FITOPAC 1

MANUAL DE USUÁRIO

1995.

G. J. Shepherd
Depto. de Botânica IB da UNICAMP CxP 6109 CAMPINAS 13081 SP - Brasil

AVISO IMPORTANTE

Embora tentou-se evitar possíveis erros e "bugs" nos programas, testando com conjuntos de dados e contra outros programas, é quase uma certeza que ainda existem alguns. Se você encontra erros, ou tem sugestões para melhorar os programas, mande uma carta ao autor, explicando sua sugestão ou descrevendo em que circunstâncias o erro ocorreu. No caso de erros, ajuda achar o problema se você pode incluir uma cópia dos dados que provocaram o erro, junto com uma descrição da análise sendo realizada. Estes sugestões e avisos de erros serão utilizados par melhorar e corrigir a próxima versão do programa.

INTRODUÇÃO

O que é FITOPAC ?
FITOPAC é um conjunto de programas para análises fitossociológicas que permite calcular parâmetros fitossociológicos e analisar dados de levantamentos de vegetação de diversas maneiras. Alguns programas também podem ser úteis para análises de outros tipos de dados, particularmente em taxonomia. Embora existam, no exterior, vários “pacotes” de programas para análise de dados ecológicos, estes freqüentemente não são bem adaptados aos tipos de dados normalmente coletados aqui no Brasil, especialmente em vegetação lenhosa de florestas e cerrados, ou são difíceis de usar, especialmente por pessoas que não tem muita experiência no uso de computadores. O objetivo do atual “pacote” é de fornecer os programas necessários para análises de dados obtidos em vegetação típico do Brasil, e de permitir seu uso sem exigir grande conhecimento de computação, embora um certo mínimo evidentemente é necessário. Os programas foram montados para utilizar microcomputadores do tipo IBM-PC compatíveis. Embora isso limita, um pouco, o tamanho de levantamento que pode ser analisado, tem a vantagem de facilitar acesso aos programas pois não necessita de computador de grande porte. De qualquer maneira, os limites para esta versão (10.000 indivíduos, 1000 amostras e 1000 espécies para cálculo de parâmetros fitossociológicos e 400 parcelas e 250 espécies para matrizes de parcela x espécie) devem acomodar a maioria de levantamentos atualmente realizados, e são comparáveis com os limites impostos por outros programas para microcomputadores. Em geral, pretende-se que estes programas sejam utilizados para análise de vegetação lenhosa, embora seja possível utilizar alguns programas para análise de outros tipos de dados.

O que tem no FITOPAC ?
A versão 1 do FITOPAC contem os seguintes programas : PREPARE - este programa é utilizado na preparação de dados para FITOPAC, oferecendo facilidades para verificação dos dados de campo, e formatando o arquivo de dados para uso com os outros programas. CADERNO - fornece listagens dos dados de campo, podendo ordenar os dados em diversas maneiras. PARAMS - calcula parâmetros fitossociológicos para um levantamento usando amostragem por parcelas ou quadrantes. Inclui índices de diversidade, além dos parâmetros normais empregados em fitossociologia (por ex. Densidade Relativa, Dominância Relativa, IVI, IVC, etc.). Também fornece alguns gráficos simples. CRIAMAT - este programa prepare matrizes de parcelas x espécies a partir de um arquivo de dados de campo. Estas matrizes são usadas para outras análises (PCA, análise de aglomerados, etc.). O programa tem facilidades para manipulação das matrizes (transformações, remoção de espécies raras, etc.). Permite, também a entrada de matrizes em forma de arquivos ASCII MATRIZ - para manipulação e “tradução” de matrizes de dados em diferentes formatos, permitindo importação ou exportação de dados para outros programas e pacotes. COEF - calcula uma variedade de coeficientes de similaridade e distâncias (distância euclidiana, Bray_Curtis, “Canberra”, etc.), usados para análise de agrupamentos (“Cluster Analysis”). CLUSTER - para Análise de Agrupamentos (“Cluster Analysis”), incluindo diversos tipos de agrupamento (vizinho mais próximo, média de grupo, etc.). ORD - para diversos tipos de ordenação, incluindo Análise de Componentes Principais (PCA), Análise de Coordenadas Principais (PCO) e Análise de Correspondências (CA - também conhecida como Análise de Médias Recíprocas - RA). Estas análises são amplamente utilizadas em estudos de vegetação. Os últimos três programas também são de interesse para pessoas usando técnicas de taxonomia numérica com dados taxonômicos.

Histórico
O desenvolvimento do FITOPAC começou com a expansão de estudos fitossociológicos no Departamento de Botânica da UNICAMP. Diversos pessoas sofreram com o processo de calcular parâmetros fitossociológicos, as vezes passando vários dias fazendo os cálculos, errando, e repetindo tudo de novo, tudo na base de calculadoras simples. Decidi, então, escrever um programa básico para fazer estes cálculos no computador central da 3

G. UNICAMP. O resultado foi a “versão preliminar” do FITOPAC que foi liberada em 1988. naquela época um PDP-10. Para citar as diferentes versões. e que acabou sendo bastante utilizado na UNICAMP e em diversos outros locais.J. UNICAMP. facilitando o acesso. FITOPAC 1. decidi transferir os programas para uso em micros. acredito que as análises oferecidas agora são mais diversas e produzem informações mais completas e úteis para o usuário. e que os piores “bugs” foram exterminados. e a versão anterior como :Shepherd. a atual deve ser citado como :Shepherd. e que o manual seja um pouco mais útil. utilizando FORTRAN como linguagem de programação. 1988. G.FITOPAC 1 universidade. embora sem dúvida ainda restam alguns ! Em geral.versão preliminar. expandir os programas para fazer outros tipos de análises. Departamento de Botânica. apesar de um interface de usuário totalmente incoerente (com alguns programas em FORTRAN e outros em Turbo Pascal). mas o processo de utilização foi muito difícil pois tínhamos somente um velho terminal que usava papel e que servia o Instituto de Biologia inteiro. Manual de usuário. 1995. FITOPAC . Departamento de Botânica. Com a introdução de microcomputadores. Este programa ficou cada vez mais procurado com o aumento em levantamentos em cerrados e matas. a primeira “oficial” do FITOPAC. um manual totalmente deficiente e diversos “bugs” horrorosos ! Com a atual versão. 4 . espero que finalmente o interface com o usuário esteja um pouco mais coerente.J. e ao mesmo tempo.

então.repare que os disquetes vem sem sistema operacional). Este último é muito mais rápido e quase essencial para levantamentos mais extensas . \DADOS). Os programas foram compilados usando uma opção para “emular” um coprocessador e podem correr em micros com ou sem o coprocessador. Os disquetes não são protegidos e podem ser copiados usando “DISKCOPY”. Se você tem um disco rígido. 2. Se você usa o comando PATH \FITOPAC. pode. Instalação no micro. Um coprocessador numérico 8087 não é essencial. mas é altamente recomendável.arquivos com mais que aprox. Se você quer dar um “boot” a partir destes disquetes. ser guardados num lugar seguro. 8000 indivíduos não cabem num disquete de 360 Kbytes ! 4. 5 . No momento. 3. etc. Este coprocessador aumenta em três vezes ou mais a velocidade de processamento de dados numéricos. então. especialmente com PCA. Estas análises vão demorar muito se sua matriz é grande e não tiver um coprocessador. 640 Kbytes de memória. “COPY” ou qualquer copiadora de disquetes. caso haja algum “acidente” com sua cópia de trabalho (alguém derramou café nos disquetes.INSTALAÇÃO Equipamento necessário 1. (os programas não rodam em micro tipo “Apple” ou CP/M !).). etc. servindo de reserva. \FITOPAC) e copia todos os programas para este subdirectório. precisa também instalar o sistema operacional (formata os disquetes com opção “/S” ou use o comando “SYS” . Um microcomputador do tipo IBM-PC compatível. utilizar os programas a partir de qualquer outro subdirectório no disco rígido (por ex. A primeira coisa que você deve fazer é copiar os disquetes para produzir uma cópia de trabalho. Os originais podem. os programas estão configuradas para usar memória cheia. e é particularmente útil se você pretende fazer muitas análises de dados numéricos. Dois drives tipo “floppy” ou um “floppy” e um disco rígido (Winchester). sugiro que você cria um subdirectório (por ex. Os programas são distribuídos em disquetes.

etc. Se você está utilizando um micro com disco rígido (Winchester). desde que haja facilidades para produzir arquivos ASCII (a maioria tem) e uma capacidade suficiente para seus dados (um levantamento grande pode ocupar 5000 linhas ou mais) b)A segunda coisa que você precisa é um disquete formatado. utilizar planilhas como Lotus 123. MS-Word(arquivo não formatado) e o Norton Editor.FITOPAC (ainda) não tem facilidades para entrada direta dos seus dados. você pode precisar de mais que um disquete.) usando o arquivo FITOPAC e os programas apropriados (PARAMS. d)Os dados de campo formam o último item necessário para iniciar o trabalho de entrada de dados. Embora seus dados possam ocupar somente uma parte pequena do disquete. e contêm os dados de campo do seu levantamento. e o segundo tem os dados numéricos do levantamento. também. prontos para serem gravados num disquete usando um editor de texto. Considerações Gerais. usando programa PREPARE. 3) Transformação dos dados em arquivo FPD. O que você precisa ? a) Em primeiro lugar. FITOPAC utiliza dois arquivos ASCII como ponto de partida. É possível. pois não produz somente caracteres ASCII.por exemplo. gravação e verificação dos dados num disquete. isso indica que o editor não pode ser usado. usando o editor de texto. c)A terceira necessidade é uma lista das famílias e espécies incluídas no levantamento. Note-se que alguns processadores de texto como “Redator” v 1.PREPARANDO DADOS PARA FITOPAC Passos necessários para análises usando FITOPAC 1) Preparação dos dados: essencialmente a preparação dos dados de campo num formato apropriado para o programa. deixando bastante espaço para arquivos que serão criados durante as análises posteriores. tente mostrar um arquivo produzido pelo editor usando o comando DOS “TYPE”. etc. usando programa CRIAMAT.).). No caso de levantamentos muito extensos. 2) Entrada. Qualquer editor capaz de produzir arquivos ASCII pode ser utilizado . sugere-se a criação de um subdirectório específico para os dados. 4) Análises básicas (parâmetros fitossociológicos. O primeiro arquivo contém os nomes das famílias e das espécies. Se aparecem na tela uma série de caracteres estranhos misturados com o texto. Estes arquivos serão utilizados pelo programa “PREPARE” para produzir um novo arquivo contendo os dados no formato específico necessário para os outros programas do FITOPAC. Se você está com dúvidas se o seu editor funcionará. Estes arquivos são preparados usando o editor de texto. porque não produzem arquivos ASCII.1 (até revisão r02) não podem ser usados. etc. particularmente se você pretende executar análises mais complexas. 5) Preparação de uma matriz de dados a partir do arquivo FPD para outras análises (PCA. você precisa de um editor de texto para entrada dos dados . e incluem uma série de códigos para a impressora. Entrando os dados 1. é melhor utilizar um disquete para cada levantamento. Wordstar(em modo não-documento). análise de agrupamentos. 6 . no meio do texto. preferivelmente vazio. etc.

criar uma “família”.FPD” para arquivos de dados de levantamentos e “. O FITOPAC utiliza duas extensões próprias.FPM” para matrizes de espécies x amostra. desde que o número da família e espécie corresponda ao que você usou no resto dos dados. cada uma com um número de espécie e o número da família a qual pertence. De novo. 2.NMS” para o arquivo de nomes. Em geral. no máximo. isso daria “SAOJOSE. começando com o número da família. no fim de cada dia. Onde a família ou gênero da espécie já é conhecido.DAD” para os dois arquivos básicos. esta técnica pode criar problemas. Neste caso.Utilizando FITOPAC Antes de começar batendo os dados. você pode criar uma espécie “mortas” com número e tudo. Myrcia sp1. mas não é essencial. além de periodicamente “salvar” seus dados enquanto está usando o editor de texto. etc. Como exemplo. Se você não entende o uso de extensões. o número da família. começando com o número da espécie. São estes números que serão utilizados pelos programas para ligar as epécies às famílias e os dados numéricos com as respectivas espécies. onde há indivíduos mortos. O formato do arquivo de nomes deve ficar semelhante àquele da fig. use o mesmo nome para os arquivos de nomes e dados. Nomes mais compridos podem ser entrados. Os nomes devem ter. Myrtaceae 2. Uso de extensões e nomes de arquivos.2. você precisa dar um número para cada família e um número para cada espécie. pois isso pode criar problemas quando os programas procurem arquivos no disco. e depois o nome da família. mas é evidente que este procedimento não é muito recomendável. um possível nome para os seus arquivos seria “SAOJOSE” (note-se que acentos e símbolos especiais normalmente não são permitidos em nomes de arquivos). e uma família “mortas” também. e um nome do tipo “desconhecida 1”. em primeiro lugar.. e a extensão “. O primeiro arquivo a ser preparado deve ser o arquivo de nomes. e cuide de manté-las atualizadas. mais um espaço e finalmente o nome da espécie. uma lista das famílias das espécies incluídas no levantamento. Sugere-se o uso de algumas extensões padrões para os arquivos usados com FITOPAC. “.). 3. É particularmente importante evitar o uso das extensões reservadas pelo FITOPAC. dando a extensão “. deve ser dado um número para cada morfoespécie. O Arquivo de Nomes. embora o limite máximo de 8 caracteres para nomes de arquivos em DOS as vezes seja um pouco limitante. você pode colocar uma linha com “999”. 1. e seria melhor tentar melhorar as identificações do seu material antes de tentar analisar os dados. procure no manual do “DOS” ou qualquer livro que explica como usar um micro. mas o uso da ordem numérica facilita o processo de verificação dos nomes e ajuda a evitar a utilização do mesmo número para dois nomes. Não é necessário que os nomes sejam entrados seguindo ordem numérica . E extremamente importante FAZER COPIA DE SEGURANÇA (backup) dos dados num segundo disquete ! Normalmente você deve copiar todos seus arquivos de trabalho. Embora os nomes e extensões sugeridos aqui não sejam obrigatórios. Em alguns programas existe a opção de excluir espécies.. Em levantamentos onde há muitas espécies desconhecidas. ou outras matrizes. Os nomes das famílias são batidos um por linha. vem a lista das espécies.DAD” para o arquivo de dados numéricos. no mínimo. 35 caracteres. No caso de espécies desconhecidas. Após a última espécie. se você tem um levantamento realizado em São José dos Campos.Myrcia sp20. é necessário somente dar um número e um nome temporário para cada um (por ex. No nosso exemplo.não é nada agradável gastar vários dias batendo um conjunto de dados e depois descobrir que vai ter que repetir tudo porque alguém derrubou uma xícara de café em cima do seu disquete ! Mantenha cópias de segurança. Myrtaceae 1. também. você pode tentar dividir as desconhecidas em mais que uma família. É melhor usar um nome descritivo para os arquivos. um espaço. Após a última família. Serão tratadas como espécie e família normal no processamento. Indivíduos mortos ou desconhecidos podem ser incluídos mas é necessário tomar alguns cuidados com os nomes usados. mas serão truncados pelo programa. “Desconhecida” para acomodar estas espécies. se quiser. Será necessário. especialmente em análises mais complexas onde numerosos arquivos podem ser gerados. você deve bater uma linha contendo somente “999” para indicar o fim das famílias. caso você não queira incluí-las nas análises. deve ter um nome por linha. 7 . Em seguida. Em geral. pois os parâmetros calculados para famílias não estarão corretos. e as regras para nomes de arquivos.NMS” e “SAOJOSE. se não mais freqüentemente. E uma falsa economia pensar que não vale a pena comprar um outro disquete . Nomes para “mortas” e desconhecidos. seu uso facilitará a manipulação de arquivos posteriormente. um espaço. Este arquivo contém.podem ser batidos em qualquer ordem.

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4. O arquivo de Dados.
O arquivo de dados contém todos os dados numéricos, isto é, as medições feitas para cada indivíduo que entrou no levantamento. O formato exato dos dados depende do tipo de levantamento, mas essencialmente segue o padrão usado para anotar os dados no campo. No momento, o limite de comprimento para cada linha no arquivo de dados é de 255 caracteres. Em geral, o formato dos dados é “livre” - não há necessidade de manter os números alinhados em colunas, e desde que você bate pelo menos um espaço entre números, espaços a mais não atrapalham. Números inteiros não precisam ter um ponto decimal e “0”. Se for utilizada a opção de “correção automática” no programa “PREPARE”, você pode usar uma virgula em vez de ponto decimal, mas neste caso, qualquer virgula encontrada no arquivo de dados será tratado como um ponto decimal. O uso do teclado numérico do micro facilita a entrada de dados numéricos e ajuda reduzir erros. Para usar o teclado numérico, você precisa apertar a tecla “Num Lock” - deve acender uma luzinha indicando que o “num lock” está ligado - e começar digitando os números. Note, porém que você não pode usar “PgUp”, “Del”, “Ins”, setas, etc. quando “NumLock” está ligado. Medidas de perímetro ou diâmetro podem ser usadas e estes podem ser em centímetros ou metros, mas não se pode misturar tipos de medições ou unidades no mesmo levantamento - por exemplo, tem que ser usado perímetro em metros para todos os indivíduos de um levantamento. No caso de diâmetros/perímetros múltiplos (vários ramos no mesmo indivíduo), devem ser batidos os valores individuais separados por um “+”, e o programa “PREPARE” calculará um diâmetro/perímetro equivalente. Por exemplo, no caso de ter um indivíduo com três ramos, com perímetros de 12, 14 e 20 centímetros, você bate 12+14 + 20 (note-se que pode ter ou não ter espaços entre os números - são opcionais). Alturas normalmente devem ser expressas em metros. No caso de não ter medidas de alturas, pode omitir este dado (no programa “PREPARE”, há uma opção para dados sem alturas). Para os diferentes métodos de levantamento tem formatos de dados diferentes, geralmente correspondendo aproximadamente ao formato dos dados obtidos no campo. No momento, os tipos de levantamento que o pacote pode analisar são os seguintes :Levantamentos usando parcelas: Na primeira linha do arquivo vem o número da primeira parcela. Os “números” de parcelas podem conter letras e outros códigos, até um total de 35 caracteres, mas não podem ter um espaço em branco* . Por exemplo “1A”, “201”, “22.01”, “1/55a” e “parcela_30” são todos aceitáveis como “número” de parcela. Depois, vêm os dados para os indivíduos da parcela, um indivíduo por linha, na seguinte ordem : no. do indivíduo (opcional - se você não quer incluir, os programas criam uma numeração própria), perímetro/diâmetro (em cm. ou metros), altura (opcional) e número da espécie (obrigatório). Em casos onde foram medidas as posições espaciais dos indivíduos, os coordenadas X e Y de cada indivíduo podem ser incluídas, depois do número da espécie. Após o último indivíduo da parcela, na linha seguinte, vem o número da próxima parcela, e em seguida, os dados dos indivíduos. Este processo continua até a inclusão dos dados do último indivíduo. Não é necessário incluir qualquer sinal especial para indicar o fim dos dados. A ordem de entrada das parcelas não é fixa, podendo ser até aleatória, desde que todos os indivíduos de uma parcela estejam juntos. Se você pretende analisar subconjuntos ou blocos de parcelas dentro de um levantamento, a inclusão das parcelas em grupos que correspondem aos blocos a serem analisadas vai facilitar a análise, embora isso não seja obrigatório. Fig. 1.3 mostra o formato esperado para dados deste tipo. Levantamentos usando o método de quadrantes : O formato neste caso é mais simples, tendo uma linha para cada indivíduo, com os seguintes dados - no. de ponto, no. de indivíduo (opcional), distância do ponto (obrigatório), perímetro/diâmetro, altura (opcional) e número da espécie (obrigatório). Se você não quer entrar um número de indivíduo, os programas criam uma numeração própria. Os pontos podem entrar em qualquer ordem, mas para facilitar análises de subconjuntos ou blocos de pontos, é melhor entrar os pontos em blocos que correspondem aos blocos a serem analisados. Coordenadas X e Y podem ser incluídas após o número da espécie. Fig. 1.4 mostra o formato esperado para dados deste tipo.

C. Um exemplo
Para ilustrar o uso do FITOPAC, podemos tomar um exemplo (imaginário) que mostra os passos básicos. Fizemos um levantamento dentro de uma área de mata na região de São José dos Campos, instalando 100 parcelas espalhadas ao acaso ao longo de um gradiente altitudinal. Estamos interessados inicialmente em ter uma idéia geral da
* A versão preliminar de FITOPAC permitia espaços aqui. Se você realmente insiste, pode colocar espaços, desde que haja um “t” (ou “T”) no final da última linha da parcela anterior (fig. 1.5). Repare que isso não é possível na primeira parcela!

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Utilizando FITOPAC composição da mata como um todo, mas também gostaríamos de investigar o efeito do gradiente altitudinal sobre a composição da vegetação. Temos todos as medidas de campo, e a identificação das espécies essencialmente está completa, restando somente 3 ou quatro espécies desconhecidas. Em primeiro lugar, preparamos a lista de famílias e espécies encontrados no levantamento, dando um número para cada família e cada espécie. Uma família “Desconhecida” e espécies “desconhecida 1” a “desconhecida 4” são criadas para acomodar as espécies não identificadas. O número de espécie apropriado é anexado aos dados para cada indivíduo, nos dados de campo, e cuidadosamente verificado antes de começar trabalhando com o computador. Em seguida, escolhe-se um nome apropriado para nossos arquivos. Como nosso levantamento foi feito em São José dos Campos, vamos usar SAOJOSE para o nome dos arquivos, e começamos criando os arquivos SAOJOSE.NMS e SAOJOSE.DAD, utilizando um editor de texto. Entramos os nomes e dados nos dois arquivos seguindo o formato descrito acima. Neste ponto, é interessante imprimir uma listagem dos dois arquivos, para verificar os dados antes de qualquer processamento. Se possível, é mais fácil trabalhar com duas pessoas, uma “cantando” os dados e a outra verificando na listagem. Embora chato, este passo é muito importante, pois a integridade e confiabilidade das análises posteriores são inteiramente dependente de ter dados corretos nestes arquivos. Os programas podem detectar alguns erros mais grosseiros, mas não há como detectar o fato que você bateu 44.5 em vez de 55.4 para o perímetro de indivíduo no. 445, por exemplo. Portanto, é essencial que a verificação dos dados seja feita com muito cuidado e atenção. Após ter verificado os dados, podemos converter estes arquivos numa forma que pode ser usada pelos outros programas. Utilizamos o programa “PREPARE” para converter os arquivos de nomes e dados numéricos num arquivo “.FPD”, batendo PREPARE SAOJOSE. Como estamos empregando as extensões normais do FITOPAC, precisamos bater somente SAOJOSE e o programa vai criar todos os nomes de arquivo necessários. Enquanto está lendo os dados, o programa tenta detectar alguns erros comuns, e da uma oportunidade para corrigi-los, editando os dados. Portanto, é útil ter uma cópia dos dados de campo a mão, permitindo verificação imediata se o programa detecta qualquer problema. Note-se que qualquer correção feita utilizando PREPARE tem efeito somente no arquivo “.FPD” e não nos arquivos “.NMS” e “.DAD” ! O resultado é um arquivo SAOJOSE.FPD, contendo todos os dados e pronto para uso pelos outros programas. Uma vez que temos este arquivo, podemos proceder com a análise dos dados. Antes de começar com a análise propriamente dito, porém, é muito útil fazer uma listagem completa dos dados, que fornece um recorde permanente do conjunto de dados em formato fácil de consultar, e permite recuperar de algum “desastre” onde os arquivos de dados são perdidos (isso não deve ser possível se você está fazendo cópias de segurança - “backups” - de todos seus arquivos, mas nunca se sabe !). Para fazer a listagem, utilize o programa “CADERNO”, batendo simplesmente CADERNO SAOJOSE, e uma listagem dos dados será produzida no arquivo SAOJOSE.LST. Se quiser mandar diretamente para a impressora, bate CADERNO SAOJOSE IMP. Normalmente é útil ter uma listagem dos dados ordenados por parcela (ponto) ou na ordem de entrada dos dados (que geralmente é igual), e, também, uma listagem por espécie que facilita a localização de todos os membros de uma espécie, sem ter que percorrer a listagem inteira. Esta última listagem também é muito útil para localizar possíveis erros - uma espécie que não está presente, mas que você sabe deve estar na listagem, ou uma espécie com diversos indivíduos quando deve ter somente um, pode funcionar como um aviso que houve algum erro na transcrição dos dados, e qualquer discrepância deste tipo deve ser notada e verificada. Tendo uma listagem dos dados, e satisfeitos que estão corretos, podemos proceder com o resto da análise. Normalmente, o próximo passo seria de correr o programa “PARAMS” para calcular os parâmetros fitossociológicos para nosso levantamento. Batemos, então, PARAMS SAOJOSE, e produziremos um arquivo SAOJOSE.LST contendo os resultados dos cálculos dos parâmetros fitossociológicos. Para muitos estudos, os resultados obtidos até aqui seriam suficientes, fornecendo um resumo da área levantada e elementos para comparações entre nosso levantamento e outros levantamentos. No nosso caso, porém, queremos ainda investigar a variação dentro de nossa área e o efeito do gradiente altitudinal. Para analisar melhor este tipo de questão, podemos utilizar outros recursos do FITOPAC. Em primeiro lugar, as parcelas do levantamento podem ser distribuidas em blocos, correspondendo a faixas altitudinais - por ex. bloco 1 contém todas as parcelas entre altitudes de 100 a 200 m. - e estes blocos podem ser analisados individualmente utilizando as facilidades para sub-análises no programa “PARAMS”, ainda com nosso arquivo SAOJOSE.FPD, especificando quais parcelas pertencem a cada bloco, sem a necessidade de criar arquivos novos para cada bloco. Assim, podemos realizar uma análise direta do gradiente, e comparar os parâmetros fitossociológicos de cada faixa altitudinal. Com isso, teríamos uma boa visão do grau e tipo de mudança que ocorre com altitude. Em segundo lugar, podemos aplicar métodos de ordenação e classificação, utilizando os programas “ORD”, para análise de componentes principais, e “CLUSTER” para análise de agrupamentos. Estes métodos exigem uma matriz de amostras x espécies que é criado por uso do programa “CRIAMAT”, que fornece diversas opções de tipo de matriz, transformações dos dados e eliminação de espécies raras, amostras aberrantes, etc. Batendo CRIAMAT SAOJOSE e indicando nossos opções, produzirá um novo arquivo

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FITOPAC 1 SAOJOSE.FPM que contém a matriz com as transformações e modificações selecionadas. Repare, de novo, que não precisamos especificar extensões, e o próprio programa cria os nomes e arquivos necessários. Em seguida podemos correr uma análise de componentes principais, batendo ORD SAOJOSE, e os resultados serão colocados no arquivo SAOJOSE.LST. Este tipo de ordenação é uma técnica extremamente poderosa para detecção e descrição de gradientes ambientais. Se queremos produzir uma classificação das parcelas, formando grupos contendo parcelas que são semelhantes entre si, podemos usar análise de agrupamentos. Neste caso, precisamos criar, primeiro, um arquivo de coeficientes de similaridade ou distâncias, que indiquem o grau de semelhança entre as amostras. Este arquivo é produzido pelo uso do programa “COEF”, batendo COEF SAOJOSE, que vai resultar num arquivo SAOJOSE.FPC contendo os coeficientes selecionados. Após disso, batendo CLUSTER SAOJOSE fornece os resultados desta análise no arquivo SAOJOSE.LST. Assim, podemos analisar nossos dados de diferentes maneiras, extraindo diferentes tipos de informações e formando uma visão mais completa da variação dentro de nosso levantamento. Além das análises fornecidas por FITOPAC, é possível utilizar os dados da matriz de amostras x espécies no arquivo SAOJOSE.FPM com outros pacotes estatísticos ou ecológicos. O programa “MATRIZ” permite “traduzir” o arquivo FITOPAC nos formatos usados por pacotes como “SYSTAT”, NT-SYS e os programas “DECORANA” e “TWINSPAN” de Hill (Hill, 19??), entre outros. Dessa maneira, é possível fazer praticamente qualquer tipo de análise multivariada ou outro tipo de análise estatístico, mesmo que não seja incluída no próprio FITOPAC.

