4.

Amino kiseline i polipeptidi

4. 1. Amino kiseline
Amino kiseline su molekuli koji sadre amino grupe i karboksilne grupe i boni
lanac koji varira u svom sastavu kod razliitih amino kiselina. Termin amino kiselina u
osnovi oznaava -amino kiseline sa optom formulom H 2NCHRCOOH, gde je R organski
substituent [1]. Aminokiseline su, po hemijskom sastavu, organske kiseline kod kojih je
na C atomu (prvi atom ugljenika do karboksilne grupe) dolo do supstitucije jednog
vodonikovog atoma amino-grupom (NH2), a drugi atom vodonika supstituisan je
alifatskim, aromatinim ili heterociklinim ostatkom (R). U alfa-amino kiselinama, amino
i karboksilne grupe su vezane za C atom, koji se naziva -ugljenik-ov atom. Kod razliitih
amino kiselina prisutne su razlike u sastavu i duini bonog lanca (R grupe), koja se
vee na -ugljenik. Boni lanac moe varirati od H-atoma u glicinu do metil grupe u
alaninu, ili velike heterocikline grupe u triptofanu. Amino kiseline su bitne za ivi svet,
jer su nosioci mnogih metabolikih funkcija.
Amino kiseline sainjavaju gradivne blokove proteina, koji su linearni lanci amino
kiselina. Svaki protein hemijski je definisan svojom primarnom strukturom. Njegove
karakteristine (jedinstvene) sekvence se sastoje iz ostataka amino kiselina, koje
definiu trodimenzionalnu strukturu proteina. Kao to slova uestvuju u graenju
razliitih vrsta rei, amino kiseline se meusobno povezuju u razliite sekvence
formirajui razliite proteine. Amino kiseline su veoma vani sastojci mnogih biolokih
molekula, sainjavajui delove koenzima, ili su prekursori biosinteze molekula, kao kod
heme. Zahvaljujui njihovoj centralnoj ulozi u biohemiji, amino kiseline su vrlo znaajni
nutrijenti [2].

4.1.1. Struktura amino kiselina

Sve amino kiseline, osim glicina imaju hiralni centar (C-atom okruen sa etiri
razliita supstituenta) (sl.1.4.). Glicin, kod koga dva supstituenta ine H atomi, ne
poseduje hiralni centar (pojmom hiralan oznaava molekule koji ne poseduju unutranju
simetriju, posebno ogledalsku simetriju, koja vodi preklapanju predmeta i lika u
ogledalu). [2, 3]. U amino kiselinama koje imaju C lanac vezan na -C (kao to je lizin) C
atomi su oznaeni sa , , , , itd. U nekim amino kiselinama, amino grupa vezana je na
- ili -C, tako da se takve amino kiseline nazivaju ili - amino kiselinama. Amino
kiseline esto se klasifikuju u skladu sa osobinama njihovih bonih lanaca na 4 grupe:
slabe amino kiseline ili slabe baze, hidrofilne ako je lanac polaran ili hidrofobne, kad je
lanac nepolaran. Fraza razgranati lanac amino kiselina ili BCAA (Branched Chain Amino
Acids) oznaava da amino kiselina poseduje alifatini boni lanac koji nije linearan, kao
to je sluaj kod leucina, izoleucina i valina. Prolin je jedina proteinogena amino kiselina
ija se bona grupa vee za -amino grupu i jedina proteinogena amino kiselina koja
sadri sekundarni amin u toj poziciji. Hemijski prolin je zato imino kiselina, jer mu
nedostaje primarna amino grupa, mada se klasifikuje u amino kiseline prema postojeoj
biohemijskoj nomenklaturi. On se naziva takoe, N-alkilovana -amino kiselina.

Sl.1.4. Osnovni strukturni motivi standardnih amino kiselina [en.wikipedia.org]

