Você está na página 1de 42

Nukleorgtys

Martyna Petrulyt
Lietuvos Sveikatos Moksl
Universitetas
Nukleorgtys
Nukleorgtys tai didels
polimerins molekuls,
sudarytos i monomer,
vadinam nukleotidais,
kurie tarpusavyje yra
sujungti fosfodiesteriniais
ryiais (kovalentini ryi
tipas).
Skiriamos dvi nukleorgi
klass:
deoksiribonukleorgtys
(DNR) ir
ribonukleorgtys (RNR).

Sandara
Visos nukleorgtys sudarytos
i toki komponent:
Azotini bazi
(heterociklini jungini)
Pentozs (monosacharido,
turinio 5 anglies atomus)
Forforo rgties liekanos.
Heterociklinis junginys ir
monosacharidas kartu vadinami
nukleozidu, o nukleozidas su
fosforo rgtimi, t.y., visi trys
komponentai kartu
nukleotidu.

Nukleobazs
Nukleorgi azotins bazs
bna dviej tip:
Purinai (adeninas (A) ir
guaninas (G)), kuri molekuls
yra dviieds;
Pirimidinai (citozinas (C),
timinas (T), uracilas (U)), kuri
molekuls yra vienaieds.
Mintos azotins bazs jungiasi
prie pentozs (ribozs RNR
molekulje arba deoksiribozs
DNR molekulje) 1 C atomo.
Nukleobazs
Azotinms bazms bdinga tautomerija -
dinamin izomerijos bsena, kurios metu
vyksta grtamas struktrini izomer
virsmas, migruojant judriai grupei tarp dviej
ar keli molekuls centr. Tautomerija gali
bti dviej form: laktamo (ketonin) ir
laktimo (enolin), kurios skiriasi vandenilio
(H) atomo ir dvigubos jungties (=) vieta.
Purino bazi tautomerija
Adeninas (iminas)
H
H
NH
N
N
N
N
N
N
N
N
N
H
2
H
Adeninas (aminas)
Guaninas (laktamas)
N
N
N
N
O
N
H
H
2
H
N
N
N
N
N
OH
H
H
2
Guaninas (laktimas)
Pirimidino bazi tautomerija
NH
2
H
N
N
O
Citozinas (laktamas) Citozinas (laktimas)
N
N
N
HO
H
2
NH
H
N
N H
O
NH
2
H
N
N
O
>>
Citozinas (aminas) Citozinas (iminas)
Timino tautomerija
Timinas (laktamas) Timinas (laktimas)
N
N
O
O
CH
3
H
H
HO
N
N
CH
3
OH
Pentoz
Pentoz yra nukleotiduose esantys
monosacharidai (riboz RNR
molekulje ir deoksiriboz DNR
molekulje). Bendra formul yra
(CH2O)5.
Deoksiriboz nuo ribozs skiriasi tuo,
jog deoksiribozje prie 2 anglies
atomo jungiasi ne hidroksilo grup
(-OH), o vienas vandenilis (H).
Priedlis deoksi- rodo vieno
deguonies atomo trkum. Prie
pentozs 1 C atomo prisikabina
azotin baz, o prie 5 C atomo
fosfato liekanos.
NB! Pentozje esantys anglies atomai
ymimi su enklu trich (), pvz., 1C.
Heterociklins bazs anglies atomai
ymimi paprastai skaiiumi bei C
raide (pvz., 2 C).

Fosfato liekana
Fosfatins grups DNR ar RNR
molekulje turi neigiam krv,
t.y. pasiymi rgtinmis
savybmis. Tai suteikia
nukleorgtims neigiam
krv, todl elektriniame lauke
jos juda link anodo.
Laisvi nukleotidai paprastai turi
tris fosfatines grupes, taiau
jungiantis nukleotidams
polinukleotidines grandines dvi
fosfato grups atskyla, todl
nukleorgtyse kiekvien
pentoz jungia viena fosfato
liekana.

