Scribd Logo
Fazer o upload

Bem-vindo(a) ao Scribd!

  • Bab 20

    Enviado por

    Athina Mardha
    24 visualizações29 páginas
    DNA

    Título original

    bab 20

    Direitos autorais

    © © All Rights Reserved

    Formatos disponíveis

    PDF ou leia online no Scribd

    Você considera este documento útil?

    Este conteúdo é inapropriado?

    Denunciar este documento
    DNA

    Direitos autorais:

    © All Rights Reserved
    Baixe no formato PDF ou leia online no Scribd
    Sinalizar o conteúdo como inadequado
    24 visualizações29 páginas

    Bab 20

    Enviado por

    Athina Mardha
    DNA

    Direitos autorais:

    © All Rights Reserved
    Baixe no formato PDF ou leia online no Scribd
    Sinalizar o conteúdo como inadequado
    de 29
    WAWASAN MOLEKULAR DNA 20 PENDAHULUAN Sejak pengumuman mengenai model heliks-ganda dari DNA pada tahun 1953 oleh Watson dan Crick, penelitian molekular mengenai rmakromolekular telah memberikan sumbangan yang belum pernah terjadi sebelumnya bagi pengetahuan dasar dalam biologi. Seperti disebutkan dalam Bab 1, suatu sumbangan intelektual yang secara rnyata mempengaruhi penelitian molekular sebelumnya adalah ajar- an sentral, yang diajukan oleh Crick pada akhir 1950-an. Secara tunggal ajaran ini menekankan pada suatu karakteristk fundamental dari proses kehidupan—aliran informasi biologi. Berdasarkan pada buktiilmiah yang dikumpuikan dan temuan riset yang timbul, Crick menduga bahwa suatu pengertian molekular mengenai informasi genetika dan replikasinya serta transmisi di dalam suatu sistem kehidupan terutama terietak dalam fungsi biokimiawi dari tiga kelas makromolekul berikut: DNA, RINA, dan protein. la memimpikan, se- perti didiagramkan secara skematik pada Gambar 20-1, sembilan modus hipotetik yang mungkin dari transfer informasional: masing- masing dari tiga tipe makromolekul dapat bereplikasi sendiri, dan masing-masing dapat mentransfer kandungan informasionalnya kepada dua tipe lainnya. Proposal yang terakhir ini, dalamistiiah bio- kimiawi, bermakna bahwa suatu Kelas makromolekul dapat men- transmisikan informasinya dengan secara fisik bertindak sebagai suatu cetakan penentu-struktur untuk sintesis dari dua tipe lainnya. Bukti yang ada pada saat dalll Crick hanya mengidentifkasi replikasi DNA dan RNA virus dan transfer informasi genetika kepada struktur protein (hipotesis satu gen- satu enzim) sebagai jalan besar yang diiaporkan untuk aliran informasi biologi. Karena kemaluan yang cepat dan menggembirakan yang dibuat ‘selama periode yang mengarah pada pemaparan mekanisme biokimiawi dari sintesis protein dan sifat kimiawi dari kode genetika, maka dunia ilmiah memusatkan perhatiannya pada transfer infor- masi seperti yang terjadi pada ekspresi gen (Gambar 20-2). Karena itu hubungan DNA-protein mengambil suatu peranan penting dalam Dogma Sentral, dan aliran satu-arah dari informasi yang berkaitan dengan hubungan ini berurat akar dalam pemikiran ilmiah. Ketika Howard Temin dan David Baltimore (Hadiah Nobel bersama, tahun 1975) secara independen menetapkan pada tahun 1970 bahwa virus /\ Cia |) Gambar 20-1 ut hipotetik unt aitan infrmas! blog sepert eidalikan oleh Crick oa SSMES 5 pina PERSE» Protein Gambsr 202 Rute Biokimiawi untuk transfer Informes! enetka ke struktur protein, S74 WAWASAN MOLEKULAR DNA DNA E ANA ——> Protein Gambar 203 Mokanisme yang diketahui untuk transfer Informasi blag. Panah yang penuh dan terputus-pulus masing-masing merupakan twansfor uum dan khusus. “Tiga virus RNA onkogenik adalah sarkoma