É no. da família 1 Anacardiaceae 2 Bombacaceae 3 Compositae 4 Myrtaceae 5 Ulmaceae 6 Desconhecida 7 Morta 999 ï final das famílias 1 1 Anacardium occidentalis 2 3 Bellis perennis 3 2 Eriotheca sp. 4 4 Myrcia lingua 5 4 Myrcia sp1 6 4 Myrcia sp2 7 4 Myrcia sp3 8 2 Pseudobombax sp. 9 5 Trema micrantha 10 6 Desconhecida 1 11 6 Desconhecida 2 12 7 Morta Ç no. da família Çno. da espécie

Fig. 1.2. Exemplo de um arquivo de nomes - SAOJOSE.NMS. (Você não bate as partes em itálico !)

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do indivíduo Fig.5 3 6 7 25 8 8 8 55.no.DAD.5 10 4 110 30.5 8 ï último indivíduo    Ç no.perímetro/diâmetro  Ç--.Utilizando FITOPAC É no.5 1 5 33. da primeira parcela 1 1 34.7 7 5 3 40 12. (Você não bate as partes em itálico !) 11 .altura    Ç--.5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 22. da espécie      Ç--. da segunda parcela 6 5. da terceira parcela 13 40 18 7 14 5 + 6+8.5 12 2 10. 1.0 15 4 16 120 35.5 5.5 15 9 9 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 44 16 6 11 22 6 11 12 10 4 4 2b ï no.5 5 3 2a ï no.3.SAOJOSE. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando parcelas .

altura      Ç--.6 40 12. 1.2 5.3 22.2 44 16 6 11 2.7 55.77 110 30.2 40 18 7 14 1.no.3 34.9 5 + 6+8.1 10 4 4 13 5.0 15 4 16 2. da espécie        Ç--.6 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 7.5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 4.5 10 4 3. (Você não bate as partes em itálico !) 12 . do indivíduo Fig.5 12 2 1.3 22 6 11 12 0.5 5.5 1 5 0.7 7 5 3 0.3 25 8 8 8 6.5 120 35.4.5 15 9 9 4.5 10.5 5 3 6 2.FITOPAC 1 É no. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando quadrantes . de ponto 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 3 3 4 4 4 4 1 3.perímetro/diâmetro    Ç--.distância  Ç--.DAD.SAOJOSE.15 33.5 3 6 7 2.5 8 ï último indivíduo Ç no.

5 3 6 7 25 8 8 8 55. da primeira parcela 1 1 34.5 5.5.altura    Ç--.5 8 ï último indivíduo    Ç no.SAOJOSE.perímetro/diâmetro  Ç--.5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 22. do indivíduo Fig.0 15 4 16 120 35. da terceira parcela com espaços 13 40 18 7 14 5 + 6+8.Utilizando FITOPAC É no. da espécie      Ç--.5 1 5 33.7 7 5 3 40 12.5 10 4 110 30.5 5 3 t ï repare no “t” Esta e parcela 2a ï no. (Você não bate as partes em itálico !) 13 .DAD. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando parcelas e nomes com espaços para as parcelas . da segunda parcela com espaços 6 5. 1.no.5 15 9 9 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 44 16 6 11 22 6 11 12 10 4 4 t ï repare no “t” Esta e parcela 2b ï no.5 12 2 10.

Normalmente. Este último será necessário no caso de levantamentos grandes onde os dados não cabem num disquete. Embora cada programa é independente.por ex. O segundo tipo de arquivo é utilizado para matrizes de dados. Por exemplo. Este tipo de arquivo também é utilizado para armazenar dados que normalmente vem em forma de matriz . geralmente na forma de matrizes de parcelas x espécies. é possível fazer um Análise de Componentes Principais sobre uma matriz de dados de parcelas x espécies e depois usar a matriz de “scores” resultante para calcular distâncias ou outros coeficientes no programa “COEF”. com um interface comum para todos os programas e pode ser usado em computadores com disco rígido ou em sistemas com somente discos tipo flexíveis (“floppy”). e as colunas as espécies. Em geral. é muito mais fácil usar os programas quando estão instalados no disco rígido e seus dados podem estar acomodados no próprio disco rígido ou num disquete flexível. FITOPAC utiliza a extensão “FPD” (FitoPac-Dados) para estes arquivos.veja a seção “Rotas. estes servem para qualquer uma dos programas. portanto.UTILIZANDO FITOPAC O FITOPAC é interativo. descrevendo os comandos e características que são comuns a todos os programas. batendo “A:Nome_do_programa”. Usando os programas.por ex. O primeiro é para dados de campo. Portanto. pode usar os programas a partir do drive “A” ou qualquer subdirectório no disco rígido. O programa é chamado. se a tela mostra “A>“. batendo somente o nome do programa. junto com a parcela ou ponto onde o indivíduo foi encontrado. é mais conveniente trabalhar com drive “B” ativo. Este capítulo descreve a maneira em que você interage com os programas. etc. utilizando o programa PREPARE. você pode usar drive “A” (floppy) para os arquivos de dados ou criar um subdirectório para os dados. Arquivos de dados FITOPAC utiliza três formatos especiais para arquivos de dados. e será necessário para outros programas na próxima versão. bate “B:”. Arquivos deste tipo também podem ser usados para armazenar os resultados de análises . diretórios e configuração” para mais detalhes. consistindo de uma lista das observações dos indivíduos encontrados no levantamento. “PARAMS” e “CADERNO”. com disco flexível("floppy") Com 2 drives “floppy” . Arquivos do tipo “FPD” são usados pelos programas “CRIAMAT”. Uso de arquivos em FITOPAC.que assim podem ser introduzidos em outros programas. Este tipo de arquivo tem a extensão “FPM” (FitoPac-Matriz) e são preparadas de um arquivo “FPD” usando o programa CRIAMAT. e dai em diante todos os arquivos são lidos ou criados no disco em drive B. ou que são comuns a diversos deles. todos tem o mesmo estilo de interface e utilizam os mesmos tipos de comandos. este será o primeiro arquivo a ser preparado. dados de análises de 14 . Se você especifique a rota “PATH C:\FITOPAC”. e a tela deve passar a mostrar “B>“. Arquivos FPD são o ponto de partida para todos os outros programas em FITOPAC. Normalmente. Este tipo de arquivo é utilizado pelos programas “COEF” e “ORD”. gravar os “scores” de uma PCA . menus. onde as linhas da matriz representam as amostras. com disco rígido No caso de um sistema com disco rígido. Alternativamente. você pode usar o programa a partir do subdirectório onde está instalada e especificar onde vai buscar os arquivos de dados via o comando “Rotas” ou pelo linha de comando .coloque o disquete de programas no drive “A” e o disquete com seus dados no drive “B”. uma vez que você aprenda utilizar os comandos básicos.

LST como arquivo de saída de resultados. 15 . tomar cuidado que novas análises não são anexas a arquivos velhos . Estes dados podem ser entrados diretamente ou via uma planilha (veja o capítulo “Preparando Dados"). com extensões “DAD” e “NMS”.LST").uma para rabiscar e a outra para servir de cópia de “biblioteca”. Em alguns casos.TMP”. As relações entre os diferentes tipos de arquivo são mostrados na fig. bate o nome do arquivo a ser usado depois do nome do programa . especialmente em casos onde resultados de uma análise serão utilizados como entrada para uma outra análise. Não esquece de deixar um espaço entre os dois nomes. Note que neste exemplo. O uso destes extensões não é obrigatório. Não são essenciais para o funcionamento dos programas.por ex. geralmente precisa entrar somente o nome do arquivo de dados e os programas criam. diretórios e configuração). Se você segue o esquema sugerido aqui. ORD SAOJOSE IMP). mas está anexada no final do arquivo antigo.por ex. Neste caso. Os programas permitem especificar os arquivos a serem usados em duas maneiras : 1) Usando o comando “Arquivos” presente no menu principal de cada programa (mais fácil se você não conhece bem os programas).extensão “. Neste caso. o arquivo de entrada não tem extensão pois usa a extensão padrão ("FPC") de um arquivo de coeficientes.FPC como arquivo de entrada e SJ. e não são gravadas em cima dos dados já existentes. Estes arquivos são produzidos pelo programa “COEF” e. se este já foi criado. ou um outro arquivo. pois o programa não vai usar de novo. Nestes casos. utilize “CRIAMAT” para criar um arquivo “FPM”. 2) pela linha de comando . Esta opção abre uma janela pedindo os nomes dos arquivos de entrada e saída. usando um editor de texto. são arquivos que contém informações sobre a configuração atual dos programas (rotas. ??. e tem a extensão “FPC” (FitoPac-Coeficientes). Caso queira fazer uma PCA ou Análise de Agrupamentos. os arquivos necessários são especificadas na descrição do programa.por ex. em seguida. Precisa. bate somente o nome do programa . que depois pode ser impresso. se não quiser o nome pré-fixado que o programa oferece .extensão “.Utilizando FITOPAC solo ou outras variáveis ambientais. ORD). mas o sistema de ajuda não fica disponível sem estes arquivos (veja a seção “sistema de ajuda"). a não ser em casos onde processamento foi interrompido prematuramente. Outros tipos de arquivos Além dos arquivos usados para armazenar dados. Você pode. Onde o programa pode produzir uma listagem de resultados (por ex. “SAOJOSE. arquivos de configuração . o próprio programa apaga estes arquivos no final de processamento e você não deve vê-los. etc. PREPARE SAOJOSE. Esta última opção é interessante se você quer imprimir mais que uma cópia dos resultados . sim. você pode jogar os resultados diretamente para a impressora especificando “IMP” ou “PRN” como arquivo de saída (ex. Na maioria dos programas. este tipo de arquivo pode ser removido. criar um único arquivo com todas as listagens das análises realizadas . as extensões e outros arquivos necessários. e depois acione o comando “Arquivos”. A maioria dos programas utiliza um arquivo de entrada e um arquivo de saída.se você é mais experiente e quer evitar a tela introdutória.). Se você não especifica saída para impressora. a criação de um arquivo “FPD” via o programa “PREPARE”. você pode especificar o arquivo de saída na linha de comando também. automaticamente. são utilizados somente pelos programas “CLUSTER” e “ORD”. A seqüência normal para análise de dados de um levantamento seria a preparação dos arquivos de dados numéricos e nomes.CNF”. Geralmente é necessário bater somente o nome do arquivo de entrada e o programa cria automaticamente o arquivo de saída necessário.depois você não entende porque sua listagem da última análise não saiu ! Saiu. são arquivos contendo as informações para o sistema de ajuda. os arquivos de entrada e saída são especificados. O calculo dos parâmetros fitossociológicos e listagem dos dados podem ser feitas a partir do arquivo “FPD”. preferências de impressora. porém. PREPARE. Repare que arquivos “LST” de listagens geralmente são abertos de tal modo que novas listagens são anexadas ao arquivo. são criados por diversos programas para armazenar dados temporariamente enquanto estão trabalhando. Nas descrições mais detalhadas dos programas. CLUSTER SAOJOSE SJ.HLP”. portanto.LST utilizará o arquivo SAOJOSE. e que podem estar gravados em diversos diretórios (veja a seção “Rotas. por enquanto. Arquivos de coeficientes de similaridade ou distâncias entre amostras ou espécies formam o terceiro tipo de arquivo. Normalmente.extensão “. o programa grava os resultados num arquivo préfixado (geralmente o nome do arquivo de dados com a extensão “LST” . mas simplificará a utilização dos programas.eu normalmente prefiro fazer duas cópias .por ex.a única limitação é o espaço disponível no disco. arquivos temporários . e. arquivos subsidiários podem ser necessários. os programas do FITOPAC utilizam diversos outros tipos de arquivos :arquivos de ajuda .

FITOPAC 1 Rotas. os subdirectórios utilizados para os arquivos de dados e resultados podem ser determinados em diversas maneiras. também. Esta opção é utilizado para mudar os nomes dos subdirectórios onde o programa vai procurar os arquivos de dados ou gravar os arquivos de resultados. abre uma tela que permite modificar os nomes :Mudar rotas Rota para dados C:\FITOPAC\ Rota para resultados/listagens C:\FITOPAC\ Rota para arquivos temporarios C:\FITOPAC\ Nome de um diretorio/sub-diretorio (F3 para lista) Na “Rota para dados” você pode especificar o subdirectório onde os arquivos de dados estão armazenados. e . mas note que todos os arquivos de dados usados devem estar no mesmo subdirectório. É importante. é necessário especificar a rota dos arquivos de entrada e saída quando estes não estiveram no subdirectório especificado na configuração. No menu principal de todos os programas existe uma opção “Rotas”. diretórios e configuração No caso de sistemas com disco rígido. Se tiver um disco do tipo “RAMdrive”. porém. Pode.se não. porém. escolher rotas diferentes para entrado e saída. Normalmente não há necessidade de modificar este subdirectório pois os arquivos temporários devem ser apagados pelo próprio programa antes de terminar a análise. aumentando a velocidade de processamento consideravelmente em alguns casos. ou especificar somente uma das rotas. Estes subdirectórios podem ser diferentes. o programa vai parar com um erro. A “Rota para arquivos temporários” pode ser usada para determinar onde os programas que produzem arquivos temporários irão gravá-los. A outra maneira de especificar subdirectórios é via a linha de comando. mas não o de arquivos temporários. É possível especificar os subdirectórios de entrada e saída por este mecanismo. Você pode colocar a rota antes do nome dos arquivo apropriado na linha de comando. Exemplos : - 16 .quando selecionado. Se utilizar este método. enquanto a “Rota para resultados/listagens” especifica onde os arquivos de resultados e listagens serão mandados. que exista espaço suficiente no disco “RAM” . pode ser interessante especificar este disco para receber os arquivos temporários.

Diretório. o programa sugere primeiro uma “mascara” para procurar arquivos.FPD todos com extensão “FPD”. Você pode obter ajuda em quase qualquer ponto onde precisa responder a uma pergunta ou decidir entre diferentes opções. Se for numa situação onde o programa está pedindo variáveis ou observações.Voltar à pergunta/menu anterior.CNF”. Note que é necessário colocar a rota para entrada e saída neste caso. Em situações onde um nome de arquivo é esperado. 17 . Por exemplo.Utilizando FITOPAC supondo que a configuração esteja com C:\DADOS\ para a rota de entrada e saída. dependendo da parte do programa onde foi ativada. simplesmente apertando a tecla F1.Ajuda. enquanto que em \cerrados a rota de entrada poderia ser \cerrados e de dados saida \cerrados também.” em algum lugar). Estas teclas são :F1 . *. Permite “mudar de idéia” e volta ao passo anterior. em \matas. além de mais um no “\fitopac”. procurando e gravando arquivos no sub-diretório que estava ativo quando o programa foi chamado. PARAMS C:\OUTROS\SAOJOSE C:\OUTROS\SAOJOSE procurará os dados no subdirectório C:\outros\ e gravar os resultados no mesmo. Note que em alguns casos. e os programas vão utilizar a configuração “local” do subdiretório ativo. Esta segue as regras normais para DOS . F2 . PARAMS SAOJOSE procurará os dados no C:\DADOS\ e vai gravar os resultados no mesmo subdirectório. como indicado na figura ao lado. pode colocar um arquivo de \CERRADOS configuração em cada um destes sub-diretórios. a rota de entrada \MATAS pode ser \matas e de saida \resultad. os programas utilizam automaticamente o arquivo present no subdiretório do FITOPAC. Se não tiver um arquivo de configuração local. esta forma de diretório será produzido. As rotas utilizadas por FITOPAC estão armazenadas em C:\ arquivos de configuração que tem a extensão “.por ex. Se você tiver seu disco rígido com os sub-diretórios “\FITOPAC”. por exemplo depois de processar uma análise completa. PARAMS C:\OUTROS\SAOJOSE C:\RESULT\SAOJOSE vai procurar os arquivos de dados no subdirectório C:\outros\ e gravar os resultados no subdirectório C:\result\. Você pode ter um arquivo de configuração em qualquer subdirectório e FITOPAC utilizará a configuração especificada no diretório ativo. não é possível voltar às opções anteriores pois a análise ou transformação já está completa. usam os valores “default” já embutidos no FITOPAC. PARAMS C:\OUTRO\SAOJOSE vai procurar os arquivos de dados no subdirectório C:\outros\ e vai gravar os resultados em C:\dados\. “\CERRADOS” e “\MATAS”. Esta tecla produz um diretório de arquivos ou uma listagem de variáveis ou observações. e na ausência deste. FITOPAC utiliza algumas teclas que tem a mesma função em todos os programas. Você pode gravar o arquivo de configuração usando a tecla F5 dentro de qualquer programa ou com o programa “CONFIG” Desta maneira. Você pode rodar FITOPAC a partir de qualquer um destes diretórios (desde que o seu dados “path” contém “\FITOPAC. você pode agrupar seus dados em diversos subdiretórios no disco e ter uma configuração específica para cada agrupamento. Isso quer dizer que você pode manter configurações que são específicos para cada \FITOPAC subdirectório.* lista todos os arquivos. *. F3 . Interagindo com os programas Teclas especiais. contendo dados em “\cerrados” e “\matas”.

b) se quer utilizar parte da resposta fornecida. por exemplo manipulação de matrizes ou escolha de gráficos. se existe. impressora. Nestes casos. esta tecla permite “escapar” de situações onde você não pode continuar e quer voltar ao menu principal ou anterior. pode bater a letra ou número que aparece na frente da opção.uma linha para cima ¢ . Esta tecla permite que você abandone o processamento e para o programa.na maioria dos programas. Neste caso.FITOPAC 1 F4 . começa batendo sua resposta diretamente e a resposta pré-fixada. parcialmente ou descartada.uma linha para baixo 18 . use Ctrl-Break (bate a tecla “Break” enquanto está segurando a tecla “Ctrl"). por exemplo para escolher um entre diversos transformações de dados. um nome ou uma frase deve ser entrado. Todos os programas apresentam um menu principal. mas os programas utilizam 2 formatos de resposta. O segundo tipo de menu é do tipo “drop down” e aparece dentro de uma janela na tela. A maioria são do tipo onde um valor numérico.Grava a configuração de rotas. o nome de um arquivo ou algum valor numérico) ou fazem perguntas para saber como proceder (por ex. F10 -Sair do programa. Esc . Alternativamente.Alterar a configuração da impressora e outros características do programa. quando encontram um erro). e a opção desejada pode ser selecionada batendo a letra em maiuscula daquela opção. A escolha de opções pode ser feito em duas maneiras. Menus Os programas utilizam menus extensamente para selecionar alguma opção. você pode responder em diferentes maneiras : a) se quer utilizar a resposta pré-fixada pelo programa (que aparece em vídeo inverso). Veja o capítulo do programa CONFIG para mais detalhes. precisa parar neste ponto. o programa frequentemente oferece uma resposta pré-fixada ("default value") que pode ser aceita inteiramente. Diversos tipos de informações podem ser solicitados (por ex. sem a necessidade de mudar o cursor e bater <ENTER>. no arquivo FITOPAC. Dois tipos de menu são utilizados. F5 . Telas e perguntas Em vários pontos. Funciona somente em pontos onde o programa está esperando alguma resposta. simplesmente bate <ENTER>. o programa vai perguntar em que sub-diretório você quer gravar a configuração. Este tipo de menu também é utilizado em diversos programas para escolher opções onde diversas operações podem ser realizadas. ou utilizando as teclas de seta ( ← e → ) para colocar o cursor em cima da opção e apertando a tecla <ENTER> para selecionar a opção. A informação solicitada pode ser de vários tipos. c) se você quer dar uma resposta totalmente diferente. ou se por algum motivo. será descartada. caso houve algum “desastre”. Este tipo de menu é utilizado para escolher opções dentro de uma lista. Ao apertar esta tecla.CNF no disco e este configuração será usada como o “default” até que seja modificada de novo.um caractere à direita ¥. ou se não tem uma resposta pré-fixada pelo programa.um caractere à esquerda £. e esta opção será selecionada diretamente. Se você quer parar o programa no meio de algun cálculo. etc. Note que sua resposta pode ser editada até o ponto em que você aperta <ENTER>. os programas precisam de informaçôes mais extensas e apresentam uma tela que funciona como uma espécie de “formulário” para ser preenchido. onde as opções disponíveis são apresentadas na primeira linha da tela. utilize as teclas de seta à direita ou <END> para aceitar a resposta que então pode ser editada utilizando as teclas normais. As teclas usadas para editar a resposta são as seguintes : ¤→ . O mais simples é de usar as teclas de seta para cima e para baixa para mudar o cursor (a opção que aparece com fundo de cor diferente) até a opção que você deseja e apertar a tecla <ENTER>.

. pode especificar os objetos ou variáveis batendo “t” para todos ou batendo os números dos objetos ou variáveis apropriados. por ex. etc. etc.início da resposta ¶ . Nestes casos. as respostas às perguntas são dados da maneira descrita acima.vai até o início da lista Ctrl + PgDn . pode ser selecionado batendo <ENTER> ou ->. 19 . PREPARE e CRIAMAT) podem precisar de uma série mais extensa de dados e apresentam uma ou mais telas de perguntas. O uso de números freqüentemente é inconveniente e.selecionar o ítem na atual posição do cursor . para serem transformados. ou algo parecido. ou F6 .35” selecionará todos os objetos/variáveis de 23 a 35 inclusivos. batendo a letra inicial da opção desejada seleciona aquela opção e coloca o cursor na próxima pergunta .55 66 77 98-100 seria aceitável. uma das respostas possíveis aparece em vídeo inverso. Itens individuais são especificados usando os números apropriados separados por espaços ou por vírgulas por ex. Nestes casos. você sai da tela após de responder à última pergunta.próxima página PgUp . Especificando listas de variáveis e objetos Em vários pontos. O segundo tipo de pergunta que os programas apresentam ocorre onde existem somente 2 ou mais respostas préfixada do tipo “sim/não” ou “norte/sul”. deixando modificadas somente as respostas já selecionadas até este ponto. Se a inserção está desligada.4.5. Pode misturar ítens individuais e listas. Quando o valor apropriado está visível. mas algumas outras teclas ajudam “navegar” dentro da tela : Ctrl → Pula à próxima pergunta ou à direita Ctrl ← Pula à pergunta anterior ou à esquerda ↑ Pula para cima ↓ Pula para baixo PgDn Terminar. 1. 1. Quando inserção está ligado.apague o caractere na posição do cursor Backspace . Nestes casos. ou se só precisa modificar uma ou duas. pode utilizar a tecla F3 para chamar uma janela que mostra as variáveis ou objetos disponíveis. separados por um “-” . Você pode selecionar uma lista de números batendo o primeiro e último número da lista.apague a resposta inteira . utilizados numa análise. e a resposta pode ser mudada apertando a tecla de espaço. aparece o sinal “INS” no topo da tela e qualquer coisa que você bate é inserida na posição do cursor.6-8. A seleção pode ser feita diretamente na janela. apagando texto existente na posição do cursor. 23 .fim da resposta µ ± . utilizando as seguintes teclas :enter .inicia ou termina a seleção de um bloco Home .vai até o último item na lista Você pode selecionar uma mistura de itens individuais e listas de itens com o uso apropriada das teclas de seleção e seleção de blocos.vai até o último item na tela PgDn .apague o caractere antes do cursor ¦K. “23 . Alternativamente. Normalmente.por ex “s” para “sim” e “n” para “não”. como alternativa. os programas pedem que você especifique um ou mais variáveis ou objetos. em qualquer combinação por ex. mas se todas as respostas pré-fixadas são satisfatórias.página anterior Ctrl + PgUp .terminar seleção e continuar processamento Esc .abandonar seleção espaço .por ex.vai até o primeiro item na tela End . geralmente na forma de uma pergunta do tipo “Quais espécies”. pode utilizar a tecla PgDn para sair sem a necessidade de completar todas. Alguns programas (por ex. o que você escreve será sobreposto.3.Utilizando FITOPAC ² .ligar e desligar inserção.

se quiser retirar as “mortas” quando estas foram registrados no arquivo de dados. você pode incluir ou excluir indivíduos..mais conveniente quando você quer incluir a maioria das amostras e só excluir algumas.selecionar amostras para serem incluídas na análise . EXCLUIR_ESPE[CIES] . sem a necessidade de rebater os dados ou alterar o arquivo de dados. você pode pedir ajuda. INCLUIR_ESPE[CIES] .HLP"). no. de amostra ou espécie que você determina com o uso do filtro. você pode especificar dentro de PARAMS um filtro que aceita somente indivíduos com diâmetro mínimo de 10 cm. com diâmetro máximo de 55 cm.útil quando você pretende analisar somente um número limitado de espécies. especificando “filtros" Em programas que usam arquivos de dados do tipo “FPD”. com altura abaixo de 10 m e excluindo espécies 56 e 91.selecionar as espécies que serão excluídas na atual análise . é mais fácil manter os dados para levantamentos complexos dentro de um único arquivo “FPD” e correr as sub-análises necessários utilizando o filtro para especificar os limites para cada uma delas. Esta facilidade também é muito útil em casos onde você quer analisar blocos de amostras e não o levantamento inteiro. particularmente para modificação de dados e seleção de indivíduos. uma mensagem aparece dizendo que ajuda não está disponível. Nestes programas. Nos programas que utilizam filtros. inclusive quando estas não são contíguas no arquivo de dados. É possível estabelecer condições relativamente complexas.10. apertando a tecla F1. F5 Gravar config.23. e depois quer analisar os dados incluindo somente os indivíduos com diâmetros maiores que 10 cm. dependendo do conjunto de características escolhidas . existe uma opção que permite estabelecer um “filtro” . F3 Selecionar. Opções comuns a diversos programas Vários programas oferecem as mesmas opções. Correndo o programa com este filtro dará a análise desejada. F10 Sair INCLUIR_AMOS[TRAS] . existe o comando “Filtro” no menu principal que chama o menu de filtro onde você especifica os detalhes do filtro que quer aplicar :Incluir_amos Excluir_amos iNcluir_espe eXcluir_espe Diam. de acordo com os limites de diâmetro/perímetro.por ex. e se estes não foram localizados.por ex. PARAMS e CRIAMAT. Assim. e mínimo de 33 cm.selecionar amostras para serem excluídas da análise .. Deve aparecer uma tela fornecendo uma explicação sucinta de que o programa espera neste ponto ou explicando as opções disponíveis. F4 Impressora. Este sistema de ajuda depende da presença dos arquivos de ajuda (com extensão “. EXCLUIR_AMOS[TRAS] . Estas opções são descritas aqui para evitar repetição das informações em cada programa. todos os indivíduos de parcelas 1 . se você tiver um levantamento por parcelas onde incluiu todos os indivíduos com diâmetros maiores que 5 cm. por ex. Para sair da tela de ajuda. altura. 31 e 33. bate a tecla “Esc”. Desta maneira. 15 . pode incluir ou excluir blocos de amostras. especificando como os dados serão lidos.FITOPAC 1 Sistema de Ajuda Na maioria de lugares onde um programa pede alguma informação ou espera alguma ação. 20 .conveniente quando você quer analisar somente um número pequeno de amostras.selecionar espécies que serão incluídas na análise . Neste caso./altura Continue Especificar AMOSTRAS para INCLUIR ------------------------------------------------------------------------ -----------------------------------------------------------------------F1 Ajuda.