Fosfato liekana
Nukleozidtrifosfatuose
(arba nukleotiduose)
jungtys tarp pirmos ir
antros bei antros ir treios
fosfatini grupi yra
nestabilios, todl joms
skylant isiskiria didelis
energijos kiekis. Dl ios
prieasties tokios jungtys
vadinamos
makroerginmis
(didiaenerginmis).
Fosfato liekana
Jungiantis nukleotidams (pvz., DNR sintezs metu), nuo
kiekvieno atskyla po dvi fosforo rgties molekules (kartu
jos vadinamos pirofosfatu), o isiskirianti energija
naudojama jungtims tarp fosfato grups ir pentozs
cukraus sudaryti.

Polinukleotidins grandins susidarymas


Nukleotid pavadinim sudarymas

Azotins
bazs
pavadinim
as

Bazs tipas


Nukleozido
pavadinimas

Nukleotido pavadinimas, kai fosforo rgties liekan yra:
viena dvi trys
-monofosfatas -difosfatas -trifosfatas
Adeninas purinas Adenozinas Adenozin- AMP ADP ATP
Guaninas purinas Guanozinas Guanozin- GMP GDP GTP
Citozinas pirimidinas Citidinas Citidin- CMP CDP CTP
Timinas pirimidinas Timidinas Timidin- TMP TDP TTP
Uracilas pirimidinas Uridinas Uridin- UMP UDP UTP
Jei nukleorgtis turi deoksiriboz, tada prie pavadinimo prisids priedlis deoksi-. Jei nukleorgtyje
yra riboz, priedlio nepridedame. Pavyzdiui, dATP - deoksiadenozintrifosfatas - naudojamas DNR
replikacijoje kaip statybin mediaga, o RNR sintezje naudojamas adenozintrifosfatas (ATP).
Polinukleotidin grandin
Jungiantis nukleotidams, susidaro polinukleotidin
grandin. Viename jos gale lieka laisvas fosfatas,
prisijungs prie 5C atomo, todl is galas vadinamas
5 galu. Kitame gale lieka laisva OH grup, prisikabinusi
prie pentozs 3C atomo. is galas vadinamas 3 galu.
NB! Raant polinukleotidines sekas, btina nurodyti gal numerius.
Nukleorgi palyginimas
DNR
DNR molekulje
kaupiama visa
genetin informacija,
reikalinga organizmui
vystytis, funkcionuoti
ir reprodukuotis.
DNR yra universali
paveldimumo
mediaga.

RNR
RNR pagrindin atliekama funkcija yra
paversti genetin informacij, ukoduot
DNR sekoje, aminorgi sek baltymo
molekulje.

Nukleorgi palyginimas
DNR
Dvigrand molekul
(grandines palaiko
vandeniliniai ryiai, kurie
susidaro tarp komplementari
azotini bazi)
Nukleotide cukrus yra
deoksiriboz
DNR molekulei bdingos
bazs yra A, G, C ir T.
C-H ryiai DNR molekulje daro
ja stabilia
RNR
Vienagrand molekul
Nukleotide cukrus yra riboz
RNR molekulei bdingos
bazs yra A, G, C ir U
(pakeiiantis timin).
O-H ryiai RNR molekulje
daro j nestabilia, t.y. ji yra
linkusi reaguoti su aplinkinmis
molekulmis
RNR molekulms negalioja
Chargaffo taisykl.

RNR ir DNR palyginimas

DNR sandara
DNR molekul sudaro dvi antiparaleliai isidsiusios
polinukleotidins grandins.

