Análisis de estructuras

Problemas
 No hay diferencias evidentes entre
un modelo correcto y uno incorrecto

 La utilización de una estructura

desde el punto de vista cuantitativo
requiere que sea “químicamente
correcta”
 Objetivos
 Valorar si una estructura experimental es
suficientemente correcta para ser utilizada
como modelo.

 Valorar si el modelo construido es

correcto.

 Comparar varios modelos alternativos.

 ¿cuál es la situación?
 Hasta 1994 el PDB no realizó
chequeos automáticos de las
estructuras depositadas.

 Es difícil incluir herramientas de

chequeo durante el refinado.
 peligros
 Una estructura experimental mal
resuelta no puede usarse como
modelo.
 Puede que sólo una parte de la

estructura sea incorrecta

 Contactos cristalográficos pueden

falsear la estructura
 Tipos de herramientas
 Formato
 Simetría

 Geometría

 Estructura
 Programas de análisis
 PROCHECK
 WHATCHECK

 Suite Biotech

 PROSA
 Fuentes de la información

 300 mejores estructuras depositadas

en PDB
 Datos geométricos de la base de

datos CSD
 Datos teóricos (Ramachandran, p.

Ej.)
 Estadística - WhatCheck
 Los criterios de análisis se basan en
la estadística realizada sobre
estructuras conocidas

X 
Z  score 


RMS  Z  1
N  Z 2
Estadística – Valores correctos

 -4 < Z – score < 4

 RMS – Z =1.0
 Estadística

-2 -1 0 1 2 Z
 Formato
 Nomenclatura
 Resíduos o átomos no definidos

• Reconstruir o eliminar del modelo

 Resíduos o átomos con factor de
ocupación pequeño
• Reconstruir o eliminar del modelo, la
estructura puede ser incorrecta.
 Simetría
 Dimensiones y consistencia de la
celda cristalográfica

 Número de moléculas en la celda

• Si hay mas de una podemos
 Escoger modelos diferentes
 Valorar la movilidad de la estructura
 Geometría
 Quiralidad, planaridad
• Errores son indicativos de estructuras
forzadas o de estructuras realmente mal
resueltas
 Geometría de enlace (distancia,
angulo, torsión). Mapas de
Ramachandran
• Indicativo general de la calidad de la
estructura. Los errores de geometría
son raros.
Ramachandran
 Parámetros de estructura
 Accesibilidad
• Si la distribución es anómala, indicativo
de estructura incorrecta, probablemente
debido a un alineamiento incorrecto.
 Contactos
• Usuales en estructuras RX. Incorrectos
en modelos.
 Calidad de la estructura
 Potenciales empíricos para valorar la
consistencia de la secuencia y la
estructura
• Puentes de hidrógeno
• Interacciones electrostáticas
• Empaquetamiento hidrofóbico

 La única manera útil de “valorar” la

calidad de una estructura o modelo
Calidad del empaquetamiento
 Otras comprobaciones
 Normalidad del backbone
 Rotámeros de cadenas laterales

• Indicativos de soluciones no óptimas

 Puentes de hidrógeno
• Todos los puentes de hidrógeno e
interacciones electrostáticas deben estar
satisfechos
 Optimización de estructuras

 Estimación del contenido

energético de una determinada
estructura
 Optimización de estructuras

 Dinámica molecular
 Campo de fuerza
 Expresión matemática que relaciona
la geometría molecular con la
energía del sistema
Longitud Angulo
Torsión

Van der Waals y electrostático

 Estrategias
 Minimización energia
• Modificación de la estructura para obtener un
mínimo de energía
 Dinámica molecular
• Simulación del comportamiento de la molécula
durante un cierto intervalo de tiempo
 Monte Carlo
• Generación de estados en base a probabilidad
de Boltzmann
 Minimización energía
 Utiliza algoritmos de minimización
tradicionales

 Se obtienen mínimos locales. Es difícil

alcanzar (y reconocer) mínimos globales.

 Permite refinar errores graves de

estructura, posición de cadenas laterales,
colisiones,...
 Dinámica molecular
 Se añade energía al sistema, dando
velocidad inicial a los átomos.
 El sistema evoluciona libremente siguiendo
las leyes clásicas del movimiento.
• Límites prácticos actuales 10 ns 4 semanas
de CPU
 El sistema no queda atrapado en mínimos
locales, por lo que la optimización es más
eficiente.
 Dinámica molecular
 Si se incluye un número significativo
de moléculas de agua explícitas, se
puede reproducir su efecto
dieléctrico y el efecto hidrofóbico.

 Simulated annealing
• Utiliza alta temperatura para mejorar la
exploración del espacio de
conformaciones
Dinámica molecular
Epot {xi}

Fi= ∂Epot/∂xi

ai= Fi/mi Trayectoria

vi (t+dt)=v(t)i+ai dt

xi (t+dt)=x(t)i+vi dt
NMR MD(water) 5 ns
“Cap” de agua alrededor del centro activo

 Esfera de agua
de 25 Å de radio
 Potencial
armónico “anti-
fuga” en la
pared
 Proteína fuera
del cap fija
Sistema periódico

 Barnasa (pH=7)
+ contraiones +
agua
 Periodic Boundary
Conditions
 NPT (P=1 atm)
 AMBER/OPLS