Note que linhas mascaradas também não serão transformadas ou gravadas .Permite restaurar colunas ou linhas previamente mascaradas. sem a necessidade de recarregar a matriz completa cada vez. pois as colunas e linhas mascaradas não são eliminadas permanentemente.0000 Bate valor para maximo Diam.é preciso ter cuidado com esta opção quando você utilize transformações ! REST[AURAR] . e podem ser recuperadas utilizando a opção “Rest”. de acordo com os valores selecionados nos respetivos “interruptores”.Utilizando FITOPAC DIAM/ALTUR . Este sempre aparece como a opção “Modificar” nos menus destes programas. CONTINUE . mas não são gravadas ou transformadas enquanto mascaradas. portanto. Bate os números das colunas.Este comando abre a tela de especificação de diâmetro e altura :Bate valores para maximo e minimo maximo Diam. cm 0.00 minimo 0. Colunas ou linhas mascaradas não são eliminadas permanentemente. editar os nomes das variáveis e utilizar a planilha para fazer correções. depois transformar as variáveis não-mascaradas.0000 perim. Você pode então preencher os valores desejados para o máximo e mínimo para altura e diâmetro/perímetro. Seguem descrições das funções de cada opção :MASCARAR . 21 . Note que todas as colunas ou linhas que estavam mascaradas serão restauradas. e esta opção é selecionada. especificando como perímetro/diâmetro ou em centímetros/metros. o programa solicita uma lista de colunas a serem mascaradas. aparece o menu de manipulação de dados :Mascarar Rest. Uma vez que o programa tem uma matriz de dados ativo. ou use a tecla F3 para uma lista das colunas. aceitavel./Perim.. 1000000 Altura 1000. Este opção é muito útil quando você precisa produzir diversas versões de uma matriz com diferentes combinações de variáveis ou amostras. manipulando matrizes Os programas que utilizam matrizes de dados oferecem uma opção para modificação ou manipulação de matrizes.voltar ao programa principal.por exemplo : mascarar algumas variáveis.permite “mascarar” temporariamente uma ou mais colunas (normalmente espécies ou variáveis) ou linhas da matriz.Elim.Transform traNspor Planilha nOmes Adicionar Imprime Continue Mascarar uma ou mais especies ou amostras ------------------------------------------------------------- Pode escolher qualquer opção./Perim. aplicar uma série de operações na mesma matriz . Note que o programa volta a esta tela após cada uma destas opções (exceto “Continue") e você pode utilizar diversas opções antes de voltar para o programa principal. É possível. Quando você seleciona esta opção.

.o nome então é colocada numa janela de edição. aperte “ENTER” e o programa volta à lista de nomes de colunas ou linhas.FITOPAC 1 ELIM[INAR] . Quando seleciona esta opção. ADICIONAR . É necessário quando pretende. PgUp. PLANILHA .Com esta opção.Permite transformar qualquer combinação de colunas ou linhas da matriz. e pode altera-lo utilizando as teclas normais de edição.Chama a planilha. por ex. fornecendo um mecanismo para criar matrizes que combinam dados de diferentes tipos. Esta opção é muito útil para confirmar que uma “importação” de uma matriz funcionou corretamente.cauda No primeiro caso. matriz 1 1111 1111 matriz 2 2222 2222 matriz final 1111 1111 2222 2222 22 . corrige. TRANSFORMAR .Esta opção permite a fusão de duas matrizes. i. Quando termina a edição. Veja a seção “Transformando dados” na parte geral do manual para uma descrição mais completa do uso de transformações. TRANSPOR . NOMES . você virá abrir uma janela com os nomes das colunas ou linhas da matriz. o programa pergunta o nome do arquivo contendo a segunda matriz. permitindo que você inspeciona. cada vez que importa dados de um arquivo que não esteja no formato FITOPAC. Depois.. PgDn. ou manipula os dados. e normalmente você sempre deve utiliza-la.lado ao lado B . Este arquivo tem que ser um arquivo em formato FITOPAC. Terminando as modificações. ou de diferentes lotes. um por linha.Este comando pode ser utilizado para transpor a matriz (tornar as colunas linhas e as linhas colunas). Utilize as teclas de seta. aparece um menu perguntando que tipo de fusão você quer : A . Funciona da mesma maneira que o comando de mascarar. a um outro arquivo de dados de vegetação já produzido pelo programa CRIAMAT. supõe-se que as colunas são iguais e que a segunda matriz representa um acréscimo no número de linhas na matriz final (amostras adicionais). i. Quando você seleciona esta opção. para colocar o cursor no nome que você quer alterar e aperte a tecla “ENTER” . utilizando diversas transformações. aperte a tecla “ESC” para voltar ao menu de manipulação de dados. criar uma matriz de coeficientes de semelhança entre as variáveis. mas os itens eliminados não podem ser restaurados. produzindo um arquivo final que contém uma matriz com ambos os conjuntos de dados. as duas matrizes contém colunas (variáveis) diferentes e a matriz final terá um número de colunas igual à soma das colunas das duas matrizes originais. você pode querer acrescentar dados sobre composição de solo. carregue primeiro a matriz de dados de vegetação e depois utilize esta opção para acrescentar os dados de solo. A planilha permite uma série de outras operações que são descritas mais detalhadamente na seção “Usando a planilha” . matriz 1 1111 1111 matriz 2 2222 2222 matriz final 11112222 11112222 Na segunda alternativa. que estão num arquivo já existente.e. etc.cabeça . você pode alterar ou editar os nomes das colunas ou linhas.e.Elimina permanentemente linhas ou colunas. Para fundir as duas matrizes. Por ex.

Mais tarde. Se você precisa de manipulações mais sofisticados.não é comparável com “Lotus 123” ou “Quattro” . Caso você queira acrescentar poucos dados e prefere entrá-los diretamente. As colunas vazias da matriz menor serão preenchidas com “valor faltando”. utilizando o menu de comandos. só precisa usar a tecla “ENTER”. Se quiser. Caso haja qualquer diferença em nomes de colunas ou linhas. e o nome sugerido é satisfatório. IMPRIME .cauda”. os nomes utilizados na matriz final são os nomes do primeiro arquivo. De novo. As mesmas observações valem para este caso. mas você deve ser muito cauteloso no uso da matriz resultante. pode imprimir na impressora utilizando os comandos normais do DOS como “PRINT” ou “COPY”. No caso de fusão “cabeça . Que tipo de análise você pretende fazer com estes dados ? As matrizes realmente podem ter números diferentes de linhas ? Não ocorreu algum tipo de erro ? O programa também avisa se os nomes das linhas não são iguais. A planilha permite :• • • • • • • • Inspecionar a matriz Entrar e corrigir dados Mascarar/eliminar linhas/colunas Transformar linhas/colunas Ordenar a matriz usando uma coluna como chave de ordenação Ordenar a matriz utilizando nomes das linhas como chave Adicionar linhas/colunas Inserir linhas/colunas A planilha não possui facilidades para o uso de formulas. mas o número de colunas visíveis na tela será reduzido.Utilizando FITOPAC Assim. Quando chama a planilha. O nome preestabelecido pelo programa é o nome do arquivo de entrada com a extensão “LST”. o programa perguntará o nome do arquivo para a impressão da matriz. manipulá-los e importá-los de novo. o número de colunas nas duas matrizes deve ser igual. 23 . Se não estiver. É importante notar que no caso de fusão “lado ao lado”. Usando a planilha A planilha fornecida no FITOPAC é bastante rudimentar . o programa avisa se há qualquer diferença em número de colunas ou diferenças nos nomes das colunas. Se você quer mandar a impressão para um arquivo.Imprime a matriz ou diretamente na impressora ou dentro de um arquivo que pode ser impresso mais tarde.deixar o módulo de modificação de matriz e voltar ao programa principal. pode utilizar os recursos de exportação do programa “MATRIZ” para transferir seus dados a uma planilha comercial. Quando seleciona esta opção. Os nomes das colunas estão na primeira linha da tela e os nomes das linhas na primeira coluna. e a matriz vai ser “impressa” no arquivo. CONTINUE . bate “PRN” em vez do nome do arquivo. Se não quiser usar este nome. bate outro. o número de linhas nas duas matrizes deve ser igual. uma alternativa é de utilizar a planilha e as facilidades que esta tem para acrescentar linhas ou colunas individuais. Os nomes das colunas podem ser truncados se estão compridos e as colunas estreitas. você pode ampliar uma matriz de uma maneira bastante flexível. se quiser mandar diretamente para a impressora.mas permite uma série de operações simples além de entrada e inspeção da matriz. o programa avisa e preenche as linhas vazias da matriz menor com “dados faltando”. ??. verá na tela uma representação da matriz semelhante àquela na fig. pode mostrar o nome completo ampliando a largura da coluna. ou altera o nome.

representado por caracteres com cores invertidos na tela. Note que esta opção não afeta a acuracia de armazenamento dos dados que continua inalterada.700 1. de decimais permite controlar o número de casas decimais mostradas na tela.200 4.Linhas C . ? entra “valor faltando” na célula ativa. como em Lotus 123. na direção indicada.Colunas B . com uma destas células contendo o cursor.200 0.800 2.400 2. você precisa posicionar o cursor em cima da célula desejada e só depois começar a editar o valor.600 4.400 4. Largura das colunas altera a largura das colunas na tela.800 3.800 3. Ao selecionar esta opção.400 2. 24 .100 0. / chama o menu de outros comandos disponíveis na planilha.200 4.100 0.240 0. etc.100 0.100 2.600 1a 1b 1d 2c 2b 4d 5b 5c 5d 5e 6c 7c Fig.100 5.800 5.Ordenar matriz por nome de amostra Colunas e Linhas ativam outros menus que permitem operações com a coluna ou linha atualmente ativa (veja abaixo). Os outros recursos da planilha são acionados pelo uso da tecla “/”.100 0.270 0.9 começa entrar um número na célula ativa.290 0. Para alterar algum dado.100 0.600 0.100 4. PgUp e PgDn mudam uma tela para cima e para baixo respetivamente. Porém.400 3.Ordenar matriz F .240 Ca -0 0.200 4.100 K -0 0.400 4.500 1.400 1. Home muda o cursor até o início da linha na tela End muda o cursor até o fim da linha na tela Ctrl Home muda o cursor para o início da linha da matriz Ctrl End muda o cursor para o fim da linha da matriz + − 0.350 0. Ctrl PgUp e Ctrl PgDn mudam o cursor até a primeira ou última linha da matriz respetivamente. se você precisa ver dados numéricos com mais precisão. Os comandos utilizados pela planilha são semelhantes aqueles das planilhas comerciais.800 1. ou quer ver os nomes das colunas.300 4..200 0.250 0.800 2.800 1.230 0.800 3.FITOPAC 1 pHCaCl4.Largura das colunas D . vão caber poucas colunas na tela. Esc saia da planilha e volta ao menu de manipulação de dados. -0 1.400 4. caso sejam muito compridos.700 0. portanto.200 M.600 0.900 1.000 P -0 2.6 exemplo da tela da planilha O resto da tela contém células com os valores numéricos da matriz. As teclas usadas são os seguintes :↑ ↓ ← → as teclas de seta mudam a posição do cursor. o programa perguntará quantas casas decimais você quer utilizar.230 0.O.100 0.290 0.800 3.300 0.No.700 0. No.100 4. que marca a célula atualmente ativa.1.100 1.000 4.500 Mg -0 0. de decimais E .200 4. Quando aperta esta tecla.600 0. Qualquer ação de edição ou alteração de conteúdo da matriz ocorre na célula ativa indicada pelo cursor.500 0.600 3. eliminando o valor atualmente presente. sem apagá-lo completamente.100 0.300 4.400 0. Enter abre uma janela de edição que permite editar o valor presente na célula ativa. Note que a posição do cursor também é indicada por uma mudança na cor dos nomes da linha e coluna correspondentes. se você utilize uma largura de coluna muito grande.200 4. mas existem algumas diferenças no efeito de algumas teclas.800 2.700 0.400 0. Ctrl → e Ctrl ← mudam uma tela para direta e esquerda respetivamente.010 0. aparece um menu oferecendo várias opções:A .290 0.800 0.600 2.

Permite o acerescimo de uma linha/coluna à matriz quando você precisa adicionar mais dados. Quando você seleciona as opções de operações com linhas e colunas.use com cautela ! TRANSFORMAR . etc.Aterar nome ADICIONAR . pode inserir linhas/colunas no meio da planilha. ordenando ambas pelos nomes das amostras assegura que as amostras estão nas linhas correspondentes das duas matrizes antes de tentar juntá-las. mas ainda está presente na matriz e pode ser desmascarada utilizando as facilidades do menu de manipulação da matriz. Não pode ser recuperada posteriormente . Transformações Ao selecionar a opção “transformações” dentro do menu de manipulação de matrizes. ALTERAR NOME . Neste caso.elimina a linha/coluna da matriz.insere uma linha/coluna imediatamente antes (à esquerda ou acima) da célula ativa indicada pelo cursor. ELIMINAR . abrindo uma janela de edição. em ordem ascendente ou descendente. Portanto.aplica uma transformação à linha/coluna selecionada. Estas são :A . Esta linha/coluna não será gravada/impressa.e após a última linha/coluna na planilha. o programa vai abrir um novo menu de transformações :- 25 . verá um menu suplementar mostrando as operações que podem ser feitas com linhas e colunas individuais.Transformar F . Ao selecionar esta opção.adiciona mais uma linha/coluna no final da planilha i.Adicionar B .permite modificar o nome da linha/coluna.Inserir C .Eliminar E . MASCARAR .Mascarar D .. INSERIR . utilizando o conjunto padrão de transformações (veja a seção “transformações"). Ordenar matriz por nome de amostra permite ordenar a matriz utilizando os nomes das amostras como chave para ordenação.Utilizando FITOPAC Ordenar matriz permite ordenar as linhas da matriz de acordo com os valores contidos na coluna ativa.permite mascarar a linha/coluna ativa. Esta opção pode ser útil quando você tem duas matrizes com as amostras em ordens diferentes e quer juntá-las para criar uma única matriz. o programa vai perguntar qual coluna deve ser usada como a chave secundária. A chave primária é a coluna atualmente ativa (onde o cursor está localizado) e é a coluna usada para fazer a ordenação básica enquanto a chave secundária serve para ordenar quando tem valores iguais na chave primária.

selecionar as colunas ou linhas a serem transformadas .xmin] S .“ranging” [x . F4 Impressora.logaritmo comun [log(x)] H .converter em presencia/ausencia As definições das transformações podem ser encontradas na seção “Notas técnicas”. F10 Sair DIREÇAO .indique a direção de transformação . F5 Gravar config.multiplicar por um constante [x * c] L .x] Q .depende da resposta ao item anterior. de itens selecion. de variaveis : 39 [0] Tipo de transformaçao : nenhuma Direçao : Coluna No. Para transformações como logaritmo.arcoseno [arcsen¹(x/Σx)] J . a direção de transformação é indiferente.xmed.proporçao [x/Σx] O .xmed)/d..centragem duplo T .logaritmo natural [ln(x)] F . Abre um menu oferecendo diversos tipos de transformação :Transformaçoes simples A .quadrado [x²] C .logaritmo natural + constante[ln(x + c)] G .FITOPAC 1 Direçao Selecione tIpo Transforme Continue transformar por coluna ou por linha ------------------------------------------------------------no.centrar [x .: 0 Sanata Genebra survey soil data set.estandardizar [(x .subtrair um constante [x .raiz quadrado + constante [√(x + c)] E .] N .por coluna ou por linha.logaritmo comun + constante [log(x + c)] I . 40-60 cm and 80-100 cm.p. F3 Selecionar.raiz quadrado [√x] D . 39 soil variables for 40 samples. each with 3 levels : 0-20 cm.subtrair o valor minimo [x . de parcelas : 40 [0] no.dividir pelo valor maximo [x/xmax] R . TIPO . SELECIONE .p.repor valor faltando com media U .c] K .dividir pelo desvio padrao [x/d. 26 . -----------------------------------------------------------------F1 Ajuda. mais para outros como estandardização é de vital importância.xmin/(xmax-xmin)] P . etc.reciproco [1/x] B .x] M .escolhe o tipo de transformação a ser aplicada. no final deste capítulo.

ou não usa códigos “Epson”. diagramas de dispersão. que a imagem é mandada diretamente para a impressora e não para um arquivo. Estes podem ser impressos. É possível aplicar uma série de transformações em seqüência no mesmo grupo de variáveis. a única transformação disponível é de transformar a matriz para uma matriz de dados quantitativos. o programa se mantém neste modo até que você selecione o comando continue. os programas esperem até que você bate uma tecla para continuar. Repare que precisa acionar este comando para realizar as transformações ! CONTINUE . se você tem uma impressora que tem um modo gráfico equivalente ao modo gráfico densidade dupla das impressoras “Epson”. e os comandos “Símbolos” e “cOres” depois de escolher uma variável. Impressão de Gráficos Diversos programas no pacote produzem gráficos na tela . e que deve funcionar em praticamente qualquer impressora. Se quiser mandar a imagem para um arquivo (por ex. impressoras “Rima"). pode usar uma planilha e depois importar os dados). Modificando símbolos em gráficos de dispersão. Esta última opção permite a produção de gráficos mais sofisticados. Note. Não é possível discutir a aplicação e propriedades de cada tipo de transformação aqui .transformar as linhas/colunas selecionadas com a transformação escolhida. a imagem na tela é mandada para a impressora. que podem ser especificados junto com sua cor e tamanho. no caso de querer várias cópias). Ao escolher esta opção.Utilizando FITOPAC TRANSFORME . e com papel. No caso de arquivos de dados binários. etc. você pode alterar o tamanho. depois desta transformação. Quando um gráfico é apresentado na tela. ORD). e bate um “P"). e oferecer uma série de opções. Pelo uso dos comandos nesta opção. na forma de tamanho de símbolo. será armazenada na forma de números reais. Os símbolos podem ser alterados de duas maneiras . existem alguns programas utilitários que interceptam listagens para a impressora e armazenam os dados num arquivo. Como não tenho acesso a muitos tipos de impressora. No caso de ter problemas com esta facilidade.1) símbolos fixos. com cada ponto é diferente dos outros. permitindo um alto grau de flexibilidade na aplicação das transformações. cor e tipo de símbolo usado. consulte Grieg-Smith (1983) ou Legendre & Legendre (1983). não será possível usar este método de imprimir gráficos. e que utiliza os códigos de comando de “Epson” (por ex. e que são iguais para todos os pontos e 2) símbolos variáveis. existe esta opção que permite alterar os símbolos utilizados no gráfico em diversas maneiras. abre uma tela :Arquivo Variável Símbolos cOres Tamanho fiXo Continue O comando “Variável” fica disponível somente depois de escolher um arquivo. verifique no manual se a sua impressora pode utilizar o código Esc 'L' n1 n2 (onde n1 e n2 indiquem quantos bytes de caracteres gráficos vão seguir). na maioria dos casos existe uma opção para produzir um gráfico alternativo utilizando somente os caracteres normais da impressora. onde diferentes grupos podem ser destacados ou uma terceira variável pode ser sobreposta. onde o símbolo usado. 27 . FITOPAC não tem facilidades para combinação de variáveis ou cálculo de fórmulas (Se você precisa. mais ou menos na forma vista na tela. ou aplicar diferentes transformações em diferentes grupos de variáveis ou em variáveis individuais. Se não pode utilizar este código. Esta transformação não é usada com muito freqüência e normalmente seria utilizado quando você quer combinar matrizes contendo dados quantitativos e binários. sua cor e tamanho podem ser controlados de acordo com uma (ou mais) variáveis fornecidos à partir de um arquivo do tipo “FPM”.por ex. não posso verificar quais impressoras funcionam. Se sua impressora não produz gráficos.se você tem dúvidas. pois.voltar ao menu anterior (modificação de matriz) Quando a tela de transformações é acionada. Em programas que mostram gráficos de dispersão (PARAMS. Isso permite a aplicação de diversas transformações na mesma matriz de dados. antes de mandar imprimir o gráfico. também. Note que a matriz resultante precisa obedecer os limites para número de colunas para uma matriz quantitativo. Note que a impressora tem que estar ligada. Se você bate Ctrl-P (segure a tecla “Ctrl.

Os símbolos usados são aplicados na ordem .18. que as 28 ... mas neste caso muda a cor do símbolo. Para evitar esta situação.9. utilizá-la para modificar por ex. portem..+.11.. 3. Normalmente.19. a repetição dos símbolos ou cores pode resultar em confusão pois o mesmo símbolo ou cor seriam utilizados em mais que um grupo. 2.15.23.17. mas de vez em quando pode ser útil.veja abaixo).utilize símbolos diferentes para os pontos de acordo com o valor na variável escolhida no comando anterior.19..u.15.32 vira 4 e 10. As diferentes variáveis podem. 7. CORES . escolhidos utilizando o comando anterior.21.. A alocação das cores segue a seguinte padrão :- cor azul claro verde claro ciano claro vermelho claro magenta clara amarelo branco marrom grupos 1. 4. etc.16. Variáveis contínuas são tratadas da mesma maneira... 2.escolhe um arquivo “FPM” que contem dados que você deseja representar no diagrama de dispersão atualmente ativo..14.escolhe uma variável do arquivo que será representada no gráfico na forma de símbolos diferentes.e. você pode aplicar símbolos e cores ao mesmo tempo. Quando chega em grupo 8. No caso de ter grupos numerosos. É disponível somente com adaptadores de vídeo do tipo EGA ou VGA...10..12... 4. 5....10. grupo 2 por “o“. não recomendo o uso de variáveis continuas aqui (tamanho de símbolo é mais apropriado .9.∆. o ciclo começa a repetir. 4.. mas com outra cor.12. Repare que o número de linhas neste arquivo deve ser idêntico ao número de pontos no gráfico .... 3. Se você aplica uma variável continua.22. VARIAVEL . 8. dando a seguinte seqüência :- símbolo ¡ o ∆ ∇ u + × grupos 1. Caso contrário. O arquivo pode conter 1 ou mais variáveis que contem informações suplementares ou complementares aos dados usados para produzir o gráfico.. esta opção deve ser utilizado com variáveis que representam valores inteiros .. Este tipo de gráfico é particularmente útil em ordenação quando se deseja comparar os resultados de uma ordenação com os resultados de uma análise de agrupamento.. e.99 vira 10..∇.por exemplo uma variável que representa o grupo ao qual o ponto pertence após uma análise de agrupamento (um arquivo deste tipo pode ser produzido no programa “CLUSTER”). de tal maneira que grupo no. Repare.21..8..¡..20.18..11.i. é possível diferenciar até 56 grupos diferentes antes de começar a repetir as combinações de símbolo e cor. grupo 1 será representado pelo símbolo “¡“.. Em geral. vir de diferentes arquivos. o programa dará uma mensagem de erro e não vai aceitar o uso do arquivo escolhido. inclusive. cores diferentes ou qualquer combinação dos três.. 7.16.13. Você pode escolher uma variável.13. Assim...... normalmente deve utilizar uma variável que contem somente números inteiros..FITOPAC 1 ARQUIVO .24.20.. SIMBOLOS .. mas neste caso com 8 cores disponíveis.por ex. De novo....esta opção tem um efeito semelhante ao anterior..14. 6... de uma maneira semelhante aos símbolos. 6. o programa vai truncar o valor e tratar a parte inteira do número como um número inteiro . os símbolos e depois voltar e escolher uma outra variável para controlar a cor ou tamanho dos símbolos.o. 8 vai repetir o mesmo símbolo usado para grupo 1.17. deve ter uma linha para cada ponto. as cores são aplicadas de uma maneira cíclica. 5.× -i.e.

pelo menos no cálculo de parâmetros fitossociológicos. ou para restaurar o padrão normal depois de aplicar uma das opções anteriores. e depois juntar os dados dos blocos a mão. fica difícil distinguir várias parcelas com a mesma numeração nas listagens. embora o número de espécies aceitável para um dado levantamento é limitado (no momento. etc. às vezes. No caso de levantamentos mais extensas ou mais complexas. os símbolos representam os grupos obtidos com uma análise de agrupamento (por ex. sugere-se que seja dada uma numeração do tipo A1. cor e tamanho e aplica uma combinação fixa para todos os pontos. 4) Levantamentos grandes praticamente exigem o uso de um disco rígido (o limite para um disquete flexível de 360 Kb é algo em torno de 7 . Desta maneira. caso você não gosta deste. algumas “dicas” ajudam :1) Quando você vai ter uma série de levantamentos dentro de uma mesma área. seria possível produzir um gráfico de dispersão onde os dois eixos representam os primeiros dois componentes. com diversas amostras com composições semelhantes. colocar um disquete vazio no seu lugar. mais é provável que este limite ficará para outros tipos de análise. B1. onde a letra indica o levantamento individual e o número a parcela ou ponto dentro do levantamento. não recomendo gráficos complexos deste tipo porque sua interpretação é muito difícil. é melhor não especificar os arquivos na linha de comando . porém. calcular parâmetros para cada bloco. Em geral. Esta opção é melhor para variáveis contínuas. mas. permitindo combinar arquivos sem problemas. cores e tamanhos simultaneamente. vindo de três arquivos diferentes. A2. com três variáveis diferentes.este comando utiliza a variável escolhida para determinar o tamanho do símbolo do ponto correspondente. e deve ser adequado para a maioria de estudos práticos. caso precisa fazer um resumo da área inteira. você pode tirar o disquete do programa. FITOPAC pode ser utilizado para levantamentos de vários tamanhos. Por ex. Quando se aplica este comando. 29 . etc. TAMANHO . será necessário quebrar os dados em blocos de 400 ou menos parcelas. média de grupo). esta versatilidade pode ser útil. Você pode utilizar estes comandos para produzir gráficos relativamente complexos. o programa divide a variável em 10 faixas iguais e utiliza um tamanho de símbolo diferente para cada faixa.. gráficos com muitos grupos logo ficam muito confusos. pode utilizar símbolos.8000 indivíduos). Embora os programas não utilizam diretamente a numeração das parcelas ou pontos que você indica. 2) Pode criar arquivos de dados separados para cada levantamento e depois combiná-los. Neste caso.Este comando permite escolha de símbolo. ou algo semelhante. 1. as cores representam os grupos obtidos com uma segunda análise de agrupamento (por ex. Como um arquivo de nomes pode conter até 1000 espécies. Pode ser utilizada para mudar o padrão pré-fixada do programa. B2.. embora também pode ser usada com variáveis inteiras. 3) O limite em número de parcelas (atualmente 400) deve ser suficiente para a maioria dos casos. um único arquivo de nomes pode servir para uma ampla série de levantamentos. Se você precisa usar um micro que só tem discos flexíveis com um levantamento onde o arquivo de dados não deixa espaço para resultados.bate somente o nome do programa e espera o programa perguntar o nome dos arquivos de entrada e saida. Na prática. e difíceis de interpretar. Se você normalmente usa drive A: para o programa. e não recomendo que você tenta mostrar tantas informações no mesmo gráfico. e aceitam tranqüilamente duas ou mais parcelas ou pontos no. Se tiver mais. FIXO . desde que você não exagera ! Levantamentos grandes. qualquer mudanças em identificações. dentro de uma ordenação utilizando PCA. é mais facil criar um único arquivo de nomes para todos os levantamentos da área. ligação completa) e o tamanho dos símbolos representa os escores dos indivíduos no terceiro eixo. e o sistema de numeração das espécies e famílias é uniforme. devido às limitações de memória em computadores tipo IBM-PC. embora o uso de disquetes que alta densidade permitem levantamentos mais extensos (mas a leitura é l-e-n-t-o !). Pretende-se tentar ampliar os limites para permitir o uso de levantamentos maiores.Utilizando FITOPAC cores serão perdidas quando a tela é impressa utilizando Ctrl-P. após ter carregado o programa. 1000 espécies para PARAMS e 250 espécies para programas que usam uma matriz de parceles x espécies). desde que eles utilizam o mesmo arquivo de nomes e a mesma numeração das espécies. e mandar todos os arquivos de resultados para este disquete. Desta maneira. precisam ser feitas somente uma vez. pode responder B:SAOJOSE para o arquivo de entrada e A:SAOJOSE para o arquivo de saida. Portanto.

