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1 INTRODUO

MODELAGEM MOLECULAR

Modelos so representaes simplificadas de objetos e fenmenos fsicos reais. A modelagem consiste na construo e manipulao de modelos com objetivo de compreender mais profundamente as entidades por eles representadas. A modelagem molecular consiste na gerao, manipulao e/ou representao realista de estruturas moleculares e clculo das propriedades fsico-qumicas associadas. Ela pode ser assistida por computadores. O instrumento matemtico usado a qumica terica e a computao grfica a ferramenta para manusear os modelos. Atualmente, os sistemas de modelagem molecular esto munidos de poderosas ferramentas para construo, visualizao, anlise e armazenamento de modelos de sistemas moleculares complexos que auxiliam na interpretao das relaes entre a estrutura e a atividade biolgica. So realizados clculos de energias de conformao, de propriedades termodinmicas, de orbitais moleculares e estatsticos. A modelagem molecular pode ser aplicada ao planejamento de frmacos de modo direto ou indireto. Indiretamente, quando no se dispe da estrutura do receptor, na tentativa de se obter parmetros eletrnicos e estricos que elucidem as relaes estrutura-atividade biolgica. Diretamente, quando se conhece a estrutura tridimensional do alvo biolgico, na tentativa de compreender as interaes dos complexos ligante-receptor. Ambos os modos tentam otimizar o encaixe da molcula com o receptor. A modelagem molecular e suas representaes grficas permitem explorar aspectos tridimensionais de reconhecimento molecular e gerar hipteses que levam ao planejamento e sntese de novos ligantes. Um dos objetivos da modelagem molecular aplicada ao planejamento de frmacos a descoberta do farmacforo, que definido como a coleo mnima de tomos espacialmente dispostos de maneira a levar a uma resposta biolgica. Esta definio tem sido refinada para incluir restries topogrficas e tridimensionais. Um sistema de planejamento de frmacos deve ser capaz de: 1) Calcular as propriedades de molculas individuais (conformaes estveis com descrio completa da geometria e suas energias relativas, cargas, interaes atmicas, potenciais eletrostticos, orbitais, calores de formao, pKas, coeficientes de partio, momentos dipolo). 2) Calcular as propriedades de molculas associadas- descrever as interaes entre molculas (solvatao e interao frmaco-receptor) e calcular as energias associadas. 3) Exibir, sobrepor e comparar modelos moleculares geomtricos e eletrnicos. 4) Encontrar e exibir relaes quantitativas e qualitativas entre representaes de molculas e atividade biolgica. 5) Acessar, manusear e gerenciar bancos de dados qumicos e biolgicos. Os mtodos de clculo usados na modelagem molecular podem ser clssicos, como a mecnica molecular (MM), ou qunticos, como os mtodos ab initio e semi-emprico. 2 MTODO DA MECNICA MOLECULAR Os clculos de MM, tambm chamados clculos de campo de fora, tm sido usados para investigar conformaes moleculares. A MM trata as molculas como uma coleo de tomos que pode ser descrita por foras newtonianas, ou seja, so tratadas como uma coleo de partculas mantidas unidas por foras harmnicas ou elsticas. Estas foras podem ser descritas em termos de funes de energia potencial de caractersticas estruturais como comprimentos de ligao, ngulos de ligao, interaes no ligantes e outras. A combinao destas funes de energia potencial o campo de fora. A energia potencial total, ou energia estrica (EE), da molcula representada na forma mais simples pela Equao de Westhemeier: E= Es + Eb + Ew + Enb onde Es a energia de estiramento (ou compresso) de uma ligao, Eb a energia de deformao angular, Ew a energia de toro em torno de ligaes, e Enb a energia de interao no ligante.
E=
l

K l (l l 0) 2

Kl= constante de fora l = comprimento de ligao l0 = comprimento de ligao livre de tenso

