VISUALIZACION DE MACROMOLECULAS

POR ORDENADOR Y EJERCICIOS

COMPLEMENTARIOS

CURSO 2009/2010

1º CURSO DE LA LICENCIATURA DE MEDICINA

DPTO. BIOQUIMICA Y BIOLOGIA MOLECULAR B e
INMUNOLOGIA

PRACTICAS DE BIOQUIMICA Y BIOLOGIA

MOLECULAR
 DEPARTAMENTO BIOQUÍMICA, BIOLOGÍA MOLECULAR (B) e INMUNOLOGÍA
Facultad de Medicina. Universidad de Murcia

Complementos informatizados de Bioquímica y Biología Molecular

Presentación
El objeto de estos "complementos" es facilitar la comprensión de la estructura tridimensional de las
biomoléculas. La visualización de estas estructuras es difícil con esquemas y proyecciones
bidimensionales. La posibilidad de representar la molécula en el espacio y bajo distintos ángulos por
medios informáticos adecuados permite apreciar su estructura con menor esfuerzo de imaginación para
asimilar las características de las que dependen muchos aspectos de la función de estas biomoléculas.

Nota: El material gráfico necesario para estos ejercicios puede visualizarse en un ordenador personal,
sin conexión a Internet, siempre que se hayan instalado los programas o plugins recomendados, todos
de uso público permitido. Estan contenidos en el BioRom 2008, de acceso a través de la pagina
web del Depto. de Bioquímica y Biología Molecular B e Inmunología entre otras fuentes.

Los contenidos de estructura de biomoléculas se encuentran clasificados en 2 módulos:

El primer módulo extenso, aunque con menor nivel de profundidad, requiere el mayor trabajo a nivel
de 1ª Curso. Está dedicado a la Bioquímica estructural clásica: glúcidos, lípidos, proteínas, vitaminas,
y ácidos nucleicos. Como ejemplos de proteínas se consideran la lisozima y la hemoglobina.
1.1. Glúcidos
Monosacáridos: glucosa, fructosa
Disacáridos: sacarosa
Polisacáridos: celulosa, almidón (modelos de amilosa y amilopectina), queratán-sulfato,
agarosa
1.2. Lípidos
Ácidos grasos: saturados, insaturados
Fosfolípidos: dilauril fosfatidil etanolamina
Esteroides: colesterol
1.3. Vitaminas: vitamina A, vitamina B2

Nota: Téngase en cuenta que los siguientes apartados de este módulo solapan con el módulo 2, aunque
con menor detalle, lo que debe ser tenido en cuenta en la visualización en pantalla para una
familiarización paulatina.

1.4. Proteínas
Estructura primaria: aminoácidos
alifáticos polares
polares sin carga
aromáticos
básicos
ácidos
péptidos
Un ejemplo: tripéptido
Estructura secundaria: alfa-hélice
hoja plegada beta (lámina beta)
Estructura terciaria: lisozima
Estructura cuaternaria: hemoglobina
1.5. Ácidos nucleicos
bases nitrogenadas
nucleósidos
nucleótidos
ADN
ARN

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El segundo módulo es una continuación del primero. Recoge con mayor detalle la estructura de las
proteínas, desde sus aminoácidos constituyentes pasando por los modelos de estructura secundaria,
para llegar a ilustrar las estructuras terciaria y cuaternaria con dos ejemplos clásicos, la hemoglobina y
las inmunoglobulinas G. En la parte B también analiza los aspectos estructurales del ADN y de la
interacción ADN-proteínas
3.1. Aminoácidos
alifáticos apolares
polares sin carga
aromáticos
básicos
ácidos
3.2. Péptidos y "esqueletos peptídicos"
enlace peptídico
oligopéptidos
3.3. Estructura secundaria
hélice alfa
hoja plegada beta
triple hélice del colágeno
3.4. Estructura terciaria y cuaternaria
hemoglobina
hemoglobina y hemo
hélices alfa anfipáticas
hidrofobicidad, polaridad y carga eléctrica
puentes salinos de la desoxihemoglobina
hemoglobina de las células falciformes
inmunoglobulinas G
B. Los ácidos nucleicos, ADN, ARN e interacción de ambos con proteínas.
3.5. Estructura de ácidos nucleicos
apareamiento de nucleótidos
estructura secundaria de B-ADN
otras estructuras del ADN
3. 6. Interacción entre ADN y proteínas
hélice-giro-hélice
hélice-bucle-hélice
homeodominio
dedo de zinc
3.7. Estructura del ARN
ribonucleótidos
ARN de cadena sencilla
plegamiento del ARN
ARN de transferencia
interacción codón-anticodón
ribozimas
3.8. Interacción del ARN con proteínas
proteína Rev del VIH unida al ARN del "elemento de unión a Rev" (RBE)
proteína EF-Tu unida a un ARNt
aminoacil-ARNt sintetasa unida a su ARNt
proteína U1A del ayustosoma (espliceosoma) unida a un pre-ARNm

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INFORMACION ADICIONAL
Los modelos moleculares proceden de la base de datos Protein Data Bank, donde se centralizan las estructuras de
proteínas y ácidos nucleicos, determinadas por estudios de RMN o de cristalografía de rayos X. Estos archivos
PDB, disponibles por internet, son leídos por el programa Rasmol, que los transforma en modelos
tridimensionales que se pueden girar, cambiar de tipo de representación, colores, etc. Los archivos scripts
generados desde Rasmol pueden ser leídos por Chime.

Información general de utilización del programa:

Al pulsar los botones como éste (⌧) se carga un modelo molecular en la ventana izquierda. Las moléculas giran
automáticamente.
NOTAS importantes: Pulsando sobre la ventana izquierda el botón derecho del ratón se abre un menú que
permite, entre otras cosas, detener la rotación. Esta operación será necesaria en varias ocasiones, para observar
mejor algunos aspectos de las moléculas.
Además, pulsando y arrastrando con el botón izquierdo se puede girar el modelo a voluntad. Con el ratón puede
mover la molécula en varias direcciones, o cambiar su tamaño.
Cuando se carga en la ventana izquierda un esquema, como en este caso, para poder continuar con la
presentación debe pulsar necesariamente el botón "salir" que encontrará en dicha ventana.
El efecto de pulsar los botones puede tardar; no conviene pulsar repetidamente un botón, sino que se debe
esperar a que se lea y procese el archivo. Observe la línea inferior de la ventana del explorador, donde se muestra
estado de ejecución del proceso:
En particular, si falla la carga de algún archivo, todos los botones dejarán de funcionar. En ese caso, es preciso
recargar la página para que se desbloquee el programa Chime (en Netscape, menú Ver / Recargar).

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En resumen: Para avanzar por el contenido de las páginas dispone de dos medios:
1. Los "botones" (⌧), que cargan modelos moleculares en la ventana izquierda.
2. Los vínculos (ejemplo), que cargan nuevas páginas en la ventana derecha o esquemas en
la izquierda. En este caso, no olvide pulsar en "Salir" para continuar. De no hacerlo, los
"botones" no funcionan más.
3. Menú desplegado del botón derecho del ratón:
File Save Molecule as...
Edit Copy
Copy Chime Script
Clear
Transfer to ISIS Draw
Transfer to Sculpt
2D rendering
Rotation
Display Wireframe
Sticks
Ball & Stick
Spacefill Van del Waals Radii

Options Display Hydrogens

Display Hydrogen Bonds
Display Disulfide Bridges
Dot surfaces Van del Waals Radii
Connolly/Richards solvent 1.2A
Slab Model
Specular
Shadows
Labels
Sprout Hydrogens
Stereo display
Color Monochrome
CPK
Aminoacid
Shapely
Group
Chain
Temperature
Structure
User
Force Palette
Sculpt Mode
Select Select all
Mouse Clip action
Highlight selection
Invert selection
Hide
Change color to
Modify Selection mode
Model
Chain
Residue
Atom
Hydrogen
Non Hydrogen
Hetero
Protein
Nucleic
Display list
Mouse Open Mouse Control Help Page
About.

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 MODULO 1
1.1: Glúcidos
Monosacáridos: glucosa, fructosa
Disacáridos: sacarosa
Polisacáridos: Celulosa, almidón, queratán-sulfato, agarosa

El programa permite rotar las moléculas en el espacio, identificar las unidades formadoras mediante su
color y otros muchos detalles que tienen sus máximas aplicaciones en el caso de macromoléculas,
principalmente proteínas y ácidos nucleicos. Para practicar estas posibilidades, visualice las
moléculas mediante rotación de las mismas en el espacio, y utilice la opción “display” para
observarlas según los distintos modelos: esqueleto de varillas, modelo de bolas y varillas,
radios de Van der Waals, etc. Utilizando otras opciones del menú, puede numerar los
átomos de C, O y otros, así como calcular distancias y ángulos entre los distintos átomos.

Los glúcidos o hidratos de carbono son las biomoléculas más abundantes de la naturaleza,
presentes tanto en los animales como en los vegetales y los microorganismos. Además estas moléculas
son muy versátiles en cuanto a las funciones que desempeñan, ya que por un lado intervienen
directamente en el metabolismo energético de la célula, como fuente inmediata de energía y/o como
moléculas de reserva energética, y por otro lado ejercen funciones estructurales plásticas o de sostén.
En función de la complejidad de su estructura, se clasifican básicamente en:
Monosacáridos: Unidades estructurales básicas no hidrolizables, compuestas por una cadena
alifática polialcohólica (entre 3 y 8 átomos de carbono) y un grupo carbonilo (aldehído o cetona).
Eventualmente pueden tener también otros sustituyentes como grupos carboxilo, amino, fosfato o
sulfato, entre otros. En disolución forman unas estructuras cíclicas (anillos) de 5 o 6 átomos vértice,
consecuencia del enlace hemiacetálico intramolecular que se establece entre el carbonilo y uno de los
hidroxilos más alejados del mismo.
Poseen una disposición espacial característica, debido a la presencia de carbonos quirales o
asimétricos en la molécula. Los grupos hidroxilo (-OH) quedan orientados hacia arriba o abajo del
plano medio que determina el anillo, según el monosacárido que se trate. El –OH del carbono
anomérico (carbono carbonílico antes de formar el hemiacetal) queda orientado tanto hacia arriba
como hacia abajo del anillo (anómeros beta y alfa respectivamente), ya que ambos isómeros son
interconvertibles (mutarrotación) y de hecho coexisten simultáneamente.
Esta práctica nos muestra, en primer lugar, la estructura tridimensional de dos monosacáridos:
D-glucosa y D-fructosa. La representación plana de las mismas, según la estructura de Haworth es la
siguiente:
CH 2 OH
CH 2 OH CH 2 OH
O OH O CH 2 OH
O
OH H,OH OH OH
CH 2 OH OH
OH
OH OH OH

α,β- D-glucopiranosa β-D-fructofuranosa α-D-fructofuranosa

Además, la práctica permite rotar la molécula en el espacio, y observarla en la conformación

de “silla”, más próxima a la estructura real de los monosacáridos que la representación de Haworth, ya
que elimina las tensiones de los enlaces de ésta última.