mas para opções comuns a diversos programas são descritas aqui. quando apropriado. Impressora sem papel . Este contato é importante porque me avisa que existem problemas dentro do programa e que preciso tomar medidas para corrigí-las.Indica um erro que ocorreu quando o programa tentou ler um arquivo no disco.O programa não conseguiu localizar o arquivo indicado. Setor não encontrado . Retire o selo de proteção e mande gravar de novo. Favor avisar autor ! Erro de leitura (Erro de CRC) no disco .e não param o programa. Drive nao esta pronto . Favor avisar autor ! Acesso ao arquivo negado . mas alguns erros são mais sérios e podem parar a execução. junto com uma descrição da análise sendo feita e.O programa tentou escrever para um disquete com selo de proteção ("write protected"). Rota invalida . Verifique a rota. o programa vai parar pois não é possível guarantir a continuação da análise sem corrupção da memória RAM. Disquete protegido . as mensagens de erro são descritas dentro de cada capítulo descrevendo o programa sendo usado.. Normalmente não deve ocorrer se você tem 640 Kbytes de RAM . Veja manual de DOS.Geralmente indica que o disco está cheio. Alguns destes erros podem ser resultado de algum erro interno do programa e neste caso devem dar uma mensagem avisando que você deve entrar em contato com o autor do programa. você pode contribuir para melhorar os programas ou pelo menos avisar outros que o problema existe.Ocorreu algum problema de “hardware” i.Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais. Este erro ocorre quando não tem memória RAM suficiente para a análise desejada. os erros são interceptados pelo programa e não são “fatais” . Erro de gravação no disco . Pode ocorrer se usar o nome de um arquivo protegido ("read only") ou quando o diretório está cheio (provável somente em disquetes de 360 KB).Ocorreu algum problema de “hardware” i. 30 . Nas descrições seguintes.Problema de formatação do disco. Verifique que o nome e diretório estão corretos. Neste manual. ou disco danificado.e com a parte física do computador.não é um erro do programa em si. mas o uso de MS-DOS v. se possível.. Codigo de acesso invalido .O programa não obteve autorização do DOS para escrever neste arquivo.A rota ("path") não existe ou por algun motivo não é valida. uma cópia dos dados sendo analisados ajudarão a encontrar o problema.Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais. Se necessário. Quando ocorre este tipo de erro. especificando como o erro deve ser corrigido. os programas tentam detectar diversos tipos de erros nos dados e nas respostas fornecidas pelo usuário. Terminando execução.protegido ou diretório cheio ? . 4 pode criar problemas pois utiliza mais memória do que as versões anteriores ou posteriores.FITOPAC 1 Mensagens de Erro Em geral. Também causado por problemas no drive ou com a gravação do arquivo sendo lido. Em muitos casos. Na maioria dos casos. o símbolo N indica um erro fatal. Numero de arquivos abertos excessivo . Favor avisar autor ! Nome do arquivo nao foi “assigned” .Não tem papel na impressora. Consulte manual de DOS.O programa não conseguiu localizar alguns dados dentro do arquivo sendo lido. Desta maneira. Erros gerais Memória insuficiente . utilize a tecla F3 para mostrar o conteudo do diretório.i.Não tem disquete ou a porta do drive está aberta. ou que ocorreu algum outro problema quando o programa tentou gravar um arquivo. Uma copia da tela com a mensagem. N Erros com arquivos Arquivo não foi encontrado . indicando o erro com uma mensagem dentro de uma janela de erro. Erro de leitura de “hardware” . (na leitura do disco) Falha de “hardware” . Este erro é causado por problemas físicas de leitura . Erro de procura no disco . o programa também oferece uma série de opções. Possíveis causas são sujeira no cabeçote do drive ou algum problema mecânica ou eletrônica no drive ou placa controladora.e com a parte física do computador.Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais. Coloque um disquete ou feche a porta e mande gravar de novo.

depende do constante Em geral. o módulo de transformações tenta detectar erros potenciais antes de aplicar a transformação e emita uma mensagem de erro se encontrar algum problema.Utilizando FITOPAC Outros erros comuns filtros manipulando matrizes planilha transformações Diversos tipos de erros são possíveis durante o processo de transformação. você deve verificar seus dados com cuidado para ter certeza que as transformações que pretende aplicar são válidas e que podem ser aplicadas ao tipo de dados contido na sua matriz. variáveis onde o máximo é igual ao mínimo são duvidosas. Os tipos de erros detectados são resumidos na tabela abaixo : transformação reciproco quadrado raiz quadrado raiz quadrado + constante logaritmo natural logaritmo natural + constante logaritmo comum logaritmo comum + constante arcoseno subtrair um constante multiplicar por um constante estandardizar centrar proporção "ranging" dividir pelo desvio padrão dividir pelo valor máximo subtrair o valor mínimo centragem duplo repor valor faltando com media converter em presencia/ausência L .interpretação duvidosa * . As mensagens de erro começam com uma tela indicando as variáveis onde um possível erro foi detectado. e o tipo de erro detectado pelo programa :- 31 . pois na realidade não são variáveis e não acrescentam informações. Embora o programa deve detectar a maioria dos possíveis erros com transformações.produz um erro valor 0 L valor -vo L * L * L * L xmin = xmax outros L * L * L ? L L soma = 0 dp = 0 max = 0 todos faltando * ? . opções para abandonar a transformação ou repor valores problemáticos com “dados faltando”. Geralmente oferece. Em geral. Por exemplo. possivelmente indicando que houve algum erro. não é permitido calcular raiz quadrado ou logaritmo de números negativos. então. ou podem ser eliminadas.

dividir por desvio padrão).0 . se você quer examinar ou corrigir a matriz com a planilha).escolher uma nova transformaçao C . se o desvio padrão para uma variável for 0. valor de zero encontrado .o valor máximo é igual ao mínimo nesta variável. Pode ser resultado de algum erro ou um efeito de mascarar as únicas observações que tinham valores diferentes.o variável contem somente “valor faltando”. -0 : valor de zero ou negativo encontrado Mg -0 : valor de zero ou negativo encontrado Após a listagem das variáveis problemáticas. as linhas mascaradas são justamente aquelas com dados válidos. max. menos que 2 dados válidos . Os programas normalmente não oferecem esta opção nestes casos. máximo = 0.para transformações onde nenhum destes valores é permitido (por ex.voltar ao programa principal Estas opções tem os seguintes efeitos :SUBSTITUIR ERROS COM “VALOR FALTANDO” .coloca valor faltando em cada célula da matriz onde a condição de erro for encontrado (dentro das colunas/linhas selecionadas). VOLTAR AO PROGRAMA PRINCIPAL . logaritmo).transformar somente variaveis sem erros D .a soma dos dados nesta variável é zero (com proporção). Esta opção não está disponível em algumas circunstâncias . Os principais tipos de erro detectados são os seguintes :nenhum dado válido .a variável contem um valor negativo. aparece um menu oferecendo opções disponíveis para contornar os erros ou abandonar as transformações :Açao desejada?.volta à tela anterior (geralmente a de modificação de matriz). abandonando as transformações por enquanto (por ex. indica que não há variação nos valores desta variável. ESCOLHER UMA NOVA TRANSFORMAÇÃO . valor negativo encontrado .por exemplo com uma matriz contendo zeros. Útil quando você errou na transformação que queria usar . = min.FITOPAC 1 logaritmo natural : Possiveis erros na transformaçao ? pHCaCl-0 : valor de zero ou negativo encontrado M. raiz quadrado). .. com recíproco).0 .com estandardização ou divisão pelo desvio padrão. você deve usar log + constante e não log simples. deixando as variáveis com erros não transformados. por acaso.transformar somente aquelas variáveis onde não foram encontrados erros. soma = 0. então todas as observações para aquela variável teriam que ser descartadas..O. valor de zero ou negativo encontrado .não há variação . Geralmente ocorre porque foram mascaradas os poucos dados válidos dentro de uma variável com muitos dados faltando. 32 .substituir erros com “valor faltando” B . Isso pode acontecer em casos onde você está mascarando diversos linhas de uma coluna que tem muitos dados faltando e se. o que não é permitido para a transformação atual (por ex. TRANSFORMAR VARIAVEIS SEM ERROS .volta à tela de transformações para poder optar para uma nova transformação.a transformação necessita de dois ou mais valores válidos (por ex.por ex. Pode ser resultado de algum erro ou um efeito de mascarar as únicas observações que tinham valores diferentes.a variável contem um zero e para a transformação atual isso não é permitido (por ex. desvio padrão = 0.0 . A .com divisão pela máxima indica que o valor máxima encontrado nesta variável é igual a zero e não pode ser usada para divisão.

X j é a média da coluna j. Conversão não é possível.Utilizando FITOPAC Em geral.A matriz binária tem um número de colunas maior que o limite permitida para matrizes de dados contínuos (que são armazenadas como números reais). e onde os componentes restantes tem valores muito diferentes daqueles que foram mascarados. ∑ X é a soma dos valores na coluna j. é importante usar as facilidades para mascarar linhas ou colunas com bastante cuidado quando você pretende transformar uma matriz. Xmin o valor mínimo da coluna j e C é um constante especificado pelo usuário) :recíproco Yij = arcoseno 1 Xij Yij = arcsen ( X ) ∑X ij quadrado 2 Yij = Xij raiz quadrado Yij = subtrair um constante Yij = Xij . Yij o valor produzido pela transformação. Xmax o valor máximo da coluna j. A única saída é de eliminar as colunas que excedem o limite ou criar mais que uma matriz. sj o desvio padrão da coluna j. Notas Técnicas transformações As transformações utilizadas no módulo de manipulação de matrizes podem ser representadas da seguinte maneira (onde Xij é o valor na matriz original para linha i e coluna j. Portanto. No caso de transformação de uma matriz binária em matriz de números reais. a única mensagem de erro é :Número excessivo de [colunas] .C multiplicar por um constante Yij = Xij * C Xij estandardizar Yij = raiz quadrado + constante Yij = Xij + C centrar X −X s ij j j logaritmo natural Yij = ln(xij) logaritmo natural + constante Yij = ln(Xij + C) logaritmo comum Yij = log(Xij) Yij = proporção Yij = X −X ij j X ∑X ij "ranging" logaritmo comum + constante Yij = log(Xij + C) Yij = X −X X −X ij max min min 33 . Esta cautela deve ser aumentada mais ainda quando tem muitos dados faltando na matriz. a causa mais comum de problemas é a aplicação de transformações em variáveis onde diversos componentes foram mascaradas. .

dividir por desvio padrão. estandardizar. substituindo linha por coluna em cada. para as transformações arcseno. e qualquer célula da matriz que contém um valor igual ou menor será tratada como “ausente” (0). este constante pode ser deixado como 0. permitindo que casos com valores faltando podem ser utilizados em análises que normalmente não permitem. proporção. a direção não altera o resultado. as mesmas definições podem ser usadas.FITOPAC 1 dividir pelo desvio padrão Yij = repor valor faltando com media Nesta transformação. centrar. de acordo com as necessidades da análise que pretende usar. “ranging”. o programa pede o valor máximo que deve ser usado para “ausência”. onde X é a média geral para todos os valores da matriz No caso de transformações por linha. Ao escolher esta opção. Para as transformações restantes.Xmin centragem duplo Yij = Xij − X j − Xi + X . X s ij j dividir pelo valor máximo Yij = X X ij max subtrair o valor minimo Yij = Xij . 34 . converter em presencia/ausência Esta transformação permite transformar uma matriz de valores reais (variáveis contínuas) em matriz binário. mas em alguns casos você pode querer usar outro valor. dividir pelo máximo e repor valor faltando com média. todos os casos de “valor faltando” são substituídos pelo valor da média da coluna. Normalmente.

Quantitative Plant Ecology. Oxford. P. 1983. L. Amsterdam. Elsevier. Legendre. & Legendre. P. 35 . 1983. Numerical Ecology. Blackwell.Utilizando FITOPAC Bibliografia Grieg-Smith.

se você criou SAOJOSE. se você quer usar um arquivo de nomes “MATAS.DAD contendo os nomes e dados numéricos respetivamente. existem muitas possibilidades para erros nos arquivos de dados crus. e o arquivo SAOJOSE. Além de converter o formato dos dados. Arquivos necessários Para utilizar este programa. No momento. Permite ler um arquivo de dados crus que essencialmente seguem o formato usado para coletar os dados no campo e transforma este arquivo no formato mais ordenado e padronizado utilizado para os outros programas do pacote. mas é essencial que exista espaço suficiente no disco para gravar estes arquivos além do arquivo “FPD” final.PROGRAMA PREPARE Função O programa “PREPARE” tem a função de ler os dados para levantamentos utilizando arquivos preparados pelo usuário e converter estes dados no formato padrão usado pelos outros programas do FITOPAC (formato FPD). e as maneiras de corrigir os erros detectados. “dBASE” ou “123”. Tentei introduzir testes para detectar os erros mais comuns.. 2 de entrada e um de saída. Antes de usar este programa.NMS” no diretório . mas é evidente que não é possível detectar todos os possíveis tipos de erros.NMS e SAOJOSE. Estes arquivos (que tem a extensão “TMP") normalmente são removidos pelo próprio programa no fim de processamento e não são “visíveis” para o usuário. Desta maneira.FPD será criado automaticamente. colocando a rota para cada arquivo antes do nome se estiveram em diretórios diferentes. geralmente com a extensão “DAD”. É importante notar que PREPARE cria dois arquivos temporários enquanto está processando os dados. Normalmente. e especificando a extensão se não utilizou as extensões normais. pode especificá-los na seguinte seqüência :. você normalmente precisa especificar três arquivos. o programa também verifica certos aspectos dos dados. Caso você queira utilizar nomes diferentes para cada arquivo.FPD” do FITOPAC que serve como entrada para programas como “PARAMS” e “CRIAMAT” ou um arquivo ASCII contendo informações que podem ser lidos por outros programas como “SYSTAT”. pode bater PREPARE SAOJOSE. facilitando um pouco a tarefa e minimizando os erros que normalmente resultam quando é necessário bater os dados num formato diferente daquele utilizado no campo. tentando detectar possíveis erros.por ex. O arquivo de saída produzido pelo programa pode ser um arquivo “. para entender os tipos de erro que o programa pode encontrar. A estrutura e preparação destes arquivos é descrito no capítulo “Preparando dados para FITOPAC”. Introdução Este programa é a “porta de entrada” para a maioria dos usuários do FITOPAC.PREPARE <NOMES> <DADOS> <SAIDA>. é especialmente importante que você lê com atenção a seção sobre “detecção de erros e mensagens de erro”. é necessário bater somente PREPARE <NOME> e o programa vai buscar e criar os arquivos necessários automaticamente . consulte Grieg-Smith(19??). Como exemplo. Existe também a opção de produzir um arquivo “ASCII” que pode ser lido por outros programas ou pacotes como “SYSTAT” ou “Lotus 123”. PREPARE é capaz de ler e transformar dados para os seguintes tipos de levantamento :• Levantamentos usando parcelas (quadrat survey) • Levantamentos usando quadrantes (point-centered quadrants) Para uma descrição destes métodos. descrevendo os indivíduos encontrados durante o levantamento. geralmente com a extensão “NMS” e 2) os dados numéricos. Se você utiliza o conjunto padrão para os nomes dos arquivos. este programa é essencial para preparar os dados de um levantamento para serem analisados com FITOPAC. Brower & Zar(19??) e Krebs(19??). “PREPARE” utiliza como entrada dois arquivos ASCII contendo 1) os nomes das famílias e espécies encontrados no levantamento. e é provável que você encontra diversos tipos de mensagens de erro durante o uso deste programa. Embora a função do programa seja muito simples. não há necessidade de seguir um formato especial para entrada dos dados. portanto.

***verificar. sendo impressos com as listagens produzidas por diversos programas.versão 1 D:\NOMES\.FPD” no diretório C:\XYZ\. ***fitopac e ***ascii. **dados.NMS Arquivo de dados : GENEBRA. é melhor completar estas perguntas pois facilitam a identificação dos arquivos posteriormente.FPD Rotas Rota para nomes : C:\FITOPAC\ Rota para dados : C:\FITOPAC\ Rota para saida : C:\FITOPAC\ Tipo de amostragem : parcela -------------------------------------------------------------------F1 Ajuda.Parcelas Q . centímetros/metros. Os itens marcados * estão disponíveis somente depois de completar os dados do cabeçalho. você pode usar os comandos normais para mudar arquivos e rotas dentro do programa. e neste caso precisa bater somente PREPARE. o arquivo de dados “GENEBRA. Ao escolher esta opção.) são essenciais se você não utilizou o padrão preestabelecido por PREPARE (perímetro em centímetros.FITOPAC . Veja a seção “Preparando dados para FITOPAC” para uma discussão mais completa destes parâmetros. altura presente e coordenados X e Y ausentes). em geral. os itens marcados com **. F5 Gravar config.DAD Arquivo saida : GENEBRA. Os dados geográficos na primeira tela não são estritamente necessários.DAT” no diretório C:\DADOS\ e gravar os resultados no arquivo “G2. Os campos descrevendo os parâmetros usados (perímetro/diâmetro. F4 Impressora. Segue a explicação de cada opção :TIPO . no.selecione o tipo de levantamento a ser processado. de indivíduo presente. cabeçalho. somente depois de ler um arquivo de nomes e os itens com ***.Quadrantes CABEÇALHO . No . você pode especificar esta combinação na seguinte maneira :PREPARE D:\NOMES\MATAS C:\DADOS\GENEBRA C:\XYZ\G2 Repare que a ordem dos arquivos é importante ! Se não quiser especificar os arquivos na linha de comando. F3 Selecionar. e que acompanham os dados durante as análises posteriores.completa as informações complementares que os programas de FITOPAC necessitam. F10 Sair As opções oferecidas no menu principal são tipo. aparecerá um menu mostrando os tipos disponíveis Tipo de levantamento ? P . As informações são fornecidas preenchendo duas telas de perguntas. somente após a leitura de um arquivo de dados numéricos. *nomes. etc. Utilização Tela principal :- Arquivos Rotas Tipo Cabeçalho Nomes Dados Verificar Fitopac ascIi Sair Escolher tipo de levantamento -------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo de nomes : GENEBRA. mas. sem qualquer nome de arquivo.

Este título será impresso nas listagens de todas as análises posteriores. Latitude : 0 ° 0 ' 0 “ Sul Longitude : 0 ° 0 ' 0 “ Oeste Coordenados geográficos para este levantamento Altitude : 0. Municipio : Município onde se localizou o levantamento.0 Altitude em m da área estudada 3 . e o programa não deixa você proceder sem estas informações (são essenciais para os cálculos dos parâmetros fitossociológicos). Estado : Sigla do estado onde se localizou o levantamento. As telas que aparecem com a escolha desta opção são as seguintes :Dados do Levantamento Titulo : Bate um título descritivo para este levantamento.programa PREPARE caso de levantamentos por parcelas. os campos de comprimento e largura de parcela são obrigatórios. Também é impresso nas listagens. Local : Local onde se localizou o levantamento. Responsavel : Bate os nomes dos responsávies para o levantamento. Pode ter até 160 caractéres. Até 160 caracteres.

e.ler e verificar o arquivo de nomes. Veja a seção “Detecção de erros e mensagens de erro” para uma descrição dos erros que podem ser detectados. Esta informação é essencial para levantamentos com parcelas. No final da leitura de dados aparece a seguinte tela :- * É necessário ler o arquivo de nomes primeiro porque o programa tenta verificar se os números de espécie nos dados numêricos estão consistentes com a lista de nomes. de individuo presente : Sim "Sim” se você está incluindo um número para cada indivíduo.o programa armazena os nomes até que você manda ler um outro arquivo de nomes. Não é necessário ler o arquivo de nomes de novo para cada arquivo de dados .ler um arquivo de dados com intercepção de certos tipos de erros. Não pode misturar os dois no mesmo arquivo ! Diametro/Perimetro minimo : 0. Esta opção carrega um arquivo de nomes e tenta interceptar certos tipos de erros comuns (veja a seção “Detecção de erros e mensagens de erro” para uma descrição dos erros que podem ser detectados). Repare que você pode utilizar o mesmo arquivo de nomes com diversos arquivos de dados. Esta opção fica disponível somente após a leitura de um arquivo de nomes i. .00 Comprimento e largura das parcelas em levantamentos que utilizaram parcelas. nas mesmas unidades utilizadas na medição. você precisa usar o comando “nomes” antes de “dados"*.FITOPAC . Coordenados XY presentes : Nao "Sim” se você está incluindo coordenados X e Y para cada indivíduo NOMES . Mediu altura : Sim "Sim” se você mediu altura dos indivíduos.versão 1 Outras Informaçoes Comprimento das parcelas : 0. No. Usou Perimetro ou Diametro : Perimetro Indique se você mediu perímetro ou diâmetro dos indivíduos. Não pode misturar os dois no mesmo arquivo ! Perimetro/Diametro em Centimetros ou Metros : Centimetro Indique se mediu perímetro/diâmetro em centímetros ou metros. DADOS .00 Largura das parcelas : 0.00 Indique o perímetro/diâmetro mínimo para este levantamento. Os dados são lidos linha por linha e armazenados num arquivo temporário no disco antes de serem gravados no formato final com os comandos “fitopac” e “ascii”.

437 68. uma altura máxima de 60 m para um levantamento de cerrado seria um tanto suspeito. descrito abaixo. Qualquer indivíduo que não se encaixa nestes limites é assinalada e o programa dará uma mensagem que existe um valor “suspeito” para este indivíduo.Com este comando você pode verificar os dados antes de grava-los no arquivo final.DAD “Levantamento de Mata Atlantica" no. Permite estabelecer limites para diâmetro/perímetro.700 332. Repare que o uso de limites muito “estreitas” vai produzir uma quantidade grande de “alarmes falsos” mas é praticamente garantido que vai mostrar qualquer 5 . VERIFICAR . e oferece a oportunidade de corrigir o valor “estranho” ou deixar como está. individuos no.00 Os valores que o programa sugere inicialmente são a média ± 3 x desvio padrão para cada parâmetro.000 35. com um mínimo absoluto de 0. aparece uma tela onde você pode especificar os valores para máximo e mínimo para cada parâmetro :Limites para Verificaçao dos dados minimo maximo diametro 0 altura 0.73 40. Repare que o número de espécies e famílias apresentado se refere ao número presente no arquivo de dados e não no arquivo de nomes. Por exemplo.000 medio 3.000 maximo 9. Este processo pode ser facilitado pelo comando “verificar”. distância. Da mesma maneira.050 30. Valores que ficam fora desta faixa são atípicos e devem ser conferidos com cuidado.72 8.00 202. O número de espécies e famílias também deve ser observado com cuidado. altura e. Por exemplo. caso seja correto. é normal que os arquivos de dados não contém indivíduos pertencentes a todas as espécies ou famílias no arquivo de nomes.000 3. especies 640 123 42 no. Quando você seleciona esta opção.788 Esta tela é muito importante e deve ser lida com cuidado pois oferece uma oportunidade para descobrir eventuais erros que o programa não foi capaz de detectar. um valor de diâmetro mínimo abaixo do menor diâmetro que você utilizou no seu levantamento sugere que houve um erro na entrada dos dados e que você deve verificar todos os dados. pontos 160 no.programa PREPARE arquivo : UBATUBA. colocando os valores que achar mais apropriados. familias minimo distancia diametro altura 0. mas se quiser.0. no caso de levantamentos por quadrantes. pode alterar estes limites.847 16.82 distancia 0. você pode ter um único arquivo de nomes que você utiliza com diversos arquivos de dados e neste caso.

FITOPAC - versão 1

valor suspeito. Por outro lado, o uso de limites muito “amplos” vai produzir poucos “alarmes falsos”, mas vai detectar somente valores muito extremos. É difícil dar uma recomendação geral pois os limites mais eficientes dependem do levantamento e o padrão de variação dos indivíduos, e o usuário terá que descobrir os valores mais apropriados por um processo de tentativa e erro. FITOPAC - Gravar o arquivo de dados no formato FITOPAC - FPD. Este é o formato usado pelos outros programas do FITOPAC e é a opção normal. Repare que os dados não são gravados automaticamente - você precisa mandar grava-los ! ASCII - Gravar o arquivo de dados no formato ASCII, permitindo que serve como entrada para outros programas que aceitam este formato (por ex. SYSTAT, Lotus 123). Os dados numéricos são gravados normalmente, e os nomes das espécies, famílias e amostras podem ser acrescentados para cada indivíduo. Ao escolher esta opção, aparece uma tela que permite “ligar” ou “desligar” a gravação dos nomes e determinar o número de caracteres que aparecem em cada nome. Este último dado é necessário pois alguns programas não aceitam nomes longos (por ex. SYSTAT aceita no máximo 12 caracteres) - o normal para FITOPAC é 35 caracteres. A tela tem o seguinte formato :-

Gravar nomes em arquivo ASCII ?

Nomes de especies Nomes de familias

Sim Quer gravar o nome de espécie para cada indivíduo ? Sim Quer gravar o nome de família para cada indivíduo ? Sim Quer gravar o nome da amostra (parcela ou ponto) para cada indivíduo ? 35 Indique o comprimento dos nomes em número de caracteres

Nomes de amostras

Quantos caracteres :

Exemplos dos diferentes formatos de arquivo que podem ser gravados com esta opção são mostrados na fig. ??.

Detecção de erros e mensagens de erro
A fase de entrada de dados é a mais difícil em termos de introdução de erros, e como os resultados de todas as análises posteriores dependem da qualidade e accuracia dos dados crus, vale a pena fazer um esforço grande para evitar possíveis problemas nesta fase. Mesmo que os dados sejam digitados com muito cuidado e verificados posteriormente, é surpreendentemente fácil introduzir erros na digitação. Coisas simples como esquecer de deixar um espaço entre dois números ou pular um dos valores na linha podem ter conseqüências graves porque o programa vai tentar ler os valores errados deste ponto em diante. Tentei, portanto, introduzir uma série de testes e verificações dos dados que ajudam detectar problemas no arquivo de dados. Para começar, o programa lê o arquivo como linhas de texto que são interpretadas internamente, e aplica uma série de testes nos dados obtidos. Dessa maneira, problemas que ocorrem em uma linha não “contaminam” o resto do arquivo, e, caso seja necessário, uma dada linha pode ser descartada sem prejudicar a leitura do resto do arquivo. Normalmente o programa da uma mensagem de erro quando ocorre alguma linha no arquivo que não pode ser interpretada ou que apresenta valores inconsistentes, e, em seguida, oferece algumas opções permitindo consertar o erro, reeditando a linha do arquivo ou abandonar o arquivo, caso o problema seja muito grave. Embora tentei detectar uma proporção razoável dos erros comuns, é essencial notar que não é possível detectar todos os possíveis erros ! Se você bate “3.4” em vez de “4.3” para uma distância, por exemplo, é praticamente impossível detectar este tipo de erro, e a única maneira de encontrá-lo é uma revisão minuciosa do arquivo de dados, antes de usar FITOPAC. Portanto, não confie que “PREPARE” vai encontrar todos os erros no seu arquivo.

programa PREPARE

Segue agora uma descrição dos tipos de erros que o programa é capaz de detectar :Arquivo de nomes Nomes de famílias - o programa verifica a presença de • nomes duplicados - o mesmo nome usado com dois números de família • número de família fora dos limites de FITOPAC • número de família faltando Nomes de espécies - o programa detecta • nomes duplicados - mesmo nome para duas espécies • número de família incompatível com a lista de famílias • número de família que não tem nome associado • número de espécie fora dos limites de FITOPAC • número de espécie ou família faltando • número de espécie já utilizado para outra espécie Dados numéricos - o programa detecta • caracteres “ilegais” na linha (letras ou símbolos) • espaço ou valor faltando na linha (i.e. o número de “itens” na linha está errado) • números decimais onde deve ter um número inteiro • números que não podem ser interpretados • número de espécie fora dos limites do FITOPAC • número de espécie não presente na lista de espécies Quando um erro é detectado, o programa para o processamento do arquivo e apresenta uma mensagem de erro, mostrando também a linha onde o erro ocorreu e alguma explicação do tipo de erro encontrado como mostra o seguinte exemplo onde esqueceu-se de colocar um espaço depois do número da família “Abobraceae” no arquivo de nomes :? ERRO ? arquivo : ERROS.NMS *** linha 8

9Abobraceae ——^

Nao foi possivel interpretar o numero da familia

Qualquer tecla..

