Cours de Gntique des Populations

F. Fleury 1- La Gntique des Populations : Dfinition, Objectifs et Applications

Transmettre ses gnes dans les conditions naturelles La gntique initie par Gregor Mendel, appele classiquement gntique mendelienne, a pour objectif de comprendre le dterminisme et la transmission des caractres par l'analyse de la descendance d'un croisement contrl entre individus de gnotype diffrent (proportions des diverses catgories de descendants). Aprs la dcouverte du support de l'information gntique (ADN), la gntique molculaire continue rechercher les mcanismes fins du dterminisme, de l'expression et de la transmission des caractres. Elle trouve aujourd'hui de nombreuses extensions avec les programmes de gnomique (squenage des gnomes et identification des gnes) et de protomique (inventaire et fonction des proteines d'un organisme). La comprhension du dterminisme et de la transmission des caractres doit aussi tudier les individus dans les conditions naturelles o ils sont gntiquement uniques et libres de se reproduire avec n'importe quel autre individu de la mme espce. Cette partie de la gntique, qui considre les individus en interactions avec leur environnement, est la gntique des populations. Dfinitions et objectifs La gntique des populations tudie la variabilit gntique prsente dans et entre les populations avec 3 principaux objectifs : 1- mesurer la variabilit gntique, appel aussi diversit gntique, par la frquence des diffrents allles d' un mme gne. 2- comprendre comment la variabilit gntique se transmet d'une gnration l'autre 3- comprendre comment et pourquoi la variabilit gntique volue au fil des gnrations. A la diffrence de la gntique mendlienne, la gntique des populations tudie les proportions des gnotypes au sein d'un ensemble d'individus issus de croisements non contrls entre de nombreux parents Qu'appelle-t-on population ? Une population est l'ensemble des individus de la mme espce qui ont la possibilit d'interagir entre eux au moment de la reproduction. La notion de population fait donc appel des critres d'ordre spatiaux, temporels et gntiques et rsulte du fait que les individus d'une mme espce n'ont pas tous la possibilit de se rencontrer et de se croiser cause de l'loignement gographique et de l'htrognit de l'habitat. La population reprsente une communaut gntique constitue par l'ensemble des gnotypes des individus qui la composent. La population se caractrise donc par un gnome

collectif ou patrimoine gntique, appel aussi pool gntique qui est la somme des gnotypes individuels pour chacun des gnes. Si chaque gnotype individuel est fix dfinitivement la naissance et cesse d'exister la mort de l'individu, le pool gntique d'une population prsente une continuit travers les gnrations, et peut varier au cours du temps. C'est cette volution que la gntique des populations cherche comprendre. La population est distinguer de la notion d'espce qui rassemble tous les individus interfertiles mme si ceux-ci n'ont jamais la possibilit de se croiser. C'est l'unit d'tude dans de nombreux domaines des Sciences de la Vie (pidmiologie, volution, cologie, biogographie, biologie de la conservation). Simple au plan thorique, cette dfinition est souvent difficile appliquer aux situations naturelles. Les limites d'une population sont incertaines et dpendent des caractristiques intrinsques des espces (rpartition spatiale et temporelle des individus, mobilit, mode de reproduction, dure de vie, socialit, etc ). Lorsqu'une espce prsente de trs grands effectifs et occupe un vaste territoire apparemment homogne, seule l'tude dtaille de la distribution des individus, de leurs comportements, de leurs dplacements et de leurs gnotypes peut permettre de dceler d'ventuelles discontinuits correspondant des limites de populations.

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Chapitre 2 - La variabilit gntique dans les populations naturelles Une particularit du monde vivant est la variabilit des phnotypes individuels. A l'intrieur d'une espces, il n'existe pas 2 individus ayant exactement les mmes caractristiques phnotypiques: l'individu est unique. Si pour une espce donne on peut noter l'absence de variations pour certains caractres essentiels, il existe toujours de nombreux autres caractres pour lesquels des variations entre individus sont observes. Certaines de ces variations s'expriment au niveau phnotypique (morphologie, physiologie, comportement, etc) mais les autres restent "caches" et leur mise en vidence ncessite l'utilisation de techniques adaptes (variabilit des protines ou des squences d'ADN). Les variations du phnotype sont dues pour partie des facteurs environnementaux (alimentation, climat, interactions avec les autres espces, etc) et pour partie des diffrences entre les gnotypes individuels, transmissibles la descendance. Dans la plupart des cas, ces deux causes de variation interagissent fortement (= interactions gnotype-environnement), et il est difficile de mesurer leur part relative dans la variation phnotypique globale. La mise en vidence du dterminisme gntique des variations ncessite des tudes faisant appel soit des expriences de croisements, soit des analyses de gnalogie, soit, pour les caractres complexes dtermins par plusieurs gnes, des comparaisons entre individus apparents et non apparents l'aide de mthodes statistiques qui sont du domaine de la gntique quantitative. Dterminisme des variations : notion de polymorphisme La gntique des populations s'intresse principalement la variabilit d'origine gntique prsente dans les populations et que l'on dsigne sous le nom de polymorphisme. Dans sa dfinition historique (Ford annes 1940), le polymorphisme concernait les caractristiques phnotypiques accessibles aux observations de cette poque (couleur, forme, etc). Cette dfinition du polymorphisme peut tre rsume de la faon suivante : ll y a polymorphisme si dans une mme population coexistent pour un caractre donn plusieurs formes phnotypiques discontinues, dtermines gntiquement, et dont la plus frquente ne reprsente pas plus d'une certaine fraction de la population totale, fixe 95 ou 99%. La population est alors qualifie de polymorphe. L'utilisation de plus en plus rpandue des techniques de biologie molculaire permettant d'tudier la variabilit non exprime au niveau phnotypique (portions non codantes de d'ADN) a ncessit une dfinition plus large du polymorphisme qui peut tre la suivante : ll y a polymorphisme si dans une mme population une portion codante ou non codante d'ADN prsente une variation de squence correspondant plusieurs formes allliques dont la plus frquente ne reprsente pas plus d'une certaine fraction de la population totale, fixe 95 ou 99%. Dans ces deux dfinitions, le seuil de 1% ou 5% permet de distinguer les gnes polymorphes, pour lesquels les variations allliques sont frquentes, et les gnes pour lesquels les variations allliques ont un caractre exceptionnel avec un allle trs majoritaire et une ou plusieurs formes allliques rares (infrieure 1%). On parle dans ce cas de cryptopolymorphisme qui rsulte le plus souvent de mutations dsavantageuses qui seront limines par la slection naturelle. La plupart des maladies gntiques chez l'homme relvent du cryptopolymorphisme.

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Par opposition, on appelle monomorphes les gnes qui ne prsentent pas de variabilit (un seul allle prsent dans la population). L'tat polymorphe ou monomorphe est une caractristique d'un gne (ou portion non codante d'ADN) et d'une population. Ainsi, une mme population peut tre polymorphe pour un caractre donn et monomorphe pour un autre caractre. De la mme faon, un caractre monomorphe dans un population peut tre polymorphe dans une autre population. Dterminisme pigntique Lorsque la variabilit d'un caractre n'a aucune base gntique, c'est dire ne fait pas intervenir de modification de squence d'ADN, elle est qualifie de variabilit pigntique. Cette variabilit rsulte souvent de l'action des facteurs environnementaux sur l'expression phnotypique d'un caractre (temprature, alimentation, physico-chimie de l'environnement, etc). Lorsque la variabilit d'une population prsente un dterminisme uniquement pigntique, on parle de polyphnisme. Le caractre prsente alors une plasticit phnotypique. De telles variations pigntiques sont trs frquentes dans les populations animales et vgtales. Chez la sagittaire Sagittaria sagittifolia, la forme des feuilles varie en fonction du degr d'immersion de la plante. Hors de l'eau, les feuilles ont la forme d'un fer de lance, elles sont arrondies la surface de l'eau et prennent sous l'eau l'aspect de longues lanires. Chez d'autres plantes, c'est la nature du sol qui peut tre l'origine d'une variation de la couleur des fleurs comme chez le mourron Anagallis arvensis (Primulace) Un autre exemple clbre de plasticit phnotypique est la modification de la morphologie de certains crustacs induite par la prsence de prdateurs. Exemple : Daphnies, Balanes Dans certains cas, cette variabilit pigntique peut tre hritable et donc transmise la descendance. On parle d'hrdit pigntique. C'est le cas par exemple des effets maternels qui apparaissent lorsque l'environnement subi par les parents (souvent la mre) a des consquences sur les caractristiques des descendants par le biais d'enzymes, protines, hormones ou d'ARNm transmis la descendance via le cytoplasme des ovocytes ou pendant le dveloppement embryonnaire prcoce. La voie cytoplasmique peut tre galement un mode de transmission de nombreux microorganismes intracellulaires (bactries, virus, prions) appels symbiotes qui peuvent tre responsables d'importantes variations phnotypiques dans les populations naturelles de leurs htes. Il est probable que dans l'avenir cette forme d'hrdit prenne de plus en plus d'importance comme l'illustre l'exemple du polymorphisme de la symtrie des fleurs chez la Linaire (Linaria vulgaris). Chez cette espce, deux formes avaient t dcrites par Linn (1707-1778) : une forme symtrie bilatrale et une forme "peloric" symtrie radiale. Jusqu' prsent, cette variabilit tait considre comme le rsultat de la prsence de deux formes allliques d'un gne Lcyc qui sgrge de faon mendlienne. Des tudes rcentes (Cubas et al., 1999, Nature) ont dmontr que ces deux allles ont en fait la mme squence nuclotidique et que la forme peloric est due une mthylation de l'ADN qui peut tre rversible. Dterminisme gntique La variabilit d'un caractre est dtermine gntiquement lorsqu'elle est due, au moins en partie, la prsence de plusieurs formes allliques dans la population.

