ANALISIS PROSES DAN HASIL EKSTRAKSI DNA

(Tugas Praktikum Bioteknologi Pertanian)

Oleh :
Kelompok 9
Aanisah Agusnani Rizq

1214121003

Amichitia Wahyu Saputri

1214121018

Berri Adiwasa

1214121038

Catur Putra Satgada

1214121041

JURUSAN AGROTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS LAMPUNG
2014

I.

PENDAHULUAN

I.1 Latar Belakang

Dalam setiap makhluk hidup yang dapat berkembangbiak pasti memiliki DNA.
DNA merupakan suatu organisasi molekul yang menggulung didalam struktur
yang disebut kromosom didalam inti sel. Sel menyusun jaringan pada tumbuhan,
oleh sebab itu DNA akan dapat ditemukan diseluruh bagian tumbuhan. Untuk
mengetahui jumlah DNA dalam sel tanaman kita dapat melakukan analisis DNA
salah satu tahapan analisis DNA adalah dengan Ekstraksi DNA.
Ekstraksi DNA merupakan prosedur rutin dalam analisis molekuler. Masalahmasalah dalam ekstraksi DNA masih merupakan hal penting yang perlu diatasi.
Jumlah dan kualitas DNA hasil ekstraksi bervariasi tergantung dari spesies
tanaman sehingga mempengaruhi analisis lebih lanjut seperti hibridisasi DNA,
pemotongan DNA dengan enzim restriksi maupun analisis dengan polymerase
chain reaction (PCR) (Pharmawati, 2009).
Ekstraksi DNA adalah langkah pertama yang sangat penting dalam langkahlangkah kerja analisisDNA sequencing. Kualitas secara keseluruhan, akurasi dan
panjang pembacaan urutan basa DNA dapat dipengaruhi secara signifikan oleh
karakter sample itu sendiri, dan metode yang dipakai untuk ekstraksi DNA.
Mengisolasi DNA dengan kualitas tinggi dari berbagai jenis sample memiliki
tantangan tersendiri, dan metode yang ideal akan beragam bergantung pada jenis
jaringan/tissue(termasuk darah), bagaimana ia diperoleh dari sumbernya, dan
bagaimana sample ditangani atau disimpan sebelum diekstrak. Metode untuk
isolasi asam nukleat sering dikerjakan menggunakan penghancuran mekanik atau

metode kimiawi, yang kadang-kadang juga terotomatisasi. Baik metode ekstraksi

manual maupun otomatis yang digunakan, kita harus berhati-hati untuk
meminimalisir degradasi DNA, dengan menghindari ekspos terhadap panas,
cahaya,freeze-thawyang berulang-ulang dan vortex. Selanjutnya, laboratorium
harus diatur sedemikian rupa untuk meminimalisir kemungkinan kontaminasi
silang diantara sample (sciencebiotech.net). Agar lebih memahami konsep
ekstraksi DNA dilakukan anlisis berikut.
I.2 Tujuan
Adapun tujuan dilakukannya percobaan ini adalah mengetahui analisis proses
ekstraksi DNA dan hasil analisis kandungan DNA pada 5 macam bahan tersebut.

II.

II.1

METODOLOGI

Bahan dan Alat

Bahan-bahan yang digunakan adalah tomat, air, garam, zat pelunak daging, stik
batang kayu, alkohol dan detergen.
Alat alat yang digunakan adalah blender, geas ukur, sendok, seringan, tabung
reaksi, kertas,dan wadah penyimpanan.
II.2

Protokol

Adapun metode yang harus dilaksanakan adalah sebagai berikut :

1. Masukkan ke dalam tabung/gelas blender:
-

84 gram (100 ml atau 1/2 cangkir) dari kacang polong hijau atau bisa dengan
sumber DNA lainnya.

200 ml (1 cangkir) air.

Sedikit garam (1 gram atau 1/8 sendok teh).

2. Blenderlah pada (daya) tinggi selama 15 detik.

3. Saring campuran tersebut melalui saringan ke dalam gelas ukur untuk
mengeluarkan polong yang tidak terblender (agar tidak tercampur lagi dengan
larutan).
4. Tambahkan 30 ml (2 sendok makan) deterjen. Aduk denganperlahan-lahan
hingga menyatu. Diamkan selama 5 - 10 menit.
5. Isilah tabung reaksi sekitar 1/3 penuh dengan larutan kacang polong tersebut.
6. Basahi (stik) batang kayu dengan mencelupkannya ke dalam cairan/larutan
kacang polong tadi. Kemudian celupkan tongkat basah tersebut ke dalam zat

pelunak daging. Campurkan pelunak daging tersebut menjadi cairan kacang

polong.
7. Miringkan tabung reaksi dan dengan perlahan-lahan tuangkan alkohol (dengan
jumlah yang sama) di sisi tabung sehingga ia akan berada di atas permukaan
cairan kacang polong.
8. Benang DNA akan muncul di perbatasan antara cairan kacang polong dan
alkohol.
9. Gunakan batang kayu untuk memindahkan cairan kacang polong dengan
pelahan-lahan ke dalam larutan alkoholsehingga DNA akan mengendap; Anda
juga dapat mendiamkan tabung selama 30 menit atau lebih.
10. Anda dapat menyimpan DNA tanpa batas dalam wadah tertutup dengan
alkohol atau mengeringkannya di atas kertas. (menggunakan batang kayu atau
pipet (penetes mata) untuk mentransfer DNA)

