Teknologi DNA Rekombinan

Kapas biasa

Kapas-Bt
1

Tomat biasa
Tidak tahan hama

Tomat-Bt
Tahan hama

Tanaman

kapas-Bt dan tomat-Bt tahan terhadap serangan hama

karena menghasilkan toksin yang dapat membunuh hamanya.

Toksin

pada kapas-Bt dan tomat-Bt disandikan oleh gen yang berasal

dari bakteri Bacillus thuringiensis (Bt = Bacillus thuringiensis)

Tanaman kapas-Bt dan tomat-Bt = tanaman transgenik

2

Organisme transgenik: organisme yang membawa gen yang

berasal dari jenis organisme lainnya.
Organisme transgenik dihasilkan melalui Rekayasa Genetika
Rekayasa Genetika menggunakan Teknologi DNA Rekombinan
Teknologi DNA Rekombinan : kumpulan teknik atau metoda yang
digunakan untuk mengkombinasikan gen-gen secara buatan.
(Proses: rekombinasi; Hasil: rekombinan)
Teknologi DNA Rekombinan meliputi:
- Teknik untuk mengisolasi DNA.
- Teknik untuk memotong DNA.
- Teknik untuk menggabung atau menyambung DNA.
- Teknik untuk memasukkan DNA ke dalam sel hidup sehingga
DNA rekombinan dapat bereplikasi dan dapat diekspresikan.
3

Teknologi DNA Rekombinan berdasarkan mekanisme yang

ada pada bakteri:

Percobaan Lederberg dan Tatum (1946) menunjukkan:

bakteri mempunyai mekanisme seksual:
- menyebabkan terbentuknya kombinasi gen-gen yang
berasal dari dua sel yang berbeda.
- merupakan pertukaran DNA atau gen dari satu sel ke sel
lainnya. Mekanisme seksual pada bakteri ini tidak
bersifat reproduktif (tidak menghasilkan anak atau zuriat).
Lihat konjugasi !

DNA dapat masuk ke dalam sel bakteri melalui 3 cara:

1. Konjugasi
2. Transformasi
3. Transduksi
5

1. Konjugasi : perpindahan DNA dari satu sel (sel donor) ke dalam sel bakteri
lainnya (sel resipien) melalui kontak fisik antara kedua sel.
DNA sel donor

DNA sel resipien

Pili seks
Sel donor
(sel jantan)

Sel resipien
(sel betina)

2. Transformasi : pengambilan DNA oleh bakteri dari lingkungan di

sekelilingnya.
DNA asing

Kromosom bakteri
(DNA bakteri)

3. Transduksi : cara pemindahan DNA dari satu sel ke dalam sel

lainnya melalui perantaraan fage.
DNA fage
Kromosom bakteri

DNA yang masuk ke dalam sel bakteri

a. dapat berintegrasi dengan DNA atau kromosom bakteri sehingga terbentuk DNA
rekombinan atau kromosom rekombinan.
Kromosom
DNA asing Kromosom bakteri
rekombinan

Sel Bakteri
b. tidak dapat berintegrasi dengan DNA atau kromosom bakteri

By Aris Tj

Perangkat utama yang digunakan pada pembentukan

DNA rekombinan:
plasmid
enzim restriksi
DNA ligase
bakteri
Plasmid:

Terdapat pada bakteri

DNA selain kromosom
Berbentuk sirkuler
Umumnya berukuran kecil (lebih kecil dari
ukuran kromosom bakteri)
Jenis, jumlah, dan ukurannya bervariasi
antar sel dan antar jenis bakteri
8

 Enzim Restriksi untuk memotong DNA:

Contoh: Enzim EcoRI telah diisolasi pertama kali oleh Herbert
Boyer pada tahun 1969 dari E.coli.
Enzim EcoRI memotong pada bagian antara basa G dan A pada
sekuens GAATTC.

