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UNIVERSIDADE FEDERAL DO PIAUÍ


CENTRO DE CIÊNCIAS AGRÁRIAS
CAMPUS CINOBELINA ELVAS - BOM JESUS - PI

Introdução à Bioquímica - (Prof. Fábio)

ROTEIRO DE ESTUDOS – AULAS 1 e 2


“A lógica da Vida, Funções orgânicas, água, pH e soluções-tampão”

1. A LÓGICA DA VIDA

1.1. O que distingue todos os organismos vivos de todos os objetos inanimados?

Os organismos vivos são compostos de moléculas destituídas de vida. Quando estas


moléculas são isoladas e examinadas individualmente, elas obedecem a todas as leis físicas e
químicas que descrevem o comportamento da matéria inanimada. Os organismos vivos são
estruturalmente complicados e altamente organizados, possuindo estruturas internas intrincadas e
muitas espécies de moléculas complexas. Em contraste, a matéria inanimada (terra, areia, rochas
etc.) usualmente consiste de misturas de compostos químicos relativamente simples.
Os seres vivos são capazes de extrair, transformar e usar a energia que encontram no meio
ambiente, usualmente na forma de nutrientes químicos ou da energia radiante da luz solar. Esta
energia torna os seres vivos capazes de construir e manter suas próprias estruturas intrincadas, e de
realizar trabalho mecânico, químico, osmótico e de vários outros tipos. A última grande
característica dos seres vivos, e talvez a mais significativa, é a capacidade de auto-replicação e
automontagem.

1.2. A Bioquímica procura explicar a vida em termos químicos

As moléculas das quais os organismos vivos são compostas obedecem a todas as leis
familiares da Química, porém elas interagem entre si de acordo com um outro conjunto de
princípios. Esses princípios são um conjunto de relacionamentos característicos da natureza, função
e interação das biomoléculas.
A maioria dos constituintes moleculares dos sistemas vivos é composta de átomos de
carbono unidos covalentemente a outros átomos de carbono e a átomos de hidrogênio, oxigênio e
nitrogênio. [Rever os ciclos de C, O e N na natureza].
Os compostos orgânicos de massa (Mr) menor que aproximadamente 500, como
aminoácidos, nucleotídeos e monossacarídeos, servem como subunidades monoméricas de
proteínas, ácidos nucléicos (DNA, RNA) e polissacarídeos, respectivamente. Purificar e caracterizar
exatamente todas essas moléculas seria um trabalho insuperável se não fosse o fato de cada classe
de macromoléculas (proteínas, ácidos nucléicos e polissacarídeos) ser composta de um pequeno
conjunto de subunidades monoméricas comuns. Assim:
a) Todos os organismos vivos têm os mesmos tipos de subunidades monoméricas;
b) A estrutura das várias macromoléculas biológicas revelam a existência de modelos
subjacentes comuns;
c) A identidade de cada organismo é preservada pela posse de conjuntos característicos de
ácidos nucléicos (DNA, RNA) e proteínas.
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1.3. A produção de energia e seu consumo no metabolismo (processo)

A energia é um tema central em Bioquímica: as células e os organismos dependem de um


suprimento constante de energia para poderem se opor à tendência inexorável da natureza de queda
para níveis menores de estado energético (“tudo o que está lá em cima pode cair....”). Os
organismos vivos não estão em equilíbrio com o meio ambiente. A morte e a decomposição
restabelecem o equilíbrio.
Durante o crescimento, a energia dos alimentos é empregada na construção de moléculas
complexas e na concentração de íons existentes no ambiente. Quando o organismo morre, este
perde a capacidade de obter energia a partir dos alimentos. Sem energia, o cadáver não pode manter
gradientes de concentração e os íons passam para o ambiente.
Nas reações químicas em sistemas fechados o processo também ocorre espontaneamente, até
que o equilíbrio seja atingido. A variação de Energia Livre ( ∆G ) para uma reação química é a
expressão quantitativa de quão afastado o sistema está do equilíbrio químico:

∆G = ∆H − T ∆S ,
Lê-se, energia livre de Gibbs é igual à variação de entalpia, mais a temperatura absoluta
(K) vezes a variação de entropia de um sistema;

