ESTRUTURA E FUNES DE BASES NITROGENADAS E CIDOS NUCLICOS

Humberto Muquingue, 2012

Objectivos educacionais
No fim deste captulo, voc dever ser capaz de:

Listar os alimentos ricos em cidos nuclicos Descrever como as bases nitrogenadas e os cidos nuclicos da dieta so digeridos Escrever a estrutura qumica de pelo menos uma purina e pelo menos uma pirimidina Reconhecer e identificar a estrutura de uma purina Reconhecer e identificar a estrutura de uma pirimidina Mencionar a nomenclatura, a composio e a ocorrncia dos nucletidos derivados de cidos nuclicos Identificar as diferenas funcionais e estruturais entre as purinas e as pirimidinas

Objectivos educacionais

Explicar as funes dos nucletidos, usando as suas prprias palavras Descrever como composto um cido nuclico em termos de estrutura primria, secundria e terciria, usando o DNA e o tRNA como exemplos Identificar, usando terminologia apropriada, os diversos compostos relacionados com nucletidos Enunciar que nucletidos so encontrados em cidos nuclicos Caracterizar as ligaes qumicas existentes num nuclesido: entre glcidos e bases nitrogenadas, entre glcidos e fosfatos, e entre fosfatos Explicar como os nucletidos se associam para formar cidos nuclicos

Objectivos educacionais

Indicar os tipos de acares que ocorrem em nucletidos Explicar a diferena entre nuclesidos e nucletidos Descrever a estrutura do DNA e explicar a sua disposio espacial Apresentar 2 diferenas entre A-DNA, B-DNA e Z-DNA Definir Tm e justificar como diversos factores que actuam sobre ela Fazer clculos relacionando a Tm e a composio dos cidos nuclicos Indicar as principais classes de cido ribonuclico Caracterizar cada uma das classes de cido ribonuclico em relao sua funo celular, abundncia, diversidade e propriedades estruturais

Aplicaes
Que interesse tem para o estudante de medicina o estudo da estrutura e funes destes compostos? Termos como clonagem, terapia gentica (diabetes tipo I, fibrose qustica), animais transgnicos, quimeras, anticorpos monoclonais e organismos geneticamente modificados (OGM) esto no centro de discusses triviais e cientficas. O conhecimento da estrutura tem aplicaes em esferas como PCR (diagnstico de estirpes, diagnstico forense, etc), fingerprinting, etc. H pelo menos 28 doenas hereditrias ligadas ao metabolismo das bases nitrogenadas, tendo em comum: anemia, baixa imunidade, surdez, gota, automutilao. Uma das doenas mais enigmticas, o sndrome de Lesch Nyhan, causado por um defeito no metabolismo de purinas.

Histria

1866: Gregor Johann Mendel descobre a hereditariedade de alguns factores em ervilhas. 1868: Johann Friedrich Miescher isola substncias no protecas contendo fsforo (nuclena) em ncleos de clulas de pus, a partir de pensos descartados de um hospital prximo de sua casa. 1889: Richard Altmann sugere o nome de cido nuclico para a nuclena de Miescher.

1909: Wilhelm Johannsen prope os termos gene, gentipo e fentipo.

1924: Alexander Oparin prope que os organismos unicelulares podem ter surgido de molculas orgnicas simples existentes na atmosfera terrestre primitiva.

Histria

At 1944, ie, 60 anos atrs, nada se sabia sobre a base qumica da vida, o DNA. 1944: Oswald Avery, Colin MacLeod e Maclyn McCarty: o DNA a unidade fundamental do princpio que transforma o Pneumococcus de tipo III. A percentagem de C, H, N, O, P no tal princpio estava de acordo com os valores tericos para o DNA. 1950: Erwin Chargaff publica a primeira das regras de Chargaff ao descobrir que deoxiadenina/ timina e guanina/citosina era ~ 1.0 em todas as espcies estudadas. (as regras de Chargaff fariam sentido anos mais tarde)

1952: Alfred Hershey e Martha Chase apontam para um papel gentico para o DNA em estudos com o bacterifago T2.