Komplementarumo principas
Adeninas visuomet jungiasi su
timinu (jei RNR molekul
uracilu), o guaninas - su citozinu.
i taisykl vadinama
komplementarumo principu.
Komplementarioje poroje viena
baz dviied, o kita - vienaied.
Adeninas ir timinas sudaro dvi
vandenilines jungtis, o guaninas ir
citozinas - tris.
Vien dvigubos DNR spirals
vij sudaro 10 nukleotid por,
vijos ingsnis - 3,4 nm, atstumas
tarp nukleotid por 0,34 nm.
Chargaffo taisykls
Purinini ir pirimidinini heterociklini azotini bazi
dvigrandje DNR molekulje yra vienodas kiekis, t.y.:
A +G =T + C
Visose DNR dvigrandse molekulse (o j kai
kuriuose virusuose gali bti ir vienagrandi) adenino
kiekis yra toks pats kaip ir timino, o guanino kiekis lygus
citozino kiekiui, t.y.:
A = T ir G = C
Skirtinose organizm ryse yra skirtingas
nukleotidini bazi skaiius.
DNR sandara
Kaip ir baltymai, taip ir DNR turi
pagrindinius struktros lygmenis:
pirmin, antrin ir tretin
struktras.
Pirmin struktra yra
nukleotid linijin struktra
polinukleotidinje grandinje,
sujungta fosfodiesteriniais ryiais.
Antrin struktra susidaro, kai
polinukleotidins grandins
susijungia vandeniliniais ryiais
bei hidrofobine sveika, ir sudaro
spiral (double-helix).
Tretin struktra yra antrins
struktros isidstymas erdvje.
Dvivij DNR grandin gali bti
linijin arba iedo formos

DNR sandara
DNR molekuls lstels viduje
superspiralizuojasi tam, jog uimt
maesn tr.
DNR dvigubai spiralei glausiau
susisukti trukdo neigiamai krautos
fosfato grups, todl DNR susijungia
su teigiamai krautais baltymais
histonais. Toks DNR ir baltym
kompleksas vadinamas chromatinu.
DNR grandins fragmentas
(daniausiai apie 200 bp (bazi
por)), apsivijs kelis kartus apie
skirtingus atuonis histonus (histon
oktamer), sudaro struktrin
chromatino vienet nukleosom.
Chromatinas
Yra du pagrindiniai chromatino
tipai:
Heterochromatinas tai
labai kondensuotas
chromatinas, kuris bdingas
lstelms, kuriose aktyvi
transkripcija ir DNR sintez
nevyksta.
Euchromatinas - maiau
kondensuotas chromatinas,
jame vyksta aktyvus gen
nuraymas ir DNR sintez.

DNR sandara
DNR skirtingomis
slygomis gali sudaryti
vairias DNR struktras:
B DNR
A DNR
Z DNR

DNR sandara
Vandeniniuose tirpaluose visos DNR yra B formos.
Jei drgm sumainama iki 72% - vyrauja DNR A
forma.
Padidjus drusk koncentracijai sivyrauja DNR C
forma.
DNR denatracija
Dvigubos DNR grandins isivyniojimas, tretins
ir antrins struktros praradimas, vadinamas
denatracija , arba lydymusi.
Denatracijos metu nutrksta vandeniliniai
ryiai, todl grandins atsiskiria. DNR denatracija
vyksta tokiomis slygomis, kai terpje didinama
temperatra, mainama drusk koncentracija,
padidja rgi arba arm koncentracija (keiiasi
pH).
Lydymosi temperatra (Tm) yra tokia
temperatra, kuriai esant atsiskiria pus DNR
molekuli. Fosfodiesteriniai ryiai dentracijos
metu nenutrksta, o nutrksta tik vandeniliniai
ryiai tarp azotini bazi.
Tm reikm priklauso nuo DNR sudties ir tirpalo
koncentracijos. Jei DNR molekulje yra daug G-C
por, DNR lydosi auktesnje temperatroje nei
tada, kai molekulje daug A-T ryi. Todl Tm gali
bti vienas i DNR sandaros rodikli. Jei
temperatra sumaja, disocijavusios
komplementarios DNR grandins gali reasocijuoti
(vyksta renatravimas).
RNR
RNR molekul taip pat
sudaro keli struktros
lygmenys:
Pirmin struktra tai
ribonukleotid grandin,
kuri sutvirtina
fosfodiesteriniai ryiai.
Antrin struktra tai kai
kuri RNR zon sukibimas
kartu. i sveik palaiko
vandenilins jungtys ir
hidrofobin sveika.