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Dans certains cas, la variabilit phnotypique est due la variation d'un seul gne = dterminisme monognique. Cela ne veut pas dire que le caractre est contrl par un seul gne mais que la variation d'un seul de ces gnes est suffisante pour entraner une variation phnotypique. On parle alors de caractres mendeliens. Chez l'homme, environ 5000 caractres mendeliens sont connus. Ils sont rpertoris dans la base de donnes OMIN (Online Mendelian Inheritance in Man) o chaque caractre porte un code par exemple MIN 143100 pour la maladie de Huntington. Dans d'autres cas, la variabilit d'un caractre est dtermine par un grand nombre de gnes ayant chacun plusieurs allles. On parle de dterminisme polygnique. C'est le cas de tous les caractres quantitatifs qui font l'objet d'une mesure comme la taille, le poids, etc. L'analyse gntique de ces caractres relve de la gntique quantitative qui spare les effets des gnes en effets additifs A, effets de dominance D, effet d'pistasie ou d'interaction entre gnes I: G=A+D+I

Les mutations source de variabilit La variabilit gntique est le rsultat des mutations qui font apparatre de nouveaux allles, auxquelles il faut ajouter les phnomnes de recombinaison (notamment pour les caractres quantitatifs). Les mutations peuvent affecter une portion plus ou moins grande d'ADN et, en fonction de leur localisation dans le gnome, peuvent avoir ou non des effets phnotypiques. Il existe ainsi tous les intermdiaires entre les mutations neutres qui n'ont aucun effet sur l'organisme et les mutations ltales, qui rduisent l'esprance de vie des individus. Il existe diffrents types molculaires de mutations qui n'ont pas les mmes consquences phnotypiques : les mutations ponctuelles sont des modifications d'un nuclotide (ou d'un faible nombre de nuclotides) qui crent de nouveaux allles. Il faut distinguer : les insertions de nuclotides qui, lorsqu'elles se produisent dans une portion codante de l'ADN, dcalent le cadre de lecture et conduisent une protine anormale, les dltions de nuclotides qui ont les mmes effets que les insertions, les substitutions d'une base par une autre qui peuvent tre des transitions (remplacement purine/purine de A avec G ou pyrimidine/pyrimidine de C avec T) ou plus rarement des transversions (remplacement purine/pyrimidine). Les substitutions en 3me position des codons sont silencieuses ou synonymes alors que la plupart des substitutions en position 1 et 2 des codons se traduisent par un remplacement d'acide amin (non synonymes). les remaniements chromosomiques sont des modifications dans la structure des chromosomes. Les changements concernent un fragment chromosomique dont la taille peut correspondre un, une partie ou plusieurs gnes et donc qui sont souvent trs dfavorables. Les diffrents types sont:

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les duplications dfavorables lorsqu'elles se produisent l'intrieur d'un gne mais qui peuvent augmenter le nombre de copies d'un gne lorsqu'elles concernent un plus grand segment chromosomique, les inversions qui correspondent un changement d'orientation d'un fragment chromosomique et qui modifient l'ordre des gnes, les dltions qui sont des pertes d'un fragment chromosomique ayant le plus souvent des effets ltaux car elles peuvent concerner un ou plusieurs gnes. les translocations qui correspondent des changes de fragments entre chromosomes. les changements du nombre de chromosomes sont de deux types: l'aneuplodie : perte ou ajout d'un ou plusieurs chromosomes (par exemple la trisomie = 2N+1) la polyplodie : changement du nombre d'exemplaire du lot haplode (passage diplode = 2N ttraplode= 4N)

Du gnotype aux phnotypes Parmi l'ensemble des mutations qui affectent le gnome d'un organisme, seule une partie ont des consquences phnotypiques. L'absence d'effet sur le phnotype peut tre la consquence de mutations dans une rgion non codante de l'ADN ou de mutations dans des gnes qui sont prsents en plusieurs exemplaires dans le gnome (redondance des gnes). Ces mutations sont qualifies de neutres. Lorsque les mutations ont des effets sur le phnotype des individus, elles peuvent modifier des caractres biochimiques, physiologiques, anatomiques, morphologiques ou comportementaux. Les mcanismes mis en jeu dans leur expression phnotypique sont divers, complexes et sortent du cadre de ce cours (voir cours de biologie molculaire et biologie du dveloppement). L'expression phnotypique d'un gnotype dpend des conditions environnementales dans lesquelles se sont dvelopps les individus. Pour la plupart des caractres, le phnotype rsulte des effets conjoints de 3 composantes : - le gnotype G - l'environnement E qui contribue toujours pour une part au phnotype l'interaction entre le gnotype et l'environnement IGxE ceci est rsum dans une formulation additive: P = G + E + IGxE Cette interaction entre le gnotype et l'environnement est trs importante car elle signifie que l'expression d'un gne n'est pas indpendante du milieu dans lequel ce gne s'exprime. Une mme mutation peut donc avoir des effets phnotypiques diffrents. L'effet de l'environnement sur l'expression phnotypique d'un caractre peut tre illustr par l'exemple de la phnylctonurie chez l'homme, maladie rcessive due une mutation du gne codant pour la phnylalanine hydroxylase (PHA). Chez les homozygotes rcessifs, cette enzyme ne dgrade plus la phnylalanine en tyrosine et il se produit une accumulation d'acide phnyl pyruvique, toxique, qui affecte le dveloppement du systme nerveux des jeunes enfants. Les individus atteints prsentent alors un grave retard mental (idiotie phnyl-pyruvique). Le diagnotic prcoce des individus homozygotes rcessifs et la mise en place d'un rgime alimentaire adapt, pauvre en phnylalanine, permet le dveloppement normal du systme

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nerveux des jeunes enfants. Ce test est effectu chez tous les nouveau-ns = test de Guthrie. Ainsi, l'expression phnotypique de cette mutation est dpendante de l'environnement dans lequel voluent les organismes. Il est possible chez certains organismes d'tudier la variabilit de l'expression phnotypique d'un mme gnotype appel plasticit phnotypique qui est mesure par sa norme de raction. La norme de raction d'un gnotype est la gamme des phnotypes produits par un mme gnotype lorsque celui-ci est soumis des conditions environnementales diffrentes. Pour un mme caractre, la forme de la norme de raction peut tre variable entre gnotypes ce qui est la consquence des interactions gnotype-environnement. Schmatiquement, on peut reprsenter ces interactions par 3 types de graphes o sont traces les normes de ractions de 2 gnotypes G1 et G2: Phnotype

A : IGxE=0 G1 G2
E1 E2 Environnement

B : IGxE0 G1 G2
E1 E2 Environnement

C : IGxE=max G1 G2
E1 E2 Environnement

- Le graphe A reprsente l'absence d'interaction GxE. Les 2 gnotypes rpondent de la mme faon aux variations de l'environnement. Cela n'empche pas un effet de l'environnement sur l'expression phnotypique du caractre, qui est reprsent par la pente des droites. - Le graphe B reprsente l'existence d'interaction GxE . La diffrence entre les 2 gnotypes est plus importante dans l'environnement E1 que dans l'environnement E2. Le gnotype G1 a cependant toujours une plus forte valeur du caractre quel que soit l'environnement considr. - Le graphe C reprsente une interaction GxE maximale. Il y a inversion des valeurs phnotypiques des 2 gnotypes entre les environnements E1 et E2. Le gnotype G1 a une plus forte valeur du caractre dans l'environnement E2 alors que c'est l'inverse dans l'environnement E1. Notez qu'il existe des conditions environnementales particulires o la variabilit gntique ne s'exprime pas au niveau phnotypique (point d'intersection des droites).

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tendue et mthodes d'tude de la variabilit En fonction de leur localisation dans le gnome, du nombre de nuclotides concerns et de l'environnement dans lequel se sont dvelopps les individus, les mutations vont avoir des effets variables sur les caractristiques individuelles, allant de l'absence d'effet jusqu' la diminution de la survie des organismes. Historiquement, la recherche des variations gntiques dans les populations naturelles a concern des caractres directement accessibles l'observateur (morphologie, couleur, etc). Le dveloppement des techniques de biochimie, cytogntique et de biologie molculaire ont permis d'tudier la variabilit gntique des chelles plus fines, jusqu'au niveau de la squence d'ADN, permettant mme l'tude du polymorphisme des rgions non codantes. Polymorphisme morphologique C'est le polymorphisme de taille, de forme, de couleur etc. La variabilit gntique de la couleur de certaines espces, appele polychromatisme, est certainement l'un des polymorphisme qui a t le plus tudi Un exemple clbre est la variation de la couleur et de l'ornementation de la coquille de l'escargot du genre Cepaea. En un mme endroit coexistent plusieurs formes phnotypiques dtermines par plusieurs gnes polymorphes: des escargots coquille rose, jaune ou brune, et des escargots sans bande et avec bandes dont le nombre varie entre 1 et 5. Ces variations sont sous le contrle de quatre gnes principaux entre lesquels existent des relations d'pistasie : - le gne C, multi-alllique, dtermine la couleur. Par exemple, l'allle CR (couleur rose) est dominant sur l'allle CJ (couleur jaune) - le gne B dtermine la prsence ou l'absence des 5 bandes: l'allle B0 (absence de bandes) est dominant sur l'allle Bb (prsence des 5 bandes). - le gne U suppresseur des bandes 1,2,4 et 5. Cette inhibition est due un allle U3 dominant sur l'allle U. - le gne T suppresseur des bandes 1 et 2. Cette inhibition est due un allle T345 dominant sur l'allle T. Les gnes B, U et T sont en interaction par les relations d'pistasie suivantes : le gne B est pistatique sur le gne U qui est lui-mme pistatique sur le gne T (B > U > T). Cette variation de la couleur de la coquille se retrouve chez un trs grand nombre d'espces de mollusques avec parfois une trs grande diversit gntique comme c'est le cas chez Liguus fascitus. Un autre exemple de polychromatisme, qui a fait l'objet de trs nombreuses tudes de gntique des populations, est celui observ chez le papillon Biston betularia. Ces papillons de nuit sont normalement de couleur claire, lgrement tachete, ce qui les rend mimtiques le jour lorsqu'il se reposent sur le tronc des arbres. Dans certaines rgions o le tronc des arbres est plus sombre, les populations sont caractrises par une forte frquence de papillons sombres presque noirs, appels "melanica", due un allle D, dominant sur l'allle d. Chez l'homme, un grand nombre de caractres morphologiques sont polymorphes, avec des frquences leves des diffrentes formes. C'est le cas de la couleur des yeux ou de la peau, de la forme des oreilles.

