FITOPAC 1

MANUAL DE USUÁRIO

1995.

G. J. Shepherd
Depto. de Botânica IB da UNICAMP CxP 6109 CAMPINAS 13081 SP - Brasil

AVISO IMPORTANTE

Embora tentou-se evitar possíveis erros e "bugs" nos programas, testando com conjuntos de dados e contra outros programas, é quase uma certeza que ainda existem alguns. Se você encontra erros, ou tem sugestões para melhorar os programas, mande uma carta ao autor, explicando sua sugestão ou descrevendo em que circunstâncias o erro ocorreu. No caso de erros, ajuda achar o problema se você pode incluir uma cópia dos dados que provocaram o erro, junto com uma descrição da análise sendo realizada. Estes sugestões e avisos de erros serão utilizados par melhorar e corrigir a próxima versão do programa.

INTRODUÇÃO

O que é FITOPAC ?
FITOPAC é um conjunto de programas para análises fitossociológicas que permite calcular parâmetros fitossociológicos e analisar dados de levantamentos de vegetação de diversas maneiras. Alguns programas também podem ser úteis para análises de outros tipos de dados, particularmente em taxonomia. Embora existam, no exterior, vários “pacotes” de programas para análise de dados ecológicos, estes freqüentemente não são bem adaptados aos tipos de dados normalmente coletados aqui no Brasil, especialmente em vegetação lenhosa de florestas e cerrados, ou são difíceis de usar, especialmente por pessoas que não tem muita experiência no uso de computadores. O objetivo do atual “pacote” é de fornecer os programas necessários para análises de dados obtidos em vegetação típico do Brasil, e de permitir seu uso sem exigir grande conhecimento de computação, embora um certo mínimo evidentemente é necessário. Os programas foram montados para utilizar microcomputadores do tipo IBM-PC compatíveis. Embora isso limita, um pouco, o tamanho de levantamento que pode ser analisado, tem a vantagem de facilitar acesso aos programas pois não necessita de computador de grande porte. De qualquer maneira, os limites para esta versão (10.000 indivíduos, 1000 amostras e 1000 espécies para cálculo de parâmetros fitossociológicos e 400 parcelas e 250 espécies para matrizes de parcela x espécie) devem acomodar a maioria de levantamentos atualmente realizados, e são comparáveis com os limites impostos por outros programas para microcomputadores. Em geral, pretende-se que estes programas sejam utilizados para análise de vegetação lenhosa, embora seja possível utilizar alguns programas para análise de outros tipos de dados.

O que tem no FITOPAC ?
A versão 1 do FITOPAC contem os seguintes programas : PREPARE - este programa é utilizado na preparação de dados para FITOPAC, oferecendo facilidades para verificação dos dados de campo, e formatando o arquivo de dados para uso com os outros programas. CADERNO - fornece listagens dos dados de campo, podendo ordenar os dados em diversas maneiras. PARAMS - calcula parâmetros fitossociológicos para um levantamento usando amostragem por parcelas ou quadrantes. Inclui índices de diversidade, além dos parâmetros normais empregados em fitossociologia (por ex. Densidade Relativa, Dominância Relativa, IVI, IVC, etc.). Também fornece alguns gráficos simples. CRIAMAT - este programa prepare matrizes de parcelas x espécies a partir de um arquivo de dados de campo. Estas matrizes são usadas para outras análises (PCA, análise de aglomerados, etc.). O programa tem facilidades para manipulação das matrizes (transformações, remoção de espécies raras, etc.). Permite, também a entrada de matrizes em forma de arquivos ASCII MATRIZ - para manipulação e “tradução” de matrizes de dados em diferentes formatos, permitindo importação ou exportação de dados para outros programas e pacotes. COEF - calcula uma variedade de coeficientes de similaridade e distâncias (distância euclidiana, Bray_Curtis, “Canberra”, etc.), usados para análise de agrupamentos (“Cluster Analysis”). CLUSTER - para Análise de Agrupamentos (“Cluster Analysis”), incluindo diversos tipos de agrupamento (vizinho mais próximo, média de grupo, etc.). ORD - para diversos tipos de ordenação, incluindo Análise de Componentes Principais (PCA), Análise de Coordenadas Principais (PCO) e Análise de Correspondências (CA - também conhecida como Análise de Médias Recíprocas - RA). Estas análises são amplamente utilizadas em estudos de vegetação. Os últimos três programas também são de interesse para pessoas usando técnicas de taxonomia numérica com dados taxonômicos.

Histórico
O desenvolvimento do FITOPAC começou com a expansão de estudos fitossociológicos no Departamento de Botânica da UNICAMP. Diversos pessoas sofreram com o processo de calcular parâmetros fitossociológicos, as vezes passando vários dias fazendo os cálculos, errando, e repetindo tudo de novo, tudo na base de calculadoras simples. Decidi, então, escrever um programa básico para fazer estes cálculos no computador central da 3

e que acabou sendo bastante utilizado na UNICAMP e em diversos outros locais. embora sem dúvida ainda restam alguns ! Em geral. 1995. e que o manual seja um pouco mais útil. a primeira “oficial” do FITOPAC. Este programa ficou cada vez mais procurado com o aumento em levantamentos em cerrados e matas. facilitando o acesso. um manual totalmente deficiente e diversos “bugs” horrorosos ! Com a atual versão. UNICAMP. O resultado foi a “versão preliminar” do FITOPAC que foi liberada em 1988. Departamento de Botânica.FITOPAC 1 universidade. Para citar as diferentes versões. apesar de um interface de usuário totalmente incoerente (com alguns programas em FORTRAN e outros em Turbo Pascal). UNICAMP. a atual deve ser citado como :Shepherd. Manual de usuário. e ao mesmo tempo. FITOPAC 1. espero que finalmente o interface com o usuário esteja um pouco mais coerente. G.J. decidi transferir os programas para uso em micros. 4 . acredito que as análises oferecidas agora são mais diversas e produzem informações mais completas e úteis para o usuário. utilizando FORTRAN como linguagem de programação. e a versão anterior como :Shepherd. 1988. FITOPAC . Com a introdução de microcomputadores.J. mas o processo de utilização foi muito difícil pois tínhamos somente um velho terminal que usava papel e que servia o Instituto de Biologia inteiro. G. naquela época um PDP-10. e que os piores “bugs” foram exterminados.versão preliminar. Departamento de Botânica. expandir os programas para fazer outros tipos de análises.

Os disquetes não são protegidos e podem ser copiados usando “DISKCOPY”. sugiro que você cria um subdirectório (por ex. mas é altamente recomendável. 2. Dois drives tipo “floppy” ou um “floppy” e um disco rígido (Winchester). 640 Kbytes de memória. Este último é muito mais rápido e quase essencial para levantamentos mais extensas . Instalação no micro. Este coprocessador aumenta em três vezes ou mais a velocidade de processamento de dados numéricos. Os programas foram compilados usando uma opção para “emular” um coprocessador e podem correr em micros com ou sem o coprocessador. Um coprocessador numérico 8087 não é essencial. caso haja algum “acidente” com sua cópia de trabalho (alguém derramou café nos disquetes. então. precisa também instalar o sistema operacional (formata os disquetes com opção “/S” ou use o comando “SYS” . os programas estão configuradas para usar memória cheia. A primeira coisa que você deve fazer é copiar os disquetes para produzir uma cópia de trabalho. pode. Os programas são distribuídos em disquetes. “COPY” ou qualquer copiadora de disquetes. e é particularmente útil se você pretende fazer muitas análises de dados numéricos. Um microcomputador do tipo IBM-PC compatível. especialmente com PCA. Se você quer dar um “boot” a partir destes disquetes. 8000 indivíduos não cabem num disquete de 360 Kbytes ! 4. Se você usa o comando PATH \FITOPAC. 3.). ser guardados num lugar seguro. (os programas não rodam em micro tipo “Apple” ou CP/M !). \FITOPAC) e copia todos os programas para este subdirectório. Estas análises vão demorar muito se sua matriz é grande e não tiver um coprocessador.arquivos com mais que aprox. Os originais podem. etc. Se você tem um disco rígido. No momento. então. \DADOS). 5 .INSTALAÇÃO Equipamento necessário 1. servindo de reserva.repare que os disquetes vem sem sistema operacional). utilizar os programas a partir de qualquer outro subdirectório no disco rígido (por ex. etc.

é melhor utilizar um disquete para cada levantamento. Note-se que alguns processadores de texto como “Redator” v 1.PREPARANDO DADOS PARA FITOPAC Passos necessários para análises usando FITOPAC 1) Preparação dos dados: essencialmente a preparação dos dados de campo num formato apropriado para o programa. análise de agrupamentos. O primeiro arquivo contém os nomes das famílias e das espécies. Qualquer editor capaz de produzir arquivos ASCII pode ser utilizado . etc. É possível. Se você está com dúvidas se o seu editor funcionará. preferivelmente vazio. e incluem uma série de códigos para a impressora.). utilizar planilhas como Lotus 123. prontos para serem gravados num disquete usando um editor de texto. Considerações Gerais. Estes arquivos serão utilizados pelo programa “PREPARE” para produzir um novo arquivo contendo os dados no formato específico necessário para os outros programas do FITOPAC. desde que haja facilidades para produzir arquivos ASCII (a maioria tem) e uma capacidade suficiente para seus dados (um levantamento grande pode ocupar 5000 linhas ou mais) b)A segunda coisa que você precisa é um disquete formatado. No caso de levantamentos muito extensos. e o segundo tem os dados numéricos do levantamento. sugere-se a criação de um subdirectório específico para os dados. FITOPAC utiliza dois arquivos ASCII como ponto de partida. Embora seus dados possam ocupar somente uma parte pequena do disquete. você precisa de um editor de texto para entrada dos dados . pois não produz somente caracteres ASCII. usando o editor de texto. usando programa CRIAMAT. Se você está utilizando um micro com disco rígido (Winchester). gravação e verificação dos dados num disquete. porque não produzem arquivos ASCII. 2) Entrada. d)Os dados de campo formam o último item necessário para iniciar o trabalho de entrada de dados. Entrando os dados 1. isso indica que o editor não pode ser usado. MS-Word(arquivo não formatado) e o Norton Editor. etc. Se aparecem na tela uma série de caracteres estranhos misturados com o texto. também. 6 . Wordstar(em modo não-documento). 5) Preparação de uma matriz de dados a partir do arquivo FPD para outras análises (PCA. particularmente se você pretende executar análises mais complexas. usando programa PREPARE. Estes arquivos são preparados usando o editor de texto. tente mostrar um arquivo produzido pelo editor usando o comando DOS “TYPE”.por exemplo. c)A terceira necessidade é uma lista das famílias e espécies incluídas no levantamento.1 (até revisão r02) não podem ser usados. deixando bastante espaço para arquivos que serão criados durante as análises posteriores. e contêm os dados de campo do seu levantamento. etc. O que você precisa ? a) Em primeiro lugar.) usando o arquivo FITOPAC e os programas apropriados (PARAMS. 3) Transformação dos dados em arquivo FPD.FITOPAC (ainda) não tem facilidades para entrada direta dos seus dados. etc. você pode precisar de mais que um disquete. no meio do texto. 4) Análises básicas (parâmetros fitossociológicos.).

um possível nome para os seus arquivos seria “SAOJOSE” (note-se que acentos e símbolos especiais normalmente não são permitidos em nomes de arquivos). mas é evidente que este procedimento não é muito recomendável. Após a última espécie. pois isso pode criar problemas quando os programas procurem arquivos no disco. deve ter um nome por linha. Será necessário. desde que o número da família e espécie corresponda ao que você usou no resto dos dados. No caso de espécies desconhecidas. caso você não queira incluí-las nas análises. se não mais freqüentemente. Em alguns programas existe a opção de excluir espécies.DAD” para os dois arquivos básicos. É particularmente importante evitar o uso das extensões reservadas pelo FITOPAC. Uso de extensões e nomes de arquivos. em primeiro lugar. etc. “. Se você não entende o uso de extensões. mas não é essencial. E uma falsa economia pensar que não vale a pena comprar um outro disquete . mas o uso da ordem numérica facilita o processo de verificação dos nomes e ajuda a evitar a utilização do mesmo número para dois nomes. Em seguida. Myrtaceae 1. esta técnica pode criar problemas. e um nome do tipo “desconhecida 1”. Em geral. procure no manual do “DOS” ou qualquer livro que explica como usar um micro. No nosso exemplo.Myrcia sp20. você precisa dar um número para cada família e um número para cada espécie.. se você tem um levantamento realizado em São José dos Campos.2. Nomes mais compridos podem ser entrados.DAD” para o arquivo de dados numéricos. pois os parâmetros calculados para famílias não estarão corretos. 2. Em geral. você deve bater uma linha contendo somente “999” para indicar o fim das famílias. no máximo. é necessário somente dar um número e um nome temporário para cada um (por ex.. O primeiro arquivo a ser preparado deve ser o arquivo de nomes. Myrtaceae 2. e depois o nome da família. Este arquivo contém. Neste caso. Os nomes das famílias são batidos um por linha. Em levantamentos onde há muitas espécies desconhecidas.não é nada agradável gastar vários dias batendo um conjunto de dados e depois descobrir que vai ter que repetir tudo porque alguém derrubou uma xícara de café em cima do seu disquete ! Mantenha cópias de segurança. dando a extensão “. começando com o número da espécie. Como exemplo. você pode tentar dividir as desconhecidas em mais que uma família. use o mesmo nome para os arquivos de nomes e dados. O Arquivo de Nomes. Os nomes devem ter.Utilizando FITOPAC Antes de começar batendo os dados.podem ser batidos em qualquer ordem. começando com o número da família. Nomes para “mortas” e desconhecidos. além de periodicamente “salvar” seus dados enquanto está usando o editor de texto. Myrcia sp1. É melhor usar um nome descritivo para os arquivos. O formato do arquivo de nomes deve ficar semelhante àquele da fig. o número da família. e uma família “mortas” também. você pode colocar uma linha com “999”. onde há indivíduos mortos. criar uma “família”.NMS” para o arquivo de nomes. e cuide de manté-las atualizadas. cada uma com um número de espécie e o número da família a qual pertence. 7 . São estes números que serão utilizados pelos programas para ligar as epécies às famílias e os dados numéricos com as respectivas espécies.FPM” para matrizes de espécies x amostra.FPD” para arquivos de dados de levantamentos e “.). Indivíduos mortos ou desconhecidos podem ser incluídos mas é necessário tomar alguns cuidados com os nomes usados. um espaço. no fim de cada dia. 3. e a extensão “. vem a lista das espécies. especialmente em análises mais complexas onde numerosos arquivos podem ser gerados.NMS” e “SAOJOSE. De novo. 1. Embora os nomes e extensões sugeridos aqui não sejam obrigatórios. O FITOPAC utiliza duas extensões próprias. se quiser. e as regras para nomes de arquivos. uma lista das famílias das espécies incluídas no levantamento. Sugere-se o uso de algumas extensões padrões para os arquivos usados com FITOPAC. E extremamente importante FAZER COPIA DE SEGURANÇA (backup) dos dados num segundo disquete ! Normalmente você deve copiar todos seus arquivos de trabalho. seu uso facilitará a manipulação de arquivos posteriormente. mas serão truncados pelo programa. “Desconhecida” para acomodar estas espécies. deve ser dado um número para cada morfoespécie. Serão tratadas como espécie e família normal no processamento. embora o limite máximo de 8 caracteres para nomes de arquivos em DOS as vezes seja um pouco limitante. Onde a família ou gênero da espécie já é conhecido. isso daria “SAOJOSE. mais um espaço e finalmente o nome da espécie. ou outras matrizes. no mínimo. também. 35 caracteres. um espaço. Não é necessário que os nomes sejam entrados seguindo ordem numérica . e seria melhor tentar melhorar as identificações do seu material antes de tentar analisar os dados. Após a última família. você pode criar uma espécie “mortas” com número e tudo.

FITOPAC 1

4. O arquivo de Dados.
O arquivo de dados contém todos os dados numéricos, isto é, as medições feitas para cada indivíduo que entrou no levantamento. O formato exato dos dados depende do tipo de levantamento, mas essencialmente segue o padrão usado para anotar os dados no campo. No momento, o limite de comprimento para cada linha no arquivo de dados é de 255 caracteres. Em geral, o formato dos dados é “livre” - não há necessidade de manter os números alinhados em colunas, e desde que você bate pelo menos um espaço entre números, espaços a mais não atrapalham. Números inteiros não precisam ter um ponto decimal e “0”. Se for utilizada a opção de “correção automática” no programa “PREPARE”, você pode usar uma virgula em vez de ponto decimal, mas neste caso, qualquer virgula encontrada no arquivo de dados será tratado como um ponto decimal. O uso do teclado numérico do micro facilita a entrada de dados numéricos e ajuda reduzir erros. Para usar o teclado numérico, você precisa apertar a tecla “Num Lock” - deve acender uma luzinha indicando que o “num lock” está ligado - e começar digitando os números. Note, porém que você não pode usar “PgUp”, “Del”, “Ins”, setas, etc. quando “NumLock” está ligado. Medidas de perímetro ou diâmetro podem ser usadas e estes podem ser em centímetros ou metros, mas não se pode misturar tipos de medições ou unidades no mesmo levantamento - por exemplo, tem que ser usado perímetro em metros para todos os indivíduos de um levantamento. No caso de diâmetros/perímetros múltiplos (vários ramos no mesmo indivíduo), devem ser batidos os valores individuais separados por um “+”, e o programa “PREPARE” calculará um diâmetro/perímetro equivalente. Por exemplo, no caso de ter um indivíduo com três ramos, com perímetros de 12, 14 e 20 centímetros, você bate 12+14 + 20 (note-se que pode ter ou não ter espaços entre os números - são opcionais). Alturas normalmente devem ser expressas em metros. No caso de não ter medidas de alturas, pode omitir este dado (no programa “PREPARE”, há uma opção para dados sem alturas). Para os diferentes métodos de levantamento tem formatos de dados diferentes, geralmente correspondendo aproximadamente ao formato dos dados obtidos no campo. No momento, os tipos de levantamento que o pacote pode analisar são os seguintes :Levantamentos usando parcelas: Na primeira linha do arquivo vem o número da primeira parcela. Os “números” de parcelas podem conter letras e outros códigos, até um total de 35 caracteres, mas não podem ter um espaço em branco* . Por exemplo “1A”, “201”, “22.01”, “1/55a” e “parcela_30” são todos aceitáveis como “número” de parcela. Depois, vêm os dados para os indivíduos da parcela, um indivíduo por linha, na seguinte ordem : no. do indivíduo (opcional - se você não quer incluir, os programas criam uma numeração própria), perímetro/diâmetro (em cm. ou metros), altura (opcional) e número da espécie (obrigatório). Em casos onde foram medidas as posições espaciais dos indivíduos, os coordenadas X e Y de cada indivíduo podem ser incluídas, depois do número da espécie. Após o último indivíduo da parcela, na linha seguinte, vem o número da próxima parcela, e em seguida, os dados dos indivíduos. Este processo continua até a inclusão dos dados do último indivíduo. Não é necessário incluir qualquer sinal especial para indicar o fim dos dados. A ordem de entrada das parcelas não é fixa, podendo ser até aleatória, desde que todos os indivíduos de uma parcela estejam juntos. Se você pretende analisar subconjuntos ou blocos de parcelas dentro de um levantamento, a inclusão das parcelas em grupos que correspondem aos blocos a serem analisadas vai facilitar a análise, embora isso não seja obrigatório. Fig. 1.3 mostra o formato esperado para dados deste tipo. Levantamentos usando o método de quadrantes : O formato neste caso é mais simples, tendo uma linha para cada indivíduo, com os seguintes dados - no. de ponto, no. de indivíduo (opcional), distância do ponto (obrigatório), perímetro/diâmetro, altura (opcional) e número da espécie (obrigatório). Se você não quer entrar um número de indivíduo, os programas criam uma numeração própria. Os pontos podem entrar em qualquer ordem, mas para facilitar análises de subconjuntos ou blocos de pontos, é melhor entrar os pontos em blocos que correspondem aos blocos a serem analisados. Coordenadas X e Y podem ser incluídas após o número da espécie. Fig. 1.4 mostra o formato esperado para dados deste tipo.

C. Um exemplo
Para ilustrar o uso do FITOPAC, podemos tomar um exemplo (imaginário) que mostra os passos básicos. Fizemos um levantamento dentro de uma área de mata na região de São José dos Campos, instalando 100 parcelas espalhadas ao acaso ao longo de um gradiente altitudinal. Estamos interessados inicialmente em ter uma idéia geral da
* A versão preliminar de FITOPAC permitia espaços aqui. Se você realmente insiste, pode colocar espaços, desde que haja um “t” (ou “T”) no final da última linha da parcela anterior (fig. 1.5). Repare que isso não é possível na primeira parcela!

8

Utilizando FITOPAC composição da mata como um todo, mas também gostaríamos de investigar o efeito do gradiente altitudinal sobre a composição da vegetação. Temos todos as medidas de campo, e a identificação das espécies essencialmente está completa, restando somente 3 ou quatro espécies desconhecidas. Em primeiro lugar, preparamos a lista de famílias e espécies encontrados no levantamento, dando um número para cada família e cada espécie. Uma família “Desconhecida” e espécies “desconhecida 1” a “desconhecida 4” são criadas para acomodar as espécies não identificadas. O número de espécie apropriado é anexado aos dados para cada indivíduo, nos dados de campo, e cuidadosamente verificado antes de começar trabalhando com o computador. Em seguida, escolhe-se um nome apropriado para nossos arquivos. Como nosso levantamento foi feito em São José dos Campos, vamos usar SAOJOSE para o nome dos arquivos, e começamos criando os arquivos SAOJOSE.NMS e SAOJOSE.DAD, utilizando um editor de texto. Entramos os nomes e dados nos dois arquivos seguindo o formato descrito acima. Neste ponto, é interessante imprimir uma listagem dos dois arquivos, para verificar os dados antes de qualquer processamento. Se possível, é mais fácil trabalhar com duas pessoas, uma “cantando” os dados e a outra verificando na listagem. Embora chato, este passo é muito importante, pois a integridade e confiabilidade das análises posteriores são inteiramente dependente de ter dados corretos nestes arquivos. Os programas podem detectar alguns erros mais grosseiros, mas não há como detectar o fato que você bateu 44.5 em vez de 55.4 para o perímetro de indivíduo no. 445, por exemplo. Portanto, é essencial que a verificação dos dados seja feita com muito cuidado e atenção. Após ter verificado os dados, podemos converter estes arquivos numa forma que pode ser usada pelos outros programas. Utilizamos o programa “PREPARE” para converter os arquivos de nomes e dados numéricos num arquivo “.FPD”, batendo PREPARE SAOJOSE. Como estamos empregando as extensões normais do FITOPAC, precisamos bater somente SAOJOSE e o programa vai criar todos os nomes de arquivo necessários. Enquanto está lendo os dados, o programa tenta detectar alguns erros comuns, e da uma oportunidade para corrigi-los, editando os dados. Portanto, é útil ter uma cópia dos dados de campo a mão, permitindo verificação imediata se o programa detecta qualquer problema. Note-se que qualquer correção feita utilizando PREPARE tem efeito somente no arquivo “.FPD” e não nos arquivos “.NMS” e “.DAD” ! O resultado é um arquivo SAOJOSE.FPD, contendo todos os dados e pronto para uso pelos outros programas. Uma vez que temos este arquivo, podemos proceder com a análise dos dados. Antes de começar com a análise propriamente dito, porém, é muito útil fazer uma listagem completa dos dados, que fornece um recorde permanente do conjunto de dados em formato fácil de consultar, e permite recuperar de algum “desastre” onde os arquivos de dados são perdidos (isso não deve ser possível se você está fazendo cópias de segurança - “backups” - de todos seus arquivos, mas nunca se sabe !). Para fazer a listagem, utilize o programa “CADERNO”, batendo simplesmente CADERNO SAOJOSE, e uma listagem dos dados será produzida no arquivo SAOJOSE.LST. Se quiser mandar diretamente para a impressora, bate CADERNO SAOJOSE IMP. Normalmente é útil ter uma listagem dos dados ordenados por parcela (ponto) ou na ordem de entrada dos dados (que geralmente é igual), e, também, uma listagem por espécie que facilita a localização de todos os membros de uma espécie, sem ter que percorrer a listagem inteira. Esta última listagem também é muito útil para localizar possíveis erros - uma espécie que não está presente, mas que você sabe deve estar na listagem, ou uma espécie com diversos indivíduos quando deve ter somente um, pode funcionar como um aviso que houve algum erro na transcrição dos dados, e qualquer discrepância deste tipo deve ser notada e verificada. Tendo uma listagem dos dados, e satisfeitos que estão corretos, podemos proceder com o resto da análise. Normalmente, o próximo passo seria de correr o programa “PARAMS” para calcular os parâmetros fitossociológicos para nosso levantamento. Batemos, então, PARAMS SAOJOSE, e produziremos um arquivo SAOJOSE.LST contendo os resultados dos cálculos dos parâmetros fitossociológicos. Para muitos estudos, os resultados obtidos até aqui seriam suficientes, fornecendo um resumo da área levantada e elementos para comparações entre nosso levantamento e outros levantamentos. No nosso caso, porém, queremos ainda investigar a variação dentro de nossa área e o efeito do gradiente altitudinal. Para analisar melhor este tipo de questão, podemos utilizar outros recursos do FITOPAC. Em primeiro lugar, as parcelas do levantamento podem ser distribuidas em blocos, correspondendo a faixas altitudinais - por ex. bloco 1 contém todas as parcelas entre altitudes de 100 a 200 m. - e estes blocos podem ser analisados individualmente utilizando as facilidades para sub-análises no programa “PARAMS”, ainda com nosso arquivo SAOJOSE.FPD, especificando quais parcelas pertencem a cada bloco, sem a necessidade de criar arquivos novos para cada bloco. Assim, podemos realizar uma análise direta do gradiente, e comparar os parâmetros fitossociológicos de cada faixa altitudinal. Com isso, teríamos uma boa visão do grau e tipo de mudança que ocorre com altitude. Em segundo lugar, podemos aplicar métodos de ordenação e classificação, utilizando os programas “ORD”, para análise de componentes principais, e “CLUSTER” para análise de agrupamentos. Estes métodos exigem uma matriz de amostras x espécies que é criado por uso do programa “CRIAMAT”, que fornece diversas opções de tipo de matriz, transformações dos dados e eliminação de espécies raras, amostras aberrantes, etc. Batendo CRIAMAT SAOJOSE e indicando nossos opções, produzirá um novo arquivo

9

FITOPAC 1 SAOJOSE.FPM que contém a matriz com as transformações e modificações selecionadas. Repare, de novo, que não precisamos especificar extensões, e o próprio programa cria os nomes e arquivos necessários. Em seguida podemos correr uma análise de componentes principais, batendo ORD SAOJOSE, e os resultados serão colocados no arquivo SAOJOSE.LST. Este tipo de ordenação é uma técnica extremamente poderosa para detecção e descrição de gradientes ambientais. Se queremos produzir uma classificação das parcelas, formando grupos contendo parcelas que são semelhantes entre si, podemos usar análise de agrupamentos. Neste caso, precisamos criar, primeiro, um arquivo de coeficientes de similaridade ou distâncias, que indiquem o grau de semelhança entre as amostras. Este arquivo é produzido pelo uso do programa “COEF”, batendo COEF SAOJOSE, que vai resultar num arquivo SAOJOSE.FPC contendo os coeficientes selecionados. Após disso, batendo CLUSTER SAOJOSE fornece os resultados desta análise no arquivo SAOJOSE.LST. Assim, podemos analisar nossos dados de diferentes maneiras, extraindo diferentes tipos de informações e formando uma visão mais completa da variação dentro de nosso levantamento. Além das análises fornecidas por FITOPAC, é possível utilizar os dados da matriz de amostras x espécies no arquivo SAOJOSE.FPM com outros pacotes estatísticos ou ecológicos. O programa “MATRIZ” permite “traduzir” o arquivo FITOPAC nos formatos usados por pacotes como “SYSTAT”, NT-SYS e os programas “DECORANA” e “TWINSPAN” de Hill (Hill, 19??), entre outros. Dessa maneira, é possível fazer praticamente qualquer tipo de análise multivariada ou outro tipo de análise estatístico, mesmo que não seja incluída no próprio FITOPAC.