RNR struktra
Tretin struktra - tai RNR
polinukleotid struktra,
kuri formuojasi erdvje
vairiai isidstant
spiraliniams ir
nespiraliniams
fragmentams. Paveiksllyje
pavaizduota tretin tRNR
struktra.
Tretin struktr lemia
vandenilins bei jonins
jungtys.
RNR tipai
Pagrindiniai RNR tipai yra:
Ribosomins RNR (rRNR)
Informacin RNR (iRNR, mRNR)
Transportin (pernaos) RNR (tRNR)
Nekoduojanio RNR (ncRNR)
Ribozimai (RNR molekuls, veikianios kaip fermentai)

Informacin RNR (iRNR)
iRNR, dar vadinama mRNR
(messenger RNA) koduoja
baltymo aminorgi sek.
iRNR yra sintetinama nuo
DNR matricos transkripcijos
metu ir nea informacij apie
aminorgi sek
polipeptidinje grandinje
ribosomas, kuriose sintetinami
baltymai.
Transportin RNR (tRNR)
tRNR yra neilgos, dobilo lapo formos ribonukleorgi
grandins, transportuojanios aminorgtis ribosomas.
Kiekvien aminorgt pernea skirtinga tRNR. mogaus
organizme yra 48 skirtingos tRNR. Vadinasi, kai kurias
aminorgtis pernea net kelios tRNR.
Transportin RNR (tRNR)
tRNR bdingas nevienareikmis atitikimas voblingas.
Jungiantis tRNR antikodonui su iRNR kodonu, tik du
pirmieji nukleotidai sudaro komplementarias poras. Tuo
tarpu treiasis nukleotidas tRNR antikodone gali sudaryti
poras su daugiau kaip vienu iRNR kodono nukleotidu.
Pirmin tRNR struktra
Vis tRNR 3 gale yra trij
nukleotid CCA seka, prie kurios
jungiasi aminorgtys.
tRNR viduryje yra trij nukleotid
seka, vadinama antikodonu, kuris
sveikauja su iRNR kodonu.
tRNR bdinga neprastos,
daugiausiai metilintos bazs.
Metilinimas neleidia susidaryti kai
kurioms bazi poroms, todl tos
bazs gali dalyvauti kitose
sveikose, bei suteikia kai kurioms
zonoms hidrofobikum, todl
pagerja sveika su kai kuriomis
molekulmis, pvz., ribosomomis.

Antrin tRNR struktra
tRNR grandin sudaro dobilo lapo formos struktr.
Tretin tRNR struktra
Tretin tRNR struktr
sudaro besisukanti tRNR
molekul apverst L raids
form.
tRNR akceptorinis galas,
prie kurio jungiasi
perneama aminorgtis,
yra viename L raids formos
gale, o antikodonas, kuris
sveikauja su kodonu iRNR
molekulje, yra kitame
kilpos gale.
Ribosomin RNR (rRNR)
Ribosomins RNR kartu su ribosominiais baltymais sudaro
ribosomas.
rRNR lstelje yra daugiausiai.
Prokariotuose ir eukariotuose yra skirting tip rRNR:
Prokariotuose randamos rRNR - 5S, 16S, 23S;
Eukariotins randamos rRNR 5S, 5.8S, 18S, 28S.
*S- Svedbergas tai sedimentacijos konstanta, molekuls nusdimo greitis, nustatomas centrifuguojant. i
konstanta charakterizuoja daleli molekulin mas. Didjant molekulinei masei, sedimentacijos
koeficientas taip pat didja.
induoli ribosomos sudarytos i dviej subvienet- didiojo
(60S) ir maojo (40S).


