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ClustalW - Ferramenta para Alinhamento mltiplo de seqncias

Introduo
Este documento descreve a ferramenta ClustalW[1] um pro!rama para alinhamento
mltiplo de seqncias" # documento cita os m$todos e al!oritmos utili%ados pelo
pro!rama assim como tratamentos espec&ficos reali%ados pela ferramenta como por
e'emplo o tratamento de gaps durante o alinhamento"
O Problema
E'istem v(rias t$cnicas que podem ser utili%adas para resolu)*o do pro+lema de
alinhamento mltiplo de seqncias[,-] dependendo do pro+lema que ser( tratado dentre
as t$cnicas cita-se.
1" Alinhamento Mltiplo timo. /evido a comple'idade da solu)*o ser muito
custosa pro+lema 01-dificil esta a+orda!em $ muito pouco utili%ada pois
somente resolve pro+lemas com pouqu&ssimas seqncias2
," Alinhamento progressivo. 3 a a+orda!em utili%ada pelo ClustalW onde a
solu)*o n*o $ 4tima mas !era um alinhamento com pouca perda de
qualidade em tempo aceit(vel para uma quantidade ra%o(vel de seqncias"
-" Alinhamento com heursticas. A+orda!em utili%ada quando se quer alinhar
uma !rande quantidade de seqncias i"e" seqncias de uma +ase de dados"
Exemplos de uso
# pro+lema de alinhamento mltiplo pode ser usado em casos dentre eles.
Encontrar padr5es que caracteri%am fam&lias de seqncias
/etectar ou demonstrar homolo!ia entre novas seqncias
A6udar a predi%er as estruturas secundarias e terci(rias de novas seqncias
7u!erir #li!onucleotideos prim(rios para 1C8
Analise da evolu)*o nuclear
A Ferramenta
ClustalW $ um pro!rama para alinhamento mltiplo de seqncias usado para a
analise de prote&nas e nucleot&deos" A ferramenta disp5e de um am+iente inte!rado para
leitura de arquivos em v(rios formatos alinhamento de seqncias alinhamento via de
profiles e analise de resultados"
A ferramenta est( dispon&vel !ratuitamente na internet no site.
http.99:::-i!+mc"u-stras+!"fr9;io<nfo9
#nde tam+$m o Clustal=[>] vers*o +aseada no clustalW com interface
ami!(vel?com 6anelas menus a6uda@"
O Processo
# A$todo usado pelo clustalW para o alinhamento mltiplo de seqncias $ o
Alinhamento pro!ressivo" Este m$todo pode ser dividido em trs passos nos quais cada
passo !era informa)*o necess(ria para o passo se!uinte" # primeiro passo $ respons(vel por
!erar a matri% de distancias entre as seqncias de entrada essa matri% contem valores
percentuais relatando qu*o pr4'imas est*o duas seqncias quaisquer de entrada" 0o
se!undo passo $ !erara a arvore !uia para o ultimo passo pode ser vista como uma arvore
filo!en$tica apesar de ser uma apro'ima)*o dela" 0o ltimo passo $ feito o alinhamento
em si usando a arvore do passo anterior como !uia durante o processo"
Passo Um: Alinhamento Par a Par
0este passo $ feito o alinhamento par a par de todas as seqncias de entrada" 1ode-
se escolher qual o al!oritmo que ser( usado neste passo B( duas escolhas a escolha padr*o
$ o alinhamento via pro!rama)*o dinCmica usando o Al!oritmo de ADers e Ailler [E]
modificado a se!unda escolha $ o al!oritmo de Apro'ima)*o 8(pida de Wil+ur e Fipman
[G]"
Algoritmo de Myers de Miller
# Al!oritmo de ADers e Ailler tem a
vanta!em de ser um al!oritmo que usa espa)o linear
para o c(lculo do alinhamento entre duas
seqncias apesar de perder um pouco em tempo
de e'ecu)*o" A economia de mem4ria se +aseia no
fato de que durante o alinhamento via pro!rama)*o
dinCmica descrito por 0eedleman e Wunsch cada
entrada na matri% pode ser calculada apenas com o
valor dos trs vi%inhos" /esse modo pode-se usar
apenas um vetor para arma%enar cada linha e duas
vari(veis para os valores da ultima coluna e ultima
dia!onal !erando o escore do alinhamento do modo
descrito na fi!ura"
Aatri% de distCncias
Hera)*o da
(rvore
Alinhamento

# al!oritmo de ADers e Ailler encontra o alinhamento n*o apenas o escore
encontrando o ponto m$dio do alinhamento e dividindo o pro+lema em dois su+pro+lemas"
# ponto da divis*o $ a entrada que fa% parte do alinhamento 4timo que est( na linha do
meio este ponto pode ser encontrado a partir dos vetores de alinhamento parcial na linha do
meio"
Referncias
[1] Ihompson J"/" Bi!!ins /"H" and Hi+son I"J" ?1KK>@ CFL7IAF W. improvin! the
sensitivitD of pro!ressive multiple sequence ali!nment throu!h sequence
:ei!htin! positions-specific !ap penalties and :ei!ht matri' choice" 0ucleic
Acids 8esearch ,,.>GM-->GNO"
[,] 8eferencia Fivro1 ver com Patia
[-] 8eferencia Fivro,
[>]