FITOPAC 1

MANUAL DE USUÁRIO

1995.

G. J. Shepherd
Depto. de Botânica IB da UNICAMP CxP 6109 CAMPINAS 13081 SP - Brasil

AVISO IMPORTANTE

Embora tentou-se evitar possíveis erros e "bugs" nos programas, testando com conjuntos de dados e contra outros programas, é quase uma certeza que ainda existem alguns. Se você encontra erros, ou tem sugestões para melhorar os programas, mande uma carta ao autor, explicando sua sugestão ou descrevendo em que circunstâncias o erro ocorreu. No caso de erros, ajuda achar o problema se você pode incluir uma cópia dos dados que provocaram o erro, junto com uma descrição da análise sendo realizada. Estes sugestões e avisos de erros serão utilizados par melhorar e corrigir a próxima versão do programa.

INTRODUÇÃO

O que é FITOPAC ?
FITOPAC é um conjunto de programas para análises fitossociológicas que permite calcular parâmetros fitossociológicos e analisar dados de levantamentos de vegetação de diversas maneiras. Alguns programas também podem ser úteis para análises de outros tipos de dados, particularmente em taxonomia. Embora existam, no exterior, vários “pacotes” de programas para análise de dados ecológicos, estes freqüentemente não são bem adaptados aos tipos de dados normalmente coletados aqui no Brasil, especialmente em vegetação lenhosa de florestas e cerrados, ou são difíceis de usar, especialmente por pessoas que não tem muita experiência no uso de computadores. O objetivo do atual “pacote” é de fornecer os programas necessários para análises de dados obtidos em vegetação típico do Brasil, e de permitir seu uso sem exigir grande conhecimento de computação, embora um certo mínimo evidentemente é necessário. Os programas foram montados para utilizar microcomputadores do tipo IBM-PC compatíveis. Embora isso limita, um pouco, o tamanho de levantamento que pode ser analisado, tem a vantagem de facilitar acesso aos programas pois não necessita de computador de grande porte. De qualquer maneira, os limites para esta versão (10.000 indivíduos, 1000 amostras e 1000 espécies para cálculo de parâmetros fitossociológicos e 400 parcelas e 250 espécies para matrizes de parcela x espécie) devem acomodar a maioria de levantamentos atualmente realizados, e são comparáveis com os limites impostos por outros programas para microcomputadores. Em geral, pretende-se que estes programas sejam utilizados para análise de vegetação lenhosa, embora seja possível utilizar alguns programas para análise de outros tipos de dados.

O que tem no FITOPAC ?
A versão 1 do FITOPAC contem os seguintes programas : PREPARE - este programa é utilizado na preparação de dados para FITOPAC, oferecendo facilidades para verificação dos dados de campo, e formatando o arquivo de dados para uso com os outros programas. CADERNO - fornece listagens dos dados de campo, podendo ordenar os dados em diversas maneiras. PARAMS - calcula parâmetros fitossociológicos para um levantamento usando amostragem por parcelas ou quadrantes. Inclui índices de diversidade, além dos parâmetros normais empregados em fitossociologia (por ex. Densidade Relativa, Dominância Relativa, IVI, IVC, etc.). Também fornece alguns gráficos simples. CRIAMAT - este programa prepare matrizes de parcelas x espécies a partir de um arquivo de dados de campo. Estas matrizes são usadas para outras análises (PCA, análise de aglomerados, etc.). O programa tem facilidades para manipulação das matrizes (transformações, remoção de espécies raras, etc.). Permite, também a entrada de matrizes em forma de arquivos ASCII MATRIZ - para manipulação e “tradução” de matrizes de dados em diferentes formatos, permitindo importação ou exportação de dados para outros programas e pacotes. COEF - calcula uma variedade de coeficientes de similaridade e distâncias (distância euclidiana, Bray_Curtis, “Canberra”, etc.), usados para análise de agrupamentos (“Cluster Analysis”). CLUSTER - para Análise de Agrupamentos (“Cluster Analysis”), incluindo diversos tipos de agrupamento (vizinho mais próximo, média de grupo, etc.). ORD - para diversos tipos de ordenação, incluindo Análise de Componentes Principais (PCA), Análise de Coordenadas Principais (PCO) e Análise de Correspondências (CA - também conhecida como Análise de Médias Recíprocas - RA). Estas análises são amplamente utilizadas em estudos de vegetação. Os últimos três programas também são de interesse para pessoas usando técnicas de taxonomia numérica com dados taxonômicos.

Histórico
O desenvolvimento do FITOPAC começou com a expansão de estudos fitossociológicos no Departamento de Botânica da UNICAMP. Diversos pessoas sofreram com o processo de calcular parâmetros fitossociológicos, as vezes passando vários dias fazendo os cálculos, errando, e repetindo tudo de novo, tudo na base de calculadoras simples. Decidi, então, escrever um programa básico para fazer estes cálculos no computador central da 3

um manual totalmente deficiente e diversos “bugs” horrorosos ! Com a atual versão.J. a primeira “oficial” do FITOPAC. G. FITOPAC 1. expandir os programas para fazer outros tipos de análises. facilitando o acesso.J.versão preliminar. espero que finalmente o interface com o usuário esteja um pouco mais coerente. 1988.FITOPAC 1 universidade. Este programa ficou cada vez mais procurado com o aumento em levantamentos em cerrados e matas. a atual deve ser citado como :Shepherd. O resultado foi a “versão preliminar” do FITOPAC que foi liberada em 1988. UNICAMP. naquela época um PDP-10. e que os piores “bugs” foram exterminados. e que acabou sendo bastante utilizado na UNICAMP e em diversos outros locais. utilizando FORTRAN como linguagem de programação. 4 . embora sem dúvida ainda restam alguns ! Em geral. e que o manual seja um pouco mais útil. Para citar as diferentes versões. Departamento de Botânica. Departamento de Botânica. e a versão anterior como :Shepherd. apesar de um interface de usuário totalmente incoerente (com alguns programas em FORTRAN e outros em Turbo Pascal). UNICAMP. Manual de usuário. acredito que as análises oferecidas agora são mais diversas e produzem informações mais completas e úteis para o usuário. e ao mesmo tempo. mas o processo de utilização foi muito difícil pois tínhamos somente um velho terminal que usava papel e que servia o Instituto de Biologia inteiro. FITOPAC . Com a introdução de microcomputadores. 1995. G. decidi transferir os programas para uso em micros.

arquivos com mais que aprox. etc.repare que os disquetes vem sem sistema operacional). Este último é muito mais rápido e quase essencial para levantamentos mais extensas . e é particularmente útil se você pretende fazer muitas análises de dados numéricos. Instalação no micro. 640 Kbytes de memória. pode. Os originais podem. etc. 3. Os disquetes não são protegidos e podem ser copiados usando “DISKCOPY”. 2. Se você tem um disco rígido. Os programas foram compilados usando uma opção para “emular” um coprocessador e podem correr em micros com ou sem o coprocessador. mas é altamente recomendável. \DADOS). No momento. então. 8000 indivíduos não cabem num disquete de 360 Kbytes ! 4. 5 . Dois drives tipo “floppy” ou um “floppy” e um disco rígido (Winchester). ser guardados num lugar seguro. utilizar os programas a partir de qualquer outro subdirectório no disco rígido (por ex.). servindo de reserva. então. Se você usa o comando PATH \FITOPAC. Um coprocessador numérico 8087 não é essencial. \FITOPAC) e copia todos os programas para este subdirectório.INSTALAÇÃO Equipamento necessário 1. Os programas são distribuídos em disquetes. caso haja algum “acidente” com sua cópia de trabalho (alguém derramou café nos disquetes. Se você quer dar um “boot” a partir destes disquetes. A primeira coisa que você deve fazer é copiar os disquetes para produzir uma cópia de trabalho. Um microcomputador do tipo IBM-PC compatível. “COPY” ou qualquer copiadora de disquetes. os programas estão configuradas para usar memória cheia. precisa também instalar o sistema operacional (formata os disquetes com opção “/S” ou use o comando “SYS” . sugiro que você cria um subdirectório (por ex. especialmente com PCA. Estas análises vão demorar muito se sua matriz é grande e não tiver um coprocessador. (os programas não rodam em micro tipo “Apple” ou CP/M !). Este coprocessador aumenta em três vezes ou mais a velocidade de processamento de dados numéricos.

O primeiro arquivo contém os nomes das famílias e das espécies. preferivelmente vazio.) usando o arquivo FITOPAC e os programas apropriados (PARAMS. d)Os dados de campo formam o último item necessário para iniciar o trabalho de entrada de dados. c)A terceira necessidade é uma lista das famílias e espécies incluídas no levantamento. Se você está utilizando um micro com disco rígido (Winchester). Estes arquivos são preparados usando o editor de texto. Se aparecem na tela uma série de caracteres estranhos misturados com o texto. no meio do texto. MS-Word(arquivo não formatado) e o Norton Editor. utilizar planilhas como Lotus 123. Wordstar(em modo não-documento). O que você precisa ? a) Em primeiro lugar. etc. você precisa de um editor de texto para entrada dos dados . 4) Análises básicas (parâmetros fitossociológicos. 3) Transformação dos dados em arquivo FPD. você pode precisar de mais que um disquete.FITOPAC (ainda) não tem facilidades para entrada direta dos seus dados. e contêm os dados de campo do seu levantamento. etc.PREPARANDO DADOS PARA FITOPAC Passos necessários para análises usando FITOPAC 1) Preparação dos dados: essencialmente a preparação dos dados de campo num formato apropriado para o programa. e o segundo tem os dados numéricos do levantamento. Embora seus dados possam ocupar somente uma parte pequena do disquete.). Entrando os dados 1.por exemplo. isso indica que o editor não pode ser usado. Note-se que alguns processadores de texto como “Redator” v 1. Se você está com dúvidas se o seu editor funcionará. é melhor utilizar um disquete para cada levantamento. Qualquer editor capaz de produzir arquivos ASCII pode ser utilizado . É possível. usando programa PREPARE. também. etc. 6 . 5) Preparação de uma matriz de dados a partir do arquivo FPD para outras análises (PCA. sugere-se a criação de um subdirectório específico para os dados. No caso de levantamentos muito extensos. particularmente se você pretende executar análises mais complexas. usando programa CRIAMAT. Considerações Gerais. usando o editor de texto. porque não produzem arquivos ASCII. desde que haja facilidades para produzir arquivos ASCII (a maioria tem) e uma capacidade suficiente para seus dados (um levantamento grande pode ocupar 5000 linhas ou mais) b)A segunda coisa que você precisa é um disquete formatado. deixando bastante espaço para arquivos que serão criados durante as análises posteriores. FITOPAC utiliza dois arquivos ASCII como ponto de partida.). tente mostrar um arquivo produzido pelo editor usando o comando DOS “TYPE”. gravação e verificação dos dados num disquete. e incluem uma série de códigos para a impressora. análise de agrupamentos.1 (até revisão r02) não podem ser usados. 2) Entrada. etc. prontos para serem gravados num disquete usando um editor de texto. pois não produz somente caracteres ASCII. Estes arquivos serão utilizados pelo programa “PREPARE” para produzir um novo arquivo contendo os dados no formato específico necessário para os outros programas do FITOPAC.

podem ser batidos em qualquer ordem. embora o limite máximo de 8 caracteres para nomes de arquivos em DOS as vezes seja um pouco limitante. Em seguida. O formato do arquivo de nomes deve ficar semelhante àquele da fig. “. mas o uso da ordem numérica facilita o processo de verificação dos nomes e ajuda a evitar a utilização do mesmo número para dois nomes. e uma família “mortas” também. etc. começando com o número da família. Myrcia sp1. você pode criar uma espécie “mortas” com número e tudo.2. Será necessário..). caso você não queira incluí-las nas análises. Em levantamentos onde há muitas espécies desconhecidas. Myrtaceae 2. desde que o número da família e espécie corresponda ao que você usou no resto dos dados. e seria melhor tentar melhorar as identificações do seu material antes de tentar analisar os dados. isso daria “SAOJOSE. É particularmente importante evitar o uso das extensões reservadas pelo FITOPAC. Sugere-se o uso de algumas extensões padrões para os arquivos usados com FITOPAC. e um nome do tipo “desconhecida 1”. Não é necessário que os nomes sejam entrados seguindo ordem numérica . é necessário somente dar um número e um nome temporário para cada um (por ex. um espaço. se quiser. Em geral. No nosso exemplo. dando a extensão “. Os nomes devem ter. 7 . E extremamente importante FAZER COPIA DE SEGURANÇA (backup) dos dados num segundo disquete ! Normalmente você deve copiar todos seus arquivos de trabalho. No caso de espécies desconhecidas. 2. Embora os nomes e extensões sugeridos aqui não sejam obrigatórios.FPM” para matrizes de espécies x amostra. no mínimo. começando com o número da espécie. Nomes para “mortas” e desconhecidos. pois isso pode criar problemas quando os programas procurem arquivos no disco. O primeiro arquivo a ser preparado deve ser o arquivo de nomes. O FITOPAC utiliza duas extensões próprias. você deve bater uma linha contendo somente “999” para indicar o fim das famílias. mas é evidente que este procedimento não é muito recomendável. Serão tratadas como espécie e família normal no processamento. 3.. Neste caso. Myrtaceae 1. e depois o nome da família. você precisa dar um número para cada família e um número para cada espécie. ou outras matrizes. deve ter um nome por linha. um espaço. você pode tentar dividir as desconhecidas em mais que uma família. De novo. É melhor usar um nome descritivo para os arquivos. deve ser dado um número para cada morfoespécie. seu uso facilitará a manipulação de arquivos posteriormente. criar uma “família”. o número da família. se não mais freqüentemente. O Arquivo de Nomes.FPD” para arquivos de dados de levantamentos e “. especialmente em análises mais complexas onde numerosos arquivos podem ser gerados. São estes números que serão utilizados pelos programas para ligar as epécies às famílias e os dados numéricos com as respectivas espécies. mais um espaço e finalmente o nome da espécie. Se você não entende o uso de extensões.NMS” para o arquivo de nomes. procure no manual do “DOS” ou qualquer livro que explica como usar um micro. 1. pois os parâmetros calculados para famílias não estarão corretos.DAD” para o arquivo de dados numéricos. Em geral. 35 caracteres.DAD” para os dois arquivos básicos. em primeiro lugar. você pode colocar uma linha com “999”. Os nomes das famílias são batidos um por linha. no máximo. uma lista das famílias das espécies incluídas no levantamento. além de periodicamente “salvar” seus dados enquanto está usando o editor de texto. um possível nome para os seus arquivos seria “SAOJOSE” (note-se que acentos e símbolos especiais normalmente não são permitidos em nomes de arquivos).NMS” e “SAOJOSE. mas não é essencial.Utilizando FITOPAC Antes de começar batendo os dados. e as regras para nomes de arquivos. Em alguns programas existe a opção de excluir espécies. Nomes mais compridos podem ser entrados. no fim de cada dia.Myrcia sp20. Onde a família ou gênero da espécie já é conhecido. cada uma com um número de espécie e o número da família a qual pertence. vem a lista das espécies. e cuide de manté-las atualizadas. onde há indivíduos mortos. Após a última espécie. Indivíduos mortos ou desconhecidos podem ser incluídos mas é necessário tomar alguns cuidados com os nomes usados. use o mesmo nome para os arquivos de nomes e dados. mas serão truncados pelo programa. Este arquivo contém. “Desconhecida” para acomodar estas espécies. também. Como exemplo.não é nada agradável gastar vários dias batendo um conjunto de dados e depois descobrir que vai ter que repetir tudo porque alguém derrubou uma xícara de café em cima do seu disquete ! Mantenha cópias de segurança. se você tem um levantamento realizado em São José dos Campos. Uso de extensões e nomes de arquivos. E uma falsa economia pensar que não vale a pena comprar um outro disquete . esta técnica pode criar problemas. Após a última família. e a extensão “.

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4. O arquivo de Dados.
O arquivo de dados contém todos os dados numéricos, isto é, as medições feitas para cada indivíduo que entrou no levantamento. O formato exato dos dados depende do tipo de levantamento, mas essencialmente segue o padrão usado para anotar os dados no campo. No momento, o limite de comprimento para cada linha no arquivo de dados é de 255 caracteres. Em geral, o formato dos dados é “livre” - não há necessidade de manter os números alinhados em colunas, e desde que você bate pelo menos um espaço entre números, espaços a mais não atrapalham. Números inteiros não precisam ter um ponto decimal e “0”. Se for utilizada a opção de “correção automática” no programa “PREPARE”, você pode usar uma virgula em vez de ponto decimal, mas neste caso, qualquer virgula encontrada no arquivo de dados será tratado como um ponto decimal. O uso do teclado numérico do micro facilita a entrada de dados numéricos e ajuda reduzir erros. Para usar o teclado numérico, você precisa apertar a tecla “Num Lock” - deve acender uma luzinha indicando que o “num lock” está ligado - e começar digitando os números. Note, porém que você não pode usar “PgUp”, “Del”, “Ins”, setas, etc. quando “NumLock” está ligado. Medidas de perímetro ou diâmetro podem ser usadas e estes podem ser em centímetros ou metros, mas não se pode misturar tipos de medições ou unidades no mesmo levantamento - por exemplo, tem que ser usado perímetro em metros para todos os indivíduos de um levantamento. No caso de diâmetros/perímetros múltiplos (vários ramos no mesmo indivíduo), devem ser batidos os valores individuais separados por um “+”, e o programa “PREPARE” calculará um diâmetro/perímetro equivalente. Por exemplo, no caso de ter um indivíduo com três ramos, com perímetros de 12, 14 e 20 centímetros, você bate 12+14 + 20 (note-se que pode ter ou não ter espaços entre os números - são opcionais). Alturas normalmente devem ser expressas em metros. No caso de não ter medidas de alturas, pode omitir este dado (no programa “PREPARE”, há uma opção para dados sem alturas). Para os diferentes métodos de levantamento tem formatos de dados diferentes, geralmente correspondendo aproximadamente ao formato dos dados obtidos no campo. No momento, os tipos de levantamento que o pacote pode analisar são os seguintes :Levantamentos usando parcelas: Na primeira linha do arquivo vem o número da primeira parcela. Os “números” de parcelas podem conter letras e outros códigos, até um total de 35 caracteres, mas não podem ter um espaço em branco* . Por exemplo “1A”, “201”, “22.01”, “1/55a” e “parcela_30” são todos aceitáveis como “número” de parcela. Depois, vêm os dados para os indivíduos da parcela, um indivíduo por linha, na seguinte ordem : no. do indivíduo (opcional - se você não quer incluir, os programas criam uma numeração própria), perímetro/diâmetro (em cm. ou metros), altura (opcional) e número da espécie (obrigatório). Em casos onde foram medidas as posições espaciais dos indivíduos, os coordenadas X e Y de cada indivíduo podem ser incluídas, depois do número da espécie. Após o último indivíduo da parcela, na linha seguinte, vem o número da próxima parcela, e em seguida, os dados dos indivíduos. Este processo continua até a inclusão dos dados do último indivíduo. Não é necessário incluir qualquer sinal especial para indicar o fim dos dados. A ordem de entrada das parcelas não é fixa, podendo ser até aleatória, desde que todos os indivíduos de uma parcela estejam juntos. Se você pretende analisar subconjuntos ou blocos de parcelas dentro de um levantamento, a inclusão das parcelas em grupos que correspondem aos blocos a serem analisadas vai facilitar a análise, embora isso não seja obrigatório. Fig. 1.3 mostra o formato esperado para dados deste tipo. Levantamentos usando o método de quadrantes : O formato neste caso é mais simples, tendo uma linha para cada indivíduo, com os seguintes dados - no. de ponto, no. de indivíduo (opcional), distância do ponto (obrigatório), perímetro/diâmetro, altura (opcional) e número da espécie (obrigatório). Se você não quer entrar um número de indivíduo, os programas criam uma numeração própria. Os pontos podem entrar em qualquer ordem, mas para facilitar análises de subconjuntos ou blocos de pontos, é melhor entrar os pontos em blocos que correspondem aos blocos a serem analisados. Coordenadas X e Y podem ser incluídas após o número da espécie. Fig. 1.4 mostra o formato esperado para dados deste tipo.

C. Um exemplo
Para ilustrar o uso do FITOPAC, podemos tomar um exemplo (imaginário) que mostra os passos básicos. Fizemos um levantamento dentro de uma área de mata na região de São José dos Campos, instalando 100 parcelas espalhadas ao acaso ao longo de um gradiente altitudinal. Estamos interessados inicialmente em ter uma idéia geral da
* A versão preliminar de FITOPAC permitia espaços aqui. Se você realmente insiste, pode colocar espaços, desde que haja um “t” (ou “T”) no final da última linha da parcela anterior (fig. 1.5). Repare que isso não é possível na primeira parcela!

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Utilizando FITOPAC composição da mata como um todo, mas também gostaríamos de investigar o efeito do gradiente altitudinal sobre a composição da vegetação. Temos todos as medidas de campo, e a identificação das espécies essencialmente está completa, restando somente 3 ou quatro espécies desconhecidas. Em primeiro lugar, preparamos a lista de famílias e espécies encontrados no levantamento, dando um número para cada família e cada espécie. Uma família “Desconhecida” e espécies “desconhecida 1” a “desconhecida 4” são criadas para acomodar as espécies não identificadas. O número de espécie apropriado é anexado aos dados para cada indivíduo, nos dados de campo, e cuidadosamente verificado antes de começar trabalhando com o computador. Em seguida, escolhe-se um nome apropriado para nossos arquivos. Como nosso levantamento foi feito em São José dos Campos, vamos usar SAOJOSE para o nome dos arquivos, e começamos criando os arquivos SAOJOSE.NMS e SAOJOSE.DAD, utilizando um editor de texto. Entramos os nomes e dados nos dois arquivos seguindo o formato descrito acima. Neste ponto, é interessante imprimir uma listagem dos dois arquivos, para verificar os dados antes de qualquer processamento. Se possível, é mais fácil trabalhar com duas pessoas, uma “cantando” os dados e a outra verificando na listagem. Embora chato, este passo é muito importante, pois a integridade e confiabilidade das análises posteriores são inteiramente dependente de ter dados corretos nestes arquivos. Os programas podem detectar alguns erros mais grosseiros, mas não há como detectar o fato que você bateu 44.5 em vez de 55.4 para o perímetro de indivíduo no. 445, por exemplo. Portanto, é essencial que a verificação dos dados seja feita com muito cuidado e atenção. Após ter verificado os dados, podemos converter estes arquivos numa forma que pode ser usada pelos outros programas. Utilizamos o programa “PREPARE” para converter os arquivos de nomes e dados numéricos num arquivo “.FPD”, batendo PREPARE SAOJOSE. Como estamos empregando as extensões normais do FITOPAC, precisamos bater somente SAOJOSE e o programa vai criar todos os nomes de arquivo necessários. Enquanto está lendo os dados, o programa tenta detectar alguns erros comuns, e da uma oportunidade para corrigi-los, editando os dados. Portanto, é útil ter uma cópia dos dados de campo a mão, permitindo verificação imediata se o programa detecta qualquer problema. Note-se que qualquer correção feita utilizando PREPARE tem efeito somente no arquivo “.FPD” e não nos arquivos “.NMS” e “.DAD” ! O resultado é um arquivo SAOJOSE.FPD, contendo todos os dados e pronto para uso pelos outros programas. Uma vez que temos este arquivo, podemos proceder com a análise dos dados. Antes de começar com a análise propriamente dito, porém, é muito útil fazer uma listagem completa dos dados, que fornece um recorde permanente do conjunto de dados em formato fácil de consultar, e permite recuperar de algum “desastre” onde os arquivos de dados são perdidos (isso não deve ser possível se você está fazendo cópias de segurança - “backups” - de todos seus arquivos, mas nunca se sabe !). Para fazer a listagem, utilize o programa “CADERNO”, batendo simplesmente CADERNO SAOJOSE, e uma listagem dos dados será produzida no arquivo SAOJOSE.LST. Se quiser mandar diretamente para a impressora, bate CADERNO SAOJOSE IMP. Normalmente é útil ter uma listagem dos dados ordenados por parcela (ponto) ou na ordem de entrada dos dados (que geralmente é igual), e, também, uma listagem por espécie que facilita a localização de todos os membros de uma espécie, sem ter que percorrer a listagem inteira. Esta última listagem também é muito útil para localizar possíveis erros - uma espécie que não está presente, mas que você sabe deve estar na listagem, ou uma espécie com diversos indivíduos quando deve ter somente um, pode funcionar como um aviso que houve algum erro na transcrição dos dados, e qualquer discrepância deste tipo deve ser notada e verificada. Tendo uma listagem dos dados, e satisfeitos que estão corretos, podemos proceder com o resto da análise. Normalmente, o próximo passo seria de correr o programa “PARAMS” para calcular os parâmetros fitossociológicos para nosso levantamento. Batemos, então, PARAMS SAOJOSE, e produziremos um arquivo SAOJOSE.LST contendo os resultados dos cálculos dos parâmetros fitossociológicos. Para muitos estudos, os resultados obtidos até aqui seriam suficientes, fornecendo um resumo da área levantada e elementos para comparações entre nosso levantamento e outros levantamentos. No nosso caso, porém, queremos ainda investigar a variação dentro de nossa área e o efeito do gradiente altitudinal. Para analisar melhor este tipo de questão, podemos utilizar outros recursos do FITOPAC. Em primeiro lugar, as parcelas do levantamento podem ser distribuidas em blocos, correspondendo a faixas altitudinais - por ex. bloco 1 contém todas as parcelas entre altitudes de 100 a 200 m. - e estes blocos podem ser analisados individualmente utilizando as facilidades para sub-análises no programa “PARAMS”, ainda com nosso arquivo SAOJOSE.FPD, especificando quais parcelas pertencem a cada bloco, sem a necessidade de criar arquivos novos para cada bloco. Assim, podemos realizar uma análise direta do gradiente, e comparar os parâmetros fitossociológicos de cada faixa altitudinal. Com isso, teríamos uma boa visão do grau e tipo de mudança que ocorre com altitude. Em segundo lugar, podemos aplicar métodos de ordenação e classificação, utilizando os programas “ORD”, para análise de componentes principais, e “CLUSTER” para análise de agrupamentos. Estes métodos exigem uma matriz de amostras x espécies que é criado por uso do programa “CRIAMAT”, que fornece diversas opções de tipo de matriz, transformações dos dados e eliminação de espécies raras, amostras aberrantes, etc. Batendo CRIAMAT SAOJOSE e indicando nossos opções, produzirá um novo arquivo

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FITOPAC 1 SAOJOSE.FPM que contém a matriz com as transformações e modificações selecionadas. Repare, de novo, que não precisamos especificar extensões, e o próprio programa cria os nomes e arquivos necessários. Em seguida podemos correr uma análise de componentes principais, batendo ORD SAOJOSE, e os resultados serão colocados no arquivo SAOJOSE.LST. Este tipo de ordenação é uma técnica extremamente poderosa para detecção e descrição de gradientes ambientais. Se queremos produzir uma classificação das parcelas, formando grupos contendo parcelas que são semelhantes entre si, podemos usar análise de agrupamentos. Neste caso, precisamos criar, primeiro, um arquivo de coeficientes de similaridade ou distâncias, que indiquem o grau de semelhança entre as amostras. Este arquivo é produzido pelo uso do programa “COEF”, batendo COEF SAOJOSE, que vai resultar num arquivo SAOJOSE.FPC contendo os coeficientes selecionados. Após disso, batendo CLUSTER SAOJOSE fornece os resultados desta análise no arquivo SAOJOSE.LST. Assim, podemos analisar nossos dados de diferentes maneiras, extraindo diferentes tipos de informações e formando uma visão mais completa da variação dentro de nosso levantamento. Além das análises fornecidas por FITOPAC, é possível utilizar os dados da matriz de amostras x espécies no arquivo SAOJOSE.FPM com outros pacotes estatísticos ou ecológicos. O programa “MATRIZ” permite “traduzir” o arquivo FITOPAC nos formatos usados por pacotes como “SYSTAT”, NT-SYS e os programas “DECORANA” e “TWINSPAN” de Hill (Hill, 19??), entre outros. Dessa maneira, é possível fazer praticamente qualquer tipo de análise multivariada ou outro tipo de análise estatístico, mesmo que não seja incluída no próprio FITOPAC.

