CONTROLE DA EXPRESSÃO GÊNICA:

CONTROLE DA TRANSCRIÇÃO
- Níveis de Controle da Expressão Gênica:
- Embora todas as etapas envolvidas na expressão gênica possam ser
reguladas, para a maioria dos genes a iniciação da transcrição é o ponto
mais importante de controle.
- A transcrição de genes é ligada ou desligada nas células por proteínas
reguladoras, que se ligam em seqüências de DNA, chamadas seqüências
reguladoras de DNA.
- Embora cada proteína reguladora tenha características únicas, a maioria
liga-se ao DNA usando um pequeno número de motivos da estrutura da
proteína.

- A seqüência exata de aminoácidos que é dobrada no motivo determina

a seqüência particular de DNA que é reconhecida.
Procariotos:
Procariotos

- Resposta direta às condições externas (proteínas induzidas); Nível basal de

transcrição se encontra num estado ativado - genes ON
- Organização do genoma em unidades de expressão gênica - operons
(promotor, operador e genes estruturais metabolicamente relacionados);
- As proteínas reguladoras geralmente ligam-se a seqüências reguladoras no
DNA, próximas ao sítio de ligação da RNA-polimerase e ativam ou reprimem
a transcrição do gene.
- Possuem 1 única RNA-polimerase, composta de 5 subunidades principais
(holoenzima 2´), onde:
: ligação ao promotor; : ligação ao nucleotídeo; ´: ligação ao molde;
: reconhecimento preciso do promotor e iniciação da transcrição.
70: reconhece promotores dos genes housekeeping de E. coli

- Promotores upstream indicam exatamente onde a síntese de RNA deve

ser iniciada: - TATA Box (TATAAT: -10)
- TTGACA (-35)
Eucariotos:
Eucariotos
- A transcrição em eucariotos é muito semelhante à de procariotos e
envolve as etapas de iniciação, alongamento e terminação.
- Controle é mais complexo: não há resposta direta às condições externas
(exceção: células do fígado);
- Nível basal de transcrição se encontra num estado reprimido - genes OFF

- Cada unidade de transcrição contém, geralmente, um único gene;

- Apresentam, pelo menos, cinco RNA-polimerases diferentes,

envolvidas na síntese de RNA’s específicos:

1) RNA-P I: síntese de pré-rRNA’s que originam os rRNA’s 18S,

5,8S e 28S;
2) RNA-P II: hnRNA’s e alguns snRNA’s;
3) RNA-P III: tRNA’s, rRNA 5S, RNA 7S e alguns snRNA’s;
4) RNA-P mitocondrial
5) RNA-P de cloroplasto
- As RNA-pols eucarióticas não são capazes de iniciar a transcrição de
uma maneira precisa.
- Elas necessitam de muitas proteínas acessórias, específicas para cada
tipo de RNA-pol.
- Essas proteínas são chamadas de FATORES DE TRANSCRIÇÃO
- Em eucariotos, as seqüências reguladoras de DNA são freqüentemente
separadas do promotor por muitos milhares de pares de bases de
nucleotídeos.

- A iniciação da transcrição, em eucariotos, deve levar em conta a

compactação do DNA nos nucleossomos e formas mais compactas de
estrutura da cromatina.
- Em eucariotos, a expressão de um gene é, geralmente, controlada pela
combinação de proteínas reguladoras de genes.

- As proteínas reguladoras de genes eucarióticos atuam afetando o

processo de montagem, aumentando a sua velocidade (para ativadores) e
diminuindo (para repressores).
Aparato de transcrição
- Subdividido em três grupos:
A) Subunidades da RNA-polimerase que não são específicas para promotores
individuais;
B) Fatores gerais de transcrição: são necessários para iniciar a transcrição e
são específicos para as diferentes classes de genes;
C) Fatores de transcrição específicos: se ligam a seqüências específicas de
promotores alvos, ativando ou reprimindo a transcrição.
Características dos Fatores de Transcrição:
- apresentar seqüências (motivos estruturais) que reconhecem e se
ligam a seqüências reguladoras do gene;
- apresentar seqüências para interação com outras proteínas para
realizar a sua função.
- TBP (TATA-binding protein): quando associada com diferentes TAFs
(fatores associados à TBP) forma diferentes complexos, que são os fatores de
transcrição gerais.
- Para cada classe de genes existem fatores de transcrição gerais
característicos, bem como um mecanismo de montagem desse aparato
específico para cada classe.
 Transcrição de genes de classe I

- Os genes de rRNA estão organizados em agrupamentos com 100 a 5000

repetições (no nucléolo). Existem 40.000 moléculas de RNA-pol I por célula e
50 moléculas de cada rRNA podem ser transcritas simultaneamente. Durante
a divisão celular existem em torno de 10 milhões de cópias de rRNA.

- O promotor desses genes está localizado bem próximo ao sítio de início

de transcrição, na região espaçadora não-transcrita

- Os FATORES DE TRANSCRIÇÃO gerais para essa classe são UBF e SL1 (que
é um complexo formado por TBP + TAF110, TAF63 e TAF 48).

