacteria in swine receiving medicated feed." Can J Microbiol 25(6): 789-92. Welton, L. A., L. A. Thal, et al. (1998). "Antimicrobial resistance in enterococci isolated from Turkey flocks fed virginiamycin." Antimicrob Agents Chemother 42(3): 705-8. Wierup, M. (2001). "The Swedish experience of the 1986 year ban of antimicrobial growth promoters, with special reference to animal health, disease prevention, productivity, and usage of antimicrobials." Microb Drug Resist 7(2): 183-90. Wiuff, C., J. Lykkesfeldt, et al. (2003). "The effects of oral and intramuscular administration and dose escalation of enrofloxacin on the selection of quinolone resistance among Salmonella and coliforms in pigs." Res Vet Sci 75(3): 185-93. Zhang, Q., J. Lin, et al. (2003). "Fluoroquinolone-resistant Campylobacter in animal reservoirs: dynamics of development, resistance mechanisms and ecological fitness." Anim Health Res Rev 4(2): 63-71. Zhi, J. G., C. H. Nightingale, et al. (1988). "Microbial pharmacodynamics of piperacillin in neutropenic mice of systematic infection due to Pseudomonas aeruginosa." J Pharmacokinet Biopharm 16(4): 355-75. Zirnstein, G., L. Helsel, et al. (2000). "Characterization of gyrA mutations associated with fluoroquinolone resistance in Campylobacter coli by DNA sequence analysis and MAMA PCR." FEMS Microbiol Lett 190(1): 1-7. Zirnstein, G., Y. Li, et al. (1999). "Ciprofloxacin resistance in Campylobacter jejuni isolates: detection of gyrA resistance mutations by mismatch amplification mutation assay PCR and DNA sequence analysis." J Clin Microbiol 37(10): 3276-80.

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Section 3 : Diffusion de la rsistance lhomme et consquences pour la sante publique

I. Y a t-il des consquences de la rsistance bactrienne aux antibiotiques en termes de Sant Publique ? 126 1. Les infections nosocomiales entrocoques et entrobactries 126 2. Les infections zoonotiques 127 II. A-t-on la preuve que des gnes de rsistance ont t acquis par les bactries humaines partir de bactries animales ? 128 1. Flux de gnes chez les bactries Gram-positif 129 1.1. Gnes de rsistance aux bta-lactamines 129 1.2. Gnes de rsistance aux macrolides 132 1.3. Gnes de rsistance aux streptogramines 134 1.4. Gnes de rsistance aux aminosides 135 1.5. Gnes de rsistance aux ttracyclines 136 1.6. Rsistance aux glycopeptides 136 1.7. Rsistance aux quinolones, la rifampicine 139 1.8. Rsistance lvernimicine 139 2. Flux de gnes chez les bactries Gram-ngatif 139 2.1. Multirsistance 141 2.2. Rsistance au florfnicol non associe SGI1 142 2.3. Rsistance aux cphalosporines de troisime gnration (C3G) 143 2.4. Rsistance lapramycine 146 2.5. Rsistance aux bta-lactamines chez Pasteurella/Haemophilus 146 2.6. Cas particulier des Campylobacter 147 III. Dispose t-on dtudes pidmiologiques dmonstratives de la transmission de bactries rsistantes de lanimal lhomme ? 148 1. Exemple de Campylobacter 148 1.1. Rsistance des Campylobacter isols chez lhomme, laliment et lanimal 148 1.2. Transmission lHomme de Campylobacter rsistant aux antibiotiques 149 2. Exemple de Salmonella 151 2.1 Rsistance des salmonelles isoles chez lhomme, laliment et lanimal 151 2.2 Transmission lHomme de Salmonella rsistantes aux antibiotiques 154 3. Exemple dEscherichia coli O 157 155 4. Exemple des entrocoques rsistants la vancomycine 155 IV. Faut-il dfinir, pour lhomme ou pour lanimal, des antibiotiques critiques ? 156 V. Rsum et recommandations 157 VI. Bibliographie 160

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Il ny a pas dtanchit absolue entre les divers mondes bactriens et les bactries, dorigine animale ou humaine, ne sauraient faire exception. Ainsi, la question de la plausibilit biologique du transfert de bactries rsistantes ou de gnes de rsistance de bactries dorigine animale celles dorigine humaine, et rciproquement, est demble rsolue. Cependant, dun point de vue de Sant Publique, la question qui apparat la plus importante porte sur la ralit et la quantification de ces flux ainsi que sur la mesure des consquences que cela peut avoir pour la sant humaine. A ce titre, il est ncessaire de privilgier les aspects portant sur : 1 - les rsistances transfrables puisque le degr de risque de transmission dautres espces bactriennes est sans doute suprieur, 2 la transmission de bactries dj porteuses de mcanismes de rsistances. Cest sur cette question que cette partie du travail a port en sparant les 3 aspects suivants : consquences pour la sant humaine, flux de mcanismes de rsistance et flux de bactries rsistantes.

I. Y a t-il des consquences de la rsistance bactrienne aux antibiotiques en termes de Sant Publique ?
La mesure des consquences, en termes de morbidit et de mortalit, de la rsistance acquise des bactries aux antibiotiques pose deux types de problmes de nature diffrente. Tout dabord, les enjeux de cette valuation sont extrmement importants puisque indispensables pour argumenter les recommandations susceptibles dtre prises en compte lors des dcisions sanitaires. En effet, dcider de mettre en uvre les actions sanitaires visant matriser cette progression ncessite de situer le problme dans une hirarchie de priorits de sant publique. A ce titre, mesurer la mortalit et la morbidit attribuables la rsistance constitue un lment indispensable cette analyse (Desenclos et al., 2004). Ensuite, les difficults mthodologiques et instrumentales de cette valuation ne doivent pas tre ngliges ; elles sont importantes, pas insurmontables. Elles sont principalement lies : - labsence de sources dinformation permettant de mettre facilement en oeuvre des travaux pidmiologiques visant quantifier les consquences de la rsistance bactrienne lors des infections bactriennes communautaires graves (Annexe 14), - au fait que le risque dinfection nosocomiale bactrie rsistante est en lui mme accru chez les malades dont ltat de sant pralable la survenue de linfection est associ un risque de mortalit accru. 1. Les infections nosocomiales entrocoques et entrobactries Il a t estim que prs de 35% des infections nosocomiales sont associes des bactries multirsistantes (BMR) aux antibiotiques. Certains travaux ont permis de documenter un surcrot de ltalit des infections bactriennes nosocomiales lorsque la bactrie tait rsistante aux antibiotiques. Ce point est illustr par la rsistance la vancomycine des entrocoques (Tableau 26) (Noskin et al., 1995; Shay et al., 1995; Edmond et al., 1996; Papanicolaou et al., 1996; Quale et al., 1996; Stroud et al., 1996; Lautenbach et al., 1997; Mainous et al., 1997; Lucas et al., 1998; Newell et al., 1998; Gleason et al., 1999; Krediet et al., 1999; Lautenbach et al., 1999; Orloff et al., 1999; Bhavnani et al., 2000; Garbutt et al., 2000; Harthug et al., 2000; Kapur et al., 2000; Frohloff, 2001; Vergis et al., 2001; Lodise et al., 2002; Joels et al., 2003). Malheureusement, ces travaux sont peu utilisables dans le contexte franais puisque ces bactries reprsentent moins de 6% des bactrimies nosocomiales en France et sont dans notre pays plus rarement rsistantes aux glycopeptides que dans dautres pays europens et quen Amrique du nord.

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Tableau 26 : Mortalit associe la rsistance la vancomycine lors des infections entrocoque

(Vergis et al., 2001) (Garbutt et al., 2000) (Bhavnani et al., 2000) (Lautenbach et al., 1999) (Lucas et al., 1998) (Mainous et al., 1997) (Stroud et al., 1996) (Shay et al., 1995) Patients Bactrimie (n=398) Bactrimie (n=69) Bactrimie(n=300) Bactrimie (n=260) Bactrimie (n=194) Bactrimie (n=41) Bactrimie (n=145) Bactrimie (n=92) Critres de jugement Mortalit J14 Mortalit lhpital Mortalit J30 Mortalit J30 Mortalit lhpital Mortalit J14 Mortalit lhpital Mortalit lhpital Odd Ratio 2,1 (p=0,02)2 2,1 (p=0,2) 11,74 (p=0,4)2 3,3 (p<0,05)2 2,7(p=0,001)1 (p=0,2)2 2,1 (p=0,06)2 1,3 (p=0,6)1 NS 3,3 (p=0,1)2 Variables dajustement Cancer hmato., APACHE II APACHE II, OFSI Score APACHE II ge APACHE II APACHE II, comorbidit, ge, sexe APACHE II, sexe

1 : analyse univarie 2 : analyse multivarie Concernant les infections nosocomiales associes un bacille Gram-ngatif (prs de 40% des bactrimies nosocomiales en France), peu dtudes documentent de faon rigoureuse les consquences de la rsistance de ces bactries aux antibiotiques. Nanmoins les quelques travaux raliss sur cette question suggrent (i) que la rsistance accrot le caractre pjoratif du pronostic de linfection (Lautenbach et al., 2001), voire en augmente la ltalit (Kim et al., 2002) et (ii) que le pronostic est influenc par la rapidit de mise en uvre du traitement appropri la sensibilit de la bactrie associe linfection (Cisneros et al., 1996; Krcmery et al., 1998; Harbarth et al., 1999; Lee et al., 1999; Vanhems et al., 2000; Astagneau et al., 2001; Lautenbach et al., 2001; Menashe et al., 2001; Petros et al., 2001; Kim et al., 2002; Tsay et al., 2002; Kim et al., 2003; Raymond et al., 2003). Enfin, concernant Pseudomonas aeruginosa, il a t observ que le caractre pjoratif du pronostic tait accru lorsque lapparition dune nouvelle rsistance survenait pendant le traitement antibiotique, alors que rien ne semblait modifi de ce point de vue lorsque la rsistance tait connue avant la mise en uvre de la stratgie thrapeutique (Carmeli et al., 1999; Harris et al., 1999). 2. Les infections zoonotiques Les diarrhes bactriennes zoonotiques de gravit faible ou modre ne sont habituellement pas justiciables dune antibiothrapie. Nanmoins, chez les personnes ges, les patients bactrimiques ou les malades risque de complications tels que les immunodprims ou les personnes ayant une pathologie chronique sous-jacente ou les femmes enceintes, lantibiothrapie peut avoir un bnfice clinique. Dans ces situations, la rsistance aux antibiotiques des bactries responsables de linfection peut conduire des checs thrapeutiques. Cela a t document pour les infections Campylobacter jejuni pour lesquelles il a t observ que la rsistance aux quinolones tait associe une augmentation de la dure de la symptomatologie diarrhique (Smith et al., 1999; Nelson et al., 2004) ainsi qu un risque accru dhospitalisation (Barza et al., 2002) et trs rcemment une augmentation de la mortalit (Helms et al., 2005). Concernant les salmonelles non typhiques, la transmission de lanimal lHomme de souches rsistantes a t documente depuis dj prs de 20 ans (Holmberg et al., 1984). Il a t observ que la rsistance est associe un risque accru de bactrimie, de difficults thrapeutiques, dhospitalisation, une dure dhospitalisation plus longue (Lee et al., 1994; Angulo et al., 2000; Martin et al., 2004; Varma et al., 2005). L'analyse rtrospective de 28 pidmies Salmonella investigues par le CDC a permis de conclure que la rsistance tait associe une plus grande frquence d'hospitalisation et un risque de dcs plus lev que lors des pidmies Salmonella sensibles (Holmberg et al., 1987). Ces conclusions ainsi que des dures d'hospitalisation plus longues ont t confirmes lors d'autres travaux (Lee et al., 1994). Enfin, une tude rcente ralise au Danemark, sur 3000 infections Salmonella Typhimurium microbiologiquement confirmes, ajuste sur l'ge, le

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sexe, la zone gographique et la co-morbidit a permis de conclure que (i) les infections Salmonella Typhimurium taient associes une mortalit accrue et que (ii) la multirsistance, quand elle inclut la rsistance aux quinolones tait un facteur d'augmentation de cette mortalit (Helms et al., 2002). Ces travaux sont particulirement importants parce que quasiment les seuls crdibles d'un point de vue de la mthode pidmiologique. En effet, les auteurs ont travaill sur de larges bases de donnes en utilisant une technique de data-linkage et se sont attachs prendre en compte la comorbidit de faon extrmement rigoureuse. La seule rserve mthodologique potentielle tient la robustesse de l'adquation de l'index de comorbiti prdictif de la morbidit en fonction de l'ge des patients ou en fonction du niveau de co-morbidit. A retenir Limpact sur la sant humaine et notamment sur la ltalit, de la rsistance la vancomycine lors des infections nosocomiales lies aux entrocoques, doit tre considr comme suffisamment document. Mais concernant spcifiquement la France, ce phnomne reste actuellement plutt mineur. Les consquences de la rsistance aux antibiotiques lors des infections S. aureus et lors des infections bactrie Gram-ngatif restent controverses. Nanmoins, plusieurs travaux rendent vraisemblable lhypothse dune augmentation des dures dhospitalisations et de la ltalit lies ces infections. Il est vident que sur ces questions la dynamique de recherche pidmiologique est insuffisante en France. Concernant les infections zoonotiques (infections Salmonella et Campylobacter), les travaux publis, sont susceptibles la fois de remettre en cause les "dogmes" concernant la prescription des antibiotiques lors des diarrhes bactriennes, notamment chez les personnes les plus fragiles, et constituent un des arguments actuellement les plus solides pour incriminer l'usage des antibiotiques chez l'animal comme tant susceptible d'avoir un impact sur la mortalit. Nanmoins, lextrapolation la France de rsultats issus du Danemark (pour la plupart dentre eux) est ncessairement hasardeuse et il est en France actuellement impossible de quantifier raisonnablement et de suivre sur le temps, les consquences de la rsistance aux antibiotiques chez ces pathognes. Pour autant, rien ninterdit dun point de vue technique quen France soient mis en uvre des travaux comparables ceux du Danemark, en sappuyant notamment sur les CNR Salmonella et Campylobacter et sur les autres bases de donnes sanitaires franaises. Il est indispensable de mettre en uvre de tels travaux. A dfaut de sengager sur cette voie, nous risquerions dans le futur dtre surpris par la publication dautres travaux pidmiologiques trangers venant confirmer ceux de lquipe de K. Molbak, sans pouvoir amener de rponse spcifique la population franaise.

II. A-t-on la preuve que des gnes de rsistance ont t acquis par les bactries humaines partir de bactries animales ?
La rsistance aux antibiotiques peut-tre inhrente une espce ou un genre bactrien (rsistance naturelle ou intrinsque). Par contre, la rsistance peut tre acquise par certaines souches chez une espce habituellement sensible lantibiotique considr. Cette acquisition peut-tre lie une mutation dun gne dj prsent chez la bactrie ou lacquisition dun nouvel ADN port par un lment mobile, plasmide ou transposon. Le risque de transfert de gnes de rsistance de bactries vivantes (ou mme mortes) prsentes chez lanimal ou dans lalimentation, des bactries pathognes de lhomme est li en partie aux bases gntiques de la rsistance. La rsistance intrinsque et la rsistance par mutation sont supposes prsenter un risque minimum de dissmination de gnes, alors que les rsistances acquises portes par des lments gntiques mobiles sont considres comme ayant un fort potentiel de dissmination. Cependant, la notion de chromosome stable et fix, que lon opposerait un compartiment de gnes mobiles, nest pas le reflet de ce que lanalyse des gnomes bactriens squencs nous a appris. La plasticit des chromosomes bactriens est en effet tonnante. Par exemple, lanalyse du gnome de Enterococcus faecalis V583 rsistant la

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vancomycine, rcemment squenc (Paulsen et al., 2003), nous montre que le chromosome de cette souche est constitu pour plus dun quart dADN tranger, dont un grand nombre de plasmides intgrs et de gnes de rsistance. En dautres termes, les rsistances portes par des lments mobiles peuvent intgrer le gnome dune espce bactrienne qui en tait dpourvu auparavant, sy stabiliser et contribuer ainsi ladaptation de cette espce son environnement. Ainsi, lchange dADN entre bactries, mme loignes sur le plan gntique, grce la conjugaison plasmidique, la transposition et la transformation est un phnomne naturel qui fait partie probablement des mcanismes dvolution du vivant. Il faut aussi considrer que nimporte quel gne responsable de rsistance intrinsque ou mut peut plus facilement dissminer (cest dire tre transfr dautres bactries) quand il est encadr sur le chromosome par des squences dinsertions qui le mobilisent . Il peut aussi tre export par un bactriophage ou un plasmide auto-transfrable intgr dans le chromosome. Un exemple bien connu de gnes plasmidiques ayant une origine chromosomique est celui de certains gnes plasmidiques de rsistance aux antibiotiques qui ont pour origine les micro-organismes producteurs dantibiotiques (prsents dans le sol). Ces gnes permettent la survie des micro-organismes qui produisent les antibiotiques. Historiquement, ces gnes sont considrs aujourdhui comme la source principale des gnes de rsistance plasmidiques dissmins chez les bactries pathognes. Les paragraphes ci-dessous prsentent un bilan des principaux gnes de rsistance caractriss chez des bactries isoles en mdecine humaine ou en levage qui ont t dcrits sur des supports mobiles pouvant tre impliqus dans la diffusion de gnes de rsistance entre lanimal et lhomme. Seuls ont t considrs les gnes susceptibles de confrer une rsistance lgard des antibiotiques utiliss en thrapeutique humaine et les couples gnes de rsistance/antibiotiques pour lesquels on disposait de suffisamment dinformation. 1. Flux de gnes chez les bactries Gram-positif 1.1. Gnes de rsistance aux bta-lactamines Les gnes de rsistance aux bta-lactamines dtects chez les staphylocoques et les entrocoques isols chez lhomme et les animaux sont prsents dans les tableaux 27 et 28. La rsistance aux bta-lactamines chez les bactries Gram-positif est due soit la production de pnicillinase inactivant les pnicillines et code par les gnes de classe blaZ, soit la prsence de PLP (Protines-liant la-Pnicilline cibles des bta-lactamines) daffinit rduite pour ces antibiotiques. La rsistance aux pnicillines par production de pnicillinase a dabord t rapporte chez les souches de staphylocoques dorigine humaine. Elle est apparue peu aprs les premires utilisations de pnicilline G chez lhomme dans les annes 1940 et cette mergence a t clairement relie lutilisation humaine de lantibiotique. La frquence des souches productrices de pnicillinase, au dpart nulle, est devenue leve en quelques annes pour se stabiliser 70-85%, chiffre toujours observ actuellement. Cette frquence leve est lie la dissmination de grands plasmides portant le gne blaZ se propageant dans diffrents clones de Staphylococcus aureus. Par la suite, des souches dorigine animale se sont avres aussi produire des pnicillinases, quoique moins frquemment que les souches humaines. Il a t montr que des gnes blaZ quasi-identiques par leur squence taient dtects chez les souches humaines et animales (Yazdankhah et al., 2000; Aarestrup et al., 2002a). Lhistoire de blaZ a connu un rebondissement en 1983 puisque ce gne a t alors dtect pour la premire fois chez une souche de E. faecalis productrice de pnicillinase (Murray et al., 1983). La chronologie de lmergence chez lentrocoque et lidentit de la squence du gne blaZ codant pour cette pnicillinase avec celle de S. aureus suggrent fortement une origine de la rsistance chez les staphylocoques. Dautres souches de E. faecalis et une souche de E. faecium productrices de pnicillinase ont t dcrites depuis mais nont que

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peu dissmin, restant confines quelques hpitaux des USA, dArgentine et du Liban sans jamais tre rapportes en Europe. Aucune souche animale na t rapporte, mais cette rsistance est difficile dceler et elle peut tre sous-estime. Dans le cas du gne blaZ, il ny a aucun argument pour suggrer une origine du gne chez une souche dorigine animale. Il sagit plutt dune propagation lchelon mondial de plasmides portant le gne blaZ, trs vraisemblablement prsents initialement chez des souches slectionnes par la pnicilline G chez lhomme. La rsistance aux bta-lactamines par modification des PLP. Les PLP (protines liant la pnicilline) sont des enzymes membranaires impliques dans la synthse de la paroi bactrienne et sont les cibles des bta-lactamines. Une modification des PLP peut entraner une rsistance qui est alors croise entre lensemble des bta-lactamines. Cette rsistance existe chez les staphylocoques, les entrocoques et certains streptocoques (dont le pneumocoque) mais est sous-tendue par des mcanismes diffrents, ce qui ncessite dexaminer chacun de ces genres bactriens. La rsistance la mticilline des staphylocoques est due la prsence du gne mecA chez les souches dorigine humaine aussi bien chez les staphylocoques coagulase-ngative que chez S. aureus. Ce gne code pour une nouvelle PLP, dite PLP2a, additionnelle, de faible affinit pour les bta-lactamines et permet la synthse de la paroi en prsence de ces antibiotiques qui inhibent les autres PLP. La rsistance concerne essentiellement les S. aureus acquis en milieu hospitalier (en moyenne 20-30% des souches isoles en hpital en France). Ces souches sont souvent multirsistantes dautres antibiotiques, en particulier aux quinolones et constituent un problme majeur de Sant Publique. En dehors des hpitaux, elles sont plus rarement isoles, bien que des souches communautaires mticillino-rsistantes soient rapportes depuis peu en France et dans plusieurs pays (Vandenesch et al., 2003). Le gne mecA serait dorigine extrinsque S. aureus puisquil semble provenir dun homologue prsent constamment chez Staphylococcus sciuri mais peu ou pas exprim chez cette espce (Wu et al., 1996; Couto et al., 2003). Cette espce est trs rpandue dans lenvironnement puisquelle a t retrouve sur la peau de divers animaux de fermes, de marsupiaux, de rongeurs, doiseaux, de mammifres marins et plus rarement chez lhomme et les animaux de compagnie (Kloos et al., 1997). Cependant, cette acquisition ne serait pas rcente, les squences des gnes mec de S. aureus et de S. sciuri ntant identiques qu 79,5%. Elle ne rend en tout cas pas compte de la grande frquence des S. aureus mticillino-rsistants en milieu hospitalier dont la dissmination est attribue des phnomnes pidmiques intra-hospitaliers contrlables essentiellement par des mesures dhygine et de matrise de consommation dantibiotiques (Lelievre et al., 1999). La situation chez lhomme contraste avec la situation chez les animaux de ferme o les staphylocoques rsistants la mticilline sont peu frquemment isols. En France, parmi 144 souches de staphylocoques coagulase positive isoles en filire bovine, aucune ntait rsistante loxacilline (Afssa-b, 2002). Dans dautres pays, les taux de rsistance apparaissent aussi trs bas. Aucun staphylocoque nest porteur du gne mecA parmi ceux isols de volaille, porc et bovins en Hongrie en 2001 (Kaszanyitzky et al., 2003). En Belgique, aucun staphylocoque mecA+ parmi ceux isols de mammite de vache laitire (Devriese et al., 2002). En Italie, 8 souches de S. aureus sur 24 isoles chez le mouton taient rsistantes loxacilline mais ne possdaient pas le gne mecA (Corrente et al., 2003). Par contre, des souches mecA+ sont dcrites en Extrme-Orient : 15 souches parmi 421 S. aureus isols en 2001-2003 de bovins, porc et poulet en Core contenaient le gne mecA (Lee, 2003) et des souches de S. sciuri mecA+ ont t isoles chez le cheval et le poulet sains au Japon (Kawano et al., 1996; Yasuda et al., 2002). Il est signaler que des cas isols dinfection S. aureus mecA+ ont t rapports chez des animaux de compagnie (Gortel et al., 1999; van Duijkeren et al., 2003). La diffusion du gne mecA semble limite la famille des Staphylococcacceae puisquil na jamais t rapport dans dautres familles.

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En conclusion, lacquisition et la dissmination du gne mecA chez les souches de S. aureus humaines en milieu hospitalier ou plus rcemment dans la communaut (Vandenesch et al., 2004) napparaissent pas avoir pour origine les animaux. La rsistance aux pnicillines chez les entrocoques. La rsistance acquise aux pnicillines a t rapporte chez Enterococcus faecium et dautres espces rarement isoles chez lhomme, Enterococcus hirae et Enterococcus raffinosus (Fontana et al., 1996). Beaucoup de souches de E. faecium isoles chez lhomme sont rsistantes aux pnicillines (Fontana et al., 1996). Elles hyperproduisent une PLP5 de faible affinit pour les pnicillines et des mutations de cette PLP5 augmentent encore les niveaux de rsistance (Sifaoui et al., 2001). Cette rsistance est en principe non transfrable. Cependant, il a t dcrit chez une souche de E. faecium isole chez lhomme aux USA un transposon portant le gne de rsistance vanB et un gne pbp5 codant pour cette PLP de faible affinit (Carias et al., 1998). Plusieurs souches dorigine humaine ont t trouves porteuses de ce transposon aux Etats-Unis (Hanrahan et al., 2000). Par ailleurs, des auteurs belges (Raze et al., 1998) ont montr chez une souche de E. hirae isole chez le porc quun gne pbp3r, diffrent du prcdent, codant pour une PLP de faible affinit tait prsent sur un plasmide o il corsidait avec des gnes de rsistance aux macrolides et aux aminosides. Du fait de lidentit de ce gne avec le gne pbp3r de E. faecium, ces auteurs ont mis lhypothse que le gne pbp3r aurait t transfr du chromosome de E. faecium et insr dans un plasmide de E. hirae. Il na pas t rapport dautre souche dorigine humaine ou animale avec une telle rsistance. Il ny a donc pas dargument pour un transfert de lanimal lhomme et rciproquement. La rsistance aux pnicillines chez les streptocoques oraux et les pneumocoques. Alors que les streptocoques du groupe A (Streptococcus pyogenes) et les streptocoques du groupe B (Streptococcus agalactiae) qui sont des pathognes importants en mdecine humaine nont pas de rsistance acquise aux pnicillines, les streptocoques commensaux de la flore buccale humaine et les pneumocoques prsentent frquemment une sensibilit diminue aux bta-lactamines (plus de 50% des souches pour le pneumocoque en France). Le mcanisme de la rsistance est une modification des PLP de ces bactries qui se prsentent alors sous forme de PLP mosaques . Ces PLP mosaques rsultent de recombinaison entre les PLP de la bactrie et des PLP rsistantes codes par de lADN acquis par transformation probablement. Il a t montr que les PLP mosaques de pneumocoques rsultaient dacquisition dADN de streptocoques oraux eux-mmes rsistants aux btalactamines. La haute prvalence de pneumocoques de sensibilit diminue aux pnicillines chez lhomme est actuellement essentiellement explique par la dissmination de clones rsistants (McGee et al., 2001). Chez les animaux, il nest pas rapport de streptocoques de sensibilit diminue. Cependant les streptocoques commensaux des animaux ont t peu tudis. Globalement, il ny a pas darguments pour une origine de la rsistance aux pnicillines des streptocoques chez les bactries animales. En conclusion, pour la rsistance aux bta-lactamines, quel que soit son mcanisme, il nexiste pas dargument pour une origine des dterminants gntiques de la rsistance chez les souches dorigine animale. Tableau 27 : Gnes de rsistance transfrables aux bta-lactamines chez les staphylocoques.
Rsistance Pnicillines Mticilline et autres btalactamines Mcanisme Modification enzymatique Modification de cible Gne de rsistance blaZ mecA Rsistance des staphylocoques isols chez lhomme (Rfrence) (Novick et al., 1979) (Matsuhashi et al., 1986) Rsistance des staphylocoques isols chez les animaux (Animal et rfrence) S. hyicus de porc (Aarestrup et al., 2002a) staphylocoques bovins (Yazdankhah et al., 2000) Exceptionnel (Afssa-b, 2002; Devriese et al., 2002; Yasuda et al., 2002; Corrente et al., 2003; Kaszanyitzky et al., 2003; Lee, 2003)

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Tableau 28 : Gnes de rsistance transfrables aux bta-lactamines chez les entrocoques

Rsistance Mcanisme Gne de rsistance blaZ pbp5 pbp3 Rsistance de lhomme Espce bactrienne E. faecalis (rare chez E. faecium) E. faecium Non rapport souches isoles chez Rfrence (Murray et al., 1983) (Carias et al., 1998; Hanrahan et al., 2000) Non rapport Rsistance de souches isoles chez lanimal Espce Rfrence bactrienne (Animal) Non rapport Non rapport Non rapport E. hirae Non rapport (Raze et al., 1998) (Porc)

Pnicilline G Btalactamines

Pnicillinase Modification de cible

1.2. Gnes de rsistance aux macrolides. Les gnes de rsistance aux macrolides dtects chez les staphylocoques, les entrocoques et les streptocoques isols chez lhomme et les animaux sont prsents dans les tableaux 29 et 30. La rsistance aux macrolides est essentiellement lie la modification du ribosome, cible de ces antibiotiques par des mthylases. Ces enzymes sont codes par des gnes plasmidiques ou transposables dnomms erm et distingues en plusieurs familles selon leur degr didentit. Chez les bactries isoles chez lhomme, les principaux gnes en cause appartiennent aux classes erm(A) (et sa sous-famille erm(TR), erm(B) et erm(C) (Leclercq, 2002). Ces gnes ont t rapports chez des souches humaines de staphylocoques, streptocoques et entrocoques. Il nexiste pas de spcificit de genre ou despce bactrienne mais plutt une distribution prfrentielle des classes de gnes erm chez certains genres, erm(A) et erm(C) chez les staphylocoques (Lina et al., 1999), et erm(B) et erm(TR) chez les streptocoques et entrocoques (Leclercq, 2002). La rsistance peut aussi tre due la prsence des gnes msr(A) chez les staphylocoques et mef(A) chez les streptocoques et entrocoques qui codent probablement pour des pompes defflux actif de lantibiotique. Ce type de rsistance est en France nettement moins frquent que le prcdent (Bingen et al., 2004) ; (Decousser et al., 2004). Chez les pneumocoques dans le sous-continent nord-amricain, il est le plus frquent (Brown et al., 2004). Les gnes erm sont aussi trs frquents chez les animaux dlevage et leurs produits. Les publications sont nombreuses et ne peuvent tre toutes dtailles. A titre dexemple, on peut signaler que des staphylocoques dors ou coagulase-ngative hbergeant erm(A), erm(B), erm(C) ont t isols des amygdales et des cavits nasales de porcelets nayant pas reu de macrolides en Belgique et au Danemark (Martel et al., 2003a), de volailles et litires de volaille aux USA (Khan et al., 2000a; Khan et al., 2002), erm(B) chez des lactobacilles isols de saucisses (Gevers et al., 2003). Dune faon gnrale, erm(B) et erm(C) apparaissent plus frquents que erm(A) chez les staphylocoques animaux. Le gne msr(A) a aussi t isol de staphylocoques de volailles aux USA (Khan et al., 2000a) et de divers animaux au Royaume-Uni (Eady et al., 1993) et le gne mef(A) dentrocoques isols de caeca de pigeons en Belgique et de poulets en France (Petsaris et al., 2005) et de streptocoques de la flore naso-pharynge des porcelets (Martel et al., 2003a). Quand ils ont t tudis, les plasmides de rsistance apparaissaient diffrents par plusieurs caractristiques de ceux isols chez les souches humaines (Khan et al., 2000b). Dans une tude comparative de staphylocoques isols chez lhomme et les animaux au Royaume-Uni, Eady et al. (Eady et al., 1993) ont montr que erm(B) est trouv exclusivement chez des isolats animaux de Staphylococcus intermedius, S. xylosus et S. hyicus, mais pas chez les staphylocoques coagulase-ngative dorigine humaine. Une tude franaise trs rcente (Perrin-Guyomard et al., 2005) a montr que parmi les bactries prsentes dans le lait pasteuris et rsistantes lrythromycine, seulement deux souches de staphylocoques coagulase-ngative sur 28 tudies portaient un gne connu de rsistance lrythromycine, en loccurrence erm(C).

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Le gne erm(B) est trs rpandu chez les streptocoques et entrocoques dorigine animale. Les publications sont trop nombreuses pour tre toutes cites. Chez un entrocoque isol de saucisse, le plasmide de rsistance portant erm(B) tait en grande partie apparent pIP501, plasmide dentrocoque rapport chez lhomme (Teuber et al., 2003). Chez les entrocoques, il a t aussi montr des changes ou une origine commune de gne erm(B), associs au gne de rsistance aux glycopeptides vanA, entre souches humaines et animales (Aarestrup et al., 2000b). La rsistance lrythromycine due erm(B) est galement frquente chez les souches pathognes pour les animaux : parmi 87 Streptococcus suis isols chez des porcs malades en Belgique, 71% taient rsistants aux macrolides et portaient ce gne (Martel et al., 2001). La squence dun fragment de ce gne chez 8 souches sest montre compltement identique celle du gne erm(B) de pneumocoques et de streptocoques du groupe A humains. erm(C) a t aussi dtect chez S. suis de porcs norvgiens (Wasteson et al., 1994). Enfin, les gnes defflux ont t rapports chez les bactries des animaux et de leurs produits : msr(A) chez des staphylocoques isols de viande et de saucisses (Perreten et al., 1998) et le gne mef(A) chez des entrocoques (Enterococcus columbae et E. faecium) isols chez la volaille et le poulet (Kimpe et al., 2004; Petsaris et al., 2005 ). Au total, les gnes erm et galement dans une moindre mesure les gnes responsables defflux actif des macrolides sont largement partags par les souches de staphylocoques, streptocoques et entrocoques de lhomme et des animaux mais la proportion relative des diffrentes classes apparat diffrente. Bien quil nait pas t rapport, bien au contraire, didentit entre les plasmides de staphylocoques isols chez les souches danimaux dlevage et humaines, le transfert in vitro, notamment conjugatif, des gnes erm(A) et erm(C) entre souches de staphylocoques isoles de volailles et souches humaines a t montr (Khan et al., 2000a). Pour les entrocoques isols chez lhomme, les animaux et des aliments, il a t montr que des plasmides portant erm(B) sont en partie identiques par leur squence (Teuber et al., 2003), ce qui indique lexistence dchanges actifs via ces vecteurs entre bactries animales et humaines. Tableau 29 : Gnes transfrables de rsistance aux macrolides prsents chez les staphylocoques isols chez lhomme et les animaux.
Rsistance Erythromycine Mcanisme Gne de rsistance de erm(A), erm(B), erm(C) msr(A) mef(A) Rsistance de staphylocoques isols chez lhomme Rfrence (Lina et al., 1999) (Lina et al., 1999) (Luna et al., 2002) (exceptionnel) Rsistance de staphylocoques isols chez les animaux Animal et rfrence Divers animaux (Eady et al., 1993; Khan et al., 2000b; Khan et al., 2002; Martel et al., 2003b) Divers animaux dont volaille. (Eady et al., 1993; Perreten et al., 1998; Khan et al., 2000b) (aliments)

Modification cible Efflux

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Tableau 30 : Gnes transfrables de rsistance aux macrolides prsents chez les streptocoques et entrocoques isols chez lhomme et lanimal
Rsistance Erythromycine Mcanisme Gne de rsistance erm(A) [erm(TR)] erm(B), erm(C) Rsistance chez les souches isoles chez lanimal Espce Rfrence (Animal, bactrienne aliment) (Martel et al., 2001 ; Divers entrocoques Martel et al., 2003b) et (porc) ; streptocoques (Teuber et al., 2003) (saucisse) ; (Khan et al., 2002) (litire volaille) Streptocoques, (Leclercq, 2002) Entrocoques (Petsaris et al., 2005) entrocoques (revue) (poulet) ;(Kimpe et al., 2004) (pigeon) Rsistance chez les souches isoles chez lhomme Espce Rfrence bactrienne Divers (Leclercq, 2002) entrocoques (revue) et streptocoques

Modification de cible

Efflux

mef(A)

1.3. Gnes de rsistance aux streptogramines Les streptogramines sont constitues dune association de deux facteurs, A (virginiamycine M, pristinamycine II, dalfopristine) et B (virginiamycine S, pristinamycine S, quinupristine). Les gnes de rsistance aux deux facteurs A et B des streptogramines sont montrs dans le tableau 31. Chez lhomme, en France, la pristinamycine et de faon marginale, la quinupristinedalfopristine (driv injectable) sont utilises alors que chez les animaux, seule la virginiamycine a t utilise comme facteur de croissance et arrte en Europe en 2000. Pour les staphylocoques, la rsistance aux streptogramines a t beaucoup plus tudie chez les bactries humaines que chez celles des animaux. Cette rsistance est due des associations denzymes, en particulier des enzymes qui inactivent les deux facteurs qui composent les streptogramines (gnes vat et vgb) et un efflux actif (gnes vga) du facteur A des streptogramines (Tableau 31). La premire description de staphylocoque dor rsistant aux streptogramines par inactivation du facteur M de la virginiamycine a t faite par des vtrinaires belges (De Meester et al., 1976) suivie de peu par des observations de souches en mdecine humaine (Dublanchet et al., 1977). Chez lhomme, la rsistance est rare, infrieure 1% pour les souches de staphylocoques dors mticillino-sensibles et entre 5 et 10% pour les souches mticillino-rsistantes (Leclercq et al., 2003). Elle semble galement peu frquente chez les souches animales et les gnes de rsistance sont mal connus. Parmi 467 S. hyicus isols de dermatites du porc au Danemark, seuls 4 taient rsistants aux streptogramines et aucun gne connu de rsistance na pu tre dtect chez ces souches (Aarestrup et al., 2002a). La rsistance aux streptogramines a t galement tudie chez les entrocoques humains du fait de la commercialisation de la streptogramine injectable quinupristine-dalfopristine destine notamment au traitement des infections E. faecium multirsistants la vancomycine et aux autres antibiotiques. Lutilisation de la virginiamycine aux USA et en Europe jusquen 2000 comme promoteur de croissance a incit, dans une dmarche similaire celle concernant le rle de lavoparcine dans la transmission de lanimal lhomme dentrocoques rsistants la vancomycine, tudier les entrocoques animaux rsistants aux streptogramines. Un certain nombre de donnes sont donc disponibles. Quelles sont-elles ? Le gne vat(D) (ex-satA) a t initialement dcel chez une souche de E. faecium isole chez un patient hospitalis en France (Rende-Fournier et al., 1993). Ce gne a ensuite t trouv chez des souches dorigine animale (Hammerun et al., 1998; Werner et al., 2000). Le gne vat(E) (anciennement satG) a t initialement dcel chez une souche de E. faecium isole de litire danimaux en Allemagne (Werner et al., 1999) et ensuite des souches isoles de carcasses, danimaux et dhumains aussi bien en milieu extra-hospitalier quen hpital (Aarestrup et al., 2000c; Soltani et al., 2000 ; Werner et al., 2000; Petsaris et al., 2005). En Europe, vat(E) apparat plus frquent que vat(D), aussi bien chez lhomme que

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chez les animaux. Aux Etats-Unis, seul vat(E) a t dcel chez des souches de E. faecium de poulets, de dindes, et chez une souche de E. faecalis dorigine animale et galement, une fois, chez un humain (Donabedian et al., 2001; Perri et al., 2002; Simjee et al., 2002). En conclusion, comme prcdemment pour les macrolides, les donnes disponibles indiquent lexistence dchanges actifs de gnes de rsistance aux streptogramines entre bactries animales et humaines. Cependant, lorigine animale, humaine ou mixte de ces transferts de rsistance nest pas identifie. Tableau 31 : Gnes confrant la rsistance aux streptogramines rapports chez les souches dorigine animale ou humaine (ces gnes sont souvent associs dans les souches rsistantes) (modifi daprs (Hershberger et al., 2004)).
Facteur de streptogramine Streptogramine A (pristinamycine II, dalfopristine, virginiamycine M) Genre ou espce Staphylococcus Gne de rsistance vga(A), vga(B) vat(A),vat(B),vat(C)** vat(D), vat(E) vat(E) msr(A), msr(B) vgb(A), vgb(B) ** erm(A),erm(B),erm(C) msr(C) Mcanisme de rsistance Pompe defflux * Actyltransfrase Actyltransfrase Actyltransferase Pompe defflux * Lyase Mthylase ribosomale Pompe defflux *

Streptogramine B (pristinamycine I, quinupristine, virginiamycine S)

Enterococcus faecium Enterococcus faecalis Staphylococcus

Enterococcus

* Mcanisme probable de rsistance ** vat(A) et vgb(A) ont t rarement dcels chez E. faecium. 1.4. Gnes de rsistance aux aminosides Les infections svres staphylocoques, entrocoques ou streptocoques chez lhomme sont traites par des associations dantibiotiques inhibiteurs de la synthse de la paroi bactrienne (pnicillines ou vancomycine) et daminosides, en particulier la gentamicine, du fait de la synergie daction bactricide de ces associations. Les enzymes de rsistance aux aminosides dcrites chez les bactries Gram-positif, appartiennent trois classes, phosphotransfrases, les nuclotidyltransfrases et les actytransfrases. Chacune de ces enzymes a un profil de substrat particulier et confre un phnotype de rsistance spcifique pour certains aminosides. Trois gnes sont principalement responsables de rsistance aux aminosides utiliss pour le traitement dinfections, apha-3, aad4 et aph(2)-le-aac(6)-la. Ces gnes sont distribus avec des frquences diffrentes chez les streptocoques, entrocoques et staphylocoques isols chez lhomme. Lidentit presque complte de leur squence quel que soit lhte indique quils circulent entre ces genres bactriens. Ces gnes sont galement prsents chez les souches de staphylocoques dorigine animale (Schwarz et al., 1996; Lange et al., 2003; Goni et al., 2004) et peuvent tre ports par des transposons du mme type que ceux retrouvs chez lhomme (Tn4001) (Lange et al., 2003). Si ceci indique une circulation des gnes de rsistance et des transposons qui les portent, nous navons pas dindication sur le sens de circulation de ces dterminants gntiques. Chez les entrocoques, outre les gnes mentionns ci-dessus, dautres circulent responsables de rsistance la gentamicine , aph(2")-Ib, aph(2")-Ic et aph(2")-Id. Ces gnes sont rpandus chez les souches animales et sont rarement dcels chez les souches dentrocoques isoles chez lhomme (Chow et al., 1997; Tsai et al., 1998; Khao et al., 2000; Donabedian et al., 2003). Cependant le gne aph(2")-le-aac(6)-la prsent galement chez les staphylocoques rsistants la gentamicine est le plus rpandu. Il est responsable en France des 12 15% de rsistance de haut niveau la gentamicine rencontres chez les souches dorigine humaine (Pangon et al., 1999; Jones et al., 2003). Ce gne est aussi prsent aux USA chez des entrocoques isols de viandes (poulet, porc, dinde) et de selles de lhomme. Il apparat difficile de distinguer la circulation de gnes de la circulation de

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souches. En effet, ltude de souches nord-amricaines isoles de nourriture (porc) et chez lhomme a montr une grande diversit gntique des souches. Cependant, une souche humaine et 18 souches porcines de E. faecalis isoles dans le Michigan qui avaient le gne aph(2")-le-aac(6)-la avaient des profils de restriction en champ puls similaires et 2 E. faecalis de lOregon (1 humain et 1 de poulet) avaient des profils identiques (Donabedian et al., 2003), ce qui suggre des changes de bactries sans indiquer lorigine de la rsistance. Il faut noter que en France, seule 1 sur 81 souches de E. faecium isoles de bovins tait rsistante de haut niveau la gentamicine en 2002 et moins de 1% des souches isoles chez le poulet et le porc (Afssa-b, 2002). 1.5. Gnes de rsistance aux ttracyclines Les rsistances aux ttracyclines sont dues aux gnes tet qui codent soit pour des protines de protection du ribosome (cible des ttracyclines) [chez les staphylocoques, surtout les gnes tet(M) et chez dautres espces les gnes tet(O), tet(S), tet(W) etc..], soit pour des pompes defflux [gnes tet(K) et tet(L)]. Les souches humaines et animales se partagent ces gnes ; en France, tet(M) apparat le plus frquent chez les souches de S. aureus humaines suivis par tet(K) et tet(L) (Bismuth et al., 1990). Le transposon Tn916 portant le gne tet(M) est particulirement rpandu chez les entrocoques isols chez lhomme et de fromages (Bentorcha et al., 1992). Chez les animaux, ces gnes sont ubiquitaires : en particulier, tet(K) et tet(L) ont t rapports chez des souches de S. hyicus responsables dpidermites chez le porc (Aarestrup et al., 2002a), tet(K) chez des souches de rongeurs (Hauschild et al., 2003) et isoles de fromages (Perreten et al., 1998) et tet(M) chez la volaille au Danemark (Aarestrup et al., 2000b). Chez les entrocoques isols chez les animaux, y compris les poissons dlevage, ce gne est aussi rpandu (Aarestrup et al., 2000b; Petersen et al., 2003 ; Petsaris et al., 2005). Dans une collection de 187 entrocoques isols de fromages europens essentiellement italiens, grecs et irlandais (Huys et al., 2004) les gnes de rsistance aux ttracyclines prsents taient tet(M) (n = 43), tet(L) (n = 16) et tet(S) (n = 1) et une association de tet(M) and tet(L) chez 15 souches. Toutes les souches contenant tet(M) avaient un transposon de type Tn916. Il faut aussi mentionner la prsence de lactobacilles conten ant le g ne tet ( M ) d a n s l e s s a u c i s s e s , a p r s l e p r o c e s s u s d e ferme ntati on (Ge v ers et al ., 2 003). 1.6. Rsistance aux glycopeptides Deux glycopeptides sont utiliss chez lhomme, la vancomycine et la teicoplanine, essentiellement dans les cas de multirsistance aux antibiotiques ou dintolrance. Cest lmergence de la rsistance aux glycopeptides chez les entrocoques qui a donn une dimension publique la question de la transmission des rsistances des bactries animales aux bactries humaines et conduit larrt en Europe de lutilisation de lavoparcine comme facteur de croissance en 1997. Initialement, lmergence chez lhomme en 1986 de souches de E. faecium rsistantes non seulement la vancomycine mais aussi aux autres antibiotiques, ne laissant plus de possibilits thrapeutiques, a t un vnement majeur. La constatation que cette rsistance tait plasmidique et facilement transfrable in vitro dautres espces bactriennes, y compris S. aureus, a fait anticiper une dissmination de cette rsistance dautres espces bactriennes plus pathognes (Leclercq et al., 1988; Leclercq et al., 1989; Noble et al., 1992). Cette prdiction sest vrifie par lisolement en clinique dautres espces ayant acquis les gnes dentrocoques, Cellulomonas turbata, Arcanobacterium hemolyticum, Bacillus circulans et Streptococcus bovis (Power et al., 1995; Fontana et al., 1996; Poyart et al., 1997). Plus rcemment, 3 cas de staphylocoques dors ayant acquis les gnes de rsistance de lentrocoque et isols en clinique ont t rapports des USA (Chang et al., 2003; Clark et al., 2005). Les controverses sur la possibilit de transmission de gnes et de souches rsistantes la vancomycine de lanimal lhomme sont nes de lobservation disolements des souches dentrocoques rsistantes la vancomycine de selles de personnes porteuses saines, danimaux de la ferme et de lenvironnement par des auteurs anglais (Bates et al., 1994) puis allemands, danois et hollandais (Klare et al., 1993). Le rle slectionnant de lavoparcine, un glycopeptide utilis comme promoteur de croissance a alors t discut.