Ribosomin RNR (rRNR)
Nekoduojanio RNR (ncRNR)
Maosios RNR bna keli
ri:
snRNR (small nulcear RNA)
tai maos branduolio RNR,
kurios dalyvauja iRNR
splaisinige, transkripcijos
reguliavime
snoRNR (small nucleolar
RNA) tai maos
branduollio RNR, kurios
dalyvauja rRNR
modifikacijoje.
miRNR (micro RNA) tai
RNR grandin, kuri reguliuoja
gen raik.
siRNR (small interfering
RNA)- tai maos
interferuojanios RNR,
reguliuojanios iRNR
degradacij.

Ribozimai
Ribozimai tai RNR molekuls, kurios, kaip ir
fermentai, pasiymi kataliziniu aktyvumu.

altiniai
http://rack.1.mshcdn.com/media/ZgkyMDEzLzA2LzEzLzU0L2RuYS40NjE1MC5qcGcKcAl0aHVtYgkxMjAweDYyNyMKZQlqcGc/54ec3455/275/dna.jpg
http://threepointeightbillionyears.files.wordpress.com/2013/11/dna-rna-dreamstime-com.jpg
http://staff.jccc.net/pdecell/biochemistry/nucleotheme.gif
http://www.bio.miami.edu/tom/courses/protected/MCB6/ch02/2-17.jpg
http://iws.collin.edu/biopage/faculty/mcculloch/1406/notes/macromolecules/images/pentose%20sugar.jpg
http://biochem.co/wp-content/uploads/2008/07/sugarphosphatebackbone.png
http://www.daviddarling.info/images/RNA.gif
http://intranet.tdmu.edu.ua/data/kafedra/internal/chemistry/classes_stud/en/pharm/prov_pharm/ptn/3/03.%20BASIC%20PRINCIPLES%20OF%20METAB
OLISM.files/image059.jpg
http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/1e/DNA_synthesis_EN.png/400px-DNA_synthesis_EN.png
http://www.peoi.org/Courses/Coursesen/bot/bot6.html
http://web2.mendelu.cz/af_291_projekty2/vseo/files/26/911.png
http://www.visionlearning.com/img/library/large_images/image_4337.jpg
http://www.nature.com/scitable/content/24234/sadava_11_7_FULL.gif
http://www.abcam.com/cms/displayImage.cfm?intImageID=4228
http://biochem.slu.edu/faculty/gonzalo/images/chromationstructure3.jpg
http://www.bio.miami.edu/tom/courses/protected/MCB6/ch04/4-04.jpg
http://4.bp.blogspot.com/-zEeQ9t7oAZs/UGr7hFvmPuI/AAAAAAAABJM/nc_XmuY0K9Q/s640/forms+of+DNA+chart.jpg
http://3.bp.blogspot.com/-4TFhMGcj0yY/UXjh2k29Z1I/AAAAAAAAAl8/tNL6Kc1dA1U/s1600/primary+strucutre+of+RNA.jpg
http://4.bp.blogspot.com/-L-AnnxzIYaQ/UXjiS5EfBMI/AAAAAAAAAmE/-uo_iAQ_YmM/s1600/secondary+structure+of+RNA.jpg
http://images.virtualology.com/images/5333.gif
http://csls-text.c.u-tokyo.ac.jp/images/fig/fig03_4.gif
http://jpkc.sdau.edu.cn/zbgpp/vocabulary/messengerRNA.jpg
http://www.bio.miami.edu/dana/pix/wobble.jpg
http://barleyworld.org/sites/default/files/figure-09-10.jpg
http://images.tutorvista.com/cms/images/101/transfer-rna.png
http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/59/TRNA-Phe_yeast_en.svg/620px-TRNA-Phe_yeast_en.svg.png
http://universe-review.ca/I11-50-denaturation.jpg
http://what-when-how.com/wp-content/uploads/2011/09/tmpE6_thumb.jpg
https://diogenesii.files.wordpress.com/2008/03/ribozyme.jpg
Antanas Prakeviius , Laima Ivanovien, Biochemija
Zita Nauien, Vida Mildaien, Dal Vieelien, Rasa kien, Biochemijos laboratoriniai darbai
Jurgis Kadziauskas, Biochemijos pagrindai

Pabaiga