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Polymorphisme des protines Polymorphisme enzymatique Depuis les annes 1960, la variabilit des protines est tudie par lectrophorse. Les protines sont des molcules charges qui se dplacent dans un support poreux (gel dagarose, damidon, de polyacrylamide, d'actate de cellulose) lorsquelle celui-ci est soumis un champ lectrique. La vitesse de migration dpend de la charge globale de la protine, de sa taille et de sa conformation. Toute mutation dans la squence d'un gne codant pour une protine peut modifier le sens d'un codon, altrer la squence d'acides amins donc la charge lectrique de la protine et sa vitesse de migration. Ce changement de structure primaire peut tre dtect par lectrophorse qui spare les variants protiques ayant des vitesses de migration diffrentes appeles souvent F (fast) et S (slow). La mise en vidence de diffrents allles d'un mme gne est possible pour les enzymes grce la spcificit de la raction enzyme-substrat visualise par une raction colore. L'existence de variations gntiques un locus donn est dtecte par la prsence de diffrents niveaux de migration dans le gel d'lectrophorse, qui sont associs des allles diffrents appels allozymes.

a
sens de migration

ligne de dpot Gnotypes

SS

FF

FS

SS VV FF

FS

SV

SS

FF

FS

Reprsentation schmatique d'un gel d'lectrophorse pour diffrents systmes gntiques : a) cas d'une protine monomrique code par un gne deux allles (F = Fast et S = Slow); b) cas d'une protine monomrique code par un gne trois allles (V = very Fast, F = Fast et S = Slow); c) cas d'une protine dimrique code par un gne deux allles (F = Fast et S = Slow) ou les htrozygotes sont reprsents par 3 bandes. L'tude d'un lot d'individus permet d'identifier les gnotypes individuels plusieurs loci lorsque les enzymes ont des niveaux de migration diffrents. Les allles sont en effet codominants et chaque individu est caractris par la position et le nombre de bandes pour chaque locus tudi. Pour une enzyme monomrique, les homozygotes seront caractriss par une seule bande alors que les htrozygotes prsenteront 2 bandes. Pour les enzymes plus complexes (dimres, ttramres), le nombre de bandes se multiplie et la lecture des gels d'lectrophorses devient plus difficile. C'est le cas par exemple de l'alcool dshydrognase (ADH) et de l'alpha glyrrophophate dshydrognase GPDH qui sont toutes les deux des enzymes dimriques et polymorphes chez la Drosophile. Polymorphisme immunologique La variabilit de certaines protines peut tre tudie par des techniques d'immunologie. Classiquement, il s'agit de mesurer la spcificit et laffinit des ractions antignes-anticorps

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lorsque l'on fait ragir un anticorps, produit contre un antigne dfini, avec des antignes dorigines varies (htrologues). Chez lhomme, le polymorphisme immunologique le plus tudi est celui des antignes prsents la surface des globules rouges dont les plus connus sont le systme ABO, le systme rhsus (allle Rh+ dominant sur Rh), le systme MN (M et N codominants). Pour le systme ABO, les allles A et B sont codominants entre eux et tous les deux dominants sur l'allle O ce qui donne la typologie antignes/anticorps suivante : Gnotype IAIA IAIO IBIB IBIO IAIB IOIO Antigne Groupe A Groupe B Groupe AB Groupe OO Anticorps Anti B Anti A Ni anti A, ni anti B Receveur universel Anti B, anti A Donneur universel

De fortes variations gographiques existent pour les frquences des allles du systme ABO l'chelle des continents. Un autre polymorphisme immunologique bien connu chez l'homme est celui du systme HLA (Human Leucocyte Antigen), appel aussi complexe majeur dhistocompatibilit (CMH), mis en vidence au niveau des leucocytes et des plaquettes sanguines. Ce polymorphisme implique 6 gnes troitement lis, ports par le chromosome 6. Chaque gne comporte de trs nombreux allles, ce qui conduit une diversit quasi infinie des combinaisons ce qui assure l'identit immunitaire de chaque individu. Polymorphisme chromosomique Ce polymorphisme peut tre d soit une variation du nombre des chromosomes (euplodie, aneuplodie) soit un changement de leur structure (dltion, duplication, inversion, translocation). Par exemple, chez une gramine Dactylis glomerata, il existe plusieurs catgories d'individus, certains tant diplodes c'est--dire ayant 2N chromosomes, d'autres ttraplodes 4N chromosomes. Un autre exemple de polymorphisme chromosomique bien connu est celui des inversions chromosomiques observes chez la drosophile amricaine Drosophila pseudoobscura. De trs nombreuses inversions diffrentes ont t observes chez cette espce de Drosophile. Des tudes menes par T. Dobzhansky ont montr que les populations de D. pseudoobscura sont extrmement polymorphes pour certaines de ces inversions et de fortes diffrences de frquence entre populations d'origine gographique diffrente sont observes avec, semble-t-il, une corrlation avec les facteurs climatiques (temprature).

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Polymorphisme de l'ADN Les techniques issues de la biologie molculaire permettent de rechercher des variations dans les squences nuclotidiques de l'ADN et sont de plus en plus utilises pour tudier le fonctionnement gntique des populations. Cette variabilit peut tre recherche dans des rgions codantes de l'ADN mais de trs nombreuses techniques permettent d'tudier le polymorphisme des rgions non codantes qui composent la grande majorit des gnomes. Cette variabilit, qui n'est gnralement pas exprime au niveau phnotypique, est utilise pour dfinir des marqueurs permettant soit de caractriser des individus = empreinte gntique (ou finger print), soit de caractriser des populations, soit de cartographier des gnes. Parmi l'ensemble des techniques disponibles, il faut distinguer celles qui permettent de mettre en vidence une variabilit disperse dans tout le gnome (es marqueurs rvls sont alors multilocus et dominants) de celles qui permettent de rvler une variabilit des endroits plus limits du gnome (les marqueurs sont souvent monolocus et codominants). Il faut galement distinguer parmi ces techniques celles qui ncessitent uniquement une extraction de l'ADN des individus tudis de celles qui ncessitent une amplification in vitro d'une portion dfinie d'ADN par PCR (polymerase chain reaction). Sans tre exhaustif, les principaux marqueurs molculaires utiliss en gntique des populations sont les suivants: Polymorphisme RFLP (Restriction fragment Length Polymorphism) et PCR-RFPL Aprs extraction, l'ADN est soumis une (ou des) enzyme de restriction qui coupe la molcule des endroits prcis, dfinis par une squence de bases, appel sites de restriction. Toute modification par mutation dans la squence du site de restriction empche l'action de l'enzyme. Cette non-coupure de l'ADN est dtecte par une variation du nombre et de la longueur des fragments d'ADN (fragments de restriction) obtenus aprs digestion enzymatique puis sparation par lectrophorse et visualisation par hybridation avec une sonde radioactive ou fluorescente Principe de la technique RFLP

AA

Aa

aa

sonde radioactive

site de restriction

chromosomes homologues

ADN AA Aa aa Ce type de marqueur est codominant si le nombre d'enzymes utilises est faible et s'il y a peu de sites d'hybridation de la sonde dans le gnome. En faisant agir simultanment plusieurs enzymes de restriction, on tudie le polymorphisme autant de sites particuliers qui se rptent tout au long de la molcule d'ADN.

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L'utilisation de la PCR permet d'amplifier une rgion dfinie du gnome puis d'appliquer la technique RFLP au produit PCR. Cette mthode appele PCR-RFLP permet d'obtenir facilement des marqueurs codominants et vite l'tape d'hybridation et l'utilisation de sonde radioactive. Le produit PCR digr par une (ou des) enzyme de restriction est simplement mis migrer dans un gel d'agarose et le polymorphisme de la position et du nombre de bande est visualis par une raction colore (Bromure d'thydium BET). Les squences rptes en tandem ou minisatellites (VNTR) Il existe dans le gnome de trs nombreux organismes des squences nuclotidiques rptes en tandem les unes la suite des autres. Le nombre de rptitions est extrmement variable entre individus d'o leur nom de VNTR (Variable Number of Tandem Repeat). Cette variation du nombre de rptitions est l'origine d'un important polymorphisme dans les populations naturelles. On distingue 2 grands types de squences rptes: les minisatellites qui sont des rptitions de motif de 10 60 paires de bases (pb) les microsatellites qui sont des rptitions de motif d 1 6 paires de bases (pb): par exemple ATATATATATATATAT soit (AT)n n variable entre individus CAGACAGACAGACA soit (CAGA)n

Les minisatellites peuvent tre dtects par RFLP en utilisant des enzymes de restriction qui coupent un grand nombre de fois le gnome mais jamais dans les minisatellites. Un polymorphisme de longueur de fragments est alors rvl par l'existence d'un nombre de rptitions diffrent entre individus, ce qui produit des fragments de tailles diffrentes. Ces marqueurs sont donc multilocus et codominants. Les minisatellites sont rvls aprs PCR, ce qui ncessite la mise au point d'amorces spcifiques. Cette tape est souvent longue et laborieuse, mais permet d'obtenir des marqueurs monolocus et codominants. Les RAPD (Random Amplified Polymorphism DNA) Cette technique consiste raliser une amplification PCR avec des amorces d'environ 10 pb dfinies de faon alatoire. Si les 2 sites d'hybridation sont suffisamment proches, l'amplification PCR est possible. Une variabilit dans la squence des sites entre individus sera dtecte par un polymorphisme du nombre et de la longueur des fragments d'ADN amplifis. Cette technique a l'avantage d'tre rapide avec peu de mise au point et rvle un polymorphisme important, mais ce marqueur est dominant et les conditions de PCR sont trs sensibles. Une variante de la technique RAPD est d'utiliser des microsatellites comme amorces ce qui permet d'amplifier des rgions comprises entre deux microsatellites (ISSR = Internal simple sequence repeat). Les AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) Cette technique est une combinaison des RFLP et des RAPD. L'ADN est dans un premier temps digr par des enzymes de restriction souvent (EcoR1 et Mse1), puis des adaptateurs vont venir se fixer au deux bout des produits de digestion. Une amplification PCR est ensuite effectue l'aide d'amorces qui s'hybrident avec les adaptateurs mais comportent en plus quelques bases choisies au hasard afin d'amplifier de faon slective uniquement certains fragments. Une seconde PCR peut ensuite tre effectue pour raliser une amplification plus slective. Cette technique est trs efficace pour rvler rapidement et facilement du polymorphisme.