Simulasi Protokol
1. Tomat, air dan sedikit garam dimasukkan dalam gelas blender

2. Blenderlah pada (daya) tinggi selama 15 detik, kemudian disaring

3. Tambahkan 30 ml (2 sendok makan) deterjen kemudian Isilah tabung reaksi

sekitar 1/3 penuh dengan larutan tomat

4. Miringkan tabung reaksi dan dengan perlahan-lahan tuangkan alcohol.

Gunakan batang kayu untuk memindahkan cairan larutan tomat dengan
pelahan-lahan ke dalam larutan alkoholsehingga DNA akan mengendap.
Kemudian didiamkan tabung selama 30 menit atau lebih.

5. menyimpan DNA dalam wadah tertutup dengan alkohol atau

mengeringkannya di atas kertas

III.

HASIL PERCOBAAN

III.1 Hasil ekstraksi DNA

Tabel kandungan ekstrak DNA (ml) dari 5 macam bahan
Bahan

Ulangan
1

Bayam

2.4

2.6

2.0

Hati ayam

6.8

7.8

7.0

Straberi

5.6

4.9

5.0

Brokoli

2.8

3.0

2.7

Tomat

4.8

4.8

5.4

III.2 Pembahasan
III.2.1 Analisis proses ekstraksi DNA
Dalam proses ekstraksi DNA hal yang harus dilakukan adalah menyiapkan bahan
yang mengandung DNA dapat kita ambil dari materi yang ada disekitar kita
seperti bayam, brokoli, hati ayam, strawberi, tomat, dll. Bahan lain yang perlu
disiapkan adalah blender, larutan garam dan larutan sabun. Tahap pertama yang
harus dilakukan adalah menghancurkan materi tersebut dengan menggunakan
blender dengan dicampur larutan garam (NaCl) dan larutan detergen. Blender ini
dapat menghancurkan jaringan dan sel secara mekanik, sedangkan larutan garam
(dapat dibuat dengan melarutkan 1/8 sendok teh garam dalam 200 ml air) dapat
digunakan untuk melisiskan sel karena lingkungan yang hipertonis misalnya
plasmolysis yaitu peristiwa keluarnya air dari dalam sel karena lingkungan yang
hipertonis. Sedangkan larutan detergen berfungsi untuk melarutkan senyawa lipid

dan protein yang terdapat pada membran sel ataupun membran inti sehingga DNA
keluar dari sel dan larut dalam larutan.
Setelah diblender, larutan tersebut kemudian disaring dengan saringan teh untuk
memisahkan partikel yang lebih besar dan tentunya DNA lolos dari saringan teh.
Hasil saringannya (filtrat) kemudian kita beri pelunak daging yang banyak dijual
di pasaran. Jika anda tidak mendapatkannya, anda juga bisa menggunakan jus
nanas. Pelunak daging dan jus nanas mengandung enzim yang dapat
mendenaturasi protein yang ada di filtrat dan termasuk protein histon yang
mengikat DNA. Setelah anda beri pelunak daging, diamkan filtrat sebentar (5 10
menit).
Setelah itu pindahkan filtrat tersebut dalam tabung reaksi kosong. Bahan terakhir
yang harus anda siapkan adalah alkohol (70%) dingin.Filtrat tersebut ditambahkan
alkohol (70%) dingin secara perlahan-lahan lewat dinding tabung supaya molekul
DNA tidak terdispersi. Alkohol memiliki gugus OH yang bersifat hidrofilik atau
mengikat air sehingga kelarutan DNA dalam air menjadi turun dan DNA terpisah
dari air karena air berikatan dengan alkohol. Pemberian alkohol sengaja dalam
kondisi dingin yang bertujuan untuk menghambat kerja enzim nuklease yang
mampu mendegragasi atau menghancurkan DNA. Setelah anda tambahkan
alkohol, anda akan melihat gumpalan yang ada bagian tengah lapisan.
III.2.2 Analisis kandungan DNA pada 5 macam bahan tersebut
Bedasarkan hasil analisis terhadap 5 bahan yang mengandung DNA, ternyata hati
ayam memiliki kandungan jumlah DNA paling besar dintara bahan yang lainnya.
Hati ayam merupakan organ pada hewan yang tersusun dari banyak sel, sel-sel
tersebut mengandung DNA yang bayak.