- SL1 forma uma ponte entre UBF e a RNA-pol I, formando um complexo

de ligação ao DNA, crítico para a iniciação da transcrição.

- Além desses fatores, existem outros, como TFIA, TFIC, TFID e TFI-F.
 An idealized transcription
Transcription from tandemly unit. The drawing illustrates
arranged rRNA genes, as how the electron microscope
visualized in the electron appearance demonstrates the
microscope direction of transcription, as well
as the start site of the unit
The processing of a 45S rRNA precursor
molecule into three separate ribosomal
RNAs. Nearly half of the nucleotide sequences
in the primary RNA transcript are degraded in
the nucleus
Initiation of rDNA transcription Two
transcription factors, UBF and SL1, bind
cooperatively to the rDNA promoter and
recruit RNA polymerase I to form an initiation
complex. One subunit of SL1 is the TATA-
binding protein (TBP).
 Transcrição de genes de classe II
- Pertencem a essa classe os genes que codificam RNA heterogêneo
nuclear (mRNA) e alguns dos pequenos RNAs nucleares (snRNA).
- Os promotores típicos de genes de classe II localizam-se a montante do
sítio de iniciação da transcrição:
TATA box: tipicamente na posição –30, onde se liga o complexo TFIID,
responsável pela determinação do sítio de iniciação da transcrição.
CAAT box: onde se liga o fator CTF (CAAT box transcription factor) –
GGNCAATCT.
GC box: onde se liga o fator SP1 e pode ter várias cópias a montante
do TATA box e funciona em ambas as orientações – GGGCGG. É um
fator seqüência-específico.

- TFIID: é o complexo de ligação ao DNA, sítio-específico, composto por TBP

+ 9 TAFs. Ele é o alvo para a ativação de proteínas reguladoras no
complexo de iniciação.
- Além desse, outros complexos também são requeridos para a iniciação em
todos os promotores: TFIIA, TFIIB, TFIIC, TFIIE, TFIIF e TFIIH. Esses fatores
são necessários mesmo para promotores que não possuem o TATA box.
 Montagem do complexo de iniciação
de genes de classe II

1) Reconhecimento do promotor por TFIID;

2) Reconhecimento do complexo promotor-TFIID por TFIIB;
3) Recrutamento do complexo TFIIF/RNA-pol II;
4) Ligação de TFIIE e TFIIH ao complexo de pré-iniciação;
5) Separação das fitas na região do promotor e formação do complexo
aberto de iniciação;
6) Formação da primeira ligação fosfodiéster do RNA que está sendo
transcrito;
7) Liberação dos contatos da RNA-pol II com o promotor (liberação do
promotor);
8) Alongamento do transcrito de RNA.
TFIIA pode se juntar ao complexo a qualquer momento depois da ligação
de TFIID, servindo para estabilizar o complexo de iniciação, talvez
deslocando um inibidor associado à TFIID.
 Funções dos complexos TFII
- TFIID: coordena a montagem ordenada dos outros fatores de transcrição
geral;
- TFIIB: interage com o complexo TFIID-promotor, recrutando,
seletivamente, a RNA-pol II associada com TFIIF;
- TFIIF: evita a ligação não-seletiva da RNA-pol II no DNA livre (~ ao fator 
bacteriano);

- TFIIH: possui atividade de helicase, desenrolando a hélice do DNA no sítio

de iniciação e possui atividade de quinase, fosforilando a porção C-terminal
da RNA-pol II, necessário para a liberação da enzima do promotor;

- A RNA-pol II existe sob duas formas: IIa é a não-fosforilada, que se associa à

TFIIF e junta-se ao complexo; e IIo é a que possui a extremidade C altamente
fosforilada, necessária para o alongamento da cadeia de RNA. Por isso, a
fosforilação ocorre durante o processo de iniciação, estimulando a liberação
da RNA-pol II do promotor;

- TFIIE e TFIIF possuem atividade de ATPase, gerando, através de hidrólise de

ATP, um complexo de transcrição ativado, com energia para a formação da
primeira ligação fosfodiéster.
Stepwise assembly of a
transcription-initiation
complex from isolated RNA
polymerase II (Pol II) and
general transcription factors.
Once the complete
transcription-initiation complex
has assembled, separation of
the DNA strands at the start
site to form an open-complex
requires ATP hydrolysis. As
transcription initiates and the
polymerase transcribes away
from the promoter, the CTD
becomes phosphorylated and
the general transcription
factors dissociate from the
TBP-promoter complex.
Numerous other proteins
participate in transcription
initiation in vivo.
 Transcrição de genes de classe III
- Pertencem a essa classe os genes que codificam tRNA, rRNA 5S, U6 snRNA
e 7SRNA.

- Existem dois modelos diferentes de promotores nesta classe, classificados

de acordo com a localização das seqüências ativadoras:
Promotores a montante: possuem TATA box, p. ex. gene U6 e 7SK;
Promotores a jusante: as seqüências reguladoras estão dentro da região
transcrita do gene: regiões de controle interno (ICRs): box A, B e C.