Oligosacáridos y polisacáridos: Glúcidos más complejos, resultado de la unión secuencial de

monosacáridos (unos pocos o muchos, respectivamente). La unión se establece generalmente mediante
un enlace acetálico entre el –OH del carbono anomérico de un monosacárido y otro -OH cualquiera de
otro monosacárido. Este enlace se denomina o-glicosídico. Las características y funciones de los
oligosacáridos y polisacáridos naturales dependen de la composición y el tamaño de los mismos, así
como de la estereoisomería del enlace glicosídico, que podrá ser alfa o beta en función del anómero
que intervenga en el enlace.
El programa nos muestra un disacárido como ejemplo de los oligosacáridos, la sacarosa, y
varios polisacáridos, algunos sencillos, como los homopolisacáridos celulosa y el almidón, y otros más
6
complejos, como los heteropolisacáridos queratán sulfato y el agarosa, uno de los constituyentes del
agar-agar que se emplea para la formación de geles utilizados en el análisis de ácidos nucleicos.
La sacarosa es un disacárido natural, que se obtiene de la caña de azúcar con un rendimiento
de aproximadamente el 15%, y de la remolacha, con menor rendimiento. Constituye el denominado
azúcar de mesa. Su hidrólisis da lugar a una mezcla equimolecular de D-glucosa y D-fructosa presente
también en la naturaleza: la miel. Su estructura plana deriva de la unión α(1→β2) de una molécula de
glucosa con una de fructosa:
CH 2 OH

O
OH D-glucosa
OH
OH
α(1→β2)
O
CH 2 OH
Sacarosa
O
OH
D-fructosa
OH

Podemos girar el disacárido en el espacio y poner atención en el enlace glicosídico que le

confiere el carácter no reductor a esta molécula.

El queratán sulfato es un heteropolisacárido aislado inicialmente de la córnea. Su hidrólisis

produce cantidades equimoleculares de N-acetil-D-glucosamina, y D-galactosa. Su estructura plana es:

β-D-galactosa

CH 2 OSO 3 H CH 2 OSO 3 H CH 2OH

CH 2OH
OH OH O
O O O
O OH O O
OH O

OH NHCOCH 3
NHCOCH 3 OH OH
n
β(1→4)
β(1→3) β(1→3)
β-N-acetilglucosamina-6-sulfato

La práctica nos permite distinguir e identificar las unidades básicas formadoras de este
heteropolisacárido, ya que están coloreadas de forma distinta. Rotando la molécula podemos apreciar
el grupo N-acetilo enlazado al grupo amino en el C2 de la glucosa y el éster sulfato del C6 de la
misma. Además, conviene prestar atención también a los dos tipos de enlace glicosídico que aparecen,
β(1→3) y β(1→4) entre la N-Ac-glucosamina y la galactosa, y la galactosa y la N-Ac-glucosamina,
respectivamente.
El agar-agar es también un heteropolisacárido natural obtenido de las algas Rodofíceas, que
tiene capacidad gelificante. Esta capacidad hace que se utilice para la preparación de medios de cultivo
y que una fracción purificada (la agarosa) sea utilizada para formar los geles de electroforesis
utilizados para separar fragmentos de ácidos nucleicos en función de sus tamaños. Está formado por
unidades repetitivas de agarobiosa: D-galactopiranosil-3,6-anhidro-L-galactosa, enlazadas por uniones
α(1→3) y en menor proporción con ramificaciones β(1→4). Además, presenta esterificaciones con
sulfato en el C6 de la galactosa, aproximadamente cada 50 unidades de monosacárido. La
representación plana es la siguiente:

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 β-D-galactosa

CH 2 OH CH 2 CH 2 OH CH 2
OH O OH O O
O O O
OH O O
O O

OH OH OH OH
n
β(1→4) α(1→3) β(1→4)

α-3,6-anhidro-L-galactosa

1.2 Lípidos
Ácidos grasos: saturados e insaturados
Fosfolípidos: dilauril fosfatidil etanolamina
Esteroides: colesterol
Ácidos grasos saturados e insaturados:
Los ácidos grasos son unidades estructurales de otros lípidos. Son ácidos monocarboxílicos de
cadena lineal, con un número de átomos de carbono entre 4 y 26. Los más abundantes tienen cadenas
entre 12 y 20 carbonos. Los 9 más importantes constituyen más del 95 % del total encontrado en
grasas vegetales y animales. De ellos, 4 son saturados (mirístico, palmítico, esteárico y araquídico) y 5
son insaturados (palmitoleico, oleico, linoleico, linolénico y araquidónico).
En este apartado se presenta la estructura de los ácidos grasos utilizando como ejemplos al
palmítico y tres insaturados. Como norma general, observe los ácidos grasos en la opción “sticks” con
los átomos unidos por varillas. Permita la rotación de la estructura y elijan las otras opciones de
“display”. A veces la visualización se mejora utilizando fondo blanco en lugar de fondo negro. Para
cambiarlo debe ir al final de la página y entrar en Utilidades.

Fosfolípidos: dilauril fosfatidil etanolamina

Son un grupo de lípidos caracterizados por la presencia de un grupo fosfato. Dependiendo del alcohol
que aparece en su composición, se clasifican en fosfoacilglicéridos (el alcohol es el glicerol) y
esfingomielinas (el alcohol es la esfingosina). Constituyen el material biológico con el que se
construye la bicapa lipídica que forma parte de las membranas. Considere las mismas posibilidades
que en el apartado anterior para visualizar las moléculas.

Esteroides: colesterol
Los esteroides son un grupo de lípidos de los denominados isoprenoides, es decir, lípidos derivados
del 2-metilbutadieno. Los esteroides presentan estructuras derivadas del anillo
ciclopentanoperhidrofenantreno, con una cadena lateral hidrocarbonada. Pueden clasificarse, según su
estructura y funciones, en Esteroles, Vitamina D, Ácidos Biliares y conjugados, Corticosteroides y
Hormonas Sexuales. Para la visualización de la molécula propuesta consideren todas las opciones
descritas en los apartados anteriores. Recuerde que el fondo blanco para mejorar la observación.

1.3 Vitaminas: vitamina A, vitamina B2

Las vitaminas son moléculas orgánicas esenciales para los procesos biológicos de los organismos
superiores, pero que no pueden sintetizarse por estos organismos. Las vitaminas se clasifican en dos
grandes grupos: vitaminas liposolubles (A, D, E y K) y vitaminas hidrosolubles. Salvo la vitamina C,
las vitaminas hidrosolubles sirven para sintetizar diferentes coenzimas. Las vitaminas liposolubles, sin
embargo, no se utilizan para la síntesis de coenzimas. Para la visualización de ejemplos de estas
moléculas se emplea un retinol o vitamina A y la riboflavina o vitamina B2. Sigan las indicaciones de
los apartados anteriores. La observación de la molécula mejora con el fondo blanco, aunque algunos
colores del sistema CPK no sean visibles.

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1.4 Proteínas
1) Estructura primaria: aminoácidos y péptidos
2) Estructura secundaria: alfa-hélice y hoja plegada beta
3) Estructura terciaria: lisozima
4) Estructura cuaternaria: hemoglobina

1) Estructura primaria: aminoácidos y péptidos

Aminoácidos
Los aminoácidos son las unidades estructurales básicas de las proteínas. Los alfa-aminoácidos
se caracterizan por tener un grupo amino y un grupo carboxilo unidos al carbono alfa. Al carbono alfa
se unen además un átomo de hidrógeno y una cadena R, que distingue a los diferentes aminoácidos. A
pH fisiológico, el grupo amino se encuentra protonado (-NH3+) y el carboxilo sin protonar (-COO–).
En la Glicina (G) , el aminoácido más simple, la cadena R es un átomo de hidrógeno. El
modelo de bolas y varillas no refleja ni el tamaño ni la forma real de la molécula, aunque permite
distinguir claramente los diferentes átomos y enlaces. Un modelo espacial compacto muestra el
tamaño y forma real de la molécula, pero dificulta la percepción de la estructura. En el modelo de
varillas se muestran sólo los enlaces. Este modelo es adecuado para ver la estructura de moléculas
grandes.
Además de la glicina, en las proteínas se encuentran 19 aminoácidos más. Estos 19
aminoácidos se diferencian en la estructura de la cadena lateral R. Según la naturaleza de esta cadena
lateral podemos clasificar los aminoácidos en 5 grupos. Algunas clasificaciones eliminan el grupo de
los aminoácidos aromáticos, añadiendo fenilalanina y triptófano a los apolares, mientras tirosina se
incluye en los polares sin carga por la presencia del grupo hidroxifenilo.

aa. alifáticos apolares

(A, V, L, I, P)
aa. polares sin carga
(S, T, C, M, N, Q)
aa. aromáticos
(F, Y, W)
aa. cargados positivamente
(K, R, H)
aa. cargados negativamente
(D, E)

El pK del grupo imidazol de la histidina libre es 6.5. En las proteínas, la cadena lateral de la
Histidina puede estar protonada (+) o no, dependiendo del ambiente local. Por tanto, la His debe
considerarse menos básica que los otros dos, Lis y Arg.