É no. da família 1 Anacardiaceae 2 Bombacaceae 3 Compositae 4 Myrtaceae 5 Ulmaceae 6 Desconhecida 7 Morta 999 ï final das famílias 1 1 Anacardium occidentalis 2 3 Bellis perennis 3 2 Eriotheca sp. 4 4 Myrcia lingua 5 4 Myrcia sp1 6 4 Myrcia sp2 7 4 Myrcia sp3 8 2 Pseudobombax sp. 9 5 Trema micrantha 10 6 Desconhecida 1 11 6 Desconhecida 2 12 7 Morta Ç no. da família Çno. da espécie

Fig. 1.2. Exemplo de um arquivo de nomes - SAOJOSE.NMS. (Você não bate as partes em itálico !)

10

5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 22.5 5. da segunda parcela 6 5.7 7 5 3 40 12.5 5 3 2a ï no.altura    Ç--.Utilizando FITOPAC É no.SAOJOSE. (Você não bate as partes em itálico !) 11 .DAD. da primeira parcela 1 1 34.perímetro/diâmetro  Ç--.no.5 8 ï último indivíduo    Ç no. 1.5 3 6 7 25 8 8 8 55. da espécie      Ç--.5 15 9 9 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 44 16 6 11 22 6 11 12 10 4 4 2b ï no.5 10 4 110 30.5 12 2 10. do indivíduo Fig.5 1 5 33.0 15 4 16 120 35. da terceira parcela 13 40 18 7 14 5 + 6+8. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando parcelas .3.

6 40 12.perímetro/diâmetro    Ç--.DAD.15 33. da espécie        Ç--.3 34. (Você não bate as partes em itálico !) 12 .FITOPAC 1 É no. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando quadrantes .5 15 9 9 4.7 7 5 3 0.2 40 18 7 14 1.9 5 + 6+8.no.5 8 ï último indivíduo Ç no. de ponto 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 3 3 4 4 4 4 1 3.7 55.0 15 4 16 2.5 10. do indivíduo Fig.2 44 16 6 11 2.3 22.2 5.5 5.5 12 2 1.5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 4.5 120 35. 1.altura      Ç--.5 3 6 7 2.1 10 4 4 13 5.5 1 5 0.3 22 6 11 12 0.distância  Ç--.SAOJOSE.77 110 30.5 10 4 3.4.3 25 8 8 8 6.6 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 7.5 5 3 6 2.

no.5 10 4 110 30.5.5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 22.7 7 5 3 40 12. da terceira parcela com espaços 13 40 18 7 14 5 + 6+8.DAD.perímetro/diâmetro  Ç--.SAOJOSE.5 3 6 7 25 8 8 8 55. (Você não bate as partes em itálico !) 13 .5 15 9 9 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 44 16 6 11 22 6 11 12 10 4 4 t ï repare no “t” Esta e parcela 2b ï no.5 12 2 10. da espécie      Ç--. da primeira parcela 1 1 34. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando parcelas e nomes com espaços para as parcelas .Utilizando FITOPAC É no.altura    Ç--.5 5.5 5 3 t ï repare no “t” Esta e parcela 2a ï no.5 8 ï último indivíduo    Ç no. 1.5 1 5 33. da segunda parcela com espaços 6 5. do indivíduo Fig.0 15 4 16 120 35.

este será o primeiro arquivo a ser preparado. bate “B:”. pode usar os programas a partir do drive “A” ou qualquer subdirectório no disco rígido. portanto. Por exemplo. se a tela mostra “A>“.por ex. e dai em diante todos os arquivos são lidos ou criados no disco em drive B.veja a seção “Rotas.por ex. batendo “A:Nome_do_programa”. diretórios e configuração” para mais detalhes. Este tipo de arquivo é utilizado pelos programas “COEF” e “ORD”. consistindo de uma lista das observações dos indivíduos encontrados no levantamento.que assim podem ser introduzidos em outros programas. Arquivos deste tipo também podem ser usados para armazenar os resultados de análises . é possível fazer um Análise de Componentes Principais sobre uma matriz de dados de parcelas x espécies e depois usar a matriz de “scores” resultante para calcular distâncias ou outros coeficientes no programa “COEF”. O primeiro é para dados de campo. menus. FITOPAC utiliza a extensão “FPD” (FitoPac-Dados) para estes arquivos. Este capítulo descreve a maneira em que você interage com os programas. Este último será necessário no caso de levantamentos grandes onde os dados não cabem num disquete. etc. com um interface comum para todos os programas e pode ser usado em computadores com disco rígido ou em sistemas com somente discos tipo flexíveis (“floppy”). é mais conveniente trabalhar com drive “B” ativo. com disco rígido No caso de um sistema com disco rígido. O segundo tipo de arquivo é utilizado para matrizes de dados. Este tipo de arquivo também é utilizado para armazenar dados que normalmente vem em forma de matriz . Normalmente. Embora cada programa é independente. gravar os “scores” de uma PCA . Usando os programas. Em geral. é muito mais fácil usar os programas quando estão instalados no disco rígido e seus dados podem estar acomodados no próprio disco rígido ou num disquete flexível. Arquivos FPD são o ponto de partida para todos os outros programas em FITOPAC. você pode usar drive “A” (floppy) para os arquivos de dados ou criar um subdirectório para os dados. e será necessário para outros programas na próxima versão. ou que são comuns a diversos deles. e a tela deve passar a mostrar “B>“. dados de análises de 14 . Arquivos de dados FITOPAC utiliza três formatos especiais para arquivos de dados. geralmente na forma de matrizes de parcelas x espécies. junto com a parcela ou ponto onde o indivíduo foi encontrado. Arquivos do tipo “FPD” são usados pelos programas “CRIAMAT”. batendo somente o nome do programa. utilizando o programa PREPARE.coloque o disquete de programas no drive “A” e o disquete com seus dados no drive “B”. onde as linhas da matriz representam as amostras. com disco flexível("floppy") Com 2 drives “floppy” . Normalmente. “PARAMS” e “CADERNO”. você pode usar o programa a partir do subdirectório onde está instalada e especificar onde vai buscar os arquivos de dados via o comando “Rotas” ou pelo linha de comando . estes servem para qualquer uma dos programas. Se você especifique a rota “PATH C:\FITOPAC”. Uso de arquivos em FITOPAC. uma vez que você aprenda utilizar os comandos básicos. e as colunas as espécies. descrevendo os comandos e características que são comuns a todos os programas. Este tipo de arquivo tem a extensão “FPM” (FitoPac-Matriz) e são preparadas de um arquivo “FPD” usando o programa CRIAMAT. O programa é chamado. Alternativamente. todos tem o mesmo estilo de interface e utilizam os mesmos tipos de comandos.UTILIZANDO FITOPAC O FITOPAC é interativo. Portanto.

em seguida. Estes dados podem ser entrados diretamente ou via uma planilha (veja o capítulo “Preparando Dados"). o programa grava os resultados num arquivo préfixado (geralmente o nome do arquivo de dados com a extensão “LST” .LST como arquivo de saída de resultados. bate o nome do arquivo a ser usado depois do nome do programa . são arquivos contendo as informações para o sistema de ajuda. arquivos de configuração . Precisa. Esta opção abre uma janela pedindo os nomes dos arquivos de entrada e saída.por ex. especialmente em casos onde resultados de uma análise serão utilizados como entrada para uma outra análise. este tipo de arquivo pode ser removido. criar um único arquivo com todas as listagens das análises realizadas .FPC como arquivo de entrada e SJ.Utilizando FITOPAC solo ou outras variáveis ambientais. As relações entre os diferentes tipos de arquivo são mostrados na fig. Geralmente é necessário bater somente o nome do arquivo de entrada e o programa cria automaticamente o arquivo de saída necessário. Onde o programa pode produzir uma listagem de resultados (por ex.eu normalmente prefiro fazer duas cópias . A seqüência normal para análise de dados de um levantamento seria a preparação dos arquivos de dados numéricos e nomes. Neste caso. sim. “SAOJOSE. PREPARE. Em alguns casos. que depois pode ser impresso. o próprio programa apaga estes arquivos no final de processamento e você não deve vê-los. Outros tipos de arquivos Além dos arquivos usados para armazenar dados.se você é mais experiente e quer evitar a tela introdutória.depois você não entende porque sua listagem da última análise não saiu ! Saiu. arquivos subsidiários podem ser necessários. pois o programa não vai usar de novo.por ex. com extensões “DAD” e “NMS”. são arquivos que contém informações sobre a configuração atual dos programas (rotas. porém. Se você segue o esquema sugerido aqui. mas está anexada no final do arquivo antigo. os programas do FITOPAC utilizam diversos outros tipos de arquivos :arquivos de ajuda .). e. Neste caso.TMP”. e que podem estar gravados em diversos diretórios (veja a seção “Rotas. você pode jogar os resultados diretamente para a impressora especificando “IMP” ou “PRN” como arquivo de saída (ex. os arquivos de entrada e saída são especificados. e não são gravadas em cima dos dados já existentes. Nas descrições mais detalhadas dos programas. Os programas permitem especificar os arquivos a serem usados em duas maneiras : 1) Usando o comando “Arquivos” presente no menu principal de cada programa (mais fácil se você não conhece bem os programas).extensão “. ORD SAOJOSE IMP). preferências de impressora. Caso queira fazer uma PCA ou Análise de Agrupamentos. os arquivos necessários são especificadas na descrição do programa. Na maioria dos programas. e tem a extensão “FPC” (FitoPac-Coeficientes). arquivos temporários . se este já foi criado. etc. Nestes casos. ??. O uso destes extensões não é obrigatório.LST"). geralmente precisa entrar somente o nome do arquivo de dados e os programas criam. Note que neste exemplo.por ex.extensão “. Arquivos de coeficientes de similaridade ou distâncias entre amostras ou espécies formam o terceiro tipo de arquivo. mas simplificará a utilização dos programas.HLP”. CLUSTER SAOJOSE SJ. Repare que arquivos “LST” de listagens geralmente são abertos de tal modo que novas listagens são anexadas ao arquivo. a criação de um arquivo “FPD” via o programa “PREPARE”. e depois acione o comando “Arquivos”. utilize “CRIAMAT” para criar um arquivo “FPM”. Normalmente. bate somente o nome do programa . são criados por diversos programas para armazenar dados temporariamente enquanto estão trabalhando. o arquivo de entrada não tem extensão pois usa a extensão padrão ("FPC") de um arquivo de coeficientes. você pode especificar o arquivo de saída na linha de comando também. Não são essenciais para o funcionamento dos programas.por ex. Não esquece de deixar um espaço entre os dois nomes. Você pode. Esta última opção é interessante se você quer imprimir mais que uma cópia dos resultados . A maioria dos programas utiliza um arquivo de entrada e um arquivo de saída. PREPARE SAOJOSE. tomar cuidado que novas análises não são anexas a arquivos velhos . ORD).extensão “. por enquanto. diretórios e configuração). as extensões e outros arquivos necessários. O calculo dos parâmetros fitossociológicos e listagem dos dados podem ser feitas a partir do arquivo “FPD”. portanto. ou um outro arquivo.CNF”.a única limitação é o espaço disponível no disco. 2) pela linha de comando . 15 . automaticamente. são utilizados somente pelos programas “CLUSTER” e “ORD”. Se você não especifica saída para impressora. usando um editor de texto.uma para rabiscar e a outra para servir de cópia de “biblioteca”. Estes arquivos são produzidos pelo programa “COEF” e. se não quiser o nome pré-fixado que o programa oferece . a não ser em casos onde processamento foi interrompido prematuramente. mas o sistema de ajuda não fica disponível sem estes arquivos (veja a seção “sistema de ajuda").LST utilizará o arquivo SAOJOSE.

porém. enquanto a “Rota para resultados/listagens” especifica onde os arquivos de resultados e listagens serão mandados. Se utilizar este método. Se tiver um disco do tipo “RAMdrive”. abre uma tela que permite modificar os nomes :Mudar rotas Rota para dados C:\FITOPAC\ Rota para resultados/listagens C:\FITOPAC\ Rota para arquivos temporarios C:\FITOPAC\ Nome de um diretorio/sub-diretorio (F3 para lista) Na “Rota para dados” você pode especificar o subdirectório onde os arquivos de dados estão armazenados. os subdirectórios utilizados para os arquivos de dados e resultados podem ser determinados em diversas maneiras.se não. Exemplos : - 16 . É importante. mas note que todos os arquivos de dados usados devem estar no mesmo subdirectório. aumentando a velocidade de processamento consideravelmente em alguns casos. No menu principal de todos os programas existe uma opção “Rotas”. A “Rota para arquivos temporários” pode ser usada para determinar onde os programas que produzem arquivos temporários irão gravá-los. também.quando selecionado. o programa vai parar com um erro. ou especificar somente uma das rotas. É possível especificar os subdirectórios de entrada e saída por este mecanismo. A outra maneira de especificar subdirectórios é via a linha de comando. diretórios e configuração No caso de sistemas com disco rígido. Normalmente não há necessidade de modificar este subdirectório pois os arquivos temporários devem ser apagados pelo próprio programa antes de terminar a análise. é necessário especificar a rota dos arquivos de entrada e saída quando estes não estiveram no subdirectório especificado na configuração. porém. escolher rotas diferentes para entrado e saída. pode ser interessante especificar este disco para receber os arquivos temporários. mas não o de arquivos temporários.FITOPAC 1 Rotas. Estes subdirectórios podem ser diferentes. Pode. Você pode colocar a rota antes do nome dos arquivo apropriado na linha de comando. que exista espaço suficiente no disco “RAM” . e . Esta opção é utilizado para mudar os nomes dos subdirectórios onde o programa vai procurar os arquivos de dados ou gravar os arquivos de resultados.

usam os valores “default” já embutidos no FITOPAC. Se for numa situação onde o programa está pedindo variáveis ou observações. F3 . Em situações onde um nome de arquivo é esperado. contendo dados em “\cerrados” e “\matas”. PARAMS C:\OUTRO\SAOJOSE vai procurar os arquivos de dados no subdirectório C:\outros\ e vai gravar os resultados em C:\dados\. F2 .” em algum lugar). Por exemplo. Você pode rodar FITOPAC a partir de qualquer um destes diretórios (desde que o seu dados “path” contém “\FITOPAC. Você pode obter ajuda em quase qualquer ponto onde precisa responder a uma pergunta ou decidir entre diferentes opções. Interagindo com os programas Teclas especiais. pode colocar um arquivo de \CERRADOS configuração em cada um destes sub-diretórios. enquanto que em \cerrados a rota de entrada poderia ser \cerrados e de dados saida \cerrados também.Ajuda. você pode agrupar seus dados em diversos subdiretórios no disco e ter uma configuração específica para cada agrupamento. *. PARAMS SAOJOSE procurará os dados no C:\DADOS\ e vai gravar os resultados no mesmo subdirectório. “\CERRADOS” e “\MATAS”. por exemplo depois de processar uma análise completa.Diretório. e os programas vão utilizar a configuração “local” do subdiretório ativo. As rotas utilizadas por FITOPAC estão armazenadas em C:\ arquivos de configuração que tem a extensão “. Isso quer dizer que você pode manter configurações que são específicos para cada \FITOPAC subdirectório. Esta tecla produz um diretório de arquivos ou uma listagem de variáveis ou observações. dependendo da parte do programa onde foi ativada. Esta segue as regras normais para DOS . não é possível voltar às opções anteriores pois a análise ou transformação já está completa.Voltar à pergunta/menu anterior.por ex. Estas teclas são :F1 .FPD todos com extensão “FPD”. PARAMS C:\OUTROS\SAOJOSE C:\RESULT\SAOJOSE vai procurar os arquivos de dados no subdirectório C:\outros\ e gravar os resultados no subdirectório C:\result\. PARAMS C:\OUTROS\SAOJOSE C:\OUTROS\SAOJOSE procurará os dados no subdirectório C:\outros\ e gravar os resultados no mesmo. Permite “mudar de idéia” e volta ao passo anterior. além de mais um no “\fitopac”. a rota de entrada \MATAS pode ser \matas e de saida \resultad. FITOPAC utiliza algumas teclas que tem a mesma função em todos os programas. procurando e gravando arquivos no sub-diretório que estava ativo quando o programa foi chamado. os programas utilizam automaticamente o arquivo present no subdiretório do FITOPAC. Note que é necessário colocar a rota para entrada e saída neste caso. em \matas.* lista todos os arquivos. Se não tiver um arquivo de configuração local. e na ausência deste. o programa sugere primeiro uma “mascara” para procurar arquivos. Você pode ter um arquivo de configuração em qualquer subdirectório e FITOPAC utilizará a configuração especificada no diretório ativo. como indicado na figura ao lado. esta forma de diretório será produzido. Se você tiver seu disco rígido com os sub-diretórios “\FITOPAC”.CNF”. *.Utilizando FITOPAC supondo que a configuração esteja com C:\DADOS\ para a rota de entrada e saída. Note que em alguns casos. 17 . Você pode gravar o arquivo de configuração usando a tecla F5 dentro de qualquer programa ou com o programa “CONFIG” Desta maneira. simplesmente apertando a tecla F1.

A maioria são do tipo onde um valor numérico.Grava a configuração de rotas. Funciona somente em pontos onde o programa está esperando alguma resposta. Este tipo de menu também é utilizado em diversos programas para escolher opções onde diversas operações podem ser realizadas.CNF no disco e este configuração será usada como o “default” até que seja modificada de novo. Nestes casos.FITOPAC 1 F4 . onde as opções disponíveis são apresentadas na primeira linha da tela. A informação solicitada pode ser de vários tipos. o programa vai perguntar em que sub-diretório você quer gravar a configuração. os programas precisam de informaçôes mais extensas e apresentam uma tela que funciona como uma espécie de “formulário” para ser preenchido. caso houve algum “desastre”. começa batendo sua resposta diretamente e a resposta pré-fixada. simplesmente bate <ENTER>. A escolha de opções pode ser feito em duas maneiras. o nome de um arquivo ou algum valor numérico) ou fazem perguntas para saber como proceder (por ex. utilize as teclas de seta à direita ou <END> para aceitar a resposta que então pode ser editada utilizando as teclas normais. por exemplo manipulação de matrizes ou escolha de gráficos. etc.na maioria dos programas. Ao apertar esta tecla. use Ctrl-Break (bate a tecla “Break” enquanto está segurando a tecla “Ctrl"). quando encontram um erro). F5 . ou utilizando as teclas de seta ( ← e → ) para colocar o cursor em cima da opção e apertando a tecla <ENTER> para selecionar a opção. Esta tecla permite que você abandone o processamento e para o programa. Neste caso. sem a necessidade de mudar o cursor e bater <ENTER>. mas os programas utilizam 2 formatos de resposta. parcialmente ou descartada. Note que sua resposta pode ser editada até o ponto em que você aperta <ENTER>. pode bater a letra ou número que aparece na frente da opção.um caractere à esquerda £. Se você quer parar o programa no meio de algun cálculo. no arquivo FITOPAC. F10 -Sair do programa. será descartada. Alternativamente.Alterar a configuração da impressora e outros características do programa. precisa parar neste ponto. Dois tipos de menu são utilizados.uma linha para cima ¢ . As teclas usadas para editar a resposta são as seguintes : ¤→ . e esta opção será selecionada diretamente. um nome ou uma frase deve ser entrado. O mais simples é de usar as teclas de seta para cima e para baixa para mudar o cursor (a opção que aparece com fundo de cor diferente) até a opção que você deseja e apertar a tecla <ENTER>. Todos os programas apresentam um menu principal. c) se você quer dar uma resposta totalmente diferente. e a opção desejada pode ser selecionada batendo a letra em maiuscula daquela opção. Veja o capítulo do programa CONFIG para mais detalhes. Este tipo de menu é utilizado para escolher opções dentro de uma lista. b) se quer utilizar parte da resposta fornecida. por exemplo para escolher um entre diversos transformações de dados. você pode responder em diferentes maneiras : a) se quer utilizar a resposta pré-fixada pelo programa (que aparece em vídeo inverso). Menus Os programas utilizam menus extensamente para selecionar alguma opção.uma linha para baixo 18 . ou se não tem uma resposta pré-fixada pelo programa. esta tecla permite “escapar” de situações onde você não pode continuar e quer voltar ao menu principal ou anterior.um caractere à direita ¥. O segundo tipo de menu é do tipo “drop down” e aparece dentro de uma janela na tela. se existe. ou se por algum motivo. impressora. Diversos tipos de informações podem ser solicitados (por ex. o programa frequentemente oferece uma resposta pré-fixada ("default value") que pode ser aceita inteiramente. Esc . Telas e perguntas Em vários pontos.

5. etc. geralmente na forma de uma pergunta do tipo “Quais espécies”.apague o caractere antes do cursor ¦K. em qualquer combinação por ex. você sai da tela após de responder à última pergunta. separados por um “-” .selecionar o ítem na atual posição do cursor .início da resposta ¶ .fim da resposta µ ± .vai até o primeiro item na tela End .vai até o último item na tela PgDn . etc. ou algo parecido. Se a inserção está desligada.próxima página PgUp .inicia ou termina a seleção de um bloco Home .página anterior Ctrl + PgUp . como alternativa. Normalmente. Nestes casos. 23 . Nestes casos. pode utilizar a tecla PgDn para sair sem a necessidade de completar todas. Pode misturar ítens individuais e listas. pode utilizar a tecla F3 para chamar uma janela que mostra as variáveis ou objetos disponíveis.3.35” selecionará todos os objetos/variáveis de 23 a 35 inclusivos.por ex. mas se todas as respostas pré-fixadas são satisfatórias. 1. 1. Quando inserção está ligado.por ex “s” para “sim” e “n” para “não”.vai até o início da lista Ctrl + PgDn . Você pode selecionar uma lista de números batendo o primeiro e último número da lista.. ou se só precisa modificar uma ou duas. O uso de números freqüentemente é inconveniente e. Nestes casos.ligar e desligar inserção. 19 . Alternativamente.abandonar seleção espaço . os programas pedem que você especifique um ou mais variáveis ou objetos. e a resposta pode ser mudada apertando a tecla de espaço. Quando o valor apropriado está visível. uma das respostas possíveis aparece em vídeo inverso.6-8. para serem transformados.Utilizando FITOPAC ² . Especificando listas de variáveis e objetos Em vários pontos. utilizando as seguintes teclas :enter .apague o caractere na posição do cursor Backspace .vai até o último item na lista Você pode selecionar uma mistura de itens individuais e listas de itens com o uso apropriada das teclas de seleção e seleção de blocos. Itens individuais são especificados usando os números apropriados separados por espaços ou por vírgulas por ex. as respostas às perguntas são dados da maneira descrita acima. mas algumas outras teclas ajudam “navegar” dentro da tela : Ctrl → Pula à próxima pergunta ou à direita Ctrl ← Pula à pergunta anterior ou à esquerda ↑ Pula para cima ↓ Pula para baixo PgDn Terminar. aparece o sinal “INS” no topo da tela e qualquer coisa que você bate é inserida na posição do cursor.4. Alguns programas (por ex. deixando modificadas somente as respostas já selecionadas até este ponto. ou F6 . “23 . PREPARE e CRIAMAT) podem precisar de uma série mais extensa de dados e apresentam uma ou mais telas de perguntas. pode ser selecionado batendo <ENTER> ou ->. utilizados numa análise. apagando texto existente na posição do cursor. batendo a letra inicial da opção desejada seleciona aquela opção e coloca o cursor na próxima pergunta .terminar seleção e continuar processamento Esc . O segundo tipo de pergunta que os programas apresentam ocorre onde existem somente 2 ou mais respostas préfixada do tipo “sim/não” ou “norte/sul”. A seleção pode ser feita diretamente na janela.apague a resposta inteira . o que você escreve será sobreposto. por ex.55 66 77 98-100 seria aceitável. pode especificar os objetos ou variáveis batendo “t” para todos ou batendo os números dos objetos ou variáveis apropriados.

selecionar espécies que serão incluídas na análise .. existe uma opção que permite estabelecer um “filtro” . bate a tecla “Esc”. no.. você pode incluir ou excluir indivíduos.selecionar amostras para serem excluídas da análise . com altura abaixo de 10 m e excluindo espécies 56 e 91. se quiser retirar as “mortas” quando estas foram registrados no arquivo de dados. de amostra ou espécie que você determina com o uso do filtro. Esta facilidade também é muito útil em casos onde você quer analisar blocos de amostras e não o levantamento inteiro. dependendo do conjunto de características escolhidas . 31 e 33. Este sistema de ajuda depende da presença dos arquivos de ajuda (com extensão “./altura Continue Especificar AMOSTRAS para INCLUIR ------------------------------------------------------------------------ -----------------------------------------------------------------------F1 Ajuda. Para sair da tela de ajuda. Estas opções são descritas aqui para evitar repetição das informações em cada programa. F5 Gravar config. você pode pedir ajuda. EXCLUIR_ESPE[CIES] . especificando como os dados serão lidos. e mínimo de 33 cm. Neste caso.HLP"). inclusive quando estas não são contíguas no arquivo de dados.útil quando você pretende analisar somente um número limitado de espécies. Assim.selecionar amostras para serem incluídas na análise . por ex.23. Opções comuns a diversos programas Vários programas oferecem as mesmas opções.mais conveniente quando você quer incluir a maioria das amostras e só excluir algumas.FITOPAC 1 Sistema de Ajuda Na maioria de lugares onde um programa pede alguma informação ou espera alguma ação. particularmente para modificação de dados e seleção de indivíduos. F4 Impressora. Nestes programas. Nos programas que utilizam filtros. Desta maneira.selecionar as espécies que serão excluídas na atual análise .conveniente quando você quer analisar somente um número pequeno de amostras. Correndo o programa com este filtro dará a análise desejada. de acordo com os limites de diâmetro/perímetro.10. PARAMS e CRIAMAT. é mais fácil manter os dados para levantamentos complexos dentro de um único arquivo “FPD” e correr as sub-análises necessários utilizando o filtro para especificar os limites para cada uma delas. existe o comando “Filtro” no menu principal que chama o menu de filtro onde você especifica os detalhes do filtro que quer aplicar :Incluir_amos Excluir_amos iNcluir_espe eXcluir_espe Diam.por ex. você pode especificar dentro de PARAMS um filtro que aceita somente indivíduos com diâmetro mínimo de 10 cm. 20 . todos os indivíduos de parcelas 1 . Deve aparecer uma tela fornecendo uma explicação sucinta de que o programa espera neste ponto ou explicando as opções disponíveis. especificando “filtros" Em programas que usam arquivos de dados do tipo “FPD”.por ex. EXCLUIR_AMOS[TRAS] . É possível estabelecer condições relativamente complexas. e depois quer analisar os dados incluindo somente os indivíduos com diâmetros maiores que 10 cm. sem a necessidade de rebater os dados ou alterar o arquivo de dados. INCLUIR_ESPE[CIES] . apertando a tecla F1. se você tiver um levantamento por parcelas onde incluiu todos os indivíduos com diâmetros maiores que 5 cm. altura. e se estes não foram localizados. pode incluir ou excluir blocos de amostras. uma mensagem aparece dizendo que ajuda não está disponível. com diâmetro máximo de 55 cm. F10 Sair INCLUIR_AMOS[TRAS] . 15 . F3 Selecionar.