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La rsistance acquise aux glycopeptides existe aussi chez les staphylocoques mais son mcanisme diffrent ( part les 3 souches de staphylocoques mentionnes plus haut) fait prsenter ci-dessous sparment les deux problmes. Gnes de rsistance aux glycopeptides chez les entrocoques La rsistance acquise aux glycopeptides a merg surtout chez E. faecium, mais aussi chez plusieurs autres espces dentrocoques, dont E. faecalis. La rsistance aux glycopeptides est lie la synthse par la bactrie de prcurseurs de paroi daffinit trs rduite pour les glycopeptides (avoparcine, teicoplanine et vancomycine). Cette nosynthse est possible grce la coopration de plusieurs gnes ports par des plasmides ou des transposons. Plusieurs oprons ont t ainsi caractriss qui sont responsables de la synthse de prcurseurs de la paroi se terminant en D-lactate (oprons vanA, vanB, vanD) ou en D-srine (vanE, vanG) au lieu de prcurseurs de forte affinit pour les glycopeptides se terminant en D-alanine. Cette rsistance est rare en France o son incidence est infrieure 1% (Pangon et al., 1999) part des pisodes dpidmies (Garnier et al., 2004b). Cependant, des pidmies dues des souches rsistantes la vancomycine ont t rapportes aux Etats-Unis et au Royaume-Uni. Aux Etats-Unis, 17 25% des entrocoques sont rsistants aux glycopeptides. Il faut signaler que lavoparcine na jamais t utilise dans ce pays. Les souches appartiennent surtout lespce E. faecium, sont souvent co-rsistantes aux pnicillines et sont frquemment de type vanA et parfois de type vanB. Les autres types sont rarement rencontrs. Le type vanA confre une rsistance inductible croise entre vancomycine, teicoplanine et avoparcine alors que le type vanB ne confre une rsistance qu la vancomycine et non lavoparcine et la teicoplanine qui ne sont pas inducteurs de la rsistance. Des mutants constitutifs vanB rsistants aux 3 glycopeptides peuvent cependant tre isols. Il est important de diffrencier ces types acquis de rsistance de la rsistance naturelle la vancomycine (vanC) identifie chez les souches de E. gallinarum et E. casseliflavus rarement isoles chez lhomme et peu pathognes. Le caractre transfrable de la rsistance aux glycopeptides des entrocoques d'autres bactries Gram-positif comme les Listeria, les streptocoques et surtout S. aureus a t dmontr in vitro (Leclercq et al., 1988; Noble et al., 1992). Plus rcemment, trois souches de S. aureus ayant acquis une rsistance plasmidique de type vanA ont t rapportes aux Etats-Unis (Weigel et al., 2003; Tenover et al., 2004; Whitener et al., 2004). Parmi 556 chantillons fcaux prlevs en 1996 de veaux aux Pays-Bas, 4 souches de Streptococcus gallolyticus (ex-bovis I et IIa) rsistantes la vancomycine et contenant les gnes vanA ou vanB ont t isoles (Mevius et al., 1998). Lchange de bactries rsistantes entre animaux et humains a t document sur la base de comparaison de profils de restriction des ADN totaux dentrocoques analyss par lectrophorse en champ puls (van den Bogaard et al., 2002a; Manson et al., 2003). Les limites de ces comparaisons sont les limites de la mthode qui analyse seulement une vingtaine ou une trentaine de fragment de restriction et montre plus labsence de diffrence que lidentit. Plus convaincantes sont les tudes traant les gnes de rsistance au niveau molculaire. Ainsi, des tudes gnotypiques du transposon Tn1546 portant vanA ont montr lexistence de variants du gne vanX faisant partie de ce transposon avec une mutation G chez les souches de volaille et T chez les souches de porc, G et T chez les souches humaines (Jensen, 1998). Des gnotypes vanA ont donc t trouvs identiques chez lhomme, le porc et le poulet (Aarestrup et al., 2000b). Le mme type de rsultats a t obtenu au Royaume-Uni (Woodford et al., 1998). Par contre, en Core, les types sont diffrents entre souches humaines (35 souches) et de la volaille (20 souches) (Yu et al., 2003). Rcemment, les gnotypes de souches dentrocoques de type vanA isoles chez des patients japonais (8 souches) et de poulets imports de France et de Thalande ont t compars. Les souches de poulets thalandais et celles de 3 patients portaient les mmes mutations dans le gne vanS (Ozawa et al., 2002). Van den Bogaard et al. (2002) ont recherch des entrocoques de type vanA chez des poulets ayant reu ou non des promoteurs de croissance et chez les fermiers leveurs de volaille. Des souches

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indistinguables par leur type lectrophortique en champ puls ont t trouves chez les fermiers et les poulets de 2 fermes. Plus rcemment en France, les structures du transposon Tn1546 confrant la rsistance la vancomycine ont t trouves identiques chez 5 souches dentrocoques humains et 6 souches de viande de porc, alors que les souches taient diffrentes par lanalyse de leur ADN en champ puls, suggrant une origine commune des gnes de rsistance (Garnier et al., 2004a). Au total, des lments transposables vanA semblables (Tn1546-like) ont t trouvs chez des souches animales et humaines ayant le mme gnotype de restriction mais aussi chez des souches de gnotypes de restriction diffrents suggrant que la dissmination de transposon tait plus frquente que la dissmination de souches. Lapprciation quantitative des changes de gnes entre bactries est plus difficile tablir. Souvent la simple notion de la quantit de bactries rsistantes dans un milieu donn nest pas connue. Pour les entrocoques rsistants la vancomycine isols de caeca de poulets en France, cette frquence apparat basse comme le montre ltude de surveillance de lAfssa chez le poulet en 1999: dans 620 chantillons de caeca de poulets (620 bandes diffrentes) prlevs dans 10 abattoirs franais, moins de la moiti (295) contenait des E. faecium et 16 de ces isolats taient rsistants la vancomycine (5,4%) ; cependant ces souches taient multirsistantes aux antibiotiques (rythromycine, kanamycine, avilamycine, ttracyclines) (Sanders et al., 2002; Petsaris et al., 2005). Rsistance aux glycopeptides chez les staphylocoques La rsistance aux glycopeptides a t dabord rapporte en 1987 pour la teicoplanine chez des souches de Staphylococcus haemolyticus (espce principalement trouve chez lhomme) (Arioli et al., 1987). Les souches restaient sensibles la vancomycine mais la limite (CMI=4 mg/L). Par la suite, une souche de S. haemolyticus intermdiaire la vancomycine et rsistante la teicoplanine a t isole chez un patient lors dun traitement prolong par la vancomycine (Schwalbe et al., 1987). Depuis, de telles rsistances ont t rapportes chez dautres espces de staphylocoques coagulase ngative en particulier S. epidermidis et chez S. aureus. Les souches de S. aureus ainsi caractrises ont t dnommes VISA ou GISA (Vancomycin ou Glycopeptide Intermediate S. aureus) (Hiramatsu et al., 1997). Ces souches sont exceptionnelles en France (Anonymous, 2004a). Par contre, des souches de S. aureus isoles chez lhomme au Japon intermdiaires ou rsistantes la teicoplanine, sensibles limite la vancomycine et prsentant des souspopulations bactriennes intermdiaires la vancomycine ont t dcrites en 1996 et apparaissent un peu moins rares en France (Hiramatsu et al., 1997). Du fait de cette caractristique, ces souches ont t dnommes htro-VISA (Hetero Vancomycin intermediate Staphylococcus aureus). De telles souches ont t rapportes comme pidmiques dans certains hpitaux franais. Ces souches se recrutent essentiellement chez les S. aureus mticillino-rsistants et leur frquence est estime parmi ce groupe de souches 2% (Anonymous, 2004a). Cependant elles peuvent reprsenter jusqu 20% des isolements de S. aureus dans certains hpitaux en priode pidmique. Le mcanisme de ces rsistances nest pas compltement clairci, il sagit vraisemblablement de mutants qui hyperproduisent la cible des glycopeptides, un prcurseur de la paroi bactrienne. La vancomycine serait ainsi consomme par ce leurre. Cette rsistance nest donc pas transfrable et sa dissmination est due des pidmies de souches bactriennes et non de gnes de rsistance. Comme mentionn plus haut, bien diffrentes sont les trois souches de S. aureus isoles aux USA rsistantes la vancomycine et la teicoplanine avec des CMI leves. Ces souches contiennent lopron vanA port par un transposon de type Tn1546 prsent sur un plasmide. Cette observation est survenue dans un contexte o plus de 20% des entrocoques isols chez lhomme sont rsistants la vancomycine, alors que la rsistance est exceptionnelle chez lanimal. Dans un des cas, la souche de staphylocoque coexistait dans un ulcre de jambe avec un entrocoque rsistant aux glycopeptides et possdant lopron vanA initialement dtect chez les entrocoques rsistants la vancomycine. Le

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transfert de la rsistance sest donc probablement produit in vivo. Deux conditions au moins semblent avoir t ncessaires pour le transfert de la rsistance, lexistence dune population importante dentrocoques rsistants la vancomycine, ce qui est le cas dans un certain nombre dhpitaux des USA et une co-colonisation dune surface cutane ou muqueuse par un entrocoque rsistant et un staphylocoque sensible la vancomycine. Le danger prsent par ce type de souches est grand, mais aucun autre isolement na t rapport ni des USA ni dautres pays. Il na pas t rapport de souches de staphylocoques intermdiaires ou rsistantes aux glycopeptides chez les animaux. Cette affirmation doit tre nuance par la notion que la dtection de la rsistance aux glycopeptides est dlicate effectuer par les tests standards dantibiogrammes, ce qui empche toute conclusion ferme pour les staphylocoques isols chez les animaux. Cependant, les caractristiques pidmiologiques de lmergence de la rsistance la vancomycine chez S. aureus, en particulier les circonstances dmergence des premires souches en milieu hospitalier aprs administration prolonge de glycopeptide, rendent peu vraisemblable une origine de la rsistance chez les souches animales. 1.7. Rsistance aux quinolones, la rifampicine Chez les bactries Gram-positif, ces rsistances sont dues des mutations au niveau ribosomal et ne sont pas transfrables par conjugaison. 1.8. Rsistance lvernimicine Lavilamycine est un antibiotique oligosaccharidique utilis comme facteur de croissance chez lanimal. Lvernimicine appartient galement cette famille et son dveloppement usage thrapeutique chez lhomme avait t entrepris dans les annes 1990 puis abandonn pour raison de toxicit. Les rsistances aux vernimicines ont t rapportes chez les entrocoques de portage fcal dorigine animale ou rarement humaine (Aarestrup et al., 2002b), alors quaucune souche pathogne humaine de bactrie Gram positif rsistante aux vernimicines na t dcrite chez lhomme. Ces rsistances sont croises entre vernimicine et avilamycine et sont dues soit des mutations ribosomales soit lacquisition dun gne emtA codant pour une mthyltransfrase ribosomale (Mann et al., 2001; Kofoed et al., 2002). Le gne emtA a t trouv en situation plasmidique chez des entrocoques animaux ou humains, indiquant encore une fois un change des souches ou des gnes entre les animaux et lhomme. Les souches rsistantes restent globalement peu frquentes au Danemark chez les entrocoques de poulets et de porcs. Cependant, la rsistance apparat tre plus particulirement prsente chez les souches dentrocoques dorigine animale rsistantes la vancomycine : parmi 16 E. faecium rsistants aux glycopeptides, 13 taient rsistantes lavilamycine (Petsaris et al., 2005). De mme, 63% et 12,4% des E. faecium rsistants aux glycopeptides isols en Nouvelle Zlande et au Japon, respectivement, de caecas de poulets sont rsistants lavilamycine. Ces chiffres sont mettre en perspective avec la faible frquence dentrocoques vancomycinersistants isols de caeca de poulets mentionne plus haut. 2. Flux de gnes chez les bactries Gram-ngatif Les tableaux 32, 33 et 34 prsentent un bilan des principaux gnes de rsistance caractriss chez des souches de Salmonella, E.coli, Pasteurella/Haemophilus isoles en mdecine humaine ou en levage qui ont t dcrits sur des supports mobiles pouvant tre impliqus dans la diffusion de rsistance entre lanimal et lhomme.

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Tableau 32 : Gnes transfrables de rsistance prsents chez Salmonella isoles chez lhomme et lanimal
Rsistance Penta-rsistance Ap, Cm/fl, Tc, Sm/Sp, Su Florfnicol non associ SGI1 Mcanisme Rsistance chez les souches isoles chez lhomme Gne de Principales rsistance rfrences blapse-1 (Casin et al., 1999b; floR Tauxe, 1999b) tetG aadA2 sul1 Rsistance chez les souches isoles chez lanimal Gne de Animal, principales rfrences rsistance blapse-1 (Hancock et al., 2000b) floR - bovin (Ridley et al., 1998b; tetG Arcangioli et al., 1999b; Briggs aadA2 et al., 1999b; Boyd et al., 2001b; sul1 Boyd et al., 2002b) - porcs (Sandvang et al., 1998b) -bovin, (Doublet et al., 2004c) -dinde (Meunier et al., 2003b) (Allen et al., 2002b) - porc, bovin (Winokur et al., 2000b) - porc (Aarestrup et al., 2004b) - volaille (Zhao et al., 2001b; Zhao et al., 2003b) - (Rankin et al., 2002b)

Modification enzymatique Efflux Efflux Modification enzymatique Substitution cible Efflux

floR

(Doublet et al., 2004c) floR

C3G

Modifification enzymatique

blaCMY- 2, -4, -7, (Koeck et al., 1997b; blaCMY-2 Fey et al., 2000b; Winokur et al., 2000b; Winokur et al., 2001b; Carattoli et al., 2002b; Philippon et al., 2002b; Gupta et al., 2003b; Miriagou et al., 2004b) blaCTX-M-2, -3, - ((Tzouvelekis et al., blaCTX-M-9 2000b; Paterson, 5, -6, -9 2001b; Bonnet, 2004b; Weill et al., 2004c) blaCTX-M-14 (Romero et al., 2004b) (Chaslus-Dancla et al., 1989b; Salauze et al., 1990b; ChaslusAAC(3)IV Dancla et al., 1991b; Pohl et al., 1993b)

(Weill et al., 2004c) travaux en cours

Apramycine

Modification enzymatique

AAC(3)IV

-bovin (Chaslus-Dancla et al., 1986b; Threlfall et al., 1986b; Wray et al., 1986b; ChaslusDancla et al., 1989b; ChaslusDancla et al., 1991b; Low et al., 1997b)

Tableau 33 : Gnes transfrables de rsistance prsents chez E. coli isols chez lhomme et chez lanimal.
Rsistance Mcanisme Rsistance chez les souches isoles chez lhomme Gne de Principales rsistance Rfrences blaCMY-1, - 2, -4, (Philippon et al., 2002a) -11, blaCTX-M- 2, -3, - (Eckert et al., 2004) 12, -15, blaCTX-M-14 ? AAC(3)IV Rsistance chez les souches isoles chez lanimal Gne de Animal et principales rfrences rsistance (Brinas et al., 2003; Liebana et al., 2004) blaCMY-2 blaCTX-M-2 blaCTX-M-14 - Bovin, (Shiraki et al., 2004) -Volaille (Brinas et al., 2003) - Bovin (Doublet et al., 2002) - porc, (Blickwede et al., 2004) - bovin, (Chaslus-Dancla et al., 1986a)

C3G florfnicol

Modification enzymatique efflux

Modification Apramycine enzymatique

floR (ChaslusDancla et al., AAC(3)IV 1991a; Johnson et al., 1995; Miller et al., 1997)

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Tableau 34 : Gnes transfrables de rsistance prsents chez Pasteurella/Haemophilus isols chez lhomme et chez lanimal.
Rsistance Mcanisme Rsistance chez les souches isoles chez lhomme Gne de Principale rfrence rsistance Rob-1 (Rubin et al., 1981) Rsistance chez les souches isoles chez lanimal Gne de Animal et principale rsistance rfrence Rob-1 bovin, (Livrelli et al., 1988)

btalactamines

Inactivation enzymatique

2.1. Multirsistance Les bactries du genre Salmonella ne prsentent pas de rsistance naturelle aux antibiotiques, nanmoins lacquisition dune ou plusieurs rsistances sest effectue progressivement lorsque les traitements antibiotiques ont t largement utiliss, et des souches multirsistantes ont t dcrites partir des annes 80. Les Salmonella Typhimurium de lysotype DT104 (Definitive Type 104) rsistantes cinq familles dantibiotiques (pentarsistance : bta-lactamines, chloramphnicol-florfnicol, streptomycine-spectinomycine, ttracyclines et sulfamides) ont t isoles pour la premire fois en Grande-Bretagne, en 1984, chez lhomme puis chez les bovins (Threlfall et al., 1994). Quelques souches ont galement une rsistance plasmidique lapramycine et au trimthoprime. Les souches pentarsistantes de ce lysotype ont t frquemment isoles au milieu des annes 90, en filire bovine, associes une pathologie, mais galement en filires avicole, porcine et ovine, dans de nombreux pays (Hancock et al., 2000a). En filire bovine, en France, une tude rtrospective (1985-1995) a montr leur prsence ds 1989 et leur prdominance en levage laitier entre 1991-1995 (Arcangioli et al., 1999a; Arcangioli et al., 2000). Paralllement, de telles souches ont t isoles lhpital, associes une pathologie svre (alerte de lOMS, 1997). Dautre part, des travaux ont compar des populations de souches du srotype Typhimurium dorigine humaine et animale par lectrophorse en champs pulss aprs macro-restriction de lADN gnomique (technique PFGE) et ont montr une diversit de profils molculaires parmi lesquels certains taient communs aux souches des deux origines (Lailler et al., 2002). - Organisation et origine des gnes de rsistance du locus. Mobilit. Lensemble des gnes confrant la pentarsistance sont regroups sur le chromosome dans un mme locus. Ce locus de 13 kb comporte ses extrmits deux intgrons qui encadrent les gnes de rsistance aux ttracyclines et au chloramphnicol-florfnicol. Le premier intgron porte le gne aadA2 confrant la rsistance aux aminosides streptomycinespectinomycine, le deuxime intgron porte le gne blaPSE-1 (ou carb-2) qui confre la rsistance aux -lactamines et le gne sulI de rsistance aux sulfamides. Ce locus fait luimme partie dun lment de 43 kb dorigine exogne, llot gnomique SGI1 (Salmonella Genomic Island 1) (Cloeckaert et al., 2001). Le gne aadA2 a t dcrit initialement chez Pseudomonas aeruginosa, et il est difficile dmettre une hypothse sur les conditions de sa slection initiale. Le gne blaPSE-1 a t initialement dcrit chez Pseudomonas aeruginosa en 1979 et confre la rsistance la carbnicilline, antibiotique non disponible en mdecine vtrinaire. La bactrie dans laquelle il a t initialement isol, et le type de rsistance particulier une molcule exclusivement hospitalire permettent dmettre lhypothse de la slection initiale de ce gne lhpital. La rsistance au chloramphnicol-florfnicol est due au gne floR (ou flost). Ce gne a t pour la premire fois dcrit en 1993 chez un pathogne des poissons, Pasteurella piscicida (ensuite renomm Photobacterium damselae) au Japon o le florfnicol tait utilis en pisciculture (Kim et al., 1996). Il tait prsent sur un plasmide. Les dterminants de rsistance aux ttracyclines TetG ont t galement dcrits chez un pathogne de poissons, Vibrio anguillarum au Japon (Zhao et al., 1992), puis chez Pseudomonas aeruginosa (Schnabel et al., 1999). Lhypothse dune slection initiale de la rsistance aux phnicols et aux ttracyclines en aquaculture en Asie peut tre avance. Toutefois, un variant de floR

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(95% identit nuclotidique) a t dcrit sur le plasmide R55 isol de K. pneumoniae isol lhpital dans les annes 70, avant lintroduction du florfnicol en mdecine vtrinaire (Meunier et al., 2003a). Lhypothse dun rservoir humain antrieur est difficile poser tant donn labsence de suivi de la rsistance aux phnicols chez lhomme. Lanalyse gnomique de souches de S. Typhimurium DT104 pentarsistantes isoles dans les diffrents pays aussi bien chez lanimal que chez lhomme montre quelles sont trs proches. Sil est admis que lpidmie mondiale est due une diffusion clonale, la question est pose de la diffusion des gnes de rsistance prsents dans SGI1. En effet, llot gnomique SGI1 initialement dcrit chez S. Typhimurium DT104, a t par la suite caractris chez S. Typhimurium DT120, et dautres srotypes, S. Agona, S. Paratyphi B, et S. Albany. Lintgration de cet lot est, dans toutes les souches tudies, au mme site chromosomique, ce qui permet de conclure un transfert horizontal. Des variants du locus de multirsistance ont galement t dcrits chez diffrents srotypes de Salmonella. En conclusion, on a assist depuis le milieu des annes 80 une pidmie mondiale Salmonella Typhimurium DT104 aussi bien chez lanimal que chez lhomme due la diffusion dun clone pentarsistant dont la particularit est que tous les gnes de rsistance sont regroups sur le chromosome dans un lot gnomique. Si lorigine et le mode de construction de llot gnomique SGI1 sont largement spculatifs, en revanche llevage a pu jouer un rle deux niveaux, dans la multiplication et diffusion de souches pentarsistantes, et dans la diffusion de llot gnomique: 1. la multiplication et la diffusion de souches pentarsistantes. Cette multiplication peut tre particulirement importante lors de certains cas cliniques tels que la salmonellose chez les bovins laitiers. La diffusion de ces souches a pu galement se faire en dehors de cas cliniques, un grand nombre danimaux comme la volaille tant des porteurs sains. La contamination humaine principalement par la voie alimentaire a t documente (Hancock et al., 2000a). Cette pidmie est en rgression dans les levages. 2. la diffusion de llot gnomique SGI1 par transfert horizontal. Llot gnomique SGI1 peut tre actuellement caractris comme un intgron complexe. Lhypothse de transfert horizontal entre Salmonella tait pose sur la base de sa mise en vidence chez diffrents srotypes (Cloeckaert et al., 2000; Boyd et al., 2001a; Cloeckaert et al., 2001; Boyd et al., 2002a; Meunier et al., 2002; Doublet et al., 2003). La dmonstration exprimentale du transfert horizontal entre Salmonella vient dtre ralise (Doublet et al., 2005a). Limportance de ce phnomne ne peut encore tre value. Il semble que ce soit actuellement un phnomne mergent dans le monde aussi bien chez les souches dorigine animale quhumaine (Mulvey et al., 2004);(Threlfall et al., 2005) Il semble actuellement limit aux Salmonella o on assiste une diffusion clonale de souches ayant acquis SGI1. Cette diffusion de SGI1, si elle devait avoir, dans lavenir, une plus grande ampleur, pourrait prsenter un autre risque pour la sant publique puisque lhypothse est pose de la prsence de gnes lis la virulence au sein de cet lot gnomique. Aucun gne de virulence connu nest prsent dans cet lot, dventuels nouveaux gnes de virulence nont pas encore t caractriss. 2.2. Rsistance au florfnicol non associe SGI1 Le florfnicol est un antibiotique usage exclusivement vtrinaire. En France, il a t introduit en 1995, pour le traitement des infections respiratoires bovines dues principalement aux Pasteurella, Haemophilus et Mannheimia. Il a obtenu, en 2000, une AMM europenne pour le traitement dinfections respiratoires en filire porcine. En aquaculture, il est utilis depuis 1990 au Japon, et a actuellement, en France une utilisation lgale hors AMM pour le traitement des furonculoses dues Aeromonas salmonicida. Le mcanisme de rsistance au florfnicol dcrit est lexpression dune pompe defflux spcifique, code par le gne floR. Il a t dmontr que le gne floR tait prsent sur le chromosome ou sur des plasmides et fait partie dun nouveau transposon (Doublet et al., 2005b). Ds son introduction en France, la surveillance de la rsistance des bactries cibles de lAMM et des Salmonella a t entreprise en filire bovine dans le cadre de Resapath. Du fait de la spcificit de lutilisation vtrinaire et du mcanisme de rsistance impliqu, la

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rsistance au florfnicol nest pas surveille en mdecine humaine. Le risque pour la sant publique tient principalement dans les phnomnes de co-slection de gnes de rsistance dautres familles dantibiotiques puisque les phnicols nont plus dutilisation majeurs en mdecine humaine. Ces phnomnes de co-slection peuvent se produire quand plusieurs gnes de rsistance sont prsents sur un mme plasmide. Rsistance chez Salmonella Hormis sa prsence dans SGI1, sur le chromosome de souches pidmiques de S. Typhimurium DT104, le gne floR est peu frquemment rencontr. Le gne floR a t mis en vidence dans une souche de S. Newport isole de dinde en France, en 1990, et sur le plasmide R55 de Klebsiella pneumoniae isole dans les annes 70 (Meunier et al., 2003a). La prsence de ce gne dans une souche dorigine humaine pose la question dun ventuel rservoir qui na pas fait lobjet dtude, lantibiotique ntant pas utilis en mdecine humaine. Le gne floR a t rcemment caractris sur des plasmides de souches pidmiques de S. Newport aux USA (1996-1999) dorigine humaine et de 2 S. Typhimurium DT208 dorigine animale. Ltude complmentaire a indiqu que le gne floR est prsent sur des plasmides transfrables portant galement le gne blaCMY-2 confrant la rsistance aux cphalosporines de troisime gnration (C3G) (Doublet et al., 2004a). La prsence simultane de ces deux gnes sur un mme plasmide pose la question dune possible co-slection actuellement peu documente. Rsistance chez E. coli En mdecine vtrinaire, cette rsistance a t caractrise chez les bovins en France et en Allemagne (Doublet et al., 2002). Il a t dmontr que le gne floR tait prsent sur le chromosome ou sur des plasmides et fait partie dun nouveau transposon. Ce nouveau transposon est galement prsent sur les plasmides portant le gne blaCMY-2 mis en vidence chez les Salmonella Newport rsistantes aux C3G que nous avons prcdemment voques. La mise en vidence de cette nouvelle structure permet dmettre lhypothse dune diffusion ultrieure chez E. coli et Salmonella de ce type de rsistance. Nous retrouvons le problme prcdemment voqu de la co-slection. 2.3. Rsistance aux cphalosporines de troisime gnration (C3G) En mdecine vtrinaire, les molcules les plus rcemment introduites sont le cefquinome et le ceftiofur, qui sont administrs en pommade intra-mammaire (cefquinome) ou en prparations injectables (cefquinome et ceftiofur) dont la principale indication est le traitement des infections respiratoires. Lintroduction de ces nouvelles molcules a fait craindre de voir merger et diffuser des mcanismes de rsistance aux C3G en levage, parmi des bactries zoonotiques dont les Salmonella. Plusieurs signalements rcents ont t rapports concernant la mise en vidence de souches de salmonelles Virchow rsistantes aux cphalosporines de 3e gnration : une alerte europenne a t signale dbut 2003 au Danemark aprs lisolement dune souche de Salmonella Virchow C3G rsistante, isole de caille importe de France. Nous navons pas eu connaissance du mcanisme de rsistance li cette rsistance. Le problme de sant publique est d lutilisation de molcules proches en mdecine humaine (ceftriaxone) particulirement dans le cas de traitement de salmonelloses chez les enfants pour lesquels les fluoroquinolones ne peuvent tre utilises. Aprs lintroduction de cphalosporines large spectre, de nouvelles enzymes dinactivation sont apparues. Ceux qui prsentent un rel risque pour la sant publique appartiennent deux classes : la classe C, avec principalement les enzymes de type CMY, CMY-2 tant le plus frquemment rencontres, et la classe A avec principalement les enzymes de type CTX-M. Rsistance aux cphalosporines de troisime gnration chez Salmonella - Rsistance due aux enzymes de type CMY (AmpC) Ce mcanisme confre un faible niveau de rsistance au ceftriaxone, et une insensibilit lacide clavulanique. Il est port par des plasmides transfrables. Chez lhomme, les gnes

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blaCMY-2, blaCMY-4 et blaCMY-7 ont t dcrits chez Salmonella. Le gne blaCMY-2 est de description rcente chez les Salmonella dorigine animale. Initialement la rsistance est apparue chez Enterobacter cloacae, Citrobacter freundii, Serratia marcescens, and Pseudomonas aeruginosa qui pouvaient aprs mutation surexprimer leur -lactamase chromosomique. Aprs lutilisation des C3G, cette rsistance a t caractrise sur des plasmides de bactries dpourvues ou exprimant peu leur lactamase chromosomique AmpC comme E. coli, Salmonella, Klebsiella (Philippon et al., 2002a). En mdecine humaine, en 2000, les donnes issues du rseau europen de surveillance Enter-net de la rsistance aux antibiotiques de Salmonella enterica estiment 0,6% la prvalence de la rsistance aux cphalosporines large spectre (Threlfall et al., 2003). Plusieurs tudes rapportent la prsence du gne de type blaCMY dans des souches isoles chez lhomme. Ainsi, 15 souches sporadiques isoles aux USA incluant des S. Typhimurium, Thompson et Newport (Carattoli et al., 2002a), une souche isole dun cas clinique pour lequel lhypothse dune origine animale a t avance (Fey et al., 2000a) qui portait le gne blaCMY-2 ; une souche de S. Wien isole lhpital hbergeant blaCMY-4 (Armand-Lefevre et al., 2003). Aux USA, la prsence de blaCMY-2 dans des souches impliques dans une pidmie rcente de S. Newport a fait lobjet de nombreux articles. De telles souches taient isoles lhpital ou danimaux (Zhao et al., 2001a; Rankin et al., 2002a; Gupta et al., 2003a; Zhao et al., 2003a). La caractrisation de CMY chez S. Newport isoles dhommes (16) de bovins (27), porcs (7), et volailles (3) montre que le gne est prsent sur des plasmides transfrables E. coli et certaines souches dorigine humaine et animale avaient des profils lectrophortiques identiques (Zhao et al., 2001a). Ltude complmentaire portant sur 3 S. Newport et 4 S. Typhimurium isoles aux USA rsistantes au ceftiofur montre que les gnes de rsistance au ceftiofur et au florfnicol sont prsents sur un mme plasmide (Doublet et al., 2004a), posant le problme dj voqu dune possible co-slection. Dans ces souches, le gne blaCMY-2 est prsent sur des plasmides transfrables, et les tudes apportent des arguments en faveur dune diffusion de souches et/ou de plasmides. Ces transferts peuvent se faire entre genres diffrents. Ainsi, blaCMY-2 a t mis en vidence sur des plasmides chez des E. coli dorigines animale et humaine. Si les souches taient elles-mmes diffrentes, deux types de plasmides tudis prsentaient de fortes similarits avec des plasmides dcrits chez Salmonella et porteurs de blaCMY-2 (Winokur et al., 2001a). La question se pose de la frquence de cette rsistance en levage. Si on considre les tudes Nord-Amricaines, il semble que cette frquence soit faible. Ainsi, sur 158 souches dorigine animale tudies, blaCMY-2 a t identifi dans 8 souches de Salmonella de diffrents srotypes (Winokur et al., 2000a). Sur une collection canadienne de 8426 souches isoles en levage de rente, 5 souches ont montr une sensibilit rduite au ceftriaxone et 3 souches une rsistance. Le gne blaCMY-2 a t mis en vidence sur des plasmides. Si on considre les donnes franaises, lmergence de la rsistance de Salmonella (alerte de lAfssa, 2003) et E. coli aux C3G (Branger et al., 2005) est rcente. Une pidmie de S. Newport productrice de CMY-2 a t signale en France qui avait comme origine de la viande de cheval importe (Anonymous, 2003c). Lmergence de la rsistance aux C3G constitue un important problme de sant publique. Des enzymes de type CMY ont t caractrises en mdecine humaine et vtrinaire. Les gnes impliqus sont gnralement prsents sur des plasmides transfrables et des tudes ponctuelles apportent des arguments en faveur dune possible diffusion. En Amrique du Nord, une pidmie S. Newport a favoris la diffusion de cette rsistance. En Europe, en mdecine humaine la prvalence de cette rsistance semble faible. En mdecine vtrinaire, en Europe et plus particulirement en France, les souches prsentant ces phnotypes de rsistance sont disolement rcent et encore rares et gographiquement limites. Le mode (volume et voie dadministration) du ceftiofur pourrait expliquer cette situation. - Rsistance due aux enzymes de type CTX-M (AmpA) Ce mcanisme confre un haut niveau de rsistance au ceftriaxone et une sensibilit lacide clavulanique. Plusieurs types denzymes ont merg depuis la fin des annes 80 : CTX-M, PER, TLA, SFO, BES. La famille de CTX-M comprend 40 enzymes qui sont les plus

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frquemment rencontres et ont vu une trs large diffusion depuis 1995 (Tzouvelekis et al., 2000a; Paterson, 2001a). Les gnes impliqus sont gnralement prsents sur des plasmides (Bonnet, 2004a). La mise en vidence simultane denzymes CTX-M dans des souches dinfections nosocomiales ou isoles de la communaut dorigines gographiques varies permet de penser quelles ont pour origine des gnes chromosomiques de bactries de lenvironnement (Bonnet, 2004a). En mdecine humaine, chez des Salmonella isoles dans des zones gographiques diffrentes, plusieurs enzymes ont t caractrises comme CTX-M-5 et CTX-M-6 en Grce (Gazouli et al., 1998); CTX-M-5 chez S. Typhimurium Riga (Bradford et al., 1998) ; CTX-M9 chez S. Virchow en Espagne (Bonnet, 2004a) et en France (Weill et al., 2004b); CTX-M-3 chez S. Mbandaka en Pologne (Gierczynski et al., 2003) ; CTX-M-2 chez S. Infantis en Argentine (Di Conza et al., 2002) et chez S. Virchow en France et en Belgique (travaux en cours) ; CTX-M-14 chez S. Enteritidis (Romero et al., 2004a). Actuellement cette rsistance est trs rarement observe parmi les souches de Salmonella isoles en levage. Toutefois, la surveillance effectue par le rseau Salmonella a permis en 2003 la mise en vidence de souches de Salmonella Virchow dorigine animale isoles de volaille et denvironnement dlevage rsistantes au cefotaxime. Ltude de ces souches a montr que celles-ci produisaient une bta-lactamase de spectre tendu de type CTX-M 9. De mme, le CNR des Salmonella a isol en 2004 une souche humaine de type CTX-M9. La caractrisation des souches dorigine animale et de la souche humaine productrice de BLSE de type CTX-M 9 a permis de montrer que lensemble de ces souches prsentaient des profils de macrorestriction proches (91% de similarit) laissant supposer que celles ci sont fortement lies (Weill et al., 2004b). Quelques travaux concernent des souches pidmiques de Salmonella Virchow productrices de CTX-M-2 dorigine animale et isoles de volailles en Belgique depuis 2001, et quelques souches de S. Rissen et S. Montevideo (Cloeckaert, communication personnelle). Ces isolements rcents tmoignent de lmergence de ce type de rsistance chez Salmonella en levage, particulirement chez S. Virchow. La rsistance due aux enzymes de type CMY et CTX-M est apparue la fin des annes 80 en mdecine humaine chez Salmonella et a vu au milieu des annes 90 une large diffusion. En mdecine vtrinaire, lmergence de ce type de rsistance est rcente et le nombre de souches encore peu important. La surveillance de ce phnotype de rsistance via les rseaux de surveillance en levage a t renforce. Rsistance aux cphalosporines de troisime gnration chez E. coli - Rsistance due aux enzymes de type CMY. En mdecine humaine, plusieurs enzymes dinactivation des C3G ont t dcrites chez E. coli dont CMY-1, CMY-2, CMY-4, et CMY-11. Bien que le nombre de publications prsentant ce type de rsistance soit en augmentation, limportance du phnomne chez E. coli est mal connue. En mdecine vtrinaire, CMY-2 a t caractrise dans des souches de volailles et de porc (Brinas et al., 2003; Liebana et al., 2004). - Rsistance due aux enzymes de type CTX-M. Plusieurs enzymes de type CTX-M ont t dcrits dans des E. coli humains dont CTX-M-2, 3,-12, -14, -15 (Eckert et al., 2004) et peuvent tre associs des infections nosocomiales (Kassis-Chikhani et al., 2004). CTX-M-2 a t mis en vidence dans des souches bovines (Shiraki et al., 2004), et CTX-M-14 chez des E. coli isols de poulets sains (Brinas et al., 2003). Il semble que la frquence de ces gnes de rsistance chez E. coli soit faible, bien que difficile estimer. Le risque pour la sant publique est difficile apprcier. On peut se poser la question de la diffusion de souches entre lanimal et lhomme. Bien que certains groupes phylogniques de E. coli soient retrouvs plus frquemment chez lhomme (type B2) ou chez lanimal (type B1), il est admis quil ny a pas dtanchit absolue (E. Denamur, communication personnelle) et limportance du flux ne semble pas largement documente sauf dans des cas ponctuels. Le risque pour la sant publique rside sans doute plus dans le flux de gnes. Comme nous lavons vu prcdemment avec les Salmonella, les gnes de

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rsistance sont gnralement prsents sur des plasmides transfrables entre E. coli et Salmonella (Winokur et al., 2001a). 2.4. Rsistance lapramycine Lapramycine est un antibiotique de la famille des aminosides, usage exclusivement vtrinaire avec des AMM pour les bovins et les porcs. Il est administr par voie orale. En 1985 a merg un unique mcanisme de rsistance lapramycine, linactivation par laminoglycoside 3-N actyltransfrase de type IV (AAC(3)IV). Ce mcanisme confre galement une rsistance la ntilmicine et une rsistance de faible niveau la gentamicine. Le support de cette rsistance est gnralement plasmidique. Rsistance chez Salmonella La frquence de souches de Salmonella rsistantes lapramycine isoles chez lanimal est faible (Chaslus-Dancla et al., 1986a; Wray et al., 1986a; Chaslus-Dancla et al., 1989a; Low et al., 1997a). Quelques souches ont t isoles chez lhomme dont des Salmonella Typhimurium DT104. Ltude de plasmides prsents dans des souches animales et humaines a montr une forte parent gntique (Threlfall et al., 1986a; Salauze et al., 1990a; Chaslus-Dancla et al., 1991a; Pohl et al., 1993a). Il semble que la diffusion de la rsistance lapramycine a t peu importante chez les Salmonella isoles en levage et rare chez lhomme. Il y a toutefois un biais, cette rsistance ntant pas surveille en routine en mdecine humaine. Les tudes de plasmides confortent lhypothse dune diffusion de plasmides entre les souches animales et humaines dont limportance semble limite. La rsistance associe la gentamicine qui est faible niveau ne semble pas poser actuellement un problme de sant publique. Rsistance chez E. coli Cette rsistance a t dcrite chez des souches humaines (Chaslus-Dancla et al., 1991a) ;(Johnson et al., 1995) et en levage (Chaslus-Dancla et al., 1986a). Les frquences observes lhpital dans une tude internationale sont difficiles interprter du fait de linterfrence avec lutilisation, lpoque, de ntilmicine (Miller et al., 1997). Cette rsistance est gnralement porte par des plasmides. De fortes parents gntiques entre des plasmides illustrent la possibilit de diffusion de gnes de rsistance. Comme nous lavons vu chez les Salmonella, lunique mcanisme de rsistance confrant un faible niveau de rsistance la gentamicine ne semble pas poser un problme de sant publique. 2.5. Rsistance aux bta-lactamines chez Pasteurella/Haemophilus Le problme de lmergence en levage et de la diffusion ultrieure lhomme de gnes de rsistance aux -lactamines de Pasteurella a t, en son temps, soulev avec lapparition dun mcanisme de rsistance impliquant lenzyme ROB-1. On peut faire un rapide rappel historique. La premire souche humaine de Haemophilus influenzae productrice de ROB-1 est dcrite en 1981. Les premires souches de Pasteurella aerogenes et multocida dorigine animale prsentant ce type de mcanisme ont t isoles en 1973 et 1987 (Livrelli et al., 1988). Quelques souches de H. pleuropneumoniae (appel maintenant Actinobacillus pleuropneumoniae) de porcs productrices de ROB-1 ont t isoles en 1982. La question dun rservoir en levage tait pose. Cette hypothse dune origine initiale animale a pu tre avance sur la base des dates disolement. Toutefois, un faible nombre de souches ont t tudies. La frquence leve, actuellement observe, de souches de H. influenzae rsistantes aux bta-lactamines pourrait tre mise en relation avec une utilisation importante de cefaclor, dans une tude aux USA (Galan et al., 2003). La diffrence de frquence de 10% aux USA contre 0% au Japon pourrait tre due des diffrences de traitement entre les deux pays (Hasegawa et al., 2003). Il semble que limplication de llevage dans cette rsistance soit plutt historique et quactuellement le problme soit principalement li une pression de slection lhpital.

