Planejamento de frmacos,

biotecnologia e qumica
medicinal: aplicaes
em doenas infecciosas

Rafael V. C. Guido, Adriano D. Andricopulo

e Glaucius OlivA
Introduo

so causadas por micro-organismos patognicos

(por exemplo, bactrias, vrus, fungos e parasitas) que invadem as clulas
do hospedeiro para a sua reproduo. Essas doenas representam graves
problemas de sade pblica que afetam uma frao significativa da populao
mundial e, em razo de seu aspecto socioeconmico, representam um dos principais desafios para o sculo XXI, especialmente nas regies mais pobres e vulnerveis do planeta. De acordo com a Organizao Mundial de Sade (OMS), as
doenas infecciosas so responsveis por aproximadamente um tero das causas
de mortalidade no mundo. A relao entre essas enfermidades e a baixa renda
das populaes mais carentes fica evidente ao se constatar que as doenas infecciosas ocupam a primeira posio entre as principais causas de morte e incapacidade permanente nos pases em desenvolvimento (WHO, 2008).
O processo de descoberta e desenvolvimento de frmacos complexo,
longo e de alto custo, tendo suas razes profundamente ligadas s inovaes
cientficas e tecnolgicas (Guido et al., 2008a). Os avanos expressivos da qumica e biologia e a melhor compreenso de vias bioqumicas, alvos moleculares
e de mecanismos que levam ao aparecimento e desenvolvimento de doenas,
tornaram possvel a descoberta de inovaes teraputicas notveis, proporcionando melhorias significativas na qualidade de vida das diversas populaes no
mundo.
A qumica medicinal, de reconhecido papel central no processo de P&D
de frmacos, caracteriza-se por seu relevante carter multidisciplinar, abrangendo diversas especialidades, tais como qumica orgnica, bioqumica, farmacologia, informtica, biologia molecular e estrutural, entre outras. De acordo com
a Unio Internacional de Qumica Pura e Aplicada (da sigla inglesa Iupac International Union of Pure and Applied Chemistry), a qumica medicinal uma
disciplina com base em qumica, envolvendo a inveno, a descoberta, o planeoenas infecciosas

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jamento, a identificao, a preparao e a interpretao do mecanismo de ao

molecular de compostos biologicamente ativos. Alm da descoberta de molculas bioativas, a qumica medicinal tambm incorpora os estudos do metabolismo
e das relaes entre a estrutura qumica e atividade (Wermuth, 2003). Assim, fica
claro o estabelecimento de interfaces fundamentais entre as cincias qumicas,
biolgicas, farmacuticas, mdicas, fsicas e computacionais.

Descoberta e desenvolvimento de novos frmacos

Na aplicao de estratgias de planejamento de frmacos, os estudos dos
processos evolutivos de reconhecimento molecular em sistemas biolgicos assumem grande importncia, pois constituem as bases fundamentais para o entendimento de propriedades como potncia, afinidade e seletividade. Diante desse
complexo paradigma, as ferramentas biotecnolgicas associadas aos mtodos de
qumica medicinal ganham papel destacado no desenvolvimento de novas molculas com atividade biolgica.
O processo de descoberta e desenvolvimento de frmacos, conforme ilustrado na Figura 1, dividido em duas grandes fases: (i) descoberta (tambm
conhecida como pr-clnica ou pesquisa bsica) e (ii) desenvolvimento (ou clnica) (Lombardino & Lowe, 2004). Nos estgios iniciais da fase de descoberta, as
pesquisas se concentram geralmente na identificao e otimizao de molculas
pequenas capazes de representar novas entidades qumicas (NCE, do ingls New
Chemical Entities) com potencial de desenvolvimento clnico. A validao do
alvo molecular selecionado fundamental por uma srie de razes que envolvem
desde o estabelecimento de sua relevncia no processo fisiopatolgico em estudo at a caracterizao do impacto de sua modulao seletiva no tratamento ou
na cura de doenas ou disfunes em humanos.

Figura 1 Etapas envolvidas no processo de descoberta e desenvolvimento de frmacos

(ADME absoro, distribuio, metabolismo e excreo; NDA solicitao
para um novo frmaco, do ingls new drug application).

O alvo biolgico selecionado (por exemplo, protena, DNA ou RNA)