Eb =

K (
2

)2

K = constante de fora = ngulo de ligao a = ngulo de ligao livre de tenso

E
Vw = constante de fora w = ngulo torsional n = periodicidade de Vn

V
w

(1 cos nw )
w

2 E nb = Fr 6 + exp[12( 1 )]

Fr = constante de fora r____ = r1* + r2* r = distncia interatmica entre tomos no ligados r1* e r2* = constantes de van der Waals Cada uma destas funes de energia representa a diferena de energia entre uma molcula real e uma molcula hipottica onde todos os parmetros estruturais, como comprimentos de ligao e ngulos de ligao, esto exatamente em seus valores ideais ou naturais. Algumas das vantagens da mecnica molecular so a rapidez e a economia de tempo de computao, a facilidade de compreenso em relao aos mtodos de mecnica quntica. Quando um tratamento mais refinado requerido, a geometria otimizada pela MM pode ser usada como ponto de partida para clculos quanto-mecnicos de orbitais moleculares. Algumas desvantagens dos mtodos de MM so que algumas classes de molculas de interesse no esto correntemente parametrizadas e a MM no apropriada para a determinao de propriedades onde efeitos eletrnicos (por exemplo interaes de orbitais, quebra de ligaes, etc) so predominantes. O campo de fora usado pelo programa PCMODEL, denominado MMX, derivado do campo de fora MM2 de N. L. Allinger. A verso corrente do MMX reconhece 60 tipos de tomos diferentes, incluindo radicais, nions, ctions e metais de transio, alguns dos quais no esto includos no MM2. A geometria de uma molcula especificada em termos de suas coordenadas atmicas. Assim, a partir de um conjunto de dados de entrada, uma geometria inicial especificada e sua energia estrica calculada. Todos os parmetros que definem a geometria do sistema so modificados em incrementos pequenos e, atravs do uso de mtodos de abaixamento de gradiente, a geometria otimizada ( ou seja, a EE minimizada). importante lembrar que a minimizao um mtodo interativo de otimizao geomtrica que depende da geometria de partida. A minimizao usualmente leva ao mnimo local mais prximo e no ao mnimo global. Vrios problemas em estudos de relao estrutura-atividade requerem solues que podem no ser o mnimo global da molcula isolada. A varredura completa da superfcie de energia potencial (SEP) de uma molcula chamada de anlise conformacional. Para que a anlise conformacional seja feita com alguma segurana alguns procedimentos tm sido desenvolvidos. Na anlise conformacional por busca sistemtica so feitos incrementos nos valores dos ngulos diedro de todas ligaes passveis de rotao para explorar o espao conformacional da molcula.No programa PCMODEL verso 7.0 existe a opo DIHEDRAL DRIVER, onde de um a quatro ngulos diedro so fixados e so rodados em intervalos especificados e todos os outros graus de liberdade da molcula so relaxados para a minimizao da energia. Desta forma o espao conformacional de molculas com at quatro ngulos com rotao livre pode ser varrido. INSERIR FIG A Os clculos de dinmica molecular simulam o movimento baseado em clculos de energia potencial usando o campo de fora e as equaes de Newton para o movimento, assumindo cada tomo como uma partcula. As equaes do movimento de Newton so usadas para calcular a posio e a velocidade de todos os tomos a cada intervalo de tempo. O mtodo consiste em simular a colocao da molcula em um banho de temperatura e viscosidades definidos. dado um intervalo de tempo em que ocorre a transferncia de calor entre o banho e a molcula (da ordem de 1fs) e um intervalo de tempo em que a molcula equilibra a sua energia (da ordem de 300 fs). O processo repetido o nmero de vezes especificado. A dinmica molecular capaz de ultrapassar pequenas barreiras e portanto mais eficiente na localizao de um mnimo local mais profundo que a minimizao simples. INSERIR FIG C Molculas muito flexveis, com muitas ligaes passveis de giro livre, apresentam uma hipersuperfcie de energia potencial complexa, que pode ter um nmero extraordinrio de mnimos, difceis de serem localizados. A anlise conformacional ao acaso, ou mtodo de Monte Carlo foi idealizada para

