Asam nukleat dan Protein

Aliran informasi genetik

Pustaka:
Glick, BR and JJ Pasternak, 2003, Molecular Biotechnology:
Principles and Applications of Recombinant DNA, ASM
Press, Washington DC, hal. 23-46 dan 75-78
Groves MJ, 2006, Pharmaceutical Biotechnology, 2nd ed.,
CRC, Taylor & Francis, hal. 5 29

ASAM NUKLEAT,
POLIPEPTIDA DAN PROTEIN

DEBBIE S. RETNONINGRUM
SEKOLAH FARMASI
INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG

http://laxmi.nuc.ucla.edu:8248/M248_98/intro/DNA.gif

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 2

ASAM NUKLEAT
DNA dan RNA
Polimer/Polinukleotida
Monomer
: nukleotida
Komponen : gula, fosfat, basa

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 3

Struktur Nukleotida dan Polinukleotida

www.esb.utexas.edu/ mabrybio211/chapter05/ch5.htm

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 4

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 5

DNA
Tulang punggung :
Fosfat-gula
Basa dalam untai
Antiparalel
Polaritas :
53 vs 35
Komplemen :
Pasangan basa
(C=O dan N-H basa
antar polinukleotida)
Ikatan fosfodiester
(antar nukleotida)

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 6

KROMOSOM VS PLASMID
KROMOSOM VS PLASMID

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 7

SEL

DNA : menyimpan dan mentransmisi informasi

genetik
RNA : berperan dalam ekspresi informasi genetik
Protein : hasil dari ekspresi informasi genetik
memiliki fungsi tertentu
Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 8

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 9

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 10

DNA vs RNA
9 Gula: deoksiribosa

9 Gula: ribosa

9 Basa: AGCT

9 Basa: AGCU

9 Untai ganda

9 Untai tunggal

9 Prokariot:
sitoplasma

9 Prokariot:
sitoplasma

9 Eukariot: inti

9 Eukariot: inti dan

sitoplasma

9 Penyimpan informasi

9 Hasil transkripsi

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 11

POLIPEPTIDA
PROTEIN
Polimer
Monomer : asam
amino (20 aa)
Polaritas :
Ujung N - Ujung C
Ikatan peptida

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 12

Asam Amino

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 13

Asam amino
Amino acid
alanine
arginine
asparagine
aspartic acid
cysteine
glutamic acid
glutamine
glycine
histidine
isoleucine
leucine
lysine
methionine
phenylalanine
proline
serine
threonine
tryptophan
tyrosine
valine
Sekolah Farmasi ITB

One letter symbol

A
R
N
D
C
E
Q
G
H
I
L
K
M
F
P
S
T
W
Y
V

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Three letter symbol

Ala
Arg
Asn
Asp
Cys
Glu
Gln
Gly
His
Ile
Leu
Lys
Met
Phe
Pro
Ser
Thr
Trp
Tyr
Val
Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 14

Urutan asam amino insulin manusia

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 15

Urutan asam amino Interferon 2a

MCDLPQTHSLGSRRTLMLLAQMLRISLFSCLK
DRH DFGFPQEEFGNQFQKAETIPVLHEM
IQQIFNLFST KDSSAAWDET LLDKFYTELY QQ
LNDLEACVIQGV GVTETPLMKEDSILAV RKY
FQRITLYLKEKKYSPCA WEVVRAEIMRSFS
LSTNLQESLRSKE

panjang 165 asam amino

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 16

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 17

Struktur primer Protein

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 18

Struktur sekunder Protein

-turn: Pro, gly

Heliks :
Ala, Phe, Leu (sering)
Arg, Glu, Pro (jarang)

Lembaran : Gly, Ala, Ser

Pro: merusak

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 19

Struktur sekunder Protein

Heliks kolagen: left-handed helix
Urutan yang mempunyai
kecenderungan membentuk
heliks kolagen: Gly-X-Y
X= sering kali pro

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 20

Struktur sekunder vs tersier

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 21

STRUKTUR TERSIER:
HELIKS
LEMBARAN
-BEND

Interaksi non-kovalen:
Ikatan vam der waals
Interaksi elektrostatik
Ikatan hidrogen
Interaksi hidrofob
Ikatan disulfida

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 22

Struktur kuarterner Protein

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 23

STRUKTUR KUARTENER
Asosiasi dua atau lebih rantai polipeptida
Dapat rantai polipeptida yang sama atau
berbeda (homodimer vs heterodimer)
Terdiri atas subunit / monomer
Interaksi non kovalen (lemah):
Interaksi hidrofob
Ikatan hidrogen
Interaksi van der waals
Ikatan disulfida
Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 24