ous (kanker pada ayam), mieloblastosis ‘avian (leukemia pada burung), dan leukemia Rauscher (leukemia pada this). Dua vieus DONA enkogenik adalah SV4O (canker pada era) dan plloma (kanker paca thas). Gambae 20-4 Diagram yang dsederhanakan dar konvers iniraseliar vius RNA menjadi DNA unialan ‘ganda. Deoksiribonukleosida trifosfat ‘dporukan untuk sntsis DNA dan disajkan ‘leh empat aNTPs. RIVA onkogenik (penyebab tumor) memilki suatu enzim, transkrio- tase reversa, yang menggunakan genom RNA virus untaian-tunggal ‘sebagai suatu cetakan untuk mensintesis DNA, yaitu, RNA > DNA, temuan ini diterima dengan kesangsian oleh banyak ilmuwan. Dail bahwa aliran informasi biologi dapat berlangsung dari RNA ke DNA leh beberapa ahii dianggap sama dengan suatu usulan orang bida‘ah. Namun, seperti yang selanjutnya ditunjukkan oleh Crick, emikiran awalnya mengenai aliran informasi biologi (Gambar 20-1) tidak menyingkirkan suatu kemungkinan seperti ini, dan penemuan, dari transkriptase reversa (DNA polimerase yang diarahkan-RNA) tidak melanggar, tetapi malah memperiuas konsep dasar dari dog- ma. Dengan penggabungan dari bukti terbaru ini, alan informasi biologi yang diketahui dewasa ini disingkat sebagai yang diperihat kan pada Gambar 20-3. DNA dan RNA virus merupakan replikon, yaitu, molekul yang mampu untuk mereplikasi di; kedua kelas asam rnukleat dapat berlindak sebagai cetakan untuk sintesis yanglain, dan protein disintesis dari informasi yang dikandung dalam FINA. Panah ‘yang padat dalam Gambar 20-3 menunjukkan transfer Iazim yang ‘erjadi pada semua sel, dan panah yang bergaris terputus-putus memperiihatkan transfer khusus yang diketahui hanya terjadi pada sel virus RNA yang terinfeksi. Karena tidak terdapat bukti mekanisme biokimiawi yang memungkinken protein untuk bereplikasi atau ber- tindak sebagai cetakan untuk sintesis DNA atau RNA, maka ajaran ini mendalikan bahwa kandungan informasional dari protein tidak dapat dtranster. Pengaruh yang dimiliki oleh penemuan transkriptase reversa terhadap virus onkogerik pada riset Kanker juga pantas mendapat- kan komentar. Walaupun diketahui bahwa sejumiah virus DNA dan RRNA mampu untuk menyebabkan jenis kanker tertentu pada hewan percobaan, tetapitidak terdapat suatu model pemersatu yang secara memuaskan menggabungkan suatu dasar molekuiar untuk aksi pe- inyebab-kanker dari kedua jenis virus. Penelitian mengenai hubung- an intraselular antara bakteria dan bakteriofag DNA-nya (virus bakteri) memberikan dasar ilmiah yang kuat untuk pemikiran berikut is RNA untaian nga! Tansirgasa reverse ns) fg Hloid DNA-RNA rm pis ean pal esi green curren regres ke catam genom host AISETMOLEKULAR ONA 375 di mana para peneliti dapat menjelaskan transformasi dari sel ma- rmalia normal menjadi berstatus kanker oleh virus DNA tertentu. Se- telah masuknya virus ke dalam suatu sel host, genom (provirus) virus Uuntaian-ganda mengalami rekombinasi dengan DNA kromosomal ‘dari sel yang terinfeksi, dan pengaruh genetika dari provirus yang di- gabungkan menyebabkan transformasi selular. Model ini tidak dapat mencakup virus RNA onkogenik karena diperiukan suatu anggapan rekombinasi antara RNA (genom virus) dan DNA (genom sel-host)— suatu fenomena biologi yang tidak dikenal terjadi. Seperti digam- barkan pada Gambar 20-4, reaksi transkriptase reversa mengawali suatu cara biokimiawi di mana RNA virus dapat mentransfer infor- ‘masi genetiknya kepada suatu struktur DNA proviral untaian-ganda yang Kemudian dapat digabungkan ke dalam genom sel host. Jadi, Penemuan transkriptase