É no. da família 1 Anacardiaceae 2 Bombacaceae 3 Compositae 4 Myrtaceae 5 Ulmaceae 6 Desconhecida 7 Morta 999 ï final das famílias 1 1 Anacardium occidentalis 2 3 Bellis perennis 3 2 Eriotheca sp. 4 4 Myrcia lingua 5 4 Myrcia sp1 6 4 Myrcia sp2 7 4 Myrcia sp3 8 2 Pseudobombax sp. 9 5 Trema micrantha 10 6 Desconhecida 1 11 6 Desconhecida 2 12 7 Morta Ç no. da família Çno. da espécie

Fig. 1.2. Exemplo de um arquivo de nomes - SAOJOSE.NMS. (Você não bate as partes em itálico !)

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SAOJOSE.5 15 9 9 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 44 16 6 11 22 6 11 12 10 4 4 2b ï no.DAD.altura    Ç--. da terceira parcela 13 40 18 7 14 5 + 6+8.5 12 2 10.Utilizando FITOPAC É no.5 8 ï último indivíduo    Ç no.5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 22.no. (Você não bate as partes em itálico !) 11 . do indivíduo Fig.3.5 5.5 10 4 110 30.5 1 5 33. da espécie      Ç--.7 7 5 3 40 12. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando parcelas . 1. da segunda parcela 6 5.5 3 6 7 25 8 8 8 55.5 5 3 2a ï no.perímetro/diâmetro  Ç--.0 15 4 16 120 35. da primeira parcela 1 1 34.

5 5 3 6 2.FITOPAC 1 É no. (Você não bate as partes em itálico !) 12 .2 40 18 7 14 1. do indivíduo Fig.2 5.5 5.3 25 8 8 8 6.perímetro/diâmetro    Ç--.9 5 + 6+8.SAOJOSE. da espécie        Ç--.15 33.3 22 6 11 12 0.4.7 7 5 3 0.5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 4.altura      Ç--.7 55.distância  Ç--.77 110 30.3 34. 1.DAD.6 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 7.no.6 40 12.5 120 35.5 10. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando quadrantes .3 22.0 15 4 16 2.5 15 9 9 4.2 44 16 6 11 2.1 10 4 4 13 5.5 12 2 1.5 3 6 7 2. de ponto 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 3 3 4 4 4 4 1 3.5 8 ï último indivíduo Ç no.5 10 4 3.5 1 5 0.

da espécie      Ç--.DAD.5 10 4 110 30.no.5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 22.altura    Ç--. 1.Utilizando FITOPAC É no. do indivíduo Fig.SAOJOSE.7 7 5 3 40 12. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando parcelas e nomes com espaços para as parcelas .perímetro/diâmetro  Ç--. (Você não bate as partes em itálico !) 13 .5 3 6 7 25 8 8 8 55.5 15 9 9 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 44 16 6 11 22 6 11 12 10 4 4 t ï repare no “t” Esta e parcela 2b ï no. da primeira parcela 1 1 34.5 1 5 33. da segunda parcela com espaços 6 5.5 12 2 10.5.5 8 ï último indivíduo    Ç no. da terceira parcela com espaços 13 40 18 7 14 5 + 6+8.5 5.0 15 4 16 120 35.5 5 3 t ï repare no “t” Esta e parcela 2a ï no.

batendo somente o nome do programa. Usando os programas. com um interface comum para todos os programas e pode ser usado em computadores com disco rígido ou em sistemas com somente discos tipo flexíveis (“floppy”). e será necessário para outros programas na próxima versão. gravar os “scores” de uma PCA . Embora cada programa é independente. menus. é mais conveniente trabalhar com drive “B” ativo. bate “B:”. Portanto. Normalmente. Alternativamente.veja a seção “Rotas.por ex. descrevendo os comandos e características que são comuns a todos os programas.coloque o disquete de programas no drive “A” e o disquete com seus dados no drive “B”. O segundo tipo de arquivo é utilizado para matrizes de dados. você pode usar o programa a partir do subdirectório onde está instalada e especificar onde vai buscar os arquivos de dados via o comando “Rotas” ou pelo linha de comando . etc. você pode usar drive “A” (floppy) para os arquivos de dados ou criar um subdirectório para os dados. O programa é chamado. este será o primeiro arquivo a ser preparado. diretórios e configuração” para mais detalhes. Arquivos FPD são o ponto de partida para todos os outros programas em FITOPAC. batendo “A:Nome_do_programa”. onde as linhas da matriz representam as amostras. utilizando o programa PREPARE. dados de análises de 14 . é possível fazer um Análise de Componentes Principais sobre uma matriz de dados de parcelas x espécies e depois usar a matriz de “scores” resultante para calcular distâncias ou outros coeficientes no programa “COEF”. estes servem para qualquer uma dos programas. pode usar os programas a partir do drive “A” ou qualquer subdirectório no disco rígido. consistindo de uma lista das observações dos indivíduos encontrados no levantamento. uma vez que você aprenda utilizar os comandos básicos. Arquivos de dados FITOPAC utiliza três formatos especiais para arquivos de dados. O primeiro é para dados de campo. com disco rígido No caso de um sistema com disco rígido. é muito mais fácil usar os programas quando estão instalados no disco rígido e seus dados podem estar acomodados no próprio disco rígido ou num disquete flexível. ou que são comuns a diversos deles. Em geral. “PARAMS” e “CADERNO”. Uso de arquivos em FITOPAC. com disco flexível("floppy") Com 2 drives “floppy” . Este tipo de arquivo também é utilizado para armazenar dados que normalmente vem em forma de matriz . geralmente na forma de matrizes de parcelas x espécies. Normalmente. Este capítulo descreve a maneira em que você interage com os programas. Arquivos do tipo “FPD” são usados pelos programas “CRIAMAT”. junto com a parcela ou ponto onde o indivíduo foi encontrado. Arquivos deste tipo também podem ser usados para armazenar os resultados de análises . e as colunas as espécies. e a tela deve passar a mostrar “B>“. Este tipo de arquivo é utilizado pelos programas “COEF” e “ORD”. Se você especifique a rota “PATH C:\FITOPAC”.UTILIZANDO FITOPAC O FITOPAC é interativo. se a tela mostra “A>“. Por exemplo. e dai em diante todos os arquivos são lidos ou criados no disco em drive B. Este último será necessário no caso de levantamentos grandes onde os dados não cabem num disquete.que assim podem ser introduzidos em outros programas. Este tipo de arquivo tem a extensão “FPM” (FitoPac-Matriz) e são preparadas de um arquivo “FPD” usando o programa CRIAMAT. portanto. todos tem o mesmo estilo de interface e utilizam os mesmos tipos de comandos.por ex. FITOPAC utiliza a extensão “FPD” (FitoPac-Dados) para estes arquivos.

Esta opção abre uma janela pedindo os nomes dos arquivos de entrada e saída. As relações entre os diferentes tipos de arquivo são mostrados na fig. Neste caso. se não quiser o nome pré-fixado que o programa oferece . os arquivos necessários são especificadas na descrição do programa. Na maioria dos programas.depois você não entende porque sua listagem da última análise não saiu ! Saiu. porém. este tipo de arquivo pode ser removido. Não são essenciais para o funcionamento dos programas. Se você não especifica saída para impressora. Em alguns casos.extensão “. automaticamente. A seqüência normal para análise de dados de um levantamento seria a preparação dos arquivos de dados numéricos e nomes. diretórios e configuração). Os programas permitem especificar os arquivos a serem usados em duas maneiras : 1) Usando o comando “Arquivos” presente no menu principal de cada programa (mais fácil se você não conhece bem os programas). tomar cuidado que novas análises não são anexas a arquivos velhos . os arquivos de entrada e saída são especificados. Esta última opção é interessante se você quer imprimir mais que uma cópia dos resultados . Normalmente. utilize “CRIAMAT” para criar um arquivo “FPM”. e que podem estar gravados em diversos diretórios (veja a seção “Rotas. arquivos temporários . e. CLUSTER SAOJOSE SJ. mas o sistema de ajuda não fica disponível sem estes arquivos (veja a seção “sistema de ajuda").HLP”.se você é mais experiente e quer evitar a tela introdutória. ou um outro arquivo. são arquivos contendo as informações para o sistema de ajuda. Geralmente é necessário bater somente o nome do arquivo de entrada e o programa cria automaticamente o arquivo de saída necessário. Repare que arquivos “LST” de listagens geralmente são abertos de tal modo que novas listagens são anexadas ao arquivo. criar um único arquivo com todas as listagens das análises realizadas . geralmente precisa entrar somente o nome do arquivo de dados e os programas criam. a não ser em casos onde processamento foi interrompido prematuramente. a criação de um arquivo “FPD” via o programa “PREPARE”.por ex. Neste caso. Outros tipos de arquivos Além dos arquivos usados para armazenar dados. ORD SAOJOSE IMP).por ex. Nas descrições mais detalhadas dos programas. Você pode.extensão “.por ex. usando um editor de texto. com extensões “DAD” e “NMS”. que depois pode ser impresso.por ex.). as extensões e outros arquivos necessários. e tem a extensão “FPC” (FitoPac-Coeficientes). “SAOJOSE. 2) pela linha de comando . Se você segue o esquema sugerido aqui. mas simplificará a utilização dos programas. se este já foi criado. pois o programa não vai usar de novo. são utilizados somente pelos programas “CLUSTER” e “ORD”. 15 . e depois acione o comando “Arquivos”. você pode especificar o arquivo de saída na linha de comando também. preferências de impressora.Utilizando FITOPAC solo ou outras variáveis ambientais. Precisa. bate somente o nome do programa . o próprio programa apaga estes arquivos no final de processamento e você não deve vê-los. você pode jogar os resultados diretamente para a impressora especificando “IMP” ou “PRN” como arquivo de saída (ex.eu normalmente prefiro fazer duas cópias .TMP”. Note que neste exemplo. por enquanto. sim. arquivos de configuração .LST como arquivo de saída de resultados. Caso queira fazer uma PCA ou Análise de Agrupamentos. etc. em seguida. Onde o programa pode produzir uma listagem de resultados (por ex. Estes arquivos são produzidos pelo programa “COEF” e. Arquivos de coeficientes de similaridade ou distâncias entre amostras ou espécies formam o terceiro tipo de arquivo.LST"). e não são gravadas em cima dos dados já existentes. PREPARE SAOJOSE. ??. PREPARE. especialmente em casos onde resultados de uma análise serão utilizados como entrada para uma outra análise. o arquivo de entrada não tem extensão pois usa a extensão padrão ("FPC") de um arquivo de coeficientes. são arquivos que contém informações sobre a configuração atual dos programas (rotas.FPC como arquivo de entrada e SJ. os programas do FITOPAC utilizam diversos outros tipos de arquivos :arquivos de ajuda .LST utilizará o arquivo SAOJOSE. Nestes casos.extensão “. arquivos subsidiários podem ser necessários.uma para rabiscar e a outra para servir de cópia de “biblioteca”. Não esquece de deixar um espaço entre os dois nomes. o programa grava os resultados num arquivo préfixado (geralmente o nome do arquivo de dados com a extensão “LST” . portanto. ORD). bate o nome do arquivo a ser usado depois do nome do programa . A maioria dos programas utiliza um arquivo de entrada e um arquivo de saída. mas está anexada no final do arquivo antigo. O uso destes extensões não é obrigatório.CNF”. O calculo dos parâmetros fitossociológicos e listagem dos dados podem ser feitas a partir do arquivo “FPD”. Estes dados podem ser entrados diretamente ou via uma planilha (veja o capítulo “Preparando Dados"). são criados por diversos programas para armazenar dados temporariamente enquanto estão trabalhando.a única limitação é o espaço disponível no disco.

se não. ou especificar somente uma das rotas. Se tiver um disco do tipo “RAMdrive”. o programa vai parar com um erro. que exista espaço suficiente no disco “RAM” . pode ser interessante especificar este disco para receber os arquivos temporários. Se utilizar este método.quando selecionado. abre uma tela que permite modificar os nomes :Mudar rotas Rota para dados C:\FITOPAC\ Rota para resultados/listagens C:\FITOPAC\ Rota para arquivos temporarios C:\FITOPAC\ Nome de um diretorio/sub-diretorio (F3 para lista) Na “Rota para dados” você pode especificar o subdirectório onde os arquivos de dados estão armazenados. Estes subdirectórios podem ser diferentes. e . Pode. porém. mas note que todos os arquivos de dados usados devem estar no mesmo subdirectório.FITOPAC 1 Rotas. Você pode colocar a rota antes do nome dos arquivo apropriado na linha de comando. porém. os subdirectórios utilizados para os arquivos de dados e resultados podem ser determinados em diversas maneiras. mas não o de arquivos temporários. A outra maneira de especificar subdirectórios é via a linha de comando. Exemplos : - 16 . É importante. enquanto a “Rota para resultados/listagens” especifica onde os arquivos de resultados e listagens serão mandados. escolher rotas diferentes para entrado e saída. também. aumentando a velocidade de processamento consideravelmente em alguns casos. É possível especificar os subdirectórios de entrada e saída por este mecanismo. diretórios e configuração No caso de sistemas com disco rígido. A “Rota para arquivos temporários” pode ser usada para determinar onde os programas que produzem arquivos temporários irão gravá-los. No menu principal de todos os programas existe uma opção “Rotas”. Esta opção é utilizado para mudar os nomes dos subdirectórios onde o programa vai procurar os arquivos de dados ou gravar os arquivos de resultados. Normalmente não há necessidade de modificar este subdirectório pois os arquivos temporários devem ser apagados pelo próprio programa antes de terminar a análise. é necessário especificar a rota dos arquivos de entrada e saída quando estes não estiveram no subdirectório especificado na configuração.

Você pode ter um arquivo de configuração em qualquer subdirectório e FITOPAC utilizará a configuração especificada no diretório ativo. procurando e gravando arquivos no sub-diretório que estava ativo quando o programa foi chamado. F2 . PARAMS SAOJOSE procurará os dados no C:\DADOS\ e vai gravar os resultados no mesmo subdirectório. Interagindo com os programas Teclas especiais. *. Estas teclas são :F1 . Se for numa situação onde o programa está pedindo variáveis ou observações. enquanto que em \cerrados a rota de entrada poderia ser \cerrados e de dados saida \cerrados também. 17 .FPD todos com extensão “FPD”. *. por exemplo depois de processar uma análise completa. e os programas vão utilizar a configuração “local” do subdiretório ativo. Se você tiver seu disco rígido com os sub-diretórios “\FITOPAC”. Se não tiver um arquivo de configuração local.” em algum lugar). além de mais um no “\fitopac”. como indicado na figura ao lado. os programas utilizam automaticamente o arquivo present no subdiretório do FITOPAC. Você pode gravar o arquivo de configuração usando a tecla F5 dentro de qualquer programa ou com o programa “CONFIG” Desta maneira. não é possível voltar às opções anteriores pois a análise ou transformação já está completa.CNF”. o programa sugere primeiro uma “mascara” para procurar arquivos. Em situações onde um nome de arquivo é esperado. a rota de entrada \MATAS pode ser \matas e de saida \resultad. Por exemplo. As rotas utilizadas por FITOPAC estão armazenadas em C:\ arquivos de configuração que tem a extensão “.Voltar à pergunta/menu anterior. esta forma de diretório será produzido. PARAMS C:\OUTRO\SAOJOSE vai procurar os arquivos de dados no subdirectório C:\outros\ e vai gravar os resultados em C:\dados\. Esta segue as regras normais para DOS . e na ausência deste. Note que é necessário colocar a rota para entrada e saída neste caso. PARAMS C:\OUTROS\SAOJOSE C:\OUTROS\SAOJOSE procurará os dados no subdirectório C:\outros\ e gravar os resultados no mesmo.Ajuda. Você pode rodar FITOPAC a partir de qualquer um destes diretórios (desde que o seu dados “path” contém “\FITOPAC. simplesmente apertando a tecla F1. F3 .Utilizando FITOPAC supondo que a configuração esteja com C:\DADOS\ para a rota de entrada e saída. “\CERRADOS” e “\MATAS”.por ex. Esta tecla produz um diretório de arquivos ou uma listagem de variáveis ou observações. você pode agrupar seus dados em diversos subdiretórios no disco e ter uma configuração específica para cada agrupamento. FITOPAC utiliza algumas teclas que tem a mesma função em todos os programas. Permite “mudar de idéia” e volta ao passo anterior. PARAMS C:\OUTROS\SAOJOSE C:\RESULT\SAOJOSE vai procurar os arquivos de dados no subdirectório C:\outros\ e gravar os resultados no subdirectório C:\result\.* lista todos os arquivos. usam os valores “default” já embutidos no FITOPAC. Note que em alguns casos. contendo dados em “\cerrados” e “\matas”.Diretório. Você pode obter ajuda em quase qualquer ponto onde precisa responder a uma pergunta ou decidir entre diferentes opções. pode colocar um arquivo de \CERRADOS configuração em cada um destes sub-diretórios. Isso quer dizer que você pode manter configurações que são específicos para cada \FITOPAC subdirectório. em \matas. dependendo da parte do programa onde foi ativada.

um caractere à esquerda £. um nome ou uma frase deve ser entrado. use Ctrl-Break (bate a tecla “Break” enquanto está segurando a tecla “Ctrl"). ou utilizando as teclas de seta ( ← e → ) para colocar o cursor em cima da opção e apertando a tecla <ENTER> para selecionar a opção. você pode responder em diferentes maneiras : a) se quer utilizar a resposta pré-fixada pelo programa (que aparece em vídeo inverso). no arquivo FITOPAC. se existe. A maioria são do tipo onde um valor numérico. b) se quer utilizar parte da resposta fornecida. As teclas usadas para editar a resposta são as seguintes : ¤→ . começa batendo sua resposta diretamente e a resposta pré-fixada. esta tecla permite “escapar” de situações onde você não pode continuar e quer voltar ao menu principal ou anterior. Diversos tipos de informações podem ser solicitados (por ex.um caractere à direita ¥. parcialmente ou descartada. Nestes casos. etc. e a opção desejada pode ser selecionada batendo a letra em maiuscula daquela opção. Esta tecla permite que você abandone o processamento e para o programa. caso houve algum “desastre”. F5 . Dois tipos de menu são utilizados.uma linha para cima ¢ .na maioria dos programas.Alterar a configuração da impressora e outros características do programa. os programas precisam de informaçôes mais extensas e apresentam uma tela que funciona como uma espécie de “formulário” para ser preenchido. Veja o capítulo do programa CONFIG para mais detalhes. impressora. simplesmente bate <ENTER>. Esc . O mais simples é de usar as teclas de seta para cima e para baixa para mudar o cursor (a opção que aparece com fundo de cor diferente) até a opção que você deseja e apertar a tecla <ENTER>. será descartada. F10 -Sair do programa.Grava a configuração de rotas. A informação solicitada pode ser de vários tipos. o programa vai perguntar em que sub-diretório você quer gravar a configuração. Funciona somente em pontos onde o programa está esperando alguma resposta.CNF no disco e este configuração será usada como o “default” até que seja modificada de novo.uma linha para baixo 18 .FITOPAC 1 F4 . Menus Os programas utilizam menus extensamente para selecionar alguma opção. por exemplo para escolher um entre diversos transformações de dados. Note que sua resposta pode ser editada até o ponto em que você aperta <ENTER>. O segundo tipo de menu é do tipo “drop down” e aparece dentro de uma janela na tela. ou se não tem uma resposta pré-fixada pelo programa. o nome de um arquivo ou algum valor numérico) ou fazem perguntas para saber como proceder (por ex. Telas e perguntas Em vários pontos. utilize as teclas de seta à direita ou <END> para aceitar a resposta que então pode ser editada utilizando as teclas normais. Este tipo de menu é utilizado para escolher opções dentro de uma lista. A escolha de opções pode ser feito em duas maneiras. precisa parar neste ponto. mas os programas utilizam 2 formatos de resposta. c) se você quer dar uma resposta totalmente diferente. Ao apertar esta tecla. e esta opção será selecionada diretamente. Alternativamente. ou se por algum motivo. Neste caso. o programa frequentemente oferece uma resposta pré-fixada ("default value") que pode ser aceita inteiramente. Se você quer parar o programa no meio de algun cálculo. onde as opções disponíveis são apresentadas na primeira linha da tela. pode bater a letra ou número que aparece na frente da opção. quando encontram um erro). Todos os programas apresentam um menu principal. sem a necessidade de mudar o cursor e bater <ENTER>. por exemplo manipulação de matrizes ou escolha de gráficos. Este tipo de menu também é utilizado em diversos programas para escolher opções onde diversas operações podem ser realizadas.

ou F6 .55 66 77 98-100 seria aceitável. para serem transformados. A seleção pode ser feita diretamente na janela. O uso de números freqüentemente é inconveniente e. O segundo tipo de pergunta que os programas apresentam ocorre onde existem somente 2 ou mais respostas préfixada do tipo “sim/não” ou “norte/sul”. 1. ou algo parecido. pode utilizar a tecla F3 para chamar uma janela que mostra as variáveis ou objetos disponíveis. mas algumas outras teclas ajudam “navegar” dentro da tela : Ctrl → Pula à próxima pergunta ou à direita Ctrl ← Pula à pergunta anterior ou à esquerda ↑ Pula para cima ↓ Pula para baixo PgDn Terminar. etc. pode utilizar a tecla PgDn para sair sem a necessidade de completar todas. Especificando listas de variáveis e objetos Em vários pontos.terminar seleção e continuar processamento Esc . mas se todas as respostas pré-fixadas são satisfatórias. e a resposta pode ser mudada apertando a tecla de espaço. Itens individuais são especificados usando os números apropriados separados por espaços ou por vírgulas por ex. uma das respostas possíveis aparece em vídeo inverso. “23 . utilizando as seguintes teclas :enter . Quando o valor apropriado está visível. etc. 23 .vai até o primeiro item na tela End . deixando modificadas somente as respostas já selecionadas até este ponto.vai até o último item na lista Você pode selecionar uma mistura de itens individuais e listas de itens com o uso apropriada das teclas de seleção e seleção de blocos.apague o caractere antes do cursor ¦K. 19 .início da resposta ¶ .Utilizando FITOPAC ² .ligar e desligar inserção. 1. geralmente na forma de uma pergunta do tipo “Quais espécies”.selecionar o ítem na atual posição do cursor .. por ex.35” selecionará todos os objetos/variáveis de 23 a 35 inclusivos. pode especificar os objetos ou variáveis batendo “t” para todos ou batendo os números dos objetos ou variáveis apropriados.6-8. Se a inserção está desligada. separados por um “-” .3. como alternativa. pode ser selecionado batendo <ENTER> ou ->. batendo a letra inicial da opção desejada seleciona aquela opção e coloca o cursor na próxima pergunta .inicia ou termina a seleção de um bloco Home .apague o caractere na posição do cursor Backspace . você sai da tela após de responder à última pergunta. as respostas às perguntas são dados da maneira descrita acima.vai até o último item na tela PgDn . apagando texto existente na posição do cursor. Alguns programas (por ex. Você pode selecionar uma lista de números batendo o primeiro e último número da lista.abandonar seleção espaço . aparece o sinal “INS” no topo da tela e qualquer coisa que você bate é inserida na posição do cursor. o que você escreve será sobreposto.4. ou se só precisa modificar uma ou duas.apague a resposta inteira .por ex. utilizados numa análise.página anterior Ctrl + PgUp .5. Quando inserção está ligado. PREPARE e CRIAMAT) podem precisar de uma série mais extensa de dados e apresentam uma ou mais telas de perguntas.por ex “s” para “sim” e “n” para “não”. Nestes casos.fim da resposta µ ± . Nestes casos. Normalmente.vai até o início da lista Ctrl + PgDn . Alternativamente.próxima página PgUp . Pode misturar ítens individuais e listas. os programas pedem que você especifique um ou mais variáveis ou objetos. Nestes casos. em qualquer combinação por ex.

