Los hongos son importantes herramientas biotecnolgicas. La biotecnologa es la tecnologa
basada en biologa, especialmente usada en farmacia, ciencia de los alimentos, y medicina. La biotecnologa tiene aplicaciones en importantes areas industriales como lo son la atencin de la salud, con el desarrollo de nuevos enfoques para el tratamiento de enfermedades. La biotecnologa roja se aplica a la utilizacin de biotecnologa en procesos mdicos. Algunos ejemplos son la obtencin de organismos para producir antibiticos, el desarrollo de vacunas mas seguras y nuevos frmacos, los diagnsticos moleculares, las terapias regenerativas y el desarrollo de la ingeniera gentica para curar enfermedades a travs de la manipulacin gentica. Los hongos tienen un metabolito del mecanismo antagnico que es la penicilina, esta se ha desarrollado en una gran industria para el descubrimiento, separacin y comercializacin de nuevos antibiticos. Entre los hongos medicinales mas importantes destacan varias especies del genero Penicillium, como el Penicillium notatum y Penicillium chrysogenicum, de los que se extrae la penicilina.