FITOPAC 1

MANUAL DE USUÁRIO

1995.

G. J. Shepherd
Depto. de Botânica IB da UNICAMP CxP 6109 CAMPINAS 13081 SP - Brasil

AVISO IMPORTANTE

Embora tentou-se evitar possíveis erros e "bugs" nos programas, testando com conjuntos de dados e contra outros programas, é quase uma certeza que ainda existem alguns. Se você encontra erros, ou tem sugestões para melhorar os programas, mande uma carta ao autor, explicando sua sugestão ou descrevendo em que circunstâncias o erro ocorreu. No caso de erros, ajuda achar o problema se você pode incluir uma cópia dos dados que provocaram o erro, junto com uma descrição da análise sendo realizada. Estes sugestões e avisos de erros serão utilizados par melhorar e corrigir a próxima versão do programa.

INTRODUÇÃO

O que é FITOPAC ?
FITOPAC é um conjunto de programas para análises fitossociológicas que permite calcular parâmetros fitossociológicos e analisar dados de levantamentos de vegetação de diversas maneiras. Alguns programas também podem ser úteis para análises de outros tipos de dados, particularmente em taxonomia. Embora existam, no exterior, vários “pacotes” de programas para análise de dados ecológicos, estes freqüentemente não são bem adaptados aos tipos de dados normalmente coletados aqui no Brasil, especialmente em vegetação lenhosa de florestas e cerrados, ou são difíceis de usar, especialmente por pessoas que não tem muita experiência no uso de computadores. O objetivo do atual “pacote” é de fornecer os programas necessários para análises de dados obtidos em vegetação típico do Brasil, e de permitir seu uso sem exigir grande conhecimento de computação, embora um certo mínimo evidentemente é necessário. Os programas foram montados para utilizar microcomputadores do tipo IBM-PC compatíveis. Embora isso limita, um pouco, o tamanho de levantamento que pode ser analisado, tem a vantagem de facilitar acesso aos programas pois não necessita de computador de grande porte. De qualquer maneira, os limites para esta versão (10.000 indivíduos, 1000 amostras e 1000 espécies para cálculo de parâmetros fitossociológicos e 400 parcelas e 250 espécies para matrizes de parcela x espécie) devem acomodar a maioria de levantamentos atualmente realizados, e são comparáveis com os limites impostos por outros programas para microcomputadores. Em geral, pretende-se que estes programas sejam utilizados para análise de vegetação lenhosa, embora seja possível utilizar alguns programas para análise de outros tipos de dados.

O que tem no FITOPAC ?
A versão 1 do FITOPAC contem os seguintes programas : PREPARE - este programa é utilizado na preparação de dados para FITOPAC, oferecendo facilidades para verificação dos dados de campo, e formatando o arquivo de dados para uso com os outros programas. CADERNO - fornece listagens dos dados de campo, podendo ordenar os dados em diversas maneiras. PARAMS - calcula parâmetros fitossociológicos para um levantamento usando amostragem por parcelas ou quadrantes. Inclui índices de diversidade, além dos parâmetros normais empregados em fitossociologia (por ex. Densidade Relativa, Dominância Relativa, IVI, IVC, etc.). Também fornece alguns gráficos simples. CRIAMAT - este programa prepare matrizes de parcelas x espécies a partir de um arquivo de dados de campo. Estas matrizes são usadas para outras análises (PCA, análise de aglomerados, etc.). O programa tem facilidades para manipulação das matrizes (transformações, remoção de espécies raras, etc.). Permite, também a entrada de matrizes em forma de arquivos ASCII MATRIZ - para manipulação e “tradução” de matrizes de dados em diferentes formatos, permitindo importação ou exportação de dados para outros programas e pacotes. COEF - calcula uma variedade de coeficientes de similaridade e distâncias (distância euclidiana, Bray_Curtis, “Canberra”, etc.), usados para análise de agrupamentos (“Cluster Analysis”). CLUSTER - para Análise de Agrupamentos (“Cluster Analysis”), incluindo diversos tipos de agrupamento (vizinho mais próximo, média de grupo, etc.). ORD - para diversos tipos de ordenação, incluindo Análise de Componentes Principais (PCA), Análise de Coordenadas Principais (PCO) e Análise de Correspondências (CA - também conhecida como Análise de Médias Recíprocas - RA). Estas análises são amplamente utilizadas em estudos de vegetação. Os últimos três programas também são de interesse para pessoas usando técnicas de taxonomia numérica com dados taxonômicos.

Histórico
O desenvolvimento do FITOPAC começou com a expansão de estudos fitossociológicos no Departamento de Botânica da UNICAMP. Diversos pessoas sofreram com o processo de calcular parâmetros fitossociológicos, as vezes passando vários dias fazendo os cálculos, errando, e repetindo tudo de novo, tudo na base de calculadoras simples. Decidi, então, escrever um programa básico para fazer estes cálculos no computador central da 3

decidi transferir os programas para uso em micros.J. Para citar as diferentes versões. Departamento de Botânica. e que o manual seja um pouco mais útil. mas o processo de utilização foi muito difícil pois tínhamos somente um velho terminal que usava papel e que servia o Instituto de Biologia inteiro. FITOPAC 1. e a versão anterior como :Shepherd. apesar de um interface de usuário totalmente incoerente (com alguns programas em FORTRAN e outros em Turbo Pascal). Este programa ficou cada vez mais procurado com o aumento em levantamentos em cerrados e matas. utilizando FORTRAN como linguagem de programação. e que os piores “bugs” foram exterminados. G.FITOPAC 1 universidade. 4 . Com a introdução de microcomputadores. facilitando o acesso. UNICAMP. a atual deve ser citado como :Shepherd. Departamento de Botânica. um manual totalmente deficiente e diversos “bugs” horrorosos ! Com a atual versão. espero que finalmente o interface com o usuário esteja um pouco mais coerente. naquela época um PDP-10. acredito que as análises oferecidas agora são mais diversas e produzem informações mais completas e úteis para o usuário. 1988. embora sem dúvida ainda restam alguns ! Em geral. e que acabou sendo bastante utilizado na UNICAMP e em diversos outros locais. 1995. e ao mesmo tempo.J. expandir os programas para fazer outros tipos de análises. UNICAMP. FITOPAC . Manual de usuário. a primeira “oficial” do FITOPAC. G.versão preliminar. O resultado foi a “versão preliminar” do FITOPAC que foi liberada em 1988.

\FITOPAC) e copia todos os programas para este subdirectório. etc. os programas estão configuradas para usar memória cheia. Os programas são distribuídos em disquetes. No momento. 2. Este último é muito mais rápido e quase essencial para levantamentos mais extensas . 3. Se você tem um disco rígido. Se você usa o comando PATH \FITOPAC. Instalação no micro. Um coprocessador numérico 8087 não é essencial. Os disquetes não são protegidos e podem ser copiados usando “DISKCOPY”. utilizar os programas a partir de qualquer outro subdirectório no disco rígido (por ex.INSTALAÇÃO Equipamento necessário 1. precisa também instalar o sistema operacional (formata os disquetes com opção “/S” ou use o comando “SYS” . Estas análises vão demorar muito se sua matriz é grande e não tiver um coprocessador.repare que os disquetes vem sem sistema operacional).arquivos com mais que aprox. 640 Kbytes de memória. 8000 indivíduos não cabem num disquete de 360 Kbytes ! 4. Um microcomputador do tipo IBM-PC compatível. pode. e é particularmente útil se você pretende fazer muitas análises de dados numéricos. então. Os programas foram compilados usando uma opção para “emular” um coprocessador e podem correr em micros com ou sem o coprocessador. Este coprocessador aumenta em três vezes ou mais a velocidade de processamento de dados numéricos. 5 . especialmente com PCA. “COPY” ou qualquer copiadora de disquetes. então.). caso haja algum “acidente” com sua cópia de trabalho (alguém derramou café nos disquetes. ser guardados num lugar seguro. (os programas não rodam em micro tipo “Apple” ou CP/M !). mas é altamente recomendável. sugiro que você cria um subdirectório (por ex. etc. A primeira coisa que você deve fazer é copiar os disquetes para produzir uma cópia de trabalho. servindo de reserva. \DADOS). Dois drives tipo “floppy” ou um “floppy” e um disco rígido (Winchester). Se você quer dar um “boot” a partir destes disquetes. Os originais podem.

e contêm os dados de campo do seu levantamento. análise de agrupamentos. sugere-se a criação de um subdirectório específico para os dados. gravação e verificação dos dados num disquete.1 (até revisão r02) não podem ser usados. Note-se que alguns processadores de texto como “Redator” v 1. etc. Entrando os dados 1. deixando bastante espaço para arquivos que serão criados durante as análises posteriores. desde que haja facilidades para produzir arquivos ASCII (a maioria tem) e uma capacidade suficiente para seus dados (um levantamento grande pode ocupar 5000 linhas ou mais) b)A segunda coisa que você precisa é um disquete formatado. O primeiro arquivo contém os nomes das famílias e das espécies.). preferivelmente vazio. Embora seus dados possam ocupar somente uma parte pequena do disquete. porque não produzem arquivos ASCII. é melhor utilizar um disquete para cada levantamento. isso indica que o editor não pode ser usado. MS-Word(arquivo não formatado) e o Norton Editor. etc. usando programa CRIAMAT. 4) Análises básicas (parâmetros fitossociológicos. 5) Preparação de uma matriz de dados a partir do arquivo FPD para outras análises (PCA. particularmente se você pretende executar análises mais complexas.) usando o arquivo FITOPAC e os programas apropriados (PARAMS. Considerações Gerais. tente mostrar um arquivo produzido pelo editor usando o comando DOS “TYPE”. É possível. utilizar planilhas como Lotus 123. pois não produz somente caracteres ASCII. você pode precisar de mais que um disquete. Estes arquivos serão utilizados pelo programa “PREPARE” para produzir um novo arquivo contendo os dados no formato específico necessário para os outros programas do FITOPAC. etc. 3) Transformação dos dados em arquivo FPD. etc. Qualquer editor capaz de produzir arquivos ASCII pode ser utilizado . você precisa de um editor de texto para entrada dos dados . usando o editor de texto. no meio do texto.). 2) Entrada. d)Os dados de campo formam o último item necessário para iniciar o trabalho de entrada de dados. também. Se você está utilizando um micro com disco rígido (Winchester). Wordstar(em modo não-documento). prontos para serem gravados num disquete usando um editor de texto. e o segundo tem os dados numéricos do levantamento. c)A terceira necessidade é uma lista das famílias e espécies incluídas no levantamento. Se aparecem na tela uma série de caracteres estranhos misturados com o texto.PREPARANDO DADOS PARA FITOPAC Passos necessários para análises usando FITOPAC 1) Preparação dos dados: essencialmente a preparação dos dados de campo num formato apropriado para o programa. 6 . usando programa PREPARE.FITOPAC (ainda) não tem facilidades para entrada direta dos seus dados. e incluem uma série de códigos para a impressora. Estes arquivos são preparados usando o editor de texto. Se você está com dúvidas se o seu editor funcionará. FITOPAC utiliza dois arquivos ASCII como ponto de partida. O que você precisa ? a) Em primeiro lugar. No caso de levantamentos muito extensos.por exemplo.

No caso de espécies desconhecidas. e seria melhor tentar melhorar as identificações do seu material antes de tentar analisar os dados. caso você não queira incluí-las nas análises. Este arquivo contém. e um nome do tipo “desconhecida 1”. se você tem um levantamento realizado em São José dos Campos. no máximo. Não é necessário que os nomes sejam entrados seguindo ordem numérica . e depois o nome da família. 1.FPD” para arquivos de dados de levantamentos e “. se quiser.NMS” para o arquivo de nomes.podem ser batidos em qualquer ordem. começando com o número da espécie. Myrtaceae 1. Após a última família. E extremamente importante FAZER COPIA DE SEGURANÇA (backup) dos dados num segundo disquete ! Normalmente você deve copiar todos seus arquivos de trabalho. pois os parâmetros calculados para famílias não estarão corretos. O primeiro arquivo a ser preparado deve ser o arquivo de nomes. Os nomes das famílias são batidos um por linha. é necessário somente dar um número e um nome temporário para cada um (por ex. e cuide de manté-las atualizadas. você pode tentar dividir as desconhecidas em mais que uma família. e a extensão “. pois isso pode criar problemas quando os programas procurem arquivos no disco. mas o uso da ordem numérica facilita o processo de verificação dos nomes e ajuda a evitar a utilização do mesmo número para dois nomes. em primeiro lugar. desde que o número da família e espécie corresponda ao que você usou no resto dos dados. seu uso facilitará a manipulação de arquivos posteriormente. ou outras matrizes. Onde a família ou gênero da espécie já é conhecido. “. mais um espaço e finalmente o nome da espécie. etc.). Nomes para “mortas” e desconhecidos. Uso de extensões e nomes de arquivos. E uma falsa economia pensar que não vale a pena comprar um outro disquete . É particularmente importante evitar o uso das extensões reservadas pelo FITOPAC.. 2. É melhor usar um nome descritivo para os arquivos. uma lista das famílias das espécies incluídas no levantamento.Myrcia sp20. se não mais freqüentemente.DAD” para o arquivo de dados numéricos. Será necessário. onde há indivíduos mortos. também. você deve bater uma linha contendo somente “999” para indicar o fim das famílias. no fim de cada dia.DAD” para os dois arquivos básicos. deve ser dado um número para cada morfoespécie. Os nomes devem ter. 3. um espaço. cada uma com um número de espécie e o número da família a qual pertence. começando com o número da família. mas não é essencial. De novo. mas é evidente que este procedimento não é muito recomendável. isso daria “SAOJOSE. Nomes mais compridos podem ser entrados. Neste caso. use o mesmo nome para os arquivos de nomes e dados. vem a lista das espécies. São estes números que serão utilizados pelos programas para ligar as epécies às famílias e os dados numéricos com as respectivas espécies. 35 caracteres. procure no manual do “DOS” ou qualquer livro que explica como usar um micro. O formato do arquivo de nomes deve ficar semelhante àquele da fig. Em seguida. especialmente em análises mais complexas onde numerosos arquivos podem ser gerados.FPM” para matrizes de espécies x amostra.não é nada agradável gastar vários dias batendo um conjunto de dados e depois descobrir que vai ter que repetir tudo porque alguém derrubou uma xícara de café em cima do seu disquete ! Mantenha cópias de segurança. Em levantamentos onde há muitas espécies desconhecidas. “Desconhecida” para acomodar estas espécies. você pode criar uma espécie “mortas” com número e tudo.2. um possível nome para os seus arquivos seria “SAOJOSE” (note-se que acentos e símbolos especiais normalmente não são permitidos em nomes de arquivos). esta técnica pode criar problemas. você pode colocar uma linha com “999”. Como exemplo. criar uma “família”. o número da família.NMS” e “SAOJOSE. e uma família “mortas” também. 7 .. dando a extensão “. Serão tratadas como espécie e família normal no processamento. Myrcia sp1. Myrtaceae 2. além de periodicamente “salvar” seus dados enquanto está usando o editor de texto. mas serão truncados pelo programa.Utilizando FITOPAC Antes de começar batendo os dados. e as regras para nomes de arquivos. você precisa dar um número para cada família e um número para cada espécie. um espaço. Embora os nomes e extensões sugeridos aqui não sejam obrigatórios. Em geral. deve ter um nome por linha. Se você não entende o uso de extensões. Em alguns programas existe a opção de excluir espécies. Sugere-se o uso de algumas extensões padrões para os arquivos usados com FITOPAC. O Arquivo de Nomes. no mínimo. No nosso exemplo. Em geral. embora o limite máximo de 8 caracteres para nomes de arquivos em DOS as vezes seja um pouco limitante. Após a última espécie. O FITOPAC utiliza duas extensões próprias. Indivíduos mortos ou desconhecidos podem ser incluídos mas é necessário tomar alguns cuidados com os nomes usados.

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4. O arquivo de Dados.
O arquivo de dados contém todos os dados numéricos, isto é, as medições feitas para cada indivíduo que entrou no levantamento. O formato exato dos dados depende do tipo de levantamento, mas essencialmente segue o padrão usado para anotar os dados no campo. No momento, o limite de comprimento para cada linha no arquivo de dados é de 255 caracteres. Em geral, o formato dos dados é “livre” - não há necessidade de manter os números alinhados em colunas, e desde que você bate pelo menos um espaço entre números, espaços a mais não atrapalham. Números inteiros não precisam ter um ponto decimal e “0”. Se for utilizada a opção de “correção automática” no programa “PREPARE”, você pode usar uma virgula em vez de ponto decimal, mas neste caso, qualquer virgula encontrada no arquivo de dados será tratado como um ponto decimal. O uso do teclado numérico do micro facilita a entrada de dados numéricos e ajuda reduzir erros. Para usar o teclado numérico, você precisa apertar a tecla “Num Lock” - deve acender uma luzinha indicando que o “num lock” está ligado - e começar digitando os números. Note, porém que você não pode usar “PgUp”, “Del”, “Ins”, setas, etc. quando “NumLock” está ligado. Medidas de perímetro ou diâmetro podem ser usadas e estes podem ser em centímetros ou metros, mas não se pode misturar tipos de medições ou unidades no mesmo levantamento - por exemplo, tem que ser usado perímetro em metros para todos os indivíduos de um levantamento. No caso de diâmetros/perímetros múltiplos (vários ramos no mesmo indivíduo), devem ser batidos os valores individuais separados por um “+”, e o programa “PREPARE” calculará um diâmetro/perímetro equivalente. Por exemplo, no caso de ter um indivíduo com três ramos, com perímetros de 12, 14 e 20 centímetros, você bate 12+14 + 20 (note-se que pode ter ou não ter espaços entre os números - são opcionais). Alturas normalmente devem ser expressas em metros. No caso de não ter medidas de alturas, pode omitir este dado (no programa “PREPARE”, há uma opção para dados sem alturas). Para os diferentes métodos de levantamento tem formatos de dados diferentes, geralmente correspondendo aproximadamente ao formato dos dados obtidos no campo. No momento, os tipos de levantamento que o pacote pode analisar são os seguintes :Levantamentos usando parcelas: Na primeira linha do arquivo vem o número da primeira parcela. Os “números” de parcelas podem conter letras e outros códigos, até um total de 35 caracteres, mas não podem ter um espaço em branco* . Por exemplo “1A”, “201”, “22.01”, “1/55a” e “parcela_30” são todos aceitáveis como “número” de parcela. Depois, vêm os dados para os indivíduos da parcela, um indivíduo por linha, na seguinte ordem : no. do indivíduo (opcional - se você não quer incluir, os programas criam uma numeração própria), perímetro/diâmetro (em cm. ou metros), altura (opcional) e número da espécie (obrigatório). Em casos onde foram medidas as posições espaciais dos indivíduos, os coordenadas X e Y de cada indivíduo podem ser incluídas, depois do número da espécie. Após o último indivíduo da parcela, na linha seguinte, vem o número da próxima parcela, e em seguida, os dados dos indivíduos. Este processo continua até a inclusão dos dados do último indivíduo. Não é necessário incluir qualquer sinal especial para indicar o fim dos dados. A ordem de entrada das parcelas não é fixa, podendo ser até aleatória, desde que todos os indivíduos de uma parcela estejam juntos. Se você pretende analisar subconjuntos ou blocos de parcelas dentro de um levantamento, a inclusão das parcelas em grupos que correspondem aos blocos a serem analisadas vai facilitar a análise, embora isso não seja obrigatório. Fig. 1.3 mostra o formato esperado para dados deste tipo. Levantamentos usando o método de quadrantes : O formato neste caso é mais simples, tendo uma linha para cada indivíduo, com os seguintes dados - no. de ponto, no. de indivíduo (opcional), distância do ponto (obrigatório), perímetro/diâmetro, altura (opcional) e número da espécie (obrigatório). Se você não quer entrar um número de indivíduo, os programas criam uma numeração própria. Os pontos podem entrar em qualquer ordem, mas para facilitar análises de subconjuntos ou blocos de pontos, é melhor entrar os pontos em blocos que correspondem aos blocos a serem analisados. Coordenadas X e Y podem ser incluídas após o número da espécie. Fig. 1.4 mostra o formato esperado para dados deste tipo.

C. Um exemplo
Para ilustrar o uso do FITOPAC, podemos tomar um exemplo (imaginário) que mostra os passos básicos. Fizemos um levantamento dentro de uma área de mata na região de São José dos Campos, instalando 100 parcelas espalhadas ao acaso ao longo de um gradiente altitudinal. Estamos interessados inicialmente em ter uma idéia geral da
* A versão preliminar de FITOPAC permitia espaços aqui. Se você realmente insiste, pode colocar espaços, desde que haja um “t” (ou “T”) no final da última linha da parcela anterior (fig. 1.5). Repare que isso não é possível na primeira parcela!

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Utilizando FITOPAC composição da mata como um todo, mas também gostaríamos de investigar o efeito do gradiente altitudinal sobre a composição da vegetação. Temos todos as medidas de campo, e a identificação das espécies essencialmente está completa, restando somente 3 ou quatro espécies desconhecidas. Em primeiro lugar, preparamos a lista de famílias e espécies encontrados no levantamento, dando um número para cada família e cada espécie. Uma família “Desconhecida” e espécies “desconhecida 1” a “desconhecida 4” são criadas para acomodar as espécies não identificadas. O número de espécie apropriado é anexado aos dados para cada indivíduo, nos dados de campo, e cuidadosamente verificado antes de começar trabalhando com o computador. Em seguida, escolhe-se um nome apropriado para nossos arquivos. Como nosso levantamento foi feito em São José dos Campos, vamos usar SAOJOSE para o nome dos arquivos, e começamos criando os arquivos SAOJOSE.NMS e SAOJOSE.DAD, utilizando um editor de texto. Entramos os nomes e dados nos dois arquivos seguindo o formato descrito acima. Neste ponto, é interessante imprimir uma listagem dos dois arquivos, para verificar os dados antes de qualquer processamento. Se possível, é mais fácil trabalhar com duas pessoas, uma “cantando” os dados e a outra verificando na listagem. Embora chato, este passo é muito importante, pois a integridade e confiabilidade das análises posteriores são inteiramente dependente de ter dados corretos nestes arquivos. Os programas podem detectar alguns erros mais grosseiros, mas não há como detectar o fato que você bateu 44.5 em vez de 55.4 para o perímetro de indivíduo no. 445, por exemplo. Portanto, é essencial que a verificação dos dados seja feita com muito cuidado e atenção. Após ter verificado os dados, podemos converter estes arquivos numa forma que pode ser usada pelos outros programas. Utilizamos o programa “PREPARE” para converter os arquivos de nomes e dados numéricos num arquivo “.FPD”, batendo PREPARE SAOJOSE. Como estamos empregando as extensões normais do FITOPAC, precisamos bater somente SAOJOSE e o programa vai criar todos os nomes de arquivo necessários. Enquanto está lendo os dados, o programa tenta detectar alguns erros comuns, e da uma oportunidade para corrigi-los, editando os dados. Portanto, é útil ter uma cópia dos dados de campo a mão, permitindo verificação imediata se o programa detecta qualquer problema. Note-se que qualquer correção feita utilizando PREPARE tem efeito somente no arquivo “.FPD” e não nos arquivos “.NMS” e “.DAD” ! O resultado é um arquivo SAOJOSE.FPD, contendo todos os dados e pronto para uso pelos outros programas. Uma vez que temos este arquivo, podemos proceder com a análise dos dados. Antes de começar com a análise propriamente dito, porém, é muito útil fazer uma listagem completa dos dados, que fornece um recorde permanente do conjunto de dados em formato fácil de consultar, e permite recuperar de algum “desastre” onde os arquivos de dados são perdidos (isso não deve ser possível se você está fazendo cópias de segurança - “backups” - de todos seus arquivos, mas nunca se sabe !). Para fazer a listagem, utilize o programa “CADERNO”, batendo simplesmente CADERNO SAOJOSE, e uma listagem dos dados será produzida no arquivo SAOJOSE.LST. Se quiser mandar diretamente para a impressora, bate CADERNO SAOJOSE IMP. Normalmente é útil ter uma listagem dos dados ordenados por parcela (ponto) ou na ordem de entrada dos dados (que geralmente é igual), e, também, uma listagem por espécie que facilita a localização de todos os membros de uma espécie, sem ter que percorrer a listagem inteira. Esta última listagem também é muito útil para localizar possíveis erros - uma espécie que não está presente, mas que você sabe deve estar na listagem, ou uma espécie com diversos indivíduos quando deve ter somente um, pode funcionar como um aviso que houve algum erro na transcrição dos dados, e qualquer discrepância deste tipo deve ser notada e verificada. Tendo uma listagem dos dados, e satisfeitos que estão corretos, podemos proceder com o resto da análise. Normalmente, o próximo passo seria de correr o programa “PARAMS” para calcular os parâmetros fitossociológicos para nosso levantamento. Batemos, então, PARAMS SAOJOSE, e produziremos um arquivo SAOJOSE.LST contendo os resultados dos cálculos dos parâmetros fitossociológicos. Para muitos estudos, os resultados obtidos até aqui seriam suficientes, fornecendo um resumo da área levantada e elementos para comparações entre nosso levantamento e outros levantamentos. No nosso caso, porém, queremos ainda investigar a variação dentro de nossa área e o efeito do gradiente altitudinal. Para analisar melhor este tipo de questão, podemos utilizar outros recursos do FITOPAC. Em primeiro lugar, as parcelas do levantamento podem ser distribuidas em blocos, correspondendo a faixas altitudinais - por ex. bloco 1 contém todas as parcelas entre altitudes de 100 a 200 m. - e estes blocos podem ser analisados individualmente utilizando as facilidades para sub-análises no programa “PARAMS”, ainda com nosso arquivo SAOJOSE.FPD, especificando quais parcelas pertencem a cada bloco, sem a necessidade de criar arquivos novos para cada bloco. Assim, podemos realizar uma análise direta do gradiente, e comparar os parâmetros fitossociológicos de cada faixa altitudinal. Com isso, teríamos uma boa visão do grau e tipo de mudança que ocorre com altitude. Em segundo lugar, podemos aplicar métodos de ordenação e classificação, utilizando os programas “ORD”, para análise de componentes principais, e “CLUSTER” para análise de agrupamentos. Estes métodos exigem uma matriz de amostras x espécies que é criado por uso do programa “CRIAMAT”, que fornece diversas opções de tipo de matriz, transformações dos dados e eliminação de espécies raras, amostras aberrantes, etc. Batendo CRIAMAT SAOJOSE e indicando nossos opções, produzirá um novo arquivo

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FITOPAC 1 SAOJOSE.FPM que contém a matriz com as transformações e modificações selecionadas. Repare, de novo, que não precisamos especificar extensões, e o próprio programa cria os nomes e arquivos necessários. Em seguida podemos correr uma análise de componentes principais, batendo ORD SAOJOSE, e os resultados serão colocados no arquivo SAOJOSE.LST. Este tipo de ordenação é uma técnica extremamente poderosa para detecção e descrição de gradientes ambientais. Se queremos produzir uma classificação das parcelas, formando grupos contendo parcelas que são semelhantes entre si, podemos usar análise de agrupamentos. Neste caso, precisamos criar, primeiro, um arquivo de coeficientes de similaridade ou distâncias, que indiquem o grau de semelhança entre as amostras. Este arquivo é produzido pelo uso do programa “COEF”, batendo COEF SAOJOSE, que vai resultar num arquivo SAOJOSE.FPC contendo os coeficientes selecionados. Após disso, batendo CLUSTER SAOJOSE fornece os resultados desta análise no arquivo SAOJOSE.LST. Assim, podemos analisar nossos dados de diferentes maneiras, extraindo diferentes tipos de informações e formando uma visão mais completa da variação dentro de nosso levantamento. Além das análises fornecidas por FITOPAC, é possível utilizar os dados da matriz de amostras x espécies no arquivo SAOJOSE.FPM com outros pacotes estatísticos ou ecológicos. O programa “MATRIZ” permite “traduzir” o arquivo FITOPAC nos formatos usados por pacotes como “SYSTAT”, NT-SYS e os programas “DECORANA” e “TWINSPAN” de Hill (Hill, 19??), entre outros. Dessa maneira, é possível fazer praticamente qualquer tipo de análise multivariada ou outro tipo de análise estatístico, mesmo que não seja incluída no próprio FITOPAC.