por exemplo : mascarar algumas variáveis. editar os nomes das variáveis e utilizar a planilha para fazer correções. e esta opção é selecionada.permite “mascarar” temporariamente uma ou mais colunas (normalmente espécies ou variáveis) ou linhas da matriz. depois transformar as variáveis não-mascaradas.0000 perim.é preciso ter cuidado com esta opção quando você utilize transformações ! REST[AURAR] ./Perim. o programa solicita uma lista de colunas a serem mascaradas.00 minimo 0. e podem ser recuperadas utilizando a opção “Rest”. Bate os números das colunas. Note que o programa volta a esta tela após cada uma destas opções (exceto “Continue") e você pode utilizar diversas opções antes de voltar para o programa principal.Utilizando FITOPAC DIAM/ALTUR . Colunas ou linhas mascaradas não são eliminadas permanentemente. Você pode então preencher os valores desejados para o máximo e mínimo para altura e diâmetro/perímetro. aparece o menu de manipulação de dados :Mascarar Rest.Permite restaurar colunas ou linhas previamente mascaradas. pois as colunas e linhas mascaradas não são eliminadas permanentemente. mas não são gravadas ou transformadas enquanto mascaradas.Transform traNspor Planilha nOmes Adicionar Imprime Continue Mascarar uma ou mais especies ou amostras ------------------------------------------------------------- Pode escolher qualquer opção. aceitavel. ou use a tecla F3 para uma lista das colunas. manipulando matrizes Os programas que utilizam matrizes de dados oferecem uma opção para modificação ou manipulação de matrizes. cm 0. de acordo com os valores selecionados nos respetivos “interruptores”. 21 . Note que todas as colunas ou linhas que estavam mascaradas serão restauradas. Note que linhas mascaradas também não serão transformadas ou gravadas .voltar ao programa principal./Perim.0000 Bate valor para maximo Diam. especificando como perímetro/diâmetro ou em centímetros/metros. CONTINUE . Este sempre aparece como a opção “Modificar” nos menus destes programas. aplicar uma série de operações na mesma matriz .Este comando abre a tela de especificação de diâmetro e altura :Bate valores para maximo e minimo maximo Diam. É possível. Este opção é muito útil quando você precisa produzir diversas versões de uma matriz com diferentes combinações de variáveis ou amostras.. 1000000 Altura 1000. Seguem descrições das funções de cada opção :MASCARAR . Quando você seleciona esta opção. Uma vez que o programa tem uma matriz de dados ativo. portanto.Elim. sem a necessidade de recarregar a matriz completa cada vez.

criar uma matriz de coeficientes de semelhança entre as variáveis.e. É necessário quando pretende. um por linha.FITOPAC 1 ELIM[INAR] . supõe-se que as colunas são iguais e que a segunda matriz representa um acréscimo no número de linhas na matriz final (amostras adicionais).cauda No primeiro caso. para colocar o cursor no nome que você quer alterar e aperte a tecla “ENTER” . ADICIONAR .Esta opção permite a fusão de duas matrizes. TRANSPOR . você pode alterar ou editar os nomes das colunas ou linhas. que estão num arquivo já existente. carregue primeiro a matriz de dados de vegetação e depois utilize esta opção para acrescentar os dados de solo. permitindo que você inspeciona.Permite transformar qualquer combinação de colunas ou linhas da matriz. TRANSFORMAR .cabeça . você virá abrir uma janela com os nomes das colunas ou linhas da matriz. você pode querer acrescentar dados sobre composição de solo.. Funciona da mesma maneira que o comando de mascarar. matriz 1 1111 1111 matriz 2 2222 2222 matriz final 11112222 11112222 Na segunda alternativa. a um outro arquivo de dados de vegetação já produzido pelo programa CRIAMAT. mas os itens eliminados não podem ser restaurados.Chama a planilha. i. ou de diferentes lotes. o programa pergunta o nome do arquivo contendo a segunda matriz. aparece um menu perguntando que tipo de fusão você quer : A . Utilize as teclas de seta. produzindo um arquivo final que contém uma matriz com ambos os conjuntos de dados. e normalmente você sempre deve utiliza-la.Com esta opção. A planilha permite uma série de outras operações que são descritas mais detalhadamente na seção “Usando a planilha” . por ex. Este arquivo tem que ser um arquivo em formato FITOPAC. Depois. Para fundir as duas matrizes.Elimina permanentemente linhas ou colunas. PLANILHA . Por ex. utilizando diversas transformações. Quando termina a edição.Este comando pode ser utilizado para transpor a matriz (tornar as colunas linhas e as linhas colunas). Quando você seleciona esta opção. i. matriz 1 1111 1111 matriz 2 2222 2222 matriz final 1111 1111 2222 2222 22 . Veja a seção “Transformando dados” na parte geral do manual para uma descrição mais completa do uso de transformações.lado ao lado B . aperte “ENTER” e o programa volta à lista de nomes de colunas ou linhas. etc. PgUp. Terminando as modificações. cada vez que importa dados de um arquivo que não esteja no formato FITOPAC. Esta opção é muito útil para confirmar que uma “importação” de uma matriz funcionou corretamente. ou manipula os dados.. as duas matrizes contém colunas (variáveis) diferentes e a matriz final terá um número de colunas igual à soma das colunas das duas matrizes originais. NOMES . Quando seleciona esta opção. aperte a tecla “ESC” para voltar ao menu de manipulação de dados. corrige. e pode altera-lo utilizando as teclas normais de edição. fornecendo um mecanismo para criar matrizes que combinam dados de diferentes tipos. PgDn.o nome então é colocada numa janela de edição.e.

IMPRIME . verá na tela uma representação da matriz semelhante àquela na fig.Utilizando FITOPAC Assim. uma alternativa é de utilizar a planilha e as facilidades que esta tem para acrescentar linhas ou colunas individuais. O nome preestabelecido pelo programa é o nome do arquivo de entrada com a extensão “LST”. bate outro. No caso de fusão “cabeça . Caso haja qualquer diferença em nomes de colunas ou linhas. utilizando o menu de comandos. o número de colunas nas duas matrizes deve ser igual. Caso você queira acrescentar poucos dados e prefere entrá-los diretamente. Mais tarde. As mesmas observações valem para este caso. e a matriz vai ser “impressa” no arquivo. Quando chama a planilha. só precisa usar a tecla “ENTER”. pode utilizar os recursos de exportação do programa “MATRIZ” para transferir seus dados a uma planilha comercial. Se não estiver. Se quiser. mas o número de colunas visíveis na tela será reduzido. se quiser mandar diretamente para a impressora. Os nomes das colunas estão na primeira linha da tela e os nomes das linhas na primeira coluna. os nomes utilizados na matriz final são os nomes do primeiro arquivo. 23 . De novo. Quando seleciona esta opção. bate “PRN” em vez do nome do arquivo. mas você deve ser muito cauteloso no uso da matriz resultante. pode imprimir na impressora utilizando os comandos normais do DOS como “PRINT” ou “COPY”. Se você precisa de manipulações mais sofisticados. e o nome sugerido é satisfatório.não é comparável com “Lotus 123” ou “Quattro” . o programa perguntará o nome do arquivo para a impressão da matriz. o programa avisa se há qualquer diferença em número de colunas ou diferenças nos nomes das colunas.mas permite uma série de operações simples além de entrada e inspeção da matriz.deixar o módulo de modificação de matriz e voltar ao programa principal. Se não quiser usar este nome. manipulá-los e importá-los de novo. o programa avisa e preenche as linhas vazias da matriz menor com “dados faltando”. pode mostrar o nome completo ampliando a largura da coluna. É importante notar que no caso de fusão “lado ao lado”. o número de linhas nas duas matrizes deve ser igual. você pode ampliar uma matriz de uma maneira bastante flexível. CONTINUE . Que tipo de análise você pretende fazer com estes dados ? As matrizes realmente podem ter números diferentes de linhas ? Não ocorreu algum tipo de erro ? O programa também avisa se os nomes das linhas não são iguais. Usando a planilha A planilha fornecida no FITOPAC é bastante rudimentar . Os nomes das colunas podem ser truncados se estão compridos e as colunas estreitas. ou altera o nome.cauda”. As colunas vazias da matriz menor serão preenchidas com “valor faltando”. Se você quer mandar a impressão para um arquivo. ??.Imprime a matriz ou diretamente na impressora ou dentro de um arquivo que pode ser impresso mais tarde. A planilha permite :• • • • • • • • Inspecionar a matriz Entrar e corrigir dados Mascarar/eliminar linhas/colunas Transformar linhas/colunas Ordenar a matriz usando uma coluna como chave de ordenação Ordenar a matriz utilizando nomes das linhas como chave Adicionar linhas/colunas Inserir linhas/colunas A planilha não possui facilidades para o uso de formulas.

100 0.800 0. Quando aperta esta tecla.Ordenar matriz por nome de amostra Colunas e Linhas ativam outros menus que permitem operações com a coluna ou linha atualmente ativa (veja abaixo).400 4. caso sejam muito compridos. Ao selecionar esta opção.700 0.200 4. mas existem algumas diferenças no efeito de algumas teclas. ? entra “valor faltando” na célula ativa.900 1.400 0.200 M. que marca a célula atualmente ativa.700 0.400 2. Enter abre uma janela de edição que permite editar o valor presente na célula ativa. sem apagá-lo completamente.100 4.200 4.800 3.700 1. Porém.270 0.600 1a 1b 1d 2c 2b 4d 5b 5c 5d 5e 6c 7c Fig.100 0.290 0.200 0.100 K -0 0. o programa perguntará quantas casas decimais você quer utilizar.200 0. como em Lotus 123.Colunas B . As teclas usadas são os seguintes :↑ ↓ ← → as teclas de seta mudam a posição do cursor. de decimais permite controlar o número de casas decimais mostradas na tela. Ctrl → e Ctrl ← mudam uma tela para direta e esquerda respetivamente.100 4.6 exemplo da tela da planilha O resto da tela contém células com os valores numéricos da matriz.100 2. Os outros recursos da planilha são acionados pelo uso da tecla “/”.230 0.O.600 0.200 4.1.800 5.800 1.800 3.000 4. Note que esta opção não afeta a acuracia de armazenamento dos dados que continua inalterada.100 0.230 0.250 0. Ctrl PgUp e Ctrl PgDn mudam o cursor até a primeira ou última linha da matriz respetivamente. de decimais E .600 0. No. Para alterar algum dado. aparece um menu oferecendo várias opções:A .290 0. vão caber poucas colunas na tela..800 2.100 1.Ordenar matriz F .000 P -0 2. Qualquer ação de edição ou alteração de conteúdo da matriz ocorre na célula ativa indicada pelo cursor. representado por caracteres com cores invertidos na tela.300 4.Largura das colunas D . Esc saia da planilha e volta ao menu de manipulação de dados. portanto.240 Ca -0 0. Os comandos utilizados pela planilha são semelhantes aqueles das planilhas comerciais.Linhas C . Home muda o cursor até o início da linha na tela End muda o cursor até o fim da linha na tela Ctrl Home muda o cursor para o início da linha da matriz Ctrl End muda o cursor para o fim da linha da matriz + − 0.400 3.240 0.800 2.100 0.9 começa entrar um número na célula ativa.100 0.600 4.500 0.400 1.400 2.500 1.600 2.FITOPAC 1 pHCaCl4.350 0.400 4.No.200 4.800 1. Note que a posição do cursor também é indicada por uma mudança na cor dos nomes da linha e coluna correspondentes. / chama o menu de outros comandos disponíveis na planilha.010 0.300 0.800 3.290 0.100 0. PgUp e PgDn mudam uma tela para cima e para baixo respetivamente. ou quer ver os nomes das colunas. se você utilize uma largura de coluna muito grande. se você precisa ver dados numéricos com mais precisão.400 4.700 0.800 3. você precisa posicionar o cursor em cima da célula desejada e só depois começar a editar o valor. com uma destas células contendo o cursor.100 5.600 3. na direção indicada.600 0. Largura das colunas altera a largura das colunas na tela.200 4. etc.300 4.500 Mg -0 0. -0 1. eliminando o valor atualmente presente.800 2.100 0.400 0. 24 .

ordenando ambas pelos nomes das amostras assegura que as amostras estão nas linhas correspondentes das duas matrizes antes de tentar juntá-las. Ordenar matriz por nome de amostra permite ordenar a matriz utilizando os nomes das amostras como chave para ordenação.Transformar F . mas ainda está presente na matriz e pode ser desmascarada utilizando as facilidades do menu de manipulação da matriz.permite modificar o nome da linha/coluna.adiciona mais uma linha/coluna no final da planilha i.Adicionar B . verá um menu suplementar mostrando as operações que podem ser feitas com linhas e colunas individuais. Permite o acerescimo de uma linha/coluna à matriz quando você precisa adicionar mais dados. A chave primária é a coluna atualmente ativa (onde o cursor está localizado) e é a coluna usada para fazer a ordenação básica enquanto a chave secundária serve para ordenar quando tem valores iguais na chave primária. ALTERAR NOME .Eliminar E . Ao selecionar esta opção. ELIMINAR . o programa vai abrir um novo menu de transformações :- 25 .use com cautela ! TRANSFORMAR .elimina a linha/coluna da matriz. utilizando o conjunto padrão de transformações (veja a seção “transformações").Mascarar D . MASCARAR .e após a última linha/coluna na planilha. Não pode ser recuperada posteriormente .permite mascarar a linha/coluna ativa. Estas são :A . Portanto.. Esta opção pode ser útil quando você tem duas matrizes com as amostras em ordens diferentes e quer juntá-las para criar uma única matriz. Transformações Ao selecionar a opção “transformações” dentro do menu de manipulação de matrizes. pode inserir linhas/colunas no meio da planilha.Inserir C . em ordem ascendente ou descendente. Esta linha/coluna não será gravada/impressa. Neste caso.Utilizando FITOPAC Ordenar matriz permite ordenar as linhas da matriz de acordo com os valores contidos na coluna ativa. etc.aplica uma transformação à linha/coluna selecionada. o programa vai perguntar qual coluna deve ser usada como a chave secundária.insere uma linha/coluna imediatamente antes (à esquerda ou acima) da célula ativa indicada pelo cursor. INSERIR . Quando você seleciona as opções de operações com linhas e colunas. abrindo uma janela de edição.Aterar nome ADICIONAR .

26 .selecionar as colunas ou linhas a serem transformadas .] N .quadrado [x²] C .dividir pelo valor maximo [x/xmax] R . a direção de transformação é indiferente.arcoseno [arcsen¹(x/Σx)] J .c] K . mais para outros como estandardização é de vital importância.escolhe o tipo de transformação a ser aplicada. F3 Selecionar.multiplicar por um constante [x * c] L .“ranging” [x .xmed)/d.indique a direção de transformação . 39 soil variables for 40 samples.estandardizar [(x . TIPO .por coluna ou por linha.xmin] S . -----------------------------------------------------------------F1 Ajuda.raiz quadrado [√x] D . 40-60 cm and 80-100 cm.FITOPAC 1 Direçao Selecione tIpo Transforme Continue transformar por coluna ou por linha ------------------------------------------------------------no. de parcelas : 40 [0] no..xmed. Abre um menu oferecendo diversos tipos de transformação :Transformaçoes simples A . each with 3 levels : 0-20 cm.subtrair um constante [x . Para transformações como logaritmo.x] M .repor valor faltando com media U .reciproco [1/x] B .logaritmo comun [log(x)] H .raiz quadrado + constante [√(x + c)] E . de itens selecion. F5 Gravar config. de variaveis : 39 [0] Tipo de transformaçao : nenhuma Direçao : Coluna No.depende da resposta ao item anterior.subtrair o valor minimo [x . no final deste capítulo. F10 Sair DIREÇAO .dividir pelo desvio padrao [x/d.logaritmo natural [ln(x)] F .centragem duplo T .: 0 Sanata Genebra survey soil data set.centrar [x . etc.logaritmo comun + constante [log(x + c)] I .xmin/(xmax-xmin)] P .logaritmo natural + constante[ln(x + c)] G .x] Q .proporçao [x/Σx] O .p.p.converter em presencia/ausencia As definições das transformações podem ser encontradas na seção “Notas técnicas”. F4 Impressora. SELECIONE .

mais ou menos na forma vista na tela. Se sua impressora não produz gráficos. com cada ponto é diferente dos outros. na forma de tamanho de símbolo. onde o símbolo usado. Em programas que mostram gráficos de dispersão (PARAMS. a única transformação disponível é de transformar a matriz para uma matriz de dados quantitativos. que podem ser especificados junto com sua cor e tamanho. Pelo uso dos comandos nesta opção.1) símbolos fixos. não será possível usar este método de imprimir gráficos. impressoras “Rima"). permitindo um alto grau de flexibilidade na aplicação das transformações. 27 . No caso de ter problemas com esta facilidade. É possível aplicar uma série de transformações em seqüência no mesmo grupo de variáveis. e os comandos “Símbolos” e “cOres” depois de escolher uma variável. Se quiser mandar a imagem para um arquivo (por ex. que a imagem é mandada diretamente para a impressora e não para um arquivo. Se não pode utilizar este código. existe esta opção que permite alterar os símbolos utilizados no gráfico em diversas maneiras. Note. onde diferentes grupos podem ser destacados ou uma terceira variável pode ser sobreposta. abre uma tela :Arquivo Variável Símbolos cOres Tamanho fiXo Continue O comando “Variável” fica disponível somente depois de escolher um arquivo. o programa se mantém neste modo até que você selecione o comando continue.Utilizando FITOPAC TRANSFORME . e com papel. também. e bate um “P"). e que deve funcionar em praticamente qualquer impressora. Repare que precisa acionar este comando para realizar as transformações ! CONTINUE . verifique no manual se a sua impressora pode utilizar o código Esc 'L' n1 n2 (onde n1 e n2 indiquem quantos bytes de caracteres gráficos vão seguir). FITOPAC não tem facilidades para combinação de variáveis ou cálculo de fórmulas (Se você precisa. existem alguns programas utilitários que interceptam listagens para a impressora e armazenam os dados num arquivo. pois. consulte Grieg-Smith (1983) ou Legendre & Legendre (1983). não posso verificar quais impressoras funcionam. etc. Ao escolher esta opção. Note que a matriz resultante precisa obedecer os limites para número de colunas para uma matriz quantitativo. você pode alterar o tamanho. Não é possível discutir a aplicação e propriedades de cada tipo de transformação aqui . Modificando símbolos em gráficos de dispersão. Os símbolos podem ser alterados de duas maneiras . se você tem uma impressora que tem um modo gráfico equivalente ao modo gráfico densidade dupla das impressoras “Epson”. e que utiliza os códigos de comando de “Epson” (por ex. no caso de querer várias cópias). No caso de arquivos de dados binários. ORD). Impressão de Gráficos Diversos programas no pacote produzem gráficos na tela .por ex. depois desta transformação. ou aplicar diferentes transformações em diferentes grupos de variáveis ou em variáveis individuais. Esta última opção permite a produção de gráficos mais sofisticados. e oferecer uma série de opções. Quando um gráfico é apresentado na tela.voltar ao menu anterior (modificação de matriz) Quando a tela de transformações é acionada. pode usar uma planilha e depois importar os dados). sua cor e tamanho podem ser controlados de acordo com uma (ou mais) variáveis fornecidos à partir de um arquivo do tipo “FPM”. será armazenada na forma de números reais. Isso permite a aplicação de diversas transformações na mesma matriz de dados. a imagem na tela é mandada para a impressora.se você tem dúvidas. cor e tipo de símbolo usado. Se você bate Ctrl-P (segure a tecla “Ctrl.transformar as linhas/colunas selecionadas com a transformação escolhida. diagramas de dispersão. os programas esperem até que você bate uma tecla para continuar. Esta transformação não é usada com muito freqüência e normalmente seria utilizado quando você quer combinar matrizes contendo dados quantitativos e binários. Como não tenho acesso a muitos tipos de impressora. e que são iguais para todos os pontos e 2) símbolos variáveis. antes de mandar imprimir o gráfico. ou não usa códigos “Epson”. na maioria dos casos existe uma opção para produzir um gráfico alternativo utilizando somente os caracteres normais da impressora. Note que a impressora tem que estar ligada. Estes podem ser impressos.

10. 8. que as 28 ..21..15.19.. As diferentes variáveis podem.... mas neste caso muda a cor do símbolo... as cores são aplicadas de uma maneira cíclica.. Assim. o ciclo começa a repetir. normalmente deve utilizar uma variável que contem somente números inteiros.. vir de diferentes arquivos.8. é possível diferenciar até 56 grupos diferentes antes de começar a repetir as combinações de símbolo e cor.11.12.16...∇.... VARIAVEL . cores diferentes ou qualquer combinação dos três.veja abaixo).. Se você aplica uma variável continua. SIMBOLOS .17. Normalmente. 2. Caso contrário. mas neste caso com 8 cores disponíveis. 4.17. 5.13. grupo 1 será representado pelo símbolo “¡“. a repetição dos símbolos ou cores pode resultar em confusão pois o mesmo símbolo ou cor seriam utilizados em mais que um grupo. CORES .....18. mas com outra cor. 7. inclusive.o. 3. Você pode escolher uma variável. Repare que o número de linhas neste arquivo deve ser idêntico ao número de pontos no gráfico .99 vira 10.. 6.16. 2.15. de tal maneira que grupo no.× -i..u.∆.FITOPAC 1 ARQUIVO . e.12. etc...14. 4.19.9.por ex... mas de vez em quando pode ser útil.14.. utilizá-la para modificar por ex.24. Este tipo de gráfico é particularmente útil em ordenação quando se deseja comparar os resultados de uma ordenação com os resultados de uma análise de agrupamento.. 5.esta opção tem um efeito semelhante ao anterior. os símbolos e depois voltar e escolher uma outra variável para controlar a cor ou tamanho dos símbolos. 3. 7.. Para evitar esta situação..utilize símbolos diferentes para os pontos de acordo com o valor na variável escolhida no comando anterior. Variáveis contínuas são tratadas da mesma maneira. esta opção deve ser utilizado com variáveis que representam valores inteiros . 4.¡.escolhe uma variável do arquivo que será representada no gráfico na forma de símbolos diferentes..10. Em geral. de uma maneira semelhante aos símbolos.e..20....9. A alocação das cores segue a seguinte padrão :- cor azul claro verde claro ciano claro vermelho claro magenta clara amarelo branco marrom grupos 1. O arquivo pode conter 1 ou mais variáveis que contem informações suplementares ou complementares aos dados usados para produzir o gráfico.11. No caso de ter grupos numerosos.32 vira 4 e 10..escolhe um arquivo “FPM” que contem dados que você deseja representar no diagrama de dispersão atualmente ativo. o programa vai truncar o valor e tratar a parte inteira do número como um número inteiro . escolhidos utilizando o comando anterior. dando a seguinte seqüência :- símbolo ¡ o ∆ ∇ u + × grupos 1. 8 vai repetir o mesmo símbolo usado para grupo 1.+. Repare.21. o programa dará uma mensagem de erro e não vai aceitar o uso do arquivo escolhido.22..por exemplo uma variável que representa o grupo ao qual o ponto pertence após uma análise de agrupamento (um arquivo deste tipo pode ser produzido no programa “CLUSTER”). portem. você pode aplicar símbolos e cores ao mesmo tempo...23. grupo 2 por “o“..18.. É disponível somente com adaptadores de vídeo do tipo EGA ou VGA.20.i. Quando chega em grupo 8.. deve ter uma linha para cada ponto. 6. não recomendo o uso de variáveis continuas aqui (tamanho de símbolo é mais apropriado . Os símbolos usados são aplicados na ordem . De novo.13...e..

pelo menos no cálculo de parâmetros fitossociológicos. desde que eles utilizam o mesmo arquivo de nomes e a mesma numeração das espécies. 1. é mais facil criar um único arquivo de nomes para todos os levantamentos da área. e deve ser adequado para a maioria de estudos práticos. e aceitam tranqüilamente duas ou mais parcelas ou pontos no. FIXO .8000 indivíduos). Na prática. ou para restaurar o padrão normal depois de aplicar uma das opções anteriores. mais é provável que este limite ficará para outros tipos de análise. um único arquivo de nomes pode servir para uma ampla série de levantamentos. às vezes. algumas “dicas” ajudam :1) Quando você vai ter uma série de levantamentos dentro de uma mesma área. esta versatilidade pode ser útil. onde a letra indica o levantamento individual e o número a parcela ou ponto dentro do levantamento.bate somente o nome do programa e espera o programa perguntar o nome dos arquivos de entrada e saida. 29 . Se você precisa usar um micro que só tem discos flexíveis com um levantamento onde o arquivo de dados não deixa espaço para resultados. Portanto. caso você não gosta deste. vindo de três arquivos diferentes. 3) O limite em número de parcelas (atualmente 400) deve ser suficiente para a maioria dos casos. Pode ser utilizada para mudar o padrão pré-fixada do programa. gráficos com muitos grupos logo ficam muito confusos.. embora também pode ser usada com variáveis inteiras.. desde que você não exagera ! Levantamentos grandes. é melhor não especificar os arquivos na linha de comando . colocar um disquete vazio no seu lugar. não recomendo gráficos complexos deste tipo porque sua interpretação é muito difícil. as cores representam os grupos obtidos com uma segunda análise de agrupamento (por ex. média de grupo). Se tiver mais. ou algo semelhante. etc. o programa divide a variável em 10 faixas iguais e utiliza um tamanho de símbolo diferente para cada faixa. Neste caso. dentro de uma ordenação utilizando PCA. seria possível produzir um gráfico de dispersão onde os dois eixos representam os primeiros dois componentes. cores e tamanhos simultaneamente. permitindo combinar arquivos sem problemas. TAMANHO . e difíceis de interpretar. porém. calcular parâmetros para cada bloco.Utilizando FITOPAC cores serão perdidas quando a tela é impressa utilizando Ctrl-P. Desta maneira. embora o número de espécies aceitável para um dado levantamento é limitado (no momento. mas. sugere-se que seja dada uma numeração do tipo A1. Se você normalmente usa drive A: para o programa. qualquer mudanças em identificações. será necessário quebrar os dados em blocos de 400 ou menos parcelas. B2. Em geral. A2. No caso de levantamentos mais extensas ou mais complexas. Quando se aplica este comando. pode responder B:SAOJOSE para o arquivo de entrada e A:SAOJOSE para o arquivo de saida. pode utilizar símbolos. e o sistema de numeração das espécies e famílias é uniforme. Por ex. e não recomendo que você tenta mostrar tantas informações no mesmo gráfico. você pode tirar o disquete do programa. e mandar todos os arquivos de resultados para este disquete. cor e tamanho e aplica uma combinação fixa para todos os pontos. caso precisa fazer um resumo da área inteira.Este comando permite escolha de símbolo. 1000 espécies para PARAMS e 250 espécies para programas que usam uma matriz de parceles x espécies). os símbolos representam os grupos obtidos com uma análise de agrupamento (por ex. Pretende-se tentar ampliar os limites para permitir o uso de levantamentos maiores. B1. após ter carregado o programa. Embora os programas não utilizam diretamente a numeração das parcelas ou pontos que você indica. Como um arquivo de nomes pode conter até 1000 espécies. Esta opção é melhor para variáveis contínuas. 2) Pode criar arquivos de dados separados para cada levantamento e depois combiná-los. embora o uso de disquetes que alta densidade permitem levantamentos mais extensos (mas a leitura é l-e-n-t-o !). devido às limitações de memória em computadores tipo IBM-PC. etc. Desta maneira. fica difícil distinguir várias parcelas com a mesma numeração nas listagens. ligação completa) e o tamanho dos símbolos representa os escores dos indivíduos no terceiro eixo. Você pode utilizar estes comandos para produzir gráficos relativamente complexos. com diversas amostras com composições semelhantes. com três variáveis diferentes. e depois juntar os dados dos blocos a mão. 4) Levantamentos grandes praticamente exigem o uso de um disco rígido (o limite para um disquete flexível de 360 Kb é algo em torno de 7 .este comando utiliza a variável escolhida para determinar o tamanho do símbolo do ponto correspondente. FITOPAC pode ser utilizado para levantamentos de vários tamanhos. precisam ser feitas somente uma vez.