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Squenage Le squenage complet de certaines portions du gnome fournit le maximum de renseignements sur l'tendue de la variabilit interindividuelle, mais cette technique est peu compatible avec l'analyse d'un grand nombre d'individus d'une population. Quoiqu'il en soit, mme si une partie seulement du gnome a t explore chez les eucaryotes, le polymorphisme trouv est suffisant pour entraner une infinie diversit des gnotypes individuels. Chaque gnotype individuel correspond un certain arrangement des divers allles prsents chaque locus dans la population. De faon analogue un jeu de cartes, partir d'un nombre limit de gnes polymorphes, la miose redistribue les allles par le jeu des recombinaisons intergniques inter- ou intrachromosomique, responsable de l'infinie diversit des gnotypes individuels. Mesure de la diversit gntique Frquences allliques et frquences gnotypiques Lorsqu'une population est polymorphe pour un caractre donn, il est possible de calculer la frquence des phnotypes observs. Par exemple dans une population de N individus dont Nn ont le corps noir et Nb le corps blanc, les frquences phnotypiques de la population pour le caractre couleur du corps sont les suivantes : frquence du phnotype noir f[n] = Nn/N frquence du phnotype blanc f[b] = Nb/N Si ce caractre est gouvern par un gne deux allles A et a autosomaux, avec a rcessif responsable de la couleur blanche, les gnotypes AA et Aa correspondent au phnotype noir et le gnotype aa au phnotype blanc. Les frquences phnotypiques permettent alors uniquement de connatre la frquence du gnotype aa puisque parmi les individus noirs, on ne peut pas distinguer les gnotypes AA des gnotypes Aa. La frquence des allles A et a ne peut galement pas tre calcule. Si la couleur du corps des individus prsente non plus 2 mais 3 phnotypes (noir, jaune et blanc), gouverns par un couple d'allles A1 et A2 autosomaux et codominants, les trois gnotypes possibles A1A1, A1A2 et A2A2 peuvent tre distingus puisqu'ils correspondent des phnotypes diffrents (respectivement noir, jaune et blanc). La composition phnotypique de la population correspond alors sa composition gnotypique et si on appelle Nn, Nj et Nb les nombres d'individus prsentant les phnotypes noir, jaune et blanc, on peut facilement calculer les frquences gnotypiques dans cette population : f(A1A1) = Nn/N = D f(A1A2) = Nj/N= H f(A2A2) = Nb/N = R Ainsi, pour un locus donn, une population est compltement dcrite si l'on connat la frquence de chacune des catgories gntiques. Dans le cas d'un systme dialllique A et a, la structure d'une population d'effectif N est compltement connue si l'on connat les effectifs NAA de AA, NAa de Aa et Naa de aa avec N = NAA + NAa + Naa partir desquels on calcule les frquences relatives des trois gnotypes. Cette caractrisation gntique de la population n'est possible que si les gnotypes individuels sont reconnaissables par leur phnotype, c'est dire si il y a codominance.

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A partir des frquences gnotypiques, il est possible de calculer les frquences allliques dans la population, c'est dire les frquences des diffrents tats allliques du locus considr. Dans le cas d'un gne autosomal deux allles A et a, la frquence de l'allle A est le rapport du nombre d'allles A au nombre total d'allles ce locus, soit 2N pour une population de N individus diplodes: - les NAA individus AA sont porteurs de deux allles A - les NAa individus Aa d'un allle A et d'un allle a - les Naa individus aa de deux allles a. Le nombre d'allles A dans la population est donc 2NAA + NAa . Les frquences p et q des allles A et a sont alors les suivantes: f(A) = p = (2NAA+NAa)/2N f(a)= q = (2Naa+NAa)/2N avec p + q = 1

Autrement dit si D et R sont les frquences des homozygotes AA et aa, H la frquence des htrozygotes Aa, les frquences allliques peuvent aussi tre calcules partir des frquences gnotypiques : f(A) = p = D + H/2 f(a) = q = R + H/2 Ces frquences p et q reprsentent galement une estimation de la probabilit qu'un gamte mle ou femelle porte l'allle A ou l'allle a. Il est important de noter que les frquences allliques comportent moins d'information que les frquences gnotypiques car on perd la manire dont les allles sont associs 2 2 dans les gnotypes individuels. Exemple du groupe sanguin MN chez l'homme Lexamen de 730 aborignes australiens a donn les rsultats suivants : Groupe sanguin [M] [MN] [N] Gnotype MM MN NN Nombre 22 216 492 Frquence 0.03 0.30 0.67

Les frquences allliques calcules par les deux mthodes sont les suivantes:
f (M ) =
f (N ) =

2 x 22 + 216 2 x 730
2 x 492 + 216 2 x 730

= 0, 03 +

1 2
1 2

0, 3

= 0,18

= p

= 0, 67 +

0, 3

= 0 , 82

= q

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Taux de polymorphisme et taux d'htrozygotie Pour quantifier la variabilit d'une population tudie sur plusieurs gnes, diffrents paramtres peuvent tre calculs. Taux de polymorphisme P C'est la proportion des gnes polymorphes parmi l'ensemble des gnes tudis.
P = Nbre Nbre de gnes total polymorphes tudis

de gnes

Par exemple, si 30 loci enzymatiques ont t tudis par la mthode d'lectrophorse avec 12 loci monomorphes et 18 polymorphes, le taux de polymorphisme P est 18/30 = 0,6. Ce paramtre prsente cependant l'inconvnient de ne prendre en compte le nombre d'allles rencontrs chacun des loci polymorphes, ni leurs frquences. Il est vident qu'un locus possdant 10 allles de frquences voisines apporte plus de variation gntique la population qu'un locus n'ayant que deux allles dont un faiblement reprsent. Le taux d'htrozygotie H C'est la moyenne des frquences des htrozygotes observes chacun des locus tudis. Ho = 1/N Hi N tant le nombre total de loci tudis qu'ils soient monomorphes ou polymorphes Hi htrozygotie au locus i Le taux d'htrozygotie fournit une bonne estimation de la variabilit gntique de la population, condition toutefois que les individus de cette population se reproduisent au hasard. Des modes de reproduction diffrents (homogamie, consanguinit, autogamie, voir chap 4), conduisent des situations o Ho ne donne plus une bonne estimation de la variabilit gntique. Les modes de reproduction n'tant pas toujours connus, on calcule alors un autre paramtre qui est l'htrozygotie thorique attendue (Ht). Pour un locus A k allles A1, A2, ...Ak de frquences f1 , f2 , .. ,fk, l'htrozygotie attendue est la suivante : HtA= 1 - (f12+f22+ .. +fk2) = 1- f2 C'est est une estimation de la frquence des htrozygotes si les allles sont associs au hasard pour former les gnotypes. L'htrozygotie thorique globale est la moyenne des htrozygoties attendues chacun des loci tudis: Ht = 1/N Hti N tant le nombre total de loci tudis qu'ils soient monomorphes ou polymorphes Hti htrozygotie thorique au locus i Il est alors possible de comparer la variabilit gntique des populations qui prsentent des modes de reproduction diffrents.

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Diversit alllique Une autre mesure de la variabilit est la moyenne du nombre d'allles par locus appele diversit alllique : A= nbre total d'allles / nbre de loci Pour prendre en compte la frquence de ces allles, on peut calculer le nombre d'allles efficaces Ae. Pour un locus A k allles A1, A2, ...Ak de frquences f1 , f2 , .. ,fk, le nombre d'allles efficaces est : Ae= 1 /(f12+f22+ .. +fk2) = 1/f2 On calcule alors la moyenne du nombre d'allles efficaces par locus

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Chapitre 3 - Structure gntique d'une population thorique idale

1- Population thorique idale : dfinition Le devenir de la variabilit gntique d'une population au cours des gnrations (la transmission des diffrents allles et leurs frquences) est au premier abord trs difficile prvoir. Outre la difficult identifier une population, c'est--dire les limites du groupe d'individus sur lequel calculer les frquences allliques, de trs nombreux facteurs peuvent modifier la frquence de ces allles (mutations, migrations, diffrence de survie ou fcondit entre individus). De plus, il faut considrer la transmission simultane de trs nombreux gnes polymorphes qui peuvent interagir entre eux et ne sont donc pas indpendants. Une premire tape pour contourner ces difficults est d'aborder la transmission des caractres dans un cas simple, appel population thorique idale, qui se dfinit par les caractristiques suivantes : population d'organismes diplodes reproduction sexue et gnrations non chevauchantes (aucun croisement entre individus de gnrations diffrentes). population d'effectif infini o les croisements sont entirement alatoires population close gntiquement (absence de flux migratoires) tous les individus, quel que soit leur gnotype, ont la mme capacit se reproduire et engendrer une descendance viable (absence de slection) Absence de mutation et de distorsion de sgrgation meotique (un individu Aa produira toujours 50% de gamtes A et 50% de gamtes a).