En cada uno de ellos, visualice la molécula en todas las formas posibles que permite el programa, y
localice los grupos comunes y las características de la cadena lateral. Para ello, haga uso del botón
izquierdo del ratón y despliegue todas las posibilidades de visualización. Entre ellas, las más
importantes a utilizar para estas biomoléculas son:
Rotation. Permita que rote y entonces con la opción display observe:
Wireframe: Se observa el esqueleto en varillas finas del aminoácido.
Sticks: El esqueleto con los átomos unidos por varillas
Ball & Sticks: Aparecen los núcleos como bolas y enlaces con varillas, con el código CPK.
Spacefill: Se incluyen los espacios ocupados por orbitales moleculares,

Utilice otras opciones del menú (options, select etc.) e intente marcar los átomos de O y N, observar
la molécula en estéreo, cambiar el color, y en resumen, familiarícese con el menú de visualización que
le permitirá mayores posibilidades cuando en módulos siguientes se observen macromoléculas como
proteínas o ácidos nucleicos.

9
Péptidos y "esqueletos peptídicos"
Dos aminoácidos pueden unirse covalentemente a través de un enlace amida, denominado enlace
peptídico. Este enlace se forma al reaccionar el grupo alfa-carboxilo de un aminoácido con el grupo
alfa-amino del otro aminoácido, perdiéndose una molécula de agua. Pueden unirse tres aminoácidos
para formar un tripéptido
o pueden unirse muchos aminoácidos para formar polipéptidos o proteínas. Los carbonos alfa de cada
aminoácido se van alternando con
los enlaces peptídicos para formar el
"esqueleto" del péptido. En este
modelo de varillas (ver pantalla)
puede verse el esqueleto peptídico
de un tripéptido. Pueden
representarse sólo los carbonos alfa,
los átomos que intervienen en los dos enlaces peptídicos y los grupos amino y carboxilo terminal, y
también con las cadenas laterales. Observe cómo el enlace peptídico es una estructura plana, y cómo el
oxígeno y el hidrógeno se disponen en configuración trans.
Ahora cada aminoácido tiene una cadena lateral formada por un carbono. De este modo
hemos construido el tripéptido Lys-Ala-Ile. Los péptidos empiezan a nombrarse por el aminoácido
que tiene el extremo amino libre (N-terminal) y terminan por el que tiene el carboxilo libre (C-
terminal).

La representación con modelos de bolas y varillas proporciona demasiados detalles para visualizar
grandes proteínas. Por esa razón es habitual presentar la cadena peptídica por una línea que une los
carbonos alfa. Esa línea representa el esqueleto del péptido (backbone). A veces se utiliza el modelo
de cinta (ribbon), multihebras (strands) y cinta orientada (cartoon). Practica todas estas formas de
representar el péptido, aunque son mucho más útiles cuando se trata de cadenas más largas que un
tripéptido y con estructura secundaria determinada (ver más adelante)

2) Estructuras secundarias: α−hélice y hoja plegada β

α−hélice
Observe en pantalla el fragmento de cadena polipeptídica con este tipo de estructura. Hágala
rotar y analizar su patrón de giro helicoidal conservando la naturaleza coplanar del enlace peptídico.
Mediante la opción "display", represéntela sucesivamente en las distintas formas de esqueleto,
varillas, bolas y varillas y espacios rellenos según los radios de Van der Waals. Utilice asimismo las
opciones de backbone, ribbon y strands antes comentadas.
Para utilizar más el menú de "opciones" del botón derecho del ratón, abrir el de "opciones" y
activar la visualización de los puentes de hidrógeno. Intentar ver la disposición de éstos entre enlaces
peptídicos próximos en el nivel superior (n+4) e inferior (n-4).
Con el sistema de rotación, colocar la estructura en posición de visión cenital observando el
espacio vacío en el interior de la hélice, que no es suficiente para alojar las cadenas laterales de los
aminoácidos que se disponen hacia afuera. Esta visión se puede obtener directamente en el menú de
pantalla.
Con la opción "select", desplegar residuos y elegir uno (de los presentes en el fragmento).
Marcarlo mediante la opción "change color to...", visualizarlo e identificar su cadena lateral.
Hoja plegada β
Además de seguir el procedimiento marcado en pantalla, comprobar ahora en esta estructura la
diferencia entre la opción ribbon y la cartoon. Además, puesto que no se visualiza muy bien en fondo
negro, mediante utilidades puede cambiarse el fondo a blanco.
Observe los puentes de hidrógeno intercatenarios, e imagine la posibilidad de que esos puentes
de hidrógeno también puedan ser intracatenarios en una proteína globular donde se produzca un giro
de la cadena, y los dos fragmentos representados sean en realidad parte de una misma cadena
polipeptídica.

10
3) Estructura terciaria: Lisozima
Utilice las distintas opciones de representar la cadena polipeptídica de esta proteína. Las opciones
ribbon y cartoon son de nuevo importantes de comparar.

Desplegando el menú de opciones, obtener información sobre la secuencia. Obtener el número total
de aminoácidos en la cadena y visualizar los enlaces disulfuro que existen en esa molécula señalando
cuantos hay y sus posiciones.

4) Estructura cuaternaria: Hemoglobina

Seguir el protocolo de la pantalla, y observar preferentemente la disposición casi tetraédrica de
las 4 subunidades del tetrámero, la relación de tamaños, la posición de la H proximal al ion ferroso y
la orientación de la entrada de oxígeno al anillo de porfirina.

1.5. Ácidos nucleicos

a) Bases nitrogenadas
b) Nucleósidos
c) Nucleótidos
d) ADN
e) ARN
a) Bases nitrogenadas
La primera estructura visible en esta sección es la adenina (A): es una base derivada de la purina
(concretamente, es la 6-aminopurina). Recuerde la numeración específica del anillo purínico, e
identifique el N del anillo imidazólico en posición 9.
Para formar nucleósidos, nucleótidos y ácidos nucleicos se pierde el H del N9 y por ese punto queda
unida a la ribosa o desoxirribosa mediante un enlace N-glicosídico. Las pirimidinas quedarían unidas
por un enlace análogo, pero con intervención del N1 del anillo único de pirimidina.

b) Nucleósidos
El ejemplo que ahora ilustra estas estructuras es el de la adenosina (Ado): la adenina forma con la
ribosa el nucleósido. Visualizar varias vistas con distintos ángulos de observación.
c) Nucleótidos
Cuando a un nucleósido se une uno o varios grupos fosfato, se forma un nucleótido. En el ejemplo, la
adenosina se une con un grupo fosfato formando el nucleótido llamado ácido adenílico o adenosina-
monofosfato (AMP). Como a pH fisiológico el fosfato está ionizado, se le llama también adenilato.
Se pueden unir también dos o tres grupos fosfatos consecutivos, dando lugar, respectivamente, a:
adenosina-difosfato (ADP) y adenosina-trifosfato (ATP). El ATP es especialmente importante por ser
la "moneda energética" de las células. Los nucleótidos formados por ribosa se llaman ribonucleótidos
y forman parte del ARN, mientras que los formados por desoxirribosa se llaman
desoxirribonucleótidos y forman parte del ADN.

d) ADN: ácido desoxirribonucleico

La unión sucesiva de desoxinucleósidos-monofosfato (dNMPs) forma un polímero lineal
denominado ADN monohebra. Su forma más estable consiste en dos cadenas o hebras asociadas entre
sí mediante puentes de hidrógeno entre las bases nitrogenadas, formando una doble hélice. (Muévelo
para apreciar la forma helicoidal). Uniendo los átomos de fósforo con una línea verde ficticia se
observa mejor la helicoicidad (completar estudio ADN en módulos siguientes)
e) ARN: ácido ribonucleico
La unión sucesiva de ribonucleósidos-monofosfato (NMPs) forma un polímero lineal
denominado ARN. A diferencia del ADN, el ARN está formado por una sola hebra. Ésta adopta
diferentes estructuras dependiendo de su secuencia de nucleósidos (o de bases). Aquí veremos sólo un

11
ejemplo, el ARN de transferencia o ARNt. La línea ficticia que une los átomos de fósforo (esqueleto)
nos permite observar cómo se pliega la cadena. Ver la molécula completa (completar estudio ARN en
módulos siguientes).

12
 MODULO 2
Esta simulación presenta un cierto grado de solapamiento con la anterior, pues está basada en el
estudio de proteínas y ácidos nucleicos, y ha sido desarrollada sobre la base del trabajo de varios
Dptos. de Bioquímica y Biología Molecular de Facultades españolas que generosamente ha cedido
este material. Por tanto, queda a discreción del alumno el recorrer apartados ya vistos anteriormente
(aminoácidos y péptidos) en función de su sensación sobre dichos conocimientos.
Por otra parte, la sesión comienza con unas generalidades sobre la molécula de ácido adenílico o
adenilato (AMP) y el manejo del ratón para conseguir mayor riqueza en la observación y manejo de
las moléculas.
De forma general, puede decirse que la parte correspondiente a los aminoácidos (sección 3.1) es
prácticamente igual a lo realizado en la práctica 1, pero la ventana de observación es mayor y presenta
mejor visibilidad.
Respecto a péptidos (sección 3.2), la exposición es más extensa que en la sesión 1, y se visualizan los
tripéptidos/tetrapéptidos AAA, KAA, KAI y KAIT.
Las secciones correspondientes a la estructura secundaria (3.3) en α-hélice y hoja plegada β son
también más extensas que en la sección 1, y las estructuras se visualizan mejor en la ventana de esta
sección.

AMPLIACIÓN SOBRE ESTRUCTURA DE PROTEÍNAS.