Histria

1952: Rosalind Franklin produz uma fotografia em raios X do DNA provando que ele possui uma estrutura em dupla hlice.

1953: James Watson e Francis Crick descrevem a estrutura do DNA, uma dupla hlice (dplex).
1957: Arthur Kornberg produz DNA num tubo de ensaio. 1961: Sydney Brenner, Franois Jacob e Mathew Meseleson descobrem o mRNA e fazem demonstrao de que os ribosomas so o stio da sntese protica e no so transportadores intermedirios de informao. 1961: Benjamin Hall e Sol Speigleman demonstram que o DNA pode formar hbridos com o RNA.

Histria

1966: o cdigo gentico descoberto (Marshall Niremberg e Heinrich Matthaei). 1972: Paul Berg produz a primeira molcula de DNA recombinante. 1979: Alexander Rich descobre macromolculas de DNA enroladas esquerda e com conformao em zigzag, o Z-DNA. 1983: Barbara McClintock descobre genes capazes de mudar de posio nos cromossomas (prmio Nobel).

1984: Alec Jeffreys inventa a impresso digital do DNA (fingerprinting).

Histria

1990: os primeiros ensaios de terapia gentica tm lugar no Mundo (terapia de genes: insero de um gene normal no genoma de um indivduo para tratar uma doena resultante de um gene no funcionante ou ausente) 1993: Kary Mullis inventa o mtodo PCR (prmio Nobel). 1994: o primeiro alimento geneticamente modificado (tomate FlavrSavr) aprovado para consumo nos Estados Unidos. Meados dos anos 90: as primeiras culturas em larga escala de plantas geneticamente modificadas 2010: os primeiros mosquitos resistentes ao plasmdio da malria so criados em laboratrio.

Ocorrncia de bases e cidos nuclicos

Os cidos nuclicos e compostos relacionados, presentes na dieta, provm de plantas e animais. Estes compostos no so importantes como constituintes da dieta. Uma gama variada de alimentos considerada rica sobretudo em purinas: Implicaes na formao de dietas hipouricmicas para indivduos sofrendo de gota ou outras perturbaes metablicas
Na dieta humana

Exemplos de alimentos ricos em purinas: espinafres, couve-flor, ervilhas, carne de vsceras (fgado, rim, corao), cerveja, leveduras, certos peixes (maquerel, truta, sardinha, anchovas) e mariscos (camaro, lagosta).

 Alguns sais de nucletidos (ex, inosinato disdico, guanilato disdico) encontram-se em muitos alimentos sob forma de temperos.

O leite materno rico em cidos nuclicos, em particular o RNA, e em nucletidos.

nuclesidos e nucletidos no leite materno humano: estimulam a funo imune, dada a imaturidade do tecido linfide modulam o desenvolvimento, maturao e reparao do tecido gastrointestinal. papel no desenvolvimento dos bebs. O leite de vaca (ou as frmulas comerciais de leite infantil) no contm nuclesidos.
Na dieta humana

 A sua funo nutricional ou teraputica NULA!

Na dieta humana

Por vezes, cidos e nucletidos so comercializados sob o nome de imunonutrientes, sob o pretexto de que eles so nutrientes importantes em condies de crescimento rpido, acesso limitado a alimentos e stress metablico.

Relao entre base nitrogenada, acar e fosfato

Ocorrncia de bases e cidos nuclicos

A distribuio de nucletidos extremamente varivel de tecido para tecido. GV possuem uma concentrao muito alta de ATP. Hepatcitos apresentam uma gama mais variada. H concentraes relativamente constantes em clulas normais e em repouso (h um controlo rgido das sua biossntese. (Porqu?) As concentraes dos ribonucletidos so mais elevadas que as dos desoxi-ribonucletidos. (Porqu?) Essa relao altera-se durante a sntese do DNA antes da diviso celular (a favor de qual dos tipos de nucletidos?). O corpo humano adulto tem, no total, cerca de 0,5 g de DNA.