É no. da família 1 Anacardiaceae 2 Bombacaceae 3 Compositae 4 Myrtaceae 5 Ulmaceae 6 Desconhecida 7 Morta 999 ï final das famílias 1 1 Anacardium occidentalis 2 3 Bellis perennis 3 2 Eriotheca sp. 4 4 Myrcia lingua 5 4 Myrcia sp1 6 4 Myrcia sp2 7 4 Myrcia sp3 8 2 Pseudobombax sp. 9 5 Trema micrantha 10 6 Desconhecida 1 11 6 Desconhecida 2 12 7 Morta Ç no. da família Çno. da espécie

Fig. 1.2. Exemplo de um arquivo de nomes - SAOJOSE.NMS. (Você não bate as partes em itálico !)

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5 12 2 10.5 8 ï último indivíduo    Ç no.5 5 3 2a ï no.7 7 5 3 40 12.5 10 4 110 30.altura    Ç--.5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 22. do indivíduo Fig.3. da terceira parcela 13 40 18 7 14 5 + 6+8.DAD. (Você não bate as partes em itálico !) 11 .perímetro/diâmetro  Ç--.0 15 4 16 120 35. da espécie      Ç--. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando parcelas .5 5. da segunda parcela 6 5. 1.SAOJOSE.5 15 9 9 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 44 16 6 11 22 6 11 12 10 4 4 2b ï no.5 1 5 33. da primeira parcela 1 1 34.Utilizando FITOPAC É no.no.5 3 6 7 25 8 8 8 55.

1.SAOJOSE.5 5 3 6 2.5 3 6 7 2.5 1 5 0.3 25 8 8 8 6. do indivíduo Fig.5 15 9 9 4. da espécie        Ç--.9 5 + 6+8.6 40 12.0 15 4 16 2.77 110 30.6 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 7. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando quadrantes .5 8 ï último indivíduo Ç no.DAD.3 22.3 34.altura      Ç--.5 5.4.distância  Ç--.5 10 4 3.5 12 2 1.FITOPAC 1 É no.5 120 35.2 44 16 6 11 2.5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 4. (Você não bate as partes em itálico !) 12 . de ponto 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 3 3 4 4 4 4 1 3.15 33.5 10.7 7 5 3 0.7 55.2 5.3 22 6 11 12 0.2 40 18 7 14 1.no.1 10 4 4 13 5.perímetro/diâmetro    Ç--.

DAD.0 15 4 16 120 35.altura    Ç--.5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 22.5.5 8 ï último indivíduo    Ç no.5 1 5 33.5 10 4 110 30. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando parcelas e nomes com espaços para as parcelas .no. (Você não bate as partes em itálico !) 13 . 1.5 15 9 9 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 44 16 6 11 22 6 11 12 10 4 4 t ï repare no “t” Esta e parcela 2b ï no.5 5 3 t ï repare no “t” Esta e parcela 2a ï no. da espécie      Ç--.SAOJOSE. da terceira parcela com espaços 13 40 18 7 14 5 + 6+8. do indivíduo Fig.perímetro/diâmetro  Ç--.Utilizando FITOPAC É no. da segunda parcela com espaços 6 5. da primeira parcela 1 1 34.5 3 6 7 25 8 8 8 55.7 7 5 3 40 12.5 12 2 10.5 5.

etc. Arquivos de dados FITOPAC utiliza três formatos especiais para arquivos de dados. Embora cada programa é independente. com disco flexível("floppy") Com 2 drives “floppy” .coloque o disquete de programas no drive “A” e o disquete com seus dados no drive “B”. Em geral. portanto. Portanto. Alternativamente. Este tipo de arquivo também é utilizado para armazenar dados que normalmente vem em forma de matriz . O primeiro é para dados de campo. Arquivos deste tipo também podem ser usados para armazenar os resultados de análises . você pode usar o programa a partir do subdirectório onde está instalada e especificar onde vai buscar os arquivos de dados via o comando “Rotas” ou pelo linha de comando .por ex. diretórios e configuração” para mais detalhes. Este último será necessário no caso de levantamentos grandes onde os dados não cabem num disquete. Por exemplo. e será necessário para outros programas na próxima versão. consistindo de uma lista das observações dos indivíduos encontrados no levantamento.por ex. Este tipo de arquivo tem a extensão “FPM” (FitoPac-Matriz) e são preparadas de um arquivo “FPD” usando o programa CRIAMAT. é mais conveniente trabalhar com drive “B” ativo. com disco rígido No caso de um sistema com disco rígido.que assim podem ser introduzidos em outros programas. todos tem o mesmo estilo de interface e utilizam os mesmos tipos de comandos. O programa é chamado. FITOPAC utiliza a extensão “FPD” (FitoPac-Dados) para estes arquivos. ou que são comuns a diversos deles. onde as linhas da matriz representam as amostras. este será o primeiro arquivo a ser preparado. Se você especifique a rota “PATH C:\FITOPAC”. batendo “A:Nome_do_programa”. Normalmente. se a tela mostra “A>“. dados de análises de 14 . menus. pode usar os programas a partir do drive “A” ou qualquer subdirectório no disco rígido. Uso de arquivos em FITOPAC. O segundo tipo de arquivo é utilizado para matrizes de dados. geralmente na forma de matrizes de parcelas x espécies. estes servem para qualquer uma dos programas. “PARAMS” e “CADERNO”. e a tela deve passar a mostrar “B>“. junto com a parcela ou ponto onde o indivíduo foi encontrado. e dai em diante todos os arquivos são lidos ou criados no disco em drive B. Normalmente.UTILIZANDO FITOPAC O FITOPAC é interativo. bate “B:”.veja a seção “Rotas. Usando os programas. Este tipo de arquivo é utilizado pelos programas “COEF” e “ORD”. Este capítulo descreve a maneira em que você interage com os programas. é possível fazer um Análise de Componentes Principais sobre uma matriz de dados de parcelas x espécies e depois usar a matriz de “scores” resultante para calcular distâncias ou outros coeficientes no programa “COEF”. uma vez que você aprenda utilizar os comandos básicos. batendo somente o nome do programa. descrevendo os comandos e características que são comuns a todos os programas. Arquivos FPD são o ponto de partida para todos os outros programas em FITOPAC. gravar os “scores” de uma PCA . utilizando o programa PREPARE. Arquivos do tipo “FPD” são usados pelos programas “CRIAMAT”. você pode usar drive “A” (floppy) para os arquivos de dados ou criar um subdirectório para os dados. e as colunas as espécies. é muito mais fácil usar os programas quando estão instalados no disco rígido e seus dados podem estar acomodados no próprio disco rígido ou num disquete flexível. com um interface comum para todos os programas e pode ser usado em computadores com disco rígido ou em sistemas com somente discos tipo flexíveis (“floppy”).

mas está anexada no final do arquivo antigo. você pode jogar os resultados diretamente para a impressora especificando “IMP” ou “PRN” como arquivo de saída (ex. o programa grava os resultados num arquivo préfixado (geralmente o nome do arquivo de dados com a extensão “LST” .por ex. ou um outro arquivo. Outros tipos de arquivos Além dos arquivos usados para armazenar dados. porém. especialmente em casos onde resultados de uma análise serão utilizados como entrada para uma outra análise. e. Onde o programa pode produzir uma listagem de resultados (por ex. Os programas permitem especificar os arquivos a serem usados em duas maneiras : 1) Usando o comando “Arquivos” presente no menu principal de cada programa (mais fácil se você não conhece bem os programas). são arquivos que contém informações sobre a configuração atual dos programas (rotas. CLUSTER SAOJOSE SJ.CNF”.depois você não entende porque sua listagem da última análise não saiu ! Saiu. são arquivos contendo as informações para o sistema de ajuda. PREPARE.extensão “. com extensões “DAD” e “NMS”. Caso queira fazer uma PCA ou Análise de Agrupamentos. O calculo dos parâmetros fitossociológicos e listagem dos dados podem ser feitas a partir do arquivo “FPD”. Precisa. Esta última opção é interessante se você quer imprimir mais que uma cópia dos resultados . “SAOJOSE. ??.LST como arquivo de saída de resultados.Utilizando FITOPAC solo ou outras variáveis ambientais. o próprio programa apaga estes arquivos no final de processamento e você não deve vê-los.TMP”. preferências de impressora. Não esquece de deixar um espaço entre os dois nomes. geralmente precisa entrar somente o nome do arquivo de dados e os programas criam. Estes dados podem ser entrados diretamente ou via uma planilha (veja o capítulo “Preparando Dados").FPC como arquivo de entrada e SJ.por ex. O uso destes extensões não é obrigatório.HLP”. sim. que depois pode ser impresso. 15 . a criação de um arquivo “FPD” via o programa “PREPARE”. os programas do FITOPAC utilizam diversos outros tipos de arquivos :arquivos de ajuda . criar um único arquivo com todas as listagens das análises realizadas . arquivos temporários . Neste caso. você pode especificar o arquivo de saída na linha de comando também. os arquivos de entrada e saída são especificados. etc. diretórios e configuração). em seguida.extensão “. a não ser em casos onde processamento foi interrompido prematuramente. Se você segue o esquema sugerido aqui. e não são gravadas em cima dos dados já existentes. se este já foi criado.se você é mais experiente e quer evitar a tela introdutória. este tipo de arquivo pode ser removido. as extensões e outros arquivos necessários. bate o nome do arquivo a ser usado depois do nome do programa . Normalmente. As relações entre os diferentes tipos de arquivo são mostrados na fig. e que podem estar gravados em diversos diretórios (veja a seção “Rotas. Nestes casos. arquivos de configuração .por ex. portanto. PREPARE SAOJOSE. mas simplificará a utilização dos programas. tomar cuidado que novas análises não são anexas a arquivos velhos . Neste caso. e depois acione o comando “Arquivos”. por enquanto. pois o programa não vai usar de novo.a única limitação é o espaço disponível no disco. e tem a extensão “FPC” (FitoPac-Coeficientes). são utilizados somente pelos programas “CLUSTER” e “ORD”. Nas descrições mais detalhadas dos programas. automaticamente. Em alguns casos. se não quiser o nome pré-fixado que o programa oferece . Esta opção abre uma janela pedindo os nomes dos arquivos de entrada e saída. Na maioria dos programas. A seqüência normal para análise de dados de um levantamento seria a preparação dos arquivos de dados numéricos e nomes. ORD). os arquivos necessários são especificadas na descrição do programa.por ex. utilize “CRIAMAT” para criar um arquivo “FPM”. Você pode. o arquivo de entrada não tem extensão pois usa a extensão padrão ("FPC") de um arquivo de coeficientes. 2) pela linha de comando . Se você não especifica saída para impressora. Não são essenciais para o funcionamento dos programas. Note que neste exemplo. Estes arquivos são produzidos pelo programa “COEF” e.LST"). arquivos subsidiários podem ser necessários. são criados por diversos programas para armazenar dados temporariamente enquanto estão trabalhando. bate somente o nome do programa .extensão “.LST utilizará o arquivo SAOJOSE. Arquivos de coeficientes de similaridade ou distâncias entre amostras ou espécies formam o terceiro tipo de arquivo. mas o sistema de ajuda não fica disponível sem estes arquivos (veja a seção “sistema de ajuda"). usando um editor de texto. Geralmente é necessário bater somente o nome do arquivo de entrada e o programa cria automaticamente o arquivo de saída necessário.uma para rabiscar e a outra para servir de cópia de “biblioteca”.eu normalmente prefiro fazer duas cópias . ORD SAOJOSE IMP). A maioria dos programas utiliza um arquivo de entrada e um arquivo de saída.). Repare que arquivos “LST” de listagens geralmente são abertos de tal modo que novas listagens são anexadas ao arquivo.

No menu principal de todos os programas existe uma opção “Rotas”. os subdirectórios utilizados para os arquivos de dados e resultados podem ser determinados em diversas maneiras. Normalmente não há necessidade de modificar este subdirectório pois os arquivos temporários devem ser apagados pelo próprio programa antes de terminar a análise. mas note que todos os arquivos de dados usados devem estar no mesmo subdirectório. também. e . enquanto a “Rota para resultados/listagens” especifica onde os arquivos de resultados e listagens serão mandados. Se tiver um disco do tipo “RAMdrive”. abre uma tela que permite modificar os nomes :Mudar rotas Rota para dados C:\FITOPAC\ Rota para resultados/listagens C:\FITOPAC\ Rota para arquivos temporarios C:\FITOPAC\ Nome de um diretorio/sub-diretorio (F3 para lista) Na “Rota para dados” você pode especificar o subdirectório onde os arquivos de dados estão armazenados.FITOPAC 1 Rotas. é necessário especificar a rota dos arquivos de entrada e saída quando estes não estiveram no subdirectório especificado na configuração. porém. diretórios e configuração No caso de sistemas com disco rígido. Se utilizar este método. escolher rotas diferentes para entrado e saída. ou especificar somente uma das rotas. A outra maneira de especificar subdirectórios é via a linha de comando. É possível especificar os subdirectórios de entrada e saída por este mecanismo. mas não o de arquivos temporários. Você pode colocar a rota antes do nome dos arquivo apropriado na linha de comando.se não. que exista espaço suficiente no disco “RAM” . aumentando a velocidade de processamento consideravelmente em alguns casos. A “Rota para arquivos temporários” pode ser usada para determinar onde os programas que produzem arquivos temporários irão gravá-los. Estes subdirectórios podem ser diferentes. Esta opção é utilizado para mudar os nomes dos subdirectórios onde o programa vai procurar os arquivos de dados ou gravar os arquivos de resultados. o programa vai parar com um erro. pode ser interessante especificar este disco para receber os arquivos temporários. É importante. porém. Exemplos : - 16 .quando selecionado. Pode.

Por exemplo. F3 . usam os valores “default” já embutidos no FITOPAC. pode colocar um arquivo de \CERRADOS configuração em cada um destes sub-diretórios. “\CERRADOS” e “\MATAS”. como indicado na figura ao lado. e na ausência deste.Diretório. em \matas. o programa sugere primeiro uma “mascara” para procurar arquivos. Note que em alguns casos. dependendo da parte do programa onde foi ativada. FITOPAC utiliza algumas teclas que tem a mesma função em todos os programas. Se não tiver um arquivo de configuração local. Permite “mudar de idéia” e volta ao passo anterior. por exemplo depois de processar uma análise completa. procurando e gravando arquivos no sub-diretório que estava ativo quando o programa foi chamado. Estas teclas são :F1 . simplesmente apertando a tecla F1. você pode agrupar seus dados em diversos subdiretórios no disco e ter uma configuração específica para cada agrupamento. PARAMS C:\OUTROS\SAOJOSE C:\OUTROS\SAOJOSE procurará os dados no subdirectório C:\outros\ e gravar os resultados no mesmo. PARAMS SAOJOSE procurará os dados no C:\DADOS\ e vai gravar os resultados no mesmo subdirectório. Você pode rodar FITOPAC a partir de qualquer um destes diretórios (desde que o seu dados “path” contém “\FITOPAC. contendo dados em “\cerrados” e “\matas”. Você pode gravar o arquivo de configuração usando a tecla F5 dentro de qualquer programa ou com o programa “CONFIG” Desta maneira. enquanto que em \cerrados a rota de entrada poderia ser \cerrados e de dados saida \cerrados também.FPD todos com extensão “FPD”. e os programas vão utilizar a configuração “local” do subdiretório ativo. F2 . Esta segue as regras normais para DOS .* lista todos os arquivos.Ajuda. As rotas utilizadas por FITOPAC estão armazenadas em C:\ arquivos de configuração que tem a extensão “. Se você tiver seu disco rígido com os sub-diretórios “\FITOPAC”. Interagindo com os programas Teclas especiais. Você pode obter ajuda em quase qualquer ponto onde precisa responder a uma pergunta ou decidir entre diferentes opções. Se for numa situação onde o programa está pedindo variáveis ou observações. Você pode ter um arquivo de configuração em qualquer subdirectório e FITOPAC utilizará a configuração especificada no diretório ativo.por ex. a rota de entrada \MATAS pode ser \matas e de saida \resultad. PARAMS C:\OUTRO\SAOJOSE vai procurar os arquivos de dados no subdirectório C:\outros\ e vai gravar os resultados em C:\dados\. esta forma de diretório será produzido. *.Voltar à pergunta/menu anterior.CNF”.Utilizando FITOPAC supondo que a configuração esteja com C:\DADOS\ para a rota de entrada e saída. os programas utilizam automaticamente o arquivo present no subdiretório do FITOPAC. PARAMS C:\OUTROS\SAOJOSE C:\RESULT\SAOJOSE vai procurar os arquivos de dados no subdirectório C:\outros\ e gravar os resultados no subdirectório C:\result\.” em algum lugar). *. Esta tecla produz um diretório de arquivos ou uma listagem de variáveis ou observações. além de mais um no “\fitopac”. 17 . Em situações onde um nome de arquivo é esperado. Isso quer dizer que você pode manter configurações que são específicos para cada \FITOPAC subdirectório. não é possível voltar às opções anteriores pois a análise ou transformação já está completa. Note que é necessário colocar a rota para entrada e saída neste caso.

Esc .Grava a configuração de rotas. Todos os programas apresentam um menu principal. o programa vai perguntar em que sub-diretório você quer gravar a configuração. O mais simples é de usar as teclas de seta para cima e para baixa para mudar o cursor (a opção que aparece com fundo de cor diferente) até a opção que você deseja e apertar a tecla <ENTER>. começa batendo sua resposta diretamente e a resposta pré-fixada. no arquivo FITOPAC. etc. c) se você quer dar uma resposta totalmente diferente. F10 -Sair do programa. Este tipo de menu é utilizado para escolher opções dentro de uma lista. Note que sua resposta pode ser editada até o ponto em que você aperta <ENTER>. e esta opção será selecionada diretamente. F5 .um caractere à esquerda £. use Ctrl-Break (bate a tecla “Break” enquanto está segurando a tecla “Ctrl").na maioria dos programas. Menus Os programas utilizam menus extensamente para selecionar alguma opção. onde as opções disponíveis são apresentadas na primeira linha da tela. impressora. As teclas usadas para editar a resposta são as seguintes : ¤→ . A maioria são do tipo onde um valor numérico. Se você quer parar o programa no meio de algun cálculo. o programa frequentemente oferece uma resposta pré-fixada ("default value") que pode ser aceita inteiramente. Diversos tipos de informações podem ser solicitados (por ex. quando encontram um erro). o nome de um arquivo ou algum valor numérico) ou fazem perguntas para saber como proceder (por ex. Funciona somente em pontos onde o programa está esperando alguma resposta. Veja o capítulo do programa CONFIG para mais detalhes. por exemplo para escolher um entre diversos transformações de dados. ou se por algum motivo. um nome ou uma frase deve ser entrado. caso houve algum “desastre”. A informação solicitada pode ser de vários tipos. simplesmente bate <ENTER>. será descartada. ou utilizando as teclas de seta ( ← e → ) para colocar o cursor em cima da opção e apertando a tecla <ENTER> para selecionar a opção. O segundo tipo de menu é do tipo “drop down” e aparece dentro de uma janela na tela. Este tipo de menu também é utilizado em diversos programas para escolher opções onde diversas operações podem ser realizadas. A escolha de opções pode ser feito em duas maneiras. precisa parar neste ponto. Nestes casos. esta tecla permite “escapar” de situações onde você não pode continuar e quer voltar ao menu principal ou anterior.CNF no disco e este configuração será usada como o “default” até que seja modificada de novo. parcialmente ou descartada.um caractere à direita ¥.uma linha para baixo 18 . Alternativamente. Ao apertar esta tecla.uma linha para cima ¢ . os programas precisam de informaçôes mais extensas e apresentam uma tela que funciona como uma espécie de “formulário” para ser preenchido. Neste caso.Alterar a configuração da impressora e outros características do programa. b) se quer utilizar parte da resposta fornecida. mas os programas utilizam 2 formatos de resposta. por exemplo manipulação de matrizes ou escolha de gráficos. utilize as teclas de seta à direita ou <END> para aceitar a resposta que então pode ser editada utilizando as teclas normais. Telas e perguntas Em vários pontos. você pode responder em diferentes maneiras : a) se quer utilizar a resposta pré-fixada pelo programa (que aparece em vídeo inverso). se existe. ou se não tem uma resposta pré-fixada pelo programa. Esta tecla permite que você abandone o processamento e para o programa. e a opção desejada pode ser selecionada batendo a letra em maiuscula daquela opção.FITOPAC 1 F4 . pode bater a letra ou número que aparece na frente da opção. Dois tipos de menu são utilizados. sem a necessidade de mudar o cursor e bater <ENTER>.

Quando inserção está ligado. Normalmente.vai até o primeiro item na tela End .selecionar o ítem na atual posição do cursor .próxima página PgUp . para serem transformados. Nestes casos. utilizando as seguintes teclas :enter . 1. Nestes casos. deixando modificadas somente as respostas já selecionadas até este ponto. ou F6 . mas se todas as respostas pré-fixadas são satisfatórias. geralmente na forma de uma pergunta do tipo “Quais espécies”.terminar seleção e continuar processamento Esc .apague a resposta inteira . ou algo parecido. “23 . você sai da tela após de responder à última pergunta.fim da resposta µ ± .início da resposta ¶ .página anterior Ctrl + PgUp .vai até o último item na lista Você pode selecionar uma mistura de itens individuais e listas de itens com o uso apropriada das teclas de seleção e seleção de blocos. PREPARE e CRIAMAT) podem precisar de uma série mais extensa de dados e apresentam uma ou mais telas de perguntas. O uso de números freqüentemente é inconveniente e.3.inicia ou termina a seleção de um bloco Home . 19 . pode utilizar a tecla PgDn para sair sem a necessidade de completar todas. e a resposta pode ser mudada apertando a tecla de espaço.Utilizando FITOPAC ² . uma das respostas possíveis aparece em vídeo inverso.4. utilizados numa análise. pode especificar os objetos ou variáveis batendo “t” para todos ou batendo os números dos objetos ou variáveis apropriados. etc. como alternativa. Você pode selecionar uma lista de números batendo o primeiro e último número da lista. em qualquer combinação por ex. Nestes casos. ou se só precisa modificar uma ou duas.vai até o início da lista Ctrl + PgDn .5. Pode misturar ítens individuais e listas. separados por um “-” .35” selecionará todos os objetos/variáveis de 23 a 35 inclusivos.55 66 77 98-100 seria aceitável. 23 . aparece o sinal “INS” no topo da tela e qualquer coisa que você bate é inserida na posição do cursor.apague o caractere antes do cursor ¦K. etc. pode utilizar a tecla F3 para chamar uma janela que mostra as variáveis ou objetos disponíveis..ligar e desligar inserção.abandonar seleção espaço . Especificando listas de variáveis e objetos Em vários pontos. Quando o valor apropriado está visível. apagando texto existente na posição do cursor. mas algumas outras teclas ajudam “navegar” dentro da tela : Ctrl → Pula à próxima pergunta ou à direita Ctrl ← Pula à pergunta anterior ou à esquerda ↑ Pula para cima ↓ Pula para baixo PgDn Terminar. Alternativamente. A seleção pode ser feita diretamente na janela.vai até o último item na tela PgDn . o que você escreve será sobreposto.por ex. as respostas às perguntas são dados da maneira descrita acima. O segundo tipo de pergunta que os programas apresentam ocorre onde existem somente 2 ou mais respostas préfixada do tipo “sim/não” ou “norte/sul”.6-8. os programas pedem que você especifique um ou mais variáveis ou objetos. pode ser selecionado batendo <ENTER> ou ->. Se a inserção está desligada. Itens individuais são especificados usando os números apropriados separados por espaços ou por vírgulas por ex. por ex. 1. Alguns programas (por ex.apague o caractere na posição do cursor Backspace .por ex “s” para “sim” e “n” para “não”. batendo a letra inicial da opção desejada seleciona aquela opção e coloca o cursor na próxima pergunta .

F5 Gravar config. É possível estabelecer condições relativamente complexas./altura Continue Especificar AMOSTRAS para INCLUIR ------------------------------------------------------------------------ -----------------------------------------------------------------------F1 Ajuda. Assim.23. com diâmetro máximo de 55 cm. particularmente para modificação de dados e seleção de indivíduos. 15 .por ex.. se quiser retirar as “mortas” quando estas foram registrados no arquivo de dados. Para sair da tela de ajuda. você pode incluir ou excluir indivíduos. sem a necessidade de rebater os dados ou alterar o arquivo de dados.FITOPAC 1 Sistema de Ajuda Na maioria de lugares onde um programa pede alguma informação ou espera alguma ação.mais conveniente quando você quer incluir a maioria das amostras e só excluir algumas. bate a tecla “Esc”. Desta maneira. pode incluir ou excluir blocos de amostras. Deve aparecer uma tela fornecendo uma explicação sucinta de que o programa espera neste ponto ou explicando as opções disponíveis. você pode pedir ajuda. inclusive quando estas não são contíguas no arquivo de dados. no. e se estes não foram localizados. Este sistema de ajuda depende da presença dos arquivos de ajuda (com extensão “. existe uma opção que permite estabelecer um “filtro” .HLP"). apertando a tecla F1. Opções comuns a diversos programas Vários programas oferecem as mesmas opções. uma mensagem aparece dizendo que ajuda não está disponível. Correndo o programa com este filtro dará a análise desejada. de amostra ou espécie que você determina com o uso do filtro. dependendo do conjunto de características escolhidas . EXCLUIR_AMOS[TRAS] . Esta facilidade também é muito útil em casos onde você quer analisar blocos de amostras e não o levantamento inteiro. é mais fácil manter os dados para levantamentos complexos dentro de um único arquivo “FPD” e correr as sub-análises necessários utilizando o filtro para especificar os limites para cada uma delas. F10 Sair INCLUIR_AMOS[TRAS] . especificando “filtros" Em programas que usam arquivos de dados do tipo “FPD”.selecionar amostras para serem incluídas na análise . de acordo com os limites de diâmetro/perímetro. por ex. F3 Selecionar.por ex.selecionar as espécies que serão excluídas na atual análise .selecionar espécies que serão incluídas na análise .útil quando você pretende analisar somente um número limitado de espécies. EXCLUIR_ESPE[CIES] . Neste caso. Nestes programas. 31 e 33.10.. 20 . você pode especificar dentro de PARAMS um filtro que aceita somente indivíduos com diâmetro mínimo de 10 cm. e depois quer analisar os dados incluindo somente os indivíduos com diâmetros maiores que 10 cm. todos os indivíduos de parcelas 1 . com altura abaixo de 10 m e excluindo espécies 56 e 91. se você tiver um levantamento por parcelas onde incluiu todos os indivíduos com diâmetros maiores que 5 cm. especificando como os dados serão lidos. altura.selecionar amostras para serem excluídas da análise .conveniente quando você quer analisar somente um número pequeno de amostras. existe o comando “Filtro” no menu principal que chama o menu de filtro onde você especifica os detalhes do filtro que quer aplicar :Incluir_amos Excluir_amos iNcluir_espe eXcluir_espe Diam. INCLUIR_ESPE[CIES] . Estas opções são descritas aqui para evitar repetição das informações em cada programa. PARAMS e CRIAMAT. F4 Impressora. Nos programas que utilizam filtros. e mínimo de 33 cm.