3.3 Estructura en triple hélice del colágeno
La unidad básica de una fibra de colágeno es la molécula de tropocolágeno, una triple hélice de tres
cadenas polipeptídicas, A, B y C, cada una de ellas con aproximadamente 1000 residuos (aquí se
muestran 30). En cada cadena (representada en la pantalla con el código de colores CPK) se repite de
forma característica la secuencia Gly-X-Y, donde X suele ser prolina e Y suele ser prolina o
hidroxiprolina.
La hidroxiprolina se forma postraduccionalmente a partir de la prolina. En la reacción de hidroxilación
interviene la vitamina C. Un síntoma del escorbuto, producido por déficit de dicha vitamina es el
debilitamiento de las fibras de colágeno.
La secuencia Glicina, (el residuo central es en este caso Alanina), Prolina, Hidroxiprolina, puede
apreciarse claramente en esta estructura helicoidal. La estructura es más evidente si magnificamos la
cadena y la representamos en un modelo de bolas y varillas.
Ahora, el esqueleto peptídico se representa en blanco. La pequeña cadena lateral de la Glicina (un
átomo de hidrógeno), se dispone hacia el interior, permitiendo que las tres cadenas polipeptídicas
formen una triple hélice compacta. Los residuos de Gly de las tres cadenas (A, B y C) se representan
aquí en modelo espacial compacto. En este ejemplo, la triple hélice es menos compacta en el centro,
donde un residuo de alanina sustituye a la glicina. El metilo de la alanina, más voluminoso que el
hidrógeno de la glicina, impide el empaquetamiento de las hélices. Las cadenas laterales de los
residuos de prolina e hidroxiprolina se disponen hacia el exterior de la triple hélice, interaccionando
con el solvente.

3.4 Estructura terciaria y cuaternaria

Hemoglobina
1. Hemoglobina y Hemo
2. Hélices alfa anfipáticas
3. Hidrofobicidad, polaridad y carga eléctrica
4. Puentes salinos de la desoxihemoglobina
5. Hemoglobina de las células falciformes
6. Inmunoglobulinas G

1. Hemoglobina y hemo
La molécula de hemoglobina mayoritaria en personas adultas (HbA) está formada por cuatro cadenas
polipeptídicas (α1, β1, α2, β2), unidas entre sí de forma no covalente. Por cada molécula de
hemoglobina hay además cuatro moléculas de hemo (una protoporfirina IX con un átomo de Fe2+).
Los grupos hemo se representan en rojo porque son los responsables del color rojo de la hemoglobina.

13
Ahora los grupos hemo se colorean utilizando el código CPK (los hidrógenos no se representan). La
molécula de oxígeno se une al Fe2+ del hemo en los pulmones, donde el oxígeno es abundante, y se
libera en los tejidos que necesitan el oxígeno para su metabolismo.
Observe también en detalle una única molécula de hemo (intente identificar los sustituyentes del anillo
porfirínico). El Fe2+ del hemo puede formar 6 enlaces de coordinación. Cuatro de ellos, situados en el
plano del hemo, se establecen con los nitrógenos de los anillos pirrólicos de la protoporfirina IX. Los
otros dos, perpendiculares al plano del hemo, se establecen con el nitrógeno de la cadena lateral de la
histidina F8 (His proximal) y con el oxígeno. Por la misma cara del hemo a la que se une el oxígeno se
aproxima la cadena lateral de la histidina E7 (His distal), que aunque no establece enlace con el Fe2+
dificulta estéricamente la unión del CO al sitio del oxígeno. La afinidad del hemo aislado por el CO es
25000 veces la del oxígeno, mientras que la hemoglobina es sólo 200 veces mayor.
A continuación se muestra la posición de la molécula de hemo (con una molécula de oxígeno) en una
de las cuatro cadenas de la hemoglobina, representada en un modelo compacto. Los residuos de
propionato del hemo (hidrofílicos) se disponen hacia la superficie de la proteína, mientras que el resto
de la molécula (hidrófoba) queda enterrada entre los aminoácidos apolares de la proteína, y las dos
histidinas (F8 y E7).

2. Hélices alfa anfipáticas

Observe la gran cantidad de átomos de oxígeno y nitrógeno en esta superficie de una de las hélices alfa
de la hemoglobina. Este lado de la hélice se orienta hacia la superficie de la proteína, en contacto con
el agua. Ahora el esqueleto peptídico se muestra en amarillo.
El otro lado de la hélice es hidrofóbico y se orienta hacia el interior de la proteína, donde no hay
moléculas de agua y puede interaccionar con los aminoácidos hidrófobos de otras hélices.
(Pulse ahora el botón derecho del ratón mientras mantiene el cursor sobre la ventana de la izquierda.
En el Menu "Rotación" seleccione "Start"). Puede apreciar ahora una vez más la diferencia entre
ambos lados de la hélice.

3. Hidrofobicidad y polaridad
Esta representación de una de las cadenas beta muestra los aminoácidos con carga eléctrica, polares, y
apolares, el grupo hemo, y los oxígenos del agua. Los aminoácidos polares y con carga son abundantes
en la superficie, donde forman puentes de hidrógeno con el agua. (La mayoría de las moléculas de
agua del disolvente no se muestran).
Antes de continuar pare la rotación de la molécula, una sección vertical a través de la molécula, cerca
de la superficie anterior, muestra gran cantidad de residuos hidrófilos. A medida que movemos el
plano de sección hacia el interior de la molécula se aprecia cómo el centro es hidrófobo mientras que
la superficie tiene gran cantidad de aminoácidos polares y con carga eléctrica. Cerca de la superficie
posterior, los residuos hidrófilos son otra vez abundantes.

4. Puentes salinos de la desoxihemoglobina

Las estructuras terciaria y cuaternaria de la desoxihemoglobina (forma T ) están estabilizadas por 8
puentes salinos entre las cadenas laterales de varios aminoácidos y los grupos carboxilo y amino
terminales de las cadenas alfa. Pulse para ver en un esquema los aminoácidos implicados.
Puentes salinos entre las cadenas alfa1 y alfa2.
El grupo carboxilo de las Arg141 (el aminoácido C-terminal) forma un puente salino con el grupo
amino de las Val1. Además, los grupos guanidinio de las Arg141 forman puentes intercatenarios con
la cadena lateral de los Asp126.
En la representación de bolas y varillas puede apreciar mejor la interacción de los tres aminoácidos, la
Arg141 de la cadena alfa1 y la Val1 y el Asp126 de la cadena alfa2. Del resto de la molécula sólo se
muestra el esqueleto peptídico de las cadenas alfa.
Puentes salinos entre las cadenas alfa y beta.
Los grupos carboxilo de las His146 (los aminoácidos C-terminales de las cadenas beta1 y beta2)
forman puentes salinos con los grupos amino de las Lys40 de las cadenas alfa2 y alfa1.
Las cadenas laterales de las His146 forman a su vez un puente con el carboxilo de las cadenas laterales
de los Asp94 de la misma cadena beta.

14
En la representación de bolas y varillas se aprecia mejor la interacción entre los tres aminoácidos, la
His146 y el Asp94 de la cadena beta1 y la Lys40 de la cadena alfa2. Pulse aquí para ver las fórmulas
de los aminoácidos His146, Lys40 y Asp94.
Observe que el puente entre el carboxilo del Asp94 y el anillo imidazol de la His146 requiere que este
último esté protonado.
Los puentes salinos que estabilizan la desoxihemoglobina (forma T) se rompen tras producirse la
unión del oxígeno (forma R). Veamos como ejemplo la rotura del puente His146-Asp94.
En la forma T, como ya hemos visto, la conformación de las cadenas beta permite que la His146 y el
Asp94 formen un puente salino. La unión del oxígeno produce un cambio conformacional que rompe
dicho puente. Una consecuencia es la disminución del pK del grupo imidazol de la His146, lo cual
produce la liberación de un protón (Efecto Bohr).

5. Hemoglobina de células falciformes

La hemoglobina de las células falciformes (hemoglobina S) difiere de la hemoglobina A en un solo
aminoácido: El glutamato en posición 6 de las cadenas beta está substituido por una valina. La cadena
lateral de la valina es apolar, por lo que aparece un "parche" hidrófobo en la superficie de la molécula
(mostrado en blanco). Si no lo observa, gire la molécula con arrastre manual hasta conseguir la mejor
visualización posible.
En la hemoglobina desoxigenada hay un pequeño "parche" hidrófobo en la superficie de las cadenas
beta, al quedar expuestas en la superficie las cadenas laterales de la Ala70 y la Leu88 (mostradas
también en blanco). Este "parche" hidrófobo aparece tanto en la hemoglobina A como en la S. En la
hemoglobina S desoxigenada estos "parches" hidrófobos se pegan unos a otros (por su tendencia a
excluir al agua), haciendo que la hemoglobina polimerice formando agregados en forma de cadena.
En el ejemplo que aquí se muestra, la Val6 (cadena beta) de la hemoglobina S interacciona con la
Ala70 y la Leu88 de la cadena beta de otra molécula de hemoglobina. Intente obtener una vista más
cercana para mayor detalle.
En la anemia falciforme, la Val6 se une a un parche hidrófobo diferente, localizado en la superficie de
las cadenas alfa. Las fibras de hemoglobina distorsionan la forma normal de los hematíes, que
adquieren forma de hoz (de ahí el nombre de falciforme). Los heterozigòticos tienen una mezcla de
hemoglobina A y hemoglobina S. La hemoglobina A impide la polimerización, con lo que la anemia
es moderada. En los homozigóticos, la hemoglobina S polimeriza, los hematíes se rompen en los
capilares y se manifiesta la forma más grave de la enfermedad. Sin embargo, la hemoglobina S
confiere resistencia para un tipo de malaria. A lo largo de la evolución, esta "ventaja" ha hecho que la
anemia de células falciformes tenga una incidencia de hasta un 40% en algunas regiones de África
donde la malaria es endémica.