pode ter a sua estrutura tridimensional (3D) conhecida ou no, fato que determina a priorizao de estratgias de planejamento (Andricopulo et al., 2009).
Os grandes avanos da genmica e protemica, aliados evoluo das tcnicas
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de cristalografia de raios-X e ressonncia magntica nuclear (RMN) proporcionam um aumento significativo no nmero de alvos moleculares com estruturas
3D disponveis no Banco de Dados de Protenas (PDB, do ingls Protein Data
Bank).
As molculas bioativas (ou ligantes, do ingls hits) podem ser identificadas a partir de triagens reais (por exemplo, biolgicas, bioqumicas) ou virtuais
(por exemplo, computacionais) de produtos naturais, compostos sintticos ou
colees combinatrias, ou ainda mediante planejamento racional. Ressalta-se,
contudo, que, em todos os casos, as propriedades biolgicas devem ser determinadas experimentalmente, sendo necessrio o desenvolvimento de ensaios
padronizados e validados de alta qualidade. Em geral, nas fases iniciais de planejamento, so identificadas molculas de baixa potncia e afinidade que devem
ser otimizadas em relao a uma srie de propriedades farmacodinmicas (por
exemplo, potncia, afinidade, seletividade) e farmacocinticas (por exemplo, absoro, metabolismo, biodisponibilidade). Os compostos otimizados so selecionados como compostos lderes (do ingls lead compounds) para posterior desenvolvimento de NCE candidatas a frmacos (Guido & Andricopulo, 2008).
Com o auxlio de mtodos de qumica medicinal, possvel explorar o
imenso espao qumico delineando o trabalho de identificao, seleo e otimizao de molculas capazes de interagir com alta afinidade e seletividade com o
alvo molecular selecionado (por exemplo, enzima, receptor), o qual representa
o espao biolgico. Vrias estratgias podem ser empregadas para a investigao
do espao qumico-biolgico, tais como: a organizao de bases de dados, a
aplicao de filtros moleculares, o emprego de triagens biolgicas automatizadas
em alta escala (HTS, do ingls high-throughput screening) e o uso da triagem
virtual (VS, do ingls virtual screening).
O conhecimento das estruturas de alvos macromoleculares ou de complexos do tipo ligante-receptor permite a aplicao de estratgias de planejamento
de frmacos baseado na estrutura do receptor (SBDD, do ingls structure-based
drug design). Em contraste, quando a estrutura do alvo eleito no conhecida,
mtodos de planejamento de frmacos baseado na estrutura do ligante (LBDD,
do ingls ligand-based drug design) podem ser utilizados, explorando propriedades e caractersticas de sries de ligantes bioativos. Em muitos casos, o uso integrado de estratgias de SBDD e LBDD pode gerar informaes teis no planejamento de NCE, por meio da sinergia e complementaridade de conhecimentos
entre as estratgias (Guido et al., 2008a; Andricopulo et al., 2009). O gerenciamento qualificado da informao um fator muito importante nos dias atuais,
possibilitando a organizao e anlise do vasto volume de dados disponvel.

Biotecnologia e descoberta de frmacos

A revoluo biotecnolgica (por exemplo, genmica, genmica funcional, protemica, metabolmica e citmica) tem fornecido informaes extremamente teis para a descoberta de frmacos. O sufixo mica indica uma srie
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de novas disciplinas e procedimentos que visam identificao funcional e/

ou estrutural de tecidos, clulas, padres de expresso gnicos e caractersticas
metablicas (Bhogal & Balls, 2008). Essas estratgias encontram uma variedade
de aplicaes por meio do monitoramento de indicadores celulares ou bioqumicos (por exemplo, transcrio de um gene especfico ou variao da expresso/funo de uma determinada protena), desde as etapas de identificao de
alteraes fisiolgicas e/ou metablicas induzidas pelo estado de doena at a
avaliao dos efeitos dos frmacos sobre o organismo humano (Tabela 1). Apesar de promissoras, essas tecnologias apresentam algumas limitaes, incluindo
(i) a necessidade de mtodos capazes de interpretar e correlacionar de forma otimizada a imensa quantidade de informaes geradas e (ii) a aplicao dos dados
biolgicos de forma racional e efetiva no planejamento de frmacos.
A genmica funcional (ou transcritoma) visa ao conhecimento completo
do conjunto de transcritos (RNA mensageiros, RNA ribossmicos, RNA transportadores e os microRNA) de um dado organismo, tecido ou linhagem celular.
Os estudos do genoma funcional so baseados em tcnicas de microarranjos capazes de identificar e determinar os transcritos de RNAm em clulas. As anlises
de microarranjos de RNA de interferncia (RNAi) tm contribudo de forma
significativa para a avaliao da funo gnica atravs do silenciamento gentico
ou da diminuio da expresso de protenas (Mousses et al., 2003). Entretanto,
eventos ps-traducionais importantes para a regulao e sinalizao celular, tais
como fosforilao, glicosilao, ancoramento em membranas e enovelamento,
so raramente detectados atravs dessa tcnica. Os mtodos protemicos (Blackstock & Weir, 1999) so alternativas teis nesses casos e, apesar de serem
menos apropriados para ensaios em alta escala, fornecem dados mais precisos e
detalhados, uma vez que as estratgias envolvidas (por exemplo, espectroscopia
de massa) so fundamentadas na capacidade de resoluo e deteco de protenas especficas isoladas de diversas fontes.
Os estudos em metabolmica permitem a identificao de metablitos de
baixa massa molecular mediante tcnicas muito sensveis como a RMN (Nicholson & Lindon, 2008), que necessita de apenas 20 mg de tecido ou fluidos biolgicos (Bollard et al., 2005). Alm disso, os procedimentos envolvidos podem
ser amplamente aplicados em estudos de avaliao de propriedades farmacocinticas de candidatos a frmacos, tanto na fase pr-clnica em modelos animais
quanto nos ensaios clnicos em humanos (Figura 2). O uso da Base de Dados
do Metaboloma Humano (do ingls Human Metabolome Database) (Wishart
et al., 2007) auxilia no trabalho de avaliao do impacto das doenas sobre o
metabolismo de diferentes organismos.
A citmica, caracterizada pelo estudo dos sistemas celulares, baseia-se em
uma premissa menos reducionista que integra os dados da genmica funcional e
metabolmica para elucidar os eventos genticos e bioqumicos em uma clula
isolada (Valet, 2006). Tcnicas anteriormente exclusivas dos estudos celulares,

