DESENVOLVIMENTO E IMPLANTAO DE FERRAMENTAS DE BIOINFORMTICA PARA BIOTECNOLOGIA EM CAFEEIRO.

Arabori, BH; PaschoaI, A; Domingues, DS; Pereira, LFP

Universidade TecnoIgica FederaI do Paran(UTFPR), Campus CornIio Procpio - PR
Laboratrio de BiotecnoIogia VegetaI, Instituto Agronmico do Paran (IAPAR), Londrina - PR
EMBRAPA - Caf/IAPAR, Londrina - PR
Introduo
O Brasil o maior produtor mundial de caf, que proporcionou uma receita que
ultrapassou US$ 5,6 bilhes de dlares em 2010. 0 Brasil tambm um grande
exportadores e o segundo maior consumidor alm de possuir um dos maiores
programas mundiais de pesquisas em caf. Avanos significativos da cafeicultura
brasileira em anos recentes, como o crescimento da produtividade, esto
relacionados a pesados investimentos em pesquisa e desenvolvimento em reas
importantes como melhoramento gentico, fitotecnica, fitopatologia e mais
recentemente a biotecnologia.
TabeIa 1 - Receita gerada comexportaes de caf e estimativas para 2011,
(http://www.cafepoint.com.br/)
Hoje existem bancos de dados com mais de 200 mil sequncias de DNA, o que
permitiu a identificao de mais de 30 mil genes responsveis pelos diversos
mecanismos fisiolgicos de crescimento e desenvolvimento do cafeeiro. Com o
desenvolvimento de programas e bancos de dados podemos realizar a tarefa no s
da anlise dos dados disponveis, mas tambm na gerao de novos
conhecimentos.
Nosso principal foco foi desenvolver e implementar ferramentas de
bioinformtica para explorar dados pblicos de caf. Em particular, comparar os
dados de genes expressos no desenvolvimento de frutos e folhas, com
direcionamento para potenciais usos em aplicaes biotecnolgicas.
Materiais e Mtodos
No computador utilizado foi instalado o sistema operacional UBUNTU 10.10.
alm de aplicativos como BLAST, pgAdmin , Java Virtual Machine (JVM) e
NetBeans 7.0.
Figura 1 - SimboIos dos programas utiIizados, Ubuntu,
Net beans, PostgreSQL/pgAdmin e Java respectivamente
As sequncias usadas foram retiradas do trabalho do Mondego et al. (2011), que
fez uma anlise completa de ESTs em Coffea arabica e Coffea canephora
disponveis em bancos de dados pblicos. Tambm foram utilizadas as sequncias
de frutos de caf com 18, 22, 30, 42 e 46 semanas obtidas pela Cornell University e
Nestle AS, totalizando 64162 sequncias.
Aps importar as sequncias obtidas no banco de dados, elas foram exportadas
para dois arquivos texto no formato fasta, substituindo o header pelo respectivo id
da sequncias, ambas as operaes, importao e exportao, foram realizadas
utilizando programas Java. Depois foi rodado um BLAST entre o query contendo as
sequncias de frutos e o Banco de Dados contendo os dados do trabalho do
Mondego et. al. (2011).
ResuItados e Discusso
nicialmente foi realizada a instalao e configurao de um computador para
anlise inicial de bioinformtica em dados de EST de caf. A partir de tal
configurao e instalao, foi possvel iniciar a anlise dos dados descritos
anteriormente. Resultando em um arquivo texto com 522,8 MB gerado da
comparao entre sequncias de frutos (com 18, 22, 30, 42 e 46 semanas) e o
trabalho do Mondego et. AL. (2011).
Atualmente, relatrios dessa anlise desses conjuntos de dados esto sendo
finalizados. Mais especificamente, a parte de interface e integrao com o banco de
dados, de forma a ser uma ferramenta fcil para busca e cruzamento de informaes
esto sendo finalizadas, bem como teste da ferramenta..
ConcIuses
Nossa proposta foi apresentar anlise feita de dados de transcriptoma de caf.
No caso foi gerado um arquivo com as sequncias de fruto de caf (18, 22, 30, 42 e
46 semanas) e outra com dados gerais em diversas condies disponvel em bancos
pblicos. O princpio foi comparar, via programa BLAST, tais conjuntos para poder
extrados tais informaes, importar para um Banco de Dados e torn-la disponvel
para pesquisas entre todos do laboratrio ou colaboradores.
Materiais e Mtodos
Introduo
ResuItados e Discusso
ConcIuso