/altura Continue Especificar AMOSTRAS para INCLUIR ------------------------------------------------------------------------ -----------------------------------------------------------------------F1 Ajuda. sem a necessidade de rebater os dados ou alterar o arquivo de dados. Assim. PARAMS e CRIAMAT.selecionar espécies que serão incluídas na análise . com altura abaixo de 10 m e excluindo espécies 56 e 91.por ex. existe o comando “Filtro” no menu principal que chama o menu de filtro onde você especifica os detalhes do filtro que quer aplicar :Incluir_amos Excluir_amos iNcluir_espe eXcluir_espe Diam. e depois quer analisar os dados incluindo somente os indivíduos com diâmetros maiores que 10 cm. você pode especificar dentro de PARAMS um filtro que aceita somente indivíduos com diâmetro mínimo de 10 cm. EXCLUIR_ESPE[CIES] . existe uma opção que permite estabelecer um “filtro” .. F3 Selecionar. Nestes programas.FITOPAC 1 Sistema de Ajuda Na maioria de lugares onde um programa pede alguma informação ou espera alguma ação. Estas opções são descritas aqui para evitar repetição das informações em cada programa. particularmente para modificação de dados e seleção de indivíduos. no. INCLUIR_ESPE[CIES] . é mais fácil manter os dados para levantamentos complexos dentro de um único arquivo “FPD” e correr as sub-análises necessários utilizando o filtro para especificar os limites para cada uma delas. Esta facilidade também é muito útil em casos onde você quer analisar blocos de amostras e não o levantamento inteiro. todos os indivíduos de parcelas 1 . 20 . se quiser retirar as “mortas” quando estas foram registrados no arquivo de dados. pode incluir ou excluir blocos de amostras. Para sair da tela de ajuda. Nos programas que utilizam filtros.selecionar as espécies que serão excluídas na atual análise . Correndo o programa com este filtro dará a análise desejada.conveniente quando você quer analisar somente um número pequeno de amostras.mais conveniente quando você quer incluir a maioria das amostras e só excluir algumas.selecionar amostras para serem excluídas da análise . e se estes não foram localizados. É possível estabelecer condições relativamente complexas.. e mínimo de 33 cm. Neste caso. F5 Gravar config. F4 Impressora. especificando “filtros" Em programas que usam arquivos de dados do tipo “FPD”. uma mensagem aparece dizendo que ajuda não está disponível. EXCLUIR_AMOS[TRAS] . F10 Sair INCLUIR_AMOS[TRAS] .por ex. de amostra ou espécie que você determina com o uso do filtro. bate a tecla “Esc”. apertando a tecla F1. inclusive quando estas não são contíguas no arquivo de dados. com diâmetro máximo de 55 cm. 31 e 33. se você tiver um levantamento por parcelas onde incluiu todos os indivíduos com diâmetros maiores que 5 cm. Opções comuns a diversos programas Vários programas oferecem as mesmas opções. dependendo do conjunto de características escolhidas . de acordo com os limites de diâmetro/perímetro. você pode incluir ou excluir indivíduos. Desta maneira.HLP").selecionar amostras para serem incluídas na análise .23.útil quando você pretende analisar somente um número limitado de espécies. especificando como os dados serão lidos. altura. 15 . você pode pedir ajuda. por ex. Este sistema de ajuda depende da presença dos arquivos de ajuda (com extensão “. Deve aparecer uma tela fornecendo uma explicação sucinta de que o programa espera neste ponto ou explicando as opções disponíveis.10.

cm 0.é preciso ter cuidado com esta opção quando você utilize transformações ! REST[AURAR] .Transform traNspor Planilha nOmes Adicionar Imprime Continue Mascarar uma ou mais especies ou amostras ------------------------------------------------------------- Pode escolher qualquer opção. Note que o programa volta a esta tela após cada uma destas opções (exceto “Continue") e você pode utilizar diversas opções antes de voltar para o programa principal. Colunas ou linhas mascaradas não são eliminadas permanentemente.0000 perim. de acordo com os valores selecionados nos respetivos “interruptores”.Este comando abre a tela de especificação de diâmetro e altura :Bate valores para maximo e minimo maximo Diam. editar os nomes das variáveis e utilizar a planilha para fazer correções. manipulando matrizes Os programas que utilizam matrizes de dados oferecem uma opção para modificação ou manipulação de matrizes./Perim. Este sempre aparece como a opção “Modificar” nos menus destes programas. o programa solicita uma lista de colunas a serem mascaradas. Note que linhas mascaradas também não serão transformadas ou gravadas . Seguem descrições das funções de cada opção :MASCARAR .0000 Bate valor para maximo Diam. sem a necessidade de recarregar a matriz completa cada vez. ou use a tecla F3 para uma lista das colunas.. depois transformar as variáveis não-mascaradas.Elim. É possível. Uma vez que o programa tem uma matriz de dados ativo. 1000000 Altura 1000.voltar ao programa principal. Bate os números das colunas. CONTINUE ./Perim. aparece o menu de manipulação de dados :Mascarar Rest.permite “mascarar” temporariamente uma ou mais colunas (normalmente espécies ou variáveis) ou linhas da matriz.Utilizando FITOPAC DIAM/ALTUR . e esta opção é selecionada. Você pode então preencher os valores desejados para o máximo e mínimo para altura e diâmetro/perímetro. mas não são gravadas ou transformadas enquanto mascaradas. Note que todas as colunas ou linhas que estavam mascaradas serão restauradas. 21 . Quando você seleciona esta opção. aceitavel. Este opção é muito útil quando você precisa produzir diversas versões de uma matriz com diferentes combinações de variáveis ou amostras. e podem ser recuperadas utilizando a opção “Rest”.00 minimo 0. portanto. especificando como perímetro/diâmetro ou em centímetros/metros. pois as colunas e linhas mascaradas não são eliminadas permanentemente.por exemplo : mascarar algumas variáveis.Permite restaurar colunas ou linhas previamente mascaradas. aplicar uma série de operações na mesma matriz .

você pode querer acrescentar dados sobre composição de solo. Veja a seção “Transformando dados” na parte geral do manual para uma descrição mais completa do uso de transformações.o nome então é colocada numa janela de edição. permitindo que você inspeciona. Quando termina a edição.e. corrige. utilizando diversas transformações. Utilize as teclas de seta. Terminando as modificações. PgDn.cauda No primeiro caso. NOMES .Com esta opção. Quando seleciona esta opção.e. mas os itens eliminados não podem ser restaurados. carregue primeiro a matriz de dados de vegetação e depois utilize esta opção para acrescentar os dados de solo. Este arquivo tem que ser um arquivo em formato FITOPAC. etc. e normalmente você sempre deve utiliza-la. PgUp.FITOPAC 1 ELIM[INAR] .Permite transformar qualquer combinação de colunas ou linhas da matriz. e pode altera-lo utilizando as teclas normais de edição. cada vez que importa dados de um arquivo que não esteja no formato FITOPAC. fornecendo um mecanismo para criar matrizes que combinam dados de diferentes tipos. matriz 1 1111 1111 matriz 2 2222 2222 matriz final 1111 1111 2222 2222 22 . i.Esta opção permite a fusão de duas matrizes.Elimina permanentemente linhas ou colunas. PLANILHA . que estão num arquivo já existente. Para fundir as duas matrizes.Chama a planilha. um por linha. É necessário quando pretende. ou de diferentes lotes. TRANSPOR . você virá abrir uma janela com os nomes das colunas ou linhas da matriz. a um outro arquivo de dados de vegetação já produzido pelo programa CRIAMAT.cabeça . Por ex. supõe-se que as colunas são iguais e que a segunda matriz representa um acréscimo no número de linhas na matriz final (amostras adicionais). A planilha permite uma série de outras operações que são descritas mais detalhadamente na seção “Usando a planilha” . por ex..lado ao lado B . você pode alterar ou editar os nomes das colunas ou linhas. Depois. as duas matrizes contém colunas (variáveis) diferentes e a matriz final terá um número de colunas igual à soma das colunas das duas matrizes originais. Quando você seleciona esta opção. ou manipula os dados. para colocar o cursor no nome que você quer alterar e aperte a tecla “ENTER” . o programa pergunta o nome do arquivo contendo a segunda matriz. matriz 1 1111 1111 matriz 2 2222 2222 matriz final 11112222 11112222 Na segunda alternativa. criar uma matriz de coeficientes de semelhança entre as variáveis. produzindo um arquivo final que contém uma matriz com ambos os conjuntos de dados. aperte a tecla “ESC” para voltar ao menu de manipulação de dados.. TRANSFORMAR . aperte “ENTER” e o programa volta à lista de nomes de colunas ou linhas. i. ADICIONAR . aparece um menu perguntando que tipo de fusão você quer : A .Este comando pode ser utilizado para transpor a matriz (tornar as colunas linhas e as linhas colunas). Esta opção é muito útil para confirmar que uma “importação” de uma matriz funcionou corretamente. Funciona da mesma maneira que o comando de mascarar.

Que tipo de análise você pretende fazer com estes dados ? As matrizes realmente podem ter números diferentes de linhas ? Não ocorreu algum tipo de erro ? O programa também avisa se os nomes das linhas não são iguais. pode utilizar os recursos de exportação do programa “MATRIZ” para transferir seus dados a uma planilha comercial. verá na tela uma representação da matriz semelhante àquela na fig. As mesmas observações valem para este caso. os nomes utilizados na matriz final são os nomes do primeiro arquivo. A planilha permite :• • • • • • • • Inspecionar a matriz Entrar e corrigir dados Mascarar/eliminar linhas/colunas Transformar linhas/colunas Ordenar a matriz usando uma coluna como chave de ordenação Ordenar a matriz utilizando nomes das linhas como chave Adicionar linhas/colunas Inserir linhas/colunas A planilha não possui facilidades para o uso de formulas. utilizando o menu de comandos. ou altera o nome. CONTINUE . Se você quer mandar a impressão para um arquivo.Imprime a matriz ou diretamente na impressora ou dentro de um arquivo que pode ser impresso mais tarde. O nome preestabelecido pelo programa é o nome do arquivo de entrada com a extensão “LST”. Usando a planilha A planilha fornecida no FITOPAC é bastante rudimentar .cauda”. Se não estiver. pode imprimir na impressora utilizando os comandos normais do DOS como “PRINT” ou “COPY”. As colunas vazias da matriz menor serão preenchidas com “valor faltando”. o programa perguntará o nome do arquivo para a impressão da matriz. o programa avisa se há qualquer diferença em número de colunas ou diferenças nos nomes das colunas. Quando chama a planilha.deixar o módulo de modificação de matriz e voltar ao programa principal. e a matriz vai ser “impressa” no arquivo. Caso haja qualquer diferença em nomes de colunas ou linhas. e o nome sugerido é satisfatório. o programa avisa e preenche as linhas vazias da matriz menor com “dados faltando”. Caso você queira acrescentar poucos dados e prefere entrá-los diretamente. Se quiser. De novo. você pode ampliar uma matriz de uma maneira bastante flexível. o número de colunas nas duas matrizes deve ser igual. ??. uma alternativa é de utilizar a planilha e as facilidades que esta tem para acrescentar linhas ou colunas individuais. É importante notar que no caso de fusão “lado ao lado”. se quiser mandar diretamente para a impressora. IMPRIME .não é comparável com “Lotus 123” ou “Quattro” . bate “PRN” em vez do nome do arquivo. bate outro. Se você precisa de manipulações mais sofisticados. pode mostrar o nome completo ampliando a largura da coluna. Mais tarde. só precisa usar a tecla “ENTER”. 23 . mas o número de colunas visíveis na tela será reduzido. Os nomes das colunas podem ser truncados se estão compridos e as colunas estreitas. No caso de fusão “cabeça . o número de linhas nas duas matrizes deve ser igual. Quando seleciona esta opção. manipulá-los e importá-los de novo.mas permite uma série de operações simples além de entrada e inspeção da matriz. Os nomes das colunas estão na primeira linha da tela e os nomes das linhas na primeira coluna. mas você deve ser muito cauteloso no uso da matriz resultante. Se não quiser usar este nome.Utilizando FITOPAC Assim.

800 3.300 0.200 4.800 3. mas existem algumas diferenças no efeito de algumas teclas. Enter abre uma janela de edição que permite editar o valor presente na célula ativa. aparece um menu oferecendo várias opções:A .O. etc.100 4. PgUp e PgDn mudam uma tela para cima e para baixo respetivamente.100 1.400 2.240 Ca -0 0. Largura das colunas altera a largura das colunas na tela.100 5. Quando aperta esta tecla.700 1.100 4. com uma destas células contendo o cursor.800 3.700 0. se você utilize uma largura de coluna muito grande. caso sejam muito compridos.400 1.500 1..100 0. As teclas usadas são os seguintes :↑ ↓ ← → as teclas de seta mudam a posição do cursor. Ao selecionar esta opção. de decimais permite controlar o número de casas decimais mostradas na tela.230 0.100 0.9 começa entrar um número na célula ativa.500 0.100 K -0 0.600 0.200 4.240 0.350 0.800 1.200 M.200 4.010 0. como em Lotus 123. que marca a célula atualmente ativa.400 4.Colunas B .270 0. ou quer ver os nomes das colunas.600 4.700 0.800 2. vão caber poucas colunas na tela.Ordenar matriz F . -0 1.250 0.200 0.000 P -0 2. de decimais E .100 0.FITOPAC 1 pHCaCl4.290 0.100 0.400 3. ? entra “valor faltando” na célula ativa.290 0.800 0.600 0.290 0. Os outros recursos da planilha são acionados pelo uso da tecla “/”.500 Mg -0 0.Largura das colunas D . Ctrl PgUp e Ctrl PgDn mudam o cursor até a primeira ou última linha da matriz respetivamente. Note que esta opção não afeta a acuracia de armazenamento dos dados que continua inalterada. se você precisa ver dados numéricos com mais precisão.6 exemplo da tela da planilha O resto da tela contém células com os valores numéricos da matriz. / chama o menu de outros comandos disponíveis na planilha. você precisa posicionar o cursor em cima da célula desejada e só depois começar a editar o valor.1.000 4.400 2. representado por caracteres com cores invertidos na tela. Os comandos utilizados pela planilha são semelhantes aqueles das planilhas comerciais. Qualquer ação de edição ou alteração de conteúdo da matriz ocorre na célula ativa indicada pelo cursor. Esc saia da planilha e volta ao menu de manipulação de dados.100 0. sem apagá-lo completamente.600 3.200 4.Ordenar matriz por nome de amostra Colunas e Linhas ativam outros menus que permitem operações com a coluna ou linha atualmente ativa (veja abaixo).300 4.600 1a 1b 1d 2c 2b 4d 5b 5c 5d 5e 6c 7c Fig.700 0. Note que a posição do cursor também é indicada por uma mudança na cor dos nomes da linha e coluna correspondentes. portanto.800 5.Linhas C . Ctrl → e Ctrl ← mudam uma tela para direta e esquerda respetivamente.400 0.900 1.800 2.230 0. Para alterar algum dado.600 0.800 3.300 4.400 0.200 4. na direção indicada.100 0.600 2. o programa perguntará quantas casas decimais você quer utilizar. Home muda o cursor até o início da linha na tela End muda o cursor até o fim da linha na tela Ctrl Home muda o cursor para o início da linha da matriz Ctrl End muda o cursor para o fim da linha da matriz + − 0.400 4.100 2. 24 . Porém.No.100 0.800 2.800 1.400 4. No. eliminando o valor atualmente presente.200 0.

aplica uma transformação à linha/coluna selecionada. Esta opção pode ser útil quando você tem duas matrizes com as amostras em ordens diferentes e quer juntá-las para criar uma única matriz. Neste caso. ordenando ambas pelos nomes das amostras assegura que as amostras estão nas linhas correspondentes das duas matrizes antes de tentar juntá-las.adiciona mais uma linha/coluna no final da planilha i.Aterar nome ADICIONAR . mas ainda está presente na matriz e pode ser desmascarada utilizando as facilidades do menu de manipulação da matriz.insere uma linha/coluna imediatamente antes (à esquerda ou acima) da célula ativa indicada pelo cursor. ELIMINAR .Mascarar D .Eliminar E . Portanto.Transformar F .Inserir C . Ordenar matriz por nome de amostra permite ordenar a matriz utilizando os nomes das amostras como chave para ordenação. em ordem ascendente ou descendente. o programa vai perguntar qual coluna deve ser usada como a chave secundária.e após a última linha/coluna na planilha. ALTERAR NOME . Ao selecionar esta opção. Quando você seleciona as opções de operações com linhas e colunas. Esta linha/coluna não será gravada/impressa. abrindo uma janela de edição. Permite o acerescimo de uma linha/coluna à matriz quando você precisa adicionar mais dados. utilizando o conjunto padrão de transformações (veja a seção “transformações")..permite modificar o nome da linha/coluna. verá um menu suplementar mostrando as operações que podem ser feitas com linhas e colunas individuais. Transformações Ao selecionar a opção “transformações” dentro do menu de manipulação de matrizes.Adicionar B . etc. pode inserir linhas/colunas no meio da planilha.Utilizando FITOPAC Ordenar matriz permite ordenar as linhas da matriz de acordo com os valores contidos na coluna ativa. Estas são :A . Não pode ser recuperada posteriormente . INSERIR . A chave primária é a coluna atualmente ativa (onde o cursor está localizado) e é a coluna usada para fazer a ordenação básica enquanto a chave secundária serve para ordenar quando tem valores iguais na chave primária.use com cautela ! TRANSFORMAR . MASCARAR .permite mascarar a linha/coluna ativa.elimina a linha/coluna da matriz. o programa vai abrir um novo menu de transformações :- 25 .

xmin/(xmax-xmin)] P .repor valor faltando com media U . F3 Selecionar.reciproco [1/x] B .centrar [x . no final deste capítulo.depende da resposta ao item anterior. 39 soil variables for 40 samples. etc. de variaveis : 39 [0] Tipo de transformaçao : nenhuma Direçao : Coluna No. TIPO . each with 3 levels : 0-20 cm. F10 Sair DIREÇAO . de parcelas : 40 [0] no.x] M .xmed)/d. F5 Gravar config.subtrair o valor minimo [x .multiplicar por um constante [x * c] L .proporçao [x/Σx] O . 26 .raiz quadrado [√x] D .quadrado [x²] C .selecionar as colunas ou linhas a serem transformadas .] N .raiz quadrado + constante [√(x + c)] E .converter em presencia/ausencia As definições das transformações podem ser encontradas na seção “Notas técnicas”.estandardizar [(x .logaritmo natural [ln(x)] F . de itens selecion.x] Q .arcoseno [arcsen¹(x/Σx)] J . SELECIONE .centragem duplo T .escolhe o tipo de transformação a ser aplicada. 40-60 cm and 80-100 cm.dividir pelo desvio padrao [x/d. F4 Impressora.c] K . Abre um menu oferecendo diversos tipos de transformação :Transformaçoes simples A .por coluna ou por linha.xmin] S . a direção de transformação é indiferente.: 0 Sanata Genebra survey soil data set.logaritmo comun [log(x)] H .p.logaritmo natural + constante[ln(x + c)] G .indique a direção de transformação .FITOPAC 1 Direçao Selecione tIpo Transforme Continue transformar por coluna ou por linha ------------------------------------------------------------no.logaritmo comun + constante [log(x + c)] I .“ranging” [x .subtrair um constante [x .dividir pelo valor maximo [x/xmax] R ..xmed. mais para outros como estandardização é de vital importância. Para transformações como logaritmo. -----------------------------------------------------------------F1 Ajuda.p.

Impressão de Gráficos Diversos programas no pacote produzem gráficos na tela . É possível aplicar uma série de transformações em seqüência no mesmo grupo de variáveis. Se sua impressora não produz gráficos. onde diferentes grupos podem ser destacados ou uma terceira variável pode ser sobreposta.se você tem dúvidas. Se quiser mandar a imagem para um arquivo (por ex.por ex. Quando um gráfico é apresentado na tela. e bate um “P"). Esta transformação não é usada com muito freqüência e normalmente seria utilizado quando você quer combinar matrizes contendo dados quantitativos e binários. sua cor e tamanho podem ser controlados de acordo com uma (ou mais) variáveis fornecidos à partir de um arquivo do tipo “FPM”. Estes podem ser impressos. mais ou menos na forma vista na tela. e que deve funcionar em praticamente qualquer impressora. consulte Grieg-Smith (1983) ou Legendre & Legendre (1983). Modificando símbolos em gráficos de dispersão. a imagem na tela é mandada para a impressora. os programas esperem até que você bate uma tecla para continuar.1) símbolos fixos. será armazenada na forma de números reais. não posso verificar quais impressoras funcionam. abre uma tela :Arquivo Variável Símbolos cOres Tamanho fiXo Continue O comando “Variável” fica disponível somente depois de escolher um arquivo. cor e tipo de símbolo usado. que a imagem é mandada diretamente para a impressora e não para um arquivo. ou não usa códigos “Epson”. na maioria dos casos existe uma opção para produzir um gráfico alternativo utilizando somente os caracteres normais da impressora. Os símbolos podem ser alterados de duas maneiras . Note. Se não pode utilizar este código. pois. impressoras “Rima"). Pelo uso dos comandos nesta opção.transformar as linhas/colunas selecionadas com a transformação escolhida. Se você bate Ctrl-P (segure a tecla “Ctrl. verifique no manual se a sua impressora pode utilizar o código Esc 'L' n1 n2 (onde n1 e n2 indiquem quantos bytes de caracteres gráficos vão seguir). no caso de querer várias cópias). Note que a impressora tem que estar ligada. se você tem uma impressora que tem um modo gráfico equivalente ao modo gráfico densidade dupla das impressoras “Epson”. antes de mandar imprimir o gráfico. Não é possível discutir a aplicação e propriedades de cada tipo de transformação aqui . Isso permite a aplicação de diversas transformações na mesma matriz de dados. na forma de tamanho de símbolo. diagramas de dispersão. e os comandos “Símbolos” e “cOres” depois de escolher uma variável. existem alguns programas utilitários que interceptam listagens para a impressora e armazenam os dados num arquivo. com cada ponto é diferente dos outros. ORD). depois desta transformação. que podem ser especificados junto com sua cor e tamanho. o programa se mantém neste modo até que você selecione o comando continue. existe esta opção que permite alterar os símbolos utilizados no gráfico em diversas maneiras.voltar ao menu anterior (modificação de matriz) Quando a tela de transformações é acionada. Ao escolher esta opção. e que utiliza os códigos de comando de “Epson” (por ex. a única transformação disponível é de transformar a matriz para uma matriz de dados quantitativos. permitindo um alto grau de flexibilidade na aplicação das transformações. Em programas que mostram gráficos de dispersão (PARAMS. também. e oferecer uma série de opções. etc. Como não tenho acesso a muitos tipos de impressora. FITOPAC não tem facilidades para combinação de variáveis ou cálculo de fórmulas (Se você precisa. você pode alterar o tamanho. onde o símbolo usado. 27 . ou aplicar diferentes transformações em diferentes grupos de variáveis ou em variáveis individuais. No caso de arquivos de dados binários. Repare que precisa acionar este comando para realizar as transformações ! CONTINUE . não será possível usar este método de imprimir gráficos.Utilizando FITOPAC TRANSFORME . pode usar uma planilha e depois importar os dados). e que são iguais para todos os pontos e 2) símbolos variáveis. Note que a matriz resultante precisa obedecer os limites para número de colunas para uma matriz quantitativo. e com papel. Esta última opção permite a produção de gráficos mais sofisticados. No caso de ter problemas com esta facilidade.