KLASIFIKASI PROTEIN

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 25

Asam nukleat vs Protein

9 Nukleotida
9 Polaritas 5 3
9 Ikatan
fosfodiester
9 Penyimpan
informasi

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

9 Asam amino
9 Polaritas N C
9 Ikatan peptida
9 Hasil ekspresi DNA

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 26

SENYAWA TERAPEUTIK
PROTEIN: INSULIN, INTERFERON,
STREPTOKINASE, ERITROPOEITIN,
ANTIBODI MONOKLONAL, HBsAg
DNA: TERAPI GEN, DNA ANTISENS,
OLIGONUKLEOTIDA, VAKSIN DNA

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 27

ALIRAN INFORMASI
GENETIK

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 28

PRODUK BIOTEKNOLOGI FARMASI

ASAM NUKLEAT (DNA DAN RNA)
PROTEIN (OBAT, VAKSIN, KIT DETEKSI): HASIL
TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI MATERI
GENETIK
PEPTIDA (LEBIH PENDEK DARI PROTEIN)

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 29

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 30

MENGAPA INFORMASI TENTANG

TRANSKRIPSI PENTING?
PROTEIN INGIN DIPEROLEH DALAM
JUMLAH BESAR
SALAH SATU STRATEGI ADALAH
MENINGKATKAN EFISIENSI TRANSKRIPSI

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 31

TRANSKRIPSI
SINTESIS RNA (mRNA, rRNA, tRNA)
MENGGUNAKAN INFORMASI PADA DNA

RNA POLIMERASE (PROTEIN)

PROKARIOT (SITOPLASMA) ; EUKARIOT (INTI)
PROMOTOR (KUAT vs LEMAH)
TERMINATOR (KUAT vs LEMAH)

OPERATOR (REGULASI)
SITUS AKTIVATOR (REGULASI)

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 32

TRANSKRIPSI

mRNA

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 33

TRANSKRISPI DAN BIOTEKNOLOGI

PROMOTOR DAN TERMINATOR KUAT
PROMOTOR DAN TERMINATOR DIKENALI
OLEH RNA POLIMERASE INANG

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 34

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 35

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 36

TRANSKRIPSI BALIK

KEBALIKAN TRANSKRIPSI
RNA DNA (cDNA)
REVERSE TRANSKRIPTASE
VIRUS (RETROVIRUS, HIV) dan
virus hepatitis B

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 37

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 38

TRANSLASI
SINTESIS POLIPEPTIDA MENGGUNAKAN
INFORMASI YANG ADA PADA mRNA
CETAKAN mRNA (tRNA dan rRNA TIDAK
DITRANSLASI TETAPI BERFUNGSI
LANGSUNG)
LOKASI DI RIBOSOM
KOMPONEN YANG DIBUTUHKAN
mRNA
RIBOSOM BINDING SITE (RBS) UNTUK
PROKARIOT
AUG (KODON START)
UAA, UGA, UAG (KODON STOP)
Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 39

Translasi

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 40

Kodon stop
Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Kodon start
Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 41

ORGANISASI GEN PROKARIOT

Coding sequence
5

RBS

3
Promotor

Kodon stop
3
5
terminator

Kodon start
Inisiasi
transkripsi

Komponen transkripsi: promotor, terminator, situs inisiasi

transkripsi
Komponen translasi: RBS, kodon start, kodon stop

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 42

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 43

Eukariot vs Prokariot

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 44

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 45

ORGANISASI GEN EUKARIOT

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 46

TRANSKRIPSI (EUKARIOT)
HASIL TRANSKRIPSI: RNA PRIMER
(INTRON DAN EKSON)
PENAMBAHAN CAP DAN EKOR POLI A
PENGHILANGAN INTRON (SPLICING)
RNA MATANG DIKIRIM KELUAR INTI SIAP
DITRANSLASI DI SITOPLASMA

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 47

MENGAPA INFO MENGENAI TRANSKRIPSI

PADA EUKARIOT PENTING?
PROTEIN DARI EUKARIOT BANYAK
DIGUNAKAN SEBAGAI PROTEIN
TERAPEUTIK
INFORMASI PADA PROTEIN TERLETAK
PADA mRNA MATANG TANPA INTRON
MULAI BEKERJA DARI mRNA MATANG
DNA
Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 48

TRANSKRIPSI BALIK
MASALAH PADA EUKARIOT ADALAH GEN
MENGANDUNG INTRON DAN EKSON
SINTESIS DNA MENGGUNAKAN MRNA
SEBAGAI CETAKAN
DNA HASIL SINTESIS DISEBUT cDNA (TIDAK
MENGANDUNG INTRON)
KATALISIS OLEH REVERSE TRANSKRIPTASE

Sekolah Farmasi ITB

Bioteknologi Farmasi - FA 4202

Asam Nukleat, Protein, Aliran info genetik 49