- Os fatores gerais de transcrição para os promotores a jusante são TFIIIB e

TFIIIC, sendo que o rRNA 5S requer um fator adicional, TFIIIA, que é
específico para esse gene.

- TFIIIB é o complexo composto por TBP + TAF172 e TAFL, em mamíferos.

 Montagem do complexo de iniciação
de genes de classe III
A) Para tRNA:
-TFIIIC se liga diretamente ao DNA nos box A e B. Deve ser
funcionalmente equivalente a reguladores seqüência-específicos,
como SP1 na RNA-pol II e UBF na RNA-pol I.
-TFIIIB reconhece o complexo, ligando-se a este, recrutando a
RNA-pol III, formando o complexo ativo.

B) Para rRNA 5S:

- TFIIIA se liga nas seqüências bloco C, IE e bloco A;
- TFIIIC reconhece o complexo e se liga à TFIIIA e ao DNA, recrutando o
complexo TFIIIB e posteriormente a RNA-pol III, que reconhece TFIIIB,
formando um complexo capaz de iniciar e ativar a transcrição.

C) Para genes com promotores a montante, p. ex. U6snRNA e 7SK:

- Organização semelhante aos genes de classe II: TATA box na posição –
30, elemento proximal upstream (PSE) em –60.
- Combinação dos diferentes fatores de transcrição requeridos para a
transcrição dos genes de tRNA.
Transcription of polymerase III genes The promoters of 5S rRNA and
tRNA genes are downstream of the transcrip-tion initiation site.
Transcription of the 5S rRNA gene is initiated by the binding of TFIIIA,
followed by the binding of TFIIIC, TFIIIB, and the polymerase. The tRNA
promoters do not contain a binding site for TFIIIA, and TFIIIA is not
required for their transcription. Instead, TFIIIC initiates the transcription of
tRNA genes by binding to promoter sequences, followed by the
association of TFIIIB and polymerase. The TATA-binding protein (TBP) is
a subunit of TFIIIB.
 Regulação da atividade dos fatores de transcrição

- A maioria dos genes eucarióticos é transcrita em um nível muito baixo, a

menos que a transcrição seja estimulada por um ou mais ativadores
transcricionais.

- Tipicamente, esses ativadores reconhecem elementos de DNA

específicos, localizados a montante do sítio de iniciação.

- Os ativadores estimulam a taxa de montagem de complexo de

transcrição ou a fração funcional do complexo que interage no promotor
em um determinado período.
Reguladores negativos da expressão gênica poderiam inibir a transcrição,
interferindo em alguma etapa da via de início da transcrição, bloqueando
a ativação desta.

- A função dos ativadores pode ser afetada em muitos níveis, tais como a
localização nuclear, evitando a formação de um ativador ativo, a ligação
ao DNA ou afetando a capacidade para estimular a transcrição, uma vez
ligado ao DNA.

- Outros reguladores negativos podem afetar a própria maquinaria de

transcrição geral, evitando a formação do complexo de pré-iniciação
funcional, onde, p. ex., o repressor poderia esconder o promotor do
aparato de transcrição

Repressores tardios, que agem nas vias finais da iniciação, devem ser
utilizados em genes que necessitam uma rápida indução em resposta a um
estímulo comportamental
 TBP: TATA binding protein

- Proteína que se liga ao elemento de consenso TATA ou seqüências

relacionadas. Fator de transcrição geral, primordial para o início da
transcrição em todas as classes de genes:
Classe I: SL1
Classe II: TFIID
Classe III: TFIIIB

- As TAFs conferem especificidade aos diferentes complexos formados com

TBP. São alvos para proteínas reguladoras ativarem a transcrição

- A maioria dos eucariotos possui somente uma cópia do gene que codifica
a TBP. Arabdopsis thaliana e o milho são exceções, com duas cópias do
gene.

-O tamanho da proteína varia de 22 kDa (Arabdopsis) a 38 kDa (homem,

- Drosophila).
- A região C-terminal, com 180 aác., apresenta pelo menos 80% de
identidade em TODOS os organismos estudados.

- Essa região contém 2 repetições de aác, chamadas de repetidos diretos,

que interagem com o DNA no TATA box, e que flanqueiam uma região
básica, chamada de repetido básico, que interage com proteínas.

- A região N-terminal das TBPs de

diferentes espécies varia de
tamanho e composição de aác.:
18 em Arabdopsis e 159 no
homem. Em leveduras, essa
região não tem função alguma.
No homem, está envolvida em
mediar interações entre fatores
reguladores.
Structure of the conserved C-terminal domain of TBP
bound to TATA-box DNA. Although TBP is a monomer,
the polypeptide backbone of this domain is folded into a
conformation that has an approximate twofold symmetry.
However, the surface residues of the protein clearly
distinguish the two halves. TBP binds to the minor groove
of TATA-box DNA, distorting the normal duplex structure
and bending the DNA dramatically.