Em geral. mas neste caso muda a cor do símbolo.....15. o programa vai truncar o valor e tratar a parte inteira do número como um número inteiro . SIMBOLOS . 2.10..o.. o programa dará uma mensagem de erro e não vai aceitar o uso do arquivo escolhido.veja abaixo). O arquivo pode conter 1 ou mais variáveis que contem informações suplementares ou complementares aos dados usados para produzir o gráfico. escolhidos utilizando o comando anterior.por exemplo uma variável que representa o grupo ao qual o ponto pertence após uma análise de agrupamento (um arquivo deste tipo pode ser produzido no programa “CLUSTER”).11. 8. é possível diferenciar até 56 grupos diferentes antes de começar a repetir as combinações de símbolo e cor. No caso de ter grupos numerosos.e.22.. 3.. 6. normalmente deve utilizar uma variável que contem somente números inteiros. Os símbolos usados são aplicados na ordem .¡. os símbolos e depois voltar e escolher uma outra variável para controlar a cor ou tamanho dos símbolos. Repare. mas neste caso com 8 cores disponíveis..9.escolhe um arquivo “FPM” que contem dados que você deseja representar no diagrama de dispersão atualmente ativo. cores diferentes ou qualquer combinação dos três.13. As diferentes variáveis podem. Quando chega em grupo 8.. a repetição dos símbolos ou cores pode resultar em confusão pois o mesmo símbolo ou cor seriam utilizados em mais que um grupo. você pode aplicar símbolos e cores ao mesmo tempo. 4....13.16. portem. que as 28 .. mas com outra cor.11.. 5.i. deve ter uma linha para cada ponto. Este tipo de gráfico é particularmente útil em ordenação quando se deseja comparar os resultados de uma ordenação com os resultados de uma análise de agrupamento..escolhe uma variável do arquivo que será representada no gráfico na forma de símbolos diferentes.14. 4. inclusive. 5.. as cores são aplicadas de uma maneira cíclica. e. VARIAVEL . utilizá-la para modificar por ex. de uma maneira semelhante aos símbolos. 3.17.15.10.FITOPAC 1 ARQUIVO .. Para evitar esta situação. esta opção deve ser utilizado com variáveis que representam valores inteiros . dando a seguinte seqüência :- símbolo ¡ o ∆ ∇ u + × grupos 1. É disponível somente com adaptadores de vídeo do tipo EGA ou VGA......∆.21.24. Assim.99 vira 10...20. de tal maneira que grupo no...19. o ciclo começa a repetir.8.+..23. não recomendo o uso de variáveis continuas aqui (tamanho de símbolo é mais apropriado ... A alocação das cores segue a seguinte padrão :- cor azul claro verde claro ciano claro vermelho claro magenta clara amarelo branco marrom grupos 1. mas de vez em quando pode ser útil...12.esta opção tem um efeito semelhante ao anterior.12. 7.e.19.. Normalmente..20.× -i..∇.. 2. grupo 2 por “o“.por ex.14..9. CORES . Se você aplica uma variável continua.u.. vir de diferentes arquivos. 7.32 vira 4 e 10.18..17. 4.18. 8 vai repetir o mesmo símbolo usado para grupo 1..16. Caso contrário..utilize símbolos diferentes para os pontos de acordo com o valor na variável escolhida no comando anterior. grupo 1 será representado pelo símbolo “¡“... Repare que o número de linhas neste arquivo deve ser idêntico ao número de pontos no gráfico .21. De novo.. Você pode escolher uma variável. 6. etc.. Variáveis contínuas são tratadas da mesma maneira.

embora o número de espécies aceitável para um dado levantamento é limitado (no momento. fica difícil distinguir várias parcelas com a mesma numeração nas listagens. FITOPAC pode ser utilizado para levantamentos de vários tamanhos. e não recomendo que você tenta mostrar tantas informações no mesmo gráfico. colocar um disquete vazio no seu lugar. esta versatilidade pode ser útil. etc. Em geral. caso precisa fazer um resumo da área inteira. pode responder B:SAOJOSE para o arquivo de entrada e A:SAOJOSE para o arquivo de saida. precisam ser feitas somente uma vez. onde a letra indica o levantamento individual e o número a parcela ou ponto dentro do levantamento. as cores representam os grupos obtidos com uma segunda análise de agrupamento (por ex. mais é provável que este limite ficará para outros tipos de análise.Utilizando FITOPAC cores serão perdidas quando a tela é impressa utilizando Ctrl-P. pode utilizar símbolos. calcular parâmetros para cada bloco. qualquer mudanças em identificações. seria possível produzir um gráfico de dispersão onde os dois eixos representam os primeiros dois componentes. vindo de três arquivos diferentes. 3) O limite em número de parcelas (atualmente 400) deve ser suficiente para a maioria dos casos.Este comando permite escolha de símbolo. Como um arquivo de nomes pode conter até 1000 espécies. TAMANHO . não recomendo gráficos complexos deste tipo porque sua interpretação é muito difícil. pelo menos no cálculo de parâmetros fitossociológicos. cor e tamanho e aplica uma combinação fixa para todos os pontos. embora o uso de disquetes que alta densidade permitem levantamentos mais extensos (mas a leitura é l-e-n-t-o !). com diversas amostras com composições semelhantes. algumas “dicas” ajudam :1) Quando você vai ter uma série de levantamentos dentro de uma mesma área. sugere-se que seja dada uma numeração do tipo A1. Desta maneira. e depois juntar os dados dos blocos a mão. Esta opção é melhor para variáveis contínuas. 4) Levantamentos grandes praticamente exigem o uso de um disco rígido (o limite para um disquete flexível de 360 Kb é algo em torno de 7 . Desta maneira. Se tiver mais. Pode ser utilizada para mudar o padrão pré-fixada do programa. é mais facil criar um único arquivo de nomes para todos os levantamentos da área. e mandar todos os arquivos de resultados para este disquete.este comando utiliza a variável escolhida para determinar o tamanho do símbolo do ponto correspondente. B2. Na prática. às vezes. um único arquivo de nomes pode servir para uma ampla série de levantamentos. FIXO . ou para restaurar o padrão normal depois de aplicar uma das opções anteriores. Quando se aplica este comando. e o sistema de numeração das espécies e famílias é uniforme. Se você normalmente usa drive A: para o programa. permitindo combinar arquivos sem problemas. A2. Embora os programas não utilizam diretamente a numeração das parcelas ou pontos que você indica. Portanto.8000 indivíduos). Você pode utilizar estes comandos para produzir gráficos relativamente complexos. você pode tirar o disquete do programa. Se você precisa usar um micro que só tem discos flexíveis com um levantamento onde o arquivo de dados não deixa espaço para resultados. No caso de levantamentos mais extensas ou mais complexas. porém. 2) Pode criar arquivos de dados separados para cada levantamento e depois combiná-los. com três variáveis diferentes. cores e tamanhos simultaneamente. será necessário quebrar os dados em blocos de 400 ou menos parcelas. gráficos com muitos grupos logo ficam muito confusos. Neste caso. e deve ser adequado para a maioria de estudos práticos. é melhor não especificar os arquivos na linha de comando . 1000 espécies para PARAMS e 250 espécies para programas que usam uma matriz de parceles x espécies). embora também pode ser usada com variáveis inteiras. dentro de uma ordenação utilizando PCA. após ter carregado o programa. desde que você não exagera ! Levantamentos grandes.. ligação completa) e o tamanho dos símbolos representa os escores dos indivíduos no terceiro eixo. o programa divide a variável em 10 faixas iguais e utiliza um tamanho de símbolo diferente para cada faixa. mas.. Por ex. 29 .bate somente o nome do programa e espera o programa perguntar o nome dos arquivos de entrada e saida. 1. desde que eles utilizam o mesmo arquivo de nomes e a mesma numeração das espécies. B1. Pretende-se tentar ampliar os limites para permitir o uso de levantamentos maiores. os símbolos representam os grupos obtidos com uma análise de agrupamento (por ex. caso você não gosta deste. devido às limitações de memória em computadores tipo IBM-PC. e difíceis de interpretar. etc. média de grupo). ou algo semelhante. e aceitam tranqüilamente duas ou mais parcelas ou pontos no.

Normalmente não deve ocorrer se você tem 640 Kbytes de RAM .A rota ("path") não existe ou por algun motivo não é valida. Este contato é importante porque me avisa que existem problemas dentro do programa e que preciso tomar medidas para corrigí-las. você pode contribuir para melhorar os programas ou pelo menos avisar outros que o problema existe.Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais. Possíveis causas são sujeira no cabeçote do drive ou algum problema mecânica ou eletrônica no drive ou placa controladora. indicando o erro com uma mensagem dentro de uma janela de erro. as mensagens de erro são descritas dentro de cada capítulo descrevendo o programa sendo usado. N Erros com arquivos Arquivo não foi encontrado .Ocorreu algum problema de “hardware” i. Pode ocorrer se usar o nome de um arquivo protegido ("read only") ou quando o diretório está cheio (provável somente em disquetes de 360 KB).. Favor avisar autor ! Acesso ao arquivo negado . mas para opções comuns a diversos programas são descritas aqui.O programa não obteve autorização do DOS para escrever neste arquivo. ou disco danificado.. Erro de procura no disco .e com a parte física do computador. Drive nao esta pronto . Em muitos casos. Setor não encontrado . Verifique que o nome e diretório estão corretos. Numero de arquivos abertos excessivo .e com a parte física do computador. Uma copia da tela com a mensagem.i. uma cópia dos dados sendo analisados ajudarão a encontrar o problema. os programas tentam detectar diversos tipos de erros nos dados e nas respostas fornecidas pelo usuário.Não tem papel na impressora. Verifique a rota. Consulte manual de DOS. Desta maneira.Geralmente indica que o disco está cheio.O programa tentou escrever para um disquete com selo de proteção ("write protected"). o símbolo N indica um erro fatal. Terminando execução. Este erro ocorre quando não tem memória RAM suficiente para a análise desejada. mas alguns erros são mais sérios e podem parar a execução.O programa não conseguiu localizar alguns dados dentro do arquivo sendo lido. Se necessário. Impressora sem papel . Nas descrições seguintes. Quando ocorre este tipo de erro. Veja manual de DOS.Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais. Favor avisar autor ! Nome do arquivo nao foi “assigned” . junto com uma descrição da análise sendo feita e. os erros são interceptados pelo programa e não são “fatais” . o programa vai parar pois não é possível guarantir a continuação da análise sem corrupção da memória RAM. Este erro é causado por problemas físicas de leitura . Erros gerais Memória insuficiente . se possível. o programa também oferece uma série de opções. especificando como o erro deve ser corrigido.Ocorreu algum problema de “hardware” i. ou que ocorreu algum outro problema quando o programa tentou gravar um arquivo.O programa não conseguiu localizar o arquivo indicado. 30 .protegido ou diretório cheio ? . Erro de leitura de “hardware” . Disquete protegido .não é um erro do programa em si.e não param o programa. quando apropriado. Codigo de acesso invalido .Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais. Favor avisar autor ! Erro de leitura (Erro de CRC) no disco . 4 pode criar problemas pois utiliza mais memória do que as versões anteriores ou posteriores. Na maioria dos casos. Neste manual. Coloque um disquete ou feche a porta e mande gravar de novo. Alguns destes erros podem ser resultado de algum erro interno do programa e neste caso devem dar uma mensagem avisando que você deve entrar em contato com o autor do programa.Problema de formatação do disco.FITOPAC 1 Mensagens de Erro Em geral. mas o uso de MS-DOS v. Rota invalida . (na leitura do disco) Falha de “hardware” . Retire o selo de proteção e mande gravar de novo. utilize a tecla F3 para mostrar o conteudo do diretório. Também causado por problemas no drive ou com a gravação do arquivo sendo lido.Indica um erro que ocorreu quando o programa tentou ler um arquivo no disco.Não tem disquete ou a porta do drive está aberta. Erro de gravação no disco .

Embora o programa deve detectar a maioria dos possíveis erros com transformações. variáveis onde o máximo é igual ao mínimo são duvidosas. você deve verificar seus dados com cuidado para ter certeza que as transformações que pretende aplicar são válidas e que podem ser aplicadas ao tipo de dados contido na sua matriz. As mensagens de erro começam com uma tela indicando as variáveis onde um possível erro foi detectado. opções para abandonar a transformação ou repor valores problemáticos com “dados faltando”.produz um erro valor 0 L valor -vo L * L * L * L xmin = xmax outros L * L * L ? L L soma = 0 dp = 0 max = 0 todos faltando * ? . e o tipo de erro detectado pelo programa :- 31 . não é permitido calcular raiz quadrado ou logaritmo de números negativos.Utilizando FITOPAC Outros erros comuns filtros manipulando matrizes planilha transformações Diversos tipos de erros são possíveis durante o processo de transformação. então. Em geral. Geralmente oferece. o módulo de transformações tenta detectar erros potenciais antes de aplicar a transformação e emita uma mensagem de erro se encontrar algum problema. possivelmente indicando que houve algum erro. Os tipos de erros detectados são resumidos na tabela abaixo : transformação reciproco quadrado raiz quadrado raiz quadrado + constante logaritmo natural logaritmo natural + constante logaritmo comum logaritmo comum + constante arcoseno subtrair um constante multiplicar por um constante estandardizar centrar proporção "ranging" dividir pelo desvio padrão dividir pelo valor máximo subtrair o valor mínimo centragem duplo repor valor faltando com media converter em presencia/ausência L . Por exemplo. ou podem ser eliminadas.interpretação duvidosa * .depende do constante Em geral. pois na realidade não são variáveis e não acrescentam informações.

Os programas normalmente não oferecem esta opção nestes casos. então todas as observações para aquela variável teriam que ser descartadas.0 . A . indica que não há variação nos valores desta variável. você deve usar log + constante e não log simples.escolher uma nova transformaçao C .FITOPAC 1 logaritmo natural : Possiveis erros na transformaçao ? pHCaCl-0 : valor de zero ou negativo encontrado M.substituir erros com “valor faltando” B .. -0 : valor de zero ou negativo encontrado Mg -0 : valor de zero ou negativo encontrado Após a listagem das variáveis problemáticas.. valor de zero ou negativo encontrado .para transformações onde nenhum destes valores é permitido (por ex. dividir por desvio padrão). valor de zero encontrado .com estandardização ou divisão pelo desvio padrão. máximo = 0. soma = 0. Esta opção não está disponível em algumas circunstâncias .o valor máximo é igual ao mínimo nesta variável.volta à tela anterior (geralmente a de modificação de matriz).a soma dos dados nesta variável é zero (com proporção). Isso pode acontecer em casos onde você está mascarando diversos linhas de uma coluna que tem muitos dados faltando e se. logaritmo). ESCOLHER UMA NOVA TRANSFORMAÇÃO . TRANSFORMAR VARIAVEIS SEM ERROS .voltar ao programa principal Estas opções tem os seguintes efeitos :SUBSTITUIR ERROS COM “VALOR FALTANDO” . se o desvio padrão para uma variável for 0.0 .por exemplo com uma matriz contendo zeros.coloca valor faltando em cada célula da matriz onde a condição de erro for encontrado (dentro das colunas/linhas selecionadas).não há variação . por acaso. raiz quadrado). Pode ser resultado de algum erro ou um efeito de mascarar as únicas observações que tinham valores diferentes.a transformação necessita de dois ou mais valores válidos (por ex. as linhas mascaradas são justamente aquelas com dados válidos.transformar somente aquelas variáveis onde não foram encontrados erros.por ex.O.volta à tela de transformações para poder optar para uma nova transformação.a variável contem um zero e para a transformação atual isso não é permitido (por ex.0 . menos que 2 dados válidos . deixando as variáveis com erros não transformados. Geralmente ocorre porque foram mascaradas os poucos dados válidos dentro de uma variável com muitos dados faltando. Os principais tipos de erro detectados são os seguintes :nenhum dado válido . desvio padrão = 0. se você quer examinar ou corrigir a matriz com a planilha).transformar somente variaveis sem erros D . abandonando as transformações por enquanto (por ex.com divisão pela máxima indica que o valor máxima encontrado nesta variável é igual a zero e não pode ser usada para divisão. o que não é permitido para a transformação atual (por ex. max. Pode ser resultado de algum erro ou um efeito de mascarar as únicas observações que tinham valores diferentes. Útil quando você errou na transformação que queria usar .a variável contem um valor negativo. aparece um menu oferecendo opções disponíveis para contornar os erros ou abandonar as transformações :Açao desejada?. 32 . com recíproco). VOLTAR AO PROGRAMA PRINCIPAL . . valor negativo encontrado . = min.o variável contem somente “valor faltando”.

Esta cautela deve ser aumentada mais ainda quando tem muitos dados faltando na matriz. e onde os componentes restantes tem valores muito diferentes daqueles que foram mascarados. sj o desvio padrão da coluna j. X j é a média da coluna j. Notas Técnicas transformações As transformações utilizadas no módulo de manipulação de matrizes podem ser representadas da seguinte maneira (onde Xij é o valor na matriz original para linha i e coluna j. ∑ X é a soma dos valores na coluna j.C multiplicar por um constante Yij = Xij * C Xij estandardizar Yij = raiz quadrado + constante Yij = Xij + C centrar X −X s ij j j logaritmo natural Yij = ln(xij) logaritmo natural + constante Yij = ln(Xij + C) logaritmo comum Yij = log(Xij) Yij = proporção Yij = X −X ij j X ∑X ij "ranging" logaritmo comum + constante Yij = log(Xij + C) Yij = X −X X −X ij max min min 33 . é importante usar as facilidades para mascarar linhas ou colunas com bastante cuidado quando você pretende transformar uma matriz. No caso de transformação de uma matriz binária em matriz de números reais.Utilizando FITOPAC Em geral. A única saída é de eliminar as colunas que excedem o limite ou criar mais que uma matriz. Portanto. Yij o valor produzido pela transformação. Xmax o valor máximo da coluna j. a única mensagem de erro é :Número excessivo de [colunas] .A matriz binária tem um número de colunas maior que o limite permitida para matrizes de dados contínuos (que são armazenadas como números reais). Conversão não é possível. Xmin o valor mínimo da coluna j e C é um constante especificado pelo usuário) :recíproco Yij = arcoseno 1 Xij Yij = arcsen ( X ) ∑X ij quadrado 2 Yij = Xij raiz quadrado Yij = subtrair um constante Yij = Xij . . a causa mais comum de problemas é a aplicação de transformações em variáveis onde diversos componentes foram mascaradas.

o programa pede o valor máximo que deve ser usado para “ausência”. “ranging”.Xmin centragem duplo Yij = Xij − X j − Xi + X . 34 . e qualquer célula da matriz que contém um valor igual ou menor será tratada como “ausente” (0). Para as transformações restantes. onde X é a média geral para todos os valores da matriz No caso de transformações por linha. este constante pode ser deixado como 0. mas em alguns casos você pode querer usar outro valor. Ao escolher esta opção. permitindo que casos com valores faltando podem ser utilizados em análises que normalmente não permitem. converter em presencia/ausência Esta transformação permite transformar uma matriz de valores reais (variáveis contínuas) em matriz binário. para as transformações arcseno. a direção não altera o resultado. dividir pelo máximo e repor valor faltando com média. as mesmas definições podem ser usadas. de acordo com as necessidades da análise que pretende usar. estandardizar.FITOPAC 1 dividir pelo desvio padrão Yij = repor valor faltando com media Nesta transformação. proporção. dividir por desvio padrão. substituindo linha por coluna em cada. X s ij j dividir pelo valor máximo Yij = X X ij max subtrair o valor minimo Yij = Xij . centrar. todos os casos de “valor faltando” são substituídos pelo valor da média da coluna. Normalmente.

35 . Amsterdam. L. 1983. & Legendre. Oxford. Numerical Ecology. Elsevier. 1983. Quantitative Plant Ecology. P. Legendre. Blackwell. P.Utilizando FITOPAC Bibliografia Grieg-Smith.

PREPARE é capaz de ler e transformar dados para os seguintes tipos de levantamento :• Levantamentos usando parcelas (quadrat survey) • Levantamentos usando quadrantes (point-centered quadrants) Para uma descrição destes métodos. Desta maneira.NMS e SAOJOSE. Antes de usar este programa.DAD contendo os nomes e dados numéricos respetivamente. descrevendo os indivíduos encontrados durante o levantamento.FPD será criado automaticamente. é especialmente importante que você lê com atenção a seção sobre “detecção de erros e mensagens de erro”. Tentei introduzir testes para detectar os erros mais comuns. O arquivo de saída produzido pelo programa pode ser um arquivo “. Como exemplo. é necessário bater somente PREPARE <NOME> e o programa vai buscar e criar os arquivos necessários automaticamente . pode bater PREPARE SAOJOSE. No momento. se você criou SAOJOSE. É importante notar que PREPARE cria dois arquivos temporários enquanto está processando os dados.NMS” no diretório . você normalmente precisa especificar três arquivos. Estes arquivos (que tem a extensão “TMP") normalmente são removidos pelo próprio programa no fim de processamento e não são “visíveis” para o usuário. “dBASE” ou “123”. consulte Grieg-Smith(19??).FPD” do FITOPAC que serve como entrada para programas como “PARAMS” e “CRIAMAT” ou um arquivo ASCII contendo informações que podem ser lidos por outros programas como “SYSTAT”.por ex.PREPARE <NOMES> <DADOS> <SAIDA>. Se você utiliza o conjunto padrão para os nomes dos arquivos. Caso você queira utilizar nomes diferentes para cada arquivo. Normalmente. geralmente com a extensão “NMS” e 2) os dados numéricos. portanto. Introdução Este programa é a “porta de entrada” para a maioria dos usuários do FITOPAC. Além de converter o formato dos dados. este programa é essencial para preparar os dados de um levantamento para serem analisados com FITOPAC. Existe também a opção de produzir um arquivo “ASCII” que pode ser lido por outros programas ou pacotes como “SYSTAT” ou “Lotus 123”. não há necessidade de seguir um formato especial para entrada dos dados. existem muitas possibilidades para erros nos arquivos de dados crus. colocando a rota para cada arquivo antes do nome se estiveram em diretórios diferentes. e especificando a extensão se não utilizou as extensões normais. Permite ler um arquivo de dados crus que essencialmente seguem o formato usado para coletar os dados no campo e transforma este arquivo no formato mais ordenado e padronizado utilizado para os outros programas do pacote. Arquivos necessários Para utilizar este programa. Embora a função do programa seja muito simples. e é provável que você encontra diversos tipos de mensagens de erro durante o uso deste programa.. pode especificá-los na seguinte seqüência :. o programa também verifica certos aspectos dos dados. facilitando um pouco a tarefa e minimizando os erros que normalmente resultam quando é necessário bater os dados num formato diferente daquele utilizado no campo.PROGRAMA PREPARE Função O programa “PREPARE” tem a função de ler os dados para levantamentos utilizando arquivos preparados pelo usuário e converter estes dados no formato padrão usado pelos outros programas do FITOPAC (formato FPD). Brower & Zar(19??) e Krebs(19??). tentando detectar possíveis erros. mas é essencial que exista espaço suficiente no disco para gravar estes arquivos além do arquivo “FPD” final. mas é evidente que não é possível detectar todos os possíveis tipos de erros. para entender os tipos de erro que o programa pode encontrar. e o arquivo SAOJOSE. geralmente com a extensão “DAD”. “PREPARE” utiliza como entrada dois arquivos ASCII contendo 1) os nomes das famílias e espécies encontrados no levantamento. A estrutura e preparação destes arquivos é descrito no capítulo “Preparando dados para FITOPAC”. e as maneiras de corrigir os erros detectados. se você quer usar um arquivo de nomes “MATAS. 2 de entrada e um de saída.

completa as informações complementares que os programas de FITOPAC necessitam.DAT” no diretório C:\DADOS\ e gravar os resultados no arquivo “G2.versão 1 D:\NOMES\. somente depois de ler um arquivo de nomes e os itens com ***. Ao escolher esta opção. você pode especificar esta combinação na seguinte maneira :PREPARE D:\NOMES\MATAS C:\DADOS\GENEBRA C:\XYZ\G2 Repare que a ordem dos arquivos é importante ! Se não quiser especificar os arquivos na linha de comando. ***fitopac e ***ascii. e que acompanham os dados durante as análises posteriores. somente após a leitura de um arquivo de dados numéricos. Segue a explicação de cada opção :TIPO . você pode usar os comandos normais para mudar arquivos e rotas dentro do programa.NMS Arquivo de dados : GENEBRA. As informações são fornecidas preenchendo duas telas de perguntas. mas. No . Veja a seção “Preparando dados para FITOPAC” para uma discussão mais completa destes parâmetros.) são essenciais se você não utilizou o padrão preestabelecido por PREPARE (perímetro em centímetros. de indivíduo presente. ***verificar.Parcelas Q . sendo impressos com as listagens produzidas por diversos programas. no. os itens marcados com **. etc. F5 Gravar config. sem qualquer nome de arquivo. centímetros/metros.selecione o tipo de levantamento a ser processado. é melhor completar estas perguntas pois facilitam a identificação dos arquivos posteriormente. Utilização Tela principal :- Arquivos Rotas Tipo Cabeçalho Nomes Dados Verificar Fitopac ascIi Sair Escolher tipo de levantamento -------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo de nomes : GENEBRA. cabeçalho. F3 Selecionar.FPD” no diretório C:\XYZ\. F10 Sair As opções oferecidas no menu principal são tipo. o arquivo de dados “GENEBRA. *nomes. Os campos descrevendo os parâmetros usados (perímetro/diâmetro. altura presente e coordenados X e Y ausentes). Os itens marcados * estão disponíveis somente depois de completar os dados do cabeçalho.DAD Arquivo saida : GENEBRA.Quadrantes CABEÇALHO . **dados.FITOPAC . Os dados geográficos na primeira tela não são estritamente necessários. em geral. aparecerá um menu mostrando os tipos disponíveis Tipo de levantamento ? P . e neste caso precisa bater somente PREPARE.FPD Rotas Rota para nomes : C:\FITOPAC\ Rota para dados : C:\FITOPAC\ Rota para saida : C:\FITOPAC\ Tipo de amostragem : parcela -------------------------------------------------------------------F1 Ajuda. F4 Impressora.

Este título será impresso nas listagens de todas as análises posteriores. os campos de comprimento e largura de parcela são obrigatórios. Responsavel : Bate os nomes dos responsávies para o levantamento. Também é impresso nas listagens.programa PREPARE caso de levantamentos por parcelas. Latitude : 0 ° 0 ' 0 “ Sul Longitude : 0 ° 0 ' 0 “ Oeste Coordenados geográficos para este levantamento Altitude : 0. Pode ter até 160 caractéres. Local : Local onde se localizou o levantamento. Municipio : Município onde se localizou o levantamento. Até 160 caracteres. Estado : Sigla do estado onde se localizou o levantamento. As telas que aparecem com a escolha desta opção são as seguintes :Dados do Levantamento Titulo : Bate um título descritivo para este levantamento.0 Altitude em m da área estudada 3 . e o programa não deixa você proceder sem estas informações (são essenciais para os cálculos dos parâmetros fitossociológicos).

Repare que você pode utilizar o mesmo arquivo de nomes com diversos arquivos de dados. Esta opção carrega um arquivo de nomes e tenta interceptar certos tipos de erros comuns (veja a seção “Detecção de erros e mensagens de erro” para uma descrição dos erros que podem ser detectados). Não pode misturar os dois no mesmo arquivo ! Diametro/Perimetro minimo : 0. nas mesmas unidades utilizadas na medição.e. Esta opção fica disponível somente após a leitura de um arquivo de nomes i. Usou Perimetro ou Diametro : Perimetro Indique se você mediu perímetro ou diâmetro dos indivíduos. No.00 Largura das parcelas : 0. Coordenados XY presentes : Nao "Sim” se você está incluindo coordenados X e Y para cada indivíduo NOMES . Esta informação é essencial para levantamentos com parcelas. de individuo presente : Sim "Sim” se você está incluindo um número para cada indivíduo. No final da leitura de dados aparece a seguinte tela :- * É necessário ler o arquivo de nomes primeiro porque o programa tenta verificar se os números de espécie nos dados numêricos estão consistentes com a lista de nomes.versão 1 Outras Informaçoes Comprimento das parcelas : 0.00 Indique o perímetro/diâmetro mínimo para este levantamento.o programa armazena os nomes até que você manda ler um outro arquivo de nomes. Veja a seção “Detecção de erros e mensagens de erro” para uma descrição dos erros que podem ser detectados.FITOPAC . Os dados são lidos linha por linha e armazenados num arquivo temporário no disco antes de serem gravados no formato final com os comandos “fitopac” e “ascii”. Não pode misturar os dois no mesmo arquivo ! Perimetro/Diametro em Centimetros ou Metros : Centimetro Indique se mediu perímetro/diâmetro em centímetros ou metros. Não é necessário ler o arquivo de nomes de novo para cada arquivo de dados . você precisa usar o comando “nomes” antes de “dados"*.00 Comprimento e largura das parcelas em levantamentos que utilizaram parcelas. Mediu altura : Sim "Sim” se você mediu altura dos indivíduos.ler um arquivo de dados com intercepção de certos tipos de erros. DADOS .ler e verificar o arquivo de nomes. .

