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Esquema de la presentacin
Presentacin Introduccin Construccin y uso de microarrays de expresin Experimentos con microarrays Software for microarray data analysis Recursos disponibles en internet Conclusiones y perspectivas
Presentacin
Y quien es l
Alex Snchez
Profesor titular del departamento de Estadstica, de la facultad de Biologa de la Universidad de Barcelona Group Leader del grupo de investigacin Mtodos Estadsticos en Bioinformtica Profesor de Bioinformtica, aqu all y acull
UB, UOC, UVic
Nuestra web
http://estbioinfo.stat.ub.es
Objetivos
Conocer la tecnologa de experimentacin con microarrays Comprender sus posibilidades y limitaciones Familiarizarse con el proceso de experimentacion basado en los microarrays Saber donde acudir para aprender ms
Introduccin-Objetivos
Contenidos
Introduccin
Antecedentes histricos: El cambio de paradigma Que es un microarray Que tipos de microarrays existen Aplicaciones de los microarrays
Introduccin
Antecedentes histricos
La biologa molecular dispone de mltiples tcnicas para medir los niveles de ARN, ADN, protenas o metabolitos
Northern Blot, differential display, SAGE Southern Blott: [similar a los microarrays]
Lo que caracteriza la era post genmica no es lo que se puede medir sino la cantidad de mediciones simultaneas que se pueden realizar
Antecedentes Histricos
Una analoga
En la era pre-genmica la biologa espiaba los genes
Individualmente, de uno en uno Cada gen se poda estudiar a fondo
Antecedentes Histricos
Una analoga (y 2)
En la era prost-genmica se pueden estudiar muchos genes a la vez Pero, como separamos el grano de la paja?
Lo he odo todo
W W W
Antecedentes Histricos
Antecedentes Histricos
Pero, Qu es un microarray?
Un formato experimental, basado en la sntesis o fijacin de sondas, que representan los genes (o proteinas, o metabolitos), sobre un sustrato slido (cristal, plstico, silice,...), y expuestos a las molQues es un microarray
se indica generalmente
mediante fluorescencia y se mide por anlisis de imagen
De Expresin
De cDNA De oligonucletidos:
GeneChip Affymetrix Otras marcas
Tipos de microarrays
*****
Nylon membrane
Microarrays de expresin
GeneChip Affymetrix
cDNA microarray
1372 1305
1061
789
434
169 15
99 19
55
00 01 02 03 04 20 05 20
20
20
20
20
Clasificacin molecular en enfermedades complejas Identificacin de genes caractersticos de una patologa (firma o signature) Prediccin de respuesta a un tratamiento Deteccin de mutaciones y polimorfismos de un nico gen (SNP) Etc, etc, etc
Microarrays de expresin
Existen muchos tipos de microarrays Los principios en que se basan son similares Los detalles de su funcionamiento varan de uno a otro caso En este primer contacto nos centraremos en los arrays de expresin
Arrays de 2 colores (spotted) Arrays de oligonucletidos sintetizados in situ
2. Preparacin de la muestra
Tras extraer el RNA de las muestras se marca con un colorante fluorescente distinto (Cy-3 / Cy-5) cada miembro del par a hibridar. Las muestras marcadas se mezclan y preparan para hibridar sobre el array.
M =
probe set
Distintos Pares de Sondas representan partes distintas del mismo gen (1 gen=1 grupo de sondas)
Secuencia del gen
Las sondas se seleccionan para ser especficas del gen que representan y para tener buenas propiedades de hibridacin
A T G A
C T T C GeneChip
T T C A
C A A G
1Animacin
Proceso de hibridacin
Tras la sntesis de los oligos se realiza la hibridacin, depositando el mRNA marcado del tejido a estudiar sobre cada chip
Image courtesy of Affymetrix.