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2.6. Cas particulier des Campylobacter Chez Campylobacter, les rsistances aux principaux antibiotiques utiliss en mdecine humaine, macrolides et quinolones, sont essentiellement chromosomiques et leur diffusion nimplique pas de transfert de gne. Pour les autres antibiotiques, des flux de gnes ont t dcrits. Les ttracyclines peuvent tre utilises dans le cas dinfections entriques Campylobacter rsistants aux autres antibiotiques. Les gnes de rsistance caractriss sont principalement tet(O), gnes frquemment rencontrs chez les bactries Gram-positif et prsents sur des plasmides. Le gne tet(O) peut tre transfr entre Campylobacter, mais les essais de transfert E. coli ont t infructueux, ce qui plaide en faveur dune spcificit propre Campylobacter et aux bactries Gram-positif (Gibreel et al., 2004). Le gne tet(O) na jamais t retrouv chez des souches cliniques de E. coli. Il a t caractris rcemment chez Campylobacter des intgrons qui portent des gnes codant des enzymes dinactivation des aminosides : les gnes AphaA-3 confrant la rsistance la kanamycine (Gibreel et al., 2004) ports par des plasmides qui ne sont transfrables quentre Campylobacter, et les gnes aadA2, confrant la rsistance la streptomycine/spectinomycine, ports par un intgron de type I (O'Halloran et al., 2004). Bien que des intgrons de type I portant aadA2 soient frquemment rencontrs chez Salmonella et E. coli isols chez lhomme et lanimal, aucune piste nillustre un transfert entre Campylobacter, Salmonella et E. coli. A retenir Pour valuer le flux de gnes entre les populations bactriennes humaines et animales, il faut des outils appropris et suffisamment prcis. Lorsquon sadresse des bactries zoonotiques comme Salmonella, il faudrait pouvoir faire la part du flux de gnes et du flux bactrien. Quand on sadresse des bactries aussi ubiquitaires que E. coli ou les entrocoques, il faudrait des marqueurs suffisamment prcis pour reconnatre leur cosystme dorigine humain ou animal. La situation est rendue plus complexe encore puisque ces genres bactriens cohabitent dans le mme cosystme intestinal o des changes peuvent se produire. De quels outils disposons-nous ? Nous pouvons faire le point partir de donnes bibliographiques sur la prsence de gnes dintrt dans les deux communauts bactriennes, et ltude de leurs supports gntiques. Nous pouvons faire une tude compare des frquences dcrites dans ces deux communauts ou comparer les dates disolement, tant toutefois bien conscients des nombreux biais parmi lesquels, la taille des populations comparer, la mthodologie utilise, linformation sur les isolats, sans parler du dynamisme et des moyens des quipes responsables de ces tudes. En fait, nous disposons de peu doutils pertinents et nous voyons que les donnes disponibles sont en gnral de type qualitatif et non quantitatif. La seule certitude est que les bactries dorigine animale et les bactries dorigine humaine partagent un mme pool de rsistance. Le travail fait sur les entrocoques rsistants la vancomycine et dautres bactries indique que lon peut trouver des souches isoles chez lhomme et chez lanimal non distinguables et que certains gnes de rsistance qui ont pu tre tracs sont galement non distinguables. Il serait dailleurs bien tonnant quil ny ait pas dchanges entre les diffrents mondes bactriens. Par contre, la quantification du flux de gnes nest pas value. Parmi les gnes possiblement impliqus dans un flux entre lanimal et lhomme, la situation rencontre chez Salmonella est lvidence surveiller principalement sur deux fronts : la rsistance aux C3G et la multirsistance porte par llot gnomique SGI1. En ce qui concerne la rsistance aux C3G, les gnes impliqus sont encore rarement mis en vidence dans les souches animales et sont disolement trs rcent, ce qui est particulirement le cas en France. Les pidmies Salmonella sont bien videmment des circonstances favorables une diffusion rapide de nouveaux gnes de rsistance et parfois dans des zones gographiques tendues et loignes ; ce qui a t rcemment le cas aux USA avec S. Newport vhiculant blaCMY-2. Les E. coli commensaux peuvent jouer un rle dans la constitution de rservoirs inapparents. La diffusion de SGI1, si elle devait prendre de lampleur pourrait poser problme surtout si des gnes de virulence y sont prsents.

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III. Dispose t-on dtudes pidmiologiques dmonstratives de la transmission de bactries rsistantes de lanimal lhomme ?
Les voies de transmission possibles de bactries rsistantes de lanimal lHomme sont, soit directes par contact, soit indirectes via lalimentation. La transmission par contact pourrait constituer une question non ngligeable notamment au regard des risques professionnels (leveurs, vtrinaires). Malgr la publication de travaux rcents (Aubry-Damon et al., 2004), rien natteste actuellement de lorigine animale dun risque professionnel dinfection ou de colonisation par des bactries rsistantes. 1. Exemple de Campylobacter Comme vu dans la section 2, lincidence des infections Campylobacter est en augmentation dans la plupart des pays qui en font la surveillance. Dans la plupart des cas, les infections Campylobacter ne ncessitent pas de traitement antibiotique. Ce traitement est cependant ncessaire pour les infections systmiques ou pour les infections entriques svres ou trainantes. Les macrolides sont les antibiotiques recommands pour les infections entriques. Pour les infections systmiques, lassociation de gentamicine un autre antibiotique est conseille. Il peut sagir damoxicilline, de fluoroquinolones, voire damoxicilline-acide clavulanique en fonction de la sensibilit. Ce paragraphe naborde pas le cas des Campylobacter rsistants aux macrolides compte tenu des faibles taux de rsistance observs, tant chez lhomme que chez lanimal. Le risque pour la sant publique de rsistances prsentes chez Campylobacter, isols chez les animaux, semble tre principalement d la diffusion de souches rsistantes aux quinolones la suite de mutations chromosomiques et non pas au flux de gnes. Pour les quinolones, le gne gyrA, codant pour les ADN gyrases, est concern, leur confrant un haut niveau de rsistance. 1.1. Rsistance des Campylobacter isols chez lhomme, laliment et lanimal C. jejuni/coli est sensible la plupart des familles dantibiotiques. Toutefois une rsistance peut tre acquise vis--vis de certaines familles : macrolides, aminosides, bta-lactamines, ttracyclines et quinolones. La dtermination de la rsistance des Campylobacter aux antibiotiques est habituellement ralise par la mthode de diffusion en agar. Des recommandations ont t publies rcemment par le NCCLS (M13-A2, Vol 22 N06 p20-21,27,65) et le CA-SFM. Les concentrations critiques ont t dtermines essentiellement par analogie dautres bactries, ce qui peut introduire un biais. De mme les donnes publies dans le pass nutilisaient pas de mthode standardise. Des mthodes molculaires sont en dveloppement pour les macrolides (Vacher et al., 2005) et les fluoroquinolones. Lidentification des Campylobacter au niveau de lespce bnficie galement des progrs de la biologie molculaire, notamment des PCR en temps rel qui peuvent tre utilises pour identifier C. jejuni, C. coli et C. fetus, les mthodes phnotypiques pouvant conduire parfois des rsultats errons du fait de lexistence de C . jejuni hippurate + et de Campylobacters thermophiles devenus rsistants aux quinolones (Menard et al., 2005). Chez lHomme, la rsistance aux antibiotiques des Campylobacter est reste relativement stable durant ces 15 dernires annes en France sauf pour les quinolones. La rsistance aux quinolones de premire gnration (acide nalidixique) et aux fluoroquinolones (ciprofloxacine, enrofloxacine), pour les souches isoles en pathologie humaine, est passe de moins de 5 % en 1988, 25 % en 2000 pour C. jejuni, et de moins de 5 % 40 % pour C. coli. Toutefois depuis 1998, elle semble stabilise voire en diminution (Mgraud et al., 2004). Par ailleurs, les Campylobacters isols partir de volailles dans les annes 1990, dbut de lutilisation des fluoroquinolones en mdecine vtrinaire, taient majoritairement sensibles aux fluoroquinolones. La mise en vidence de l'mergence de Campylobacter rsistants aux fluoroquinolones dans la flore intestinale des animaux, notamment chez la volaille

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paralllement l'augmentation de ce type de rsistance chez les Campylobacter isols d'infections humaines (Endtz et al., 1991) a contribu au dveloppement des tudes dans ce domaine (Piddock, 1995; Piddock, 1995a). Les situations pidmiologiques varient en Europe selon les pays. Ainsi les niveaux de rsistance aux fluoroquinolones chez les Campylobacter isols chez les animaux et l'homme sont trs levs en Espagne (Saenz et al., 2000) tandis qu'en Sude, la rsistance qui reste modre chez les souches isoles des animaux, s'est plus rapidement dveloppe chez l'homme que chez l'animal et est en relation avec la contamination par des Campylobacter lors de voyages l'tranger. Les causes de laugmentation de cette rsistance observe ne sont pas formellement tablies. Deux hypothses non exclusives, et non exhaustives, sont avances : - laugmentation des prescriptions de fluoroquinolones en mdecine humaine, notamment en traitement ambulatoire, et ce depuis le dbut des annes 1990 ; - lutilisation vise thrapeutique dans les levages animaux, notamment aviaires, de fluoroquinolones (comme lenrofloxacine), trs proche de la ciprofloxacine utilise chez lhomme, galement depuis le dbut des annes 1990. Le tableau 35 prsente les rsultats de 2 systmes de surveillance parallles, lun chez lhomme et lautre chez la volaille. Tableau 35 : Pourcentage de rsistance aux antibiotiques des souches de Campylobacter jejuni et Campylobacter coli isoles chez le poulet et lhomme en 2002 en France C. jejuni C. coli Poulet N= 358 Macrolides Gentamicine Ttracyclines Ampicilline Acide Nalidixique Ciprofloxacine 3 0 68 29 37 32 Homme N= 680 1,2 0 21 26,1 22,1 22,1 Poulet N= 128 17 0 84 28 44 41 Homme N= 162 7,5 0 38,9 20,1 38,3 38,3

Le systme de surveillance chez lhomme est bas sur lenvoi de souches isoles dans un contexte pathologique au CNR par un rseau de plus de 300 laboratoires danalyse mdicale rpartis sur le territoire national. Le systme de surveillance en filire volaille correspond une surveillance active mene par lAfssa/DGAl sur des prlvements alatoires dans des abattoirs reprsentatifs de la production franaise (cf section 2). Bien que la comparaison des pourcentages de rsistance nait pas une grande valeur pour dmontrer la transmission inter-espce, elle donne un tat des lieux de la situation. Globalement les frquences de rsistance sont proches. Une exception concerne les ttracyclines mais pour cet antibiotique, ce nest pas la mme molcule qui a t teste (Doxycycline chez lhomme). Les autres diffrences sont limites et pourraient sexpliquer par le fait que la mthode utilise tait la mthode des disques pour les souches humaines, alors quune dtermination des CMI par la mthode de dilution en glose a t ralise pour les souches de volaille. 1.2. Transmission lHomme de Campylobacter rsistant aux antibiotiques L'amlioration des connaissances sur l'pidmiologie des Campylobacter, rendue possible par l'amlioration des techniques de dtection, d'identification et de typage molculaire, a permis d'acqurir de nombreuses informations sur les voies de transmission et les moyens

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de contrle et de rvaluer les sources de contamination notamment animale (Hanninen et al., 2000). Trois tudes cas-tmoin ont compar les facteurs de risque pour les cas dinfection C. jejuni rsistants aux fluoroquinolones par rapport des tmoins infects par des souches sensibles. Dans la premire tude mene en Angleterre, en dehors des infections acquises ltranger [OR : 5,2, IC95% 4,5-5,2], la consommation de viande froide prcuite tait le principal facteur de risque [OR : 2,1, IC95% 1,4-3,1] (collaborators, 2002). Dans la seconde tude conduite aux Etats Unis, l encore le principal facteur de risque tait lacquisition de linfection lors dun voyage ltranger [OR : 7,6 ; IC95% 4,3-13,4] mais quand les cas ayant acquis leur infection au pays ont t compars des tmoins sains, leur consommation de poulet hors de la maison tait 10 fois plus frquente [IC95% 1,3-78] (Kassenborg et al., 2004). La troisime tude ralise au Danemark a retrouv un risque augment li aux voyages ltranger [OR : 16,8 IC95% 3,4-82,2], mais galement li la consommation de volaille autre que le poulet [OR : 19,1 IC95% 2,1-167,3] et aux activits balnaires [OR : 5 IC95% 1,1-21,9]. Curieusement, la consommation de poulet frais tait associe un risque diminu dinfections souches rsistantes. Les auteurs expliquent ceci par le fait que les poulets danois ne vhiculent pas de souche rsistante aux quinolones du fait des restrictions imposes sur ces antibiotiques (Engberg et al., 2004). En France, bien que les quantits totales de fluoroquinolones en dehors de lhpital soient les plus importantes, la pression de slection, due lusage de ces molcules devant tre rapport la population expose (environ 60 millions dhabitants), reste plutot faible (Guillemot et al., 2004; Goossens et al., 2005) et le portage sain de Campylobacter est limit. Pour rappel, le tonnage de fluoroquinolones vendu en France, de 1999 2002, en mdecine humaine (usage systmique) et vtrinaire est prsent dans le tableau ci-dessous. Tableau 36 : Tonnage de fluoroquinolones vendu en France de 1999 2002.
1999 Officine hpital animal 27,65 4,41 3,29 2000 30,40 4,42 3,69 2001 30,97 5,16 4,06 2002 29,48 4,59 4,14 Officine hpital animal Officine hpital animal Officine hpital animal

Le fait que les cas secondaires dinfection C. jejuni sont trs rares, comme cela a t not dans les pidmies, signifie que la transmission interhumaine est limite. Cette observation nest pas en faveur dune slection de la rsistance chez lhomme mais plutt dune acquisition partir dune source alimentaire comme la volaille. De plus, la comparaison du taux de rsistance aux quinolones des C. jejuni isols chez lhomme en 2002 en fonction de lge par le rseau de surveillance communautaire (une fois exclus les cas acquis ltranger) ne montre pas de diffrence significative entre les enfants de moins de 10 ans (pour lesquels ces quinolones sont proscrites) et les adolescents et adultes ventuellement traits par ces antibiotiques : 20 % contre 23,1 % (p : 0,35). Le rsultat a t obtenu sur 279 souches denfants et 346 souches dadolescents et adultes. Une tude australienne mene entre 1999 et 2001, poque o lenrofloxacine ntait pas autorise en mdecine vtrinaire a montr quaucun des 144 isolats provenant de patients nayant pas sjourn ltranger, ntait rsistant aux quinolones. Prcisons que la volaille importe en Australie doit tre cuite (Unicomb et al., 2003). Des arguments en faveur de la slection de souches rsistantes chez lhomme existent cependant. Il a t montr dans ltude de Smith et al. que chez les malades qui avaient reu des fluoroquinolones avant le prlvement de selles, des souches rsistantes avaient pu tre slectionnes, mais ces cas ne reprsentaient pas plus de 15% de lensemble (Smith et al., 1999).

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Dans ltude dEngberg et al., deux souches isoles une semaine dintervalle chez le mme malade (la seconde 3 jours aprs le dbut dun traitement aux quinolones), avaient le mme profil molculaire ; la seconde tait rsistante aux quinolones et la mutation habituelle sur gyrA tait retrouve (Engberg et al., 2004). 2. Exemple de Salmonella Lincidence des Salmonella dans les pays dvelopps est en diminution depuis quelques annes, mais de plus en plus de souches rsistantes aux antibiotiques utiliss en mdecine humaine et vtrinaire sont identifies (Weill et al., 2004). Lmergence de rsistance chez Salmonella a dabord t observe chez Salmonella Typhi lors du traitement de fivres typhodes, cest ainsi quon a pu dcrire lexistence de souches rsistantes lampicilline et au chloramphnicol entranant ainsi un problme majeur de sant publique, qui nest plus aujourdhui dactualit dans les pays dvelopps du fait de la diminution trs importante des cas dinfection S. Typhi au profit des infections de type gastro-entrite dont les responsables sont les salmonelles non typhiques. Pour ce type dinfection, les quinolones reprsentent le traitement antibiotique de premire intention. Lmergence des salmonelles rsistantes aux quinolones, apparue dans le secteur vtrinaire suite leur utilisation en mdecine vtrinaire depuis la fin des annes 1980, pose un problme de sant publique. Cette rsistance peut tre due des mutations chromosomiques dans les gnes codant pour lADN gyrase, un phnomne defflux et/ou une diminution de la permabilit membranaire. Si la contribution de ces diffrents mcanismes nest pas aussi bien dfinie que pour E. coli, leur interaction permet nanmoins la bactrie dacqurir des niveaux levs de rsistance, et la diffusion de cette rsistance peut tre due la propagation des clones rsistants (Cloeckaert et al., 2001). Cependant, par comparaison avec Campylobacter, cette situation est plus rare. Lvolution de la rsistance des salmonelles impose de disposer de systmes actifs de surveillance de la rsistance aussi bien en clinique humaine que dans les domaines vtrinaire ou alimentaire. Ces systmes permettraient de mieux surveiller la diffusion des souches rsistantes, celles-ci pouvant, lors dinfections graves chez lhomme ou lanimal, dboucher sur des checs thrapeutiques. 2.1 Rsistance des salmonelles isoles chez lhomme, laliment et lanimal La surveillance de la rsistance aux antibiotiques des salmonelles repose en France sur deux systmes complmentaires (Weill et al., 2004a) : - le centre national de rfrence des salmonelles assurant la surveillance des souches principalement dorigine humaine de faon rtrospective partir dun chantillon reprsentatif des principaux srovars isols dans lanne, - les rseaux de lAfssa assurant une surveillance prospective des souches dorigine animale, alimentaire ou de lenvironnement, principalement reues dans le cadre du rseau Salmonella . Le tableau 37 reprsente des exemples de donnes obtenues en 2002 travers ces systmes de surveillance. Il existe des diffrences importantes des taux de rsistance en fonction des srotypes tudis et de lorigine des souches. Nanmoins ces rsultats doivent tre interprts avec prudence, puisquils correspondent des taux de rsistance de souches volontairement adresses au CNR et lAfssa et, par consquent, ne sont pas reprsentatifs de la situation relle en France. Parmi les principaux srotypes impliqus dans les toxi-infections alimentaires, on peut souligner daprs les donnes publies les tendances suivantes : Srovar Enteritidis Les souches dorigine alimentaire ont des valeurs de frquences de rsistance aux antibiotiques globalement plus leves que les souches isoles en sant animale (animaux et environnement dlevage). Il existe notamment des diffrences marques :

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- pour la rsistance lacide nalidixique : 4,4% en sant animale, 11% pour les souches humaines et 27,8% pour les souches isoles des aliments. - pour la rsistance aux sulfamides, aux trimtoprime/sulfamthoxazole et la streptomycine : 6,3% en hygine des aliments, 1,2% en sant animale et aucune souche dorigine humaine rsistante. - pour la rsistance la ttracycline : 16,5% en hygine des aliments, 4,4% en sant animale et 3% pour les souches dorigine humaine. Les produits alimentaires partir desquels des souches du srovar Enteritidis ont t isoles sont principalement les viandes base de volaille (30% des souches isoles en hygine des aliments), les ufs et produits drivs ( 27%). Dix pour cent des souches ont galement t isoles dans lenvironnement des ateliers de transformation des produits destins lalimentation humaine (Inventaire des Salmonella). Srovar Typhimurium Les frquences de rsistance des souches dorigine humaine, isoles en sant animale et en hygine des aliments sont globalement similaires pour certaines molcules antibiotiques telles que la streptomycine, les sulfamides, le trimtoprime/sulfamthoxazole, le chloramphnicol et la ttracycline. On observe par contre une rsistance lamoxicilline des souches dorigine humaine plus leve (65%) que celle dorigine non humaine (43,5% et 46,7%). On observe galement, en 2002, lapparition de souches humaines rsistantes la ceftriaxone alors quaucune souche dorigine non humaine ne prsente de rsistance aux C3G en 2002. Quelques souches humaines ont prsent une rsistance la ciprofloxacine (0,3%) et paralllement quelques souches dorigine non humaine ont prsent une rsistance lenrofloxacine (0,4%). Les produits alimentaires partir desquels des souches du srovar Typhimurium ont t isoles sont principalement en 2002, les viandes base de volaille (28% des souches dorigine alimentaire), les produits de charcuterie (14%), les viandes dorigine bovine (12%) et dorigine porcine (11%). Des souches ont galement t isoles denvironnement datelier de transformation (Inventaire des Salmonella). Chez lhomme, S. Typhimurium prsente un taux de multirsistance stable depuis 1994 du fait de limplantation du clone DT104 ayant intgr au niveau chromosomique, les gnes confrant la pentarsistance de type ASCTSu. Depuis 2000, une diminution de la frquence de ce phnotype est observe pour les souches de srotype Typhimurium dorigine non humaine ainsi que parmi les autres srovars prsentant ce phnotype (tableau 38). Tableau 37 : Taux de rsistance aux antibiotiques des principaux srotypes dtects dans les foyers de salmonelloses humaines chez lhomme, lanimal et dans les produits alimentaires (France, 2002) (daprs Weill et al.(Weill et al., 2004a) et donnes du rseau Salmonella , Afssa-Lerqap
N= Enteritidis H SA 160 99 3,7 6 0 0 1,2 0 0 0 4,4 11 0 0 1,2 0 1,2 0 0 4,4 3 HA 79 5,1 0 6,3 1,3 27,8 0 6,3 6,3 2,5 16,5 Typhimurium H SA 260 320 43,5 65 0 0,3 60 64,5 1,5 0,3 21,9 4 0,3 0,4 46,1 49,4 6,5 7,1 36,9 36,2 53,1 55 HA 240 46,7 0 58,7 0,4 9,2 0,4 54,6 7,9 36,7 59,6 Hadar H 79 52 0 92,5 0 80 0 1,3 6,5 0 91 SA 44 61,4 0 95,4 2,3 47,7 0 2,3 0 0 93,2 HA 51 66,7 0 92,2 0 66,7 2 0 0 0 90,2

Amoxicilline / Ampicilline Ceftriaxone / Ceftazidime Streptomycine Gentamicine Acide nalidixique Ciprofloxacine Enrofloxacine Sulfamides Trimtoprime/Sulfamthoxazole Chloramphnicol Ttracycline

H : Homme, SA : Sant animale, HA : Hygine des aliments

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Tableau 38 : Evolution de la frquence du phnotype de penta-rsistance ASCTSu, chez diffrents srotypes de Salmonella dorigine non humaine (source Rseau Salmonella , Afssa-Lerqap)
2001 2002 2003 40,5 34,9 24,5 (192/474)* (188/540) (119/482) Saint Paul 42,9 44 62,7 38,8 39,4 30,6 (57/147) (50/128) (24/76) Newport 20,1 33,3 17,7 22,3 11,1 0 (21/94) (8/72) (0/282) Bredeney 15,8 25,9 34 15,1 6,3 9,4 (11/73) (4/64) (3/31) *nombre de souches pentarsistantes ASCTSu/nombre de souches du serotype Typhimurium 1998 46,3 1999 50,7 2000 47,9

Srovar Hadar Certaines frquences de rsistance sont leves et identiques dans les trois secteurs, cest le cas de la rsistance la streptomycine et la ttracycline. Par contre, la rsistance lacide nalidixique est plus leve pour les souches dorigine humaine que pour les souches isoles des aliments, dont la rsistance est elle-mme plus leve que pour celles isoles en sant animale. Le rseau a galement identifi des souches de ce srotype, dorigine alimentaire, rsistantes aux quinolones. Les donnes globalises du rseau de surveillance des Salmonella montrent une augmentation du taux de rsistance des souches de srovar Hadar lenrofloxacine passant de 1,9% en 2001 et 2002 6,3% en 2003 ; les souches rsistantes sont principalement isoles de la filire volaille mais une souche a t isole de charcuterie. Les donnes de surveillance des salmonelles non humaines permettent de stratifier les donnes de rsistance selon le type de produit alimentaire (Tableau 39). Tableau 39 : Frquence de rsistance des Salmonella isoles des produits les plus frquemment impliqus dans les TIAC Annes 2002-2003.
N= Ampicilline Amoxicilline + acide clavulanique Cfalotine Cfotaxime Ceftazidime Enrofloxacine Acide nalidixique Sulfamides Trimtoprime/Sulfamthoxazole Streptomycine Gentamicine Ttracycline Chloramphnicol uf Ovoproduits 37 8,1 0 0 0 0 0 18,9 5,4 0 5,4 0 10,8 5,4 / Produits carns Produits carns Produits de Produits buf volaille la mer laitiers 179 34 271 73 12,8 20,6 24,0 2,6 2,8 2,9 1,1 0 0 2,9 4,1 0 0 0 0,7 0 0 0 0 0 0 0 1,1 0 1,1 17,6 27,3 2,6 16,8 11,8 20,3 15,8 1,1 2,9 15,1 5,3 43,0 23,5 55,4 36,8 0 0 1,5 0 23,5 17,6 33,9 23,7 11,2 8,8 4,8 2,6

Des variations importantes de taux de rsistance sont obtenues en fonction de lorigine des produits alimentaires. Ces informations permettent en particulier didentifier lmergence de souches rsistantes aux C3G, avec la mise en vidence de production de bta-lactamase de type CTX-M9. Cette rsistance a t observe en particulier chez S. Virchow en 2003. En conclusion, sil a pu tre mis en vidence pour Salmonella des frquences de rsistance similaires certains antibiotiques dans chacun des trois secteurs considrs : Humain, Sant Animale et Hygine des Aliments, ces frquences de rsistance sont loin dtre systmatiquement identiques pour les trois srovars tudis. On ne peut donc pas conclure

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actuellement, sur la base des donnes disponibles de cette surveillance, quil existe de faon gnrale un transfert de souches portant des rsistances identiques entre les trois secteurs. Nanmoins un certain nombre dtudes ponctuelles apportent un clairage sur les possibilits de transfert de la rsistance entre les deux populations humaine et animale. 2.2 Transmission lHomme de Salmonella rsistantes aux antibiotiques Les salmonelles rsistantes aux antibiotiques sont apparues chez lhomme et lanimal de faon concomitante et de nombreux phnotypes de rsistance sont partags entre les deux origines de souches avec des variations selon le srotype et lespce animale. Ds lors, lhypothse du transfert de rsistance se base trs largement sur les tudes pidmiologiques et les investigations de cas groups ou de foyers pidmiques (Anderson, 1968; Linton, 1986). Cest ainsi que dans les annes 80, une augmentation parallle de la rsistance a t observe en Angleterre et dautres pays parmi les isolats de S. Typhimurium dorigine bovine, aviaire ou humaine avec le mme profil de multirsistance comprenant notamment la rsistance la furazolidone, un antibiotique non utilis en sant animale et vtrinaire (Threlfall et al., 1993). Une des premires dmonstrations de lmergence et de la diffusion clonale probable de samonelles rsistant aux fluoroquinolones, entre lanimal et lhomme, a t publie par Heisig et al. (Heisig et al., 1995). Dans cette tude des souches de S. Typhymurium variant Copenhague de mmes caractristiques phnotypiques et gnomiques, ont t isoles chez lhomme et en filire bovine. Plus rcemment, quelques souches de Salmonella rsistantes aux fluoroquinolones (en particulier chez S. Typhimurium et S. Hadar) sont apparues et ont t relies lutilisation de lenrofloxacine en mdecine vtrinaire. La caractrisation molculaire des souches a t utilise lors de linvestigation de cas humains dinfection S. Choleraesuis rsistant aux fluoroquinolones, et a permis didentifier lorigine porcine de linfection ainsi que llevage dans lequel lutilisation de fluoroquinolones avait eu lieu (Chiu et al., 2002). Dans une autre tude anglaise plus rcente, linvestigation dune pidmie Salmonella Typhimurium DT104 rsistantes lacide nalidixique a permis didentifier lorigine de llevage bovin laitier o les fluoroquinolones avaient t utilises dans le mois prcdant lpisode pidmique (Walker et al., 2000). Lutilisation de la ciprofloxacine en mdecine humaine peut galement tre lorigine de slection de mutants rsistants (Howard et al., 1990; Ouabdesselam et al., 1996). Nanmoins, certains auteurs considrent que le transfert de souches de Salmonella rsistantes, de lanimal vers lhomme est quantitativement plus important que le dveloppement de la rsistance lors dun traitement thrapeutique ce qui revient considrer que la diffusion de la rsistance est un phnomne quantitativement plus important que la slection de souches rsistantes (Heisig et al., 1993 ; Lontie et al., 1994). La transmission lhomme, de souches rsistantes, par la chane alimentaire nest pas vidente dmontrer. Certaines tudes mettent en avant lexposition par voie alimentaire comme une tude ralise aux Etat-Unis ayant dmontr que des malades infects S. Newport rsistant la ttracycline avaient consomm des hamburgers raliss avec de la viande de buf provenant danimaux hbergeant une souche de S. Newport rsistante la ttracycline (Holmberg et al., 1984). Une pidmie de salmonellose S. Newport vhiculant le gne de rsistance blaCMY-2, lie une consommation de viande de cheval, est galement survenue en France (Espi et al., 2003). Dautres en revanche, mettent en avant que la transmission par contact direct de lhomme avec lanimal est plus efficace que lexposition par voie alimentaire. Ceci a t dmontr dans le cadre dune investigation pidmiologique dune augmentation importante de cas de S. Typhimurium DT104 en Angleterre dont lorigine ntait pas lie la consommation dun aliment contamin mais en relation avec le contact dun animal malade (Wall, 1995).

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3. Exemple dEscherichia coli O 157 Le rservoir principal de ces bactries est lanimal dlevage et il existe donc une possibilit de transfert de bactries pathognes par la chane alimentaire ou mme directement par contact avec les animaux principalement dorigine bovine. Peu de travaux ont t raliss sur la rsistance aux antibiotiques des E. coli O 157 car le traitement antibiotique peut potentialiser laction des toxines entranant alors un risque supplmentaire de syndrome hmolytique urmique (SHU). Nanmoins, une tude franaise a t ralise par lAfssa-Lyon sur 94 souches dE. coli O157 provenant de prlvements denvironnement dabattoir et dorigine bovine (Tardy et al., 2000). Les rsultats ont montr globalement une bonne sensibilit des souches productrices, ou non, de shiga-toxines (ST+ et ST-) lensemble des molcules suivantes : ampicilline, association amoxicilline/acide clavulanique, cfalotine, cfoperazone, cfuroxime, cfquinome, streptomycine, kanamycine, gentamicine, colistine, association trimetoprime-sulfamthoxazole, acide nalidique, marbofloxacine, ciprofloxacine, chloramphnicol et florfnicol. Seulement deux souches ont prsent un haut niveau rsistance la fois la ttracycline et au trimetoprimesulfamthoxazole. Aux Etats-Unis (Schroeder et al., 2002), la sensibilit diffrents antibiotiques a t tudie pour 361 souches de E. coli O157 isoles, entre 1985 et 2000, partir de sources diverses : humains (131 souches), bovins (133 souches), porcins (70 souches), diffrents aliments (27 souches). 220 souches (61 %) du srogroupe O157 taient sensibles tous les antibiotiques tudis, mais 99 (27%) taient rsistantes la ttracycline, 93 (26 %) au sulfamthoxazole, 61 (17 %) la cfalotine et 17 (24 %) lampicilline. Le pourcentage de souches antibiorsistantes tait plus important pour les souches O157 isoles chez le porc avec plus de 70 % de ces dernires rsistantes au sulfamthoxazole ou la ttracycline. Cependant, seules 210 (58 %) des souches du srogroupe O157 tudies possdaient les gnes stx ; la rsistance de ces dernires aux antibiotiques est faible avec 21 souches (10 % des STEC) rsistantes au sulfamthoxazole et 19 (9 %) la ttracycline. De mme, 191 (53 %) des souches tudies appartenaient au srotype O157:H7, elles taient toutes sensibles aux cphalosporines, lacide nalidixique et la gentamicine et seules 19 souches (10% des E. coli O157 :H7) taient rsistantes au sulfamthoxazole et 16 (8 %) la ttracycline. Pour linstant, la rsistance aux antibiotiques des E. coli O157 et autres E. coli productrices de shiga-toxine, bien que peu tudie, napparat pas un problme de sant publique du fait des faibles frquences de rsistance de ce groupe de bactries. 4. Exemple des entrocoques rsistants la vancomycine LEurope et les Etats-Unis ont un historique diffrent en ce qui concerne lutilisation des promoteurs de croissance antibiotiques chez lanimal de boucherie. Il est donc intressant de relever les consquences de ces utilisations diffrentes. Lexemple qui a t le plus discut est celui de lavoparcine, glycopeptide structurellement proche de la vancomycine et de la teicoplanine. Cet antibiotique na jamais t utilis aux Etats-Unis alors quil la t en Europe depuis le dbut des annes 1970 jusqu son interdiction il y a moins de 10 ans. Aux Etats-Unis, la prvalence de la rsistance aux glycopeptides chez les entrocoques isols dabord en unit de soins intensifs puis en dehors de ces units a rapidement augment depuis 1990 pour se situer actuellement prs de 25% (Anonymous, 2004b). Ces entrocoques rsistants sont trouvs dans les tablissements hospitaliers en portage fcal et comme cause dinfections nosocomiales. Une petite poigne dtudes les a recherch en dehors des tablissements hospitaliers mais ne les pas trouvs, au moins initialement, dans les flores fcales de volontaires sains et danimaux (Thal et al., 1995; Coque et al., 1996; Silverman et al., 1998; Welton et al., 1998). Il ne semble donc pas que les entrocoques rsistants aux glycopeptides soient rpandus dans la communaut aux USA, alors quils sont rpandus dans les hpitaux, se dissminant souvent de faon clonale. Il faut cependant remarquer que les tudes dans la communaut sont peu nombreuses et portent sur de petits effectifs. Lhypothse couramment admise maintenant est que la situation amricaine rsulte

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dpidmies hospitalires lies la diffusion de souches slectionnes par des antibiotiques utiliss dans ces hpitaux, tels que la vancomycine et dautres antibiotiques (cphalosporines, antibiotiques anti-anarobies) slectionnant les entrocoques multirsistants. En Europe, la situation pidmiologique est radicalement diffrente, puisque les entrocoques rsistants aux glycopeptides nont que peu dissmin dans les tablissements hospitaliers ( part certains hpitaux de certains pays comme le Royaume-Uni) et essentiellement dans certains services risque. Par contre, les entrocoques rsistants ont t isols facilement des selles de volontaires sains avec des proportions de souches rsistantes qui vont de quelques pour cent plus de 20%, y compris en France (Bates, 1997; Boisivon et al., 1997; Guerin et al., 1998). Il a t dautre part bien montr que les entrocoques rsistants aux glycopeptides sont aussi isols des flores fcales danimaux de boucherie (Bates, 1997) et il est gnralement estim que la prsence de ces entrocoques rsulte de lutilisation de lavoparcine, sans quil y ait de preuve dfinitive. Cependant, comme mentionn plus haut, la question du sens de transfert unidirectionnel ou bidirectionnel des souches (animal/homme), qui est par ailleurs difficilement dissociable de la question du transfert de gnes, nest pas dfinitivement tranche. Il pourrait paratre paradoxal que malgr lutilisation importante davoparcine, il ny ait pas eu, somme toute, de problme majeur en Sant Publique en Europe avec les entrocoques rsistants aux glycopeptides alors que les Etats-Unis, non consommateurs davoparcine, sont confronts un problme majeur. Ceci signifie simplement que bien dautres facteurs sont prendre en compte dans la survenue dpidmies, dont la consommation dantibiotiques chez lhomme et les mesures dhygine.

IV. Faut-il dfinir, pour lhomme ou pour lanimal, des antibiotiques critiques ?
Rserver lusage humain un certain nombre de produits ou de classes antibiotiques ncessiterait de postuler que ces antibiotiques se verraient pour ainsi dire protgs , aprs avoir t considrs comme critiques du fait de leur activit antibactrienne et de leur ncessit en thrapeutique humaine. La pertinence de ce concept et son application concrte font actuellement lobjet de dbats dans des instances internationales et daffirmations et de propositions pour le moins contradictoires. Il ny a pas dtanchit parfaite entre le monde animal et le monde humain et les travaux les plus rcents argumentent assez clairement le fait que pour certains pathognes (Salmonella Typhimurium, Campylobacter) lusage de certains antibiotiques dans le monde animal a un impact sur la sant humaine. Nanmoins, pour de nombreux autres pathognes, cest lusage humain des antibiotiques qui reste surdterminant de la promotion de la rsistance des bactries ces molcules, chez lHomme. La dfinition dantibiotiques critiques , rserver lusage humain se heurterait actuellement nombre dinconnues, de difficults ou dincohrences qui risqueraient de rendre demble caduque ou inoprante son application pratique. Il faut souligner que des besoins thrapeutiques rels existent aussi dans le monde animal. Ds lors dfinir des antibiotiques critiques pour lHomme conduirait implicitement ou explicitement lidentification dantibiotiques critiques pour la sant animale. Lexistence de corsistance imposerait de ne pas faire de choix parmi les molcules dune mme classe et lexistance croissante de rsistances associes (multirsistance) conduirait aujourdhui considrer comme critique quasiment lensemble des classes dantibiotiques compte tenu du nombre limit dantibiotiques disponibles. Enfin lefficacit dune telle approche reste peu documente, compte tenu des possibilits dmergence de multirsistance dans le monde humain et de coslection dans le monde animal Si demain, une classe dantibiotique vraiment nouvelle, cest dire dont les mcanismes de rsistance puissent tre considrs comme compltement indpendants de ceux dj

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existant, venait tre mise disposition de la thrapeutique humaine, peut-tre que la question de dfinir des antibiotiques critiques se poserait en des termes diffrents.

V. Rsum et recommandations
Diffusion des gnes de rsistance entre lanimal et lHomme Les bactries isoles chez les animaux (lors dune infection ou en situation de colonisation) et les bactries isoles chez lHomme (lors dune infection ou en situation de colonisation) partagent les mmes mcanismes de rsistance. Ceci est un argument extrmement solide de labsence dtanchit entre le monde animal et les populations humaines. A cet gard, les travaux portant sur les entrocoques rsistants la vancomycine et dautres bactries indiquent que lon peut trouver des souches isoles chez lhomme et chez lanimal non distinguables et que certains gnes de rsistance qui ont pu tre tracs sont galement non distinguables. Mais, : 1 - rien nindique que ces flux de gnes de rsistance soient unidirectionnels, il est donc ncessaire de considrer a priori que ces flux soprent dans les deux sens, de lanimal vers lhomme et de lhomme vers les animaux. 2 ces flux de gnes sont donc vraisemblablement lorigine de lmergence dans un des deux mondes (humain ou animal) de nouveaux mcanismes de rsistance issus de lautre. Il faut souligner que lexistence de ces flux de gnes, quelles quen soient les modalits (via lenvironnement, via la transmission directe ou via lalimentation), pose le problme de lavantage cologique des souches qui en sont porteuses en relation avec laction de slection due lexposition aux antibiotiques. En dautres termes, un mcanisme de rsistance peu prvalent dans la population au sein de laquelle il a merg (ou au sein de laquelle il existe ltat naturel) peut devenir trs prvalent en tant introduit dans une nouvelle population expose lantibiotique correspondant ; 3 - la quantification de ces flux de gnes nest pas ralise. Lutilisation de la littrature scientifique pour rsoudre ce problme, mme de faon qualitative, peut avoir de lintrt. Nanmoins, la hirarchie chronologique des dates de publication de lmergence dun nouveau mcanisme de rsistance ne reflte pas ncessairement la chronologie de lmergence. Raliser une telle quantification, ncessiterait de disposer doutils de surveillance trs sensibles (tant dans le monde animal que dans le monde humain) portant sur les mcanismes de rsistance et non exclusivement sur les phnotypes de sensibilit. Ds lors, il pourrait tre possible prospectivement de quantifier la vitesse dmergence dun mcanisme de rsistance dans un des deux mondes aprs quil ait merg dans lautre16. De plus, valuer le flux de gnes entre les populations bactriennes humaines et animales, ncessiterait de dvelopper des outils biologiques appropris et suffisamment prcis, permettant : 1 - de pouvoir faire la part du flux de gnes et du flux bactrien, 2 - reconnatre lcosystme dorigine , humain ou animal, de la bactrie ou du mcanisme de rsistance. A ce titre il faut noter que le problme est rendu encore plus complexe puisque les genres bactriens dintrt (par exemple entrobactries) cohabitent dans le mme cosystme intestinal o des changes peuvent se produire. Ceci reste actuellement de lordre de la recherche quil est indispensable de promouvoir Nanmoins, il pourrait tre envisag dans un premier temps de promouvoir une surveillance des mcanismes de rsistance, lie la surveillance du phnotype de rsistance, chez lhomme et chez lanimal. Parmi les gnes possiblement impliqus dans un flux entre lanimal et lhomme, la situation rencontre chez Salmonella est lvidence surveiller principalement sur deux fronts : la rsistance aux C3G et la multirsistance porte par llot gnomique SGI1. En ce qui concerne la rsistance aux C3G, les gnes impliqus sont encore rarement mis en vidence dans les souches animales et sont disolement trs rcent, ce qui est
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Nous ne faisons pas ici rfrence lutilisation de la thorie de lhorloge molculaire qui reste en dbat.

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particulirement le cas en France. Les pidmies Salmonella sont bien videmment des circonstances favorables une diffusion rapide de nouveaux gnes de rsistance et parfois dans des zones gographiques tendues et loignes. Ce qui a t rcemment le cas aux USA avec S. Newport vhiculant blaCMY-2. Les E. coli commensaux peuvent jouer un rle dans la constitution de rservoirs inapparents. La diffusion de SGI1, si elle devait prendre de lampleur, pourrait poser problme surtout si des gnes de virulence y sont prsents. Diffusion des bactries rsistantes entre lanimal et lHomme La diffusion de lanimal lHomme de bactries rsistantes aux antibiotiques est non seulement possible mais de nombreux arguments attestent de sa ralit pour certains pathognes. Il sagit tant des Campylobacter que des Salmonella non typhi dont il a pu tre observ que certaines souches rsistantes avaient t impliques dans des phnomnes pidmiques. Bien que lorigine alimentaire des infections ces bactries rsistantes ne soit pas exclusive, plusieurs tudes attestent de la ralit de ce mode de transmission. Concernant les entrocoques, si linfluence sur la flore digestive individuelle de lingestion alimentaire dentrocoques rsistants la vancomycine peut tre considre comme exprimentalement dmontre, rien nindique que la prsence de cette bactrie dans lalimentation soit suffisante pour que la transmission soit relle. Des travaux de recherche portant sur ce point notamment dans lalimentation des personnes risque dinfection cette bactrie devraient tre mis en uvre. Mieux suivre la diffusion des souches rsistantes entre lanimal et lHomme ne peut se faire sans un renforcement dune surveillance coordonne chez lHomme et chez lanimal, tant du point de vue des mthodes biologiques, des mthodes pidmiologiques, que pour optimiser la ractiv des alertes ventuelles. Consquences pour la sant humaine Limpact sur la sant humaine et notamment sur la ltalit, de la rsistance la vancomycine lors des infections nosocomiales lies aux entrocoques, doit tre considr comme suffisamment document. Mais concernant spcifiquement la France, ce phnomne reste actuellement plutt mineur. Les consquences de la rsistance aux antibiotiques lors des infections S. aureus et lors des infections bactries Gram ngatif restent controverses. Nanmoins, plusieurs travaux rendent vraisemblable lhypothse dune augmentation des dures dhospitalisations et de la ltalit lies ces infections. Il est vident que sur ces questions la dynamique de recherche pidmiologique est insuffisante en France et quil manque une valuation et un suivi du burden of diseases ( fardeau de la maladie ) li la rsistance aux antibiotiques. Concernant plus spcifiquement les infections zoonotiques (notamment les infections Salmonella et Campylobacter), les travaux publis, sont susceptibles la fois de remettre en cause les "dogmes" concernant la prescription des antibiotiques lors des diarrhes bactriennes, notamment chez les personnes les plus fragiles, et constituent un des arguments actuellement les plus solides pour incriminer l'usage des antibiotiques chez l'animal comme tant susceptible d'avoir un impact sur la sant humaine. Nanmoins, lextrapolation la France de rsultats issus du Danemark (pour la plupart dentre eux) ou des Etats-Unis, est ncessairement hasardeuse et il est en France actuellement impossible de quantifier raisonnablement et de suivre sur le temps, les consquences de la rsistance aux antibiotiques chez ces pathognes. Il est indispensable de mettre en uvre de telles valuations. A dfaut de sengager sur cette voie, nous risquerions de rester dans une situation que lon peut qualifier du syndrome du lampadaire ; cest dire o labsence dclairage de ces consquences peut conduire dans un premier temps viter dy porter une attention, mais aussi au risque de dcouvrir avec retard son importance. Il faut souligner que dun point de vue technique rien ninterdit quen France soient mis en uvre des travaux comparables ceux du Danemark, en sappuyant notamment sur les Centre Nationaux de Rfrence et sur les autres bases de donnes sanitaires.

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Modlisation mathmatique et analyse quantitative des risques Jusqu ces dernires annes, les principaux obstacles la construction de ces modles taient relatifs la faiblesse (voire labsence) de donnes fiables concernant lexposition des populations aux antibiotiques chez lanimal et chez lHomme ainsi qu la faiblesse des donnes de surveillance de la rsistance bactrienne concernant les pathognes zoonotiques. Si les systmes dinformations concernant la rsistance bactrienne aux antibiotiques et lusage des antibiotiques, ne sont pas encore optimaux, ils ont fait lobjet durant ces dernires annes damliorations importantes permettant de disposer dinformations interprtables et utilisables pour la dcision (Annexe 16). Les progrs rcents dans ces deux domaines rendent raliste la perspective de dvelopper une analyse quantitative des risques crdible, puisquil devient la fois possible : 1 - de confronter la formalisation mathmatique aux donnes, 2 destimer les paramtres partir des informations disponibles. La construction et la validation de modles dexposition humaine tenant compte des diffrences de comportement en termes dexposition humaine selon les espces bactriennes doivent tre dveloppes. Ceci permettrait : 1 - dvaluer les principales sources de contributions aux dclenchements de maladies chez lhomme et la contribution de la slection/amplification de la rsistance aux antibiotiques dans le rservoir animal au dveloppement de la rsistance chez lhomme, 2 danticiper ce quil est possible dattendre de loptimisation de lusage des antibiotiques dans le monde animal et chez lHomme, pour minimiser les risques sanitaires lis la rsistance bactrienne.