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tais como a citometria de fluxo, microscopia confocal, bioimagem e fluorescncia, esto sendo aplicadas em P&d de frmacos, pois permitem a aquisio de
dados em tempo real, evidenciando um cenrio realstico dos fenmenos biolgicos.
tabela 1 estratgias e mtodos biotecnolgicos
Estratgia

Amostra

Tecnologia

Informao

Vantagens

Limitaes

Genmica

DNA

Sequenciamento
de DNA

Sequncia de
nucleotdeos

Eficincia na
gerao de
dados dados

Gerao
excessiva de
dados

Genmica
funcional

RNA

Determinao
de transcritos
RNAm

Padres de
hibridizao de
RNAm

Eficincia na
gerao de
dados

Extrapolao
da transcrio
do RNAm para
a expresso de
protenas

Protemica

Protenas

Espectroscopia
de massa,
eletroforese
em gel, chips
de protenas,
arranjos de
anticorpos

Baixa eficincia
Dados
Sequenna gerao de
ciamento de
gerados em
mdia-escala;
dados, rudo
aminocidos,
associado
relevantes
modificaes
ps-traducio- indicaes para
nais, interaes a descoberta
entre protenas de novos alvos

Metabolmica

Metablitos

Espectroscopia
de massa, RMN,
CLAE

Misturas
Molculas que
Triagem em
constituem os alta escala com
complexas,
metablitos
significativa rudo associado,
capacidade de reprodutibilidade
transferncia
para estudos

Citmica

Clulas

Imagem digital,
fluorecncia,
imunohistoqumica

Ftons

Otimizao da
Dificuldade
visualizao
em obter
temporal e
biomarcadores
espacial dos
relevantes
efeitos celulares
dos frmacos

em geral, as diferentes estratgias biotecnolgicas discutidas produzem

grandes quantidades de dados que devem ser analisados de forma rpida e eficaz. nesse contexto, os mtodos em bioinformtica tm papel fundamental,
possibilitando a organizao, o gerenciamento, a visualizao e interpretao da
informao gerada. o objetivo o estabelecimento de padres de correlao entre os diversos eventos bioqumicos e celulares envolvidos no estado de doena
(ou durante o tratamento com um candidato a frmaco). da anlise integrada
desses dados, origina-se a interatmica (Cusick et al., 2005), caracterizada pelo
mapeamento das redes de interao entre os diversos fenmenos biolgicos (por
exemplo, moleculares, bioqumicos, celulares). um nmero expressivo de dados contendo os mapas de interao de diversos sistemas biolgicos encontra-se
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disponvel em bases de dados de acesso pblico, como: (i) Mapa do Interatoma

de Protenas Estruturais (PSI-MAP do ingls Protein Structural Interactome
Map) (Gong et al., 2005); (ii) Base de Dados de Interao de Protenas (DIP
do ingls Database of Interacting Proteins) (Xenarios et al., 2000); (iii) Base
de Dados de Redes de Interao Biomolecular (Bind do ingls Biomolecular
Interaction Network Database) (Bader et al., 2003); e (iv) Base de Dados de Interao Molecular (Mint do ingls Molecular INTeraction database) (Zanzoni
et al., 2002).

Figura 2 Integrao da biotecnologia no processo de P&D de frmacos.

Doenas tropicais negligenciadas

As doenas tropicais negligenciadas (DTN) so consequncias marcantes
do subdesenvolvimento social, retratando com mincia a situao das regies
mais pobres e desfavorecidas do planeta (Beyrer et al., 2007). As DTN so endmicas em vrias regies geogrficas importantes (Dias et al., 2009), afetando milhes de pessoas e determinando altos ndices de morbidade e mortalidade. Para
a maioria das DTN prioritrias nos programas especiais da OMS (por exemplo,
malria, tripanossomase africana (doena do sono), tripanossomase americana
(doena de Chagas), dengue, lepra, leishmaniose, esquistossomose, oncocercose, entre outras), as opes teraputicas so insuficientes e apresentam uma srie
de problemas, tais como baixa eficcia, elevada toxicidade e a emergncia de
cepas resistentes (Guido & Oliva, 2009). Esse cenrio agravado pelo nmero
limitado e pela falta de inovao nos programas de P&D de frmacos na rea de
DTN (Nwaka & Hudson, 2006; Nwaka et al., 2008) Dessa forma, essencial a
concentrao de esforos globais (governo academia indstria) para a criao
e manuteno de programas de P&D para a descoberta de novas alternativas teraputicas para o controle e tratamento dessas doenas (Guido & Oliva, 2009).
O Programa Especial para Pesquisa e Treinamento em Doenas Tropicais
(TDR, do ingls Special Programme for Research and Training in Tropical Diseases) da OMS, o Programa de Medicamentos para Malria (MMV, do ingls
Medicines for Malaria Venture) e a Iniciativa de Medicamentos para Doenas

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negligenciadas (dndi, do ingls drugs for neglected diseases Initiative) so

exemplos de parcerias pblico-privadas que tm como objetivo criar, estimular e
investir em P&d de frmacos contra uma variedade de dtn (dias et al., 2009).
alguns exemplos de frmacos que chegaram ao mercado por meio de parcerias
pblico-privadas so apresentados na tabela 2.
tabela 2 - Frmacos contra dtn desenvolvidos atravs de parcerias pblico-privadas
Frmaco