O número de espécies e famílias também deve ser observado com cuidado.437 68.00 Os valores que o programa sugere inicialmente são a média ± 3 x desvio padrão para cada parâmetro. distância. Por exemplo.00 202. é normal que os arquivos de dados não contém indivíduos pertencentes a todas as espécies ou famílias no arquivo de nomes.050 30. Permite estabelecer limites para diâmetro/perímetro.788 Esta tela é muito importante e deve ser lida com cuidado pois oferece uma oportunidade para descobrir eventuais erros que o programa não foi capaz de detectar. pontos 160 no. e oferece a oportunidade de corrigir o valor “estranho” ou deixar como está. Quando você seleciona esta opção. pode alterar estes limites. Por exemplo.000 maximo 9.847 16. VERIFICAR . aparece uma tela onde você pode especificar os valores para máximo e mínimo para cada parâmetro :Limites para Verificaçao dos dados minimo maximo diametro 0 altura 0. Repare que o número de espécies e famílias apresentado se refere ao número presente no arquivo de dados e não no arquivo de nomes. você pode ter um único arquivo de nomes que você utiliza com diversos arquivos de dados e neste caso. com um mínimo absoluto de 0.Com este comando você pode verificar os dados antes de grava-los no arquivo final. Este processo pode ser facilitado pelo comando “verificar”. no caso de levantamentos por quadrantes. Repare que o uso de limites muito “estreitas” vai produzir uma quantidade grande de “alarmes falsos” mas é praticamente garantido que vai mostrar qualquer 5 . Da mesma maneira.000 3. Qualquer indivíduo que não se encaixa nestes limites é assinalada e o programa dará uma mensagem que existe um valor “suspeito” para este indivíduo.0. um valor de diâmetro mínimo abaixo do menor diâmetro que você utilizou no seu levantamento sugere que houve um erro na entrada dos dados e que você deve verificar todos os dados. altura e. mas se quiser.DAD “Levantamento de Mata Atlantica" no. caso seja correto.73 40. familias minimo distancia diametro altura 0.000 35.000 medio 3.700 332. especies 640 123 42 no.82 distancia 0. uma altura máxima de 60 m para um levantamento de cerrado seria um tanto suspeito. descrito abaixo.72 8.programa PREPARE arquivo : UBATUBA. individuos no. Valores que ficam fora desta faixa são atípicos e devem ser conferidos com cuidado. colocando os valores que achar mais apropriados.

FITOPAC - versão 1

valor suspeito. Por outro lado, o uso de limites muito “amplos” vai produzir poucos “alarmes falsos”, mas vai detectar somente valores muito extremos. É difícil dar uma recomendação geral pois os limites mais eficientes dependem do levantamento e o padrão de variação dos indivíduos, e o usuário terá que descobrir os valores mais apropriados por um processo de tentativa e erro. FITOPAC - Gravar o arquivo de dados no formato FITOPAC - FPD. Este é o formato usado pelos outros programas do FITOPAC e é a opção normal. Repare que os dados não são gravados automaticamente - você precisa mandar grava-los ! ASCII - Gravar o arquivo de dados no formato ASCII, permitindo que serve como entrada para outros programas que aceitam este formato (por ex. SYSTAT, Lotus 123). Os dados numéricos são gravados normalmente, e os nomes das espécies, famílias e amostras podem ser acrescentados para cada indivíduo. Ao escolher esta opção, aparece uma tela que permite “ligar” ou “desligar” a gravação dos nomes e determinar o número de caracteres que aparecem em cada nome. Este último dado é necessário pois alguns programas não aceitam nomes longos (por ex. SYSTAT aceita no máximo 12 caracteres) - o normal para FITOPAC é 35 caracteres. A tela tem o seguinte formato :-

Gravar nomes em arquivo ASCII ?

Nomes de especies Nomes de familias

Sim Quer gravar o nome de espécie para cada indivíduo ? Sim Quer gravar o nome de família para cada indivíduo ? Sim Quer gravar o nome da amostra (parcela ou ponto) para cada indivíduo ? 35 Indique o comprimento dos nomes em número de caracteres

Nomes de amostras

Quantos caracteres :

Exemplos dos diferentes formatos de arquivo que podem ser gravados com esta opção são mostrados na fig. ??.

Detecção de erros e mensagens de erro
A fase de entrada de dados é a mais difícil em termos de introdução de erros, e como os resultados de todas as análises posteriores dependem da qualidade e accuracia dos dados crus, vale a pena fazer um esforço grande para evitar possíveis problemas nesta fase. Mesmo que os dados sejam digitados com muito cuidado e verificados posteriormente, é surpreendentemente fácil introduzir erros na digitação. Coisas simples como esquecer de deixar um espaço entre dois números ou pular um dos valores na linha podem ter conseqüências graves porque o programa vai tentar ler os valores errados deste ponto em diante. Tentei, portanto, introduzir uma série de testes e verificações dos dados que ajudam detectar problemas no arquivo de dados. Para começar, o programa lê o arquivo como linhas de texto que são interpretadas internamente, e aplica uma série de testes nos dados obtidos. Dessa maneira, problemas que ocorrem em uma linha não “contaminam” o resto do arquivo, e, caso seja necessário, uma dada linha pode ser descartada sem prejudicar a leitura do resto do arquivo. Normalmente o programa da uma mensagem de erro quando ocorre alguma linha no arquivo que não pode ser interpretada ou que apresenta valores inconsistentes, e, em seguida, oferece algumas opções permitindo consertar o erro, reeditando a linha do arquivo ou abandonar o arquivo, caso o problema seja muito grave. Embora tentei detectar uma proporção razoável dos erros comuns, é essencial notar que não é possível detectar todos os possíveis erros ! Se você bate “3.4” em vez de “4.3” para uma distância, por exemplo, é praticamente impossível detectar este tipo de erro, e a única maneira de encontrá-lo é uma revisão minuciosa do arquivo de dados, antes de usar FITOPAC. Portanto, não confie que “PREPARE” vai encontrar todos os erros no seu arquivo.

programa PREPARE

Segue agora uma descrição dos tipos de erros que o programa é capaz de detectar :Arquivo de nomes Nomes de famílias - o programa verifica a presença de • nomes duplicados - o mesmo nome usado com dois números de família • número de família fora dos limites de FITOPAC • número de família faltando Nomes de espécies - o programa detecta • nomes duplicados - mesmo nome para duas espécies • número de família incompatível com a lista de famílias • número de família que não tem nome associado • número de espécie fora dos limites de FITOPAC • número de espécie ou família faltando • número de espécie já utilizado para outra espécie Dados numéricos - o programa detecta • caracteres “ilegais” na linha (letras ou símbolos) • espaço ou valor faltando na linha (i.e. o número de “itens” na linha está errado) • números decimais onde deve ter um número inteiro • números que não podem ser interpretados • número de espécie fora dos limites do FITOPAC • número de espécie não presente na lista de espécies Quando um erro é detectado, o programa para o processamento do arquivo e apresenta uma mensagem de erro, mostrando também a linha onde o erro ocorreu e alguma explicação do tipo de erro encontrado como mostra o seguinte exemplo onde esqueceu-se de colocar um espaço depois do número da família “Abobraceae” no arquivo de nomes :? ERRO ? arquivo : ERROS.NMS *** linha 8

9Abobraceae ——^

Nao foi possivel interpretar o numero da familia

Qualquer tecla..

Depois de apertar uma tecla, aparece um menu para determinar qual a ação que o usuário deseja tomar :Açao desejada ? E - Editar linha P - Pular linha T - Terminar processamento deste arquivo

Se escolher “Editar linha”, você pode utilizar as teclas normais de edição para alterar a linha (neste caso inserindo um espaço depois do número da família) e continuar o processamento. Esta seria a opção normal. Repare que esta

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FITOPAC - versão 1

opção NÃO corrige o arquivo original contendo os dados crus - este continua como estava, e se você quer corrigi-lo, terá que usar o editor de texto para alterá-lo. A opção “Pular linha” simplesmente ignora esta linha do arquivo e continua processando a próxima. Esta opção é útil se por acaso entrou alguma linha contendo “lixo” que não deveria estar presente, ou se você quer procurar outros erros antes de alterar o arquivo de dados. A opção “Terminar processamento” abandona o arquivo e volta ao menu principal, e pode ser usado onde houve algum erro mais grave (arquivo errado, tipo de levantamento errado, etc.). Em alguns casos pode haver mais opções - por ex. acrescentar uma espécie quando um número de espécie não declarada é encontrado. As principais mensagens de erro são as seguintes :Arquivo de nomes Nao foi possivel interpretar o numero da familia O número da família está faltando ou você esqueceu de bater um espaço depois do número (mais comum) ou tem algum caractere “ilegal” no meio do número. Este no. de familia nao existe na lista de familias O número de família dado para uma espécie não foi declarado na lista de famílias. Este numero ja esta sendo usado para a familia .............. O número de família encontrado nesta linha já foi utilizado para algum outro nome de família anteriormente. Não pode usar o mesmo número para duas famílias diferentes. Numero de familia invalido ....minimo = 1 e maximo = X Se ocorrer enquanto está lendo os nomes das famílias, é porque o número da família é muito grande ou menor que 1. Pode também ocorrer enquanto o programa está lendo os nomes das espécies e neste caso o máximo corresponde ao maior número na lista de famílias. No. de especie invalido ....minimo = 1 e maximo = X O número de espécie está fora dos limites aceitáveis pelo FITOPAC - deve ser maior que 0 e menor que o número máximo de espécies (1000 nesta versão). Pode ser causado também pela falta de um espaço entre o número de espécie e número de família - o programa tenta ler esta combinação como o número de espécie. Este numero ja esta sendo usado pela especie.......... O número de espécie encontrado nesta linha já foi utilizado para algum outro nome de espécie anteriormente. Não pode usar o mesmo número para duas espécies diferentes. Este nome ja foi usado para especie X Já existe uma outra espécie com o mesmo nome. Repare que diferenças entre maiúscula e minúscula são desprezadas aqui - “Planta vulgaris” é a mesma coisa que “PLANTA VULGARIS”. Nomes duplicados não são permitidos porque é impossível distinguí-los posteriormente nas listagens produzidas pelas análises. Arquivo de dados Este no. de especie nao existe no arquivo de nomes O número de espécie usado aqui não foi declarada na lista de espécies. Linha muito comprida ? (max = 255 caracteres) Esta versão de PREPARE só pode ler linhas de até 255 caracteres. Se o programa chega até 255 caracteres e ainda detecta mais texto na linha sendo lida, emitirá esta mensagem de erro porque é provável que a linha não será lida corretamente. Geralmente, este número de caracteres é suficiente, e é raro encontrar esta mensagem de erro, mas em casos onde há um número muito grande de caules múltiplos (por ex. uma touceira de bambu), é possível ultrapassar este limite. Neste caso, a única saída é de calcular manualmente um perímetro/diâmetro equivalente para alguns caules, até o comprimento da linha ficar menor que 255 caracteres. Repare, também, que não é necessário ter espaços ao redor do ‘+’ quando você está batendo dados para indivíduos com caules múltiplos (veja a seção “Preparando dados para FITOPAC” para mais detalhes do formato). Nao foi possivel interpretar esta linha - caractere ilegal ?? Geralmente este erro ocorre quando o programa detecta algum caractere “ilegal” na linha - por ex. alguma letra.

Os dados são gravados em formato final somente quando o usuário escolhe uma das opções “FITOPAC” ou “ASCII”. Limitações e problemas O número de espécies. Dados a mais nesta linha ? O programa leu uma série de dados que correspondem ao número de valores esperado. o programa lê os dados do arquivo temporário. Enquanto os dados são lidos e gravados. Uma vez que os dados de um indivíduo (uma linha) forma interpretados e verificados. Mesmo assim. Pode ser um erro no número ou uma espécie que acidentalmente foi excluída do arquivo de nomes. ou algum valor que foi esquecido. o programa lê um (ou vários) arquivos de dados. Isso geralmente é resultado de um espaço faltando entre dois valores. Desta maneira. com diversos testes e formas de verificação. ainda tem mais texto nesta linha. Deve ser um numero inteiro Foi encontrado um número decimal onde o programa esperava um número inteiro. é possível evitar limitações de RAM se o número de indivíduos for muito grande. PARAMS) e não pode ser modificado nesta versão. estes últimos são gravados num arquivo temporário. possivelmente indicando algum erro. Notas técnicas O programa nunca mantém todos os dados em memória RAM ao mesmo tempo. famílias e amostras é limitado pelos outros programas do FITOPAC (por ex. no caso de levantamentos por parcelas. são lidos primeiro os nomes das famílias e espécies e após a leitura e verificação. Terminada a leitura de um conjunto de nomes. No. O arquivo de dados é lido linha por linha na forma de texto que posteriormente é interpretado pelo programa. Nao foi possivel interpretar este numero Ocorreu algum problema que dificultou a interpretação do número. Esta especie nao existe no arquivo de nomes O número de espécie para este indivíduo não está incluído entre os números de espécies no arquivo de nomes. Este tipo de situação pode ocorrer quando você acidentalmente insere um espaço entre dois dígitos do número de espécie ou talvez um espaço depois do ponto decimal da altura. o programa oferece a opção de acrescentar uma nova espécie para a lista de nomes. são gravados num segundo arquivo temporário e não mantidos na memória RAM. Na prática.programa PREPARE Pelo menos um valor ou espaço faltando O programa tentou “contar” o número de valores na linha e encontrou um valor menor que o esperado. Krebs. o programa acumula os máximos. Neste último caso. famílias e amostras. e pelo número de amostras no caso de levantamentos que utilizam o método de quadrantes. mínimos. o número máximo de indivíduos será determinado pelo espaço disponível no disco. médias e outros valores para cada parâmetro. de especie grande demais ou pequeno demais O número de espécie para este indivíduo ultrapassa os limites de número de espécie para esta versão de FITOPAC. Bibliografia Brower & Zar Grieg-Smith. mas necessita de espaço em disco para armazenar os dados. C. Em vez disso. um levantamento pode conter um número praticamente ilimitado de indivíduos. Desde que não ultrapassa os limites impostos pelo número de espécies. Se a opção de verificação for escolhida. Geralmente ocorre por causa de um espaço faltando entre um número decimal e um inteiro. 9 .

FPM. area basal total. permitindo diversas sub-análises no mesmo levantamento. Alem dos cálculos de parâmetros básicos. Utilização A tela principal é apresentado abaixo :- 1 .FPM” contendo os resultados produzidos. portanto. etc. por ex. 4. ou utilizar os nomes prefixados (ESPECIES. Você pode especificar na linha de comando os nomes dos arquivos de entrada e saida. Uma outra característica desta versão é a flexibilidade possível na impressão de tabelas de resultados.1.FPD como arquivo de dados e gravaria a listagem em SJ1. Esta versão tem facilidades para especificar subconjuntos de dados. Introdução PARAMS é o programa central do FITOPAC.não tinha duas pessoas que concordavam na mesma ordem e parâmetros ! Na versão atual. 3. etc. “PARAMS SAOJOSE” vai utilizar o arquivo “SAOJOSE. Se você opta para gravar as tabelas de resultados. no. a largura das colunas e quais colunas são impressas. e provavelmente será o programa mais utilizado pela maioria dos usuários. Calcula a maioria dos parâmetros comuns como densidade relativa. etc.tabela de parâmetros das espécies. parâmetros gerais características do levantamento como um todo . Cansei de tentar satisfazer todos os usuários com relação à ordem dos parâmetros e quais parâmetros deviam ser incluidos nas tabelas . permitindo que todos as análises sejam impressas da mesma maneira. frequência absoluta e relativa e também uma série de parâmetros para o levantamento como um todo .RES” utilizaria SAOJOSE. Repare que para levantamentos grandes. Uma lista completa dos parâmetros. responsável pelo cálculo de parâmetros fitossociológicos.RES.FPM e PARCELAS.FPD” como entrada e pode produzir arquivos de listagem e arquivos dos tipo “. Espécies . o programa tem algumas facilidades para produção de gráficos simples e pode gravar tabelas de parâmetros em arquivos do tipo FITOPAC padrão (FPM) que podem ser traduzidos para outros formatos (Lotus 123. esta versão possui uma série de melhorias e facilidades que devem aumentar consideravelmente a utilidade do programa. a ordem. a listagem pode ser bastante volumosa se você usa todas as opções .LST”.) via o programa MATRIZ e utilizados em programas gráficos.precisa deixar espaço no disco de saida. os nomes.FPD” como arquivo de dados e os resultados serão gravados no arquivo “SAOJOSE. tabela de parâmetros das parcelas (somente para levantamentos utilizando parcelas). Os parâmetros fitossociológicos calculados são armazenados em quatro tabelas :.índice de Shannon.FPM). 2. as formulas utilizadas e detalhes dos cálculos são descritas na seção “Notas Técnicas”. você mesmo pode elaborar o padrão que prefere. Embora a maioria dos parâmetros disponíveis já são calculados pelo programa correspondente na versão preliminar do FITOPAC. Calcula a maioria dos parâmetros fitossociológicos normalmente utilizados em levantamentos de vegetação arbórea/arbustiva e fornece algumas gráficos simples resumindo os resultados. Arquivos necessários PARAMS utiliza um arquivo de dados “. pode especificar o nome de cada arquivo individualmente (o programa pergunta antes de gravar). “PARAMS SAOJOSE SJ1. além de quais tabelas são impressas podem ser modificados pelo usuário e o conjunto de preferências pode ser gravado. FAMILIAS. índices de diversidade. Se não gostar do conjunto padrão que vem embutido no programa.PROGRAMA PARAMS Função Este programa calcula parâmetros fitossociológicos para levantamentos que utilizam os métodos de quadrantes (Point-centered Quarter method) e parcelas (Quadrat method). de espécies.densidade total. tabela de parâmetro das famílias. densidade total.

dependendo da saida escolhida. Os indivíduos usados são selecionados de acordo com o filtro especificado antes de iniciar este comando.imprime as tabelas de resultados diretamente na impressora ou num arquivo. no. Portanto. Diversos outros tipos de filtro podem ser especificados. Os gráficos aparecem inicialmente na tela e podem ser impressas ou via uma cópia da tela. Os valores pré-estabelecidos pelo programa são tão amplos que não devem excluir qualquer indivíduo em levantamentos normais. Estes podem ser do tipo gráfico de dispersão ou histograma. e você pode correr diversos tipos de análise no mesmo arquivo de dados utilizando um filtro diferente para cada análise. Os gráficos produzidos aqui são relativamente simples. *Imprimir. permitindo o uso dos recursos gráficos ou estatísticos de outros programas. você pode produzir uma tabela de parâmetros fitossociológicos e depois utilizar “Harvard Graphics” ou “Quattro” para produzir os gráficos desejados.Este comando é utilizado para alterar as tabelas de resultados e a maneira em que elas são impressas. A maneira em que o filtro é especificado é descrita na seção ???? . Você pode alterar quais são os parâmetros incluidos. a ordenação usada dentro das tabelas e detalhes da impressão das tabelas (largura das colunas. Desta maneira. ou utilizando os caracteres normais da impressara. Os detalhes de como alterar as tabelas são descritas na seção “Alterando as tabelas”. É possível utilizar praticamente qualquer combinação de unidades de amostragem. além de quais tabelas são impressas.Produzir gráficos a partir das tabelas de resultados.Filtro. Segue uma descrição de cada comando :FILTRO . A seção “Gráficos” descreve o uso desta opção. Portanto. Nesta situação. mas permitem ter uma indicação do comportamento dos parâmetros sem sair do programa. e depois uma série de sub-análises de vários tipos especificando um filtro diferente para cada sub-análise. o programa deve incluir todos os indivíduos no arquivo de dados.começa a leitura dos dados e o cálculo dos parâmetros fitossociológicos que são armazendos em diferentes tabelas.11 e 13 . excluindo mortas e desconhecidas. somente parcelas 1 . depois. pois a exclusão dos indivíduos menores altera o método de amostragem e não é compatível com o método de quadrantes. aLterar. IMPRIMIR . GRAFICOS . você pode especificar um filtro que exclua todos os indivíduos com DAP < 5 cm. especies. você pode fazer qualquer número de análises. se você não especifique um filtro. Um exemplo seria o caso de um levantamento utilizando parcelas. com idivíduos menores que 10 m de altura e com diâmetros menores que 20 cm. ALTERAR . a ordem dos parâmetros nas tabelas. pode correr a análise completa para um levantamento. onde você quer comparar com um outro levantamento onde o DAP mínimo foi de 5 cm. inicialmente incluindo todos os indivíduos com DAP ≥ 3 cm. GRAVAR . alterando o arquivo de dados ou o filtro e. *Graficos e *graVar.23.FITOPAC . incluindo ou excluindo blocos de parcelas para fazer sub-análises dentro de um levantamento grande. re-fazendo os cálculos.versão 1 Os principais comandos são os seguintes :. nomes dos parâmetros). 2 . CALCULAR .Gravar as tabelas de resultados no disco em arquivos do tipo “FPM” que depois podem ser traduzidos (pelo programa MATRIZ) para arquivos do tipo “Lotus 123” ou “SYSTAT”. produzindo uma análise que é comparável com o levantamento feito com DAP de 5 cm (se todas as outras características do levantamento forem iguais). de decimais. O uso do filtro dá uma flexibilidade bastante grande. diâmetro e altura para produzir análises muito específicas por exemplo. Enquanto estiver dentro do programa. Os comandos marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de fazer os cálculos para um dado levantamento. incluindo ou excluindo espécies (por exemplo indivíduos mortos onde estes foram incluidios). Calcular.O filtro é usado para determinar quais são as espécies. Note que este método não funciona com levantamentos que utilizem o método de quadrantes. amostras e indivíduos que serão aceitas na análise atual. ou diferentes combinações de altura e diâmetro para analizar diferentes estratos.

mas a soma dos valores nas barras mostradas atinge pelo menos x% do total do parâmetro escolhido(fig. ou. o número de barras é variável. ??). com respeito ao parâmetro escolhido.Escolher o tipo de gráfico desejado. Esta opção abre um menu que mostra os tipos disponíveis :Tipo de grafico A .primeiros x % + resto Diagrama de dispersão .n classes C . e se prefere barras simples ou “3D". frequentamente mais convenientamente.todos mostram a quantidade absoluta ou porcentagem do parâmetro escolhido em cada espécie ou família.Grafico de barra . As diferenças entre estes gráficos são as seguintes :n classes . e produz o gráfico. Densidade Relativa contra número de indivíduos simplesmente produz uma linha reta pois o primeiro é derivado do segundo por uma multiplicação simples. e a forma em que os gráficos serão mostrados na tela ou impressos.neste gráfico.mostra n + 1 barras dos quais os primeiros n correspondem às primeiras n espécies ou famílias e o último que representa a soma das espécies ou famílias restantes.primeiros x % E .Esta opção abre um menu permitindo escolher qual das tabelas de resultados será utilizada (espécies. de graficos especificados : 0 TIPO . de graficos especificados” informa quantos gráficos estão na fila. Note que nem todas as combinações são úteis . O programa não dá qualquer aviso.n classes + resto D . 3 . Uma vez que uma fila de gráficos foi criado. na forma de um diagrma de dispersão (fig. O número máximo de barras é ??. Aparece uma tela perguntando quantas barras você quer no gráfico.Grafico de barra . famílias ou parcelas). primeiros x % . Também aparece uma tela perguntando quantas barras e tipo de barra. n classes + resto .é igual ao anterior mas acrescenta uma última barra que repesenta a proporção do parâmetro representada pelas espécies ou famílias restantes. ??). A porcentagem é especificada numa tela que aparece logo em seguida e que permite também especificar o tipo de barra. onde diversos gráficos podem ser selecionados ao mesmo tempo e depois mostrados e impressos um a um. TABELA . mesmo que seja inutil. primeiros x % + resto . com as espécies ou famílias ordenadas de maior para menor. Tipo tAbela Vars Opçoes Simbolos Desenhar Imprimir Proximo aNterior Continue Tipo de grafico desejado Tipo de grafico : Diagrama de dispersao Tabela atual : Especies No.programa PARAMS (manual versão 01/05/98) Alterando as tabelas Gráficos A tela de gráficos permite escolher entre diferentes tipos de gráficos e a tabela de onde serão extraidos os dados.Diagrama de dispersao B .mostra n barras correspondendo às primeiras n espécies ou famílias(fig. ??).por ex.é um gráfico que mostra a relação entre dois parâmetros. o campo “No. você pode especificar os gráficos um de cada vez. Dentro deste módulo.Grafico de barra . na forma de uma “fila". Gráficos de barra .Grafico de barra .

Ubatuba Permite alterar o título que aparece no gráfico maximo minimo intervalo Freq.0000 Modifique o máximo.0000 Modifique o máximo.Rel 8. duas listas de parâmetros aparecem. abre uma única lista de variáveis (parâmetros) que podem ser selecionados para produzir gráficos. FR x DR. DoR x IVI e FR x IVI) será criado.DoR x DR e FR x DR. uma fila de quatro gráficos (DoR x DR.0000 1. Você pode escolher um ou mais parâmetros da tabela selecionada na opção anterior para produzir um ou mais gráficos de barra.0000 0.Rel Titulo Levantamento de Mata Atlantica .Rel 60. você pode selecionar um ou mais parâmetros em cada lista.Rel * Dens. uma para o eixo horizontal e a outra para o eixo vertical. mínimo e intervalo da escala vertical Dens. espécie. a tela é :Opçoes para grafico Freq. No caso de gráficos de barra.Rel 9. se você seleciona “DR” como eixo horizontal e “DoR” e “FR” como os eixos verticais.esta opção abre uma tela que permite alterar os limites das escalas dos gráficos além de algumas outras características no caso de histogramas. Por exemplo. mostrando família. o programa cria uma fila de dois gráficos .0000 1. a tela que aparece é a seguinte :Opçoes para grafico Freq.Ubatuba Permite alterar o título que aparece no gráfico maximo minimo intervalo Freq. Para diagramas de dispersão.FITOPAC .versão 1 VARS . o programa vai criar uma fila de gráficos que podem ser examinados em sequência usando a opção “PROXIMO”.0000 Indique os valores máximo e mínimo para a escala vertical.0000 0. Se você seleciona mais que um parâmetro.Rel Titulo Levantamento de Mata Atlantica . etc. mínimo e intervalo da escala horizontal “Etiquetar” pontos ? Sim Colocar uma “etiqueta” em cada ponto no gráfico.a ação desta opção depende do tipo de gráfico. De novo. além do intervalo da escala Quantas barras ? 10 Escolhe quantas barras você quer no gráfico (deve ser de 1 a 100) Barras “3-D” ? Nao Mostrar as barras em forma “3-D” ou não “Etiquetar” barras ? Sim Colocar “etiquetas” nas barras. permitindo identificá-los Para gráficos de barra com número de classes fixo.0000 5. No caso de diagramas de dispersão. OPÇOES . 4 .0000 0. No caso de escolher “DR” e “IVI” como eixos horizontais e “DoR” e “FR” como verticais.