4.1.2. Izomerizam amino kiselina

Standardne amino kiseline, izuzev glicina, egzistiraju u dva optika izomera,

zvana L ili D amino kiseline, koja poseduju meusobnu ogledalsku simetriju (zvanu
takoe, hiralnost). Dok L-amino kiseline predstavljaju amino kiseline koje se nalaze u
proteinima tokom translacije u ribozome, D-amino kiseline se nalaze u proteinima
proizvedenim enzimima tzv. posttranslacionom modifikacijom posle translacije i
translokacije prema endoplazmatinom retikulumu, kao kod egzotinog
morskog

organizma, tzv. konusnog pua. One su prisutne kao komponente peptidoglikana

elijskih zidova bakterija, a D-serin moe delovati i kao nurotransmiter u mozgu.
Alternativno, prema prioritetima substituenata vezanih za hiralni atom ugljenika koriste
se oznake S (levo, suprotno smeru kazaljke na satu) i D (desno, u smeru kazaljke na
satu) za oznaavanje stereohemijske konfiguracije okoline hiralnog ugljenika (zavisno od
toga da li se levo ili desno nalazi grupa najnieg prioriteta u odnosu na posmatraa).
Skoro sve amino kiseline u proteinima su S tipa u odnosu na -C, izuzev cisteina koji je R
tipa i glicina koji je ne-hiralan. Cistein je neobian jer poseduje atom S na prvoj poziciji
bonog lanca, koji ima veu atomsku masu od grupe vezane za -C kod drugih
standardnih amino kiselina, otuda se on pripada amino kiselinama R tipa [4, 5].

4.1.3. Cviter joni

Cviter joni su hemijska jedinjenja koja imaju ukupno mreno naelektrisanje nula,
zbog ega su elektrino neutralni, iako sadre naelektrisanja na razliitim atomima.
Amino kiseline imaju obe funkcionalne grupe: amino i karboksilnu grupu i zato su i
kisele i bazne u isto vreme. Na nekim pH, kao to je pH kome odgovara izoelektrina
taka njihovo ukupno naelektrisanje je nula, tako da je broj protonovanih amino grupa
(pozitivno naelektrisanih) i deprotonovanih
karboksilnih grupa (negativna
naelektrisanja) jednak. Joni produkovani na izoelektrinoj taki imaju obe vrste
naelektrisanja, pozitivna i negativna i nazivaju se cviter joni, prema nemakoj rei
zwitter koja znai hermafrodit ili hibrid (sl.2.4.). Amino kiseline mogu postojati kao
cviter joni u vrstim i polarnim rastvaraima kao to je voda, ali ne i u gasnoj fazi.
Cviter joni imaju minimalnu rastvorljivost na njihovoj izoelektrinoj taki i amino kiseline
zahvaljujui tome mogu biti izolovane precipitacijom iz vode podeavajui pH na njihovu
karakteristinu izoelektrinu taku [2, 5,6].

Sl. 2.4. Amino kiselina u

jonizovanoj
(1) i cviter formi (2)
[en.wikipedia.org]

4.1.4. Standardne amino kiseline

Amino kiseline su strukturne jedinice koje ine proteine. One se spajaju

formirajui kratke polimerne lance zvane peptidi ili due lance zvani polipeptidi ili
proteini. Ovi polimeri su linearni i nerazgranati, sa strukturom kod koje je svaka amino
kiselina u lancu vezana za dve susedne amino kiseline. Proces nastajanja proteina
naziva se translacija i ukljuuje korak po korak adiciju amino kiselina na rastuem
proteinskom lancu pomou ribozoma. Redosled u kome se amino kiseline adiraju
odreuje se genetskim kodom od strane iRNK matrice, koji je kopija DNK jednog od gena
organizma. Dvadeset dve amino kiseline su prirodno ugraene u polipeptide i nazivaju
se proteinogene ili standardne amino kiseline. Od njih 22, 20 je direktno kodirano
univerzalnim genetskim kodom. Preostale 2, selenocistein i pirolizin su ukljuene u
proteine pomou sintetikih mehanizama. Selenocistein se ugrauje kada se iRNK
translatira tako da ukljui u sebe SECIS element (SECIS oznaava selenocistein
insertacionu sekvencu), koji uzrokuje da UGA kodon (ita se kao aminokiselina
triptofan), kodira selenocistein umesto da se ponaa na svoj tipian nain kao stop
kodon. Pirolizin se takoe, kodira sa UAG kodonom [2,7].
4.1.5. Nestandardne amino kiseline
Pored 22 standardne amino kiseline, postoji izvestan broj nestandardnih amino
kiselina. One su pronaene u proteinima i formirane su post-translacionom
modifikacijom, koja predstavlja modifikaciju koja se odvija neposredno nakon procesa
sinteze proteina translacijom. Ove modifikacije esto su bitne za nain funkcionisanja i
regulaciju proteina, npr. za karboksilaciju glutamata koja doputa bolje vezivanje Ca
katjona, ili hidroksilaciju prolina, koja je izuzetno vana za odranje vezivnih tkiva. Drugi
primer je formiranje hipusina u translacionoj inicijaciji faktora EIF5A, kroz modifikaciju
lizinskog domena. Takve modifikacije mogu odrediti lokalizaciju proteina, adicijom
velikih hidrofobnih grupa, koje mogu usloviti vezivanje proteina na fosfolipidnu
membranu. Primeri nestandardnih amino kiselina koje su pronaeni u proteinima su
lantionin, 2-aminoizobutirna kiselina, dehidroalanin i neurotransmiter gamaaminobutirna kiselina. Nestandardne amino kiseline esto su intermedijeri metabolikog
procesa kod standardnih amino kiselina, npr. ornitin i citrulin nastaju u ciklusu
nastajanja uree, katabolizmom dela amino kiselina. U retkim izuzecima pored
dominacije -amino kiselina u biologiji, prisutan je i -alanin (3-aminopropionska
kiselina) (sl. 3.4.), koji se koristi u biljkama i mikroorganizmima prilikom sinteze
pantotenske kiseline (vitamin B5) i kao komponenta koenzima A [7,8].