este tipo de molcula. Uma estrutura inicial escolhida e variaes ao acaso em certas coordenadas e/ou em certos ngulos diedros so aplicadas, a estrutura minimizada e o resultado comparado com os mnimos achados durante os passos de busca conformacional anteriores. As conformaes so selecionadas considerando critrios geomtricos (comparao das estruturas para excluir as duplicatas) e critrios de energia. A estrutura obtida armazenada como nova ou rejeitada como duplicata e o ciclo repetido. INSERIR FIG B Existem ainda mtodos fsicos para a determinao de conformaes. Para determinao de conformao em soluo o mtodo mais usado a ressonncia magntica nuclear (RMN). A informao detalhada sobre a estrutura da molcula em estado slido obtida por mtodos de cristalografia de raios X. Outros mtodos podem ser teis, fornecendo alguns fragmentos de informao sobre a conformao das molculas e devem ser usados em conjunto com outros mtodos. Informaes completas sobre a conformao de molculas no estado gasoso podem ser obtidas pela difrao eletrnica e pela espectroscopia por microondas. Entretanto as conformaes preferidas das molculas no estado slido e gasoso no so necessariamente as mesmas preferidas em soluo. 3 MTODOS QUANTO-MECNICOS No final do sculo XVII, Isaac Newton descobriu as leis do movimento de objetos macroscpicos, chamadas de Mecnica Clssica. No comeo deste sculo, os fsicos acharam que a mecnica clssica no descrevia corretamente o comportamento de partculas muito pequenas como os eltrons e os ncleos dos tomos e molculas. O comportamento de tais partculas descrito por um conjunto de leis chamadas de Mecnica Quntica. A aplicao da mecnica quntica a problemas de qumica chamada de Qumica Quntica. A mecnica quntica permite o clculo da energia de tomos e molculas e portanto forma a base de sistemas de modelagem qumica. Para descrever o estado de um sistema, em mecnica quntica, foi postulada a existncia de uma funo de coordenadas chamada funo de onda ou funo de estado , que a soluo da equao de Schrdinger :

$ H = E
Iniciando com uma geometria nuclear, com os clculos de mecnica quntica a equao de Schrdinger solucionada. So obtidas a energia da molculae a funo de onda associada, para este arranjo de eltrons e ncleos. A funo de onda contm todas informaes sobre a molcula, porque a partir dela podem ser calculadas todas propriedades eletrnicas da molcula. A energia da estrutura, calculada quantomecanicamente, pode ser usada na anlise conformacional da mesma forma que a energia da mecnica molecular usada. Os mtodos ab initio so aqueles em que se resolve com maior aproximao a equao de Schrdinger. O mtodo do campo auto-consistente (SCF) de Hartree-Fock o mtodo mais importante de resoluo da equao de Schrdinger, particularmente em conjunto com a expano dos orbitais espaciais, como no esquema SCF de Roothaan. O esforo computacional para este clculo proporcional 4a potncia do nmero de eltrons (FRHBEIS et al., 1987). Este representa o menor nvel na qual as interaes eletrnicas podem ser descritas completamente. Clculos mais precisos podem ser feitos usando tratamentos ps-Hartree-Fock, como os mtodos de interao de configurao (CI) e mtodos baseados na teoria da perturbao. O esforo computacional a para estes mtodos proporcional 5 potncia do nmero de eltrons. Os mtodos semi-empricos usam um Hamiltoniano mais simples que o Hamiltoniano molecular correto e parmetros cujos valores so ajustados para reproduzir propriedades moleculares obtidas por dados experimentais ou calculadas por mtodos ab initio. Em consequncia, o esforo computacional a proporcional 3 potncia do nmero de eltrons. Devido s dificuldades encontradas na aplicao de mtodos ab initio para molculas mdias e grandes, vrios mtodos semi-empricos foram desenvolvidos. Os mtodos semi-empricos so rpidos e precisos o suficiente para permitir aplicaes rotineiras em sistemas moleculares maiores. O objetivo fundamental dos mtodos semi-empricos o desenvolvimento de um tratamento quantitativo de propriedades moleculares com preciso, confiabilidade e custo computacional suficiente para ser de valor prtico em qumica. Alguns mtodos semi-empricos usados atualmente so o MINDO/3, o MNDO, o AM1 e o PM3, que esto contidos no pacote MOPAC, fornecido pelo grupo QCPE (Quantum Chemical Program Exchange) da Universidade de Indiana. 4 ISOMERIA CONFORMACIONAL

