FUNGSI APLIKASI TEKNOLOGI INFORMASI (TI)

TERHADAP ILMU KIMIA

Di alam ini terdapat bermacam-macam senyawa kimia. Senyawa kimia yang terdapat di
alam ini mempunyai beragam bentuk yang sangat unik, bahkan terkadang senyawa kimia
mempunyai bentuk molekul yang cukup rumit untuk digambarkan. Misalnya saja sukrosa.
Senyawa karbohidrat yang terdapat dalam gula tebu ini memiliki rumus molekul C 12H22O6 ini
memiliki struktur yang cukup rumit untuk digambar secara manual.

Gambar 1. Struktur molekul sukrosa.

Jika kita harus menggambar struktur molekul senyawa yang cukup kompleks seperti
sukrosa ini mungkin dapat kita kerjakan secara manual dengan mudah. Namun gambar molekul
yang dibuat dengan cara manual mungkin hasilnya tidak akan terlalu rapi, apa lagi jika kita tidak
punya keterampilan menggambar yang baik.
Karena itu, untuk mempermudah kita dalam membuat gambar struktur molekul senyawasenyawa yang cukup rumit seperti ini, kita mungkin akan memerlukan perangkat lunak
(software) yang dapat membuat gambar struktur molekul yang kita inginkan, dan dapat kita
kerjakan dengan menggunakan bantuan komputer.
Untuk menjawab kebutuhan ini, sekarang ini sudah banyak perangkat lunak untuk
komputasi kimia yang diciptakan untuk mempermudah kita menggambar molekul-molekul.
Diantara banyak perangkat-perangkat lunak tersebut, dalam makalah ini akan dibahas tentang
beberapa perangkat lunak yang dapat kita gunakan untuk membuat struktur molekul yaitu
ChemOffice dan HyperChem.
A. Macam-macam Software Pembuat Struktur Molekul
Sekarang ini, telah banyak software yang diciptakan orang untuk membuat struktur molekul.
Software-software tersebut kini telah tersebar luas. Software-software tersebut diantaranya
adalah:

1. ChemOffice
ChemOffice merupakan salah satu software yang digunakan untuk membuat struktur kimia
dengan mudah dan digunakan untuk menggambar secara 2 dimensi (2-D) dan 3 dimensi (3-D).
ChemDraw merupakan salah satu program aplikasi dari ChemOffice, untuk menggambar
struktur 2D dalam bidang ilmu kimia, terutama kimia organik, biokimia, dan polimer.
2. HyperChem
Program HyperChem, merupakan program kimia yang dikembangkan oleh HyperCube Inc,
untuk sistem operasi Windows 95/98, Windows NT, Windows XP, Windows Vista, Windows 7
dan Linux. HyperChem menyediakan fasilitas pembuatan model tiga dimensi (3D), perhitungan
mekanika molekuler dan mekanika kuantum.
3. Jmol
Jmol adalah software visualisasi struktur molekul dalam tiga dimensi yang ditulis dengan
program Java. Fitur yang dimiliki software ini adalah membaca berbagai jenis file input dan
output dari program-program kimia kuantum seperti VASP, serta animasi file multi-frame dan
modus normal yang dihitung dari program kuantum.
4. Avogadro
Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem
operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia
komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya.
Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X.
5. ChemSketch
ChemSketch adalah software yang digunakan untuk mengambar dan memodelkan struktur kimia
seperti software ChemOffice. Software ChemSketch dapat mengambar struktur kimia dalam
bentuk 2D dan 3D. Program ini juga menyediakan struktur asam amino, alkaloid, karbohidrat,
asam nukleat, DNA/RNA, lab kit (semua peralatan kimia berupa gelas), orbital, senyawa
phospor, steroid, terpen, dll. Software ini juga menyediakan pengambaran kurva dan grafik.
6. ChemDoodle
ChemDoodle adalah software yang digunakan untuk menggambar struktur kimia baik dalam
bentuk 2D atau 3D. Software ini juga menyediakan tool-tool yang yang mudah digunakan seperti
ikatan, berbagai macam bentuk cincin, orbital, spektra, grafik, tabel periodik dan masih banyak
tool-tool yang lain yang memudahkan kita untuk menggunakannya. Software ini hampir mirip
dengan software ChemSketch dan ChemOffice. Software ini bisa dijalankan di sistem Windows,
Linux, OSX dan didukung oleh program Java.