No organismo humano

DIGESTO DOS CIDOS NUCLICOS

Os cidos nuclicos no possuem grande importncia na alimentao, uma vez que so biossintetizados.
No estmago h uma separao das nucleoprotenas [como?], seguida de digesto por ribonucleases e desoxirribonucleases contidas no suco pancretico e por nucleosidases e fosfatases do suco entrico. Na mucosa intestinal h um processo de excreo de uma parte das bases nitrogenadas adenina e guanina presentes na alimentao, como cido rico que excretado nas fezes. As demais bases so absorvidas na forma de nucledos e degradadas no fgado para as suas formas catablicas.

BASES NITROGENADAS
Estrutura Os cidos nuclicos e os nucletidos so compostos por bases nitrogenadas ou nucleobases. As bases so quimicamente fracas. Podem ser purinas ou pirimidinas. A principal diferena est no nmero de anis que possuem. Uma pirimidina um composto heterocclico com quatro carbonos e dois nitrognios. A purina um composto bicclico formado por uma pirimidina associada a um anel imidazol.

Anel de pirimidina

Anis de purina

Timina
Citosina Uracilo

Adenina Guanina Hipoxantina Xantina

Adenina (6-aminopurina)

Guanina (2-amino 6-oxipurina)

Timina (5-metil 2,4-dioxipirimidina)

Citosina (2-oxi 4-aminopirimidina)

Uracilo (2,4-dioxipirimidina)

NUCLESIDOS
Nuclesido: quando a base nitrogenada est covalentemente ligada por uma ligao N-glicosdica ao carbono 1 de uma pentose. A pentose, ribose ou desoxiribose, apresenta-se sempre como ismero D.

A ligao entre o acar e base faz-se em N-9 nas purinas e em N-1 nas pirimidinas.
As posies 3 ou 5' de um nuclesido comportam um grupo OH

ACARES

-D-ribose

-D-desoxiribose

Que diferenas existem entre estes dois acares?

Nuclesido

Nomenclatura de nuclesidos
Os nuclesidos so identificados com o uso da terminao ina. Exemplos: para as purinas adenosina, guanosina para as pirimidinas - timidina, citidina, uridina.
Se o acar for uma desoxiribose anexa-se o prefixo desoxi aos nomes acima Exemplo: desoxi-adenosina Excepo: timidina (s ocorre com desoxiribose).

NUCLETIDOS
Estrutura
Os nucletidos possuem 3 componentes tpicos: uma base nitrogenada um acar da classe das pentoses um grupo fosfato.

Podem ser desoxi-ribonucletidos ou ribonucletidos.

Um nucletido um nuclesido contendo pelo menos um grupo fosfato ligado ao carbono 5da pentose As posies 3 ou 5' de um nucletido esto ligadas a um ster de fosfato

Nucletidos: formados por trs diferentes tipos de molculas: um acar (pentose): desoxirribose no DNA e ribose no RNA. um grupo fosfato. uma base nitrogenada.

Nucleotdeo de DNA

Nucleotdeo de RNA

A molcula sem o grupo fosfato chamada nucleosdeo.

Nucletido

O DNA formado por longas cadeias de nucletidos!!!

Nomenclatura de nucletidos
Por conveno usa-se: uma letra maiscula (A, G, U, C, etc) para representar o nuclesido um p para representar o grupo fosfato. NMP, dNMP: abreviaturas utilizadas para casos em que no est indicada a base nitrogenada.

cido
cido 2adenlico cido 3adenlico cido 5adenlico cido 3guanlico cido 3citidlico cido 3uridlico

Fosfato
Adenosina-2monofosfato Adenosina-3monofosfato Adenosina-5monofosfato Guanosina-2monofosfato Citidina-2-monofosfato Uridina-2-monofosfato

