1

MOLECULAR
DOCKING
Presentasi Kimia Medisinal
KELOMPOK :

Prestika Gema Sari (09/283467/PA/12566)
Lenni Margiyani (09/283628/PA/12639)
Agus Triyanto (09/283851/PA/12720)
Firma Widya P. (09/283929/PA/12748)
Wakhidatul Latifah (09/284070/PA/12795)
Alexandre B.T (09/284959/PA/12851)
2
AIDS (Acquired Immune Deficiency
Syndrome)
Sindroma (kumpulan gejala) penyakit yang
disebabkan oleh rusak atau menurunnya sistem
kekebalan tubuh.

HIV
Mekanisme obat untuk penyakit
HIV-AIDS
3
Antivirus
parasit intrasel yang tidak bisa
bereplikasi sendiri, tetapi harus
menggunakan sel inang.
ANTIVIRUS
Sebuah agen yang
membunuh virus dengan
menekan kemampuan untuk
replikasi, menghambat
kemampuan untuk
menggandakan dan
memperbanyak diri
4
1. Non Nucleoside Reverse
Transcriptase Inhibitors (NNRTI)
2. Nucleoside Reverse Transcriptase
Inhibitors (NRTI)
3. Protease Inhibitors (PI)
4. Fusion Inhibitors
5. Chemokine Coreceptor
Antagonists
Integrase Inhibitor
Golongan antiretrovirus
Obat yang berfungsi menekan pertumbuhan HIV dengan
menginversi salah satu siklus hidupnya
mekanisme kerja dari tiap golongan Obat
terhadap proses replikasi HIV
Obat yang telah lama digunakan Agen tambahan
5
A. Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitor
(NRTI )

Antivirus golongan ini bekerja pada tahap awal replikasi HIV
menghambat enzim Reverse Transcriptase dan merusak
perpanjangan rantai DNA provirus


6
B. NON NUCLEOSIDE REVERSE
TRANSCRIPTASE INHIBITOR ( NNRTI )
NNRTI menghambat replikasi HIV, dengan
menghambat aktivitas enzim Reverse Transcriptase
dengan cara berikatan di tempat yang dekat dengan
tempat aktif enzim dan menginduksi perubahan
konformasi pada situs aktif ini. Terjadi ikatan alosterik

Menginaktifasi Reverse Transcriptase HIV merubah
bentuk penyesuaiannya
7
Video
7
QuickTime and a
decompressor
are needed to see this picture.
8
9
C. PROTEASE INHIBITOR ( PI )


PI bekerja berdasarkan: pengenalan rangkaian asam
amino dan pembelahan protein HIV
Guna PI pada HIV: untuk mencegah pembelahan gag
dan gag-pol prekursor protein dalam sel yang terinfeksi,
menahan pematangan memblokir aktivitas infeksi virion
yang baru muncul
Aksi utama Protease InhibitorHIV mencegah
gelombang infeksi berikutnya
Resistensi terhadap PI secara umum berlangsung lewat
akumulasi mutasi gen protease
HIVprotease sangat penting untuk infektifitas virus dan
penglepasan poliprotein virus.
10
Pengembangan obat anti virus untuk
pencegahan atau pengobatan belum
mencapai hasil seperti yang diinginkan ,
karena obat anti virus yang dapat
menghambat atau membunuh virus juga
akan merusak sel hospes dimana virus itu
berada.