B. ChemOffice

ChemOffice merupakan software yang dikeluarkan oleh CambridgeSoft. ChemOffice

merupakan salah satu software yang digunakan untuk membuat struktur kimia dengan mudah
dan digunakan untuk menggambar secara 2 dimensi (2-D) dan 3 dimensi (3-D). ChemOffice
terdiri atas tiga aplikasi kimia yaitu ChemDraw, Chem3D dan ChemFinder. Software ini dapat
dijalankan pada sistem Macintosh dan Microsoft Windows.
ChemDraw merupakan salah satu program aplikasi dari ChemOffice, untuk menggambar
struktur dua dimensi dalam bidang ilmu kimia, terutama kimia organik, biokimia, dan polimer.
Sedangkan, untuk membuat struktur tiga dimensi, dapat dilakukan dengan menggunakan
Chem3D.
1. Fungsi-fungsi ChemOffice
Dengan menggunakan Chemoffice, kita tidak hanya bisa membuat struktur molekul. Selain
membuat struktur molekul, software ChemOffice sebenarnya masih memiliki beberapa fungsi

1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
2.

yang lain.
Fungsi-fungsi yang dapat dijalankan oleh Chemoffice adalah:
Membuat struktur molekul dua dimensi.
Membuat struktur molekul tiga dimensi.
Konversi struktur molekul ke nama.
Konversi nama senyawa ke strukturnya.
Simulasi spektrum massa.
Simulasi spektrum NMR.
Koleksi template.
Membuat Struktur Molekul dengan ChemOffice
Membuat struktur molekul menggunakan ChemOffice tidak terlalu sulit. Misalnya saja
membuat struktur dua dimensi dari senyawa 1 propanol dengan menggunakan aplikasi
ChemDraw.
Senyawa 1 propanol dengan rumus molekul C 3H7OH memiliki struktur molekul seperti
pada gambar 2.

Gambar 2. Struktur dua dimensi 1 propanol.

Cara membuat struktur molekul dua dimensi menggunakan aplikasi ChemDraw dapat
dilakukan dengan langkah-langkah berikut:
1. Buka aplikasi ChemDraw.
2. Untuk membuat rantai karbonnya, gunakan Text tool, kemudian ketik CH3.

Gambar 3. Menggunakan Text tool pada ChemDraw.

3. Gunakan tool Solid Bond, kemudian klik pada huruf C, lalu tarik lurus ke kanan.

Gambar 4. Membuat ikatan menggunakan Solid Bond.

4.

Klik lagi Text tool, kemudian ketik C, lalu tarik lagi ke kanan. Ulangi sekali lagi hingga
terbentuk cabang propil.

Gambar 5. Membentuk cabang propil.

5. Tambahkan OH di ujung cabang propil. Terbentuklah struktur senyawa 1 propanol.

Gambar 6. Terbentuk 1 propanol.

Selain dalam bentuk dua dimensi, dengan ChemOffice kita juga bisa membuat struktur
molekul tiga dimensi dengan menggunakan aplikasi Chem3D. Contohnya untuk membuat
struktur tiga dimensi dari 1 propanol dapat dilakukan dengan langkah-langkah berikut:
1. Buka aplikasi Chem3D.
2. Buat ikatan tunggal dengan dua atom C menggunakan tool ikatan tunggal yang terdapat di
sebelah kiri.

Gambar 7. Membuat ikatan tunggal dengan dua atom C.

3. Tambahkan satu atom C lagi dengan mengganti salah satu atom hidrogen dengan atom karbon
dengan menggunakan Text tool.

Gambar 8. Menambahkan satu atom C.

4. Kemudian tekan Enter, maka terbentuklah struktur propana.

Gambar 9. Propana.
5. Untuk menambahkan gugus alkohol, ganti salah satu atom H yang terikat di atom C yang berada
di ujung dengan atom O.

Gambar 10. Menambahkan atom O.

6. Kemudian tekan Enter, maka terbentuklah struktur 1 propanol.

Gambar 11. 1 propanol.

7. Ganti tampilan Sticks dengan Ball & Sticks.

Gambar 12. Struktur Ball & Sticks 1 propanol.

