# carrega a biblioteca e os dados

install.packages("vegan")
library(vegan)
idh.91=read.table(file.choose(),header=T)
attach(idh.91)
# calcula a matriz de distncia, as ligaes, plota o dendrograma e identifica os grup
os
dis <- vegdist(idh.91,method="euclidean")
cluc <- hclust(dis, method="complete")
plot(cluc,hang=-1,main = "",xlab = "", ylab = "Distncia Euclidiana (Ligao Completa)
") #dendrograma alinhado (tirando as.dendrogram, o grafico fica desalinhado)
rect.hclust(cluc, 4)
# verifica que objetos foram classificados em cada grupo
grp<-cutree(cluc, 4)
grp
# substitui no dendrograma o nome do objeto pelo nmero do grupo
plot(cluc, labels = as.character(grp))
# desenha no dendrograma os retngulos de cada grupo e os numera
# agradeo a dica de Elias T. Krainski (lista R-Br)
plot(as.dendrogram(cluc))
r <- rect.hclust(cluc, 3)
text(cumsum(sapply(r,length)),
rep(mean(tail(unique(cluc$hei),2)), length(r)),
paste(unique(grp[cluc$ord])))
--------------------------------------------------------------------------------------install.packages("cluster")
library(cluster)
idh.91=read.table(file.choose(),header=T)
attach(idh.91)
d_idh.91<-idh.91[,1:9]
d=dist(d_idh.91,method="euclidean") # Matriz de distancia (Matriz de dissemelhan
ca)
d
cluave=hclust(d,"average") # Ligao mdia
plot(as.dendrogram(hclust(d),method="average")) # dendrograma
rect.hclust(cluave,4) # Corte no dendrograma - escolher 1 corte
rect.hclust(cluave,3)
rect.hclust(cluave,2)
rect.hclust(cluave,5)
cor(d,cophenetic(cluave))
[1] 0.8952537
-------------------------------------------------------------------------------cophenetic(cluc)

matrizCofcomplete<-cophenetic(cluc)
cor(idh91,matrizCofcomplete)
# Para fazer um grfico mostrando a relao entre as duas matrizes use:
plot(idh91,matrizCofcomplete)
abline(0,1)
lines(lowess(idh91, matrizCofcomplete),col=2)# tendncia