Qumica I

Qumica Orgnica

(Representao de Estruturas usando Chemsketch )











Docente: Margarida M. S. M. Bastos

Departamento de Engenharia Qumica

2008/2009

QUMICA I - QUMICA ORGNICA 2008/2009

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Margarida M. S. M. Bastos 2/5

1-Guio para a representao de estruturas usando Chemsketch



ACD/Chemsketch tem duas possibilidades (canto superior direito): DRAW e STRCTUTRE,
alterando os cones visveis consoante estiver activo um modo ou o outro:

STRCTUTRE - quando se quer desenhar estruturas
DRAW quando se pretende desenhar outras coisas, bem como quando se quer escrever.



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A- Modo STRCTUTRE pode-se:

1) Construir a estrutura:
uma ligao C-C de cada vez , uma cadeia , alguns fragmentos j desenhados
tabela de radicais ou algumas estruturas j desenhadas templates windows .

para a introduo de heterotomos s activar o tomo que se quer introduzir e pressionar no
local escolhido:
2) Optimizar o comprimento e o ngulo das ligaes (cone Clean)

3) Optimizar a representao tridimensional da estrutura

4) Dar o nome (nem sempre o nome da IUPAC e est escrito em ingls)

5) Pode-se apresentar a estrutura com ou sem hidrognios (Tools--> adicionar ou remover H)

6) Movimentar a estrutura:
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-no plano do ecran , segundo um eixo , rodar a 3D

7) Visualizar a estrutura em 3D e alternar entre o ChemSketch Window e o 3D Viewer



B- Modo 3D Viewer



Pode-se
1) Visualizar a estrutura em diferentes estilos: Balls & Sticks, Dots only, Disk
Spacefill e com ou sem dots ou atravs do TOOLS.

2) Movimentar a estrutura -no plano do ecran, segundo um eixo, rodar a 3D: ou
colocar a figura em rotao automtica com ou sem mudana de estilo.

3) Medir a distncia entre tomos
4) Medir os ngulos das ligaes
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2 - Exemplos de representaes


Apresenta-se os vrios tipos de representaes que podem ser obtidas para uma dada estrutura
de acordo os diferentes modelos: i) bola e barra (balls & sticks); ii) em linhas (sticks) e iii)
em calotes
tambm possvel obter uma listagem de um conjunto de informaes (estimadas)
relativamente estrutura em causa como: massa molculas, volume molar, densidade, etc.



benzoic acid
OH
O
Molecular Formula = C
7
H
6
O
2
Formula Weight = 122.12134
Composition = C(68.85%) H(4.95%) O(26.20%)
Molar Refractivity = 33.18 0.3 cm
3
Molar Volume = 101.9 3.0 cm
3
Parachor = 269.4 4.0 cm
3
Index of Refraction = 1.564 0.02
Surface Tension = 48.7 3.0 dyne/cm
Density = 1.197 0.06 g/cm
3
Dielectric Constant = Not available
Polarizability = 13.15 0.5 10
-24
cm
3
Monoisotopic Mass = 122.036779 Da
Nominal Mass = 122 Da
Average Mass = 122.123724 Da
sticks
Balls & sticks
spacefill
Balls & sticks
e dots
benzoic acid
OH
O
Molecular Formula = C
7
H
6
O
2
Formula Weight = 122.12134
Composition = C(68.85%) H(4.95%) O(26.20%)
Molar Refractivity = 33.18 0.3 cm
3
Molar Volume = 101.9 3.0 cm
3
Parachor = 269.4 4.0 cm
3
Index of Refraction = 1.564 0.02
Surface Tension = 48.7 3.0 dyne/cm
Density = 1.197 0.06 g/cm
3
Dielectric Constant = Not available
Polarizability = 13.15 0.5 10
-24
cm
3
Monoisotopic Mass = 122.036779 Da
Nominal Mass = 122 Da
Average Mass = 122.123724 Da
sticks
Balls & sticks
spacefill
Balls & sticks
e dots