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VI. Bibliographie
Aarestrup, F. M., L. Y. Agers, et al. (2000). "Antimicrobial susceptibility and presence of resistance genes in staphylococci from poultry." Vet Microbiol 74(4): 353-64. Aarestrup, F. M., Y. Agerso, et al. (2000). "Comparison of antimicrobial resistance phenotypes and resistance genes in Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium from humans in the community, broilers, and pigs in Denmark." Diagn Microbiol Infect Dis 37(2): 127-37. Aarestrup, F. M., H. Hasman, et al. (2004). "International spread of bla(CMY-2)-mediated cephalosporin resistance in a multiresistant Salmonella enterica serovar Heidelberg isolate stemming from the importation of a boar by Denmark from Canada." Antimicrob Agents Chemother 48(5): 1916-7. Aarestrup, F. M. and L. B. Jensen (2002). "Trends in antimicrobial susceptibility in relation to antimicrobial usage and presence of resistance genes in Staphylococcus hyicus isolated from exudative epidermitis in pigs." Vet Microbiol 89(1): 83-94. Aarestrup, F. M. and P. M. McNicholas (2002). "Incidence of high-level evernimicin resistance in Enterococcus faecium among food animals and humans." Antimicrob Agents Chemother 46(9): 3088-90. Afssa-b (2002). Rapport intermdiaire : utilisation des antibiotiques chez l'animal et rsistance aux antibiotiques chez les bactries d'origine animale. Programme franais 1999 - 2000. Allen, K. J. and C. Poppe (2002). "Occurrence and characterization of resistance to extended-spectrum cephalosporins mediated by beta-lactamase CMY-2 in Salmonella isolated from food-producing animals in Canada." Can J Vet Res 66(3): 137-44. Anderson, E. S. (1968). "Drug resistance in Salmonella typhimurium and its implications." Br Med J 3(614): 333-9. Angulo, F. J., K. R. Johnson, et al. (2000). "Origins and consequences of antimicrobialresistant nontyphoidal Salmonella: implications for the use of fluoroquinolones in food animals." Microb Drug Resist 6(1): 77-83. Anonymous (2003). Epidmie de salmonellose Salmonella Newport multirsistante due la consommation de viande de cheval, mai -juin 2003, Institut de veille sanitaire France. Anonymous (2004). National Nosocomial Infections Surveillance (NNIS) System Report, data summary from January 1992 through June 2004,. Am J Infect Control, Centers for Disease Control and prevention. 32: 470-85. Anonymous (2004). Staphylococcus aureus de sensibilit diminue aux glycopeptides (GISA) dans les hpitaux en France (2000-2001), Institut de veille sanitaire: 35. Arcangioli, M. A., S. Leroy-Setrin, et al. (1999). "A new chloramphenicol and florfenicol resistance gene flanked by two integron structures in Salmonella typhimurium DT104." FEMS Microbiol Lett 174(2): 327-32. Arcangioli, M. A., S. Leroy-Setrin, et al. (2000). "Evolution of chloramphenicol resistance, with emergence of cross-resistance to florfenicol, in bovine Salmonella Typhimurium strains implicates definitive phage type (DT) 104." J Med Microbiol 49(1): 103-10. Arioli, V. and R. Pallanza (1987). "Teicoplanin-resistant coagulase-negative staphylococci." Lancet 1(8523): 39. Armand-Lefevre, L., V. Leflon-Guibout, et al. (2003). "Imipenem resistance in Salmonella enterica serovar Wien related to porin loss and CMY-4 beta-lactamase production." Antimicrob Agents Chemother 47(3): 1165-8. Astagneau, P., C. Rioux, et al. (2001). "Morbidity and mortality associated with surgical site infections: results from the 1997-1999 INCISO surveillance." J Hosp Infect 48(4): 267-74.

160

Aubry-Damon, H., K. Grenet, et al. (2004). "Antimicrobial resistance in commensal flora of pig farmers." Emerg Infect Dis 10(5): 873-9. Barza, M. and K. Travers (2002). "Excess infections due to antimicrobial resistance: the "Attributable Fraction"." Clin Infect Dis 34 Suppl 3: S126-30. Bates, J. (1997). "Epidemiology of vancomycin-resistant enterococci in the community and the relevance of farm animals to human infection." J Hosp Infect 37: 89-101. Bates, J., J. Z. Jordens, et al. (1994). "Farm animals as a putative reservoir for vancomycinresistant enterococcal infection in man." J Antimicrob Chemother 34: 507-514. Bentorcha, F., D. Clermont, et al. (1992). "Natural occurrence of structures in oral streptococci and enterococci with DNA homology to Tn916." Antimicrob Agents Chemother 36(1): 59-63. Bhavnani, S. M., J. A. Drake, et al. (2000). "A nationwide, multicenter, case-control study comparing risk factors, treatment, and outcome for vancomycin-resistant and susceptible enterococcal bacteremia." Diagn Microbiol Infect Dis 36(3): 145-58. Bingen, E., P. Bidet, et al. (2004). "Emergence of macrolide-resistant Streptococcus pyogenes strains in French children." Antimicrob Agents Chemother 48(9): 3559-62. Bismuth, R., R. Zilhao, et al. (1990). "Gene heterogeneity for tetracycline resistance in Staphylococcus spp." Antimicrob Agents Chemother 34(8): 1611-4. Blickwede, M. and S. Schwarz (2004). "Molecular analysis of florfenicol-resistant Escherichia coli isolates from pigs." J Antimicrob Chemother 53(1): 58-64. Boisivon, A., M. Thibault, et al. (1997). "Colonization by vancomycin-resistant enterococci of the intestinal tract of patients in intensive care units from French general hospitals." Clin Microbiol Infect 3(2): 175-179. Bonnet, R. (2004). "Growing group of extended-spectrum beta-lactamases: the CTX-M enzymes." Antimicrob Agents Chemother 48(1): 1-14. Boyd, D., A. Cloeckaert, et al. (2002). "Characterization of variant Salmonella genomic island 1 multidrug resistance regions from serovars Typhimurium DT104 and Agona." Antimicrob Agents Chemother 46(6): 1714-22. Boyd, D., G. A. Peters, et al. (2001). "Complete nucleotide sequence of a 43-kilobase genomic island associated with the multidrug resistance region of Salmonella enterica serovar Typhimurium DT104 and its identification in phage type DT120 and serovar Agona." J Bacteriol 183(19): 5725-32. Bradford, P. A., Y. Yang, et al. (1998). "CTX-M-5, a novel cefotaxime-hydrolyzing betalactamase from an outbreak of Salmonella typhimurium in Latvia." Antimicrob Agents Chemother 42(8): 1980-4. Branger, C., O. Zamfir, et al. (2005). "Genetic background of Escherichia coli and extendedspectrum beta-lactamase type." Emerg Infect Dis 11(1): 54-61. Briggs, C. E. and P. M. Fratamico (1999). "Molecular characterization of an antibiotic resistance gene cluster of Salmonella typhimurium DT104." Antimicrob Agents Chemother 43(4): 846-9. Brinas, L., M. A. Moreno, et al. (2003). "Detection of CMY-2, CTX-M-14, and SHV-12 betalactamases in Escherichia coli fecal-sample isolates from healthy chickens." Antimicrob Agents Chemother 47(6): 2056-8. Brown, S. D., D. J. Farrell, et al. (2004). "Prevalence and molecular analysis of macrolide and fluoroquinolone resistance among isolates of Streptococcus pneumoniae collected during the 2000-2001 PROTEKT US Study." J Clin Microbiol 42(11): 49807. Carattoli, A., F. Tosini, et al. (2002). "Characterization of plasmids carrying CMY-2 from expanded-spectrum cephalosporin-resistant Salmonella strains isolated in the United States between 1996 and 1998." Antimicrob Agents Chemother 46(5): 1269-72. Carias, L. L., S. D. Rudin, et al. (1998). "Genetic linkage and cotransfer of a novel, vanBcontaining transposon (Tn5382) and a low-affinity penicillin-binding protein 5 gene in a clinical vancomycin-resistant Enterococcus faecium isolate." J Bacteriol 180(17): 4426-34.

161

Carmeli, Y., N. Troillet, et al. (1999). "Health and economic outcomes of antibiotic resistance in Pseudomonas aeruginosa." Arch Intern Med 159(10): 1127-32. Casin, I., J. Breuil, et al. (1999). "Multidrug-resistant human and animal Salmonella typhimurium isolates in France belong predominantly to a DT104 clone with the chromosome- and integron-encoded beta-lactamase PSE-1." J Infect Dis 179(5): 1173-82. Chang, S., D. M. Sievert, et al. (2003). "Infection with vancomycin-resistant Staphylococcus aureus containing the vanA resistance gene." N Engl J Med 348(14): 1342-7. Chaslus-Dancla, E., Y. Glupcznski, et al. (1989). "Detection of apramycin resistant Enterobacteriaceae in hospital isolates." FEMS Microbiol Lett 52(3): 261-5. Chaslus-Dancla, E., J. L. Martel, et al. (1986). "Emergence of aminoglycoside 3-Nacetyltransferase IV in Escherichia coli and Salmonella typhimurium isolated from animals in France." Antimicrob Agents Chemother 29(2): 239-43. Chaslus-Dancla, E., P. Pohl, et al. (1991). "High genetic homology between plasmids of human and animal origins conferring resistance to the aminoglycosides gentamicin and apramycin." Antimicrob Agents Chemother 35(3): 590-3. Chiu, C. H., T. L. Wu, et al. (2002). "The emergence in Taiwan of fluoroquinolone resistance in Salmonella enterica serotype choleraesuis." N Engl J Med. 346(6): 413-419. Chow, J. W., M. J. Zervos, et al. (1997). "A novel gentamicin resistance gene in Enterococcus." Antimicrob Agents Chemother 41(3): 511-4. Cisneros, J. M., M. J. Reyes, et al. (1996). "Bacteremia due to Acinetobacter baumannii: epidemiology, clinical findings, and prognostic features." Clin Infect Dis 22(6): 102632. Clark, N. C., L. M. Weigel, et al. (2005). "Comparison of Tn1546-Like Elements in Vancomycin-Resistant Staphylococcus aureus Isolates from Michigan and Pennsylvania." Antimicrob Agents Chemother 49(1): 470-2. Cloeckaert, A. and S. Schwarz (2001). "Molecular characterization, spread and evolution of multidrug resistance in Salmonella enterica typhimurium DT104." Vet Res 32(3-4): 301-10. Cloeckaert, A., K. Sidi Boumedine, et al. (2000). "Occurrence of a Salmonella enterica serovar typhimurium DT104-like antibiotic resistance gene cluster including the floR gene in S. enterica serovar agona." Antimicrob Agents Chemother 44(5): 1359-61. collaborators, C. s. s. s. (2002). "Ciprofloxacin resistance in Campylobacter jejuni : casecase analysis as a tool for elucidating risks at home and abroad." J Antimicrob Chemother 50: 561-568. Coque, T. M., J. F. Tomayko, et al. (1996). "Vancomycin-resistant enterococci from nosocomial, community, and animal sources in the United States." Antimicrob Agents Chemother 40(11): 2605-9. Corrente, M., G. Greco, et al. (2003). "Methicillin resistance in staphylococci isolated from subclinical mastitis in sheep." New Microbiol 26(1): 39-45. Couto, I., S. W. Wu, et al. (2003). "Development of methicillin resistance in clinical isolates of Staphylococcus sciuri by transcriptional activation of the mecA homologue native to s." J Bacteriol 185(2): 645-53. De Meester, C. and J. Rondelet (1976). "Microbial acetylation of M factor of virginiamycin." J Antibiot (Tokyo) 29(12): 1297-305. Decousser, J. W., P. Ovetchkine, et al. (2004). "Multicentre study of the molecular epidemiology, serotypes and antimicrobial susceptibility patterns of invasive Streptococcus pneumoniae invasive isolated from children in the Ille de France area." Eur J Clin Microbiol Infect Dis 23(1): 27-33. Desenclos, J. C. and D. Guillemot (2004). "Consequences of bacterial resistance to antimicrobial agents." Emerg Infect Dis 10(4): 759-60. Devriese, L. A., M. Baele, et al. (2002). "Identification and antimicrobial susceptibility of Staphylococcus chromogenes isolates from intramammary infections of dairy cows." Vet Microbiol 87(2): 175-82.

162

Di Conza, J., J. A. Ayala, et al. (2002). "Novel class 1 integron (InS21) carrying blaCTX-M-2 in Salmonella enterica serovar infantis." Antimicrob Agents Chemother 46(7): 225761. Donabedian, S. M., M. B. Perri, et al. (2001). "Quinupristin-dalfopristin resistance in Enterococcus faecium isolated from humans, farm animals and retail food (abstract C2-1872).)." 139. Donabedian, S. M., L. A. Thal, et al. (2003). "Molecular characterization of gentamicinresistant Enterococci in the United States: evidence of spread from animals to humans through food." J Clin Microbiol 41(3): 1109-13. Doublet, B., D. Boyd, et al. (2005). "The Salmonella genomic island 1 is an integrative mobilizable element." Mol Microbiol 55(6): 1911-24. Doublet, B., A. Carattoli, et al. (2004). "Plasmid-mediated florfenicol and ceftriaxone resistance encoded by the floR and bla(CMY-2) genes in Salmonella enterica serovars Typhimurium and Newport isolated in the United States." FEMS Microbiol Lett 233(2): 301-5. Doublet, B., R. Lailler, et al. (2003). "Variant Salmonella genomic island 1 antibiotic resistance gene cluster in Salmonella enterica serovar Albany." Emerg Infect Dis 9(5): 585-91. Doublet, B., S. Schwarz, et al. (2005). "The florfenical resistance gene floR is part of a novel transposon." Antimicrob Agents Chemother in press. Doublet, B., S. Schwarz, et al. (2002). "Molecular analysis of chromosomally florfenicolresistant Escherichia coli isolates from France and Germany." J Antimicrob Chemother 49(1): 49-54. Dublanchet, A., C. J. Soussy, et al. (1977). "[Resistance to streptogramin antibiotics in "Staphylococcus aureus" (author's transl)]." Ann Microbiol (Paris) 128A(3): 277-87. Eady, E. A., J. I. Ross, et al. (1993). "Distribution of genes encoding erythromycin ribosomal methylases and an erythromycin efflux pump in epidemiologically distinct groups of staphylococci." J Antimicrob Chemother 31(2): 211-7. Eckert, C., V. Gautier, et al. (2004). "Dissemination of CTX-M-type beta-lactamases among clinical isolates of Enterobacteriaceae in Paris, France." Antimicrob Agents Chemother 48(4): 1249-55. Edmond, M. B., J. F. Ober, et al. (1996). "Vancomycin-resistant enterococcal bacteremia: natural history and attributable mortality." Clin Infect Dis 23(6): 1234-9. Endtz, H. P., G. J. Ruijs, et al. (1991). "Quinolone resistance in Campylobacter isolated from man and poultry following the introduction of fluoroquinolones in veterinary medicine." J Antimicrob Chemother 27(2): 199-208. Engberg, J., J. Neimann, et al. (2004). "Quinolone-resistant Campylobacter infections: risk factors and clinical consequences." Emerg Infect Dis 10(6): 1056-63. Espi, E. and F. X. Weill (2003). " Outbreak of multidrug-resistant Salmonella Newport due to the consumption of horse meat in France." Eurosurveillance weekly July (7)( 27). Fey, P. D., T. J. Safranek, et al. (2000). "Ceftriaxone-resistant Salmonella infection acquired by a child from cattle." N Engl J Med 342(17): 1242-9. Fontana, R., M. Ligozzi, et al. (1996). "Intrinsic penicillin resistance in enterococci." Microb Drug Resist 2(2): 209-13. Frohloff, G. (2001). "Why is transmission of vancomycin-resistant enterococci on the increase?" Prog Transplant 11(1): 17-22. Galan, J. C., M. I. Morosini, et al. (2003). "Haemophilus influenzae bla(ROB-1) mutations in hypermutagenic deltaampC Escherichia coli conferring resistance to cefotaxime and beta-lactamase inhibitors and increased susceptibility to cefaclor." Antimicrob Agents Chemother 47(8): 2551-7. Garbutt, J. M., M. Ventrapragada, et al. (2000). "Association between resistance to vancomycin and death in cases of Enterococcus faecium bacteremia." Clin Infect Dis 30(3): 466-72.

163

Garnier, F., A. Ducancelle, et al. (2004). "High incidence of vancomycin resistance in Enterococcus faecalis strains in a French hospital." Int J Antimicrob Agents 23(5): 529-30. Garnier, F., K. Gambarotto, et al. (2004). "Molecular study of vancomycin-resistant enterococci isolated from humans and from food in a cattle-rearing area of France." J Antimicrob Chemother 54(1): 236-9. Gazouli, M., E. Tzelepi, et al. (1998). "Two novel plasmid-mediated cefotaxime-hydrolyzing beta-lactamases (CTX-M-5 and CTX-M-6) from Salmonella Typhimurium." FEMS Microbiol Lett 165: 289-93. Gevers, D., M. Danielsen, et al. (2003). "Molecular characterization of tet(M) genes in Lactobacillus isolates from different types of fermented dry sausage." Appl Environ Microbiol 69(2): 1270-5. Gibreel, A., O. Skold, et al. (2004). "Characterization of plasmid-mediated aphA-3 kanamycin resistance in Campylobacter jejuni." Microb Drug Resist 10: 98-105. Gierczynski, R., J. Szych, et al. (2003). "The molecular characterisation of the extended spectrum beta-lactamase (ESBL) producing strain of Salmonella enterica serovar Mbandaka isolated in Poland." Acta Microbiol Pol 52(2): 183-90. Gleason, T. G., T. D. Crabtree, et al. (1999). "Prediction of poorer prognosis by infection with antibiotic-resistant gram-positive cocci than by infection with antibiotic-sensitive strains." Arch Surg 134(10): 1033-40. Goni, P., Y. Vergara, et al. (2004). "Antibiotic resistance and epidemiological typing of Staphylococcus aureus strains from ovine and rabbit mastitis." Int J Antimicrob Agents 23(3): 268-72. Goossens, H., M. Ferech, et al. (2005). "Outpatient antibiotic use in Europe and association with resistance: a cross-national database study." Lancet 365(9459): 579-87. Gortel, K., K. L. Campbell, et al. (1999). "Methicillin resistance among staphylococci isolated from dogs." Am J Vet Res 60(12): 1526-30. Guerin, F., J. D. Perrier-Gros-Claude, et al. (1998). "[Vancomycin resistant enterococcus in France. High prevalence in a young ambulatory care patient population]." Presse Med 27(28): 1427-9. Guillemot, D., P. Maugendre, et al. (2004). "Consommation des antibiotiques en France." BEH 32-33: 144-7. Gupta, A., J. Fontana, et al. (2003). "Emergence of multidrug-resistant Salmonella enterica serotype Newport infections resistant to expanded-spectrum cephalosporins in the United States." J Infect Dis 188(11): 1707-16. Hammerun, A. M., L. B. Jensen, et al. (1998). "Detection of the SatA gene and transferability of virginyamycin resistance in Enterococcus faecium from food-animals." FEMS Microbiol Lett 168: 145-151. Hancock, D., T. Besser, et al. (2000). The global epidemiology of multidrugresistant Salmonella enterica serovar Typhimurium DT104. Emerging Diseases of animals. C. Brown and C. Bolin. Washington D.C., ASM press: 217-243. Hanninen, M. L., P. Perko-Makela, et al. (2000). "A three-year study of Campylobacter jejuni genotypes in humans with domestically acquired infections and in chicken samples from the Helsinki area." J Clin Microbiol 38: 1998-2000. Hanrahan, J., C. Hoyen, et al. (2000). "Geographic distribution of a large mobile element that transfers ampicillin and vancomycin resistance between Enterococcus faecium strains." Antimicrob Agents Chemother 44(5): 1349-51. Harbarth, S., P. Rohner, et al. (1999). "Impact and pattern of gram-negative bacteraemia during 6 y at a large university hospital." Scand J Infect Dis 31(2): 163-8. Harris, A., C. Torres-Viera, et al. (1999). "Epidemiology and clinical outcomes of patients with multiresistant Pseudomonas aeruginosa." Clin Infect Dis 28(5): 1128-33. Harthug, S., G. E. Eide, et al. (2000). "Nosocomial outbreak of ampicillin resistant Enterococcus faecium: risk factors for infection and fatal outcome." J Hosp Infect 45(2): 135-44.

164

Hasegawa, K., K. Yamamoto, et al. (2003). "Diversity of ampicillin-resistance genes in Haemophilus influenzae in Japan and the United States." Microb Drug Resist 9(1): 39-46. Hauschild, T., C. Kehrenberg, et al. (2003). "Tetracycline resistance in staphylococci from free-living rodents and insectivores." J Vet Med B Infect Dis Vet Public Health 50(9): 443-6. Heisig, P., E. Graser, et al. (1993). "Fluoroquinolone resistance in Salmonella Typhimurium." Proc 18 th international congress of chemotherapy, Stockholm, Abstract N 424. Heisig, P., B. Kratz, et al. (1995). "Identification of DNA gyrase A mutations in ciprofloxacinresistant isolates of Salmonella typhimurium from men and cattle in Germany." Microb Drug Resist 1(3): 211-8. Helms, M., J. Simonsen, et al. (2005). "Adverse health events associated with antimicrobial drug resistance in Campylobacter species: a registry-based cohort study." J Infect Dis 191(7): 1050-5. Helms, M., P. Vastrup, et al. (2002). "Excess mortality associated with antimicrobial drugresistant Salmonella typhimurium." Emerg Infect Dis 8(5): 490-5. Hershberger, E., S. Donabedian, et al. (2004). "Quinupristin-dalfopristin resistance in grampositive bacteria: mechanism of resistance and epidemiology." Clin Infect Dis 38(1): 92-8. Hiramatsu, K., N. Aritaka, et al. (1997). "Dissemination in Japanese hospitals of strains of Staphylococcus aureus heterogeneously resistant to vancomycin." Lancet 350(9092): 1670-3. Holmberg, S. D., S. L. Solomon, et al. (1987). "Health and economic impacts of antimicrobial resistance." Rev Infect Dis 9(6): 1065-78. Holmberg, S. D., J. G. Wells, et al. (1984). "Animal-to-man transmission of antimicrobialresistant Salmonella: investigations of U.S. outbreaks, 1971-1983." Science 225(4664): 833-5. Howard, A. J., T. D. Joseph, et al. (1990). "The emergence of ciprofloxacin resistance in Salmonella typhimurium." J Antimicrob Chemother 26(2): 296-8. Huys, G., K. D'Haene, et al. (2004). "Prevalence and molecular characterization of tetracycline resistance in Enterococcus isolates from food." Appl Environ Microbiol 70(3): 1555-62. Jensen, L. B. (1998). "Differences in the occurrence of two base pair variants of Tn1546 from vancomycin-resistant enterococci from humans, pigs, and poultry." Antimicrob Agents Chemother 42(9): 2463-4. Joels, C. S., B. D. Matthews, et al. (2003). "Clinical characteristics and outcomes of surgical patients with vancomycin-resistant enterococcal infections." Am Surg 69(6): 514-9. Johnson, A. P., M. Malde, et al. (1995). "Urinary isolates of apramycin-resistant Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae from Dublin." Epidemiol Infect 114(1): 105-12. Jones, M. E., J. A. Karlowsky, et al. (2003). "Epidemiology and antibiotic susceptibility of bacteria causing skin and soft tissue infections in the USA and Europe: a guide to appropriate antimicrobial therapy." Int J Antimicrob Agents 22(4): 406-19. Kapur, D., D. Dorsky, et al. (2000). "Incidence and outcome of vancomycin-resistant enterococcal bacteremia following autologous peripheral blood stem cell transplantation." Bone Marrow Transplant 25(2): 147-52. Kassenborg, H. D., K. E. Smith, et al. (2004). "Fluoroquinolone-resistant Campylobacter infections: eating poultry outside of the home and foreign travel are risk factors." Clin Infect Dis 38 Suppl 3: S279-84. Kassis-Chikhani, N., S. Vimont, et al. (2004). "CTX-M beta-lactamase-producing Escherichia coli in long-term care facilities, France." Emerg Infect Dis 10(9): 1697-8. Kaszanyitzky, E. J., S. Janosi, et al. (2003). "Antibiotic resistance of staphylococci from humans, food and different animal species according to data of the Hungarian resistance monitoring system in 2001." Acta Vet Hung 51(4): 451-64. Kawano, J., A. Shimizu, et al. (1996). "Isolation of methicillin-resistant coagulase-negative staphylococci from chickens." J Clin Microbiol 34(9): 2072-7.

165

Khan, A. A., M. S. Nawaz, et al. (2002). "Detection and characterization of erythromycinresistant methylase genes in Gram-positive bacteria isolated from poultry litter." Appl Microbiol Biotechnol 59(2-3): 377-81. Khan, S. A., M. S. Nawaz, et al. (2000). "Transfer of erythromycin resistance from poultry to human clinical strains of Staphylococcus aureus." J Clin Microbiol 38(5): 1832-8. Khan, S. A., M. S. Nawaz, et al. (2000). "Characterization of erythromycin-resistant methylase genes from multiple antibiotic resistant Staphylococcus spp isolated from milk samples of lactating cows." Am J Vet Res 61(9): 1128-32. Khao, S. J., I. You, et al. (2000). "Detection of the high level aminoglycoside resistance gene aph(2")-lb in Enterococcus faecium." Antimicrob Agents Chemother 44: 2876-2879. Kim, B. N., J. H. Woo, et al. (2003). "Resistance to extended-spectrum cephalosporins and mortality in patients with Citrobacter freundii bacteremia." Infection 31(4): 202-7. Kim, E. and T. Aoki (1996). "Sequence analysis of the florfenicol resistance gene encoded in the transferable R-plasmid of a fish pathogen, Pasteurella piscicida." Microbiol Immunol 40(9): 665-9. Kim, Y. K., H. Pai, et al. (2002). "Bloodstream infections by extended-spectrum betalactamase-producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in children: epidemiology and clinical outcome." Antimicrob Agents Chemother 46(5): 1481-91. Kimpe, A., A. Decostere, et al. (2004). "Presence and mechanism of macrolide-lincosamide resistance in Enterococcus columbae strains belonging to the intestinal flora of pigeons." Avian Pathol 33(3): 310-3. Klare, I., H. Heier, et al. (1993). "Environmental strains of Enterococcus faecium with inducible high-level resistance to glycopeptides." FEMS Microbiol Lett 106(1): 23-9. Kloos, W. E., D. N. Ballard, et al. (1997). "Ribotype delineation and description of Staphylococcus sciuri subspecies and their potential as reservoirs of methicillin resistance and staphylolytic enzyme genes." Int J Syst Bacteriol 47(2): 313-23. Koeck, J. L., G. Arlet, et al. (1997). "A plasmid-mediated CMY-2 beta-lactamase from an Algerian clinical isolate of Salmonella senftenberg." FEMS Microbiol Lett 152(2): 25560. Kofoed, C. B. and B. Vester (2002). "Interaction of avilamycin with ribosomes and resistance caused by mutations in 23S rRNA." Antimicrob Agents Chemother 46(11): 3339-42. Krcmery, V., Jr., S. Spanik, et al. (1998). "Bacteremia due to multiresistant gram-negative bacilli in neutropenic cancer patients: a case controlled study." J Chemother 10(4): 320-5. Krediet, T. G., M. E. Jones, et al. (1999). "Clinical outcome of cephalothin versus vancomycin therapy in the treatment of coagulase-negative staphylococcal septicemia in neonates: relation to methicillin resistance and mec A gene carriage of blood isolates." Pediatrics 103(3): E29. Lailler, R., F. Grimont, et al. (2002). "Subtyping of Salmonella typhimurium by pulsed-field gel electrophoresis and comparisons with phage types and resistance types." Pathol Biol (Paris) 50(6): 361-8. Lange, C. C., C. Werckenthin, et al. (2003). "Molecular analysis of the plasmid-borne aacA/aphD resistance gene region of coagulase-negative staphylococci from chickens." J Antimicrob Chemother 51(6): 1397-401. Lautenbach, E., W. B. Bilker, et al. (1999). "Enterococcal bacteremia: risk factors for vancomycin resistance and predictors of mortality." Infect Control Hosp Epidemiol 20(5): 318-23. Lautenbach, E. and P. J. Brennan (1997). "Vancomycin resistance and mortality associated with enterococcal bacteremia." Clin Infect Dis 24(3): 530-1. Lautenbach, E., J. B. Patel, et al. (2001). "Extended-spectrum beta-lactamase-producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae: risk factors for infection and impact of resistance on outcomes." Clin Infect Dis 32(8): 1162-71. Leclercq, R. (2002). "Mechanisms of resistance to macrolides and lincosamides: nature of the resistance elements and their clinical implications." Clin Infect Dis 34(4): 482-92.

166

Leclercq, R., E. Derlot, et al. (1988). "Plasmid-mediated resistance to vancomycin and teicoplanin in Enterococcus faecium." N Engl J Med 319(3): 157-61. Leclercq, R., E. Derlot, et al. (1989). "Transferable vancomycin and teicoplanin resistance in Enterococcus faecium." Antimicrob Agents Chemother 33(1): 10-5. Leclercq, R., C. J. Soussy, et al. (2003). "[In vitro activity of the pristinamycin against the isolated staphylococci in the french hospitals in 1999-2000]." Pathol Biol (Paris) 51(7): 400-4. Lee, J. H. (2003). "Methicillin (Oxacillin)-resistant Staphylococcus aureus strains isolated from major food animals and their potential transmission to humans." Appl Environ Microbiol 69(11): 6489-94. Lee, L. A., N. D. Puhr, et al. (1994). "Increase in antimicrobial-resistant Salmonella infections in the United States, 1989-1990." J Infect Dis 170(1): 128-34. Lee, S. C., C. P. Fung, et al. (1999). "Nosocomial infections with ceftazidime-resistant Pseudomonas aeruginosa: risk factors and outcome." Infect Control Hosp Epidemiol 20(3): 205-7. Lelievre, H., G. Lina, et al. (1999). "Emergence and spread in French hospitals of methicillinresistant Staphylococcus aureus with increasing susceptibility to gentamicin and other antibiotics." J Clin Microbiol 37(11): 3452-7. Liebana, E., M. Gibbs, et al. (2004). "Characterization of beta-lactamases responsible for resistance to extended-spectrum cephalosporins in Escherichia coli and Salmonella enterica strains from food-producing animals in the United Kingdom." Microb Drug Resist 10(1): 1-9. Lina, G., A. Quaglia, et al. (1999). "Distribution of genes encoding resistance to macrolides, lincosamides, and streptogramins among staphylococci." Antimicrob Agents Chemother 43(5): 1062-6. Linton, A. H. (1986). "Flow of resistance genes in the environment and from animals to man." J Antimicrob Chemother 18 Suppl C: 189-97. Livrelli, V. O., A. Darfeuille-Richaud, et al. (1988). "Genetic determinant of the ROB-1 betalactamase in bovine and porcine Pasteurella strains." Antimicrob Agents Chemother 32(8): 1282-4. Lodise, T. P., P. S. McKinnon, et al. (2002). "Clinical outcomes for patients with bacteremia caused by vancomycin-resistant enterococcus in a level 1 trauma center." Clin Infect Dis 34(7): 922-9. Lontie, M., J. Verhaegen, et al. (1994). "Salmonella Typhimurium serovar Copenhagen highly resistant to quinolone. J Antimicrobiol 34:845-6. Low, J. C., M. Angus, et al. (1997). "Antimicrobial resistance of Salmonella enterica typhimurium DT104 isolates and investigation of strains with transferable apramycin resistance." Epidemiol Infect 118(2): 97-103. Lucas, G. M., N. Lechtzin, et al. (1998). "Vancomycin-resistant and vancomycin-susceptible enterococcal bacteremia: comparison of clinical features and outcomes." Clin Infect Dis 26(5): 1127-33. Luna, V. A., M. Heiken, et al. (2002). "Distribution of mef(A) in gram-positive bacteria from healthy Portuguese children." Antimicrob Agents Chemother 46(8): 2513-7. Mainous, M. R., P. A. Lipsett, et al. (1997). "Enterococcal bacteremia in the surgical intensive care unit. Does vancomycin resistance affect mortality? The Johns Hopkins SICU Study Group." Arch Surg 132(1): 76-81. Mann, P. A., L. Xiong, et al. (2001). "EmtA, a rRNA methyltransferase conferring high-level evernimicin resistance." Mol Microbiol 41(6): 1349-56. Manson, J. M., S. Keis, et al. (2003). "A clonal lineage of VanA-type Enterococcus faecalis predominates in vancomycin-resistant Enterococci isolated in New Zealand." Antimicrob Agents Chemother 47(1): 204-10. Martel, A., M. Baele, et al. (2001). "Prevalence and mechanism of resistance against macrolides and lincosamides in Streptococcus suis isolates." Vet Microbiol 83(3): 287-97.

167

Martel, A., L. A. Devriese, et al. (2003). "Presence of macrolide resistance genes in streptococci and enterococci isolated from pigs and pork carcasses." Int J Food Microbiol 84(1): 27-32. Martel, A., V. Meulenaere, et al. (2003). "Macrolide and lincosamide resistance in the grampositive nasal and tonsillar flora of pigs." Microb Drug Resist 9(3): 293-7. Martin, L. J., M. Fyfe, et al. (2004). "Increased burden of illness associated with antimicrobial-resistant Salmonella enterica serotype typhimurium infections." J Infect Dis 189(3): 377-84. Matsuhashi, M., M. D. Song, et al. (1986). "Molecular cloning of the gene of a penicillinbinding protein supposed to cause high resistance to beta-lactam antibiotics in Staphylococcus aureus." J Bacteriol 167(3): 975-80. McGee, L., L. McDougal, et al. (2001). "Nomenclature of major antimicrobial-resistant clones of Streptococcus pneumoniae defined by the pneumococcal molecular epidemiology network." J Clin Microbiol 39(7): 2565-71. Mgraud, F. and V. Prouzet-Mauleon (2004). "Evolution de la rsistance des Campylobacters aux antibiotiques en France (1986-2002)." BEH 32-33. Menard, A., F. Dachet, et al. (2005). "Development of a real-time fluorescence resonance energy transfer PCR to identify the main pathogenic Campylobacter spp." Clin Microbiol Infect 11(4): 281-7. Menashe, G., A. Borer, et al. (2001). "Clinical significance and impact on mortality of extended-spectrum beta lactamase-producing Enterobacteriaceae isolates in nosocomial bacteremia." Scand J Infect Dis 33(3): 188-93. Meunier, D., S. Baucheron, et al. (2003). "Florfenicol resistance in Salmonella enterica serovar Newport mediated by a plasmid related to R55 from Klebsiella pneumoniae." J Antimicrob Chemother 51(4): 1007-9. Meunier, D., D. Boyd, et al. (2002). "Salmonella enterica serotype Typhimurium DT 104 antibiotic resistance genomic island I in serotype paratyphi B." Emerg Infect Dis 8(4): 430-3. Mevius, D., L. Devriese, et al. (1998). "Isolation of glycopeptide resistant Streptococcus gallolyticus strains with vanA, vanB, and both vanA and vanB genotypes from faecal samples of veal calves in The Netherlands." J Antimicrob Chemother 42(2): 275-6. Miller, G. H., F. J. Sabatelli, et al. (1997). "The most frequent aminoglycoside resistance mechanisms--changes with time and geographic area: a reflection of aminoglycoside usage patterns? Aminoglycoside Resistance Study Groups." Clin Infect Dis 24 Suppl 1: S46-62. Miriagou, V., P. T. Tassios, et al. (2004). "Expanded-spectrum cephalosporin resistance in non-typhoid Salmonella." Int J Antimicrob Agents 23(6): 547-55. Mulvey, M. R., D. Boyd, et al. (2004). "Emergence of multidrug-resistant Salmonella Paratyphi B dT+, Canada." Emerg Infect Dis 10(7): 1307-10. Murray, B. E. and B. Mederski-Samaroj (1983). "Transferable beta-lactamase. A new mechanism for in vitro penicillin resistance in Streptococcus faecalis." J Clin Invest 72(3): 1168-71. Nelson, J. M., K. E. Smith, et al. (2004). "Prolonged diarrhea due to ciprofloxacin-resistant Campylobacter infection." J Infect Dis 190(6): 1150-7. Newell, K. A., J. M. Millis, et al. (1998). "Incidence and outcome of infection by vancomycinresistant Enterococcus following orthotopic liver transplantation." Transplantation 65(3): 439-42. Noble, W. C., Z. Virani, et al. (1992). "Co-transfer of vancomycin and other resistance genes from Enterococcus faecalis NCTC 12201 to Staphylococcus aureus." FEMS Microbiol Lett 72(2): 195-8. Noskin, G. A., L. R. Peterson, et al. (1995). "Enterococcus faecium and Enterococcus faecalis bacteremia: acquisition and outcome." Clin Infect Dis 20(2): 296-301. Novick, R. P., E. Murphy, et al. (1979). "Penicillinase plasmids of Staphylococcus aureus: restriction-deletion maps." Plasmid 2(1): 109-29.

168

O'Halloran, F., B. Lucey, et al. (2004). "Molecular characterization of class 1 integrons from Irish thermophilic Campylobacter spp." J Antimicrob Chemother 53(6): 952-7. Orloff, S. L., A. M. Busch, et al. (1999). "Vancomycin-resistant Enterococcus in liver transplant patients." Am J Surg 177(5): 418-22. Ouabdesselam, S., J. Tankovic, et al. (1996). "Quinolone resistance mutations in the gyrA gene of clinical isolates of Salmonella." Microb Drug Resist 2(3): 299-302. Ozawa, Y., K. Tanimoto, et al. (2002). "Vancomycin-resistant enterococci in humans and imported chickens in Japan." Appl Environ Microbiol 68(12): 6457-61. Pangon, B., P. Pina, et al. (1999). "Antimicrobial susceptibility of 471 enterococcal strains responsible for infections at 101 French hospitals. College de Bacteriologie, Virologie, Hygiene des Hopitaux." Eur J Clin Microbiol Infect Dis 18(11): 836-8. Papanicolaou, G. A., B. R. Meyers, et al. (1996). "Nosocomial infections with vancomycinresistant Enterococcus faecium in liver transplant recipients: risk factors for acquisition and mortality." Clin Infect Dis 23(4): 760-6. Paterson, D. L. (2001). "Extended-spectrum beta-lactamases: the European experience." Curr Opin Infect Dis 14(6): 697-701. Paulsen, I. T., L. Banerjei, et al. (2003). "Role of mobile DNA in the evolution of vancomycinresistant Enterococcus faecalis." Science 299(5615): 2071-4. Perreten, V., N. Giampa, et al. (1998). "Antibiotic resistance genes in coagulase-negative staphylococci isolated from food." Syst Appl Microbiol 21(1): 113-20. Perri, M. B., S. Donabedian, et al. (2002). "A unique human isolate with the gene conferring vat(E) mediated quinupristin-dalfopristin resistance in enterococci." 100. Perrin-Guyomard, A., C. Soumet, et al. (2005). "Susceptibility of Bacteria Isolated from Pasteurized Milk and Characterization of Macrolide-Lincosamide-Streptogramin Resistance Genes." J Food Prot. Petersen, A. and A. Dalsgaard (2003). "species composition and antimicrobial resistance genes of Enterococcus spp. isolated from integrated and traditional fish farms in Thailand." Environ Microbiol 5: 395-402. Petros, A. J., M. O'Connell, et al. (2001). "Systemic antibiotics fail to clear multidrug-resistant Klebsiella from a pediatric ICU." Chest 119(3): 862-6. Petsaris, O., F. Miszczak, et al. (2005). "Combined antimicrobial resistance in Enterococcus faecium isolated from chickens." Appl Environ Microbiol 71(5): 2796-2799. Philippon, A., G. Arlet, et al. (2002). "Plasmid-determined AmpC-type beta-lactamases." Antimicrob Agents Chemother 46(1): 1-11. Piddock, L. J. (1995). "Mechanisms of resistance to fluoroquinolones: state-of-the-art 19921994." Drugs 49 Suppl 2: 29-35. Piddock, L. J. (1995). "Quinolone resistance and Campylobacter spp." J Antimicrob Chemother 36(6): 891-8. Pohl, P., Y. Glupczynski, et al. (1993). "Replicon typing characterization of plasmids encoding resistance to gentamicin and apramycin in Escherichia coli and Salmonella typhimurium isolated from human and animal sources in Belgium." Epidemiol Infect 111(2): 229-38. Power, E. G., Y. H. Abdulla, et al. (1995). "vanA genes in vancomycin-resistant clinical isolates of Oerskovia turbata and Arcanobacterium (Corynebacterium) haemolyticum." J Antimicrob Chemother 36(4): 595-606. Poyart, C., C. Pierre, et al. (1997). "Emergence of vancomycin resistance in the genus Streptococcus: characterization of a vanB transferable determinant in Streptococcus bovis." Antimicrob Agents Chemother 41(1): 24-9. Quale, J., D. Landman, et al. (1996). "Experience with a hospital-wide outbreak of vancomycin-resistant enterococci." Am J Infect Control 24(5): 372-9. Rankin, S. C., H. Aceto, et al. (2002). "Molecular characterization of cephalosporin-resistant Salmonella enterica serotype Newport isolates from animals in Pennsylvania." J Clin Microbiol 40(12): 4679-84. Raymond, D. P., S. J. Pelletier, et al. (2003). "Impact of antibiotic-resistant Gram-negative bacilli infections on outcome in hospitalized patients." Crit Care Med 31(4): 1035-41.

169

Raze, D., O. Dardenne, et al. (1998). "The gene encoding the low-affinity penicillin-binding protein 3r in Enterococcus hirae S185R is borne on a plasmid carrying other antibiotic resistance determinants." Antimicrob Agents Chemother 42(3): 534-9. Rende-Fournier, R., R. Leclercq, et al. (1993). "Identification of the satA gene encoding a streptogramin A acetyltransferase in Enterococcus faecium BM4145." Antimicrob Agents Chemother 37(10): 2119-25. Ridley, A. and E. J. Threlfall (1998). "Molecular epidemiology of antibiotic resistance genes in multiresistant epidemic Salmonella typhimurium DT 104." Microb Drug Resist 4(2): 113-8. Romero, L., L. Lopez, et al. (2004). "Characterization of the first CTX-M-14-producing Salmonella enterica serotype Enteritidis isolate." J Antimicrob Chemother 53(6): 1113-4. Rubin, L. G., A. A. Medeiros, et al. (1981). "Ampicillin treatment failure of apparently betalactamase-negative Haemophilus influenzae type b meningitis due to novel betalactamase." Lancet 2(8254): 1008-10. Saenz, Y., M. Zarazaga, et al. (2000). "Antibiotic resistance in Campylobacter strains isolated from animals: Foods, and humans in Spain in 1997-1998." Antimicrob Agents Chemother 44(2): 267-271. Salauze, D., I. Otal, et al. (1990). "Aminoglycoside acetyltransferase 3-IV (aacC4) and hygromycin B 4-I phosphotransferase (hphB) in bacteria isolated from human and animal sources." Antimicrob Agents Chemother 34(10): 1915-20. Sanders, P., F. Humbert, et al. (2002). Abstr. Int. Conf. Antimicrob. Agents Vet. Med.: 122. Sandvang, D., F. M. Aarestrup, et al. (1998). "Characterisation of integrons and antibiotic resistance genes in Danish multiresistant Salmonella enterica Typhimurium DT104." FEMS Microbiol Lett 160(1): 37-41. Schnabel, E. L. and A. L. Jones (1999). "Distribution of tetracycline resistance genes and transposons among phylloplane bacteria in Michigan apple orchards." Appl Environ Microbiol 65(11): 4898-907. Schroeder, C. M., C. Zhao, et al. (2002). "Antimicrobial resistance of Escherichia coli O157 isolated from humans, cattle, swine, and food." Appl Environ Microbiol 68(2): 576-81. Schwalbe, R. S., J. T. Stapleton, et al. (1987). "Emergence of vancomycin resistance in coagulase-negative staphylococci." N Engl J Med 316(15): 927-31. Schwarz, S., P. D. Gregory, et al. (1996). "A novel plasmid from Staphylococcus epidermidis specifying resistance to kanamycin, neomycin and tetracycline." J Med Microbiol 45(1): 57-63. Shay, D. K., S. A. Maloney, et al. (1995). "Epidemiology and mortality risk of vancomycinresistant enterococcal bloodstream infections." J Infect Dis 172(4): 993-1000. Shiraki, Y., N. Shibata, et al. (2004). "Escherichia coli producing CTX-M-2 beta-lactamase in cattle, Japan." Emerg Infect Dis 10(1): 69-75. Sifaoui, F., M. Arthur, et al. (2001). "Role of penicillin-binding protein 5 in expression of ampicillin resistance and peptidoglycan structure in Enterococcus faecium." Antimicrob Agents Chemother 45(9): 2594-7. Silverman, J., L. A. Thal, et al. (1998). "Epidemiologic evaluation of antimicrobial resistance in community-acquired enterococci." J Clin Microbiol 36(3): 830-2. Simjee, S., D. G. White, et al. (2002). "Characterization of Tn1546 in vancomycin-resistant Enterococcus faecium isolated from canine urinary tract infections: evidence of gene exchange between human and animal enterococci." J Clin Microbiol 40(12): 4659-65. Smith, K. E., J. M. Besser, et al. (1999). "Quinolone-resistant Campylobacter jejuni infections in Minnesota, 1992-1998. Investigation Team." N Engl J Med 340(20): 1525-32. Soltani, M., D. Beighton, et al. (2000). "Mechanisms of resistance to quinupristin-dalfopristin among isolates of Enterococcus faecium from animals, raw meat, and hospital patients in Western Europe." Antimicrob Agents Chemother 44(2): 433-6. Stroud, L., J. Edwards, et al. (1996). "Risk factors for mortality associated with enterococcal bloodstream infections." Infect Control Hosp Epidemiol 17(9): 576-80.

