capitulo FUNDAMENTOS DE BIOQUIMICA 1.1 Fundamentos celulares 3 1.2. Fundamentos quimicos 12 1.3 Fundamentos fisicos 21 1.4 Fundamentos genéticos 28 1.5. Fundamentos evolutives 31 Con el descubrimiento de la célula a biologia habia descubierto su étomo... A partir de entonces el estudio de la célula y el andlisis de su estructura result6 esencial para la caracterizacién de la vida con el objeto de identificar aquellas propiedades comunes y necesarias para la vida de cada una de las células y también, alternativamente, para identificar diferencias asociadas con el desarrollo de funciones especffcas. —Frangois Jacob, La logique du vivant: une histoire de Iéréité, 1970 Debemos reconocer,y asi me lo parece, que el hombre, ‘con todas sus nobles cualidades... acarrea todavia en su estructura fisica el sello indeleble de su humilde origen. Charles Darwin, The Descent of Man, 1871 ph serrate ect a yet ttenee de alos, el universo naci6 de un cataclismo explosivo que esparcio particulas subatémicas extremadamente ealientes y ricas en energfa. Bn euestin de segundos se formaron Jos ele- ‘mentos mas situples. Al tiempo que el universo se expandia y eenfriaba, se condensaba la materia bajo la influencta de la gra veda y se formaban las estrellas. Algunas dle ellas se hicieron. fenormes, explotaron en supernovas y liberaron la energia ne cesaria para proslucir elementos mas complejos a partir de la fusion de los mieleos atémicos mds simples. De este modo apa recieron la Terra y los elementos quimicas que hoy se encuen- tran en ella. La vida aparecié hace unos cuatro mil millones de aos en forma de mieroorganismos sencillos dotacios de la ea- pacidad de extraer energia de los compuestos orginicos o de la Ju solar, Esta energia sirvio para sintetizar una ampliavariecad de biomoléculas a partir de los elementos y eampuestos mas simples presentes en la superficie dela Tierra, La bioquimica se pregunta acerca del modo en que miles de diferentes moléculas inanimadas dieron Ingar a las comple- {ns propiedades de los organismios vivos. Cuando estas mlé cculas se aislan y examinan individualmente cumplen todas las leyes fsicas y quimicas que describen el comportaniento de la materia inanimada, del mismo modo que ocurre eon todos los procesos que tienen lugar en organismos vivos, El estudio de Ja bioguimica muestra el modo en qué las moléculas inanima- das que constituyen los organismos vivos interaceionan para mantener y perpetuar la vida, rigiéndose por las mismas leyes fisicas ¥ quimicas que gobiernan todo el universo, A pesar de ello, los organismos poseen cualidades que los distinguen de otras agrupaciones de materia, centtgecin a ‘ny alta velocidad (150.000 4,3) <> Moestra mitoondriag, Tisosemas, BL into pecoxsomas sobrenadante Gradient p falene Bpeet Drateinas sullen Salutes omer ‘mente denso eucue Segue Praccionamivnta endoplasmic), Componente = veseulas "El pellet ‘mas dense equetiat conten ky _nbecomas, By mecramaléecios ral ‘prendes e765 43 32plastos contienen pigmentos fotosintéticos. B] aislaraiento de ‘un orgéinulo enriquecido en un cierto enzima suele ser el pri- ‘mer paso en la purifieacién de dicho enzima, El citoplasma se organiza gracias al citoesqueleto yes altamente dinamico La microscopia electrénica permite observar distintos tipos de flamentos de proteina que se entrecruzan en la eélula euca ridtica y forman una trama tridimensional ¢ interconectada, el citoesqueleto. Existen tres clases principales de Hilamentos citoplasmiticos ~los fllamentos de actina, los microtibulos ¥ los flamentos intermedios (Fig.1-9)—que differen en anchura Centre 6 y 22 rum), composicién y funcién especifica. Todos ellos proporcionan estructura y organizacién al citoplasma ¥ rmantienen Ia forma de fa célula. Los flamentos de aetina y los :ierotibulos colaboran también en el movimiento de los orgi- nulos o en et movimiento celular global. Cada tipo de componente citoesquelético esta compuesto por subunidades simples de proveina que polimerizan para for mar flamentos de grosor uniforme, Estos filamentos no son estructuras permanentes, sino que estan en constante Nuctu cidn entre su forma monomériea y sn forma estructurada en fl- lamentos. Su localizacion celular no esta jada rigidamente, sino que varia en gran medida curante la anitosis, la citoquine 1.1 Fundamentos celulares 9 sis, el desplazamiento ameboide o a eausa de los cambios en la forma