Siklus replikasi virus yang di anggap
sangat mirip dengan metabolisme normal
manusia menyebabkan setiap usaha untuk
menekan reproduksi virus juga dapat
membahayakan sel yang terinfeksi.
11
DEFINISI
Inhibisi merupakan proses penghambatan aktivitas reseptor
agar tidak mampu berikatan dengan substrat.
Suatu zat yang dapat menghambat aktivitas reseptor dengan
substrat disebut inhibitor.
Inhibitor akan memblokir reseptor sehingga sisi aktifnya tidak
sesuai lagi dengan substrat, tetapi tidak merusak reseptor
tersebut.
MEKANISME INHIBISI
12
MEKANISME INHIBISI
inhibitor-reseptor-substrat
13
TIPE INHIBITOR
INHIBITOR KOMPETITIF
Zat penghambat memiliki struktur yang mirip
dengan substrat sehingga dapat bergabung dengan sisi
aktif reseptor. Terjadi kompetisi antara substrat dengan
inhibitor untuk memperebutkan sisi aktif dari reseptor.
1
INHIBITOR NON-KOMPETITIF
Zat penghambat memiliki struktur yang tidak mirip
dengan substrat tetapi akan menyerang sisi aktif
reseptor pada bagian yang lain, yaitu sisi alosterik.
Inhibitor ini menyebabkan perubahan atau konformasi
sisi aktif reseptor dan membuat substrat tidak cocok
lagi dengan sisi aktif.
2
14
MEKANISME INHIBITOR
KOMPETITIF
15
E
Active
site
Allosteric
site is
empty
Substrate
fits into the
active site
The inhibitor
molecule is
absent
Conformational
changes
Inhibitor fits
into
allosteric
site
Substrate
cannot fit
into the
active site
When the
inhibitor
molecule
is present
E
MEKANISME INHIBITOR
NON-KOMPETITIF
16
Definisi Molecular Docking
Docking molekul adalah alat kunci dalam desain obat
menggunakan bantuan komputer.
Tujuan docking ligan-protein adalah untuk memprediksi
ikatan utama antara ligan dengan protein dalam bentuk
struktur tiga dimensi.
Docking dapat digunakan untuk melakukan skrining
sejumlah besar senyawa dan mengusulkan hipotesis
struktural bagaimana suatu ligan menghambat target.
17

Fokus docking molekul adalah untuk simulasi pegenalan
molekul secara komputasi. Tujuan docking molekul
adalah mencapai konformasi teroptimasi antara protein
dan ligan dan orientasi relatif antara protein dengan ligan
sedemikian sehingga energi bebas dari sistem secara
keseluruhan terminimalkan.
18
ANALISIS MOLECULAR DOCKING
Berdasarkan pada interaksi yang terjadi, terdapat
beberapa jenis molecular docking, yaitu :
Docking protein-protein,
Docking ligan-protein,
Docking ligan-DNA.
19
Hasil Simulasi Molecular Docking
Menghasilkan orientasi dan posisi suatu ligan
sebagai inhibitor terhadap enzim
1
Mengidentifikasi senyawa yang memiliki afinitas
terhadap protein dari database senyawa yang
tersedia
2
Memprediksi afinitas yang dimiliki suatu molekul
terhadap enzim target simulasi docking
3
20
MEKANISME DOCKING
OBAT-RESEPTOR
Docking :
Metode yang meramalkan orientasi
yang cocok dari dua molekul atau lebih
sehingga dapat membentuk kompleks yang
stabil
21
Gaya antarmolekul
OBAT
Gaya antarmolekul
PROTEIN TARGET
Orientasi Ikatan
Konformasi optimum,
Energi minimum
Afinitas dan Aktivitas
OBAT
efek
BIOLOGIS&FARMAKOLOGIS
22
23
Docking Programmes
MOE
AutoDock
Dock
Gold
ArgusLab
FlexX
ICM
Surflex
Glide
23
24
Journal Presentation
HIV-Reverse Transcriptase Inhibition:
Inclusion of Ligand-Induced Fit by Cross-
Docking Studies
Nonnucleotide reverse transcriptase
inhibitors (NNRTI)
Nonnucleoside binding site
25
Binding Site Scheme
26
Drug examples
27
Protein
Reverse-Transcriptase and its
MUTANTS
Inspection
Native ligand-protein docking
Cross-Docking of nonnative ligand and
protein
28
RMSD
It is the Root-mean square distance
Measures the validity of the docking program
Less than 2 means a good correlation
More than 4 means bye-bye
29
Problems
RT mutations making HIV immune to several drugs
RT flexibility may lead to the invalidity of the docked
complexes
30
Methods-Structure Preparations
Superimposing the ligand with the protein
Minimizing the structure by eliminating solvent and
residues further than 20
Energy minimized and protonation at pH 7
31
Method-Docking
Tinggal ngeklik (wae)
32
Picture
33
Results
34
Text
35
Another Journal Results
36
Another Journal Results
37
Another Journal Results