170

Tardy, F., B. Andral, et al. (2000). Antimicrobial susceptibility status of O157 and O157:H7 strains isolated from bovine slaughtering. Comparison with E coli isolated from sick bovine. A preliminary study . . R. I. d. C. Anti-infectieuse. Paris. Tauxe, R. (1999). Salmonella Enteritidis and Salmonella Typhimurium DT104: successful subtypes inthe modern world. Emerging infections. S. M.W., C. W.A. and H. J.M. Washington D.C., ASM press. 3: 37-53. Tenover, F. C., L. M. Weigel, et al. (2004). "Vancomycin-resistant Staphylococcus aureus isolate from a patient in Pennsylvania." Antimicrob Agents Chemother 48(1): 275-80. Teuber, M., F. Schwarz, et al. (2003). "Molecular structure and evolution of the conjugative multiresistance plasmid pRE25 of Enterococcus faecalis isolated from a rawfermented sausage." Int J Food Microbiol 88(2-3): 325-9. Thal, L. A., J. W. Chow, et al. (1995). "Characterization of antimicrobial resistance in enterococci of animal origin." Antimicrob Agents Chemother 39(9): 2112-5. Threlfall, E. J., I. S. Fisher, et al. (2003). "Antimicrobial drug resistance in isolates of Salmonella enterica from cases of salmonellosis in humans in Europe in 2000: results of international multi-centre surveillance." Euro Surveill 8(2): 41-5. Threlfall, E. J., J. A. Frost, et al. (1994). "Epidemic in cattle and humans of Salmonella typhimurium DT 104 with chromosomally integrated multiple drug resistance." Vet Rec 134(22): 577. Threlfall, E. J., B. Levent, et al. (2005). "Multidrug-resistant Salmonella java." Emerg Infect Dis 11(1): 170-171. Threlfall, E. J., B. Rowe, et al. (1986). "Characterization of plasmids conferring resistance to gentamicin and apramycin in strains of Salmonella typhimurium phage type 204c isolated in Britain." J Hyg (Lond) 97(3): 419-26. Threlfall, E. J., B. Rowe, et al. (1993). "A comparison of multiple drug resistance in Salmonellas from humans and food animals in England and Wales, 1981 and 1990." Epidemiol Infect 111(2): 189-97. Tsai, S. F., M. J. Zervos, et al. (1998). "A new high-level gentamicin resistance gene, aph(2'')-Id, in Enterococcus spp." Antimicrob Agents Chemother 42(5): 1229-32. Tsay, R. W., L. K. Siu, et al. (2002). "Characteristics of bacteremia between communityacquired and nosocomial Klebsiella pneumoniae infection: risk factor for mortality and the impact of capsular serotypes as a herald for community-acquired infection." Arch Intern Med 162(9): 1021-7. Tzouvelekis, L. S., E. Tzelepi, et al. (2000). "CTX-M-type beta-lactamases: an emerging group of extended-spectrum enzymes." Int J Antimicrob Agents 14(2): 137-42. Unicomb, L., J. Ferguson, et al. (2003). "Fluoroquinolone resistance in Campylobacter absent from isolates, Australia." Emerg Infect Dis 9(11): 1482-3. Vacher, S., A. Menard, et al. (2005). "Detection of Mutations Associated with Macrolide Resistance in Thermophilic Campylobacter spp. by Real-Time PCR." Microb Drug Resist 11(1): 40-7. van den Bogaard, A. E., R. Willems, et al. (2002). "Antibiotic resistance of faecal enterococci in poultry, poultry farmers and poultry slaughterers." J Antimicrob Chemother 49(3): 497-505. van Duijkeren, E., A. T. Box, et al. (2003). "[Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) infection in a dog in the Netherlands]." Tijdschr Diergeneeskd 128(10): 3145. Vandenesch, F. and J. Etienne (2004). "How to prevent transmission of MRSA in the open community?" Euro Surveill 9(11). Vandenesch, F., T. Naimi, et al. (2003). "Community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus carrying Panton-Valentine leukocidin genes: worldwide emergence." Emerg Infect Dis 9(8): 978-84. Vanhems, P., A. Lepape, et al. (2000). "Nosocomial pulmonary infection by antimicrobialresistant bacteria of patients hospitalized in intensive care units: risk factors and survival." J Hosp Infect 45(2): 98-106.

171

Varma, J. K., K. Molbak, et al. (2005). "Antimicrobial-resistant nontyphoidal Salmonella is associated with excess bloodstream infections and hospitalizations." J Infect Dis 191(4): 554-61. Vergis, E. N., M. K. Hayden, et al. (2001). "Determinants of vancomycin resistance and mortality rates in enterococcal bacteremia. a prospective multicenter study." Ann Intern Med 135(7): 484-92. Walker, R. A., A. J. Lawson, et al. (2000). "Decreased susceptibility to ciprofloxacin in outbreak-associated multiresistant Salmonella Typhimurium DT 104." Veterinay Record 147: 395-396. Wasteson, Y., S. Hoie, et al. (1994). "Characterization of antibiotic resistance in Streptococcus suis." Vet Microbiol 41(1-2): 41-9. Weigel, L. M., D. B. Clewell, et al. (2003). "Genetic analysis of a high-level vancomycinresistant isolate of Staphylococcus aureus." Science 302(5650): 1569-71. Weill, F. X., R. Lailler, et al. (2004). "Tendances rcentes de la rsistance aux antibiotiques des Salmonella dorigines animale et humaine." BEH 32-33. Weill, F. X., R. Lailler, et al. (2004). "Emergence of extended-spectrum-beta-lactamase (CTX-M-9)-producing multiresistant strains of Salmonella enterica serotype Virchow in poultry and humans in France." J Clin Microbiol 42(12): 5767-73. Welton, L. A., L. A. Thal, et al. (1998). "Antimicrobial resistance in enterococci isolated from Turkey flocks fed virginiamycin." Antimicrob Agents Chemother 42(3): 705-8. Werner, G., I. Klare, et al. (2000). "Quinupristin/dalfopristin-resistant enterococci of the satA (vatD) and satG (vatE) genotypes from different ecological origins in Germany." Microb Drug Resist 6(1): 37-47. Werner, G. and W. Witte (1999). "Characterization of a new enterococcal gene, satG, encoding a putative acetyltransferase conferring resistance to Streptogramin A compounds." Antimicrob Agents Chemother 43(7): 1813-4. Whitener, C. J., S. Y. Park, et al. (2004). "Vancomycin-resistant Staphylococcus aureus in the absence of vancomycin exposure." Clin Infect Dis 38(8): 1049-55. Winokur, P. L., A. Brueggemann, et al. (2000). "Animal and human multidrug-resistant, cephalosporin-resistant Salmonella isolates expressing a plasmid-mediated CMY-2 AmpC beta-lactamase." Antimicrob Agents Chemother 44(10): 2777-83. Winokur, P. L., D. L. Vonstein, et al. (2001). "Evidence for transfer of CMY-2 AmpC betalactamase plasmids between Escherichia coli and Salmonella isolates from food animals and humans." Antimicrob Agents Chemother 45(10): 2716-22. Woodford, N., A. M. Adebiyi, et al. (1998). "Diversity of VanA glycopeptide resistance elements in enterococci from humans and nonhuman sources." Antimicrob Agents Chemother 42(3): 502-8. Wray, C., R. W. Hedges, et al. (1986). "Apramycin and gentamicin resistance in Escherichia coli and Salmonellas isolated from farm animals." J Hyg (Lond) 97(3): 445-56. Wu, S., C. Piscitelli, et al. (1996). "Tracking the evolutionary origin of the methicillin resistance gene: cloning and sequencing of a homologue of mecA from a methicillin susceptible strain of Staphylococcus sciuri." Microb Drug Resist 2(4): 435-41. Yasuda, R., J. Kawano, et al. (2002). "Distribution of mecA-harboring staphylococci in healthy mares." J Vet Med Sci 64(9): 821-7. Yazdankhah, S. P., H. Sorum, et al. (2000). "Comparison of genes involved in penicillin resistance in staphylococci of bovine origin." Microb Drug Resist 6(1): 29-36. Yu, H. S., S. Y. Seol, et al. (2003). "Diversity of tn1546-like elements in vancomycin-resistant enterococci isolated from humans and poultry in Korea." J Clin Microbiol 41(6): 26413. Zhao, J. and T. Aoki (1992). "Nucleotide sequence analysis of the class G tetracycline resistance determinant from Vibrio anguillarum." Microbiol Immunol 36(10): 1051-60. Zhao, S., S. Qaiyumi, et al. (2003). "Characterization of Salmonella enterica serotype newport isolated from humans and food animals." J Clin Microbiol 41(12): 5366-71.

172

Zhao, S., D. G. White, et al. (2001). "Identification and expression of cephamycinase bla(CMY) genes in Escherichia coli and Salmonella isolates from food animals and ground meat." Antimicrob Agents Chemother 45(12): 3647-50.

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Conclusion gnrale
La rsistance aux antibiotiques est un phnomne naturel. Elle peut se dvelopper ou se transmettre travers diffrentes modalits de pression de slection, tels que lusage des antibiotiques chez lhomme, chez les animaux, chez les plantes. Les relations entre les diffrents facteurs ayant un effet sur le dveloppement de la rsistance (bactries, mcanismes de rsistance, antibiotiques, animaux, homme, environnement) sont complexes. Lefficacit clinique dun traitement antibiotique est le rsultat dune interaction entre le principe actif, le sujet trait et la bactrie vise. Chaque traitement individuel a un effet sur les populations de bactries prsentes chez le sujet trait quelles soient pathognes ou commensales. Compte tenu des interactions entre les sujets traits et leur environnement, chaque traitement antibiotique a galement un effet cologique au sein des populations danimaux et de leurs cosystmes. Il est donc ncessaire de faire la distinction entre limpact de lusage des antibiotiques sur les individus pour lesquels lantibiotique a t prescrit et limpact populationnel de lexposition aux antibiotiques. Lanalyse des consquences de lexposition aux antibiotiques des populations humaines ou animales sur la rsistance bactrienne ces molcules, ncessite de faire une distinction entre les consquences portant sur : - lmergence dun nouveau mcanisme de rsistance dans une espce bactrienne qui en tait dpourvue auparavant, - lmergence dune bactrie rsistante dans une population humaine ou animale qui en tait dpourvue auparavant, - la diffusion dune bactrie rsistante dans ces populations La rsistance aux antibiotiques peut tre inhrente une espce ou un genre bactrien (rsistance naturelle ou intrinsque). Par ailleurs, la rsistance peut tre acquise par certaines souches chez une espce habituellement sensible lantibiotique considr. Cette acquisition peut-tre lie une mutation dun gne dj prsent chez la bactrie ou lacquisition dun nouvel ADN port par un lment mobile, plasmide ou transposon. Le risque de transfert de gnes de rsistance de bactries vivantes (ou mme mortes) prsentes chez lanimal ou dans lalimentation, des bactries pathognes de lhomme est li en partie aux bases gntiques de la rsistance. La rsistance intrinsque et la rsistance par mutation sont supposes prsenter un risque minimum de dissmination de gnes alors que les rsistances acquises portes par des lments gntiques mobiles sont considres comme ayant un fort potentiel de dissmination. Cependant, la notion de chromosome stable et fix que lon opposerait un compartiment de gnes mobiles nest pas le reflet de ce que lanalyse des gnomes bactriens squencs nous a appris. La plasticit des chromosomes bactriens est en effet tonnante. Par exemple, lanalyse du gnome dEnterococcus faecalis V583, rcemment squenc (Paulsen et al., 2003), nous montre que le chromosome de cette souche est constitu pour plus dun quart dADN tranger, dont un grand nombre de plasmides intgrs et de gnes de rsistance. En dautres termes, les rsistances portes par des lments mobiles peuvent intgrer le gnome dune espce bactrienne qui en tait dpourvu auparavant, sy stabiliser et contribuer ainsi ladaptation de cette espce son environnement. De mme, seule une partie du chromosome dE. coli est dorigine . Ainsi, lchange dADN entre bactries, mme loignes sur le plan gntique, grce des mcanismes comme la conjugaison, la transduction, la transformation ou la transposition, est un phnomne naturel qui fait partie probablement des mcanismes dvolution du vivant. Il faut aussi considrer que nimporte quel gne responsable de rsistance intrinsque ou mut peut plus facilement dissminer (cest dire tre transfr dautres bactries) quand il est encadr sur le chromosome par des squences dinsertions qui le mobilisent Il peut aussi tre export par un bactriophage ou un plasmide auto-transfrable intgr dans le chromosome. Un exemple bien connu de gnes plasmidiques ayant une origine chromosomique est celui de certains gnes plasmidiques de rsistance aux antibiotiques qui ont pour origine les micro-organismes producteurs dantibiotiques (prsents dans le sol). Ces

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gnes permettent la survie des micro-organismes qui produisent les antibiotiques. Historiquement intrinsques, ces gnes sont considrs aujourdhui comme la source principale des gnes de rsistance plasmidiques dissmins chez les bactries pathognes. Il ny a donc pas dtanchit absolue entre les divers mondes bactriens et les bactries dorigine animale ou humaine ne sauraient faire exception. Ainsi, la question de la plausibilit biologique du transfert de gnes de rsistance de bactries dorigine animale celles dorigine humaine, et rciproquement, est demble rsolue. Cependant, dun point de vue de Sant Publique, la question qui apparat la plus importante est celle lie aux : - rsistances transfrables puisque le degr de risque est sans doute suprieur, - transmissions de bactries dj porteuses de mcanismes de rsistantes. La progression de la rsistance bactrienne aux antibiotiques au sein dune population est issue de linteraction entre plusieurs facteurs : les facteurs dexposition aux antibiotiques des individus de la population, les facteurs conditionnant la possibilit de transmission des bactries rsistantes parmi les individus (contacts inter-individuels directs ou indirects), laptitude intrinsque de la bactrie rsistante se transmettre lors dun contact entre 2 individus (pidmicit intrinsque de la bactrie) et la probabilit dmergence dun nouveau mcanisme de rsistance au sein dune espce qui en tait auparavant dpourvue. A ce cadre, se rajoute un niveau de complexit supplmentaire ds lors que le couplage des cosystmes populationnels entre eux est rendu possible par le flux bactrien ou le flux de mcanismes de rsistance (dans les 2 sens) entre ces cosystmes par une tanchit incomplte. Ceci est le cas entre les animaux dlevage et les populations humaines (en tablissement de soins ou non) Par ailleurs, selon le type dcosystme populationnel, les relations hte-bactrie peuvent tre de nature radicalement diffrente. Par exemple, les salmonelles sont des bactries dont la colonisation asymptomatique est trs rpandue chez certains animaux dlevage, alors que chez lHomme la prsence de la bactrie est quasi systmatiquement symptomatique. Ds lors, matriser les risques pour la sant humaine de la rsistance bactrienne impose de considrer que ce qui est observ (ou tabli) pour un trio pathogne, mcanisme de rsistance, antibiotique ne peut tre extrapol un autre.

Usages des antibiotiques

Limpact potentiel et ventuellement diffrentiel des antibiotiques sur lmergence et sur la diffusion des bactries rsistantes aux antibiotiques et des mcanismes de rsistance reste actuellement insuffisamment document lors de la soumission de ces molcules pour une autorisation de mise sur le march auprs des agences denregistrement. Il faut souligner les progrs majeurs de la France dans le domaine de la surveillance de lusage des antibiotiques dans le monde animal depuis ces dernires annes. Nanmoins, cette surveillance reste macroscopique (donnes de ventes globales) et ne permet - ni dvaluer les pratiques de prescription et de dlivrance des antibiotiques usage vtrinaire, - ni de disposer dinformations sur la base dunits dinformations permettant dobtenir une typologie en fonction par exemple des types dlevage et des motifs dutilisation et de suivre cette typologie sur le temps, - ni de garantir une indpendance optimale vis--vis des industriels du mdicament vtrinaire.

Impact de lusage des antibiotiques sur la rsistance chez lanimal

La dfinition de la rsistance aux antibiotiques reste actuellement phnotypique et est fonction de diffrents points de vue (clinicien, pharmacologue, bactriologiste). La distinction entre les notions de taux de rsistance dans une espce bactrienne, de prvalence des bactries rsistantes au sein des populations animales et dincidence de la rsistance reste actuellement insuffisamment dveloppe dans la mise en place de programmes dtudes ou de surveillance tout comme dans lanalyse des rsultats pour la prise de dcision en matire de gestion de risque. Le dispositif national de surveillance bnficie dune exprience de plusieurs annes dans le cadre de la surveillance des

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salmonelles et des bactries pathognes des bovins. Grce au soutien du Ministre de lAgriculture, cette surveillance a t renforce ces 5 dernires annes par la mise en place de plans de surveillance au niveau de labattoir pour les bactries de la flore intestinale (E. coli, Enterococcus, Campylobacter) et par lextension de la surveillance des bactries pathognes vtrinaires aux filires porcines et avicoles. Le dispositif mis en place est le fruit dune bonne collaboration avec les services vtrinaires, les laboratoires danalyse vtrinaire privs et publics, les organismes de recherches et lONERBA et est en relation avec un programme de surveillance europen (ARBAO). Cependant, ces rseaux ne couvrent pas lensemble des filires de productions, ni les animaux de compagnie. Linformation sur les taux de rsistance pour les bactries prsentes dans les aliments nest obtenue de manire rgulire que pour les salmonelles et on ne dispose que dinformations parcellaires pour les autres bactries transmises par lalimentation. Enfin, les donnes recueillies sont des taux de rsistance par espce bactrienne mais ne sont pas des taux de prvalence des bactries rsistantes chez les animaux ou leurs produits et donc ne refltent pas directement lexposition du consommateur, ni le risque pour la sant publique. La relation entre lusage des antibiotiques en levage et la prsence de bactries rsistantes chez les animaux a fait lobjet de diffrents types dtudes dont les rsultats tendent dmontrer limpact des traitements antibiotiques sur les taux de rsistance dans lespce bactrienne considre ou la probabilit disoler des souches rsistantes au sein despces bactriennes commensales intestinales (E. coli, Enterococcus sp, Campylobacter sp.). Sil existe un faisceau de preuves, au sens de Hill, qui tend confirmer la nature causale de lassociation entre exposition aux antibiotiques et rsistance chez lanimal, dans la grande majorit des travaux : - les mthodes pidmiologiques utilises restent souvent discutables, - les rsultats sont exprims en frquence de rsistance parmi les bactries (taux de rsistance) et non en frquence de colonisation par des bactries rsistantes, ce qui rend difficile dancrer sur ces donnes lanalyse des risques pour lhomme.

Diffusion de la rsistance l'Homme et consquences pour la sant publique

Diffusion des gnes de rsistance entre lanimal et lHomme Les bactries isoles chez les animaux (lors dune infection ou en situation de colonisation) et les bactries isoles chez lHomme (lors dune infection ou en situation de colonisation) partagent les mmes mcanismes de rsistance. Ceci est un argument extrmement solide de labsence dtanchit entre le monde animal et les populations humaines. A cet gard, les travaux portant sur les entrocoques rsistants la vancomycine et dautres bactries indiquent que lon peut trouver des souches isoles chez lhomme et chez lanimal non distinguables et que certains gnes de rsistance qui ont pu tre tracs sont galement non distinguables. Mais : - rien nindique que ces flux de gnes de rsistance soient unidirectionnels, il est donc ncessaire de considrer a priori que ces flux soprent dans les deux sens entre les animaux et lHomme - Ces flux de gnes sont donc vraisemblablement lorigine de lmergence dans un des deux mondes (humain ou animal) de nouveaux mcanismes de rsistance issus de lautre. Il faut souligner que lexistence de ces flux de gnes, quelquen soient les modalits (via lenvironnement, via la transmission directe ou via lalimentation) pose le problme de lavantage cologique des souches qui en sont porteuses en relation avec laction de slection due lexposition aux antibiotiques. En dautres termes, un mcanisme de rsistance peu prvalent dans la population au sein de laquelle il a merg (ou au sein de laquelle il existe ltat naturel) peu devenir trs prvalent en tant introduit dans une nouvelle population expose lantibiotique correspondant. - La quantification de ces flux de gnes nest actuellement peu ou pas ralise. Lutilisation de la littrature scientifique pour rsoudre ce problme mme de faon qualitative reste vaine, puisque la hirarchie chronologique des dates de publication de lmergence dun nouveau mcanisme de rsistance ne reflte pas ncessairement la chronologie de

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lmergence. Raliser une telle quantification, ncessiterait de disposer doutils de surveillance trs sensibles (tant dans le monde animal que dans le monde humain) portant sur les mcanismes de rsistance et non exclusivement sur les phnotype de sensibilit. Ds lors, il pourrait tre possible prospectivement de quantifier la vitesse dmergence dun mcanisme de rsistance dans un des deux mondes aprs quil ait merg dans lautre17. De plus, valuer le flux de gnes entre les populations bactriennes humaines et animales, ncessiterait de dvelopper des outils biologiques appropris et suffisamment prcis, permettant : - de pouvoir faire la part du flux de gnes et du flux bactrien ; - De reconnatre lcosystme dorigine humain ou animal de la bactrie ou du mcanisme de rsistance. A ce titre il faut noter que le problme est rendu encore plus complexe puisque les genres bactriens dintrt (par exemple entrobactries) cohabitent dans le mme cosystme intestinal o des changes peuvent se produire. Ceci reste actuellement de lordre de la recherche quil est indispensable de promouvoir. Diffusion des bactries rsistantes entre lanimal et lHomme La diffusion de lanimal lHomme de bactries rsistantes aux antibiotiques est non seulement possible mais de nombreux arguments attestent de sa ralit pour certains pathognes. Il sagit tant des Campylobacter que des Salmonella non typhiques dont il a pu tre observ que certaines souches rsistantes avaient t impliques dans des phnomnes pidmiques. Bien que lorigine alimentaire des infections ces bactries rsistantes ne soient pas exclusives, plusieurs tudes attestent de la ralit de ce mode de transmission. Concernant les entrocoques, si linfluence sur la flore digestive individuelle de lingestion alimentaire dentrocoques rsistants la vancomycine peut tre considre comme exprimentalement dmontre, rien nindique que la prsence de cette bactrie dans lalimentation soient suffisante pour que la transmission soit relle. Des travaux de recherche portant sur ce point notamment dans lalimentation des personnes risque dinfection cette bactrie devraient tre mis en uvre.

Consquences pour la sant humaine

Il est vident que, sur ces questions, la dynamique de recherche pidmiologique est insuffisante en France et quil manque une valuation et un suivi du burden of diseases ( fardeau de la maladie ) li la rsistance aux antibiotiques. Concernant plus spcifiquement les infections zoonotiques (notamment les infections Salmonella et Campylobacter), plusieurs travaux rcemment publis ou en cours de publication suggrent que la rsistance accrot la morbidit et la mortalit. Nanmoins, lextrapolation la France de rsultats issus du Danemark (pour la plupart dentre eux) ou des Etats Unis, est ncessairement hasardeuse et il est en France actuellement impossible de quantifier raisonnablement et de suivre sur le temps, les consquences sanitaires de la rsistance aux antibiotiques chez ces pathognes.

Modlisation mathmatique et analyse quantitative des risques

Jusqu ces dernires annes, les principaux obstacles la construction de ces modles taient relatifs la faiblesse (voire labsence) de donnes fiables concernant lexposition des populations aux antibiotiques chez lanimal et chez lHomme ainsi qu la faiblesse des donnes de surveillance de la rsistance bactrienne concernant les pathognes zonootiques. Si les systmes dinformations concernant la rsistance bactrienne aux antibiotiques et lusage des antibiotiques, ne sont pas encore optimaux, ils ont fait lobjet durant ces dernires annes damliorations importantes permettant de disposer dinformations interprtables et utilisables pour la dcision. Les progrs rcents dans ces deux domaines rendent raliste la perspective de dvelopper une analyse quantitative des risques crdible, puisquil devient la fois possible : - de confronter la formalisation mathmatique aux donnes, - destimer les paramtres partir des informations disponibles.
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Nous ne faisons pas ici rfrence lutilisation de la thorie de lhorloge molculaire qui reste en dbat.

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Recommandations gnrales
Usages des antibiotiques
Mise sur le march, prescription et dlivrance des mdicaments vtrinaires Une approche pharmacocintique/pharmacodynamique ( PK/PD ) pour la ralisation des essais pr-cliniques permet daider la dtermination des schmas posologiques adapts (dose, intervalle dadministration) rduisant le risque dmergence de la rsistance. Une meilleure apprciation de la relation entre le traitement des animaux et lefficacit des traitements et leur impact sur la slection de la rsistance aux antibiotiques ncessiterait de coupler aux tudes pr-cliniques et cliniques un recueil de donnes pharmacologiques et bactriologiques selon des mthodes scientifiquement acceptables ; mais aussi la mise en uvre de suivi en population de cet usage et de son impact sur lmergence et la diffusion de la rsistance bactrienne dans les levages. Suivi de lusage Une surveillance optimale de l'usage des antibiotiques (tant du point de vue quantitatif que qualitatif) dans les levages constitue un lment essentiel d'une politique de matrise du risque pour la sant humaine de l'usage de ces molcules dans le monde animal et dvaluation des mesures mises en uvre pour lamlioration de lusage de ces molcules. Le dispositif de surveillance de l'usage des antibiotiques en levage doit s'appuyer sur la synthse de donnes issues d'au moins deux sources indpendantes. Par exemple : - le suivi global des ventes d'antibiotiques destins l'usage vtrinaire. A ce titre, le systme existant pilot par l'ANMV est dvelopp en collaboration avec des laboratoires commercialisant des mdicaments et encadr par une convention avec la Direction gnrale de l'alimentation. L'absence d'indpendance vis--vis des industriels est un problme qu'il faudrait rsoudre dans le futur. - le suivi de l'utilisation partir d'informations recueillies au sein des levages ; actuellement, cette approche reste ponctuelle. Elle a pu tre mise en uvre dans le cadre d'enqutes ad hoc, mais n'est pas dveloppe pour permettre de fournir un systme d'information stable sur le temps, qui seul fournirait des donnes utilisables pour les analyses de tendance. Les donnes d'usage n'ont pu tre utilises au niveau national que pour la filire aviaire, pour laquelle la rglementation impose la transmission d'informations sur le traitement reu par les lots abattus. L'amlioration de la transmission de ces informations dans les autres filires d'levage est dvelopper dans ce sens. Il conviendrait de : - Faire voluer le dispositif du recueil des ventes, en rendant obligatoire les dclarations et disposer d'un outil permettant de s'affranchir du volontariat des industriels. Le dispositif de l'Afssaps fond sur les dclarations issues des taxes a fait ses preuves comme en tmoigne la contribution de la France la surveillance europenne des antimicrobiens (ESAC). Elle pourrait tre prise comme rfrence pour l'amlioration du systme de suivi de l'usage des antibiotiques dans le monde animal; - Etendre le recueil des usages des antibiotiques au sein des levages dans les autres filires animales et organiser la centralisation de l'information. A ce titre, une rflexion pourrait tre mene sur la mise en place d'un systme sentinelle permettant d'avoir des donnes stables sur le temps, susceptibles de gnrer des indicateurs des usages dans les levages. La gnralisation du registre dlevage pour lensemble des levages danimaux de rente permettrait laccs toutes les donnes relatives ceux-ci, et notamment de connatre, par espces animales, les quantits et les modes dutilisation des mdicaments vtrinaires - Assurer la transparence des pratiques d'utilisation des antibiotiques dans le monde animal, par exemple par la publication rgulire des usages des antibiotiques utiliss en mdecine humaine conjointement aux usages vtrinaires (cf. publication des rapports annuels du DANMAP). A ce titre, il devrait tre envisag terme dtablir et de rendre publiques les donnes issues du suivi de lusage des antibiotiques et de la rsistance

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bactrienne dans le monde animal et dans le monde humain. Analyser et suivre les pratiques afin de matriser la pression de slection en faveur des souches rsistantes dans le monde animal. A cet gard, l'exprience de l'usage communautaire des antibiotiques en France est intressante. C'est partir de l'analyse des pratiques qu'il a pu tre tabli que plus de 50% des prescriptions d'antibiotiques ne rpondaient pas aux recommandations thrapeutiques (infections respiratoires virales) et que les enfants taient plus de 4 fois plus exposs aux antibiotiques que les adultes. Ds lors, les objectifs des programmes de sant publique ont pu tre dfinis. Ils se sont centrs sur les enfants et sur les infections virales. Cette analyse des pratiques (caractriser les pratiques en levage et identifier les situations qui ncessitent, ou non, un usage d'antibiotique) est encore embryonnaire dans le monde animal. Ne pas la renforcer conduirait au risque de ne pouvoir exprimer des objectifs ralistes et de ce fait de rendre vaine toute tentative de matrise du risque li la rsistance bactrienne.

Information, formation des utilisateurs des antibiotiques et intervention sur les pratiques dutilisation Il apparat ncessaire que linformation concernant les antibiotiques soit mieux contrle au regard de la rglementation actuelle et que les acteurs professionnels (vtrinaires, leveurs) soient incits se former de faon continue notamment sur les modes dutilisation des antibiotiques et les risques encourus lors de mauvaises pratiques (arrts prmaturs , automdication). Enfin, il serait ncessaire de disposer et de mettre jour des recommandations valides sur lutilisation animale des antibiotiques. Au del de leur fonction dinformation et de formation des utilisateurs, ces recommandations permettraient une base partir de laquelle les pratiques pourraient tre values. Par ailleurs, il serait ncessaire damliorer la mise disposition des donnes en matire de sensibilit et de rsistance des souches et lutilisation de ces donnes auprs des prescripteurs et des utilisateurs. La communication des informations sur la rsistance aux antibiotiques au sein du rseau et destination des praticiens favorise lutilisation raisonne de ces mdicaments. Les laboratoires vtrinaires de diagnostic ont une relation privilgie avec les vtrinaires prescripteurs et sont un relais en termes dinformations sur la rsistance aux antibiotiques. Cette voie dinformation contribue au renforcement de la vigilance des praticiens en termes dutilisation des antibiotiques. Enfin, des interventions sur les pratiques vtrinaires et les approches zootechniques devraient tre mises en oeuvre et values. En effet : - La rduction du nombre de prescriptions passe par un meilleur diagnostic (actuellement fond sur les analyses microbiologiques, les autopsies, les tudes srologiques ..) et la rduction de lutilisation des antibiotiques pour prvenir des infections bactriennes aprs infection virale. Le recours la prescription dantibiotique titre prventif doit galement tre analys par rapport lusage titre curatif ou mtaphylactique (analyse du rapport cot/bnfice des diffrents types dintervention). - La rduction de lusage des antibiotiques titre prventif suppose la promotion des moyens zootechniques ayant un effet sur la rduction des infections bactriennes notamment exprimes cliniquement, et le dveloppement de la recherche dans ce domaine. - Les praticiens vtrinaires devraient dvelopper des rgles dintervention plus strictes dutilisation des antibiotiques titre prventif, tudier lutilit de leurs pratiques dans les conditions actuelles et continuer la promotion des dmarches co-pathologiques destines identifier les facteurs de risques dapparition des infections. A ce titre, la surveillance pidmiologique des pathologies dorigine bactrienne doit tre soutenue au niveau national car elle est ncessaire dans la mise en vidence prcoce de nouveaux syndromes pathologiques dorigine bactrienne, et dans la mesure de limpact des changements techniques dans les levages sur le dveloppement de ces syndromes. La mise en place de collaborations entre les professionnels de llevage, les vtrinaires, les organismes de recherches, les agences dvaluation et les firmes pharmaceutiques doit tre soutenue pour lvaluation rapide de lefficacit de traitements, lidentification de

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facteurs de risques et la dtermination de dmarches zootechniques destines limiter ces infections. Des voies dintervention bases sur la prvention vaccinale et/ou la modulation des dfenses immunitaires et des interventions via les additifs alimentaires doivent tre soutenues prcocement par les pouvoirs publics qui doivent en assurer le suivi en cohrence avec le principe danalyse des bnfices et risques orients en faveur de la sant des animaux, de la protection des consommateurs et de lenvironnement. La formation des vtrinaires en matire de sant publique et de gestion sanitaire des troupeaux doit se poursuivre dans le sens de ces dmarches. De mme, la formation des leveurs doit comprendre une prsentation des risques associs lutilisation des antibiotiques afin de dvelopper un dialogue responsable avec le prescripteur. Lintgration des modalits dusage des antibiotiques et autres mdicaments vtrinaires dans les cahiers des charges des programmes de certification dlevages contribuent une rduction de lutilisation. Cette dmarche doit tre soutenue par lensemble des professionnels de lindustrie agro-alimentaire et les consommateurs. Les mesures de bioscurit destines rduire lexposition des animaux vis--vis dagents pathognes peuvent conduire des modalits dlevage (claustration, sparation des classes danimaux) qui doivent tre comprises par les consommateurs comme des mesures de scurit sanitaire. La dfinition de programmes dintervention destins rduire lutilisation des antibiotiques en levage devrait tre ralise sur la base dtudes pidmiologiques prospectives. Ces tudes destines analyser les bnfices et les risques de tels programmes par rapport une situation existante ou une situation de rfrence, contribueraient laccroissement de nos connaissances sur le sujet. Lexprience darrt des facteurs de croissance, combine une surveillance de la rsistance et des usages a montr un certain nombre deffets sur la sant des animaux et sur la rsistance aux antibiotiques mais ne permet pas didentifier les modes dlevage les plus favorables. Des programmes dtudes dintervention (formation, outils de gestion pidmiologique, guide dutilisation, confrence de consensus, etc.) sont dvelopper afin dexprimenter diffrentes approches selon les systmes dlevage et inciter la mise en place dintervention qui ont un effet bnfique la fois pour la sant animale et la scurit des consommateurs. La mise en place de telles tudes permettrait de dvelopper des bases de connaissances utiles pour la diffusion de ces dmarches au niveau national, europen et international. Ces connaissances seront utiles la formation des prescripteurs et des leveurs et contribueront crer un cercle vertueux en termes dutilisation des antibiotiques en levage.

Impact de lusage des antibiotiques sur la rsistance chez lanimal

Surveillance de la rsistance chez lanimal Les recommandations concernant la surveillance doivent se comprendre dans une perspective d'amlioration des deux principales dimensions ncessaires un tel systme : la sensibilit de l'alerte (capacit de dtecter un phnomne mergent), la stabilit du suivi (indispensable l'analyse sur le temps). Ce sont ces deux dimensions qu'il convient d'optimiser. Les informations sur la rsistance bactrienne aux antibiotiques des pathognes proviennent principalement des sources suivantes : - Surveillance de bactries intestinales vtrinaires (sentinelles et zoonotiques), mise en uvre par l'Afssa en collaboration avec les laboratoires vtrinaires publics et privs, dans le cadre d'un plan de surveillance de la Direction gnrale de l'alimentation ; - Surveillance des pathognes vtrinaires mise en uvre par l'Afssa, en collaboration avec des laboratoires volontaires publics et privs, dans le cadre d'une convention avec la Direction gnrale de l'alimentation - Surveillance des Salmonella dans diffrents cosystmes, pilote par l'Afssa avec la collaboration de laboratoires volontaires publics et privs ; - Surveillance de bactries d'origine humaine, coordonne par l'InVS et mise en uvre par les centres nationaux de rfrence ; - Surveillance systmatique des produits alimentaires dans le cadre des contrles lors

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d'changes commerciaux. L'mergence de la rsistance (qu'il s'agisse de l'acquisition de nouveaux mcanismes de rsistance ou de l'apparition de souches rsistantes au sein des populations qui en taient auparavant exemptes) est un phnomne dont le moment de survenue est imprvisible. De ce fait, il est vain d'imaginer un systme d'alerte infaillible. Nanmoins, l'usage des antibiotiques tant le principal moteur de la slection des souches rsistantes, il pourrait tre envisag de mettre en uvre un systme d'alerte actif, s'appuyant sur des investigations de terrain orientes par la cartographie de l'usage des antibiotiques en levage. Ceci aurait l'avantage de concentrer les moyens sur les zones plus fort risque d'mergence et de diffusion des souches rsistantes. Actuellement, la surveillance repose sur une dynamique de volontariat des laboratoires de microbiologie animale. Ceci est de nature limiter la sensibilit de l'alerte et la stabilit du systme d'information sur le temps. Il est ncessaire de faire voluer cette surveillance, en accord avec la rglementation europenne . C'est dire de rendre obligatoire la participation aux rseaux de surveillance, de tous les laboratoires et systmatiser la centralisation de l'analyse phnotypique des souches, notamment pour les salmonelles et les Campylobacters. D'un point de vue mthodologique, les donnes de surveillance sont actuellement exprimes en taux de rsistance dans l'espce. Cet indicateur fait donc rfrence un dnombrement des souches rsistantes rapport au nombre de souches dont la sensibilit aux antibiotiques a t tudie. Il apparat ncessaire de faire voluer (au moins pour certains pathognes tels que les salmonelles) la mthode vers une quantification de la densit de colonisation (ou d'infection) par les souches rsistantes, c'est dire dnombrer les individus porteurs de bactries rsistantes rapport au nombre d'individus susceptibles de l'tre (nombre d'animaux dans la filire par exemple) ; Privilgier la surveillance de la rsistance bactrienne sur la multirsistance et sur les mcanismes de rsistance. A ce titre, les outils actuels, ou en cours de dveloppement, de biologie molculaire pourraient permettre une plus grande automatisation et standardisation des procdures d'identification de tels mcanismes (dveloppement de puces); Rendre plus fonctionnels et systmatiques les interactions entre les organismes impliqus dans cette surveillance, dans le secteur humain et vtrinaire ; les donnes de ces deux secteurs devraient faire l'objet d'une confrontation permanente et ractive (parmi les diffrents interlocuteurs identifis aujourd'hui : l'Afssa, les CNR, l'InVS et le rseau ONERBA). Dvelopper les aspects cintiques de l'antibiorsistance au sein des populations bactriennes : aprs l'arrt d'un traitement antibiotique, l'volution des sous-populations sensibles et rsistantes au sein des flores commensales est peu tudie, notamment les facteurs influant sur sa dynamique. Ils peuvent faire l'objet d'tudes destins faciliter la restauration rapide dune flore majoritairement sensible.

Combiner surveillance de la rsistance et de lusage des antibiotiques Des outils danalyse de lien bass sur la recueil rgulier de donnes en matire dutilisation des antibiotiques et des taux de rsistance ont t dvelopps ces dernires annes en mdecine humaine. De tels outils ncessitent un recueil rgulier dinformations dans des environnements identiques. Dans un premier temps, le programme national de surveillance a t bas sur un recueil annuel, permettant de mettre en relation consommation nationale et niveaux de rsistance. Ce programme est purement descriptif et les donnes ne peuvent tre utilises que dans une approche cologique globale avec une comparaison des rsultats entre tats-membres. Cette comparaison est difficile en mdecine vtrinaire compte tenu de la diversit intraeuropenne de modalits de production animale. Lanalyse de sries temporelles suppose de disposer de sries parallles comprenant plusieurs dizaines de temps de contrle et ayant analys simultanment des chantillons importants. La taille de ces chantillons est dfinir en fonction des variations anticipes que lon souhaite dtecter. Latteinte dun tel objectif suppose donc de renforcer la capacit de surveillance en

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matire dutilisation des antibiotiques et de dveloppement de la rsistance, soit sur une base trimestrielle ou mensuelle. Un tel programme pourrait tre envisag en production avicole pour lequel on dispose dun recueil mensuel de donnes dutilisation sur un chantillon suffisant dlevages et pour lesquels il faudrait obtenir des informations sur les antibiogrammes. Des tudes de faisabilit doivent tre menes dans les autres filires de production animale. Dvelopper des tudes et/ou les programmes de surveillance de la rsistance dans les produits alimentaires Le dispositif de surveillance doit galement voluer pour atteindre les objectifs dfinis dans la directive zoonose. Sur la base de lexprience acquise, des tudes pidmiologiques prospectives doivent tre mises en place paralllement au programme de surveillance pour mesurer lincidence en levage et dans les productions alimentaires de couples bactrie/antibiotique jugs importants du point de vue sant humaine. Except le programme de surveillance des salmonelles, peu de donnes franaises ont t gnres sur la prsence de bactries rsistantes dans les aliments et les indicateurs utiliss (taux de rsistance) sont insuffisants. Il est recommand daccumuler des informations sur des contaminations bactriennes rsistantes des antibiotiques identifies comme pouvant prsenter un risque potentiel pour lhomme en se donnant les moyens de mesurer spcifiquement la rsistance dans les denres importes . Cette surveillance est complique par la diversit des produits alimentaires et suppose donc de cibler les aliments surveiller ainsi que les couples (bactries, antibiotiques) dont la prvalence et la densit dans les aliments seraient documenter. Par exemple, du fait de l'importance de la consommation de poulets imports (25%), les plans de surveillance de l'antibiorsistance devraient inclure ces produits notamment pour les campylobacters. Par ailleurs, la mise en place du dispositif de vigilance sur les salmonelles et E. coli rsistantes aux cphalosporines de troisime gnration dtectes dans le secteur agroalimentaire pourrait tre largi dautres bactries rsistantes susceptibles davoir un impact sur la sant humaine ou animale. Laccumulation dinformations recueillies par de tels dispositifs pourrait constituer une aide la dcision, en cas o la situation pidmiologique se rvlerait modifie (modifications pouvant tre lies une modification des usages des antibiotiques, des conditions dlevage, lvolution des changes de produits alimentaires au niveau international, au flux de bactries entre les diffrents cosystmes homme-environnement-animal). Identifier les utilisations dantibiotiques surveiller plus spcifiquement/usages en mdecine humaine et animale, les rsistances associes Ltude des relations entre les donnes dusage et les donnes de rsistance est dvelopper, dans un contexte dapprciation des risques dmergence et de diffusion de la rsistance et didentification des points daction pour une rduction du risque. Lors de la mise en place des tudes dassociation entre usage et rsistance, il importe de dfinir clairement les objectifs et dadapter les outils en fonction de ces objectifs. Afin dexploiter convenablement les rsultats et de comparer diffrentes tudes, les auteurs doivent utiliser des dfinitions prcises et tre rigoureux dans lexpression de leurs rsultats. En effet, lanalyse mthodologique des tudes publies portant sur la relation entre exposition aux antibiotiques en levage et rsistance chez lanimal rvle certaines faiblesses. Ces tudes ncessiteraient dtre compltes par des tudes plus rigoureuses dun point de vue pidmiologique (par exemple, de type tude de cohorte) bases sur de vritables estimations du risque dfinir (prvalence, taux dincidence, consquence thrapeutiques) et tenant compte des biais inhrents ce type dtude. De plus, lharmonisation des tudes pidmiologiques (notamment au regard de la surveillance) est recommander afin de conforter des tudes permettant la comparaison des donnes inter-pays.