de la céhula, La regulacion de la formacién, cisgregacién y localizacisn de los diversos tipos de Mlamentos corre a cargo de otras proteinas encargadas de unir 0 entrelazar los filamen- tos 0 de desplazar orgénulos citoplasmaticos. De este breve repaso de la estructura celular podemos ex- traer la idea general ce que la célula eucaristica esta formada por una trama de fibras estructurales y un complejo sisterna de compartimientos limitados por membranas (Fig. 1-7). Los filamentos se desagresan para reestructurarse en otro lugar distinto. Las vesiculas membranosas brotan de un organulo ¥ se fusionan con otro, Los orgénulos se mueven por el cito- plasma a lo largo de filamentos de proteina gracias ala enengia de motores proteicos. El sistema endomembranoso segrega procesas metabdlicos especificos y aporta las superficies en. las que tienen lugar ciertas reacciones enzimaticas. La exoci- tosis y Ia endocitosis, mecanismos de transporte (hacia el exterior y el interior de las estas, respectivamente) que im- pilican fusiin y Osi6n dle membranas, permiten la comunieacién entre el citoplasma y su medio externo mediante la secrecién de sustancias producidas en la eel y la eaptacion ce materia- les extracelulares. A pesar de su complejidad, la organizaci6n del citoplasma esti lejos cle ser un producto del azar. El movimiento y la posi- ion de los ongénulos ¥ de los elementos del citoesqueleto es- ‘Microtahulos {os tes tipos de flamentoscitoplasmsticos. Los pane les superiotes muestran célula epiteliales ftografladas después de tn tratamiento Con anticuerpos que se unen a ytifien especiicamen- te G) flamentos de actina que dan lugar “fibras de esteés", () mi- rotibulos que itradian desde el centro de Ia célula y () filaments imermedios que se extienden por todo el citopiasma, Los anticuerpos ‘que reconocen especifcamente actna, tubulina © proteinas de fila- ‘mento intermedio se ian covalentemente a un compuesto fluores- ‘conte, Cuando se visualiza la ella al microscapio de fuorescencia, slo son vsiles las estracturas tefl, Los panelesinferiores mues- tran cada tipo de filamento al microscopioelectnico de tranamiskin (a,b) odebarrido 0.10 Capitulo. Fundamentos de bloquimica tan sometidos a una estrecha regulacion y en el transcurso de Javida de la célula eucari6tica se producen importantes reor- ‘ganizaciones finamente orquestadas, como Ja mitosis. Las interacciones entre citoesqueleto y organulos son reversibles, de tipo no covalente y estén sujetas a regulacion en respuesta a diversas seflalesintra- y extracelulares, (a) Algunos de los aminodcidos de las protefnas 00 00" map uk fa ba, don ening seria i raid vee = ‘Histidina ‘Trosina HOCH, _0, 3000 Poiisacéridos 3 5 Lpidos 2 20 ‘Subunidades monomévicas e intermediarios @ 500 lones inorganicos 1 20 tructuras supramoleculares, dando lugar a unidades funciona les tales como los ribosomas. Bn la Tabla 1-2 se muestran las principales clases de biomoléculas de la bacteria E: coi Las proteinas, argos polimeros de aminoacidos, constit yen, excluyendo el agua, la fraccién celular més importante. Al- ‘gunas proteins tienen propiedades eataliticas y acta como fenzimas, otras sirven como elementos estrueturales, receptares de sefiales o transportadores que acarrean sustancias espect ‘cas hacia 0 desde el interior de las eélulas. Las proteinas som uizé las biomoléculas mas versatiles, Los éeidos nueleieos, DNA y RNA, son polimeros de nuclestidos, Almacenan y trans riten ia informacién genética y algunas moléeuilas de RNA de- sempenan papeles estructurales y calaliticos en complejos supramoleculares. Los polisaearidos, polimeros de aztcares ‘simples como la glucosa, tienen ds funciones:sitven eono aimia- cén de combustibles energéticos y como elementos estructura les extracelulares que proporcionan sitio de fiacién especiticos ara determinadas proteinas. Los polimeros mas cortos de azi- ‘cares (oligosnesirides) actian como sefiales espeeiicas cuando 8¢ presentan unidos a proteinas 0 lipidos de la superficie celular, Los lipides, derivaos grasos 0 aceitosos de hidrocarburos, sirven como componentes estructurales de las membranas, re serva de combustible rico en energia, pigmentos y sefiales in- tracelutares. En proteinas, deidas nucleicos y polisacsridos el :mimero de subunidades monoméricas es muy grande: la masa ‘molecular relativa de las protesnas oscila entre 5000 y mis de ‘millon, es