Registro

Indicao teraputica Parcerias pblico-privadas

Praziquantel

1976

Esquistossomose

Bayer / TDR

Mefloquina

1984

Malria

Hoffman La Roche /
Wrair* / TDR

Ivermectina

1987

Oncocercose

Merck / TDR

Halofantrina

1988

Malria

Smith Kline Beecham,

Wrair* / TDR

Eflornitina

1991

Doena do Sono

Marion Merrel Dow / TDR

Anfotericina B Liposomal

1994

Leishmaniose

NeXstar / TDR

Artemisinina

1997

Malria

Rhone Poulenc Rorer /

Kunming / TDR

Artemisinina-lumefantrina

1999

Malria

Novartis / governo chins

Artemotila

2000

Malria

Artecef / WRAIR / TDR

Miltefosina

2002

Leishmaniose

Zentaris, Indian CMR / TDR

Artesunato-amodiaquina

2007

Malria

Sanofi-Aventis / DNDi

Artesunato-mefloquina

2008

Malria

Farmaguinhos / DNDi

Instituto Militar de Pesquisa Walter Reed (Wrair, do ingls Walter Reed army Institute of Research).
*

Iniciativas nacionais de P&D na rea de DTN

Iniciativas de extrema importncia vm sendo executadas com sucesso para
inserir o Brasil em um panorama cada vez mais expressivo no campo da cincia
e tecnologia. trs exemplos so apresentados para ilustrar a abrangncia e a diversidade de redes e parcerias que tm proporcionado grandes oportunidades e
desafios na rea de dtn.
o Centro de Biotecnologia Molecular estrutural (CBMe) fruto de colaboraes slidas estabelecidas em projetos de P&d de frmacos que envolvem:
(i) os Laboratrios de Cristalografia de Protenas e Biologia estrutural, e de
Qumica Medicinal e Computacional (LQMC) do Instituto de Fsica de so
Carlos da universidade de so Paulo (IFsC-usP), (ii) o Laboratrio nacional
de Luz sncrotron (LnLs) de Campinas, e (iii) os departamentos de Qumica (dQ), de Gentica e evoluo (dGe) e de Cincias Fisiolgicas (dCF) da
universidade Federal de so Carlos (uFsCar). o CBMe um dos dez Centros
de Pesquisa, Inovao e difuso (Cepid) apoiados pela Fundao de amparo
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Pesquisa do Estado de So Paulo (Fapesp) (CBME, 2010). Entre os principais

objetivos do CBME, destacam-se a realizao de pesquisa bsica e aplicada, a
gerao de inovao cientfica e tecnolgica, a disseminao de conhecimento e
difuso da educao em todas as reas da biotecnologia. Para cumprir seus objetivos, o CBME adotou uma abordagem multidisciplinar integrada, que inclui
a aplicao de mtodos de biologia molecular, bioqumica, qumica orgnica,
biologia estrutural e qumica medicinal.
Os projetos de pesquisa do CBME possuem como elo comum uma abordagem molecular, explorando sistemas biolgicos complexos de grande importncia para reas sensveis de nossa sociedade, como a de frmacos e medicamentos, agronegcios e biotecnologia. Um dos grandes objetivos do CBME
alcanar a mxima integrao com o setor produtivo, particularmente com
indstrias farmacuticas nacionais e multinacionais, indstrias biotecnolgicas,
instituies de pesquisa em sade humana, entre outros, para o estabelecimento
de parcerias e/ou outras formas de cooperao na rea de P&D de frmacos.
Em resumo, nos ltimos dez anos, o CBME tem conduzido projetos inovadores
em biotecnologia estrutural e qumica medicinal, incluindo o desenvolvimento
de patentes e transferncia de tecnologia. A disseminao da cincia e a difuso
do conhecimento, alcanadas por meio de programas dedicados a alunos e professores do ensino mdio, bem como populao em geral, tambm merecem
especial destaque.
O Instituto Nacional de Cincia e Tecnologia de Biotecnologia Estrutural
e Qumica Medicinal em Doenas Infecciosas (INBEQMeDI) outro exemplo
bem-sucedido de iniciativa multidisciplinar integrada com foco no desenvolvimento de candidatos a novos frmacos empregando alvos moleculares especficos em micro-organismos associados a doenas infecciosas. O INBEQMeDI foi
criado no programa Institutos Nacionais de Cincia e Tecnologia (INCT) do
MCT/CNPq/MS/Fapesp. Esse programa tem metas ambiciosas e abrangentes em termos nacionais como possibilidade de mobilizar e agregar, de forma
articulada, os melhores grupos de pesquisa em reas de fronteira da cincia e
em reas estratgicas para o desenvolvimento sustentvel do pas; impulsionar
a pesquisa cientfica bsica e fundamental competitiva internacionalmente; estimular o desenvolvimento de pesquisa cientfica e tecnolgica de ponta associada
a aplicaes para promover a inovao e o esprito empreendedor, em estreita
articulao com empresas inovadoras, entre outras (INBEQMeDI, 2010a).
O INBEQMeDI um desdobramento da iniciativa bem-sucedida do CBME-Cepid-Fapesp e tem como sede o Instituto de Fsica de So Carlos da
USP. Alm disso, fazem parte grupos associados do Departamento de Qumica
da Universidade Federal de So Carlos (DQ-UFSCar), do Instituto de Biocincias (IB-USP), do Instituto de Cincias Biolgicas (ICB-USP), da Faculdade
de Medicina de Ribeiro Preto (FMRP-USP), alm de dois grupos de jovens
pesquisadores da Universidade Estadual de Ponta Grossa (UEPG) e da Universidade Federal de Viosa (UFV). As abordagens empregadas so fundamen88