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Au total
Dun point de vue pidmiologique, des indicateurs plus pertinents doivent tre mis en place pour des tripls (bactrie, antibiotique, animal) ncessitant une investigation plus fine compte tenu dune estimation du risque. Il sagit aussi de disposer doutils danalyse des donnes (Analyse de srie temporelle, fouille de donnes Data mining ) permettant de dtecter des phnomnes nouveaux ou des volutions dans le temps et dvaluer limportance de ces phnomnes en termes de sant publique et de sant animale. A ce titre, des travaux en statistique sur les bases de donnes existantes sont dvelopper pour optimiser le dispositif actuel. Par ailleurs, il est dores et dj ncessaire denvisager une volution du dispositif vers une surveillance des mcanismes de rsistance et non plus exclusivement des phnotypes. Ceci doit sentendre ici encore dans une perspective de confrontation avec les donnes humaines. Idalement, la surveillance devrait sappuyer sur le suivi dune matrice de corrlation entre les mcanismes de rsistance retrouvs chez lanimal et retrouvs chez lHomme. Il pourrait tre envisag dans un premier temps de promouvoir une surveillance des mcanismes de rsistance chez lhomme et chez lanimal portant sur les gnes possiblement impliqus dans un flux entre lanimal et lhomme. A ce titre, la situation rencontre chez Salmonella est lvidence surveiller principalement sur deux fronts : la rsistance aux C3G et la multirsistance porte par llot gnomique SGI1. En ce qui concerne la rsistance aux C3G, les gnes impliqus sont encore rarement mis en vidence dans les souches animales et sont disolement trs rcent, ce qui est particulirement le cas en France. Les pidmies Salmonella sont bien videmment des circonstances favorables une diffusion rapide de nouveaux gnes de rsistance et parfois dans des zones gographiques tendues et loignes. Ce qui a t rcemment le cas aux USA avec S. Newport vhiculant blaCMY-2. Les E. coli commensaux peuvent jouer un rle dans la constitution de rservoirs inapparents. La diffusion de SGI1, si elle devait prendre de lampleur pourrait poser problme surtout si des gnes de virulence y sont prsents. Mieux suivre la diffusion des souches rsistantes entre lanimal et lHomme ne peut se faire sans un renforcement dune surveillance coordonne chez lHomme et chez lanimal, tant du point de vue des mthodes biologiques, des mthodes pidmiologiques que pour optimiser la ractiv des alertes ventuelles. Sur la base des donnes actuelles, les couples (salmonelles, quinolones), (salmonelles, cphalosporines), (Campylobacter, macrolide) (Campylobacter, quinolone) sont le plus souvent cits au niveau international. Il est important damliorer la surveillance en affinant le choix des espces et sous espces bactriennes au regard des espces animales. Lvolution du dispositif doit tendre vers une meilleure prise en compte des variations gographiques et temporelles des indicateurs de rsistance afin de pouvoir combiner les informations collectes comme : - aide la dcision thrapeutique, - systme de dtection dmergence de rsistance, cest dire que la ractivit du systme doit tre optimise, - orienter les investigations cibles sur les zones o les risques dmergence de la rsistance peuvent tre considrs comme maximaux au regard des conditions dutilisation des antibiotiques et des modalits dlevage. A ce titre, il est indispensable de promouvoir les conditions de surveillance gnrant des donnes utiles lanalyse et la prdiction des risques pour la sant humaine. Lanalyse des donnes de surveillance dorigine humaine et non-humaine devrait faire lobjet de recherches des fins de construction de modles danalyse quantitative du risque pour servir daide la dcision en matire de gestion des risques. Ici encore, la ncessit simpose de rapprocher les donnes de surveillances issues de lHomme et issues de lanimal. A terme, le dispositif de surveillance, doit intgrer des outils de modlisation des risques en fonction de la situation pidmiologique locale et des connaissances pidmiologiques gnrales ; outils susceptibles dtre mis la disposition des

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utilisateurs (par exemple par lintermdiaire dapplications informatiques intgrant la scenarisation des risques et des aides la prescription) pour loptimisation continue de lusage de ces molcules. Diffusion de la rsistance l'Homme et consquences pour la sant publique Consquences pour lHomme de la rsistance aux antibiotiques chez les bactries zoonotiques ou ubiquitaires Dans un contexte de dcalage croissant entre la progression de la rsistance bactrienne vers la multirsistance et les faibles perspectives de nouvelles classes d'antibiotiques, l'analyse des consquences de rsistance bactrienne aux antibiotiques doit faire l'objet d'un effort significatif. Malgr les difficults mthodologiques lies notamment la prise en compte de la co-morbidit et la dfinition des individus tmoins, des approches de cohortes ou des approches utilisant le croisement de bases de donnes doivent tre envisages. La faisabilit de mise en oeuvre de tels programmes doit tre tudie. Il est indispensable de mettre en uvre de telles travaux. A dfaut de sengager sur cette voie, nous risquerions de rester dans une situation que lon peut qualifier du syndrome du lampadaire ; cest dire une situation o labsence dclairage de ces consquences peut viter dy porter attention mais conduire au risque, dans le futur, de dcouvrir avec retard son importance. Il faut souligner que dun point de vue technique rien ninterdit quen France soit mis en uvre des travaux comparables ceux du Danemark, en sappuyant notamment sur les Centre Nationaux de Rfrence et sur les autres bases de donnes sanitaires. Modlisation mathmatique et analyse quantitative des risques Par ailleurs, envisager la matrise des usages des antibiotiques ne peut se concevoir que sous le double clairage de l'analyse des bnfices et des risques, face aux enjeux de sant publique et animale, ainsi qu'aux enjeux conomiques. Cette expertise est actuellement quasi inexistante, elle doit tre rapidement promue. Enfin, il apparat indispensable de se donner les moyens d'anticiper ce que la modification de l'usage des antibiotiques (qualitative et quantitative) dans le monde animal peut avoir comme influence sur le risque li la rsistance bactrienne aux antibiotiques en mdecine humaine, en prenant en compte l'usage humain de ces molcules. A cet gard, les approches de modlisations mathmatiques doivent tre promues pour tablir les scnarios les moins improbables ; il s'agira galement de valider et de confronter les rsultats de ces tudes aux donnes de surveillance. La construction et la validation de modles dexposition humaine tenant compte des diffrences de comportement en termes dexposition humaine selon les espces bactriennes doivent tre dveloppes. Ceci permettrait : - dvaluer les principales sources de contribution aux dclenchements de pathologie chez lhomme et la contribution de la slection/amplification de la rsistance aux antibiotiques dans le rservoir animal au dveloppement de la rsistance chez lhomme, - danticiper ce quil est possible dattendre de loptimisation de lusage des antibiotiques dans le monde animal et chez lHomme, pour minimiser les risques sanitaires lis la rsistance bactrienne. Enfin, il est indispensable que ces actions portant sur lalerte, la surveillance et lanticipation des risques lies la rsistance bactrienne soient coordonnes, que cette coordination puisse tre durable sur le temps et que les actions qui portent sur lusage des antibiotiques ne soient pas dissocies de celles qui portent sur la rsistance bactrienne.

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ANNEXE 1 : Production nationale, importation et exportation des aliments dorigine animale

Les dispositions lgislatives dtailles de l'UE dans le domaine vtrinaire tablissent les conditions qui doivent tre appliques par les tats membres aux importations d'animaux vivants et de produits d'origine animale en provenance de pays tiers (Directive 97/78/CE, Directive 91/446/CE). Ces dispositions imposent une srie de prescriptions en matire de sant et de contrle, afin d'assurer que les animaux et les produits imports rpondent des normes au moins quivalentes celles requises pour la production dans les tats membres et le commerce intracommunautaire (Rglement 178/2002). Dans quelques domaines, o il n'y a pas d'harmonisation lgislative, les pays tiers devraient, conformment aux indications contenues dans les annexes aux prsentes orientations, prendre contact avec les autorits des tats membres afin d'obtenir des informations sur les conditions d'importation nationales. En outre, pour les produits d'origine animale destins la consommation humaine, les autorits nationales doivent garantir que les tablissements de transformation proposs l'agrment rpondent aux exigences communautaires. Les tats membres de lUnion Europenne peuvent mettre en place un contrle des importations pour vrifier leur conformit avec la rglementation Europenne. La frquence de ce contrle est proportionne en fonction des dangers. En cas de mises en vidence de lots non conformes aux exigences rglementaires, la procdure dalerte rapide permet dinformer la commission europenne et les autres tats-membres et des mesures de gestion sont mises en place. Rfrences de base - Rglement (CE) No 178/2002 du Parlement europen et du Conseil du 28 janvier 2002. JOCE du 1 fvrier 2002 - L 31/1. - Rglement (CE) No 1642/2003 du Parlement europen et du Conseil du 22 juillet 2003. JOCE du 29 septembre 2003 - L 245/4. - Directive 97/78/CE du 18 Dcembre 1997. JOCE du 30 janvier 1998 - L 24/9. Directive 96/43/CE du 26 juin 1996. JOCE du 1 juillet 1996 - L 162/1.
Production nationale, exportation et importation de poissons dlevage en France en 2003 (source : compilation Ofimer partir de donnes statistiques de la Direction des pches maritimes et de laquaculture, et de la direction gnrale des douanes). Ventes des exploitations mtropolitainesa (t) Salmonids Pisciculture marine Pisciculture continentale 42 104 6133 9255 Importation (t eq poids vif) 13 0237 5880 12 209 Exportation (t eq poids vif) 21831 3495 2580 Consommation
(=Production+import-export)

150501 8518 18884

a : Les donnes de ventes et de production sont assimiles et considres destines en totalit la consommation humaine. t eq poids vif : tonne quivalent poids vif

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ANNEXE 1 (suite) : Production nationale, importation et exportation des aliments dorigine animale
Production nationale, exportation et importation de viandes de diffrentes espces en France en 2003 (source : Agreste, 2004).
Espce Production indigne brute (1000 tec) 1621 2329 124,5 6,8 3,1 1001 632 48 241 Production utilisable (1000 tec) 1632 2339 129,2 7,3 8 965 632 43 240 Importation Dont UE (1000 tec) 273 253 487 469 139 98,7 1,3 0,7 26,7 6,7 186 168 20 18 0 Exportation (1000 tec) Utilisation intrieure = consommation humaine brute (1000 tec) 1670 2240 258,2 5,8 27 722 391 41 part maximale a des Taux importations dans dapprovisionne la consommation ment viandes humaine en % en % 98 104 50 119 30 134 161 104 16 22 54 22 99 26 5 0

Bovins Porcins Ovins Caprins Equids Poulets Dindes Pintades Canards

a

303 587 10 2,4 7,7 435 268 3

11 47 204 118 5 4 Cette estimation est base sur une hypothse daffectation des importations la seule consommation humaine (sans usage en alimentation animale). Tec : tonne quivalent carcasse La production indigne brute (Pib) permet de mieux traduire les disponibilits relles par espce, en tenant compte des changes extrieurs danimaux vivants. La production indigne brute se dfinit de la manire suivante :

Pib = abattage totaux + exportations en vif importations en vif Ou Pib = production nette + solde du commerce extrieur des animaux vivants. La production utilisable correspond aux abattage faits sur le territoire. La consommation humaine brute correspond la consommation indigne brute (Cib) lexception des abats pour lesquels il est ncessaire de retrancher la partie estime destine lalimentation animale :

Cib= abattage totaux + importations de viande exportation de viande (stock fin-stock dbut). - Taux dapprovisionnement = Pib/Cib

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ANNEXE 2 : Contrle de la publicit des mdicaments usage humain

On entend par publicit pour les mdicaments usage humain toute forme d'information, y compris le dmarchage, de prospection ou d'incitation qui vise promouvoir la prescription, la dlivrance, la vente ou la consommation de ces mdicaments. La publicit sur les mdicaments est soumise diffrentes dispositions du code de la sant publique, qui prcise notamment quelle ne doit pas tre trompeuse ni porter atteinte la protection de la sant publique. Elle doit prsenter le mdicament ou produit de faon objective et favoriser son bon usage. Elle doit respecter les dispositions de l'autorisation de mise sur le march. La publicit auprs du public pour un mdicament n'est admise qu la condition que ce mdicament ne soit pas soumis prescription mdicale, qu'il ne soit pas remboursable par les rgimes obligatoires d'assurance maladie et que l'autorisation de mise sur le march ou l'enregistrement ne comporte pas de restrictions en matire de publicit auprs du public en raison d'un risque possible pour la sant publique. La publicit destine aux professionnels de sant est soumise un contrle a posteriori. Le contrle men par lAfssaps sur la publicit doit rpondre des objectifs rglementaires, de bon usage du mdicament et dobjectivit. Ceci se traduit par la vrification dune mise en conformit avec les exigences requises par le Code de la Sant Publique relatif la Publicit, avec le libell dAMM, les avis et recommandations officiels (avis de la Commission de Transparence, rfrentiels officiels), voire des confrences de consensus. Les recommandations officielles sur la publicit, comportant notamment une section spcifique aux antiinfectieux, de mme que la charte pour la communication sur internet des entreprises pharmaceutiques, sont disponibles sur le site de lAfssaps, www.afssaps.sante.fr, la rubrique documentation et publications , autres documents . Une commission charge du contrle de la publicit et de la diffusion des recommandations sur le bon usage des mdicaments met un avis pour interdire ou rectifier la publicit auprs des professionnels de sant, en cas de manquement aux dispositions rglementaires (contrle a posteriori). Elle met aussi un avis sur les publicits (octroi, suspension ou retrait de visas) pour les mdicaments et les produits prsents comme bnfiques pour la sant et destins au grand public. Des mesures dissuasives lencontre du laboratoire pharmaceutique sont prvues par la rglementation. Il peut sagir de mise en demeure de la firme de modifier sa publicit dans un dlai gnralement de 1 mois, voire dune interdiction. Les interdictions sont publies au Journal Officiel et peuvent faire lobjet de sanctions financires mises par le CEPS lencontre de la firme concerne. La rglementation de la publicit est issue de la transposition dune directive europenne et on peut donc dire que les bases rglementaires sont superposables dun pays europen lautre. Cependant les modalits dapplication pratiques des textes demeurent de comptence nationale. De part les contrles effectus en matire de publicit des mdicaments destination des professionnels de sant et du grand public et notamment pour les antibiotiques, la promotion du mdicament anti-infectieux en France apparat relativement bien encadre.

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ANNEXE 3 : Rglementation de la publicit des mdicaments vtrinaires

ARTICLE R.5146-42 Dcret n77-635 du 10 juin 1977 ARTICLE R.5146-43 Modifi par le dcret n99-553 du 2 juillet 1999
Est interdite toute publicit faite, sous quelque forme que ce soit, pour des mdicaments vtrinaires dont la mise sur le march n'a pas t autorise. La publicit en faveur des mdicaments vtrinaires n'est autorise auprs des personnes physiques ou morales habilites distribuer les mdicaments vtrinaires par les articles L. 5143-2 et L. 5143-6, que pour les mdicaments vtrinaires qu'elles sont autorises prescrire ou dlivrer. La publicit en faveur des mdicaments vtrinaires auprs du public est autorise. Toutefois, elle est interdite pour les mdicaments qui doivent tre prescrits sur ordonnance en application de l'article L. 5143-5. La publicit ne doit jamais faire apparatre la consultation vtrinaire comme superflue, ni tre assortie de promesses ou d'avantages de quelque nature que ce soit, ni utiliser des attestations ou des expertises.

ARTICLE R.5146-44 Dcret n77-635 du 10 juin 1977

ARTICLE R.5146-45 Modifi par le dcret n 99-553 du 2 juillet 1999

Toute publicit en faveur de mdicaments vtrinaires doit comporter au moins les renseignements : 1, Le nom du mdicament ; 2, Le nom et l'adresse du responsable de la mise sur le march et, lorsque celui-ci ne fabrique pas le mdicament, le nom et l'adresse du fabricant ; 3, La composition quantitative en principes actifs ; 4, Le classement de la spcialit au regard du rgime des substances vnneuses ; 5, Le numro et la date de l'autorisation de mise sur le march ; 6, Les indications thrapeutiques, contre-indications et effets secondaires figurant la dcision d'autorisation de mise sur le march ; 7, Toutes indications utiles sur la posologie selon les espces animales auxquelles le mdicament est destin ; 8, Eventuellement, l'indication du temps d'attente ; 9, Les mentions imposes par la dcision d'autorisation de mise sur le march, Lorsqu'une notice est jointe au conditionnement d'un mdicament vtrinaire, elle ne doit concerner que ce mdicament." Les textes et documents publicitaires doivent obligatoirement faire l'objet d'un dpt auprs du directeur gnral de l'agence franaise de scurit sanitaire des aliments , par envoi recommand, pralablement leur diffusion. Est subordonne une autorisation pralable du directeur gnral de l'agence franaise de scurit sanitaire des aliments la publicit sous quelque forme que ce soit en faveur des mdicaments prsents comme favorisant le diagnostic, la prvention ou le traitement des maladies contagieuses numres l'article L. 223-2 du code rural ou dans les textes pris en application de l'article L. 223-3 du mme code, Il est interdit au fabricant, au responsable de la mise sur le march et au distributeur de mdicaments vtrinaires de remettre directement ou indirectement aux utilisateurs et aux personnes habilites prescrire ou dlivrer des mdicaments des primes, des objets ou produits quelconques ou de consentir des avantages matriels directs ou indirects autres que les conditions tarifaires autorises. Toutefois, sont autoriss les dons destins encourager la recherche et l'enseignement au profit d'tablissements publics ou de fondations reconnues d'utilit publique, sous rserve de dclaration pralable au prfet du dpartement dans lequel ces institutions ont leur sige.

ARTICLE R.5146-46 Modifi par le dcret n 99-553 du 2 juillet 1999

ARTICLE R.5146-47 Modifi par le dcret n2003-263 du 20 mars 2003

ARTICLE R.5146-48 Modifi par le dcret n2003-263 du 20 mars 2003

Les fabricants, les responsables de mise sur le march les grossistes ou les dpositaires ne peuvent dlivrer d'chantillons qu'aux seuls docteurs vtrinaires qui en ont fait la demande crite.

188

ANNEXE 4 : Classification des additifs lalimentation animale

Antibiotiques
Flavophospholipol* Salinomycine-sodium* Monensin sodium* Avilamycine*

Coccidiostatiques
Robenidine Lasalocide-sodium* maduramycine* Diclazuril Nicarbazine Halofuginone Monensin-sodium* Narasin* + nicarbazine Salinomycine sodium* Narasin*

* additif activit antibiotique sur les bactrie Gram+

189

ANNEXE 5 : Classification des dsinfectants

Familles Acides Alcools Aldhydes Anilides Composs chlors Composs iods Chlorophnols Drivs mtaux lourds Peroxydes Biguanides Bisphnols Diamidine Phnols simples Ammonium quaternaire Amphotres Alkylamines Molcules (exemples) Acides lactique, citrique, propionique Ethanol, isopropanol Glutaraldhyde, formaldhyde, glyoxal Triclocarban Hypochlorite de sodium, chloramine T, dichloroisocyanurate, dioxyde de chlore Iode, iodophore Chloroxylenol Argent, mercure Peroxyde dhydrogne, ozone, acide peractique Chlorhexidine, polyhexamthylnebiguanide, alexidine Triclosan, hexachlorophne Propamidine, dibromopropamidine Phnol, crsols Ctrimide, chlorure de benzalkonium, chlorure de didcyldimthylammonium Alkylaminoalkylglycine

190

ANNEXE 6 : Tableau par principe actif, pour toutes les voies dadministration autorises, des antibiotiques ayant une AMM en thrapeutique humaine / thrapeutique vtrinaire et commercialiss au moins une fois entre 1999 et 2003
Antibiotique ayant une AMM chez lhomme Voie dadministration orale Bta-lactamines Pnicillines Pnicillines sensibles aux pnicillinases Pnicilline G Bnthaminepnicilline-benzylpnicilline sodique Benzathinebenzylpnicilline Benzylpnicilline potassique Benzylpnicilline procane Benzylpnicilline sodique Pnthacilline iodihydrate Pnicilline V Phnoxymthylpnicilline Pnicillines rsistantes aux pnicillinases Pnicillines M Cloxacilline Dicloxacilline Nafcilline Oxacilline Pnicillines spectre largi Pnicillines A Amoxicilline Amoxicilline + acide clavulanique Ampicilline Ampicilline + sulbactam Bacampicilline Pivampicilline Pivmcillinam Pnicillines anti-pyocyaniques carboxypnicillines Ticarcilline Ticarcilline + acide clavulanique ureidopnicillines Mezlocilline Pipracilline Pipracilline + tazobactam Cphalosporines Cphalosporines de premire gnration Cfaclor Cfadroxil Cfalexine Cefalonium Cfalotine Cfapirine Cfatrizine Cfazoline Cfradine inj, loc, Antibiotique ayant une AMM chez lanimal Voie dadministration orale inj, mam, ext,

X X Xac X

X X X X X X X

X X X X

X X X X X X

X X X X

X X X

X X X

X X X

X X

X X X X X

X X X X X X X X

X X X X X

191

ANNEXE 6 (Suite)
Antibiotique ayant une AMM chez lhomme Voie dadministration orale Cphalosporines de deuxime gnration Cfamandole Cfoxitine Cfuroxime Cfuroxime axtil Cphalosporines de troisime gnration Cfpime Cfixime Cfoprazone Cfotaxime Cfottan Cfotiam hextil Cefpirome Cefpodoxime proxtil Cefquinome Cefsulodine Ceftazidime Ceftiofur Ceftizoxime Ceftriaxone Autres Carbapenemes Imipnme-cilastatine Mropnme Monobactames Aztronam Cyclines Chlorttracycline Dmclocycline Doxycycline Lymcycline Mtacycline / mthylnecycline Minocycline Oxyttracycline Ttracycline Aminosides Amikacine Apramycine Dibkacine Dihydrostreptomycine sulfate Framyctine Gentamicine Ispamicine Kanamycine Micronomicine Nomycine Ntilmicine Spectinomycine Streptomycine Tobramycine X X Xac X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X Xac X Xac X X X X X inj, X X X X X X X X X X X X X X X X Xac X X X X X X loc, Antibiotique ayant une AMM chez lanimal Voie dadministration orale inj, mam, ext,

X X X

X X X

X X

X X

X X

X X

Xac

192

ANNEXE 6 (suite)
Antibiotique ayant une AMM chez lhomme Voie dadministration orale Macrolides et apparents Macrolides Azithromycine Clarithromycine Dirithromycine rythromycine Josamycine Midcamycine Roxithromycine Spiramycine Tilmicosine Tylosine Lincosamides Clindamycine Lincomycine Pirlimycine Pleuromutilines Tiamuline Valnmuline Ketolides Tlithromycine Synergistines/Streptogramines Pristinamycine Quinupristine + dalfopristine Quinolones Quinolones de premire gnration Acide nalidixique Acide oxolinique Acide pipmidique Flumquine Rosoxacine Quinolones de deuxime gnration - Fluoroquinolones Ciprofloxacine Danofloxacine Difloxacine Enoxacine Enrofloxacine Ibafloxacine Lvofloxacine Lomfloxacine Marbofloxacine Moxifloxacine Norfloxacine Ofloxacine Orbifloxacine Pfloxacine Sparfloxacine X X X X X X X X inj, loc, Antibiotique ayant une AMM chez lanimal Voie dadministration orale inj, mam, ext,

X X

X X X X X X

X X X

X X

X X

X X X

X X X X X

X Xac X X Xac X X X

X X X

X X X X X X X X X X Xac X X X X X X

X X X

193

ANNEXE 6 (Suite)
Antibiotique ayant une AMM chez lhomme Voie dadministration orale Phnicols Chloramphnicol Florfnicol Thiamphnicol Furanes Furaltadone Furazolidone Nifuroxazide Nifurzide Nitrofurantone Nitrofurazone Nitroxoline Polymyxines Colistimthate Colistine Polymyxine B Trimthoprimes Baquiloprime Trimthoprime Sulfamides Phtalylsulfathiazol Sulfactamide Sulfadiazine Sulfadimthoxine Sulfadimidine Sulfadoxine sulfafurazole Sulfaguanidine Sulfamrazine Sulfamthizol Sulfamthoxazole + trimthoprime Sulfamthoxypyridazine Sulfanilamide Sulfapyridine Sulfaquinoxaline Divers antibactriens Antibiotiques glycopeptidiques Teicoplanine Vancomycine Imidazoles Dimtridazole Mtronidazole Ornidazole Secnidazole Tinidazole X X X X X X X X X X X X Xac X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X X inj, loc, Antibiotique ayant une AMM chez lanimal Voie dadministration orale inj, mam, ext,

X X

X X X X

X X X X X

X X X

Xac

X X X

X X X X

X X

194

ANNEXE 6 (suite)
Antibiotique ayant une AMM chez lhomme Voie dadministration orale Anti-tuberculeux Ethambutol Isoniazide Pyrazinamide Rifabutine Rifampicine Rifamycine Rifamyxine Autres Acide fusidique / fusidate Bacitracine Clofazimine Clofoctol * Dapsone Fosfomycine Fumagilline Fusafungine * Gramicidine * Novobiocine Mupirocine Oxazolidinones (linzolide) Thiostrepton Tyrothricine X X X X X X inj, X X loc, Antibiotique ayant une AMM chez lanimal Voie dadministration orale inj, mam, ext,

X X X

X X Xb X X

X X

X X X

X X X X X X

X X X X

: voie rectale * molcules en cours de rvaluation (retraits/abrogations en cours de discussion)

ac

: arrt de commercialisation en 2004

195

ANNEXE 7 : Sources dinformation relatives lutilisation des antibiotiques

Source Registres de ventes Etape Fabrication Acteurs Industries Localisation Modalits de collecte Transmission infos, enregistrement informatique Transmission infos, enregistrement informatique Elevages, vtrinaires, fabricants daliments mdicamenteu x Elevages et fournisseurs Consultation sur place, interrogation des acteurs, enregistrement informatique Consultation sur place, enregistrement informatique Consultation sur place, enregistrement informatique Consultation sur place, enregistrement informatique Consultation sur place, transmission ou enregistrement informatique Prlvements en levage ou abattoir Nexiste quen levage de volailles de chair uniquement Linformation ne porte que sur les usages des jours prcdents Indications de dates peu fiables, handicap de la multiplicit des fournisseurs /levage Limit aux cas dutilisation daliments mdicamenteux X informations Remarque pays X chelle levage animal AB X quantit posologie X dure animaux motif

Registres de ventes

Distribution

Grossistes, centrales dachat Vtrinaires prescripteurs

Ordonnances

Prescription

Factures

Dlivrance

Ayant-droit

(X)

Bons de livraison compositions

Dlivrance

Fabricants daliments

Elevages et fournisseurs

Registres dlevage

Administration Eleveurs, vtrinaires

Elevages

Fiches sanitaires dlevage

Administration Eleveurs

Elevages et abattoirs

Dosages (dans le sang, le lait ou les djections)

Administration Eleveurs

levages ou abattoirs

196

ANNEXE 8 : Exemples de systmes nationaux de surveillance de lutilisation des antibiotiques

Pays Date de mise en oeuvre Angleterre Danemark 1993 1996 Mdic ament X X Additif Donnes collectes Type Espce Extension Organisme responsable Modalits de recueil Interlocuteurs Donnes transmises Rythme de collecte annuel Continu (VetStat) rapport annuel rapport annuel (DANMAP) (Anonyme, 2003) (Stege et al., 2003; DANMAP, 2003) Publications Rfrences

X X

quantits (kg) quantits (kg, DDD)

Toutes Toutes

Nationale Nationale

Veterinary Medicine Directorate Danish Medicine Agency

Industries pharmaceutiques Ventes Vtrinaires, pharmacies, fabricants daliments Prescriptions, dlivrances (enregistreme nt informatique) Quantits incorpores

France France Kenya

1999 1999 1995 X X

quantits (kg) quantits (kg) quantits (kg)

Toutes Toutes Animaux de production Toutes

Nationale Nationale Nationale

Direction gnrale de lalimentation ANMV-Afssa Ministre de la sant

Fabricants daliments (SNIA)

annuel annuel inconnu

rapport annuel rapport annuel (Mitema et al. 2001)

Industries pharmaceutiques Ventes (SIMV)

Norvge

1995

quantits (kg) quantits (kg)

Nationale

Norwegian agricultural inspection service Industries pharmaceutiques, grossistes, fabricants daliments Directorate of fisheries Vtrinaires, pharmacies, fabricants daliments Ventes

annuel

rapport annuel (NORM/NOR M-VET) rapport annuel (NORM/NOR M-VET)

(NORM-VET, 2003)

Norvge

1995

Toutes

Nationale

annuel

(NORM-VET, 2003)

Norvge

1989

quantits (kg) quantits (kg, DDD)

Piscicoles

Nationale

Prescriptions

Continu par enregistrement informatique annuel rapport annuel (MARAN)

(Bangen et al. 1994)

Pays-Bas

1998

Toutes

Nationale

VANTURES (veterinary antibiotic usage and resistance surveillance working group) National Corporation of Swedish pharmacies

Industries pharmaceutiques Ventes

(MARAN, 2003)

Sude

1980

quantits (kg)

Toutes

Nationale

Industries pharmaceutiques Ventes

annuel (depuis 1988)

rapport annuel (SVARM)

(Bjrnerot et al. 1996; SVARM, 2003)

197

ANNEXE 8 (suite)
Bibliographie Anonymous (2003). Sales of Antimicrobial Products Authorised for Use as Veterinary Medicines, Growth Promoters, Coccidiostats and Antiprotozoals in the UK in 2001. Bangen, M., K. Grave, et al. (1994). "Description and evaluation of a new surveillance programme for drug use in fich farming in Norway." Aquaculture 119: 109-118. Bjnerot, L., A. Franklin, et al. (1996). "Usage of antibacterial and antiparasitic drugs in animals in Sweden between 1988 and 1993." Veterinary record 139: 282-286. DANMAP (2002). DANMAP 2002 - Consumption of antimicrobial agents and occurrence of antimicrobial resistance in bacteria from food animals, food and humans in Denmark. H. EMBORG. Copenhaguen, Danish Zoonosis Center. MARAN (2003). Monitoring of antimicrobial resistance and antibiotic usage in animals in the netherlands in 2002. Mellon, M., C. Benbrook, et al. (2001). Hogging it: estimates of antimicrobial abuse in Livestock. Cambridge, Union of concerned scientists. Mitema, E. S., G. M. Kikuvi, et al. (2001). "An assessment of antimicrobial consumption in food producing animals in Kenya." J. vet. Pharmacol. therap. 24: 385-390. NORM-VET (2003). Consumption of Antimicrobial Agents and Occurrence of Antimicrobial Resistance in Norway. 2002. Troms/Oslo, Norway,. Stege, H., F. Bager, et al. (2003). "VETSTAT-the Danish system for surveillance of the veterinary use of drugs for production animals." Prev Vet Med 57: 105-115. SVARM (2003). Swedish Veterinary Antimicrobial Resistance Monitoring - 2002. Uppsala, Sweden, National Veterinary Institute.

198

ANNEXE 9 : Units de mesure des consommations dantibiotiques

Type Unit pondrale Symbole Nom Dfinition Quantit de matire active mesure par son poids selon les talons internationaux Unit de mesure de lactivit dune matire active Avantages Permet dexprimer aisment toutes les quantits, quels que soient les antibiotiques considrs, espces cibles, rgions ou pays, annes Inconvnients Ne reflte pas la pression thrapeutique correspondante en raison des diffrences de posologies existant entre principes actifs Remarques Unit internationale de rfrence pour lheure utilise dans la publication des rsultats de surveillance de lutilisation des antibiotiques Des coefficients de conversion des UI en unit pondrale (mg) ont t tablis, Rfrence Mg, Milligramme g, Kg, gramme t kilogramme tonne UI unit internationale

Unit active

Permet de quantifier un principe actif par Nest utilise que pour quelques rapport son activit, notamment antibiotiques lorsque le degr de puret de la substance varie Reflet commercial ou comptable de lusage des antibiotiques pour les industries et leveurs Ne permet pas de juger de la pression thrapeutique en raison de grandes disparits de prix entre antibiotiques, prsentations et espces animales, Sensible aux fluctuations montaires (dans le temps et entre pays) Ne permet pas de quantifier lintensit dutilisation des antibiotiques (grande disparit des prsentations commerciales), Unit sensible aux modifications des prsentations

Unit montaire

, $,

euros dollars livres

Montant reprsent par la quantit dantibiotiques change

Entre dans la composition du poste dpenses de sant dans les charges variables de production, frquemment mesur en levage

Unit commerciale

Unit

Nombre de prsentations commerciales dune spcialit antibiotique (dfinies par leur composition, dnomination, prsentation)

Permet la description et le recensement des transactions commerciales (du fabricant lacheteur), Aisment transcrite en quantit pondrale de matire active partir des compositions des spcialits antibiotiques, Reflte lactivit thrapeutique des antibiotiques, Permet de saffranchir des diffrences de prix, de posologie, Autorise alors les comparaisons dans le temps entre pays

Unit de rfrence de la dclaration annuelle des ventes nationales dantibiotiques dans de nombreux pays

Unit thrapeutique

DDD

defined daily dose ou dose journalire dfinie

En mdecine humaine : Quantit pondrale dun antibiotique, ncessaire une journe de traitement dun patient adulte (70kg) pour son indication majeure et en dose dentretien, (dfinie pour chaque antibiotique par comit dexperts au WHO Collaborating center for Drug statistics methodology)

Doit tre dfinie pour chaque espce et chaque antibiotique, Ncessite la dfinition de posologies et poids de rfrence, Utilisable que lorsque lespce utilisatrice est connue (pas le cas des plans nationaux de surveillance des ventes)

Aucune harmonisation internationale en mdecine vtrinaire, Des DDD dfinies pour , les bovins laitiers (Norvge) , les porcs (Danemark et France) , les volailles (Norvge et France)

(Grave, 1999;Grave, 2004) (DANMAP, 2003)

199

ANNEXE 9 (suite)
Unit thrapeutique ADD Animal defined daily dose Quantit de principe actif recommande pour une journe de traitement (en milligrammes par kilogramme de poids vif ou animal cible) Reflte lusage des antibiotiques, permet Doit tre dfinie pour chaque espce dapprhender les diffrences de et chaque antibiotique, pratiques entre pays ou rgions Constitue une alternative nationale aux DDD lorsque celles-ci ne sont pas valides ou diffrent des pratiques nationales Doit tre dfinie pour chaque espce et chaque antibiotique, Ncessite le recueil des posologies pratiques auprs des praticiens prescripteurs Coefficients difficiles dterminer de manire globale et pour tous les antibiotiques Des ADD dfinies dans plusieurs pays (parfois publies antrieurement sous lappellation DDD nationales) . toutes espces (Danemark) . les bovins laitiers (Norvge) . les volailles (Norvge et France) Dfinies pour 4 antibiotiques dans lespce porcine en France (Jensen et al., 2004) (Chauvin et al., 2005)

Unit thrapeutique

PDD

prescribed daily dose ou dose journalire prescrite potency unit ou tetracycline unit

Quantit de principe actif prescrite Reflte lusage des antibiotiques, permet pour une journe de traitement (en dapprhender les diffrences de milligrammes par kilogramme de poids pratiques entre pays ou rgions vif ou animal cible) Unit de mesure de la pression thrapeutique reprsente par une quantit pondrale compose de divers antibiotiques, Le poids de chaque famille antibiotique est corrig par un coefficient reprsentant le rapport de son activit au standard ttracycline Permet de saffranchir des diffrentiels de posologie indpendamment des espces animales considres

(Chauvin et al., 2002)

Unit thrapeutique

Applique au suivi dans le temps des ventes nationales dantibiotiques, lorsquil y a modification de lusage relatif des diffrentes familles antibiotiques

(Mudd et al., 1998 ; Mudd et al., 1999)

Bibliographie Chauvin, C., P. A. Beloeil, et al. (2002). "A survey of group-level antibiotic prescriptions in pig production in France." Prev Vet Med 55(2): 109-20. Chauvin, C., F. Madec, et al. (2001). "The crucial question of standardisation when measuring drug consumption." Vet Res 32(6): 533-43. DANMAP (2002). DANMAP 2002 - Consumption of antimicrobial agents and occurrence of antimicrobial resistance in bacteria from food animals, food and humans in Denmark. H. EMBORG. Copenhaguen, Danish Zoonosis Center. Grave, K., C. Greko, et al. (1999). "The usage of veterinary antibacterial drugs for mastitis in cattle in Norway and Sweden during 1990-1997." Preventive Veterinary Medecine 42(1): 45-55. Grave, K., M. Kaldhusdal, et al. (2004). "What has happened in Norway after the ban of avoparcin? Consumption of antimicrobials by poultry." Preventive Veterinary Medicine 62: 59-72. Jensen, V. F., E. Jacobsen, et al. (2004). "Veterinary antimicrobial-usage statistics based on standardized measures of dosage." Preventive Veterinary Medicine. Mudd, A. J., K. Lawrence, et al. (1998). "Study of Sweden's model on antimicrobial use shows usage increased since 1986 ban." Feedstuffs 70(44): 18. Mudd, A. J., K. Lawrence, et al. (1999). "Animal usage of antimicrobials in Sweden 1986-1996; kg active substance or potency?" The Pig Journal 43: 165-169.

200

ANNEXE 10 : Modalits de calcul de la masse corporelle des espces animales potentiellement consommatrices dantibiotiques
poids moyen considr (en kg) chiens 15 chats 4 oiseaux 0,1 petits mammifres 0,5 chevaux de sport 450 chevaux lourds 850 nes baudets 350 autruches 120 faisans 1,5 perdrix 0,4 pigeons 3 cailles 1,5 livres 450 lapins (gibier dlevage) 850 cerf * daim * canards col vert 1 truite * carpe * saumon * bar * daurade * turbot * chvres 50 brebis laitires 60 brebis race viande 80 agnelles saillies 45 agnelles non saillies 20 agneaux 15 autres ovins 45 vaches laitires 650 vaches allaitantes 750 gnisses laitires 1 2 ans 350 gnisses laitires + 2 ans 500 gnisses allaitantes 1 2 ans 450 gnisses allaitantes + 2 ans 550 autres femelles 1 2 ans 400 autres femelles + 2 ans 500 mles castrs 1 2 ans 450 mles castrs + 2 ans 700 mles non castrs 650 bovins de moins de 1 an 200 veaux boucherie 150 Espces et stades de production considrs masse corporelle calcule (en kg) 1999 121500000 34800000 710000 900000 121230000 67745000 5250000 1200000 21000000 2000000 2796950 25460750 360000 15000 500000 170000 1000000 46160000 6000000 3150000 1000000 900000 53750000 77820000 412560000 42165000 6960000 76813740 79695000 2875600000 3053250000 472796100 475577000 441372150 498300000 157200000 147000000 136772100 191143400 631515300 1033922200 170568000 2000 121500000 36000000 700000 1000000 156732300 59644500 10551100 1200000 21000000 2000000 2914600 23310000 360000 15000 500000 170000 1000000 47500000 6000000 3600000 1400000 10000000 57800000 82782360 415988640 41265000 6580000 76813740 76005000 2699450000 3160500000 496300000 487000000 469800000 518650000 121200000 159000000 141750000 198100000 596700000 1141200000 155946900 2001 132000000 37600000 810000 2450000 154485000 63580000 10990000 1200000 21000000 2000000 2679300 27611500 360000 15000 500000 170000 1000000 47500000 6000000 3000000 1700000 700000 62100000 79500000 392160000 40500000 6540000 80779860 80505000 2726750000 3219750000 501550000 504500000 488250000 520300000 161600000 160000000 141750000 198100000 718534700 1122512400 165888000 2002 131700000 38680000 800000 1160000 155295000 64005000 10675000 1200000 21000000 2000000 2796950 25460750 360000 15000 500000 170000 1000000 42900000 6000000 5000000 3500000 1500000 750000 60400000 78540000 382480000 41490000 6480000 76860000 80280000 2683200000 3071250000 488600000 504500000 454050000 526350000 153200000 201000000 167400000 219800000 589230850 1098898200 167733000

201

ANNEXE 10 (suite)
Espces et stades de production considrs lapins poulets de chair dindonnaux canetons pintadeaux pondeuses oies verrats rformes truies porcs charcutiers masse totale (en kg) poids moyen considr (en kg) 4 1,2 10 4 1,4 2 8 400 300 300 105 masse corporelle calcule (en kg) 1999 2000 2001 2002 169776000 165688000 164740000 161656000 982171200 932602800 989774400 874408800 1055810000 1138630000 1123820000 986240000 278936000 293624000 317496000 317004000 45813600 48662600 51784600 43500800 79124000 79630000 79822000 82888000 3848000 4880000 4936000 5672000 8800000 8800000 9200000 8400000 59400000 59400000 72900000 67500000 308700000 363062400 410700000 404700000 2754979500 2635758195 2692156740 2724855000 17245985990 17340667135 17806250500 17245034350

* : la masse totale leve a t directement utilise

Sources de donnes de lannexe 10: - OFIVAL Cahier de statistiques, http://www,ofival,fr/statistiques/stats40/Ovins,PDF - Agreste conjoncture aviculture 2000 http://www,agreste,agriculture,gouv,fr/default,asp?rub=conjspe - Agreste recensement agricole 2000 CD-rom - Agreste rsultats nationaux recensement agricole 2000 - enqute FACCO / SOFRES www,facco,fr/pdf/FACCO_MAGAZINE_30,pdf - http://www,fdsea51,fr/pratique/chiffres/7_agreste/1999/27_99,pdf - OFIVAL Cahier de statistiques, http://www,ofival,fr/statistiques/stats40/BOVINS,PDF - OFIVAL Cahier de statistiques, http://www,ofival,fr/statistiques/stats40/equins,PDF - OFIVAL Cahier de statistiques, http://www,ofival,fr/statistiques/stats40/Ovins,PDF - OFIVAL Cahier de statistiques, http://www,ofival,fr/statistiques/stats40/PORCINS,PDF - OFIVAL Cahier de statistiques, http://www,ofival,fr/statistiques/stats40/VOLAILLE,PDF - Rapport dinformation sur l'identification des chiens et des chats, leur commercialisation et l'approvisionnement des centres d'exprimentation : http://www,assemblee-nationale,fr/rap-info/i3457,asp#P290_23376

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ANNEXE 11 : Etat des lieux de lutilisation des antibiotiques thrapeutiques dans les diffrentes filires de production animale
Sources : Consultation des reprsentants des comits spcialiss des Groupements Techniques Vtrinaires, de la Socit Franaise de Buiatrie et de lAssociation Franaise des Vtrinaires pour Animaux de Compagnie. Les informations prsentes en annexe 11, relatives aux usages des antibiotiques dans les diffrentes espces animales ne rsultent pas du travail dexpertise du groupe de lAfssa ; elles tendent rendre compte des pratiques, telles que dcrites par les organisations professionnelles ; elles ne constituent pas des recommandations dusage. Dans la mesure o elles ont t rdiges par des rdacteurs diffrents, intervenant dans des filires dont les proccupations ne sont pas superposables, elles ne prsentent pas toujours un caractre homogne.

