AMALI 6 MENGUKUR KEPELBAGAIAN GENETIK Tujuan Teori : Genetik merupakan bidang sains yang mengkaji fenomena pewarisan dan

variasi dalam kesemua makhluk hidup, sama ada manusia mahupun bakteria. Kromosom adalah satu molekul makro DNA, yang mana ia adalah unit asas DNA dalam satu sel. Kromosom terdiri daripada kumpulan gen-gen dan ekspresi luar gen (individu phenotype) boleh mempunyai perbezaan yang besar. Ini kerana gen-gen mempunyai bentuk alternatif yang dikenali sebagai allele. Perbezaan yang dapat dilihat adalah disebabkan variasi di mana allele hadir di dalam pembentukan genetik individu. Sel-sel hidup yang menghasilkan generasi sel-sel anak memindahkan maklumat genetik nya melalui kromosom dengan bilangan yang sama, kecuali sel gamet. Bentuk dan saiz kromosom adalah berlainan mengikut organisma tertentu. Maklumat genetik perlu berinteraksi bersama faktor luaran yang lain seperti permakaman dan persekitaran untuk menentukan faktor fizikal dan perlakuan organisma secara keseluruhan. Gen adalah linear DNA yang merupakan unit yang berfungsi pada kromosom atau plasmid. Keseluruhan maklumat bagi struktur dan fungsi sesuatu organisma telah dikodkan dalam gen nya. Bagi sesetengah maklumat yang dikodkan oleh gen hanya menentukan satu ciri, tetapi bagi sesetengah lokus (lokasi) bagi gen yang sama boleh membawa maklumat yang berlainan. Gen yang mempunyai maklumat yang berlainan pada lokus yang sama dinamakan alel. Gene pool spesies adalah himpunan alel-alel daripada gen-gen di dalam sesebuah spesies. Alel terbentuk kerana adanya perbezaan kecil (variasi) pada satu atau sejumlah urutan tertentu. Lokus yang memiliki alel dalam suatu populasi dikatakan bersifat polimorfik dan yang sebaliknya, dikatakan bersifat monomorfik (satu bentuk) apabila tidak memiliki variasi. Disebabkan gen atau segmen DNA dapat di ekspresi kan menjadi suatu fenotip tertentu, adanya alel dapat :Untuk mengkaji dan mengukur diversiti genetik

mengakibatkan perbezaan ciri-ciri fizikal di antara individu-individu dalam suatu populasi. Variasi adalah perbezaan dalam kalangan organisma yang sama spesies dari segi fenotip mahupun genotip. Fenotip merupakan ciri fizikal yang boleh dilihat seperti paras rupa, warna kulit dan lain-lain. Fenotip di[pengaruhi oleh genotip dan persekitaran. Genotip adalah kandungan genetik dalam sesuatu organisma. Genotip tidak boleh dilihat dengan mata kasar dan bergantung kepada pewarisan gen daripada induk-induk organisma.

TUGASAN Anda bertugas untuk sebuah agensi pemuliharaan dan berdepan dengan satu krisis : sebuah kawasan dengan enam jenis tanah lembap yang berbeza, yang diketahui hanya tanah bagi dua jenis orkid liar yang sedang dibangunkan menjadi kawasan perindustrian. Organisasi anda hanya mampu membeli dan menjaga empat tanah sahaja. Mana satu kah antara keenam-enam tanah yang harus dijaga? Dua daripadanya ialah tanah lembap, tiga lagi adalah paya bersama dengan populasi Pterostylis isozymus. Tiga jenis paya yang lain merupakan satu-satunya populasi yang paling berkait rapat tetapi spesies yang jauh Pterostylis polyzymous tinggal. Anda menghantar sampel daun ke sebuah kolej untuk analisa genetik, dan menerima data seperti di bawah, iaitu di dalam satu bentuk gel protein yang

elektroforesis

untuk

lokus

allozyme

polimorfik bagi kedua-dua spesies. Lokus tersebut mempunyai dua alel, Cepat dan Perlahan kerana mereka bergerak pada kadar yang berbeza merentasi gel tersebut, di mana allele yang cepat berada di bawah allele yang perlahan.