de hasta varios miles de millones en fcidos nuctei- 0s y del orcen cle millones en polisacéridos como el almidn. ‘Las moléculas individuales de lipido son mucho més pequefias (Mf, 750 @ 1500) y no se consideran macromoléculas. Pero la asociacién no covalente de un gran mrimero de molécilas de Ik pido produce la formacién de estructuras de gran tamafio, Las ‘membranas celulares se construyen a partir de enormes agrega- dos no covalentes de moléeulas de lipids y ce protesnas, Las proteinas y los deidos nucleicos son moléealas in- formativas: cada proteina y cada écido nucleieo posee tuna ssecuencia caracteristica rica en informacion. Algunos oligosa- éridos de estructura ramificada y formados por sels 0 més aniicares diferentes son también moléculas portadoras de informacién y actitan en la superficie celular externa como Puntos altamente especificos de reconoelmlento en muchos ‘procesos celulares (como se deseribird en el Capitulo 7). La estructura tridimensional se describe en términos de configuracién y conformacién Los enlaces covalentes ¥ los grupos furcionales de las biomo- \geulas son de importancia central para su funeién, al igual que Ja distribuci6n de Ios stomos de una biomolécula en el espacio tridimensional (su estereoquimica). Los compuestos de car- bono existen normalmente como estereoisémeros, molécu Jas que contienen los mismos enlaces quiimicos pero con uta estereoquitnica diferente, es decir, con diferente configura- efén o relacién espacial entre sus &tomos constituyentes. Las interacciones entre las biomoléculas som invariablemente es- tereoespecitficas, lo que implica que las moléculas que inter- ‘actian deben tener una estereoquimica concreta. La Figura 1-17 muestra tres formas de ilustrar la estruc- tura estereoquimica de moléculas simples. El diagrama en 0, on ¢ NCH Hen © K © ® o © FIGURA 1-17 Representacién de moléculas. Tres maneras de repre- sentar la estructura del aminodeide alanina. (a) Formula estructural fn perspectiva: el simbolo (-} representa un enlace en el que el ‘tomo del extiero mas ancho se proyecta hacia el exterior del plano del papel y hacia el lector; simbolo (=) representa enlaces que es ‘an ditigidos hacia la parte posterior del plano del papel. b) Modelo e bolas yvarillas, donde se observa las longitudes relatvas de os enlaces y los dngulos de enlace. (€) Modelo espacial leno, en el que «ada Stomo se presenta con su radio de van der WaalsHo0G ft Not Noaed! 000’ “coon ag” Sane Acido maleico (cis) Acido famarico (trans) Lie Retinal co) perspectiva especifica Ia estereoquimica de forma no ambigua, pero los éngulos y las distancias de enlace se representan me jor con modelos de botas y varilias. En los modelos espacial- ‘mente lenos el radio de cada étomo es proporcional a su radio de van der Waals y los contornos de] modelo definen el espacio ‘ocupadio por la moléeula. La configuracion es el resultado de la presencia de (1) en- laces dobles, arecledor de los cuales no existe libertad de rota- ign, 0 (2) centros quirales, alrededor de los cuales los grupos sustituyentes se disponen segiin una secuencia especifica, La ccaracteristica que identifica a los sémeros configuracionales 65 que no pueden ser interconvertidos sin romper temporal- ‘mente uno 0 més enlaces covalentes, La Figura I-18a muestra las configuraciones del acido maleico y de suisomero, el cido fumérico. Estos compuestos son isémeros geométricos 0 ‘is-trans; dlfieren en la disposicién de sus grupos sustituyen- tes con respecto al doble enlace que no posee capacidad de rotacién (del latin cis, “a este lado” os grupos se encuentran fen el mismo lado del enlace doble; trans, “al atro lada’- los grupos se hallan en lads opuestos). Bl didlo maleico es el is6- ‘mero cis y el dcido funarico es el trans; cada uno de ellos es ‘un compuesto bien definido que puede ser aistado y purift- ‘ado, tenienclo cada uno de ellos sus propias caracteristicas quimicas. Un sitio de unién (par ejemplo, en un enzima) que sea complementario para una de estas moléeulas no lo ser para la otra, lo cual explica por qué estos dos compuestos tie~ 1.2 Fundamentos quimices 47 FIGURA 1-18 Configuraciones de isdmeros geométricas. (a) Losisé- ‘mer0s como el dcido maleico y el écido fumsrico no pueden inter- ‘converts sin la rotura de enlaces covalentes, proceso que consume ‘mucha enesgi. (b) En la retina de los verebrads, el pas inicial de proceso de