1. Bovins
Les veaux nouveau-ns Les entrites nonatales, essentiellement dues Escherichia coli, sont trs frquentes, en particulier en levage allaitant. Elles sont contrles, dans les cas bnins par ladministration, par voie orale, de colistine et/ou dune association amoxicilline-acide clavulanique. Dans les cas graves, les quinolones (fluoroquinolones) et parfois les cphalosporines de 3me gnration sont utilises. Les omphalites concernent environ 10% des animaux, en particulier en stabulation libre. Elles sont traites par linjection dune association pnicilline-streptomycine, damoxicilline, de ttracyclines longue action ou, plus rarement, de lassociation trimthoprime-sulfamides. Les arthrites sont devenues trs rares et sont peu soignes car les checs sont trs nombreux. On utilise des prparations injectables de lassociation lincomycine-spectinomycine, de tylosine, de fluoroquinolones et de florfnicol. Les jeunes bovins Ce sont les infections respiratoires qui dominent, conscutives linfection par Mannheimia haemolytica avec ou sans Mycoplasma bovis. Elles sont traites prioritairement par linjection de quinolones ou de macrolides, associe le cas chant des injections de ttracyclines longue action, ou dans des cas plus graves de florfnicol (surtout chez le veau de boucherie) ou de lincospectine. Les veaux de boucherie Au-del de lge de 21 jours, les infections respiratoires demeurent dominantes ; cependant des cas dentrites sont galement rencontrs dans la priode prcdente. Tous les veaux sont traits, au moment de leur arrive dans llevage, soit par voie orale par un antibiotique actif sur les bactries Gram ngatif, soit par voie parentrale par le florfnicol, en particulier. Les vaches allaitantes Ces animaux ne subissent presque jamais de traitements par des antibiotiques. Quelques cas occasionnels de pathologie du pied peuvent cependant tre rencontrs, en particulier des panaris, encore largement traits par des ttracyclines ou par lassociation sulfamides-trimthoprime ou encore par des injections de cphalosporines de 3me gnration. Les salmonelloses cliniques sont devenues rares et sont considres comme occasionnelles. Elles sont contrles par ladministration orale de colistine et des injections de fluoroquinolones en cas de manifestations cliniques graves. Les complications infectieuses du post-partum sont comme chez la vache laitire justiciables dun traitement antibiotique (ttracyclines ou bta-lactamines). Les vaches laitires La spcificit thrapeutique concerne essentiellement les mammites. On peut considrer que lon ralise en moyenne un traitement antibiotique en cours de lactation par vache prsente, sachant que toutes les vaches ne sont pas traites car plusieurs traitements peuvent tre appliqus sur le mme individu. Les antibiotiques sont surtout administrs par la voie intramammaire avec, par ordre de frquence, lassociation ttracycline-nomycine-bacitracine qui reprsente 60% des ventes, puis lassociation amoxicilline-acide clavulanique, les cphalosporines et enfin diverses bta-lactamines. Pendant la priode de lactation, on utilise aussi, de faon plus limite, des traitements injectables, essentiellement des macrolides mais aussi des fluoroquinolones et des cphalosporines. Par ailleurs, la presque-totalit des vaches reoit, au tarissement, un traitement en vue dliminer les infections potentiellement prsentes ce moment et de prvenir les nouvelles infections pouvant se manifester en dbut de la priode sche. Les molcules utilises par voie intramammaire, sont les cphalosporines, puis la cloxacilline et autres pnicillines. Par voie parentrale, les macrolides sont galement utilises sur des animaux prsentant une infection mammaire au moment du tarissement. Des outils de communication et dintervention en levage ont t dvelopps par les vtrinaires praticiens avec laide de leur structure technique, la Socit Nationale des Groupements Techniques Vtrinaires (SNGTV) afin dencadrer et adapter lutilisation des antibiotiques destins la lutte contre les infections mammaires. Les mtrites sont maintenant bien matrises du fait de lamlioration des techniques dlevage et de laide apporte par lutilisation de traitements hormonaux (prostaglandines) ; Ces dernires permettent dobtenir une bonne vidange utrine,

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finalement beaucoup plus efficace que lusage dantibiotiques sur la prvention des infections gnitales; ceci a beaucoup rduit leur usage qui est finalement limit sont alors utiliss principalement par la voie locale (essentiellement des btalactamines). Les panaris et autres pathologies infectieuses du pied sont moins rares quen levage allaitant, tout en ne concernant que moins de 10% des animaux. On utilise l aussi les ttracyclines, trs efficaces pour le contrle des dermatites interdigites, lassociation sulfamides- trimthoprime et les cphalosporines de 3me gnration qui ont lavantage davoir un temps dattente nul pour le lait.

2. Ovins
Chez les petits ruminants, les modalits de traitement sont comparables celles utilises pour les bovins, mais beaucoup de produits nont pas dAMM et sont utiliss dans le cadre de la cascade. Le cot des mdicaments est un facteur de choix important. Les agneaux en engraissement Les pneumonies constituent la dominante pathologique aprs la mise en lot des agneaux. Les animaux sont traits systmatiquement larrive, laide dun aliment mdicamenteux gnralement supplment en ttracycline et trimthoprime-sulfamides. Les cas se dclarant par la suite sont traits individuellement par voie la parentrale par du florfnicol ou des fluoroquinolones, hors AMM, dans le cadre de la cascade. Les arthrites concernent environ 5% des sujets. Elles font lobjet dun traitement curatif injectable, avec des traitements comme loxyttracycline longue action, associ un anti-inflammatoire non-strodien. Dans les levages svrement affects, ladministration dun aliment mdicamenteux base de ttracyclines permet de contrler linfection. Les entrotoxmies concernent environ 5% des levages. Elles sont souvent en relation avec des erreurs alimentaires. Elles se rencontrent surtout lors dutilisation daliments performants, trop riches en nergie et pauvres en cellulose qui sont lorigine dune acidose chronique, ou alors loccasion derreurs alimentaires manifestes (changements daliments sans transition, aliments trs dsquilibrs). Le parasitisme (coccidiose, tnia ou petite douve) peut aussi tre impliqu dans ltiologie. Les formes cliniques sont occasionnelles ; dans ce cas, tout leffectif menac reoit une injection de pnicilline retard titre de prvention en milieu infect , associ une correction de lalimentation et, le cas chant, un traitement antiparasitaire. Les troupeaux naisseurs et les brebis allaitantes En priode no-natale, des diarrhes sont constates sur 5% des troupeaux. Elles sont dues Escherichia coli, dans 20% des cas environ, souvent associs des Cryptosporidies dont lincidence est en forte croissance. Les colibacilles sont contrls avec les mmes traitements que pour les bovins avec quelques nuances, du fait de lexistence de souches particulires : le syndrome agneaux mous , d des souches paralysantes, rpond particulirement bien au florfnicol, en administration systmatique sur les lots risque lge de 8 10 jours, le syndrome watery mouth , d dautres souches dE. coli, est trs contagieux. Il ncessite un traitement des malades, sous forme dinjections dune association ampicilline-colistine et, dans les cas les plus graves, le traitement systmatique , la naissance, par une injection de florfnicol. Le contrle des cryptosporidioses est difficile. Lhalofuginone est utilis dans la prvention et le traitement des cryptosporidiose des nouveaux ns ; le dcoquinate est utilis chez les mres, les 30 derniers jours de gestation, en prvention. Les avortements concernent environ 2% des troupeaux. Par ordre de frquence, ils sont dus : A la chlamydiose, contrle par des injections doxyttracycline rptes tous les 15 jours ; A Salmonella Abortus-ovis ; ils sont alors contrls par des injections systmatiques de fluoroquinolones, dans le cadre dune prvention en milieu infect ; A la fivre Q, plus rare, et contrle selon les mmes modalits que la chlamydiose ; A la toxoplasmose, plus difficile contrler, ncessitant lusage dun aliment mdicamenteux base de sulfadiazine, administr raison de 75 mg par kg de poids vif pendant 7 jours. La listriose est une maladie classique en levage ovin. Elle concerne les adultes et les sujets lengraissement. Lalimentation base densilage ou de haylage est le principal facteur de risque. Les probiotiques lactiques se montrent efficaces en prvention. Les malades peuvent gurir dans 40 60% des cas avec des injections damoxicilline associe lacide clavulanique forte dose pendant 8 jours. Les mammites sont trs importantes dans les zones laitires, mais les levages viande ne sont pas concerns. Les traitements intramammaires sont trs peu utiliss sauf au moment du tarissement o le quart des brebis est trait (Cefazoline seule AMM ovine-). Sinon, on utilise des bta lactamines, avec ou sans cortisone. En Aveyron, le traitement concerne 3 5% des animaux dans des troupeaux dont la taille moyenne est de 350 brebis. Les animaux traits sont ensuite rforms. Les dermatoses du pis sont galement frquentes, mais avec moiti moins de cas que les mammites (2% des troupeaux environ). Cependant, dans les levages atteints, tous les animaux sont traits par pulvrisation des trayons, aprs chaque traite, par de la chlorhexidine. Les cas graves sont traits par voie parentrale ave des cphalosporines ou du florfnicol. Le pitin fait surtout lobjet de mesures sanitaires et de soins locaux, mais des injections systmatiques dassociations large spectre peuvent tre ncessaires (pnicilline-streptomycine ou macrolide).

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Les truies Les motifs de traitement concernent essentiellement les cystites et dans une moindre mesure les mtrites. Les truies sont traites en cours de gestation, la mise-bas ou au moment de la saillie. On peut considrer que toutes les truies dun levage sont traites en moyenne une fois par an, par voie orale, et que 20% dentre elles reoivent un traitement injectable curatif au cours de chaque cycle, essentiellement par la voie parentrale, exceptionnellement par la voie orale. Les antibiotiques les plus couramment utiliss sont les sulfamides-trimethoprime, les ttracyclines, l amoxicilline, les quinolones et le ceftiofur. Les porcelets en maternit Les traitements sont toujours individuels, soit sous une forme injectable, soit sous une forme de pte orale . La prvention des arthrites est considre comme ncessaire sur environ 10% des portes. Elle est ralise par linjection de pnicilline G, damoxicilline ou de cphalosporines. Les entrites nonatales font lobjet dun traitement sur 5 10% des porcelets. Elles sont dues soit des colibacilloses et, dans ce cas, on utilise les quinolones, ou lassociation amoxicilline-colistine, ou ampicilline-colistine, soit des infections par des Clostridies, le traitement faisant alors appel des macrolides ou apparents (tiamuline, lincospectine). Les porcelets au sevrage Ladaptation des animaux ncessite un traitement systmatique pour contrler les diarrhes colibacillaires. Environ 80% des levages sont concerns. Les porcelets reoivent un aliment mdicamenteux pendant les 15 jours de distribution de laliment de 1er ge ; les antibiotiques utiliss sont lassociation colistine-macrolide, ou colistine ttracycline, ou lassociation trimthoprime-sulfamides. La prsence de macrolides ou de ttracyclines permet de contrler en mme temps linfection par Lawsonia intracellularis (ilite). Dans 15 20 % des levages, le traitement comprend de lamoxicilline afin de contrler les infections par Streptococcus suis. Tous les porcelets sont traits pour empcher lexpression ultrieure des septicmies et des mningites. Dans quelques cas particuliers, un traitement ponctuel, par des macrolides, est ncessaire en cours de post-sevrage, dans leau de boisson ou en distribution courte dans laliment, pour contrler des pisodes aigus dilite.. Dans 5% des cas, le contrle des infections respiratoires qui dbutent en post-sevrage ncessite lutilisation de traitements injectables, par de lamoxicilline, des cphalosporines, du florfnicol, une association pnicilline-streptomycine ou, parfois, dune fluoroquinolone. Les porcs en engraissement Dans 5% des levages, on retrouve, comme en post-sevrage, la ncessit de contrler les infections respiratoires par lutilisation de traitements injectables (ttracyclines ou amoxicilline longue action, association pnicilline-streptomycine, florfnicol, parfois fluoroquinolone). Le nombre de porcs concern par levage est infrieur 5%. Les levages affects par Actinobacillus pleuropneumoniae, de faon chronique, ncessitent des injections plus frquentes, avec les mmes antibiotiques que prcdemment. Environ 5 10% des levages sont concerns, avec de grosses variations rgionales. En cas dpisode aigu, lensemble des porcs dune mme salle est trait par voie orale, avec une ttracycline ou de lamoxicilline ou des sulfamides-trimethoprime.

3. Porcins

4. Caprins
Dans cette espce, trs peu de mdicaments font lobjet dune Autorisation de Mise sur le March et les choix thrapeutiques sont faits dans la plupart des cas dans le contexte de la cascade. Les jeunes chevreaux Chez les jeunes chevreaux, les infections digestives, le plus souvent dues des colibacilles, sont prdominantes et sont lorigine de diarrhes et du syndrome chevreau mou . Presque tous les levages sont concerns, avec une prvalence et une gravit trs variable. On utilise alors, par la voie orale, des ttracyclines, de la colistine ou des sulfamides et, dans les cas graves, des quinolones. A larrive en engraissement, les animaux font lobjet dun traitement systmatique par voie orale par de la colistine ou un aminoside. Les chevreaux en engraissement Au-del de lge de 21 jours, les infections respiratoires constituent la dominante pathologique. Les pasteurelloses sont le plus souvent impliques et constituent la premire cause de mortalit, quil sagisse de chevreaux en engraissement ou de futurs reproducteurs. Elles sont contrles avec des bta-lactamines (amoxicilline). Les mycoplasmoses concernent environ un levage sur 4 dans lesquels 5 10% des animaux sont affects. Elles provoquent non seulement des pneumonies, mais aussi des arthrites qui sont relativement faciles grer par des injections de macrolides sur les animaux malades. La listriose est de plus en plus rare. Elle est contrle par des injections de florfnicol ou dampicilline au coup par coup sur les malades, associes un changement alimentaire et/ou ladministration de probiotiques. Lantibiothrapie est efficace, mais ncessite une intervention prcoce et longue.

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ANNEXE 11 (suite)
Les chvres en lactation Les diarrhes Clostridies constituent la premire cause de mortalit en dbut de la priode de lactation. Elles sont contrles par des mesures dittiques (modifications de la ration) et la vaccination, mais il est parfois ncessaire dappliquer, au pralable, un traitement antibiotique avec des bta-lactamines ou des sulfamides. Les infections respiratoires Pasteurella (multocida A2 le plus souvent) et Mycoplasma (agalactiae, capricolum, mycoides, putrefaciens) sont beaucoup moins frquentes que chez les jeunes. Elles sont contrles par des traitements individuels. Certains cas ncessitent une intervention sur lensemble du troupeau : on utilise alors le ceftiofur, dans le cadre de la cascade , impliquant un dlai dattente de 7 jours. Les avortements sont surtout dus la fivre Q qui peut tre contrle par des injections systmatiques de ttracyclines, sous une forme retard pendant la priode de tarissement. Il est possible aussi de remplacer le traitement par la vaccination. Les mammites sont frquentes et sont dues prioritairement des Staphylocoques coagulase ngative et Corynebacterium pseudotuberculosis. Les traitements sont pratiqus au moment du tarissement, sur toutes les chvres dont les taux cellulaires dtects dans le lait sont trop levs ; le taux cellulaire tant considr comme un marqueur trs fiable de ltat dinflammation mammaire. La cloxacilline et la spiramycine sont largement utilises. Ces mammites peuvent aussi tre occasionnes par des mycoplasmes et par Staphylococcus aureus, qui ne reprsente cependant que 2% des infections mammaires. Dans ce cas, les traitements injectables sont prfrables, y compris pendant la priode de lactation. On utilise surtout des macrolides, et la tylosine en particulier. Les uvites sont frquentes et sont dues des mycoplasmes ou des Moraxella. Elles sont traites uniquement par des prparations locales, en gnral intramammaires, donnant de trs bons rsultats, en particulier celles qui associent un antibiotique (ttracycline, nomycine et/ou amoxicilline) et un anti-inflammatoire strodien (prednisolone). Les poulets de chair Sauf cas exceptionnel, on ne traite pas le poulet de chair car sa dure de vie courte ne le justifie pas. Par contre, les anticoccidiens sont utiliss : sulfamides si la forme clinique est prcoce, sinon amprolium dont le dlai dattente est plus court (8 jours). Le toltrazuril est peu utilis en raison de son cot et de son dlai dattente. Les maladies respiratoires sont rares, elles sont traites laide de macrolides et/ou de ttracyclines. Lentrite ncrosante parfois rencontre est contrle par les macrolides. La frquence des traitements peut tre estime 1 bande sur 20 pour la coccidiose et 1 bande sur 50 pour les antiinfectieux. Les poules pondeuses dufs de consommation Au cours de la priode de ponte, les poules ne reoivent, en principe, aucun traitement, sauf pour matriser les complications bactriennes conscutives des infections virales ou en cas dentrites. Les ttracyclines sont utilises dans le premier cas : environ 10% des levages sont concerns et reoivent un traitement dune dure de 1 2 semaines. Les entrites sont contrles par de la colistine, mais cette ventualit est encore plus rare. Quel que soit le traitement choisi, il doit avoir un dlai dattente nul pour la commercialisation des ufs, ce qui est le cas des ttracyclines comme de la colistine. Les pintades Le syndrome entrite-frilosit est laffection la plus frquente. Il survient vers 10-25 jours ou 6-7 semaines et il est contrl par lutilisation doxytetracycline ou de nomycine. Les palmipdes Chez le canard mulard, on rencontre des pasteurellose ponctuelles, traites par ordre de frquence dcroissante avec des ttracyclines, de lamoxicilline, des quinolones. Chez le canard de Barbarie on rencontre plus rgulirement E. coli et Riemerella spp., en surinfection des attaques de rovirose. Les traitements de premire intention sont base doxyttracycline ou de lassociation trimthoprime-sulfamides. En seconde intention, aprs une analyse des rsultats de lantibiogramme, des quinolones ou du florfnicol sont parfois utiliss. Les dindes Llevage de la dinde est trs difficile depuis larrt du nifursol et des farines de viandes dans lalimentation, ce qui se traduit par lapparition dentrites ds lge de 8-10 jours (ITAVI, 2005). Ces dernires sont contrles grce lutilisation, souvent rpte, de ttracyclines et/ou de macrolides. Les problmes respiratoires surviennent partir de lge de 8 semaines et parfois avant. En premire intention, ils sont contrls par les sulfamides, loxyttracycline ou la colistine. En cas dchec, le traitement est ajust en fonction des rsultats de lantibiogramme. Si lon souponne cliniquement une salmonellose ou si on constate de la mortalit au moment du dmarrage des animaux, un traitement des jeunes sujets avec de lenrofloxacine ou de lamoxiciline peut savrer ncessaire. A lheure actuelle, on peut considrer que les traitements par antibiotiques concernent un lot sur 2 au cours du dmarrage. De plus, 1 lot sur 5 est trait pour des troubles respiratoires avec de grosses diffrences selon les rgions et la densit des levages : les infections virales augmentent fortement la ncessit de traitement par des antibiotiques.

5. Volailles

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Les traitements raliss sont presque toujours collectifs du fait de la conduite en bande danimaux trs proches gntiquement, souvent au mme stade physiologique, voire dage identique, levs dans les mmes locaux, nourris avec le mme aliment et donc soumis la mme pression infectieuse. Laliment mdicamenteux est utilis prfrentiellement pour les traitements de fond ; des traitements sont galement administrs dans leau de boisson notamment en cas durgence (pisode aigu de mortalit). La voie parentrale est essentiellement rserve aux reproducteurs. En maternit 30 40% des aliments sont supplments pendant les premiers 21 jours de la lactation : ces supplmentions visent contrler les pathologies respiratoires qui sont les plus frquentes sur les femelles. Les molcules vis vis desquelles les pathognes sont le plus couramment sensibles, sont : loxyttracycline et les associations sulfamides et trimthoprime (intressantes car ayant aussi un effet anticoccidien ). En cas dpisode morbide aigu sur les mres, le schma dadministration classique est une injection, renouvele 48 ou 72 heures plus tard, lors de la mise bas ou de linsminationqui sont les deux priodes de plus forte sensibilit des femelles, ventuellement sur 1 ou 2 bandes successives en cas de gros problme. Les antibiotiques utiliss tiennent compte de la pathologie rencontres, des analyses bactriologiques et de lefficacit des molcules utilises. Contre les pisodes aigus de pasteurelloses, les injections doxyttracycline sont les plus courantes ; lorsqu il sagit de colibacillose, on utilise davantage de fluoroquinolones, daminosides ou de colistine. En engraissement 50% des aliments sont supplments, essentiellement en tiamuline pour le contrle de lentrocolite. Le traitement est appliqu pendant une dure variable selon le comportement des animaux, rduite au minimum ncessaire et accompagne de mesures zootechniques adaptes telles que le rationnement. Lorsque la maladie nest pas contrle par la tiamuline, sous couvert de constat dchec, on peut utiliser la bacitracine dans leau de boisson, en respectant les rgles dfinies par lAutorisation Temporaire dUtilisation (ATU). Les colibacilloses E. coli attachant-effacants concernent moins de 10% des levages. On traite selon les rsultats bactriologiques obtenus et dans le cadre de la cascade de prescription, avec de la colistine, de la nomycine ou de lenrofloxacine dans leau de boisson (dure moyenne du traitement : 5 jours). Les pasteurelloses chroniques observes en maternit peuvent dans certains cas (moins de 10%) provoquer des symptmes respiratoires et/ou des abcs en fin dengraissement. Le traitement antibiotique est administr dans leau de boisson. L encore en fonction de lantibiogramme ralis et du respect de la cascade, loxyttracycline, les sulfamides ou la doxycycline sont les molcules couramment utilises.

ANNEXE 11 (suite) 6. Cuniculture

7. Pisciculture
Les productions aquacoles franaises sont trs diversifies, se rpartissant entre la conchyliculture et la pisciculture, continentale et marine dautre part. Dans cette seconde catgorie, les antibiotiques utiliss dans le tableau ci-dessous font lobjet, pour certains dune Autorisation de Mise sur le March (AMM) et sont administrs aux poissons, sur prescription vtrinaire, principalement sous la forme dun aliment mdicamenteux. Le florfnicol peut tre considr comme un cas particulier ; en effet, cette molcule efficace contre les flavobactrioses septicmiques ou cutanes, bnficie dune AMM dans de nombreux pays producteurs de saumons ; en France, elle est galement parfois utilise pour traiter les jeunes alevins de salmonids infects. Lutilisation damoxicilline demeure relativement rare et se limite une prescription dans le cas de rsistance de bactries incrimines aux antibiotiques ayant une AMM. Enfin, lrythromycine semble efficace contre Lactococcus garviae, responsable dune pathologie dapparition rcente en France. Concernant les quantits employes, il est difficile den apprcier les tonnages actuellement. Une tude ralise en 1998 en pisciculture marine franaise, estimait que lusage annuel des 4 substances antibactriennes sous AMM et du florfnicol tait de 1 500 kg ; cette quantit tait surtout marque par lutilisation prpondrante doxyttracycline (Raymond et Blanc, 1998) 18 ; une seconde tude (Pasco, 1994), base sur les quantits de diffrents mdicaments produits et utiliss en France en pisciculture marine et continentale, aboutit un chiffre annuel de 11 687 kg de substances actives, dont 2 200 kg de chloramphnicol aujourdhui interdit. Cette utilisation ne couvre pas lusage des antiparasitaires. Pourtant les parasites causent probablement la majorit des troubles pathologiques observs en levage (70 % selon, Raymond et Blanc, 1998) 19.

18

Raymond J.C., Blanc G. 1998. Estimation of the consumption of medicinal substances in the new marine fish farming in France. Bull. Fr. Pche Piscic., 349, 229-233. 19 Raymond J.C., Blanc G. 1998. Estimation of the consumption of medicinal substances in the new marine fish farming in France. Bull. Fr. Pche Piscic., 349, 229-233.

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ANNEXE 11 (suite)
Principaux antibiotiques utiliss en aquaculture, en France. Antibiotique Voie AMM poisson dadministration Acide oxolinique Flumquine Trimthoprimesulfadiazine Oxyttracycline Aliments mdicamenteux Aliments mdicamenteux Aliments mdicamenteux Aliments mdicamenteux Balnation Aliments mdicamenteux Aliments mdicamenteux Aliments mdicamenteux 670 719.5 du 20/10/97 pour les truites 673 945.6 du 20/10/97 pour saumons et truites 672 378.0 du 06/08/92 pour les poissons 672 921.6 du 30/06/92 pour les poissons Indications Bactrioses germe sensible : Yersinia ruckeri, Aeromonas salmonicida, Vibrio anguillarum,,, Id. supra Id. supra Id. supra + entrite non spcifique Arthromitus + flavobactriose F. psychrophilum Flavobactriose cutane F. psychrophilum chez les alevins Flavobactriose septicmique ou cutane F. psychrophilum chez les alevins et les truitelles, Bactrioses germe sensibles, quand rsistance aux antibiotiques AMM, Streptococcose deau chaude Lactococcus garvieae, rnibactriose R. salmoninarum,

Florfnicol Amoxicilline rythromycine

8. Animaux de compagnie
Les motifs dutilisation sont tout dabord le traitement dinfections bactriennes (values environ 20-25 % des consultations, certains traitements tant de longue dure comme par exemple le traitement de pyodermites ou dotites externes) et, plus frquemment, le traitement antibiotique de couverture des affections virales (traitement lors de gastroentrite hmorragique, herpesvirose, calicivirose, PIF) mycosiques, ou encore en couverture des oprations chirurgicales. Frquence de traitement - Antibiotiques utiliss Antibio-prvention La molcule la plus utilise en prvention (autre que lors des affections virales) est la cfalexine, avec une utilisation essentiellement en couverture des oprations chirurgicales. Thrapeutique La famille dantibiotique la plus utilise et la plus prescrite est la famille des btalactamines (amoxycilline, cfalexine). Les quinolones (marbofloxacine, enrofloxacine, flumiquil, ibafloxacine) sont utilises de plus en plus frquemment , supplantant progressivement les sulfamides. En marge de ces deux grandes classes, une ttracycline (doxycycline) et une lincosamide (clindamycine) ont aussi la faveur des prescripteurs. Les traitements locaux sont justifis et trs frquemment utiliss (peau-oreilles-yeux). Les donnes nationales de ventes prcdemment prsentes, indiquaient que pour les mdicaments destins uniquement aux animaux de compagnie, les principales familles utilises sont les sulfamides suivis des cphalosporines et btalactamines, viennent ensuite les macrolides et les ttracyclines. Critres du choix Le choix repose rarement sur une recherche bactriologique assortie dun antibiogramme, sauf lors de maladie subaigu ou chronique. Les antibiotiques large spectre sont ainsi souvent utiliss en premire intention. Les molcules le plus utilises le sont donc car leur spectre est large, leurs distribution et limination sont compatibles avec la maladie, leur toxicit limite, etc. Ainsi, doxycline ou quinolones sont prescrites pour les affections respiratoires, les btalactamines pour la peau, le mtronidazole pour le tube digestif, les quinolones lors de mningites. Utilisation de spcialits humaines La galnique des spcialits vtrinaires a considrablement volu : chaque espce peut correspondre une forme approprie facilitant grandement lobservance du traitement. Mais, notamment pour des raisons de cot, pour les chiens de grande taille ou les traitements longs par exemple, et bien que la cascade linterdise, les spcialits humaines sont galement prescrites. Les molcules utilises sont des molcules disponibles galement en mdecine vtrinaire, gnralement sous des formes galniques plus appropries au poids des animaux ou la voie dadministration souhaite : cfalexine, amoxicilline, amoxicilline + clavulanate, sulfamthoxazole + trimthoprime, mtronidazole

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ANNEXE 12 : Recommandations dvolution des systmes de surveillance nationaux selon leurs objectifs (daprs Cornaglia et al.,2004)*
Recommandations
Type de surveillance Dcrire et quantifier les tendances Resapath Dcrire et quantifier les phnotypes de rsistance vis Dvelopper surveillance vis de critres pidmiologiques spatio-temporelle

Sous-type

Dcrire et quantifier les rsistances vis vis de critres cliniques Evolution de lincidence dun mcanismes particulier de rsistance Evolution de lincidence de clones rsistants particuliers Evolution de lincidence des infections antibio-rsistantes Systme dalerte

Dvelopper le lien laboratoire-vtrinaire sur lefficacit clinique

Plan de surveillance Rseau Salmonella Mettre en place un planning de prlvements permettant un suivi temporel (mensuel, trimestriel) permettant la prise en compte de la saisonnalit mais galement des conditions dlevage (alimentation, conditions zootechniques) Prendre en compte dautres types de production Suivre lincidence par type de production en augmentant le nombre de souches recueillies.

Phnotype du clone Gnotype du clone Dvelopper Mettre en place un systme dalerte Etudier limputabilit des espces commensales aux infections humaines Dfinir un profil dalerteet amliorer la Dfinir et dvelopper ractivit du systme en lensemble des tapes sur un ou quelques laboratoires danalyse de routine.

* Cornaglia, G. Lonnroth, A., Struelens, M.(2004) Report from the European Conference on the Role of Research in Combating Antibiotic Resistance, 2003 Clin Microbiol Infect.10(5): 473-97

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ANNEXE 13 : Recommandations dvolution des systmes de surveillance nationaux selon la nature des informations recueillies (daprs Cornaglia et al., 2004)
Description de linformation Information sur les laboratoires Information sur les sujets Critre Identification individuelle Fiche de description du sujet Type dlevage, production Resapath Recommandations Plan de surveillance Rseau Salmonella Organiser des essais inter-laboratoires Promouvoir lanalyse de la relation utilisation/rsistance chez les diffrentes espces animales, comme cela est tudi en production avicole. Organiser un recueil en continu sur Faire apparatre date de prlvement lanne Possibilit dtudes gnotypiques Discuter avec les praticiens (filire de soin) Nombre de praticiens Population couverte Nombre dchantillons analyss Activit levage Taille de llevage Discuter avec les partenaires du rseau Dvelopper dune surveillance oriente (praticien et/ou levage) Dvelopper des mthodes pidmiologiques dexploitation Dvelopper la connexion de cette surveillance avec les bases de donnes gographiques

Information sur dates Information sur souches Thsaurus clinique Indicateurs, dnominateurs et stratification Activit laboratoire

Type dlevage Taille de bandes

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ANNEXE 13 (suite)
Description de linformation Donnes Critre Prise en compte des doublons Justification de la prise en compte des doublons Dfinition des dupliqus Type de donnes collectes Mode de stockage de donnes Resapath Plan de surveillance Recommandations Rseau Salmonella Utiliser une base de donnes ddoublonne pour effecteur les calculs de taux de rsistance Dvelopper desoutils de gestion de base de donnes pour amliorer leur exploitation Dvelopper des outils danalyse spatiotemporelle etvoluer vers une tude de lassociation utilisation-rsistance ou utilisation/prsence (au dessus dun certain seuil)-absence Recueillir en continu des souches et les analyser afin de permettre la mise en place dun systme dalerte. Un tel dispositif suppose une rvision de lorganisation du dispositif Capacit de dtection limite

Faire voluer les bases de donnes

Frquence de lanalyse des donnes

Prsentation des rsultats

Format de rapport

Nombre disolats minimum pour rapport Influence des informations cliniques sur la frquence danalyse ? Analyse des variations saisonnires ? Prsentation des rsultats Frquence des rapports Mode de diffusion des rapports Informations incluses dans les rapports Mode de comparaison de donnes de diffrentes sources R/I/S Quantitatif Tableau Graphique Papier Internet

Faire un rapport annuel

Mettre en ligne des donnes

* Cornaglia, G. Lonnroth, A., Struelens, M.(2004) Report from the European Conference on the Role of Research in Combating Antibiotic Resistance, 2003 Clin Microbiol Infect.10(5): 473-97

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ANNEXE 14 : Rsistance aux antibiotiques des bactries responsables dinfections communautaires non zoonotiques
La rsistance aux antibiotiques des bactries responsables des infections communautaires, non acquises lhpital, (non zoonotiques) est devenue au fil des ans un problme majeur de sant publique, tant au niveau national quinternational. La mise en place de rseaux de surveilance permet de recueilir des donnes fiables susceptibles de justifier et dlaborer la mise en place de mesures correctrices. Dans le domaine des infections broncho-pulmonaires et ORL de lenfant et de ladulte, Streptococcus pneumoniae (pneumocoque) et Haemophilus influenzae occupent le devant de la scne. Le pneumocoque a, au cours de la dcennie coule, volu vers ce qui pourrait tre considr comme une bactrie nouvelle . En effet selon lge du patient et les pathologies, la rsistance du pneumocoque la pnicilline (et partiellement dautres -lactamines) a connu une volution rapide, avec plus de 50 % des souches concernes. Cette volution a t observe surtout pour les souches isoles chez lenfant au niveau des voies respiratoires suprieures et les souches responsables dotite moyenne aigu. Lmergence de cette rsistance est originale car rsulte de la modification du gnome du pneumocoque par acquisition de fragments de gnomes trangers correspondant aux gnes codant pour les protines de liaison la pnicilline (PLP). Cette acquisition de la rsistance se fait au niveau des muqueuses oropharynges de lenfant (ou de ladulte) par un mcanisme de transfert gntique (la transformation) partir de brins dADN appartenant des streptocoques prsents au niveau de ces mmes muqueuses. Le pouvoir de slection des antibiotiques et la vie en communaut des nourrissons et des jeunes enfants (garderies, crches) favorisent la dissmination des souches rsistantes profitant de la pression de slection exerce par de multiples prescriptions dantibiotiques. Ce phnomne de diffusion de souches rsistantes nest pas limit au seul milieu familial et lenvironnement proche de lenfant et des souches rsistantes parties dun pays dEurope ont pu tre retrouves, dissmines sur plusieurs continents. La matrise de lvolution de la rsistance implique une rduction de la pression de slection exerce par les antibiotiques corrige par un bon usage des antibiotiques. Elle peut aussi tre partiellement trouve dans lutilisation de vaccin confrant une protection contre les pneumocoques les plus frquents (et les plus rsistants) chez lenfant. Chez H. influenzae, la rsistance aux -lactamines sest manifeste ds les annes 1980 par la production dune lactamase aprs acquisition du gne codant pour cette enzyme. Il sagit de la transmission de plasmide de rsistance entre souches de la mme espce ou entre souches despces diffrentes. Au cours des annes 1980-1990, lvolution de la rsistance a t progressive mais constante avec au dbut des annes 1990 plus de 50 % des souches capsules de type b (responsables de mningites) productrices de -lactamase et rsistantes aux amino-pnicillines. La possibilit dutiliser, pour le traitement des mningites, des cphalosporines de 3me gnration conservant leur activit en prsence de -lactamase a minimis limportance du problme en terme de sant publique. Lintroduction au dbut des annes 1990 de la vaccination et le succs de la dmarche vaccinale a permis de rduire encore limpact de cette rsistance acquise. La rsistance des souches non capsules a suivi, un peu en retrait, lvolution observe pour les souches capsules de type b. Ces souches non capsules sont celles responsables des infections ORL (otites) de lenfant et de ladulte (sinusites) et des infections broncho-pulmonaires. Le problme demeure entier en ce dbut de XXIme sicle. A ce jour, cette espce bactrienne se tient lcart de la production de -lactamase spectre tendu (BLSE). Par contre, la rsistance dH. influenzae par modification de cible (encore !) est en volution depuis quelques annes. Le gne de la principale PLP a subi une ou plusieurs mutations modifiant la protine enzymatique qui conserve son activit mtabolique mais voit son affinit pour les -lactamines diminue. Il en rsulte une moindre sensibilit aux -lactamines sans consquences cliniques relles. Cette situation pour linstant peu inquitante dans notre pays lest dj devenue dans dautres pays comme le Japon o ce mcanisme de rsistance confre certaines souches une rsistance haut niveau qui concerne aussi les -lactamines les plus actives.

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ANNEXE 15 : Relation entre rsistance aux antibiotiques et virulence

La possibilit dune relation entre la rsistance aux antibiotiques et la virulence est une question ancienne et rcurrente pour laquelle il ny a pas de rponse unique et simple. La question pose peut tre envisage diffrents niveaux : est-ce que certains mcanismes peuvent tre communs la rsistance aux antibiotiques et la virulence des souches, et est-ce que des gnes de rsistance aux antibiotiques et des gnes impliqus dans la virulence peuvent tre simultanment prsents sur des structures gntiques stables et ventuellement transmissibles. A ces deux niveaux, la pression de slection par les antibiotiques pourrait favoriser la slection de souches virulentes. Sur le premier point, on peut prendre lexemple de bactries rsistantes aux quinolones. Il a t dmontr chez E. coli et Salmonella quun des mcanismes impliqus est lefflux actif dantibiotiques. Les pompes defflux impliques, par exemple le systme acrAB-tolC, ont une faible spcificit et sont capables dexporter diffrentes molcules autres que des antibiotiques tels que les sels biliaires. La surexpression de telles pompes chez les bactries rsistantes ces antibiotiques exports confre galement la rsistance aux sels biliaires. Cette proprit favorise la colonisation du tube digestif par les bactries rsistantes. Au del de cette relation directe, des relations indirectes et varies existent, par exemple, au niveau des rgulations bactriennes, du quorum-sensing. Sur le second point, on peut sinterroger sur la prsence de gnes de rsistance aux antibiotiques dans les lots de pathognicit (PAI) dcrits chez diffrentes espces bactriennes, ou sur la prsence de gnes lis la virulence dans des lments chromosomiques mobiles porteurs de gnes de rsistance aux antibiotiques tels que les constins (conjugative, self-transmissible, integrating) dcrits chez Vibrio cholerae ou le SGI1 de Salmonella (cf. texte rapport). Le seul exemple confirm est celui du PAI de Shigella flexneri qui comporte un locus de multirsistance lampicilline, streptomycine, chloramphnicol et ttracyclines, mais galement un systme de transport de fer impliqu dans la virulence. Les plasmides qui sont les principaux vecteurs de dissmination de gnes de rsistance peuvent galement vhiculer des gnes impliqus dans la virulence. On peut ainsi citer la prsence sur des plasmides de rsistance de gnes codant la synthse de bactriocines chez Citrobacter, de sidrophores chez E. coli, de cytotoxines chez Vibrio cholerae et E.coli, ou de facteurs dadhsion chez E.coli.

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ANNEXE 16 : Modlisation mathmatique et analyse quantitative des risques

Lutilisation de la modlisation informatique et mathmatique dans lvolution des dynamiques pidmiques et du risque infectieux dans les populations est devenue, ces dernires annes, une approche de plus en plus ncessaire et prise en compte dans les dcisions de sant publique (notamment dans sa dimension permettant de proposer des analyses quantitatives des risques voire des consquences conomiques), quil sagisse de prises de dcision nationales ou plus locales (Ghani et al., 2000; Boelle et al., 2003). Les modles de quantification des diffrents risques de transmission de la rsistance tout au long de la chane alimentaire sont utiles pour identifier limportance relative de facteurs de transmission lhomme et peuvent contribuer loptimisation des stratgies de matrise du risque. La modlisation a aussi largement favoris une meilleure comprhension de la dynamique populationnelle de lvolution de la rsistance bactrienne aux antibiotiques (Austin et al., 1999 ; Lipsitch et al., 2000; Temime et al., 2003 ; Temime et al., 2004). Ces travaux ont montr que la dynamique observe tait multifactorielle : lexposition aux antibiotiques des individus, la transmission des bactries rsistantes parmi les individus (contacts interindividuels directs ou indirects), lpidmicit intrinsque de la bactrie, et la probabilit dmergence dun nouveau mcanisme de rsistance au sein dune espce auparavant sensible, en sont des exemples. Ce qui est observ dans un cosystme pathogne, mcanisme de rsistance, antibiotique, population ne peut alors pas tre directement extrapol dans un autre cosystme. Mais, au-del de la simple comprhension du phnomne, un des intrts majeurs du dveloppement de modles incluant les spcificits pathogne, mcanisme de rsistance, antibiotique, population et intgrant les diffrents niveaux de complexit du phnomne (gntique, bactrien, clinique et populationnel), rside dans les possibilits de prdictions ralistes de la dynamique du risque infectieux li aux bactries rsistantes. Ainsi, alors que de nouveaux concepts antibiotiques pourraient apparatre dans les annes venir (Cassell et al., 2001; Powers, 2003), la mise au point doutils susceptibles de contribuer matriser lmergence et la diffusion de la rsistance devrait constituer un enjeu majeur des possibilits de dveloppement durable de ces mdicaments candidats. Des schmas conceptuels de voie de transmission et dexposition de lhomme ont t proposs (Werner et al., 1998; Witte, 1998). Ils permettent une reprsentation globale des phnomnes dans une discussion gnrale mais ne sont pas adapts dans le dveloppement de modles dvaluation de risque quantitative. Pour les salmonelles, le Danish Zoonosis Centre a propos rcemment un modle stochastique qui estime le nombre de cas de salmonelloses attribuables pour les principales sources daliments (Hald et al., 2004). Le principe est de comparer les salmonelles isoles dans les cas humains celles isoles dans les productions animales et les espces animales. En effet, certains srotypes de salmonelles sont spcifiques dune espce animale tandis que dautres sont communs plusieurs espces. Les espces spcifiques servent de point dancrage dans le modle pour lanalyse des srotypes provenant de plusieurs sources. Lhypothse centrale du modle est que les types spcifiques une espce animale sont transmis via les produits de cette espce. La distribution des types de salmonelles provenant de diffrentes espces animales est ajuste sur la distribution des espces spcifiques. La connaissance dtaille de la prvalence des salmonelles dans les espces animales et les produits animaux est un pr-requis ce type de dmarche. Lapproche stochastique permet de considrer lincertitude sur lestimation des diffrents paramtres et permet une analyse de la capacit des diffrents types de salmonelles selon les sources alimentaires provoquer des cas humains. Jusqu ces dernires annes, les principaux obstacles la construction de ces modles taient relatifs la faiblesse (voire labsence) de donnes fiables concernant lexposition de populations aux antibiotiques chez lanimal et chez lHomme ainsi que la faiblesse des donnes de surveillance de la rsistance bactrienne concernant les pathognes zonootiques. Si les systmes dinformations concernant la rsistance bactrienne aux antibiotiques et lusage des antibiotiques, ne sont pas encore optimaux, ils ont fait lobjet durant ces dernires annes damliorations importantes permettant de disposer dinformations interprtables et utilisables pour la dcision. Les progrs rcents dans ces deux domaines rendent raliste la perspective de dvelopper une analyse quantitative des risque crdible, puisquil devient la fois possible : 1 - de confronter la formalisation mathmatique aux donnes, 2 destimer les paramtres partir des informations disponibles. La construction et la validation de modles de diffusion humaine de la rsistance bactrienne, tenant compte des diffrences de comportement en termes dexposition humaine selon les espces bactriennes permettraient : 1 danticiper ce quil est possible dattendre de loptimisation de lusage des antibiotiques dans le monde animal et chez lHomme, pour minimiser les risques sanitaires lis la rsistance bactrienne ; 2 voire de proposer des outils informatiques destins aux professionnels, afin doptimiser les stratgies dusage collectif des antibiotiques dans les levages dans une perspective de matrise du risque l la rsistance bactrienne. Il est indispensable de promouvoir le dveloppement de tels travaux.

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ANNEXE 16 (suite) Bibliographie

Austin, D. J. and R. M. Anderson (1999). "Studies of antibiotic resistance within the patient, hospitals and the community using simple mathematical models." Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 354(1384): 721-38. Boelle, P. Y., G. Thomas, et al. (2003). "Modelling the epidemic of variant Creutzfeldt-Jakob disease in the UK based on age characteristics: updated, detailed analysis." Stat Methods Med Res 12(3): 221-33. Cassell, G. H. and J. Mekalanos (2001). "Development of antimicrobial agents in the era of new and reemerging infectious diseases and increasing antibiotic resistance." Jama 285(5): 601-5. Ghani, A. C., N. M. Ferguson, et al. (2000). "Predicted vCJD mortality in Great Britain." Nature 406(6796): 583-4. Hald, T., D. Vose, et al. (2004). "A Bayesian approach to quantify the contribution of animal-food sources to human salmonellosis." Risk Anal 24(1): 255-69. Lipsitch, M., C. T. Bergstrom, et al. (2000). "The epidemiology of antibiotic resistance in hospitals: paradoxes and prescriptions." Proc Natl Acad Sci U S A 97(4): 1938-43. Powers, J. H. (2003). "Development of drugs for antimicrobial-resistant pathogens." Curr Opin Infect Dis 16: 547-551. Temime, L., P. Y. Boelle, et al. (2003). "Bacterial resistance to penicillin G by decreased affinity of penicillin-binding proteins: a mathematical model." Emerg Infect Dis 9(4): 411-7. Temime, L., D. Guillemot, et al. (2004). "Short- and long-term effects of pneumococcal conjugate vaccination of children on penicillin resistance." Antimicrob Agents Chemother 48(6): 2206-13. Werner, G., I. Klare, et al. (1998). "Association between quinupristin/dalfopristin resistance in glycopeptide-resistant Enterococcus faecium and the use of additives in animal feed." Eur J Clin Microbiol Infect Dis 17(6): 401-2. Witte, W. (1998). "Medical consequences of antibiotic use in agriculture." Science 279(5353): 996-7.