reversa memberikan suatu kaitan biokimia- wi yang sangat membantu dalam mendukung teori virus dari kanker. RISET MOLEKULAR DNA ari peneiitian molekular mengenai tiga kelas makromolekul infor- ‘masional, maka makromolekul DNA tetap memberikan dampak yang besar terhadap kecenderungan riset dalam biologi. Kemajuan yang dibuat menjurus pada penjelasan perincian molekular mengenai karier daricetak bru genetika dan fungsibiologinya melebiniperanan DNA dalam aliran informasi biologi (replikasi dan ekspresi gen), karena riset juga telah mengungkapkan fenomena biokimiawi lain yang melibatkan asam nukleat. Contohnya, ditemukan bahwa suatu '5el mampu untuk memperbaikikerusakan DNA (mekanisme perbaik- an), dan bahwa banyak prokariota mendegradasi DNA asing yang masuk ke dalam suatu sel (mekanisme modifikasi dan restrksi). Jenis mekaniste ini melibatkan interaksi biokimiawi spesifik antares protein (enzim) dan DNA. Penelitian molekular mengenai DNA menekankan pada suatu peningkatan kebutuhan akan teknik di mana molekul DNA dirang- kaikan dan dengan demikian memungkinkan untuk menguraikan berbagai set (rangkaian basa) dar\informasi molekular yang secara kolektif memungkinkan DNA berpartisipasi dalam berbagal fungsi selular. Pada tahun 1977, dua teknik perangkaian yang efeki dan ‘elatif sederhana ditemukan, dan rangkaian nukleotida pertama dari suatu genom lengkap, yaitu bakterotag ¢ X 174 (dengan panjang 5.375 nukleotida), diumumkan. Pencapaian yang penting ini juga melahirkan era dinamik lain dari riset DNA. Penelitian molekular mengenai DNA juga memberikan kepada iimuwan teknik untuk membentuk molekul DNA-tekombinan (DNA ‘yang terditi dari dua sumber yang berbeda, contohnya, suatu rekorn- binan bakterial dan hewan) dan memperbanyaknya dalam bakteria, Daerah riset biologi ini, karena pengertian ekonominya, melahirkan era baru bioteknologi. REPLIKASI DNA ‘Walaupun bagi Watson dan Crick struktur heliks ganda dari DNA dengan segera menunjukkan adanya suatu mode replikasi semi- GATE cetahan DNA gare SANS DNA mull lai (nascent) ect ap Ganibar 20.5 (Gambaran unum reaks DNA polimeras. A Gambar 20-6 ‘Skema yang disederhanakan dari repicasi DNA eemikonservat 376 konservatif dari molekul, tetapi suatu pengertian yang komprehensit dari perincian molekular proses replikatif terbukti sangat sukar, dan kadang-kadang merupakan tugas yang membingungkan. Pada ke- nyataannya, hanya baru-baru inilah kerumitan dari repl telah dimengerti dengan sepenuhnya. DNA Polimerase (Enzim Kornberg) Pada tahun 1950-an, penemuan dan penelitian selanjutnya menge- nai enzim DNA polimerase diarahkan-DNA dari Escherichia colioleh ‘Arthur Komberg (Hadiah Nobel, Tahun 1959) dan rekannya, tampak- ‘nya memberikan mekanisme katalitik di mana terjadi replikasi DNA. DNA polimerase (Gambar 20-5) ditemukan memeriukan suatu ce- takan DNA dan keseluruhan empat substrat deoksiribosida trifosfat enzim ini juga terinat memilih DNA untaian-tunggal untuk suatu ce- takan, darimana disintesis suatu untaian komplementer. Secara ko- lektif, temuan ini memenuhi kebutuhan yang diharapkan untuk enzim ‘yang mengkatalisis replikasi DNA in vivo. Dengan dilanjutkannya pe- nelitian molekular dan genetika mengenai replikasi DNA, menjadi je- las bahwa tinjauan mengenai replikasi DNA kemiungkinan terlalu se- derhana, dan malah peranan dari DNA polimerase menjadi suatu ‘masalah perdebatan. Pada hakekatnya, jika dikatalogkan, pro dan kontra mengenai status enzim Kornberg dalam replikasi DNA dalam beberapa dekade yang lalu memberikan tinjauan yang teratur, his