6. Inmunoglobulinas G
a. Estructura de la IgG
b. Dominio CL
c. IgG anti-Lisozima: Modelo de interacción antígeno-anticuerpo
a. Inmunoglobulina IgG
Las IgG son tetrámeros formados por cuatro cadenas polipeptídicas, dos cadenas idénticas de unos 446
aa (cadenas pesadas o “heavy”, H1 y H2) y dos cadenas, también idénticas, de unos 214 aa (cadenas
ligeras o “light”, L1 y L2). Las cadenas H y las L se unen por puentes disulfuro intercatenarios.
Además, existen puentes disulfuro intracatenarios que hacen que tanto las cadenas ligeras como las
pesadas se plieguen en varios dominios.
Los primeros 108 aa de las cadenas ligeras y pesadas son diferentes para cada anticuerpo específico y
forman el dominio o Región Variable (VH y VL). Este dominio contiene el sitio de unión con el
antígeno, por lo que cada molécula de IgG puede unirse a dos moléculas de antígeno.
El resto de Aa de la secuencia primaria son idénticos para todas las inmunoglobulinas de una clase (G,
A, M, D o E), y forman la denominada Región Constante (CH y CL).
Las Cys que forman los puentes disulfuro se muestran aquí en modelo espacial, superpuestas en el
esqueleto peptídico de las cuatro cadenas. Magnificando la imagen se pueden apreciar con más detalle
los puentes disulfuro que unen las cadenas pesadas entre sí y las cadenas ligeras a las pesadas.
Al tratar las moléculas de IgG con enzimas proteolíticos se obtienen diferentes fragmentos que se
corresponden con diferentes dominios funcionales. Si se tratan con papaína, las cadenas pesadas se
15
rompen, obteniéndose tres fragmentos peptídicos, 2 fragmentos Fab (fragment antigen binding) y 1
fragmento Fc (fragment crystallizable). Cada fragmento Fab es capaz de unirse a una molécula de
antígeno. En cambio, si se tratan con pepsina los fragmentos Fab permanecen unidos, denominándose
fragmento F(ab')2.

b. Dominio CL
La estructura secundaria predominante en todos los dominios de las IgG es la hoja plegada beta.
Veamos en detalle como ejemplo la estructura terciaria del dominio CL utilizando varias
representaciones diferentes:
Codigo de colores: hélice alfa (rojo), hoja beta (amarillo) y giro (azul).
Observe la imagen como:
Modelo compacto.
Esqueleto peptídico.
Modelo esquemático.
Colores en arco iris: desde extremo N-terminal (azul violeta) C-terminal (rojo).
El dominio CL tiene tres residuos de Cys. Dos de ellos forman un puente disulfuro intracatenario. El
tercero forma un puente disulfuro con la región constante de la cadena pesada (Pare la rotación antes
de continuar).
Como se observa en esta sección transversal del dominio CL, los esqueletos peptídicos de las hojas
beta forman dos láminas que crean un "emparedado" conteniendo los residuos hidrófobos de la
molécula. Los aminoácidos con cadenas laterales polares y cargadas se disponen en cambio hacia la
superficie, en contacto con el solvente. El puente disulfuro queda enterrado en el núcleo hidrófobo.
(Reanude la rotación para ver la sección en diferentes direcciones)

c. IgG Anti-lisozima: complejo Fab: lisozima

En este ejemplo se muestra al unión de un fragmento Fab de la IgG anti-lisozima con una molécula de
lisozima. Cadena H (rojo), Cadena L (verde), Antígeno (Lisozima, púrpura).
Si sólo se presenta el esqueleto peptídico (con los puentes disulfuro) se hacen más evidentes en el
fragmento Fab los dominios variable y constante de las cadenas pesadas y ligeras. Recuerde que el
dominio variable es el que tiene el sitio de unión para el antígeno.
En cada una de las regiones variables (dominios VH y VL hay tres Regiones Hipervariables o regiones
donde la variación de aminoácidos entre las IgG que se unen a diferentes antígenos es máxima. Estas
regiones también se denominan Regiones Determinantes de la Complementaridad (CDR).
LV LV
CDRL-1 verde CDRH-1 rojo
CDRL-2 azul CDRH-2 naranja
CDRL-3 blanco CDRH-3 amarillo
En las regiones CDR se encuentran los átomos del anticuerpo que contactan con el antígeno
(lisozima). En este esquema se muestra el esqueleto peptídico de la lisozima (de N- a C-terminal en
código arco iris). Los residuos que contactan con el anticuerpo (epítopo) se muestran en trazo grueso.
Finalmente, en este modelo compacto se muestra:
* El complejo Fab-lisozima (identificados los átomos de los CDR y del epítopo).
* El fragmento Fab (identificados los átomos de los CDR)
* La lisozima (identificados los átomos del epítopo).

PARTE b: AMPLIACIÓN SOBRE ESTRUCTURA DE ÁCIDOS NUCLEICOS.

3.5 Estructura de ácidos nucleicos
Apareamiento de los nucleótidos
Par T-A, con 2 enlaces de hidrógeno (no se representan los H). El par de bases es prácticamente plano
y los anillos de pentosa perpendiculares a él. Obsérvese la proximidad entre las bases en el modelo
espacial compacto.
Par C-G, con 3 enlaces de hidrógeno (no se representan los átomos de H)
Estructura secundaria del ADN
Forma B o modelo de Watson y Crick Dos dinucleótidos complementarios aparean sus bases para
formar un fragmento de ADN B de doble hebra. En la figura, 5'pTpC3' de una hebra está apareado con
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la 3'ApGp5' de la otra. Los pares de bases se sitúan paralelamente y en el interior, las pentosas y
fosfatos (esqueleto) en el exterior. Para poder aparear todas las bases manteniendo los enlaces
fosfodiéster, cada par de bases se desplaza con respecto al anterior por un giro de unos 36º. El
resultado en la molécula completa (polinucleótido) es la formación de una doble hélice dextrorsa.
Uniendo los átomos de fósforo con una línea verde ficticia, para representar el esqueleto, se observa
mejor la hélice.
A continuación tenemos una vista axial de la molécula. Al girar, se puede apreciar que existe una
ligera curvatura en el eje de la doble hélice: la estructura real del ADN no es exactamente igual al
modelo de Watson y Crick (pero este dato es tenido en cuenta por los muy expertos en estructuras
macromoleculares. Particularmente, el autor de estos comentarios recomienda obviarlo para evitar
confusiones). En el modelo compacto con bases (rosa) y esqueleto (verde) se observan los dos surcos,
mayor y menor.

Variantes estructurales del ADN en doble hebra: formas A y Z

ADN A: la forma A es una doble hélice, dextrorsa como la B, pero más ancha. La línea verde, ficticia,
une los átomos de fósforo (es decir, define el esqueleto): obsérvese la hélice y también la inclinación
de los pares de bases, mayor que en el ADN B.
Obsérvese en vista axial que los pares de bases se sitúan a un lado del eje de la hélice. Por ello, la
hélice es más ancha.
En el modelo espacial compacto (bases y esqueleto),.lo que era el surco mayor en el ADN B se
convierte en la forma A en un surco estrecho y profundo, mientras que el surco menor es ancho y
superficial.
ADN Z: la forma Z es una doble hélice sinistrorsa, lo que la diferencia de las A y B, y es más estrecha.
Obsérvese cómo el esqueleto (línea verde, ficticia, que une los átomos de fósforo) avanza en sentido
contrario a las agujas del reloj (hélice sinistrorsa) y además describe una línea en zig-zag. Esta
característica da nombre a la forma Z.
Modelo espacial compacto (bases y esqueleto). Lo que era el surco mayor en el ADN B se convierte
en la forma Z en un surco muy poco profundo, mientras que el surco menor es estrecho y profundo.
El origen de la distinta conformación del ADN Z se encuentra en la orientación diferente de los
enlaces N-glicosídicos: En los nucleótidos purínicos (A, G) la base se sitúa sobre el anillo de pentosa
(conformación sin), mientras que en los pirimidínicos (T, C) se sitúa hacia fuera (conformación anti).
En las formas A y B del ADN, todos los nucleótidos están en conformación anti.

3.6 Interacción entre ADN y proteínas: Motivos estructurales proteicos de unión al ADN
Algunas estructuras tridimensionales se repiten en distintas proteínas y son responsables de su
interacción con secuencias específicas de ADN. A estas estructuras se las denomina "motivos
estructurales". Los principales motivos responsables de la interacción con el ADN son:
1. Hélice-giro-hélice.
2. Hélice-bucle-hélice
3. Homeodominio
4. Cremallera de leucina
5. Dedo de zinc

1. Motivo hélice-giro-hélice (también llamado hélice-vuelta-hélice o HTH)

Ejemplo 1: Dímero de la proteína Cro del bacteriófago lambda; se muestra sólo una parte de la
proteína, la que corresponde a sus dos motivos hélice-giro-hélice, unida a un
fragmento de ADN de 20 pb. Cada cadena se muestra en un color: las 2 hebras de
ADN (azul de distinta tonalidad) y 2 motivos en la proteína dimérica (en verde y
amarillo). Para apreciar mejor la estructura tridimensional, es conveniente girar la
molécula.
Esta estructura que es común con otras proteínas, y por ello se llama motivo, consta de:
1) un tramo en alfa-hélice, que encaja en el surco mayor del ADN e interacciona directamente
con las bases nitrogenadas, llamado por ello "hélice de reconocimiento" (en coloración naranja).
2) un corto tramo de péptido sin estructura secundaria (un giro o vuelta, en inglés turn,
mostrada en amarillo).

17
 3) otra alfa-hélice que queda más separada del ADN y forma un ángulo fijo con la primera (en
verde).
Los tres componentes dan nombre al motivo. Además de ellos, cada proteína en particular posee otras
regiones en alfa-hélice, giros y bucles (mostrados en rojo y púrpura) que colaboran en la estructura del
motivo, y el resto de la molécula de proteína (no mostrada para simplificar la figura). Observar
también el modo espacial compacto, que conserva el mismo código de colores.

Ejemplo 2: "Represor lambda", proteína del bacteriófago lambda, unido al ADN en la región del
operador. Observe de nuevo el dímero en dos surcos mayores y consecutivos del
ADN.