Se quiser imprimir uma cópia da tela utilize Ctrl P. Estas opções são muito úteis no caso de estudos comparativos onde é essencial ter gráficos que utilizam os mesmos escalas. ou mesmo sub-analises do mesmo levantamento.volte ao gráfico anterior (se existe). 1 foi ampliado pela modificação do limite máximo das escalas verticais e horizontais. O uso desta opção é descrito na seção “Opções comuns a diversos programas” no capítulo “Utilizando FITOPAC”. a única diferença desta tela é a substituição da pergunta “Qual porcentagem” em vez de “Quantas barras”. Normalmente o programa tenta selecionar escalas que utilizam o máximo possível da tela compatível com unidades de escala razoáveis. Por exemplo. PROXIMO .Permite alterar os símbolos utilizados em diagrams de dispersão. a região no canto inferior esquerda da fig. Veja a seção ??? para mais detalhes. os gráficos saem com escalas diferentes. ANTERIOR . 4. permitindo alterar a porcentagem total do parâmetro que será mostrado em forma de barras.escolhe o próximo gráfico na fila (se ainda tiver). Se você precisa de gráficos com a mesma escala. pode utilizar esta opção para controlar a aparência dos gráficos finais. Mensagens de erro Limitações e problemas Notas técnicas Bibliografia 5 . Note que esta forma de impressão do gráfico utiliza as caracteres normais da impressora e não é uma cópia da tela (fig. Esta opção também pode ser utilizada para ampliar ou “encolher” uma região de um gráfico de dispersão. Mas em comparações entre levantamentos.programa PARAMS (manual versão 01/05/98) No caso de gráficos de barra com porcentagem fixa. ??). SIMBOLOS .desenha o gráfico atual na tela. IMPRIMIR .imprime o gráfico atual na saida já selecionada ao entrar no programa. DESENHAR . em fig.

1. 6 . Diagrama de dispersão.versão 1 Figuras Fig.FITOPAC . com “etiquetas” nos pontos.

programa PARAMS (manual versão 01/05/98) Fig. com “etiquetas nas barras e sem efeito “3-D” 7 . 2 Gráfico de barras com número fixo (10 ) barras + resto (“outros”).

3. com primeiros 75% do parâmetro representado. Gráfico de barras.FITOPAC . sem “resto” e com “etiquetas” e efeito “3-D” 8 .versão 1 Fig.

4. 9 .programa PARAMS (manual versão 01/05/98) Fig. Parte da fig. 1 ampliada por modificação das escalas verticais e horizontais.

Neste ponto. ou alguma outra medida mais complexa como número de indivíduos (muito comum) ou área basal ou volume. Introdução Este programa forma o elo de ligação entre os programas “PREPARE” e “PARAMS” e o resto do FITOPAC. Esta medida pode ser simples presença ou ausência (geralmente representados por 1 e 0 respetivamente). enquanto “CRIAMAT SAOJOSE SJ1” vais utilizar “SAOJOSE. exatamente o que é preciso para calcular os parâmetros fitossociológicos para o levantamento. descrevendo um levantamento utilizando parcelas. O arquivo de entrada é um arquivo do tipo “FPD”. Este programa trabalha. Como sempre. os arquivos também podem ser especificados dentro do programa utilizando o comando “ARQUIVOS”. “CRIAMAT SAOJOSE” vai utilizar “SAOJOSE.FPD” como entrada e “SJ1. torna-se necessário uma mudança no formato dos dados pois este último conjunto de análises geralmente trabalha com um resumo dos dados. o primeiro passo na análise dos dados de um levantamento será o cálculo dos parâmetros fitossociológicos. onde os dados originais de cada indivíduo são descartados e substituídos com algum tipo de média ou contagem para a unidade de amostragem. particularmente análises de ordenação e agrupamento onde nos precisamos de uma matriz que contém as unidades de amostragem como linhas e as espécies como colunas e onde cada célula da matriz contém alguma medida da presença de uma dada espécie dentro de uma das unidades de amostragem. O arquivo de saída é um arquivo do tipo “FPM” que contem a matriz criada por CRIAMAT. não é apropriado para outros tipos de análise.FPD” como arquivo de entrada e vai criar o arquivo “SAOJOSE. Este formato.FPM” como saída. incluindo transformações dos dados e a retirada de espécies raras. Em levantamentos que utilizam o método de quadrantes. somente com levantamentos feitos utilizando o método de parcelas. CRIAMAT permite a criação de uma matriz deste tipo e seu armazenamento na forma de um arquivo do tipo “FPM” para análises posteriores (veja também a seção “Uso de arquivos em FITOPAC”).PROGRAMA CRIAMAT Função A função do programa CRIAMAT é de gerar uma matriz parcelas x espécies a partir de um arquivo de dados de levantamento. O programa tem opções para criar os seguintes tipos de matriz :• presença/ausência • número de indivíduos • área basal • volume (é necessário ter dados de altura no arquivo “FPD” para este tipo de matriz) O programa também tem facilidades para manipulação da matriz. Utilização A tela principal é apresentada abaixo :- . normalmente não faz sentido criar este tipo de matriz pois o número de indivíduos em cada ponto é restrito a 4 e não é apropriado usar análises de agrupamento ou ordenação nestas circunstâncias. Assim. mas em muitos casos é interessante passar para uma fase posterior de análises mais detalhadas de variação dentro da área amostrada e detecção de padrões e gradientes ecológicos.FPM” como o arquivo de saída. na forma CRIAMAT ENTRADA SAIDA. porém. do tipo “FPD”. portanto. Os arquivos podem ser especificados na linha de comando. No arquivo de dados de levantamento existe uma lista de todos os indivíduos com suas respetivas medidas para cada unidade de amostragem (parcela ou ponto). Arquivos necessários Este programa utiliza um arquivo de entrada e um de saída. Normalmente.

TIPO . indivs. Note que as espécies raras são mascaradas e não eliminadas permanentemente.conta quantos indivíduos de cada espécie tem em cada unidade de amostragem.área basal x altura) de cada espécie em cada unidade de amostragem. Modificar**. o filtro e o tipo de matriz selecionados.calcula o volume total (em forma de cilindro .FPD Arquivo saida : GENEBRA Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Tipo de matriz : No.Especificar o tipo de matriz que você pretende criar. MODIFICAR .Presença/ausencia Você pode escolher qual destes tipos de matriz que pretende criar.Modificar a matriz criada . masC**. o programa abre um menu :A . matriZ*. sendo que os comandos marcados com um asterisco estão disponíveis somente após a escolha de um arquivo “FPD” de entrada e os comandos marcados com dois asteriscos estão disponíveis somente após a criação de uma matriz. Veja a seção “especificando “filtros” ” para mais explicações. Segue uma descrição de cada comando.transformar. ou onde o critério de exclusão que utilizou não estava correto.Volume D . Gravar** e Imprimir**. Veja a seção “manipulando matrizes ” para mais detalhes. utilizando o conjunto padrão de ferramentas de modificação de matrizes.aplica um filtro na entrada de dados para selecionar somente um subconjunto dos dados .indica a presença de uma espécie numa unidade de amostragem com um “1” e sua ausência por um “0”.por ex. Filtro*. pres. O critério usado para medir raridade e o valor de corte podem ser determinados :- . Ao escolher este comando. selecionar somente indivíduos acima de 10 cm de diâmetro. etc. etc.Area basal C .. FILTRO .calcula a área basal total de cada espécie em cada unidade de amostragem Volume . de individuos Os comandos disponíveis são os seguintes :./abs. Área basal . o programa apresenta um menu para determinar qual o critério que deve ser usado para mascarar espécies raras.Arquivos Rotas Tipo Filtro matriZ Modificar masC Gravar Imprimir Sair Escolher o tipo de matriz desejado (no. Ao escolher esta opção. eliminar algumas espécies/amostras.Numero de individuos B .) -------------------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : GENEBRA. etc. MASCARAR Mascarar as espécies raras.Tipo. Isso quer dizer que você pode restaurar estas espécies em casos onde muda de idéia. Note que é necessário ter medidas de altura no arquivo “FPD” para poder utilizar esta opção. Presença/ausência . MATRIZ .criar a matriz utilizando o arquivo. com as seguintes cracterísticas Número de indivíduos .

GRAVAR .Porcentagem C .grava a matriz no disco como arquivo. deixando poucas espécies ou foi aplicado o critério errado). Após a escolha do valor de corte. o programa determina quais são as espécies que serão mascaradas e apresenta uma mensagem na tela. uma em cada formato.equivalente a densidade relativa. de amostras .espécies mascaradas não atingem um mínimo de porcentagem (do número de indivíduos. de indivíduos.No.espécies serão mascaradas se ocorrem num número de unidades de amostragem menor que um número mínimo especificado no próximo passo. Valor absoluto . o programa abre um menu que pede o formato de arquivo desejado :- A . de amostras B .as espécies mascaradas tem um valor absoluto (de no. Ao escolher este comando. Também pode criar diversas matrizes.Fitopac B . indicando quantas espécies foram mascaradas e quantas sobraram :- ** Foram mascaradas XX especies ** Deixando um total de YY especies Se. dominância relativa e volume relativa respectivamente) que será especificada no próximo passo. por algum motivo você não está satisfeito com o resultado (o critério foi rigoroso demais. Se necessário. porcentagem ou valor absoluto) menor que o valor especificado será mascarada. com diferentes critérios de exclusão aplicando o comando “MASCARAR” diversos vezes.Cornell Onde Fitopac é o formato normal do FITOPAC (Um arquivo “FPM”) e “Cornell” é o formato usado pelos programas como “DECORANA”. tomando o cuidado de gravar cada matriz formada (com nomes diferentes) e restaurando as espécies mascaradas após a gravação da matriz. de amostras. Em seguida. enquanto espécies que tem um valor maior ou igual ao valor especificado serão mantidas. Porcentagem . área basal ou volume) menor que o valor especificado no próximo passo. Note que uma espécie com um valor (no. pode utilizar os recursos de modificação da matriz para restaurar as espécies mascaradas (veja a seção ”manipulando matrizes” para mais informações).A .Valor absoluto onde : no. . pode gravar cada matriz duas vezes. o programa abre uma tela para pedir que você especifique o valor mínimo aceitável para inclusão de uma espécie. “TWINSPAN” e “CANOCO”. área basal ou volume .

esta deve ser gravada antes de utilizar as facilidades para mascarar espécies raras (ou mascarar amostras). se necessário. etc.FPM”.isso geralmente só é requerido no caso de gravar diversas versões da matriz com diferentes níveis de corte ou com diferentes transformações dos dados. é melhor manter o nome sugerido pelo programa. ou diretamente para a impressora se você tecla “IMP” ou “PRN” como arquivo de saída. permitindo que você anota as modificações feitas e estas anotações aparecem nas listagens de resultados de todos os programas que utilizam esta matriz :Verifique as informaçoes complementares da matriz Titulo : {aqui você pode especificar a origem dos dados e qualquer critério de exclusão de espécies raras aplicado para esta matriz} Responsavel {nome do responsável pelos dados . . IMPRIMIR . Repare que espécies (ou amostras) mascaradas não são incluídas na matriz gravada. o programa pede o nome do arquivo de saída que no caso de arquivo FITOPAC normalmente será o nome do arquivo de entrada com a extensão “FPM”. Normalmente. ou para um arquivo de listagem (o “default” do programa). mas.normalmente idêntico ao responsável pelo levantamento} Colunas da matriz sao : {normalmente espécies} Linhas da matriz sao : {normalmente amostras ou parcelas} Geralmente é bastante útil manter estes dados atualizados pois eles ajudam entender a saida das análises realizadas posteriormente. não é possível utilizar o mesmo nome para todos os arquivos resultantes. e se você quer manter uma matriz com todas as espécies. etc. o arquivo de saída criado automaticamente será “SAOJOSE. você pode alterar este nome . transformações. e onde é possível confundir o que foi feito em cada matriz. antes de gravar a matriz no arquivo designado.imprime a matriz.Após a escolha do formato de gravação. Mesmo em casos onde precisa utilizar diferentes nomes de arquivo. se você bateu “CRIAMAT SAOJOSE” para entrar no programa. Por exemplo.. onde obviamente. o programa abre uma tela com campos para título. sugiro a manutenção sempre da extensão (“FPM” para arquivos FITOPAC e “DAT” para arquivos Cornell) para simplificar uso dos arquivos com outros programas. Finalmente. particularmente em casos onde você cria um número muito grande de arquivos com diferentes critérios de corte.

Utilizando “MATRIZ” é possível criar e manipular uma matriz de dados com Lotus 123 e depois transformar o arquivo “WK1” do Lotus em arquivo “SYSTAT”. que normalmente seriam obtidos como uma série de variáveis para cada amostra. Este programa tem facilidades para editar uma matriz de dados. sem a necessidade de produzir um arquivo “ASCII” intermediário como normalmente seria o caso. transpor a matriz e imprimir a matriz. ou imprima a matriz. Caso deseja analisar este tipo de dados utilizando os programas do FITOPAC. que um arquivo “SYS” foi criado pelo pacote SYSTAT e pode ser lido por aquele programa. Dada a diversidade em estrutura de arquivo possível. Entre os formatos disponíveis (veja “arquivos necessários”. e com dados numéricos. É essencial. Erros no arquivo sendo importado provavelmente darão resultados inesperados e podem jogar você fora do programa ou “travar” o micro.cam todas as etapas necessárias para produção de matrizes do tipo “amostra x espécie” a partir dos arquivos originais de dados de campo. não tentei incluir todas as possiveis variantes para cada formato . Introdução Embora os programas do FITOPAC forne. e que naturalmente formam uma matriz com as amostras formando as linhas e as variáveis medidas formando as colunas.PROGRAMA MATRIZ Função O programa matriz fornece funções para manipulação de matrizes de dados e para “tradução” de matrizes em um formato de arquivo para outro. é necessário ter uma maneira de introduzi-los para produzir um arquivo tipo “FPM” que pode ser lido pelo programa apropriado. verifique que realmente é válido e pode ser lido pelo pacote utilizado para criá-lo. em muitos casos é necessário introduzir outros tipos de matrizes de dados que são adquiridos diretamente em forma de matriz. portanto. Um exemplo seria dados de composição de solo.todos amplamente usados na análise de dados ecológicos. Este formato não está disponível em pacotes comerciais e pode ser bastante trabalhoso converter um arquivo em outro formato para uso com programas que utilizem o formato CORNELL. Não tem facilidades para dados não-numéricos. que esta tradução seja útil para pesquisadores na área de fitossociologia. um utilitário capaz de “traduzir” dados em forma de matriz para o formato requerido pelo FITOPAC via uma planilha simples que permite entrar os dados. transformar linhas ou colunas da matriz. é impossível fornecer um programa que possa traduzir qualquer arquivo (por exemplo do Lotus 123) para todos os outros formatos. “TWINSPAN” e. o programa funciona como um “tradutor” ou centro de intercâmbio entre diversos formatos de arquivo. Permite também a entrada direta de matrizes de dados por meio de uma planilha simples. e pode ser útil mesmo que você não queira utilizar o próprio formato FITOPAC. facilitando o uso de outros tipos de análise não fornecidos no próprio FITOPAC. Portanto. Quando utilizar este programa. e os diferentes graus de sofisticação de funções que podem ser representadas em cada formato de arquivo. porém. Neste programa.por ex. no atual programa. “TWINSPAN” e “CANOCO”. Não dá para confiar cegamente no processo de tradução porque não é possivel prever todas as possiveis “complicações” que podem surgir ! Repare também que o programa não faz uma verificação de dados quando você está importando de outros formatos (exceto no caso de arquivos ASCII). ou examine o arquivo resultante com um editor de texto para confirmar que a tradução realmente foi bem sucedida. examine os dados usando a planilha. eliminar linhas ou colunas.a função do programa é de traduzir matrizes simples. Tentou-se fornecer. Além da entrada direta de dados. 1 . ler a seção sobre limitações do programa antes de utilizar “MATRIZ” para tradução de arquivos. Supõe-se que o arquivo especificado seja um arquivo válido no formato especificado . abaixo). junto com funções que facilitam a manipulação da matriz. no máximo com nomes de variáveis e amostras. Espero. mais recentemente. É especialmente importante notar que este programa forma um elo de ligação entre FITOPAC e programas como “DECORANA”. além de funções para “importar” arquivos em outros formatos para o formato “FITOPAC” e “exportar” dados para uma variedade de outros formatos. antes de tentar importar um arquivo. o formato “CORNELL” é particularmente útil pois este é utilizado pelos programas “DECORANA”. “CANOCO” .

da versão 2. No momento. Diversos pacotes estatísticos ou planilhas conseguem ler este tipo de arquivo. você pode precisar de um arquivo contendo os nomes das colunas e outro com nomes das linhas da matriz . LOTUS 123 . onde “SAOJOSE” é o nome do arquivo de dados que deseja manipular. Repare que alguns programas como “SYSTAT” exigem o uso de uma extensão especifica (neste caso “SYS") e não aceitam outras extensões. e não é necessário digitar a extensão se você vai utilizar o conjunto padrão de extensões. portanto.1). Em geral.DAT LOTUS 123 . embora a representação interna dos dados e o tipo de arquivo básico seja de um arquivo “FPM” do FITOPAC. CORNELL .formato utilizado pelo pacote estatístico “SYSTAT”. este formato é disponivel somente para exportar arquivos.formato condensado utilizado pelos programas produzidos pela Universidade de Cornell (DECORANA. Este pacote tem diversas opções para taxonomia numérica e análises multivariadas. É possivel. “MATRIZ SAOJOSE”. No momento. contendo somente números. Permite intercambiar dados diretamente com esta planilha. veja Hill (1979) ou ter Braak (1988).0 do “SYSTAT”.(Data Interchange Format) . Muitas planilhas (por ex. As combinações de importação e exportação de dados disponíveis estão resumidos na fig. As extensões utilizadas aqui são as seguintes :FITOPAC .DIF 2 .formato da planilha LOTUS 123 (arquivos WK1 .DAT ASCII .FITOPAC .essencialmente uma matriz de dados sem qualquer outro tipo de informações. utilizar 123 para entrar e manipular matrizes de dados e depois transferi-los diretamente para FITOPAC.muitas planilhas e pacotes estatísticas são capazes de importar e exportar arquivos neste formato. Para detalhes deste formato. Excell) e programas estatísticos ou gráficos podem ler este formato. Permite transferir dados para análise com este pacote sem a necessidade de produzir um arquivo ASCII intermediário. SYSTAT . DIF .SYS DIF .TWINSPAN) e por CANOCO.por ex. Os formatos disponíveis no momento são os seguintes : FPM .formato normal do FITOPAC. Portanto.arquivos simples. e arquivos neste formato também podem ser importados pela maioria dos processadores de texto. mas versões posteriores ainda podem ler este formato. ?.FPM CORNELL .veja a seção “importando dados” para mais informações. com espaços entre os números .WK1 SYSTAT . este formato é disponivel somente para exportar arquivos. geralmente é preferível utilizar as extensões fornecidas pelo programa e não altera-las. É válido somente para versão 3. ASCII . o programa tenta “adivinhar” a extensão apropriada para cada tipo de arquivo.formato utilizado pelo pacote “NTSYS” de Rohlf (1989).versão 1 Arquivos necessários MATRIZ pode importar e exportar arquivos em diversos formatos. Além do arquivo de dados. NTSYS . sendo necessário colocar somente o nome do arquivo de dados quando chamar o programa . Utilização Especificando arquivos A especificação dos arquivos a serem usados segue o esquema normal do FITOPAC.

Ao acionar este comando.Lotus WK1 D . Ao acionar este comando.selecione o tipo de arquivo a ser usado para importação de dados.FPM A . dos quais os comandos marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de ler uma matriz de dados. eXptipo. Tipo de arquivo ?. Ler. o programa cria uma matriz vazia e depois entra diretamente no modo planilha.Systat W . *Modificar. Para mais informações sobre a planilha.. pronto para entrada dos dados. No caso da opção “D”. Títulos. Segue uma descrição de cada comando :IMPTIPO . Note que o menu de importação não é idêntico ao menu de exportação pois alguns formatos podem ser utilizados somente para exportação. 3 .Direta Escolha a opção que indica o tipo de arquivo você deseja utilizar. F . EXPTIPO . entrar dados diretamente. veja a seção “Utilizando a planilha”. e o programa voltará à tela principal.ASCII C .o formato normal do FITOPAC). *Exportar e *imPrimir. aparece um menu com as opções para exportação. (a opção pré-selecionado é “FPM” .selecione o tipo de arquivo a ser usado para exportação de dados..Cornell S . aparece um menu com as opções importação.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) Tela principal : Arquivos Rotas Imptipo eXptipo Ler Titulos Modificar Exportar imPrimir Sair Tipos de arquivo para importaçao/exportaçao ------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : MAT1 Arquivo saida : MAT1 Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Tipos de arquivo Importaçao : FPM Exportaçao : FPM ------------------------------------------------------------- Os principais comandos disponíveis são Imptipo.

Se não ocorreu algum erro. F . Embora não seja essencial colocar um título. o programa apresenta uma mensagem indicando quantos linhas e colunas da matriz foram lidas. enquanto valores iguais ou menores que o valor indicado são tratados como ausências e recebem o valor “0”.. Normalmente qualquer matriz em planilha é tratada como uma matriz de dados quantitativos.NTSYS D . TÍTULOS . especialmente quando você está trabalhando com análises mais complexas que produzem diversas matrizes de dados. o programa vai transpor a matriz enquanto está lendo os dados. frequentemente este é útil para identificar diferentes matrizes. É utilizado somente na conversão para arquivos binários. LER . Valor de corte para presença/ausencia 0. antes de gravar a matriz.ASCII C . e o programa voltará à tela principal.0000 Em conversões para matrizes de presença/ausência.. Para a maioria das opções de formato.versão 1 Tipo de arquivo ?. esta opção permite. 4 . Estas informações devem ser verificadas com cuidado para confirmar que todos os dados foram importados corretamente. O valor pré-estabelecido de 0.Cornell S . Para alguns formatos.DIF Escolhe a opção que indica o tipo de arquivo você deseja utilizar. No caso de arquivos em formato “WK1”. parando somente quando os dados foram lidos ou se ocorrer um erro que o programa é capaz de detectar. Converter em presença/ausencia Nao Permite converter uma matriz armazenada na planilha em matriz binário. o programa começa a importar os dados imediatamente.altera o título e outras informações sobre a matriz que foi importada.Lotus WK1 N . o programa mostrará a seguinte tela :- Tipo de leitura do arquivo ? Transpor enquanto le Nao Se quiser. mas caso você queira tratar valores abaixo de um certo nível como ausências. com um limite máximo de 250 variáveis. o programa vai abrir esta tela automaticamente. qualquer valor acima do valor indicado aqui é considerado uma “presença” e convertido em valor “1”.0 normalmente é o mais usado.FPM A . No mínimo o título será exportado junto com os dados na maioria de formatos de exportação.Systat W .FITOPAC . Permite o uso da planilha para entrar matrizes de dados binários onde o número de variáveis aceitável pelo FITOPAC é maior que o número de colunas disponíveis na planilha. Note que quando a opção de exportação é “FPM” (formato FITOPAC). Esta opção é útil se você quer colocar as linhas da planilha nas colunas da matriz e as colunas da planilha nas linhas da matriz. o programa precisa de informações complementares antes de iniciar a importação e mostrará uma tela de perguntas antes de começar a importação.iniciar a leitura de um arquivo de dados.

escolhendo a opção apropriada do menu “Tipo de dados” :- ´ Q . Não é essencial. mas pára neste ponto e você precisará utilizar um editor de texto para corrigir seu arquivo antes de continuar. O arquivo ASCII só pode conter números e espaços ! Se um caractere “proibido” é encontrado. comprimentos.miXto Dados quantitativos são quantidades numéricas. você digita o valor que utilizou para indicar dados faltando na sua matriz .programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) A opção de transposição da matriz enquanto é lida pelo programa permite a manipulação de matrizes que não caberiam dentro de uma planilha normal.e a resposta deve ser um número inteiro de 1 até o máximo permitido por esta versão do programa. pois o programa precisa de algumas informações adicionais antes de começar a importação. Titulo : Bate um título que descreve a matriz de dados.0000 Aqui. Esta informação é essencial .pode ser qualquer valor numérico. -999 é comum. O primeiro passo é indicar o tipo de dados que você pretende importar.Presença/ausencia X . etc. Para arquivos em formato “ASCII”. especialmente se você tem um grande número de matrizes diferentes. pode usar para continuar. Depois deste menu.você não vai poder continuar sem este dado . Uma vez que completou os campos desta tela (não esqueça do para sair). mas não deve ser um valor que pode ocorrer entre os dados normais.Quantitativo P . Dados do tipo presença/ausência são dados onde somente a presença ou ausência de uma espécie ou caractere é indicada. aparece uma tela “Descrição da Matriz” com vários campos pedindo informações sobre os dados a serem importados :Quantas variáveis : 0 Indique quantas variáveis (colunas) a matriz tem. sem qualquer preocupação com a quantidade presente. número de individuos. simplesmente apertando . Tem dados faltando : Nao Se não tiver dados faltando na matriz. o programa começa a importar os dados. parando se encontrar qualquer tipo de caractere não numérico. use a tecla de espaço ou “s” para mudar este campo para “sim” e depois preenche o próximo campo - ´ Valor usado para indicar dados faltando : -9999. pesos. o programa tentará dar alguma indicação de onde ocorreu o problema. o programa informará quantos linhas de dados foram lidas verifique estas informações para ter certeza que a leitura de dados foi bem-sucedida ! O programa em seguida vai pedir informações sobre os nomes das variáveis com o menu “Nomes das variáveis” :- ´ 5 . o procedimento é um pouco mais complexo. Caso você tenha dados faltando. mas ajuda você a identificar a matriz depois. Quando o arquivo de dados acaba. Se não quiser utilizar qualquer uma destas opções. pode pular este campo e o próximo. como área basal. Dados mistos incluem uma mistura de dados quantitativos e binários. e pode ser utilizada junto com a opção semelhante no processo de exportação de dados (veja “EXPORTAR” para mais informações).

utilizar a planilha. Isso pode ser útil se uma das variáveis representar um grupo ao qual a amostra pertence e você quer somente uma indicação do grupo no nome da amostra.Criar automaticamente . EXPORTAR . bata o nome do arquivo contendo os nomes e estes serão lidos diretamente. Nos outros formatos. Eixo2. mascarar ou eliminar linhas ou colunas. um arquivo ASCII contendo os nomes das variáveis. O programa abre uma janela de edição.versão 1 A . Cornell).Entrar diretamente pelo teclado Criar automaticamente . e assim por diante. e o programa simplesmente informa quando termina de gravar o arquivo de saída. o programa vai pedir um prefixo para os números das variáveis. o processo é totalmente automático. Para arquivos ASCII e DIF :- « ³ ´ ° 6 . Para alguns formatos (SYSTAT. O prefixo já fornecido pelo programa é “Var”.em casos onde o número de variáveis não é tão grande ou onde você prefere não criar outros arquivos. que permite copiar os valores em uma das variáveis para uso como nome.“Var1 a VarN" B . entrando “Eixo” como prefixo vai resultar em variáveis com nomes do tipo Eixo1. para cada variável. e caso prefira utilizar este. mas o número de linhas no arquivo tem que ser igual ao número de variáveis. com uma linha numerada para você incluir onome de cada variável. Note que os nomes podem ser preenchidos em qualquer ordem. basta apertar a tecla . Veja a seção “??” para uma explicação mais detalhada. usando as teclas de seta e e para colocar o cursor na linha correspondente ao nome que você deseja incluir.Modificar a matriz. Quando o número de variáveis é grande. 1 tem que corresponder a variável 1. Para utilizar esta opção. O menu e as opções oferecidas aqui são praticamente idênticos àqueles dos nomes das variáveis. transformar dados. é mais conveniente dar nomes individuais para cada variável. Ler os nomes de um arquivo . Este arquivo pode ser criado com um processador de texto em modo “não documento” (sem formatação). Se você seleciona esta opção. Quando o programa pedir. MODIFICAR . o nome no. Lembre de usar a tecla para sair da janela de edição. Pode deixar uma linha em branco onde não quer dar um nome para alguma variável. etc.Ler os nomes de um arquivo C . do tipo Var1. acresentar dados de uma outra matriz. você precisa criar. Se quiser modificar o prefixo. 2 à segunda variável. o programa também vai solicitar nomes para as linhas (amostras).Exportar a matriz no formato de exportação esolhido com o comando TIPOS. Var2.Na maioria dos casos. com a exceção da última opção “Usar uma das variáveis (colunas)”.neste caso o próprio programa se encarrega de criar uma série de nomes. Uma vez que os nomes das variáveis foram criados ou lidos. mas o nome no.FITOPAC . Por exemplo. o programa vai solicitar algumas informações complementares. um por linha. Entrar diretamente pelo teclado . etc. esta opção permite que você digita os nomes das variáveis diretamente. etc. antes de entrar no programa “MATRIZ”. tecle o prefixo desejado. esta opção oferece o método mais conveniente de fornecer os nomes.