Setiap enzim restriksi (endonuklease restriksi) mengenal

sekuen pemotongan yang khas dan memotong DNA pada
situs pemotongan yang khas.
Nama Enzim
EcoRI
HindIII
HhaI
TaqI
BsuRI
BalI
NotI
BamHI
SmaI

Sekuens Pengenal
GAATTC
AAGCTT
GCGC
TCGA
GGCC
TGGCCA
GCGGCCGC
GGATCC
CCCGGG

Organisme asal
Escherichia coli
Haemophilus influenzae
Haemophilus haemolyticus
Thermus aquaticus
Bacillus subtilis
Brevibacterium albidum
Nocardia otidiscaviarum
Bacillus amyloliquefaciens
Serratia marcescens
9

Enzim DNA ligase untuk menyambung DNA

10

Menggunakan enzim restriksi dan DNA ligase: Jackson, Simon &

Berg (1972) berhasil membuat DNA rekombinan.

12

Bagaimana menyisipkan, memperbanyak dan

mengekspresikan informasi genetik dengan menggunakan
teknologi DNA rekombinan?

Bakteri

Isolasi Plasmid
Kromosom
bakteri

Plasmid

Penyisipan gen

Gen yang diinginkan

Plasmid
rekombinan

Memasukkan plasmid ke dalam sel bakteri

Bakteri
rekombinan

Perbanyakan sel bakteri

Copy gen
Gen disisipkan
pada
tanaman

Isolasi
gen

Sel berisi gen

yang diinginkan

Copy protein
Klon bakteri rekombinan

Gen untuk mengubah bakteri agar

dapat membersihkan limbah

Protein untuk
membuat salju

Protein untuk melarutkan gumpalan darah

dalam terapi serangan jantung
13

Fungsi Plasmid pada pembentukan DNA rekombinan:

a. digunakan sebagai vektor untuk mengklonkan gen
atau mengklonkan fragmen DNA atau
mengubah sifat bakteri.
b. untuk memperbanyak gen (copy gene) yang
telah disisipkan dengan bantuan
sel bakteri

 Bagaimana menyimpan seluruh informasi genetik dari suatu

organisme??
Pustaka Genom digunakan untuk menyimpan gen atau fragmen DNA yang
telah diklonkan.
Isolasi gen menggunakan pendekatan shotgun dapat menghasilkan ribuan
potongan DNA (fragmen DNA)
Potongan disimpan untuk sementara waktu di dalam pustaka plasmid atau
pustaka fage

15

Bagaimana mendeteksi DNA atau fragmen DNA? Teknik Elektroforesis digunakan

untuk memisahkan fragmen-fragmen DNA berdasarkan ukurannya.
Campuran molekul
DNA dengan berbagai ukuran
berukur
besar

Sumber
listrik

Gel

berukur
kecil

(+)

Fragmen DNA yang lebih besar bergerak lebih lambat, fragmen yang lebih kecil
bergerak lebih cepat.

16

 Bagaimana membuat dan menyisipkan DNA rekombinan pada

tanaman: Bakteri Agrobacterium tumefaciens untuk
menyisipkan gen ke dalam genom tanaman.
Prinsip:
9 Agrobacterium tumefaciens strain liar (galur alami) memiliki
plasmid Ti. Pada plasmid Ti terdapat T-DNA yang mengandung
gen penyebab tumor.
9 Pada waktu menginfeksi tanaman, Agrobacterium tumefaciens
menyisipkan T-DNA ke dalam kromosom sel tanaman sehingga
sel-sel tanaman yang terinfeksi membentuk tumor.
T-DNA

Plasmid Ti

Kromosom
bakteri
Agrobacterium

T-DNA

Kromoso
m
tanaman

17

9 Gen yang diinginkan dimasukkan ke dalam sel tanaman dengan

cara menitipkannya (menyisipkan) pada T-DNA.
9 Agrobacterium yang digunakan untuk menginfeksi sel tanaman
adalah Agrobacterium yang sudah tidak patogen
Agrobacterium
DNA mengandung
gen yang diinginkan
Plasmid-Ti