Parmi toutes ces caractristiques, le croisement au hasard des individus, appel systme de reproduction panmictique, est l'hypothse la plus importante. Cette hypothse suppose que les individus ne choisissent pas leur partenaire sexuel ni en fonction de leur gnotype, ni en fonction de leur phnotype = panmixie et que la rencontre des gamtes se fait au hasard = pangamie. 2- L'quilibre de Hardy-Weinberg Dans une population thorique idale, les frquences des allles et des gnotypes au cours des gnrations suivent une loi simple appele loi de Hardy-Weinberg qui constitue le modle de rfrence en gntique des populations. Cette loi doit son nom Hardy, mathmaticien anglais et Weinberg, mdecin allemand, qui l'ont tablie indpendamment en 1908. La loi de Hardy-Weinberg stipule que les frquences allliques et les frquences gnotypiques (c'est--dire la structure gntique de la population) reste stable de gnration en gnration. On dit alors que la population est l'quilibre et il existe une relation simple entre les frquences allliques et les frquences gnotypiques. Transmission d'un gne 2 allles Supposons qu'une population soit polymorphe pour un caractre gouvern par un locus deux allles A et a et que les frquences des gnotypes AA, Aa et aa soient les mmes dans les deux sexes, respectivement D, H et R (avec D+H+R = 1). Les frquences allliques la gnration Go seront : pour l'allle A po = Do+Ho/2 pour l'allle a qo = Ro+Ho/2 avec po+qo=1

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Dans une population thorique idale, ces frquences seront galement les frquences des diffrentes catgories de gamtes (identiques dans les deux sexes) soit po pour les gamtes qui portent l'allle A et qo pour les gamtes qui portent l'allle a (absence de mutation, de slection et de distorsion meotique). La formation d'un nouvel individu de la gnration suivante G1 est alors le rsultat de deux tirages au sort indpendants, l'un parmi les gamtes mles, l'autre parmi les gamtes femelles (croisement au hasard=panmixie). Les frquences des diffrents gnotypes de la gnration suivante G1 rsultent alors de la rptition de ce simple tirage au sort qui donnera les frquences gnotypiques suivantes : AA = p02 Aa = 2 poqo aa = q02 Explication (clic)

Dans une population thorique idale, ces frquences seront galement celles des adultes reproducteurs de la gnration G1 (absence de slection), pour lesquels les frquences allliques seront : pour A p1 = p02 + poqo = po(po+qo) = po = p pour a q1 = q02 + poqo = qo(po+qo) = qo = q Les frquences allliques n'ont donc pas chang, ce qui donnera la gnration suivante G2 les mmes frquences gnotypiques qu' la gnration prcdente soit p2 AA, 2pq Aa, et q2 aa. Le systme est donc stable aussi bien en ce qui concerne les frquences allliques que les frquences gnotypiques. On dit qu'on est l'quilibre de Hardy-Weinberg dont la loi peut s'noncer de la faon suivante : Dans une population thorique idale, les frquences allliques et les frquences gnotypiques restent stables de gnration en gnration. Les frquences gnotypiques sont dtermines partir des frquences allliques par une relation simple qui correspond au dveloppement du binme (p+q)2 dans le cas d'un locus deux allles A de frquence p et a de frquence q, soit p2 pour le gnotype AA, 2pq pour Aa et q2 pour aa. Cette relation entre frquences allliques et frquences gnotypiques est visualise par la figure suivante:

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aa Frquences gnotypiques

AA

0,5

Aa

0 0 0,5 1

Frquence de l'allle A (p)

On peut remarquer que les proportions mendliennes 1/4, 1/2, 1/4 que l'on trouve lorsque l'on croise deux htrozygotes est un cas particulier de la loi de Hardy-Weinberg o p=q= 0,5. Chaque htrozygote Aa possde comme frquence alllique f(A)=1/2 et f(a)=1/2. Systmes multiallliques La loi de Hardy-Weinberg s'applique galement des gnes qui existent sous plus de 2 tats allliques. L'quilibre correspond alors l'association alatoire des diffrents allles pour former les gnotypes dont la frquence reste stable de gnration en gnration. Pour un locus k allles A1, A2, A3, ....Ak, il y aura en thorie (k(k+1))/2 gnotypes diffrents dans la population Si les frquences de ces diffrents allles sont respectivement p1, p2, p3, ...pk, les frquences des 2 diffrents gnotypes seront donnes par le dveloppement de (p1+ p2+ p3,+...+ pk) soit p12A1A1 p22 A2A2 p32 A3A3 pk2 AkAk 2p1p2 A1A2 2p1p3 A1A3 2p1pk A1Ak 2p2p3 A2A3 2p2pk A2Ak etc

Exemple: Les groupes sanguins du systme ABO chez l'homme sont dus l'existence de 3 allles A, B et O dont les frquences peuvent tre appeles respectivement p, q, r. Une population l'quilibre de Hardy-Weinberg aura alors les frquences gnotypiques suivantes : p2 AA q2 BB r2 OO 2pq AB 2pr AO 2qr BO

Lorsqu'un gne prsente plus de 2 tats allliques, la frquence des htrozygotes H peut dpasser 50%, et elle est d'autant plus leve que le nombre d'allles est important. L'htrozygotie maximale est atteinte lorsque tous les allles ont mme frquence et sa valeur est Hmax= 1- 1/k o k est le nombre d'allles Explication 3

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Par exemple, une population l'quilibre peut comporter de plus de 90% d'htrozygotes un locus donn lorsqu'il existe plus de 10 allles ayant les mmes frquences. 3- Application et utilisation du modle de Hardy-Weinberg Test de l'quilibre Une question centrale est de savoir si la loi de Hardy-Weinberg tablie pour une population thorique idale s'applique galement aux populations naturelles. Cette loi s'appuie en effet sur un raisonnement probabiliste, ne s'applique en thorie qu' des populations d'effectif infini, et suppose remplies toute une srie de conditions qui ne sont rarement respectes dans la nature (absence de mutation, migration, slection). L'application de la loi de Hardy-Weinberg dans les populations naturelles peut tre vrifie pour des caractres codominants pour lesquels le calcul des frquences allliques est possible. C'est le test de l'quilibre. Le principe du test est simple et peut tre rsum en 3 tapes: 1- chantillonnage d'une population, dnombrement des effectifs gnotypiques rels (possible grce la codominance) et calcul des frquences allliques relle parmi les N individus chantillonns soit p= f(A) et q = f(a) 2- calcul des effectifs gnotypiques attendus dans une population thorique idale qui aurait le mme effectif et les mmes frquences allliques que la population tudie soit AA = p2x N Aa = 2 pq xN aa = q2xN

3- comparaison des effectifs observs et des effectifs attendus (comparaison des deux distributions) par un test statistique du Chi Deux (ou d'autres tests). Le test du Chi Deux ncessite le calcul de la distance X2 permettant de tester l'hypothse d'galit entre la distribution observe et la distribution thorique (hypothse H0).

X
2

effectifs thoriques) (effectifs observs effectifs thoriques

La somme est effectue sur tous les gnotypes et la valeur X2 est compare une valeur seuil, lue dans une table , en fonction de 2 paramtres : un risque choisi par l'utilisateur qui est en gnral 5%, et un nombre de degrs de libert (ddl) gal la diffrence entre le nombre de gnotypes et le nombre d'allles du systme gntique tudi. - si X2 calcul est infrieur X2 seuil, H0 est accepte et on conclut que la population suit la loi de Hardy-Weinberg donc est l'quilibre - si X2 calcul est suprieur X2 seuil, H0 est rejete et on conclue que la population ne suit pas la loi de Hardy-Weinberg avec un risque = 5% de se tromper. Exemple Chez l'homme, le groupe sanguin MN est dtermin par un gne deux allles codominants M et N, ce qui permet d'attribuer un gnotype chaque individu chantillonn, puis d'estimer les

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frquences allliques dans la population. Une tude portant sur 730 aborignes australiens a donn les rsultats suivants : 22 MM 216 MN 492 NN

1- Calcul des frquences p et q des allles M et N: p = (22 + 1/2 x 216) / 730 = 0,178 pour l'allle M q = 492 + 1/2 x 216) / 730 = 0,822 pour l'allle N. 2- Calcul des effectifs thoriques attendus des diffrentes catgories gnotypiques: MM = p2 x 730 = (0,178)2 x 730 = 23,1 MN = 2pq x 730 = (2 x 0,178 x 0,822) x 730 = 213,6 NN = q2 x 730 = (0,822)2 x 730 = 493,2 3- Test du Chi deux X2 = (22-23,1)2/23,1 + (216-213,6)2/213,6 + (492-493,2)2/493 = 0,083 La valeur seuil pour 3-2=1 degr de libert et un risque de 5% est 3,84. La valeur de la statistique X2 tant trs infrieure la valeur seuil, on conclut qu'il n'y a pas de diffrence significative entre la distribution observe et la distribution thorique. On admet donc que la population d'aborignes australiens est l'quilibre de Hardy-Weinberg. Le fait qu'une population soit considre l'quilibre de Hardy-Weinberg aprs un test statistique n'implique pas que toutes les conditions d'application de cette loi soient respectes (effectif infini, absence de mutation, absence de slection, etc...). L'hypothse la plus importante qui doit tre respecte est la panmixie. Un quilibre gntique instantan apparent peut donc tre observ mme si la population est soumise une forte slection. On en conclut que le fonctionnement gntique global est "proche" du fonctionnement thorique et ce n'est qu'en prenant en compte la dimension temporelle que l'on peut apprcier l'tat gntique d'une population et prvoir son volution. En revanche, le fait qu'un chantillon soit trouv non conforme la loi implique que le fonctionnement gntique rel de la population est trs loign du fonctionnement thorique, en particulier au niveau du systme de croisement (homogamie, consanguinit) ou de la structure dmographique de la population (fractionnement en sous-populations) qui modifient considrablement les frquences relatives des homozygotes et des htrozygotes. Cette situation conduit rechercher les particularits dmographiques, gntiques ou structurelles de cette population. En conclusion, dans la plupart des cas, le modle de Hardy-Weinberg constitue un bon descripteur de la structure gntique des populations naturelles car l'hypothse de panmixie est souvent respecte alors que les effets des mutations, migration, slection ne sont pas assez forts pour faire diverger les frquences gnotypiques des proportions du modle de Hardy-Weinberg. Cette loi peut alors tre utilise pour faire des prvisions notamment dans le domaine mdical. Cet quilibre de Hardy-Weinberg ne s'applique pas obligatoirement tous les gnes d'une mme population et peut ou non tre rejet en fonction du systme gntique considr.