Langkah 1 Untuk mengukur bagaimana variasi genetik tersebar di antara populasi, frekuensi allele perlu dikenal pasti di dalam setiap populasi. Lokus alozyme mempunyai dua bentuk. Identiti bagi setiap allele di dalam setiap individu ditunjukkan melalui banding pattern yang ada di dalam gel. Sebagai contoh, individu pertama di baris pertama di dalam gel pertama adalah heterozygous, di mana dua allele tersebut adalah berbeza dan diwakili oleh simbol (+) bagi kedua-dua cepat dan perlahan. Sebaliknya, individu di baris kedua ialah homozygous, yang mempunyai satu band mewakili dua allele perlahan. Tentukan frekuensi allele di dalam setiap populasi bagi allele cepat (p) dan allele perlahan (q) dengan mengira bilangan allele bagi individu di dalam setiap populasi (homozygote mempunyai dua allele yang sama, oleh itu anda perlu mengira + dua kali ganda, dan jumlah bagi allele bagi 15 individu tersebut ialah 2 x 15 = 30. Bahagikan jumlah tersebut dengan jumlah allele yang hadir dai dalam populasi tersebut (sentiasa sama dengan dua kali ganda bilangan individu).

Pterostlylis isozymus

Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)

Pterostlylis isozymus

Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)

Pterostlylis isozymus

Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)

Pterostlylis polyzymus

Populasi 1 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)

Pterostlylis polyzymus

Populasi 2 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)

Pterostlylis polyzymus

Populasi 3 (individu 1 hingga 15 dari kiri ke kanan)

Langkah 2 Anda perlu mengukur perbezaan genetik di antara populasi tersebut. Biasanya Wrights Fixation Index or Fst digunakan, dari julat 0 yang mewakili tiada perbezaan antara populasi tersebut, meningkat, menandakan kenaikan perbezaan. Untuk menentukan Fst, heterozygousity perlu dikira bagi setiap spesies (Hs), dengan menggandakan 2pq bagi setiap satu populasi dan mengira nilai purata bagi ketiga-tiga populasi untuk setiap spesies. Frekuensi alel bagi Pterostylis isozymus Alel cepat, p Populasi 1 7/30 = 0.23 23/30 = Alel perlahan, q 0.77 2(0.23)(0.77) = 0.35 Populasi 2 18/30 = 0.60 12/30 = 0.40 2(0.60)(0.40) = 0.48 Populasi 3 26/30 = 0.87 4/30 = 0.13 2(0.87)(0.13) = 0.23 Purata (Hs) 0.35 2xpxq

Frekuensi alel bagi Pterostylis ipolyzymus Alel cepat, p Populasi 1 18/30 = 0.6 12/30 = Alel perlahan, q 0.4 2(0.60)(0.40) = 0.48 Populasi 2 16/30 = 0.53 14/30 = 0.47 2(0.53)(0.47) = 0.50 Populasi 3 22/30 = 0.73 8/30 = 0.27 2(0.73)(0.27) = 0.40 Purata (Hs) 0.46 2xpxq

Langkah 3 Kira heterozygosity jika ketiga-tiga populasi meneruskan pembiakan, (Ht). Lakukan kiraan dengan mencari purata bagi p dan q ke atas ketiga-tiga populasi bagi setiap spesies, digandakan dengan 2 x purata p x purata q. Jangkaan frekuensi heterozygote di dalam populasi ini dikatakan mempunyai kawasan pembiakan yang besar dengan tiadanya perbezaan genetik pada tahap populasi biasa.

Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis isozymus Alel cepat, p Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi alel 7/30 = 18/30 = 26/30 = 0.23 0.60 0.87 23/30 = 12/30 = 4/30 = 1.3/3 = 0.43 Alel perlahan, q 0.77 0.40 0.13

1.70/3 = 0.57

(Ht)

= 2pq = 2(0.57)(0.43) = 0.49

Jangkaan heterozygosity (Ht) bagi Pterostylis polyzymus Alel cepat, p Populasi 1 Populasi 2 Populasi 3 Purata frekuensi alel 18/30 = 16/30 = 22/30 = 1.8/3 = 0.62 0.60 0.53 0.73 23/30 = 14/30 = 8/30 = Alel perlahan, q 0.40 0.47 0.27

1.14/3 = 0.38

(Ht)

= 2pq = 2(0.62)(0.38) = 0.47

Langkah 4 Anda perlu mengira jumlah local, dengan variasi populasi. Frekuensi sisihan bagi heterozygotes di dalam populasi yang berasingan, (Hs) perlu dicari jika mereka adalah dari populasi besar yang sama, (Ht), sertakan indeks jumlah variasi genetik yang ditemui di dalam satu populasi local. Oleh itu, Fst = (Ht - Hs) / Ht, di mana nilai Fst < 0.1 menunjukkan nilai divergen yang besar di dalam populasi (iaitu populasi yang berbeza dari segi genetik antara satu sama lain). Nilai antaranya menunjukkan beberapa divergen genetik.