IV.

KESIMPULAN

1. Dari 5 bahan yang diujikan tenyata yang paling nayak mengandung DNA
yaitu hati ayam.
2. Pelunak daging berfungsi sebagai mendenaturasi protein yang ada di filtrat
dan termasuk protein histon yang mengikat DNA.
3. Digunakan alcohol yang dingin agar dapat mengikat air yang sehingga
DNA dapat menjadi tersaring.

DAFTAR PUSTAKA
Anonim .2014. Diakses melalui http://sciencebiotech.net/faktor-penentukeberhasilan-analisa-dna-sequencing/. Tanggal 12 November 2014.

Tugas kelompok 9
1. Buat daftar lima macam benda yang tersedia untuk Anda yang bisa digunakan
sumber DNAselain kacang polong.
Bahan

Ulangan
2

Bayam
Hati ayam
Straberi
Brokoli
Kacang hijau
2. Buat daftar lima macam benda/barang/bahan yang tidak akan menjadi sumber
DNA.
Bahan

Ulangan
2

Detergen
Alcohol
Air mineral
Garam dapur
Agar-agar
3. Mengapa Anda menggunakan deterjen dalam prosedur dan bagaimanacara
kerjanya?
Jawab:
Karena detergen dapat menghancurkan membrane nukleus dalam sel
tumbuhan. Sebuah sel DNAbiasanya terlindungi oleh membran nukleus dari
enzim-enzim (yang disebut DNases), namun penambahan deterjen dapat
menghancurkan membran tersebut.
Cara kerjanya adalah detergen melarutkan senyawa lipid dan protein yang
terdapat pada membran sel ataupun membran inti sehingga DNA keluar dari
sel dan larut dalam larutan (Anonim, 2014).
4. "Bahan" yang mana menurut Anda mungkin memiliki pengaruh yang paling
besar pada jumlah DNA yang telah Anda ekstrak? Jelaskan dengan sebuah
eksperimen untuk menguji hipotesis Anda. (Buat Tabel simulasi
kandungan/jumlah ekstrak!).
Jawab :
Menurut kami bahan yang akan memberikan pengeruh paling besar pada
jumlah DNA adalah hati ayam. Hati ayam banyak mengandung sel-sel yang

didalamnya banyak terkandung DNA yang lebih banyak dibandingkan

dengan jenis bahan lainnya. (Hipotesis)
Tabel kandungan ekstrak DNA (ml) dari 5 macam bahan
Bahan
Bayam
Hati ayam
Straberi
Brokoli
Kacang hijau

Ulangan
2

1
2.3
5.6
4.3
3.4
2.1

2.5
5.0
4.4
3.2
1.9

3
2.2
5.2
4.3
3.3
1.7

5. Apa fungsi/kegunaan garam, alkohol, air dingin, enzim dari ekstrak buah
nenas, dll.
-

Jawab :
Fungsi garam : Air asin (mengandung garam) membantu endapan DNA

(memadatkan dan tampak) ketika alkohol ditambahkan.

Fungsi Alkohol : Mengendapkan DNA yang berarti tidak larut dalam alkohol.
Selain itu juga dapat menjadi media pengawetan, DNA dapat bertahan selama
bertahun-tahun jika Anda menyimpannya dalam wadah yang berisi alkohol

yang tertutup rapat.

Fungsi air dingin :Air dingin membantu menjaga keutuhanDNA selama
proses ekstraksi. Bagaimana bisa? Pendinginan memperlambat reaksi enzim.

Ini melindungi DNA dari enzim yang dapatmenghancurkannya.

Fungsi enzim :Enzim-enzim yang terdapat di dalam sel sitoplasma (bukan
nukleus) menghancurkan DNA dari virus-virus yang mungkin masuk ke dlam
sel kita dan membuat kita sakit. Sebuah sel DNAbiasanya terlindungi oleh
membran nukleus dari enzim-enzim (yang disebut DNases), namun

penambahan deterjen dapat menghancurkan membran tersebut.

Fungsi ekstrak nenas : ekstrak nanas dapat menjadi enzim pelunak daging
yang mengandung Bromelain dan merupakan protease, yang dapat
memecahkan proteinkarena dengan cukup sedikit enzim akan membuat
sebuah reaksi beralangsung cepat. Enzim itu cepat dan kuat.

Sumber :
Anonim, 2014. Diakses melalui
http://blogs.uajy.ac.id/bihungoreng/2013/05/27/ekstraksi-dna-itu-mudah/.
Tanggal 12 November 2014.