ou que ocorreu algum outro problema quando o programa tentou gravar um arquivo. Impressora sem papel . Coloque um disquete ou feche a porta e mande gravar de novo.Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais. Favor avisar autor ! Acesso ao arquivo negado . Drive nao esta pronto ..e com a parte física do computador. Nas descrições seguintes. Erro de gravação no disco .O programa não obteve autorização do DOS para escrever neste arquivo. os programas tentam detectar diversos tipos de erros nos dados e nas respostas fornecidas pelo usuário. Alguns destes erros podem ser resultado de algum erro interno do programa e neste caso devem dar uma mensagem avisando que você deve entrar em contato com o autor do programa.O programa não conseguiu localizar o arquivo indicado. Em muitos casos. mas alguns erros são mais sérios e podem parar a execução. Também causado por problemas no drive ou com a gravação do arquivo sendo lido. Erro de leitura de “hardware” . mas o uso de MS-DOS v.Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais.Não tem papel na impressora. Numero de arquivos abertos excessivo .Problema de formatação do disco. você pode contribuir para melhorar os programas ou pelo menos avisar outros que o problema existe. Rota invalida .protegido ou diretório cheio ? . quando apropriado. ou disco danificado. Erros gerais Memória insuficiente . Codigo de acesso invalido . as mensagens de erro são descritas dentro de cada capítulo descrevendo o programa sendo usado.A rota ("path") não existe ou por algun motivo não é valida.FITOPAC 1 Mensagens de Erro Em geral. Se necessário. junto com uma descrição da análise sendo feita e.. Verifique que o nome e diretório estão corretos. se possível.não é um erro do programa em si. o símbolo N indica um erro fatal. Este erro é causado por problemas físicas de leitura . o programa também oferece uma série de opções. Retire o selo de proteção e mande gravar de novo.Não tem disquete ou a porta do drive está aberta. mas para opções comuns a diversos programas são descritas aqui. 4 pode criar problemas pois utiliza mais memória do que as versões anteriores ou posteriores.O programa tentou escrever para um disquete com selo de proteção ("write protected").Indica um erro que ocorreu quando o programa tentou ler um arquivo no disco. Erro de procura no disco . Disquete protegido . indicando o erro com uma mensagem dentro de uma janela de erro. Este erro ocorre quando não tem memória RAM suficiente para a análise desejada. Favor avisar autor ! Erro de leitura (Erro de CRC) no disco . Verifique a rota. Possíveis causas são sujeira no cabeçote do drive ou algum problema mecânica ou eletrônica no drive ou placa controladora. N Erros com arquivos Arquivo não foi encontrado . (na leitura do disco) Falha de “hardware” . os erros são interceptados pelo programa e não são “fatais” .i. Pode ocorrer se usar o nome de um arquivo protegido ("read only") ou quando o diretório está cheio (provável somente em disquetes de 360 KB). Desta maneira. Este contato é importante porque me avisa que existem problemas dentro do programa e que preciso tomar medidas para corrigí-las. Veja manual de DOS.Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais. uma cópia dos dados sendo analisados ajudarão a encontrar o problema.e não param o programa.Geralmente indica que o disco está cheio. o programa vai parar pois não é possível guarantir a continuação da análise sem corrupção da memória RAM. 30 . Uma copia da tela com a mensagem. especificando como o erro deve ser corrigido. Favor avisar autor ! Nome do arquivo nao foi “assigned” .Ocorreu algum problema de “hardware” i.e com a parte física do computador. Na maioria dos casos.O programa não conseguiu localizar alguns dados dentro do arquivo sendo lido. Quando ocorre este tipo de erro. Terminando execução.Ocorreu algum problema de “hardware” i. Neste manual. Setor não encontrado . Consulte manual de DOS. Normalmente não deve ocorrer se você tem 640 Kbytes de RAM . utilize a tecla F3 para mostrar o conteudo do diretório.

você deve verificar seus dados com cuidado para ter certeza que as transformações que pretende aplicar são válidas e que podem ser aplicadas ao tipo de dados contido na sua matriz. opções para abandonar a transformação ou repor valores problemáticos com “dados faltando”.produz um erro valor 0 L valor -vo L * L * L * L xmin = xmax outros L * L * L ? L L soma = 0 dp = 0 max = 0 todos faltando * ? . então. não é permitido calcular raiz quadrado ou logaritmo de números negativos. Em geral. Embora o programa deve detectar a maioria dos possíveis erros com transformações. o módulo de transformações tenta detectar erros potenciais antes de aplicar a transformação e emita uma mensagem de erro se encontrar algum problema.depende do constante Em geral. Geralmente oferece.Utilizando FITOPAC Outros erros comuns filtros manipulando matrizes planilha transformações Diversos tipos de erros são possíveis durante o processo de transformação. e o tipo de erro detectado pelo programa :- 31 . variáveis onde o máximo é igual ao mínimo são duvidosas. pois na realidade não são variáveis e não acrescentam informações. ou podem ser eliminadas. As mensagens de erro começam com uma tela indicando as variáveis onde um possível erro foi detectado. Os tipos de erros detectados são resumidos na tabela abaixo : transformação reciproco quadrado raiz quadrado raiz quadrado + constante logaritmo natural logaritmo natural + constante logaritmo comum logaritmo comum + constante arcoseno subtrair um constante multiplicar por um constante estandardizar centrar proporção "ranging" dividir pelo desvio padrão dividir pelo valor máximo subtrair o valor mínimo centragem duplo repor valor faltando com media converter em presencia/ausência L . possivelmente indicando que houve algum erro.interpretação duvidosa * . Por exemplo.

o que não é permitido para a transformação atual (por ex. aparece um menu oferecendo opções disponíveis para contornar os erros ou abandonar as transformações :Açao desejada?. A .volta à tela anterior (geralmente a de modificação de matriz).o valor máximo é igual ao mínimo nesta variável. deixando as variáveis com erros não transformados. valor de zero encontrado .para transformações onde nenhum destes valores é permitido (por ex. raiz quadrado). desvio padrão = 0. soma = 0. Útil quando você errou na transformação que queria usar . dividir por desvio padrão). as linhas mascaradas são justamente aquelas com dados válidos. 32 .com estandardização ou divisão pelo desvio padrão.0 .o variável contem somente “valor faltando”.não há variação . Os principais tipos de erro detectados são os seguintes :nenhum dado válido . Isso pode acontecer em casos onde você está mascarando diversos linhas de uma coluna que tem muitos dados faltando e se.com divisão pela máxima indica que o valor máxima encontrado nesta variável é igual a zero e não pode ser usada para divisão. valor negativo encontrado .por ex.coloca valor faltando em cada célula da matriz onde a condição de erro for encontrado (dentro das colunas/linhas selecionadas). então todas as observações para aquela variável teriam que ser descartadas.por exemplo com uma matriz contendo zeros. indica que não há variação nos valores desta variável. logaritmo). Pode ser resultado de algum erro ou um efeito de mascarar as únicas observações que tinham valores diferentes. com recíproco). = min. ESCOLHER UMA NOVA TRANSFORMAÇÃO .substituir erros com “valor faltando” B .volta à tela de transformações para poder optar para uma nova transformação. Geralmente ocorre porque foram mascaradas os poucos dados válidos dentro de uma variável com muitos dados faltando.a variável contem um valor negativo. Os programas normalmente não oferecem esta opção nestes casos. se o desvio padrão para uma variável for 0.O. Pode ser resultado de algum erro ou um efeito de mascarar as únicas observações que tinham valores diferentes.. max. abandonando as transformações por enquanto (por ex. valor de zero ou negativo encontrado . por acaso. menos que 2 dados válidos .transformar somente variaveis sem erros D .0 .voltar ao programa principal Estas opções tem os seguintes efeitos :SUBSTITUIR ERROS COM “VALOR FALTANDO” .FITOPAC 1 logaritmo natural : Possiveis erros na transformaçao ? pHCaCl-0 : valor de zero ou negativo encontrado M..transformar somente aquelas variáveis onde não foram encontrados erros. TRANSFORMAR VARIAVEIS SEM ERROS . máximo = 0. se você quer examinar ou corrigir a matriz com a planilha). Esta opção não está disponível em algumas circunstâncias .0 . VOLTAR AO PROGRAMA PRINCIPAL .a variável contem um zero e para a transformação atual isso não é permitido (por ex.a soma dos dados nesta variável é zero (com proporção). .escolher uma nova transformaçao C . você deve usar log + constante e não log simples. -0 : valor de zero ou negativo encontrado Mg -0 : valor de zero ou negativo encontrado Após a listagem das variáveis problemáticas.a transformação necessita de dois ou mais valores válidos (por ex.

Conversão não é possível. X j é a média da coluna j. Xmin o valor mínimo da coluna j e C é um constante especificado pelo usuário) :recíproco Yij = arcoseno 1 Xij Yij = arcsen ( X ) ∑X ij quadrado 2 Yij = Xij raiz quadrado Yij = subtrair um constante Yij = Xij . sj o desvio padrão da coluna j. é importante usar as facilidades para mascarar linhas ou colunas com bastante cuidado quando você pretende transformar uma matriz.Utilizando FITOPAC Em geral. e onde os componentes restantes tem valores muito diferentes daqueles que foram mascarados. Xmax o valor máximo da coluna j. A única saída é de eliminar as colunas que excedem o limite ou criar mais que uma matriz. No caso de transformação de uma matriz binária em matriz de números reais. Portanto. . Yij o valor produzido pela transformação. Notas Técnicas transformações As transformações utilizadas no módulo de manipulação de matrizes podem ser representadas da seguinte maneira (onde Xij é o valor na matriz original para linha i e coluna j. Esta cautela deve ser aumentada mais ainda quando tem muitos dados faltando na matriz. ∑ X é a soma dos valores na coluna j. a única mensagem de erro é :Número excessivo de [colunas] .C multiplicar por um constante Yij = Xij * C Xij estandardizar Yij = raiz quadrado + constante Yij = Xij + C centrar X −X s ij j j logaritmo natural Yij = ln(xij) logaritmo natural + constante Yij = ln(Xij + C) logaritmo comum Yij = log(Xij) Yij = proporção Yij = X −X ij j X ∑X ij "ranging" logaritmo comum + constante Yij = log(Xij + C) Yij = X −X X −X ij max min min 33 .A matriz binária tem um número de colunas maior que o limite permitida para matrizes de dados contínuos (que são armazenadas como números reais). a causa mais comum de problemas é a aplicação de transformações em variáveis onde diversos componentes foram mascaradas.

converter em presencia/ausência Esta transformação permite transformar uma matriz de valores reais (variáveis contínuas) em matriz binário. onde X é a média geral para todos os valores da matriz No caso de transformações por linha. “ranging”.Xmin centragem duplo Yij = Xij − X j − Xi + X . de acordo com as necessidades da análise que pretende usar. proporção. 34 . Ao escolher esta opção. a direção não altera o resultado. este constante pode ser deixado como 0. centrar. para as transformações arcseno. o programa pede o valor máximo que deve ser usado para “ausência”. mas em alguns casos você pode querer usar outro valor. X s ij j dividir pelo valor máximo Yij = X X ij max subtrair o valor minimo Yij = Xij . e qualquer célula da matriz que contém um valor igual ou menor será tratada como “ausente” (0). Normalmente. estandardizar. Para as transformações restantes.FITOPAC 1 dividir pelo desvio padrão Yij = repor valor faltando com media Nesta transformação. todos os casos de “valor faltando” são substituídos pelo valor da média da coluna. as mesmas definições podem ser usadas. dividir pelo máximo e repor valor faltando com média. dividir por desvio padrão. permitindo que casos com valores faltando podem ser utilizados em análises que normalmente não permitem. substituindo linha por coluna em cada.

1983. Quantitative Plant Ecology. Blackwell. 35 . & Legendre. Legendre. Oxford. P.Utilizando FITOPAC Bibliografia Grieg-Smith. 1983. Amsterdam. Numerical Ecology. Elsevier. P. L.

Desta maneira. Caso você queira utilizar nomes diferentes para cada arquivo. mas é essencial que exista espaço suficiente no disco para gravar estes arquivos além do arquivo “FPD” final.NMS e SAOJOSE. é necessário bater somente PREPARE <NOME> e o programa vai buscar e criar os arquivos necessários automaticamente . se você criou SAOJOSE. O arquivo de saída produzido pelo programa pode ser um arquivo “. este programa é essencial para preparar os dados de um levantamento para serem analisados com FITOPAC. Como exemplo. Além de converter o formato dos dados.FPD” do FITOPAC que serve como entrada para programas como “PARAMS” e “CRIAMAT” ou um arquivo ASCII contendo informações que podem ser lidos por outros programas como “SYSTAT”. pode especificá-los na seguinte seqüência :. No momento.FPD será criado automaticamente. colocando a rota para cada arquivo antes do nome se estiveram em diretórios diferentes. Antes de usar este programa.por ex. não há necessidade de seguir um formato especial para entrada dos dados. facilitando um pouco a tarefa e minimizando os erros que normalmente resultam quando é necessário bater os dados num formato diferente daquele utilizado no campo. Arquivos necessários Para utilizar este programa.NMS” no diretório .PREPARE <NOMES> <DADOS> <SAIDA>. pode bater PREPARE SAOJOSE. existem muitas possibilidades para erros nos arquivos de dados crus. Estes arquivos (que tem a extensão “TMP") normalmente são removidos pelo próprio programa no fim de processamento e não são “visíveis” para o usuário.PROGRAMA PREPARE Função O programa “PREPARE” tem a função de ler os dados para levantamentos utilizando arquivos preparados pelo usuário e converter estes dados no formato padrão usado pelos outros programas do FITOPAC (formato FPD). e especificando a extensão se não utilizou as extensões normais. Normalmente. consulte Grieg-Smith(19??). PREPARE é capaz de ler e transformar dados para os seguintes tipos de levantamento :• Levantamentos usando parcelas (quadrat survey) • Levantamentos usando quadrantes (point-centered quadrants) Para uma descrição destes métodos. geralmente com a extensão “DAD”. Embora a função do programa seja muito simples. Brower & Zar(19??) e Krebs(19??). e o arquivo SAOJOSE.DAD contendo os nomes e dados numéricos respetivamente. e as maneiras de corrigir os erros detectados. Tentei introduzir testes para detectar os erros mais comuns. mas é evidente que não é possível detectar todos os possíveis tipos de erros. geralmente com a extensão “NMS” e 2) os dados numéricos. portanto. e é provável que você encontra diversos tipos de mensagens de erro durante o uso deste programa. para entender os tipos de erro que o programa pode encontrar. descrevendo os indivíduos encontrados durante o levantamento. 2 de entrada e um de saída.. A estrutura e preparação destes arquivos é descrito no capítulo “Preparando dados para FITOPAC”. Se você utiliza o conjunto padrão para os nomes dos arquivos. Introdução Este programa é a “porta de entrada” para a maioria dos usuários do FITOPAC. Existe também a opção de produzir um arquivo “ASCII” que pode ser lido por outros programas ou pacotes como “SYSTAT” ou “Lotus 123”. Permite ler um arquivo de dados crus que essencialmente seguem o formato usado para coletar os dados no campo e transforma este arquivo no formato mais ordenado e padronizado utilizado para os outros programas do pacote. é especialmente importante que você lê com atenção a seção sobre “detecção de erros e mensagens de erro”. tentando detectar possíveis erros. “dBASE” ou “123”. o programa também verifica certos aspectos dos dados. você normalmente precisa especificar três arquivos. É importante notar que PREPARE cria dois arquivos temporários enquanto está processando os dados. se você quer usar um arquivo de nomes “MATAS. “PREPARE” utiliza como entrada dois arquivos ASCII contendo 1) os nomes das famílias e espécies encontrados no levantamento.

F5 Gravar config. somente depois de ler um arquivo de nomes e os itens com ***. você pode especificar esta combinação na seguinte maneira :PREPARE D:\NOMES\MATAS C:\DADOS\GENEBRA C:\XYZ\G2 Repare que a ordem dos arquivos é importante ! Se não quiser especificar os arquivos na linha de comando. o arquivo de dados “GENEBRA.FITOPAC . sem qualquer nome de arquivo. etc. é melhor completar estas perguntas pois facilitam a identificação dos arquivos posteriormente.DAD Arquivo saida : GENEBRA. de indivíduo presente. As informações são fornecidas preenchendo duas telas de perguntas. *nomes.Parcelas Q . altura presente e coordenados X e Y ausentes). somente após a leitura de um arquivo de dados numéricos. os itens marcados com **.DAT” no diretório C:\DADOS\ e gravar os resultados no arquivo “G2.selecione o tipo de levantamento a ser processado. ***fitopac e ***ascii. **dados. e neste caso precisa bater somente PREPARE.versão 1 D:\NOMES\. no.completa as informações complementares que os programas de FITOPAC necessitam. você pode usar os comandos normais para mudar arquivos e rotas dentro do programa.Quadrantes CABEÇALHO . e que acompanham os dados durante as análises posteriores. ***verificar. F4 Impressora. cabeçalho. F3 Selecionar. F10 Sair As opções oferecidas no menu principal são tipo.FPD” no diretório C:\XYZ\. Segue a explicação de cada opção :TIPO . Os itens marcados * estão disponíveis somente depois de completar os dados do cabeçalho. Os dados geográficos na primeira tela não são estritamente necessários. Ao escolher esta opção. aparecerá um menu mostrando os tipos disponíveis Tipo de levantamento ? P . mas. sendo impressos com as listagens produzidas por diversos programas. centímetros/metros. Os campos descrevendo os parâmetros usados (perímetro/diâmetro.NMS Arquivo de dados : GENEBRA. em geral. No . Utilização Tela principal :- Arquivos Rotas Tipo Cabeçalho Nomes Dados Verificar Fitopac ascIi Sair Escolher tipo de levantamento -------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo de nomes : GENEBRA. Veja a seção “Preparando dados para FITOPAC” para uma discussão mais completa destes parâmetros.FPD Rotas Rota para nomes : C:\FITOPAC\ Rota para dados : C:\FITOPAC\ Rota para saida : C:\FITOPAC\ Tipo de amostragem : parcela -------------------------------------------------------------------F1 Ajuda.) são essenciais se você não utilizou o padrão preestabelecido por PREPARE (perímetro em centímetros.

Responsavel : Bate os nomes dos responsávies para o levantamento. Até 160 caracteres.0 Altitude em m da área estudada 3 . Também é impresso nas listagens.programa PREPARE caso de levantamentos por parcelas. os campos de comprimento e largura de parcela são obrigatórios. Latitude : 0 ° 0 ' 0 “ Sul Longitude : 0 ° 0 ' 0 “ Oeste Coordenados geográficos para este levantamento Altitude : 0. Pode ter até 160 caractéres. As telas que aparecem com a escolha desta opção são as seguintes :Dados do Levantamento Titulo : Bate um título descritivo para este levantamento. Local : Local onde se localizou o levantamento. e o programa não deixa você proceder sem estas informações (são essenciais para os cálculos dos parâmetros fitossociológicos). Este título será impresso nas listagens de todas as análises posteriores. Estado : Sigla do estado onde se localizou o levantamento. Municipio : Município onde se localizou o levantamento.

Veja a seção “Detecção de erros e mensagens de erro” para uma descrição dos erros que podem ser detectados. Mediu altura : Sim "Sim” se você mediu altura dos indivíduos. Repare que você pode utilizar o mesmo arquivo de nomes com diversos arquivos de dados. Esta informação é essencial para levantamentos com parcelas. Os dados são lidos linha por linha e armazenados num arquivo temporário no disco antes de serem gravados no formato final com os comandos “fitopac” e “ascii”. Não é necessário ler o arquivo de nomes de novo para cada arquivo de dados . No. No final da leitura de dados aparece a seguinte tela :- * É necessário ler o arquivo de nomes primeiro porque o programa tenta verificar se os números de espécie nos dados numêricos estão consistentes com a lista de nomes.00 Comprimento e largura das parcelas em levantamentos que utilizaram parcelas. de individuo presente : Sim "Sim” se você está incluindo um número para cada indivíduo.versão 1 Outras Informaçoes Comprimento das parcelas : 0.00 Indique o perímetro/diâmetro mínimo para este levantamento.o programa armazena os nomes até que você manda ler um outro arquivo de nomes.e. DADOS . Esta opção carrega um arquivo de nomes e tenta interceptar certos tipos de erros comuns (veja a seção “Detecção de erros e mensagens de erro” para uma descrição dos erros que podem ser detectados). nas mesmas unidades utilizadas na medição. Coordenados XY presentes : Nao "Sim” se você está incluindo coordenados X e Y para cada indivíduo NOMES .ler e verificar o arquivo de nomes. Esta opção fica disponível somente após a leitura de um arquivo de nomes i. Não pode misturar os dois no mesmo arquivo ! Diametro/Perimetro minimo : 0.FITOPAC . Usou Perimetro ou Diametro : Perimetro Indique se você mediu perímetro ou diâmetro dos indivíduos.ler um arquivo de dados com intercepção de certos tipos de erros. . Não pode misturar os dois no mesmo arquivo ! Perimetro/Diametro em Centimetros ou Metros : Centimetro Indique se mediu perímetro/diâmetro em centímetros ou metros. você precisa usar o comando “nomes” antes de “dados"*.00 Largura das parcelas : 0.

0. caso seja correto. aparece uma tela onde você pode especificar os valores para máximo e mínimo para cada parâmetro :Limites para Verificaçao dos dados minimo maximo diametro 0 altura 0. Por exemplo. VERIFICAR .000 medio 3.847 16. Quando você seleciona esta opção.700 332. com um mínimo absoluto de 0.000 3. especies 640 123 42 no. pontos 160 no.72 8. Qualquer indivíduo que não se encaixa nestes limites é assinalada e o programa dará uma mensagem que existe um valor “suspeito” para este indivíduo.000 35. Da mesma maneira. distância.Com este comando você pode verificar os dados antes de grava-los no arquivo final.DAD “Levantamento de Mata Atlantica" no. no caso de levantamentos por quadrantes. pode alterar estes limites. é normal que os arquivos de dados não contém indivíduos pertencentes a todas as espécies ou famílias no arquivo de nomes.000 maximo 9.82 distancia 0.00 Os valores que o programa sugere inicialmente são a média ± 3 x desvio padrão para cada parâmetro. Repare que o uso de limites muito “estreitas” vai produzir uma quantidade grande de “alarmes falsos” mas é praticamente garantido que vai mostrar qualquer 5 . colocando os valores que achar mais apropriados. Repare que o número de espécies e famílias apresentado se refere ao número presente no arquivo de dados e não no arquivo de nomes. e oferece a oportunidade de corrigir o valor “estranho” ou deixar como está. Permite estabelecer limites para diâmetro/perímetro. Este processo pode ser facilitado pelo comando “verificar”.437 68.73 40.00 202.788 Esta tela é muito importante e deve ser lida com cuidado pois oferece uma oportunidade para descobrir eventuais erros que o programa não foi capaz de detectar. descrito abaixo. O número de espécies e famílias também deve ser observado com cuidado. individuos no.programa PREPARE arquivo : UBATUBA. você pode ter um único arquivo de nomes que você utiliza com diversos arquivos de dados e neste caso. altura e. Valores que ficam fora desta faixa são atípicos e devem ser conferidos com cuidado. mas se quiser. Por exemplo. uma altura máxima de 60 m para um levantamento de cerrado seria um tanto suspeito.050 30. familias minimo distancia diametro altura 0. um valor de diâmetro mínimo abaixo do menor diâmetro que você utilizou no seu levantamento sugere que houve um erro na entrada dos dados e que você deve verificar todos os dados.

FITOPAC - versão 1

valor suspeito. Por outro lado, o uso de limites muito “amplos” vai produzir poucos “alarmes falsos”, mas vai detectar somente valores muito extremos. É difícil dar uma recomendação geral pois os limites mais eficientes dependem do levantamento e o padrão de variação dos indivíduos, e o usuário terá que descobrir os valores mais apropriados por um processo de tentativa e erro. FITOPAC - Gravar o arquivo de dados no formato FITOPAC - FPD. Este é o formato usado pelos outros programas do FITOPAC e é a opção normal. Repare que os dados não são gravados automaticamente - você precisa mandar grava-los ! ASCII - Gravar o arquivo de dados no formato ASCII, permitindo que serve como entrada para outros programas que aceitam este formato (por ex. SYSTAT, Lotus 123). Os dados numéricos são gravados normalmente, e os nomes das espécies, famílias e amostras podem ser acrescentados para cada indivíduo. Ao escolher esta opção, aparece uma tela que permite “ligar” ou “desligar” a gravação dos nomes e determinar o número de caracteres que aparecem em cada nome. Este último dado é necessário pois alguns programas não aceitam nomes longos (por ex. SYSTAT aceita no máximo 12 caracteres) - o normal para FITOPAC é 35 caracteres. A tela tem o seguinte formato :-

Gravar nomes em arquivo ASCII ?

Nomes de especies Nomes de familias

Sim Quer gravar o nome de espécie para cada indivíduo ? Sim Quer gravar o nome de família para cada indivíduo ? Sim Quer gravar o nome da amostra (parcela ou ponto) para cada indivíduo ? 35 Indique o comprimento dos nomes em número de caracteres

Nomes de amostras

Quantos caracteres :

Exemplos dos diferentes formatos de arquivo que podem ser gravados com esta opção são mostrados na fig. ??.

Detecção de erros e mensagens de erro
A fase de entrada de dados é a mais difícil em termos de introdução de erros, e como os resultados de todas as análises posteriores dependem da qualidade e accuracia dos dados crus, vale a pena fazer um esforço grande para evitar possíveis problemas nesta fase. Mesmo que os dados sejam digitados com muito cuidado e verificados posteriormente, é surpreendentemente fácil introduzir erros na digitação. Coisas simples como esquecer de deixar um espaço entre dois números ou pular um dos valores na linha podem ter conseqüências graves porque o programa vai tentar ler os valores errados deste ponto em diante. Tentei, portanto, introduzir uma série de testes e verificações dos dados que ajudam detectar problemas no arquivo de dados. Para começar, o programa lê o arquivo como linhas de texto que são interpretadas internamente, e aplica uma série de testes nos dados obtidos. Dessa maneira, problemas que ocorrem em uma linha não “contaminam” o resto do arquivo, e, caso seja necessário, uma dada linha pode ser descartada sem prejudicar a leitura do resto do arquivo. Normalmente o programa da uma mensagem de erro quando ocorre alguma linha no arquivo que não pode ser interpretada ou que apresenta valores inconsistentes, e, em seguida, oferece algumas opções permitindo consertar o erro, reeditando a linha do arquivo ou abandonar o arquivo, caso o problema seja muito grave. Embora tentei detectar uma proporção razoável dos erros comuns, é essencial notar que não é possível detectar todos os possíveis erros ! Se você bate “3.4” em vez de “4.3” para uma distância, por exemplo, é praticamente impossível detectar este tipo de erro, e a única maneira de encontrá-lo é uma revisão minuciosa do arquivo de dados, antes de usar FITOPAC. Portanto, não confie que “PREPARE” vai encontrar todos os erros no seu arquivo.

programa PREPARE

Segue agora uma descrição dos tipos de erros que o programa é capaz de detectar :Arquivo de nomes Nomes de famílias - o programa verifica a presença de • nomes duplicados - o mesmo nome usado com dois números de família • número de família fora dos limites de FITOPAC • número de família faltando Nomes de espécies - o programa detecta • nomes duplicados - mesmo nome para duas espécies • número de família incompatível com a lista de famílias • número de família que não tem nome associado • número de espécie fora dos limites de FITOPAC • número de espécie ou família faltando • número de espécie já utilizado para outra espécie Dados numéricos - o programa detecta • caracteres “ilegais” na linha (letras ou símbolos) • espaço ou valor faltando na linha (i.e. o número de “itens” na linha está errado) • números decimais onde deve ter um número inteiro • números que não podem ser interpretados • número de espécie fora dos limites do FITOPAC • número de espécie não presente na lista de espécies Quando um erro é detectado, o programa para o processamento do arquivo e apresenta uma mensagem de erro, mostrando também a linha onde o erro ocorreu e alguma explicação do tipo de erro encontrado como mostra o seguinte exemplo onde esqueceu-se de colocar um espaço depois do número da família “Abobraceae” no arquivo de nomes :? ERRO ? arquivo : ERROS.NMS *** linha 8

9Abobraceae ——^

Nao foi possivel interpretar o numero da familia

Qualquer tecla..