Depois de apertar uma tecla, aparece um menu para determinar qual a ação que o usuário deseja tomar :Açao desejada ? E - Editar linha P - Pular linha T - Terminar processamento deste arquivo

Se escolher “Editar linha”, você pode utilizar as teclas normais de edição para alterar a linha (neste caso inserindo um espaço depois do número da família) e continuar o processamento. Esta seria a opção normal. Repare que esta

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FITOPAC - versão 1

opção NÃO corrige o arquivo original contendo os dados crus - este continua como estava, e se você quer corrigi-lo, terá que usar o editor de texto para alterá-lo. A opção “Pular linha” simplesmente ignora esta linha do arquivo e continua processando a próxima. Esta opção é útil se por acaso entrou alguma linha contendo “lixo” que não deveria estar presente, ou se você quer procurar outros erros antes de alterar o arquivo de dados. A opção “Terminar processamento” abandona o arquivo e volta ao menu principal, e pode ser usado onde houve algum erro mais grave (arquivo errado, tipo de levantamento errado, etc.). Em alguns casos pode haver mais opções - por ex. acrescentar uma espécie quando um número de espécie não declarada é encontrado. As principais mensagens de erro são as seguintes :Arquivo de nomes Nao foi possivel interpretar o numero da familia O número da família está faltando ou você esqueceu de bater um espaço depois do número (mais comum) ou tem algum caractere “ilegal” no meio do número. Este no. de familia nao existe na lista de familias O número de família dado para uma espécie não foi declarado na lista de famílias. Este numero ja esta sendo usado para a familia .............. O número de família encontrado nesta linha já foi utilizado para algum outro nome de família anteriormente. Não pode usar o mesmo número para duas famílias diferentes. Numero de familia invalido ....minimo = 1 e maximo = X Se ocorrer enquanto está lendo os nomes das famílias, é porque o número da família é muito grande ou menor que 1. Pode também ocorrer enquanto o programa está lendo os nomes das espécies e neste caso o máximo corresponde ao maior número na lista de famílias. No. de especie invalido ....minimo = 1 e maximo = X O número de espécie está fora dos limites aceitáveis pelo FITOPAC - deve ser maior que 0 e menor que o número máximo de espécies (1000 nesta versão). Pode ser causado também pela falta de um espaço entre o número de espécie e número de família - o programa tenta ler esta combinação como o número de espécie. Este numero ja esta sendo usado pela especie.......... O número de espécie encontrado nesta linha já foi utilizado para algum outro nome de espécie anteriormente. Não pode usar o mesmo número para duas espécies diferentes. Este nome ja foi usado para especie X Já existe uma outra espécie com o mesmo nome. Repare que diferenças entre maiúscula e minúscula são desprezadas aqui - “Planta vulgaris” é a mesma coisa que “PLANTA VULGARIS”. Nomes duplicados não são permitidos porque é impossível distinguí-los posteriormente nas listagens produzidas pelas análises. Arquivo de dados Este no. de especie nao existe no arquivo de nomes O número de espécie usado aqui não foi declarada na lista de espécies. Linha muito comprida ? (max = 255 caracteres) Esta versão de PREPARE só pode ler linhas de até 255 caracteres. Se o programa chega até 255 caracteres e ainda detecta mais texto na linha sendo lida, emitirá esta mensagem de erro porque é provável que a linha não será lida corretamente. Geralmente, este número de caracteres é suficiente, e é raro encontrar esta mensagem de erro, mas em casos onde há um número muito grande de caules múltiplos (por ex. uma touceira de bambu), é possível ultrapassar este limite. Neste caso, a única saída é de calcular manualmente um perímetro/diâmetro equivalente para alguns caules, até o comprimento da linha ficar menor que 255 caracteres. Repare, também, que não é necessário ter espaços ao redor do ‘+’ quando você está batendo dados para indivíduos com caules múltiplos (veja a seção “Preparando dados para FITOPAC” para mais detalhes do formato). Nao foi possivel interpretar esta linha - caractere ilegal ?? Geralmente este erro ocorre quando o programa detecta algum caractere “ilegal” na linha - por ex. alguma letra.

são gravados num segundo arquivo temporário e não mantidos na memória RAM. o número máximo de indivíduos será determinado pelo espaço disponível no disco. Desta maneira. o programa lê um (ou vários) arquivos de dados. O arquivo de dados é lido linha por linha na forma de texto que posteriormente é interpretado pelo programa. no caso de levantamentos por parcelas. famílias e amostras. Em vez disso. o programa oferece a opção de acrescentar uma nova espécie para a lista de nomes. de especie grande demais ou pequeno demais O número de espécie para este indivíduo ultrapassa os limites de número de espécie para esta versão de FITOPAC. Na prática. Nao foi possivel interpretar este numero Ocorreu algum problema que dificultou a interpretação do número. ainda tem mais texto nesta linha. com diversos testes e formas de verificação. famílias e amostras é limitado pelos outros programas do FITOPAC (por ex. 9 . Notas técnicas O programa nunca mantém todos os dados em memória RAM ao mesmo tempo. Uma vez que os dados de um indivíduo (uma linha) forma interpretados e verificados. PARAMS) e não pode ser modificado nesta versão. e pelo número de amostras no caso de levantamentos que utilizam o método de quadrantes. mas necessita de espaço em disco para armazenar os dados. ou algum valor que foi esquecido. Os dados são gravados em formato final somente quando o usuário escolhe uma das opções “FITOPAC” ou “ASCII”. Isso geralmente é resultado de um espaço faltando entre dois valores. Dados a mais nesta linha ? O programa leu uma série de dados que correspondem ao número de valores esperado. o programa acumula os máximos. são lidos primeiro os nomes das famílias e espécies e após a leitura e verificação. possivelmente indicando algum erro. um levantamento pode conter um número praticamente ilimitado de indivíduos. Limitações e problemas O número de espécies. mínimos. o programa lê os dados do arquivo temporário. No. Bibliografia Brower & Zar Grieg-Smith. Terminada a leitura de um conjunto de nomes. Krebs. estes últimos são gravados num arquivo temporário. Desde que não ultrapassa os limites impostos pelo número de espécies. Esta especie nao existe no arquivo de nomes O número de espécie para este indivíduo não está incluído entre os números de espécies no arquivo de nomes. é possível evitar limitações de RAM se o número de indivíduos for muito grande. Pode ser um erro no número ou uma espécie que acidentalmente foi excluída do arquivo de nomes. Geralmente ocorre por causa de um espaço faltando entre um número decimal e um inteiro. Neste último caso. Deve ser um numero inteiro Foi encontrado um número decimal onde o programa esperava um número inteiro.programa PREPARE Pelo menos um valor ou espaço faltando O programa tentou “contar” o número de valores na linha e encontrou um valor menor que o esperado. médias e outros valores para cada parâmetro. Este tipo de situação pode ocorrer quando você acidentalmente insere um espaço entre dois dígitos do número de espécie ou talvez um espaço depois do ponto decimal da altura. Mesmo assim. C. Se a opção de verificação for escolhida. Enquanto os dados são lidos e gravados.

RES. índices de diversidade. no. a ordem. “PARAMS SAOJOSE SJ1.tabela de parâmetros das espécies. ou utilizar os nomes prefixados (ESPECIES.FPD como arquivo de dados e gravaria a listagem em SJ1. Utilização A tela principal é apresentado abaixo :- 1 . Calcula a maioria dos parâmetros fitossociológicos normalmente utilizados em levantamentos de vegetação arbórea/arbustiva e fornece algumas gráficos simples resumindo os resultados. 4. Arquivos necessários PARAMS utiliza um arquivo de dados “. Você pode especificar na linha de comando os nomes dos arquivos de entrada e saida.) via o programa MATRIZ e utilizados em programas gráficos. a largura das colunas e quais colunas são impressas.FPM). portanto. “PARAMS SAOJOSE” vai utilizar o arquivo “SAOJOSE. tabela de parâmetro das famílias. pode especificar o nome de cada arquivo individualmente (o programa pergunta antes de gravar). etc. as formulas utilizadas e detalhes dos cálculos são descritas na seção “Notas Técnicas”. os nomes. frequência absoluta e relativa e também uma série de parâmetros para o levantamento como um todo . etc. a listagem pode ser bastante volumosa se você usa todas as opções .densidade total. você mesmo pode elaborar o padrão que prefere. Se não gostar do conjunto padrão que vem embutido no programa. Espécies . tabela de parâmetros das parcelas (somente para levantamentos utilizando parcelas).FPM” contendo os resultados produzidos. FAMILIAS.PROGRAMA PARAMS Função Este programa calcula parâmetros fitossociológicos para levantamentos que utilizam os métodos de quadrantes (Point-centered Quarter method) e parcelas (Quadrat method). de espécies. permitindo diversas sub-análises no mesmo levantamento.índice de Shannon. esta versão possui uma série de melhorias e facilidades que devem aumentar consideravelmente a utilidade do programa. além de quais tabelas são impressas podem ser modificados pelo usuário e o conjunto de preferências pode ser gravado.1.RES” utilizaria SAOJOSE. area basal total. Uma outra característica desta versão é a flexibilidade possível na impressão de tabelas de resultados. densidade total. permitindo que todos as análises sejam impressas da mesma maneira.LST”. e provavelmente será o programa mais utilizado pela maioria dos usuários. Cansei de tentar satisfazer todos os usuários com relação à ordem dos parâmetros e quais parâmetros deviam ser incluidos nas tabelas . Se você opta para gravar as tabelas de resultados. etc. Introdução PARAMS é o programa central do FITOPAC. Os parâmetros fitossociológicos calculados são armazenados em quatro tabelas :. Calcula a maioria dos parâmetros comuns como densidade relativa.FPM.FPD” como entrada e pode produzir arquivos de listagem e arquivos dos tipo “. Repare que para levantamentos grandes. Alem dos cálculos de parâmetros básicos. 3.precisa deixar espaço no disco de saida. por ex.FPD” como arquivo de dados e os resultados serão gravados no arquivo “SAOJOSE.não tinha duas pessoas que concordavam na mesma ordem e parâmetros ! Na versão atual. Embora a maioria dos parâmetros disponíveis já são calculados pelo programa correspondente na versão preliminar do FITOPAC. Esta versão tem facilidades para especificar subconjuntos de dados. o programa tem algumas facilidades para produção de gráficos simples e pode gravar tabelas de parâmetros em arquivos do tipo FITOPAC padrão (FPM) que podem ser traduzidos para outros formatos (Lotus 123. Uma lista completa dos parâmetros.FPM e PARCELAS. responsável pelo cálculo de parâmetros fitossociológicos. 2. parâmetros gerais características do levantamento como um todo .

no. além de quais tabelas são impressas.Produzir gráficos a partir das tabelas de resultados. incluindo ou excluindo blocos de parcelas para fazer sub-análises dentro de um levantamento grande.23. permitindo o uso dos recursos gráficos ou estatísticos de outros programas.versão 1 Os principais comandos são os seguintes :. CALCULAR .11 e 13 . o programa deve incluir todos os indivíduos no arquivo de dados. É possível utilizar praticamente qualquer combinação de unidades de amostragem.Filtro. Calcular. IMPRIMIR . GRAVAR . GRAFICOS . e você pode correr diversos tipos de análise no mesmo arquivo de dados utilizando um filtro diferente para cada análise. você pode especificar um filtro que exclua todos os indivíduos com DAP < 5 cm. alterando o arquivo de dados ou o filtro e. O uso do filtro dá uma flexibilidade bastante grande. com idivíduos menores que 10 m de altura e com diâmetros menores que 20 cm. Os gráficos produzidos aqui são relativamente simples. incluindo ou excluindo espécies (por exemplo indivíduos mortos onde estes foram incluidios). ou diferentes combinações de altura e diâmetro para analizar diferentes estratos. Note que este método não funciona com levantamentos que utilizem o método de quadrantes. amostras e indivíduos que serão aceitas na análise atual. Desta maneira. diâmetro e altura para produzir análises muito específicas por exemplo. Nesta situação. A seção “Gráficos” descreve o uso desta opção. a ordenação usada dentro das tabelas e detalhes da impressão das tabelas (largura das colunas.começa a leitura dos dados e o cálculo dos parâmetros fitossociológicos que são armazendos em diferentes tabelas. mas permitem ter uma indicação do comportamento dos parâmetros sem sair do programa. Os detalhes de como alterar as tabelas são descritas na seção “Alterando as tabelas”. inicialmente incluindo todos os indivíduos com DAP ≥ 3 cm. produzindo uma análise que é comparável com o levantamento feito com DAP de 5 cm (se todas as outras características do levantamento forem iguais). especies. Os gráficos aparecem inicialmente na tela e podem ser impressas ou via uma cópia da tela.Este comando é utilizado para alterar as tabelas de resultados e a maneira em que elas são impressas. depois. onde você quer comparar com um outro levantamento onde o DAP mínimo foi de 5 cm. ALTERAR . você pode fazer qualquer número de análises. A maneira em que o filtro é especificado é descrita na seção ???? . Um exemplo seria o caso de um levantamento utilizando parcelas. pode correr a análise completa para um levantamento. *Graficos e *graVar. Diversos outros tipos de filtro podem ser especificados. pois a exclusão dos indivíduos menores altera o método de amostragem e não é compatível com o método de quadrantes. dependendo da saida escolhida. se você não especifique um filtro. Você pode alterar quais são os parâmetros incluidos.FITOPAC . Portanto. somente parcelas 1 . Segue uma descrição de cada comando :FILTRO . 2 . Portanto. excluindo mortas e desconhecidas. ou utilizando os caracteres normais da impressara. *Imprimir. aLterar. nomes dos parâmetros). e depois uma série de sub-análises de vários tipos especificando um filtro diferente para cada sub-análise. você pode produzir uma tabela de parâmetros fitossociológicos e depois utilizar “Harvard Graphics” ou “Quattro” para produzir os gráficos desejados.imprime as tabelas de resultados diretamente na impressora ou num arquivo. Os indivíduos usados são selecionados de acordo com o filtro especificado antes de iniciar este comando. Estes podem ser do tipo gráfico de dispersão ou histograma.O filtro é usado para determinar quais são as espécies. Os comandos marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de fazer os cálculos para um dado levantamento.Gravar as tabelas de resultados no disco em arquivos do tipo “FPM” que depois podem ser traduzidos (pelo programa MATRIZ) para arquivos do tipo “Lotus 123” ou “SYSTAT”. de decimais. Os valores pré-estabelecidos pelo programa são tão amplos que não devem excluir qualquer indivíduo em levantamentos normais. a ordem dos parâmetros nas tabelas. Enquanto estiver dentro do programa. re-fazendo os cálculos.

As diferenças entre estes gráficos são as seguintes :n classes . com respeito ao parâmetro escolhido. o campo “No. o número de barras é variável. e se prefere barras simples ou “3D". Dentro deste módulo.é um gráfico que mostra a relação entre dois parâmetros.n classes + resto D .Grafico de barra . Esta opção abre um menu que mostra os tipos disponíveis :Tipo de grafico A . primeiros x % + resto . você pode especificar os gráficos um de cada vez. famílias ou parcelas). O programa não dá qualquer aviso.Grafico de barra .por ex. onde diversos gráficos podem ser selecionados ao mesmo tempo e depois mostrados e impressos um a um. Também aparece uma tela perguntando quantas barras e tipo de barra. ou.Grafico de barra . O número máximo de barras é ??. e produz o gráfico. de graficos especificados : 0 TIPO . n classes + resto . mesmo que seja inutil. ??). Densidade Relativa contra número de indivíduos simplesmente produz uma linha reta pois o primeiro é derivado do segundo por uma multiplicação simples. A porcentagem é especificada numa tela que aparece logo em seguida e que permite também especificar o tipo de barra.programa PARAMS (manual versão 01/05/98) Alterando as tabelas Gráficos A tela de gráficos permite escolher entre diferentes tipos de gráficos e a tabela de onde serão extraidos os dados.mostra n + 1 barras dos quais os primeiros n correspondem às primeiras n espécies ou famílias e o último que representa a soma das espécies ou famílias restantes.Grafico de barra .neste gráfico.primeiros x % E . com as espécies ou famílias ordenadas de maior para menor. na forma de um diagrma de dispersão (fig. ??). Aparece uma tela perguntando quantas barras você quer no gráfico. Tipo tAbela Vars Opçoes Simbolos Desenhar Imprimir Proximo aNterior Continue Tipo de grafico desejado Tipo de grafico : Diagrama de dispersao Tabela atual : Especies No. Note que nem todas as combinações são úteis .Escolher o tipo de gráfico desejado.Esta opção abre um menu permitindo escolher qual das tabelas de resultados será utilizada (espécies.é igual ao anterior mas acrescenta uma última barra que repesenta a proporção do parâmetro representada pelas espécies ou famílias restantes. Uma vez que uma fila de gráficos foi criado. Gráficos de barra .mostra n barras correspondendo às primeiras n espécies ou famílias(fig. primeiros x % . 3 .Diagrama de dispersao B . TABELA .todos mostram a quantidade absoluta ou porcentagem do parâmetro escolhido em cada espécie ou família. de graficos especificados” informa quantos gráficos estão na fila. frequentamente mais convenientamente.primeiros x % + resto Diagrama de dispersão . e a forma em que os gráficos serão mostrados na tela ou impressos. ??). na forma de uma “fila". mas a soma dos valores nas barras mostradas atinge pelo menos x% do total do parâmetro escolhido(fig.n classes C .

Ubatuba Permite alterar o título que aparece no gráfico maximo minimo intervalo Freq.Rel 8. você pode selecionar um ou mais parâmetros em cada lista.Rel * Dens. mostrando família.Rel 60. mínimo e intervalo da escala horizontal “Etiquetar” pontos ? Sim Colocar uma “etiqueta” em cada ponto no gráfico. DoR x IVI e FR x IVI) será criado.0000 5.FITOPAC . espécie. Por exemplo. etc. a tela é :Opçoes para grafico Freq. Para diagramas de dispersão.Rel Titulo Levantamento de Mata Atlantica .0000 Indique os valores máximo e mínimo para a escala vertical. 4 . o programa cria uma fila de dois gráficos .0000 1. além do intervalo da escala Quantas barras ? 10 Escolhe quantas barras você quer no gráfico (deve ser de 1 a 100) Barras “3-D” ? Nao Mostrar as barras em forma “3-D” ou não “Etiquetar” barras ? Sim Colocar “etiquetas” nas barras. No caso de gráficos de barra. De novo.0000 0.0000 0. o programa vai criar uma fila de gráficos que podem ser examinados em sequência usando a opção “PROXIMO”.DoR x DR e FR x DR.Ubatuba Permite alterar o título que aparece no gráfico maximo minimo intervalo Freq. se você seleciona “DR” como eixo horizontal e “DoR” e “FR” como os eixos verticais. No caso de escolher “DR” e “IVI” como eixos horizontais e “DoR” e “FR” como verticais.0000 1. No caso de diagramas de dispersão.Rel 9. mínimo e intervalo da escala vertical Dens. uma para o eixo horizontal e a outra para o eixo vertical. permitindo identificá-los Para gráficos de barra com número de classes fixo. uma fila de quatro gráficos (DoR x DR.a ação desta opção depende do tipo de gráfico. OPÇOES . FR x DR.0000 Modifique o máximo. a tela que aparece é a seguinte :Opçoes para grafico Freq.0000 0.Rel Titulo Levantamento de Mata Atlantica . Você pode escolher um ou mais parâmetros da tabela selecionada na opção anterior para produzir um ou mais gráficos de barra. abre uma única lista de variáveis (parâmetros) que podem ser selecionados para produzir gráficos. duas listas de parâmetros aparecem.versão 1 VARS .esta opção abre uma tela que permite alterar os limites das escalas dos gráficos além de algumas outras características no caso de histogramas.0000 Modifique o máximo. Se você seleciona mais que um parâmetro.

em fig. os gráficos saem com escalas diferentes. Estas opções são muito úteis no caso de estudos comparativos onde é essencial ter gráficos que utilizam os mesmos escalas. Note que esta forma de impressão do gráfico utiliza as caracteres normais da impressora e não é uma cópia da tela (fig.Permite alterar os símbolos utilizados em diagrams de dispersão. ou mesmo sub-analises do mesmo levantamento. Esta opção também pode ser utilizada para ampliar ou “encolher” uma região de um gráfico de dispersão. Se quiser imprimir uma cópia da tela utilize Ctrl P. Veja a seção ??? para mais detalhes. Mas em comparações entre levantamentos.programa PARAMS (manual versão 01/05/98) No caso de gráficos de barra com porcentagem fixa. Se você precisa de gráficos com a mesma escala. Mensagens de erro Limitações e problemas Notas técnicas Bibliografia 5 .escolhe o próximo gráfico na fila (se ainda tiver).imprime o gráfico atual na saida já selecionada ao entrar no programa. Por exemplo. pode utilizar esta opção para controlar a aparência dos gráficos finais. 4. Normalmente o programa tenta selecionar escalas que utilizam o máximo possível da tela compatível com unidades de escala razoáveis. ANTERIOR . PROXIMO . a única diferença desta tela é a substituição da pergunta “Qual porcentagem” em vez de “Quantas barras”. 1 foi ampliado pela modificação do limite máximo das escalas verticais e horizontais. O uso desta opção é descrito na seção “Opções comuns a diversos programas” no capítulo “Utilizando FITOPAC”. permitindo alterar a porcentagem total do parâmetro que será mostrado em forma de barras. ??). SIMBOLOS . a região no canto inferior esquerda da fig.volte ao gráfico anterior (se existe).desenha o gráfico atual na tela. IMPRIMIR . DESENHAR .

FITOPAC .versão 1 Figuras Fig. Diagrama de dispersão. 6 . 1. com “etiquetas” nos pontos.

com “etiquetas nas barras e sem efeito “3-D” 7 . 2 Gráfico de barras com número fixo (10 ) barras + resto (“outros”).programa PARAMS (manual versão 01/05/98) Fig.

FITOPAC . com primeiros 75% do parâmetro representado. sem “resto” e com “etiquetas” e efeito “3-D” 8 .versão 1 Fig. 3. Gráfico de barras.

programa PARAMS (manual versão 01/05/98) Fig. 1 ampliada por modificação das escalas verticais e horizontais. Parte da fig. 4. 9 .

FPD” como entrada e “SJ1. portanto. descrevendo um levantamento utilizando parcelas.PROGRAMA CRIAMAT Função A função do programa CRIAMAT é de gerar uma matriz parcelas x espécies a partir de um arquivo de dados de levantamento. porém.FPM” como saída. somente com levantamentos feitos utilizando o método de parcelas. O arquivo de entrada é um arquivo do tipo “FPD”.FPM” como o arquivo de saída. Normalmente. Este formato. torna-se necessário uma mudança no formato dos dados pois este último conjunto de análises geralmente trabalha com um resumo dos dados. exatamente o que é preciso para calcular os parâmetros fitossociológicos para o levantamento. Introdução Este programa forma o elo de ligação entre os programas “PREPARE” e “PARAMS” e o resto do FITOPAC. No arquivo de dados de levantamento existe uma lista de todos os indivíduos com suas respetivas medidas para cada unidade de amostragem (parcela ou ponto). o primeiro passo na análise dos dados de um levantamento será o cálculo dos parâmetros fitossociológicos. Em levantamentos que utilizam o método de quadrantes. onde os dados originais de cada indivíduo são descartados e substituídos com algum tipo de média ou contagem para a unidade de amostragem. Esta medida pode ser simples presença ou ausência (geralmente representados por 1 e 0 respetivamente). ou alguma outra medida mais complexa como número de indivíduos (muito comum) ou área basal ou volume. Utilização A tela principal é apresentada abaixo :- . mas em muitos casos é interessante passar para uma fase posterior de análises mais detalhadas de variação dentro da área amostrada e detecção de padrões e gradientes ecológicos. Os arquivos podem ser especificados na linha de comando. Neste ponto. O arquivo de saída é um arquivo do tipo “FPM” que contem a matriz criada por CRIAMAT. CRIAMAT permite a criação de uma matriz deste tipo e seu armazenamento na forma de um arquivo do tipo “FPM” para análises posteriores (veja também a seção “Uso de arquivos em FITOPAC”).FPD” como arquivo de entrada e vai criar o arquivo “SAOJOSE. Assim. do tipo “FPD”. Arquivos necessários Este programa utiliza um arquivo de entrada e um de saída. O programa tem opções para criar os seguintes tipos de matriz :• presença/ausência • número de indivíduos • área basal • volume (é necessário ter dados de altura no arquivo “FPD” para este tipo de matriz) O programa também tem facilidades para manipulação da matriz. normalmente não faz sentido criar este tipo de matriz pois o número de indivíduos em cada ponto é restrito a 4 e não é apropriado usar análises de agrupamento ou ordenação nestas circunstâncias. particularmente análises de ordenação e agrupamento onde nos precisamos de uma matriz que contém as unidades de amostragem como linhas e as espécies como colunas e onde cada célula da matriz contém alguma medida da presença de uma dada espécie dentro de uma das unidades de amostragem. incluindo transformações dos dados e a retirada de espécies raras. na forma CRIAMAT ENTRADA SAIDA. Este programa trabalha. não é apropriado para outros tipos de análise. enquanto “CRIAMAT SAOJOSE SJ1” vais utilizar “SAOJOSE. Como sempre. “CRIAMAT SAOJOSE” vai utilizar “SAOJOSE. os arquivos também podem ser especificados dentro do programa utilizando o comando “ARQUIVOS”.

