SEMINRIO DE TUTORIA II

MATRIZES DE ALINHAMENTO DO BLAST

SEQUNCIA FASTA
Um pacote de software que se tornou
padro nos programas de
bioinformtica devido a sua
simplicidades, tanto na manipulao
como na analise das sequncias.
UTILIDADE DA MATRIZ DE
ALINHAMENTO:
A matriz de pontuao construda
de tal forma que sequencias
aleatrias tenham valor esperado
negativo para a pontuao mxima
dos alinhamentos.
Exemplo: Matriz BLOSUM62.

ALGORITMO DE SMITH-WATERMAN
O algoritmo pode utilizar artifcios na construo da tabela de Pontuao
- Gap: o artifcio de pular um espao na sequencia.
- Deixar a sequncia com est, mesmo que a
sequencia proteica no seja a correspondente.

CONSTRUO DA MATRIZ DE
SUBSTITUIO:
Atravs da matriz inicial do programa, criada uma segunda matriz, que
tem como objetivo considerar todos os alinhamentos possveis e localizar a
que tem maior pontuao.

PROCESSO DE MONTAGEM:
montada a tabela com as possibilidades de scores possveis,
considerando a utilizao dos GAPs (representados por -) ou da
formao original da protena.
OBTENO DA FORMA TIMA DA
PROTENA
Aps a obteno da matriz score, localizada a posio da matriz que
possui o maior valor. A partir desta posio possvel obter o melhor
alinhamento.
REFERNCIAS:
AYGUADE, Eduard; Smith-Waterman Algorithm;
PROSDOCIMI, Francisco; Alinhamento de sequncias;