Incluir nomes das amostras Sim No caso de arquivos DIF. inferior ao número de colunas permitidas na maioria das planilhas (geralmente 256). um por linha. FITOPAC pode aceitar até 1000 variáveis e estas não caberiam na planilha. e é. Neste caso. Note que o programa NÃO verifica os limites da matriz antes de gravá-la e é capaz de produzir um arquivo “WK1” que ultrapassa o tamanho máximo permitido por Lotus 123 e outras planilhas. nomes de espécies). Para dados quantitativos. o programa abre uma tela para verificação das informações complementares da matriz antes de gravá-la. Incluir nomes das variáveis Sim No caso de arquivos DIF. em no. IMPRIMIR . No caso de nomes com duas partes (por ex. estas informações complementares ajudam a identificar o arquivo. e podem ser úteis quando se tem um número elevado de arquivos com diferentes matrizes. No caso de arquivos ASCII. Para exportação em formato “FPM”. mas alguns pacotes estatísticas não aceitam variáveis não-numéricas. incluir ou não os nomes das variáveis como uma linha da matriz. Quando você seleciona esta opção. se o número de linhas na sua matriz é inferior a 256. mas alguns pacotes estatísticos não permitem o uso deste caractere em nomes de variáveis. portanto.Imprimir a matriz ou num arquivo no disco ou diretamente na impressora. Mensagens de Erro 7 . digite “IMP” ou “PRN” para o nome de arquivo. produz um arquivo contendo os nomes. incluir ou não os nomes de amostras como uma das colunas da matriz. você pode transpor a matriz. Este tipo de variável pode ser lido por planilhas. o programa pergunta somente se você quer os nomes das variáveis e amostras. utilizando as facilidades para mascarar linhas e colunas. o programa pergunta se quer transpor a matriz enquanto é gravado. antes de tentar exportá-la para este formato. Embora não sejam obrigatórias. de caracteres. pois o número máximo de variáveis utilizado por FITOPAC é 250. mas nem todos aceitam. Se quiser mandar a matriz diretamente para a impressora. Para exportação em formato “WK1”. Permitir “_” em nomes de variáveis ? Sim Permitir ou não a presença do caratere “_” nos nomes de variáveis e objetos. voçê precisará “cortar” a matriz em blocos. O uso deste caractere torna os nomes mais legíveis. porém. Para dados binários. No caso de arquivos NTSYS. o programa vai pedir o nome do arquivo a ser usado para imprimir. normalmente esta opção não é necessária. Pode ser lido por planilhas e alguns pacotes estatísticos. dos nomes de variáveis e linhas da matriz no(s) arquivo(s) de saída.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) Especificaçao da saida Comprimento dos nomes das variáveis 8 Indique aqui o comprimento. Se a sua matriz tiver mais que 256 linhas e 256 colunas. os nomes são colocados dentro de um arquivo que contem um nome por linha. este método pode ser usado para manipular matrizes que normalmente não caberiam na planilha. No caso de arquivos ASCII. que então será gravada na planilha com as linhas originais nas colunas e as colunas nas linhas. Como a importação de arquivos “WK1” também permite transpor a matriz.

Uma vez que foi feita a tradução.veja o manual de Hill (1979) para informações sobre este problema. Também é possível exceder o espaço de armazenamento disponível se tiver uma matriz cheia. Lotus 123 . e pressupõe que todos os números individuais estejam separados por espaços. A mais importante destas é a necessidade de ter pelo menos um espaço entre números (fig. não deve haver grandes problemas. na primeira coluna. 8 . No caso dos formatos SYSTAT e Cornell. O formato DIF pode ser usado para transferir dados de FITOPAC para STATGRAPHICS e. que será utilizada como nome das amostras. Repare que o programa não verifica limites de tamanho de matriz. mas descarta todas as informações sobre a fórmula em si. A intenção aqui é traduzir o tipo de matriz simples que geralmente é encontrado em estudos fitossociológicos. contendo somente dados numéricos e nomes de colunas e linhas. limitações nos caracteres permitidos em nomes de variáveis . Também existem. mas nomes mais compridos em planilhas serão truncados. com poucos valores de zero. Na exportação de arquivos para o formato Cornell. Dados não-numéricos em qualquer outra posição na planilha serão solenemente descartados e substituídos por “valor faltando”. não adianta “bolar” uma planilha complicadíssima com tudo quanto é tipo de formatação. Em geral. caracteres permitidos em nomes. com exceção da primeira. produzir uma matriz que exceda os limites da versão de SYSTAT que você está utilizando e em conseqüência você precisa verificar esta limitação antes de tentar utilizar o arquivo. isto não se constitui em um problema sério.versão 1 Limitações e problemas Cada formato de arquivo incluído aqui tem certas limitações em termos de características como comprimento permitido para nomes de variáveis.o programa consegue ler matrizes simples. para alguns programas. e de qualquer modo. mesmo que os números de espécies e amostras estejam dentro dos limites teóricos do programa . ??).a ocorrência deste tipo de erro depende da versão do pacote que você está utilizando. Os nomes das colunas (variáveis) devem estar na primeira linha da planilha. Note que dados numéricos em FITOPAC são armazenados como números de 4 bytes e não 8 bytes como em SYSTAT. enquanto SYSTAT aceita sem problemas. embora seja possível produzir um arquivo perfeitamente válido para o formato Cornell onde não há espaços entre os números (fig. SYSTAT . não se faz qualquer verificação dos limites de número de colunas e linhas na matriz. etc.a leitura de arquivos em formato Cornell é sujeita a várias limitações sérias. Na maioria dos casos. são descartadas variáveis não-numéricas. Seguem algumas observações mais específicas sobre cada formato : Cornell . Você deve verificar se a matriz resultante cabe dentro de uma planilha 123. Como a maioria de pacotes estatísticos utilizam nomes mais curtos (geralmente 8 ou 12 caracteres). O programa ignora gráficos e formatação dentro da planilha. Pode haver. a maioria de pesquisadores que utilizam o pacote Cornell já deixam espaços entre os dados. é necessário que você especifique este dado. e valores faltando são representados por uma célula em branco. etc. o programa automaticamente produz nomes do tamanho correto. Se você tenta traduzir um arquivo que exceda os limites impostos pelo FITOPAC.o programa lê e escreve diretamente o formato binário utilizado por SYSTAT versão 3. mas para arquivos DIF ou ASCII. o programa lê o valor numérico associado com a fórmula. STATGRAPHICS não permite o uso do caractere “_” no nome. A planilha produzida quando se exporta para Lotus 123 contém a matriz com os nomes das variáveis (colunas) na primeira linha e os nomes das amostras (linhas) na primeira coluna. É possível. onde você precisa saber o comprimento do nome usado pelo programa que você pretende empregar. e os nomes das linhas (amostras). No caso de matrizes do tipo presença/ausência. porque utilizam um sistema de armazenamento mais eficiente para matrizes esparsas com muitos zeros. é necessário neste caso especificar se este caractere pode ser utilizado. normalmente não ocorrem problemas na importação de dados destes pacotes. e esperar que vá ser traduzida fielmente. e você precisa estar ciente das limitações dos formatos que pretende usar e do atual programa. grau de precisão e outras atributos. Onde foram colocadas fórmulas na planilha. ??).0. No caso de exportação de arquivos para SYSTAT.FITOPAC . assim. portanto. receberá uma mensagem de erro. Repare que os programas do pacote Cornell geralmente têm limites muito mais amplos no número de espécies e amostras. portanto. É impossível prever todas as combinações necessários para os diferentes programas estatísticos e planilhas. Os dados numéricos são inseridos nas linhas e colunas apropriadas. é possível você exceder o limite de número de espécies para programas do pacote Cornell . No caso de linhas ou colunas inteiramente não-numéricas. não há maneira de se recuperar as fórmulas originais. O tamanho do nome pode ser mais problemático na exportação. Portanto.por ex. pois é necessário somente inserir espaços nas colunas apropriadas no arquivo Cornell para permitir leitura do arquivo. estas serão descartadas. e são reconhecidos os dados faltando. e a matriz não será traduzida. uma perda de precisão. O programa não lê o formato FORTRAN especificado no início do arquivo Cornell (veja Hill 1979 ou ter Braak 1988 para uma descrição do formato Cornell). nomes de colunas e linhas podem ter no máximo 35 caracteres em FITOPAC. Quando você importa um arquivo neste formato.

Rohlf. CANOCO . New York.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) Notas técnicas Bibliografia Hill. principal components analysis and redundancy analysis (version 2.J.O.a FORTRAN program for canonical community ordination by [partial] [detrended] [canonical] correspondence analysis. Agricultural Mathematics Group. M.J. F. Section of Ecology and Systematics.5. 1988. Wageningen. 1989.1). Exeter Publishing Ltd. A FORTRAN Program for Detrended Correspondence Analysis and Reciprocal Averaging. Version 1. 1979. C.F. New York. Cornell University. ter Braak. Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System.. 9 . DECORANA. NTSYS-pc.

LST. oferecendo diversos coeficientes de semelhança e distâncias amplamente utilizados para estudos ecológicos e taxonômicos.FPC como saida (e SAOJOSE. caso pede uma listagem da matriz).. Normalmente é necessário especificar somente o nome do arquivo “FPM”. ou na opção de modificação de matriz no próprio COEF. Normalmente.PROGRAMA COEF Função O programa “COEF” permite o cálculo e gravação de matrizes de coeficientes de distância ou semelhança para uso em análise de aglomerados e análise de coordenados pricipais. Para informações mais completas. basta especifica-lo como segundo nome de arquivo quando chama o programa . COEF SAOJOSE SAOPAULO vai utilizar o arquivo SAOJOSE.FPM como entrada e produz SAOJOSE. COEF permite o cálculo e armazenamento de uma matriz deste tipo. Para diversos tipos de análise. Esta matriz contém todas as possíveis comparações entre pares dos objetos sendo comparados (também conhecidos como Unidades Taxonômicas Operacionais . Arquivos necessários O arquivo de entrada para este programa é um arquivo de tipo “FPM”. e tem facilidades para calcular distâncias geográficas entre localides quando fornecido com os coordenados correspondentes. se optar pela impressão da matriz. As saidas do programa são um arquivo do tipo “FPC” contendo a matriz de coeficientes e. um arquivo LST contendo a listagem. recomendo Dunn & Everitt (1982). precisa transpor a matriz “FPM”. Se por alguma razão você prefere um outro nome para o arquivo “FPC”. e o programa cria automaticamente um arquivo “FPC” com o mesmo nome do arquivo de entrada. COEF SAOJOSE vai utilizar o arquivo SAOJOSE. o uso deste programa é essencial para produzir as matrizes necessárias para análise de aglomerados. como entrada. ou na hora de produzí-la. Pielou (1984) e Sneath & Sokal(1973). na forma de uma matriz triangular. Utiliza. Legendre & Legendre (1983).UTOs . O programa tem. é necessário armazenar somente a metade da matriz. Por ex. a matriz calculada pelo COEF a partir de um arquivo “FPM” deste tipo será uma matriz de semelhanças entre amostras. Introdução Este programa serve como elo de ligação entre as matrizes de dados produzidas pelos programas CRIAMAT e MATRIZ e os programas CLUSTER e ORD (quando se deseja utilizar Análise de Coordenados Principais). binários (presença/ausência) ou mixtos (com diferentes tipos de variáveis). A matriz normal produzida pelo programa CRIAMAT coloca as amostras como linhas. Gordon (1981). contendo uma matriz de dados onde as linhas da matriz representam os objetos a serem comparadas. Como as comparações normalmente são simétricas.FPC como saida. matrizes retangulares de dados no formato “FPM”. algumas facilidades para comparar matrizes e converter entre diferentes formatos de arquivo. Não é possível discutir as propriedades de todos os coeficientes dentro deste manual.na literatura de taxonomia numérica). é essencial calcular uma matriz que mostra o grau de semelhança ou dessemelhança entre uma série de amostras ou espécies.por ex. e portanto. Caso quiser fazer uma comparação entre espécies. contendo dados numéricos (quantitativos). 1 . ainda. Clifford & Stevenson (1975). não importando se você compara objeto A com B ou B com A. Também é possível imprimir e manipular em várias maneiras a matriz de coeficientes produzida.FPM como entrada e SAOPAULO.

correlacao J .FPM no. Os itens marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de selecionar um arquivo de entrada. e no caso de imprimir.ler o arquivo de dados.Yule T .dist.distancia manhattan media F . COEF[ICIENTE] .versão 1 Utilização Tela principal : Arquivos Rotas Ler Coef.distancia euclidiana simples C .Distancia geografica 2 .0 dupl.“simple matching" L . Você só vai poder selecionar o coeficiente após a leitura do arquivo de dados.Tanimoto R .selecione o tipo de coeficiente que deseja calcular. euclid.chi-quadrado com Yates Para dados quantitativos A .Morisita K .Marczewski-Steinhaus K . *calcular.distancia euclidiana media E .Morisita (mod.Bray Curtis H .distancia euclidiana quadrada B .distancia manhattan total F .Marczewski-Steinhaus Q . de variables : 200 [0] Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Coeficiente atual : distancia euclidiana simples test data set .distancia euclidiana quadrada B . quadrada media D . *coef. de objects : 11 [0] Arquivo saida : MAT1.Bray Curtis G .chi-quadrado U . Segue a explicação de cada ítem :LER .Jaccard M .Kulczynski O .Gower S . Ao escolher esta opção.Urbani & Buser Q .dist.Rogers .Ochiai P .FPC no.succesive 10 % overlaps As opções oferecidas no menu principal são Ler. euclid.diferenca de forma I . Horn) L . J .Canberra incl.Hamann S .distancia euclidiana media E .distancia manhattan media G .distancia euclidiana simples C .Canberra excl. aparece um menu de coeficientes mostrando todos os coeficientes disponiveis no programa para o tipo de arquivo de dados escolhido (binário.diferenca de tamanho N . imprimir e manipular.diferenca de tamanho H . *modificar.Dice/Sorenson/Czekanowski N . após o cálculo dos coeficientes.0 dupl.Kulczynski R .Baroni . formato.correlacao P .diferenca de forma O . fOrmato Modificar calcUlar Imprimir Manipular Sair Escolher o coeficiente a ser calculado -----------------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : MAT1. quadrada media D . quantitativo ou mixto).FITOPAC .distancia corda M . I . Para dados binários A .

e depois combinar estas matrizes (dando um peso proporcional ao número de caracteres para cada um) para dar uma matriz final que é equivalente à matriz calculada diretamente utilizando todos os caracteres de uma vez. converter entre formatos de arquivo. F4 Impressora. Lembre que o número de coeficientes na matriz é uma função do número de objetos ao quadrado ! A impressão de uma matriz de coeficientes destrui a matriz de dados que está na memória do micro e será necessário re-ler a matriz para calcular mais coeficientes. eliminar ou mascarar linhas ou colunas da matriz. Por exemplo. Veja o capítulo “Opções comuns a vários programas” para uma descrição mais detalhada desta opção. se tiver uma matriz com 650 caracteres quantitativos. calcular um coeficiente para cada matriz. alem de transpor e imprimir a matriz de dados e acesso à planilha para inspeção e modificação de dados individuais.imprime a matriz de coeficientes num arquivo que terá o nome do arquivo de saida com a extensão “LST”. Mas voce pode criar 3 arquivos de dados.) Veja a seção “Manipulando matrizes”. MODIFICAR . e o programa dará uma mensagem de erro se tentar. Para dados mixtos.inicia o calculo da matriz de coeficientes e a gravação do arquivo “FPC” onde são armazenados. Tome cuidado com esta opção pois a listagem obtida pode ser muito volumosa. embora o limite para o número de objetos (400) continua válido. F3 Selecionar.programa COEF (manual versão 30/04/98) Note que nem todos os coeficientes são aplicaveis com qualquer tipo de dados de entrada .esta opção é muito importante pois permite a modificação da matriz de dados antes de calcular os coeficientes. não seria possível calcular uma matriz de coeficientes diretamente pois o máximo de caracteres quantitativos é 250. Você também pode utilizar esta facilidade para criar matrizes que combinam diferentes tipos de caracteres. As modificações disponíveis incluem transformar. IMPRIMIR . F5 Gravar config. Não é possível combinar distâncias com semelhanças. MANIPULAR . efetivamente não existe limite para o número de caracteres. abre a seguinte tela:- . CALCULAR . O principal uso desta opção é em casos onde você tem demais caracteres para calcular a matriz de coeficientes diretamente. F10 Sair Segue uma descrição de cada opção :COMBINAR . Veja a seção “Limitações e problemas” para mais informações. Desta maneira. 2 com 250 caracteres e um com 150 caracteres. calcular o complemento de uma matriz de coeficientes e calcular o coeficiente de correlação cofenética entre duas matrizes. Manipulando matrizes COEF oferece algumas facilidades para manipulação de matrizes de coeficientes. Canberra e Manhattan média). etc. somente o coeficiente de Gower é disponível.escolher o formato do arquivo de coeficientes .veja a seção “Limitações e Problemas” para informações sobre possíveis incompatibilidades. especialmente onde o número de objetos é grande. alguns coeficientes são exatamente iguais (por ex.permite combinar duas até quatro matrizes em uma matriz só.permite manipular arquivos de coeficientes (combinar arquivos. As transformações são particularmente importantes pois é necessário transformar as colunas da matriz antes de calcular muitos coeficientes. Estas incluem a possibilidade de combinar duas ou mais matrizes de dados. cOmbinar conVerter comPlemento coFenetica Continue Combinar 2 ou mais matrizes de coeficientes ------------------------------------------------ ------------------------------------------------------F1 Ajuda.pode ser FITOPAC (FPC) ou NTSYS. FORMATO . Ao selecionar esta opção. Para dados binários.

FITOPAC > SYSTAT D . Semelhante à opção para correlação cofenética em programa CLUSTER. mas pode ser usado com outras matrizes e não somente com a dendrograma. Ao escolher esta opção. O valor do coeficiente na matriz final é calculado a partir da seguinte expressão C f = pC+pC +pC +pC 1 1 2 ∑p i =1 2 4 3 3 4 4 i onde Ci é o valor do coeficiente em matriz 1 e pi é o valor dado para o peso para matriz 1.FITOPAC > NTSYS B .isto é.00 0.versão 1 Arquivos a serem combinados arquivo nnnnnn nnnnnn nnnnnn nnnnnn peso 0. Este peso normalmente é igual ou proporcional ao número de caracteres usados para produzir cada matriz.SYSTAT > FITOPAC em seguida. FITOPAC → SYSTAT ou NTSYS).0 .NTSYS > FITOPAC C .00 0.00 0.00 Nome de arquivo FPC contendo matriz de coeficientes Você pode entrar com os nomes de até quatro matrizes que serão combinadas.permite converter arquivos de um formato para outro (por ex. COFENETICA . junto com o peso a ser dado a cada uma.FPC Arquivo de saida ? : MAT1. 4 . mas você pode usar outros pesos.FITOPAC .DAT COMPLEMENTO . caso queira alterar o equilibrio entre as matrizes. Repare que só pode ser usado com matrizes do mesmo tamanho. 1.o valor de similaridade. aparece um menu mostrando as conversões disponíveis :- A . transformando similaridade em distância. aparece uma tela pedindo os nomes dos arquivos de entrada e saida a serem usados na conversão :Arquivos Arquivo de entrada ? : MAT1.calcula o complemento da matriz de coeficientes . CONVERTER .calcula o coeficiente de correlação cofenética entre qualquer par de matrizes e mostra um gráfico plotando os valores da primeira matriz contra os valores correspondentes da segunda matriz.

No cálculo do coeficiente entre dois objetos. Assim. A única maneira de resolver este problema é de eliminar um ou ambos os objetos envolvidos ou completar a matriz com dados novos. Para matrizes de dados quantitativos.em uma ou mais variáveis. recomendo que. Este ponto é particularmente importante se tiver alguns objetos com muitos dados faltando . Em geral. pode criar uma matriz já modificada utilizando CRIAMAT ou MATRIZ. Esta situação geralmente ocorrerá em matrizes com muitos valores faltando. O coeficiente é calculado somente com base nas comparações válidas entre os objetos. se possível. É possível que ocorra uma situação onde ambos os objetos tem aproximadamente a metade dos dados faltando. Os coordenados geográficos devem estar em graus decimais (i. precisará refazer todas as modificações. permite utilizar um número quase ilimitado de variáveis (veja a seção “Manipulando matrizes"). pois os coeficientes calculados não são muito confiaveis.08 de longitude. pois o programa ignora comparações individuais onde faltam dados. de comparações validas = 0 . Veja o comentário em “Dados faltando”. mas cada um tem variaveis diferentes faltando. é necessário somente recarregar a matriz após a impressão. qualquer modificações que foram feitas na matriz de dados são perdidas. Depois pode imprimí-las utilizando a opção de nome de arquivo na operação de impressão para controlar quais matrizes são impressas. graus + (minutos + segundos/60)/60) com latitude na primeira coluna da matriz e longitude na segunda. O uso das facilidades para combinar matrizes. O número máximo de colunas (variaveis) depende do tipo de matriz. No caso de distâncias eclidianas e manhattan. não foi possível medir um ou mais dos objetos sendo estudados. Como alternativo. calcule todas as matrizes de coeficientes primeiro. ou completando a matriz com mais dados reais para estes objetos. o programa mostra uma mensagem de erro e para o processamento da matriz.geralmente ocorre quando se usa um coeficiente de correlação. Latitudes ao Sul devem ser negativos e longitudes Oeste também. ocorre 5 . e um ou ambos os objetos tem exatamente o mesmo valor para todas suas variáveis. A presença de dados faltando na matriz de dados não é um problema na maioria dos casos. Este problema pode ser evitado por eliminação de um ou ambos os objetos envolvidos. Um outro problema que pode surgir é a falta de comparações válidas. e a matriz não pode ser usada. e se você quiser calcular outos coeficientes utilizando a mesma matriz modificada. em casos onde você pretende modificar a matriz de dados e calcular diversos coeficientes. O resultado vai ser uma tentativa de calcular semelhança ou distância entre objetos que não tem nenhum variável válida em comum. Não pode ter dados faltando ! Mensagens de erro O programa produz uma mensagem de erro quando encontra uma situação que produzirá uma matriz com valores que não são válidos. a matriz resultante vai subestimar as distâncias para estes objetos. uma variável é rejeitada se um ou outro ou ambos os objetos tem dados faltando para esta variável. os coordenados para a cidade de Campinas. matrizes de dados taxonômicos frequentamente contém dados faltando . devido a limitações de espaço. e não é possível ler uma matriz com mais que 400 linhas nesta versão. Com dados binários.e.programa COEF (manual versão 30/04/98) Dados faltando Embora não seja tão comum em matrizes de dados ecológicos. recomenda-se o uso da distância média pois a presença de dados faltando vai diminuir a distância total calculada. Como não é possível armazenar os coeficientes calculados junto com a matriz de dados originais na memória RAM do micro. Valor do coeficiente não definido . Veja Dunn & Everitt (1982) e Clifford & Stephenson (1975) para uma discussão deste ponto. o limite é 250 colunas. o programa precisa remover a matriz de dados da memória RAM. no. caso haja um número grande de dados faltando.a causa desta mensagem é a ausência de valores válidos para algum par de objetos. quando você seleciona a opção para imprimir a matriz de coeficientes. porém. SP ficariam : -22. Neste caso. matrizes com muitos dados faltando devem ser tratados com bastante cautela. Limitações e problemas O número máximo de objetos é 400. acima. Neste caso.88 de latitude e -47. e neste caso. Note que a opção de impressão pode imprimir qualquer matriz tipo “FPC” e não está restrita ao último arquivo gravado. Para dados qualitativos (presença/ausência). o limite é 1000 colunas. existem algumas limitações importantes. No caso de cálculo de distância geográfica. Portanto. porém.se não for usada a distância média.