Depois de apertar uma tecla, aparece um menu para determinar qual a ação que o usuário deseja tomar :Açao desejada ? E - Editar linha P - Pular linha T - Terminar processamento deste arquivo

Se escolher “Editar linha”, você pode utilizar as teclas normais de edição para alterar a linha (neste caso inserindo um espaço depois do número da família) e continuar o processamento. Esta seria a opção normal. Repare que esta

7

FITOPAC - versão 1

opção NÃO corrige o arquivo original contendo os dados crus - este continua como estava, e se você quer corrigi-lo, terá que usar o editor de texto para alterá-lo. A opção “Pular linha” simplesmente ignora esta linha do arquivo e continua processando a próxima. Esta opção é útil se por acaso entrou alguma linha contendo “lixo” que não deveria estar presente, ou se você quer procurar outros erros antes de alterar o arquivo de dados. A opção “Terminar processamento” abandona o arquivo e volta ao menu principal, e pode ser usado onde houve algum erro mais grave (arquivo errado, tipo de levantamento errado, etc.). Em alguns casos pode haver mais opções - por ex. acrescentar uma espécie quando um número de espécie não declarada é encontrado. As principais mensagens de erro são as seguintes :Arquivo de nomes Nao foi possivel interpretar o numero da familia O número da família está faltando ou você esqueceu de bater um espaço depois do número (mais comum) ou tem algum caractere “ilegal” no meio do número. Este no. de familia nao existe na lista de familias O número de família dado para uma espécie não foi declarado na lista de famílias. Este numero ja esta sendo usado para a familia .............. O número de família encontrado nesta linha já foi utilizado para algum outro nome de família anteriormente. Não pode usar o mesmo número para duas famílias diferentes. Numero de familia invalido ....minimo = 1 e maximo = X Se ocorrer enquanto está lendo os nomes das famílias, é porque o número da família é muito grande ou menor que 1. Pode também ocorrer enquanto o programa está lendo os nomes das espécies e neste caso o máximo corresponde ao maior número na lista de famílias. No. de especie invalido ....minimo = 1 e maximo = X O número de espécie está fora dos limites aceitáveis pelo FITOPAC - deve ser maior que 0 e menor que o número máximo de espécies (1000 nesta versão). Pode ser causado também pela falta de um espaço entre o número de espécie e número de família - o programa tenta ler esta combinação como o número de espécie. Este numero ja esta sendo usado pela especie.......... O número de espécie encontrado nesta linha já foi utilizado para algum outro nome de espécie anteriormente. Não pode usar o mesmo número para duas espécies diferentes. Este nome ja foi usado para especie X Já existe uma outra espécie com o mesmo nome. Repare que diferenças entre maiúscula e minúscula são desprezadas aqui - “Planta vulgaris” é a mesma coisa que “PLANTA VULGARIS”. Nomes duplicados não são permitidos porque é impossível distinguí-los posteriormente nas listagens produzidas pelas análises. Arquivo de dados Este no. de especie nao existe no arquivo de nomes O número de espécie usado aqui não foi declarada na lista de espécies. Linha muito comprida ? (max = 255 caracteres) Esta versão de PREPARE só pode ler linhas de até 255 caracteres. Se o programa chega até 255 caracteres e ainda detecta mais texto na linha sendo lida, emitirá esta mensagem de erro porque é provável que a linha não será lida corretamente. Geralmente, este número de caracteres é suficiente, e é raro encontrar esta mensagem de erro, mas em casos onde há um número muito grande de caules múltiplos (por ex. uma touceira de bambu), é possível ultrapassar este limite. Neste caso, a única saída é de calcular manualmente um perímetro/diâmetro equivalente para alguns caules, até o comprimento da linha ficar menor que 255 caracteres. Repare, também, que não é necessário ter espaços ao redor do ‘+’ quando você está batendo dados para indivíduos com caules múltiplos (veja a seção “Preparando dados para FITOPAC” para mais detalhes do formato). Nao foi possivel interpretar esta linha - caractere ilegal ?? Geralmente este erro ocorre quando o programa detecta algum caractere “ilegal” na linha - por ex. alguma letra.

Deve ser um numero inteiro Foi encontrado um número decimal onde o programa esperava um número inteiro. com diversos testes e formas de verificação. o número máximo de indivíduos será determinado pelo espaço disponível no disco. médias e outros valores para cada parâmetro. ainda tem mais texto nesta linha. o programa lê um (ou vários) arquivos de dados. ou algum valor que foi esquecido. PARAMS) e não pode ser modificado nesta versão. famílias e amostras é limitado pelos outros programas do FITOPAC (por ex. Limitações e problemas O número de espécies. o programa lê os dados do arquivo temporário. Uma vez que os dados de um indivíduo (uma linha) forma interpretados e verificados. Terminada a leitura de um conjunto de nomes. mas necessita de espaço em disco para armazenar os dados. possivelmente indicando algum erro. Este tipo de situação pode ocorrer quando você acidentalmente insere um espaço entre dois dígitos do número de espécie ou talvez um espaço depois do ponto decimal da altura. Krebs. 9 . é possível evitar limitações de RAM se o número de indivíduos for muito grande. Desta maneira. Enquanto os dados são lidos e gravados. Neste último caso. são gravados num segundo arquivo temporário e não mantidos na memória RAM. Na prática. Os dados são gravados em formato final somente quando o usuário escolhe uma das opções “FITOPAC” ou “ASCII”. Dados a mais nesta linha ? O programa leu uma série de dados que correspondem ao número de valores esperado. Nao foi possivel interpretar este numero Ocorreu algum problema que dificultou a interpretação do número. C. são lidos primeiro os nomes das famílias e espécies e após a leitura e verificação. de especie grande demais ou pequeno demais O número de espécie para este indivíduo ultrapassa os limites de número de espécie para esta versão de FITOPAC. e pelo número de amostras no caso de levantamentos que utilizam o método de quadrantes. estes últimos são gravados num arquivo temporário. o programa acumula os máximos. Bibliografia Brower & Zar Grieg-Smith. O arquivo de dados é lido linha por linha na forma de texto que posteriormente é interpretado pelo programa. mínimos.programa PREPARE Pelo menos um valor ou espaço faltando O programa tentou “contar” o número de valores na linha e encontrou um valor menor que o esperado. Desde que não ultrapassa os limites impostos pelo número de espécies. Esta especie nao existe no arquivo de nomes O número de espécie para este indivíduo não está incluído entre os números de espécies no arquivo de nomes. no caso de levantamentos por parcelas. famílias e amostras. um levantamento pode conter um número praticamente ilimitado de indivíduos. Mesmo assim. Se a opção de verificação for escolhida. Notas técnicas O programa nunca mantém todos os dados em memória RAM ao mesmo tempo. No. o programa oferece a opção de acrescentar uma nova espécie para a lista de nomes. Em vez disso. Pode ser um erro no número ou uma espécie que acidentalmente foi excluída do arquivo de nomes. Geralmente ocorre por causa de um espaço faltando entre um número decimal e um inteiro. Isso geralmente é resultado de um espaço faltando entre dois valores.

Uma outra característica desta versão é a flexibilidade possível na impressão de tabelas de resultados. no. esta versão possui uma série de melhorias e facilidades que devem aumentar consideravelmente a utilidade do programa. 2. etc. você mesmo pode elaborar o padrão que prefere. Uma lista completa dos parâmetros. Calcula a maioria dos parâmetros comuns como densidade relativa. índices de diversidade. Espécies . Arquivos necessários PARAMS utiliza um arquivo de dados “. etc. Cansei de tentar satisfazer todos os usuários com relação à ordem dos parâmetros e quais parâmetros deviam ser incluidos nas tabelas . area basal total. responsável pelo cálculo de parâmetros fitossociológicos. além de quais tabelas são impressas podem ser modificados pelo usuário e o conjunto de preferências pode ser gravado.FPD” como entrada e pode produzir arquivos de listagem e arquivos dos tipo “. ou utilizar os nomes prefixados (ESPECIES.FPM). permitindo que todos as análises sejam impressas da mesma maneira. de espécies. a ordem.precisa deixar espaço no disco de saida. Alem dos cálculos de parâmetros básicos. o programa tem algumas facilidades para produção de gráficos simples e pode gravar tabelas de parâmetros em arquivos do tipo FITOPAC padrão (FPM) que podem ser traduzidos para outros formatos (Lotus 123. etc.FPM. FAMILIAS. frequência absoluta e relativa e também uma série de parâmetros para o levantamento como um todo .1. Esta versão tem facilidades para especificar subconjuntos de dados. 4. por ex. portanto. parâmetros gerais características do levantamento como um todo .densidade total. pode especificar o nome de cada arquivo individualmente (o programa pergunta antes de gravar). Calcula a maioria dos parâmetros fitossociológicos normalmente utilizados em levantamentos de vegetação arbórea/arbustiva e fornece algumas gráficos simples resumindo os resultados. tabela de parâmetro das famílias. Você pode especificar na linha de comando os nomes dos arquivos de entrada e saida. 3. densidade total.FPD como arquivo de dados e gravaria a listagem em SJ1. Os parâmetros fitossociológicos calculados são armazenados em quatro tabelas :. Se não gostar do conjunto padrão que vem embutido no programa. as formulas utilizadas e detalhes dos cálculos são descritas na seção “Notas Técnicas”. a listagem pode ser bastante volumosa se você usa todas as opções .tabela de parâmetros das espécies.PROGRAMA PARAMS Função Este programa calcula parâmetros fitossociológicos para levantamentos que utilizam os métodos de quadrantes (Point-centered Quarter method) e parcelas (Quadrat method).RES” utilizaria SAOJOSE. Repare que para levantamentos grandes. Utilização A tela principal é apresentado abaixo :- 1 . “PARAMS SAOJOSE” vai utilizar o arquivo “SAOJOSE.FPM e PARCELAS. permitindo diversas sub-análises no mesmo levantamento.FPD” como arquivo de dados e os resultados serão gravados no arquivo “SAOJOSE. os nomes. a largura das colunas e quais colunas são impressas. “PARAMS SAOJOSE SJ1.não tinha duas pessoas que concordavam na mesma ordem e parâmetros ! Na versão atual.índice de Shannon. Embora a maioria dos parâmetros disponíveis já são calculados pelo programa correspondente na versão preliminar do FITOPAC. tabela de parâmetros das parcelas (somente para levantamentos utilizando parcelas).FPM” contendo os resultados produzidos.) via o programa MATRIZ e utilizados em programas gráficos.RES. e provavelmente será o programa mais utilizado pela maioria dos usuários. Se você opta para gravar as tabelas de resultados.LST”. Introdução PARAMS é o programa central do FITOPAC.

versão 1 Os principais comandos são os seguintes :. Nesta situação. e você pode correr diversos tipos de análise no mesmo arquivo de dados utilizando um filtro diferente para cada análise. GRAFICOS . GRAVAR . de decimais. produzindo uma análise que é comparável com o levantamento feito com DAP de 5 cm (se todas as outras características do levantamento forem iguais).Produzir gráficos a partir das tabelas de resultados. se você não especifique um filtro. amostras e indivíduos que serão aceitas na análise atual. Os indivíduos usados são selecionados de acordo com o filtro especificado antes de iniciar este comando. Portanto. mas permitem ter uma indicação do comportamento dos parâmetros sem sair do programa. permitindo o uso dos recursos gráficos ou estatísticos de outros programas.FITOPAC .Filtro.11 e 13 . com idivíduos menores que 10 m de altura e com diâmetros menores que 20 cm. Os comandos marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de fazer os cálculos para um dado levantamento.23. incluindo ou excluindo espécies (por exemplo indivíduos mortos onde estes foram incluidios). Portanto. 2 . diâmetro e altura para produzir análises muito específicas por exemplo. especies. Você pode alterar quais são os parâmetros incluidos. Os detalhes de como alterar as tabelas são descritas na seção “Alterando as tabelas”. Os gráficos aparecem inicialmente na tela e podem ser impressas ou via uma cópia da tela. aLterar. a ordem dos parâmetros nas tabelas. Diversos outros tipos de filtro podem ser especificados. pode correr a análise completa para um levantamento. Note que este método não funciona com levantamentos que utilizem o método de quadrantes. Estes podem ser do tipo gráfico de dispersão ou histograma. Enquanto estiver dentro do programa.O filtro é usado para determinar quais são as espécies. excluindo mortas e desconhecidas. ou diferentes combinações de altura e diâmetro para analizar diferentes estratos. IMPRIMIR . o programa deve incluir todos os indivíduos no arquivo de dados. dependendo da saida escolhida. depois. você pode fazer qualquer número de análises.imprime as tabelas de resultados diretamente na impressora ou num arquivo. além de quais tabelas são impressas. e depois uma série de sub-análises de vários tipos especificando um filtro diferente para cada sub-análise. alterando o arquivo de dados ou o filtro e. inicialmente incluindo todos os indivíduos com DAP ≥ 3 cm. *Imprimir.Gravar as tabelas de resultados no disco em arquivos do tipo “FPM” que depois podem ser traduzidos (pelo programa MATRIZ) para arquivos do tipo “Lotus 123” ou “SYSTAT”. CALCULAR . É possível utilizar praticamente qualquer combinação de unidades de amostragem. pois a exclusão dos indivíduos menores altera o método de amostragem e não é compatível com o método de quadrantes.Este comando é utilizado para alterar as tabelas de resultados e a maneira em que elas são impressas. Os valores pré-estabelecidos pelo programa são tão amplos que não devem excluir qualquer indivíduo em levantamentos normais. nomes dos parâmetros).começa a leitura dos dados e o cálculo dos parâmetros fitossociológicos que são armazendos em diferentes tabelas. O uso do filtro dá uma flexibilidade bastante grande. re-fazendo os cálculos. Calcular. no. A seção “Gráficos” descreve o uso desta opção. Segue uma descrição de cada comando :FILTRO . a ordenação usada dentro das tabelas e detalhes da impressão das tabelas (largura das colunas. Os gráficos produzidos aqui são relativamente simples. Um exemplo seria o caso de um levantamento utilizando parcelas. Desta maneira. *Graficos e *graVar. ou utilizando os caracteres normais da impressara. você pode produzir uma tabela de parâmetros fitossociológicos e depois utilizar “Harvard Graphics” ou “Quattro” para produzir os gráficos desejados. você pode especificar um filtro que exclua todos os indivíduos com DAP < 5 cm. onde você quer comparar com um outro levantamento onde o DAP mínimo foi de 5 cm. incluindo ou excluindo blocos de parcelas para fazer sub-análises dentro de um levantamento grande. somente parcelas 1 . A maneira em que o filtro é especificado é descrita na seção ???? . ALTERAR .

neste gráfico. ou.n classes C . Densidade Relativa contra número de indivíduos simplesmente produz uma linha reta pois o primeiro é derivado do segundo por uma multiplicação simples. de graficos especificados : 0 TIPO . O programa não dá qualquer aviso.mostra n barras correspondendo às primeiras n espécies ou famílias(fig. TABELA . Dentro deste módulo. Uma vez que uma fila de gráficos foi criado. primeiros x % + resto .primeiros x % + resto Diagrama de dispersão .n classes + resto D . Gráficos de barra . 3 .Grafico de barra .Grafico de barra .programa PARAMS (manual versão 01/05/98) Alterando as tabelas Gráficos A tela de gráficos permite escolher entre diferentes tipos de gráficos e a tabela de onde serão extraidos os dados. mas a soma dos valores nas barras mostradas atinge pelo menos x% do total do parâmetro escolhido(fig. e produz o gráfico. frequentamente mais convenientamente.mostra n + 1 barras dos quais os primeiros n correspondem às primeiras n espécies ou famílias e o último que representa a soma das espécies ou famílias restantes.Diagrama de dispersao B . As diferenças entre estes gráficos são as seguintes :n classes . e se prefere barras simples ou “3D".Esta opção abre um menu permitindo escolher qual das tabelas de resultados será utilizada (espécies. o número de barras é variável. famílias ou parcelas). ??). com as espécies ou famílias ordenadas de maior para menor.por ex. O número máximo de barras é ??. você pode especificar os gráficos um de cada vez. n classes + resto . onde diversos gráficos podem ser selecionados ao mesmo tempo e depois mostrados e impressos um a um. o campo “No. na forma de um diagrma de dispersão (fig.todos mostram a quantidade absoluta ou porcentagem do parâmetro escolhido em cada espécie ou família. Esta opção abre um menu que mostra os tipos disponíveis :Tipo de grafico A . Aparece uma tela perguntando quantas barras você quer no gráfico.primeiros x % E . mesmo que seja inutil. de graficos especificados” informa quantos gráficos estão na fila. ??). na forma de uma “fila". Tipo tAbela Vars Opçoes Simbolos Desenhar Imprimir Proximo aNterior Continue Tipo de grafico desejado Tipo de grafico : Diagrama de dispersao Tabela atual : Especies No. e a forma em que os gráficos serão mostrados na tela ou impressos. primeiros x % . ??). Note que nem todas as combinações são úteis .Escolher o tipo de gráfico desejado.Grafico de barra .é um gráfico que mostra a relação entre dois parâmetros.é igual ao anterior mas acrescenta uma última barra que repesenta a proporção do parâmetro representada pelas espécies ou famílias restantes. Também aparece uma tela perguntando quantas barras e tipo de barra.Grafico de barra . com respeito ao parâmetro escolhido. A porcentagem é especificada numa tela que aparece logo em seguida e que permite também especificar o tipo de barra.

Rel 60.0000 1. a tela que aparece é a seguinte :Opçoes para grafico Freq. duas listas de parâmetros aparecem. Se você seleciona mais que um parâmetro.0000 Indique os valores máximo e mínimo para a escala vertical. permitindo identificá-los Para gráficos de barra com número de classes fixo.Ubatuba Permite alterar o título que aparece no gráfico maximo minimo intervalo Freq. Para diagramas de dispersão.esta opção abre uma tela que permite alterar os limites das escalas dos gráficos além de algumas outras características no caso de histogramas. a tela é :Opçoes para grafico Freq.Rel 8. o programa cria uma fila de dois gráficos .versão 1 VARS .Rel * Dens. etc.Rel 9. 4 . FR x DR. Por exemplo.0000 Modifique o máximo.0000 0. OPÇOES .0000 1. espécie.Rel Titulo Levantamento de Mata Atlantica . uma fila de quatro gráficos (DoR x DR. mínimo e intervalo da escala vertical Dens.a ação desta opção depende do tipo de gráfico. você pode selecionar um ou mais parâmetros em cada lista. mostrando família.FITOPAC .DoR x DR e FR x DR.Ubatuba Permite alterar o título que aparece no gráfico maximo minimo intervalo Freq. mínimo e intervalo da escala horizontal “Etiquetar” pontos ? Sim Colocar uma “etiqueta” em cada ponto no gráfico.0000 0.0000 5.0000 0. No caso de escolher “DR” e “IVI” como eixos horizontais e “DoR” e “FR” como verticais. DoR x IVI e FR x IVI) será criado. De novo. o programa vai criar uma fila de gráficos que podem ser examinados em sequência usando a opção “PROXIMO”.0000 Modifique o máximo.Rel Titulo Levantamento de Mata Atlantica . abre uma única lista de variáveis (parâmetros) que podem ser selecionados para produzir gráficos. Você pode escolher um ou mais parâmetros da tabela selecionada na opção anterior para produzir um ou mais gráficos de barra. No caso de gráficos de barra. se você seleciona “DR” como eixo horizontal e “DoR” e “FR” como os eixos verticais. além do intervalo da escala Quantas barras ? 10 Escolhe quantas barras você quer no gráfico (deve ser de 1 a 100) Barras “3-D” ? Nao Mostrar as barras em forma “3-D” ou não “Etiquetar” barras ? Sim Colocar “etiquetas” nas barras. uma para o eixo horizontal e a outra para o eixo vertical. No caso de diagramas de dispersão.

em fig. Esta opção também pode ser utilizada para ampliar ou “encolher” uma região de um gráfico de dispersão. IMPRIMIR . ANTERIOR . a única diferença desta tela é a substituição da pergunta “Qual porcentagem” em vez de “Quantas barras”. a região no canto inferior esquerda da fig. Se quiser imprimir uma cópia da tela utilize Ctrl P. PROXIMO . 4.desenha o gráfico atual na tela. Note que esta forma de impressão do gráfico utiliza as caracteres normais da impressora e não é uma cópia da tela (fig. os gráficos saem com escalas diferentes. Normalmente o programa tenta selecionar escalas que utilizam o máximo possível da tela compatível com unidades de escala razoáveis. permitindo alterar a porcentagem total do parâmetro que será mostrado em forma de barras. ??).volte ao gráfico anterior (se existe). 1 foi ampliado pela modificação do limite máximo das escalas verticais e horizontais. O uso desta opção é descrito na seção “Opções comuns a diversos programas” no capítulo “Utilizando FITOPAC”.imprime o gráfico atual na saida já selecionada ao entrar no programa. DESENHAR .programa PARAMS (manual versão 01/05/98) No caso de gráficos de barra com porcentagem fixa. Se você precisa de gráficos com a mesma escala. Veja a seção ??? para mais detalhes.Permite alterar os símbolos utilizados em diagrams de dispersão.escolhe o próximo gráfico na fila (se ainda tiver). SIMBOLOS . Mas em comparações entre levantamentos. ou mesmo sub-analises do mesmo levantamento. Mensagens de erro Limitações e problemas Notas técnicas Bibliografia 5 . Por exemplo. Estas opções são muito úteis no caso de estudos comparativos onde é essencial ter gráficos que utilizam os mesmos escalas. pode utilizar esta opção para controlar a aparência dos gráficos finais.

com “etiquetas” nos pontos.FITOPAC . 6 .versão 1 Figuras Fig. 1. Diagrama de dispersão.

2 Gráfico de barras com número fixo (10 ) barras + resto (“outros”). com “etiquetas nas barras e sem efeito “3-D” 7 .programa PARAMS (manual versão 01/05/98) Fig.

sem “resto” e com “etiquetas” e efeito “3-D” 8 . com primeiros 75% do parâmetro representado. 3. Gráfico de barras.versão 1 Fig.FITOPAC .

9 . 1 ampliada por modificação das escalas verticais e horizontais.programa PARAMS (manual versão 01/05/98) Fig. Parte da fig. 4.

“CRIAMAT SAOJOSE” vai utilizar “SAOJOSE. particularmente análises de ordenação e agrupamento onde nos precisamos de uma matriz que contém as unidades de amostragem como linhas e as espécies como colunas e onde cada célula da matriz contém alguma medida da presença de uma dada espécie dentro de uma das unidades de amostragem. CRIAMAT permite a criação de uma matriz deste tipo e seu armazenamento na forma de um arquivo do tipo “FPM” para análises posteriores (veja também a seção “Uso de arquivos em FITOPAC”). somente com levantamentos feitos utilizando o método de parcelas. exatamente o que é preciso para calcular os parâmetros fitossociológicos para o levantamento. Como sempre. O arquivo de entrada é um arquivo do tipo “FPD”. porém. Neste ponto. Esta medida pode ser simples presença ou ausência (geralmente representados por 1 e 0 respetivamente).FPM” como saída. descrevendo um levantamento utilizando parcelas. Este formato. portanto. os arquivos também podem ser especificados dentro do programa utilizando o comando “ARQUIVOS”.PROGRAMA CRIAMAT Função A função do programa CRIAMAT é de gerar uma matriz parcelas x espécies a partir de um arquivo de dados de levantamento. No arquivo de dados de levantamento existe uma lista de todos os indivíduos com suas respetivas medidas para cada unidade de amostragem (parcela ou ponto). Este programa trabalha.FPD” como arquivo de entrada e vai criar o arquivo “SAOJOSE. O arquivo de saída é um arquivo do tipo “FPM” que contem a matriz criada por CRIAMAT. o primeiro passo na análise dos dados de um levantamento será o cálculo dos parâmetros fitossociológicos. mas em muitos casos é interessante passar para uma fase posterior de análises mais detalhadas de variação dentro da área amostrada e detecção de padrões e gradientes ecológicos. Normalmente. Introdução Este programa forma o elo de ligação entre os programas “PREPARE” e “PARAMS” e o resto do FITOPAC. do tipo “FPD”. Em levantamentos que utilizam o método de quadrantes. Utilização A tela principal é apresentada abaixo :- . incluindo transformações dos dados e a retirada de espécies raras. onde os dados originais de cada indivíduo são descartados e substituídos com algum tipo de média ou contagem para a unidade de amostragem. não é apropriado para outros tipos de análise. na forma CRIAMAT ENTRADA SAIDA. Os arquivos podem ser especificados na linha de comando.FPM” como o arquivo de saída. O programa tem opções para criar os seguintes tipos de matriz :• presença/ausência • número de indivíduos • área basal • volume (é necessário ter dados de altura no arquivo “FPD” para este tipo de matriz) O programa também tem facilidades para manipulação da matriz. enquanto “CRIAMAT SAOJOSE SJ1” vais utilizar “SAOJOSE. torna-se necessário uma mudança no formato dos dados pois este último conjunto de análises geralmente trabalha com um resumo dos dados. ou alguma outra medida mais complexa como número de indivíduos (muito comum) ou área basal ou volume.FPD” como entrada e “SJ1. Arquivos necessários Este programa utiliza um arquivo de entrada e um de saída. normalmente não faz sentido criar este tipo de matriz pois o número de indivíduos em cada ponto é restrito a 4 e não é apropriado usar análises de agrupamento ou ordenação nestas circunstâncias. Assim.

Note que é necessário ter medidas de altura no arquivo “FPD” para poder utilizar esta opção. pres. o programa abre um menu :A . Veja a seção “manipulando matrizes ” para mais detalhes. Segue uma descrição de cada comando.Numero de individuos B .calcula a área basal total de cada espécie em cada unidade de amostragem Volume . Ao escolher este comando.calcula o volume total (em forma de cilindro ..indica a presença de uma espécie numa unidade de amostragem com um “1” e sua ausência por um “0”.aplica um filtro na entrada de dados para selecionar somente um subconjunto dos dados .Presença/ausencia Você pode escolher qual destes tipos de matriz que pretende criar. com as seguintes cracterísticas Número de indivíduos . selecionar somente indivíduos acima de 10 cm de diâmetro. de individuos Os comandos disponíveis são os seguintes :. Presença/ausência ./abs. masC**.criar a matriz utilizando o arquivo.Area basal C .Arquivos Rotas Tipo Filtro matriZ Modificar masC Gravar Imprimir Sair Escolher o tipo de matriz desejado (no. utilizando o conjunto padrão de ferramentas de modificação de matrizes. Área basal .FPD Arquivo saida : GENEBRA Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Tipo de matriz : No. TIPO .área basal x altura) de cada espécie em cada unidade de amostragem. ou onde o critério de exclusão que utilizou não estava correto. FILTRO . Ao escolher esta opção. Gravar** e Imprimir**. MATRIZ . Modificar**.conta quantos indivíduos de cada espécie tem em cada unidade de amostragem.Especificar o tipo de matriz que você pretende criar.transformar. etc. Note que as espécies raras são mascaradas e não eliminadas permanentemente. o filtro e o tipo de matriz selecionados. O critério usado para medir raridade e o valor de corte podem ser determinados :- . indivs.Volume D . etc. o programa apresenta um menu para determinar qual o critério que deve ser usado para mascarar espécies raras.por ex. MODIFICAR . Isso quer dizer que você pode restaurar estas espécies em casos onde muda de idéia. Filtro*. sendo que os comandos marcados com um asterisco estão disponíveis somente após a escolha de um arquivo “FPD” de entrada e os comandos marcados com dois asteriscos estão disponíveis somente após a criação de uma matriz.Modificar a matriz criada .) -------------------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : GENEBRA. eliminar algumas espécies/amostras. matriZ*. Veja a seção “especificando “filtros” ” para mais explicações.Tipo. etc. MASCARAR Mascarar as espécies raras.

espécies serão mascaradas se ocorrem num número de unidades de amostragem menor que um número mínimo especificado no próximo passo.Valor absoluto onde : no. Valor absoluto . de amostras B .as espécies mascaradas tem um valor absoluto (de no.No. o programa abre um menu que pede o formato de arquivo desejado :- A . de amostras . indicando quantas espécies foram mascaradas e quantas sobraram :- ** Foram mascaradas XX especies ** Deixando um total de YY especies Se. área basal ou volume) menor que o valor especificado no próximo passo.Fitopac B . o programa abre uma tela para pedir que você especifique o valor mínimo aceitável para inclusão de uma espécie. porcentagem ou valor absoluto) menor que o valor especificado será mascarada. o programa determina quais são as espécies que serão mascaradas e apresenta uma mensagem na tela. Em seguida. Note que uma espécie com um valor (no. dominância relativa e volume relativa respectivamente) que será especificada no próximo passo. área basal ou volume . “TWINSPAN” e “CANOCO”.equivalente a densidade relativa.A . pode utilizar os recursos de modificação da matriz para restaurar as espécies mascaradas (veja a seção ”manipulando matrizes” para mais informações). de indivíduos.Cornell Onde Fitopac é o formato normal do FITOPAC (Um arquivo “FPM”) e “Cornell” é o formato usado pelos programas como “DECORANA”. pode gravar cada matriz duas vezes. uma em cada formato. Se necessário. . deixando poucas espécies ou foi aplicado o critério errado). enquanto espécies que tem um valor maior ou igual ao valor especificado serão mantidas. tomando o cuidado de gravar cada matriz formada (com nomes diferentes) e restaurando as espécies mascaradas após a gravação da matriz. por algum motivo você não está satisfeito com o resultado (o critério foi rigoroso demais. Após a escolha do valor de corte. GRAVAR .Porcentagem C . Porcentagem .grava a matriz no disco como arquivo. Ao escolher este comando. Também pode criar diversas matrizes. com diferentes critérios de exclusão aplicando o comando “MASCARAR” diversos vezes.espécies mascaradas não atingem um mínimo de porcentagem (do número de indivíduos. de amostras.