O critério usado para medir raridade e o valor de corte podem ser determinados :- .Area basal C .Modificar a matriz criada . Área basal . etc. ou onde o critério de exclusão que utilizou não estava correto. Segue uma descrição de cada comando. indivs.transformar.Numero de individuos B . Note que as espécies raras são mascaradas e não eliminadas permanentemente.calcula o volume total (em forma de cilindro .por ex.Arquivos Rotas Tipo Filtro matriZ Modificar masC Gravar Imprimir Sair Escolher o tipo de matriz desejado (no. Presença/ausência .) -------------------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : GENEBRA. de individuos Os comandos disponíveis são os seguintes :. com as seguintes cracterísticas Número de indivíduos . pres.Volume D . o programa abre um menu :A . MASCARAR Mascarar as espécies raras. o filtro e o tipo de matriz selecionados.calcula a área basal total de cada espécie em cada unidade de amostragem Volume . masC**. Gravar** e Imprimir**. Note que é necessário ter medidas de altura no arquivo “FPD” para poder utilizar esta opção.Especificar o tipo de matriz que você pretende criar. Veja a seção “especificando “filtros” ” para mais explicações.FPD Arquivo saida : GENEBRA Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Tipo de matriz : No. Filtro*.criar a matriz utilizando o arquivo.conta quantos indivíduos de cada espécie tem em cada unidade de amostragem. FILTRO . Isso quer dizer que você pode restaurar estas espécies em casos onde muda de idéia./abs. sendo que os comandos marcados com um asterisco estão disponíveis somente após a escolha de um arquivo “FPD” de entrada e os comandos marcados com dois asteriscos estão disponíveis somente após a criação de uma matriz. eliminar algumas espécies/amostras. selecionar somente indivíduos acima de 10 cm de diâmetro. Ao escolher este comando.área basal x altura) de cada espécie em cada unidade de amostragem. etc. matriZ*. Ao escolher esta opção.aplica um filtro na entrada de dados para selecionar somente um subconjunto dos dados .indica a presença de uma espécie numa unidade de amostragem com um “1” e sua ausência por um “0”. etc. MATRIZ . MODIFICAR ..Presença/ausencia Você pode escolher qual destes tipos de matriz que pretende criar. Veja a seção “manipulando matrizes ” para mais detalhes.Tipo. TIPO . Modificar**. utilizando o conjunto padrão de ferramentas de modificação de matrizes. o programa apresenta um menu para determinar qual o critério que deve ser usado para mascarar espécies raras.

deixando poucas espécies ou foi aplicado o critério errado). enquanto espécies que tem um valor maior ou igual ao valor especificado serão mantidas. de amostras B .Fitopac B . dominância relativa e volume relativa respectivamente) que será especificada no próximo passo. Em seguida. porcentagem ou valor absoluto) menor que o valor especificado será mascarada. de indivíduos.equivalente a densidade relativa. de amostras. Porcentagem . uma em cada formato. o programa abre um menu que pede o formato de arquivo desejado :- A .A . com diferentes critérios de exclusão aplicando o comando “MASCARAR” diversos vezes. Valor absoluto . área basal ou volume) menor que o valor especificado no próximo passo. o programa abre uma tela para pedir que você especifique o valor mínimo aceitável para inclusão de uma espécie. . pode utilizar os recursos de modificação da matriz para restaurar as espécies mascaradas (veja a seção ”manipulando matrizes” para mais informações). tomando o cuidado de gravar cada matriz formada (com nomes diferentes) e restaurando as espécies mascaradas após a gravação da matriz. indicando quantas espécies foram mascaradas e quantas sobraram :- ** Foram mascaradas XX especies ** Deixando um total de YY especies Se.Cornell Onde Fitopac é o formato normal do FITOPAC (Um arquivo “FPM”) e “Cornell” é o formato usado pelos programas como “DECORANA”. Também pode criar diversas matrizes.espécies mascaradas não atingem um mínimo de porcentagem (do número de indivíduos. Se necessário.espécies serão mascaradas se ocorrem num número de unidades de amostragem menor que um número mínimo especificado no próximo passo.Valor absoluto onde : no.grava a matriz no disco como arquivo. Ao escolher este comando.No. “TWINSPAN” e “CANOCO”. por algum motivo você não está satisfeito com o resultado (o critério foi rigoroso demais. Após a escolha do valor de corte.Porcentagem C . o programa determina quais são as espécies que serão mascaradas e apresenta uma mensagem na tela.as espécies mascaradas tem um valor absoluto (de no. área basal ou volume . pode gravar cada matriz duas vezes. GRAVAR . Note que uma espécie com um valor (no. de amostras .

o arquivo de saída criado automaticamente será “SAOJOSE. Repare que espécies (ou amostras) mascaradas não são incluídas na matriz gravada. Normalmente. sugiro a manutenção sempre da extensão (“FPM” para arquivos FITOPAC e “DAT” para arquivos Cornell) para simplificar uso dos arquivos com outros programas. você pode alterar este nome . não é possível utilizar o mesmo nome para todos os arquivos resultantes.imprime a matriz. etc. esta deve ser gravada antes de utilizar as facilidades para mascarar espécies raras (ou mascarar amostras). antes de gravar a matriz no arquivo designado. e se você quer manter uma matriz com todas as espécies. o programa abre uma tela com campos para título. se você bateu “CRIAMAT SAOJOSE” para entrar no programa.isso geralmente só é requerido no caso de gravar diversas versões da matriz com diferentes níveis de corte ou com diferentes transformações dos dados. Mesmo em casos onde precisa utilizar diferentes nomes de arquivo. Finalmente.. é melhor manter o nome sugerido pelo programa. mas.FPM”. .Após a escolha do formato de gravação. se necessário. etc. ou diretamente para a impressora se você tecla “IMP” ou “PRN” como arquivo de saída. o programa pede o nome do arquivo de saída que no caso de arquivo FITOPAC normalmente será o nome do arquivo de entrada com a extensão “FPM”.normalmente idêntico ao responsável pelo levantamento} Colunas da matriz sao : {normalmente espécies} Linhas da matriz sao : {normalmente amostras ou parcelas} Geralmente é bastante útil manter estes dados atualizados pois eles ajudam entender a saida das análises realizadas posteriormente. transformações. onde obviamente. ou para um arquivo de listagem (o “default” do programa). particularmente em casos onde você cria um número muito grande de arquivos com diferentes critérios de corte. Por exemplo. permitindo que você anota as modificações feitas e estas anotações aparecem nas listagens de resultados de todos os programas que utilizam esta matriz :Verifique as informaçoes complementares da matriz Titulo : {aqui você pode especificar a origem dos dados e qualquer critério de exclusão de espécies raras aplicado para esta matriz} Responsavel {nome do responsável pelos dados . IMPRIMIR . e onde é possível confundir o que foi feito em cada matriz.

Além da entrada direta de dados. Este formato não está disponível em pacotes comerciais e pode ser bastante trabalhoso converter um arquivo em outro formato para uso com programas que utilizem o formato CORNELL. e que naturalmente formam uma matriz com as amostras formando as linhas e as variáveis medidas formando as colunas. é impossível fornecer um programa que possa traduzir qualquer arquivo (por exemplo do Lotus 123) para todos os outros formatos. antes de tentar importar um arquivo. É essencial. no máximo com nomes de variáveis e amostras. não tentei incluir todas as possiveis variantes para cada formato . sem a necessidade de produzir um arquivo “ASCII” intermediário como normalmente seria o caso. “TWINSPAN” e. Não tem facilidades para dados não-numéricos. um utilitário capaz de “traduzir” dados em forma de matriz para o formato requerido pelo FITOPAC via uma planilha simples que permite entrar os dados. Tentou-se fornecer.cam todas as etapas necessárias para produção de matrizes do tipo “amostra x espécie” a partir dos arquivos originais de dados de campo. Um exemplo seria dados de composição de solo. “TWINSPAN” e “CANOCO”. transformar linhas ou colunas da matriz.a função do programa é de traduzir matrizes simples. É especialmente importante notar que este programa forma um elo de ligação entre FITOPAC e programas como “DECORANA”. “CANOCO” . Erros no arquivo sendo importado provavelmente darão resultados inesperados e podem jogar você fora do programa ou “travar” o micro. junto com funções que facilitam a manipulação da matriz. examine os dados usando a planilha. no atual programa. mais recentemente. ler a seção sobre limitações do programa antes de utilizar “MATRIZ” para tradução de arquivos. Portanto. o programa funciona como um “tradutor” ou centro de intercâmbio entre diversos formatos de arquivo. em muitos casos é necessário introduzir outros tipos de matrizes de dados que são adquiridos diretamente em forma de matriz.por ex. facilitando o uso de outros tipos de análise não fornecidos no próprio FITOPAC. e com dados numéricos. Entre os formatos disponíveis (veja “arquivos necessários”. Supõe-se que o arquivo especificado seja um arquivo válido no formato especificado . Neste programa.todos amplamente usados na análise de dados ecológicos. portanto. Não dá para confiar cegamente no processo de tradução porque não é possivel prever todas as possiveis “complicações” que podem surgir ! Repare também que o programa não faz uma verificação de dados quando você está importando de outros formatos (exceto no caso de arquivos ASCII). 1 . que esta tradução seja útil para pesquisadores na área de fitossociologia. eliminar linhas ou colunas. e os diferentes graus de sofisticação de funções que podem ser representadas em cada formato de arquivo.PROGRAMA MATRIZ Função O programa matriz fornece funções para manipulação de matrizes de dados e para “tradução” de matrizes em um formato de arquivo para outro. é necessário ter uma maneira de introduzi-los para produzir um arquivo tipo “FPM” que pode ser lido pelo programa apropriado. porém. que um arquivo “SYS” foi criado pelo pacote SYSTAT e pode ser lido por aquele programa. além de funções para “importar” arquivos em outros formatos para o formato “FITOPAC” e “exportar” dados para uma variedade de outros formatos. abaixo). Introdução Embora os programas do FITOPAC forne. Caso deseja analisar este tipo de dados utilizando os programas do FITOPAC. Dada a diversidade em estrutura de arquivo possível. Espero. ou imprima a matriz. e pode ser útil mesmo que você não queira utilizar o próprio formato FITOPAC. Quando utilizar este programa. Permite também a entrada direta de matrizes de dados por meio de uma planilha simples. que normalmente seriam obtidos como uma série de variáveis para cada amostra. transpor a matriz e imprimir a matriz. verifique que realmente é válido e pode ser lido pelo pacote utilizado para criá-lo. o formato “CORNELL” é particularmente útil pois este é utilizado pelos programas “DECORANA”. Utilizando “MATRIZ” é possível criar e manipular uma matriz de dados com Lotus 123 e depois transformar o arquivo “WK1” do Lotus em arquivo “SYSTAT”. ou examine o arquivo resultante com um editor de texto para confirmar que a tradução realmente foi bem sucedida. Este programa tem facilidades para editar uma matriz de dados.

DAT LOTUS 123 . você pode precisar de um arquivo contendo os nomes das colunas e outro com nomes das linhas da matriz .0 do “SYSTAT”. É possivel. veja Hill (1979) ou ter Braak (1988).formato normal do FITOPAC. Além do arquivo de dados. sendo necessário colocar somente o nome do arquivo de dados quando chamar o programa .FITOPAC . Portanto.formato utilizado pelo pacote estatístico “SYSTAT”.formato da planilha LOTUS 123 (arquivos WK1 . Permite intercambiar dados diretamente com esta planilha. As extensões utilizadas aqui são as seguintes :FITOPAC .1). onde “SAOJOSE” é o nome do arquivo de dados que deseja manipular. Para detalhes deste formato. Utilização Especificando arquivos A especificação dos arquivos a serem usados segue o esquema normal do FITOPAC.versão 1 Arquivos necessários MATRIZ pode importar e exportar arquivos em diversos formatos. SYSTAT . embora a representação interna dos dados e o tipo de arquivo básico seja de um arquivo “FPM” do FITOPAC.formato condensado utilizado pelos programas produzidos pela Universidade de Cornell (DECORANA.SYS DIF . Os formatos disponíveis no momento são os seguintes : FPM .FPM CORNELL . “MATRIZ SAOJOSE”. LOTUS 123 . e arquivos neste formato também podem ser importados pela maioria dos processadores de texto. e não é necessário digitar a extensão se você vai utilizar o conjunto padrão de extensões. o programa tenta “adivinhar” a extensão apropriada para cada tipo de arquivo.TWINSPAN) e por CANOCO.muitas planilhas e pacotes estatísticas são capazes de importar e exportar arquivos neste formato. utilizar 123 para entrar e manipular matrizes de dados e depois transferi-los diretamente para FITOPAC. este formato é disponivel somente para exportar arquivos. Diversos pacotes estatísticos ou planilhas conseguem ler este tipo de arquivo. As combinações de importação e exportação de dados disponíveis estão resumidos na fig.(Data Interchange Format) . ?. Este pacote tem diversas opções para taxonomia numérica e análises multivariadas. mas versões posteriores ainda podem ler este formato. É válido somente para versão 3.DIF 2 .essencialmente uma matriz de dados sem qualquer outro tipo de informações.da versão 2. Excell) e programas estatísticos ou gráficos podem ler este formato. Muitas planilhas (por ex. com espaços entre os números .formato utilizado pelo pacote “NTSYS” de Rohlf (1989). Permite transferir dados para análise com este pacote sem a necessidade de produzir um arquivo ASCII intermediário. CORNELL . DIF . Repare que alguns programas como “SYSTAT” exigem o uso de uma extensão especifica (neste caso “SYS") e não aceitam outras extensões. geralmente é preferível utilizar as extensões fornecidas pelo programa e não altera-las.arquivos simples. No momento.DAT ASCII . No momento.por ex. Em geral. NTSYS .WK1 SYSTAT . contendo somente números. ASCII . portanto.veja a seção “importando dados” para mais informações. este formato é disponivel somente para exportar arquivos.

Segue uma descrição de cada comando :IMPTIPO .Direta Escolha a opção que indica o tipo de arquivo você deseja utilizar. veja a seção “Utilizando a planilha”. F .. 3 . No caso da opção “D”. (a opção pré-selecionado é “FPM” . Ao acionar este comando.selecione o tipo de arquivo a ser usado para exportação de dados. Note que o menu de importação não é idêntico ao menu de exportação pois alguns formatos podem ser utilizados somente para exportação. *Exportar e *imPrimir. Títulos.FPM A . eXptipo.Cornell S . Ao acionar este comando. EXPTIPO .ASCII C . pronto para entrada dos dados.. *Modificar. aparece um menu com as opções importação. dos quais os comandos marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de ler uma matriz de dados. entrar dados diretamente. aparece um menu com as opções para exportação. o programa cria uma matriz vazia e depois entra diretamente no modo planilha.Lotus WK1 D . e o programa voltará à tela principal. Para mais informações sobre a planilha. Tipo de arquivo ?.Systat W .programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) Tela principal : Arquivos Rotas Imptipo eXptipo Ler Titulos Modificar Exportar imPrimir Sair Tipos de arquivo para importaçao/exportaçao ------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : MAT1 Arquivo saida : MAT1 Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Tipos de arquivo Importaçao : FPM Exportaçao : FPM ------------------------------------------------------------- Os principais comandos disponíveis são Imptipo. Ler.selecione o tipo de arquivo a ser usado para importação de dados.o formato normal do FITOPAC).

e o programa voltará à tela principal.0000 Em conversões para matrizes de presença/ausência.FITOPAC .Systat W . antes de gravar a matriz. o programa começa a importar os dados imediatamente. No mínimo o título será exportado junto com os dados na maioria de formatos de exportação. É utilizado somente na conversão para arquivos binários. qualquer valor acima do valor indicado aqui é considerado uma “presença” e convertido em valor “1”. o programa vai abrir esta tela automaticamente. o programa apresenta uma mensagem indicando quantos linhas e colunas da matriz foram lidas.FPM A . Estas informações devem ser verificadas com cuidado para confirmar que todos os dados foram importados corretamente.Cornell S . enquanto valores iguais ou menores que o valor indicado são tratados como ausências e recebem o valor “0”. 4 . com um limite máximo de 250 variáveis.. o programa precisa de informações complementares antes de iniciar a importação e mostrará uma tela de perguntas antes de começar a importação.NTSYS D . Converter em presença/ausencia Nao Permite converter uma matriz armazenada na planilha em matriz binário. Para a maioria das opções de formato. especialmente quando você está trabalhando com análises mais complexas que produzem diversas matrizes de dados. o programa mostrará a seguinte tela :- Tipo de leitura do arquivo ? Transpor enquanto le Nao Se quiser.0 normalmente é o mais usado. parando somente quando os dados foram lidos ou se ocorrer um erro que o programa é capaz de detectar.DIF Escolhe a opção que indica o tipo de arquivo você deseja utilizar. Esta opção é útil se você quer colocar as linhas da planilha nas colunas da matriz e as colunas da planilha nas linhas da matriz.altera o título e outras informações sobre a matriz que foi importada. esta opção permite.iniciar a leitura de um arquivo de dados. frequentemente este é útil para identificar diferentes matrizes. Se não ocorreu algum erro. Permite o uso da planilha para entrar matrizes de dados binários onde o número de variáveis aceitável pelo FITOPAC é maior que o número de colunas disponíveis na planilha. No caso de arquivos em formato “WK1”. mas caso você queira tratar valores abaixo de um certo nível como ausências. o programa vai transpor a matriz enquanto está lendo os dados. O valor pré-estabelecido de 0.versão 1 Tipo de arquivo ?. Normalmente qualquer matriz em planilha é tratada como uma matriz de dados quantitativos.Lotus WK1 N . F . Note que quando a opção de exportação é “FPM” (formato FITOPAC)..ASCII C . Para alguns formatos. TÍTULOS . Valor de corte para presença/ausencia 0. LER . Embora não seja essencial colocar um título.

Titulo : Bate um título que descreve a matriz de dados. Se não quiser utilizar qualquer uma destas opções. Tem dados faltando : Nao Se não tiver dados faltando na matriz. -999 é comum.pode ser qualquer valor numérico. como área basal. O arquivo ASCII só pode conter números e espaços ! Se um caractere “proibido” é encontrado. etc. O primeiro passo é indicar o tipo de dados que você pretende importar. comprimentos. Quando o arquivo de dados acaba.Presença/ausencia X . Dados do tipo presença/ausência são dados onde somente a presença ou ausência de uma espécie ou caractere é indicada. simplesmente apertando .você não vai poder continuar sem este dado . pode pular este campo e o próximo. o programa começa a importar os dados. você digita o valor que utilizou para indicar dados faltando na sua matriz . sem qualquer preocupação com a quantidade presente. especialmente se você tem um grande número de matrizes diferentes. Dados mistos incluem uma mistura de dados quantitativos e binários. Depois deste menu. o programa tentará dar alguma indicação de onde ocorreu o problema.e a resposta deve ser um número inteiro de 1 até o máximo permitido por esta versão do programa. o procedimento é um pouco mais complexo. Esta informação é essencial . Para arquivos em formato “ASCII”. mas não deve ser um valor que pode ocorrer entre os dados normais.0000 Aqui.miXto Dados quantitativos são quantidades numéricas. e pode ser utilizada junto com a opção semelhante no processo de exportação de dados (veja “EXPORTAR” para mais informações). Não é essencial. Uma vez que completou os campos desta tela (não esqueça do para sair).Quantitativo P .programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) A opção de transposição da matriz enquanto é lida pelo programa permite a manipulação de matrizes que não caberiam dentro de uma planilha normal. aparece uma tela “Descrição da Matriz” com vários campos pedindo informações sobre os dados a serem importados :Quantas variáveis : 0 Indique quantas variáveis (colunas) a matriz tem. o programa informará quantos linhas de dados foram lidas verifique estas informações para ter certeza que a leitura de dados foi bem-sucedida ! O programa em seguida vai pedir informações sobre os nomes das variáveis com o menu “Nomes das variáveis” :- ´ 5 . parando se encontrar qualquer tipo de caractere não numérico. mas pára neste ponto e você precisará utilizar um editor de texto para corrigir seu arquivo antes de continuar. use a tecla de espaço ou “s” para mudar este campo para “sim” e depois preenche o próximo campo - ´ Valor usado para indicar dados faltando : -9999. pesos. mas ajuda você a identificar a matriz depois. escolhendo a opção apropriada do menu “Tipo de dados” :- ´ Q . pois o programa precisa de algumas informações adicionais antes de começar a importação. pode usar para continuar. número de individuos. Caso você tenha dados faltando.

Para alguns formatos (SYSTAT. tecle o prefixo desejado. Nos outros formatos. Por exemplo. o programa vai pedir um prefixo para os números das variáveis. Para utilizar esta opção. esta opção permite que você digita os nomes das variáveis diretamente. com a exceção da última opção “Usar uma das variáveis (colunas)”. que permite copiar os valores em uma das variáveis para uso como nome. Se você seleciona esta opção. o programa vai solicitar algumas informações complementares. Note que os nomes podem ser preenchidos em qualquer ordem. Entrar diretamente pelo teclado . e o programa simplesmente informa quando termina de gravar o arquivo de saída. mas o nome no.Exportar a matriz no formato de exportação esolhido com o comando TIPOS. Quando o programa pedir. entrando “Eixo” como prefixo vai resultar em variáveis com nomes do tipo Eixo1. EXPORTAR . Quando o número de variáveis é grande. 1 tem que corresponder a variável 1. Isso pode ser útil se uma das variáveis representar um grupo ao qual a amostra pertence e você quer somente uma indicação do grupo no nome da amostra. Uma vez que os nomes das variáveis foram criados ou lidos. é mais conveniente dar nomes individuais para cada variável.Ler os nomes de um arquivo C . O menu e as opções oferecidas aqui são praticamente idênticos àqueles dos nomes das variáveis.Entrar diretamente pelo teclado Criar automaticamente . Eixo2. bata o nome do arquivo contendo os nomes e estes serão lidos diretamente. Para arquivos ASCII e DIF :- « ³ ´ ° 6 . Cornell). com uma linha numerada para você incluir onome de cada variável.versão 1 A .em casos onde o número de variáveis não é tão grande ou onde você prefere não criar outros arquivos.“Var1 a VarN" B . Veja a seção “??” para uma explicação mais detalhada. O prefixo já fornecido pelo programa é “Var”. Pode deixar uma linha em branco onde não quer dar um nome para alguma variável. utilizar a planilha. um arquivo ASCII contendo os nomes das variáveis. o nome no. MODIFICAR . usando as teclas de seta e e para colocar o cursor na linha correspondente ao nome que você deseja incluir. esta opção oferece o método mais conveniente de fornecer os nomes. antes de entrar no programa “MATRIZ”. mas o número de linhas no arquivo tem que ser igual ao número de variáveis. do tipo Var1. mascarar ou eliminar linhas ou colunas. transformar dados. basta apertar a tecla . O programa abre uma janela de edição. o programa também vai solicitar nomes para as linhas (amostras). acresentar dados de uma outra matriz.Na maioria dos casos. o processo é totalmente automático. para cada variável. etc. Ler os nomes de um arquivo . Este arquivo pode ser criado com um processador de texto em modo “não documento” (sem formatação). 2 à segunda variável.Criar automaticamente . Se quiser modificar o prefixo. Lembre de usar a tecla para sair da janela de edição. você precisa criar.FITOPAC .neste caso o próprio programa se encarrega de criar uma série de nomes. Var2. etc.Modificar a matriz. e caso prefira utilizar este. e assim por diante. etc. um por linha.

Embora não sejam obrigatórias.Imprimir a matriz ou num arquivo no disco ou diretamente na impressora. e podem ser úteis quando se tem um número elevado de arquivos com diferentes matrizes. No caso de nomes com duas partes (por ex. e é. antes de tentar exportá-la para este formato. este método pode ser usado para manipular matrizes que normalmente não caberiam na planilha. No caso de arquivos NTSYS. Incluir nomes das variáveis Sim No caso de arquivos DIF. o programa pergunta se quer transpor a matriz enquanto é gravado. incluir ou não os nomes das variáveis como uma linha da matriz. dos nomes de variáveis e linhas da matriz no(s) arquivo(s) de saída. de caracteres. o programa abre uma tela para verificação das informações complementares da matriz antes de gravá-la. normalmente esta opção não é necessária. nomes de espécies). você pode transpor a matriz. digite “IMP” ou “PRN” para o nome de arquivo. o programa pergunta somente se você quer os nomes das variáveis e amostras. estas informações complementares ajudam a identificar o arquivo. Pode ser lido por planilhas e alguns pacotes estatísticos. inferior ao número de colunas permitidas na maioria das planilhas (geralmente 256). Este tipo de variável pode ser lido por planilhas. mas alguns pacotes estatísticas não aceitam variáveis não-numéricas. um por linha. mas nem todos aceitam. Para dados quantitativos. No caso de arquivos ASCII. Mensagens de Erro 7 . Para exportação em formato “WK1”. em no. Permitir “_” em nomes de variáveis ? Sim Permitir ou não a presença do caratere “_” nos nomes de variáveis e objetos. Neste caso. Se a sua matriz tiver mais que 256 linhas e 256 colunas. se o número de linhas na sua matriz é inferior a 256. utilizando as facilidades para mascarar linhas e colunas. o programa vai pedir o nome do arquivo a ser usado para imprimir. IMPRIMIR . portanto. Se quiser mandar a matriz diretamente para a impressora. mas alguns pacotes estatísticos não permitem o uso deste caractere em nomes de variáveis. voçê precisará “cortar” a matriz em blocos. porém. Para exportação em formato “FPM”. incluir ou não os nomes de amostras como uma das colunas da matriz. Como a importação de arquivos “WK1” também permite transpor a matriz. os nomes são colocados dentro de um arquivo que contem um nome por linha. Quando você seleciona esta opção. pois o número máximo de variáveis utilizado por FITOPAC é 250. Para dados binários. O uso deste caractere torna os nomes mais legíveis. produz um arquivo contendo os nomes. No caso de arquivos ASCII.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) Especificaçao da saida Comprimento dos nomes das variáveis 8 Indique aqui o comprimento. Note que o programa NÃO verifica os limites da matriz antes de gravá-la e é capaz de produzir um arquivo “WK1” que ultrapassa o tamanho máximo permitido por Lotus 123 e outras planilhas. Incluir nomes das amostras Sim No caso de arquivos DIF. que então será gravada na planilha com as linhas originais nas colunas e as colunas nas linhas. FITOPAC pode aceitar até 1000 variáveis e estas não caberiam na planilha.

Você deve verificar se a matriz resultante cabe dentro de uma planilha 123. e esperar que vá ser traduzida fielmente. O programa não lê o formato FORTRAN especificado no início do arquivo Cornell (veja Hill 1979 ou ter Braak 1988 para uma descrição do formato Cornell). limitações nos caracteres permitidos em nomes de variáveis . portanto.o programa consegue ler matrizes simples. Os dados numéricos são inseridos nas linhas e colunas apropriadas. Repare que o programa não verifica limites de tamanho de matriz. e a matriz não será traduzida. Também existem.FITOPAC . o programa lê o valor numérico associado com a fórmula. normalmente não ocorrem problemas na importação de dados destes pacotes. Também é possível exceder o espaço de armazenamento disponível se tiver uma matriz cheia. onde você precisa saber o comprimento do nome usado pelo programa que você pretende empregar. são descartadas variáveis não-numéricas. produzir uma matriz que exceda os limites da versão de SYSTAT que você está utilizando e em conseqüência você precisa verificar esta limitação antes de tentar utilizar o arquivo. não deve haver grandes problemas. e valores faltando são representados por uma célula em branco. embora seja possível produzir um arquivo perfeitamente válido para o formato Cornell onde não há espaços entre os números (fig. e são reconhecidos os dados faltando.o programa lê e escreve diretamente o formato binário utilizado por SYSTAT versão 3. Como a maioria de pacotes estatísticos utilizam nomes mais curtos (geralmente 8 ou 12 caracteres). O formato DIF pode ser usado para transferir dados de FITOPAC para STATGRAPHICS e. porque utilizam um sistema de armazenamento mais eficiente para matrizes esparsas com muitos zeros. É impossível prever todas as combinações necessários para os diferentes programas estatísticos e planilhas. mesmo que os números de espécies e amostras estejam dentro dos limites teóricos do programa . uma perda de precisão. com exceção da primeira.veja o manual de Hill (1979) para informações sobre este problema. etc. e os nomes das linhas (amostras). STATGRAPHICS não permite o uso do caractere “_” no nome. Pode haver. O programa ignora gráficos e formatação dentro da planilha. Quando você importa um arquivo neste formato. Dados não-numéricos em qualquer outra posição na planilha serão solenemente descartados e substituídos por “valor faltando”. mas nomes mais compridos em planilhas serão truncados. não adianta “bolar” uma planilha complicadíssima com tudo quanto é tipo de formatação. na primeira coluna. não há maneira de se recuperar as fórmulas originais. é necessário neste caso especificar se este caractere pode ser utilizado. estas serão descartadas. A intenção aqui é traduzir o tipo de matriz simples que geralmente é encontrado em estudos fitossociológicos. ??). No caso de linhas ou colunas inteiramente não-numéricas. e pressupõe que todos os números individuais estejam separados por espaços. Se você tenta traduzir um arquivo que exceda os limites impostos pelo FITOPAC. Onde foram colocadas fórmulas na planilha.a ocorrência deste tipo de erro depende da versão do pacote que você está utilizando. é possível você exceder o limite de número de espécies para programas do pacote Cornell . receberá uma mensagem de erro. mas para arquivos DIF ou ASCII. 8 . A mais importante destas é a necessidade de ter pelo menos um espaço entre números (fig. caracteres permitidos em nomes. Na exportação de arquivos para o formato Cornell. nomes de colunas e linhas podem ter no máximo 35 caracteres em FITOPAC. O tamanho do nome pode ser mais problemático na exportação. Lotus 123 . Seguem algumas observações mais específicas sobre cada formato : Cornell . ??).a leitura de arquivos em formato Cornell é sujeita a várias limitações sérias. é necessário que você especifique este dado. e você precisa estar ciente das limitações dos formatos que pretende usar e do atual programa. Na maioria dos casos. Em geral. pois é necessário somente inserir espaços nas colunas apropriadas no arquivo Cornell para permitir leitura do arquivo. para alguns programas. não se faz qualquer verificação dos limites de número de colunas e linhas na matriz. Uma vez que foi feita a tradução. SYSTAT . portanto. No caso dos formatos SYSTAT e Cornell. Note que dados numéricos em FITOPAC são armazenados como números de 4 bytes e não 8 bytes como em SYSTAT. contendo somente dados numéricos e nomes de colunas e linhas. É possível. assim. que será utilizada como nome das amostras. a maioria de pesquisadores que utilizam o pacote Cornell já deixam espaços entre os dados. Portanto. enquanto SYSTAT aceita sem problemas. A planilha produzida quando se exporta para Lotus 123 contém a matriz com os nomes das variáveis (colunas) na primeira linha e os nomes das amostras (linhas) na primeira coluna. etc. Os nomes das colunas (variáveis) devem estar na primeira linha da planilha. mas descarta todas as informações sobre a fórmula em si.versão 1 Limitações e problemas Cada formato de arquivo incluído aqui tem certas limitações em termos de características como comprimento permitido para nomes de variáveis. isto não se constitui em um problema sério. com poucos valores de zero. e de qualquer modo. No caso de exportação de arquivos para SYSTAT. grau de precisão e outras atributos.0. Repare que os programas do pacote Cornell geralmente têm limites muito mais amplos no número de espécies e amostras.por ex. o programa automaticamente produz nomes do tamanho correto. No caso de matrizes do tipo presença/ausência.