estudos avanados

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tadas em biotecnologia estrutural e qumica medicinal moderna. A estratgia

de ao do INBEQMeDI realizar tanto pesquisa bsica quanto aplicada, bem
como promover o desenvolvimento tecnolgico e a disseminao da educao
na rea de DTN. Para alcanar esses objetivos, o INBEQMeDI vem promovendo uma abordagem multidisciplinar, incluindo a utilizao de mtodos de biologia molecular, bioqumica, biologia estrutural (cristalografia de protenas, RMN
multidimensional, modelagem molecular e bioinformtica), qumica medicinal
baseada em produtos de origem natural e sinttica, planejamento de frmacos,
imunologia molecular, biologia celular e farmacologia (INBEQMeDI, 2010b).
Como ltimo exemplo, vale destacar que o nosso grupo foi selecionado
pela Organizao Mundial da Sade (OMS), em seu Programa Especial para
Pesquisa e Treinamento em Doenas Tropicais (Special Programme for Research and Training in Tropical Diseases TDR/WHO-Unicef/UNDP/World
Bank Business Line on Lead Discovery for Infectious Tropical Diseases New
Medicinal Chemistry Centers to Join Drug Discovery Networks), como Centro
de Referncia em Qumica Medicinal para Doena de Chagas. O nosso Centro
da OMS tem como objetivo fundamental avanar no desenvolvimento de candidatos a novos frmacos para o tratamento da doena de Chagas. As atividades
de pesquisa envolvem uma integrao efetiva com laboratrios parceiros da rede
de qumica medicinal da OMS, incluindo grandes empresas farmacuticas como
a Pfizer, Merck, Chemtura e Pharmacopeia (WHO, 2010).

Alvos moleculares para a descoberta de frmacos

As enzimas so alvos biolgicos extremamente importantes para o planejamento de novos frmacos, em razo do seu papel essencial em vias bioqumicas associadas a doenas e disfunes em humanos. Outros atrativos so a sua
fcil obteno, adequao para ensaios biolgicos e versatilidade na aplicao de
tcnicas de SBDD e LBDD (Mestres, 2005). Os inibidores enzimticos do tipo
reversvel so os candidatos a frmacos mais estudados e podem ser classificados
em competitivos, no competitivos e incompetitivos. Existem ainda os inativadores enzimticos irreversveis, que atuam especialmente como agentes marcadores de afinidade (do ingls affinity labels) ou como inativadores enzimticos
com base no mecanismo (do ingls mechanism-based inactivators), levando a
modificaes covalentes da enzima (Copeland, 2005).
De acordo com dados da FDA (sigla inglesa para U.S. Food and Drug Administration), aproximadamente 25% das NCE registradas (317 em 1.278 NCE)
tinham como alvo 71 enzimas provenientes de cinco fontes distintas (Figura 3)
(Robertson, 2005).

Exemplos de aplicao de mtodos de planejamento de frmacos

Um dos grandes desafios da qumica medicinal no processo de planejamento de frmacos contribuir para o aumento da taxa de sucesso na descoberta de NCE. A integrao de mtodos experimentais e computacionais tem
enorme importncia na identificao e no desenvolvimento de novas molculas
estudos avanados

24 (70), 2010

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bioativas a partir de colees de compostos reais ou virtuais. Nesse mbito, as

estratgias de SBDD e LBDD assumem natural destaque (Andricopulo et al.,
2009). Os mtodos de SBDD se baseiam no conhecimento do arranjo topolgico de alvos biolgicos, logo, utilizam como pr-requisito dados 3D detalhados
da macromolcula em estudo. Essa informao pode ser obtida mediante a anlise de estruturas cristalogrficas, de RMN ou de modelagem por homologia. A
docagem molecular (do ingls molecular docking) uma das principais estratgias de SBDD, que consiste na predio da conformao bioativa de uma pequena molcula (ligante) no stio de ligao de uma macromolcula (protena-alvo),
seguido da avaliao (pontuao) e classificao do modo de ligao proposto.
A triagem virtual baseada na estrutura do receptor (SBVS, do ingls structurebased virtual screening) emprega mtodos de docagem molecular na anlise de
grandes bases de dados de compostos com o objetivo de caracterizar um espao
qumico-biolgico privilegiado e permitir a seleo de compostos para testes
bioqumicos e/ou biolgicos (Guido et al., 2008a; Andricopulo et al., 2009).

Figura 3 Enzimas como alvos moleculares de frmacos aprovados pelo FDA (Robertson, 2005).

