Limbah cair yang dihasilkan dari kegiatan migas juga sangat berpengaruh terhadap
kualitas lingkungan perairan, berupa kandungan minyak dan H2S terlarut.
Senyawa hidrogen sulfida (H2S) merupakan senyawa yang terbentuk dari penguraian anaerobik terhadap senyawa yang mengandung belerang. Senyawa ini akan menimbulkan bau dan warna terhadap badan air dimana H2S ini bersifat racun terhadap biota perairan. Baku mutu lingkungan berdasarkan Kepmen LH No. 42 tahun 1996 untuk bahan pencemar adalah 1,0 mg/l. Senyawa H2S dalam bentuk gas bersifat racun dan berbau busuk, H2S di udara pada musim hujan akan larut dalam air yang merubah sifak fisik air menjadi hitam, dan dengan senyawa besi membentuk Fe2S. Kandungan H2S dapat berasal dari sisa pembakaran pada flare atau pada genset dan sisa tumpahan minyak mentah yang tercecer