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Apostila Bioquimica 2

Apostila Bioquimica 2

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1. A estrutura secundária é definida pela conformação local do esqueleto de ligações peptídicas
que compõe o eixo da proteína. Esta conformação local pode ser explicitamente expressa
através dos ângulos phi (φ) e psi (ψ) (vide Módulo 3). Em geral, certas combinações de
ângulos phi (φ) e psi (ψ) são permitidas enquanto outras não são permitidas devido a
impedimentos estéricos entre âtomos de grupos vizinhos. Este princípio pode ser resumido
numa diagrama de Ramachandran (Figura 1).

Figura 1: Diagramas de Ramachandran. Esquerda: Estruturas secundárias correpondentes às
combinações estericamente permitidas para angulos phi e psi. Direta: ângulos observados para
todos as ligações em 12 proteínas com estruturas de alta resolução determinadas por
cristalografia.

β

β

α

α

18

Figura 2: α-hélice.

Figura 3: Folha β pregueada.

2. Há duas estruturas secundárias principais: α-hélice (Figura 2) e folha β pregueada (Figura 3),
que são estruturas organizacionais regulares e repetitivas. Estas duas estruturas podem ser
caracterizadas por combinações de angulos phi e psi (Figura 1) adotadas pela cadeia principal.
Além de α-hélice e folha β, as proteínas globulares mostram também alças de formas definidas,
mas irregulares e não repetitivas.
3. A estrutura terciária descreve o arranjo tridimensional da cadeia principal da proteína, incluindo a
disposição espacial das cadeias laterais dos aminoácidos. Há muitas possibilidades de arranjos
tridimensionais para a estrutura terciária das proteínas.
a. As propriedades bioquímicas e biológicas de uma proteína são determinadas pelo arranjo
tridimensional de sua cadeia, isto é, pela sua estrutura terciária. Logo, nas condições
fisiológicas a proteína adquire uma estrutura terciária bem definida e necessária à sua
função, que é conhecida como estrutura nativa. O desarranjo da estrutura terciária leva à
perda de função da proteína, processo que é genericamente chamado de desnaturação.
b. Em proteínas pequenas da estrutura primária define a estrutura terciária nativa da proteína.
Nestes casos os processos de desnaturação e renaturação da estrutura da proteína são
reversíveis. A estrutura nativa é a conformação da proteína de menor nível de energia livre
(G) e é alcançada espontaneamente (processo exergônico). O exemplo clássico desse
comportamento é dado pela proteína Rnase A, uma enzima que no seu estado nativo
catalisa a hidrólise de RNA. Para proteínas grandes o processo de desnaturação é
irreversível e o fenômeno de alcance da conformação nativa é complexo e ainda mal
entendido.

19

c. A estrutura tridimensional das proteínas é mantida por ligações fracas como pontes de H,
ligações iônicas e interações hidrofóbicas. A exceção é a ponte de dissulfeto (-S-S-) que,
apesar de covalente, é importante na manutenção da conformação nativa de proteínas.
d. Proteínas possuem muitos grupos ionizáveis através de reação ácido-base, cujos pKs variam
enormemente. O pI de uma proteína é definido como pH da solução na qual a carga líquida
da molécula de proteína é nula.
4. Existem muitas maneiras diferentes para apresentar estruturas tridimensionais de proteínas.

Estrutura de mioglobinade baleia, uma proteína globular típica

Fita (azul = Hφ)

modelo “space-filling”

Topografia
de superfície

20

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