O planejamento de frmacos antiparasitrios se baseia, especialmente, na

investigao de vias bioqumicas do parasita e, quando apropriado, na comparao dessas com a do hospedeiro, com o objetivo de identificar possveis
alvos para modulao seletiva por molculas pequenas (Verlinde et al., 2001).
A aplicao de estratgias modernas de qumica medicinal pode ser observada
no exemplo da purina nucleosdeo fosforilase de Schistosoma mansoni (SmPNP),
uma enzima-chave da via de salvao de purinas (Postigo et al., 2010). Nesse
trabalho, o stio ativo da SmPNP foi selecionado como alvo para o desenvolvimento de um modelo farmacofrico 3D, que foi empregado na triagem virtual
de uma grande base de dados, levando identificao de trs derivados tioxotiazolidinonas com atividade in vitro ante a enzima-alvo (Figura 4A). Posteriormente, a integrao entre planejamento molecular, sntese orgnica e avaliao

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estudos avanados

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biolgica foi fundamental no processo que resultou na identificao de uma

srie de vinte derivados tioxotiazolidinonas, proporcionando o estabelecimento
de relaes entre a estrutura e atividade (SAR, do ingls structure-activity relationships). Vale enfatizar que o processo de otimizao molecular resultou na
descoberta de um composto-lder (figuras 4B e 4C) com potncia aproximada
vinte vezes superior aos seus precursores.

Figura 4 (A) Estrutura molecular dos compostos selecionados na VS. (B) Compostolder identificado. (C) Modo de ligao dos inibidores da SmPNP identificados por meio de estratgias de SBDD. A enzima est representada pelo
modelo de fitas e o stio ativo indicado pela superfcie acessvel ao solvente.
O modelo farmacofrico est indicado por esferas que delimitam as reas favorveis para grupos aceptores/doadores de ligao de hidrognio (magenta), grupos doadores de ligao de hidrognio (azul) e grupos hidrofbicos
(laranja). O composto-lder (amarelo) e uma das tioxotiazolidinonas (rosa)
esto representados como modelos de bastes.

Alm de sua importncia na identificao de novos moduladores (isto ,

ligantes de receptores ou molculas pequenas com atividade biolgica), os estudos em qumica medicinal so teis no desenvolvimento de NCE candidatas a frmacos. Nesse sentido, destacam-se os mtodos de QSAR (do ingls,
quantitative structure-activity relationshisps) que tm como objetivos relacionar
a informao em conjuntos de dados (estrutura qumica e atividade biolgica)
e criar modelos estatsticos com capacidade preditiva externa. Assim, so extremamente valiosos no planejamento de molculas com propriedades (farmacodinmicas e farmacocinticas) superiores em relao quelas do conjunto de
dados original empregado na modelagem molecular (Salum & Andricopulo,
2009, 2010; Moda et al., 2007). Contudo, deve ser observado que os estudos
de QSAR requerem cuidadosa padronizao em aspectos cruciais, tais como: (i)
as molculas do conjunto de dados devem ser quimicamente relacionadas; (ii)
estudos avanados

24 (70), 2010

91

o parmetro biolgico deve ser quantitativo e obtido sob as mesmas condies

experimentais para todos os membros do conjunto de dados; (iii) todos os compostos da srie devem atuar em um nico alvo molecular, na mesma cavidade
de ligao e por meio do mesmo mecanismo de ao (Farutin et al., 1999); (iv)
o mtodo estatstico deve ser apropriado para o nvel de informao disponvel,
de modo que o modelo gerado possa fornecer informaes teis para o planejamento molecular (Salum & Andricopulo, 2009, 2010). O processo cclico de
gerao de dados, construo de modelos de QSAR e predio de propriedades
evolui para a sntese e avaliao biolgica de novas molculas, culminando na
descoberta de NCE candidatas a estudos clnicos.
Outra opo amplamente explorada, quando estruturas 3D dos alvos macromoleculares so disponveis, a integrao dos mtodos de QSAR e de SBDD.
Por exemplo, uma vez que as caractersticas qumicas e estruturais associadas
propriedade biolgica sejam identificadas na modelagem de QSAR, essas podem
ser comparadas com as informaes obtidas da topologia 3D do receptor em
questo. Nisso reside a essncia complementar dos mtodos e a sua importncia
como estratgia de planejamento de frmacos (Trossini et al., 2009).
A integrao dos mtodos de QSAR e SBDD pode ser verificada nos estudos realizados com uma srie de inibidores da enzima gliceraldedo-3-fosfato
desidrogenase (GAPDH), um alvo molecular atrativo para o desenvolvimento
de frmacos para o tratamento de tripanossomases (Guido et al., 2008b). O
conjunto de dados utilizado na gerao dos modelos de QSAR 3D preditivos
era constitudo de 70 derivados de adenosina (Figura 5A), que foram planejados com base nas diferenas estruturais significativas entre os stios ativos das
enzimas do parasita Leishmania mexicana e do seu homlogo humano. As propriedades moleculares foram quantitativamente relacionadas potncia inibitria, empregando os mtodos de anlise comparativa dos campos moleculares
(CoMFA, do ingls comparative molecular field analysis) (Cramer et al., 1988)
e anlise comparativa dos ndices de similaridades moleculares (CoMSIA, do
ingls comparative molecular similarity indices analysis) (Klebe et al., 1994).
Esses mtodos consideram que a atividade biolgica das molculas de um conjunto de dados est diretamente relacionada com as interaes intermoleculares predominantes no processo de reconhecimento molecular e afinidade de
ligao, ou seja, as interaes estreo-eletrnicas (no covalentes) envolvidas
na formao de complexos do tipo frmaco-receptor. Em razo do seu carter
3D, campos moleculares de interao (MIFs, do ingls molecular interaction
fields) so usados como descritores. Outra caracterstica marcante o estudo
das conformaes bioativas e o alinhamento estrutural 3D (orientao no espao cartesiano) das molculas do conjunto de dados. Para isso, foi utilizado
neste trabalho o mtodo de docagem molecular para obteno do alinhamento
molecular dos inibidores no stio de ligao da enzima LmGAPDH (Figura
5B). Modelos CoMFA e CoMSIA com elevada consistncia interna (correlao)
e externa (predio) foram gerados, indicando sua utilidade no planejamento