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Estimation des frquences allliques Lorsque la variabilit d'un caractre est due un gne 2 allles avec une forme alllique totalement dominante sur l'autre (A dominant sur a), seuls 2 phnotypes peuvent tre distingus dans la population : - le phnotype [A] correspondant la somme des gnotypes AA et Aa - le phnotype [a] correspondant aux gnotypes aa C'est le cas par exemple de nombreuses maladies gntiques chez l'homme qui sont dues un allle rcessif (mucoviscidose, phnylctonurie). Contrairement un systme codominant, il n'est pas possible de calculer les frquences allliques dans la population car les proportions respectives des gnotypes AA et Aa ne sont pas connues. Le modle de Hardy-Weinberg va permettre de donner une estimation de ces frquences partir de la frquence du phnotype homozygote rcessif qui est gale q2 si la population est conforme au modle. La rsolution de cette quation une inconnue permet d'estimer la frquence q de l'allle rcessif dans la population en calculant la racine carre de la frquence des homozygotes rcessifs. La frquence p de l'allle dominant est obtenue par diffrence 1. A partir de cette estimation des frquences allliques, et toujours sous l'hypothse de conformit au modle de Hardy-Weinberg, on obtient une estimation de la frquence des homozygotes AA et des htrozygotes Aa parmi les individus de phnotype [A] c'est--dire la probabilit qu'un individu de phnotype [A] soit homo- ou htrozygote: -frquence des homozygotes parmi les individus [A] = p2/(p2+2pq) ou p2/(1-q2) -frquence des htrozygotes parmi les individus [A] = 2pq/(1-q2). Exemple Chez l'homme, une tude portant sur le systme Rhsus a recens 14% d'individus rhsus ngatif. Sachant que l'allle Rh+ est dominant sur l'allle Rh-, l'estimation de la frquence de l'allle Rhest q = 0,37 (racine carre de 0,14) sous l'hypothse que la population suit la loi de HardyWeinberg. On peut en dduire la frquence des individus Rh+Rh+ et Rh+Rh- parmi les individus Rhsus positif, respectivement p2/(p2+2pq) = 0,45 et 2pq/( p2+2pq) = 0,55. Diagnostic et conseil gntique La loi de Hardy-Weinberg permet de faire des prvisions sur le gnotype d'un individu lorque l'on connat la population dont il est issu. Ce calcul est utilis en gntique humaine pour calculer la probabilit qu'un individu soit atteint d'une anomalie gntique. C'est le conseil gntique. Le calcul du risque d'apparition d'une anomalie gntique chez un individu donn dpend de plusieurs paramtres : - du dterminisme du caractre et des relations de dominance entre les allles - de la frquence du gne responsable de la maladie dans la population - de la gnalogie de l'individu notamment des phnotypes des ascendants, descendants et collatraux

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Pour une maladie autosomique recessive dtermine par un allle a de frquence q, la probabilit qu'un individu dont on ne connat ni la gnalogie ni le phnotype soit atteint par cette maladie correspond la frquence de ce phnotype dans la population soit q2. Le diagnostic s'affine considrablement lorsque l'on dispose de plus d'informations par exemple dans la gnalogie suivante o il s'agit de calculer la probabilit que le couple form des individus sains II2 et II3 donne naissance un enfant atteint de l'anomalie ce qui ncessite que les deux parents, tous les deux sains, soient htrozygotes.

II

?
Pour l'individu II3, aucune information n'est disponible, except son propre phnotype. La probabilit que cet individu soit porteur de l'allle a est 2pq/(p2 +2pq) c'est dire la frquence des individus htrozygotes parmi les sains dans la population. L'individu II2 ayant une soeur atteinte, leurs parents sont obligatoirement tous les deux htrozygotes et la probabilit est alors de 2/3 pour que II2 soit htrozygote sachant qu'il est lui mme non atteint. (2/3 et non 1/2 car le phnotype de l'individu II2 est connu). La probabilit pour que le couple II2 x II3 donne naissance un enfant atteint de l'anomalie est alors la suivante: 2pq/(p2 +2pq) x 2/3 x 1/4 soit proba (pre Aa) x proba (mre Aa) x proba (enfant aa sachant les parents Aa)

4- Transmission des gnes lis au sexe L'tude des gnes lis au sexe n'est pas anecdotique car chez certains organismes, ils constituent une grande partie de l'ADN codant. C'est par exemple le cas chez la Drosophile dont plus d'un tiers des gnes sont port par le chromosome X. Pour les caractres ports par les chromosomes sexuels, les deux sexes ont des constitutions gntiques diffrentes et il faut distinguer : le sexe homogamtique qui porte les deux mmes chromosomes sexuels (femme XX chez les mammifres, certains insectes dont la drosophile ; mle ZZ chez certains crustacs et papillons). Ce sexe est donc diplode pour ce chromosome. le sexe htrogamtique, qui porte deux chromosomes sexuels diffrents (ou un seul) donc haplode ou hmizygote (mles XY chez les mammifres, femelles WZ chez les crustacs et papillons). Ce sexe est haplode (hmizygoye) pour ce chromosome.

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Les deux sexes ont donc des contributions gntiques diffrentes et s'ils sont en frquence gale (sex-ratio quilibre), le sexe homogamtique dtient pour les gnes concerns les 2/3 du pool gntique de la population, et le sexe htrogamtique 1/3 seulement. Lorsque les frquences allliques sont les mmes chez les mles et les femelles, pm = pf = p et qm= qf = q, la loi de Hardy-Weinberg s'applique au sexe homogamtique et les frquences gnotypiques dans le sexe htrogamtique sont directement dduites des frquences allliques. Chez l'homme, pour un gne port par X et prsentant 2 allles A et a de frquences p et q, les frquences gnotypiques dans chacun des deux sexes pour une population l'quilibre seront: Femme (XX) XAXA = p2 XAXa = 2pq XaXa = q2 Homme (XY) XAY = p XaY = q

Cette diffrence de structure gntique des sous-populations mle et femelle a un effet spectaculaire dans le cas o un allle est rcessif. Le phnotype rcessif est beaucoup plus frquent dans le sexe htrogamtique que dans le sexe homogamtique, o il peut tre exceptionnel si la frquence de l'allle est faible. C'est l'exemple classique du daltonisme chez l'homme qui est d une mutation rcessive sur un gne port par X. En Europe, la frquence de l'allle rcessif est de l'ordre de 0,04. Par consquent l'anomalie est frquente chez les hommes (4%) mais trs rare chez les femmes (0,16%). En revanche, la frquence des htrozyotes est leve chez les femmes (de l'ordre de 8%). Rappelons que ces femmes ont une chance sur deux de transmettre l'anomalie chacun de leurs descendants mles ! Lorsque les frquences allliques sont diffrentes chez les mles et les femelles, pm pf et qm qf , la contribution diffrentielle des deux sexes la descendance maintient cette diffrence pendant plusieurs gnrations et l'galit des frquences allliques n'est obtenue que progressivement (contrairement aux caractres autosomaux): chaque mle XY reoit un chromosome X de sa mre, donc les frquences allliques chez les mles la gnration t correspondent aux frquences allliques chez les femelles de la gnration prcdente t-1: f(A) : pmt = pft-1 f(a) : qmt = qft-1

- chaque femelle XX reoit un chromosome X de sa mre et un chromosome X de son pre donc les frquences allliques chez les femelles la gnration t correspondent la moyenne des frquences allliques des deux sexes de la gnration prcdente t-1 : f(A): pft = (pmt-1+pft-1)/2 f(a): qft = (qmt-1+qft-1)/2

Dans l'ensemble de la population, les frquences allliques globales des allles A et a sont les moyennes de la frquence de ces allles dans les deux sexes pondres par leurs contributions relatives soit les coefficients 1/3 et 2/3 lorsqu'il y a autant de mles que de femelles : population : f(A): p = 2/3 pf + 1/3 pm. f(a): q = 2/3 qf + 1/3 qm.