As reações que ocorrem com a liberação de energia livre são exergônicas, e, pelo fato de os
produtos destas reações possuírem menos energia livre do que os reagentes, o ∆G é negativo.
Reações químicas nas quais os produtos têm mais energia livre do que os reagentes são
denominadas endergônicas.
Assim os organismos vivos criam e mantêm suas estruturas complexas e ordenadas (baixa
entropia) às expensas da energia livre do seu ambiente. As reações químicas ou fotoquímicas
exergônicas são acopladas a processos endergônicos através de intermediários químicos
compartilhados, direcionando a energia livre para a produção de trabalho.
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1.4. As Células

As células são unidades estruturais e funcionais de todos os organismos vivos. Apesar das
muitas diferenças entre os organismos vivos, células de todas as espécies compartilham certas
características estruturais. Todas as reações anabólicas e catabólicas ocorrem nas células.

A membrana plasmática define a periferia da célula, separando seu conteúdo da


circunvizinhança. Ela é composta de grande número de moléculas de lipídios e proteínas, mantidas
juntas principalmente por interações hidrofóbicas não-covalentes, formando uma bicamada fina,
resistente e flexível. O volume interno limitado pela membrana plasmática, o citoplasma, é
composto de uma solução aquosa, o citossol, e de uma variedade de partículas insolúveis suspensas.
Dissolvidas no citossol gelatinoso estão muitas enzimas e as moléculas de RNA que as codificam;
as subunidades monoméricas (aminoácidos e nucleotídeos) a partir das quais estas macromoléculas
são montadas; centenas de moléculas orgânicas pequenas chamadas de intermediários metabólicos
etc. [Revisar Célula, procariótica, eucariótica, animal, vegetal, organelas e suas funções].

2. FUNÇÕES ORGÂNICAS DAS BIOMOLÉCULAS

2.1. As biomoléculas são compostos de carbono;

A química dos organismos vivos está organizada ao redor do elemento carbono, o qual
representa mais da metade do peso seco das células. No metano (CH4) um átomo de carbono
compartilha 4 pares de elétrons com 4 átomos de hidrogênio, formando 4 ligações covalentes
simples. [Revisar]. O carbono pode também estabelecer ligações simples e duplas com átomos de
oxigênio e nitrogênio. Além disso o carbono é capaz de formar grandes cadeias de ligações C-C,
sendo da maior importância para a biologia, pois disso se possibilita a formação das biomoléculas
(produtos) envolvidos na bioquímica dos seres vivos. Os átomos de carbono unidos covalentemente
podem formar cadeias lineares, ramificadas, cíclicas e estruturas na forma de caixa ou gaiola.
Outros grupos de átomos, chamados grupos funcionais, são adicionados as estes esqueletos
carbônicos, conferindo propriedades químicas específicas à molécula assim formada. As moléculas
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contendo esqueletos orgânicos são chamadas compostos orgânicos; eles ocorrem em uma variedade
quase ilimitada na maquinaria celular. Abaixo alguns grupos funcionais frequentemente
encontrados nas biomoléculas. Todos os grupos estão mostrados em sua forma neutra (não
ionizada). [Rever o que são íons]

2.2. Cada biomolécula tem uma estrutura tridimensional característica

As biomoléculas têm tamanho e estrutura tridimensional característicos, estes derivam do


esqueleto carbônico e dos grupos funcionais a eles agregados. A conformação 3D das biomoléculas
é da maior importância para suas interações, por exemplo, na ligação de um substrato (reagente) ao
sítio catalítico de uma enzima, as 2 moléculas (substrato + enzima) precisam se encaixar
perfeitamente uma na outra, de maneira complementar, para que ocorra a reação biológica. Esta
complementaridade é requerida também, por exemplo, na ligação de uma molécula com seu
hormônio (interação receptor + ligante/efetor), ou no reconhecimento de um antígeno por um
anticorpo específico.