8. Terbentuklah struktur tiga dimensi dari 1 propanol. Untuk melihat lebih jelas susunan atom
pada molekul, kita dapat memutar gambar molekul.

Gambar 13. Memutar struktur 1 propanol.

JMolf
JMol merupakan 3D viewer for chemical structures yang berbasis java. Aplikasi ini digunakan u
ntuk melihat suatu senyawa secara tiga dimensi dan juga bisa menggambarnya sendiri.
1. Melihat suatu senyawa
Mekanisme:
Download senyawa di PupChem dengan tipe file .sdf
2. Menggambar suatu senyawa
Mekanisme:
Membuka JMol dengan tampilan polos.

 Pada menu toolbar, klik pada gambar ikon Open the model ki.

Tampilan setelah di klik.

Langsung muncul senyawa CH4. Untuk merubah senyawa ini dapat klik kanan di sembarang te
mpat di layar yang berwarna hitam lalu pilih ikon yang bergambar senyawa dan pilih jenis senya
wanya.

Contoh: Senyawa CH3NO2

Link download aplikasi: http://jmol.sourceforge.net/download/.

2. CHEMSOFFICE
ChemOffice merupakan suatu program dimana di dalamnya terdapat program ChemDraw, Che
m3D dan ChemFinder. Dari ketiga program yang ada di ChemOffice ini memiliki kegunaan yang
berbeda-beda. Sesuai dengan namanya fungsi utamanya adalah untuk menggambar, menganalisa
secara 3D dan mencari database.
3. ChemDraw
Tampilan awal aplikasi ChemDraw

Di sini (Tampilan Awal) kita dapat menggunakan banyak menu khususnya untuk menggambar su
atu senyawa. Pada toolbox sebelah kiri banyak pilihan menu.
Contoh: membuat senyawa N-(4
hydroxyphenyl)ethanamide atau yang biasa disebut parasetamol.
Pilih solid bond pada toolbox sebelah kiri

 Selanjutnya barulah di gambar membentuk parasetamol dengan cara klik mouse kiri tahan dan
geser

Semua standar penulisan pada ChemDraw ini menggunakan atom karbon. Jenis atom karbon ini
dapat kita ganti dengan cara double klik pada bagian yang kita inginkan untuk dirubah dengan se
nyawa tertentu dan yang perlu diperhatikan harus menggunakan huruf kapital

 Gambar di atas merupakan gamber senyawa parasetamol. Gambar di atas merupakan gambar s
ecara 2D dan bila merubahnya menjadi 3D dapat menggunakan toolbox baji hitam. Dengan itu ki
ta nantinya akan mendapatkan stereokimia dari senyawa tersebut.
4. HyperChem
HyperChem merupakan software luncuran Hypercube, Inc. Software ini merupakan molecular m
odeling dimana memiliki tampilan 3D yang terbilang baik.

Gambar di atas merupakan contoh tampilan grafis yang diperlihatkan menggunakan HyperChem.
Cara menggunakan HyperChem

Gambar di atas menjelaskan sedikit tentang apa yang ada di dalam HyperChem. Kegunaan palin
g sedarhana dalam pemanfaatan software ini adalah menggambar suatu struktur senyawa secara
3D. Pada penggambaran senyawa, menu Tool Icons merupakan tool yang akan sering digunak
an. Mulai dari menggambar atom, memilih salah satu atau semua jenis atom yang digambar, me
mutar secara 2D atau 3D struktur senyawa dan lain-lain. Gambar dibawah ini merupakan contoh
senyawa yang digambar sendiri.

5. Avogadro
Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem ope
rasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia ko
mputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadr
o yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber ters
edia di bawah GPL GNU.
Cara menggunakan aplikasi avogadro
Tampilan awal aplikasi avogadro

Untuk memulai membuat bentuk molekul, cara yang pertama adalah klik tool settings. Langka
h selanjutnya adalah, pilih ball and stick pada display types. Dan tentukan molekul apa yang aka
n digambar.
Contoh:Menggambar struktur C3H8, maka pada draw Settings, kita memilih atom pusat C, kemu
dian bond Order adalah single (karena ikatan di C3H8 adalah tunggal), kemudian check pada adj
ust Hydrogens dan hasilnya seperti gambar berkut ini.