CONTINUE . sem a necessidade de recarregar a matriz completa cada vez.0000 Bate valor para maximo Diam.Transform traNspor Planilha nOmes Adicionar Imprime Continue Mascarar uma ou mais especies ou amostras ------------------------------------------------------------- Pode escolher qualquer opção. cm 0.é preciso ter cuidado com esta opção quando você utilize transformações ! REST[AURAR] . Note que todas as colunas ou linhas que estavam mascaradas serão restauradas. especificando como perímetro/diâmetro ou em centímetros/metros. portanto. mas não são gravadas ou transformadas enquanto mascaradas.permite “mascarar” temporariamente uma ou mais colunas (normalmente espécies ou variáveis) ou linhas da matriz.voltar ao programa principal. e esta opção é selecionada. Note que linhas mascaradas também não serão transformadas ou gravadas .0000 perim. Bate os números das colunas. depois transformar as variáveis não-mascaradas. 1000000 Altura 1000.Este comando abre a tela de especificação de diâmetro e altura :Bate valores para maximo e minimo maximo Diam. Note que o programa volta a esta tela após cada uma destas opções (exceto “Continue") e você pode utilizar diversas opções antes de voltar para o programa principal. ou use a tecla F3 para uma lista das colunas./Perim.Permite restaurar colunas ou linhas previamente mascaradas. aplicar uma série de operações na mesma matriz . manipulando matrizes Os programas que utilizam matrizes de dados oferecem uma opção para modificação ou manipulação de matrizes. de acordo com os valores selecionados nos respetivos “interruptores”. Quando você seleciona esta opção./Perim. e podem ser recuperadas utilizando a opção “Rest”.00 minimo 0. Seguem descrições das funções de cada opção :MASCARAR . Este opção é muito útil quando você precisa produzir diversas versões de uma matriz com diferentes combinações de variáveis ou amostras. Você pode então preencher os valores desejados para o máximo e mínimo para altura e diâmetro/perímetro. aparece o menu de manipulação de dados :Mascarar Rest. Este sempre aparece como a opção “Modificar” nos menus destes programas. editar os nomes das variáveis e utilizar a planilha para fazer correções.. o programa solicita uma lista de colunas a serem mascaradas.por exemplo : mascarar algumas variáveis.Utilizando FITOPAC DIAM/ALTUR . pois as colunas e linhas mascaradas não são eliminadas permanentemente.Elim. É possível. Uma vez que o programa tem uma matriz de dados ativo. 21 . aceitavel. Colunas ou linhas mascaradas não são eliminadas permanentemente.

NOMES . que estão num arquivo já existente. produzindo um arquivo final que contém uma matriz com ambos os conjuntos de dados. É necessário quando pretende. TRANSPOR . Este arquivo tem que ser um arquivo em formato FITOPAC.Elimina permanentemente linhas ou colunas.e. corrige. Terminando as modificações. aperte “ENTER” e o programa volta à lista de nomes de colunas ou linhas. matriz 1 1111 1111 matriz 2 2222 2222 matriz final 1111 1111 2222 2222 22 . aparece um menu perguntando que tipo de fusão você quer : A . fornecendo um mecanismo para criar matrizes que combinam dados de diferentes tipos. Utilize as teclas de seta. aperte a tecla “ESC” para voltar ao menu de manipulação de dados. você pode alterar ou editar os nomes das colunas ou linhas. utilizando diversas transformações. por ex..Esta opção permite a fusão de duas matrizes. mas os itens eliminados não podem ser restaurados.cabeça . TRANSFORMAR . Esta opção é muito útil para confirmar que uma “importação” de uma matriz funcionou corretamente.Com esta opção. ou manipula os dados. ou de diferentes lotes. o programa pergunta o nome do arquivo contendo a segunda matriz.lado ao lado B . etc.Chama a planilha.. PLANILHA . A planilha permite uma série de outras operações que são descritas mais detalhadamente na seção “Usando a planilha” . permitindo que você inspeciona. PgUp.Permite transformar qualquer combinação de colunas ou linhas da matriz. i. Para fundir as duas matrizes. i. Quando você seleciona esta opção. você pode querer acrescentar dados sobre composição de solo.o nome então é colocada numa janela de edição.Este comando pode ser utilizado para transpor a matriz (tornar as colunas linhas e as linhas colunas). a um outro arquivo de dados de vegetação já produzido pelo programa CRIAMAT. PgDn. um por linha. para colocar o cursor no nome que você quer alterar e aperte a tecla “ENTER” . e pode altera-lo utilizando as teclas normais de edição.FITOPAC 1 ELIM[INAR] . Veja a seção “Transformando dados” na parte geral do manual para uma descrição mais completa do uso de transformações. cada vez que importa dados de um arquivo que não esteja no formato FITOPAC. supõe-se que as colunas são iguais e que a segunda matriz representa um acréscimo no número de linhas na matriz final (amostras adicionais). e normalmente você sempre deve utiliza-la.cauda No primeiro caso. as duas matrizes contém colunas (variáveis) diferentes e a matriz final terá um número de colunas igual à soma das colunas das duas matrizes originais. Quando termina a edição. ADICIONAR . Por ex. matriz 1 1111 1111 matriz 2 2222 2222 matriz final 11112222 11112222 Na segunda alternativa. criar uma matriz de coeficientes de semelhança entre as variáveis. você virá abrir uma janela com os nomes das colunas ou linhas da matriz. Quando seleciona esta opção. Depois. carregue primeiro a matriz de dados de vegetação e depois utilize esta opção para acrescentar os dados de solo.e. Funciona da mesma maneira que o comando de mascarar.

??.não é comparável com “Lotus 123” ou “Quattro” . mas você deve ser muito cauteloso no uso da matriz resultante. só precisa usar a tecla “ENTER”. e o nome sugerido é satisfatório. Se quiser. verá na tela uma representação da matriz semelhante àquela na fig.Imprime a matriz ou diretamente na impressora ou dentro de um arquivo que pode ser impresso mais tarde. Quando chama a planilha. Mais tarde. IMPRIME . 23 . ou altera o nome.cauda”. pode utilizar os recursos de exportação do programa “MATRIZ” para transferir seus dados a uma planilha comercial. Que tipo de análise você pretende fazer com estes dados ? As matrizes realmente podem ter números diferentes de linhas ? Não ocorreu algum tipo de erro ? O programa também avisa se os nomes das linhas não são iguais. Se não quiser usar este nome. pode imprimir na impressora utilizando os comandos normais do DOS como “PRINT” ou “COPY”. mas o número de colunas visíveis na tela será reduzido. uma alternativa é de utilizar a planilha e as facilidades que esta tem para acrescentar linhas ou colunas individuais. bate “PRN” em vez do nome do arquivo.Utilizando FITOPAC Assim. manipulá-los e importá-los de novo. As colunas vazias da matriz menor serão preenchidas com “valor faltando”. Usando a planilha A planilha fornecida no FITOPAC é bastante rudimentar . se quiser mandar diretamente para a impressora.deixar o módulo de modificação de matriz e voltar ao programa principal. Caso você queira acrescentar poucos dados e prefere entrá-los diretamente. o programa avisa se há qualquer diferença em número de colunas ou diferenças nos nomes das colunas. o programa perguntará o nome do arquivo para a impressão da matriz. o número de colunas nas duas matrizes deve ser igual. A planilha permite :• • • • • • • • Inspecionar a matriz Entrar e corrigir dados Mascarar/eliminar linhas/colunas Transformar linhas/colunas Ordenar a matriz usando uma coluna como chave de ordenação Ordenar a matriz utilizando nomes das linhas como chave Adicionar linhas/colunas Inserir linhas/colunas A planilha não possui facilidades para o uso de formulas. os nomes utilizados na matriz final são os nomes do primeiro arquivo. pode mostrar o nome completo ampliando a largura da coluna. e a matriz vai ser “impressa” no arquivo. Se você quer mandar a impressão para um arquivo. Se não estiver. Os nomes das colunas estão na primeira linha da tela e os nomes das linhas na primeira coluna. No caso de fusão “cabeça . Os nomes das colunas podem ser truncados se estão compridos e as colunas estreitas. utilizando o menu de comandos. o número de linhas nas duas matrizes deve ser igual. CONTINUE . bate outro. Quando seleciona esta opção. Se você precisa de manipulações mais sofisticados. você pode ampliar uma matriz de uma maneira bastante flexível. Caso haja qualquer diferença em nomes de colunas ou linhas. o programa avisa e preenche as linhas vazias da matriz menor com “dados faltando”. As mesmas observações valem para este caso. O nome preestabelecido pelo programa é o nome do arquivo de entrada com a extensão “LST”. É importante notar que no caso de fusão “lado ao lado”. De novo.mas permite uma série de operações simples além de entrada e inspeção da matriz.

No. Os comandos utilizados pela planilha são semelhantes aqueles das planilhas comerciais.200 0. se você precisa ver dados numéricos com mais precisão. Note que a posição do cursor também é indicada por uma mudança na cor dos nomes da linha e coluna correspondentes. sem apagá-lo completamente. -0 1.230 0. como em Lotus 123.400 4. que marca a célula atualmente ativa.000 4.400 2.Colunas B .600 0. Esc saia da planilha e volta ao menu de manipulação de dados.800 3. etc. Ctrl PgUp e Ctrl PgDn mudam o cursor até a primeira ou última linha da matriz respetivamente.O.600 2.300 4.400 0.800 3. portanto.100 0.200 M. Home muda o cursor até o início da linha na tela End muda o cursor até o fim da linha na tela Ctrl Home muda o cursor para o início da linha da matriz Ctrl End muda o cursor para o fim da linha da matriz + − 0. Ctrl → e Ctrl ← mudam uma tela para direta e esquerda respetivamente.500 Mg -0 0.100 4.240 0. Qualquer ação de edição ou alteração de conteúdo da matriz ocorre na célula ativa indicada pelo cursor.290 0.FITOPAC 1 pHCaCl4.100 K -0 0. Ao selecionar esta opção.100 0.Largura das colunas D . aparece um menu oferecendo várias opções:A .100 0. mas existem algumas diferenças no efeito de algumas teclas.290 0. Enter abre uma janela de edição que permite editar o valor presente na célula ativa. Largura das colunas altera a largura das colunas na tela.800 3.500 0. o programa perguntará quantas casas decimais você quer utilizar.800 1.700 0.100 0.1.800 2.800 3.100 2. se você utilize uma largura de coluna muito grande.600 1a 1b 1d 2c 2b 4d 5b 5c 5d 5e 6c 7c Fig. de decimais E .240 Ca -0 0.300 0.800 0.100 4.100 0.800 5. Porém. Quando aperta esta tecla.800 2. Note que esta opção não afeta a acuracia de armazenamento dos dados que continua inalterada. 24 .200 4. Os outros recursos da planilha são acionados pelo uso da tecla “/”.400 4. As teclas usadas são os seguintes :↑ ↓ ← → as teclas de seta mudam a posição do cursor.400 0.100 1.270 0. na direção indicada.500 1.700 0.000 P -0 2.400 3.290 0. eliminando o valor atualmente presente.Ordenar matriz por nome de amostra Colunas e Linhas ativam outros menus que permitem operações com a coluna ou linha atualmente ativa (veja abaixo).800 2. ou quer ver os nomes das colunas. PgUp e PgDn mudam uma tela para cima e para baixo respetivamente. com uma destas células contendo o cursor.250 0.200 0.600 3.010 0.700 1.900 1. de decimais permite controlar o número de casas decimais mostradas na tela. caso sejam muito compridos. ? entra “valor faltando” na célula ativa.100 0.600 4.6 exemplo da tela da planilha O resto da tela contém células com os valores numéricos da matriz.300 4.9 começa entrar um número na célula ativa. Para alterar algum dado.400 1. vão caber poucas colunas na tela.400 4.100 0.230 0.700 0.200 4.200 4.200 4. você precisa posicionar o cursor em cima da célula desejada e só depois começar a editar o valor. / chama o menu de outros comandos disponíveis na planilha.600 0.400 2.800 1.100 5.. representado por caracteres com cores invertidos na tela.Linhas C .350 0.No.200 4.Ordenar matriz F .600 0.

Mascarar D . Quando você seleciona as opções de operações com linhas e colunas. o programa vai perguntar qual coluna deve ser usada como a chave secundária.elimina a linha/coluna da matriz. Esta opção pode ser útil quando você tem duas matrizes com as amostras em ordens diferentes e quer juntá-las para criar uma única matriz.aplica uma transformação à linha/coluna selecionada. Esta linha/coluna não será gravada/impressa. ordenando ambas pelos nomes das amostras assegura que as amostras estão nas linhas correspondentes das duas matrizes antes de tentar juntá-las. Estas são :A . etc. Neste caso.insere uma linha/coluna imediatamente antes (à esquerda ou acima) da célula ativa indicada pelo cursor.Utilizando FITOPAC Ordenar matriz permite ordenar as linhas da matriz de acordo com os valores contidos na coluna ativa. A chave primária é a coluna atualmente ativa (onde o cursor está localizado) e é a coluna usada para fazer a ordenação básica enquanto a chave secundária serve para ordenar quando tem valores iguais na chave primária. Ao selecionar esta opção.use com cautela ! TRANSFORMAR . Transformações Ao selecionar a opção “transformações” dentro do menu de manipulação de matrizes. Permite o acerescimo de uma linha/coluna à matriz quando você precisa adicionar mais dados.Adicionar B . Ordenar matriz por nome de amostra permite ordenar a matriz utilizando os nomes das amostras como chave para ordenação.Eliminar E . mas ainda está presente na matriz e pode ser desmascarada utilizando as facilidades do menu de manipulação da matriz.permite modificar o nome da linha/coluna. pode inserir linhas/colunas no meio da planilha. MASCARAR . Portanto.adiciona mais uma linha/coluna no final da planilha i.e após a última linha/coluna na planilha.permite mascarar a linha/coluna ativa.Transformar F . utilizando o conjunto padrão de transformações (veja a seção “transformações"). INSERIR . abrindo uma janela de edição. em ordem ascendente ou descendente.Inserir C . ELIMINAR ..Aterar nome ADICIONAR . o programa vai abrir um novo menu de transformações :- 25 . Não pode ser recuperada posteriormente . ALTERAR NOME . verá um menu suplementar mostrando as operações que podem ser feitas com linhas e colunas individuais.

“ranging” [x .] N .raiz quadrado [√x] D .selecionar as colunas ou linhas a serem transformadas .p.logaritmo comun [log(x)] H .logaritmo natural + constante[ln(x + c)] G .multiplicar por um constante [x * c] L . F5 Gravar config. F3 Selecionar.xmin/(xmax-xmin)] P .arcoseno [arcsen¹(x/Σx)] J . F10 Sair DIREÇAO . F4 Impressora.xmed. mais para outros como estandardização é de vital importância.reciproco [1/x] B . 40-60 cm and 80-100 cm. TIPO .xmin] S .subtrair o valor minimo [x .por coluna ou por linha.centrar [x .escolhe o tipo de transformação a ser aplicada. de variaveis : 39 [0] Tipo de transformaçao : nenhuma Direçao : Coluna No.proporçao [x/Σx] O .subtrair um constante [x .centragem duplo T .estandardizar [(x .repor valor faltando com media U . Para transformações como logaritmo.indique a direção de transformação . SELECIONE . etc. -----------------------------------------------------------------F1 Ajuda.. de itens selecion.logaritmo natural [ln(x)] F .quadrado [x²] C .p. Abre um menu oferecendo diversos tipos de transformação :Transformaçoes simples A .x] Q . no final deste capítulo. 26 .logaritmo comun + constante [log(x + c)] I .depende da resposta ao item anterior.dividir pelo valor maximo [x/xmax] R .x] M . each with 3 levels : 0-20 cm.converter em presencia/ausencia As definições das transformações podem ser encontradas na seção “Notas técnicas”.xmed)/d.FITOPAC 1 Direçao Selecione tIpo Transforme Continue transformar por coluna ou por linha ------------------------------------------------------------no.: 0 Sanata Genebra survey soil data set. de parcelas : 40 [0] no.c] K . a direção de transformação é indiferente.dividir pelo desvio padrao [x/d.raiz quadrado + constante [√(x + c)] E . 39 soil variables for 40 samples.

mais ou menos na forma vista na tela. o programa se mantém neste modo até que você selecione o comando continue. Isso permite a aplicação de diversas transformações na mesma matriz de dados. no caso de querer várias cópias). onde o símbolo usado. existe esta opção que permite alterar os símbolos utilizados no gráfico em diversas maneiras. permitindo um alto grau de flexibilidade na aplicação das transformações.voltar ao menu anterior (modificação de matriz) Quando a tela de transformações é acionada. depois desta transformação. onde diferentes grupos podem ser destacados ou uma terceira variável pode ser sobreposta. que a imagem é mandada diretamente para a impressora e não para um arquivo. abre uma tela :Arquivo Variável Símbolos cOres Tamanho fiXo Continue O comando “Variável” fica disponível somente depois de escolher um arquivo. a única transformação disponível é de transformar a matriz para uma matriz de dados quantitativos. consulte Grieg-Smith (1983) ou Legendre & Legendre (1983). e que utiliza os códigos de comando de “Epson” (por ex. ORD). Os símbolos podem ser alterados de duas maneiras . Não é possível discutir a aplicação e propriedades de cada tipo de transformação aqui . Quando um gráfico é apresentado na tela. Se não pode utilizar este código. Ao escolher esta opção.1) símbolos fixos.transformar as linhas/colunas selecionadas com a transformação escolhida. e os comandos “Símbolos” e “cOres” depois de escolher uma variável. No caso de ter problemas com esta facilidade. Como não tenho acesso a muitos tipos de impressora. pois. na maioria dos casos existe uma opção para produzir um gráfico alternativo utilizando somente os caracteres normais da impressora. não posso verificar quais impressoras funcionam. verifique no manual se a sua impressora pode utilizar o código Esc 'L' n1 n2 (onde n1 e n2 indiquem quantos bytes de caracteres gráficos vão seguir). pode usar uma planilha e depois importar os dados). FITOPAC não tem facilidades para combinação de variáveis ou cálculo de fórmulas (Se você precisa. a imagem na tela é mandada para a impressora. também. ou não usa códigos “Epson”. com cada ponto é diferente dos outros. impressoras “Rima"). Esta última opção permite a produção de gráficos mais sofisticados. Estes podem ser impressos. É possível aplicar uma série de transformações em seqüência no mesmo grupo de variáveis. Esta transformação não é usada com muito freqüência e normalmente seria utilizado quando você quer combinar matrizes contendo dados quantitativos e binários. que podem ser especificados junto com sua cor e tamanho.por ex. etc. será armazenada na forma de números reais. Modificando símbolos em gráficos de dispersão. Note que a impressora tem que estar ligada. Pelo uso dos comandos nesta opção. antes de mandar imprimir o gráfico. e com papel. Note. diagramas de dispersão. cor e tipo de símbolo usado. Se quiser mandar a imagem para um arquivo (por ex. 27 . ou aplicar diferentes transformações em diferentes grupos de variáveis ou em variáveis individuais. Repare que precisa acionar este comando para realizar as transformações ! CONTINUE . os programas esperem até que você bate uma tecla para continuar. e que são iguais para todos os pontos e 2) símbolos variáveis.Utilizando FITOPAC TRANSFORME . e que deve funcionar em praticamente qualquer impressora. não será possível usar este método de imprimir gráficos. e bate um “P"). Se sua impressora não produz gráficos. e oferecer uma série de opções. Impressão de Gráficos Diversos programas no pacote produzem gráficos na tela . se você tem uma impressora que tem um modo gráfico equivalente ao modo gráfico densidade dupla das impressoras “Epson”. existem alguns programas utilitários que interceptam listagens para a impressora e armazenam os dados num arquivo. No caso de arquivos de dados binários. você pode alterar o tamanho.se você tem dúvidas. Em programas que mostram gráficos de dispersão (PARAMS. Se você bate Ctrl-P (segure a tecla “Ctrl. na forma de tamanho de símbolo. Note que a matriz resultante precisa obedecer os limites para número de colunas para uma matriz quantitativo. sua cor e tamanho podem ser controlados de acordo com uma (ou mais) variáveis fornecidos à partir de um arquivo do tipo “FPM”.

16.∆. No caso de ter grupos numerosos...20.9. 8 vai repetir o mesmo símbolo usado para grupo 1.23. de uma maneira semelhante aos símbolos. SIMBOLOS .i. Se você aplica uma variável continua.22. a repetição dos símbolos ou cores pode resultar em confusão pois o mesmo símbolo ou cor seriam utilizados em mais que um grupo.11.. os símbolos e depois voltar e escolher uma outra variável para controlar a cor ou tamanho dos símbolos.o. É disponível somente com adaptadores de vídeo do tipo EGA ou VGA.24..99 vira 10.17. 2. Este tipo de gráfico é particularmente útil em ordenação quando se deseja comparar os resultados de uma ordenação com os resultados de uma análise de agrupamento.. 4.por ex.... o ciclo começa a repetir. o programa vai truncar o valor e tratar a parte inteira do número como um número inteiro ....10.14.12. 5... 4. e. 7.e..13.por exemplo uma variável que representa o grupo ao qual o ponto pertence após uma análise de agrupamento (um arquivo deste tipo pode ser produzido no programa “CLUSTER”). é possível diferenciar até 56 grupos diferentes antes de começar a repetir as combinações de símbolo e cor. CORES . VARIAVEL .. normalmente deve utilizar uma variável que contem somente números inteiros. Quando chega em grupo 8.. Normalmente.17. mas neste caso com 8 cores disponíveis. 5. Os símbolos usados são aplicados na ordem .16..... utilizá-la para modificar por ex..× -i..18.... Caso contrário. 4.escolhe um arquivo “FPM” que contem dados que você deseja representar no diagrama de dispersão atualmente ativo.+...∇. de tal maneira que grupo no. Em geral. mas de vez em quando pode ser útil.. o programa dará uma mensagem de erro e não vai aceitar o uso do arquivo escolhido. vir de diferentes arquivos.escolhe uma variável do arquivo que será representada no gráfico na forma de símbolos diferentes. Repare. mas com outra cor. deve ter uma linha para cada ponto.19. 6. portem. As diferentes variáveis podem. De novo.21. dando a seguinte seqüência :- símbolo ¡ o ∆ ∇ u + × grupos 1... esta opção deve ser utilizado com variáveis que representam valores inteiros . 7.. Para evitar esta situação. A alocação das cores segue a seguinte padrão :- cor azul claro verde claro ciano claro vermelho claro magenta clara amarelo branco marrom grupos 1. as cores são aplicadas de uma maneira cíclica. Assim. O arquivo pode conter 1 ou mais variáveis que contem informações suplementares ou complementares aos dados usados para produzir o gráfico. inclusive.10.. cores diferentes ou qualquer combinação dos três.13.32 vira 4 e 10.8..utilize símbolos diferentes para os pontos de acordo com o valor na variável escolhida no comando anterior.11.14. escolhidos utilizando o comando anterior.. etc. Repare que o número de linhas neste arquivo deve ser idêntico ao número de pontos no gráfico . 3.. 2.9.20... 8.15.esta opção tem um efeito semelhante ao anterior...veja abaixo).u.e. grupo 2 por “o“. 3...15.FITOPAC 1 ARQUIVO ..21.18. 6..12.¡. Variáveis contínuas são tratadas da mesma maneira. que as 28 . não recomendo o uso de variáveis continuas aqui (tamanho de símbolo é mais apropriado . grupo 1 será representado pelo símbolo “¡“. Você pode escolher uma variável...19. você pode aplicar símbolos e cores ao mesmo tempo. mas neste caso muda a cor do símbolo.

Na prática. 1. média de grupo). permitindo combinar arquivos sem problemas. caso você não gosta deste. Por ex. e difíceis de interpretar. Quando se aplica este comando. embora também pode ser usada com variáveis inteiras. No caso de levantamentos mais extensas ou mais complexas. e o sistema de numeração das espécies e famílias é uniforme. 2) Pode criar arquivos de dados separados para cada levantamento e depois combiná-los. é melhor não especificar os arquivos na linha de comando . Como um arquivo de nomes pode conter até 1000 espécies. pode responder B:SAOJOSE para o arquivo de entrada e A:SAOJOSE para o arquivo de saida. e deve ser adequado para a maioria de estudos práticos. sugere-se que seja dada uma numeração do tipo A1. qualquer mudanças em identificações. Desta maneira. ou algo semelhante. cor e tamanho e aplica uma combinação fixa para todos os pontos. Pode ser utilizada para mudar o padrão pré-fixada do programa. desde que eles utilizam o mesmo arquivo de nomes e a mesma numeração das espécies. ligação completa) e o tamanho dos símbolos representa os escores dos indivíduos no terceiro eixo. porém. etc.. onde a letra indica o levantamento individual e o número a parcela ou ponto dentro do levantamento. precisam ser feitas somente uma vez. mais é provável que este limite ficará para outros tipos de análise. Portanto. B1. colocar um disquete vazio no seu lugar. o programa divide a variável em 10 faixas iguais e utiliza um tamanho de símbolo diferente para cada faixa. com diversas amostras com composições semelhantes. cores e tamanhos simultaneamente.Este comando permite escolha de símbolo. Neste caso.8000 indivíduos).este comando utiliza a variável escolhida para determinar o tamanho do símbolo do ponto correspondente. desde que você não exagera ! Levantamentos grandes. devido às limitações de memória em computadores tipo IBM-PC. com três variáveis diferentes. embora o uso de disquetes que alta densidade permitem levantamentos mais extensos (mas a leitura é l-e-n-t-o !). você pode tirar o disquete do programa. Você pode utilizar estes comandos para produzir gráficos relativamente complexos. as cores representam os grupos obtidos com uma segunda análise de agrupamento (por ex. Esta opção é melhor para variáveis contínuas. às vezes. e não recomendo que você tenta mostrar tantas informações no mesmo gráfico. esta versatilidade pode ser útil. seria possível produzir um gráfico de dispersão onde os dois eixos representam os primeiros dois componentes. e depois juntar os dados dos blocos a mão. pelo menos no cálculo de parâmetros fitossociológicos.. e mandar todos os arquivos de resultados para este disquete. TAMANHO . caso precisa fazer um resumo da área inteira. Pretende-se tentar ampliar os limites para permitir o uso de levantamentos maiores. pode utilizar símbolos. etc. gráficos com muitos grupos logo ficam muito confusos. é mais facil criar um único arquivo de nomes para todos os levantamentos da área. vindo de três arquivos diferentes. Embora os programas não utilizam diretamente a numeração das parcelas ou pontos que você indica. mas.bate somente o nome do programa e espera o programa perguntar o nome dos arquivos de entrada e saida.Utilizando FITOPAC cores serão perdidas quando a tela é impressa utilizando Ctrl-P. e aceitam tranqüilamente duas ou mais parcelas ou pontos no. os símbolos representam os grupos obtidos com uma análise de agrupamento (por ex. 4) Levantamentos grandes praticamente exigem o uso de um disco rígido (o limite para um disquete flexível de 360 Kb é algo em torno de 7 . 29 . será necessário quebrar os dados em blocos de 400 ou menos parcelas. B2. um único arquivo de nomes pode servir para uma ampla série de levantamentos. 1000 espécies para PARAMS e 250 espécies para programas que usam uma matriz de parceles x espécies). não recomendo gráficos complexos deste tipo porque sua interpretação é muito difícil. Se você precisa usar um micro que só tem discos flexíveis com um levantamento onde o arquivo de dados não deixa espaço para resultados. A2. embora o número de espécies aceitável para um dado levantamento é limitado (no momento. 3) O limite em número de parcelas (atualmente 400) deve ser suficiente para a maioria dos casos. Desta maneira. FITOPAC pode ser utilizado para levantamentos de vários tamanhos. dentro de uma ordenação utilizando PCA. após ter carregado o programa. calcular parâmetros para cada bloco. FIXO . fica difícil distinguir várias parcelas com a mesma numeração nas listagens. Em geral. Se você normalmente usa drive A: para o programa. Se tiver mais. ou para restaurar o padrão normal depois de aplicar uma das opções anteriores. algumas “dicas” ajudam :1) Quando você vai ter uma série de levantamentos dentro de uma mesma área.