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de novos inibidores mais potentes e seletivos (Figura 5C). Uma caracterstica

adicional dos mtodos de QSAR 3D a de proporcionar a visualizao de regies no espao que possam estar diretamente relacionadas com a propriedade
biolgica (Figura 5D). A anlise detalhada dos mapas de contorno possibilitou
a elucidao das bases estruturais envolvidas no processo de reconhecimento
molecular, bem como na potncia e seletividade dos inibidores investigados.
Evidenciam-se, assim, a natureza complementar e a sinergia entre os mtodos
de QSAR e SBDD.

Figura 5 (A) Estrutura geral da srie de inibidores da LmGAPDH, derivados de adenosina. (B) Alinhamento estrutural dos 70 inibidores empregados na modelagem de QSAR. Os compostos esto representados como modelos de bastes
no stio ativo da LmGAPDH, indicado pela superfcie acessvel ao solvente.
(C) Gerao de modelos CoMFA com elevada consistncia interna e externa.
(D) Mapas de contorno das principais caractersticas estreo-eletrnicas do
conjunto de dados. O inibidor mais potente (azul-claro) e o menos potente
(laranja) so mostrados na cavidade de ligao de ligao da protena. Mapas
de contornos (i) estreo: favorvel em verde, desfavorvel em amarelo; e (ii)
eletrosttico: favorvel em azul, desfavorvel em vermelho.

Outro exemplo interessante da integrao de mtodos experimentais e

computacionais, em particular, da cintica enzimtica e modelagem molecular,
pode ser apreciado no estudo de uma srie de chalconas com atividade ante a
protena tirosina fosfatase A de Mycobacterium tuberculosis (MtPtpA) (Figura
6A), uma biomolcula que desempenha funo central nos processos de sinalizao e invaso celular em micobactrias (Mascarello et al., 2010). Nesse tra-

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balho, parmetros quantitativos como potncia (IC50, concentrao de inibidor

requerida para reduzir em 50% a atividade enzimtica) e afinidade (Ki, constante
de inibio) foram determinados experimentalmente, bem como a elucidao
do mecanismo de ao. Resumidamente, os estudos de cintica enzimtica indicaram um mecanismo reversvel do tipo competitivo para as chalconas, com
valores de Ki na faixa do baixo micromolar (Figura 6B). Com base nessas informaes, estudos de modelagem molecular foram conduzidos para avaliar o
modo de interao dos inibidores ante a enzima alvo e identificar as bases estruturais responsveis pelo processo de reconhecimento molecular. Os modelos indicaram o papel fundamental de ligaes de hidrognio e interaes de
eltrons- entre funcionalidades qumicas dos ligantes (substituintes do grupo
fenila e o sistema aromtico naftila) e dos resduos de aminocido do stio ativo
da MtPtpA (Thr12, Arg17, His49 e Trp48, Figura 6C). Posteriormente, estudos
in vitro e in vivo evidenciaram tanto a baixa toxicidade das chalconas sintticas
quanto a sua capacidade de inviabilizar a sobrevivncia e proliferao intracelular
de micobactrias, sugerindo o potencial dessa classe para o desenvolvimento de
candidatos a novos frmacos para o tratamento da tuberculose.

Figura 6 (A) Srie de chalconas com potente inibio contra a MtPtpA. (B) Grfico
de duplo-recproco de Lineweaver-Burk para o mecanismo de inibio competitivo. (C) Modelagem molecular e estudos do modo de interao dos
inibidores. O stio ativo da MtPtpA est indicado pela superfcie acessvel ao
solvente, os inibidores como modelos de bastes e as ligaes de hidrognio
como linhas pontilhadas.

Concluso
Os avanos cientficos e tecnolgicos nas interfaces entre a qumica e biologia tm proporcionado oportunidades e desafios notveis na rea de P&D de