torik mengenai perkembangan yang periahan-lahan dari suatu pe- ‘ngertian yang akurat mengenal replikasi DNA. Beberapa enzim telah ditelti dengan cermat dalam hal fungsi biologinya sebagaimana halnya DNA polimerase. Beberapa Ciri Molekular Replikasi DNA Temuan berikut adalah beberapa dar aspek molekular eplikasi DNA penting yang telah diungkapkan secara progresit. Pada repikasi onservati, kedua untaian heliks ganda induk disintesis secara serentak, dan karena antiparalelisme dari kedua untaian, maka sin- tosis 5’ 3’ dan 3° — 5' (seperti diperihatkan pada Gambar 20-6) didalikan berlangsung secara serentak. Hipotesis ini menimbulkan keeraguan mengenai peranan replikasi yang diajukan oleh enzim Komberg, yang hanya dapat mensintesis dalam arah 5’ — 9. Per- mulaan replikasi DNA, seperti ditemukan dari peneltian mengenai E. coli, memerfukan tempat tertentu (asal replixasi) pada molekul, yaitu sintesis terjadi dengan suatu cara teratur, tertentu. Replikasi DNA juga ditemukan melibatkan sintesis diskontinu (Gambar 20-7). ‘Sementara sintesis dari suatu untaian komplementer terhadap un- talan induk 3’ — 5’ (disebut untaian terkemuka) terjadi dengan cara -kontinu,sintesis terjadi pada untaian induk 5’ —> 3° (untaianterting- {gal beriangsung dengan suatu cara diskontinu, Sintesis diskontinu berkaitan dengan produks' fragmen DNA (panjang sekitar 100 hing- ga 1.000 nukieotida pada E.col) yang selanjutnya, melalui ikatan kovalen satu dengan lainnya, menghasilkan untaian DNA utuh. Per- hatikan bahwa sintesis yang diskontinuterjadi dalam suatu arah 5° = 3, suatutemuan yang memulkan peranan yang didalilkan untuk ‘enzimm Konrberg dalam replikasi DNA. EPLKASIONA 377 Stace Shes wee ote swakboranat semambng ‘Suatu kejadian yang mencengangkan adalah sintesis RNA, yang ‘menggunakan DNA untaian-tunggal sebagai suatu cetakan, meru- pakan suatu prasyarat untuk replikasi DNA. Sebagaimana digam- barkan pada Gambar 20-8, suatu AINA primerkecil (panjang sekitar lima nukleotida) pertama dihasilkan dan kemudian deoksiribonuk- leotida ditambahkan pada terminus- 3’ dari primer untuk melanjutkan sintesis 5’ — 3’. Pemasukan terminus 5'-RNA dalam fragmen DNA yang mulai timbul mengungkapkan bahwa langkah akhir dalam replikasi DNA, khususnya dalam sintesis diskontinu, lebih rumit daripada yang semula diduga. Bagian RNA dari fragmen harus diangkat dan digantikan oleh rangkaian DNA analog sebelum frag- men DNA dapat dinubungkan untuk menghasilkan untaian DNA yang lengkap. Tiga DNA Polimerase dari E. coli Dengan perkembangan secara progresif dari perincian molekular DNA, penelitian genetika dan‘enzimatik juga mengungkapkan sisi baru'mengenai sintesis in vivo dari polideoksiribonukleotida. Ring Kesnya ga DNA polimerase dewata ii didentxai pada E col, dan Tabel 20-1 mendata beberapa dari masing-masing sifat. Polimerase asli yang ditemukan oleh Komberg dewasa ini disebut DNA ppolimerase |, dan dua enzim yang selanjutnya ditemukan dise- but DIA polimerase Il, dan Ill Ketiga enzim mempolimerisasi deok- siribonukleotida dalam suatu arah 5’ -» 3’. Mereka juga memperi hatkan aktivitas eksonuklease 3’— 5’, yaitu mendegradasi DNA satu nnukteotida pada satu waktu, dari terminus 3’-nya. DNA polimerase | memnliki aktvitas Katalitik ketiga; juga dapat mendegradasi DNA (@tau RNA) dariterminus-5'(aktivitas eksonuklease 5’ 3). Sebagai ‘Suatu polipeptida tunggal, DNA polimerase | merupakan enzim yang baik sekali, mampu untuk mengkatalisis tiga reaksi khas. DNA poli- merase ll juga merupakan suatu polipeptida tunggal, sementara DNA polimerase