2. Motivo hélice-bucle-hélice (HLH)

Ejemplo 1: Dímero de la proteína Max de ratón, con dos motivos hélice-bucle-hélice idénticos,
unido a un fragmento de ADN de 22 pb. Cada cadena se muestra en un color: las 2
hebras de ADN (azules) y 2 motivos en la proteína dimérica (verde y amarillo).
Esta estructura es común en muchas proteínas, y por ello se llama motivo, consta de:
1) un tramo en alfa-hélice, que encaja en el surco mayor del ADN e interacciona directamente
con las bases nitrogenadas (equivalente a la "hélice de reconocimiento" del motivo hélice-giro-hélice,
mostrado en naranja).
2) un tramo de péptido sin estructura secundaria, más largo que en el motivo hélice-giro-
hélice, llamado por ello un bucle, en inglés loop, en amarillo). Este elemento es por tanto distinto que
el giro corto del motivo HTH.
3) otra alfa-hélice que no interacciona con el ADN pero sí con la otra cadena proteica,
estabilizando el dímero. (En verde, pero los colores son más oscuros para una de las dos subunidades
proteicas). Fíjense en la longitud de esta segunda estructura helicoidal. En otros ejemplos, como el 2
que se ilustra a continuación, ni es tan larga ni está orientada de forma perpendicular al ADN.
Estos tres componentes dan nombre al motivo (HLH). Además de ellos, cada proteína en particular
posee otras regiones que forman el resto de la molécula, tampoco mostradas en este caso.
Ejemplo 2: USF, proteína humana ("factor estimulador de secuencia arriba"), unido al ADN.
Obsérvese cómo la posición y dimensiones del bucle y de la segunda hélice son
diferentes al ejemplo anterior.

3. Motivo homeodominio
Ejemplo 1: Dímero de la proteína MAT alfa-2 de levadura, con dos homeodominios idénticos,
unido a un fragmento de ADN de 21 pb. Cada cadena se muestra en un color: las 2
hebras de ADN y 2 motivos en la proteína dimérica (mismo código que en motivos
anteriores).
Este motivo, de nuevo con elementos similares a los anteriores, consta de:
1) un motivo de tipo hélice-giro-hélice (naranja-amarillo-verde) que contacta con el surco
mayor del ADN (dos tramos en alfa-hélice separados por un corto tramo sin estructura secundaria).
2) una tercera hélice, externa al ADN (en rojo).
3) un tramo sin estructura secundaria definida que interacciona con el ADN en el surco menor
(en púrpura).
Además, cada proteína posee otras regiones que forman el resto de la molécula, no mostradas por
simplificación.
Obsérvese en una visión axial cómo las dos hélices de reconocimiento encajan en posiciones sucesivas
del surco mayor.
En el modelo espacial compacto se destaca en color verde oscuro el péptido que contacta con el surco
menor.

Ejemplo 2: En este caso, un heterodímero formado por una subunidad de la proteína anterior
MAT alfa-2 y otra de una proteína similar, MAT A-1.

4. Motivo cremallera de leucina

18
Ejemplo 1: Proteína GCN4 de levadura; se muestra sólo una parte de la proteína, la que
corresponde al motivo cremallera de leucina, unida a un fragmento de ADN. Cada
cadena se muestra en un color: las 2 hebras de ADN y 2 cadenas en la proteína.

Este motivo consta de los dos segmentos peptídicos en alfa-hélice, que a su vez se enrollan
ligeramente entre sí (formando un superhelicoide). En un extremo, estas hélices interaccionan entre sí
y en el otro lo hacen con secuencias específicas de bases en el surco mayor del ADN. Utilice una vista
superior para apreciar el enrollamiento mutuo de las dos cadenas proteicas helicoidales: La interacción
entre las dos hélices se mantiene principalmente gracias a fuerzas de tipo hidrofóbico entre cadenas
laterales de leucina, situadas cada 7 residuos en la secuencia (en colores verde oscuro y naranja, cada
dos vueltas de alfa-hélice). Por otro lado, en la región que contacta con el ADN existe abundancia de
aminoácidos con carga positiva, como arginina (en rojo y marrón).
Utilice una vista ampliada de uno de los contactos entre leucinas de ambas cadenas (cadenas laterales
en color más oscuro amarillo y verde, otros aminoácidos en color CPK).

5. Motivo dedo de zinc

Ejemplo 1: Tres motivos dedo de zinc consecutivos en una misma cadena peptídica, unidos al
ADN. Fragmento (residuos aminoácidos 1-101) del factor de transcripción TFIIIA, de
la rana Xenopus laevis, unido a 15 pb del gen para ARN 5S.
Fragmentos α-hélice en rojo, los hoja plegada β en naranja e Iones zinc en verde.
Este motivo consta de un segmento peptídico en alfa-hélice y dos en hoja beta antiparalela, de los
cuales hay 4 aminoácidos (2 Cys y 2 His) cuyas cadenas laterales coordinan al ion Zn2+; este tipo de
dedo de zinc se denomina por ello C2H2. Se destacan los átomos que coordinan al Zn (N en His y S
en Cys).
Ejemplo 2: Seis motivos dedo de zinc C2H2 consecutivos en una misma cadena peptídica. De la
misma proteína, TFIIIA.
Ejemplo 3: Otro tipo de motivo dedo de zinc. Receptor de estrógenos humano, unido al ADN.

En este caso, la proteína posee un solo dedo de zinc pero forma un dímero al unirse al ADN. Además,
el motivo tiene una estructura diferente: 2 Zn2+, coordinados cada uno por una hélice y un bucle, a
través de las cadenas laterales de 4 Cys para cada Zn. Este tipo de dominio se llama dedo de zinc C4.

3.7. Estructura del ARN

1. Ribonucleótidos
2. ARN de cadena sencilla
3. Plegamiento del ARN
4. ARN de transferencia
5. Interacción codón-anticodón
6. Ribozimas
Esta parte del módulo está más orientada al ARN desde un punto de vista tanto estructural como
funcional. Al igual que sucedió anteriormente, este apartado comienza con unas generalidades sobre la
molécula de ácido adenílico o adenilato (AMP) y el manejo del ratón para conseguir mayor riqueza en
la observación y manejo de las moléculas. Es obvio que a estas alturas de la utilización de estos
programas de visualización de moléculas, el alumno debe de pasar rápidamente por esta sección
introductoria y entrar sin más preámbulos en la estructura del ARN y los puntos que le adentrarán en
aspectos no tratados en las prácticas anteriores.
1. Ribonucleótidos: Componentes elementales del ARN
El ARN o ácido ribonucleico es un polirribonucleótido, formado por uniones 3'-5'-fosfodiéster entre
nucleótidos de ribosa (ribonucleótidos).
Un ejemplo de un ribonucleótido es el adenilato (AMP). Obsérvese el OH en 2', que lo diferencia del
desoxirribonucleótido dAMP, componente del ADN.
2. Cadena de ARN de hebra sencilla
Observe ahora una cadena de ARN de 12 nucleótidos, hebra sencilla. En este caso, el oligonucleótido
sintético adopta esta disposición en hélice, que permite un apilamiento parcial de las bases, aunque no
es muy estable y puede adoptar otras conformaciones. Observe también el modelo espacial compacto,
con el esqueleto (hidrofílico, polar) y las bases (hidrofóbico, apolar).

19
3. Plegamiento de la cadena de ARN
La estabilidad de la molécula de ARN aumenta mucho si, de forma similar a como ocurre con el ADN,
las bases hidrofóbicas pueden ocultarse del medio acuoso. Esto puede ocurrir mediante formación de
puentes de hidrógeno entre bases complementarias aunque, a diferencia del ADN, ambas bases
pertenecen a la misma cadena de ARN. Es decir, la cadena se pliega sobre sí misma en zonas donde
las secuencias son parcialmente complementarias, formando tramos cortos de doble hélice.
Observemos, como ejemplo, la estructura del ARN ribosómico 5S de Xenopus laevis (formado por
128 nucleótidos). Otros ARNs son mayores y adoptan estructuras más complejas.
En el caso de ARNr y ARNt, es común que gran parte de la molécula presente secuencias
complementarias que permiten este tipo de plegamiento. Para facilitar el seguimiento de esta
estructura espacial, es muy útil el código arco iris desde el extremo 3' al 5'.
Como se realizó anteriormente para otros modelos proteicos o de ácidos nucleicos, observe el modelo
espacial compacto, con el esqueleto (hidrofílico, polar) y las bases (hidrofóbico, apolar). Se puede ver
cómo algunas bases (en rojo), al no tener una base complementaria enfrente, se vuelven hacia el
exterior de la molécula.
Mediante el zoom utilizable en esta parte de la práctica, observe más de cerca uno de los bucles o
puntos donde la cadena vuelve sobre sí misma, el extremo de un tramo en doble hélice. Para una mejor
observación, parar la rotación e ir pulsando sucesivamente los botones mostrados en la pantalla.
Tras reanudar la rotación, observe los pares de bases (enfrentadas en el mismo plano) y las bases del
bucle, no apareadas.

4. ARN de transferencia
Los ARN de transferencia son moléculas de hebra sencilla que adoptan un plegamiento o estructura
tridimensional característica, en forma de L. Aunque esta es la forma real, los ARNt han sido
representados muy frecuentemente en hoja de trébol por comodidad en la representación conceptual
para la interacción codón-anticodón.
Como se puede observar, existen unas regiones donde la molécula adopta una doble hélice
intracatenaria. Esto ocurre gracias a la formación de puentes de hidrógeno entre bases
complementarias de dos zonas de la misma cadena. La representación muestra el código arco iris para
facilitar el seguimiento lineal de la cadena.
Los dos extremos 5’ (rojo) y 3’ (azul) se encuentran cercanos, mientras la región donde se encuentra el
anticodón está prácticamente en el lado opuesto de la L de la molécula. Las bases apareadas y no
apareadas se pueden mostrar u ocultar, y se muestran en diferente color.