2.3. Simetria

A disposição tetraédrica das ligações simples ao redor do átomo de carbono confere a alguns
compostos orgânicos uma determinada importância biológica. Quando 4 átomos diferentes são
ligados a um átomo de carbono em uma molécula orgânica, o átomo de carbono é dito ser
assimétrico (C*), podendo existir em duas formas isoméricas diferentes no espaço
(estereoisômeros). Uma classe especial de estereoisômeros chamados enantiômeros são imagens de
espelho um do outro e não superponíveis. Compostos com carbono assimétrico (C*) podem ser
vistos como ocorrendo em formas orientadas à direita ou à esquerda, e são, por isso, chamados de
compostos quirais (do grego chiros – “mão”, em alusão à falta de superposição da mão esquerda
sobre a mão direita). Os 2 enantiômeros (D- e L-) de uma molécula com carbono assimétrico
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(composto quiral) possuem propriedades químicas idênticas, porem diferem em uma propriedade
física característica, a capacidade de girar a luz plano-polarizada. A solução de um enantiomero gira
a luz plano-polarizada para a direita (dexter, D-) e a solução de outro para a esquerda (laevus, L-).
Os compostos sem um átomo de carbono assimétrico não giram a luz plano-polarizada.
A figura abaixo mostra a configuração do ácido fumárico, um intermediário no metabolismo
dos carboidratos, e seu isômero, o ácido maléico, que ocorre em algumas plantas:

Estes compostos são isômeros geométricos ou isômeros cis-trans [Rever isomeria]; eles
diferem no arranjo dos seus grupos funcionais com respeito à dupla ligação (C=C), a qual é capaz
de girar. O ácido fumárico é o isômero trans e o ácido maléico é o isômero cis. Cada um deles é um
composto bem definido e pode ser isolado e purificado. Estes dois compostos são estereoisômeros,
porém não enantiômeros, pois não são imagens especulares um do outro. O termo conformação
refere-se ao arranjo espacial dos grupos substituintes que são livres para assumir diferentes posições
no espaço, sem quebra de qualquer ligação, devido à liberdade de rotação de ligações simples.
Além dos aminoácidos, muitas biomoléculas são quirais contendo um ou mais átomos de
carbono assimétricos. As moléculas quirais nos organismos vivos estão geralmente presentes em
apenas uma (1) de suas formas quirais. Por exemplo, os aminoácidos que ocorrem nas proteínas, o
fazem apenas como isômeros L-. A glicose (monossacarídeo), a subunidade monomérica do amido
(polímero polissacarídico), tem 5 carbonos assimétricos, porém biologicamente ocorre em apenas
uma de suas formas quirais, o isômero D-.

2.4. Transformações químicas

A maioria das células tem a capacidade de realizar milhares de reações específicas,


enzimaticamente catalisadas como, por exemplo, a transformação de nutrientes simples como a
glicose em aminoácidos, nucleotídeos ou lipídios; a extração de energia dos alimentos por oxidação
ou a polimerização de subunidades (monômeros) em macromoléculas (polímeros).
A maioria das reações nas células vivas cai em um de cinco (5) tipos (categorias) gerais: a)
transferência de grupos funcionais; b) oxidações e reduções; c) reações que rearranjam a estrutura
das ligações ao redor de um ou mais átomos de carbono (rearranjo); d) reações que formam ou
quebram ligações C-C; e) reações nas quais 2 moléculas condensam-se, com a eliminação de uma
molécula de água. As reações dentro de uma categoria geral ocorrem através de mecanismos
similares.

2.5. Os principais constituintes dos organismos são macromoléculas

As proteínas, longos polímeros de aminoácidos, constituem, ao lado da água, a maior fração


das células. Algumas proteínas possuem atividade catalítica e funcionam como enzimas, outras
servem como elementos estruturais e, ainda, outras transportam sinais específicos para o interior e
exterior das células. Os ácidos nucléicos, DNA e RNA, são polímeros de nucleotídeos. Eles
armazenam, transmitem e transcrevem a informação genética. Os polissacarídeos, polímeros de
açucares simples como a glicose têm duas funções principais: eles servem como armazenadores de
alimentos, liberadores de energia e como elementos estruturais extracelulares. Os lipídios, derivados
oleosos (longas cadeias carbônicas) dos hidrocarbonetos [Revisar], servem como componentes
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estruturais das membranas, como forma de armazenamento de alimento muito rico em energia, e em
outros papéis. Estas quatro classes de grandes biomoléculas são todas sintetizadas em reações de
condensação.

É extremamente improvável que os aminoácidos em uma mistura venham se condensar


espontaneamente em uma proteína com uma seqüência única. Isto representaria um aumento da
ordem em uma população de moléculas; porém, de acordo com a 2ª lei da Termodinâmica
[Pesquisar], a tendência é em direção a um universo em que a desordem (entropia) sempre aumenta.
É, portanto, necessário fornecer-se energia livre ( ∆G > 0 ) ao sistema.