. se necessário.Após a escolha do formato de gravação.. o arquivo de saída criado automaticamente será “SAOJOSE. você pode alterar este nome . Normalmente. onde obviamente. ou diretamente para a impressora se você tecla “IMP” ou “PRN” como arquivo de saída.normalmente idêntico ao responsável pelo levantamento} Colunas da matriz sao : {normalmente espécies} Linhas da matriz sao : {normalmente amostras ou parcelas} Geralmente é bastante útil manter estes dados atualizados pois eles ajudam entender a saida das análises realizadas posteriormente. antes de gravar a matriz no arquivo designado.imprime a matriz. e se você quer manter uma matriz com todas as espécies. é melhor manter o nome sugerido pelo programa. o programa pede o nome do arquivo de saída que no caso de arquivo FITOPAC normalmente será o nome do arquivo de entrada com a extensão “FPM”. o programa abre uma tela com campos para título. ou para um arquivo de listagem (o “default” do programa). IMPRIMIR . Finalmente. etc. permitindo que você anota as modificações feitas e estas anotações aparecem nas listagens de resultados de todos os programas que utilizam esta matriz :Verifique as informaçoes complementares da matriz Titulo : {aqui você pode especificar a origem dos dados e qualquer critério de exclusão de espécies raras aplicado para esta matriz} Responsavel {nome do responsável pelos dados . esta deve ser gravada antes de utilizar as facilidades para mascarar espécies raras (ou mascarar amostras). sugiro a manutenção sempre da extensão (“FPM” para arquivos FITOPAC e “DAT” para arquivos Cornell) para simplificar uso dos arquivos com outros programas. Por exemplo. Mesmo em casos onde precisa utilizar diferentes nomes de arquivo. se você bateu “CRIAMAT SAOJOSE” para entrar no programa. Repare que espécies (ou amostras) mascaradas não são incluídas na matriz gravada.FPM”. particularmente em casos onde você cria um número muito grande de arquivos com diferentes critérios de corte. não é possível utilizar o mesmo nome para todos os arquivos resultantes. transformações.isso geralmente só é requerido no caso de gravar diversas versões da matriz com diferentes níveis de corte ou com diferentes transformações dos dados. e onde é possível confundir o que foi feito em cada matriz. mas. etc.

Espero. sem a necessidade de produzir um arquivo “ASCII” intermediário como normalmente seria o caso. Tentou-se fornecer. 1 . transpor a matriz e imprimir a matriz. abaixo). verifique que realmente é válido e pode ser lido pelo pacote utilizado para criá-lo. Este formato não está disponível em pacotes comerciais e pode ser bastante trabalhoso converter um arquivo em outro formato para uso com programas que utilizem o formato CORNELL. Utilizando “MATRIZ” é possível criar e manipular uma matriz de dados com Lotus 123 e depois transformar o arquivo “WK1” do Lotus em arquivo “SYSTAT”. em muitos casos é necessário introduzir outros tipos de matrizes de dados que são adquiridos diretamente em forma de matriz. Além da entrada direta de dados. Um exemplo seria dados de composição de solo. o programa funciona como um “tradutor” ou centro de intercâmbio entre diversos formatos de arquivo.todos amplamente usados na análise de dados ecológicos. Neste programa. É essencial. que esta tradução seja útil para pesquisadores na área de fitossociologia. “TWINSPAN” e “CANOCO”. portanto. e com dados numéricos. Supõe-se que o arquivo especificado seja um arquivo válido no formato especificado . Quando utilizar este programa. facilitando o uso de outros tipos de análise não fornecidos no próprio FITOPAC. um utilitário capaz de “traduzir” dados em forma de matriz para o formato requerido pelo FITOPAC via uma planilha simples que permite entrar os dados. transformar linhas ou colunas da matriz. além de funções para “importar” arquivos em outros formatos para o formato “FITOPAC” e “exportar” dados para uma variedade de outros formatos. que um arquivo “SYS” foi criado pelo pacote SYSTAT e pode ser lido por aquele programa.por ex. Introdução Embora os programas do FITOPAC forne.a função do programa é de traduzir matrizes simples. e os diferentes graus de sofisticação de funções que podem ser representadas em cada formato de arquivo. “TWINSPAN” e. no atual programa. mais recentemente. é impossível fornecer um programa que possa traduzir qualquer arquivo (por exemplo do Lotus 123) para todos os outros formatos. examine os dados usando a planilha. junto com funções que facilitam a manipulação da matriz. Entre os formatos disponíveis (veja “arquivos necessários”. antes de tentar importar um arquivo. é necessário ter uma maneira de introduzi-los para produzir um arquivo tipo “FPM” que pode ser lido pelo programa apropriado. Não tem facilidades para dados não-numéricos. não tentei incluir todas as possiveis variantes para cada formato . e que naturalmente formam uma matriz com as amostras formando as linhas e as variáveis medidas formando as colunas. Caso deseja analisar este tipo de dados utilizando os programas do FITOPAC. Dada a diversidade em estrutura de arquivo possível. “CANOCO” . ou examine o arquivo resultante com um editor de texto para confirmar que a tradução realmente foi bem sucedida.cam todas as etapas necessárias para produção de matrizes do tipo “amostra x espécie” a partir dos arquivos originais de dados de campo.PROGRAMA MATRIZ Função O programa matriz fornece funções para manipulação de matrizes de dados e para “tradução” de matrizes em um formato de arquivo para outro. no máximo com nomes de variáveis e amostras. ou imprima a matriz. ler a seção sobre limitações do programa antes de utilizar “MATRIZ” para tradução de arquivos. Permite também a entrada direta de matrizes de dados por meio de uma planilha simples. eliminar linhas ou colunas. Este programa tem facilidades para editar uma matriz de dados. Não dá para confiar cegamente no processo de tradução porque não é possivel prever todas as possiveis “complicações” que podem surgir ! Repare também que o programa não faz uma verificação de dados quando você está importando de outros formatos (exceto no caso de arquivos ASCII). o formato “CORNELL” é particularmente útil pois este é utilizado pelos programas “DECORANA”. É especialmente importante notar que este programa forma um elo de ligação entre FITOPAC e programas como “DECORANA”. Erros no arquivo sendo importado provavelmente darão resultados inesperados e podem jogar você fora do programa ou “travar” o micro. que normalmente seriam obtidos como uma série de variáveis para cada amostra. e pode ser útil mesmo que você não queira utilizar o próprio formato FITOPAC. Portanto. porém.

É possivel. LOTUS 123 .arquivos simples. As combinações de importação e exportação de dados disponíveis estão resumidos na fig. este formato é disponivel somente para exportar arquivos. As extensões utilizadas aqui são as seguintes :FITOPAC . ASCII .(Data Interchange Format) .FITOPAC . sendo necessário colocar somente o nome do arquivo de dados quando chamar o programa . e arquivos neste formato também podem ser importados pela maioria dos processadores de texto.essencialmente uma matriz de dados sem qualquer outro tipo de informações.DAT ASCII .formato condensado utilizado pelos programas produzidos pela Universidade de Cornell (DECORANA. No momento.formato da planilha LOTUS 123 (arquivos WK1 . geralmente é preferível utilizar as extensões fornecidas pelo programa e não altera-las. Permite intercambiar dados diretamente com esta planilha. utilizar 123 para entrar e manipular matrizes de dados e depois transferi-los diretamente para FITOPAC. Este pacote tem diversas opções para taxonomia numérica e análises multivariadas. e não é necessário digitar a extensão se você vai utilizar o conjunto padrão de extensões.formato utilizado pelo pacote “NTSYS” de Rohlf (1989). Em geral. “MATRIZ SAOJOSE”. É válido somente para versão 3. mas versões posteriores ainda podem ler este formato. onde “SAOJOSE” é o nome do arquivo de dados que deseja manipular. Excell) e programas estatísticos ou gráficos podem ler este formato.DAT LOTUS 123 . Diversos pacotes estatísticos ou planilhas conseguem ler este tipo de arquivo.por ex. com espaços entre os números . Permite transferir dados para análise com este pacote sem a necessidade de produzir um arquivo ASCII intermediário.FPM CORNELL .muitas planilhas e pacotes estatísticas são capazes de importar e exportar arquivos neste formato. Muitas planilhas (por ex. portanto.formato utilizado pelo pacote estatístico “SYSTAT”.WK1 SYSTAT . CORNELL . Além do arquivo de dados. este formato é disponivel somente para exportar arquivos. você pode precisar de um arquivo contendo os nomes das colunas e outro com nomes das linhas da matriz . contendo somente números. ?. Portanto.TWINSPAN) e por CANOCO.1). NTSYS .DIF 2 . Utilização Especificando arquivos A especificação dos arquivos a serem usados segue o esquema normal do FITOPAC. embora a representação interna dos dados e o tipo de arquivo básico seja de um arquivo “FPM” do FITOPAC. Repare que alguns programas como “SYSTAT” exigem o uso de uma extensão especifica (neste caso “SYS") e não aceitam outras extensões. DIF . Para detalhes deste formato. veja Hill (1979) ou ter Braak (1988). o programa tenta “adivinhar” a extensão apropriada para cada tipo de arquivo.da versão 2.versão 1 Arquivos necessários MATRIZ pode importar e exportar arquivos em diversos formatos. No momento. SYSTAT . Os formatos disponíveis no momento são os seguintes : FPM .0 do “SYSTAT”.veja a seção “importando dados” para mais informações.formato normal do FITOPAC.SYS DIF .

Tipo de arquivo ?. aparece um menu com as opções para exportação. aparece um menu com as opções importação. dos quais os comandos marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de ler uma matriz de dados.Cornell S ..ASCII C . e o programa voltará à tela principal. *Exportar e *imPrimir. No caso da opção “D”.. eXptipo.o formato normal do FITOPAC). pronto para entrada dos dados. F .FPM A . Segue uma descrição de cada comando :IMPTIPO . Note que o menu de importação não é idêntico ao menu de exportação pois alguns formatos podem ser utilizados somente para exportação.Systat W . Para mais informações sobre a planilha. EXPTIPO . veja a seção “Utilizando a planilha”. Ao acionar este comando. *Modificar.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) Tela principal : Arquivos Rotas Imptipo eXptipo Ler Titulos Modificar Exportar imPrimir Sair Tipos de arquivo para importaçao/exportaçao ------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : MAT1 Arquivo saida : MAT1 Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Tipos de arquivo Importaçao : FPM Exportaçao : FPM ------------------------------------------------------------- Os principais comandos disponíveis são Imptipo. Ler. entrar dados diretamente.Direta Escolha a opção que indica o tipo de arquivo você deseja utilizar. Ao acionar este comando. Títulos. o programa cria uma matriz vazia e depois entra diretamente no modo planilha.selecione o tipo de arquivo a ser usado para importação de dados. 3 .Lotus WK1 D .selecione o tipo de arquivo a ser usado para exportação de dados. (a opção pré-selecionado é “FPM” .

Normalmente qualquer matriz em planilha é tratada como uma matriz de dados quantitativos.0000 Em conversões para matrizes de presença/ausência. o programa precisa de informações complementares antes de iniciar a importação e mostrará uma tela de perguntas antes de começar a importação. o programa apresenta uma mensagem indicando quantos linhas e colunas da matriz foram lidas.versão 1 Tipo de arquivo ?. Para a maioria das opções de formato. com um limite máximo de 250 variáveis. antes de gravar a matriz. o programa vai abrir esta tela automaticamente.. o programa mostrará a seguinte tela :- Tipo de leitura do arquivo ? Transpor enquanto le Nao Se quiser.ASCII C . Esta opção é útil se você quer colocar as linhas da planilha nas colunas da matriz e as colunas da planilha nas linhas da matriz. parando somente quando os dados foram lidos ou se ocorrer um erro que o programa é capaz de detectar.FPM A . esta opção permite. 4 .Cornell S . mas caso você queira tratar valores abaixo de um certo nível como ausências.iniciar a leitura de um arquivo de dados. o programa começa a importar os dados imediatamente. enquanto valores iguais ou menores que o valor indicado são tratados como ausências e recebem o valor “0”. Permite o uso da planilha para entrar matrizes de dados binários onde o número de variáveis aceitável pelo FITOPAC é maior que o número de colunas disponíveis na planilha. É utilizado somente na conversão para arquivos binários.Lotus WK1 N . Para alguns formatos. Note que quando a opção de exportação é “FPM” (formato FITOPAC). Converter em presença/ausencia Nao Permite converter uma matriz armazenada na planilha em matriz binário. e o programa voltará à tela principal. O valor pré-estabelecido de 0. Se não ocorreu algum erro.FITOPAC . Valor de corte para presença/ausencia 0. F .altera o título e outras informações sobre a matriz que foi importada. Estas informações devem ser verificadas com cuidado para confirmar que todos os dados foram importados corretamente.NTSYS D . qualquer valor acima do valor indicado aqui é considerado uma “presença” e convertido em valor “1”. LER . TÍTULOS . No caso de arquivos em formato “WK1”.DIF Escolhe a opção que indica o tipo de arquivo você deseja utilizar. frequentemente este é útil para identificar diferentes matrizes.. No mínimo o título será exportado junto com os dados na maioria de formatos de exportação.0 normalmente é o mais usado. o programa vai transpor a matriz enquanto está lendo os dados. especialmente quando você está trabalhando com análises mais complexas que produzem diversas matrizes de dados.Systat W . Embora não seja essencial colocar um título.

use a tecla de espaço ou “s” para mudar este campo para “sim” e depois preenche o próximo campo - ´ Valor usado para indicar dados faltando : -9999. simplesmente apertando . Se não quiser utilizar qualquer uma destas opções. especialmente se você tem um grande número de matrizes diferentes. Caso você tenha dados faltando. pode usar para continuar. o programa começa a importar os dados. Titulo : Bate um título que descreve a matriz de dados. Depois deste menu.Quantitativo P . escolhendo a opção apropriada do menu “Tipo de dados” :- ´ Q . mas não deve ser um valor que pode ocorrer entre os dados normais. O arquivo ASCII só pode conter números e espaços ! Se um caractere “proibido” é encontrado.0000 Aqui. pode pular este campo e o próximo. o programa tentará dar alguma indicação de onde ocorreu o problema. como área basal. Para arquivos em formato “ASCII”.Presença/ausencia X .pode ser qualquer valor numérico. pesos. o procedimento é um pouco mais complexo. pois o programa precisa de algumas informações adicionais antes de começar a importação. Dados do tipo presença/ausência são dados onde somente a presença ou ausência de uma espécie ou caractere é indicada.miXto Dados quantitativos são quantidades numéricas.você não vai poder continuar sem este dado . comprimentos. -999 é comum. O primeiro passo é indicar o tipo de dados que você pretende importar. etc. e pode ser utilizada junto com a opção semelhante no processo de exportação de dados (veja “EXPORTAR” para mais informações). você digita o valor que utilizou para indicar dados faltando na sua matriz . Esta informação é essencial . o programa informará quantos linhas de dados foram lidas verifique estas informações para ter certeza que a leitura de dados foi bem-sucedida ! O programa em seguida vai pedir informações sobre os nomes das variáveis com o menu “Nomes das variáveis” :- ´ 5 . aparece uma tela “Descrição da Matriz” com vários campos pedindo informações sobre os dados a serem importados :Quantas variáveis : 0 Indique quantas variáveis (colunas) a matriz tem. parando se encontrar qualquer tipo de caractere não numérico. Quando o arquivo de dados acaba.e a resposta deve ser um número inteiro de 1 até o máximo permitido por esta versão do programa.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) A opção de transposição da matriz enquanto é lida pelo programa permite a manipulação de matrizes que não caberiam dentro de uma planilha normal. mas pára neste ponto e você precisará utilizar um editor de texto para corrigir seu arquivo antes de continuar. mas ajuda você a identificar a matriz depois. sem qualquer preocupação com a quantidade presente. Não é essencial. Tem dados faltando : Nao Se não tiver dados faltando na matriz. Uma vez que completou os campos desta tela (não esqueça do para sair). Dados mistos incluem uma mistura de dados quantitativos e binários. número de individuos.

neste caso o próprio programa se encarrega de criar uma série de nomes. Por exemplo.versão 1 A . Pode deixar uma linha em branco onde não quer dar um nome para alguma variável. o processo é totalmente automático. com uma linha numerada para você incluir onome de cada variável. etc.Entrar diretamente pelo teclado Criar automaticamente . mascarar ou eliminar linhas ou colunas. Eixo2. entrando “Eixo” como prefixo vai resultar em variáveis com nomes do tipo Eixo1. transformar dados. Lembre de usar a tecla para sair da janela de edição. Este arquivo pode ser criado com um processador de texto em modo “não documento” (sem formatação).Na maioria dos casos.Modificar a matriz. Note que os nomes podem ser preenchidos em qualquer ordem. Se você seleciona esta opção. 2 à segunda variável. Se quiser modificar o prefixo. é mais conveniente dar nomes individuais para cada variável. MODIFICAR . mas o número de linhas no arquivo tem que ser igual ao número de variáveis. Ler os nomes de um arquivo . e assim por diante. 1 tem que corresponder a variável 1.Ler os nomes de um arquivo C . utilizar a planilha. o nome no. Para utilizar esta opção. um por linha. para cada variável. acresentar dados de uma outra matriz. etc. antes de entrar no programa “MATRIZ”. o programa vai pedir um prefixo para os números das variáveis. O prefixo já fornecido pelo programa é “Var”.FITOPAC . tecle o prefixo desejado.“Var1 a VarN" B . e caso prefira utilizar este. com a exceção da última opção “Usar uma das variáveis (colunas)”. do tipo Var1. Entrar diretamente pelo teclado . mas o nome no. esta opção oferece o método mais conveniente de fornecer os nomes. O programa abre uma janela de edição. basta apertar a tecla . que permite copiar os valores em uma das variáveis para uso como nome. etc. e o programa simplesmente informa quando termina de gravar o arquivo de saída. Nos outros formatos. Var2. Para alguns formatos (SYSTAT. Uma vez que os nomes das variáveis foram criados ou lidos. O menu e as opções oferecidas aqui são praticamente idênticos àqueles dos nomes das variáveis. esta opção permite que você digita os nomes das variáveis diretamente.Exportar a matriz no formato de exportação esolhido com o comando TIPOS. Quando o programa pedir. Cornell). você precisa criar.em casos onde o número de variáveis não é tão grande ou onde você prefere não criar outros arquivos. Quando o número de variáveis é grande. Para arquivos ASCII e DIF :- « ³ ´ ° 6 . Veja a seção “??” para uma explicação mais detalhada.Criar automaticamente . o programa vai solicitar algumas informações complementares. usando as teclas de seta e e para colocar o cursor na linha correspondente ao nome que você deseja incluir. Isso pode ser útil se uma das variáveis representar um grupo ao qual a amostra pertence e você quer somente uma indicação do grupo no nome da amostra. EXPORTAR . o programa também vai solicitar nomes para as linhas (amostras). um arquivo ASCII contendo os nomes das variáveis. bata o nome do arquivo contendo os nomes e estes serão lidos diretamente.

inferior ao número de colunas permitidas na maioria das planilhas (geralmente 256). nomes de espécies). No caso de nomes com duas partes (por ex. mas alguns pacotes estatísticas não aceitam variáveis não-numéricas. o programa pergunta se quer transpor a matriz enquanto é gravado. mas nem todos aceitam. Para exportação em formato “FPM”. Mensagens de Erro 7 . Para dados quantitativos. este método pode ser usado para manipular matrizes que normalmente não caberiam na planilha. FITOPAC pode aceitar até 1000 variáveis e estas não caberiam na planilha. você pode transpor a matriz. No caso de arquivos NTSYS. antes de tentar exportá-la para este formato. de caracteres.Imprimir a matriz ou num arquivo no disco ou diretamente na impressora. Incluir nomes das variáveis Sim No caso de arquivos DIF. estas informações complementares ajudam a identificar o arquivo. produz um arquivo contendo os nomes. um por linha. Permitir “_” em nomes de variáveis ? Sim Permitir ou não a presença do caratere “_” nos nomes de variáveis e objetos. o programa vai pedir o nome do arquivo a ser usado para imprimir. Embora não sejam obrigatórias. o programa abre uma tela para verificação das informações complementares da matriz antes de gravá-la. pois o número máximo de variáveis utilizado por FITOPAC é 250. e podem ser úteis quando se tem um número elevado de arquivos com diferentes matrizes. Quando você seleciona esta opção. voçê precisará “cortar” a matriz em blocos. em no. se o número de linhas na sua matriz é inferior a 256. incluir ou não os nomes das variáveis como uma linha da matriz. portanto. incluir ou não os nomes de amostras como uma das colunas da matriz. Incluir nomes das amostras Sim No caso de arquivos DIF. que então será gravada na planilha com as linhas originais nas colunas e as colunas nas linhas. porém. mas alguns pacotes estatísticos não permitem o uso deste caractere em nomes de variáveis. Neste caso. e é. No caso de arquivos ASCII. O uso deste caractere torna os nomes mais legíveis.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) Especificaçao da saida Comprimento dos nomes das variáveis 8 Indique aqui o comprimento. Este tipo de variável pode ser lido por planilhas. normalmente esta opção não é necessária. Para exportação em formato “WK1”. utilizando as facilidades para mascarar linhas e colunas. digite “IMP” ou “PRN” para o nome de arquivo. IMPRIMIR . Se a sua matriz tiver mais que 256 linhas e 256 colunas. Para dados binários. No caso de arquivos ASCII. dos nomes de variáveis e linhas da matriz no(s) arquivo(s) de saída. Como a importação de arquivos “WK1” também permite transpor a matriz. Se quiser mandar a matriz diretamente para a impressora. Note que o programa NÃO verifica os limites da matriz antes de gravá-la e é capaz de produzir um arquivo “WK1” que ultrapassa o tamanho máximo permitido por Lotus 123 e outras planilhas. o programa pergunta somente se você quer os nomes das variáveis e amostras. os nomes são colocados dentro de um arquivo que contem um nome por linha. Pode ser lido por planilhas e alguns pacotes estatísticos.

8 .a leitura de arquivos em formato Cornell é sujeita a várias limitações sérias. portanto. Repare que os programas do pacote Cornell geralmente têm limites muito mais amplos no número de espécies e amostras. mas para arquivos DIF ou ASCII. Onde foram colocadas fórmulas na planilha. SYSTAT . é necessário neste caso especificar se este caractere pode ser utilizado. limitações nos caracteres permitidos em nomes de variáveis . Também é possível exceder o espaço de armazenamento disponível se tiver uma matriz cheia. ??). mesmo que os números de espécies e amostras estejam dentro dos limites teóricos do programa .por ex. O formato DIF pode ser usado para transferir dados de FITOPAC para STATGRAPHICS e. para alguns programas. onde você precisa saber o comprimento do nome usado pelo programa que você pretende empregar. A planilha produzida quando se exporta para Lotus 123 contém a matriz com os nomes das variáveis (colunas) na primeira linha e os nomes das amostras (linhas) na primeira coluna. o programa lê o valor numérico associado com a fórmula. Quando você importa um arquivo neste formato. Portanto. que será utilizada como nome das amostras. embora seja possível produzir um arquivo perfeitamente válido para o formato Cornell onde não há espaços entre os números (fig. enquanto SYSTAT aceita sem problemas. grau de precisão e outras atributos. não se faz qualquer verificação dos limites de número de colunas e linhas na matriz. O tamanho do nome pode ser mais problemático na exportação. portanto. Pode haver. receberá uma mensagem de erro. A intenção aqui é traduzir o tipo de matriz simples que geralmente é encontrado em estudos fitossociológicos. Repare que o programa não verifica limites de tamanho de matriz. STATGRAPHICS não permite o uso do caractere “_” no nome. não adianta “bolar” uma planilha complicadíssima com tudo quanto é tipo de formatação. É impossível prever todas as combinações necessários para os diferentes programas estatísticos e planilhas. e são reconhecidos os dados faltando. Também existem. Como a maioria de pacotes estatísticos utilizam nomes mais curtos (geralmente 8 ou 12 caracteres). Os nomes das colunas (variáveis) devem estar na primeira linha da planilha. e a matriz não será traduzida. Uma vez que foi feita a tradução. Se você tenta traduzir um arquivo que exceda os limites impostos pelo FITOPAC. pois é necessário somente inserir espaços nas colunas apropriadas no arquivo Cornell para permitir leitura do arquivo. com exceção da primeira. estas serão descartadas. Na exportação de arquivos para o formato Cornell. isto não se constitui em um problema sério. etc. mas nomes mais compridos em planilhas serão truncados. e os nomes das linhas (amostras). No caso de linhas ou colunas inteiramente não-numéricas. No caso dos formatos SYSTAT e Cornell. assim.a ocorrência deste tipo de erro depende da versão do pacote que você está utilizando. O programa não lê o formato FORTRAN especificado no início do arquivo Cornell (veja Hill 1979 ou ter Braak 1988 para uma descrição do formato Cornell). Em geral. são descartadas variáveis não-numéricas. A mais importante destas é a necessidade de ter pelo menos um espaço entre números (fig. Os dados numéricos são inseridos nas linhas e colunas apropriadas.o programa consegue ler matrizes simples. Note que dados numéricos em FITOPAC são armazenados como números de 4 bytes e não 8 bytes como em SYSTAT.0. é necessário que você especifique este dado. e esperar que vá ser traduzida fielmente. não deve haver grandes problemas. No caso de exportação de arquivos para SYSTAT. No caso de matrizes do tipo presença/ausência. com poucos valores de zero. etc. e de qualquer modo. na primeira coluna. ??).veja o manual de Hill (1979) para informações sobre este problema.versão 1 Limitações e problemas Cada formato de arquivo incluído aqui tem certas limitações em termos de características como comprimento permitido para nomes de variáveis. mas descarta todas as informações sobre a fórmula em si. é possível você exceder o limite de número de espécies para programas do pacote Cornell . normalmente não ocorrem problemas na importação de dados destes pacotes. e você precisa estar ciente das limitações dos formatos que pretende usar e do atual programa. Lotus 123 . O programa ignora gráficos e formatação dentro da planilha. não há maneira de se recuperar as fórmulas originais. Você deve verificar se a matriz resultante cabe dentro de uma planilha 123. produzir uma matriz que exceda os limites da versão de SYSTAT que você está utilizando e em conseqüência você precisa verificar esta limitação antes de tentar utilizar o arquivo. Seguem algumas observações mais específicas sobre cada formato : Cornell . o programa automaticamente produz nomes do tamanho correto. nomes de colunas e linhas podem ter no máximo 35 caracteres em FITOPAC.FITOPAC . contendo somente dados numéricos e nomes de colunas e linhas. É possível. caracteres permitidos em nomes. a maioria de pesquisadores que utilizam o pacote Cornell já deixam espaços entre os dados. Na maioria dos casos. e pressupõe que todos os números individuais estejam separados por espaços. e valores faltando são representados por uma célula em branco. uma perda de precisão. porque utilizam um sistema de armazenamento mais eficiente para matrizes esparsas com muitos zeros.o programa lê e escreve diretamente o formato binário utilizado por SYSTAT versão 3. Dados não-numéricos em qualquer outra posição na planilha serão solenemente descartados e substituídos por “valor faltando”.