Ill yang aktif secara katalitk terdiri dari dua protomer identik, Suatu cit biokimiawi yang dimilikibersama oleh ketiga enzim adalah bahwa tidak satupun mensintesis DNA de novo, tetapi malah hanya dapat menambah rangkaian DNA pada terminus-3' dari pol- rnukleotida yang sudah ada sebelumnya (primer). Dengan memperhatikan fungsi biologi, DNA polimerase Ill meru- pakan enzim pereplikasi-DNA. (mutan OnaE dari E. coli yang tidak Gambar 20-7 Diagram yang disedemnanakan dai eptkasi DNA. Cetakan DNA urain noo NA Na a Gambar 208 lustrasi yang disederhanakan dan sintesis RNA dan DNA dalam repixas! ONA ‘378 WAWASAN MOLEKULAR ONA abel 20-1 Polmerase Polimerase Polimerase T if Fungsi ‘polmerisasi §'-» 3 “ 4 é Eksonuklease 5’ > 3° : 4 = Eksonuklease 3 5° + + : Berat molekul 1091000 120.000 140.000 Molekuise! “400 ? 10:20 [Nuligotida dipolmerisasi pada ‘37*imenivmolokul zim ~600 +30 =9.000 (Data da OWA Replication, A. Kornberg, San Francisco: Penerit Freeman, 1960,) dapat mereplikasikan kromosomnya pada suatu suhu yang mening- kat memiliki DNA polimerase Ill, tetapi bukan polimerase | dan Il, yang juga peka terhadap suhu.) DNA polimerasi | diperiukan untuk ‘mekanisme perbaikan DNA, dan juga untuk replikasi DNA. DNA po- limerase Il masih merupakan teka-teki, Karena tidak ada fungsi selular khas yang diidentiikasi untuk enzim ini. ‘Model Mutakhir Replikasi DNA Bertahun-tahun, Komberg dan rekannya dengan tabah menyelicik mekanisme molekular replikasi DNA. Dari penelitian mengenai repli kasi in vitro dari DNA untaian-tunggal genom bakteriotag @ X 174, G4, dan M13, kelompok Kornberg berhasidalam mengidentifikasi sebagian besar komponen molekular tersendiri yang diperiukan Untuk sintesis dari untaian komplementer bakterofag DNA ini. Te- muan mereka, demikian pula temuan dari penelit lain, memberikan model umum dari replikasi DNA bertahap, yang memeriukan suatu sistem repikasi DINA muttienzim. Model ini, yang diajukan oleh Kornberg, mengenali empat stadium berikut dalam proses replikasi Prepriming (persiapan untuk replikasi), priming (sintesis RNA pri- ‘mer), pemanjangan (penambahan rangkaian DNA pada termini 9’ dari RINA primer kecil (Gambar 20-10), dikatalisis oleh enzim primase, yang dikompleksir ddengen enam atau tujuh polipeptida lain (protein dnaB dan C dan iinurt, dan 1’). Agregat ini disebut suatu primosoma, dan masing- masing komponen dari agregat mempunyai fungsi dalam proses priming. Pemanjangan dan Pengakhiran ntesis suatu RNA primer diikuti dengan penambahan suatu rang- kaian DNA pada terminus-3’ (pemanjangan rantai). Proses peman- jangan dikatalisis oleh holoenzim DNA polimerase Ill (Gambar 20-10}. Untuk melengkapi sintesis dari suatu untaian DNA utuh, 3°) dapat dibaca ke atas dimulai dari pita dasar. Rangkaian DNA untaian-tunggal yang digu- akan sebagal suatu cetakan merupakan salinan komplementer antiparalel dari rangkaian yang ditentukan: Rangkaian yang ditentukan 5'-A-T-C-G-G-T-C-A-G-A-S Cetakan DNA 3-T-A-G-C-C-A-G-T-C-T-S' Metode Kimiawi dari Maxam dan Gilbert Metode kedua untuk menentukan rangkaian deoksiribonukleotida mengandalkan pada pembelahan kimiawi selektif dari DNA untaian- tunggal yang didapat dari fragmen untaian-ganda yang dihasilkan ‘melalui digesti endonuklease pembatas. Untuk perangkaian DNA, digunakan endonuklease yang mengkatalisis sayatan tumpul (Tabel 20-3). Sebelum pengolahan kimiawi, suatu untaian DNA yang dide- Sistem | Stem | Stem | Sistom waste | goat | gocre | oarte Puneak dar ge ma 0) | =o a) | = | mo = | ti | | | am | | | td | cu Dasar da gol aca ke tas 