1. Apakah artinya bila indeks kemurnian <1,75? Perlu dilakukan apa?

Bila indeks kemurnian DNA <1,75 menandakan masih terdapat adanya protein
(terkontaminasi protein) dalam DNA, hal tersebut kemungkinan terjadi saat proses
pengendapan DNA, sehingga benang-benang kromosom masih bercampur dengan
protein, yang perlu dilakukan yaitu melakukan isolasi ulang dengan pengendapan protein
kembali.

2. Mengapa pada isolasi DNA darah, sel darah merah harus dilisiskan?
Pada isolasi DNA, sel darah yang digunakan adalah sel darah putih (leukosit) karena
sel darah putih memiliki nucleus (inti), sehingga terdapat DNA genom. Sel darah merah
harus dilisiskan agar dapat dipisahkan dari sel darah putih, karena sel darah merah tidak
memiliki nucleus (inti), sehingga tidak mengandung DNA genom.

3. Jelaskan prinsip dan teknik isolasi dan purifikasi DNA?
Prinsip utama isolasi DNA adalah melisiskan sel, memisahkan DNA dari protein,
mengendapkan DNA, melarutkan kembali DNA, menghitung jumlah DNA yang
diperoleh dan menilai kemurnian DNA. Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan
memisahkan DNA dari bahan lain seperti protein, lemak dan karbohidrat. Prinsip isolasi
DNA ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk
memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang
mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan
akan berada pada bagian atas tabung. Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam
fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah
(Campbell dkk. 2002: 115). Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk
mengendapkan suatu komponen dari campuran (Alberts dkk. 1994: 254).

Teknik utama dari isolasi DNA adalah:
Nama :Riana Eka Emas Santi
Nim : 04011181320010
Kelas : PSPD B 2013



1) Penghancuran dinding sel.
2) Lisis sel dengan menggunakan deterjen keras (SDS atau Triton X).
3) Membersihkan debris sel dengan proteinase.
4) Pencucian dengan menggunakan alkohol

Tahapan teknik isolasi DNA, yaitu:
1) Penghancuran membran sel dengan Cell Lysis Solution (CLS)
2) Penghancuran membran inti dengan Nuclei Lysis Solution (NLS)
3) Pengendapan protein dengan Protein Precipitation Solution (PPS)
4) Pencucian DNA dengan isopropanol dan alkohol 70%
5) Rehidrasi DNA dengan Rehidration Solution

Tujuan sentrifugasi:
1) Sentrifuge pertama bertujuan untuk memisahkan nukleus dari sitoplasma
2) Sentrifuge kedua bertujuan untuk memisahkan DNA dari isi nukleus
3) Sentrifuge ketiga bertujuan untuk mengendapkan protein yang telah dipresipitasi

4. Jelaskan fungsi larutan-larutan yang digunakan pada isolasi DNA?
Beberapa larutan yang digunakan pada isolasi DNA, antara lain:
a. Larutan lysis I
Fungsinya untuk meresuspensi pelet sel bakteri setelah pemanenan menggunakan
sentrifus. EDTA sebagai kelator untuk mengikat ion Mg2+ untuk inaktivasi enzim
DNase, glukosa untuk menyamakan potensial osmotik sel selama proses lysis
menggunakan SDS agar sel bakteri tidak meledak seketika.
b. Lysis solution
Fungsinya untuk melisiskan sel dengan cara melarutkan membran sel (oleh SDS),
dan mendenaturasi DNA kromosol namun tidak mendenaturasi DNA plasmid. DNA
plasmid tidak terdenaturasi karena sifatnya yang covalently closed circular DNA
(cccDNA)
c. Neutralizing solution
Fungsinya untuk menetralisir pH menghentikan denaturasi DNA kromosomal
sehingga terbentuk presipitat DNA kromosom yang menempel dengan debris seluler,
dan memisahkan DNA plasmid yang larut di dalam supernatan.
d. TNES urea
Fungsinya sebagai pelisis membrane sel
e. Proteinase
Fungsinya sebagai enzim yang dapata mendegradasi protein
f. RNAse
Fungsinya sebagai enzim yang dapat mendegradasi RNA
g. PCIAA (Phenol Chlorofom Isoamyl Alcohol)
Fungsinya untuk memisahkan komponen lipid dan polisakarida dari larutan
h. Etanol absolut
Fungsinya untuk presipitasi DNA
i. Etanol 70%
Fungsinya untuk memurnikan DNA
j. TE (Tris-EDTA)
Fungsinya sebagai pelarut DNA atau RNA
k. Buffer Ekstraksi
Fungsinya untuk melisiskan membrane sel dan membrane fosfolipid bilayer