deteccin de la luz es la absorcién de la Iue visible por parte del 11-cie-retinal. La energia de la luz absorbida (aproximada- ‘mente 250 k/mol) converte el 1 -citetnal en todostans-retinal, lo ‘que produce variacioneseléctricas en las céulas de la retina que dan lugar alimpulso nervioso. (Obsérvese que en tos modelos de bolas y -arllas de los retinales se omiten ls Stomos de hirigeno,) ‘Todo-trane-Retinal zen papeles biol6gicos diferentes a pesar de ser quimicamente ‘muy parecidos. En el segunda tipo de isomeris confiquracioral, los eua- tro sustituyentes diferentes unidos a un tomo de carbono te- traédrico pueden ordenarse en el espacio de dos maneras diferentes (tener dos configuraciones, Fi 1-19), dando lugar «a dos estereoisémeros con propiedades quimicas similares o ‘dénticas, pero que differen en algunas propiedad isicas y Dioldgicas. Se dice que un atom de carbono con cuatro susti- tuyentes diferentes es asimétrico y los earbonos asimétricos se denominan centros quirales (dl griego chires, “mano”). {Una molécula con un solo earbono quiral puede tener dos es- tereoisdmeros, mientras que puede haber 2” estereoisémeros ‘cuando los carborios quirales son dos o mis (n), Algunos este- ‘eoismeros son imagenes especulares uno del otro} son los lamados enantiémeros (Fig, 1-19), Las parejas de estereo- ‘sdmmeros que-no son invigenes especulares entre sf se denomni- nan diastereémeros (Fig. 1-20), ‘Tal como observ6 Louis Pasteur (Recuadro 1-2), los enan- tiémeros tienen propiedades quimicas cas idénticas pero se di- ferencian en una propiedad fsica caracteristca, su interaccion ‘con Ia luz polatizada. En sohuciones separadas, los dos enan- Uuomeros rotan el plano de la luz polarizada en direcciones ‘opuestas, pero soluciones equimolares de los dos enantiéme- 0s (mezelas raeémicas) no provocan rotaciéin éptica, Los ‘compuestas sin centros quitales no rotan la luz polarizada.18 Capitulo 1 Fundamentos de bioquimica ‘Molécula quiral: Después de hacer rotar la moléeala noes posible superponerla ala imagen specular ‘al original @ Enantidmeros (imagenes especulares) os FIGURA 1-19 Asimetria molecular: moléculas quirales y aqurales. (@) Cuando un Stamo de carbono tiene custo sustituyentes diferentes (8, X.%) éstos pueden disponese de dos maneras diferentes, que dan lugar a dos moléculas no superponibles, sendo cada una de elas {a imagen especular de la otra (enantimeros. Estos étomos de car- bono asimétricos se denominan dtomos quirales 0 centtos quitales. (©) Cuando alrededar del tomo de carbono tetraédrico se disponen Unicamente tres sustituyentes diferentes (es deck, hay dos susituyentes iguales, solamente es posible una configuracién espacial y la molé- aula es simética 0 aquiral. En este caso la molécula puede superpo- rnerse a su imagen especula: la molécula de la iquierda,rotando en Sento contrar‘ a las agujas del reloj (cuando se mira hacia abajo por el ee vertical que une A y C), da lugar a la molécula del espe. Dada ta importancia de la estereoquimica en las reaccio- ‘es entre biomoléculas (como se vera més adelante), el bio- aimico debe poder denominar y representar la estructura de las biomoléculas de modo que su estersoquimalea quede defi- rida sin ambignedad. Bi sistema de nomenclatura RS es el més, uit para compuestos con mas de un centro quiral. En este si tema se asigna una prioridad a cada uno de los grupos unidos ‘un carbono quiral. La prioridad para algunos sustituyentes camunes es la siguiente. —OCH: > —OH > —NH, > —COOH > —cHO> —CH,OH > —CH, > —H Seaiin el sistema RS, el tomo quiral ha de mirarse de modo que el grupo de prioridad més baja (4 en el diagrama de Ja pagina siguiente) quede situado en dineccién opuesta al ob servador. Sila prioridad de los otros tres grupos (1 a 3) disni- nuye segiin el sentido de las agujas del relej la configuracion sera (2) (del latin rectus, “derecha") y si va en contra del sen Bnantiémeroe (imagenes especulares) a o@ RK nba o OF n=¢-8 CH; ‘Diastereémeros imagenes no espoculares) FIGURA 1-20 Dos tipos de estereoisémeros. Hay cuatro butanos di- ferentes2,-bisusttuidos (n=2 carbonos asimetricos, por consiguiente 2” = 4 estereois6meros). Cada uno de ellos se muestra en un recua- CeH205 + 602 (reduccién del CO» por aocién de Ia energia luminosa) La cétulas y los organismos no fotosintétions obtienen energia para sus necesidades mediante la oxidacién de los productos H- ‘cos en