Normalmente não deve ocorrer se você tem 640 Kbytes de RAM .O programa não conseguiu localizar alguns dados dentro do arquivo sendo lido.A rota ("path") não existe ou por algun motivo não é valida. N Erros com arquivos Arquivo não foi encontrado . utilize a tecla F3 para mostrar o conteudo do diretório.Ocorreu algum problema de “hardware” i. Verifique que o nome e diretório estão corretos. (na leitura do disco) Falha de “hardware” . Favor avisar autor ! Acesso ao arquivo negado .O programa tentou escrever para um disquete com selo de proteção ("write protected"). Setor não encontrado .O programa não conseguiu localizar o arquivo indicado. os programas tentam detectar diversos tipos de erros nos dados e nas respostas fornecidas pelo usuário. Impressora sem papel . Desta maneira. o símbolo N indica um erro fatal. as mensagens de erro são descritas dentro de cada capítulo descrevendo o programa sendo usado.não é um erro do programa em si. Alguns destes erros podem ser resultado de algum erro interno do programa e neste caso devem dar uma mensagem avisando que você deve entrar em contato com o autor do programa. Consulte manual de DOS. 4 pode criar problemas pois utiliza mais memória do que as versões anteriores ou posteriores. Drive nao esta pronto . Verifique a rota. Favor avisar autor ! Erro de leitura (Erro de CRC) no disco .e com a parte física do computador.. Se necessário.Problema de formatação do disco.Indica um erro que ocorreu quando o programa tentou ler um arquivo no disco. 30 . mas o uso de MS-DOS v. Também causado por problemas no drive ou com a gravação do arquivo sendo lido. você pode contribuir para melhorar os programas ou pelo menos avisar outros que o problema existe.protegido ou diretório cheio ? .Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais. Erros gerais Memória insuficiente . ou disco danificado. junto com uma descrição da análise sendo feita e.e com a parte física do computador. uma cópia dos dados sendo analisados ajudarão a encontrar o problema. Codigo de acesso invalido . Este erro é causado por problemas físicas de leitura . os erros são interceptados pelo programa e não são “fatais” . Terminando execução. Erro de gravação no disco . quando apropriado. ou que ocorreu algum outro problema quando o programa tentou gravar um arquivo. mas alguns erros são mais sérios e podem parar a execução.Não tem papel na impressora. Erro de procura no disco .. Nas descrições seguintes. o programa também oferece uma série de opções.FITOPAC 1 Mensagens de Erro Em geral.e não param o programa. se possível. Pode ocorrer se usar o nome de um arquivo protegido ("read only") ou quando o diretório está cheio (provável somente em disquetes de 360 KB). o programa vai parar pois não é possível guarantir a continuação da análise sem corrupção da memória RAM.Não tem disquete ou a porta do drive está aberta. indicando o erro com uma mensagem dentro de uma janela de erro. Na maioria dos casos. especificando como o erro deve ser corrigido. Possíveis causas são sujeira no cabeçote do drive ou algum problema mecânica ou eletrônica no drive ou placa controladora. Veja manual de DOS. Coloque um disquete ou feche a porta e mande gravar de novo.Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais. Este contato é importante porque me avisa que existem problemas dentro do programa e que preciso tomar medidas para corrigí-las. Uma copia da tela com a mensagem. mas para opções comuns a diversos programas são descritas aqui.Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais. Favor avisar autor ! Nome do arquivo nao foi “assigned” .Geralmente indica que o disco está cheio. Retire o selo de proteção e mande gravar de novo. Este erro ocorre quando não tem memória RAM suficiente para a análise desejada.Ocorreu algum problema de “hardware” i.O programa não obteve autorização do DOS para escrever neste arquivo. Numero de arquivos abertos excessivo .i. Neste manual. Disquete protegido . Rota invalida . Quando ocorre este tipo de erro. Em muitos casos. Erro de leitura de “hardware” .

opções para abandonar a transformação ou repor valores problemáticos com “dados faltando”. variáveis onde o máximo é igual ao mínimo são duvidosas. Por exemplo. Os tipos de erros detectados são resumidos na tabela abaixo : transformação reciproco quadrado raiz quadrado raiz quadrado + constante logaritmo natural logaritmo natural + constante logaritmo comum logaritmo comum + constante arcoseno subtrair um constante multiplicar por um constante estandardizar centrar proporção "ranging" dividir pelo desvio padrão dividir pelo valor máximo subtrair o valor mínimo centragem duplo repor valor faltando com media converter em presencia/ausência L .Utilizando FITOPAC Outros erros comuns filtros manipulando matrizes planilha transformações Diversos tipos de erros são possíveis durante o processo de transformação. não é permitido calcular raiz quadrado ou logaritmo de números negativos.depende do constante Em geral. Embora o programa deve detectar a maioria dos possíveis erros com transformações. pois na realidade não são variáveis e não acrescentam informações. Geralmente oferece. As mensagens de erro começam com uma tela indicando as variáveis onde um possível erro foi detectado. o módulo de transformações tenta detectar erros potenciais antes de aplicar a transformação e emita uma mensagem de erro se encontrar algum problema.produz um erro valor 0 L valor -vo L * L * L * L xmin = xmax outros L * L * L ? L L soma = 0 dp = 0 max = 0 todos faltando * ? . Em geral. então. você deve verificar seus dados com cuidado para ter certeza que as transformações que pretende aplicar são válidas e que podem ser aplicadas ao tipo de dados contido na sua matriz. e o tipo de erro detectado pelo programa :- 31 .interpretação duvidosa * . possivelmente indicando que houve algum erro. ou podem ser eliminadas.

0 . com recíproco).. .FITOPAC 1 logaritmo natural : Possiveis erros na transformaçao ? pHCaCl-0 : valor de zero ou negativo encontrado M.a soma dos dados nesta variável é zero (com proporção). você deve usar log + constante e não log simples. se o desvio padrão para uma variável for 0. -0 : valor de zero ou negativo encontrado Mg -0 : valor de zero ou negativo encontrado Após a listagem das variáveis problemáticas.escolher uma nova transformaçao C .com estandardização ou divisão pelo desvio padrão. se você quer examinar ou corrigir a matriz com a planilha).por ex. valor negativo encontrado . indica que não há variação nos valores desta variável. o que não é permitido para a transformação atual (por ex. Isso pode acontecer em casos onde você está mascarando diversos linhas de uma coluna que tem muitos dados faltando e se.a variável contem um zero e para a transformação atual isso não é permitido (por ex. TRANSFORMAR VARIAVEIS SEM ERROS . VOLTAR AO PROGRAMA PRINCIPAL .O.0 . então todas as observações para aquela variável teriam que ser descartadas.coloca valor faltando em cada célula da matriz onde a condição de erro for encontrado (dentro das colunas/linhas selecionadas).transformar somente aquelas variáveis onde não foram encontrados erros. Os programas normalmente não oferecem esta opção nestes casos. 32 .a transformação necessita de dois ou mais valores válidos (por ex. aparece um menu oferecendo opções disponíveis para contornar os erros ou abandonar as transformações :Açao desejada?. valor de zero encontrado .com divisão pela máxima indica que o valor máxima encontrado nesta variável é igual a zero e não pode ser usada para divisão.voltar ao programa principal Estas opções tem os seguintes efeitos :SUBSTITUIR ERROS COM “VALOR FALTANDO” . máximo = 0.não há variação . por acaso.. Pode ser resultado de algum erro ou um efeito de mascarar as únicas observações que tinham valores diferentes.para transformações onde nenhum destes valores é permitido (por ex. logaritmo). raiz quadrado). abandonando as transformações por enquanto (por ex. Pode ser resultado de algum erro ou um efeito de mascarar as únicas observações que tinham valores diferentes.substituir erros com “valor faltando” B .por exemplo com uma matriz contendo zeros. Os principais tipos de erro detectados são os seguintes :nenhum dado válido . A .o valor máximo é igual ao mínimo nesta variável. desvio padrão = 0. Esta opção não está disponível em algumas circunstâncias . ESCOLHER UMA NOVA TRANSFORMAÇÃO .volta à tela de transformações para poder optar para uma nova transformação. max.a variável contem um valor negativo. soma = 0. Geralmente ocorre porque foram mascaradas os poucos dados válidos dentro de uma variável com muitos dados faltando.transformar somente variaveis sem erros D . dividir por desvio padrão). valor de zero ou negativo encontrado .0 . as linhas mascaradas são justamente aquelas com dados válidos.volta à tela anterior (geralmente a de modificação de matriz). Útil quando você errou na transformação que queria usar . deixando as variáveis com erros não transformados. = min. menos que 2 dados válidos .o variável contem somente “valor faltando”.

Notas Técnicas transformações As transformações utilizadas no módulo de manipulação de matrizes podem ser representadas da seguinte maneira (onde Xij é o valor na matriz original para linha i e coluna j. a única mensagem de erro é :Número excessivo de [colunas] . . Yij o valor produzido pela transformação. Portanto.A matriz binária tem um número de colunas maior que o limite permitida para matrizes de dados contínuos (que são armazenadas como números reais). Xmin o valor mínimo da coluna j e C é um constante especificado pelo usuário) :recíproco Yij = arcoseno 1 Xij Yij = arcsen ( X ) ∑X ij quadrado 2 Yij = Xij raiz quadrado Yij = subtrair um constante Yij = Xij . sj o desvio padrão da coluna j. é importante usar as facilidades para mascarar linhas ou colunas com bastante cuidado quando você pretende transformar uma matriz. ∑ X é a soma dos valores na coluna j. Xmax o valor máximo da coluna j. Esta cautela deve ser aumentada mais ainda quando tem muitos dados faltando na matriz. X j é a média da coluna j. Conversão não é possível. e onde os componentes restantes tem valores muito diferentes daqueles que foram mascarados. No caso de transformação de uma matriz binária em matriz de números reais.Utilizando FITOPAC Em geral. a causa mais comum de problemas é a aplicação de transformações em variáveis onde diversos componentes foram mascaradas. A única saída é de eliminar as colunas que excedem o limite ou criar mais que uma matriz.C multiplicar por um constante Yij = Xij * C Xij estandardizar Yij = raiz quadrado + constante Yij = Xij + C centrar X −X s ij j j logaritmo natural Yij = ln(xij) logaritmo natural + constante Yij = ln(Xij + C) logaritmo comum Yij = log(Xij) Yij = proporção Yij = X −X ij j X ∑X ij "ranging" logaritmo comum + constante Yij = log(Xij + C) Yij = X −X X −X ij max min min 33 .

e qualquer célula da matriz que contém um valor igual ou menor será tratada como “ausente” (0). converter em presencia/ausência Esta transformação permite transformar uma matriz de valores reais (variáveis contínuas) em matriz binário. Normalmente. Para as transformações restantes.Xmin centragem duplo Yij = Xij − X j − Xi + X . substituindo linha por coluna em cada. “ranging”. Ao escolher esta opção. para as transformações arcseno.FITOPAC 1 dividir pelo desvio padrão Yij = repor valor faltando com media Nesta transformação. 34 . todos os casos de “valor faltando” são substituídos pelo valor da média da coluna. as mesmas definições podem ser usadas. de acordo com as necessidades da análise que pretende usar. dividir pelo máximo e repor valor faltando com média. proporção. este constante pode ser deixado como 0. X s ij j dividir pelo valor máximo Yij = X X ij max subtrair o valor minimo Yij = Xij . mas em alguns casos você pode querer usar outro valor. dividir por desvio padrão. permitindo que casos com valores faltando podem ser utilizados em análises que normalmente não permitem. centrar. a direção não altera o resultado. o programa pede o valor máximo que deve ser usado para “ausência”. estandardizar. onde X é a média geral para todos os valores da matriz No caso de transformações por linha.

Oxford. & Legendre. Amsterdam. L. Elsevier. Quantitative Plant Ecology. Legendre.Utilizando FITOPAC Bibliografia Grieg-Smith. Numerical Ecology. Blackwell. P. P. 1983. 35 . 1983.

DAD contendo os nomes e dados numéricos respetivamente. A estrutura e preparação destes arquivos é descrito no capítulo “Preparando dados para FITOPAC”. facilitando um pouco a tarefa e minimizando os erros que normalmente resultam quando é necessário bater os dados num formato diferente daquele utilizado no campo. No momento. Antes de usar este programa.FPD” do FITOPAC que serve como entrada para programas como “PARAMS” e “CRIAMAT” ou um arquivo ASCII contendo informações que podem ser lidos por outros programas como “SYSTAT”. o programa também verifica certos aspectos dos dados. pode especificá-los na seguinte seqüência :.PREPARE <NOMES> <DADOS> <SAIDA>. tentando detectar possíveis erros. Desta maneira. Se você utiliza o conjunto padrão para os nomes dos arquivos. Existe também a opção de produzir um arquivo “ASCII” que pode ser lido por outros programas ou pacotes como “SYSTAT” ou “Lotus 123”. geralmente com a extensão “DAD”. e especificando a extensão se não utilizou as extensões normais. pode bater PREPARE SAOJOSE. mas é essencial que exista espaço suficiente no disco para gravar estes arquivos além do arquivo “FPD” final. colocando a rota para cada arquivo antes do nome se estiveram em diretórios diferentes. Brower & Zar(19??) e Krebs(19??). Além de converter o formato dos dados.NMS” no diretório .. Como exemplo. PREPARE é capaz de ler e transformar dados para os seguintes tipos de levantamento :• Levantamentos usando parcelas (quadrat survey) • Levantamentos usando quadrantes (point-centered quadrants) Para uma descrição destes métodos. existem muitas possibilidades para erros nos arquivos de dados crus. Embora a função do programa seja muito simples. portanto. “PREPARE” utiliza como entrada dois arquivos ASCII contendo 1) os nomes das famílias e espécies encontrados no levantamento.PROGRAMA PREPARE Função O programa “PREPARE” tem a função de ler os dados para levantamentos utilizando arquivos preparados pelo usuário e converter estes dados no formato padrão usado pelos outros programas do FITOPAC (formato FPD). mas é evidente que não é possível detectar todos os possíveis tipos de erros. descrevendo os indivíduos encontrados durante o levantamento. se você criou SAOJOSE. “dBASE” ou “123”. não há necessidade de seguir um formato especial para entrada dos dados. para entender os tipos de erro que o programa pode encontrar. Tentei introduzir testes para detectar os erros mais comuns. e as maneiras de corrigir os erros detectados. e o arquivo SAOJOSE. O arquivo de saída produzido pelo programa pode ser um arquivo “. Permite ler um arquivo de dados crus que essencialmente seguem o formato usado para coletar os dados no campo e transforma este arquivo no formato mais ordenado e padronizado utilizado para os outros programas do pacote. Caso você queira utilizar nomes diferentes para cada arquivo. consulte Grieg-Smith(19??). Introdução Este programa é a “porta de entrada” para a maioria dos usuários do FITOPAC.NMS e SAOJOSE. este programa é essencial para preparar os dados de um levantamento para serem analisados com FITOPAC.FPD será criado automaticamente. 2 de entrada e um de saída. É importante notar que PREPARE cria dois arquivos temporários enquanto está processando os dados. se você quer usar um arquivo de nomes “MATAS. é necessário bater somente PREPARE <NOME> e o programa vai buscar e criar os arquivos necessários automaticamente . geralmente com a extensão “NMS” e 2) os dados numéricos. Arquivos necessários Para utilizar este programa. e é provável que você encontra diversos tipos de mensagens de erro durante o uso deste programa. Normalmente. você normalmente precisa especificar três arquivos.por ex. é especialmente importante que você lê com atenção a seção sobre “detecção de erros e mensagens de erro”. Estes arquivos (que tem a extensão “TMP") normalmente são removidos pelo próprio programa no fim de processamento e não são “visíveis” para o usuário.

Os dados geográficos na primeira tela não são estritamente necessários.FPD Rotas Rota para nomes : C:\FITOPAC\ Rota para dados : C:\FITOPAC\ Rota para saida : C:\FITOPAC\ Tipo de amostragem : parcela -------------------------------------------------------------------F1 Ajuda.Parcelas Q . somente depois de ler um arquivo de nomes e os itens com ***.FPD” no diretório C:\XYZ\.Quadrantes CABEÇALHO . No . o arquivo de dados “GENEBRA. de indivíduo presente. F3 Selecionar. é melhor completar estas perguntas pois facilitam a identificação dos arquivos posteriormente. sem qualquer nome de arquivo.versão 1 D:\NOMES\. você pode especificar esta combinação na seguinte maneira :PREPARE D:\NOMES\MATAS C:\DADOS\GENEBRA C:\XYZ\G2 Repare que a ordem dos arquivos é importante ! Se não quiser especificar os arquivos na linha de comando. mas. aparecerá um menu mostrando os tipos disponíveis Tipo de levantamento ? P .selecione o tipo de levantamento a ser processado. sendo impressos com as listagens produzidas por diversos programas.DAT” no diretório C:\DADOS\ e gravar os resultados no arquivo “G2. etc. Segue a explicação de cada opção :TIPO .NMS Arquivo de dados : GENEBRA. somente após a leitura de um arquivo de dados numéricos. F4 Impressora. Utilização Tela principal :- Arquivos Rotas Tipo Cabeçalho Nomes Dados Verificar Fitopac ascIi Sair Escolher tipo de levantamento -------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo de nomes : GENEBRA. ***fitopac e ***ascii.DAD Arquivo saida : GENEBRA. altura presente e coordenados X e Y ausentes). Os campos descrevendo os parâmetros usados (perímetro/diâmetro. **dados.FITOPAC . *nomes. Os itens marcados * estão disponíveis somente depois de completar os dados do cabeçalho. em geral.) são essenciais se você não utilizou o padrão preestabelecido por PREPARE (perímetro em centímetros. Veja a seção “Preparando dados para FITOPAC” para uma discussão mais completa destes parâmetros. no. e que acompanham os dados durante as análises posteriores. F10 Sair As opções oferecidas no menu principal são tipo.completa as informações complementares que os programas de FITOPAC necessitam. Ao escolher esta opção. As informações são fornecidas preenchendo duas telas de perguntas. cabeçalho. centímetros/metros. F5 Gravar config. os itens marcados com **. ***verificar. e neste caso precisa bater somente PREPARE. você pode usar os comandos normais para mudar arquivos e rotas dentro do programa.

Pode ter até 160 caractéres. os campos de comprimento e largura de parcela são obrigatórios. Municipio : Município onde se localizou o levantamento. Responsavel : Bate os nomes dos responsávies para o levantamento. Até 160 caracteres.programa PREPARE caso de levantamentos por parcelas. Local : Local onde se localizou o levantamento. Este título será impresso nas listagens de todas as análises posteriores. As telas que aparecem com a escolha desta opção são as seguintes :Dados do Levantamento Titulo : Bate um título descritivo para este levantamento. e o programa não deixa você proceder sem estas informações (são essenciais para os cálculos dos parâmetros fitossociológicos). Latitude : 0 ° 0 ' 0 “ Sul Longitude : 0 ° 0 ' 0 “ Oeste Coordenados geográficos para este levantamento Altitude : 0.0 Altitude em m da área estudada 3 . Também é impresso nas listagens. Estado : Sigla do estado onde se localizou o levantamento.

. de individuo presente : Sim "Sim” se você está incluindo um número para cada indivíduo.00 Comprimento e largura das parcelas em levantamentos que utilizaram parcelas. Esta opção fica disponível somente após a leitura de um arquivo de nomes i.FITOPAC . Não pode misturar os dois no mesmo arquivo ! Diametro/Perimetro minimo : 0. Esta informação é essencial para levantamentos com parcelas. Não pode misturar os dois no mesmo arquivo ! Perimetro/Diametro em Centimetros ou Metros : Centimetro Indique se mediu perímetro/diâmetro em centímetros ou metros. nas mesmas unidades utilizadas na medição. Coordenados XY presentes : Nao "Sim” se você está incluindo coordenados X e Y para cada indivíduo NOMES . Não é necessário ler o arquivo de nomes de novo para cada arquivo de dados . No final da leitura de dados aparece a seguinte tela :- * É necessário ler o arquivo de nomes primeiro porque o programa tenta verificar se os números de espécie nos dados numêricos estão consistentes com a lista de nomes.00 Largura das parcelas : 0. Usou Perimetro ou Diametro : Perimetro Indique se você mediu perímetro ou diâmetro dos indivíduos. Mediu altura : Sim "Sim” se você mediu altura dos indivíduos.e. No.o programa armazena os nomes até que você manda ler um outro arquivo de nomes. DADOS . você precisa usar o comando “nomes” antes de “dados"*.versão 1 Outras Informaçoes Comprimento das parcelas : 0. Esta opção carrega um arquivo de nomes e tenta interceptar certos tipos de erros comuns (veja a seção “Detecção de erros e mensagens de erro” para uma descrição dos erros que podem ser detectados). Repare que você pode utilizar o mesmo arquivo de nomes com diversos arquivos de dados. Veja a seção “Detecção de erros e mensagens de erro” para uma descrição dos erros que podem ser detectados.ler e verificar o arquivo de nomes.00 Indique o perímetro/diâmetro mínimo para este levantamento.ler um arquivo de dados com intercepção de certos tipos de erros. Os dados são lidos linha por linha e armazenados num arquivo temporário no disco antes de serem gravados no formato final com os comandos “fitopac” e “ascii”.

Com este comando você pode verificar os dados antes de grava-los no arquivo final. é normal que os arquivos de dados não contém indivíduos pertencentes a todas as espécies ou famílias no arquivo de nomes. VERIFICAR . caso seja correto. pode alterar estes limites. O número de espécies e famílias também deve ser observado com cuidado. Permite estabelecer limites para diâmetro/perímetro.000 maximo 9.437 68. colocando os valores que achar mais apropriados. descrito abaixo. mas se quiser. Qualquer indivíduo que não se encaixa nestes limites é assinalada e o programa dará uma mensagem que existe um valor “suspeito” para este indivíduo. altura e.73 40. Da mesma maneira. você pode ter um único arquivo de nomes que você utiliza com diversos arquivos de dados e neste caso. e oferece a oportunidade de corrigir o valor “estranho” ou deixar como está. Por exemplo. um valor de diâmetro mínimo abaixo do menor diâmetro que você utilizou no seu levantamento sugere que houve um erro na entrada dos dados e que você deve verificar todos os dados.050 30. no caso de levantamentos por quadrantes.programa PREPARE arquivo : UBATUBA. especies 640 123 42 no.72 8.000 3. com um mínimo absoluto de 0.00 202. individuos no.82 distancia 0. pontos 160 no.000 medio 3. Repare que o uso de limites muito “estreitas” vai produzir uma quantidade grande de “alarmes falsos” mas é praticamente garantido que vai mostrar qualquer 5 .000 35. aparece uma tela onde você pode especificar os valores para máximo e mínimo para cada parâmetro :Limites para Verificaçao dos dados minimo maximo diametro 0 altura 0.847 16.00 Os valores que o programa sugere inicialmente são a média ± 3 x desvio padrão para cada parâmetro. uma altura máxima de 60 m para um levantamento de cerrado seria um tanto suspeito.700 332.788 Esta tela é muito importante e deve ser lida com cuidado pois oferece uma oportunidade para descobrir eventuais erros que o programa não foi capaz de detectar. Quando você seleciona esta opção.0. Repare que o número de espécies e famílias apresentado se refere ao número presente no arquivo de dados e não no arquivo de nomes.DAD “Levantamento de Mata Atlantica" no. Por exemplo. distância. familias minimo distancia diametro altura 0. Valores que ficam fora desta faixa são atípicos e devem ser conferidos com cuidado. Este processo pode ser facilitado pelo comando “verificar”.

FITOPAC - versão 1

valor suspeito. Por outro lado, o uso de limites muito “amplos” vai produzir poucos “alarmes falsos”, mas vai detectar somente valores muito extremos. É difícil dar uma recomendação geral pois os limites mais eficientes dependem do levantamento e o padrão de variação dos indivíduos, e o usuário terá que descobrir os valores mais apropriados por um processo de tentativa e erro. FITOPAC - Gravar o arquivo de dados no formato FITOPAC - FPD. Este é o formato usado pelos outros programas do FITOPAC e é a opção normal. Repare que os dados não são gravados automaticamente - você precisa mandar grava-los ! ASCII - Gravar o arquivo de dados no formato ASCII, permitindo que serve como entrada para outros programas que aceitam este formato (por ex. SYSTAT, Lotus 123). Os dados numéricos são gravados normalmente, e os nomes das espécies, famílias e amostras podem ser acrescentados para cada indivíduo. Ao escolher esta opção, aparece uma tela que permite “ligar” ou “desligar” a gravação dos nomes e determinar o número de caracteres que aparecem em cada nome. Este último dado é necessário pois alguns programas não aceitam nomes longos (por ex. SYSTAT aceita no máximo 12 caracteres) - o normal para FITOPAC é 35 caracteres. A tela tem o seguinte formato :-

Gravar nomes em arquivo ASCII ?

Nomes de especies Nomes de familias

Sim Quer gravar o nome de espécie para cada indivíduo ? Sim Quer gravar o nome de família para cada indivíduo ? Sim Quer gravar o nome da amostra (parcela ou ponto) para cada indivíduo ? 35 Indique o comprimento dos nomes em número de caracteres

Nomes de amostras

Quantos caracteres :

Exemplos dos diferentes formatos de arquivo que podem ser gravados com esta opção são mostrados na fig. ??.

Detecção de erros e mensagens de erro
A fase de entrada de dados é a mais difícil em termos de introdução de erros, e como os resultados de todas as análises posteriores dependem da qualidade e accuracia dos dados crus, vale a pena fazer um esforço grande para evitar possíveis problemas nesta fase. Mesmo que os dados sejam digitados com muito cuidado e verificados posteriormente, é surpreendentemente fácil introduzir erros na digitação. Coisas simples como esquecer de deixar um espaço entre dois números ou pular um dos valores na linha podem ter conseqüências graves porque o programa vai tentar ler os valores errados deste ponto em diante. Tentei, portanto, introduzir uma série de testes e verificações dos dados que ajudam detectar problemas no arquivo de dados. Para começar, o programa lê o arquivo como linhas de texto que são interpretadas internamente, e aplica uma série de testes nos dados obtidos. Dessa maneira, problemas que ocorrem em uma linha não “contaminam” o resto do arquivo, e, caso seja necessário, uma dada linha pode ser descartada sem prejudicar a leitura do resto do arquivo. Normalmente o programa da uma mensagem de erro quando ocorre alguma linha no arquivo que não pode ser interpretada ou que apresenta valores inconsistentes, e, em seguida, oferece algumas opções permitindo consertar o erro, reeditando a linha do arquivo ou abandonar o arquivo, caso o problema seja muito grave. Embora tentei detectar uma proporção razoável dos erros comuns, é essencial notar que não é possível detectar todos os possíveis erros ! Se você bate “3.4” em vez de “4.3” para uma distância, por exemplo, é praticamente impossível detectar este tipo de erro, e a única maneira de encontrá-lo é uma revisão minuciosa do arquivo de dados, antes de usar FITOPAC. Portanto, não confie que “PREPARE” vai encontrar todos os erros no seu arquivo.

programa PREPARE

Segue agora uma descrição dos tipos de erros que o programa é capaz de detectar :Arquivo de nomes Nomes de famílias - o programa verifica a presença de • nomes duplicados - o mesmo nome usado com dois números de família • número de família fora dos limites de FITOPAC • número de família faltando Nomes de espécies - o programa detecta • nomes duplicados - mesmo nome para duas espécies • número de família incompatível com a lista de famílias • número de família que não tem nome associado • número de espécie fora dos limites de FITOPAC • número de espécie ou família faltando • número de espécie já utilizado para outra espécie Dados numéricos - o programa detecta • caracteres “ilegais” na linha (letras ou símbolos) • espaço ou valor faltando na linha (i.e. o número de “itens” na linha está errado) • números decimais onde deve ter um número inteiro • números que não podem ser interpretados • número de espécie fora dos limites do FITOPAC • número de espécie não presente na lista de espécies Quando um erro é detectado, o programa para o processamento do arquivo e apresenta uma mensagem de erro, mostrando também a linha onde o erro ocorreu e alguma explicação do tipo de erro encontrado como mostra o seguinte exemplo onde esqueceu-se de colocar um espaço depois do número da família “Abobraceae” no arquivo de nomes :? ERRO ? arquivo : ERROS.NMS *** linha 8

9Abobraceae ——^

Nao foi possivel interpretar o numero da familia

Qualquer tecla..