O. C.a FORTRAN program for canonical community ordination by [partial] [detrended] [canonical] correspondence analysis. M. Wageningen. 1989.. New York. DECORANA. Agricultural Mathematics Group. 9 .J. F. Rohlf. NTSYS-pc.5. ter Braak.1).F. CANOCO . Cornell University. A FORTRAN Program for Detrended Correspondence Analysis and Reciprocal Averaging.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) Notas técnicas Bibliografia Hill.J. Exeter Publishing Ltd. Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System. principal components analysis and redundancy analysis (version 2. Version 1. 1988. Section of Ecology and Systematics. 1979. New York.

Esta matriz contém todas as possíveis comparações entre pares dos objetos sendo comparados (também conhecidos como Unidades Taxonômicas Operacionais .UTOs . caso pede uma listagem da matriz). COEF SAOJOSE vai utilizar o arquivo SAOJOSE. Legendre & Legendre (1983).FPC como saida. 1 . contendo uma matriz de dados onde as linhas da matriz representam os objetos a serem comparadas. Introdução Este programa serve como elo de ligação entre as matrizes de dados produzidas pelos programas CRIAMAT e MATRIZ e os programas CLUSTER e ORD (quando se deseja utilizar Análise de Coordenados Principais). e o programa cria automaticamente um arquivo “FPC” com o mesmo nome do arquivo de entrada. é essencial calcular uma matriz que mostra o grau de semelhança ou dessemelhança entre uma série de amostras ou espécies. Para diversos tipos de análise. não importando se você compara objeto A com B ou B com A. Se por alguma razão você prefere um outro nome para o arquivo “FPC”. Arquivos necessários O arquivo de entrada para este programa é um arquivo de tipo “FPM”. ainda. e portanto.PROGRAMA COEF Função O programa “COEF” permite o cálculo e gravação de matrizes de coeficientes de distância ou semelhança para uso em análise de aglomerados e análise de coordenados pricipais. oferecendo diversos coeficientes de semelhança e distâncias amplamente utilizados para estudos ecológicos e taxonômicos. um arquivo LST contendo a listagem. Gordon (1981).FPM como entrada e produz SAOJOSE. na forma de uma matriz triangular. Utiliza. Normalmente. contendo dados numéricos (quantitativos). Não é possível discutir as propriedades de todos os coeficientes dentro deste manual. binários (presença/ausência) ou mixtos (com diferentes tipos de variáveis).FPC como saida (e SAOJOSE. a matriz calculada pelo COEF a partir de um arquivo “FPM” deste tipo será uma matriz de semelhanças entre amostras. e tem facilidades para calcular distâncias geográficas entre localides quando fornecido com os coordenados correspondentes.na literatura de taxonomia numérica).. A matriz normal produzida pelo programa CRIAMAT coloca as amostras como linhas. recomendo Dunn & Everitt (1982). Pielou (1984) e Sneath & Sokal(1973). como entrada. precisa transpor a matriz “FPM”. COEF SAOJOSE SAOPAULO vai utilizar o arquivo SAOJOSE. Como as comparações normalmente são simétricas. Clifford & Stevenson (1975). Para informações mais completas. O programa tem. Caso quiser fazer uma comparação entre espécies. basta especifica-lo como segundo nome de arquivo quando chama o programa . ou na hora de produzí-la. se optar pela impressão da matriz. é necessário armazenar somente a metade da matriz. Normalmente é necessário especificar somente o nome do arquivo “FPM”. matrizes retangulares de dados no formato “FPM”. ou na opção de modificação de matriz no próprio COEF.FPM como entrada e SAOPAULO.LST. Também é possível imprimir e manipular em várias maneiras a matriz de coeficientes produzida.por ex. COEF permite o cálculo e armazenamento de uma matriz deste tipo. Por ex. algumas facilidades para comparar matrizes e converter entre diferentes formatos de arquivo. o uso deste programa é essencial para produzir as matrizes necessárias para análise de aglomerados. As saidas do programa são um arquivo do tipo “FPC” contendo a matriz de coeficientes e.

I .chi-quadrado com Yates Para dados quantitativos A .diferenca de forma I .succesive 10 % overlaps As opções oferecidas no menu principal são Ler.distancia euclidiana simples C . formato.Marczewski-Steinhaus K .FITOPAC . fOrmato Modificar calcUlar Imprimir Manipular Sair Escolher o coeficiente a ser calculado -----------------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : MAT1. *calcular.distancia euclidiana quadrada B . euclid. aparece um menu de coeficientes mostrando todos os coeficientes disponiveis no programa para o tipo de arquivo de dados escolhido (binário. de objects : 11 [0] Arquivo saida : MAT1.Gower S .diferenca de tamanho H .Morisita K .Jaccard M .distancia euclidiana media E .correlacao P . Horn) L .Canberra excl.diferenca de tamanho N .FPC no. imprimir e manipular.distancia corda M .“simple matching" L . quadrada media D . *modificar.chi-quadrado U . Os itens marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de selecionar um arquivo de entrada.distancia manhattan media F .selecione o tipo de coeficiente que deseja calcular.Dice/Sorenson/Czekanowski N .Bray Curtis G .FPM no.Rogers . após o cálculo dos coeficientes.ler o arquivo de dados.dist. J .0 dupl.distancia manhattan total F .Morisita (mod. euclid.Kulczynski R . quadrada media D .distancia euclidiana media E .diferenca de forma O .Ochiai P . Ao escolher esta opção.correlacao J .0 dupl. de variables : 200 [0] Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Coeficiente atual : distancia euclidiana simples test data set .Kulczynski O . COEF[ICIENTE] .Tanimoto R . Segue a explicação de cada ítem :LER . quantitativo ou mixto). *coef.distancia euclidiana quadrada B .Hamann S .Urbani & Buser Q .Baroni . Para dados binários A .Distancia geografica 2 .dist.versão 1 Utilização Tela principal : Arquivos Rotas Ler Coef.Canberra incl.Bray Curtis H . e no caso de imprimir.Marczewski-Steinhaus Q . Você só vai poder selecionar o coeficiente após a leitura do arquivo de dados.Yule T .distancia manhattan media G .distancia euclidiana simples C .

Estas incluem a possibilidade de combinar duas ou mais matrizes de dados. F10 Sair Segue uma descrição de cada opção :COMBINAR . cOmbinar conVerter comPlemento coFenetica Continue Combinar 2 ou mais matrizes de coeficientes ------------------------------------------------ ------------------------------------------------------F1 Ajuda.escolher o formato do arquivo de coeficientes .programa COEF (manual versão 30/04/98) Note que nem todos os coeficientes são aplicaveis com qualquer tipo de dados de entrada . Para dados binários. As modificações disponíveis incluem transformar. MODIFICAR . Para dados mixtos.esta opção é muito importante pois permite a modificação da matriz de dados antes de calcular os coeficientes. etc. Veja o capítulo “Opções comuns a vários programas” para uma descrição mais detalhada desta opção. Canberra e Manhattan média). converter entre formatos de arquivo. embora o limite para o número de objetos (400) continua válido.veja a seção “Limitações e Problemas” para informações sobre possíveis incompatibilidades. especialmente onde o número de objetos é grande. alem de transpor e imprimir a matriz de dados e acesso à planilha para inspeção e modificação de dados individuais. eliminar ou mascarar linhas ou colunas da matriz.pode ser FITOPAC (FPC) ou NTSYS. FORMATO . Não é possível combinar distâncias com semelhanças. Lembre que o número de coeficientes na matriz é uma função do número de objetos ao quadrado ! A impressão de uma matriz de coeficientes destrui a matriz de dados que está na memória do micro e será necessário re-ler a matriz para calcular mais coeficientes. calcular um coeficiente para cada matriz. O principal uso desta opção é em casos onde você tem demais caracteres para calcular a matriz de coeficientes diretamente. Por exemplo. Veja a seção “Limitações e problemas” para mais informações. 2 com 250 caracteres e um com 150 caracteres. F5 Gravar config. MANIPULAR . alguns coeficientes são exatamente iguais (por ex. Tome cuidado com esta opção pois a listagem obtida pode ser muito volumosa. F3 Selecionar.imprime a matriz de coeficientes num arquivo que terá o nome do arquivo de saida com a extensão “LST”. não seria possível calcular uma matriz de coeficientes diretamente pois o máximo de caracteres quantitativos é 250. Manipulando matrizes COEF oferece algumas facilidades para manipulação de matrizes de coeficientes.) Veja a seção “Manipulando matrizes”. Mas voce pode criar 3 arquivos de dados. As transformações são particularmente importantes pois é necessário transformar as colunas da matriz antes de calcular muitos coeficientes. e o programa dará uma mensagem de erro se tentar. Ao selecionar esta opção.permite combinar duas até quatro matrizes em uma matriz só. F4 Impressora.permite manipular arquivos de coeficientes (combinar arquivos.inicia o calculo da matriz de coeficientes e a gravação do arquivo “FPC” onde são armazenados. Desta maneira. efetivamente não existe limite para o número de caracteres. CALCULAR . Você também pode utilizar esta facilidade para criar matrizes que combinam diferentes tipos de caracteres. abre a seguinte tela:- . calcular o complemento de uma matriz de coeficientes e calcular o coeficiente de correlação cofenética entre duas matrizes. IMPRIMIR . se tiver uma matriz com 650 caracteres quantitativos. e depois combinar estas matrizes (dando um peso proporcional ao número de caracteres para cada um) para dar uma matriz final que é equivalente à matriz calculada diretamente utilizando todos os caracteres de uma vez. somente o coeficiente de Gower é disponível.

FITOPAC > NTSYS B . 4 . O valor do coeficiente na matriz final é calculado a partir da seguinte expressão C f = pC+pC +pC +pC 1 1 2 ∑p i =1 2 4 3 3 4 4 i onde Ci é o valor do coeficiente em matriz 1 e pi é o valor dado para o peso para matriz 1. Ao escolher esta opção.o valor de similaridade. aparece um menu mostrando as conversões disponíveis :- A .versão 1 Arquivos a serem combinados arquivo nnnnnn nnnnnn nnnnnn nnnnnn peso 0.isto é.00 0.00 Nome de arquivo FPC contendo matriz de coeficientes Você pode entrar com os nomes de até quatro matrizes que serão combinadas.FPC Arquivo de saida ? : MAT1.00 0.calcula o complemento da matriz de coeficientes . Semelhante à opção para correlação cofenética em programa CLUSTER. CONVERTER .permite converter arquivos de um formato para outro (por ex. FITOPAC → SYSTAT ou NTSYS). Repare que só pode ser usado com matrizes do mesmo tamanho.FITOPAC . caso queira alterar o equilibrio entre as matrizes. transformando similaridade em distância.FITOPAC > SYSTAT D .SYSTAT > FITOPAC em seguida.calcula o coeficiente de correlação cofenética entre qualquer par de matrizes e mostra um gráfico plotando os valores da primeira matriz contra os valores correspondentes da segunda matriz. COFENETICA .00 0.DAT COMPLEMENTO . junto com o peso a ser dado a cada uma. 1. mas pode ser usado com outras matrizes e não somente com a dendrograma.NTSYS > FITOPAC C .0 . Este peso normalmente é igual ou proporcional ao número de caracteres usados para produzir cada matriz. mas você pode usar outros pesos. aparece uma tela pedindo os nomes dos arquivos de entrada e saida a serem usados na conversão :Arquivos Arquivo de entrada ? : MAT1.

Limitações e problemas O número máximo de objetos é 400.programa COEF (manual versão 30/04/98) Dados faltando Embora não seja tão comum em matrizes de dados ecológicos. O uso das facilidades para combinar matrizes. Veja o comentário em “Dados faltando”. Não pode ter dados faltando ! Mensagens de erro O programa produz uma mensagem de erro quando encontra uma situação que produzirá uma matriz com valores que não são válidos. os coordenados para a cidade de Campinas. porém. Como alternativo. É possível que ocorra uma situação onde ambos os objetos tem aproximadamente a metade dos dados faltando.88 de latitude e -47. calcule todas as matrizes de coeficientes primeiro. no. Assim. Um outro problema que pode surgir é a falta de comparações válidas. Esta situação geralmente ocorrerá em matrizes com muitos valores faltando. Para matrizes de dados quantitativos. caso haja um número grande de dados faltando. e a matriz não pode ser usada. acima. ou completando a matriz com mais dados reais para estes objetos. Como não é possível armazenar os coeficientes calculados junto com a matriz de dados originais na memória RAM do micro. e um ou ambos os objetos tem exatamente o mesmo valor para todas suas variáveis. pois os coeficientes calculados não são muito confiaveis. Latitudes ao Sul devem ser negativos e longitudes Oeste também. o limite é 1000 colunas.se não for usada a distância média. Neste caso. No caso de distâncias eclidianas e manhattan. Note que a opção de impressão pode imprimir qualquer matriz tipo “FPC” e não está restrita ao último arquivo gravado. o programa precisa remover a matriz de dados da memória RAM. a matriz resultante vai subestimar as distâncias para estes objetos. Neste caso. de comparações validas = 0 . Este problema pode ser evitado por eliminação de um ou ambos os objetos envolvidos. e neste caso. O coeficiente é calculado somente com base nas comparações válidas entre os objetos. graus + (minutos + segundos/60)/60) com latitude na primeira coluna da matriz e longitude na segunda.em uma ou mais variáveis. recomendo que. é necessário somente recarregar a matriz após a impressão. o limite é 250 colunas. se possível. uma variável é rejeitada se um ou outro ou ambos os objetos tem dados faltando para esta variável. e não é possível ler uma matriz com mais que 400 linhas nesta versão. Este ponto é particularmente importante se tiver alguns objetos com muitos dados faltando . não foi possível medir um ou mais dos objetos sendo estudados. Em geral. e se você quiser calcular outos coeficientes utilizando a mesma matriz modificada. devido a limitações de espaço. Os coordenados geográficos devem estar em graus decimais (i. O resultado vai ser uma tentativa de calcular semelhança ou distância entre objetos que não tem nenhum variável válida em comum. matrizes de dados taxonômicos frequentamente contém dados faltando . Depois pode imprimí-las utilizando a opção de nome de arquivo na operação de impressão para controlar quais matrizes são impressas.geralmente ocorre quando se usa um coeficiente de correlação. Portanto. A única maneira de resolver este problema é de eliminar um ou ambos os objetos envolvidos ou completar a matriz com dados novos. Com dados binários. ocorre 5 . qualquer modificações que foram feitas na matriz de dados são perdidas. precisará refazer todas as modificações. permite utilizar um número quase ilimitado de variáveis (veja a seção “Manipulando matrizes"). No cálculo do coeficiente entre dois objetos.a causa desta mensagem é a ausência de valores válidos para algum par de objetos. matrizes com muitos dados faltando devem ser tratados com bastante cautela. existem algumas limitações importantes.e. mas cada um tem variaveis diferentes faltando. Veja Dunn & Everitt (1982) e Clifford & Stephenson (1975) para uma discussão deste ponto. O número máximo de colunas (variaveis) depende do tipo de matriz. SP ficariam : -22. Valor do coeficiente não definido . pois o programa ignora comparações individuais onde faltam dados. pode criar uma matriz já modificada utilizando CRIAMAT ou MATRIZ. quando você seleciona a opção para imprimir a matriz de coeficientes. o programa mostra uma mensagem de erro e para o processamento da matriz. porém. No caso de cálculo de distância geográfica. em casos onde você pretende modificar a matriz de dados e calcular diversos coeficientes.08 de longitude. A presença de dados faltando na matriz de dados não é um problema na maioria dos casos. recomenda-se o uso da distância média pois a presença de dados faltando vai diminuir a distância total calculada. Para dados qualitativos (presença/ausência).

para todas as variáveis de 1 a N. com N variáveis e M amostras :é o valor observado para variável k na amostra i. a cópia da matriz de dados que está na memória RAM é destruida e os coeficientes recuperados do arquivo “FPC” para impressão. N é o número total de variáveis. mas são gravados imediatamente no arquivo “FPC”. ou alterando a codificação das variáveis.FITOPAC . M é o número total de amostras (UTOs). os seguintes símbolos são usados :Para uma matriz de dados X. Nas definições. coeficientes que utilizem dados quantitativos - Distância euclidiana quadrada 2 d ij=∑ ( xik − x jk ) 2 k =1 N d 2 ij = (b + c) para dados binários. Notas técnicas Os coeficientes não são armazenados em RAM. Distância euclidiana simples d ij = d 2 ij d ij = (b + c) para dados binários. as formulas utilizam a seguinte tabela :- UTO i + - U T O j + a b - c d onde a é o número total de variaveis onde amostras i e j ambos tinham o valor “1”. para variáveis contínuas.versão 1 quando d e (b ou c) tem valores de 0. As formulas utilizadas para calcular os coeficientes são descritas abaixo. Pode ser corrigido removendo um ou ambos os objetos. b onde amostra i tinha o valor “0” e amostra j o valor “1”. Para dados binários. ik x x ik é a média das observações para amostra i. devido ao problema de armazenar a matriz de dados e a matriz de coeficientes ao mesmo tempo. Quando se opta pela impressão da matriz de coeficientes. etc. 6 .

d CANij = (b + c ) . 1975). N Distância euclidiana média d ij = d N 2 ij d ij = (b + c ) para dados binários. para dados binários. Distância Manhattan média {"Mean Character Difference"} d Mij= 1 N ∑ − N k =1 x ik x jk d Mij = (b + c ) para dados binários N Bray . mas excluindo comparações onde ambos as amostras tem o valor 0.programa COEF (manual versão 30/04/98) Distância euclidiana quadrada média d 2 ij = d N 2 ij d 2 ij = (b + c ) para dados binários. Esta é a forma original e mais comum deste coeficiente. excluindo zero duplo (a + b + c ) 7 . N Distância Manhattan total {"city block metric"} d Mij=∑ xik − x jk k =1 N d Mij =(b + c) para dados binários.Curtis d BC = ∑ x −x ∑ (x + x k =1 ik k =1 N ik N jk d jk BC = ) (b + c ) para dados binários [ 2 a +(b + c)] "Canberra metric” incluindo zero duplo d CANij = 1 N x −x ∑( + x x N ik ik k =1 jk jk ) d CANij = (b + c ) para dados binários N "Canberra metric” excluindo 0 duplo igual ao anterior. (veja Clifford & Stephenson.

Esta opção calcula a distância em kilómetros entre dois pontos na superficie da terra quando são fornecidas as latitudes e longitudes dos pontos. de indivíduos em amostra i.versão 1 Morisita C = Lij (λi + λ j) N i N j 2 ∑ nik n jk onde λ = i ∑ n (n − 1) N ( N − 1) ik ik i i nik = no. e Ni = no.FITOPAC . É fornecida para permitir comparações entre matrizes de 8 . espécie k. mas λ = N i 2 ik 2 Distância corda d ij = 2(1 − cos θ ) onde cos θij = ∑x x k =1 ik M 2 M k =1 ik k =1 M jk 2 jk ∑x ∑x Diferença de tamanho d ij = d ij = ou N N 1 (∑ xik − ∑ x jk ) 2 N 2 k =1 k =1 ou d ij = (b − c ) 2 para dados binários N2 Diferença de forma N N 2 1 N 1 ( xik − x jk ) − N 2 (∑ xik − ∑ x jk )2 ∑ N k =1 k =1 k =1 d ij = N (b + c)−(b − c) 2 para dados binários N2 Correlação r ij = ∑ (x − x )(x − x ) ∑ ( x − x ) ∑ (x − x ) ik i jk j 2 ik i jk j 2 r ij = ( ad − bc) (dados binários) ( a + b )( c + d )( a + c)(b + d ) Marczewski-Steinhaus S St = 2∑ min( xik . Morisita modificado por Horn i ∑n igual ao anterior. x jk ) (∑ xik + ∑ x jk ) k =1 k =1 k =1 M M M ou = SSOR para dados binários Distância geográfica . total de indivíduos em amostra i.

os resultados são bastante satisfatórios. mas pode haver problemas no caso de localidades que são muito próximos (menos que 10 minutos de ângulo de separação) devido ao acúmulo de erro no cálculo. coeficientes que utilizem dados binários - Concordância simples {"Simple matching"} S SM = (a + d) N Jaccard S JAC = a (a + b + c ) Dice/Sorenson/Czekanowski S S KUL SOR = 2a (2 a + b + c ) Kulczynski 1 a a = [ + ] 2 ( a + b) ( a + c ) Ochiai S OCH = a [(a + b)(a + c)] Baroni . e a distância em kilómetros entre os pontos é dado por dist ij = 2π . é fácil converter os arquivos produzidos aqui ao formato NTSYS e utilizar este programa para realizar o teste.Urbani & Buser S S S BUB = ad + a ( ad + a + b + c) Rogers-Tanimoto RT = = (a + d) (a + d)+ 2(b + c) (a + d) − (b + c) (a + b + c + d) Hamann H Yule S Y = ad − bc ad + bc 9 . (Butler & Bell.cos LATj. i e j. como o raio médio da terra..6371.cos( LONGi − LONGj ) onde θij é o angulo entre os dois pontos. 1988) Em geral. utilizando o teste de Mantel. θ 360 ij o utilizando 6371 km. A formula usada para calcular a distância entre dois pontos. é cosθ ij = sin LATi.sin LATj + cos LATi.programa COEF (manual versão 30/04/98) semelhança e distância geográfica entre os locais representados na matriz de semelhança. Embora a atual versão de FITOPAC não inclui o teste de Mantel.

R. Numerical Ecology. G. An introduction to numerical classification. 1981. Elsevier. Freeman. H. & Stephenson 1975. Pielou. Cambridge University Press. 1973. London. & Everitt.versão 1 Chi .R. P. para variáveis quantitativas : Sk = ( X ik − max k X X −X jk ) w k = 1. Numerical Taxonomy. Clifford. J. The Interpretation of Ecological Data. Gordon.0 wk = 1.S. E.quadrado χ 2 ij = N (ad − bc) 2 (a + b)(c + d)(a + c)(b + d) N ( ad − bc − N ) 2 χij = (a + b)(c + d)(a + c2)(b + d) 2 Chi . 10 . Sneath. P.D.quadrado com correção de Yates Coeficients para misturas de varíaveis Coeficiente de Gower W é o peso para cada comparação. 1983. & Bell. Legendre. Chapman & Hall. B. England.T.0 se Xik = Xjk = 1 wk = 1. L. Wiley.M. 1984. 1982. Harlow. An Introduction to Mathematical Taxonomy.C. B. & Sokal. Academic Press. & Legendre. 1988.0 se Xik = Xjk Sk = 1. Longman.0. então wk = 0.A. se Xik ou Xjk está faltando.C.FITOPAC .0 min k para variáveis multiestado para variáveis binárias Sk = 1.0 SG = ∑ wk S k =1 N k ∑w k =1 N k Bibliografia Butler. Classification. Para cada variável. A. k. London. Interpretation of Geological Maps.H.D. San Francisco. Dunn.

se você utilizar um outro tipo de arquivo. assim. E no critério utilizado para decidir qual é o par de grupos mais próximos em cada passo da análise que os métodos diferem. No atual programa. incluindo a maioria dos métodos comuns como média de grupo e vizinho mais próximo. as relações entre amostras e até que ponto nos podemos reconhecer subconjuntos que mostram mais semelhança entre si e que podem ser considerados como classes ou grupos distintos.LST’. e juntando o par de grupos mais próximos. mas o programa pode ser usado para análises de qualquer tipo de dados onde são válidas estas técnicas. representa a hierarquia de grupos. tem sido amplamente usada em ecologia e atualmente é empregada extensamente em campos de estudo variando de literatura até geologia. correlação ou distâncias produzido pelo programa ‘COEF’. Produz dendrogramas dos agrupamentos obtidos e fornece várias análises suplementares. Permite utilizar diversos tipos de agrupamento hierarquico . Esta técnica é utilizada em situações onde não temos uma ideia pré-formada da delimitação dos grupos. com propriedades e filosofias diferentes. até que permanece somente um grupo. O termo ‘Análise de agrupamentos’. Esta técnica. Arquivo de entrada : O programa utiliza um arquivo de coeficientes de similaridade.FPC’. automaticamente. Estes partem de uma matriz de semelhança ou distância.aglomerativo. Introdução Análise de agrupamentos é uma técnica que é utilizada para formar grupos de objetos ou UTOs (Unidades Taxonômicos Operacionais).FPC’. Se você quer analisar os grupos formados. na realidade. será usada o arquivo ‘POCOS. O programa já supoe que o arquivo de entrada tenha a extensão ‘. (contendo uma matriz de coeficientes) e um arquivo de saida (onde os resultados serão gravados). um mensagem de erro aparecerá. Manly (1986). Devem ser consultados os livros de Clifford & Stevenson (1975). Um dendrograma. Utilização Arquivos necessários São necessários: um arquivo de entrada. será preciso um arquivo contendo a matriz de dados. com extensão e tudo.PROGRAMA CLUSTER Função Este programa produz uma análise de agrupamentos (cluster analysis) a partir de uma matriz de coeficientes de similaridade ou distâncias. successivamente. você pode especificar os arquivos de entrada e saida na linha de comando.FPC’ como arquivo de entrada e ‘POCOS. o arquivo ‘NOME. o programa cria. Pielou (1984) e Sneath & Sokal (1973) para uma discussão mais ampla da teoria e aplicações de análise de agrupamentos. Gordon (1981). é fornecido um conjunto de oito métodos de agrupamento. Os exemplos utilizados neste manual serão quase inteiramente ecológicos. e o program vai pedir o nome de um arquivo tipo ‘. matriz esta usada para calcular os coeficientes. é necessário bater o nome completo deste. Arquivo de saida : Quando não se especifica um arquivo de saida. Quando você chama o programa. um diagrama que mostra o nível de semelhança entre os grupos. não é necessário bater a extensão. Portanto. É uma maneira de se investigar. Everitt (1980). Dunn & Everitt (1982). embora utilizada inicialmente em estudos taxonômicos. baseando-se em algum conjunto de características destes objetos. chamando o programa com a linha ‘CLUSTER POCOS’’. como coeficiente de correlação cofenética e análises das propriedades dos grupos obtidos.por ex. . inclui uma vasta diversidade de métodos. em muitos casos.aglomerativo’. Não se pode usar um outro tipo de arquivo como entrada . 1 . considerando-se cada objeto (parcela ou amostra de vegetação) como um grupo inicialmente. São extremamente diversas as aplicações da análise de agrupamentos. e. nem quantos grupos realmente existem na coleção de objetos. CLUSTER ENTRADA SAIDA”. e manda toda a saida para este arquivo. Caso você queira utilizar um arquivo com outra extensão. todos do tipo ‘hierârquico . mais ou menos objetivamente.LST’ como arquivo de saida.