1989.. 9 . Section of Ecology and Systematics.J.5. M.a FORTRAN program for canonical community ordination by [partial] [detrended] [canonical] correspondence analysis. CANOCO . Rohlf.F. C.J. A FORTRAN Program for Detrended Correspondence Analysis and Reciprocal Averaging. 1979. Wageningen.O. NTSYS-pc. New York. F. New York.1). Cornell University. 1988. Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System. Version 1. ter Braak. Agricultural Mathematics Group. Exeter Publishing Ltd. principal components analysis and redundancy analysis (version 2.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) Notas técnicas Bibliografia Hill. DECORANA.

Não é possível discutir as propriedades de todos os coeficientes dentro deste manual.UTOs . oferecendo diversos coeficientes de semelhança e distâncias amplamente utilizados para estudos ecológicos e taxonômicos. COEF SAOJOSE vai utilizar o arquivo SAOJOSE. ainda. recomendo Dunn & Everitt (1982). Utiliza. O programa tem. 1 . um arquivo LST contendo a listagem. Também é possível imprimir e manipular em várias maneiras a matriz de coeficientes produzida. COEF SAOJOSE SAOPAULO vai utilizar o arquivo SAOJOSE.FPC como saida. contendo dados numéricos (quantitativos).FPM como entrada e SAOPAULO. a matriz calculada pelo COEF a partir de um arquivo “FPM” deste tipo será uma matriz de semelhanças entre amostras. se optar pela impressão da matriz. e o programa cria automaticamente um arquivo “FPC” com o mesmo nome do arquivo de entrada. COEF permite o cálculo e armazenamento de uma matriz deste tipo. Caso quiser fazer uma comparação entre espécies. Para diversos tipos de análise. ou na opção de modificação de matriz no próprio COEF. Normalmente é necessário especificar somente o nome do arquivo “FPM”. Para informações mais completas. Como as comparações normalmente são simétricas. Pielou (1984) e Sneath & Sokal(1973). como entrada. algumas facilidades para comparar matrizes e converter entre diferentes formatos de arquivo. e portanto. contendo uma matriz de dados onde as linhas da matriz representam os objetos a serem comparadas. basta especifica-lo como segundo nome de arquivo quando chama o programa .na literatura de taxonomia numérica). e tem facilidades para calcular distâncias geográficas entre localides quando fornecido com os coordenados correspondentes. na forma de uma matriz triangular. Normalmente.PROGRAMA COEF Função O programa “COEF” permite o cálculo e gravação de matrizes de coeficientes de distância ou semelhança para uso em análise de aglomerados e análise de coordenados pricipais. A matriz normal produzida pelo programa CRIAMAT coloca as amostras como linhas. o uso deste programa é essencial para produzir as matrizes necessárias para análise de aglomerados. Arquivos necessários O arquivo de entrada para este programa é um arquivo de tipo “FPM”. As saidas do programa são um arquivo do tipo “FPC” contendo a matriz de coeficientes e. binários (presença/ausência) ou mixtos (com diferentes tipos de variáveis). Clifford & Stevenson (1975). é necessário armazenar somente a metade da matriz.LST. caso pede uma listagem da matriz). é essencial calcular uma matriz que mostra o grau de semelhança ou dessemelhança entre uma série de amostras ou espécies.por ex.FPC como saida (e SAOJOSE. Se por alguma razão você prefere um outro nome para o arquivo “FPC”. Introdução Este programa serve como elo de ligação entre as matrizes de dados produzidas pelos programas CRIAMAT e MATRIZ e os programas CLUSTER e ORD (quando se deseja utilizar Análise de Coordenados Principais). Legendre & Legendre (1983). Gordon (1981). ou na hora de produzí-la. não importando se você compara objeto A com B ou B com A.FPM como entrada e produz SAOJOSE. Por ex. Esta matriz contém todas as possíveis comparações entre pares dos objetos sendo comparados (também conhecidos como Unidades Taxonômicas Operacionais . matrizes retangulares de dados no formato “FPM”.. precisa transpor a matriz “FPM”.

Ao escolher esta opção. *calcular. aparece um menu de coeficientes mostrando todos os coeficientes disponiveis no programa para o tipo de arquivo de dados escolhido (binário.Ochiai P .distancia euclidiana quadrada B .Canberra incl. Horn) L .Morisita (mod. quantitativo ou mixto). quadrada media D .Marczewski-Steinhaus Q .diferenca de forma I . Você só vai poder selecionar o coeficiente após a leitura do arquivo de dados. euclid.distancia euclidiana quadrada B . Segue a explicação de cada ítem :LER . I .Canberra excl.0 dupl.Bray Curtis G .diferenca de tamanho H .Tanimoto R .Jaccard M .distancia euclidiana media E .ler o arquivo de dados.Rogers . Para dados binários A .Kulczynski O .correlacao P .FITOPAC .Hamann S .Kulczynski R .distancia manhattan total F . euclid.FPC no.versão 1 Utilização Tela principal : Arquivos Rotas Ler Coef. *modificar. quadrada media D .Gower S .diferenca de forma O .distancia corda M .diferenca de tamanho N .Yule T . formato. Os itens marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de selecionar um arquivo de entrada.Baroni .distancia manhattan media G .distancia euclidiana simples C .“simple matching" L .distancia euclidiana simples C . após o cálculo dos coeficientes.Distancia geografica 2 .Marczewski-Steinhaus K .correlacao J .Urbani & Buser Q .selecione o tipo de coeficiente que deseja calcular.distancia manhattan media F . de variables : 200 [0] Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Coeficiente atual : distancia euclidiana simples test data set . de objects : 11 [0] Arquivo saida : MAT1.Bray Curtis H . fOrmato Modificar calcUlar Imprimir Manipular Sair Escolher o coeficiente a ser calculado -----------------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : MAT1. COEF[ICIENTE] .Morisita K . imprimir e manipular.chi-quadrado com Yates Para dados quantitativos A .succesive 10 % overlaps As opções oferecidas no menu principal são Ler.dist.distancia euclidiana media E . e no caso de imprimir.chi-quadrado U .FPM no.0 dupl.dist. J . *coef.Dice/Sorenson/Czekanowski N .

calcular o complemento de uma matriz de coeficientes e calcular o coeficiente de correlação cofenética entre duas matrizes. IMPRIMIR . MODIFICAR . efetivamente não existe limite para o número de caracteres.veja a seção “Limitações e Problemas” para informações sobre possíveis incompatibilidades. cOmbinar conVerter comPlemento coFenetica Continue Combinar 2 ou mais matrizes de coeficientes ------------------------------------------------ ------------------------------------------------------F1 Ajuda. FORMATO . especialmente onde o número de objetos é grande. F4 Impressora. Tome cuidado com esta opção pois a listagem obtida pode ser muito volumosa. Lembre que o número de coeficientes na matriz é uma função do número de objetos ao quadrado ! A impressão de uma matriz de coeficientes destrui a matriz de dados que está na memória do micro e será necessário re-ler a matriz para calcular mais coeficientes. Veja o capítulo “Opções comuns a vários programas” para uma descrição mais detalhada desta opção. Veja a seção “Limitações e problemas” para mais informações. F10 Sair Segue uma descrição de cada opção :COMBINAR . Manipulando matrizes COEF oferece algumas facilidades para manipulação de matrizes de coeficientes. F5 Gravar config. Para dados mixtos.escolher o formato do arquivo de coeficientes . calcular um coeficiente para cada matriz. abre a seguinte tela:- . Desta maneira. 2 com 250 caracteres e um com 150 caracteres. alem de transpor e imprimir a matriz de dados e acesso à planilha para inspeção e modificação de dados individuais.) Veja a seção “Manipulando matrizes”. Por exemplo. e depois combinar estas matrizes (dando um peso proporcional ao número de caracteres para cada um) para dar uma matriz final que é equivalente à matriz calculada diretamente utilizando todos os caracteres de uma vez.imprime a matriz de coeficientes num arquivo que terá o nome do arquivo de saida com a extensão “LST”. e o programa dará uma mensagem de erro se tentar. não seria possível calcular uma matriz de coeficientes diretamente pois o máximo de caracteres quantitativos é 250. somente o coeficiente de Gower é disponível. eliminar ou mascarar linhas ou colunas da matriz. As transformações são particularmente importantes pois é necessário transformar as colunas da matriz antes de calcular muitos coeficientes. Canberra e Manhattan média). Para dados binários. Não é possível combinar distâncias com semelhanças. As modificações disponíveis incluem transformar. embora o limite para o número de objetos (400) continua válido. Mas voce pode criar 3 arquivos de dados.esta opção é muito importante pois permite a modificação da matriz de dados antes de calcular os coeficientes.permite combinar duas até quatro matrizes em uma matriz só. Ao selecionar esta opção. se tiver uma matriz com 650 caracteres quantitativos. Estas incluem a possibilidade de combinar duas ou mais matrizes de dados. F3 Selecionar.permite manipular arquivos de coeficientes (combinar arquivos. alguns coeficientes são exatamente iguais (por ex. converter entre formatos de arquivo. CALCULAR . etc.inicia o calculo da matriz de coeficientes e a gravação do arquivo “FPC” onde são armazenados.programa COEF (manual versão 30/04/98) Note que nem todos os coeficientes são aplicaveis com qualquer tipo de dados de entrada . O principal uso desta opção é em casos onde você tem demais caracteres para calcular a matriz de coeficientes diretamente.pode ser FITOPAC (FPC) ou NTSYS. Você também pode utilizar esta facilidade para criar matrizes que combinam diferentes tipos de caracteres. MANIPULAR .

1.NTSYS > FITOPAC C . Este peso normalmente é igual ou proporcional ao número de caracteres usados para produzir cada matriz. mas pode ser usado com outras matrizes e não somente com a dendrograma. aparece um menu mostrando as conversões disponíveis :- A .SYSTAT > FITOPAC em seguida. COFENETICA . transformando similaridade em distância.00 0. Ao escolher esta opção.calcula o coeficiente de correlação cofenética entre qualquer par de matrizes e mostra um gráfico plotando os valores da primeira matriz contra os valores correspondentes da segunda matriz.00 0. caso queira alterar o equilibrio entre as matrizes. junto com o peso a ser dado a cada uma. aparece uma tela pedindo os nomes dos arquivos de entrada e saida a serem usados na conversão :Arquivos Arquivo de entrada ? : MAT1.permite converter arquivos de um formato para outro (por ex. Semelhante à opção para correlação cofenética em programa CLUSTER.00 0.DAT COMPLEMENTO . 4 . O valor do coeficiente na matriz final é calculado a partir da seguinte expressão C f = pC+pC +pC +pC 1 1 2 ∑p i =1 2 4 3 3 4 4 i onde Ci é o valor do coeficiente em matriz 1 e pi é o valor dado para o peso para matriz 1.isto é.calcula o complemento da matriz de coeficientes .0 . mas você pode usar outros pesos. FITOPAC → SYSTAT ou NTSYS). Repare que só pode ser usado com matrizes do mesmo tamanho.00 Nome de arquivo FPC contendo matriz de coeficientes Você pode entrar com os nomes de até quatro matrizes que serão combinadas. CONVERTER .FITOPAC .o valor de similaridade.FITOPAC > NTSYS B .versão 1 Arquivos a serem combinados arquivo nnnnnn nnnnnn nnnnnn nnnnnn peso 0.FPC Arquivo de saida ? : MAT1.FITOPAC > SYSTAT D .

pois o programa ignora comparações individuais onde faltam dados.geralmente ocorre quando se usa um coeficiente de correlação.em uma ou mais variáveis. e a matriz não pode ser usada. Para dados qualitativos (presença/ausência). não foi possível medir um ou mais dos objetos sendo estudados. devido a limitações de espaço. Não pode ter dados faltando ! Mensagens de erro O programa produz uma mensagem de erro quando encontra uma situação que produzirá uma matriz com valores que não são válidos. em casos onde você pretende modificar a matriz de dados e calcular diversos coeficientes. Em geral. é necessário somente recarregar a matriz após a impressão. É possível que ocorra uma situação onde ambos os objetos tem aproximadamente a metade dos dados faltando. no. recomenda-se o uso da distância média pois a presença de dados faltando vai diminuir a distância total calculada. SP ficariam : -22. pois os coeficientes calculados não são muito confiaveis. Valor do coeficiente não definido . Esta situação geralmente ocorrerá em matrizes com muitos valores faltando. o limite é 250 colunas. ocorre 5 . o programa mostra uma mensagem de erro e para o processamento da matriz.08 de longitude.a causa desta mensagem é a ausência de valores válidos para algum par de objetos. qualquer modificações que foram feitas na matriz de dados são perdidas. Assim. e se você quiser calcular outos coeficientes utilizando a mesma matriz modificada. Como não é possível armazenar os coeficientes calculados junto com a matriz de dados originais na memória RAM do micro. A única maneira de resolver este problema é de eliminar um ou ambos os objetos envolvidos ou completar a matriz com dados novos. Neste caso.programa COEF (manual versão 30/04/98) Dados faltando Embora não seja tão comum em matrizes de dados ecológicos. uma variável é rejeitada se um ou outro ou ambos os objetos tem dados faltando para esta variável. Portanto. e um ou ambos os objetos tem exatamente o mesmo valor para todas suas variáveis. matrizes com muitos dados faltando devem ser tratados com bastante cautela. Com dados binários. porém. acima. de comparações validas = 0 . Latitudes ao Sul devem ser negativos e longitudes Oeste também. Os coordenados geográficos devem estar em graus decimais (i.88 de latitude e -47. Veja o comentário em “Dados faltando”. Limitações e problemas O número máximo de objetos é 400. Veja Dunn & Everitt (1982) e Clifford & Stephenson (1975) para uma discussão deste ponto. A presença de dados faltando na matriz de dados não é um problema na maioria dos casos. Um outro problema que pode surgir é a falta de comparações válidas. se possível. ou completando a matriz com mais dados reais para estes objetos. Neste caso. Depois pode imprimí-las utilizando a opção de nome de arquivo na operação de impressão para controlar quais matrizes são impressas. os coordenados para a cidade de Campinas. Note que a opção de impressão pode imprimir qualquer matriz tipo “FPC” e não está restrita ao último arquivo gravado.se não for usada a distância média. No caso de distâncias eclidianas e manhattan. e neste caso. Este ponto é particularmente importante se tiver alguns objetos com muitos dados faltando . Este problema pode ser evitado por eliminação de um ou ambos os objetos envolvidos. Como alternativo. calcule todas as matrizes de coeficientes primeiro. permite utilizar um número quase ilimitado de variáveis (veja a seção “Manipulando matrizes"). pode criar uma matriz já modificada utilizando CRIAMAT ou MATRIZ. a matriz resultante vai subestimar as distâncias para estes objetos. No caso de cálculo de distância geográfica. graus + (minutos + segundos/60)/60) com latitude na primeira coluna da matriz e longitude na segunda. quando você seleciona a opção para imprimir a matriz de coeficientes. precisará refazer todas as modificações. caso haja um número grande de dados faltando. e não é possível ler uma matriz com mais que 400 linhas nesta versão. porém. existem algumas limitações importantes. O resultado vai ser uma tentativa de calcular semelhança ou distância entre objetos que não tem nenhum variável válida em comum. recomendo que. No cálculo do coeficiente entre dois objetos. mas cada um tem variaveis diferentes faltando. Para matrizes de dados quantitativos. O número máximo de colunas (variaveis) depende do tipo de matriz.e. o limite é 1000 colunas. o programa precisa remover a matriz de dados da memória RAM. O uso das facilidades para combinar matrizes. O coeficiente é calculado somente com base nas comparações válidas entre os objetos. matrizes de dados taxonômicos frequentamente contém dados faltando .

versão 1 quando d e (b ou c) tem valores de 0. as formulas utilizam a seguinte tabela :- UTO i + - U T O j + a b - c d onde a é o número total de variaveis onde amostras i e j ambos tinham o valor “1”. ik x x ik é a média das observações para amostra i. ou alterando a codificação das variáveis. para todas as variáveis de 1 a N. Quando se opta pela impressão da matriz de coeficientes. 6 . N é o número total de variáveis. para variáveis contínuas.FITOPAC . Para dados binários. mas são gravados imediatamente no arquivo “FPC”. M é o número total de amostras (UTOs). etc. Distância euclidiana simples d ij = d 2 ij d ij = (b + c) para dados binários. Nas definições. a cópia da matriz de dados que está na memória RAM é destruida e os coeficientes recuperados do arquivo “FPC” para impressão. devido ao problema de armazenar a matriz de dados e a matriz de coeficientes ao mesmo tempo. Notas técnicas Os coeficientes não são armazenados em RAM. b onde amostra i tinha o valor “0” e amostra j o valor “1”. As formulas utilizadas para calcular os coeficientes são descritas abaixo. coeficientes que utilizem dados quantitativos - Distância euclidiana quadrada 2 d ij=∑ ( xik − x jk ) 2 k =1 N d 2 ij = (b + c) para dados binários. Pode ser corrigido removendo um ou ambos os objetos. com N variáveis e M amostras :é o valor observado para variável k na amostra i. os seguintes símbolos são usados :Para uma matriz de dados X.

Esta é a forma original e mais comum deste coeficiente. d CANij = (b + c ) . 1975). excluindo zero duplo (a + b + c ) 7 . N Distância euclidiana média d ij = d N 2 ij d ij = (b + c ) para dados binários. N Distância Manhattan total {"city block metric"} d Mij=∑ xik − x jk k =1 N d Mij =(b + c) para dados binários.programa COEF (manual versão 30/04/98) Distância euclidiana quadrada média d 2 ij = d N 2 ij d 2 ij = (b + c ) para dados binários.Curtis d BC = ∑ x −x ∑ (x + x k =1 ik k =1 N ik N jk d jk BC = ) (b + c ) para dados binários [ 2 a +(b + c)] "Canberra metric” incluindo zero duplo d CANij = 1 N x −x ∑( + x x N ik ik k =1 jk jk ) d CANij = (b + c ) para dados binários N "Canberra metric” excluindo 0 duplo igual ao anterior. Distância Manhattan média {"Mean Character Difference"} d Mij= 1 N ∑ − N k =1 x ik x jk d Mij = (b + c ) para dados binários N Bray . mas excluindo comparações onde ambos as amostras tem o valor 0. (veja Clifford & Stephenson. para dados binários.

e Ni = no. Morisita modificado por Horn i ∑n igual ao anterior.FITOPAC . mas λ = N i 2 ik 2 Distância corda d ij = 2(1 − cos θ ) onde cos θij = ∑x x k =1 ik M 2 M k =1 ik k =1 M jk 2 jk ∑x ∑x Diferença de tamanho d ij = d ij = ou N N 1 (∑ xik − ∑ x jk ) 2 N 2 k =1 k =1 ou d ij = (b − c ) 2 para dados binários N2 Diferença de forma N N 2 1 N 1 ( xik − x jk ) − N 2 (∑ xik − ∑ x jk )2 ∑ N k =1 k =1 k =1 d ij = N (b + c)−(b − c) 2 para dados binários N2 Correlação r ij = ∑ (x − x )(x − x ) ∑ ( x − x ) ∑ (x − x ) ik i jk j 2 ik i jk j 2 r ij = ( ad − bc) (dados binários) ( a + b )( c + d )( a + c)(b + d ) Marczewski-Steinhaus S St = 2∑ min( xik . espécie k. de indivíduos em amostra i. x jk ) (∑ xik + ∑ x jk ) k =1 k =1 k =1 M M M ou = SSOR para dados binários Distância geográfica . É fornecida para permitir comparações entre matrizes de 8 . total de indivíduos em amostra i.Esta opção calcula a distância em kilómetros entre dois pontos na superficie da terra quando são fornecidas as latitudes e longitudes dos pontos.versão 1 Morisita C = Lij (λi + λ j) N i N j 2 ∑ nik n jk onde λ = i ∑ n (n − 1) N ( N − 1) ik ik i i nik = no.

sin LATj + cos LATi. é cosθ ij = sin LATi. 1988) Em geral.Urbani & Buser S S S BUB = ad + a ( ad + a + b + c) Rogers-Tanimoto RT = = (a + d) (a + d)+ 2(b + c) (a + d) − (b + c) (a + b + c + d) Hamann H Yule S Y = ad − bc ad + bc 9 . e a distância em kilómetros entre os pontos é dado por dist ij = 2π .programa COEF (manual versão 30/04/98) semelhança e distância geográfica entre os locais representados na matriz de semelhança. Embora a atual versão de FITOPAC não inclui o teste de Mantel. A formula usada para calcular a distância entre dois pontos. (Butler & Bell. como o raio médio da terra. i e j. os resultados são bastante satisfatórios.cos( LONGi − LONGj ) onde θij é o angulo entre os dois pontos.6371.cos LATj. é fácil converter os arquivos produzidos aqui ao formato NTSYS e utilizar este programa para realizar o teste. utilizando o teste de Mantel.. θ 360 ij o utilizando 6371 km. mas pode haver problemas no caso de localidades que são muito próximos (menos que 10 minutos de ângulo de separação) devido ao acúmulo de erro no cálculo. coeficientes que utilizem dados binários - Concordância simples {"Simple matching"} S SM = (a + d) N Jaccard S JAC = a (a + b + c ) Dice/Sorenson/Czekanowski S S KUL SOR = 2a (2 a + b + c ) Kulczynski 1 a a = [ + ] 2 ( a + b) ( a + c ) Ochiai S OCH = a [(a + b)(a + c)] Baroni .

0 wk = 1. 10 . J. Cambridge University Press. então wk = 0.T.0 SG = ∑ wk S k =1 N k ∑w k =1 N k Bibliografia Butler. Pielou. & Sokal. London. London. San Francisco. An Introduction to Mathematical Taxonomy. Legendre. Academic Press. Freeman. Chapman & Hall. Harlow.R.D. se Xik ou Xjk está faltando. Longman. H. & Legendre. Clifford. England.quadrado χ 2 ij = N (ad − bc) 2 (a + b)(c + d)(a + c)(b + d) N ( ad − bc − N ) 2 χij = (a + b)(c + d)(a + c2)(b + d) 2 Chi . R. & Everitt. 1983.D.quadrado com correção de Yates Coeficients para misturas de varíaveis Coeficiente de Gower W é o peso para cada comparação. 1981. & Stephenson 1975.0 se Xik = Xjk Sk = 1. Sneath. 1973. A. 1982.0.0 min k para variáveis multiestado para variáveis binárias Sk = 1. B.C. E. 1984. Elsevier.C. An introduction to numerical classification. & Bell.versão 1 Chi .M. Classification.S.0 se Xik = Xjk = 1 wk = 1.H. P. P. Para cada variável. L. Interpretation of Geological Maps. para variáveis quantitativas : Sk = ( X ik − max k X X −X jk ) w k = 1. k. Wiley.FITOPAC . 1988. B. Gordon. Dunn. Numerical Taxonomy. The Interpretation of Ecological Data. Numerical Ecology.A. G.

mais ou menos objetivamente. Quando você chama o programa. Produz dendrogramas dos agrupamentos obtidos e fornece várias análises suplementares.LST’ como arquivo de saida.FPC’. Os exemplos utilizados neste manual serão quase inteiramente ecológicos. correlação ou distâncias produzido pelo programa ‘COEF’. e manda toda a saida para este arquivo. em muitos casos. Caso você queira utilizar um arquivo com outra extensão. não é necessário bater a extensão.FPC’. as relações entre amostras e até que ponto nos podemos reconhecer subconjuntos que mostram mais semelhança entre si e que podem ser considerados como classes ou grupos distintos. mas o programa pode ser usado para análises de qualquer tipo de dados onde são válidas estas técnicas. Esta técnica. tem sido amplamente usada em ecologia e atualmente é empregada extensamente em campos de estudo variando de literatura até geologia. Arquivo de entrada : O programa utiliza um arquivo de coeficientes de similaridade. Manly (1986). e o program vai pedir o nome de um arquivo tipo ‘. nem quantos grupos realmente existem na coleção de objetos. até que permanece somente um grupo. Portanto. O programa já supoe que o arquivo de entrada tenha a extensão ‘. considerando-se cada objeto (parcela ou amostra de vegetação) como um grupo inicialmente.por ex. o arquivo ‘NOME. Pielou (1984) e Sneath & Sokal (1973) para uma discussão mais ampla da teoria e aplicações de análise de agrupamentos. inclui uma vasta diversidade de métodos.LST’. na realidade. com extensão e tudo. todos do tipo ‘hierârquico . Estes partem de uma matriz de semelhança ou distância. Gordon (1981). Não se pode usar um outro tipo de arquivo como entrada . No atual programa. é fornecido um conjunto de oito métodos de agrupamento. É uma maneira de se investigar. O termo ‘Análise de agrupamentos’. será preciso um arquivo contendo a matriz de dados. chamando o programa com a linha ‘CLUSTER POCOS’’. representa a hierarquia de grupos. Arquivo de saida : Quando não se especifica um arquivo de saida. (contendo uma matriz de coeficientes) e um arquivo de saida (onde os resultados serão gravados).PROGRAMA CLUSTER Função Este programa produz uma análise de agrupamentos (cluster analysis) a partir de uma matriz de coeficientes de similaridade ou distâncias. será usada o arquivo ‘POCOS. incluindo a maioria dos métodos comuns como média de grupo e vizinho mais próximo.FPC’ como arquivo de entrada e ‘POCOS. automaticamente.aglomerativo. embora utilizada inicialmente em estudos taxonômicos. como coeficiente de correlação cofenética e análises das propriedades dos grupos obtidos.aglomerativo’. matriz esta usada para calcular os coeficientes. Everitt (1980). o programa cria. assim. um mensagem de erro aparecerá.se você utilizar um outro tipo de arquivo. successivamente. . 1 . com propriedades e filosofias diferentes. Utilização Arquivos necessários São necessários: um arquivo de entrada. é necessário bater o nome completo deste. e juntando o par de grupos mais próximos. baseando-se em algum conjunto de características destes objetos. um diagrama que mostra o nível de semelhança entre os grupos. e. São extremamente diversas as aplicações da análise de agrupamentos. CLUSTER ENTRADA SAIDA”. Introdução Análise de agrupamentos é uma técnica que é utilizada para formar grupos de objetos ou UTOs (Unidades Taxonômicos Operacionais). Permite utilizar diversos tipos de agrupamento hierarquico . Devem ser consultados os livros de Clifford & Stevenson (1975). Um dendrograma. Esta técnica é utilizada em situações onde não temos uma ideia pré-formada da delimitação dos grupos. Se você quer analisar os grupos formados. Dunn & Everitt (1982). E no critério utilizado para decidir qual é o par de grupos mais próximos em cada passo da análise que os métodos diferem. você pode especificar os arquivos de entrada e saida na linha de comando.