Penyisipan gen

T-DNA

Situs restriksi

Introduksi ke
dalam sel
tumbuhan

Plasmid-Ti
rekombinan

Regenerasi
tanaman

T-DNA membawa
gen baru pada
kromosom tumbuhan

Tanaman
dengan sifat baru
18

Manfaat
Teknologi DNA rekombinan telah memberikan manfaat di bidang ilmu
pengetahuan maupun di bidang terapan.
Contoh:
A. Bidang Kesehatan:
A1. Insulin manusia telah diproduksi secara massal
menggunakan bakteri E.coli dan telah diperdagangkan
untuk mengobati penyakit diabetis.
Merek dagang: HumulinR
A2. Vaksin hepatitis B digunakan untuk mencegah infeksi
virus hepatitis. Telah diproduksi secara komersial
menggunakan S.cereviciae dalam skala industri
A3. Hormon tumbuh manusia (GH) diproduksi
menggunakan E.coli dan digunakan untuk mengobati
kelainan pertumbuhan (misal: cebol).

19

A4. Therapi gen untuk penyakit

dilakukan dengan menggantikan gen yang
mengalami kerusakan dengan gen yang
normal, digunakan untuk mengobati
penyakit-penyakit keturunan (genetic
disorders) dan penyakit lain yang
disebabkan oleh kerusakan gen (misal:
kanker)

Klon gen
(alel normal)

Penyisipan normal
gen pada vektor

DNA rekombinan
Vektor retrovirus

Infeksi sel bone

marrow
DNA rekombinan
menyisip ke
kromosom
Sel bone marrow
dari pasien

Sel Bone marrow mengandung stem sel

yang mampu miningkatkan semua sel-sel darah dan
sistem imun

Injeksi sel
ke pasien

20

B. Bidang Pertanian:
B1. Bakteri Ice- (ice minus): bakteri yang telah
direkayasa sehingga tidak membeku pada suhu
rendah.
Digunakan (disemprotkan) pada tanaman agar
tanaman tidak membeku di musim dingin.
Telah diperdagangkan dengan merek FrostbanR.
B2. mikroba pendegradasi limbah.
B3. Tanaman tahan hama, misal kapas Bt, tomat Bt
B4. Tanaman tahan herbisida.

21

B 5. Peningkatan nilai nutrisi

Tanaman

Penambahan
nutrisi

Keuntungan

Rice

Provitamin

Vitamin A
supplement

Tomato

Flavonoid

Antioxidant

Sugar beet

Fructants

Low calori

Rice

Iron

Iron
supplement

22

Bioteknologi Kelautan
Penggunaan hormon pertumbuhan untuk meningkatkan
ukuran ikan

23

Penanda (marker)

Tersangka 2

vagina korban

Pelaku kejahatan dapat

diidentifikasi dengan
menggunakan analisis
Sidik Jari DNA
misalnya: kasus perkosaan

Penanda (marker)
Tersangka 1

C. Bidang Hukum:

pola pita DNA pada darah pelaku ke 2

sama dengan pola pita yang diperoleh
dari tempat kejadian- orang ke 2
adalah pelaku kajahatannya

24

Hubungan keluarga berdasarkan DNA Fingerprint

Bagaimana mencari siapa ibu kita?

-DNA mitokondria diwariskan melalui ibu

Perbedaan pada urutan DNA dapat diketahui dengan teknik RFLP

(restriction fragment length polymorfism)
- untuk menentukan keturunan,
-perbedaan antar satu organisme dengan yang lain.

Pemotongan
dengan
enzim restriksi

berukuran
besar

berukuran
kecil

DNA yang berasal dari kromosom

D. Bidang pengembangan ilmu pengetahuan:

D1. Membantu upaya memahami terjadinya kelainan pada manusia
(penyakit genetik) misalnya kanker payudara, Huntingtons disease.
Huntingtons disease disebabkan oleh gen dominan
Gejala sakit mulai terlihat setelah usia pertengahan
Gejalanya antara lain: kemunduran mental, gerakan tubuh tak
terkontrol, kesulitan bicara. Biasanya meninggal 10 20 tahun
setelah timbul gejala.
D2. Kemajuan Teknologi DNA telah mendorong para ilmuwan
(konsorsium ilmuwan internasional) untuk mewujudkan proyek
genom manusia dan genom organisme lainnya

25

Teknologi DNA Rekombinan juga mengandung resiko.

Penyebaran pollen berpotensi menyebarkan gen yang diintroduksi
dalam tanaman transgenik ke dalam tumbuhan lainnya

22