Abreviao
2-AMP 3-AMP AMP 3-GMP 3-CMP 3-UMP

cido
cido desoxiadenlico cido desoxiguanlico cido desoxicitidlico

Fosfato
Adenosina 5monofosfato Desoxiguanosina 5monofosfato Desoxicitidina 5monofosfato

Abreviao
dAMP dGMP dCMP

cido timidlico

Timidina 5-monofosfato

dTMP

FUNES DOS NUCLETIDOS

Fontes de energia de uso imediato no metabolismo: ATP, GTP

Reservatrio de informao gentica: RNA, DNA

Mediadores na transduo de sinais intracelulares: Adenosina: controlo do fluxo sanguneo nas artrias coronrias, ADP participa na agregao plaquetria, cAMP/cGMP actuam como 2 mensageiros, GTP: media a formao de microtbulos.

FUNES DOS NUCLETIDOS

Formao de percursores: GTP intervm na formao do xido ntrico (NO) e no metabolismo dos aminocidos aromticos.
Componentes das coenzimas: NAD+, NADP+, FAD - todas estas coenzimas contm AMP. Efectores alostricos: ATP, ADP, etc

FUNES DOS NUCLETIDOS

Activadores de produtos intermedirios no metabolismo celular: UDP-glicose, na sntese do glicognio GDP-manose, GDP-fucose, UDP-galactose e CMP-cido silico, na sntese das glicoprotenas CDP-etanolamina, CDP-colina, CDPdiacilglicerol, na sntese dos fosfolpidos.

O que se pode dizer em relao a quatro nucletidos trifosfato (ATP, UTP, CTP e GTP)?

Eles esto energeticamente saturados em ligaes de alta energia. Eles proporcionam a mesma quantidade de energia, ie, so energeticamente equivalentes.

No entanto, participam como doadores de energia em reaces muito distintas.

 O ATP a moeda universal de energia, intervm na maioria dos processos biossintticos que requerem energia e em processos como a contraco muscular, as bombas inicas, o transporte de membrana, etc. A UTP est especializada na activaes ligadas ao metabolismo de glcidos. A CTP est envolvida na sntese lipdica (por exemplo, como CDP-etanolamina).

A GTP possui um papel essencialmente regulador.

No se conhece a razo das particularidades funcionais destes nucletidos-trifosfato.

DIGESTO DOS NUCLETIDOS E C. NUCLICOS

O DNA digerido no intestino delgado pela desoxiribonuclease (pncretica). Desoxiribonucletidos resultantes: hidrolizados em desoxiribonuclesidos e depois em purinas e pirimidinas. Bases e desoxiribonuclesidos: absorvidos pelos entercitos (por difuso facilitada ou transportador dependente de sdio).

Nuclesidos: intensa degradao no epitlio intestinal.

Produtos finais: PURINAS - cido rico (por aco da xantina oxidase), PIRIMIDINAS - -alanina.

DIGESTO DOS NUCLETIDOS E C. NUCLICOS

O RNA digerido no intestino delgado por uma ribonuclease pancretica. Formam-se os nucletidos adenosina-5-monofosfato (AMP), guanosina-5-monofosfato (GMP), citidina-5monofosfato (CMP) e uridina-5-monofosfato (UMP). Os nucletidos so depois hidrolizados resultando em adenosina, guanosina, citidina e uridina, por aco de fosfatase alcalina e nucleotidase. Os nuclesidos so posteriormente hidrolizados para dar bases purnicas e pirimidnicas.

 As poucas bases e nuclesidos que no so processados pelos entercitos entram para a circulao porta e so degradados pelo fgado. O fosfato e os acares resultantes da digesto de cidos nuclicos podem ser reutilizados no organismo, bem como alguma adenina. A maior parte das bases excretada. O organismo animal pode sintetizar de novo todos os mononucletidos que precisa.