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frmacos, com amplo destaque para dois componentes fundamentais: inovao

e integrao, que traduzem muito bem o papel central da qumica medicinal
moderna. A rea de P&D de frmacos vem crescendo de forma acentuada no
Brasil. Essa tendncia deve ser ampliada cada vez mais, mediante investimentos
em infraestrutura, qualificao de pessoal e em pesquisa, incentivando um desenvolvimento regional mais equilibrado e a consolidao de parcerias entre universidade, governo e indstria. Olhar para o futuro requer uma viso estratgica
numa perspectiva de continuidade. So fundamentais criatividade e ousadia para
perceber e antecipar novas oportunidades. O compromisso comum integrar
aes, participar e contribuir da melhor maneira possvel para o avano do conhecimento cientfico e do domnio tecnolgico. essencial somar esforos de
forma organizada, articular estratgias de captao de recursos financeiros, materiais e humanos, consolidar ideias e encontrar novas solues para que possamos evoluir, nas prximas dcadas, de uma nao emergente para uma potncia
mundial na rea de frmacos e medicamentos.
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resumo Estratgias modernas de planejamento de frmacos se fundamentam no conhecimento da fisiopatologia das doenas, no estudo de vias bioqumicas e na seleo de
alvos moleculares. As ferramentas biotecnolgicas modernas tm fornecido informaes
valiosas para a descoberta e o desenvolvimento de novos frmacos. A qumica medicinal
possui papel central em vrios processos que visam identificao de substncias bioativas e ao desenvolvimento de compostos-lderes com propriedades farmacodinmicas
e farmacocinticas otimizadas. O presente artigo apresenta uma abordagem de alguns
aspectos fundamentais da biotecnologia e da qumica medicinal como ferramentas teis
para o planejamento de candidatos a novos frmacos para a terapia de doenas infecciosas.
palavras-chave: Planejamento de frmacos, Qumica medicinal, Doenas infecciosas,
Modelagem molecular, Enzimas, inibidores.
abstract Current drug design strategies are based on the understanding of the physiopathology of diseases, biochemical pathways and selection of molecular targets. Modern
biotechnological tools have provided valuable information to facilitate the discovery of
new drug candidates. Medicinal chemistry has a vital role in a variety of processes aimed

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at the identification of bioactive substances and the development of lead-compounds

with optimized pharmacodynamic and pharmacokinetic properties. The present paper
presents some fundamental aspects of biotechnology and medicinal chemistry as useful
tools in the design of new chemical entities for the therapy of infectious diseases.
keywords:

Drug design, Medicinal chemistry, Infectious diseases, Molecular modeling,

Enzymes, Inhibitors.

Rafael V. C. Guido graduado em Farmcia-Bioqumica pela Universidade Estadual

Paulista Jlio de Mesquita Filho (Unesp) e doutor pelo Instituto de Fsica de So
Carlos (IFSC-USP) com estgio de doutorado-sanduche em Qumica Medicinal pela
Universidade Philipps Alemanha. Possui ps-doutorado em Fsica Biomolecular
pelo IFSC-USP. Atualmente professor do Instituto de Fsica de So Carlos, pesquisador associado do Centro de Referncia Mundial em Doena de Chagas (OMS), pesquisador do Centro de Biotecnologia Molecular Estrutural (CBME, Cepid-Fapesp) e
pesquisador do Instituto Nacional de Biotecnologia Estrutural e Qumica Medicinal
em Doenas Infecciosas (INBEQMeDI) do Programa Institutos Nacionais de Cincia
e Tecnologia (INCT) do MCT/CNPq/MS/Fapesp. @ rvcguido@ifsc.usp.br
Adriano D. Andricopulo graduado em Qumica Industrial pela Universidade Federal
de Santa Maria (UFSM), mestre e doutor em Qumica Orgnica pela Universidade
Federal de Santa Catarina (UFSC), com estgio de doutorado-sanduche em Qumica
Medicinal pela Universidade de Michigan. Possui ps-doutorado em Qumica Medicinal e Planejamento de Frmacos pela Universidade de Michigan. Atualmente professor associado do Instituto de Fsica de So Carlos (IFSC-USP) e coordenador do
Centro de Referncia em Qumica Medicinal para Doena de Chagas da Organizao
Mundial de Sade. pesquisador principal do Centro de Biotecnologia Molecular Estrutural (CBME, Cepid-Fapesp) e do Instituto Nacional de Biotecnologia Estrutural
e Qumica Medicinal em Doenas Infecciosas (INBEQMeDI) do Programa Institutos
Nacionais de Cincia e Tecnologia (INCT) do MCT/CNPq/MS/Fapesp. secretrio
Geral da Sociedade Brasileira de Qumica (SBQ) e membro afiliado da Academia Brasileira de Cincias (ABC). @ aandrico@ifsc.usp.br
Glaucius Oliva graduado em Engenharia Eltrica pela Escola de Engenharia de So
Carlos (EESC-USP), mestre em Fsica pelo Instituto de Fsica e Qumica de So Carlos
(IFQSC-USP) e doutor em Cristalografia de Protenas pela Universidade de Londres.
Atualmente professor titular do Instituto de Fsica de So Carlos, coordenador do
Centro de Biotecnologia Molecular Estrutural (CBME, Cepid-Fapesp) e do Instituto
Nacional de Biotecnologia Estrutural e Qumica Medicinal em Doenas Infecciosas
(INBEQMeDI) do Programa Institutos Nacionais de Cincia e Tecnologia (INCT)
do MCT/CNPq/MS/Fapesp. diretor do Conselho Nacional de Desenvolvimento
Cientfico e Tecnolgico (CNPq) na rea de Engenharias, Cincias Exatas e Humanas
e Sociais. membro titular da Academia Brasileira de Cincias (ABC) e comendador
da Ordem Nacional do Mrito Cientfico. @ oliva@ifsc.usp.br
Recebido em 20.9.2010 e aceito em 27.9.2010.

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