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Si la proportion des sexes est ingale, la pondration tient compte des effectifs Nm des mles et Nf des femelles : population : f(A): p = (pm.Nm + 2.pf.Nf)/ (Nm + 2Nf)

Au cours des gnrations, l'volution des frquences allliques dans chacun des deux sexes fluctue autour de cette valeur d'quilibre avec une diffrence qui s'inverse et diminue de moiti chaque gnration. Cette fluctuation conduit l'galit des frquences allliques dans les deux sexes aprs plusieurs gnrations de croisements panmictiques. Si la gnration Go tous les mles sont XaY (pm0 = 0) et toutes les femelles sont homozygotes XAXA (pfo = 1), la frquence de l'allle A dans la population est po = 2/3. A la premire gnration, la frquence alllique chez les mles est pm1 = pfo = 1 et chez les femelles : pf1 = (pmo+pfo)/2 = 0,5. A la gnration suivante, on a pm2 = 0,5 et pf2 = 0,75, etc. Il se produit donc des oscillations des frquences allliques dans les deux sexes, en opposition de phase, qui s'amortissent progressivement comme le montre la figure ci-dessous. Les frquences allliques dans l'ensemble de la population restent invariables (ici 2/3 pour A) et c'est vers cette valeur d'quilibre que convergent les frquences allliques des deux sexes. A l'quilibre, qm = qf = 2/3. La structure gntique est alors la suivante : chez les mles : p individus XAY (2/3) et q individus XaY (ici 1/3); chez les femelles, p2 individus XAXA (4/9), q2 individus XaXa (1/9), 2pq individus XAXa (4/9).
1,0
Frquence de l'allle A (p)

2/3
0,5

Femelles Mles

0,0

4
Gnrations

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5- Transmission de plusieurs gnes et dsquilibre gamtique

Dans les populations naturelles, un trs grand nombre de caractres sont gntiquement variables. Il est donc ncessaire d'tudier la transmission simultane de plusieurs gnes polymorphes. C'est en effet l'ensemble du pool gntique qui se transmet d'une gnration l'autre, c'est dire pour une population de N individus diplodes l'ensemble des 2N exemplaires de chacun des gnes dont certains sont prsents sous plusieurs formes allliques. L'tude de la transmission simultane des caractres polymorphes se complique rapidement car elle concerne un grand nombre de gnes pouvant ou non tre ports par les mmes chromosomes (gnes physiquement lis) ou interagissant entre eux par des relations d'pistasie. Seule l'tude du cas de deux loci diallliques peut tre abord de faon simple. L'analyse de la composition gntique d'une population plusieurs loci permet de mieux comprendre son fonctionnement la fois au niveau des effectifs, des flux migratoires et des pressions de slections qui s'exercent sur les caractres concerns. D'un point de vu appliqu, l'tude des l'associations allliques des loci troitement lis permet de cartographier les gnes et de diagnostiquer des maladies gntiques partir de marqueurs molculaires non impliqus dans la maladie.
Equilibre gamtique 2 loci

Dans une population thorique idale, les allles des diffrents loci sont associs au hasard donc sont statistiquement indpendants. Cette indpendance statistique rsulte du processus de recombinaison qui est maximum pour des gnes indpendants et d'autant plus faible que les gnes sont proches les uns des autres sur le mme chromosome. La notion d'quilibre intgre donc non seulement l'association au hasard des allles d'un mme gne pour former les gnotypes (loi de Hardy-Weinberg) mais galement l'association au hasard des allles de diffrents gnes. Cet quilibre plusieurs loci peut tre facilement formalis dans le cas de 2 gnes 2 allles avec: - au locus A les allles A et a de frquences p et q - au locus B les allles B et b de frquences r et s
L'quilibre gamtique correspond l'association au hasard de tous les allles au niveau des gamtes, c'est--dire des haplotypes. Les frquences des 4 catgories de gamtes correspondent alors au produit des frquences des allles qui forment ces gamtes soit : frquence des gamtes AB = pr frquence des gamtes Ab = ps frquence des gamtes aB = qr frquence des gamtes ab = qs

On distingue souvent les associations de type couplage (ou cis), correspondant aux associations AB et ab, des associations de type rpulsion (ou trans) Ab et aB. Cette distinction n'est cependant possible que lorsque des relations de dominance existent entre les allles d'un mme locus. A l'quilibre, le produit des associations de type couplage est gal au produit des associations de type rpulsion : f(AB) x f(ab) = f(Ab) x f(aB)

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pr x qs = ps x qr pqrs = pqrs
Au niveau des gnotypes, cet quilibre se traduit la fois par une association au hasard des allles un mme locus et une association au hasard des gnotypes des diffrents loci. Les frquences gnotypiques sont alors :

au locus A au locus B

p2 AA r2 BB

2pq Aa q2 aa 2rs Bb s2 bb

Les frquences des 9 gnotypes possibles correspondent alors aux produits des frquences gnotypiques chaque locus (indpendance statistique entre gnotypes des deux loci): AABB = p2 r2 AABb = 2p2 rs AAbb = p2 s2 AaBB = 2pq r2 AaBb = 4pqrs Aabb = 2pq s2 aaBB = q2 r2 aaBb = 2q2 rs aabb = q2 s2

Ces frquences correspondent galement la fusion au hasard des gamtes qui forment ces gnotypes soit par exemple la fusion au hasard de 2 gamtes AB chacun de frquence pr pour le gnotype donc (pr)2 = p2 r2.

Dsquilibre gamtique

Dans les populations naturelles, cette association au hasard entre allles de diffrents gnes n'est pas toujours ralise. Les frquences gamtiques sont alors diffrentes du produit des frquences allliques. On dit qu'il y a dsquilibre gamtique ou dsquilibre de liaison (en anglais linkage disequilibrium) not D. Le terme dsquilibre gamtique est prfrer car les gnes indpendants tout comme les gnes physiquement lis peuvent tres concerns par ce phnomne.
La valeur du dsquilibre gamtique D se dduit directement de l'cart entre les frquences gamtiques observes dans la population et les frquences gamtiques l'quilibre correspondant au produit des frquences allliques. Cet cart peut tre calcul pour chacune des catgories de gamtes : D = frquence gamtique observe - frquence gamtique thorique

soit pour les gamtes AB : D = f(AB)- f(A) x f(B) = f(AB) - pr soit pour les gamtes Ab : D = f(Ab)- f(A) x f(b) = f(Ab) - ps soit pour les gamtes aB : D = f(aB)- f(a) x f(B) = f(aB) - qr soit pour les gamtes ab : D = f(ab)- f(a) x f(b) = f(ab) - qs En fonction des catgories de gamtes en excs ou en dficit, D est soit ngatif soit positif mais sera dans tous les cas le mme en valeur absolue car les frquences des 4 catgories de gamtes sont interdpendantes. Par exemple, si il y a un excs de gamtes AB, il y aura forcment excdent de gamtes ab et dficit de gamtes Ab et aB. Les frquences gamtiques seront alors les suivantes :

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f(AB) = pr + D f(Ab) = ps - D f(aB) = qr - D f(ab) = qs + D Les frquences allliques restent bien videmment les mmes dans la population car seule l'association des allles est modifie, ce qui peut tre vrifi pour l'allle A par exemple : frquence A = pr + D + ps - D = p (r + s) = p. Le dsquilibre gamtique D correspond galement l'cart entre le produit des associations de type couplage et le produit des associations de type rpulsion observs dans la population: D = f(AB) x f(ab) - f(Ab) x f(aB) Pour 2 gnes plus de 2 allles, les allles A1, A2, Ai au locus A et les allles B1, B2, Bj au locus B. Le dsquilibre gamtique D sera estim par : D = f(AiBj) - f(Ai) x f(Bj)
Applications : Calculer le dsquilibre gamtique dans une population ayant les frquences gamtiques suivantes : AB = 0,54 Ab=0,06 aB=0,26 ab=0,14

Rsultats : premire mthode :

frquence allle A = p = 0,54 + 0,06 = 0,6 frquence allle B = r = 0,54 + 0,26 = 0,8

D = f(AB)- f(A) x f(B) = f(AB) - pr D = 0,54- 0,6 x 0,8 = 0,06 on vrifie que D=0,06 pour les gamtes ab et D=-0,06 pour les gamtes Ab et aB. Deuxime mthode : D = f(AB) x f(ab) - f(Ab) x f(aB) D = 0,54 x 0,14 - 0,06 x 0,26 D = 0,06

Dsquilibre gamtique et frquences gnotypiques

Si on considre simultanment les 2 loci, la prsence d'un dsquilibre gamtique va modifier la frquence des gnotypes. Par exemple, si le dsquilibre gamtique D correspond un excdent de gamtes AB et ab, les frquences gnotypiques seront les suivantes sous un rgime de reproduction panmictique : AABB = (pr+D)2 = p2 r2 + 2prD + D2 donc l'quilibre plus un excdent

AABb = 2 (pr+D) (ps-D) = p22rs +psD - prD - D2 donc l'quilibre avec un dficit (le facteur 2 traduit le fait que les gamtes AB et Ab peuvent tre soit mles soit femelles) aabb = (qs+D)2 = q2 s2 + 2qsD + D2 donc l'quilibre plus un excdent

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Si l'on considre les loci A et B sparment, le rgime de reproduction panmictique fait que les 2 loci sont l'quilibre de Hardy-Weinberg malgr la prsence d'un dsquilibre gamtique dans la population soit: au locus A au locus B p2 AA r2 BB 2pq Aa 2rs Bb q2 aa s2 bb

Explication Pour 2 loci A et B 2 allles A et a de frquence p et q, B et b de frquence r et s avec un dsquilibre gamtique D correspondant un excdent de gamtes de type couplage, les frquences gamtiques sont les suivantes : f(AB) = pr + D f(Ab) = ps - D f(aB) = qr - D f(ab) = qs + D

Si les individus de la population se reproduisent au hasard (rgime de reproduction panmictique), les frquences des diffrents gnotypes rsultent de la fusion au hasard des diffrents gamtes. Par exemple, le gnotype AABB rsulte de la fusion au hasard de 2 gamtes AB chacun de frquence pr+D soit (pr+D)2 Le mme raisonnement s'applique chaque gnotype ce qui peut tre reprsent par le tableau suivant o le facteur 2 traduit le fait qu'un gnotype issu de la fusion de gamtes diffrents peut tre ralis de 2 faons en fonction de la nature des gamtes mle et femelle: AA BB Bb bb (pr+D)2 2x(pr+D) x (ps-D) (ps-D)2 Aa 2x(pr+D) x (qr-D) aa (qr-D)2

2 x (pr+D)(qs+D) 2x(qr-D) x (qs+D) +2 x (ps-D)(qr-D) 2x(ps-D) x (qs+D) (qs+D)2

Si on considre chaque locus pris isolment, la frquence des diffrents gnotypes se calcule par la somme des lignes ou des colonnes. Par exemple en faisant la somme de la premire colonne pour le gnotype AA soit : AA = (pr+D)2 + 2x(pr+D) x (ps-D) + (ps-D)2 = p2 r2 + 2prD + D2 + 2p2rs - 2prD + 2psD - 2D2 + p2 s2 - 2psD + D2 soit aprs simplification : ` AA = p2 (r2 + 2rs + s2) = p2 donc l'quilibre de Hardy-Weinberg pour le gnotype BB, la somme de la premire ligne sera gale r2 soit l'quilibre. Le produit de la somme d'une colonne et de la somme d'une ligne soit p2 pour la colonne 1 et r2 pour la ligne 1 correspond ce qui est attendu l'quilibre en absence de dsquilibre gamtique soit p2 r2 ce qui est diffrent de ce qui est observ. La comparaison de ces effectifs attendus et observs permet donc de tester statistiquement l'existence d'un dsquilibre gamtique dans la population ce qui correspond raliser une table de contingence.