3,5-AMP cclico

Nicotinamida Adenina Dinucletido Fosfato (NADPH)

Adenosina Trifosfato

CIDOS NUCLICOS
Estrutura

Polmeros de nucletidos (polinucletidos) ligados entre si por ligaes fosfodister entre o grupo hidroxilo 5 de uma pentose e o grupo hidroxilo 3 da pentose vizinha. A unidade bsica repetitiva de um cido nuclico o nucletido. Os cidos nuclicos possuem nveis de organizao estrutural semelhantes s protenas: Estruturas primrias, secundrias e tercirias (quaternrias).

CIDOS NUCLICOS
Estrutura primria: Determinada pela sequncia de bases ordenadas como polinucletidos.

Esta ordem aquilo que transmitido de gerao em gerao nas clulas vivas e nos vrus. Um polinucletido formado pela ligao (fosfodister) de um fosfato na posio 5 de um nucletido ao grupo OH na posio 3 de outro nucletido.

CIDOS NUCLICOS

Os grupos fosfato num polinucletido possuem pKas de cerca de 2 e de cerca de 7:

No pH do interior da clula, o DNA est negativamente carregado

O DNA hidroflico (embora as bases nitrogenadas sejam praticamente insolveis em gua).

Representao esquemtica

Representao molecular

AS REGRAS DE CHARGAFF
So quatro postulados respeitantes estrutura primria do DNA, apresentadas pelo cientista Erwin Chargaff.

1. A primeira regra de paridade (1950)

O DNA de dupla cadeia obedece ao pareamento de bases de Watson-Crick. Esta regra constante de espcie para espcie. Assim, %A = %T e %C = %G, ou: Ac = Tm , Tc = Am , Cc = Gm e Gc = Cm Os filamentos complementares so quase simtricos em termos de contedo de nucletidos: Ac = Am , Tc = Tm , Cc = Cm e Gc = Gm

AS REGRAS DE CHARGAFF

2. A regra de agregados (cluster rule) (1963)

Pelo menos 60% das pirimidinas ocorrem como sries de oligonucletidos, contendo trs ou mais pirimidinas em cadeia. H maior tendncia para esta forma de organizao do que seria de esperar ao acaso. Esta regra invarivel de espcie para espcie.

AS REGRAS DE CHARGAFF
3. A segunda regra de paridade (1968)

Se os filamentos individuais de um dplex de DNA forem isolados e a sua composio de bases for determinada encontrar-se- que: %A = %T e %C = %G, ou expresso de outro modo: Ac Tc , Gc Cc e Am Tm , Gm Cm Esta regra invarivel de espcie para espcie.
4. A regra GC (1979)

A razo entre a soma das concentraes de C e G e o total das bases (A+C+G+T) tende a ser constante numa espcie, mas varia de espcie para espcie. Esta regra dependente da espcie.

Estrutura secundria Consiste no modelo de dupla hlice postulado por Watson e Crick: dois filamentos de DNA ficam unidos por pontes de hidrognio entre nucleobases. Os pares de bases so sempre constitudos por uma purina e uma pirimidina os filamentos ficam equidistantes cerca de 11 .

Estrutura secundria Os pares assumem uma disposio helicoidal na parte central da molcula uma vez que rodam 36 em relao ao par adjacente. Na dupla hlice de rotao direita: Cada espira helicoidal tem 10 pares de nucletidos.

O dimetro de uma dupla hlice de DNA de 2nm.

Foras que determinam a estrutura secundria do DNA

Repulso electrosttica (entre grupos fosfato) Interaces hidrofbicas (entre bases nitrogenadas) Pontes de hidrognio (entre bases nitrogenadas): 2 pontes hidrognio entre A e T 3 pontes hidrognio entre C e G Efeitos de empilhamento (entre bases nitrogenadas): consistem essencialmente em foras de van der Waals.

Pontes de hidrognio formadas entre A e T, e C e G

 Os filamentos de DNA das clulas eucariticas designam-se por antiparalelos. Cada filamento tem uma extremidade 5e outra 3, mas a disposio simtrica lado a lado resulta numa terminao 3 livre e numa terminao 5 livre em cada extremo. Que tipos de terminaes possui o DNA bacteriano?