Isomerismo conformacional definido como o arranjo espacial no idntico de tomos numa molcula resultante da rotao em torno de uma ou mais ligaes simples. Conformaes diferentes resultam apenas de rotaes em torno de tomos tendo pelo menos um outro substituinte. Foi observado que valores termodinmicos determinados experimentalmente para o etano diferiam de valores calculados. A nica explicao uma barreira para a rotao em torno da ligao C-C. Esta barreira, de 2,8 kcal/mol, devida diminuio da distncia entre os tomos de H de carbonos adjacentes quando a ligao C-C rodada. A conformao eclipsada aquela em que os tomos de H esto mais prximos e, portanto, a conformao menos estvel. A conformao alternada aquela em que os H esto mais distanciados e, portanto, a conformao mais estvel. Entre estas duas conformaes existe um nmero infinito de conformaes de estabilidade intermediria.

H H H H H H 2,8 kcal/mol H H

H H

H H

Para o butano temos as conformaes mostradas na figura seguinte:

CH 3 CH3 H H H H H H

CH 3 CH3 H H H H

CH 3 H H H CH3 H

CH 3 H H CH 3

Molculas cclicas tambm apresentam isomeria conformacional. O anel ciclopropano planar. Os anis ciclobutano e ciclopentano desviam um pouco da planaridade. As principais conformaes do ciclo pentano so envelope e meia-cadeira. J o cicloexano pode existir em duas conformaes em que cada o carbono tem ligaes tetradricas com ngulos de 109 28', cadeira e barco e uma outra conformao, o barco torcido. A conformao em cadeira de 6,9 kcal/mol mais estvel que a em bote, porque na ltima os hidrognios esto em posio eclipsada e dois deles esto apontados um para o outro, com interao de van der Waals repulsiva. A conformao em barco torcido minimiza estas interaes e apenas 5,3 kcal/mol menos estvel que a conformao em cadeira. temperatura ambiente o anel cicloexano prefere a conformao em cadeira em relao ao bote torcido em uma proporo de 1000:1.

ciclopropano

ciclobutano

ciclopentano

6,9 kcal/mol

5,3 kcal/mol

cicloexano bote

cicloexano cadeira

cicloexano bote torcido

O conhecimento que os stios ativos de enzimas e certos stios receptores so estereosseletivos e estreo-especficos justifica o estudo das conformaes das molculas de frmacos que podem interagir com estes stios. A interao da molcula do frmaco com o receptor leva a uma mudana conformacional que ultimamente observada como a resposta farmacolgica. Um stio receptor pode ligar-se a apenas uma das vrias conformaes de uma molcula flexvel. Esta conformao farmacofrica tem o arranjo espacial correto de todos os grupos ligantes da molcula do frmaco para o alinhamento com os stios de

ligao do receptor. Aquelas molculas que podem adotar uma conformao que capaz de se ligar ao receptor podem agir como agonistas ou como antagonistas. Os antagonistas ligam-se ao receptor mas no so capazes de promover a resposta biolgica.