Los enlaces por puentes de hidrógeno entre las bases apareadas y en algunos casos formando ternas o
interacciones de tres bases hacen que se adopte el plegamiento tridimensional adecuado, dándole a la
molécula su estructura espacial característica. Las zonas apareadas definen cuatro brazos o asas en la
estructura del ARNt; ordenados de 5' a 3' son:
Brazo aceptor del aminoácido (rojo)
Brazo D o DHU (azul)
Brazo del anticodón (verde)
Brazo T o TΨC (amarillo ocre)

Cada brazo tiene una región apareada, o tallo (stem), y otra no apareada en su extremo, o bucle (loop).
Se pueden usar los botones para ver y ocultar las bases hasta diferenciar claramente las distintas partes
de la molécula.
Además de los 4 brazos, existe otra región, de longitud variable, que puede o no aparear sus bases (en
amarillo). Esta región es la que presenta menor homología entre ARNt de distintas especies.
El brazo variable. Vistas axiales a lo largo de los dos brazos de la "L" (detener antes la rotación):
a) Sobre el eje del brazo aceptor (con el extremo 5' en primer plano, y el 3' un poco más atrás)
b) Sobre el eje del brazo del anticodón (con el anticodón en primer plano)

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Reanude la rotación y sobre el modelo espacial compacto, puede observar algunas zonas
funcionalmente importantes de la molécula como son:
Molécula en general Esqueleto (púrpura) Bases (verde)
Nucleótido del extremo 5' : Esqueleto (azul oscuro) Base (azul claro)
Nucleótido del extremo 3' : Esqueleto (púrpura oscuro) Base (naranja)
Anticodón: Esqueleto (rojo) Bases (amarillo)
Vuelva a la representación simplificada. El ejemplo que hemos visto corresponde al ARNt de levadura
específico para fenilalanina (ARNtPhe). Veamos otro ejemplo, en el cual el brazo variable (zona
engrosada, verde) es mayor: ARNtSer de levadura. En este caso, el bucle de este brazo es ligeramente
mayor que el anterior.

5. Interacción codón-anticodón
Vemos aquí el brazo del anticodón del ARNtPhe (el mismo estudiado anteriormente):
Esqueleto (línea imaginaria que une los fosfatos).
Tallo (nucleótidos con bases apareadas).
Bucle (nucleótidos con bases no apareadas), excepto el anticodón (triplete mG-A-A)
(mG esO2'-metilguanosina-5'-monofosfato) (pulsa en la imagen para aumentarla)
Ahora veamos el modelo molecular de la interacción de este anticodón (mG-A-A en el ARNt) con un
codón UUU (en el ARNm):
Para diferenciarlos bien, se han coloreado los átomos de carbono del ARNt y los del ARNm.
(Puesto que el metilo de mG está en la pentosa, no afecta al apareamiento y mG aparea igual que G)
(El codón complementario sería UUC, pero gracias al balanceo también es posible el apareamiento
con UUU; a esto se le llama codones sinónimos, y ambos codifican Phe; una muestra de la
degeneración del código genético)
3 2 1 ARNt anticodón
3' -A-A-G- 5'
5' -U-U-U- 3' ARNm codón
1 2 3
No se ven los enlaces de hidrógeno entre bases, pero puedes observar su coplanaridad y
enfrentamiento. Resaltar
par A3-U1
par A2-U2
par G1-U3

6. Ribozimas
Se creó este nombre cuando se descubrió que existen ciertas moléculas de ARN que ejercen actividad
catalítica y, por tanto, no todas las moléculas con actividad enzimática son proteínas.
Podemos ver aquí un ejemplo, perteneciente al grupo de las llamadas "ribozimas en cabeza de
martillo", pues su estructura secundaria recuerda a ésta. El modelo consta de dos cadenas:
Una de ARN (rojo), que es la ribozima, y otra de ADN monohebra (azul), que sería el análogo del
sustrato. En este caso, el ARN de la ribozima no puede hidrolizar la hebra de ADN, por lo que el
complejo es más estable y puede estudiarse mejor.
La estructura secundaria de la ribozima unida a su análogo del sustrato: (pulsar en la imagen para
aumentarla)
La ribozima (rojo) corta un enlace fosfodiéster (verde) si el sustrato (azul) fuese una hebra de ARN
formado por ribonucleótidos. En este modelo dicho sustrato se ha sustituido por un ADN de una hebra,
que, aunque se une a la ribozima, no es hidrolizado y así permite estudiar la estructura del complejo
ribozima-sustrato.
Se representan en color más claro (azul o rojo, pero la diferencia con el resto no es muy visible) las
regiones que forman puentes de hidrógeno entre sus bases complementarias (regiones de doble hélice).

3.8. Interacción del ARN con proteínas

1. Proteína Rev del VIH unida al ARN del "elemento de unión a Rev" (RBE).
2. Proteína EF-Tu unida a un ARNt.
3. Aminoacil-ARNt sintetasa unida a su ARNt.
4. Proteína U1A del ayustosoma (espliceosoma) unida a un pre-ARNm.
21
1. Proteína Rev del VIH unida al ARN del "elemento de unión a Rev" (RBE)
Veamos primero el elemento de unión a Rev: se trata de un ARN (se muestra un fragmento, de 30
nucleótidos). Forma una estructura de tallo y bucle (aunque los apareamientos de bases en el tallo no
se ven en este modelo).
Esta secuencia de ARN forma parte del gen vírico para la glicoproteína del envoltorio del virus de
inmunodeficiencia humana VIH-1.
Modelo espacial compacto
Ahora veamos cómo la proteína Rev (se muestra un péptido de 17 aminoácidos) se asocia
estrechamente con la estructura de este ARN.
Modelo espacial compacto

2. Proteína EF-Tu unida a Cys-ARNtCys

Vemos aquí el complejo ternario de elongación de la traducción en procariotas:
aminoacil-ARNt
factor de elongación EF-Tu
GTP unido al EF-Tu (el GTP lleva unido un ion Mg2+)

Se destacan en modelo de varillas el GTP, el residuo cisteinilo y el nucleótido 3'-terminal del ARNt, al
que está unido (adenilato).

Enfocar el extremo 3' del ARNt con el aminoácido unido (Cys). En color CPK.
Enfocar el centro de unión del GTP. En color CPK.
Modelo espacial compacto. (puedes repetir los enfoques sobre él)

3. Aminoacil-ARNt sintetasa unida a su ARNt

Vemos aquí el ARNtGln unido a la glutaminil-ARNt sintetasa (específica para él) (este modelo
contiene sólo el esqueleto de ambas cadenas, es decir, los átomos de fósforo del ARN y los carbonos
alfa de la proteína; puede verse esto cambiando la representación a Display (Spacefill).
Obsérvese cómo la sintetasa contacta especialmente con el extremo 3' del ARNt (donde se une el
aminoácido) y con el lazo del anticodón. Esto permite a la enzima reconocer únicamente un
aminoácido y un ARNt, estableciendo así la especificidad aminoácido-anticodón. Se dice por ello que
las aminoacil-ARNt sintetasas son "el segundo código genético".
Otro ejemplo: en este caso, el ARNtAsp unido a su correspondiente aspartil-ARNt sintetasa.
(Este modelo sí incluye todos los átomos, por eso es más lento)
Hélices alfa
Hojas beta
Zonas sin estructura secundaria regular
Modelo espacial compacto.

4. Proteína U1A del ayustosoma unida a un pre-ARNm

El "ayustosoma", también llamado cuerpo de empalme o más comúnmente espliceosoma (del inglés
spliceosome) es el complejo ribonucleoproteico responsable del proceso de corte de intrones y
empalme de exones, una de las modificaciones postranscripcionales que sufre el ARN en eucariotas.
Está formado por varias moléculas de ARN (del tipo nuclear pequeño, ARNsn) asociadas con varias
moléculas de proteína.
Se observan aquí dos moléculas de uno de esos componentes, la proteína U1a, unidas a un
polirribonucleótido (ARN, de 48 nucleótidos) que corresponde al extremo 3' de un precursor de ARN
mensajero (pre-ARNm o ARNnh).
Modelo espacial compacto.
MOSTRAR OCULTAR
El ARN
Una molécula U1a
La otra U1a

22
EJERCICIOS SOBRE GLÚCIDOS

1-Nombre un disacárido diferente a sacarosa que no sea reductor.

a) Trehalosa b) Maltosa
c) Celobiosa d)Gentobiosa

2- ¿Cual es el principal carbohidrato de la leche de mamíferos?

a) Glucosa b) Manosa
c) Lactosa d) Sacarosa

3¿Cual es el principal carbohidrato constituyente de la madera?

a) Lignina b) Xilosa
c) Celulosa d) Ribulosa

4¿Cuál es la unidad monosacarídica que se repite en el carbohidrato anterior?

a) Glucosa b) Galactosa
c) Glururónico d) N-Acetil-Galactosamina

5- ¿Qué tipo de enlace glicosídico se encuentra en la isomaltosa?

a) α (1, 6) b) α (1,4) c) β (1, 4)

ÁCIDOS GRASOS y FOSFOLÍPIDOS.

6.. Ordéne por puntos de fusión crecientes los ácidos Laúrico, Mirístico, Palmítico, Esteárico y
Araquídico

7. Ordéne por puntos de fusión crecientes los ácidos grasos insaturados Palmitoleíco, Oleico
Linoleico, α− Linolénico y Araquidónico y clasifíquelos por familias omega

8. ¿Qué tres factores principales influyen en la Tf de un ácido graso?. El ácido elaídico tiene un punto
de fusión de 46ºC ¿Qué factor de los 3 explica las diferencias en fluidez del elaídico y el oleico?

9- ¿Presenta actividad óptica el ácido fosfatídico? □Si □No

10-¿Presentan actividad óptica los triacilglicéridos con 2 ácidos grasos iguales en posiciones 1 y 2?.
□Si □No

11- ¿Presentan actividad óptica los triacilglicéridos con 2 ácidos grasos iguales en posiciones 1 y 3?.
□Si □No

12- ¿Qué diferencia el retinol del retinal?

a) Longitud de la cadena lateral
b) Grado de insaturación
c) Grado de oxidación del carbono 1, en el extremo de la cadena lateral

13- ¿Qué cofactor metálico contiene la vitamina B12?

a) Cu b) Fe c) Co d) Ca

23
EJERCICIOS SOBRE AMINOACIDOS

14-Relacione los aminoácidos nombrados con los grupos que figuran a la derecha:
1) Arginina a) Apolar
2) Glutámico b) Polar sin carga
3) Treonina c) Aromático
4) Tirosina d) Catiónico
5) Valina e) Acido

15-Relacione los aminoácidos nombrados con los grupos orgánicos presentes en su cadena lateral
mencionados a la derecha:
1) Arginina a) Indol
2) Histidina b) Imidazol
3) Cisteína c) Guanidinio
4) Triptófano d) Isopropilo
5) Valina e) Tiol

16-¿Que reactivo permite diferenciar la P del resto de los aminoácidos proteicos?

a) Bradford b) Biuret c) Ninhidrina

OTROS EJERCICIOS SOBRE PÉPTIDOS

Observe la siguiente Tabla de Péptidos con función biológica activa:
Nombre Secuencia Función

Glutatión γ-ECG Ubicuo. Mantiene estado redox citosol celular

Liberador TSH piroEHP-CONH2 Secretado por hipotálamo, hace que pituitaria libere tirotropina.