Porqu a existncia de anti-paralelismo no DNA?

S assim possvel ter-se a conformao de dupla hlice! O alongamento do polinucletido s vivel pela extremidade 3.
No existe nenhuma enzima capaz de adicionar nucletidos extremidade 5!

Estrutura terciria ou ternria

Resulta do modo como a dupla hlice se organiza. Nos eucariontes o DNA genmico apresenta-se super-enrolado e associado a protenas histnicas e no histnicas. As protenas histnicas, que constituem 50% das protenas que se ligam ao DNA genmico. Elas designam-se por H2A, H2B, H3 e H4. Desconhece-se o papel de uma quinta histona, H1, que tambm se liga ao DNA, em posio ainda no clara.

Estrutura terciria ou ternria

O DNA enrola-se duas vezes (145 pares de bases) em torno de um octeto de protenas histnicas (i.e., dois resduos de cada uma das protenas) formando um nucleosoma.

Os nucleosomas esto separados por um filamento de DNA com 20-100 pares de bases.
O aspecto geral semelhante a um colar de prolas, que se designa por (fibra de) cromatina. A disposio caracterstica apenas da interfase. A cromatina possui cerca de 50% de cido nuclico e cerca de 50% de protena.

A estrutura terciria do DNA

Estrutura quaternria
Discutvel O colar de nucleosomas pode enrolar-se ainda mais, com cada 6 nucleosomas constituindo estruturas em bobina em torno da histona H1. O superenrolamento dos nveis tercirio e quaternrio de organizao necessrio: o DNA vrias vezes mais longo que o dimetro do ncleo de uma clula eucaritica!

 Os nucletidos que ocorrem no DNA - dAMP, dGMP, dCMP e (d)TMP ou TMP.

Regies do DNA ricas em genes: contm elevado teor de GC Regies pobres em genes: contm elevado teor do par AT;
As diferenas de contedo de bases so visveis no microscpio electrnico como bandas escuras e claras nos cromossomas, respectivamente.

OCORRNCIA DO DNA
O DNA encontrado em duas partes da clula dos animais ncleo: DNA genmico mitocndrias: DNA mitocondrial O DNA genmico ou nuclear principal constituinte dos cromossomas. herdado dos parentes, em partes iguais (da a sua utilidade nos testes de paternidade) irmos recebem combinaes diferentes deste DNA cada cromossoma contm apenas um filamento de DNA em dupla hlice.

OCORRNCIA DO DNA
a quantidade de DNA genmico num organismo aproximadamente proporcional complexidade do organismo. apenas 2% do DNA constitudo por genes, ie, contm informao til para a clula. DNA mitocondrial herdado da linha materna e idntico entre irmos pode ser usado para determinar se indivduos possuem laos familiares entre si

Caractersticas de alguns DNAs

Fonte N de pares de bases Comprimento PM (Da) Contedo informativo (bits)

Vrus de polioma Fago T2 E. coli Drosophila Clula humana

4.600 185.000

1,6 m 63 m

3 x 106 122 x 106

9 x 103 3,7 x 105

3,4 x 106
6 x 107

1,2 mm
2,1 cm

2,3 x 109
43 x 109

6,8 x 106
1,2 x 108

3,2 x 109

1,02 m

2 x 1012

6 x 109

Conformaes do DNA
O DNA pode assumir diversas conformaes estruturais, designadas por formas A, B e Z.