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ANNEXE 17 : Rponses du groupe de travail aux commentaires reus lors de la consultation extrieure en novembre 2005.
Une consultation nationale auprs des principaux reprsentants dorganismes professionnels de la mdecine vtrinaire et humaine (cf liste p 4) a t organise en novembre 2005 sur le projet de rapport du groupe de travail. Lensemble des commentaires reus a t pris en compte. Quelques uns ont conduit de lgres modifications du rapport. Cette annexe reprend les principaux commentaires ayant appel une rponse du groupe de travail, sans modification du rapport. Commentaires sur la section 1 : Usage des antibiotiques chez lanimal Origine du commentaire Centre national de rfrence de la rsistance aux antibiotiques (CNR antibiotiques) Commentaire Indicateurs de consommation dantibiotiques en milieu animal. Les raisons pour lesquelles un indicateur animal global de consommation est beaucoup plus difficile trouver quun indicateur global humain (DDD/1000 habitants/an) sont trs bien expliques. Mon sentiment est quil faut certainement poursuivre cette recherche avec nos partenaires europens mais quil faut insister sur lintrt de suivre galement, et peut-tre dabord et avant tout, la consommation globale dantibiotiques en tonnes/an. En effet, si les indicateurs spcialiss par espce sont extrmement utiles pour analyser la structure de la consommation et dterminer les points spcifiques o faire porter les efforts pour la rduction de lusage, cest en revanche la consommation globale qui a le plus sens dun point de vue cologique et cest sa diminution qui a le plus de chances damliorer la baisse lvolution de la rsistance. Ceci est incontournable en raison des multiples phnomnes de rsistance croise au sein des familles dantibiotiques et de co-rsistance entre ces familles. On apprend dailleurs avec intrt dans le rapport que la consommation animale est en France environ deux fois suprieure en tonnage la consommation humaine, alors que les chiffres europens fournis la confrence de Copenhague en 1997 indiquaient un quivalence presque parfaite des consommations humaines et animales. Il serait intressant de discuter ce point dans le rapport en suggrant que deux hypothses explicatives sont possibles : soit une modification la hausse trs rapide des consommations animales en Europe, soit une trs grande surconsommation franaise par rapport aux autres pays europens. Cette dernire hypothse peut apparatre comme la plus probable tant donn les surconsommations nationales en mdecine humaines, tant en ville qu lhpital par rapport, nos partenaires europens. Rponse du groupe de travail La mesure du tonnage global est ralise depuis 1999 et ce suivi sera poursuivi. Linterprtation par espce est difficile, cependant les donnes obtenues pour chaque famille dantibiotique permettent davoir des donnes intressantes sur lvolution des consommations.

Compte tenu de la mthode peu prcise pour rcolter les donnes dusage, les comparaisons semblent inappropries. Les donnes prsentes par lindustrie a Copenhague sont discutables. La mthodologie de recueil na pas t divulgue. Il ne semble pas appropri dtablir une comparaison avec ses donnes et den tirer des consquences.

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ANNEXE 17 (suite) Commentaires sur la section 1 : Usage des antibiotiques chez lanimal
Origine du commentaire Syndicat de lindustrie du mdicament vtrinaire (SIMV) Commentaire Certaines affirmations doivent tre releves. Elles concernent : Une dfiance des auteurs vi--vis des diffrents acteurs de l'antibiothrapie chez l'animal Dfiance vi--vis des lments fournis par l'industrie (repris plusieurs fois et notamment dans les recommandations gnrales) Dfiance vis--vis des prescripteurs et distributeurs Certaines affirmations procdent d'une mconnaissance de la rglementation europenne et franaise et notamment des lignes directrices actuelles qui s'appliquent au mdicament vtrinaire. Il est affirm que le mcanisme de rsistance est insuffisamment document dans les dossiers denregistrement. Il existe des Lignes Directrices europennes dans ce domaine et les industriels sont tenus de les respecter totalement dans le cadre des dossiers de demandes d'AMM. Certaines affirmations mriteraient d'tre modules ou attnues - Le rapport envisage d'emble la diminution de l'usage des antibiotiques en levage en prconisant la suppression quasi-totale des antibiotiques usage prventif et en diminuant ceux usage curatif. La voie orale, voie d'administration majeure dans les levages, est prsente comme ayant de nombreux inconvnients. (cf recommandations gnrales) Tout programme mis en place avec cette approche de rduction de lutilisation des antibiotiques sans perspective de bnfice sera mal appliqu et donc conduira lchec. Par contre une dmarche justifie par un usage raisonn, prudent et judicieux avec une perspective de retombe conomique sur llevage aura plus de chance dtre suivi et appliqu. En aucun point du rapport, il n'est fait mention des denres en provenance de pays tiers (partie non ngligeable des denres consommes en France) pour lesquelles aucune donne concernant l'usage des antibiotiques en levage n'est disponible ou accessible. Comment peut-on faire une valuation du risque ce niveau ? Rponse du groupe de travail Sur limpression de dfiance : pas de modification du rapport. Le rapport ne met pas en doute lhonntet des acteurs. Compte tenu des enjeux et tout comme en mdecine humaine, lindpendance ou la confrontation de diffrentes sources concernant la surveillance reste la moins mauvaise garantie de la crdibilit des informations produite.

Le groupe de travail peut toujours estimer, que mme en suivant les lignes directrices, les aspects relatifs la rsistance sont insuffisamment documents.

SIMV

Le rapport nenvisage pas demble la diminution de l'usage des antibiotiques en levage en prconisant la suppression quasitotale des antibiotiques usage prventif et en diminuant ceux usage curatif . . La priorit du groupe de travail a t centre sur limpact sur la sant humaine. Lapproche du groupe de travail repose donc sur le fait que la dimension conomique fait partie de la gestion du risque et non de lvaluation. Le groupe de travail a cherch mettre en avant les moyens damliorer cette valuation. Lannexe 1 mentionne des donnes dimportation et dexportation selon les filires. Il ny a pas de rponse actuellement sur lvaluation du risque li la rsistance transmise par les denres alimentaires importes. Les recommandations ont t compltes dans ce sens

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ANNEXE 17 (suite) Commentaires sur la section 1 : Usage des antibiotiques chez lanimal
Origine du commentaire Union fdrale des consommateurs Que choisir (UFC-Que choisir) Commentaire Nous nous tonnons de la forte proportion (25%) de dlivrances de mdicaments vtrinaires assures par les groupements de producteurs : - Les conditions, les qualifications, les usages dans ce cadre ne sont pas prciss - Mme remarque au sujet des pharmaciens (8.5%) des cas Rponse du groupe de travail Dans ltat des connaissances actuelles, il nexiste pas dtudes dutilisation (dlivrance par les divers ayant droit, prescription dans le cadre de la cascade); cette pratique est encadre sur le plan rglementaire Le rapport rpond la question sur les groupements de producteurs: Dans certaines conditions prcises, les groupements de producteurs agrs peuvent aussi dlivrer des mdicaments vtrinaires, si ceux-ci ne sont pas soumis prescription ou pour ceux soumis prescription sils sont inscrits sur une liste positive et utiliss dans le cadre dun plan de prvention (programme sanitaire d'levage). Lacquisition, la dtention et la dlivrance de ces mdicaments doivent tre faites sous le contrle dun vtrinaire ou dun pharmacien participant effectivement la direction technique du groupement (article L. 5143-8 du CSP 20. Le fait que les mdicaments soient dlivrs par les groupements de producteurs ou les pharmaciens na pas de consquence sur la sant publique et les risques de rsistance partir du moment o toute utilisation fait lobjet dune prescription vtrinaire. Ce qui doit tre strictement encadr et surveill, cest donc lexistence de ces prescriptions et leur rvaluation priodique, qui sera garantie par la visite rgulire qui est maintenant rglementairement dfinie. Larticle L5143-4 concerne les usages dispenss dans le cadre de la cascade. La cascade tant rglementairement encadre, il nest pas ncessaire de reprendre les textes en dtail : la cascade est ncessaire car elle pallie le dficit en mdicaments disponibles pour de nombreuses affections, en particulier pour les espces mineures. Lannexe 11 apporte des lments ce sujet. La mtaphylaxie et lantibioprvention sont bien contrls par la prescription : il sagit dans la plupart des cas de la prvention des signes cliniques sur des sujets infects et non dune antibioprvention arbitraire. Dans tous les cas, la prescription est prcde par un diagnostic initial. Ce qui est plus difficile cest de faire ensuite cesser le traitement car il existe de nombreux cas o larrt du traitement a t suivi dune rapparition des signes cliniques. Concernant les dtails, il est impossible de les donner : ce nest pas un rapport mais une vraie bibliothque quil faudrait rdiger ! Quelques donnes sont rfrences dans le rapport. Il ne serait cependant pas scientifiquement rigoureux de sappuyer sur leurs rsultats pour dvelopper une synthse compte tenu de la raret des tudes.

UFC-Que choisir

UFC-Que choisir

Les cas des prescriptions assures dans le cas des cascades nous semblent trs peu clairs : les modalits, les objectifs recherchs, lampleur de ces pratiques, les oprateurs impliqus et leurs qualifications, lenregistrement de ces pratiques, les assurances sur la qualit de ces pratiques ne sont pas renseignes Les cas de mtaphylaxie et dantibioprvention sont voqus : ces traitements de groupe devraient faire lobjet dencadrement plus strict que ce qui semble tre le cas actuellement. De plus, peu de donnes sont portes notre connaissance : frquence, type danimaux, nom des mdicaments, type de traitement, existence de guide de bonnes pratiques

UFC-Que choisir

UFC-Que choisir

Les auteurs mentionnent que les productions franaises labellises et biologiques limitent lusage des antibiotiques, cependant, les modalits et les consquences (positives ou ngatives) de ces limitations ne sont pas dtailles, ni les applications potentielles aux autres types de culture dans le cas dincidences positives. Les guides de bonnes pratiques sont nombreux , nanmoins, le rapport napporte aucune information sur leurs qualits, les bnfices et leurs inconvnients ventuels ne sont pas passs en revue. Il aurait t intressant de les analyser et de les synthtiser tout en regardant leur usage en France.

Le groupe de travail sest centr sur lanalyse de risque. Evaluer les guides dusage demanderait un travail spcifique du ressort des gestionnaires.

20 Arrt du 5 septembre 2003 fixant la liste des mdicaments vtrinaires prvue au deuxime alina de larticle L. 5143-6 du code de la sant publique

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ANNEXE 17 (suite) Commentaires sur la section 1 : Usage des antibiotiques chez lanimal
Origine du commentaire UFC-Que choisir Commentaire Les alternatives lusage des antibiotiques sont envisages. Nous voudrions connatre quelles suites ces alternatives sont envisages, si les alternatives sont appliques en France, leur impact sur lantibiorsistance. Rponse du groupe de travail Le groupe de travail a choisi de ne pas dvelopper les alternatives aux antibiotiques. Nanmoins, les moyens qui peuvent tre dvelopps sont la fois de nature zootechnique, alimentaire et mdicale : zootechniques : amlioration de l'tat sanitaire des reproducteurs. alimentaires, telle que loptimisation du contrle des pathologies digestives par une modification de la formule alimentaire, moyens mdicaux: dveloppement de nouveaux vaccins destins la prvention des colibacilloses, des spirochtes digestifs,des infections Lawsonia intracellularis, des campylobacters ou des salmonelles utilisation des acidifiants, probiotiques. Une recommandation concerne limportance du registre dlevage ; les modalits de contrle relvent des actions de gestion et non dvaluation

UFC-Que choisir

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La retranscription sur le registre dlevage est obligatoire. Nous voudrions connatre si cet arrt du 5 juin 2000 est appliqu, quelles sont les modalits de contrle par les services officiels et si ces indications sont exploites. Nous nous interrogeons sur les usages illgaux, sur les importations des antibiotiques (via notamment lutilisation dinternet) et sur les prescriptions faites par des vtrinaires trangers. Il serait intressant de croiser en dtail les types dantibiotiques en consommations animale et humaine, de connatre lusage des antibiotiques les plus cruciaux en mdecine humaine en mdecine vtrinaire. Nous nous interrogeons sur lusage des coccidiostatiques. Nous nous interrogeons sur la validit de la notion de masse corporelle totale potentiellement traite en mdecine vtrinaire connaissant les lacunes dans le recueil des donnes de consommation dantibiotiques. Lautomdication est signale sans quaucune donne chiffre ne soit mise en avant.

Par nature les usages illgaux sont plus difficilement identifiables et quantifiables Cette remarque rejoint le dbat actuel international sur la dfinition des antibiotiques critiques faisant lobjet dun encart. Lannexe 6 apporte des lments de comparaison entre les antibiotiques ayant une AMM vtrinaire et chez lhomme. Le suivi des ventes des coccidiostatiques est pilot par la DGAl ; les derniers rsultats, de 2004, ont t communiqus en nov. 2005 et ne sont pas pas inclus dans le rapport dexpertise. Le problme auquel cette question fait rfrence porte sur la disponibilit dun dnominateur permettant de faire des comparaisons dusage dantibiotiques en fonction des diffrentes espces animales, voir mme avec lhomme. Il nest pas dindicateur parfait, mais la prise en compte de la masse corporelle pour effectuer cette comparaison ne semble pas draisonnable. Il ny a pas de donnes disponibles, do lintrt dexploiter le registre dlevage Lautomdication est proscrire, bien entendu, ce qui ne peut tre obtenu que si le registre dlevage est bien tenu, ce qui doit tre vrifi par des contrles et assorti de sanctions en cas dinfractions. Les sanctions doivent concerner les leveurs pour les sensibiliser (cest le seul moyen) et non exclusivement les vtrinaires. A ce jour, les moyens dvaluation de cette pratique sont insuffisants. Cest la raison pour laquelle cette pratique est voque dans le rapport ainsi que la ncessit de la contrler. Parmi les moyens de contrle : - La mise en place stricte du registre dlevage - la ncessit de faire des contrles en levage et sur les carcasses avec des mthodes de recherche des rsidus qui soient plus sensibles et des contrles plus frquents. Le groupe de travail tient souligner les conflits dintrt possibles et la ncessit dune clarification en termes dune meilleure indpendance. Le fait que les vtrinaires soient prescripteurs et aient la possibilit de dlivrer les mdicaments est un sujet trs sensible : il a t discut au sein du groupe de travail. Cette question relve de la gestion des risques ; le groupe de travail sest centr sur lvaluation des risques. Il faut nanmoins souligner quen mdecine humaine, le fait que les

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Les vtrinaires peuvent tre prescripteurs et dlivrer les mdicaments : cette situation nencourage-t-elle pas la surconsommation dantibiotiques ?

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Les traitements prcoces et prventifs, voqus devraient tre plus clairement explicits notamment leurs modalits, leurs bonnes pratiques et leurs mises en place. ANNEXE 17 (suite) Commentaires sur la section 1 : Usage des antibiotiques chez lanimal Origine du commentaire UFC-Que choisir Commentaire Une comparaison sommaire des chiffres de production animale mis au regard de la consommation dantibiotique ferait apparatre de grosses diffrence entre ce qui se pratique en France par rapport aux productions et consommations du Danemark. Il semble indispensable de chercher lucider ces diffrences. Dans le cas o cette analyse confirmerait un fort diffrentiel entre le Danemark et la France dans lutilisation des antibiotiques, cela devrait se traduire par de fortes recommandations dans le rapport de lAfssa. En rsum, pour rpondre aux recommandations, il faut insister sur les points suivants : o Appuyer les procdures pharmacocintiques/pharmacodynamiques o Les procdures cascades sont-elles bannir ? limiter srement, encadrer aussi, o Insister sur les registres dlevage, dapplication obligatoire, o Appuyer sur llaboration des guides de bonnes pratiques, Limiter le recours lutilisation des nouvelles gnrations dantibiotiques, o Les usages zootechniques (facteurs de croissance, matrise de la flore intestinale) devraient tre interdits ou tout au moins trs fortement limits, o Les alternatives devraient clairement mises en avant, notamment la bonne hygine en levage, o Chercher lexcellence par comparaison avec les meilleures pratiques trangres (Danemark), o Une analyse des pratiques dlevage est faire, afin de les amliorer o Analyser plus finement les utilisations des antibiotiques par filire (notamment porcine, bovine et avicole) linstar du travail prsent dans le rapport intermdiaire Utilisation des antibiotiques chez lanimal et rsistance aux antibiotiques chez les bactries dorigine animale. , 2000, o Au del du contrle des rsidus dantibiotiques, nous nous interrogeons sur les contrles dantibiorsistance faits sur les produits dimportation ; il serait intressant davoir une image plus prcise de lantibiorsistance porte par les aliments imports. o Il serait intressant davoir, davoir par filire animale, des graphiques rappelant sur plusieurs annes les tonnages dantibiotiques usages thrapeutique curatif, mtaphylaxique, en antibioprvention et comme promoteur de croissance, en mdecine vtrinaire, ceci en comparaison des Rponse du groupe de travail

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mdicaments soient dlivrs par les pharmaciens ne constitue en aucun cas une garantie dun usage optimal, comme en tmoigne lexemple de la France pur lusage communautaire des antibiotiques. Expliciter plus parait difficile ; tout traitement est adapt une situation particulire. Des informations sont prsentes dans lannexe 11.

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Les comparaisons ncessiteraient que les modalits de recueil de linformation et les mthodes danalyse soient au mieux standardises dans les deux pays. La comparaison avec les donnes danoises est intressante pour sa valeur indicative, mais il ne faut pas en faire une rgle car les conditions de llevage sont trs diffrentes : - La production est trs centralise, entre les mains dune seule organisation ce qui nest pas le cas en France : les recommandations sont plus faciles faire suivre et labsence de concurrence vite les pratiques dmagogiques, - Les chiffres qui sont donns ne refltent pas forcment la ralit, - Le Danemark, comme dautres pays, a vu sa consommation dantibiotiques augmenter aprs larrt des facteurs de croissance. Il faut distinguer les propositions entrant dans la gestion du risque de celles permettant damliorer lvaluation. Le groupe de travail sest centr sur lvaluation ; les recommandations portent donc sur lamlioration de lvaluation. A ce titre, effectivement, les recommandations porteront sur lextension de lutilisation des registres dlevage, lextension du recueil sur les filires actuellement non concernes et sur les denres alimentaires importes. Lide de disposer par filire animale de donnes historiques de lusage des antibiotiques en fonction de leur indication est excellente ; nanmoins, il est impossible de rinventer lhistoire. Cest pour cela quune des recommandations majeure du groupe est de se donner les moyens pour que le futur de la surveillance de la rsistance aux antibiotiques permette, terme, de raliser de tels graphiques. Les procdures PK-PD sont prises en compte dans les dossiers dAMM. Ensuite, leur application est entre les mains de la prescription des vtrinaires qui font leurs choix thrapeutiques et posologiques en fonction de ces donnes. - La procdure de la cascade est indispensable pour pallier le manque de mdicaments dans certaines espces. Rien nindique quil soit actuellement ncessaire de la limiter ou de modifier les textes rglementaires qui en dlimitent le cadre. Il pourrait tre envisag dvaluer lapplication de cette rglementation. - Les usages zootechniques sont totalement termins depuis le 31 dcembre 2005. Les alternatives sont dveloppes : elles peuvent tre encore toffes : - Bonnes pratiques zootechniques en levage : respect des normes de densit, de conduite dlevage, conduite en bandes danimaux du mme ge permettant de vider totalement les locaux et de les dsinfecter avant lentre de la bande suivante, amlioration de la bioscurit des levages qui permet dviter lentre de nouveaux contaminants, - Amlioration sanitaire des levages en haut des pyramides gntiques : cette mesure est extrmement efficace. Elle a largement t applique au Danemark en levage porcin ce qui est peut-tre lune des explications la situation favorable de ce pays, - Dveloppement de vaccins chaque fois que cest possible et utilisation pertinente de ces derniers : cette mesure est extrmement

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tonnages de production par filire.

efficace comme on a pu le voir par exemple avec la vaccination contre la mycoplasmose du porc qui a considrablement rduite les traitements anti-infectieux, - Les alternatives aux facteurs de croissance ne peuvent pas revendiquer deffet sur la sant : leur rle tant purement zootechnique, ils sortent du cadre de ce rapport.

ANNEXE 17 (suite) Commentaires sur la section 1 : Usage des antibiotiques chez lanimal
Origine du commentaire Syndicat national des vtrinaires libraux (SNVL) Commentaire Les conclusion du rapport Tellier, rdig la demande du madame la Directrice gnrale de lalimentation, mais non encore publi, dmontrent que la dlivrance des mdicaments curatifs, dont nombre de spcialits antibiotiques reprsente prs de 40% de lactivit pharmaceutique des groupements de producteurs que le code de la sant publique restreint pourtant une pharmacope prventive compatible avec une fonction dorganisation de la production. Ainsi la fonction quivoque de laliment mdicamenteux contenant des substances antibactriennes, se substitue parfois aux additifs qui sont dsormais interdits et qui avaient pour fonction doptimiser les rsultats zootechniques. Ainsi, lusage accru de mdicaments injectables, dits de longue action introduit un biais statistique dans la mesure o les tonnages dantibiotiques moindres aboutissent un contact entre les populations bactriennes et les antibiotiques au moins aussi prolong quavec des spcialits ncessitant des injections rcurrentes. Ainsi, la fonction trouble du portage et du colisage massifs des mdicaments contenant des substances antimicrobiennes nest pas sans incidence sur un usage incontrl et abusif de ces spcialits. Rponse du groupe de travail Hors sujet du groupe de travail. La dlivrance des antibiotiques par les groupements de producteurs nest pas un problme ds lors que la prescription vtrinaire est rigoureusement assure par un vtrinaire qui connat effectivement les levages : le registre dlevage o sont rassembls les rapports de visite doit pouvoir en tmoigner.

SNVL

SNVL

Association mondiale vtrinaire daviculture (AMVA)

p. 43 La prescription dans le cadre des programmes sanitaires dlevage, ne ncessite actuellement quune connaissance trs relative de llevage puisque les commissions rgionales de la pharmacie mettent gnralement un avis favorable au PSE ds lors quune visite annuelle serait prvue alors que la liste positive recle des substances antibactriennes. Ncessit de mieux souligner la mise en place, dans les filires avicoles, de mesures pilotes destines mieux suivre l'utilisation des antibiotiques: fiche d'levage adresse l'abattoir avant l'abattage et permettant aux services vtrinaires de connatre les traitements reus, intervention du vtrinaire comme conseil dans le cadre des "dmarches-qualits" visant matriser d'abord l'apparition des troubles par le contrle de l'environnement zootechnique de l'animal. Ces dmarches de qualit intgrent souvent une utilisation raisonne des antibiotiques. L'volution actuelle des dmarches qualit vers un format HACCP pourrait

Il est peu vraisemblable que les aliments mdicamenteux puissent se substituer aux facteurs de croissance. En effet, les contraintes rglementaires encadrent leur prescription et leur prparation constituent des garanties raisonnables. Les doses thrapeutiques, donc les taux d'incorporation, sont beaucoup plus leves que des doses utilises en facteurs de croissance et les dure d'administration sont beaucoup plus courte (5 15 jours au maximum) ce qui limite le risque de slection de bactries rsistantes Par ailleurs, la fabrication en usine impose une standardisation et des contrles des processus qui conduisent une meilleure garanties des taux dincorportation. Les prparations injectables longue action qui facilitent lobservance des traitements constituent une avance en matire de gestion de la rsistance. Le colisage nest pas un facteur de risque pour une utilisation exagre ds lors que la prescription par un vtrinaire qui connat llevage est respecte : notre poque, avec laugmentation de la taille des troupeaux, il est impossible lleveur de se dplacer chaque fois quil a besoin dun traitement. On peut souligner que le colisage doit tre limit des zones gographiques raisonnables. Le problme de la liste positive est un problme rglementaire en cours dexamen.

Les guides dusage sont prsents ; valuer les guides dusage demanderait un travail spcifique du ressort des gestionnaires.

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conduire l'avenir vers une amlioration des possibilits d'auto contle dans ces domaines.

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ANNEXE 17 (suite) Commentaires sur la section 1 : Usage des antibiotiques chez lanimal
Origine du commentaire AMVA Commentaire Ncessit d'inclure les produits imports dans les plans de surveillance de l'antibiorsistance: des donnes seraient souhaitables dans le rapport - ou des prcisions quant la possibilit d'obtenir de telles donnes par les systmes de surveillance actuellement en place - quant la nature et la frquence des antibiorsistances rencontres chez les bactries isoles des produits avicoles imports. Les possibilits et pratiques thrapeutiques susceptibles d'tre mises en oeuvre dans certains pays tiers sont en effet trs diffrentes de celles autorises par les exigences europennes. L'introduction de telles donnes dans le rapport permettrait aussi de donner au consommateur l'origine de la saisine une image (positive) du niveau relatif de ce qui est fait en France Ncessit d'envisager dans des aspects plus pratiques lis la distribution des antibiotiques. Il est clair que la disponibilit bas prix de certaines molcules le cas chant importes ne peut qu'encourager une plus large utilisation, favorisant ainsi l'mergence de rsistance. Dans l'optique de prciser cette question, une prsentation du dcret sur la prescription en mdecine vtrinaire serait intressante. Rponse du groupe de travail Lannexe 1 mentionne des donnes dimportation et dexportation selon les filires. Il ny a pas de rponse actuellement sur lvaluation du risque li la rsistance transmise par les denres alimentaires importes. Les recommandations ont t compltes dans ce sens.

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La prescription est dtaille dans le rapport. Il ne faut pas oublier que les antibiotiques restent sur prescription vtrinaires et donc le prix du mdicament ninflue pas sur sa consommation. Le vtrinaire reste garant dune bonne utilisation.

Commentaires sur la section 2 : Impact de lusage des antibiotiques sur la rsistance chez lanimal Origine du commentaire CNR antibiotiques Commentaire La lecture du rapport laisse limpression quil est impossible de trancher sur limportance respective des transferts dans le sens animal-homme et de ceux dans le sens homme-animal. Les donnes publies ne permettent en effet pas de trancher sur ce point et il est peu probable que cette question pourra recevoir une rponse dfinitive dans lavenir pour de nombreuses raisons mthodologiques, dailleurs fort bien explicites dans le texte du rapport. Il me semble nanmoins que deux remarques pourraient tre ajoutes qui justifient de focaliser laction sur le contrle des changes dans le sens animal-homme. Dabord cest in fine la sant humaine qui nous proccupe avant tout. Ensuite les occasions de contacts des hommes avec les produits des animaux qui ont t traits par des antibiotiques sont infiniment plus nombreuses, notamment par les produits alimentaires, que les occasions de contact des animaux avec les produits dhumains ayant t traits par ces mdicaments. Cette disparit vidente doit forcment influencer lintensit des flux de transfert dans un sens par rapport lautre. Enfin, notre propre travail (Aubry-Damon H. et al. Emerg. Infect. Dis. 2004) cit dans le rapport et son complment molculaire (Armand-Lefevre et al. Emerg. Infect. Dis. 2005, non cit) dmontrent clairement, au moins pour lespce Staphylococcus aureus, limportance de transfert animal homme et sa direction. Rponse du groupe de travail S'il existe beaucoup d'occasions de contact des humains avec les produits d'animaux traits par les antibiotiques, les opportunit de contacts des animaux avec les produits d'humains ou les produits d'animaux traits par les antibiotiques sont galement nombreuses (via l'environnement, les eaux, champs d'pandage etc...) et il est difficile daffirmer que la balance penche d'un ct (ou de l'autre) en l'absence de donnes rellement solides et vu la complexit des voies de circulation des bactries. L'exception tant les campylobacters et les salmonelles , mais ceci est bien expos dans les paragraphes correspondants. Par ailleurs, au cours de la discussion sur l'article ayant fait lobjet dune auto-saisine de lAFSSA, les conclusions de transfert dans le sens animal/homme n'taient pas apparues si claires que mentionnes.

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ANNEXE 17 (suite) Commentaires sur la section 2 : Impact de lusage des antibiotiques sur la rsistance chez
lanimal Origine du commentaire UFC-que choisir Commentaire Il serait souhaitable de comparer les donnes franaises (tableau 19) avec celles recueillies par dautres organismes comme par exemple celles cites dans les rapports danois Danmap, o les rsistances releves sont apparemment nettement plus faibles quen France. Cette comparaison faite dans le tableau 23 souligne que la situation de lantibiorsistance porte par Campylobacter en France est lune des pires et bien loin de la situation danoise. L aussi comment expliquer ces diffrences ? Il est clairement fait mention de liens dmontrs entre traitement par antibiotiques et apparition dantibiorsistance, de la rapidit de la diffusion des antibiorsistances. Rponse du groupe de travail Essayer dtablir des corrlations entre les pratiques dusages et les taux de rsistance observs entre les diffrentes filires ne parat pas envisageable compte tenu des limites identifies a propos des systmes de surveillance. Le rapport prconise lamlioration de ces systmes dinformation. Cela devrait permettre dans le futur dtablir de telles corrlations. Tant du point de vue de la surveillance de la consommation que de la rsistance, il serait idal de pouvoir faire des comparaisons internationales ; nanmoins les dispositifs dinformations sont actuellement beaucoup trop htrognes pour que ces comparaisons puissent tre rigoureusement interprtes. Tendre homogniser ces systmes de surveillance est bien entendu une ambition quil faut garder lesprit ; nanmoins il apparat dans un premier temps indispensable de privilgier lamlioration du dispositif pour la France ; cest avant tout des informations obtenues dun outils stable qui permettront denregistrer des tendances volutives ayant du sens. Ce type dtude reste ponctuel ; en gnraliser la porte serait hasardeux. Il parat clair en revanche que la surveillance de la rsistance dans les levages doit prendre en compte dans le futur les modalits dlevage. Rien nindique quil y ait une diffrence qui ne soit pas reli avec le clivage thrapeutique/sub-thrapeutique puisque limpact de lexposition aux AB est multifactoriel. A ce titre, le nombre danimaux exposs par unit de temps est probablement un des dterminants majeur ; cest bien pour cela quune des recommandations du rapport porte sur les mthodologie de suivi des antibiotiques. Cette affirmation ne peut tre gnralise (cf A retenir section 2). Cette remarque concerne les aspects de gestion

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Nous constatons que les levages en agriculture biologique font apparatre une moindre prvalence dantibiorsistance. Les modalits de ce mode dlevage permettent clairement de diminuer lantibiorsistance. Nous souhaiterions connatre les enseignements que le groupe de travail compte en tirer. Les effets des traitements sont importants dans lapparition de lantibiorsistance : les traitements thrapeutiques induisent moins dantibiorsistance que ceux dits sub-thrapeutiques. Quelles recommandations le groupe de travail en tire-t-il ? Nous notons que la rversibilit de lantibiorsistance est constate lors de larrt dutilisation des antibiotiques. Le rapport insiste plusieurs fois sur les facteurs dhygine et autres facteurs environnementaux, quelles recommandations pratiques et oprationnelles peuventelles en dcouler ?

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ANNEXE 17 (suite) Commentaires sur la section 3: Diffusion de la rsistance l'Homme et consquences

pour la sant publique Origine du commentaire CNR antibiotiques Commentaire Logique de la lutte contre la rsistance bactrienne Comme indiqu dans le rapport, il est extrmement difficile de dmontrer que les infections dues des bactries rsistantes sont plus graves que celles dues des bactries sensibles, la principale raison en tant que ce ne sont gnralement pas les mmes patients qui sont infects avec les unes et avec les autres. Multiplier les tudes pour dmontrer ce point nest peuttre pas judicieux car les tudes risquent davoir des rsultats qui ne vont pas dans le sens dune plus grande gravit des infections dues des bactries rsistantes. Il y a cela une raison simple qui est que tant que nous disposons dun antibiotique efficace dans une situation donne le traitement peut gnralement tre assur dans des conditions peu prs satisfaisantes. La vraie raison pour laquelle il faut combattre avec acharnement et dtermination la rsistance bactrienne est que nous ne disposons plus de nouveaux antibiotiques et quil est fort peu probable que cela change fondamentalement dans un avenir prvisible. Le risque rel qui est devant nous est celui de la panrsistance qui rendraient les infections dues de telles bactries compltement intraitables. Cest en raison de ce risque majeur, et chaque jour un peu plus proche, comme cela est largement soulign dans le rapport, quil faut mon sens poursuivre laction de lutte contre la rsistance bactrienne cest dire contre lusage des antibiotiques dans tous les cas o ils ne sont pas utiles et/ou indispensables. Suite propose Des travaux mesurent les consquences de la rsistance aux antibiotiques sur la mortalit. Multiplier ces tudes serait de nature fournir des donnes susceptibles de renforcer la mobilisation en sant publique sur ces questions.

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Liste des abrviations

ADI : Acceptable Daily Intake Afssa : Agence franaise de scurit sanitaire des aliments Afssaps : Agence franaise de scurit sanitaire des produits de sant AGP : Antibiotic growth promotors (voir ARF) AMM : Autorisation de mise sur le march ANMV : Agence nationale du mdicament vtrinaire ARBAO : Antibiotic resistance in bacteria of animal origin ARF : Antibiotiques rgulateurs de flore ATC : Anatomical Therapeutic Chemical Classification ATU : Autorisation temporaire dutilisation BASC : British society of antimicrobial chemotherapy, CA-SFM : Comit de lantibiogramme de la socit franaise de microbiologie CMI : Concentration minimale inhibitrice C3G : Cphalosporine de troisime gnration DANMAP : Danish Integrated Antimicrobial Resistance Monitoring and Research Programme DDD : Defined daily dose DGAl : Direction gnrale de lalimentation DIN : Deutsches Institt fr Normung EIL : Essai inter-laboratoires ESAC : European surveillance of antibiotic consumption ECSMID : European society of clinical microbiology and infectious diseases EUCAST : European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing LMR : Limite maximale de rsidu NCCLS : National Committee of Clinical Laboratory Standards OIE : Office international des epizooties OMA : otites moyennes aigus OMS : Organisation mondiale de la sant ONERBA : Observatoire national de lpidmiologie de la rsistance bactrienne aux antibiotiques PCR : Polymerase chain reaction PDD : Prescribed daily dose Rsapath : Rseau de surveillance de lantibiorsistance des bactries pathognes (France) RCP : Rsum des caractristiques du produit SIMV : Syndicat de lIndustrie du Mdicament Vtrinaire et Ractifs SNGTV : Socit national des groupements vtrinaires VETCAST VICH : the International Cooperation on Harmonisation of Technical Requirements for Registration of Veterinary Medicinal Products.

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Remerciements
Mme Mireille Chaton-Schaffner et M. Louis Egron (SIMV), auditionns le 5 juillet 2004, sur la question des usages des antibiotiques chez les espces animales. Mlle Julie David (Ingnieur INA-PG) dont lanalyse mthodologique des tudes pidmiologiques portant sur la relation entre lexposition aux antibiotiques et la rsistance bactrienne en levage a t exploite dans ce rapport. M le Pr Eric Denamur (PUPH, Paris 7), auditionn le 1 juillet 2004 sur la question de la probabilit de transmission de gnes de rsistance par E. coli entre lanimal et lhomme. M. Philippe Maugendre (Afssaps), pour avoir fait bnficier le groupe de ses comptences dans le domaine de la surveillance des usages des antibiotiques en mdecine humaine. M.Philippe Paquotte (Ofimer), pour les donnes relatives aux produits de la pche. Mme Arlot et Vol (IRSA) pour les donnes relative au poids de la population franaise. Les reprsentants des Groupements Techniques Vtrinaires, de la Socit Franaise de Buiatrie et de lAssociation Franaise des Vtrinaires pour Animaux de Compagnie, pour les informations communiques sur les usages des antibiotiques dans les diffrentes filires animales. Lensemble des relecteurs pour leur commentaires critiques et constructifs.

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Glossaire
Additif (directive 96/51/CE modifiant la directive 70/524/CEE): substances ou prparations qui sont utilises dans lalimentation animale afin : - dinfluer favorablement les caractristiques des matires premires pour aliments des animaux ou des aliments composs pour animaux ou des produits animaux ou - de satisfaire des besoins nutritionnels des animaux ou damliorer la production animale notamment en influenant la flore gastro-intestinale ou la digestibilit des aliments pour animaux ou - dapporter dans lalimentation des lments favorables pour atteindre des objectifs nutritionnels particuliers ou pour rpondre aux besoins nutritionnels spcifiques momentans des animaux ou - de prvenir oui de rduire les nuisances provoques par les djections animales ou damliorer lenvironnement des animaux. Aliments mdicamenteux (directive 2001/82/CE): tout mlange de mdicament(s) vtrinaire(s) et daliment(s) prpar pralablement sa mise sur le march et destin tre administr aux animaux sans transformation, en raison des proprits curatives ou prventives ou des autres proprits du mdicament vises au point mdicament vtrinaire . Aliment supplment (Manuel pratique. Maladies des bovins, Institut de llevage, 2000, Ed. France agricole) : aliment contenant sans quil soit fait mention de proprits curatives ou prventives, certaines substances de la pharmacope fixes par arrt ministriel. Animaux producteurs de denres alimentaires : animaux dont la destination est la production de denres consommes par lhomme (viande, ufs, lait). Animal de reproduction ou dlevage (Code sanitaire pour les animaux, OIE, 2004, http://www.oie.int/fr/normes/mcode/F_00003.htm) : dsigne tout animal, domestiqu ou lev en captivit, qui nest pas destin tre abattu dans un bref dlai. Antibioprvention ou antibioprophylaxie : (proposition du groupe) administration d'un antibiotique avant la contamination potentielle, afin de prvenir celle-ci dans une situation de risque avr (exposition un agent infectieux, immunodpression, acte chirurgical). Bande (daprs le dictionnaire des termes vtrinaires et zootechniques, Ed. Vigot, 1975) : Pour les volailles, effectif danimaux constitu ds lclosion et conserv sans modification pendant toute la vie conomique des sujets. Pour les porcs : effectif danimaux de mme ge constitu ds la naissance (porcs lengrais) ou au mme stade physiologique (truies reproductrices). Cascade : possibilit dutiliser les mdicaments hors AMM dans des conditions dfinies par larticle L5143-4 du Code de la Sant Publique, grce une ordonnance du 11 avril 2001, transposant les dispositions de la directive 81/851 CEE. Coccidiostatiques (Dictionnaire des termes vtrinaires et zootechniques, Ed. Vigot, 1975) : produit chimiothrapeutique qui est introduit dans la ration, petite dose, pendant toute la priode sensible, pour inhiber la reproduction des coccidies (protozoaires intracellulaires nucls, parasites des cellules pithliales de lintestin) au stade de la schizogonie et viter ainsi la maladie clinique tout en provoquant cependant lapparition dune immunit dinfection. Critres de Hill : Les tudes pidmiologiques (descriptives ou analytiques) sont des tudes dobservation : elles ne permettent dobtenir quune prsomption de causalit, le niveau de prsomption causale dpendant de lassociation dun certain nombre de critres. Des critres de prsomption causale ont t proposs par Bradford Hill. Lanalyse de ces critres permet de caractriser lassociation entre un facteur de risque et une maladie en terme de niveau de preuve. Ces critres incluent : la " force de lassociation " entre lexposition au facteur de risque et le risque de maladie, " lexistence dune relation dose-effet " entre le niveau dexposition au facteur de risque et le risque de maladie, labsence dambigut sur la squence " exposition-maladie ". La " constance des rsultats " des diffrentes tudes, la " plausibilit de lhypothse ", la " cohrence des rsultats ", et la " spcificit de lassociation " compltent ces critres. Histomonostatique (daprs le Dictionnaire des termes vtrinaires et zootechniques, Ed. Vigot, 1975) : produit chimiothrapeutique qui est introduit petite dose, pendant toute la priode sensible, pour inhiber la reproduction des Histomonas (protozoaires intracellulaires nucls, parasites des cellules pithliales de lintestin) au stade de la schizogonie et viter ainsi la maladie clinique tout en provoquant cependant lapparition dune immunit dinfection Incidence : le taux dincidence est gal au nombre de nouveaux cas par unit de temps divis par la taille de la population. Note : dans le contexte de ce rapport le terme cas dsigne les animaux porteurs dune rsistance.

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Infrence (Dictionnaire de lAcadmie franaise) : Opration consistant tablir qu'une proposition est vraie par le seul fait de sa liaison avec une ou plusieurs propositions dont la vrit a t tablie prcdemment. LMR : teneur maximale en rsidu acceptable dans les denres alimentaires issues danimaux traits. Mdicament vtrinaire (directive 2001/82/CE): substance ou composition prsente comme possdant des proprits curatives ou prventives lgard des maladies animales. Toute substance ou composition pouvant tre administre lanimal en vue dtablir un diagnostic mdical ou de restaurer, corriger ou modifier des fonctions physiologiques chez lanimal est galement considre comme mdicament vtrinaire. Mtaphylaxie (daprs Manuel pratique - Maladies des bovins, Institut de llevage, 2000, Ed. France agricole): traitement anti-infectieux collectif (curatif ou prventif) par antibiothrapie. Odd Ratio : (cf. dfinition de Risque relatif). Pharmacologie : Etude de l'origine, de la nature, des proprits et des actions des mdicaments et de leurs effets sur les organismes vivants. La pharmacocintique est une des composantes de la pharmacologie qui dcrit la disposition des mdicaments dans l'organisme, elle prcise de faon qualitative et quantitative les processus d'absorption, de distribution, de mtabolisation et d'limination du principe actif. La pharmacocintique envisage l'action de l'organisme sur le mdicament, alors que la pharmacodynamie s'intresse l'action du mdicament sur l'organisme ou le parasite. Celle-ci vise quantifier les effets dun mdicament sur lorganisme et de les relier la dose administre ou aux paramtres pharmacocintiques. Prvalence (Bouyer, Epimiologie, Principes et mthodes quantitatives, INSERM, 1995) : proportion de malades prsents dans la population un instant donn Note : dans le contexte de ce rapport le terme malades dsigne les animaux porteurs dune rsistance. Prophylaxie (Manuel pratique - Maladies des bovins, Institut de llevage, 2000, Ed. France agricole) : ensemble de moyens visant viter ou limiter lapparition ou lextension dune maladie. Ces moyens sont gnralement mis en uvre de faon concerte par les leveurs dune mme rgion ou dun mme pays, avec lappui des autorits administratives. On distingue prophylaxie mdicale qui fait appel des produits biologiques (test sur lanimal ou au laboratoire, vaccins, antiparasitaires) et la prophylaxie sanitaire, base sur des mesures dhygine (dsinfection, quarantaine, abattage des animaux contamins) ou zootechnique (rpartition des animaux, alimentation). Pour certaines maladies, la loi rend la prophylaxie obligatoire. Le terme prophylaxie implique une notion de rsultat plus forte que celle de prvention. Rsidus (directive 86/469/CE) : Rsidus de substances ayant une action pharmacologique ainsi que de leurs produits de transformation (mtabolites) qui subsistent dans la viande ou autres denres alimentaires provenant de lanimal auquel le mdicament en cause a t administr et susceptibles de nuire la sant humaine. Risque relatif : facteur par lequel le risque de maladie est multipli en prsence dexposition RR= Rexpos/Rnon expos o Rnon et Rexpos sont les risques de maladie chez des sujets respectivement non exposs et exposs au facteur de risque. Lodd ratio est le rapport de la quantit R/1-R calcule chez les exposs sa valeur chez les non exposs. Note : dans le contexte de ce rapport le terme maladie reprsente le portage dune rsistance.
expos

Temps dattente : Temps qui scoule entre la dernire administration dun mdicament lanimal et le moment o les teneurs de rsidus dans les tissus ou dans les productions (lait, uf) deviennent infrieures aux LMR. Zoonose (Code sanitaire pour les animaux, OIE, 2004, http://www.oie.int/fr/normes/mcode/F_00003.htm) : dsigne toute maladie ou infection naturellement transmissible des animaux lhomme.

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Liste des annexes

ANNEXE 1 : Production nationale, importation et exportation des aliments dorigine animale ANNEXE 2 : Contrle de la publicit des mdicaments usage humain ANNEXE 3 : Rglementation de la publicit des mdicaments vtrinaires ANNEXE 4 : Classification des additifs lalimentation animale ANNEXE 5 : Classification des dsinfectants ANNEXE 6 : Tableau par principe actif des antibiotiques ayant une AMM en thrapeutique humaine / thrapeutique vtrinaire ANNEXE 7 : Sources dinformation relatives lutilisation des antibiotiques ANNEXE 8 : Exemples de systmes nationaux de surveillance de lutilisation des antibiotiques ANNEXE 9 : Units de mesure des consommations dantibiotiques ANNEXE 10 : Modalits de calcul de la masse corporelle des espces animales potentiellement consommatrices dantibiotiques ANNEXE 11 : Etat des lieux de lutilisation des antibiotiques thrapeutiques dans les diffrentes filires de production animale ANNEXE 12 : Recommandations dvolution des systmes de surveillance nationaux selon leurs objectifs ANNEXE 13 : Recommandations dvolution des systmes de surveillance nationaux selon la nature des informations recueillies ANNEXE 14 : Rsistance aux antibiotiques des bactries responsables dinfections communautaires non zoonotiques ANNEXE 15 : Relation entre rsistance aux antibiotiques et virulence ANNEXE 16 : Modlisation mathmatique et analyse quantitative des risques Annexe 17 : Rponses du groupe de travail aux commentaires reus lors de la consultation extrieure en novembre 2005 186 188 189 190 191 192 197 198 200 202 204 211 212 214 215 216 217

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Liste des tableaux

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Liste des figures

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