Depois de apertar uma tecla, aparece um menu para determinar qual a ação que o usuário deseja tomar :Açao desejada ? E - Editar linha P - Pular linha T - Terminar processamento deste arquivo

Se escolher “Editar linha”, você pode utilizar as teclas normais de edição para alterar a linha (neste caso inserindo um espaço depois do número da família) e continuar o processamento. Esta seria a opção normal. Repare que esta

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FITOPAC - versão 1

opção NÃO corrige o arquivo original contendo os dados crus - este continua como estava, e se você quer corrigi-lo, terá que usar o editor de texto para alterá-lo. A opção “Pular linha” simplesmente ignora esta linha do arquivo e continua processando a próxima. Esta opção é útil se por acaso entrou alguma linha contendo “lixo” que não deveria estar presente, ou se você quer procurar outros erros antes de alterar o arquivo de dados. A opção “Terminar processamento” abandona o arquivo e volta ao menu principal, e pode ser usado onde houve algum erro mais grave (arquivo errado, tipo de levantamento errado, etc.). Em alguns casos pode haver mais opções - por ex. acrescentar uma espécie quando um número de espécie não declarada é encontrado. As principais mensagens de erro são as seguintes :Arquivo de nomes Nao foi possivel interpretar o numero da familia O número da família está faltando ou você esqueceu de bater um espaço depois do número (mais comum) ou tem algum caractere “ilegal” no meio do número. Este no. de familia nao existe na lista de familias O número de família dado para uma espécie não foi declarado na lista de famílias. Este numero ja esta sendo usado para a familia .............. O número de família encontrado nesta linha já foi utilizado para algum outro nome de família anteriormente. Não pode usar o mesmo número para duas famílias diferentes. Numero de familia invalido ....minimo = 1 e maximo = X Se ocorrer enquanto está lendo os nomes das famílias, é porque o número da família é muito grande ou menor que 1. Pode também ocorrer enquanto o programa está lendo os nomes das espécies e neste caso o máximo corresponde ao maior número na lista de famílias. No. de especie invalido ....minimo = 1 e maximo = X O número de espécie está fora dos limites aceitáveis pelo FITOPAC - deve ser maior que 0 e menor que o número máximo de espécies (1000 nesta versão). Pode ser causado também pela falta de um espaço entre o número de espécie e número de família - o programa tenta ler esta combinação como o número de espécie. Este numero ja esta sendo usado pela especie.......... O número de espécie encontrado nesta linha já foi utilizado para algum outro nome de espécie anteriormente. Não pode usar o mesmo número para duas espécies diferentes. Este nome ja foi usado para especie X Já existe uma outra espécie com o mesmo nome. Repare que diferenças entre maiúscula e minúscula são desprezadas aqui - “Planta vulgaris” é a mesma coisa que “PLANTA VULGARIS”. Nomes duplicados não são permitidos porque é impossível distinguí-los posteriormente nas listagens produzidas pelas análises. Arquivo de dados Este no. de especie nao existe no arquivo de nomes O número de espécie usado aqui não foi declarada na lista de espécies. Linha muito comprida ? (max = 255 caracteres) Esta versão de PREPARE só pode ler linhas de até 255 caracteres. Se o programa chega até 255 caracteres e ainda detecta mais texto na linha sendo lida, emitirá esta mensagem de erro porque é provável que a linha não será lida corretamente. Geralmente, este número de caracteres é suficiente, e é raro encontrar esta mensagem de erro, mas em casos onde há um número muito grande de caules múltiplos (por ex. uma touceira de bambu), é possível ultrapassar este limite. Neste caso, a única saída é de calcular manualmente um perímetro/diâmetro equivalente para alguns caules, até o comprimento da linha ficar menor que 255 caracteres. Repare, também, que não é necessário ter espaços ao redor do ‘+’ quando você está batendo dados para indivíduos com caules múltiplos (veja a seção “Preparando dados para FITOPAC” para mais detalhes do formato). Nao foi possivel interpretar esta linha - caractere ilegal ?? Geralmente este erro ocorre quando o programa detecta algum caractere “ilegal” na linha - por ex. alguma letra.

No. Limitações e problemas O número de espécies. Krebs. um levantamento pode conter um número praticamente ilimitado de indivíduos. de especie grande demais ou pequeno demais O número de espécie para este indivíduo ultrapassa os limites de número de espécie para esta versão de FITOPAC. e pelo número de amostras no caso de levantamentos que utilizam o método de quadrantes. com diversos testes e formas de verificação. são gravados num segundo arquivo temporário e não mantidos na memória RAM. no caso de levantamentos por parcelas. médias e outros valores para cada parâmetro. são lidos primeiro os nomes das famílias e espécies e após a leitura e verificação. Desta maneira. mas necessita de espaço em disco para armazenar os dados. estes últimos são gravados num arquivo temporário. Nao foi possivel interpretar este numero Ocorreu algum problema que dificultou a interpretação do número. Isso geralmente é resultado de um espaço faltando entre dois valores. ainda tem mais texto nesta linha. Deve ser um numero inteiro Foi encontrado um número decimal onde o programa esperava um número inteiro. Este tipo de situação pode ocorrer quando você acidentalmente insere um espaço entre dois dígitos do número de espécie ou talvez um espaço depois do ponto decimal da altura. mínimos. é possível evitar limitações de RAM se o número de indivíduos for muito grande. ou algum valor que foi esquecido. Esta especie nao existe no arquivo de nomes O número de espécie para este indivíduo não está incluído entre os números de espécies no arquivo de nomes. possivelmente indicando algum erro. Neste último caso. o programa lê os dados do arquivo temporário. Bibliografia Brower & Zar Grieg-Smith. Geralmente ocorre por causa de um espaço faltando entre um número decimal e um inteiro. Dados a mais nesta linha ? O programa leu uma série de dados que correspondem ao número de valores esperado.programa PREPARE Pelo menos um valor ou espaço faltando O programa tentou “contar” o número de valores na linha e encontrou um valor menor que o esperado. o programa lê um (ou vários) arquivos de dados. Os dados são gravados em formato final somente quando o usuário escolhe uma das opções “FITOPAC” ou “ASCII”. PARAMS) e não pode ser modificado nesta versão. Na prática. Se a opção de verificação for escolhida. Pode ser um erro no número ou uma espécie que acidentalmente foi excluída do arquivo de nomes. Terminada a leitura de um conjunto de nomes. o programa oferece a opção de acrescentar uma nova espécie para a lista de nomes. Desde que não ultrapassa os limites impostos pelo número de espécies. Enquanto os dados são lidos e gravados. famílias e amostras. Em vez disso. Mesmo assim. Notas técnicas O programa nunca mantém todos os dados em memória RAM ao mesmo tempo. Uma vez que os dados de um indivíduo (uma linha) forma interpretados e verificados. famílias e amostras é limitado pelos outros programas do FITOPAC (por ex. o número máximo de indivíduos será determinado pelo espaço disponível no disco. C. 9 . O arquivo de dados é lido linha por linha na forma de texto que posteriormente é interpretado pelo programa. o programa acumula os máximos.

RES.índice de Shannon. além de quais tabelas são impressas podem ser modificados pelo usuário e o conjunto de preferências pode ser gravado. Arquivos necessários PARAMS utiliza um arquivo de dados “. pode especificar o nome de cada arquivo individualmente (o programa pergunta antes de gravar). Utilização A tela principal é apresentado abaixo :- 1 . Uma lista completa dos parâmetros. Uma outra característica desta versão é a flexibilidade possível na impressão de tabelas de resultados.FPM e PARCELAS.FPM). Calcula a maioria dos parâmetros fitossociológicos normalmente utilizados em levantamentos de vegetação arbórea/arbustiva e fornece algumas gráficos simples resumindo os resultados. FAMILIAS.FPD como arquivo de dados e gravaria a listagem em SJ1. frequência absoluta e relativa e também uma série de parâmetros para o levantamento como um todo . permitindo diversas sub-análises no mesmo levantamento. Os parâmetros fitossociológicos calculados são armazenados em quatro tabelas :. etc. a listagem pode ser bastante volumosa se você usa todas as opções .FPM. Calcula a maioria dos parâmetros comuns como densidade relativa. etc. Embora a maioria dos parâmetros disponíveis já são calculados pelo programa correspondente na versão preliminar do FITOPAC. densidade total. o programa tem algumas facilidades para produção de gráficos simples e pode gravar tabelas de parâmetros em arquivos do tipo FITOPAC padrão (FPM) que podem ser traduzidos para outros formatos (Lotus 123.FPD” como entrada e pode produzir arquivos de listagem e arquivos dos tipo “. “PARAMS SAOJOSE SJ1. tabela de parâmetros das parcelas (somente para levantamentos utilizando parcelas). a largura das colunas e quais colunas são impressas. de espécies. portanto. 4.FPM” contendo os resultados produzidos. area basal total.não tinha duas pessoas que concordavam na mesma ordem e parâmetros ! Na versão atual.RES” utilizaria SAOJOSE. Cansei de tentar satisfazer todos os usuários com relação à ordem dos parâmetros e quais parâmetros deviam ser incluidos nas tabelas . Se não gostar do conjunto padrão que vem embutido no programa. Esta versão tem facilidades para especificar subconjuntos de dados. Repare que para levantamentos grandes.LST”. as formulas utilizadas e detalhes dos cálculos são descritas na seção “Notas Técnicas”.1. índices de diversidade. e provavelmente será o programa mais utilizado pela maioria dos usuários. esta versão possui uma série de melhorias e facilidades que devem aumentar consideravelmente a utilidade do programa.densidade total.) via o programa MATRIZ e utilizados em programas gráficos. a ordem.FPD” como arquivo de dados e os resultados serão gravados no arquivo “SAOJOSE. Alem dos cálculos de parâmetros básicos. tabela de parâmetro das famílias. permitindo que todos as análises sejam impressas da mesma maneira. os nomes. parâmetros gerais características do levantamento como um todo . Você pode especificar na linha de comando os nomes dos arquivos de entrada e saida. “PARAMS SAOJOSE” vai utilizar o arquivo “SAOJOSE.PROGRAMA PARAMS Função Este programa calcula parâmetros fitossociológicos para levantamentos que utilizam os métodos de quadrantes (Point-centered Quarter method) e parcelas (Quadrat method). Introdução PARAMS é o programa central do FITOPAC.precisa deixar espaço no disco de saida. etc. no. Espécies . responsável pelo cálculo de parâmetros fitossociológicos. 2. Se você opta para gravar as tabelas de resultados. você mesmo pode elaborar o padrão que prefere.tabela de parâmetros das espécies. por ex. 3. ou utilizar os nomes prefixados (ESPECIES.

re-fazendo os cálculos. Os gráficos produzidos aqui são relativamente simples. onde você quer comparar com um outro levantamento onde o DAP mínimo foi de 5 cm. inicialmente incluindo todos os indivíduos com DAP ≥ 3 cm.FITOPAC . ou diferentes combinações de altura e diâmetro para analizar diferentes estratos. Os detalhes de como alterar as tabelas são descritas na seção “Alterando as tabelas”. Desta maneira. Um exemplo seria o caso de um levantamento utilizando parcelas. Os valores pré-estabelecidos pelo programa são tão amplos que não devem excluir qualquer indivíduo em levantamentos normais. de decimais.imprime as tabelas de resultados diretamente na impressora ou num arquivo. excluindo mortas e desconhecidas. Nesta situação. além de quais tabelas são impressas. você pode produzir uma tabela de parâmetros fitossociológicos e depois utilizar “Harvard Graphics” ou “Quattro” para produzir os gráficos desejados. especies. Portanto. Calcular.Este comando é utilizado para alterar as tabelas de resultados e a maneira em que elas são impressas. permitindo o uso dos recursos gráficos ou estatísticos de outros programas. pois a exclusão dos indivíduos menores altera o método de amostragem e não é compatível com o método de quadrantes.Produzir gráficos a partir das tabelas de resultados.Filtro. você pode fazer qualquer número de análises. Enquanto estiver dentro do programa. pode correr a análise completa para um levantamento.O filtro é usado para determinar quais são as espécies. Portanto. você pode especificar um filtro que exclua todos os indivíduos com DAP < 5 cm. Note que este método não funciona com levantamentos que utilizem o método de quadrantes. Os indivíduos usados são selecionados de acordo com o filtro especificado antes de iniciar este comando. ALTERAR . se você não especifique um filtro. a ordenação usada dentro das tabelas e detalhes da impressão das tabelas (largura das colunas. o programa deve incluir todos os indivíduos no arquivo de dados. alterando o arquivo de dados ou o filtro e. CALCULAR . diâmetro e altura para produzir análises muito específicas por exemplo. aLterar. O uso do filtro dá uma flexibilidade bastante grande. nomes dos parâmetros). IMPRIMIR . Estes podem ser do tipo gráfico de dispersão ou histograma. incluindo ou excluindo espécies (por exemplo indivíduos mortos onde estes foram incluidios). e você pode correr diversos tipos de análise no mesmo arquivo de dados utilizando um filtro diferente para cada análise.versão 1 Os principais comandos são os seguintes :. a ordem dos parâmetros nas tabelas. dependendo da saida escolhida. *Graficos e *graVar. Você pode alterar quais são os parâmetros incluidos.começa a leitura dos dados e o cálculo dos parâmetros fitossociológicos que são armazendos em diferentes tabelas. A seção “Gráficos” descreve o uso desta opção. Os gráficos aparecem inicialmente na tela e podem ser impressas ou via uma cópia da tela. A maneira em que o filtro é especificado é descrita na seção ???? . somente parcelas 1 . no. GRAVAR . e depois uma série de sub-análises de vários tipos especificando um filtro diferente para cada sub-análise.11 e 13 . GRAFICOS . incluindo ou excluindo blocos de parcelas para fazer sub-análises dentro de um levantamento grande.23. amostras e indivíduos que serão aceitas na análise atual. *Imprimir. produzindo uma análise que é comparável com o levantamento feito com DAP de 5 cm (se todas as outras características do levantamento forem iguais). É possível utilizar praticamente qualquer combinação de unidades de amostragem. com idivíduos menores que 10 m de altura e com diâmetros menores que 20 cm. ou utilizando os caracteres normais da impressara. Os comandos marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de fazer os cálculos para um dado levantamento. Diversos outros tipos de filtro podem ser especificados. 2 . depois.Gravar as tabelas de resultados no disco em arquivos do tipo “FPM” que depois podem ser traduzidos (pelo programa MATRIZ) para arquivos do tipo “Lotus 123” ou “SYSTAT”. Segue uma descrição de cada comando :FILTRO . mas permitem ter uma indicação do comportamento dos parâmetros sem sair do programa.

Uma vez que uma fila de gráficos foi criado. ??). na forma de uma “fila". As diferenças entre estes gráficos são as seguintes :n classes . primeiros x % + resto . mesmo que seja inutil. na forma de um diagrma de dispersão (fig.é igual ao anterior mas acrescenta uma última barra que repesenta a proporção do parâmetro representada pelas espécies ou famílias restantes. O programa não dá qualquer aviso. mas a soma dos valores nas barras mostradas atinge pelo menos x% do total do parâmetro escolhido(fig.todos mostram a quantidade absoluta ou porcentagem do parâmetro escolhido em cada espécie ou família.por ex. A porcentagem é especificada numa tela que aparece logo em seguida e que permite também especificar o tipo de barra. onde diversos gráficos podem ser selecionados ao mesmo tempo e depois mostrados e impressos um a um. frequentamente mais convenientamente.neste gráfico. O número máximo de barras é ??. Também aparece uma tela perguntando quantas barras e tipo de barra. ??). com as espécies ou famílias ordenadas de maior para menor. Tipo tAbela Vars Opçoes Simbolos Desenhar Imprimir Proximo aNterior Continue Tipo de grafico desejado Tipo de grafico : Diagrama de dispersao Tabela atual : Especies No.Grafico de barra . primeiros x % . de graficos especificados” informa quantos gráficos estão na fila. ??). 3 . Aparece uma tela perguntando quantas barras você quer no gráfico. TABELA . você pode especificar os gráficos um de cada vez. Dentro deste módulo. Densidade Relativa contra número de indivíduos simplesmente produz uma linha reta pois o primeiro é derivado do segundo por uma multiplicação simples.Grafico de barra .Esta opção abre um menu permitindo escolher qual das tabelas de resultados será utilizada (espécies.é um gráfico que mostra a relação entre dois parâmetros.Grafico de barra .Grafico de barra . com respeito ao parâmetro escolhido.programa PARAMS (manual versão 01/05/98) Alterando as tabelas Gráficos A tela de gráficos permite escolher entre diferentes tipos de gráficos e a tabela de onde serão extraidos os dados. o número de barras é variável.mostra n barras correspondendo às primeiras n espécies ou famílias(fig.n classes C .Escolher o tipo de gráfico desejado. Note que nem todas as combinações são úteis .Diagrama de dispersao B .primeiros x % E .n classes + resto D . Esta opção abre um menu que mostra os tipos disponíveis :Tipo de grafico A . de graficos especificados : 0 TIPO . n classes + resto . ou. Gráficos de barra . o campo “No. famílias ou parcelas).mostra n + 1 barras dos quais os primeiros n correspondem às primeiras n espécies ou famílias e o último que representa a soma das espécies ou famílias restantes. e produz o gráfico.primeiros x % + resto Diagrama de dispersão . e se prefere barras simples ou “3D". e a forma em que os gráficos serão mostrados na tela ou impressos.

Se você seleciona mais que um parâmetro. o programa vai criar uma fila de gráficos que podem ser examinados em sequência usando a opção “PROXIMO”. espécie.0000 5. uma fila de quatro gráficos (DoR x DR.0000 Modifique o máximo.0000 1. No caso de escolher “DR” e “IVI” como eixos horizontais e “DoR” e “FR” como verticais. No caso de gráficos de barra.0000 0. abre uma única lista de variáveis (parâmetros) que podem ser selecionados para produzir gráficos.Rel 60. No caso de diagramas de dispersão. a tela que aparece é a seguinte :Opçoes para grafico Freq. 4 .Rel 8.Rel * Dens.0000 Modifique o máximo. você pode selecionar um ou mais parâmetros em cada lista.FITOPAC .0000 Indique os valores máximo e mínimo para a escala vertical. se você seleciona “DR” como eixo horizontal e “DoR” e “FR” como os eixos verticais. mostrando família. Por exemplo. duas listas de parâmetros aparecem. a tela é :Opçoes para grafico Freq.esta opção abre uma tela que permite alterar os limites das escalas dos gráficos além de algumas outras características no caso de histogramas.Rel 9. o programa cria uma fila de dois gráficos . uma para o eixo horizontal e a outra para o eixo vertical. mínimo e intervalo da escala horizontal “Etiquetar” pontos ? Sim Colocar uma “etiqueta” em cada ponto no gráfico.Rel Titulo Levantamento de Mata Atlantica . Você pode escolher um ou mais parâmetros da tabela selecionada na opção anterior para produzir um ou mais gráficos de barra.a ação desta opção depende do tipo de gráfico.0000 0. De novo. OPÇOES .Ubatuba Permite alterar o título que aparece no gráfico maximo minimo intervalo Freq. mínimo e intervalo da escala vertical Dens. FR x DR. etc. Para diagramas de dispersão.Ubatuba Permite alterar o título que aparece no gráfico maximo minimo intervalo Freq.0000 0.DoR x DR e FR x DR. permitindo identificá-los Para gráficos de barra com número de classes fixo.versão 1 VARS . além do intervalo da escala Quantas barras ? 10 Escolhe quantas barras você quer no gráfico (deve ser de 1 a 100) Barras “3-D” ? Nao Mostrar as barras em forma “3-D” ou não “Etiquetar” barras ? Sim Colocar “etiquetas” nas barras.Rel Titulo Levantamento de Mata Atlantica . DoR x IVI e FR x IVI) será criado.0000 1.

DESENHAR . Mensagens de erro Limitações e problemas Notas técnicas Bibliografia 5 .programa PARAMS (manual versão 01/05/98) No caso de gráficos de barra com porcentagem fixa. O uso desta opção é descrito na seção “Opções comuns a diversos programas” no capítulo “Utilizando FITOPAC”. Normalmente o programa tenta selecionar escalas que utilizam o máximo possível da tela compatível com unidades de escala razoáveis. permitindo alterar a porcentagem total do parâmetro que será mostrado em forma de barras. Estas opções são muito úteis no caso de estudos comparativos onde é essencial ter gráficos que utilizam os mesmos escalas. 4. Veja a seção ??? para mais detalhes. Se você precisa de gráficos com a mesma escala. Por exemplo. ANTERIOR . os gráficos saem com escalas diferentes. pode utilizar esta opção para controlar a aparência dos gráficos finais.desenha o gráfico atual na tela. IMPRIMIR .volte ao gráfico anterior (se existe). ou mesmo sub-analises do mesmo levantamento.escolhe o próximo gráfico na fila (se ainda tiver). Note que esta forma de impressão do gráfico utiliza as caracteres normais da impressora e não é uma cópia da tela (fig. Esta opção também pode ser utilizada para ampliar ou “encolher” uma região de um gráfico de dispersão. SIMBOLOS . a única diferença desta tela é a substituição da pergunta “Qual porcentagem” em vez de “Quantas barras”. PROXIMO . a região no canto inferior esquerda da fig.Permite alterar os símbolos utilizados em diagrams de dispersão.imprime o gráfico atual na saida já selecionada ao entrar no programa. em fig. Se quiser imprimir uma cópia da tela utilize Ctrl P. 1 foi ampliado pela modificação do limite máximo das escalas verticais e horizontais. ??). Mas em comparações entre levantamentos.

Diagrama de dispersão. 1. com “etiquetas” nos pontos. 6 .versão 1 Figuras Fig.FITOPAC .

programa PARAMS (manual versão 01/05/98) Fig. 2 Gráfico de barras com número fixo (10 ) barras + resto (“outros”). com “etiquetas nas barras e sem efeito “3-D” 7 .

sem “resto” e com “etiquetas” e efeito “3-D” 8 .FITOPAC . 3.versão 1 Fig. com primeiros 75% do parâmetro representado. Gráfico de barras.

Parte da fig. 9 . 4. 1 ampliada por modificação das escalas verticais e horizontais.programa PARAMS (manual versão 01/05/98) Fig.

incluindo transformações dos dados e a retirada de espécies raras. torna-se necessário uma mudança no formato dos dados pois este último conjunto de análises geralmente trabalha com um resumo dos dados. CRIAMAT permite a criação de uma matriz deste tipo e seu armazenamento na forma de um arquivo do tipo “FPM” para análises posteriores (veja também a seção “Uso de arquivos em FITOPAC”). porém. portanto.FPM” como o arquivo de saída. mas em muitos casos é interessante passar para uma fase posterior de análises mais detalhadas de variação dentro da área amostrada e detecção de padrões e gradientes ecológicos. Normalmente. O arquivo de entrada é um arquivo do tipo “FPD”. Arquivos necessários Este programa utiliza um arquivo de entrada e um de saída. Assim. Introdução Este programa forma o elo de ligação entre os programas “PREPARE” e “PARAMS” e o resto do FITOPAC. normalmente não faz sentido criar este tipo de matriz pois o número de indivíduos em cada ponto é restrito a 4 e não é apropriado usar análises de agrupamento ou ordenação nestas circunstâncias. descrevendo um levantamento utilizando parcelas. Como sempre. Em levantamentos que utilizam o método de quadrantes. “CRIAMAT SAOJOSE” vai utilizar “SAOJOSE. não é apropriado para outros tipos de análise. Este programa trabalha. somente com levantamentos feitos utilizando o método de parcelas. exatamente o que é preciso para calcular os parâmetros fitossociológicos para o levantamento. do tipo “FPD”.FPD” como arquivo de entrada e vai criar o arquivo “SAOJOSE. Utilização A tela principal é apresentada abaixo :- .PROGRAMA CRIAMAT Função A função do programa CRIAMAT é de gerar uma matriz parcelas x espécies a partir de um arquivo de dados de levantamento. onde os dados originais de cada indivíduo são descartados e substituídos com algum tipo de média ou contagem para a unidade de amostragem. na forma CRIAMAT ENTRADA SAIDA. Neste ponto. o primeiro passo na análise dos dados de um levantamento será o cálculo dos parâmetros fitossociológicos. O programa tem opções para criar os seguintes tipos de matriz :• presença/ausência • número de indivíduos • área basal • volume (é necessário ter dados de altura no arquivo “FPD” para este tipo de matriz) O programa também tem facilidades para manipulação da matriz. ou alguma outra medida mais complexa como número de indivíduos (muito comum) ou área basal ou volume. O arquivo de saída é um arquivo do tipo “FPM” que contem a matriz criada por CRIAMAT.FPD” como entrada e “SJ1. Este formato. Os arquivos podem ser especificados na linha de comando. Esta medida pode ser simples presença ou ausência (geralmente representados por 1 e 0 respetivamente). particularmente análises de ordenação e agrupamento onde nos precisamos de uma matriz que contém as unidades de amostragem como linhas e as espécies como colunas e onde cada célula da matriz contém alguma medida da presença de uma dada espécie dentro de uma das unidades de amostragem.FPM” como saída. enquanto “CRIAMAT SAOJOSE SJ1” vais utilizar “SAOJOSE. No arquivo de dados de levantamento existe uma lista de todos os indivíduos com suas respetivas medidas para cada unidade de amostragem (parcela ou ponto). os arquivos também podem ser especificados dentro do programa utilizando o comando “ARQUIVOS”.

o programa abre um menu :A .Volume D . o filtro e o tipo de matriz selecionados. Segue uma descrição de cada comando./abs. Filtro*. Veja a seção “manipulando matrizes ” para mais detalhes. o programa apresenta um menu para determinar qual o critério que deve ser usado para mascarar espécies raras.por ex.calcula a área basal total de cada espécie em cada unidade de amostragem Volume . masC**. Isso quer dizer que você pode restaurar estas espécies em casos onde muda de idéia. O critério usado para medir raridade e o valor de corte podem ser determinados :- . Modificar**.FPD Arquivo saida : GENEBRA Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Tipo de matriz : No. indivs.aplica um filtro na entrada de dados para selecionar somente um subconjunto dos dados .Tipo. etc. pres.área basal x altura) de cada espécie em cada unidade de amostragem.criar a matriz utilizando o arquivo. MATRIZ . TIPO . eliminar algumas espécies/amostras. matriZ*.indica a presença de uma espécie numa unidade de amostragem com um “1” e sua ausência por um “0”. Note que as espécies raras são mascaradas e não eliminadas permanentemente.. Ao escolher este comando.Arquivos Rotas Tipo Filtro matriZ Modificar masC Gravar Imprimir Sair Escolher o tipo de matriz desejado (no. Note que é necessário ter medidas de altura no arquivo “FPD” para poder utilizar esta opção. selecionar somente indivíduos acima de 10 cm de diâmetro. Gravar** e Imprimir**. Área basal .conta quantos indivíduos de cada espécie tem em cada unidade de amostragem.Area basal C . de individuos Os comandos disponíveis são os seguintes :. FILTRO .) -------------------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : GENEBRA.Numero de individuos B . etc.calcula o volume total (em forma de cilindro . utilizando o conjunto padrão de ferramentas de modificação de matrizes.Modificar a matriz criada .Presença/ausencia Você pode escolher qual destes tipos de matriz que pretende criar. Presença/ausência . sendo que os comandos marcados com um asterisco estão disponíveis somente após a escolha de um arquivo “FPD” de entrada e os comandos marcados com dois asteriscos estão disponíveis somente após a criação de uma matriz. ou onde o critério de exclusão que utilizou não estava correto. etc. com as seguintes cracterísticas Número de indivíduos .Especificar o tipo de matriz que você pretende criar. MODIFICAR . MASCARAR Mascarar as espécies raras.transformar. Ao escolher esta opção. Veja a seção “especificando “filtros” ” para mais explicações.