Forma A uma forma transitria de DNA a forma da maioria do RNA dplex e de dplexes hbridos de RNA-DNA uma hlice mais compacta (mais curta e mais larga) do que a forma B, com cerca de 11 bases por espira a conformao favorecida por ambientes desidratados

Forma B Tambm conhecida por dsDNA ou -DNA Conformao mais comum do DNA in vivo uma hlice mais estreita e mais alongada que a forma A, com cerca de 10 bases por espira a conformao favorita em ambientes muito hidratados pois facilitada pela hidratao da fenda menor do DNA

Forma Z A hlice formada esquerda, ao contrrio das formas A e B, com cerca de 12 bases por espira mais longa e mais estreita que A e B, com aspecto de zig-zag Pode formar-se in vivo A sua formao favorecida por altas concentraes de sal e pela existncia de sequncias repetitivas de purina-pirimidina A sua funo desconhecida

O RNA
As clulas possuem 10 vezes mais RNA do que DNA. O RNA apresenta-se quase sempre como filamento nico. Pode formar pareamentos internos de bases, criando hlices duplas similares ao A-DNA. Os nucletidos constituintes do RNA so: AMP, GMP, CMP e UMP Bases invulgares so frequentemente encontradas, pe, hipoxantina (sob forma do nuclesido inosina)

As classes de RNA
Existem trs classes principais de RNA:

RNA mensageiro (mRNA)

RNA de transferncia (tRNA) RNA ribosmico (rRNA)

RNA mensageiro (mRNA)

O grupo mais diversificado de molculas de RNA 2% do total de RNA celular 105 tipos (um para cada protena diferente)

Constitui os moldes para a ordem em que os aminocidos so incorporados num certo pptido em formao (ou traduo)

RNA mensageiro (mRNA)

Cada aminocido corresponde um tripleto de nucletidos (ou cdo) na regio de codificao do mRNA (open reading frame) Terminal 3: tem cerca de 200 resduos de adenilato (poliA) importante no transporte do mRNA do ncleo para o citosol

RNA de transferncia ou tRNA

a conexo directa entre o codon e o aminocido por este codificado 10% do RNA total; 32 tipos conhecidos de tRNA Forma ligaes covalentes com aminocidos individuais

Reconhece as sequncias codificadas do mRNA por forma a conseguir a incorporao correcta de aminocidos no polipptido em formao.

RNA de transferncia ou tRNA

Caracteriza-se pela presena de um ala com um anti-codon, complementar sequncia de nucletidos no codon Estrutura tpica em folha de trevo CCA no terminal 3 (onde liga o aminocido) e resduo de guanina em 5 Tetranucletido T--C-G na ala direita: (T = ribosil timidina, = pseudouridina), para reconhecimento do ribosoma Anticodon a meio da estrutura

Estrutura planar (E) e estrutura terciria (D) do t-RNA

RNA ribosomal ou rRNA

85% de todo o RNA celular
3 ou 4 tipos segundo o coeficiente de sedimentao (S=Svedberg): 28S, 5.8S e 5S associados grande subunidade 18S est ligado subunidade pequena

RNA ribosomal ou rRNA

Associa-se a numerosas protenas para formar organelos (ribosomas) Os ribosomas recebem os tRNAs e criam uma atmosfera cataltica na qual os tRNA entram com os seus aminocidos. As protenas dos ribosomas catalizam todas as funes da sntese de polipptidos

RNA ribosomal ou rRNA

Outros tipos de RNA

molculas de RNA associadas a protenas (formando complexos RNA-protena) molculas de RNA com actividade cataltica (ribozimas) molculas de RNA associadas a cromossomas

Propriedades fsicas e qumicas dos cidos nuclicos

Estabilidade qumica
Hidrlise por cidos e bases Hidrlise por enzimas Capacidade mutagnica das bases

Estabilidade fsica
Composio de bases Concentrao salina pH

Estabilidade qumica
Hidrlise por cidos e bases O DNA muito estvel e resistente ao ataque de cidos e bases. No pH 4: as ligaes -glicosdicas das bases purnicas so hidrolizadas N7 (guanina) ou N3 (adenina) so protonados O acar depurinado pode ento isomerizar facilmente formando cadeia aberta o DNA (depurinado ou apurnico) pode ento ser clivado por ies hidroxilo.