Peptídeo (seqüência de 4 aminoácidos)

Ácido graxo (lipídio)

Ácido nucléico (RNA) –


seq. de 3 nucleotídeos
glicose (carboidrato)
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3. a ÁGUA

A água é a substância mais abundante nos sistemas vivos, perfazendo 70% ou mais da massa
da maioria dos organismos. A água permeia todas as porções de todas as células e é o meio no qual
ocorrem o transporte de nutrientes, as reações metabólicas catalisadas enzimaticamente e a
transferência de energia química.

3.1. Interações fracas

As pontes de hidrogênio entre as moléculas de água fornecem as forças coesivas que fazem
da água um líquido à temperatura ambiente e que favorecem o ordenamento extremo das moléculas
da água cristalizada (gelo). As biomoléculas polares dissolvem-se facilmente na água porque elas
podem substituir as interações moleculares água-água energeticamente favoráveis por interações
ainda mais favoráveis água-soluto [Revisar], feitas via pontes de hidrogênio e forças eletrostáticas.
As pontes de hidrogênio, as interações iônicas, as interações hidrofóbicas (do grego: “que teme a
água”) e as interações de Van Der Waals [Revisar], embora individualmente fracas, são muito
numerosas nas macromoléculas biológicas e, assim, coletivamente têm uma influência muito
significativa na estrutura 3D das proteínas, ácidos nucléicos, polissacarídeos e lipídios de
membranas.
As pontes de hidrogênio são mais fracas que as ligações covalentes. As PHs na água líquida
têm uma energia de ligação (energia necessária para romper a ligação) cerca de apenas 20 kJ/mol,
comparada com 460 kJ/mol para a ligação covalente O-H.

Ao lado, a natureza dipolar da molécula


de água está mostrada em (a) no modelo
bola-e-bastão, e em (b) no modelo tipo
espaço-cheio. As linhas pontilhadas em
(a) representam as orbitais que não
formam ligações. Os pares de elétrons da
camada externa ao redor do átomo de
oxigênio estão arranjados de forma
quase tetraédrica; os 2 átomos de
hidrogênio têm cargas elétricas parciais
positivas localizadas e o átomo de
oxigênio tem duas dessas cargas parciais
negativas. (c)Duas moléculas de H2O
unidas por uma PH (designada por 3
linhas) entre o átomo de oxigênio da
molécula que está acima e o átomo de
hidrogênio da molécula abaixo. As PHs
são mais longas e mais fracas que as
ligações covalentes O-H.
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3.2. Propriedades da Água

A partir de suas propriedades físicas e químicas, a H2O favoreceu os sistemas biológicos de


diversas maneiras;
a) Densidade: A H2O em estado sólido possui uma menor densidade do que em estado líquido. Ex.
Permite a formação da camada de gelo superficial no inverno em lagos e oceanos.
b) Calor Específico: Quantidade de energia térmica que deve ser fornecida a uma substância para
elevar sua temperatura. Para resfriar a água é necessário retirar mais calor, isso torna a água um
excelente moderador térmico nos seres vivos.
c) Calor de Vaporização: Precisa de uma grande quantidade de energia para passar isotermicamente
de líquido a vapor. Ex: Controle da temperatura corporal.
d) Tensão superficial: Uma espécie de “superfície” mantida por atrações inter-moleculares que
tendem a manter coesas as moléculas de um líquido, com atração para o centro das moléculas das
camadas mais externas. A tensão superficial facilitou a compartimentalização dos seres vivos.
e) Viscosidade: A água apresenta uma viscosidade muito baixa, apesar do grande número de pontes
de H formadas.