Rumusan

Pterostylis isozymus Fst = (Ht - Hs) / Ht = 0.49 0.35 / 0.49 = 0.29 Fst > 0.1 , menunjukkan divergen yang besar di antara populasi Pterostylis isozymus.

 Pterostylis polyzymus

Fst = (Ht - Hs) / Ht = 0.47 - 0.46 / 0.47 = 0.02 Fst <0.1 , menunjukkan tiada divergen di antara populasi Pterostylis polyzymus.

Populasi Pterostylis isozymous adalah lebih divergen daripada populasi Pterostylis polyzymous. Oleh itu, populasi Pterostylis polyzymous, adalah sama secara genetik antara satu sama lain.

Perbincangan 1. Adakah populasi bagi setiap spesies adalah berbeza antara satu sama lain? Adakah sesuatu spesies mempunyai lebih diversiti antara populasi daripada yang lain? Yang mana satu? Populasi bagi setiap spesies adalah berbeza adalah berlainan antara satu sama lain. Berdasarkan data yang diperoleh, wujud spesies yang mempunyai diversiti antara populasi yang lebih tinggi daripada yang lain. Bagi memiliki diversiti genetik yang tinggi dalam sesebuah variasi populasi, Fst yang dikumpul mestilah lebih daripada 0.1 di mana ia menunjukkan divergen yang besar daripada populasi.

2. Bagaimanakah anda peruntukkan dana yang terhad bagi pemerolehan tanah lembap? Jelaskan dengan wajar keputusan anda di dalam konteks memelihara jumlah genetik diversiti yang maksimum yang menggambarkan kedua-dua spesies. Saya akan memilih genetik yang menunjukkan diversiti genetik yang tinggi antara populasi tersebut. Dana itu kemudiannya digunakan untuk memulihara tanah lembap yang mempunyai diversiti genetik yang tinggi untuk mendapatkan populasi yang baik.

3. Apakah pertimbangan selain genetik yang akan mempengaruhi pilihan anda? Selain daripada faktor genetik, saya akan melihat kepada faktor lain seperti spesies yang terancam dan yang terdedah kepada masalah sukar untuk hidup dalam habitat yang sedia ada. Spesies yang semakin berkurangan dalam persekitaran perlu dipelihara bagi mengelakkannya daripada pupus. Kepupusan ini akan memberi impak yang besar kepada sistem ekosistem. Selain itu, saya juga akan mengambil kira tahap kualiti persekitaran pembiakan spesies, saiz populasi dan sumbangannya terhadap ekosistem.

4. Diberi bahawa kedua-dua allele pada lokus yang dikaji ditemui bagi setiap spesies. Mengapakah lebih daripada satu populasi akan wujud bagi setiap spesis yang dilindungi? Kebiasaannya, setiap satu populasi, mereka akan dilindungi apabila diversiti genetik dalam populasi tersebut berbeza antara satu sama lain dan kemungkinan terdapat variasi antaranya. Populasi yang bervariasi genetik yang tinggi menunjukkan bahawa semakin tinggi peluang kepada populasi tersebut untuk hidup.

5. Melalui pembacaan oleh Eldridge (1998) yang bertajuk Trouble in Paradise, bagaimanakah saintis memaksimumkan diversiti genetik bagi pengenalan semula populasi? Mengapakah mereka tidak memilih hanya sejenis haiwan dari pulau tersebut? Berpandukan pembacaan yang telah dilakukan, saintis sedaya upaya

memaksimumkan diversiti genetik bagi memperkenalkan semula populasi dengan memilih haiwan atau pulau yang berbeza. Ini adalah kerana haiwan daripada spesies yang sama tetapi berlainan persekitaran (pulau) mempunyai peluang untuk

terbentuknya populasi yang pelbagai. Haiwan daripada satu pulau sahaja akan mempunyai profil identiti yang sama dan kajian yang telah dijalankan menunjukkan populasi di pulau itu akan mengalami kekurangan variasi genetik. Apabila hanya satu haiwan sahaja yang dipilih, kemungkinan besar ia akan terkena penyakit dan mati kemudiannya.