Estabilidade qumica
RNA: muito instvel em solues alcalinas devido hidrlise da ponte fosfodister:

o grupo 2OH nos ribonucletidos torna a molcula de RNA susceptvel a clivagem produz uma mistura equimolar de 2- e 3-nuclesidos monofosfato (h um fosfato de um nucletido transferido para o nucletido adjacente)

Hidrlise por enzimas

A. Hidrlise enzimtica do RNA Numerosas enzimas quebram o RNA; recebem o nome genrico de ribonucleases.
B. Hidrlise enzimtica do DNA O DNA hidrolizado por desoxiribonucleases. Elas podem ser: exonucleases: digerem os filamentos seja a partir de uma das extremidades endonucleases: digerem os filamentos comeando por dentro dos mesmos

Capacidade mutagnica das bases

As bases nitrogenadas so geralmente estveis por estarem sequestradas no interior da dupla hlice mas duas reaces podem ocorrer: desaminao oxidativa dos grupos aminos, por exemplo, transformando a citosina em uracilo ou a adenina em hipoxantina tautomerizao

Ambas reaces afectam o pareamento de bases

A desaminao de A ocasiona um emparelhamento anmalo de hipoxantina com C

 A tautomerizao de bases a transio entre duas formas qumicas Ocorre com adenina e citosina (amino imino) e com timina e guanina (ceto/lactam enol/lactim) A forma imino de citosina rara mas pode emparelhar-se com adenina A forma imino de adenina emparelha com a citosina A rara forma enol de timina pode emparelhar-se com guanina.

Estabilidade fsica do DNA

As duas cadeias polinucletidicas do DNA de dupla hlice podem ser separadas. O processo chama-se fuso ou desnaturao e ocorre habitualmente ao aumentar a temperatura do meio. A transio entre o DNA de cadeia dupla (dsDNA) e o DNA de cadeia nica (ssDNA) denominada de transio hlice-espiral. A transio reversvel e designa-se por anelamento, renaturao ou hibridizao.

A estabilidade fsica do DNA depende de uma srie de factores: composio de bases concentrao salina pH

Composio de bases
O rompimento das 3 pontes de hidrognio entre G e C requer muito mais energia do que as duas pontes entre A e T. A desnaturao trmica de DNA com contedos diferentes de GC pode ser acompanhada com um espectrofotmetro. As bases nitrogenadas absorvem luz ultravioleta (UV) num comprimento de onda de ~260 nm. Na dupla hlice de DNA esta absoro contudo reduzida devido ao empilhamento das bases.

 Ao se desnaturar o DNA estas interaces entre bases so rompidas e por isso a absoro de UV aumenta. Esta variao na absoro recebe o nome de efeito hipercrmico. Este efeito pode ser monitorizado em funo da temperatura da amostra de DNA. Temperatura de fuso ou desnaturao (abreviado Tm): temperatura na qual 50% das molculas de DNA esto desnaturadas.

Amostras de DNA com alto teor de GC exibem Tm mais altas

Concentrao salina ou catinica

Os grupos PO42- carregados da dupla hlice de DNA esto muito prximos uns dos outros, se no forem neutralizados, tendem a repelir-se. A estabilidade do DNA depender tambm dessa concentrao pois ela afectar o grau de neutralizao. Estes ies positivos neutralizam a cargas dos fosfatos e diminuem a repulso entre eles. Na clula viva, a neutralizao dos fosfatos conseguida por ies salinos (Mg2+), poliaminas e protenas especiais ligadoras do DNA.

pH

O DNA no quimicamente susceptvel a bases fortes mas ainda assim elas podem desnaturar a dupla hlice.

Factores que influenciam a Tm

Contedo de GC: quanto maior a percentagem de GC, maior a Tm
Sais: quanto maior a concentrao de sais, maior a Tm pH: valores baixos (<2,3) ou altos (>11,5) diminuem a Tm Presena de compostos orgnicos desestabilizam o DNA ao competir com a formao de pontes de hidrognio ou ao romper a envoltura hidrofbica em torno das bases