(a)

(b)

Sl. 3.4. Strukturne formule a) L--alanina i b) -alanina [en.wikipedia.org]

4.1.6. Ljudska hrana

U ljudskom telu koriste se 22 amino kiseline za sintezu proteina i drugih

biomolekula ili oksidaciju u ureu i CO2 kao izvor energije. Oksidacioni koraci zapoinju
izluivanjem amino grupe pomou transmitaze, tokom koje amino grupa ulazi u tzv.
ciklus uree. Drugi proizvod transamidacije je ketonska kiselina koja ulazi u ciklus tzv.
limunske kiseline (sl.4.4.).

a)

b)

Sl. 4.4. a) Ciklus uree. Dijagram reakcija u kojima se suvini azot u obliku amonijaka
pretvara u rastvornu ureu, koristei L-ornitin kao reciklibilni nosa (legenda enzima): 1)
karbamoil fosfat sintetaza, 2) ornitin karbamoil transferaza, 3) argininsucinat sintetaza, 4)
argininosukcinat liaza i 5) arginaza [medical-dictionary.thefreedictionary.com]; b) ciklus
limunske kiseline [en.wikipedia.org]

Glukogene amino kiseline se konvertuju u glukozu, kroz glukoneogenezu. Od 22

standardne amino kiseline osam je esencijalnih (izoleucin, leucin, lizin, metionin,
fenilalanin, treonin, triptofan i valin), jer ih ljudsko telo ne moe sintetisati iz drugih
jedinjenja na nivou potrebnom za normalan rast, tako da se moraju obezbediti kroz
ishranu. Situacija je jo komplikovanija, jer su cistein, taurin, tirozin, histidin i arginin
poluesencijalne amino kiseline kod dece, iji metabolizam nije u celosti razvijen da bi
obezbedio njihovu sintezu [9].

4.1.7. Ne-proteinske amino kiseline

U ljudskom organizmu, ne-proteinske amino kiseline imaju znaajnu ulogu kao
intermedijeri metabolizma. Takav je sluaj sa gama-aminobutirnom kiselinom, kod
biosinteze neurotransmitera. Mnoge amino kiseline koriste se u sintezama drugih
molekula, kao npr. triptofan koji je prekursor neurotransmitera serotonina, glicin je
prekursor porfirina unutar heme, arginin prekursor azotne kiseline, ornitin i Sadenozilmetionin su prekursori poliamina, a aspartat, glicin i glutamat su prekursori

nukleotida. Taurin je glavna amino kiselina u miinim i modanim tkivima. Precizna

uloga amino kiselina i mnoge njihove osobine jo uvek su nepoznati. Neke nestandardne
amino kiseline koriste se za odbranu biljaka od biljodera. Te amino kiseline tite biljke
od predatora kao to su insekti, uzrokujui njihova oboljenja (npr. kanavanin, analog
argininu ili mimozin, analog tirozinu)[2, 10].
4.1.8. Reakcije amino kiselina
U amino kiselinama prisutne su primarna amino i primarna karboksilna grupa.
One imaju ulogu funkcionalnih grupa i kao takve omoguavaju razne reakcije, kao to su
nukleofilna adicija, nastajanje aminskih veza
i imina posredstvom amino grupa,
esterifikaciju, formiranje amidnih veza i dekarboksilaciju posredstvom karboksilnih
grupa. Viestruki boni lanci amino kiselina, takoe, imaju uticaja na hemijske reakcije.
Tipovi ovih reakcija odreeni su grupama na bonim lancima i zato su razliiti za
razliite tipove amino grupa [2, 11].
4.1.8.1. Hemijske sinteze