batendo a letra apropriada ou utilizando as setas e <ENTER>. embaixo). Segue uma descrição de cada comando :METODO .selecione o metodo de agrupamento que deseja utilizar. mandar a saida diretamente para a impressora.RES’.FPM’ que contém os dados originais utilizados para calcular a matriz de coeficientes de distância ou semelhança. As opções de tipo de agrupamento são apresentados no menu ‘Tipo de agrupamento desejado’ e a opção desejada pode ser escolhida. que certas combinações de coeficiente e método de agrupamento podem criar problemas (veja limitações e problemas.versão 1 Caso você queira especificar o nome do arquivo de saida. *dEsen. ‘CLUSTER POCOS POCOS. Os comandos marcados com um asterísco estão disponíveis somente depois de produzir um dendrograma utilizando o comando “Dendr”. Dados O programa aceita qualquer um dos coeficientes produzidos por ‘COEF’. 2 . Dendro. será também preciso o arquivo ‘.RES’ vai utilizar ‘POCOS. correlação e diversos tipos de distância (veja a descrição do programa COEF para detalhes destas opções). *Cofen e *Grupos. Pode-se. também. batendo ‘IMP’ para o arquivo de saida.por ex.FITOPAC .FPC’ como entrada e os resultados serão colocados no arquivo ‘POCOS.LST Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Metodo atual : Media de grupo (UPGMA) Os principais comandos disponíveis são : Metodo. *Imprimir.FPC Arquivo saida : A. incluindo diversas medidas de semelhança.abaixo). Note. Tela principal Arquivos Rotas Metodo Dendro dEsen Imprimir Cofen Grupos Sair Escolher o metodo de agrupamento a ser usado ———————————————————————————————————————— —— arquivos Arquivo entrada : A. bate este nome após o nome do arquivo de entrada. lembrando de deixar um espaço entre os dois . No caso de se utilizar a opção de saida de “Analisar os Agrupamentos” (veja “Opções de Saida” . porém.

vários autores utilizam este método com outros tipos de coeficiente (Wishart.Metodo de Ward (Variancia minima) H . São oito. 1987). (Complete linkage. aglomerativo. onde a distância de ligação entre dois grupos pode ser inferior ao nível de ligações anteriores. A próxima ligação será feita utilizando o par de grupos que produz o menor aumento neste soma. vizinho mais próximo) O critério utilizado para ligar dois grupos neste método é a distância mínima (ou semelhança máxima) entre qualquer par de objetos. (Single linkage.Sneath & Sokal (1973). Ligação completa. Este método pode produzir ‘inversões’ no dendrograma. Este método é compatível com distância euclidiana e coeficientes de diferença de tamanho e de forma. (Ward’s method. ser interpretados com bastante cautela. é o critério utilizado para decidir se dois grupos devem ser ligados. WPGMA.Media de grupo (UPGMA) D . sem considerar o seu tamanho. nearest neighbour. utiliza um critério que é exatamente o contrário da ligação mínima. Compatível somente com coeficientes de distância. sem a formação de grupos nítidos. maximum method. (Centroid. Da mesma maneira que a média ponderada. mas este método não é tão extremo como o método de ligação completa. apesar de qualquer diferença em tamanho. Também está sujeito a inversões no dendrograma. como no método anterior. É compatível com qualquer tipo de coeficiente. O método é compatível com qualquer tipo de coeficiente. Compatível com qualquer coeficiente. Este critério resulta em grupos extensas e ‘straggling’. o critério utilizado para ligação dos grupos é a média de distância ou semelhança de todos os pares de objetos com um em cada grupo. minimum method. hierárquico. UPGMC) O critério usado neste método é a distância entre os centroides ou vetores de médias dos grupos sendo comparados.sequencial. mas concede peso igual para os grupos. frequentamente formando uma ‘cadeia’ ou ‘escada’. Teoricamente. (Weighted average. Média de grupo. então.Mediano G . Teoricamente. e você pode utilizar estes coeficientes se ignorar os avisos do programa. minimum variance) Neste caso. O método tende a produzir grupos compactos e esféricos. a distância máxima (ou semelhança mínima) entre qualquer par de objetos.Media ponderada (WPGMA) E . é utilizada como critério para ligação de grupos. sendo um de cada grupo. Ligação completa. Esta escada é caracterizada pelos objetos ligando-se um a um. aparentamente com resultados bons. no total :Ligação mínima. porém.Ligaçao completa C . a se formar . tende a dar pesos iguais aos grupos. McQuitty’s similarity analysis) Este método é semelhante à média de grupo. deveria dar resultados melhores onde grupos de tamanhos muito diferentes estão sendo comparados. Média ponderada. Mediano. A transformação utilizada no programa não é compatível com coeficientes de similaridade ou correlação. weighted centroid. portanto. 3 . group average) Aqui.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Tipo de agrupamento desejado ? A . UPGMA. sem sobreposição . um de cada um dos dois grupos. furthest neighbour. Método de Ward. a soma dos quadrados das distâncias entre os membros de um grupo e o centroide do grupo . vizinho mais distante) Neste método. e tem a tendência de formar grupos extremamente compactos e esféricos. Centróide.Metodo flexivel Todos os métodos de agrupamento são do tipo SAHN . WPGMC. Grupos relativamente compactos e esféricos tendem. (Median. este método só faz sentido quando utilizado com distância euclidiana quadrada.Ligaçao minima B . Apesar disso.Centroide F . Os resultados devem. centroide ponderado) Este método é a variante ponderada do centroide. (Average linkage.

o dendrograma ocupa uma página para cada 30 objetos. melhor é a representação dos dados originais fornecida pelo dendrograma. Qualquer outra tecla volta à tela principal.FITOPAC . pode utilizar o comando “Grupos” . assim permitindo determinar quais variávies são importantes na separação dos grupos. nem sempre dá a classificação mais satisfatória. Lance & Williams sugerem que um valor perto de -0. mas. 1973). < 0. Este coeficiente. O programa também fornece um gráfico. 1980) indiquem uma má classificação ou que os agrupamentos não são satisfatórios. mas se o número de objetos é grande. O tempo de processamento necessário é proporcional ao quadrado do número de objetos sendo agrupados. plotando os valores da matriz de coeficientes original contra os valores cofenéticos do dendrograma (figura 3). portanto.0 até (mas não incluindo) 1. É especialmente importante aqui a possibilidade de se inspecionar as variáveis originalmente usadas para produzir a matriz de semelhança/distância. no formato mostrado na figura 2.e valores relativamente altos do coefiente de correlação cofenética são possíveis em situações onde ocorre distorção razoável na classificação produzida.versão 1 Método flexível. 1973). Se quiser usar o valor sugerido pelo programa (-0. o programa pede um valor para beta. sem o uso do modo gráfico. Este método é compatível somente com distância euclidiana e não com correlação.Analizar os agrupamentos. análises de grandes números de objetos levarão muito mais tempo que análises menores. Com valores positivos de beta.FPM” usado para produzir a matriz de coeficientes se você pretende realizar análises das variáveis originais. variando o valor de beta. utilizando o método de agrupamento especificado. O valor deste coeficiente serve como indicador. No caso de análises com um número grande de objetos.7 . semlhantes a ligação completa.O dendrogram é desenhado na tela (figura 1) quando se escolha esta opção. Você pode imprimir a tela resultante apertando Ctrl-P (veja ‘Imprimindo gráficos’). DESEN[HAR] . 4 .imprime o dendrograma usando o conjunto normal de caracteres da impressora. COFEN[ÉTICO] . entre os valores -1. especialmente nos níveis inferiores. mas. Atualmente. é conhecido que o método de Média de Grupo (UPGMA) sempre otimiza a correlação cofenética (Gauch. é possível simular o efeito de diversos métodos de agrupamento. mas valores perto de -1. opção que tem facilidades para selecionar e aumentar partes do dendrograma. pode-se usar a opção imprimir o dendrograma. Este tipo de critério deve ser usado com bastante cautela não existe um teste de significância satisfatório . Além disso.0 produzem agrupamentos muito compactos. oferece uma maneira de escolher entre classificações alternativas.25 geralmente é satisfatório. Beta. 1982). e onde estão ocorrendo estes problemas (Sneath & Sokal. o método produz resultados semelhantes a ligação mínima. Portanto. de preferência no mesmo disquete ou sub-diretório que a matriz de coeficientes. deve-se utilizar diversos critérios para tomar uma decisão sobre a validade de uma classificação. e a listagem pode ser extensa no caso de análises com grande número de objetos.Everitt. só precisa bater <ENTER>. (Lance_Williams’ flexible method) Este método foi proposto por Lance & Williams (1967) e permite variar um parâmetro. e. Esta opção calcula a correlação entre a matriz de coeficientes original e a matriz de valores cofenéticos que corresponde ao dendrograma produzido na atual análise.0. GRUPOS .calcula o valor do coeficiente de correlação cofenético (Sneath & Sokal. Portanto. Alternativamente. o dendrograma vai parecer muito ‘apertado’. Se esta opção é escolhida.Este comando inicia o cálculo do dendrograma a partir da matriz de coeficientes fornecida no arquivo de entrada. em micros mais lentos que não tem co-processador numérico. na prática. e existem sugestões que valores baixos (por ex. Caso você queira analisar os agrupamentos menores. DENDRO . O gráfico dá uma idéia melhor de possíveis distorções da matriz original. podem requerer várias horas de cálculos. Esta opção produz uma listagem do dendrograma no arquivo de saida.Esta é a opção mais complexa pois fornece diversos tipos de análise dos agrupamentos presentes no dendrograma atual. Note que é essencial ter o arquivo “. IMPRIMIR . dendrogramas que contém inversões não são corretamente impressos. embora os principais divisões (geralmente os mais importantes e interessantes) ainda serão evidentes. Em geral. a listagem será extensa . Neste formato. quanto mais alto o valor desta correlação.25).

Sair Definir os grupos para analise ______________________________________________________________ Metodo atual : Media de grupo (UPGMA) Segue uma descrição da função de cada comando :DEFINIR . . O cursor indica o nó ativo. Se você pretende analisar grupos ‘encaixados’ desta maneira. no dendrograma de fig. utilizando as teclas de seta. As teclas usadas para “navegação” são as seguintes :- ¤ mude para o ramo à direita ¥ mude para o ramo à esquerda £ mude para o nó anterior (¢ não tem função aqui) §+ ¤ mude para o objeto mais à direita deste grupo §+ ¥ mude para o objeto mais à esquerda deste grupo + ² Vai até a raiz do dendrograma amplia (“zoom”). deixando claro qual é a parte do dendrograma que está sendo selecionada (fig. voltando a esta opção uma vez que o primeiro nível de análises foi feito. 5). 5 . aperte a tecla <ESC> para continuar. e depois aperta a tecla <ENTER>.esta opção simplesmente imprime no arquivo de saida uma lista dos membros de cada grupo selecionado (fig. examinando e escolhendo grupos para análises mais aprofundadas. « escolher o ramo atual para análise µ “desfazer” a escolha de um grupo ° terminar escolha de grupos e continuar análise. 4. O primeiro passo é de selecionar os grupos que você pretende analisar. especialmente em dendrogramas mais “apertados". Note que a escolha de um grupo anula qualquer escolha anterior envolvendo aquele grupo. 4). o programa apresenta um gráfico do dendrograma (fig. a escolha do nó acima de grupos 1 e 2 vai anular estes grupos e criar um novo grupo 5 que contém os membros dos dois grupos originais.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Definir Membros Var Grupo Box/whisk Acres. voltando ao dendrograma original. No dendrograma de fig. Você pode “navegar” ao redor do dendrograma. 4). 4). Quando você escolhe um grupo. preenchendo a tela só com este ramo.Imprimir listagem dos membros dos grupos .desfazer o aumento. já foram selecionados 4 grupos. precisa fazer mais que um ciclo de análise. Pode-se voltar quantas vezes quiser a este opção. com um cursor apontando para o nó que representa a raiz do dendrograma.Depois da escolha desta opção. aparece um quadrado ao redor da raiz do grupo junto com o número dado para este grupo (fig. Permite examinar um ramo em mais detalhe. Para selecionar um grupo. 4. MEMBROS . Por exemplo. e o ramo do dendrograma associado é desenhado com uma linha pontilhada. você posiciona o cursor no nó do dendrograma que é a raiz do grupo (ou ramo do dendrograma) que se pretende analisar. Quando terminar a escolha de grupos.

Também pede uma lista das variáveis que devem ser usadas. a colocação dos objetos nos ‘grupos’ é um tanto arbitrária. Ligação mínima produz dendrogramas que normalmente são de pouca utilidade na maioria de situações reais. este método frequentamente produz 6 .no. Esta situação parece ser mais comum em estudos taxonômicos. pois consegue seguir as configurações mais complexas.e. BOX/WHISK . muito compactos. mas.voltar à tela principal. porém. e grupos que são formados somente com o uso deste método devem ser vistos com uma certa ‘desconfiança’. onde grupos bem irregulares podem ocorrer com mais facilidade. SAIR . é que este método vai produzir ‘grupos’. Mas em casos onde os grupos tem formas estranhas. Neste caso. Milligan. temos uma distribuição contínua. dentro da caixa). Milligan & Cooper. e os extremos da caixa representando os “quartiles". usando “Systat". e tende a ser insatisfatória como classificação. fornecendo média. e 50 % dos membros caiem dentro da faixa entre os “quartiles” (i. o processo de ‘encadeiamento’ (chaining).FITOPAC . Inevitavelmente. é apresentado somente uma linha representando o máximo e mínimo do grupo. Mostra. por outro lado. onde as amostras se ligam com o dendrograma uma por uma. Os vários levantamentos feitos mostram que não existe um método que é nitidamente superior aos outros em todas as circumstâncias. máximo. Esta opção é útil quando você quer caracterizar um grupo específico.esta opção imprime um resumo de cada grupo. não é possível acrescentar os números de grupo. 1985). aparentamente bem distinctos. imprimindo os dados para cada variável para um dado grupo. Na prática. mínimo e desvio padrão do variável para cada grupo (fig. No caso de objetos que não estão dentro de um dos grupos selecionados. ou lineares ou mais irregulares. A diversidade de métodos de se formar agrupamentos cria muitas dúvidas e questões sobre a sua aplicação. que ocupa um extremo do espectro de métodos e ligação completo no outro. se você quer verificar até que ponto os grupos podem ser distinguidos e criar funções discriminantes para separá-los. Recomendações sobre escolha de métodos. Figura 8 mostra um exemplo deste tipo de gráfico. dois “whiskers” representam o máximo e mínimo do grupo para a variável.esta opção é um equivalente gráfico do “Resumir dados por variável". variavel por variavel. ou com outros pacotes estatísticas via as facilidades paratradução” de formatos. permitindo o uso destes grupos em outros programas deste pacote. antes de proceder ao próximo grupo (figura 7). produzindo um gráfico do tipoBox & Whisker” (Tukey. Por exemplo. Ligação completa. pode acrescentar os números de grupos à matriz original e utilizar esta matriz para uma análise de discriminantes. e a escolha depende do tipo de dados que o usuário tem e do tipo de agrupamentos que ele procura (por ex. torna-se fácil comparar os grupos e investigar o grau de sobreposição entre os grupos nas variáveis selecionadas.com esta opção. 50 % dos membros do grupo tem valores menores que o mediano. GRUPO . geralmente. você pode acresentar permanentamente os números de identificação dos grupos selecionados à matriz de dados originais. Com este gráfico. produzindo uma ‘escada’. Apesar disso.semelhante à opção anterior.Resumir dados por grupo . Scheibler & Scheibler. cada grupo é apresentado como uma caixa (“box”). que é pouco informativa. algumas recomendações podem ser feitas. A consequência disso. Quando tem menos que quatro objetos no grupo.Resumir dados por variavel . 6). ACRES[CENTAR] . 1977) para cada variavel selecionada. Fora da caixa. permitindo qualquer combinação desde uma variável só. Quando uma matriz já contém o número máximo de variáveis. de grupo a matriz . Esta listagem permite investigar quais são as variáveis que distinguem melhor entre diferentes grupos. Portanto. Se não se definem bem os grupos existentes nos dados. até todas as variáveis no arquivo.Diagrama “Box & Whisker” . será dado o valor de “dados faltando” para esta variável.Terminar analise de grupos . este método pode ser extremamente útil. os resultados são mais aceitáveis dos que os de ligação completa. na realidade. amostras intermediarias liguem os grupos precocemente e estas ligações escondem a estrutura que na realidade está presente. que tendem a ser mais ou menos esféricos. onde. o programa pergunta quais variáveis você quer utilizar. Podemos fazer um contraste entre ligação mínima. produz grupos extremamente bem definidos.versão 1 VAR[IÁVEL] . numa forma extrema. com uma linha central representando o mediano. 1981. 1987. Antes de imprimir esta listagem. desde que não haja muitas amostras intermediárias. O método de Ward também tende a produzir grupos relativamente compactos e esféricos. “Statgraphics” ou qualquer outro pacote estatística que tem facilidades para este tipo de análise. Os números de grupo serão colocados numa variável chamado “Grupo” que é adicionada à matriz como o último variável. mas produz um resumo grupo por grupo.

O algorítmo empregado neste programa utiliza a estratégia combinatorial (combinatorial strategy) de Lance & Williams (1967). isso é considerado indesejável. o método flexível é bastante interessante por que a intensidade de agrupamento pode ser controlada. dependendo do valor de β escolhido.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) resultados bons para dados de composição florística e em estudos taxonômicos. Lance e Williams distinguem duas situações: 1) a estratégia de agrupamento pode ser combinatorial. 7 . ] Compatibilidade entre coeficientes e métodos. em algumas situações. o dendrograma resultante pode mostrar inversões: nestas o nível de fusão entre dois grupos é inferior (distância menor) do que o último nível de fusão dentro de um ou ambos os grupos (o nível de fusão não aumenta monotónicamente). os agrupamentos produzidos são quase sempre mais fáceis para interpretar do que as classificações produzidas por outros métodos. e não é mais possível interpretar os resultados com confiança.25 geralmente funcionam bem.7 são necessários para obter resultados satisfatórios.2 a -0. djk. dentre as técnicas aglomerativas/hierárquicas (Milligan. Os outros métodos mencionados produzem resultados entre os extremos de ligação mínima e ligação completa. Já. alguns coeficientes teoricamente não podem ser utilizados em combinação com alguns métodos de agrupamento. e neste caso o coeficiente de um grupo k com o novo grupo formado pela fusão dos grupos i e j pode ser expresso inteiramente em termos dos coeficientes dik. não há espaço suficiente para fazer análises de agrupamento com o número máximo de objetos e o programa dará uma mensagem dememória insuficiente” se tentar. o que quer dizer que os coeficientes calculados nas etapas posteriores da análise são de exatamente o mesmo tipo e tem as mesmas propriedades que os coeficientes iniciais. melhor que o método de Ward (especialmente com coeficientes de correlação). fornece resultados comparáveis com média de grupo e método de Ward (Milligan & Cooper. mais do que produzir realmente uma classificação de grupos distintos. Limitações e problemas Limites O número máximo de objetos (UTOs) é 400. Em geral. É sugerido por Milligan (1987) que valores de β em torno de -0.4 a -0. Portanto. Normalmente. Parece ser particularmente útil para estudos ecológicos onde em muitos casos queremos ‘dissecar’ o que é essencialmente contínuo. pois os coeficientes nas fases posteriores não são iguais aos originais. onde os novos coeficientes dos grupos formados são calculados a partir dos anteriores. sem a necessidade de recalcular a matriz inteira. e. alguns métodos não são combinatoriais. O método de média de grupo é. em geral. Milligan & Cooper. análises vão ser bastante demoradas e os dendrogramas apresentados na tela serão muito “apertados". Os estudos com dados artificiais sugerem também que o método de Ward é quase sempre um dos melhores. Enquanto esta técnica facilita a programação e permite a inclusão de uma diversidade de métodos dentro de um único programa. 1981. No caso de uma estratégia incompativel. Com este número. o mais satisfatório. Scheibler & Schneider. não é necessário usar os dados originais ou a matriz de coeficientes original para atualizar a matriz. em alguns casos. produz resultados bons. dij e o número de objetos em i e j. Esta propriedade de formação de inversões é considerada altamente indesejável por muitos autores que consideram estes métodos obsoletos. 1987. 2) a estratégia pode também ser compatível. Com alguns coeficientes. algumas destas propriedades são perdidas. 1987. 1985). embora em conjuntos de dados onde casos extremos (‘outliers’) são comuns. geralmente foi comparável ou. Em estudos com dados reais. utilizando diferentes valores do parâmetro β (beta). Nos estudos citados anteriormente. porém. [ No momento. valores de β na faixa de -0. 1985). No caso dos métodos de centroide e mediano. Scheibler & Schneider. se não o melhor.

Cluster Analysis for Applications. New York. você é inteiramente responsável pela interpretação da análise resultante! Se não conhece bem estes métodos. e desde que se reconhece que não são implementações exatas do método original. desde que usados com cautela. 1985). Neste caso. simplificando a programação e oferecendo todos os métodos dentro do mesmo programa. várias técnicas teoricamente incompatíveis são usadas com coeficientes como correlação (especialmente o método de Ward .versão 1 As combinações consideradas combinatoriais e compatíveis são resumidas na tabela seguinte : tipo de coeficiente. é possível utilizar combinações incompatíveis ou do tipo não combinatorial. M. diminuindo consideravelmente o tempo necessário para processamento. em alguns casos. combinações onde tem um ‘-’ na tabela devem ser evitadas : o programa dará uma mensagem indicando que uma combinação e incompatível.T. a modificação sugerida por Anderberg (1973). H. De modo geral. mas permite continuar com a análise se você quiser.R. An Introduction to Numerical Classification. nota-se que os primeiros 4 métodos são compatíveis e combinatoriais para qualquer coeficiente enquanto os últimos 4 devem ser usados somente com distâncias. método lig. Portanto. e parecem produzir resultados úteis. & Stevenson. e não a matriz inteira. e. Apesar dos possíveis problemas. foi utilizada. somente com distâncias quadradas. completa média de grupo média ponderada centróide mediano Ward flexível distância simples +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/+ -/? +/+ +/+ distância quadrada +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ combinatorial/compatível distância Manhattan +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/+ -/? +/+ correlação +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/-/? +/- Em geral. onde o valor mínima de cada coluna da matriz de coeficientes é armazenado. Schiebler & Schneider. W. mínima lig. recomenda-se evitar combinações incompatíveis. Academic Press. Notas técnicas O programa utiliza o algorítmo de Wishart (1969) para realizar o agrupamento. Academic Press. Clifford. Bibliografia Anderberg. 8 . Para aumentar a velocidade de processamento. 1973. 1975.FITOPAC . também. Este tem a vantagem de permitir diversos métodos de agrupamento com essencialmente uma única transformação. é necessário pesquisar somente estes valores mínimos. Neste caso. New York.por ex.

An Introduction to Mathematical Taxonomy.W.S. G. A study of the beta-flexible clustering method (WPS 87-61). M. G. London. Multivariate Satistical Methods. San Francisco.A. W. Mass. Hierarchical systems. Heineman Educational Books. New York. R. Chapman & Hall.D. Measurement 11 : 329-354. 1982. 1967. Manly.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Dunn. Cluster Analysis (2nd ed. Exploratory Data Analysis. Biometrics 25 : 165-170. 1981.W. Classification. Gordon. London. 1987. 1969. Faculty of Management Sciences. Freeman & Co.C. & Schneider. The Interpretation of Ecological Data. Milligan. Numerical Taxonomy.). W. Applied Psychological 9 . Methodology review: Clustering methods. Everitt.. Multivariate Behavioural Research 16 : 397407.H. An algorithm for hierarchical classifications. G.N. & Cooper.C. London. Milligan. 1977. G. 1987. A review of monte carlo tests of cluster analysis. D. Cambridge University Press.F. P.T.W. J. E. Sneath. 1981. Milligan. 9 : 373-380. D. Reading. Pielou. Lance. Wiley.R.H. & Everitt. Wishart. G. Scheibler. Tukey. & Wiliiams. B. 1986. 1985. 1984. B.G. 1973. Columbus OH: Ohio State University. Addison-Wesley. B. Multivariate Behavioural Research 20 : 283-304. A. Computer J. A general theory of classificatory sorting strategies 1. Monte carlo tests of the accuracy of cluster analysis algorithms: a comparison of hierarchical and nonhierarchical methods. W. & Sokal.S.W. Chapman & Hall. 1980.

FITOPAC .versão 1 Figura 1 Dendrograma desenhada na tela 10 .

99 7.44 9. Exemplo de listagem de dendrograma 11 .94 UTO modern dog-+-------+ +---------+ prehistoric -+-------+ | +--------+ cuon-+-----------------+ | +------+ golden jacka-+--------------------------+ | +--------------------+ dingo-+---------------------------------+ | | chinese wolf-+---------------------+ | +--------------------------------+ indian wolf-+---------------------+ +------+-------+------+-------+------+------+-----+----+ 0 | 4 | 8 | 12 | 16 2 6 10 14 distancia euclidiana simples Figura 2.25 15.94 5.programa CLUSTER **** ** ** (manual versão 30/04/98) Dendrograma **** Tipo de coeficente : distancia euclidiana simples Tipo de agrupamento : Media de grupo (UPGMA) Nivel de fusao 2.04 4.99 15.

FITOPAC . 12 .versão 1 Figura 3 Gráfico produzido para correlação cofenética.

13 .programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Figura 4 Fase de escolha de grupos .4 grupos já foram selecionados.

com 4 membros *** Membros do agrupamento sao : 1a. 13e. 13d. 1b. *** Agrupamento : Grupo 3. 17c. 5c. 10c. Listagem dos membros dos grupos. 11c. 20b. com 16 membros *** Membros do agrupamento sao : 2b. 19e. 1d.versão 1 membros dos grupos selecionados *** *** Agrupamento : Grupo 1. 2c. 12c. 5e. 10d. 15a. 14 . 8d. 4d. 17b. 5d. 17a. 18d. 11a. 5b. 16a.*** FITOPAC . 12e. com 20 membros *** Membros do agrupamento sao : 11d. 20d. 12a. 19b. 16c. 7c. 14a. 8c. 15e. 6c. *** Agrupamento : Grupo 2. 11e. 10b. Figura 5. 10a.

*** programa CLUSTER Resumo por variavel *** (manual versão 30/04/98) Variavel no.250 4. 2. 3.800 4...900 N 16 4 20 Variavel no.387 4.2745 minimo 4.600 0. 1 Grupo grupo grupo grupo 1..3410 minimo 2..1915 0..700 N 16 4 20 Figura 6. 3....000 maximo 4..900 3.O. -0 desvio padrao 0.856 1.5944 0.. 15 ... Resultados de análise de grupos por variável.. 2....100 4.600 maximo 4.380 pH CaCl-0 desvio padrao 0.200 4.2094 0.105 M.3464 0.000 4.700 1. *** Media 3..400 4....700 4.. *** Media 4. 2 Grupo grupo grupo grupo 1.

000 0.600 0.O. K -0.270 desvio padrao 0..806 0..400 0...100 maximo 4.640 0.....900 2.2745 0. K -0...versão 1 *** Resumo por grupo *** *** grupo 1 *** Media 4...O..700 3..3464 1..1915 0....0283 minimo 4..FITOPAC .O.... K -0..2094 0.214 desvio padrao 0... Resultados de análise de variáveis por grupo.480 N 16 16 16 16 Variavel pH CaCl-0.... M.250 1....800 0.1103 minimo 4..230 maximo 4.0681 minimo 4.856 2..380 4. -0...600 1...010 maximo 4.900 4.400 1. -0.285 desvio padrao 0...9044 0.3410 0..387 3... *** grupo 2 *** Media 4. 16 . P -0.100 2.600 1...200 3.5944 0...300 N 20 20 20 20 Variavel pH CaCl-0. -0.... M.290 N 4 4 4 4 Variavel pH CaCl-0..625 0.105 1.800 0..... Figura 7...800 4. P -0. *** grupo 3 *** Media 4.. M.800 0....000 0.000 3.700 5.6778 0.4569 0.700 5. P -0.

programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Figura 8 Exemplo de um gráfico “Box & Whiskers". 17 .

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