393 ctacatald Gambar 20-22 Sayatan dar suatu pola gel delapan-saluran (@ua saluran untuk Setap empat basa) yang ‘dapat mela sistem termanasantat ONA Yang diangkaixan adalat car okra [agung, sayatan dana cinserskan ke da lam baktenotag M3 (vekton unaian unggat ddan Gklon dalam & Sm (host | GS. Leving i) be Gambar 20-23 Sistem terminastrantal, Skema suatu per Saningr aderadogt vag del a ‘selelan elekroforesis dan sotiap cam furan 4 ikabas! yang cilustasken pada Gamba 20-21 994 WAWASAN MOLEKULAR ONA Fabel tem dat sua fragman 8 Ho—tasccacter 3 NA nian tungge!olsh polnkieoise 2 8 A — poinatooice | pderosin —O— FO —TAGCCASTET—9' + ADP °. fosforilasi (diolah dengan alkalin fosfatase) diberi label dengan “2p pada terminus-5-rya (Gambar 20-24) untuk menghasikan suatu un {aia beriabel secara terminal (Pelabelan dar terminus 3’ merupa- kan cara alteratf untuk ?pemubuhant suatu untaian dengan racio- aktivitas dan memeriukan [}°P] ATP dan transferase terminal.) Fragmen untaian-ganda dapat juga dilabel secara terminal oleh en- zim yang sama, setelah itu untaian dipisahkan untuk analisis. Frag- ‘mentasi seleki dari untaian ONA berlabel Kemudian dicaoai dengan ‘menggunakan empat pengolahan kimiawiterpisah, masng-masing dlrancang untuk menghasikan pembelahan spesifik dan pola auto- radiogratk ‘Dua Pengolahan untuk Pembelahan Selektt pada Posisi Purin Kedua metode menggunakan pengolahan kimiawi yang menyebab- kan kehilangan nukieotida (1) guanil dan (2) quanil dan adenil. Untuk pembelatan selekti pada posisi quanil,untaian DNA diolah dengan dimettsutat(OMS) yang memetilasiresidu adeni/dan guanilmasing- masing pada N-3dan N-7 (Gambar 20-25). Reaksiiniterbatas hanya ‘memetiiasi satu purin untuk setiap 50 hingga 100 basa dalam suatu Luntaian, yang menjamin Gistrbusi acak dar purin yang dimetiiasi da- Jam untaian, Untuk pengangkatan spesifik dar residu guanil, diman- faatkan kenyataan bahwa pada pH basa sebesar 10 atau labih tinggi, ikatan antara C-8 dan N-9 dari 7-metiquanin mengalami 2embelah- an. Kemudian purintermetilasi yang dibelah dan residu deoksiibosil- riya dengan rangkaian dapat diangkat melalui pengolahan dengan piperidin, Jadi, setelah metilasi purin yang terbatas, fragmen DNA diolah dengan piperidin 1M yang sebagai basa bebas, tidak hanya menyebabkan pembelahan cincin dari residu 7-metilguanin tetapi juga pelepasannya dari rangkalan DNA dan eliminasi daricampuran i WNT SW Pembelahan dar residu 7-metiguanin 1 H,c—0-s—0—ch, ° Gambar 20-25 Dimetisufat, 3-met ‘uarin Matisenin fein, dan 7-metl 3° dari untatan DNA asli yang dianelisis (Gambar 20-27). Hanya basa terminal-5'(T) yang tidak didentifikasi Komentar mengenai Metode Pengurutan DNA Dua teknik perangkaian, relatif sederhana tetapi efektif ini, sangat terbatas hanya karena kemampuan pemisahan prosedur elektro- foretik yang digunakan. Sekarang ini mungkin untuk memisahkan antara 200 dan 300 fragmen pada satu gel. Dewasa ini dengan dapat, ditentukannya rangkaian DNA, banyak rangkaian asam amino dapat, Autoradiograt Puncak go Dasar get aca koatas PENGURUTANONA OTOMATIS 397 diduga dengan menentukan rangkaian nukleotida dari pengkodean untuk masing-masing polipeptida. PENGURUTAN DNA OTOMATIS Dewasa in karena DNA merupakan teknik yang sudah mantap dan enggunaannya semakin meluas dengan cepat, usaha untuk oto- mmatisasi terminasi metode rantai Sanger sedang berjalan, Dua pro- tokol otomatis telah dikembangkan, dan keduanya mengandalkan pada deteksi dan identifikasi dari fragmen DNA yang beriabel DNA. Jluga tidak melibatkan penggunaan radioisotop