energja de la fotosintesis, transportando electrons hacia © ‘Aumento en el desorden. ‘entropia) del entorno El metabolismo produce ‘compuesiog mas simples que ‘moléeulas de combustible iiales: CO, NH, HO, HPO} : @ Deseenso en el dosorden a (entropia) del sistema ‘Compuestos simples potimerixan. para dar lugar amaeromoléculas icas en informacién: DNA, RNA, protefnas © FIGURA 1-24 Algunas interconversiones de energia en los organis- ‘mos vivos. Durante las transducciones metabdlicas de energie! de- orden del sistema y de su entormo (entropia) aumenta ala vez que la tnergia potencial de las moléculasnutrientes complejas disminuye. {@) Los organismos vivs estraen energia de su entoro, (b) convierten tana parte de ella en formas dtiles para product trabajo; () devuelven tuna pate al entomo en forma de calor y (dliberan moléculas como productos finales menos orgarizadas que el combustible orignal au Frentando la entiopfa del universo, Como consecuencia de todas es tas transformaciones (e) aumenta ot orden (disminuye el desorden) en tl sistema mediante la formacién de macromoléculas complejas. El Capitulo 13 hace un tratamiento cuantitativo de fa eno“€1 0s atmosférico pars formar agua, di6xido de carbono y otros, ‘productos finales, que son reciclados en el medio ambiente: CHygOg + On —> 6CO, + 6H,O + enengia (rencsion de oxidacién de Ia glucosa que produce encrgia) ‘Pricticamente todas las transducciones energéticas de las eé- ulas pueden entenderse como un flujo de electrones desde luna molécula a otra, en un proceso “cuesta abajo” desde po- tenelales electroquimicos superiores a inferiores; siendo ast, esto es formalmente andlogo al fujo de electrones en un cir~ cculto eléctrico alimentado por una baverfa eléctrica. Todas las reacciones que implican un Dujo de electrones son reaccio- nes de oxidacién-redueeién: un reactivo se oxida (pierde electrones) y otro se reduce (gana electrones). Crear y mantener el orden requiere trabajo y energia EIDNA, el RNA y las proteinas son macramoléculas informati- vas. Ademds de usar enerafa quimica para formar los enlaces ‘covalentes entre las subunidades de estos polimeros, las eélu- Jas deben invertir energia para ordenar las subunidades en su secuencia correcta. Bs extremadamente improbable que los aminodcidos de una mezela se condensen esponténeamente ‘para formar una protefna de secuencia tnica. Elio implicaria un ‘aumento del orden en una poblacién de moléculas, lo que con- ‘trastarfa con la segunda ley de la termodindmica segdn la cual Ja tendencia de cualquier proceso natural es la de incrementar el desorden del universo: la entropia total del universo est ‘en comstante crecimiento. Para dar lugar a la sintesis de ma- cromoléculas a partir de sus subunidades monoméricas debe ‘suministrarse energfa lire al sistema, en este caso, la célula El desorden de los componentes de un sistema quimico ‘se expresa como emtropia, $ (Recuadro 1-3), Cualquier va- riacién en el grado de desorden de un sistema equivale a una va- riacién de entropfa, AS, que, con- venclonalmente, adopia valores positives cuando aumenta el de- sorden. J, Willard Gibbs, que desa- rroll6 la teoria de las variaciones. cenersiéticas durante las reacciones quimicas, demostrs que el con- tenido en energia libre, G, de ‘cualquier sistema cerrado puede definirse a partir de tres magnitue |. Willard Gibbs, 1839-1903, des: entalpia, H, que refleja el riimero y el tipo de enlaces: en- tropfa, S;y la temperatura absoluta, 7 (en grados Kelvin). La definicién de energia libre es: G = Hf — TS. Si una reaccién ‘quimica tiene Ingar a temperatura constant, la variaeién de ‘energia libre, AG, viene determinada por la variacién de en- talpia, AMT, que relejael tipo y la cantidad de enlaces quimicos ‘einteracciones no covalentes que se rompen y forman, y la va- rlacién de entropia, AS, que describe el cambio en el grado de dosorden del sistema: aG=aH-Tas 1.3 Fundamentos fisicos 23. NH, mek, eee uf YT -0-P—0-P-0-P-0-CH, NON op m OH OH ©OD- Hee Ain FIGURA 1-25 Adenosina trifosfato (ATP). La eliminacién del fostato terminal de ATP (en rosa) mediante rotura de un enlace fosfoanh ido es atamente exerganica y se acopla a muchas reacciones en- derginicas en la eélula (como en el ejemplo de la Figura 1-26) Un proceso tiende a ocurtir esponténeamente s6lo si AG es negativa, No obstante, la funcién celular depende principal- mente de moléculas