Vasopresina CYFQNCPRG- CONH2 Secretada por hipófisis, hace que el riñón retenga agua.

Met-Encefalina YGGFM Opiáceo que inhibe la sensación de dolor

Angiotensina II DRVYIHPF Péptido hipertensivo. También estimula secreción de aldosterona

(equina) por suprarrenales

Bradiquinina RPPGFSPFR Péptido vasodilatador

Sustancia P RPKPQFFGLM- CONH2 Neurotransmisor implicado en la transmisión del dolor

Glucagón HSQGTFTSDYSKYLDS Hormona pancreática que estimula la liberación de glucosa y está
bovino RRAQDFVQWLMNT implicada en regular el nivel de glucemia.

17-¿Cuántos de ellos, citando nombres, pueden formar un enlace disulfuro intramolecular?

18-¿Cuántos contienen azufre pero no pueden formar enlaces disulfuro? Citelos

19-El significado estructural de γ (caso del glutatión) está relacionado con:

a) Que contiene 3 aminoácidos
b) Que el residuo de glutámico es gamma-carboxiglutámico
c) El residuo de glutámico forma un enlace peptídico con cisteína mediante el carboxilo de la
cadena lateral

24
20-La lana, como el cabello y otras α-queratinas, debe su insolubilidad y resistencia mecánica y
química al alto contenido en puentes disulfuro entre las cadenas polipeptídicas que forman las
fibrillas. Las polillas son animales capaces de degradar la lana. Analizado su aparato digestivo, se
observa que no contiene ninguna proteasa especial, pero sí un alto contenido en ácido sulfhídrico
¿Por qué cree que este hecho favorece la digestión de la lana?
a) El ácido sulfhídrico es muy fuerte, más fuerte que el clorhídrico del estómago humano.
b) El ácido sulfhídrico es capaz de reducir los puentes disulfuro y separar cadenas.
c) El ácido sulfhídrico no guarda relación con la degradación de la lana por estos animales.

PROPIEDADES DE LAS PROTEÍNAS Y ESTRUCTURA PRIMARIA.

Las secuencias de muchas proteínas humanas están contenidas en bases de datos como el
SWISS-PROT y se expresan en varios formatos. Es muy recomendable que el alumno practique la
entrada por internet en esa base de datos y se familiarice con su uso (GenBank,
www.ncbi.nlm.nih.gov; o bien SWISS-PROT en www.expasy.org).
No obstante, para facilitar el problema, se ha traducido y adaptado uno de los formatos más
usuales, que se utiliza a continuación para varios ejemplos:

PEPSINÓGENO HUMANO
Número de acceso en SWISS-PROT: P00790. Es el precursor de la pepsina A.
El péptido señal está constituido por los aminoácidos:1 al 15.
La activación tiene lugar mediante un segundo corte proteolítico, que elimina el péptido de 16 al 62.
La pepsina A humana madura tiene 326 aminoácidos (del 63 al 388).
La isoenzima gástrica tiene baja especificidad, aunque prefiere enlaces peptídicos en los que participan
los aromáticos F o L. El centro activo está formado por los D 94 y 277.
La secuencia o estructura primaria del precursor tal como se sintetiza en ribosoma es:
10 20 30 40 50 60 70 80
MKWLLLLGLV ALSECIMYKV PLIRKKSLRR TLSERGLLKD FLKKHNLNPA RKYFPQWEAP TLVDEQPLEN YLDMEYFGTI

90 100 110 120 130 140 150 160

GIGTPAQDFT VVFDTGSSNL WVPSVYCSSL ACTNHNRFNP EDSSTYQSTS ETVSITYGTG SMTGILGYDT VQVGGISDTN

170 180 190 200 210 220 230 240

QIFGLSETEP GSFLYYAPFD GILGLAYPSI SSSGATPVFD NIWNQGLVSQ DLFSVYLSAD DQSGSVVIFG GIDSSYYTGS

250 260 270 280 290 300 310 320

LNWVPVTVEG YWQITVDSIT MNGEAIACAE GCQAIVDTGT SLLTGPTSPI ANIQSDIGAS ENSDGDMVVS CSAISSLPDI

330 340 350 360 370 380 388

VFTINGVQYP VPPSAYILQS EGSCISGFQG MNLPTESGEL WILGDVFIRQ YFTVFDRANN QVGLAPVA

Con dicha secuencia y datos relacionados, responda a las siguientes cuestiones:

21- Cuente todos los residuos básicos (R y K, no H) y ácidos (D y E) que contiene la molécula.
¿Cuales son más abundantes, los ácidos (□) o los básicos (□)?

22-¿En que extremo se sitúan la mayoría de los básicos?

□N-terminal □ C-terminal

23-¿Existe una variación de carga de la proteína cuando se activa el pepsinógeno a pepsina?

□Si □No

24- El pH del jugo gástrico es ácido -¿Cómo será el pI del pepsinógeno en relación con la pepsina?
□Mayor □Menor

PROINSULINA HUMANA

25
Cuando se elimina el péptido señal de la preproinsulina, queda una cadena polipeptídica de 86
aminoácidos con la siguiente secuencia primaria:
FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLEN
YCN

Una vez procesada por proteasas específicas, la insulina humana muestra dos cadenas A y B de 21 y
30 aminoácidos. El péptido C (sombreado) se pierde, además de 2 residuos básicos de ambos lados.

Cadena A: GIVEQCCTSICSLYQLENYCN

Cadena B FVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT

25)-La Tabla adjunta muestra los cambios en la estructura de la insulina de varias especies. Antes de
existir la posibilidad de obtener insulina humana recombinante a partir de cultivos bacterianos, el
tratamiento de personas diabéticas con insulinas animales producía frecuentemente una respuesta
alérgica inicial. Calcule el número de posiciones diferentes de cada especie respecto a la humana y
rellene con ello la columna de la derecha.

Especie A8 A9 A10 B1 B2 B30 Número de residuos diferentes

a la insulina humana
Hombre T S I F V T
Vaca A S V F V A
Cerdo T S I F V A
Oveja A G V F V A
Caballo T G I F V A
Perro T S I F V A
Pollo H N T A A A
Pato E N P A A T

26)-En base a ello, prediga que insulina animal producirá más reacciones alérgicas en humanos, y
cuales menos, y son por tanto más apropiadas en el caso hipotético de no tener humana.

Más: ________

Menos: __________

27) -El glucagón bovino fue analizado por digestión proteolítica con las siguientes proteasas con los
resultados que se indican:
a) Tripsina: produjo 3 fragmentos, YLDSR, AQDFVQWLMNT, HSQGTFTSDYSK y una R libre
b) Quimotripsina*: produjo 6 fragmentos, SKY, LDSRRAQDF, HSQGTF, VQW, LMNT, TSDY,
Nota: *La quimotripsina en condiciones suaves reconoce sólo cadenas laterales aromáticas
En base a estos datos ¿Cual es la estructura primaria del glucagón?

28)-Escriba la estructura del uracilo en forma lactama, lactima y mixta.

29)-¿Qué base no tiene posibilidad de tautomería lactama / lactima?

a) Adenina b) Guanina c)Citosina

26
La siguiente secuencia es la estructura primaria de los 120 primeros resíduos de la cadena α1 del
colágeno maduro de piel de rata (X=Hidroxiprolina).
EMSYGYDEKSAGVSVPGPMGPSGPRGLXGPXGAXGPQGFQGPXGEXGEXGASGPMGPRGP 60
XGPXGKNGDDGEAGKPGRXGQRGPXGPQGARGLXGTAGLXGMKGHRGFSGLDGAKGNTGP 120

30)- ¿A partir de qué residuo es posible la formación de la triple hélice típica del tropocolágeno?.

31)- Elija una posible función del fragmento N-terminal que no forma la hélice tritrenzada.
1- Prevenir la polimerización prematura de las unidades de tropocolágeno al colágeno
2- Tener secuencias de reconocimiento para la secreción de esa proteína por el fibroblasto
3- Constituir zonas de interacción con proteoglicanos en el tejido conectivo
4- Las dos primeras

La elastina es otra proteína fibrosa encontrada en el tejido conectivo, pero mucho más flexible que el
colágeno. Esta proteína es también muy rica en G y P, pero con muy pocas hidroxiprolinas e
hidroxilisinas. Su estructura es al azar y su flexibilidad se debe a entrecruzamientos intercatenarios
por desmosina e isodesmosina. Escriba las estructuras de:

32- 5-Hidroxilisina y Lisinal

33-Desmosina e isodesmosina.- ¿Cual es el aminoácido proteico precursor de éstos?

a) K b) W c)H

34)-¿Cuántos Fab contiene una molécula de IgM?

a) 1 b) 5 c) 10

35)-¿Cuántos Fc contiene una molécula de IgM?

a) 1 b) 5 c) 10

36)-¿Cuántas cadenas J hay en cada molécula de IgM?

a) 1 b) 5 c) 10

37)- En los ARNt existen apareamientos de bases distintos de los normales de Watson y Crick.
□Si □No

Incluso ternas con enlaces entre 3 bases

□Si □No

38)- ¿Con que molécula (1) y en que proceso (2) se aparean las 3 bases del anticodón?

1. a) ARNt b) ARNr 16 S c) ARNm

2. a) Replicación b) Transcripción c) Traducción

39- Escriba la estructura de la dihidrouridina(D) y la pseudouridina (Ψ)..

27
40- ¿Existe el dihidrouracilo? □Si □No
¿Y el pseudouracilo? □Si □No

28