por algum motivo você não está satisfeito com o resultado (o critério foi rigoroso demais.Porcentagem C . área basal ou volume) menor que o valor especificado no próximo passo.No. enquanto espécies que tem um valor maior ou igual ao valor especificado serão mantidas. pode gravar cada matriz duas vezes. Após a escolha do valor de corte. de amostras. de indivíduos. dominância relativa e volume relativa respectivamente) que será especificada no próximo passo. uma em cada formato. . deixando poucas espécies ou foi aplicado o critério errado). Valor absoluto . Porcentagem . Se necessário.as espécies mascaradas tem um valor absoluto (de no. de amostras B . área basal ou volume .equivalente a densidade relativa.grava a matriz no disco como arquivo. pode utilizar os recursos de modificação da matriz para restaurar as espécies mascaradas (veja a seção ”manipulando matrizes” para mais informações). de amostras .Fitopac B .espécies serão mascaradas se ocorrem num número de unidades de amostragem menor que um número mínimo especificado no próximo passo.Valor absoluto onde : no. “TWINSPAN” e “CANOCO”. indicando quantas espécies foram mascaradas e quantas sobraram :- ** Foram mascaradas XX especies ** Deixando um total de YY especies Se. Em seguida. Ao escolher este comando. Note que uma espécie com um valor (no. o programa abre um menu que pede o formato de arquivo desejado :- A .espécies mascaradas não atingem um mínimo de porcentagem (do número de indivíduos. o programa determina quais são as espécies que serão mascaradas e apresenta uma mensagem na tela. GRAVAR . com diferentes critérios de exclusão aplicando o comando “MASCARAR” diversos vezes. o programa abre uma tela para pedir que você especifique o valor mínimo aceitável para inclusão de uma espécie.A . porcentagem ou valor absoluto) menor que o valor especificado será mascarada. tomando o cuidado de gravar cada matriz formada (com nomes diferentes) e restaurando as espécies mascaradas após a gravação da matriz. Também pode criar diversas matrizes.Cornell Onde Fitopac é o formato normal do FITOPAC (Um arquivo “FPM”) e “Cornell” é o formato usado pelos programas como “DECORANA”.

não é possível utilizar o mesmo nome para todos os arquivos resultantes. se você bateu “CRIAMAT SAOJOSE” para entrar no programa. etc. o programa pede o nome do arquivo de saída que no caso de arquivo FITOPAC normalmente será o nome do arquivo de entrada com a extensão “FPM”. ou para um arquivo de listagem (o “default” do programa). antes de gravar a matriz no arquivo designado. sugiro a manutenção sempre da extensão (“FPM” para arquivos FITOPAC e “DAT” para arquivos Cornell) para simplificar uso dos arquivos com outros programas. particularmente em casos onde você cria um número muito grande de arquivos com diferentes critérios de corte. transformações. Por exemplo. permitindo que você anota as modificações feitas e estas anotações aparecem nas listagens de resultados de todos os programas que utilizam esta matriz :Verifique as informaçoes complementares da matriz Titulo : {aqui você pode especificar a origem dos dados e qualquer critério de exclusão de espécies raras aplicado para esta matriz} Responsavel {nome do responsável pelos dados . onde obviamente. e se você quer manter uma matriz com todas as espécies. o programa abre uma tela com campos para título. Repare que espécies (ou amostras) mascaradas não são incluídas na matriz gravada. você pode alterar este nome .Após a escolha do formato de gravação. Finalmente. etc.isso geralmente só é requerido no caso de gravar diversas versões da matriz com diferentes níveis de corte ou com diferentes transformações dos dados.normalmente idêntico ao responsável pelo levantamento} Colunas da matriz sao : {normalmente espécies} Linhas da matriz sao : {normalmente amostras ou parcelas} Geralmente é bastante útil manter estes dados atualizados pois eles ajudam entender a saida das análises realizadas posteriormente. ou diretamente para a impressora se você tecla “IMP” ou “PRN” como arquivo de saída.imprime a matriz. mas. Normalmente. é melhor manter o nome sugerido pelo programa. se necessário. . o arquivo de saída criado automaticamente será “SAOJOSE.FPM”. Mesmo em casos onde precisa utilizar diferentes nomes de arquivo. e onde é possível confundir o que foi feito em cada matriz. esta deve ser gravada antes de utilizar as facilidades para mascarar espécies raras (ou mascarar amostras).. IMPRIMIR .

é impossível fornecer um programa que possa traduzir qualquer arquivo (por exemplo do Lotus 123) para todos os outros formatos. e que naturalmente formam uma matriz com as amostras formando as linhas e as variáveis medidas formando as colunas. Introdução Embora os programas do FITOPAC forne. que normalmente seriam obtidos como uma série de variáveis para cada amostra. no atual programa. é necessário ter uma maneira de introduzi-los para produzir um arquivo tipo “FPM” que pode ser lido pelo programa apropriado. “CANOCO” . ou imprima a matriz. É essencial. Quando utilizar este programa. facilitando o uso de outros tipos de análise não fornecidos no próprio FITOPAC. junto com funções que facilitam a manipulação da matriz. que esta tradução seja útil para pesquisadores na área de fitossociologia.cam todas as etapas necessárias para produção de matrizes do tipo “amostra x espécie” a partir dos arquivos originais de dados de campo. Além da entrada direta de dados.a função do programa é de traduzir matrizes simples. ler a seção sobre limitações do programa antes de utilizar “MATRIZ” para tradução de arquivos. Neste programa. Não tem facilidades para dados não-numéricos. porém. Este formato não está disponível em pacotes comerciais e pode ser bastante trabalhoso converter um arquivo em outro formato para uso com programas que utilizem o formato CORNELL. o programa funciona como um “tradutor” ou centro de intercâmbio entre diversos formatos de arquivo.por ex. além de funções para “importar” arquivos em outros formatos para o formato “FITOPAC” e “exportar” dados para uma variedade de outros formatos. no máximo com nomes de variáveis e amostras. Um exemplo seria dados de composição de solo. antes de tentar importar um arquivo. eliminar linhas ou colunas. Portanto. mais recentemente. examine os dados usando a planilha. portanto. Dada a diversidade em estrutura de arquivo possível. 1 .PROGRAMA MATRIZ Função O programa matriz fornece funções para manipulação de matrizes de dados e para “tradução” de matrizes em um formato de arquivo para outro. abaixo). transformar linhas ou colunas da matriz. Espero. verifique que realmente é válido e pode ser lido pelo pacote utilizado para criá-lo. e com dados numéricos. Entre os formatos disponíveis (veja “arquivos necessários”. Permite também a entrada direta de matrizes de dados por meio de uma planilha simples. transpor a matriz e imprimir a matriz. em muitos casos é necessário introduzir outros tipos de matrizes de dados que são adquiridos diretamente em forma de matriz. Tentou-se fornecer. Não dá para confiar cegamente no processo de tradução porque não é possivel prever todas as possiveis “complicações” que podem surgir ! Repare também que o programa não faz uma verificação de dados quando você está importando de outros formatos (exceto no caso de arquivos ASCII).todos amplamente usados na análise de dados ecológicos. Caso deseja analisar este tipo de dados utilizando os programas do FITOPAC. Utilizando “MATRIZ” é possível criar e manipular uma matriz de dados com Lotus 123 e depois transformar o arquivo “WK1” do Lotus em arquivo “SYSTAT”. Erros no arquivo sendo importado provavelmente darão resultados inesperados e podem jogar você fora do programa ou “travar” o micro. Supõe-se que o arquivo especificado seja um arquivo válido no formato especificado . sem a necessidade de produzir um arquivo “ASCII” intermediário como normalmente seria o caso. É especialmente importante notar que este programa forma um elo de ligação entre FITOPAC e programas como “DECORANA”. o formato “CORNELL” é particularmente útil pois este é utilizado pelos programas “DECORANA”. não tentei incluir todas as possiveis variantes para cada formato . um utilitário capaz de “traduzir” dados em forma de matriz para o formato requerido pelo FITOPAC via uma planilha simples que permite entrar os dados. e pode ser útil mesmo que você não queira utilizar o próprio formato FITOPAC. Este programa tem facilidades para editar uma matriz de dados. e os diferentes graus de sofisticação de funções que podem ser representadas em cada formato de arquivo. que um arquivo “SYS” foi criado pelo pacote SYSTAT e pode ser lido por aquele programa. “TWINSPAN” e “CANOCO”. “TWINSPAN” e. ou examine o arquivo resultante com um editor de texto para confirmar que a tradução realmente foi bem sucedida.

Para detalhes deste formato.formato normal do FITOPAC. este formato é disponivel somente para exportar arquivos.por ex.formato da planilha LOTUS 123 (arquivos WK1 .SYS DIF . Em geral. veja Hill (1979) ou ter Braak (1988).WK1 SYSTAT . você pode precisar de um arquivo contendo os nomes das colunas e outro com nomes das linhas da matriz .DIF 2 . No momento.arquivos simples.essencialmente uma matriz de dados sem qualquer outro tipo de informações. Permite transferir dados para análise com este pacote sem a necessidade de produzir um arquivo ASCII intermediário.formato utilizado pelo pacote estatístico “SYSTAT”. No momento. mas versões posteriores ainda podem ler este formato. As extensões utilizadas aqui são as seguintes :FITOPAC . NTSYS . DIF . Este pacote tem diversas opções para taxonomia numérica e análises multivariadas.0 do “SYSTAT”. SYSTAT . o programa tenta “adivinhar” a extensão apropriada para cada tipo de arquivo. Permite intercambiar dados diretamente com esta planilha. geralmente é preferível utilizar as extensões fornecidas pelo programa e não altera-las. É possivel. e não é necessário digitar a extensão se você vai utilizar o conjunto padrão de extensões.FITOPAC .TWINSPAN) e por CANOCO. “MATRIZ SAOJOSE”. Diversos pacotes estatísticos ou planilhas conseguem ler este tipo de arquivo. e arquivos neste formato também podem ser importados pela maioria dos processadores de texto. com espaços entre os números . Repare que alguns programas como “SYSTAT” exigem o uso de uma extensão especifica (neste caso “SYS") e não aceitam outras extensões. utilizar 123 para entrar e manipular matrizes de dados e depois transferi-los diretamente para FITOPAC. Portanto.formato condensado utilizado pelos programas produzidos pela Universidade de Cornell (DECORANA.veja a seção “importando dados” para mais informações. onde “SAOJOSE” é o nome do arquivo de dados que deseja manipular.1). LOTUS 123 . Excell) e programas estatísticos ou gráficos podem ler este formato. contendo somente números. sendo necessário colocar somente o nome do arquivo de dados quando chamar o programa .FPM CORNELL . As combinações de importação e exportação de dados disponíveis estão resumidos na fig.DAT ASCII . Os formatos disponíveis no momento são os seguintes : FPM . Muitas planilhas (por ex. CORNELL . ?.formato utilizado pelo pacote “NTSYS” de Rohlf (1989). Além do arquivo de dados.muitas planilhas e pacotes estatísticas são capazes de importar e exportar arquivos neste formato. É válido somente para versão 3. este formato é disponivel somente para exportar arquivos. portanto. embora a representação interna dos dados e o tipo de arquivo básico seja de um arquivo “FPM” do FITOPAC.da versão 2. ASCII .versão 1 Arquivos necessários MATRIZ pode importar e exportar arquivos em diversos formatos. Utilização Especificando arquivos A especificação dos arquivos a serem usados segue o esquema normal do FITOPAC.DAT LOTUS 123 .(Data Interchange Format) .

Systat W . o programa cria uma matriz vazia e depois entra diretamente no modo planilha. No caso da opção “D”. *Exportar e *imPrimir.o formato normal do FITOPAC). aparece um menu com as opções para exportação.ASCII C .Cornell S . 3 . veja a seção “Utilizando a planilha”..Direta Escolha a opção que indica o tipo de arquivo você deseja utilizar.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) Tela principal : Arquivos Rotas Imptipo eXptipo Ler Titulos Modificar Exportar imPrimir Sair Tipos de arquivo para importaçao/exportaçao ------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : MAT1 Arquivo saida : MAT1 Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Tipos de arquivo Importaçao : FPM Exportaçao : FPM ------------------------------------------------------------- Os principais comandos disponíveis são Imptipo. eXptipo. Tipo de arquivo ?. Segue uma descrição de cada comando :IMPTIPO . Para mais informações sobre a planilha. Ao acionar este comando. entrar dados diretamente.. pronto para entrada dos dados. e o programa voltará à tela principal. F .selecione o tipo de arquivo a ser usado para importação de dados. Ao acionar este comando.Lotus WK1 D .selecione o tipo de arquivo a ser usado para exportação de dados. EXPTIPO . dos quais os comandos marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de ler uma matriz de dados. Note que o menu de importação não é idêntico ao menu de exportação pois alguns formatos podem ser utilizados somente para exportação. Títulos. aparece um menu com as opções importação. Ler. *Modificar. (a opção pré-selecionado é “FPM” .FPM A .

FPM A . esta opção permite. frequentemente este é útil para identificar diferentes matrizes.Systat W .altera o título e outras informações sobre a matriz que foi importada.Lotus WK1 N .iniciar a leitura de um arquivo de dados. e o programa voltará à tela principal. Converter em presença/ausencia Nao Permite converter uma matriz armazenada na planilha em matriz binário.DIF Escolhe a opção que indica o tipo de arquivo você deseja utilizar. especialmente quando você está trabalhando com análises mais complexas que produzem diversas matrizes de dados. o programa vai transpor a matriz enquanto está lendo os dados. antes de gravar a matriz. No mínimo o título será exportado junto com os dados na maioria de formatos de exportação. Esta opção é útil se você quer colocar as linhas da planilha nas colunas da matriz e as colunas da planilha nas linhas da matriz. o programa apresenta uma mensagem indicando quantos linhas e colunas da matriz foram lidas. Estas informações devem ser verificadas com cuidado para confirmar que todos os dados foram importados corretamente. qualquer valor acima do valor indicado aqui é considerado uma “presença” e convertido em valor “1”.NTSYS D .0000 Em conversões para matrizes de presença/ausência. No caso de arquivos em formato “WK1”. 4 . com um limite máximo de 250 variáveis. o programa mostrará a seguinte tela :- Tipo de leitura do arquivo ? Transpor enquanto le Nao Se quiser.Cornell S . mas caso você queira tratar valores abaixo de um certo nível como ausências. o programa vai abrir esta tela automaticamente. Note que quando a opção de exportação é “FPM” (formato FITOPAC).ASCII C .FITOPAC . F . o programa começa a importar os dados imediatamente. parando somente quando os dados foram lidos ou se ocorrer um erro que o programa é capaz de detectar.versão 1 Tipo de arquivo ?. Permite o uso da planilha para entrar matrizes de dados binários onde o número de variáveis aceitável pelo FITOPAC é maior que o número de colunas disponíveis na planilha.. Se não ocorreu algum erro. O valor pré-estabelecido de 0. Embora não seja essencial colocar um título.0 normalmente é o mais usado. Para a maioria das opções de formato.. Para alguns formatos. LER . Valor de corte para presença/ausencia 0. TÍTULOS . Normalmente qualquer matriz em planilha é tratada como uma matriz de dados quantitativos. enquanto valores iguais ou menores que o valor indicado são tratados como ausências e recebem o valor “0”. É utilizado somente na conversão para arquivos binários. o programa precisa de informações complementares antes de iniciar a importação e mostrará uma tela de perguntas antes de começar a importação.

pode usar para continuar.Presença/ausencia X . aparece uma tela “Descrição da Matriz” com vários campos pedindo informações sobre os dados a serem importados :Quantas variáveis : 0 Indique quantas variáveis (colunas) a matriz tem. mas ajuda você a identificar a matriz depois.pode ser qualquer valor numérico. Esta informação é essencial . Dados do tipo presença/ausência são dados onde somente a presença ou ausência de uma espécie ou caractere é indicada. Dados mistos incluem uma mistura de dados quantitativos e binários.miXto Dados quantitativos são quantidades numéricas. Caso você tenha dados faltando.você não vai poder continuar sem este dado . use a tecla de espaço ou “s” para mudar este campo para “sim” e depois preenche o próximo campo - ´ Valor usado para indicar dados faltando : -9999. pode pular este campo e o próximo.0000 Aqui. Quando o arquivo de dados acaba.e a resposta deve ser um número inteiro de 1 até o máximo permitido por esta versão do programa. Se não quiser utilizar qualquer uma destas opções. mas não deve ser um valor que pode ocorrer entre os dados normais. -999 é comum. O arquivo ASCII só pode conter números e espaços ! Se um caractere “proibido” é encontrado. O primeiro passo é indicar o tipo de dados que você pretende importar. e pode ser utilizada junto com a opção semelhante no processo de exportação de dados (veja “EXPORTAR” para mais informações). especialmente se você tem um grande número de matrizes diferentes. sem qualquer preocupação com a quantidade presente. Para arquivos em formato “ASCII”. o programa começa a importar os dados. pois o programa precisa de algumas informações adicionais antes de começar a importação.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) A opção de transposição da matriz enquanto é lida pelo programa permite a manipulação de matrizes que não caberiam dentro de uma planilha normal. parando se encontrar qualquer tipo de caractere não numérico. Uma vez que completou os campos desta tela (não esqueça do para sair). Titulo : Bate um título que descreve a matriz de dados. o programa tentará dar alguma indicação de onde ocorreu o problema. o programa informará quantos linhas de dados foram lidas verifique estas informações para ter certeza que a leitura de dados foi bem-sucedida ! O programa em seguida vai pedir informações sobre os nomes das variáveis com o menu “Nomes das variáveis” :- ´ 5 . você digita o valor que utilizou para indicar dados faltando na sua matriz . o procedimento é um pouco mais complexo. escolhendo a opção apropriada do menu “Tipo de dados” :- ´ Q . como área basal. número de individuos. comprimentos. mas pára neste ponto e você precisará utilizar um editor de texto para corrigir seu arquivo antes de continuar. simplesmente apertando . etc. Tem dados faltando : Nao Se não tiver dados faltando na matriz. Depois deste menu.Quantitativo P . Não é essencial. pesos.

Nos outros formatos. acresentar dados de uma outra matriz.em casos onde o número de variáveis não é tão grande ou onde você prefere não criar outros arquivos.versão 1 A . mas o número de linhas no arquivo tem que ser igual ao número de variáveis. Para utilizar esta opção. com uma linha numerada para você incluir onome de cada variável. e o programa simplesmente informa quando termina de gravar o arquivo de saída. é mais conveniente dar nomes individuais para cada variável. mascarar ou eliminar linhas ou colunas. Este arquivo pode ser criado com um processador de texto em modo “não documento” (sem formatação). Pode deixar uma linha em branco onde não quer dar um nome para alguma variável. um arquivo ASCII contendo os nomes das variáveis. com a exceção da última opção “Usar uma das variáveis (colunas)”.neste caso o próprio programa se encarrega de criar uma série de nomes. bata o nome do arquivo contendo os nomes e estes serão lidos diretamente. antes de entrar no programa “MATRIZ”. esta opção oferece o método mais conveniente de fornecer os nomes. Se você seleciona esta opção. Entrar diretamente pelo teclado . Ler os nomes de um arquivo . Por exemplo. Veja a seção “??” para uma explicação mais detalhada.Criar automaticamente . esta opção permite que você digita os nomes das variáveis diretamente. etc. basta apertar a tecla . Note que os nomes podem ser preenchidos em qualquer ordem.Ler os nomes de um arquivo C . você precisa criar. usando as teclas de seta e e para colocar o cursor na linha correspondente ao nome que você deseja incluir. EXPORTAR . o nome no. etc. 1 tem que corresponder a variável 1. o processo é totalmente automático. O programa abre uma janela de edição. Quando o programa pedir. Isso pode ser útil se uma das variáveis representar um grupo ao qual a amostra pertence e você quer somente uma indicação do grupo no nome da amostra. etc.Exportar a matriz no formato de exportação esolhido com o comando TIPOS.FITOPAC .Entrar diretamente pelo teclado Criar automaticamente . que permite copiar os valores em uma das variáveis para uso como nome. Para arquivos ASCII e DIF :- « ³ ´ ° 6 . Para alguns formatos (SYSTAT. entrando “Eixo” como prefixo vai resultar em variáveis com nomes do tipo Eixo1. o programa vai pedir um prefixo para os números das variáveis. o programa vai solicitar algumas informações complementares. O menu e as opções oferecidas aqui são praticamente idênticos àqueles dos nomes das variáveis.Modificar a matriz. Quando o número de variáveis é grande. tecle o prefixo desejado.Na maioria dos casos. e caso prefira utilizar este. Var2. para cada variável. O prefixo já fornecido pelo programa é “Var”. Uma vez que os nomes das variáveis foram criados ou lidos. e assim por diante. Lembre de usar a tecla para sair da janela de edição. Cornell). transformar dados. 2 à segunda variável. Eixo2. utilizar a planilha.“Var1 a VarN" B . um por linha. o programa também vai solicitar nomes para as linhas (amostras). do tipo Var1. MODIFICAR . mas o nome no. Se quiser modificar o prefixo.

Para dados binários. Mensagens de Erro 7 . incluir ou não os nomes de amostras como uma das colunas da matriz. você pode transpor a matriz. No caso de arquivos ASCII. pois o número máximo de variáveis utilizado por FITOPAC é 250. O uso deste caractere torna os nomes mais legíveis.Imprimir a matriz ou num arquivo no disco ou diretamente na impressora. normalmente esta opção não é necessária. este método pode ser usado para manipular matrizes que normalmente não caberiam na planilha. e é. o programa pergunta somente se você quer os nomes das variáveis e amostras. porém. Neste caso. Incluir nomes das amostras Sim No caso de arquivos DIF. um por linha. No caso de nomes com duas partes (por ex. IMPRIMIR . voçê precisará “cortar” a matriz em blocos. Pode ser lido por planilhas e alguns pacotes estatísticos. o programa pergunta se quer transpor a matriz enquanto é gravado. nomes de espécies). dos nomes de variáveis e linhas da matriz no(s) arquivo(s) de saída. Embora não sejam obrigatórias. antes de tentar exportá-la para este formato. Quando você seleciona esta opção. produz um arquivo contendo os nomes. Para dados quantitativos. mas alguns pacotes estatísticos não permitem o uso deste caractere em nomes de variáveis. incluir ou não os nomes das variáveis como uma linha da matriz. mas alguns pacotes estatísticas não aceitam variáveis não-numéricas. o programa vai pedir o nome do arquivo a ser usado para imprimir. Como a importação de arquivos “WK1” também permite transpor a matriz. se o número de linhas na sua matriz é inferior a 256. de caracteres. mas nem todos aceitam. FITOPAC pode aceitar até 1000 variáveis e estas não caberiam na planilha. os nomes são colocados dentro de um arquivo que contem um nome por linha. Se a sua matriz tiver mais que 256 linhas e 256 colunas. e podem ser úteis quando se tem um número elevado de arquivos com diferentes matrizes. No caso de arquivos NTSYS. Para exportação em formato “FPM”. No caso de arquivos ASCII. utilizando as facilidades para mascarar linhas e colunas. em no.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) Especificaçao da saida Comprimento dos nomes das variáveis 8 Indique aqui o comprimento. que então será gravada na planilha com as linhas originais nas colunas e as colunas nas linhas. portanto. Incluir nomes das variáveis Sim No caso de arquivos DIF. Se quiser mandar a matriz diretamente para a impressora. Permitir “_” em nomes de variáveis ? Sim Permitir ou não a presença do caratere “_” nos nomes de variáveis e objetos. Este tipo de variável pode ser lido por planilhas. Note que o programa NÃO verifica os limites da matriz antes de gravá-la e é capaz de produzir um arquivo “WK1” que ultrapassa o tamanho máximo permitido por Lotus 123 e outras planilhas. Para exportação em formato “WK1”. digite “IMP” ou “PRN” para o nome de arquivo. estas informações complementares ajudam a identificar o arquivo. inferior ao número de colunas permitidas na maioria das planilhas (geralmente 256). o programa abre uma tela para verificação das informações complementares da matriz antes de gravá-la.

produzir uma matriz que exceda os limites da versão de SYSTAT que você está utilizando e em conseqüência você precisa verificar esta limitação antes de tentar utilizar o arquivo.versão 1 Limitações e problemas Cada formato de arquivo incluído aqui tem certas limitações em termos de características como comprimento permitido para nomes de variáveis. porque utilizam um sistema de armazenamento mais eficiente para matrizes esparsas com muitos zeros. 8 .por ex. No caso de matrizes do tipo presença/ausência. não há maneira de se recuperar as fórmulas originais. etc. mas descarta todas as informações sobre a fórmula em si. e você precisa estar ciente das limitações dos formatos que pretende usar e do atual programa. é possível você exceder o limite de número de espécies para programas do pacote Cornell . Na exportação de arquivos para o formato Cornell.o programa consegue ler matrizes simples. mesmo que os números de espécies e amostras estejam dentro dos limites teóricos do programa . não se faz qualquer verificação dos limites de número de colunas e linhas na matriz. o programa automaticamente produz nomes do tamanho correto. com poucos valores de zero. ??). e a matriz não será traduzida. Note que dados numéricos em FITOPAC são armazenados como números de 4 bytes e não 8 bytes como em SYSTAT. Pode haver. Dados não-numéricos em qualquer outra posição na planilha serão solenemente descartados e substituídos por “valor faltando”.o programa lê e escreve diretamente o formato binário utilizado por SYSTAT versão 3. portanto. Os dados numéricos são inseridos nas linhas e colunas apropriadas. O formato DIF pode ser usado para transferir dados de FITOPAC para STATGRAPHICS e. O programa não lê o formato FORTRAN especificado no início do arquivo Cornell (veja Hill 1979 ou ter Braak 1988 para uma descrição do formato Cornell). Os nomes das colunas (variáveis) devem estar na primeira linha da planilha. embora seja possível produzir um arquivo perfeitamente válido para o formato Cornell onde não há espaços entre os números (fig. onde você precisa saber o comprimento do nome usado pelo programa que você pretende empregar. pois é necessário somente inserir espaços nas colunas apropriadas no arquivo Cornell para permitir leitura do arquivo. portanto. mas para arquivos DIF ou ASCII. Portanto. Em geral. grau de precisão e outras atributos. No caso de linhas ou colunas inteiramente não-numéricas. com exceção da primeira. e pressupõe que todos os números individuais estejam separados por espaços. Quando você importa um arquivo neste formato. No caso de exportação de arquivos para SYSTAT. É possível. é necessário que você especifique este dado. Você deve verificar se a matriz resultante cabe dentro de uma planilha 123. e os nomes das linhas (amostras). Se você tenta traduzir um arquivo que exceda os limites impostos pelo FITOPAC. É impossível prever todas as combinações necessários para os diferentes programas estatísticos e planilhas.a ocorrência deste tipo de erro depende da versão do pacote que você está utilizando. Seguem algumas observações mais específicas sobre cada formato : Cornell . A mais importante destas é a necessidade de ter pelo menos um espaço entre números (fig. não adianta “bolar” uma planilha complicadíssima com tudo quanto é tipo de formatação. No caso dos formatos SYSTAT e Cornell. O programa ignora gráficos e formatação dentro da planilha. para alguns programas. estas serão descartadas.FITOPAC . são descartadas variáveis não-numéricas.a leitura de arquivos em formato Cornell é sujeita a várias limitações sérias. O tamanho do nome pode ser mais problemático na exportação. nomes de colunas e linhas podem ter no máximo 35 caracteres em FITOPAC. uma perda de precisão. enquanto SYSTAT aceita sem problemas. caracteres permitidos em nomes. Como a maioria de pacotes estatísticos utilizam nomes mais curtos (geralmente 8 ou 12 caracteres). normalmente não ocorrem problemas na importação de dados destes pacotes. e de qualquer modo. receberá uma mensagem de erro. isto não se constitui em um problema sério. Onde foram colocadas fórmulas na planilha. limitações nos caracteres permitidos em nomes de variáveis . Também é possível exceder o espaço de armazenamento disponível se tiver uma matriz cheia. SYSTAT . o programa lê o valor numérico associado com a fórmula. etc. assim.veja o manual de Hill (1979) para informações sobre este problema. ??). Uma vez que foi feita a tradução. A planilha produzida quando se exporta para Lotus 123 contém a matriz com os nomes das variáveis (colunas) na primeira linha e os nomes das amostras (linhas) na primeira coluna. Na maioria dos casos. mas nomes mais compridos em planilhas serão truncados. na primeira coluna. A intenção aqui é traduzir o tipo de matriz simples que geralmente é encontrado em estudos fitossociológicos. Lotus 123 . e são reconhecidos os dados faltando. Também existem. STATGRAPHICS não permite o uso do caractere “_” no nome. Repare que o programa não verifica limites de tamanho de matriz. contendo somente dados numéricos e nomes de colunas e linhas. não deve haver grandes problemas. e esperar que vá ser traduzida fielmente.0. e valores faltando são representados por uma célula em branco. a maioria de pesquisadores que utilizam o pacote Cornell já deixam espaços entre os dados. Repare que os programas do pacote Cornell geralmente têm limites muito mais amplos no número de espécies e amostras. é necessário neste caso especificar se este caractere pode ser utilizado. que será utilizada como nome das amostras.