Jedna od najstarijih metoda sinteze amino kiselina zasniva se na bromiranju

karboksilne kiseline na -C atomu. Nukleofilna substitucija sa NH 3 konvertuje alkil
bromid u amino kiselinu. Alternativno, Strecker-ova sinteza amino kiselina ukljuuje
tretman aldehida sa KCN i NH3, pri emu nastaje -amino nitril kao intermedijer.
Hidrolizom nitrila u kiselini nastaje -amino kiselina. Koristei NH3 i amonijumove soli u
tim rekacijama nastaju nesupstituisane amino kiseline, dok kod supstitucije primarnih i
sekundarnih amina nastaju supstitusane amino kiseline. Slino, koristei ketone, umesto
aldehida, dobaju se ,-disupstituisane amino kiseline. Klasina sinteza daje racemske
smee -amino kiselina kao
proizvoda,
dok
neke
alternativne procedure u sintezi
amino kiselina koriste tzv.
asimetrina pomona sredstva
ili
asimetrine
kataliza-tore
Sl. 5.4. Prva faza Stecker-ove sinteze amino kiselina [Org. Biomol.
(racemska smea, predstavlja
hem., 9, (2011), 1277]
smeu jed-nakih koliina dva
optiki aktivna mole-kula, od kojih jedan oblik obre ravan pola-rizovane svetlosti u
desno, a drugi u levo).
Prvi korak u Strecker-ovoj sintezi amino kiselina ja kondenzacija amonijaka sa
aldehidom u obliku imina (Sl. 5.4.):
U drugoj fazi Stecker-ove sinteze dodaje se cijanid kao nukleofil iminskom
ugljeniku, pri emu nastaje -aminonitril (sl.6.4.)

Sl. 6.4. Druga faza Stecker-ove sinteze: dobijanje -aminonitrila [Tetrahedron, 50, 1994, 1539.]

Nastali proizvod -aminonitril potom se hidrolizuje sledei dati niz reakcija na

sl.7.4. sve dok se ne nastane odgovarajua amino kiselina.

Sl. 7.4. Zavrna faza Strecker-ove sinteze amino kiselina hidrolizom -aminonitrila
[www.organic-chemistry.org] i [Synthesis, 2007, 1230.].

Danas se kod sinteze amino kiselina najee koristi metoda tzv. automatizovane
sinteze na vrstom nosau (vrstofazna sinteza peptida na polistirenu), koristei
zatitne grupe (Fmoc i t-Boc) i aktivne grupe (DCC i DIC) [12].

4.1.9. Formiranje peptidnih veza

Obe, amino i karboksilna, grupe amino kiselina mogu reagovati formirajui

amidne veze, tako to jedna amino kiselina moe reagovati sa drugom i vezati se sa
njom u amidni lanac. Ovakva polimerizacija amino kiselina kreira proteine. Ove reakcije
kondenzacije formiraju novu peptidnu vezu i molekul vode (sl. 8.4.). U elijama, ova se
reakcija ne deava direktno, ve se amino kiselina prvo aktivira vezivanjem na molekul
transportne DNK (tDNK) preko estarske veze. Ova aminoacil-tDNK se produkuje u ATP-

nezavisnoj reakciji (ATP je adenozin trifosfat) pomou aminoacil tDNK sintetaze. Takva
aminoacil-tDNK tada postaje substrat za ribozom, koji katalie napad amino grupe na
izdueni proteinski lanac na mestu estarske veze. Kao rezultat toga, svi proteini nastali
pomou ribozoma su sintetisani startujui na njihovom N-kraju i pomerajui se ka
njihovom C-kraju. Ipak, sve peptidne veze se ne formiraju na ovaj nain.
U nekim sluajevima, peptidi se sintetiu pomou specifinih enzima (na taj nain
se sintetie tripeptid glutation je esencijalni peptid za odbranu organizma od
oksidativnog stresa). Takvi peptidi se sintetiu u dva koraka iz slobodnih amino kiselina.
U prvom koraku, gama-glutamilcistein sintetaza kondenzuje cistein i glutaminsku
kiselinu preko peptidne veze formirane izmeu bonog lanca karboksilne grupe
glutamata (-C ovog bonog lanca) i dve amino grupe cisteina. Ovaj dipeptid potom se
kondenzuje sa glicinom pomou glutation sintetaze formirajui glutation. Jedna od
najee korienih vrstofaznih reakcija u sintezi peptida je reakcija u kojoj se koristi
aromatski oksim izveden iz amino kiselina kao aktivnih jedinica (oksim je hemijsko
jedinjenje koje pripada porodici imina, opte formule R 1R2C=NOH, gde je R1organski deo
bonog lanca, koji formira ketoksime, a R 2 najee vodonik koji ulazi u sastav
aldoksima). On se dodaje sekvenci rastueg peptidnog lanca koji se vee na vrsti nosa
smole. Koristei kombinatornu hemiju izvedene su brojne peptidne sinteze znaajne za
kreiranje biblioteke peptida za primenu u otkrivanju lekova kroz visoko selektivnu
dijagnostiku [13].