tales como proteinas y dcidos nucleicos, para las que la energia bre de formacién es positiva: son me- nos estables y mas ordenadas que una mezela de sus compo- nentes monoméricos. Para levar a eabo estas reacciones que requieren energia (endergénicas), la célula las acopla a otras ‘que desprencen energia libre (reacciones exergénicas), de ‘modo que el proceso sea glotalmente exergonico: la summa de Jas variaciones de energia libre es negativa. La fuente habitual de energia libre en las reacciones biolégicas acopladas ¢s la energ{a literada por la hidrétsis de enlaces fosfoarhidrido ta- Jes como los que se encuentran en la molécula de adenosina trifosfato (ATP; Fig. 1-25, véase también Fig. 1-16), Aauf, cada ‘® representa un grapo fosforil: Aminoicidos — polimero AG, es positiva (endergénica) —®-BH—--G+® AGzes negativa (exergéniea) ‘Cuando estas reacciones estén acopladas, la suma de AG; y AG, es negativa (el proceso global es exers6nico), Mediante esta estrategia, a célula puede sintetizar y mantener los poll= rmeros ricos en informacién esenciales para la vida. El acoplamiento energético conecta Jas reacciones biolégicas La cuestion central de la bioenergética es el modo mediante el cual la energia obtenida de la luz 0 del metabolisno de los com- ‘bustibles se acopla a la energfa requerida por las reacciones ccelulares. Para comprender el acoplamiento de la enengia es ins- truetivo considerar un ejemplo mecanico simple corto el mos ‘ado en la Figura 1-26a. Un objeto situadlo en la parte superior dde um plano inclinado posee una cierta cantidad de energia po- ‘teneial como resultado de su elevaciéin, Tiende a destizarse por 1plano, perdiendo su energia potencial al acercarse al suelo, Si al objeto deslizante se le acopla, mediante un mecanismo de ‘cuerda y polea, un objeto més pequetio, el movimiento espon- taneo hacia abajo del mas grande puede hacer elevar al mas pequeto, realizindose trabajo. La cantidad de energia trans- formable en trabajo es lavariaci6n en energia libre, AG; este24 Capitulo? Fundamentos de bioguimica RECUADRO 1-3 BIOQUIMICA PRACTICA Entropfa: las ventajas de estar desorganizado ‘51 érmino entropia, que lteralmente significa “cambio en el interior’, fue utiizado por primera vez en 185] por Rudolf ‘Clausius, uno de los autores que formularon la segunda ley de la termodinémica, La definicion euartitativa riguresa de Ja entropia implica consideraciones estalisticas y probabilis- ‘cas. No obslante, se puede ihustrar sx naturaleza de fornia glucosa 6-fosfato + ADP Puesto que se libera mas energia en la reaccién 2 que la con- ‘sumida en la reacci6n 1, la varacién de energia libre en lareac- ion 3, AGs, es negativa, lo que hace posible que la sintesis de _glucosa 6 fosfato transcurra a través de la reaccién 3, Bl acoplamiento de reacciones exergénicas con otras en- dergénicas a través de un intermediario compartido es basico para los intercambios energéticos en los sistemas vivos. La hi- drélisis del ATP (reaccién 2 en la Fig. 1-26b) es la reacci6n exerg6nica que proporciona la energfa para la mayoria de pro- ccesos enderg6nicos en las células. De hecho, el ATP es el prin- ‘cipal transportador de energia quimica en la célula. Reaccién 3: Koay AG? miden la tendencia de una reaccién Para transcurrir esponténeamente La tendencia de una reaccién quimica para ear a su final Puede expresarse en forma de tna constante de equilibrio, Para la reacclon aA+bB—> 0+ aD la constante de equilibrio, Ke, viene dada por Iu) TDaglt Theol? donde (Aas ls concentraciGn de A, [By] es la concentracion de B, etc,, cuando et sistema ha Uegado al equitibrio. Un valor elevado de Kay indica que la reacefon tiene lugar hasta ue los reactivos se han convertido casi en productos, Gibbs demosiré que la AG de una reaccién quimica cual- uiera es funcién de Ia variacién de energia libre estn- dar, AG" (una constante caracteristica de cada reaceién specifica) y de un témuino que expresa la concentraciénink- cial de reactivos y productos: Kg ~ age + Rr in Ds 3 ag ~ 6" + ern EO, a) ‘onde {Ai es la concentracsn nical de Ay ast sueesivamente, Res a constante de los gases y Tesla temperatura absolut, Guando una reaccion ha alcaneado el equilibrio no per siste ninguna fuerza que la induzca aren una direceidn w otra ¥ no puede realizar trabajo: AG = 0, En esta situacisn eon: rela [A = [Acgh et para todos los reactivos y productos, y {CJ* _ ICgI1Dagl* TAPIBD ~ TASB Susttuyendo AG por Oy (G)TDIMAIB? por ey enla Bouse cidn 1-1, obtenemos la relacion AG = -RTIn Ky de la que deducimos que AG es tan sélo una manera alterna- tiva a K,q para expresar la direceién de una reaccién. Gracias a poder medir K., experimentalmente disponemos de un ‘modo de determinar AG*, la constante termodindmica caracte- ristica de cada reaccién. AG" y AG se expresan ambas en joules por mol (0 ealorias por mol). Cuando Ky>> 1, AG* es grande y negativas cuando Ka, <<1, 4G" es grande y positiva. Bs posible deducir con un simple vistazo a una tabla de valores de K,,0 de AG* cules som las reacciones que tenderdn a producirse y eusles no, Hay que decir que las constantes termodiindémicas como AG? muestran dénde se halla el punto de equilibri final de la reacci6n, pero nada nos dicen acerca de la velocidad con que se aleanza (véase Capitulo 6), Los enzimas facilitan las secuencias de reacciones quimicas ‘Todas las macromoléculas biol6gicas son mucho més inesta- bles termodinémicamente que sus subunidades monoméricas, ‘aunque sean, no obstante, estables cénéticamente: su degra- B) FIGURA 1-27 Variaciones energéticas durante una reaccién qui- ica. En la conversién de los teactivos (A) en proclictos (8) debe sal- vatse una elevada harrera de activacién, que representa el estado de ttansicin a pesar de que fos productos son mis estables que los reac- tivo, tal como indica la gran variacién negativa de enecgia libre (AC). La energia necesaria para superar la barra de activacin es la energia de activacién (AG*) . Los enzimas catalizan las reacciones disminu- yendo fa barrera de acticin. Se unen fuertemente a los intermela- ios del estado de transicién y la energa de enlace de esta interaccion reduce la energia de activacin desde AG'yucx hasta AG. (Obs6r- vese que la energfa de activacn no estérelacionada con la variacién de la energa libre de la reaceiéa, AG.) 1.3 Fundamentos fisicos 27 Notrientes Otr0 tipo de sliscrnadaa trabajo boar Comida Biomolécutas ingerda complejas Fotones Trabajo ee mecénico ‘Trabajo cambio app HPO) Rtas de rencciones nabolieas Ga) (endergénieas) C0, Nig Sage : a FIGURA 1-28 Papel central del ATP en el metabolismo. El ATP es el itermediario quimico comin que conecta los procesos que liberan ‘energia con aquellos que la requieren. Su papel en la célula es and logo al del dinero en las relaciones comerciales; se “ganalproduce” len reacciones exergdnicasy se “gastalconsume" en las endergénicas, Soras convirtiéndolas en moléculas progresivamente mayores ‘¥ més complejas, Estas rutas sintétieas requieren invariable ‘mente un aporte de energia y en corjunto se denominan ana- bolismo. La compleja red de reacciones catalizadas por cenzimas constituye el metabolismo celular, El ATP es el p cipal nexo de unin (el intermediario compartido) entre los componentes anabélicos ¥ catabélicos de esta red (Fig, 1-28). Las rutas de reacciones catalizadas enwimaticamente que ac- ‘tan sobre los principales constituyentes de las eéhulas ~protes- nas, grasas, aziicares y dcidos nucleicos~ son casi idénticas en todos los organismos vivos. EI metabolismo esté regulado para conseguir equilibrio y economia Las eélulas vivas no son sélo capaces de sintetizar simultanea- ‘mente miles de clases diferentes de moléculas sino que ade- ‘mas son capaces dle hacerlo en las proporcianes precisas que28 Capiuio 1 Fundamentos de bloquimica son necesarias para la eélula en cualquier situacién. Cuando, por ejemplo, se produce un crecimiento celular répido, deben, sintetizarse grandes cantidades de preeursores de proteinas ¥ cidos nucleicos, mientras que en condiciones de no creel- miento la necesidail de estos precursores ge encuentra muy reducida, Los enzimas clave de cada ruta metabilica estin re- gulados de manera que cada tipo de molécula precursora se sintetiza en la cantidad adecuada a las necesidades cireuns- tanciales de la célul, Considérese la ruta de B: coli que conduce a la sintesis de] aminodeido isoleucina, La ruta consta de cinco reacciones, catalizadas cada tna por un enzima diferente (las letras Aa F ‘epresentan los intermediarios de la ruta}: Si una eélula empieza a producir més isoleucina de la neces sia para la sintesis proteica, la isoleucina no utilizada se acu- ‘mula y este incremento en la concentracién inhibe Ia actividad. catalitica del primer encima de la ruta, con lo que se frena in- mediatamente