 Sudut yang terbentuk pada gambar di atas belum tepat, maka untuk mengetahui sudut ikatan ya
ng tepat adalah klik pada Auto Optimization Settings dan klik Start.

Hasilnya adalah :

 Kita bisa memodifikasi gambar yang sudah kita buat dengan menggunakan menu tools settings
. Misal untuk memunculkan angka pada setiap atom. Caranya hanya check pada label yang ada d
i Display types.

Gambar di bawah adalah tampilan pada Van der Waals Spheres.

Sedangkan untuk memunculkan sudut ikatan, caranya adalah klik pada gambar:

6. Chemsketch
Chemsketch merupakan aplikasi kimia untuk membuat bentuk molekul 3 dimensi (3D) dan dapat
melakukan rotasi untuk memberikan gambaran yang utuh.
Contoh Menbuat Molekul CH4 dengan Chemsketch:
1. Buka aplikasi Chemsketch
2. Pada mode Structur klik Atom C yang ada di tool kiri, dan klik sekali pada area kerja hingga
menghasilkan rumus molekul CH4
3. Add explicite hydrogen dari menu Tools untuk membuat bentangan rumus struktur

Atom pusat (C) belum nampak? Seleksi rumus struktur, klik menu Tools dan pilih Strucutre Prop
erties maka akan muncul menu pop up dan pada tab Common, centang All Show Carbons dan ta
mpilan hasil:

Seleksi (blok) rumus struktur CH4

4.Optimisasi strukture 3D, caranya klik menu Tools kemudian klik 3D structure optimization, kal
au ada tawaran klik yes untuk menghilangkan atom H saat optimisasi 3D-nya

5. Setelah itu silahkan buka 3D Viewer Acd Lab dari Start menu
6. Kembali beralihkan ke Chemsketch 2D untuk mengkopi 2D ke 3D

7. Hasilnya langsung nampak seperti gambar berikut:

8. Selanjutnya rotasi untuk dapat menunjukkan berbagai properties bentuk molekul seperti panja
ng ikatan dan sudut yang dibentuk oleh 3 buah atom dengan Chemsketch ini.

7. Chemtool
Chemtool adalah program untuk menggambar struktur terutama senyawa organik. Chemtool mu
dah digunakan untuk menggambar selain terdapat tools untuk menghitung massa molekular. Cara
menggunakan aplikasi chemtool:
Pertama ketika Anda membuka aplikasi chemtool maka muncul tampilan seperti di bawah ini:

-Klikmenu toolstempaltes maka akan muncul tampilan seperti dibawah ini. Tampilan templatescarboncycles, pilih struktur:

 Untuk templates sugars maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang diinginkan:

 Untuk templates heterocycles maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang diinginkan
:

Untuk templates Amino Acids

maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang diinginkan:

 Untuk templates symbols maka muncul pilihan di bawah ini. Pilih struktur yang diinginkan:

 Contoh: Struktur glukosa, klik strultur glucose yang ada di tempaltes sugars dan hasilnya adala
h:

 Selain struktur yang sudah disediakan, juga bisa mengambar sendiri strukur yang dihendaki. Se
misal ingin membuat sikloheksana, maka caranya adalah klik:

8. EasyChem Chemical Structures Editor

Easychem Chemical Structures Editor adalah program untuk membuat struktur kimia 2D, carany
a klik dan geser, untuk:
Simple = garis lurus
Double = garis ganda
Triple = garis tiga
Going up = keluar / menghadap ke kita
Going down = kebelakang / menjauhi kita
Dashed = garis putus-putus
Arrow = garis panah
Circle = lingkaran

GChemPaint Chemical Structures Editor

GChemPaint Chemical Structures Editor sama dengan EasyChem program untuk membuat strukt
ur kimia 2D, tampilan-tampilan GChemPaint Chemical Structures Editor:

9. ACD/Chemsketch Freeware (Platform : Windows, Linux)

Chemsketch adalah software grafis untuk menggambar hal yang ada hubungannya dengan kimia.
Bisa menggambar secara manual atau menggunakan templet yang disediakan. Klik dan gambar
molekul, ion, stereobonds, teks, poligon, panah, serta perlengkapan laboratorium, dll termasuk m
enentukan secara otomatis massa suatu atom atau molekul. Kita juga dapat memperkirakan densi

tas, indeks bias, volume molar, dll. Selain itu dari ACDLabs juga menawarkan beberapa downlo
ad gratis untuk utilitas yang dapat dipergunakan dalam ChemSketch sehingga lebih powerfull.
10.
Symyx Chime dan Symyx Draw (Platform: Windows dan MacOSX, Linux belum tersedia)

SymyxChimeversi2.6 merupakan plugin yang secara interaktif menampilkan molekul 2D (dua di

mensi) dan 3D (tiga dimensi) langsung di halaman Web. Kita juga dapat memutar, memformat, d
an menyimpan molekul untuk digunakan dalam program lain.
Symyx Draw versi 3.3, dengan aplikasi ini kita bisa menyisipkan model molekul yang kita buat k
e dalam halaman situs, dokumen, spreadsheet maupun presentasi.
11. Marvin Sketch (Platform: Windows, Linux, MacOS)

Banyak hal yang bisa dimanfaatkan dari Marvin Sketch untuk pengajaran kimia. Gambar dan ani
masi molekul dapat dibuat dengan mudah. Selanjutnya dapat disisipkan dalam media pembelajar
an kimia. MarvinSketch adalah software kimia hanya untuk visualisasi rumus struktur kimia yan
g gratis, bisa dijalankan di sistem operasi Windows dan Linux juga MacOS.
12. Win Draw Chem
WinDrawChem adalah program yang digunakan untuk menggambar struktur molekul dalam dua
dimensi (2D). WinDrawChem dapat diinstal di sistem operasi Windows 95/ 98/ NT/ 2000/ XP ,
Linux, Unix, FreeBSD. Hal ini mirip dalam hal fungsionalitas dengan program menggambar mol
ekul lain seperti ChemDraw (TM, CambridgeSoft). Hal ini dapat membaca dan menulis Molfiles

MDL untuk memungkinkan sharing antara XDrawChem dan aplikasi kimia lainnya, serta memb
aca biner dan file teks ChemDraw.
Fitur WinDrawChem termasuk: Mendeteksi struktur, teks, dan panah dan menempatkan mereka s
ecara otomatis. Serta mampu menyelaraskan panjang, dan sudut agar tetap simetris. Dapat memb
aca dan menulis Molfiles MDL, dan dapat mengekspor gambar yang didesain sebagai file gamba
r dengan ekstensi jpg. Dapat secara otomatis menggambar cincin dan struktur lainnya, memiliki s
emua asam amino standar dan asam nukleat dalam built-in library.
Dapat menggambar simbol seperti biaya parsial, radikal, dll. Terdapat fitur bantuan online, terma
suk tips, dan tools untuk pengguna. Dukungan untuk membaca ChemDraw (TM, CambridgeSoft
) XML (teks) dan file biner. Mendukung Encapsulated PostScript yang dapat mengimport/ meng
ekspor (EPS) file yang dari/ ke aplikasi lain.

13. VMD
VMD adalah program yang didesain untuk memvisualisasi dan analisis biopolimer seperti protei
n, asam nukleat, membran. VMD dapat berjalan di atas platform UNIX, Mac OS dan Microsoft
Windows. Selain itu VMD juga dapat memvisualisasi data-data dari dinamika molekular, simulas
i dan lainnya.

14. RasMol
RasMol adalah program yang ditujukan untuk memvisualisasi protein, asam nukleat, dan moleku
l-molekul kecil. Tujuan dari RasMol adalah menghasilkan visualisasi yang memenuhi syarat unt
uk publikasi ilmiah, dan mengajarkan visualisasi. RasMol bekerja dengan membaca koordinat at
om kemudian menghasilkan berbagai macam molecular representations. Rasmol berjalan di at
as platform Windows, Linux, VMS dan Mac.

RasMol dapat didownload di www.rasmol.org.

15. Molekel
Molekel merupakan produk keluaran dari Swiss National Supercomputing Centre (CSCS) yang j
uga ditujukan untuk memvisualisasi hasil perhitungan kimia komputasi. Dengan molekel kita bis
a mengambil snapshot dari hasil perhitungan dan mengekstrak sifat-sifatnya. Selain itu juga dapa
t membuat animasi dengan Molekel.