Source: www.affymetrix.com
Source: www.affymetrix.com
@Affymetrix
Microarrays de Oligonucletidos
VENTAJAS Fabricacin Rpida y ms robotizada Elevada Reproducibilidad Elevada especificidad (secuencias cortas) Utiliza muchas sondas/gen
Como todo experimento est sujeto a errores que pueden provenir de mltiples fuentes y ser de tipos distintos
Aleatorios
Fuentes de variabilidad
Biological Heterogeneity in Population. Specimen Collection/ Handling Effects.
Tumor: surgical bx, FNA. Cell Line: culture condition, confluence level.
Biological Heterogeneity in Specimen. RNA extraction. RNA amplification. Fluor labeling. Hybridization. Scanning. PMT voltage. laser power.
Tipos de variabilidad
La variabilidad sistemtica es aquella que afecta de manera similar a todas las mediciones
Cantidad de material disponible Instrumental de laboratorio
La variabilidad aleatoria puede afectar de forma distinta a cada componente del experimento
Calidad del material Eficiencia de los procedimientos de laboratorio
Variabilidad Aleatoria
Suponemos ciertos modelos de error (e.g. ei~N(0, 2)) y recurrimos al
DISEO EXPERIMENTAL Para controlarla INFERENCIA ESTADSTICA para extraer conclusiones en su presencia
Diseo experimental
Deben tomarse decisiones relativas a aspectos diversos implicados en el experimento
Tipos de muestras
Mezcladas (pooled) o individuales Con rplicas independientes o sin ellas
De aqu saldr
La forma en que se realizar el experimento
1. Experimento comparativo
Wild KO
x5 x5 Problem x5 x5
Many options available. However No tool satisfies all users needs. Trade-off. A tool must be.
Powerful but user friendly. Complete but without too many options, Flexible but easy to start with and go further. Available, to date, well documented but affordable.
Bioconductor.
Open Source R software package. Vigorous development, new things show up here first.
It can be used.
Interactively, through a command language. Or running programs stored in script files.
R and Microarrays
R is a popular tool between statisticians. Once they started to work with microarrays they continued using it.
To perform the analysis. To implement new tools.
This gave rise very fast to lots of free Rbased software to analyze microarrays. The Bioconductor project groups many of these (but not all) developments.
BRB-ArrayTools
Integrated software package using Excelbased user interface but state-of-the art analysis methods programmed in R, Java & Fortran. Publicly available for non-commercial use. http://linus.nci.nih.gov/BRBArrayTools.html
So what, R, BRB, ?
This is an example of the trade-off
If you feel comfortable with command lines, programming, and statistics Probably R is for you If you want a user friendly interface, but still free and accurate software BRB may be your choice
Yeast Transcriptional Profiling Experiments NCBI SAGE data and analysis tools Supplement to Ross et al. (Nat Genet., 2000). Supplement to Lyer et al.(1999) Science 283:8387 Supplement to Perou et al. Nature 406:747752(2000) Integration of large databases on gene expression and molecular pharmacology.
Conclusiones y perspectivas
Conclusiones y perspectivas
Los experimentos con microarrays han revolucionado el estudio de la genmica funcional
Mejorando el conocimiento de la funcin de los genes a partir de la similitud de patrones de expresin Mejorando el conocimiento de las familias de genes:
Permiten incluir nuevos genes en las familias Descubren patrones de expresin coordinados Aumenta el nmero de familias conocidas de genes
Limitaciones
Como toda tecnologas los tiene sus limitaciones
Algunas como la baja reproducibilidad o la calidad del genoma se solucionaran con el tiempo Otras como el uso adecuado de sus posibilidades dependen del buen (o mal) uso que se haga de ellas
The Promise of Microarray Technology in Treating Disease (NCBI) (1) Now that you understand the concept behind array technology, picture this: A hand-held instrument that a physician could use to quickly diagnose cancer or other diseases during a routine office visit. What if that same instrument could also facilitate a personalized treatment regimen-exactly right for you?