ANLISE CONFORMACIONAL DA ACETILCOLINA


1 DEFINIO DOS NGULOS DIEDRO

-30
8

0 SP

30 SC 90 AC

O
2 1 3 4

-SC
O 1 2 3
5

N+
6 7 10

-90 -AC AP -150 180 150

0- (C1-C2-O3-C4)

1- (C2-O3-C4-C5) 2- (O3-C4-C5-N6)

3- (C4-C5-N6-C7)

2 ANLISE CONFORMACIONAL
A acetilcolina (Ach) uma molcula flexvel com 4 ngulos diedro (0, 1, 2 e 3) passveis de giro livre. Entretanto so ngulos 1 e 2 que determinam as principais mudanas conformacionais na molcula. O ngulo 2 vai ser rodado com incrementos de 100 usando a opo dihedral driver do programa PCMODEL. No dihedral driver um ou dois ngulos diedro so marcados e ento, rodados com passos do valor determinado. A cada rotao todos os ngulos marcados so mantidos fixos e todos os outros graus de liberdade da molcula so deixados livres para que a geometria da molcula seja otimizada. As geometrias encontradas so armazenadas em um arquivo de mltiplas estruturas. Com os dados obtidos (ngulos torsionais e energia estrica) traada a superfcie de energia potencial (SEP). Atravs da anlise da SEP so identificadas as geometrias em mnimos de energia (cada geometria corresponde a um ngulo torsional 2). As geometrias em mnimo de energia sero localizadas no arquivo de mltiplas estruturas gerado pelo dihedral driver e sero tomadas como ponto de partida para minimizao completa e obteno dos confrmeros da acetilcolina. Estes confrmeros sero analisados (distncias e ngulos diedros sero medidos) para que os dados obtidos nesta anlise conformacional possam ser comparados com dados da literatura. Os ngulos 0, 1 e 3 vo ser deixados, inicialmente nos seus valores mais provveis, de acordo com o descrito na literatura e baseado em premissas estricas: 0=1800, devido ao carter parcial de dupla da ligao C2-O3 e 1 e 3=1800 correspondendo a uma cadeia distendida. 3 TCNICA PARA ROTAO COM O DIHEDRAL DRIVER

1) Abrir o programa PCMODEL. 2) Repetir os passos do roteiro anterior para o desenho da acetilcolina ou desenh-la de outra maneira. 3) Selecionar a opo SEL-ATM da barra TOOLS e selecionar os tomos C1, C2, O3 e C4 (0). Selecionar a opo 4) 5)
ROT-B da barra TOOLS. Aparece uma caixa de dilogo com o valor atual do ngulo 0. Movimentar a barra de rolagem at um valor prximo a 180o ou 180o. Repetir a operao para 1, 2 e 3. Na barra de ferramentas de desenho (TOOLS) selecionar a opo SEL-ATM e selecionar os tomos O3, C4, C5 e N6 (que formam 2). No menu ANALYSE selecionar DIHEDRAL DRIVER. Aparece uma caixa de dilogo que informa o valor, em graus, do ngulo diedro atual (current angle). Entrar com os dados pedidos para este ngulo:

ngulo inicial (start angle): X (X o valor inteiro, mltiplo de 5, mais prximo ao ngulo inicial) ngulo final (final angle): X + 350 (de forma que seja feito um giro completo de 3600 em torno da ligao C4-C5). Passo (step): 10 e selecionar OK. 6) Vai aparecer uma caixa de dilogo na qual se deve atribuir um nome ao arquivo em que o resultado do dihedral driver ser gravado. (Nome: ACHDDxx.PCM). Selecionar OK. O clculo se inicia.

7) Ao final do clculo aparece uma janela com resultado grfico do dihedral driver (DIHEDRAL MAP). Este mapa de 8) 9)
contornos refere-se superfcie de energia potencial (PES) que relaciona a geometria definida pelo ngulo 2 e a energia estrica em kcal/mol. No clculo sero obtidos 36 valores de energia correspondentes. Selecionar a opo PRINT para imprimir a PES. Localizar na PES os pontos em mnimo de energia e preencher a tabela 1 com os valores de 2 e EE encontrados em pontos de mnimo de energia na superfcie de energia potencial.