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Evolution du dsquilibre gamtique

Lorsqu'il existe un dsquilibre gamtique dans une population, le mode de reproduction panmictique associ aux recombinaisons intergniques qui se produisent au moment de la miose vont tendre le faire diminuer. Ce phnomne de recombinaison rsulte de la segrgation indpendante des loci ports par des chromosomes diffrents ou des crossing over qui se produisent entre loci d'un mme chromosome. Ce brassage des gnes est quantifi par le taux de recombinaison c qui prend la valeur maximale de 0,5 pour des gnes indpendants et dpend de la position des gnes sur le chromosome pour des gnes lis. c s'exprime en centimorgan (cm) et on considre qu'en moyenne 1% de recombinaison soit c=0,01 (1cm) correspond une distance de l'ordre de 1000 kb. Ainsi, des gnes ports par le mme chromosome mais assez loigns auront un taux de recombinaison c de 0,5. La vitesse laquelle le dsquilibre gamtique diminue au cours de gnration sera donc fonction du taux de recombinaison c entre les gnes impliqus ce qui est donn par la formule de rcurrence suivante : Dt = D0 (1-c)t o c est le taux de recombinaison entre les deux loci, t le nombre de gnration et D0 le dsquilibre gamtique initial.
Pour 2 loci A et B 2 allles A et a de frquence p et q, B et b de frquence r et s avec un dsquilibre gamtique initial D0 correspondant un excdent de gamtes de type couplage, les frquences gamtiques la gnration G0 sont les suivantes : f0 (Ab) = ps - D0 f0 (aB) = qr - D0 f0 (ab) = qs + D0 f0 (AB) = pr + D0 A la gnration suivante G1, la frquence des gamtes AB sera : f1 (AB) = pr + D1 Ces gamtes AB de la gnration G1 auront deux origines diffrentes : - des haplotypes AB de la gnration G0 (frquence pr + D0) qui n'ont pas subit de recombinaison (probabilit 1-c) - des haplotypes AB produit par recombinaison (probabilit c) aprs fusion entre des gamtes porteurs d'un allles A (frquence p) et des gamtes porteurs d'un allle B (frquence r) La frquence des gamtes AB la gnration G1 sera donc : f1 (AB) = pr + D1 = (pr + D0) (1-c) + pr c D1 = pr + D0 - cpr - cD0 + cpr -pr = D0 (1-c) A la gnration t : Dt = D0 (1-c)t

Pour des gnes indpendants ou trs loigns, la recombinaison est maximale et le dsquilibre gamtique disparat trs rapidement de la population sauf si d'autres phnomnes s'opposent cette diminution (slection par exemple) . Par contre, pour des gnes lis et trs proches, ce dsquilibre peut se maintenir pendant de trs nombreuses gnrations comme le montre la figure ci-dessous.

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0,25 Dsquilibre gamtique (D) 0,20 0,15 0,10 0,05 0,00 0 2 4 6 Gnrations

r = 0,01 r = 0,05 r = 0,1 r = 0,2 r = 0,5

8 10

Evolution du dsquilibre gamtique pour diffrents taux de recombinaison aprs mlange de deux populations de mme effectif, l'une AAbb l'autre aaBB (D0 = 0,25)

Exemple d'un mlange de 2 populations monomorphes

L'un des principaux facteurs responsables de l'apparition d'un dsquilibre gamtique est le mlange de deux populations gntiquement distinctes. Considrons, par exemple, deux loci diallliques A et B, et deux populations monomorphes, l'une pour les allles A et B (100% d'homozygotes AABB), l'autre pour les allles a et b (100% d'homozygotes aabb). Si une nouvelle population est fonde avec un nombre gal de mles et de femelles de chacune des deux populations d'origine, la nouvelle population sera polymorphe et aura la composition gnotypique suivante : 50% AABB 50% aabb les frquences allliques seront alors : f(A) = p = 0,5 f(a) = q = 0,5 f(B) = r = 0,5 f(b) = s = 0,5

A l'quilibre, une telle population aura la structure gntique suivante : frquences gamtiques: f(AB) = pr = 0,25 f(Ab) = ps = 0,25 f(aB) = qr = 0,25 f(ab) = qs = 0,25 frquences gnotypiques: AABB = 0,0625 AaBB = 0,125 aaBB = 0,0625 AABb = 0,125 AaBb = 0,25 aaBb = 0,125 AAbb = 0,0625 Aabb = 0,125 aabb = 0,0625

soit p2 AA = 0,25 et r2 BB = 0,25

2pq Aa = 0,5 2rs Bb = 0,5

q2 aa = 0,25 s2 bb = 0,25

A la gnration G0, la structure gntique de la population est trs diffrente de celle de l'quilibre puisqu'il n'y a que 2 catgories gnotypiques de mme frquence : 50% de AABB qui produisent que des gamtes AB 50% de aabb qui produisent que des gamtes ab

Si la population est idale, les frquences des gamtes seront :

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f0 (AB) = 0,5 f0 (Ab) = 0 f0 (aB) = 0 f0 (ab) = 0,5 Le dsquilibre gamtique Do la gnration Go est donc gal D0= f0 (AB) - pr = 0,5 - 0,5 x 0,5 = 0,25 On peut noter que cette valeur est la valeur maximum du dsquilibre lorsque les frquences allliques sont toutes gales 0,5
La gnration suivante G1 sera issue de l'union au hasard des gamtes mles et femelles produits par la gnration G0. La gnration G1 sera donc compose de 3 catgories gnotypiques ayant les frquences suivantes: AABB= 0,5 x0,5=0,25 AaBb = 2 x 0,5 X0,5= 0,5 aabb= 0,5 x0,5 = 0,25 Si l'on considre les loci sparment, l'quilibre est atteint ds la premire gnration chaque locus (quilibre de Hardy-Weinberg). On a en effet: au locus A AA = 0,25 Aa = 0,50 aa = 0,25 au locus B BB = 0,25 Bb = 0,50 bb = 0,25 Si l'on considre les deux loci simultanment, la population n'est pas l'quilibre puisque seuls 3 des 9 gnotypes possibles sont prsents. Cet cart est la consquence du dsquilibre gamtique qui subsiste aprs une gnration de croisements panmictiques. Ce dsquilibre D1 se calcule partir de la frquence des gamtes produits par l'ensemble de la population la gnration G1. Ces frquences gamtiques dpendent de la frquence des diffrents gnotypes dans la population et de la proportion des diffrents types de gamtes produits par chaque individu qui est simplement la consquence de la sgrgation mendlienne des caractres : -les individus AABB produisent 100% de gamtes AB - les individus aabb produisent 100% de gamtes ab - les individus AaBb (issus de la fusion des gamtes AB et ab) produisent 4 types de gamtes, des gamtes parentaux une frquence 1-c (AB et ab en proportion gale) et des gamtes de type non parentaux ou recombins une frquence c (Ab et aB en proportion gale).

Le tableau ci-dessous donne les frquences des diffrents types de gamtes produits par chaque catgorie d'individus dans le cas de deux gnes indpendants (c = 0,5) et dans le cas de deux gnes lis distants de 20 centimorgans (c = 0,2).
Parents AABB AB/ab Frquences 0,25 0,5 Gamtes c= 0,5 AB AB ab Ab aB ab 1 0,25 0,25 0,25 0,25 1 frquences c = 0,2 1 0,40 0,40 0,1 0,1 1

ab/ab

0,25

- Pour le cas de 2 gnes indpendants (c=0,5), les frquences des gamtes seront:

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AB = 0,25+ 0,5 x 0,25 = 0,375 ab = 0,25+ 0,5 x 0,25 = 0,375 Ab = 0,5 x 0,25 = 0,125 aB = 0,5 x 0,25 = 0,125 Les quatre catgories de gamtes sont donc produites, mais leurs frquences ne sont pas l'quilibre. Le dsquilibre qui reste la G1 est : D1 = 0,375 - 0,5 x 0,5 = 0,125 Il a donc diminu de moiti. - Pour le cas de 2 gnes lis (c=0,2), les frquences des gamtes seront : AB = 0,45 ; ab = 0,45 ; Ab = 0,05 ; aB = 0,05 Le dsquilibre la G1 est alors: D1 = 0,45 - 0,5 x 0,5 = 0,2 La proportion de gamtes recombins est plus faible donc le dsquilibre diminue moins rapidement. A la gnration suivante G2, la recombinaison produira les mmes effets ce qui va encore faire diminuer le dsquilibre gamtique. Cette diminution sera rapide pour des gnes indpendants et directement fonction du taux de recombinaison pour des gnes lis. L'quilibre sera atteint aprs plusieurs gnrations de croisements panmictiques si d'autres mcanismes n'agissent pas pour maintenir ce dsquilibre gamtique dans la population.