3.3. Compostos não-polares forçam mudanças energeticamente desfavoráveis na estrutura da


água

A água é um solvente polar. Ela dissolve


facilmente a maioria das biomoléculas, as quais são,
geralmente, compostos carregados eletricamente ou
polares. Compostos que se dissolvem facilmente na
água são hidrofílicos (do grego: “que gosta da água”).
Em contraste, solventes não-polares como o
clorofórmio e o benzeno são solventes muito pobres
para as biomoléculas polares, mas dissolvem
facilmente as biomoléculas não-polares como os
lipídios e as ceras [Revisar: “semelhante dissolve
semelhante”].
Compostos anfipáticos têm regiões polares (ou
carregadas) e regiões não-polares (geralmente com
extensas cadeias C-C). Quando compostos anfipáticos
são misturados com a água, as duas regiões da
molécula do soluto experimentam tendências
conflitantes: a região hidrofílica, polar ou carregada,
interage favoravelmente com o solvente, que tende a
dissolver a molécula, entretanto a região hidrofóbica
não-polar tem a tendência oposta, ou seja, de evitar o
contato com a água. Assim, as regiões não-polares
das moléculas agregam-se para apresentar a menor
área hidrofóbica possível ao solvente, e as regiões
polares são arranjadas para maximizar a sua interação
com o solvente aquoso. Estas estruturas estáveis de
compostos anfipáticos na água, chamadas de micelas,
podem conter centenas ou milhares de moléculas. As
forças que mantêm juntas as regiões não-polares das
moléculas são chamadas de interações hidrofóbicas.
Ver figura ao lado:
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3.4. Ionização da água, ácidos fracos e bases fracas

Embora muitas das propriedades solventes da água possam ser explicadas em função das
características da molécula de H2O eletricamente não-carregada, é, também, necessário levar em
consideração o pequeno grau de ionização da água em íons hidrogênio (H+) e íons hidroxila (OH-).
Como todas as reações reversíveis, a ionização da água pode ser descrita por uma constante de
equilíbrio (Keq) [Revisar ‘produto iônico da água’, Kw].
Quando ácidos ou bases fracos são dissolvidos na água, eles podem produzir H+ por
ionização (se são ácidos), ou consumir H+ ao serem protonizados (se são bases); esses processos
são também governados pelas respectivas constantes de equilíbrio [Revisar conceito de ácido/base
de Ahrrenius, Equilíbrio Químico, Ka, Kb]. A concentração total do íon H+ originário de todas as
fontes (água, ácidos, solutos dissociáveis).
O produto iônico da água é a base para a escala de pH (potencial hidrogênio-iônico). Ela é
um meio conveniente de designar a concentração de H+ em solução aquosa. O termo pH é definido
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pela expressão: pH = log
[ H +]

3.5. Ação tamponante contra as variações de pH nos sistemas biológicos

Quase todos os processos biológicos são dependentes do pH; uma pequena variação no pH
do meio produz uma grande variação na velocidade da maioria dos processos biológicos que se
desenvolvem nesse mesmo meio. As células e os organismos mantêm um pH citossólico constante e
específico, geralmente próximo de pH 7,0, o que mantém as biomoléculas em seu estado iônico
ótimo.
Tampões são substâncias (ácidos/bases fracas) que, em solução aquosa, dão a estas soluções
a propriedade de resistir às variações do seu pH quando às mesmas são adicionadas quantidades
relativamente pequenas de ácido (H+) ou base (OH-). Um sistema tampão consiste de um ácido
fraco (o doador de prótons H+) e sua base conjugada (o receptor de prótons). Por exemplo, a
mistura de concentrações iguais de ácido acético (CH3COOH) e do íon acetato (CH3COO-), é um
sistema tampão, pois, quando cada forma desse ácido (protonada ou não) se encontra 50% presente
(quando o pH = pKa) [Revisar Equilíbrio Químico], existem formas 50% capazes de aceitar um
próton (a base conjugada do ácido acético, CH3COO-) e 50% capazes de doar um próton à solução
aquosa (o próprio ácido acético, CH3COOH).
Um exemplo de um sistema tampão natural é o sistema tampão bicarbonato. Nos animais
com pulmões, esse sistema é um tampão fisiológico efetivo em valores de pH próximos a 7,4,
porque o H2CO3 do plasma sanguíneo está em equilíbrio com um reservatório de CO2(gás) de
grande capacidade localizado nos espaços aéreos dos pulmões.

Bibliografia Básica

LENINGHER, A.L., NELSON, D.L., COX, M.M. 1995. Princípios de Bioquímica. 2.ed., São
Paulo: Savier. 839p.
BERG, J. M., TYMOCZKO, J.L., STRYER, L. 2004. Bioquímica. 5ª. ed., Rio de Janeiro:
Guanabara Koogan. 1104 p.
CAMPBELL, M. K. Bioquímica. 2001. 3ª. ed., Porto Alegre: Artmed. 752 p.
CONN, E.E.; STUMPF, P.K. 1986. Introdução à Bioquímica. 4ª. ed., São Paulo: Edgar Blutcher.
525 p.
NELSON, D.L.; COX, M.M., 2000. Lehninger – Princípios de Bioquímica, 3ª. ed., São Paulo:
Sarvier. 975 p.