Tabela 1- Dados das conformaes em mnimo de energia da Ach Conformao ngulo 2 A B C

classificao da geometria (O3 e N6)

10) Localizar os pontos em mximo de energia e preencher tabela 2.


Tabela 2- Dados das conformaes em mximo de energia da Ach Conformao 1 2 3 ngulo 2 EE kcal/mol classificao da geometria (O3 e N6)

11) Classificar as conformaes como sendo sinperiplanar (SP), sinclinal (SC), anticlinal (AC) e antiperiplanar (AP),
colocando os resultados nas Tabelas 1 e 2.

4 OBTENO DAS CONFORMAES EM MNIMOS DE ENERGIA E MEDIDAS DE DISTNCIAS ENTRE TOMOS, NGULOS E NGULOS DIEDRO:

1) Para colocar na tela as conformaes de menor energia deve-se procur-las no arquivo em que elas foram guardadas A- Selecionar OPEN no menu FILE. B- Selecionar na caixa de dilogo o arquivo ACHDDxx.PCM, que contm o resultado do dihedral driver. C- Aparece uma caixa de dilogo denominada STRUCTURE LIST, onde esto listadas todas conformaes (#dihd 0 a
#dihd 35) com os respectivos valores de EE. Para a molcula que est sendo estudada podemos escrever o seguinte quadro: #dihd #dihd 0 #dihd 1 #dihd 2 #dihd 3 . . #dihd 35 EE 6,848 6,878 8,548 . . . . 2 X X+10 X+20 X+30 . . X+350 durante o dihedral driver:

D- Selecionar a conformao desejada e OK. (para se localizar um mnimo basta comparar as energias estricas de
correspondentes a cada ngulo torsional- ela deve ser inferior s energia estricas das conformaes anterior e posterior). Aparece na tela a conformao selecionada. E- Desmarcar os tomos do dihedral driver usando a opo RESET do menu MARK. F- Fazer a minimizao da estrutura usando a opo MINIMIZE do menu ANALYSE .

2) Fazer as medidas selecionando a opo QUERY no menu TOLLS e, em seguida, 2, 3 ou 4 tomos (2 para medir
distncia, 3 para medir ngulo e 4 para medir um diedro) e um ponto vazio na tela. A medida aparece na tela.

3) Com os dados obtidos de cada um dos mnimos preencher a tabela 3:


Tabela 3: Dados dos confrmeros de menor energia da Ach.

Conformao A B C

#dihd

O3-N6 (A)

CH3-N6(A)

N6-O8(A)

EE

4) Desenhar as projees de Newman para 2 para os pontos em mnimo de energia:

mnimo A 2 =

mnimo B 2 =

mnimo C 2 =

5) Na estrutura cristalina da ACh a distncia encontrada foi de 3,26 A (CANEPA et al., 1966). A distncia encontrada 6) 7) 8)
usando o mtodo semi-emprico PCILO foi de 3,02 A (PULLMAN et al., 1971). O resultado aqui obtido est de acordo com o previsto? Comente. A distncia relatada como ideal entre O3 e N6 para frmacos com atividade muscarnica de 4,4 A (BEERS, 1970). Esta distncia foi obtida por medida em modelos dreiding. Explique porque eles acharam um resultado to diferente dos citados na questo 5. Segundo CHOTIA et al.(1970) a ACh interage com os receptores muscarnicos numa conformao em que 2 sinclinal. Atravs da anlise conformacional realizada aqui, voc acha que esta uma conformao energeticamente favorvel? Discuta. Atravs de estudos de RMN, PARTINGTON et al. (1972) concluram que, em soluo aquosa, a Ach est 100% na conformao em que 2 sinclinal. Esta tambm a conformao encontrada na estrutura cristalina (CANEPA et al., 1966). Comentar.