a FORTRAN program for canonical community ordination by [partial] [detrended] [canonical] correspondence analysis.J.J.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) Notas técnicas Bibliografia Hill. M. ter Braak.O. A FORTRAN Program for Detrended Correspondence Analysis and Reciprocal Averaging. Section of Ecology and Systematics. Exeter Publishing Ltd. Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System. New York. Version 1. Agricultural Mathematics Group. Wageningen. 1988.. C. NTSYS-pc. New York. Rohlf.5. Cornell University. CANOCO .1). DECORANA. principal components analysis and redundancy analysis (version 2.F. 1979. F. 1989. 9 .

ou na opção de modificação de matriz no próprio COEF. Normalmente é necessário especificar somente o nome do arquivo “FPM”.na literatura de taxonomia numérica). Para diversos tipos de análise. ainda. Utiliza. como entrada. COEF permite o cálculo e armazenamento de uma matriz deste tipo. um arquivo LST contendo a listagem. COEF SAOJOSE vai utilizar o arquivo SAOJOSE. Introdução Este programa serve como elo de ligação entre as matrizes de dados produzidas pelos programas CRIAMAT e MATRIZ e os programas CLUSTER e ORD (quando se deseja utilizar Análise de Coordenados Principais).FPC como saida (e SAOJOSE. recomendo Dunn & Everitt (1982). contendo uma matriz de dados onde as linhas da matriz representam os objetos a serem comparadas. algumas facilidades para comparar matrizes e converter entre diferentes formatos de arquivo. matrizes retangulares de dados no formato “FPM”. Também é possível imprimir e manipular em várias maneiras a matriz de coeficientes produzida. o uso deste programa é essencial para produzir as matrizes necessárias para análise de aglomerados. Normalmente.por ex. Não é possível discutir as propriedades de todos os coeficientes dentro deste manual. oferecendo diversos coeficientes de semelhança e distâncias amplamente utilizados para estudos ecológicos e taxonômicos.. Caso quiser fazer uma comparação entre espécies. Legendre & Legendre (1983). binários (presença/ausência) ou mixtos (com diferentes tipos de variáveis). Esta matriz contém todas as possíveis comparações entre pares dos objetos sendo comparados (também conhecidos como Unidades Taxonômicas Operacionais . Se por alguma razão você prefere um outro nome para o arquivo “FPC”. é necessário armazenar somente a metade da matriz. Por ex. se optar pela impressão da matriz. Como as comparações normalmente são simétricas.UTOs .FPM como entrada e SAOPAULO.LST. precisa transpor a matriz “FPM”. Para informações mais completas.FPM como entrada e produz SAOJOSE. é essencial calcular uma matriz que mostra o grau de semelhança ou dessemelhança entre uma série de amostras ou espécies. na forma de uma matriz triangular. Arquivos necessários O arquivo de entrada para este programa é um arquivo de tipo “FPM”.PROGRAMA COEF Função O programa “COEF” permite o cálculo e gravação de matrizes de coeficientes de distância ou semelhança para uso em análise de aglomerados e análise de coordenados pricipais. e o programa cria automaticamente um arquivo “FPC” com o mesmo nome do arquivo de entrada. a matriz calculada pelo COEF a partir de um arquivo “FPM” deste tipo será uma matriz de semelhanças entre amostras. contendo dados numéricos (quantitativos). A matriz normal produzida pelo programa CRIAMAT coloca as amostras como linhas. Clifford & Stevenson (1975). não importando se você compara objeto A com B ou B com A. ou na hora de produzí-la. Pielou (1984) e Sneath & Sokal(1973). As saidas do programa são um arquivo do tipo “FPC” contendo a matriz de coeficientes e.FPC como saida. caso pede uma listagem da matriz). O programa tem. Gordon (1981). e tem facilidades para calcular distâncias geográficas entre localides quando fornecido com os coordenados correspondentes. COEF SAOJOSE SAOPAULO vai utilizar o arquivo SAOJOSE. 1 . e portanto. basta especifica-lo como segundo nome de arquivo quando chama o programa .

e no caso de imprimir.distancia euclidiana quadrada B .Yule T . euclid. *modificar.Hamann S .Bray Curtis G . formato.distancia corda M .distancia manhattan total F .Distancia geografica 2 . aparece um menu de coeficientes mostrando todos os coeficientes disponiveis no programa para o tipo de arquivo de dados escolhido (binário. *coef. *calcular. após o cálculo dos coeficientes. Segue a explicação de cada ítem :LER . Os itens marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de selecionar um arquivo de entrada.Urbani & Buser Q .Kulczynski O .Morisita K .distancia euclidiana media E .succesive 10 % overlaps As opções oferecidas no menu principal são Ler.dist.Morisita (mod.FPM no. quantitativo ou mixto). quadrada media D .Gower S .ler o arquivo de dados. imprimir e manipular.Tanimoto R .chi-quadrado com Yates Para dados quantitativos A .distancia euclidiana simples C .distancia euclidiana simples C .diferenca de tamanho N .correlacao J .Bray Curtis H .selecione o tipo de coeficiente que deseja calcular.diferenca de forma O .Marczewski-Steinhaus K .Kulczynski R .diferenca de tamanho H . Horn) L .dist. fOrmato Modificar calcUlar Imprimir Manipular Sair Escolher o coeficiente a ser calculado -----------------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : MAT1.Ochiai P . de variables : 200 [0] Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Coeficiente atual : distancia euclidiana simples test data set .“simple matching" L .Jaccard M . Você só vai poder selecionar o coeficiente após a leitura do arquivo de dados.Canberra excl.Dice/Sorenson/Czekanowski N . I .Marczewski-Steinhaus Q .distancia euclidiana media E .distancia euclidiana quadrada B .diferenca de forma I . de objects : 11 [0] Arquivo saida : MAT1.chi-quadrado U .Rogers .Baroni .0 dupl. Ao escolher esta opção. quadrada media D .distancia manhattan media F . euclid.FITOPAC . Para dados binários A . J .FPC no. COEF[ICIENTE] .versão 1 Utilização Tela principal : Arquivos Rotas Ler Coef.correlacao P .0 dupl.distancia manhattan media G .Canberra incl.

As transformações são particularmente importantes pois é necessário transformar as colunas da matriz antes de calcular muitos coeficientes. 2 com 250 caracteres e um com 150 caracteres. se tiver uma matriz com 650 caracteres quantitativos. eliminar ou mascarar linhas ou colunas da matriz. especialmente onde o número de objetos é grande.) Veja a seção “Manipulando matrizes”. não seria possível calcular uma matriz de coeficientes diretamente pois o máximo de caracteres quantitativos é 250. F5 Gravar config. Veja o capítulo “Opções comuns a vários programas” para uma descrição mais detalhada desta opção.inicia o calculo da matriz de coeficientes e a gravação do arquivo “FPC” onde são armazenados. F3 Selecionar.permite combinar duas até quatro matrizes em uma matriz só. somente o coeficiente de Gower é disponível. Estas incluem a possibilidade de combinar duas ou mais matrizes de dados. O principal uso desta opção é em casos onde você tem demais caracteres para calcular a matriz de coeficientes diretamente. Não é possível combinar distâncias com semelhanças.permite manipular arquivos de coeficientes (combinar arquivos. Você também pode utilizar esta facilidade para criar matrizes que combinam diferentes tipos de caracteres. MANIPULAR . Para dados binários. abre a seguinte tela:- . efetivamente não existe limite para o número de caracteres. embora o limite para o número de objetos (400) continua válido. Lembre que o número de coeficientes na matriz é uma função do número de objetos ao quadrado ! A impressão de uma matriz de coeficientes destrui a matriz de dados que está na memória do micro e será necessário re-ler a matriz para calcular mais coeficientes. alguns coeficientes são exatamente iguais (por ex. F4 Impressora. IMPRIMIR . converter entre formatos de arquivo.esta opção é muito importante pois permite a modificação da matriz de dados antes de calcular os coeficientes.escolher o formato do arquivo de coeficientes . As modificações disponíveis incluem transformar. Mas voce pode criar 3 arquivos de dados. calcular o complemento de uma matriz de coeficientes e calcular o coeficiente de correlação cofenética entre duas matrizes. e o programa dará uma mensagem de erro se tentar. Veja a seção “Limitações e problemas” para mais informações. Tome cuidado com esta opção pois a listagem obtida pode ser muito volumosa. Manipulando matrizes COEF oferece algumas facilidades para manipulação de matrizes de coeficientes.pode ser FITOPAC (FPC) ou NTSYS. MODIFICAR . cOmbinar conVerter comPlemento coFenetica Continue Combinar 2 ou mais matrizes de coeficientes ------------------------------------------------ ------------------------------------------------------F1 Ajuda. CALCULAR . F10 Sair Segue uma descrição de cada opção :COMBINAR . alem de transpor e imprimir a matriz de dados e acesso à planilha para inspeção e modificação de dados individuais.imprime a matriz de coeficientes num arquivo que terá o nome do arquivo de saida com a extensão “LST”. Para dados mixtos. Por exemplo. Canberra e Manhattan média).programa COEF (manual versão 30/04/98) Note que nem todos os coeficientes são aplicaveis com qualquer tipo de dados de entrada . etc. Ao selecionar esta opção.veja a seção “Limitações e Problemas” para informações sobre possíveis incompatibilidades. e depois combinar estas matrizes (dando um peso proporcional ao número de caracteres para cada um) para dar uma matriz final que é equivalente à matriz calculada diretamente utilizando todos os caracteres de uma vez. calcular um coeficiente para cada matriz. Desta maneira. FORMATO .

aparece uma tela pedindo os nomes dos arquivos de entrada e saida a serem usados na conversão :Arquivos Arquivo de entrada ? : MAT1. transformando similaridade em distância.isto é.SYSTAT > FITOPAC em seguida. FITOPAC → SYSTAT ou NTSYS). mas pode ser usado com outras matrizes e não somente com a dendrograma. Este peso normalmente é igual ou proporcional ao número de caracteres usados para produzir cada matriz. Ao escolher esta opção. junto com o peso a ser dado a cada uma. Repare que só pode ser usado com matrizes do mesmo tamanho.00 0. aparece um menu mostrando as conversões disponíveis :- A .00 Nome de arquivo FPC contendo matriz de coeficientes Você pode entrar com os nomes de até quatro matrizes que serão combinadas.permite converter arquivos de um formato para outro (por ex.FITOPAC > NTSYS B .NTSYS > FITOPAC C .00 0.0 . mas você pode usar outros pesos.FITOPAC > SYSTAT D . Semelhante à opção para correlação cofenética em programa CLUSTER. 4 .FPC Arquivo de saida ? : MAT1.o valor de similaridade. 1.00 0. CONVERTER .calcula o complemento da matriz de coeficientes . O valor do coeficiente na matriz final é calculado a partir da seguinte expressão C f = pC+pC +pC +pC 1 1 2 ∑p i =1 2 4 3 3 4 4 i onde Ci é o valor do coeficiente em matriz 1 e pi é o valor dado para o peso para matriz 1.calcula o coeficiente de correlação cofenética entre qualquer par de matrizes e mostra um gráfico plotando os valores da primeira matriz contra os valores correspondentes da segunda matriz. COFENETICA .FITOPAC .versão 1 Arquivos a serem combinados arquivo nnnnnn nnnnnn nnnnnn nnnnnn peso 0. caso queira alterar o equilibrio entre as matrizes.DAT COMPLEMENTO .

e se você quiser calcular outos coeficientes utilizando a mesma matriz modificada. o programa mostra uma mensagem de erro e para o processamento da matriz. O número máximo de colunas (variaveis) depende do tipo de matriz. Para dados qualitativos (presença/ausência). se possível. Portanto. Como não é possível armazenar os coeficientes calculados junto com a matriz de dados originais na memória RAM do micro. recomendo que. permite utilizar um número quase ilimitado de variáveis (veja a seção “Manipulando matrizes"). No caso de cálculo de distância geográfica.08 de longitude. o programa precisa remover a matriz de dados da memória RAM. Latitudes ao Sul devem ser negativos e longitudes Oeste também. Não pode ter dados faltando ! Mensagens de erro O programa produz uma mensagem de erro quando encontra uma situação que produzirá uma matriz com valores que não são válidos. acima. Para matrizes de dados quantitativos. No caso de distâncias eclidianas e manhattan. No cálculo do coeficiente entre dois objetos. Neste caso. e não é possível ler uma matriz com mais que 400 linhas nesta versão.programa COEF (manual versão 30/04/98) Dados faltando Embora não seja tão comum em matrizes de dados ecológicos. Com dados binários. Assim. Esta situação geralmente ocorrerá em matrizes com muitos valores faltando. matrizes de dados taxonômicos frequentamente contém dados faltando . precisará refazer todas as modificações. SP ficariam : -22. ou completando a matriz com mais dados reais para estes objetos. existem algumas limitações importantes. ocorre 5 . em casos onde você pretende modificar a matriz de dados e calcular diversos coeficientes. A presença de dados faltando na matriz de dados não é um problema na maioria dos casos. e a matriz não pode ser usada. O uso das facilidades para combinar matrizes. devido a limitações de espaço. pode criar uma matriz já modificada utilizando CRIAMAT ou MATRIZ.a causa desta mensagem é a ausência de valores válidos para algum par de objetos. Este ponto é particularmente importante se tiver alguns objetos com muitos dados faltando . O resultado vai ser uma tentativa de calcular semelhança ou distância entre objetos que não tem nenhum variável válida em comum. é necessário somente recarregar a matriz após a impressão.em uma ou mais variáveis. porém. o limite é 1000 colunas. Note que a opção de impressão pode imprimir qualquer matriz tipo “FPC” e não está restrita ao último arquivo gravado. Como alternativo. uma variável é rejeitada se um ou outro ou ambos os objetos tem dados faltando para esta variável. mas cada um tem variaveis diferentes faltando. e um ou ambos os objetos tem exatamente o mesmo valor para todas suas variáveis. caso haja um número grande de dados faltando. Os coordenados geográficos devem estar em graus decimais (i. a matriz resultante vai subestimar as distâncias para estes objetos. e neste caso. Veja o comentário em “Dados faltando”.se não for usada a distância média. matrizes com muitos dados faltando devem ser tratados com bastante cautela. Depois pode imprimí-las utilizando a opção de nome de arquivo na operação de impressão para controlar quais matrizes são impressas. não foi possível medir um ou mais dos objetos sendo estudados. pois o programa ignora comparações individuais onde faltam dados. Valor do coeficiente não definido . pois os coeficientes calculados não são muito confiaveis. Este problema pode ser evitado por eliminação de um ou ambos os objetos envolvidos. Limitações e problemas O número máximo de objetos é 400. recomenda-se o uso da distância média pois a presença de dados faltando vai diminuir a distância total calculada.geralmente ocorre quando se usa um coeficiente de correlação. calcule todas as matrizes de coeficientes primeiro. O coeficiente é calculado somente com base nas comparações válidas entre os objetos. de comparações validas = 0 . A única maneira de resolver este problema é de eliminar um ou ambos os objetos envolvidos ou completar a matriz com dados novos. no.88 de latitude e -47. qualquer modificações que foram feitas na matriz de dados são perdidas. Neste caso. Um outro problema que pode surgir é a falta de comparações válidas. Veja Dunn & Everitt (1982) e Clifford & Stephenson (1975) para uma discussão deste ponto. É possível que ocorra uma situação onde ambos os objetos tem aproximadamente a metade dos dados faltando. Em geral. quando você seleciona a opção para imprimir a matriz de coeficientes. o limite é 250 colunas.e. porém. os coordenados para a cidade de Campinas. graus + (minutos + segundos/60)/60) com latitude na primeira coluna da matriz e longitude na segunda.

as formulas utilizam a seguinte tabela :- UTO i + - U T O j + a b - c d onde a é o número total de variaveis onde amostras i e j ambos tinham o valor “1”.FITOPAC . para variáveis contínuas. Pode ser corrigido removendo um ou ambos os objetos. coeficientes que utilizem dados quantitativos - Distância euclidiana quadrada 2 d ij=∑ ( xik − x jk ) 2 k =1 N d 2 ij = (b + c) para dados binários. etc. As formulas utilizadas para calcular os coeficientes são descritas abaixo. com N variáveis e M amostras :é o valor observado para variável k na amostra i. Quando se opta pela impressão da matriz de coeficientes. devido ao problema de armazenar a matriz de dados e a matriz de coeficientes ao mesmo tempo. ik x x ik é a média das observações para amostra i. a cópia da matriz de dados que está na memória RAM é destruida e os coeficientes recuperados do arquivo “FPC” para impressão.versão 1 quando d e (b ou c) tem valores de 0. M é o número total de amostras (UTOs). Distância euclidiana simples d ij = d 2 ij d ij = (b + c) para dados binários. b onde amostra i tinha o valor “0” e amostra j o valor “1”. Notas técnicas Os coeficientes não são armazenados em RAM. ou alterando a codificação das variáveis. 6 . mas são gravados imediatamente no arquivo “FPC”. para todas as variáveis de 1 a N. Nas definições. os seguintes símbolos são usados :Para uma matriz de dados X. Para dados binários. N é o número total de variáveis.

programa COEF (manual versão 30/04/98) Distância euclidiana quadrada média d 2 ij = d N 2 ij d 2 ij = (b + c ) para dados binários.Curtis d BC = ∑ x −x ∑ (x + x k =1 ik k =1 N ik N jk d jk BC = ) (b + c ) para dados binários [ 2 a +(b + c)] "Canberra metric” incluindo zero duplo d CANij = 1 N x −x ∑( + x x N ik ik k =1 jk jk ) d CANij = (b + c ) para dados binários N "Canberra metric” excluindo 0 duplo igual ao anterior. N Distância euclidiana média d ij = d N 2 ij d ij = (b + c ) para dados binários. excluindo zero duplo (a + b + c ) 7 . N Distância Manhattan total {"city block metric"} d Mij=∑ xik − x jk k =1 N d Mij =(b + c) para dados binários. Distância Manhattan média {"Mean Character Difference"} d Mij= 1 N ∑ − N k =1 x ik x jk d Mij = (b + c ) para dados binários N Bray . (veja Clifford & Stephenson. Esta é a forma original e mais comum deste coeficiente. mas excluindo comparações onde ambos as amostras tem o valor 0. d CANij = (b + c ) . para dados binários. 1975).

espécie k.FITOPAC . e Ni = no. mas λ = N i 2 ik 2 Distância corda d ij = 2(1 − cos θ ) onde cos θij = ∑x x k =1 ik M 2 M k =1 ik k =1 M jk 2 jk ∑x ∑x Diferença de tamanho d ij = d ij = ou N N 1 (∑ xik − ∑ x jk ) 2 N 2 k =1 k =1 ou d ij = (b − c ) 2 para dados binários N2 Diferença de forma N N 2 1 N 1 ( xik − x jk ) − N 2 (∑ xik − ∑ x jk )2 ∑ N k =1 k =1 k =1 d ij = N (b + c)−(b − c) 2 para dados binários N2 Correlação r ij = ∑ (x − x )(x − x ) ∑ ( x − x ) ∑ (x − x ) ik i jk j 2 ik i jk j 2 r ij = ( ad − bc) (dados binários) ( a + b )( c + d )( a + c)(b + d ) Marczewski-Steinhaus S St = 2∑ min( xik .Esta opção calcula a distância em kilómetros entre dois pontos na superficie da terra quando são fornecidas as latitudes e longitudes dos pontos. É fornecida para permitir comparações entre matrizes de 8 . total de indivíduos em amostra i. Morisita modificado por Horn i ∑n igual ao anterior. x jk ) (∑ xik + ∑ x jk ) k =1 k =1 k =1 M M M ou = SSOR para dados binários Distância geográfica .versão 1 Morisita C = Lij (λi + λ j) N i N j 2 ∑ nik n jk onde λ = i ∑ n (n − 1) N ( N − 1) ik ik i i nik = no. de indivíduos em amostra i.

é cosθ ij = sin LATi. como o raio médio da terra.Urbani & Buser S S S BUB = ad + a ( ad + a + b + c) Rogers-Tanimoto RT = = (a + d) (a + d)+ 2(b + c) (a + d) − (b + c) (a + b + c + d) Hamann H Yule S Y = ad − bc ad + bc 9 .6371. A formula usada para calcular a distância entre dois pontos.. e a distância em kilómetros entre os pontos é dado por dist ij = 2π .sin LATj + cos LATi. 1988) Em geral. (Butler & Bell. os resultados são bastante satisfatórios. utilizando o teste de Mantel.cos( LONGi − LONGj ) onde θij é o angulo entre os dois pontos.cos LATj. Embora a atual versão de FITOPAC não inclui o teste de Mantel.programa COEF (manual versão 30/04/98) semelhança e distância geográfica entre os locais representados na matriz de semelhança. θ 360 ij o utilizando 6371 km. i e j. é fácil converter os arquivos produzidos aqui ao formato NTSYS e utilizar este programa para realizar o teste. coeficientes que utilizem dados binários - Concordância simples {"Simple matching"} S SM = (a + d) N Jaccard S JAC = a (a + b + c ) Dice/Sorenson/Czekanowski S S KUL SOR = 2a (2 a + b + c ) Kulczynski 1 a a = [ + ] 2 ( a + b) ( a + c ) Ochiai S OCH = a [(a + b)(a + c)] Baroni . mas pode haver problemas no caso de localidades que são muito próximos (menos que 10 minutos de ângulo de separação) devido ao acúmulo de erro no cálculo.

Longman. Legendre.quadrado com correção de Yates Coeficients para misturas de varíaveis Coeficiente de Gower W é o peso para cada comparação. então wk = 0.0 se Xik = Xjk = 1 wk = 1. The Interpretation of Ecological Data. San Francisco.FITOPAC . 10 . Clifford.C.0 se Xik = Xjk Sk = 1. & Stephenson 1975.0 SG = ∑ wk S k =1 N k ∑w k =1 N k Bibliografia Butler.D. P.M. An introduction to numerical classification. 1983. London. England. R. H. 1982. J. Dunn. 1984. & Sokal.T. Numerical Ecology. Chapman & Hall. Para cada variável. Gordon. & Bell. se Xik ou Xjk está faltando. & Everitt. Sneath. Academic Press. E. Classification. Cambridge University Press.H.S. 1973. 1981.0. Freeman. k. 1988.D.0 wk = 1. Harlow. Interpretation of Geological Maps. Wiley.R.versão 1 Chi . London.A. An Introduction to Mathematical Taxonomy. B. Elsevier. Pielou. para variáveis quantitativas : Sk = ( X ik − max k X X −X jk ) w k = 1. G.C. A.0 min k para variáveis multiestado para variáveis binárias Sk = 1. P. Numerical Taxonomy. & Legendre.quadrado χ 2 ij = N (ad − bc) 2 (a + b)(c + d)(a + c)(b + d) N ( ad − bc − N ) 2 χij = (a + b)(c + d)(a + c2)(b + d) 2 Chi . B. L.

FPC’. e manda toda a saida para este arquivo. mas o programa pode ser usado para análises de qualquer tipo de dados onde são válidas estas técnicas.FPC’ como arquivo de entrada e ‘POCOS. até que permanece somente um grupo.LST’ como arquivo de saida. embora utilizada inicialmente em estudos taxonômicos. e o program vai pedir o nome de um arquivo tipo ‘. É uma maneira de se investigar. um diagrama que mostra o nível de semelhança entre os grupos. successivamente. Um dendrograma. Everitt (1980). o arquivo ‘NOME. Permite utilizar diversos tipos de agrupamento hierarquico . incluindo a maioria dos métodos comuns como média de grupo e vizinho mais próximo. Caso você queira utilizar um arquivo com outra extensão. baseando-se em algum conjunto de características destes objetos. será preciso um arquivo contendo a matriz de dados. o programa cria. Não se pode usar um outro tipo de arquivo como entrada . Dunn & Everitt (1982). Arquivo de entrada : O programa utiliza um arquivo de coeficientes de similaridade. Pielou (1984) e Sneath & Sokal (1973) para uma discussão mais ampla da teoria e aplicações de análise de agrupamentos. Esta técnica é utilizada em situações onde não temos uma ideia pré-formada da delimitação dos grupos. São extremamente diversas as aplicações da análise de agrupamentos. automaticamente. mais ou menos objetivamente.PROGRAMA CLUSTER Função Este programa produz uma análise de agrupamentos (cluster analysis) a partir de uma matriz de coeficientes de similaridade ou distâncias. Gordon (1981). Introdução Análise de agrupamentos é uma técnica que é utilizada para formar grupos de objetos ou UTOs (Unidades Taxonômicos Operacionais). Esta técnica. será usada o arquivo ‘POCOS. as relações entre amostras e até que ponto nos podemos reconhecer subconjuntos que mostram mais semelhança entre si e que podem ser considerados como classes ou grupos distintos. não é necessário bater a extensão. correlação ou distâncias produzido pelo programa ‘COEF’. como coeficiente de correlação cofenética e análises das propriedades dos grupos obtidos. nem quantos grupos realmente existem na coleção de objetos. 1 .LST’. (contendo uma matriz de coeficientes) e um arquivo de saida (onde os resultados serão gravados). CLUSTER ENTRADA SAIDA”. Os exemplos utilizados neste manual serão quase inteiramente ecológicos. e. e juntando o par de grupos mais próximos. é necessário bater o nome completo deste.aglomerativo. é fornecido um conjunto de oito métodos de agrupamento. tem sido amplamente usada em ecologia e atualmente é empregada extensamente em campos de estudo variando de literatura até geologia. Devem ser consultados os livros de Clifford & Stevenson (1975). um mensagem de erro aparecerá. Arquivo de saida : Quando não se especifica um arquivo de saida.por ex. com extensão e tudo. Portanto. Se você quer analisar os grupos formados. No atual programa. inclui uma vasta diversidade de métodos. chamando o programa com a linha ‘CLUSTER POCOS’’. Estes partem de uma matriz de semelhança ou distância. Utilização Arquivos necessários São necessários: um arquivo de entrada. com propriedades e filosofias diferentes. assim. O termo ‘Análise de agrupamentos’. você pode especificar os arquivos de entrada e saida na linha de comando.se você utilizar um outro tipo de arquivo. E no critério utilizado para decidir qual é o par de grupos mais próximos em cada passo da análise que os métodos diferem. em muitos casos.aglomerativo’. na realidade. matriz esta usada para calcular os coeficientes. . Produz dendrogramas dos agrupamentos obtidos e fornece várias análises suplementares. Manly (1986). todos do tipo ‘hierârquico . O programa já supoe que o arquivo de entrada tenha a extensão ‘.FPC’. representa a hierarquia de grupos. Quando você chama o programa. considerando-se cada objeto (parcela ou amostra de vegetação) como um grupo inicialmente.

