Escolar Documentos
Profissional Documentos
Cultura Documentos
haploidni genom ovjeka ima 3,164,700,000 parova baza 1 m (promjer jezgre je oko 10 m) zbog slaganja parova baza DNA je razmjerno kruta molekula
veliina genoma raste prema viim organizmima (bakterija - 3 Mpb; ovjek - 3000 Mpb)
funkcionalna jedinica genoma odsjeak DNA koji kodira za polipeptidni lanac ili molekulu RNA nastanak genskog produkta prijenos genske poruke: DNA RNA PROTEIN
Pan troglodytes
30.000 gena 98% homologije
Mus musculus
30.000 gena 90% homologije
Danio rerio
30.000 gena 85% homologije
D. melanogaster
13.600 gena 36% homologije
Gen
Ekspresija gena
A. thaliana
25.000 gena 26% homologije
S. cerevisiae
6.275 gena 23% homologije
C. elegans
19.000 gena 21% homologije
E. coli
4.800 gena 7% homologije
Southern (DNA) blot analiza ispituje prisutnost odreenog slijeda nukleotida u DNA pomou specifine hibridizacije s DNA-sondom
4. prijenos DNA (blot) na nitroceluloznu membranu 5. fiksiranje DNA za membranu (temperatura, UV) 6. hibridizacija s obiljeenom sondom 7. detekcija
Stanina DNA pokidana EcoRI restrikcijskim enzimom i razdvojena elektroforezom u 0,7% agaroznom gelu (lijevo), southern blot analiza specifinog gena (desno)
Lananom reakcijom polimeraze moemo u svega nekoliko sati dobiti milijarde identinih kopija nekog ciljanog fragmenta DNA
Ciklus 1
Ciklus 2
SYBR Green je boja koja fluorescira samo kad je vezana da dvolananu DNA
Poetnica iji slijed nije identian slijedu baza u genu (koja ima nesparenih baza) slabije e se vezati te e doi do njezine manje razgradnje i posljedino manjeg signala.
SSCP
Polymorphism
temelji se na injenici da jednolanane molekule DNA iste duljine, no razliite sekvence tijekom nedenaturirajue elektroforeze putuju razliitim brzinama
zbog stvaranja sekundarnih struktura koje ovise o slijedu nukleotida
Razlike u slijedu nukleotida uzrokuju razliitu elektroforetiku pokretljivost Postojanje vie od dvije vrpce upuuje na heterozigotni genotip (mutaciju)
Alel-specifine poetnice
RT-PCR
za analizu molekula mRNA (ekspresije gena) prije lanane reakcije polimeraze mRNA se pretvara u DNA pomou reverzne transkriptaze
nastaje tzv. cDNA (komplementarna DNA)
semikvantitativna metoda
omoguava samo relativnu usporedbu ekspresije ispitivanog i referentnog gena
DNA-mikroip tehnologija
toksikoloka istraivanja
Toksikogenomika
GeneChip Human Genome U133 Set
preko 1.000.000 oligonukleotida koji identificiraju 39.000 specifinih transkripata 33.000 gena
unos u E. coli
guteraa
mRNA za proinzulin
cDNA za proinzulin
rekombinantni plazmid
transformirana bakterija
Transgenini organizmi mogu eksprimirati strane gene koje imaju ugraene u svojoj DNA
Ekspresiju nekog gena mogue je inhibirati pomou protusmislene DNA (ili RNA)
Mi kome su ugraene dodatne kopije gena za hormon rasta bio je dvostruko vei od normalnog mia.
Protusmislena (engl. antisense) DNA (ili RNA) komplementarna je s mRNA koju elimo inhibirati
RNA interferencija (RNAi) temelji se na svojstvu malih dvolananih RNA da potaknu razgradnju homologne mRNA
mutirani gen
homologna rekombinacija
Homolognom rekombinacijom s mutiranim genom mogue je ukloniti normalnu kopiju gena iz genoma.