Pode-se.FPC’ como entrada e os resultados serão colocados no arquivo ‘POCOS. Segue uma descrição de cada comando :METODO . Note.RES’ vai utilizar ‘POCOS. porém. que certas combinações de coeficiente e método de agrupamento podem criar problemas (veja limitações e problemas. Dendro.abaixo). mandar a saida diretamente para a impressora. Dados O programa aceita qualquer um dos coeficientes produzidos por ‘COEF’. Tela principal Arquivos Rotas Metodo Dendro dEsen Imprimir Cofen Grupos Sair Escolher o metodo de agrupamento a ser usado ———————————————————————————————————————— —— arquivos Arquivo entrada : A. batendo ‘IMP’ para o arquivo de saida.selecione o metodo de agrupamento que deseja utilizar.por ex. No caso de se utilizar a opção de saida de “Analisar os Agrupamentos” (veja “Opções de Saida” .FPC Arquivo saida : A. *dEsen.FITOPAC .FPM’ que contém os dados originais utilizados para calcular a matriz de coeficientes de distância ou semelhança. 2 . embaixo). As opções de tipo de agrupamento são apresentados no menu ‘Tipo de agrupamento desejado’ e a opção desejada pode ser escolhida. *Imprimir.RES’. Os comandos marcados com um asterísco estão disponíveis somente depois de produzir um dendrograma utilizando o comando “Dendr”. correlação e diversos tipos de distância (veja a descrição do programa COEF para detalhes destas opções). bate este nome após o nome do arquivo de entrada. ‘CLUSTER POCOS POCOS.versão 1 Caso você queira especificar o nome do arquivo de saida.LST Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Metodo atual : Media de grupo (UPGMA) Os principais comandos disponíveis são : Metodo. será também preciso o arquivo ‘. *Cofen e *Grupos. também. batendo a letra apropriada ou utilizando as setas e <ENTER>. incluindo diversas medidas de semelhança. lembrando de deixar um espaço entre os dois .

O método tende a produzir grupos compactos e esféricos. Da mesma maneira que a média ponderada. (Weighted average. aparentamente com resultados bons. Este critério resulta em grupos extensas e ‘straggling’. (Complete linkage. UPGMA. nearest neighbour. O método é compatível com qualquer tipo de coeficiente. Também está sujeito a inversões no dendrograma. (Average linkage. e você pode utilizar estes coeficientes se ignorar os avisos do programa. sem sobreposição . (Single linkage.Centroide F . a distância máxima (ou semelhança mínima) entre qualquer par de objetos. (Centroid. group average) Aqui. no total :Ligação mínima. 1987). um de cada um dos dois grupos.Media de grupo (UPGMA) D . sem a formação de grupos nítidos. ser interpretados com bastante cautela. maximum method.Metodo de Ward (Variancia minima) H . porém. minimum variance) Neste caso. então. este método só faz sentido quando utilizado com distância euclidiana quadrada. sem considerar o seu tamanho. vizinho mais próximo) O critério utilizado para ligar dois grupos neste método é a distância mínima (ou semelhança máxima) entre qualquer par de objetos. Este método pode produzir ‘inversões’ no dendrograma. Média de grupo. Média ponderada. UPGMC) O critério usado neste método é a distância entre os centroides ou vetores de médias dos grupos sendo comparados. Compatível com qualquer coeficiente. É compatível com qualquer tipo de coeficiente. apesar de qualquer diferença em tamanho. Grupos relativamente compactos e esféricos tendem. Ligação completa. é o critério utilizado para decidir se dois grupos devem ser ligados.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Tipo de agrupamento desejado ? A . centroide ponderado) Este método é a variante ponderada do centroide. 3 . Centróide. o critério utilizado para ligação dos grupos é a média de distância ou semelhança de todos os pares de objetos com um em cada grupo. a se formar . onde a distância de ligação entre dois grupos pode ser inferior ao nível de ligações anteriores. tende a dar pesos iguais aos grupos. deveria dar resultados melhores onde grupos de tamanhos muito diferentes estão sendo comparados.Metodo flexivel Todos os métodos de agrupamento são do tipo SAHN .Mediano G .Ligaçao minima B . Teoricamente. McQuitty’s similarity analysis) Este método é semelhante à média de grupo. A próxima ligação será feita utilizando o par de grupos que produz o menor aumento neste soma. Mediano. e tem a tendência de formar grupos extremamente compactos e esféricos. Método de Ward. é utilizada como critério para ligação de grupos. Apesar disso. WPGMA. São oito. weighted centroid. vizinho mais distante) Neste método.Sneath & Sokal (1973). (Median. utiliza um critério que é exatamente o contrário da ligação mínima. a soma dos quadrados das distâncias entre os membros de um grupo e o centroide do grupo . furthest neighbour. WPGMC. Esta escada é caracterizada pelos objetos ligando-se um a um. mas concede peso igual para os grupos. portanto. vários autores utilizam este método com outros tipos de coeficiente (Wishart. minimum method.Ligaçao completa C . Ligação completa. Os resultados devem. A transformação utilizada no programa não é compatível com coeficientes de similaridade ou correlação. Compatível somente com coeficientes de distância.Media ponderada (WPGMA) E . aglomerativo.sequencial. hierárquico. como no método anterior. (Ward’s method. mas este método não é tão extremo como o método de ligação completa. Teoricamente. frequentamente formando uma ‘cadeia’ ou ‘escada’. sendo um de cada grupo. Este método é compatível com distância euclidiana e coeficientes de diferença de tamanho e de forma.

e onde estão ocorrendo estes problemas (Sneath & Sokal.Everitt. o dendrograma vai parecer muito ‘apertado’. no formato mostrado na figura 2.calcula o valor do coeficiente de correlação cofenético (Sneath & Sokal. é possível simular o efeito de diversos métodos de agrupamento.Analizar os agrupamentos. GRUPOS . 4 . quanto mais alto o valor desta correlação. No caso de análises com um número grande de objetos. Alternativamente. utilizando o método de agrupamento especificado. o programa pede um valor para beta. mas se o número de objetos é grande. O programa também fornece um gráfico. O valor deste coeficiente serve como indicador. e existem sugestões que valores baixos (por ex. dendrogramas que contém inversões não são corretamente impressos.25).0 até (mas não incluindo) 1. Beta. Em geral. Esta opção calcula a correlação entre a matriz de coeficientes original e a matriz de valores cofenéticos que corresponde ao dendrograma produzido na atual análise. mas.7 . mas valores perto de -1. oferece uma maneira de escolher entre classificações alternativas. embora os principais divisões (geralmente os mais importantes e interessantes) ainda serão evidentes.25 geralmente é satisfatório.FITOPAC . e. É especialmente importante aqui a possibilidade de se inspecionar as variáveis originalmente usadas para produzir a matriz de semelhança/distância. 1973).imprime o dendrograma usando o conjunto normal de caracteres da impressora. Este método é compatível somente com distância euclidiana e não com correlação. (Lance_Williams’ flexible method) Este método foi proposto por Lance & Williams (1967) e permite variar um parâmetro.0 produzem agrupamentos muito compactos. Portanto. entre os valores -1. Caso você queira analisar os agrupamentos menores.Este comando inicia o cálculo do dendrograma a partir da matriz de coeficientes fornecida no arquivo de entrada. opção que tem facilidades para selecionar e aumentar partes do dendrograma. Portanto. a listagem será extensa . Neste formato. assim permitindo determinar quais variávies são importantes na separação dos grupos. Atualmente.O dendrogram é desenhado na tela (figura 1) quando se escolha esta opção. Além disso. análises de grandes números de objetos levarão muito mais tempo que análises menores. em micros mais lentos que não tem co-processador numérico. de preferência no mesmo disquete ou sub-diretório que a matriz de coeficientes. especialmente nos níveis inferiores. 1973). Com valores positivos de beta. < 0. DENDRO . Esta opção produz uma listagem do dendrograma no arquivo de saida. deve-se utilizar diversos critérios para tomar uma decisão sobre a validade de uma classificação. na prática.Esta é a opção mais complexa pois fornece diversos tipos de análise dos agrupamentos presentes no dendrograma atual. Lance & Williams sugerem que um valor perto de -0. Você pode imprimir a tela resultante apertando Ctrl-P (veja ‘Imprimindo gráficos’). pode utilizar o comando “Grupos” . Se esta opção é escolhida. é conhecido que o método de Média de Grupo (UPGMA) sempre otimiza a correlação cofenética (Gauch.0. pode-se usar a opção imprimir o dendrograma. sem o uso do modo gráfico. Qualquer outra tecla volta à tela principal.versão 1 Método flexível. só precisa bater <ENTER>. COFEN[ÉTICO] . mas. plotando os valores da matriz de coeficientes original contra os valores cofenéticos do dendrograma (figura 3). melhor é a representação dos dados originais fornecida pelo dendrograma. variando o valor de beta. IMPRIMIR . portanto. O gráfico dá uma idéia melhor de possíveis distorções da matriz original.FPM” usado para produzir a matriz de coeficientes se você pretende realizar análises das variáveis originais.e valores relativamente altos do coefiente de correlação cofenética são possíveis em situações onde ocorre distorção razoável na classificação produzida. O tempo de processamento necessário é proporcional ao quadrado do número de objetos sendo agrupados. semlhantes a ligação completa. e a listagem pode ser extensa no caso de análises com grande número de objetos. o dendrograma ocupa uma página para cada 30 objetos. 1980) indiquem uma má classificação ou que os agrupamentos não são satisfatórios. podem requerer várias horas de cálculos. DESEN[HAR] . Note que é essencial ter o arquivo “. o método produz resultados semelhantes a ligação mínima. Este tipo de critério deve ser usado com bastante cautela não existe um teste de significância satisfatório . Este coeficiente. 1982). Se quiser usar o valor sugerido pelo programa (-0. nem sempre dá a classificação mais satisfatória.

programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Definir Membros Var Grupo Box/whisk Acres.esta opção simplesmente imprime no arquivo de saida uma lista dos membros de cada grupo selecionado (fig. 5). e depois aperta a tecla <ENTER>. o programa apresenta um gráfico do dendrograma (fig. preenchendo a tela só com este ramo. e o ramo do dendrograma associado é desenhado com uma linha pontilhada. você posiciona o cursor no nó do dendrograma que é a raiz do grupo (ou ramo do dendrograma) que se pretende analisar.desfazer o aumento.Imprimir listagem dos membros dos grupos . Note que a escolha de um grupo anula qualquer escolha anterior envolvendo aquele grupo. voltando a esta opção uma vez que o primeiro nível de análises foi feito. Permite examinar um ramo em mais detalhe. Sair Definir os grupos para analise ______________________________________________________________ Metodo atual : Media de grupo (UPGMA) Segue uma descrição da função de cada comando :DEFINIR . examinando e escolhendo grupos para análises mais aprofundadas. Quando terminar a escolha de grupos. No dendrograma de fig. a escolha do nó acima de grupos 1 e 2 vai anular estes grupos e criar um novo grupo 5 que contém os membros dos dois grupos originais. utilizando as teclas de seta. O cursor indica o nó ativo.Depois da escolha desta opção. aparece um quadrado ao redor da raiz do grupo junto com o número dado para este grupo (fig. Se você pretende analisar grupos ‘encaixados’ desta maneira. O primeiro passo é de selecionar os grupos que você pretende analisar. Por exemplo. 4). As teclas usadas para “navegação” são as seguintes :- ¤ mude para o ramo à direita ¥ mude para o ramo à esquerda £ mude para o nó anterior (¢ não tem função aqui) §+ ¤ mude para o objeto mais à direita deste grupo §+ ¥ mude para o objeto mais à esquerda deste grupo + ² Vai até a raiz do dendrograma amplia (“zoom”). 4). MEMBROS . com um cursor apontando para o nó que representa a raiz do dendrograma. Você pode “navegar” ao redor do dendrograma. voltando ao dendrograma original. Para selecionar um grupo. já foram selecionados 4 grupos. 5 . 4). no dendrograma de fig. deixando claro qual é a parte do dendrograma que está sendo selecionada (fig. . Pode-se voltar quantas vezes quiser a este opção. aperte a tecla <ESC> para continuar. « escolher o ramo atual para análise µ “desfazer” a escolha de um grupo ° terminar escolha de grupos e continuar análise. Quando você escolhe um grupo. 4. especialmente em dendrogramas mais “apertados". precisa fazer mais que um ciclo de análise. 4.

geralmente. não é possível acrescentar os números de grupo. produzindo um gráfico do tipoBox & Whisker” (Tukey. onde grupos bem irregulares podem ocorrer com mais facilidade. mínimo e desvio padrão do variável para cada grupo (fig. Por exemplo. Scheibler & Scheibler.Diagrama “Box & Whisker” . permitindo o uso destes grupos em outros programas deste pacote. com uma linha central representando o mediano. A diversidade de métodos de se formar agrupamentos cria muitas dúvidas e questões sobre a sua aplicação. e 50 % dos membros caiem dentro da faixa entre os “quartiles” (i. Na prática.com esta opção. Esta opção é útil quando você quer caracterizar um grupo específico. máximo. torna-se fácil comparar os grupos e investigar o grau de sobreposição entre os grupos nas variáveis selecionadas. porém.esta opção é um equivalente gráfico do “Resumir dados por variável". Os números de grupo serão colocados numa variável chamado “Grupo” que é adicionada à matriz como o último variável. e grupos que são formados somente com o uso deste método devem ser vistos com uma certa ‘desconfiança’. Inevitavelmente. algumas recomendações podem ser feitas. Ligação completa.Resumir dados por variavel . Milligan. que é pouco informativa. Mas em casos onde os grupos tem formas estranhas. e os extremos da caixa representando os “quartiles".e. Portanto. SAIR . mas. e a escolha depende do tipo de dados que o usuário tem e do tipo de agrupamentos que ele procura (por ex. Esta situação parece ser mais comum em estudos taxonômicos. até todas as variáveis no arquivo. produz grupos extremamente bem definidos. imprimindo os dados para cada variável para um dado grupo. O método de Ward também tende a produzir grupos relativamente compactos e esféricos. temos uma distribuição contínua. “Statgraphics” ou qualquer outro pacote estatística que tem facilidades para este tipo de análise. antes de proceder ao próximo grupo (figura 7). GRUPO . ou lineares ou mais irregulares. Apesar disso. é que este método vai produzir ‘grupos’. numa forma extrema. A consequência disso.Terminar analise de grupos .esta opção imprime um resumo de cada grupo. 1977) para cada variavel selecionada. Antes de imprimir esta listagem. variavel por variavel. por outro lado. ACRES[CENTAR] . Podemos fazer um contraste entre ligação mínima. Ligação mínima produz dendrogramas que normalmente são de pouca utilidade na maioria de situações reais. No caso de objetos que não estão dentro de um dos grupos selecionados. a colocação dos objetos nos ‘grupos’ é um tanto arbitrária. desde que não haja muitas amostras intermediárias. onde as amostras se ligam com o dendrograma uma por uma. Se não se definem bem os grupos existentes nos dados. aparentamente bem distinctos.FITOPAC . ou com outros pacotes estatísticas via as facilidades paratradução” de formatos. 1985). Os vários levantamentos feitos mostram que não existe um método que é nitidamente superior aos outros em todas as circumstâncias. muito compactos. e tende a ser insatisfatória como classificação. permitindo qualquer combinação desde uma variável só.versão 1 VAR[IÁVEL] . Quando uma matriz já contém o número máximo de variáveis. o processo de ‘encadeiamento’ (chaining).Resumir dados por grupo . amostras intermediarias liguem os grupos precocemente e estas ligações escondem a estrutura que na realidade está presente. Neste caso. na realidade. você pode acresentar permanentamente os números de identificação dos grupos selecionados à matriz de dados originais. dois “whiskers” representam o máximo e mínimo do grupo para a variável. Esta listagem permite investigar quais são as variáveis que distinguem melhor entre diferentes grupos. onde.no. Também pede uma lista das variáveis que devem ser usadas. pois consegue seguir as configurações mais complexas. será dado o valor de “dados faltando” para esta variável. os resultados são mais aceitáveis dos que os de ligação completa. 50 % dos membros do grupo tem valores menores que o mediano. se você quer verificar até que ponto os grupos podem ser distinguidos e criar funções discriminantes para separá-los. Recomendações sobre escolha de métodos. o programa pergunta quais variáveis você quer utilizar. este método pode ser extremamente útil. que tendem a ser mais ou menos esféricos. 6).voltar à tela principal. de grupo a matriz . Milligan & Cooper. cada grupo é apresentado como uma caixa (“box”). mas produz um resumo grupo por grupo.semelhante à opção anterior. Mostra. BOX/WHISK . fornecendo média. usando “Systat". Com este gráfico. este método frequentamente produz 6 . produzindo uma ‘escada’. que ocupa um extremo do espectro de métodos e ligação completo no outro. Fora da caixa. 1981. pode acrescentar os números de grupos à matriz original e utilizar esta matriz para uma análise de discriminantes. dentro da caixa). Figura 8 mostra um exemplo deste tipo de gráfico. Quando tem menos que quatro objetos no grupo. 1987. é apresentado somente uma linha representando o máximo e mínimo do grupo.

Esta propriedade de formação de inversões é considerada altamente indesejável por muitos autores que consideram estes métodos obsoletos. fornece resultados comparáveis com média de grupo e método de Ward (Milligan & Cooper. em alguns casos. não há espaço suficiente para fazer análises de agrupamento com o número máximo de objetos e o programa dará uma mensagem dememória insuficiente” se tentar. ] Compatibilidade entre coeficientes e métodos. 7 . geralmente foi comparável ou. 2) a estratégia pode também ser compatível. o dendrograma resultante pode mostrar inversões: nestas o nível de fusão entre dois grupos é inferior (distância menor) do que o último nível de fusão dentro de um ou ambos os grupos (o nível de fusão não aumenta monotónicamente). pois os coeficientes nas fases posteriores não são iguais aos originais. Com este número. não é necessário usar os dados originais ou a matriz de coeficientes original para atualizar a matriz. Scheibler & Schneider. 1985). produz resultados bons. Limitações e problemas Limites O número máximo de objetos (UTOs) é 400. alguns coeficientes teoricamente não podem ser utilizados em combinação com alguns métodos de agrupamento. análises vão ser bastante demoradas e os dendrogramas apresentados na tela serão muito “apertados". em geral. alguns métodos não são combinatoriais. É sugerido por Milligan (1987) que valores de β em torno de -0. dij e o número de objetos em i e j. se não o melhor. Milligan & Cooper. isso é considerado indesejável. 1985). Em geral.2 a -0. os agrupamentos produzidos são quase sempre mais fáceis para interpretar do que as classificações produzidas por outros métodos. 1987. O algorítmo empregado neste programa utiliza a estratégia combinatorial (combinatorial strategy) de Lance & Williams (1967). embora em conjuntos de dados onde casos extremos (‘outliers’) são comuns. 1981. djk. onde os novos coeficientes dos grupos formados são calculados a partir dos anteriores. No caso dos métodos de centroide e mediano. No caso de uma estratégia incompativel. e.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) resultados bons para dados de composição florística e em estudos taxonômicos. dentre as técnicas aglomerativas/hierárquicas (Milligan.25 geralmente funcionam bem. Lance e Williams distinguem duas situações: 1) a estratégia de agrupamento pode ser combinatorial. Com alguns coeficientes. Normalmente. Parece ser particularmente útil para estudos ecológicos onde em muitos casos queremos ‘dissecar’ o que é essencialmente contínuo. e não é mais possível interpretar os resultados com confiança. 1987. algumas destas propriedades são perdidas. Portanto. o método flexível é bastante interessante por que a intensidade de agrupamento pode ser controlada. Em estudos com dados reais. Os outros métodos mencionados produzem resultados entre os extremos de ligação mínima e ligação completa.4 a -0. mais do que produzir realmente uma classificação de grupos distintos. o mais satisfatório. e neste caso o coeficiente de um grupo k com o novo grupo formado pela fusão dos grupos i e j pode ser expresso inteiramente em termos dos coeficientes dik. Nos estudos citados anteriormente. em algumas situações. utilizando diferentes valores do parâmetro β (beta). O método de média de grupo é. [ No momento.7 são necessários para obter resultados satisfatórios. Os estudos com dados artificiais sugerem também que o método de Ward é quase sempre um dos melhores. Enquanto esta técnica facilita a programação e permite a inclusão de uma diversidade de métodos dentro de um único programa. porém. Scheibler & Schneider. dependendo do valor de β escolhido. o que quer dizer que os coeficientes calculados nas etapas posteriores da análise são de exatamente o mesmo tipo e tem as mesmas propriedades que os coeficientes iniciais. sem a necessidade de recalcular a matriz inteira. melhor que o método de Ward (especialmente com coeficientes de correlação). Já. valores de β na faixa de -0.

1985). Neste caso. e. mínima lig. De modo geral. mas permite continuar com a análise se você quiser. Notas técnicas O programa utiliza o algorítmo de Wishart (1969) para realizar o agrupamento. e não a matriz inteira. você é inteiramente responsável pela interpretação da análise resultante! Se não conhece bem estes métodos. várias técnicas teoricamente incompatíveis são usadas com coeficientes como correlação (especialmente o método de Ward . 1973. também. 8 . e parecem produzir resultados úteis. desde que usados com cautela. Academic Press. e desde que se reconhece que não são implementações exatas do método original. recomenda-se evitar combinações incompatíveis. combinações onde tem um ‘-’ na tabela devem ser evitadas : o programa dará uma mensagem indicando que uma combinação e incompatível.T. Neste caso. Este tem a vantagem de permitir diversos métodos de agrupamento com essencialmente uma única transformação. é possível utilizar combinações incompatíveis ou do tipo não combinatorial. é necessário pesquisar somente estes valores mínimos. foi utilizada. método lig. & Stevenson. New York. Bibliografia Anderberg. Cluster Analysis for Applications.R. Para aumentar a velocidade de processamento. Portanto. a modificação sugerida por Anderberg (1973). New York. somente com distâncias quadradas. onde o valor mínima de cada coluna da matriz de coeficientes é armazenado. nota-se que os primeiros 4 métodos são compatíveis e combinatoriais para qualquer coeficiente enquanto os últimos 4 devem ser usados somente com distâncias. Academic Press. H. diminuindo consideravelmente o tempo necessário para processamento. Schiebler & Schneider.por ex.versão 1 As combinações consideradas combinatoriais e compatíveis são resumidas na tabela seguinte : tipo de coeficiente. simplificando a programação e oferecendo todos os métodos dentro do mesmo programa. completa média de grupo média ponderada centróide mediano Ward flexível distância simples +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/+ -/? +/+ +/+ distância quadrada +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ combinatorial/compatível distância Manhattan +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/+ -/? +/+ correlação +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/-/? +/- Em geral. An Introduction to Numerical Classification. Apesar dos possíveis problemas. em alguns casos. Clifford. W. M. 1975.FITOPAC .

Pielou. Lance. P. G. & Sokal. A study of the beta-flexible clustering method (WPS 87-61). Manly. Scheibler. Tukey. M.G. The Interpretation of Ecological Data. Hierarchical systems. & Wiliiams. B.W. An algorithm for hierarchical classifications. Wiley. & Cooper. Addison-Wesley.S. Columbus OH: Ohio State University. Biometrics 25 : 165-170. Measurement 11 : 329-354. Chapman & Hall.). Classification. New York. Exploratory Data Analysis. W. Heineman Educational Books. Sneath. B. B. 9 : 373-380.C. Mass. D. Wishart. Cluster Analysis (2nd ed.. Faculty of Management Sciences. Applied Psychological 9 . 1987.W. 1973. Multivariate Behavioural Research 20 : 283-304. 1980. G. 1985. 1986.F. 1987. 1984.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Dunn. G. Methodology review: Clustering methods. Chapman & Hall. 1977. R. Multivariate Satistical Methods.C. W. W. & Everitt.S. G.R. A review of monte carlo tests of cluster analysis. Cambridge University Press. An Introduction to Mathematical Taxonomy. Milligan.T. Numerical Taxonomy.N. 1981. E. Reading. London. London. D. Computer J. Milligan. 1967. 1969. A general theory of classificatory sorting strategies 1.A. San Francisco.H. Freeman & Co.H. Milligan. Gordon. A. Everitt. Multivariate Behavioural Research 16 : 397407.W. G. & Schneider. Monte carlo tests of the accuracy of cluster analysis algorithms: a comparison of hierarchical and nonhierarchical methods. London.W.D. J. 1981. 1982.

FITOPAC .versão 1 Figura 1 Dendrograma desenhada na tela 10 .

99 15.94 5.94 UTO modern dog-+-------+ +---------+ prehistoric -+-------+ | +--------+ cuon-+-----------------+ | +------+ golden jacka-+--------------------------+ | +--------------------+ dingo-+---------------------------------+ | | chinese wolf-+---------------------+ | +--------------------------------+ indian wolf-+---------------------+ +------+-------+------+-------+------+------+-----+----+ 0 | 4 | 8 | 12 | 16 2 6 10 14 distancia euclidiana simples Figura 2. Exemplo de listagem de dendrograma 11 .programa CLUSTER **** ** ** (manual versão 30/04/98) Dendrograma **** Tipo de coeficente : distancia euclidiana simples Tipo de agrupamento : Media de grupo (UPGMA) Nivel de fusao 2.04 4.44 9.99 7.25 15.

FITOPAC . 12 .versão 1 Figura 3 Gráfico produzido para correlação cofenética.

programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Figura 4 Fase de escolha de grupos .4 grupos já foram selecionados. 13 .

6c. 4d. 1b. 16a. 17b. *** Agrupamento : Grupo 2. 7c. 2c. 14a. 11a. 5e. Figura 5. 17a. 15e. com 4 membros *** Membros do agrupamento sao : 1a. com 20 membros *** Membros do agrupamento sao : 11d. 10d. 19b. 1d. 10b. 17c. 15a. 20d. *** Agrupamento : Grupo 3. 20b. 12e. 5d. 14 . 10a. 12a. 12c. 16c. 13d. 5b. 8c. 8d. 19e.*** FITOPAC .versão 1 membros dos grupos selecionados *** *** Agrupamento : Grupo 1. 11c. com 16 membros *** Membros do agrupamento sao : 2b. 10c. Listagem dos membros dos grupos. 18d. 13e. 11e. 5c.

856 1... 3. 3..3464 0..3410 minimo 2.900 3...5944 0. *** Media 3.. Resultados de análise de grupos por variável.2745 minimo 4.200 4.....400 4.*** programa CLUSTER Resumo por variavel *** (manual versão 30/04/98) Variavel no..105 M.250 4. 2 Grupo grupo grupo grupo 1.700 N 16 4 20 Figura 6. 2.600 0..800 4.700 1....1915 0. 2..380 pH CaCl-0 desvio padrao 0. 15 .600 maximo 4... 1 Grupo grupo grupo grupo 1...000 maximo 4.100 4.2094 0. -0 desvio padrao 0.900 N 16 4 20 Variavel no.000 4.387 4. *** Media 4.700 4.O.

640 0.000 0.000 3...010 maximo 4.O.0681 minimo 4...0283 minimo 4..... M. -0..9044 0...600 0.. P -0.. K -0.100 2.... M.. *** grupo 3 *** Media 4. Resultados de análise de variáveis por grupo.400 1.387 3.100 maximo 4..800 4.. Figura 7.1103 minimo 4..400 0.3410 0....versão 1 *** Resumo por grupo *** *** grupo 1 *** Media 4..214 desvio padrao 0.380 4.600 1.806 0...285 desvio padrao 0.O.600 1..000 0..900 2.625 0...290 N 4 4 4 4 Variavel pH CaCl-0..700 5.800 0...2745 0.250 1.O. P -0.. K -0..480 N 16 16 16 16 Variavel pH CaCl-0.105 1.......4569 0.....230 maximo 4.300 N 20 20 20 20 Variavel pH CaCl-0.800 0..6778 0.700 5.856 2.2094 0... P -0...200 3..5944 0...900 4. *** grupo 2 *** Media 4.FITOPAC . -0..700 3... K -0.800 0. M..3464 1..1915 0.. 16 . -0.270 desvio padrao 0..

programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Figura 8 Exemplo de um gráfico “Box & Whiskers". 17 .

Sign up to vote on this title
UsefulNot useful