Sl. 8.4. Nastajanje dipeptida kondenzacijom dveju amino kiselina [en.wikipedia.org]

4.1.10. Biosinteza i katabolizam

U biljkama, azot je prvi asimiliran u organska jedinjenja u obliku glutamata,

nastalog iz alfa-ketoglutarata i NH3 u mitohondrijama. Da bi se formirale druge amino
kiseline, biljke koriste transaminaze da bi pomerile amino grupu na drugu ketokarboksilnu kiselinu. Npr. aspartat aminotransferaza konvertuje glutamat i
oksaloacetat u -ketoglutarat i aspartat. Drugi organizmi, takoe koriste transaminaze
za sintezu amino kiselina. Transaminaze su ukljuene u cepanje amino kiselina. Pri
degradaciji amino kiselina dolazi do pomeranja njihove amino grupe ka -ketoglutaratu,
uz formiranje glutamata. Kod mnogih kimenjaka amino grupe degradiraju i uklanjaju
se kroz ciklus uree i ekstrahuju u obliku uree. Neke degradiraju proizvodei mokranu
kiselinu ili NH3. Npr. serin dehidrataza konvertuje serin u piruvat i NH3. Nestandardne
amino kiseline esto nastaju kroz modifikaciju standardnih amino kiselina. Npr.
homocistein se formira kroz transulfuraciju ili pomou demetilacije metionina kroz
intermedijarni metabolit S-adenozil metionin, dok se hidroksiprolin dobija
posttranslacionom modifikacijom prolina.
Mikroorganizmi i biljke sintetiu mnoge
neobine amino kiseline (npr. neki mikrobi prave 2-aminoizobutirnu kiselinu, koja je
derivat alanina sa S-premoavanjem). [14, 15].
4.1.11. Hidrofilne i hidrofobne amino kiseline
Zavisno od polariteta bonog lanca amino kiseline menja se njihova hidrofilnost i
hidrofobnost. Ove osobine su znaajne za proteinsku strukturu i protein-protein
interakcije. Znaaj fizikih osobina bonih lanaca vaan je za interakcije amino ostataka
sa drugim strukturama, kako unutar samog proteina, tako i izmeu proteina. Distribucija
hidrofilnih i hidrofobnih amino kiselina determinie tercijarnu strukturu proteina, a
njegove fizike lokacije na spoljanjoj strukturi utiu na kvarternu strukturu proteina.
Npr. rastvorljivi proteini imaju povrine bogate polarnim amino kiselinama kao to je
serin i treonin, dok integralni membranski proteini, tee da poseduju spoljanje
prstenove hidrofobnih amino kiselina koje ih veu za lipidni dvosloj. Izmeu ova dva
ekstrema, periferni membranski proteini imaju domene hidrofobnih amino kiselina na
svojoj povrini kojima se povezuju sa membranom.
Slino, proteini koji veu pozitivno naelektrisane molekule imaju povrine bogate
negativno naelektrisanim amino kiselinama, kao to je glutamat i aspartat, dok proteini
koji se veu sa negativnim molekulama imaju povrinu bogatu pozitivno naelektrisanim
lancima kao to su lizin i arginin. Hidrofilne i hidrofobne interakcije proteina nisu uvek
rezultat osobina njihovih amino kiselina u bonim lancima. To je zato to
posttranslacione modifikacije mogu proizvesti hidrofobne lipoproteine ili hidrofilne
glikoproteine. Ove modifikacije dozvoljavaju reverzibilno ciljanje proteina na membrani.
Npr., dodatak ili odstranjivanje masne palmitinske kiseline sa cisteinskog ostatka u
nekim signalnim proteinima uzrokuje da se proteini veu i potom otkidaju od elijskih
membrana [2, 16-18].