5 ANLISE CONFORMACIONAL DA MUSCARINA E DA NICOTINA POR BUSCA SISTEMTICA

HO
4 5 3 2

H3C
7

O
1

+ N(CH3)3
6 8

1) 2) 3) 4) 5) 6) 7) 8) 9) 10) 11)

No menu TOOLS selecionar RINGS. Na janela do RINGS selecionar C5. No menu EDIT selecionar TUBULAR BONDS. Girar a molcula at ficar em posio semelhante a do desenho acima. No menu TOOLS selecionar DELETE e selecionar os dois tomos de hidrognio ligados ao carbono da frente (C1). No menu TOOLS selecionar PT (tabela peridica). Na janela da tabela peridica selecionar O (oxignio) e selecionar o carbono (C1) de cujos hidrognios foram deletados (ele se transforma em O1). Selecionar o 4-hidrognio (ele se transforma em O). No menu TOOLS selecionar BUILD e selecionar o 5-hidrognio (ele se transforma em metila). Selecionar o 2-hidrognio (ele se transforma em metila). Selecionar um dos hidrognios do grupo 6-metila (ele se transforma em metila). No menu TOOLS selecionar PT (tabela peridica). Na janela da tabela peridica selecionar N+ (nitrognio quaternrio) e selecionar o carbono (C8) de (ele se transforma em N8).

12) No menu TOOLS selecionar BUILD e selecionar cada um dos trs hidrognios do N8 (eles se transformam em metilas). 13) No menu EDIT selecionar MINIMIZE. 14) No menu FILE selecione SAVE. 15) Na caixa de dilogo d um nome ao arquivo (sem extenso, a extenso colocada pelo prprio programa de acordo com o tipo de arquivo que vai ser salvo, por exemplo para arquivos do tipo pcmodel o programa coloca a extenso .pcm). Selecionar SALVAR. 16) No menu TOOLS selecione SEL-ATM e selecione os tomos O1, C2, C6 e N8, nesta ordem. 17) Selecione no menu ANALYSE a opo DIHEDRAL DRIVER. 18) Na caixa de dilogo do DIHEDRAL DRIVER escreva o ngulo inicial (o mltiplo de 5 mais prximo do ngulo corrente), o ngulo final (ngulo inicial + 350) e o passo (10). Selecionar OK. Aparece uma caixa de dilogo aonde se deve atribuir um nome ao arquivo na qual sero gravados os resultados do dihedral driver. Este nome deve ser diferente do nome inicial da molcula. Selecione SALVAR. O clculo se inicia. 19) Aparece uma tela com o plot (grfico), que a superfcie de energia potencial que relaciona a EE com o ngulo 1 [O1,C2,C6,N8]. Anotar os ngulos 1 das conformaes de menor energia. Fechar a janela do plot. 20) No menu FILE selecionar OPEN. Na caixa de dilogo selecionar a primeira conformao em mnimo de energia. 21) No menu MARK selecionar RESET. Na caixa de dilogo selecionar DIHEDRAL DRIVER e OK. Desaparecem as marcaes do dihedral driver. 22) No menu ANALYSE selecionar MINIMIZE. 23) No menu TOOLS selecionar QUERY. Selecionar, na ordem, os tomos O1, C2, C6, N8 e um ponto na tela. Aparece o valor do ngulo diedro 1. Selecionar O1, N8 e um ponto na tela. Aparece a distncia O1-N8. Selecionar N8, C7 e um ponto na tela. Aparece a distncia N8-C7. Anotar na tabela. 24) Repetir as operaes 20 a 23 para as outras conformaes de menor energia. 25) Desenhar cada uma das conformaes em cavalete e em projeo de Newman. TABELA 4 Dados dos confrmeros de menor energia da muscarina (dados obtidos aps a minimizao das conformaes encontradas no dihedral driver) Conformao #dihd 1 O1-N8 C7-N8 EE

*Dados aps a minimizao Comparar os dados obtidos para a muscarina e com os obtidos para a Ach. Discutir sobre as propostas de receptores muscarnicos da literatura em comparao com os dados obtidos neste estudo.