*Imprimir. Pode-se. No caso de se utilizar a opção de saida de “Analisar os Agrupamentos” (veja “Opções de Saida” .FPM’ que contém os dados originais utilizados para calcular a matriz de coeficientes de distância ou semelhança. Os comandos marcados com um asterísco estão disponíveis somente depois de produzir um dendrograma utilizando o comando “Dendr”.FPC Arquivo saida : A. Tela principal Arquivos Rotas Metodo Dendro dEsen Imprimir Cofen Grupos Sair Escolher o metodo de agrupamento a ser usado ———————————————————————————————————————— —— arquivos Arquivo entrada : A. batendo ‘IMP’ para o arquivo de saida. batendo a letra apropriada ou utilizando as setas e <ENTER>. correlação e diversos tipos de distância (veja a descrição do programa COEF para detalhes destas opções).abaixo). Note.FITOPAC . ‘CLUSTER POCOS POCOS. *dEsen.selecione o metodo de agrupamento que deseja utilizar. também. bate este nome após o nome do arquivo de entrada.por ex. lembrando de deixar um espaço entre os dois . *Cofen e *Grupos. As opções de tipo de agrupamento são apresentados no menu ‘Tipo de agrupamento desejado’ e a opção desejada pode ser escolhida. 2 .RES’ vai utilizar ‘POCOS.versão 1 Caso você queira especificar o nome do arquivo de saida. que certas combinações de coeficiente e método de agrupamento podem criar problemas (veja limitações e problemas. embaixo). Dados O programa aceita qualquer um dos coeficientes produzidos por ‘COEF’.LST Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Metodo atual : Media de grupo (UPGMA) Os principais comandos disponíveis são : Metodo. Dendro. Segue uma descrição de cada comando :METODO .FPC’ como entrada e os resultados serão colocados no arquivo ‘POCOS. será também preciso o arquivo ‘. incluindo diversas medidas de semelhança.RES’. porém. mandar a saida diretamente para a impressora.

São oito. Também está sujeito a inversões no dendrograma. (Centroid. mas concede peso igual para os grupos. Ligação completa. (Complete linkage. Este método é compatível com distância euclidiana e coeficientes de diferença de tamanho e de forma. Este método pode produzir ‘inversões’ no dendrograma. (Ward’s method.Sneath & Sokal (1973). (Average linkage. Esta escada é caracterizada pelos objetos ligando-se um a um. sem considerar o seu tamanho.Media de grupo (UPGMA) D . Média de grupo. UPGMC) O critério usado neste método é a distância entre os centroides ou vetores de médias dos grupos sendo comparados. é o critério utilizado para decidir se dois grupos devem ser ligados. ser interpretados com bastante cautela. nearest neighbour. frequentamente formando uma ‘cadeia’ ou ‘escada’. Teoricamente. Apesar disso. O método é compatível com qualquer tipo de coeficiente. O método tende a produzir grupos compactos e esféricos. minimum method. hierárquico. vários autores utilizam este método com outros tipos de coeficiente (Wishart. sem sobreposição . mas este método não é tão extremo como o método de ligação completa.Mediano G . utiliza um critério que é exatamente o contrário da ligação mínima. A próxima ligação será feita utilizando o par de grupos que produz o menor aumento neste soma. a se formar . weighted centroid. (Median. vizinho mais distante) Neste método. e tem a tendência de formar grupos extremamente compactos e esféricos. aglomerativo. como no método anterior. apesar de qualquer diferença em tamanho. tende a dar pesos iguais aos grupos.Metodo de Ward (Variancia minima) H . então. furthest neighbour. A transformação utilizada no programa não é compatível com coeficientes de similaridade ou correlação. a soma dos quadrados das distâncias entre os membros de um grupo e o centroide do grupo . deveria dar resultados melhores onde grupos de tamanhos muito diferentes estão sendo comparados.Ligaçao minima B . no total :Ligação mínima. este método só faz sentido quando utilizado com distância euclidiana quadrada.Centroide F . Os resultados devem. 1987). 3 . Média ponderada.Media ponderada (WPGMA) E . vizinho mais próximo) O critério utilizado para ligar dois grupos neste método é a distância mínima (ou semelhança máxima) entre qualquer par de objetos.sequencial. onde a distância de ligação entre dois grupos pode ser inferior ao nível de ligações anteriores. McQuitty’s similarity analysis) Este método é semelhante à média de grupo.Metodo flexivel Todos os métodos de agrupamento são do tipo SAHN . porém. Compatível com qualquer coeficiente. Ligação completa. sem a formação de grupos nítidos. Este critério resulta em grupos extensas e ‘straggling’. a distância máxima (ou semelhança mínima) entre qualquer par de objetos. aparentamente com resultados bons. e você pode utilizar estes coeficientes se ignorar os avisos do programa. Centróide. (Single linkage. group average) Aqui. É compatível com qualquer tipo de coeficiente. Teoricamente. (Weighted average. Mediano. Grupos relativamente compactos e esféricos tendem. sendo um de cada grupo. é utilizada como critério para ligação de grupos.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Tipo de agrupamento desejado ? A .Ligaçao completa C . o critério utilizado para ligação dos grupos é a média de distância ou semelhança de todos os pares de objetos com um em cada grupo. um de cada um dos dois grupos. minimum variance) Neste caso. UPGMA. Método de Ward. WPGMA. portanto. centroide ponderado) Este método é a variante ponderada do centroide. Compatível somente com coeficientes de distância. WPGMC. Da mesma maneira que a média ponderada. maximum method.

dendrogramas que contém inversões não são corretamente impressos. e. < 0. Lance & Williams sugerem que um valor perto de -0. Este tipo de critério deve ser usado com bastante cautela não existe um teste de significância satisfatório . variando o valor de beta. especialmente nos níveis inferiores. É especialmente importante aqui a possibilidade de se inspecionar as variáveis originalmente usadas para produzir a matriz de semelhança/distância. Qualquer outra tecla volta à tela principal. mas. 1973).O dendrogram é desenhado na tela (figura 1) quando se escolha esta opção. COFEN[ÉTICO] . IMPRIMIR . o programa pede um valor para beta.0 produzem agrupamentos muito compactos. opção que tem facilidades para selecionar e aumentar partes do dendrograma. O valor deste coeficiente serve como indicador. Em geral.25). melhor é a representação dos dados originais fornecida pelo dendrograma.FITOPAC . Caso você queira analisar os agrupamentos menores. o dendrograma ocupa uma página para cada 30 objetos.e valores relativamente altos do coefiente de correlação cofenética são possíveis em situações onde ocorre distorção razoável na classificação produzida.Everitt. Neste formato. portanto. mas se o número de objetos é grande. o dendrograma vai parecer muito ‘apertado’.versão 1 Método flexível. nem sempre dá a classificação mais satisfatória. Beta.0. de preferência no mesmo disquete ou sub-diretório que a matriz de coeficientes. DESEN[HAR] . pode utilizar o comando “Grupos” . O programa também fornece um gráfico. na prática.calcula o valor do coeficiente de correlação cofenético (Sneath & Sokal. mas. Se quiser usar o valor sugerido pelo programa (-0. e onde estão ocorrendo estes problemas (Sneath & Sokal. 1982). pode-se usar a opção imprimir o dendrograma. Alternativamente. semlhantes a ligação completa. utilizando o método de agrupamento especificado.0 até (mas não incluindo) 1. quanto mais alto o valor desta correlação. deve-se utilizar diversos critérios para tomar uma decisão sobre a validade de uma classificação. oferece uma maneira de escolher entre classificações alternativas. no formato mostrado na figura 2. análises de grandes números de objetos levarão muito mais tempo que análises menores.7 . Esta opção produz uma listagem do dendrograma no arquivo de saida. entre os valores -1.imprime o dendrograma usando o conjunto normal de caracteres da impressora. a listagem será extensa . O gráfico dá uma idéia melhor de possíveis distorções da matriz original. 1980) indiquem uma má classificação ou que os agrupamentos não são satisfatórios. assim permitindo determinar quais variávies são importantes na separação dos grupos. O tempo de processamento necessário é proporcional ao quadrado do número de objetos sendo agrupados. em micros mais lentos que não tem co-processador numérico. (Lance_Williams’ flexible method) Este método foi proposto por Lance & Williams (1967) e permite variar um parâmetro. Este coeficiente. mas valores perto de -1. DENDRO . 1973).FPM” usado para produzir a matriz de coeficientes se você pretende realizar análises das variáveis originais. Você pode imprimir a tela resultante apertando Ctrl-P (veja ‘Imprimindo gráficos’). é possível simular o efeito de diversos métodos de agrupamento. e a listagem pode ser extensa no caso de análises com grande número de objetos. plotando os valores da matriz de coeficientes original contra os valores cofenéticos do dendrograma (figura 3). o método produz resultados semelhantes a ligação mínima. Além disso. embora os principais divisões (geralmente os mais importantes e interessantes) ainda serão evidentes. e existem sugestões que valores baixos (por ex. Portanto. é conhecido que o método de Média de Grupo (UPGMA) sempre otimiza a correlação cofenética (Gauch.Esta é a opção mais complexa pois fornece diversos tipos de análise dos agrupamentos presentes no dendrograma atual. GRUPOS .25 geralmente é satisfatório. Se esta opção é escolhida. podem requerer várias horas de cálculos.Este comando inicia o cálculo do dendrograma a partir da matriz de coeficientes fornecida no arquivo de entrada. Portanto. Esta opção calcula a correlação entre a matriz de coeficientes original e a matriz de valores cofenéticos que corresponde ao dendrograma produzido na atual análise. só precisa bater <ENTER>. Este método é compatível somente com distância euclidiana e não com correlação. No caso de análises com um número grande de objetos. Note que é essencial ter o arquivo “. Atualmente. Com valores positivos de beta.Analizar os agrupamentos. 4 . sem o uso do modo gráfico.

O primeiro passo é de selecionar os grupos que você pretende analisar. Por exemplo.Imprimir listagem dos membros dos grupos . precisa fazer mais que um ciclo de análise. Sair Definir os grupos para analise ______________________________________________________________ Metodo atual : Media de grupo (UPGMA) Segue uma descrição da função de cada comando :DEFINIR . Você pode “navegar” ao redor do dendrograma. Para selecionar um grupo. Se você pretende analisar grupos ‘encaixados’ desta maneira. 4. 4. Permite examinar um ramo em mais detalhe. examinando e escolhendo grupos para análises mais aprofundadas. o programa apresenta um gráfico do dendrograma (fig. especialmente em dendrogramas mais “apertados". Pode-se voltar quantas vezes quiser a este opção. 4). 4). e depois aperta a tecla <ENTER>. O cursor indica o nó ativo. . deixando claro qual é a parte do dendrograma que está sendo selecionada (fig.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Definir Membros Var Grupo Box/whisk Acres. 4). 5). utilizando as teclas de seta.esta opção simplesmente imprime no arquivo de saida uma lista dos membros de cada grupo selecionado (fig. « escolher o ramo atual para análise µ “desfazer” a escolha de um grupo ° terminar escolha de grupos e continuar análise. As teclas usadas para “navegação” são as seguintes :- ¤ mude para o ramo à direita ¥ mude para o ramo à esquerda £ mude para o nó anterior (¢ não tem função aqui) §+ ¤ mude para o objeto mais à direita deste grupo §+ ¥ mude para o objeto mais à esquerda deste grupo + ² Vai até a raiz do dendrograma amplia (“zoom”). já foram selecionados 4 grupos. a escolha do nó acima de grupos 1 e 2 vai anular estes grupos e criar um novo grupo 5 que contém os membros dos dois grupos originais. No dendrograma de fig. com um cursor apontando para o nó que representa a raiz do dendrograma. Quando terminar a escolha de grupos. e o ramo do dendrograma associado é desenhado com uma linha pontilhada. MEMBROS . no dendrograma de fig. Quando você escolhe um grupo.desfazer o aumento.Depois da escolha desta opção. Note que a escolha de um grupo anula qualquer escolha anterior envolvendo aquele grupo. 5 . voltando ao dendrograma original. preenchendo a tela só com este ramo. você posiciona o cursor no nó do dendrograma que é a raiz do grupo (ou ramo do dendrograma) que se pretende analisar. aparece um quadrado ao redor da raiz do grupo junto com o número dado para este grupo (fig. aperte a tecla <ESC> para continuar. voltando a esta opção uma vez que o primeiro nível de análises foi feito.

Na prática. produzindo um gráfico do tipoBox & Whisker” (Tukey. Antes de imprimir esta listagem. Esta situação parece ser mais comum em estudos taxonômicos. SAIR . dentro da caixa). usando “Systat". desde que não haja muitas amostras intermediárias. você pode acresentar permanentamente os números de identificação dos grupos selecionados à matriz de dados originais. 1987. Ligação completa. ou com outros pacotes estatísticas via as facilidades paratradução” de formatos. que tendem a ser mais ou menos esféricos. e 50 % dos membros caiem dentro da faixa entre os “quartiles” (i. máximo. permitindo qualquer combinação desde uma variável só. Também pede uma lista das variáveis que devem ser usadas.esta opção é um equivalente gráfico do “Resumir dados por variável". BOX/WHISK . mas. “Statgraphics” ou qualquer outro pacote estatística que tem facilidades para este tipo de análise. No caso de objetos que não estão dentro de um dos grupos selecionados. e os extremos da caixa representando os “quartiles". produz grupos extremamente bem definidos. geralmente. O método de Ward também tende a produzir grupos relativamente compactos e esféricos. e a escolha depende do tipo de dados que o usuário tem e do tipo de agrupamentos que ele procura (por ex.Diagrama “Box & Whisker” . porém. é que este método vai produzir ‘grupos’.Resumir dados por variavel . Scheibler & Scheibler. Mostra. 6). a colocação dos objetos nos ‘grupos’ é um tanto arbitrária. este método frequentamente produz 6 . amostras intermediarias liguem os grupos precocemente e estas ligações escondem a estrutura que na realidade está presente. A consequência disso. Quando tem menos que quatro objetos no grupo. aparentamente bem distinctos. algumas recomendações podem ser feitas. cada grupo é apresentado como uma caixa (“box”).no. A diversidade de métodos de se formar agrupamentos cria muitas dúvidas e questões sobre a sua aplicação. Os números de grupo serão colocados numa variável chamado “Grupo” que é adicionada à matriz como o último variável. este método pode ser extremamente útil. antes de proceder ao próximo grupo (figura 7). Apesar disso. Inevitavelmente. na realidade. onde as amostras se ligam com o dendrograma uma por uma. o processo de ‘encadeiamento’ (chaining). Esta listagem permite investigar quais são as variáveis que distinguem melhor entre diferentes grupos. Mas em casos onde os grupos tem formas estranhas. Figura 8 mostra um exemplo deste tipo de gráfico. Milligan & Cooper. é apresentado somente uma linha representando o máximo e mínimo do grupo. ACRES[CENTAR] . não é possível acrescentar os números de grupo. por outro lado.voltar à tela principal.e. numa forma extrema. mas produz um resumo grupo por grupo. ou lineares ou mais irregulares. muito compactos. torna-se fácil comparar os grupos e investigar o grau de sobreposição entre os grupos nas variáveis selecionadas. com uma linha central representando o mediano. dois “whiskers” representam o máximo e mínimo do grupo para a variável. Esta opção é útil quando você quer caracterizar um grupo específico.FITOPAC . pois consegue seguir as configurações mais complexas. GRUPO . os resultados são mais aceitáveis dos que os de ligação completa.Resumir dados por grupo . Fora da caixa.versão 1 VAR[IÁVEL] . temos uma distribuição contínua.Terminar analise de grupos . Com este gráfico. Portanto. Milligan. o programa pergunta quais variáveis você quer utilizar. será dado o valor de “dados faltando” para esta variável. onde grupos bem irregulares podem ocorrer com mais facilidade.com esta opção. Ligação mínima produz dendrogramas que normalmente são de pouca utilidade na maioria de situações reais. Se não se definem bem os grupos existentes nos dados.semelhante à opção anterior. Neste caso. permitindo o uso destes grupos em outros programas deste pacote. Por exemplo. que é pouco informativa. se você quer verificar até que ponto os grupos podem ser distinguidos e criar funções discriminantes para separá-los. Recomendações sobre escolha de métodos. imprimindo os dados para cada variável para um dado grupo. pode acrescentar os números de grupos à matriz original e utilizar esta matriz para uma análise de discriminantes. Podemos fazer um contraste entre ligação mínima. onde. 1981. até todas as variáveis no arquivo. fornecendo média. variavel por variavel. Os vários levantamentos feitos mostram que não existe um método que é nitidamente superior aos outros em todas as circumstâncias. 1977) para cada variavel selecionada. Quando uma matriz já contém o número máximo de variáveis. 1985). e grupos que são formados somente com o uso deste método devem ser vistos com uma certa ‘desconfiança’.esta opção imprime um resumo de cada grupo. produzindo uma ‘escada’. 50 % dos membros do grupo tem valores menores que o mediano. mínimo e desvio padrão do variável para cada grupo (fig. de grupo a matriz . e tende a ser insatisfatória como classificação. que ocupa um extremo do espectro de métodos e ligação completo no outro.

Limitações e problemas Limites O número máximo de objetos (UTOs) é 400. em geral. Os estudos com dados artificiais sugerem também que o método de Ward é quase sempre um dos melhores. No caso dos métodos de centroide e mediano. sem a necessidade de recalcular a matriz inteira. 1987. não há espaço suficiente para fazer análises de agrupamento com o número máximo de objetos e o programa dará uma mensagem dememória insuficiente” se tentar. alguns coeficientes teoricamente não podem ser utilizados em combinação com alguns métodos de agrupamento. análises vão ser bastante demoradas e os dendrogramas apresentados na tela serão muito “apertados". 1981. produz resultados bons. Nos estudos citados anteriormente. em algumas situações. dependendo do valor de β escolhido. Em geral. É sugerido por Milligan (1987) que valores de β em torno de -0. Já.4 a -0. embora em conjuntos de dados onde casos extremos (‘outliers’) são comuns. 1985).2 a -0. Com alguns coeficientes. e. Os outros métodos mencionados produzem resultados entre os extremos de ligação mínima e ligação completa. Scheibler & Schneider. o que quer dizer que os coeficientes calculados nas etapas posteriores da análise são de exatamente o mesmo tipo e tem as mesmas propriedades que os coeficientes iniciais. ] Compatibilidade entre coeficientes e métodos. [ No momento. mais do que produzir realmente uma classificação de grupos distintos. geralmente foi comparável ou. melhor que o método de Ward (especialmente com coeficientes de correlação). os agrupamentos produzidos são quase sempre mais fáceis para interpretar do que as classificações produzidas por outros métodos.7 são necessários para obter resultados satisfatórios. 1987. e neste caso o coeficiente de um grupo k com o novo grupo formado pela fusão dos grupos i e j pode ser expresso inteiramente em termos dos coeficientes dik. Milligan & Cooper.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) resultados bons para dados de composição florística e em estudos taxonômicos. Esta propriedade de formação de inversões é considerada altamente indesejável por muitos autores que consideram estes métodos obsoletos. o mais satisfatório. Com este número. O método de média de grupo é. No caso de uma estratégia incompativel. 7 . Normalmente. onde os novos coeficientes dos grupos formados são calculados a partir dos anteriores. O algorítmo empregado neste programa utiliza a estratégia combinatorial (combinatorial strategy) de Lance & Williams (1967). 1985). Em estudos com dados reais. se não o melhor. utilizando diferentes valores do parâmetro β (beta). isso é considerado indesejável. pois os coeficientes nas fases posteriores não são iguais aos originais. o método flexível é bastante interessante por que a intensidade de agrupamento pode ser controlada. e não é mais possível interpretar os resultados com confiança. Parece ser particularmente útil para estudos ecológicos onde em muitos casos queremos ‘dissecar’ o que é essencialmente contínuo. Portanto. Lance e Williams distinguem duas situações: 1) a estratégia de agrupamento pode ser combinatorial. não é necessário usar os dados originais ou a matriz de coeficientes original para atualizar a matriz. em alguns casos.25 geralmente funcionam bem. valores de β na faixa de -0. alguns métodos não são combinatoriais. Enquanto esta técnica facilita a programação e permite a inclusão de uma diversidade de métodos dentro de um único programa. 2) a estratégia pode também ser compatível. algumas destas propriedades são perdidas. djk. dij e o número de objetos em i e j. dentre as técnicas aglomerativas/hierárquicas (Milligan. porém. Scheibler & Schneider. o dendrograma resultante pode mostrar inversões: nestas o nível de fusão entre dois grupos é inferior (distância menor) do que o último nível de fusão dentro de um ou ambos os grupos (o nível de fusão não aumenta monotónicamente). fornece resultados comparáveis com média de grupo e método de Ward (Milligan & Cooper.

Portanto. a modificação sugerida por Anderberg (1973). é necessário pesquisar somente estes valores mínimos. mínima lig. é possível utilizar combinações incompatíveis ou do tipo não combinatorial. Para aumentar a velocidade de processamento. M. e desde que se reconhece que não são implementações exatas do método original. diminuindo consideravelmente o tempo necessário para processamento. e parecem produzir resultados úteis. Academic Press. Clifford. 1985). Cluster Analysis for Applications. New York. New York. Schiebler & Schneider. Neste caso. também. Bibliografia Anderberg. 8 .R. De modo geral. desde que usados com cautela. várias técnicas teoricamente incompatíveis são usadas com coeficientes como correlação (especialmente o método de Ward . somente com distâncias quadradas.versão 1 As combinações consideradas combinatoriais e compatíveis são resumidas na tabela seguinte : tipo de coeficiente. Apesar dos possíveis problemas. onde o valor mínima de cada coluna da matriz de coeficientes é armazenado. An Introduction to Numerical Classification. Academic Press. W.FITOPAC . Notas técnicas O programa utiliza o algorítmo de Wishart (1969) para realizar o agrupamento. você é inteiramente responsável pela interpretação da análise resultante! Se não conhece bem estes métodos. foi utilizada.T.por ex. recomenda-se evitar combinações incompatíveis. método lig. simplificando a programação e oferecendo todos os métodos dentro do mesmo programa. Neste caso. completa média de grupo média ponderada centróide mediano Ward flexível distância simples +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/+ -/? +/+ +/+ distância quadrada +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ combinatorial/compatível distância Manhattan +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/+ -/? +/+ correlação +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/-/? +/- Em geral. 1973. 1975. e não a matriz inteira. Este tem a vantagem de permitir diversos métodos de agrupamento com essencialmente uma única transformação. mas permite continuar com a análise se você quiser. H. em alguns casos. nota-se que os primeiros 4 métodos são compatíveis e combinatoriais para qualquer coeficiente enquanto os últimos 4 devem ser usados somente com distâncias. e. combinações onde tem um ‘-’ na tabela devem ser evitadas : o programa dará uma mensagem indicando que uma combinação e incompatível. & Stevenson.

F. 1973. Multivariate Behavioural Research 20 : 283-304. D. E. 1987.W. London. Cambridge University Press. Applied Psychological 9 . Addison-Wesley.C. 9 : 373-380.H. B. 1977. Numerical Taxonomy. An algorithm for hierarchical classifications. Freeman & Co.T. Mass. W. London.W. Methodology review: Clustering methods. & Schneider. G. Manly. & Cooper. Heineman Educational Books. Monte carlo tests of the accuracy of cluster analysis algorithms: a comparison of hierarchical and nonhierarchical methods.N. Hierarchical systems. The Interpretation of Ecological Data. & Everitt.S. Gordon. 1986. Multivariate Satistical Methods. Multivariate Behavioural Research 16 : 397407.. Milligan. 1980. Biometrics 25 : 165-170. San Francisco.G. Milligan. 1985. J. 1981.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Dunn. B. Lance. & Wiliiams. Chapman & Hall. B. W. 1987. Scheibler. 1969. A.D. Cluster Analysis (2nd ed. Faculty of Management Sciences. Reading. Wiley. A general theory of classificatory sorting strategies 1. Computer J.).C.R. Pielou. R. G. & Sokal. G. Milligan. Measurement 11 : 329-354. Wishart. G. Exploratory Data Analysis. Classification. A study of the beta-flexible clustering method (WPS 87-61). P. London. D. 1967.S. 1984.H. Tukey. An Introduction to Mathematical Taxonomy. G. A review of monte carlo tests of cluster analysis. W. 1981. Everitt. New York.W. Sneath. M.A. Columbus OH: Ohio State University. Chapman & Hall.W. 1982.

versão 1 Figura 1 Dendrograma desenhada na tela 10 .FITOPAC .

99 15.programa CLUSTER **** ** ** (manual versão 30/04/98) Dendrograma **** Tipo de coeficente : distancia euclidiana simples Tipo de agrupamento : Media de grupo (UPGMA) Nivel de fusao 2.25 15. Exemplo de listagem de dendrograma 11 .04 4.94 UTO modern dog-+-------+ +---------+ prehistoric -+-------+ | +--------+ cuon-+-----------------+ | +------+ golden jacka-+--------------------------+ | +--------------------+ dingo-+---------------------------------+ | | chinese wolf-+---------------------+ | +--------------------------------+ indian wolf-+---------------------+ +------+-------+------+-------+------+------+-----+----+ 0 | 4 | 8 | 12 | 16 2 6 10 14 distancia euclidiana simples Figura 2.94 5.99 7.44 9.

12 .FITOPAC .versão 1 Figura 3 Gráfico produzido para correlação cofenética.

4 grupos já foram selecionados.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Figura 4 Fase de escolha de grupos . 13 .

8c. 11a.*** FITOPAC . 17c. 5b. 19b. 6c. 17a. com 20 membros *** Membros do agrupamento sao : 11d. 19e. 5c. Figura 5. 12a. 10b. 15a. 16a. 16c. 10a. 8d. com 16 membros *** Membros do agrupamento sao : 2b. 14 . 11e. 7c. 18d. 13d. 17b. 2c. 10c. 10d. 1b. 13e.versão 1 membros dos grupos selecionados *** *** Agrupamento : Grupo 1. com 4 membros *** Membros do agrupamento sao : 1a. 20d. 15e. Listagem dos membros dos grupos. 14a. 12c. 5e. *** Agrupamento : Grupo 2. 12e. 5d. 20b. 1d. 4d. *** Agrupamento : Grupo 3. 11c.

2094 0...400 4.105 M....5944 0...900 3.380 pH CaCl-0 desvio padrao 0. *** Media 3.3464 0.2745 minimo 4.O.3410 minimo 2...000 4.200 4...800 4..600 0.100 4. 2 Grupo grupo grupo grupo 1...250 4.700 N 16 4 20 Figura 6...600 maximo 4.700 1.700 4. 3.900 N 16 4 20 Variavel no. *** Media 4. 2.. 3. 15 ..1915 0...*** programa CLUSTER Resumo por variavel *** (manual versão 30/04/98) Variavel no.000 maximo 4. 2. Resultados de análise de grupos por variável. 1 Grupo grupo grupo grupo 1.387 4. -0 desvio padrao 0.856 1..

.... 16 . Resultados de análise de variáveis por grupo.600 1.900 2.100 maximo 4.700 5.105 1.... K -0. P -0.400 1.700 5..2094 0.640 0.270 desvio padrao 0.versão 1 *** Resumo por grupo *** *** grupo 1 *** Media 4.. -0....387 3.2745 0.700 3.806 0...O..100 2..380 4..9044 0.800 0.214 desvio padrao 0...600 0...4569 0. K -0.0681 minimo 4..856 2.800 4..290 N 4 4 4 4 Variavel pH CaCl-0.. Figura 7.800 0.3464 1.1915 0.300 N 20 20 20 20 Variavel pH CaCl-0......400 0.230 maximo 4.. M.... K -0.010 maximo 4..900 4..000 0..000 3..800 0.200 3.1103 minimo 4. P -0........5944 0..285 desvio padrao 0.600 1.000 0.625 0..3410 0. *** grupo 3 *** Media 4...250 1.0283 minimo 4.FITOPAC .. -0...O.. P -0..O....6778 0. M.480 N 16 16 16 16 Variavel pH CaCl-0.. *** grupo 2 *** Media 4.... M. -0.

programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Figura 8 Exemplo de um gráfico “Box & Whiskers". 17 .

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