la produccién de isoleucina. Esta retroimhibi- ccién mantiene el equilibrio entre produceién y utilizacién de cada intermediario metabsico A pesar de que el concepto de ruta disereta es itil para la organizacin y la comprensién del metabolismo, constituye luna simplificacion. En la célula existen miles de intermediatios ‘metabslieos, muchos de los cuales forman parte de mis de luna ruta, EI metabotismo estaria mejor representado por usta red de rutas interconectadas e interdependientes. La variacién, en Ia concentracion de cualquier metabolite afectaria otras rutas, dando inicio a un efecto en cadena que influiria en el flujo de materiales a través de otros sectares de la economia de la célula. La comprension de estas complejas interaceiones enize intermediarios y rutas en términos enantitativos es una tarea ingente, pero lioy existen nuevas aproximaciones expe- Fimentales (véase Capitulo 15) que han empezado a ofrecer ‘ewos puntos de vista sobre la regulacién del metabolism, Las células regulan también la sintesis de sus propios ea. talizadores, los enzimas, en respuesta a la variacion en las ne- cesicades de un producto metabdlico (véase Capitulo 28). La lexpresién de los genes (la traduccién de la informacién del DNA en proteinas celulares activas) y la sintesis de los ena mas son otros niveles de control metabelico. Todos ellos deben. Incluirse al escribir el control global del metabolistao. Ofrecer luna visidn completa del modo en que Ia céhula regula su active dad es una tarea ingente que no ha hecho mas que empezar, RESUMEN 1.3 Fundamentos fisicos ‘= Las células vivas son sistemas abiertos que lntercambian materia y energfa con su entom9, extrayendo y canalizando energia para mantenerse en um estado estacionario dinémica distante del ‘equiibrio, La energia se obtiene de Ia luz solar 0 de Jos combustibles, canvirtiendo la energia de un flujo electrénico en energia de los enlaces «quimicos del ATP. fm La tendencia de una reaccién quitnica para Negar al equilbrio puede expresarse como la variacién en su ‘energia libre, AG, que tiene dos componentes: variacion de entalpia, AH, y variaeidn de entropia, AS. £Bstas variables se relacionsan entre ellas por la ecuacidn AG = AH ~As, Cuando la AG de una reaccién es negativa, la reaceién ces exergénica y tiende a legar a su fin; cuando AG es positiva, la reaccion es endergénica y vende a avanzar cen la direccién opuesta. Cuando dos reacciones se ‘suman para dar lugar a una tercera reaccién, la AG de la reaccién global es la suma de las AG de las reacciones individuales. De esta forma se produce el acoplamiento de reacciones. La conversién de ATP en P, y ADP es altamente cexergénica (AG negativa y de valor elevado) y ‘muchas reaceiones celulares endergénicas san posibles gracias al acoplamiento a esta reaceién a través de intermediarios communes, La variacidn de energia libre estandar de una reaccidn, AG’, es una constante fisica relacionada ‘con la constante de equilibrio mediante la ecuacidn. AG’ = RT In Ke, = La mayor parte de las reaeciones celulares tiene lugar a velocidacis tiles porque existen enzimas que las calalizan, Los enzimas actian en parte estabilizando elestado de transicin, redueiendo la energia de activacién, AG, e incrementando la velocidad de reaccién en muchos érdenes de magnitud. La actividad cataltica de los enzimas en las edu est regulada, 1m El metabolismo es la suma de muchas secuencias de reacciones interconectadas en las que se interconvier: ten metabolites celulares. Cada secuencia est regulada de manera que produzea Io que la cétula necesita en cada momento y consuma sélo la enerata 1.4 Fundamentos genéticos Posiblemente, la propiedad mas notable dle las eélulas y orga- nismos vivos es su capacidad para reproducirse con fidelidad. ‘asi perfecta a Io largo de incontables seneraciones, Esta con- tinuidad de rasgos heredasis implica que, a o largo de millones de anos, la estructura de las moléculas que contienen la infor- nlaciéin genética ha debido permanecer constante, Muy pocas Inuellashistéricas de la civilizacién (Fig, 1-29) han logrado so- ‘brevivir un millar de aitos. Pero existen pruebas convincentes de que las instrucciones genéticas de los organismos vivos han permanecido practicamente inalteradas durante pertodos mucho mas largos; muchas bacteria tienen aproximadamente el mismo tamaiio, forma y estruetura intema, y eantienen el