dan autoradiograf. Dalam suatu sistem, suatu cat yang berfluoresensi (suatu fluo- rofof) beriekatan secara kovalen dengan primer yang digunakan dalam sistem pemanjangan DNA, yaitufluorofor menggantikan bu- buhan (labelan)-* P. Suatu fluorofor dengan warna yang berbeda 5° (untaian terkemuka) terjedi dengan cara vang kontiny; namun, pada untaian 5’ > 3’ (untaian terbelakang),sintesis terjad ‘dengan cara yang diskontinu, Pada sintesis yang diskontin, dihasikan ‘ragmen komplementer, fragmen ini berkatan secara kovalen satu samalain untuk menghasikan sualu untaian anak dari ONA yang utuh, Replikasi terjadi dalam empat stadium. Prepriming, stadium pertama, menyiapkan kkedua untaian DNA untuk reptikasi, dan paling tidak setengah lusin prote turut serta dalam proses ini, Stadium Kedua, priming, berkaitan dengan sintesis 5" ~» 3" dari suatu RNA primer kecil(komplomenterterhadap untaian DNA induk) oleh primase. Sintesis FINA primer tambahan pada berbagai tempat sepanjang untaianterbelakang selanjutnya mengikut, Pada pemnan jangan, stadium ketiga, DNA polmerase I mengawalisintesis rangkaian [DNA komplementer dengan untaian induk melalui perambahan deoksinbo- ‘ukleotida pada terminus-3' dari RNA primer. Pada tik proses replikas in, ‘masing-masing fragmen yang direplikasi sepanjang urician yang tertinggal ‘mempunyai suatu rangkaian RNA (primer) maupun DNA. Pada stadium keempat, terminasi, DNA polimerase | melaksanakan peranan ganda untuk ‘mengeluarkan ribonukieotida (RNA primer) dari fragman dan menggantkan primer ini dengan rangkaian deoksiribonukleotida, Dengan cara inilah frag ‘men yang direplikasi diubah menjadi rangkaian deoksirbonukleotida, yang kovalennya berikatan satu dengan lainnya (melalui ikatan fosfodiester) ke ‘mudian dikatalsis oleh ligase DNA, ‘Sel mampu untuk memperbaiki kerusakan DNA-rya. Dalam kasus ia diasi UV, kerusakan terutama disebabkan oleh pembentukan dimer tin Dalam mekanisme perbaikan-cksisi,distorsi yang diciptakan dalam heliks ‘ganda DNA oleh suatu dimer timin cikenali oleh suatu endonuklease, yang membelah suatuikatan fosfosiester yang dekat dengan dimer timin. Kemu dian DNA polimorase | menggantkan rangkaian DNA pada daerah yang "mengandung dimertimin, dengan monambahkan deoksribonuNleotidapada terminus-3' yang diciptakan pada tempat di mana untalan dibelah. DNA ppolimerase | menggunckan untaian DNA lain sebagai cetakan. DNA pol- ‘merase | juga membelah ikatan fosfodiester kedua yang melepaskan daerah yang mengandung dimer tin dar untaian DNA. Jikarangkaian dari bagian yang diangkat dsintesis kombali, maka igase DNA mengkatalisis ikatan dart ‘aerah yang baru diregenerasi dengan untalan yang cudah ada. ‘Selumlah bakteriajugamampu untuk mengenali dan mendegradasiDNA asing,contohnya adalah bakteriofag, yang memasukilingkungan selularnya. Dua enzim teribat dalam fenomenaini yang memungkhkan suatubakterium Untuk merusak DNA asing tetapi bukan ONA-nya sendii, Satu enzim (suatu ‘metilase) bertanggung jawab untuk memberikan DNA bakterium dengan ‘uatu pola metas khas dengan mengenali dan memtilasisuatu rangkaian 3° dar fragmen DNA untaian tunggal yang digunakan sebagai cetakan? dATP doGTP dCTP dTTP 7. Apakah pola dari dua pita otoradiografik untuk posisi ‘nukleotida adenil dan guaniljka rangkaian daritragmen DNA untaian-tunggal datas ditentukan melalui metode ‘Maxam dan Gilbor? £8, Dalam protokol perangkaian DNA otomatis yang meng- ‘gunakan pewarna suksnifuoresein yang berikatan de- ‘ngan dideoksinukieosida Strifosfat, masalah apa yang

    Você também pode gostar