Quando se opta pela impressão da matriz de coeficientes. ou alterando a codificação das variáveis. os seguintes símbolos são usados :Para uma matriz de dados X. Para dados binários. 6 . N é o número total de variáveis. a cópia da matriz de dados que está na memória RAM é destruida e os coeficientes recuperados do arquivo “FPC” para impressão. para variáveis contínuas. b onde amostra i tinha o valor “0” e amostra j o valor “1”. As formulas utilizadas para calcular os coeficientes são descritas abaixo. as formulas utilizam a seguinte tabela :- UTO i + - U T O j + a b - c d onde a é o número total de variaveis onde amostras i e j ambos tinham o valor “1”. etc. M é o número total de amostras (UTOs). ik x x ik é a média das observações para amostra i.FITOPAC . Nas definições. devido ao problema de armazenar a matriz de dados e a matriz de coeficientes ao mesmo tempo. Notas técnicas Os coeficientes não são armazenados em RAM. para todas as variáveis de 1 a N. Distância euclidiana simples d ij = d 2 ij d ij = (b + c) para dados binários. com N variáveis e M amostras :é o valor observado para variável k na amostra i. Pode ser corrigido removendo um ou ambos os objetos.versão 1 quando d e (b ou c) tem valores de 0. mas são gravados imediatamente no arquivo “FPC”. coeficientes que utilizem dados quantitativos - Distância euclidiana quadrada 2 d ij=∑ ( xik − x jk ) 2 k =1 N d 2 ij = (b + c) para dados binários.

d CANij = (b + c ) . N Distância euclidiana média d ij = d N 2 ij d ij = (b + c ) para dados binários. Distância Manhattan média {"Mean Character Difference"} d Mij= 1 N ∑ − N k =1 x ik x jk d Mij = (b + c ) para dados binários N Bray . excluindo zero duplo (a + b + c ) 7 . N Distância Manhattan total {"city block metric"} d Mij=∑ xik − x jk k =1 N d Mij =(b + c) para dados binários. para dados binários.Curtis d BC = ∑ x −x ∑ (x + x k =1 ik k =1 N ik N jk d jk BC = ) (b + c ) para dados binários [ 2 a +(b + c)] "Canberra metric” incluindo zero duplo d CANij = 1 N x −x ∑( + x x N ik ik k =1 jk jk ) d CANij = (b + c ) para dados binários N "Canberra metric” excluindo 0 duplo igual ao anterior. mas excluindo comparações onde ambos as amostras tem o valor 0. Esta é a forma original e mais comum deste coeficiente. (veja Clifford & Stephenson.programa COEF (manual versão 30/04/98) Distância euclidiana quadrada média d 2 ij = d N 2 ij d 2 ij = (b + c ) para dados binários. 1975).

total de indivíduos em amostra i.Esta opção calcula a distância em kilómetros entre dois pontos na superficie da terra quando são fornecidas as latitudes e longitudes dos pontos.versão 1 Morisita C = Lij (λi + λ j) N i N j 2 ∑ nik n jk onde λ = i ∑ n (n − 1) N ( N − 1) ik ik i i nik = no. e Ni = no. É fornecida para permitir comparações entre matrizes de 8 . mas λ = N i 2 ik 2 Distância corda d ij = 2(1 − cos θ ) onde cos θij = ∑x x k =1 ik M 2 M k =1 ik k =1 M jk 2 jk ∑x ∑x Diferença de tamanho d ij = d ij = ou N N 1 (∑ xik − ∑ x jk ) 2 N 2 k =1 k =1 ou d ij = (b − c ) 2 para dados binários N2 Diferença de forma N N 2 1 N 1 ( xik − x jk ) − N 2 (∑ xik − ∑ x jk )2 ∑ N k =1 k =1 k =1 d ij = N (b + c)−(b − c) 2 para dados binários N2 Correlação r ij = ∑ (x − x )(x − x ) ∑ ( x − x ) ∑ (x − x ) ik i jk j 2 ik i jk j 2 r ij = ( ad − bc) (dados binários) ( a + b )( c + d )( a + c)(b + d ) Marczewski-Steinhaus S St = 2∑ min( xik . espécie k.FITOPAC . de indivíduos em amostra i. x jk ) (∑ xik + ∑ x jk ) k =1 k =1 k =1 M M M ou = SSOR para dados binários Distância geográfica . Morisita modificado por Horn i ∑n igual ao anterior.

i e j. Embora a atual versão de FITOPAC não inclui o teste de Mantel. θ 360 ij o utilizando 6371 km. 1988) Em geral. coeficientes que utilizem dados binários - Concordância simples {"Simple matching"} S SM = (a + d) N Jaccard S JAC = a (a + b + c ) Dice/Sorenson/Czekanowski S S KUL SOR = 2a (2 a + b + c ) Kulczynski 1 a a = [ + ] 2 ( a + b) ( a + c ) Ochiai S OCH = a [(a + b)(a + c)] Baroni .cos LATj. é fácil converter os arquivos produzidos aqui ao formato NTSYS e utilizar este programa para realizar o teste.programa COEF (manual versão 30/04/98) semelhança e distância geográfica entre os locais representados na matriz de semelhança. mas pode haver problemas no caso de localidades que são muito próximos (menos que 10 minutos de ângulo de separação) devido ao acúmulo de erro no cálculo.sin LATj + cos LATi..Urbani & Buser S S S BUB = ad + a ( ad + a + b + c) Rogers-Tanimoto RT = = (a + d) (a + d)+ 2(b + c) (a + d) − (b + c) (a + b + c + d) Hamann H Yule S Y = ad − bc ad + bc 9 . utilizando o teste de Mantel. A formula usada para calcular a distância entre dois pontos. como o raio médio da terra.6371.cos( LONGi − LONGj ) onde θij é o angulo entre os dois pontos. os resultados são bastante satisfatórios. é cosθ ij = sin LATi. e a distância em kilómetros entre os pontos é dado por dist ij = 2π . (Butler & Bell.

T. An Introduction to Mathematical Taxonomy. Cambridge University Press.0 se Xik = Xjk Sk = 1. 1981. Harlow. k. 1984. E. Freeman. Elsevier. San Francisco.quadrado com correção de Yates Coeficients para misturas de varíaveis Coeficiente de Gower W é o peso para cada comparação. 1983. Academic Press. para variáveis quantitativas : Sk = ( X ik − max k X X −X jk ) w k = 1.H.R. Numerical Taxonomy. London. & Everitt. Clifford.quadrado χ 2 ij = N (ad − bc) 2 (a + b)(c + d)(a + c)(b + d) N ( ad − bc − N ) 2 χij = (a + b)(c + d)(a + c2)(b + d) 2 Chi . Interpretation of Geological Maps. Classification. Numerical Ecology. 1973. B.0 wk = 1.versão 1 Chi . então wk = 0.D.A. The Interpretation of Ecological Data. P. Dunn. Chapman & Hall.0 min k para variáveis multiestado para variáveis binárias Sk = 1. R.0 SG = ∑ wk S k =1 N k ∑w k =1 N k Bibliografia Butler. & Stephenson 1975.0 se Xik = Xjk = 1 wk = 1.C. 10 . Gordon. Sneath. L. 1982. London. 1988. Wiley.M. J. An introduction to numerical classification. & Bell. & Legendre. Longman. P.0. Legendre. & Sokal. se Xik ou Xjk está faltando. England. A.D.S. G. B.C.FITOPAC . H. Para cada variável. Pielou.

É uma maneira de se investigar. (contendo uma matriz de coeficientes) e um arquivo de saida (onde os resultados serão gravados). Gordon (1981). todos do tipo ‘hierârquico .PROGRAMA CLUSTER Função Este programa produz uma análise de agrupamentos (cluster analysis) a partir de uma matriz de coeficientes de similaridade ou distâncias. São extremamente diversas as aplicações da análise de agrupamentos. E no critério utilizado para decidir qual é o par de grupos mais próximos em cada passo da análise que os métodos diferem. será preciso um arquivo contendo a matriz de dados. Portanto. um diagrama que mostra o nível de semelhança entre os grupos.FPC’ como arquivo de entrada e ‘POCOS. considerando-se cada objeto (parcela ou amostra de vegetação) como um grupo inicialmente. com propriedades e filosofias diferentes. será usada o arquivo ‘POCOS. Não se pode usar um outro tipo de arquivo como entrada . Um dendrograma.aglomerativo. automaticamente. Devem ser consultados os livros de Clifford & Stevenson (1975). CLUSTER ENTRADA SAIDA”. Everitt (1980). Pielou (1984) e Sneath & Sokal (1973) para uma discussão mais ampla da teoria e aplicações de análise de agrupamentos. o programa cria. inclui uma vasta diversidade de métodos.LST’. na realidade. Arquivo de saida : Quando não se especifica um arquivo de saida. Manly (1986).se você utilizar um outro tipo de arquivo. No atual programa. O termo ‘Análise de agrupamentos’. 1 . successivamente. representa a hierarquia de grupos. assim. não é necessário bater a extensão. correlação ou distâncias produzido pelo programa ‘COEF’. Esta técnica é utilizada em situações onde não temos uma ideia pré-formada da delimitação dos grupos.por ex.LST’ como arquivo de saida. você pode especificar os arquivos de entrada e saida na linha de comando.FPC’. o arquivo ‘NOME. Os exemplos utilizados neste manual serão quase inteiramente ecológicos. matriz esta usada para calcular os coeficientes. as relações entre amostras e até que ponto nos podemos reconhecer subconjuntos que mostram mais semelhança entre si e que podem ser considerados como classes ou grupos distintos. e o program vai pedir o nome de um arquivo tipo ‘. e manda toda a saida para este arquivo. Introdução Análise de agrupamentos é uma técnica que é utilizada para formar grupos de objetos ou UTOs (Unidades Taxonômicos Operacionais). embora utilizada inicialmente em estudos taxonômicos. Dunn & Everitt (1982). mais ou menos objetivamente. com extensão e tudo. e juntando o par de grupos mais próximos. é fornecido um conjunto de oito métodos de agrupamento. Quando você chama o programa. é necessário bater o nome completo deste. . Caso você queira utilizar um arquivo com outra extensão.aglomerativo’. um mensagem de erro aparecerá. Arquivo de entrada : O programa utiliza um arquivo de coeficientes de similaridade. tem sido amplamente usada em ecologia e atualmente é empregada extensamente em campos de estudo variando de literatura até geologia.FPC’. Se você quer analisar os grupos formados. chamando o programa com a linha ‘CLUSTER POCOS’’. incluindo a maioria dos métodos comuns como média de grupo e vizinho mais próximo. como coeficiente de correlação cofenética e análises das propriedades dos grupos obtidos. baseando-se em algum conjunto de características destes objetos. Permite utilizar diversos tipos de agrupamento hierarquico . Esta técnica. até que permanece somente um grupo. Produz dendrogramas dos agrupamentos obtidos e fornece várias análises suplementares. e. Utilização Arquivos necessários São necessários: um arquivo de entrada. O programa já supoe que o arquivo de entrada tenha a extensão ‘. nem quantos grupos realmente existem na coleção de objetos. mas o programa pode ser usado para análises de qualquer tipo de dados onde são válidas estas técnicas. Estes partem de uma matriz de semelhança ou distância. em muitos casos.

batendo ‘IMP’ para o arquivo de saida. correlação e diversos tipos de distância (veja a descrição do programa COEF para detalhes destas opções). incluindo diversas medidas de semelhança.FPC Arquivo saida : A. mandar a saida diretamente para a impressora. Note. *Cofen e *Grupos. que certas combinações de coeficiente e método de agrupamento podem criar problemas (veja limitações e problemas. No caso de se utilizar a opção de saida de “Analisar os Agrupamentos” (veja “Opções de Saida” . também. bate este nome após o nome do arquivo de entrada. As opções de tipo de agrupamento são apresentados no menu ‘Tipo de agrupamento desejado’ e a opção desejada pode ser escolhida.RES’. 2 . *dEsen. Pode-se.versão 1 Caso você queira especificar o nome do arquivo de saida. lembrando de deixar um espaço entre os dois .FITOPAC .FPC’ como entrada e os resultados serão colocados no arquivo ‘POCOS. Segue uma descrição de cada comando :METODO .abaixo).por ex. será também preciso o arquivo ‘. embaixo).FPM’ que contém os dados originais utilizados para calcular a matriz de coeficientes de distância ou semelhança. porém. Tela principal Arquivos Rotas Metodo Dendro dEsen Imprimir Cofen Grupos Sair Escolher o metodo de agrupamento a ser usado ———————————————————————————————————————— —— arquivos Arquivo entrada : A. *Imprimir. ‘CLUSTER POCOS POCOS. Dados O programa aceita qualquer um dos coeficientes produzidos por ‘COEF’.RES’ vai utilizar ‘POCOS.LST Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Metodo atual : Media de grupo (UPGMA) Os principais comandos disponíveis são : Metodo. Os comandos marcados com um asterísco estão disponíveis somente depois de produzir um dendrograma utilizando o comando “Dendr”.selecione o metodo de agrupamento que deseja utilizar. batendo a letra apropriada ou utilizando as setas e <ENTER>. Dendro.

vizinho mais distante) Neste método.Metodo de Ward (Variancia minima) H . é utilizada como critério para ligação de grupos. nearest neighbour. Este método pode produzir ‘inversões’ no dendrograma. minimum variance) Neste caso. utiliza um critério que é exatamente o contrário da ligação mínima. portanto. UPGMA. no total :Ligação mínima.Metodo flexivel Todos os métodos de agrupamento são do tipo SAHN . (Weighted average. a soma dos quadrados das distâncias entre os membros de um grupo e o centroide do grupo . Compatível somente com coeficientes de distância. Ligação completa. O método é compatível com qualquer tipo de coeficiente. 3 . McQuitty’s similarity analysis) Este método é semelhante à média de grupo. Também está sujeito a inversões no dendrograma. e você pode utilizar estes coeficientes se ignorar os avisos do programa.Centroide F . (Centroid. Ligação completa. Grupos relativamente compactos e esféricos tendem. este método só faz sentido quando utilizado com distância euclidiana quadrada. (Complete linkage. Média ponderada. minimum method. é o critério utilizado para decidir se dois grupos devem ser ligados.Mediano G . tende a dar pesos iguais aos grupos. Método de Ward. (Average linkage. porém. Os resultados devem. como no método anterior.Ligaçao completa C . centroide ponderado) Este método é a variante ponderada do centroide. então. Da mesma maneira que a média ponderada. Teoricamente. e tem a tendência de formar grupos extremamente compactos e esféricos. hierárquico. deveria dar resultados melhores onde grupos de tamanhos muito diferentes estão sendo comparados. aparentamente com resultados bons. group average) Aqui. Este critério resulta em grupos extensas e ‘straggling’. vários autores utilizam este método com outros tipos de coeficiente (Wishart. (Median.Media de grupo (UPGMA) D . 1987). É compatível com qualquer tipo de coeficiente. apesar de qualquer diferença em tamanho. sem considerar o seu tamanho. weighted centroid. A transformação utilizada no programa não é compatível com coeficientes de similaridade ou correlação. (Ward’s method. WPGMC. o critério utilizado para ligação dos grupos é a média de distância ou semelhança de todos os pares de objetos com um em cada grupo. A próxima ligação será feita utilizando o par de grupos que produz o menor aumento neste soma. maximum method. Centróide. sendo um de cada grupo.sequencial. a distância máxima (ou semelhança mínima) entre qualquer par de objetos. vizinho mais próximo) O critério utilizado para ligar dois grupos neste método é a distância mínima (ou semelhança máxima) entre qualquer par de objetos. Esta escada é caracterizada pelos objetos ligando-se um a um. furthest neighbour. Este método é compatível com distância euclidiana e coeficientes de diferença de tamanho e de forma. UPGMC) O critério usado neste método é a distância entre os centroides ou vetores de médias dos grupos sendo comparados. sem a formação de grupos nítidos. Compatível com qualquer coeficiente. mas este método não é tão extremo como o método de ligação completa. ser interpretados com bastante cautela. mas concede peso igual para os grupos. um de cada um dos dois grupos. aglomerativo.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Tipo de agrupamento desejado ? A .Sneath & Sokal (1973). (Single linkage.Ligaçao minima B . WPGMA.Media ponderada (WPGMA) E . frequentamente formando uma ‘cadeia’ ou ‘escada’. Média de grupo. Mediano. Teoricamente. O método tende a produzir grupos compactos e esféricos. São oito. a se formar . onde a distância de ligação entre dois grupos pode ser inferior ao nível de ligações anteriores. sem sobreposição . Apesar disso.

O tempo de processamento necessário é proporcional ao quadrado do número de objetos sendo agrupados. 1980) indiquem uma má classificação ou que os agrupamentos não são satisfatórios. semlhantes a ligação completa. na prática. opção que tem facilidades para selecionar e aumentar partes do dendrograma. GRUPOS . 1982). Em geral. assim permitindo determinar quais variávies são importantes na separação dos grupos. Esta opção produz uma listagem do dendrograma no arquivo de saida. 1973). mas se o número de objetos é grande. DESEN[HAR] . Note que é essencial ter o arquivo “. entre os valores -1. só precisa bater <ENTER>. Se esta opção é escolhida. o dendrograma vai parecer muito ‘apertado’. e onde estão ocorrendo estes problemas (Sneath & Sokal. o método produz resultados semelhantes a ligação mínima. Atualmente. mas valores perto de -1.25).Este comando inicia o cálculo do dendrograma a partir da matriz de coeficientes fornecida no arquivo de entrada. deve-se utilizar diversos critérios para tomar uma decisão sobre a validade de uma classificação. pode utilizar o comando “Grupos” . Lance & Williams sugerem que um valor perto de -0.0 até (mas não incluindo) 1. Qualquer outra tecla volta à tela principal. quanto mais alto o valor desta correlação. Portanto. sem o uso do modo gráfico. oferece uma maneira de escolher entre classificações alternativas.versão 1 Método flexível. Este método é compatível somente com distância euclidiana e não com correlação. embora os principais divisões (geralmente os mais importantes e interessantes) ainda serão evidentes. Beta.0 produzem agrupamentos muito compactos.imprime o dendrograma usando o conjunto normal de caracteres da impressora. mas.7 .FITOPAC . Este coeficiente. o programa pede um valor para beta. No caso de análises com um número grande de objetos. nem sempre dá a classificação mais satisfatória. 4 . Com valores positivos de beta. Esta opção calcula a correlação entre a matriz de coeficientes original e a matriz de valores cofenéticos que corresponde ao dendrograma produzido na atual análise. Este tipo de critério deve ser usado com bastante cautela não existe um teste de significância satisfatório . utilizando o método de agrupamento especificado. O programa também fornece um gráfico. O valor deste coeficiente serve como indicador. (Lance_Williams’ flexible method) Este método foi proposto por Lance & Williams (1967) e permite variar um parâmetro. Você pode imprimir a tela resultante apertando Ctrl-P (veja ‘Imprimindo gráficos’). Neste formato. pode-se usar a opção imprimir o dendrograma. é possível simular o efeito de diversos métodos de agrupamento. melhor é a representação dos dados originais fornecida pelo dendrograma. IMPRIMIR .Everitt. 1973). análises de grandes números de objetos levarão muito mais tempo que análises menores. portanto.calcula o valor do coeficiente de correlação cofenético (Sneath & Sokal.0. Portanto. Se quiser usar o valor sugerido pelo programa (-0. É especialmente importante aqui a possibilidade de se inspecionar as variáveis originalmente usadas para produzir a matriz de semelhança/distância. especialmente nos níveis inferiores.Esta é a opção mais complexa pois fornece diversos tipos de análise dos agrupamentos presentes no dendrograma atual. no formato mostrado na figura 2. o dendrograma ocupa uma página para cada 30 objetos. Caso você queira analisar os agrupamentos menores. dendrogramas que contém inversões não são corretamente impressos. plotando os valores da matriz de coeficientes original contra os valores cofenéticos do dendrograma (figura 3). de preferência no mesmo disquete ou sub-diretório que a matriz de coeficientes. DENDRO .O dendrogram é desenhado na tela (figura 1) quando se escolha esta opção. e. a listagem será extensa . Alternativamente. em micros mais lentos que não tem co-processador numérico. mas. e existem sugestões que valores baixos (por ex. é conhecido que o método de Média de Grupo (UPGMA) sempre otimiza a correlação cofenética (Gauch.25 geralmente é satisfatório.FPM” usado para produzir a matriz de coeficientes se você pretende realizar análises das variáveis originais. variando o valor de beta. e a listagem pode ser extensa no caso de análises com grande número de objetos. < 0.Analizar os agrupamentos. O gráfico dá uma idéia melhor de possíveis distorções da matriz original. Além disso.e valores relativamente altos do coefiente de correlação cofenética são possíveis em situações onde ocorre distorção razoável na classificação produzida. podem requerer várias horas de cálculos. COFEN[ÉTICO] .

. já foram selecionados 4 grupos. aparece um quadrado ao redor da raiz do grupo junto com o número dado para este grupo (fig. O primeiro passo é de selecionar os grupos que você pretende analisar. deixando claro qual é a parte do dendrograma que está sendo selecionada (fig. Se você pretende analisar grupos ‘encaixados’ desta maneira. a escolha do nó acima de grupos 1 e 2 vai anular estes grupos e criar um novo grupo 5 que contém os membros dos dois grupos originais. 4). precisa fazer mais que um ciclo de análise. e o ramo do dendrograma associado é desenhado com uma linha pontilhada. O cursor indica o nó ativo. utilizando as teclas de seta.esta opção simplesmente imprime no arquivo de saida uma lista dos membros de cada grupo selecionado (fig. 4. Note que a escolha de um grupo anula qualquer escolha anterior envolvendo aquele grupo. preenchendo a tela só com este ramo. 5 . Quando você escolhe um grupo. 5). examinando e escolhendo grupos para análises mais aprofundadas. MEMBROS . o programa apresenta um gráfico do dendrograma (fig. e depois aperta a tecla <ENTER>. voltando a esta opção uma vez que o primeiro nível de análises foi feito. você posiciona o cursor no nó do dendrograma que é a raiz do grupo (ou ramo do dendrograma) que se pretende analisar. 4). Para selecionar um grupo.desfazer o aumento. 4). no dendrograma de fig. Quando terminar a escolha de grupos. Por exemplo. « escolher o ramo atual para análise µ “desfazer” a escolha de um grupo ° terminar escolha de grupos e continuar análise. Permite examinar um ramo em mais detalhe. com um cursor apontando para o nó que representa a raiz do dendrograma. No dendrograma de fig. especialmente em dendrogramas mais “apertados". voltando ao dendrograma original. 4. aperte a tecla <ESC> para continuar.Imprimir listagem dos membros dos grupos . Você pode “navegar” ao redor do dendrograma. Sair Definir os grupos para analise ______________________________________________________________ Metodo atual : Media de grupo (UPGMA) Segue uma descrição da função de cada comando :DEFINIR .programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Definir Membros Var Grupo Box/whisk Acres.Depois da escolha desta opção. Pode-se voltar quantas vezes quiser a este opção. As teclas usadas para “navegação” são as seguintes :- ¤ mude para o ramo à direita ¥ mude para o ramo à esquerda £ mude para o nó anterior (¢ não tem função aqui) §+ ¤ mude para o objeto mais à direita deste grupo §+ ¥ mude para o objeto mais à esquerda deste grupo + ² Vai até a raiz do dendrograma amplia (“zoom”).

Esta opção é útil quando você quer caracterizar um grupo específico.Resumir dados por grupo . Os números de grupo serão colocados numa variável chamado “Grupo” que é adicionada à matriz como o último variável. onde as amostras se ligam com o dendrograma uma por uma. permitindo o uso destes grupos em outros programas deste pacote. 6). SAIR . Com este gráfico.Resumir dados por variavel . 1987. 1981. e tende a ser insatisfatória como classificação. o programa pergunta quais variáveis você quer utilizar. mínimo e desvio padrão do variável para cada grupo (fig. pode acrescentar os números de grupos à matriz original e utilizar esta matriz para uma análise de discriminantes. na realidade. é que este método vai produzir ‘grupos’. e grupos que são formados somente com o uso deste método devem ser vistos com uma certa ‘desconfiança’. será dado o valor de “dados faltando” para esta variável.esta opção é um equivalente gráfico do “Resumir dados por variável". imprimindo os dados para cada variável para um dado grupo. Esta listagem permite investigar quais são as variáveis que distinguem melhor entre diferentes grupos. muito compactos.e. Figura 8 mostra um exemplo deste tipo de gráfico. 50 % dos membros do grupo tem valores menores que o mediano. que tendem a ser mais ou menos esféricos. Os vários levantamentos feitos mostram que não existe um método que é nitidamente superior aos outros em todas as circumstâncias. Neste caso.no. aparentamente bem distinctos. GRUPO . dois “whiskers” representam o máximo e mínimo do grupo para a variável. Inevitavelmente. 1985). Mas em casos onde os grupos tem formas estranhas. e os extremos da caixa representando os “quartiles". A consequência disso.Terminar analise de grupos .esta opção imprime um resumo de cada grupo. Quando uma matriz já contém o número máximo de variáveis. amostras intermediarias liguem os grupos precocemente e estas ligações escondem a estrutura que na realidade está presente. dentro da caixa). cada grupo é apresentado como uma caixa (“box”). variavel por variavel. geralmente. Apesar disso. Também pede uma lista das variáveis que devem ser usadas. torna-se fácil comparar os grupos e investigar o grau de sobreposição entre os grupos nas variáveis selecionadas. temos uma distribuição contínua.semelhante à opção anterior. Mostra. No caso de objetos que não estão dentro de um dos grupos selecionados. o processo de ‘encadeiamento’ (chaining). Fora da caixa. máximo. produzindo uma ‘escada’. com uma linha central representando o mediano. Milligan. desde que não haja muitas amostras intermediárias. Podemos fazer um contraste entre ligação mínima. permitindo qualquer combinação desde uma variável só. A diversidade de métodos de se formar agrupamentos cria muitas dúvidas e questões sobre a sua aplicação. Portanto. este método frequentamente produz 6 . os resultados são mais aceitáveis dos que os de ligação completa. mas. ACRES[CENTAR] . BOX/WHISK . 1977) para cada variavel selecionada. onde grupos bem irregulares podem ocorrer com mais facilidade. se você quer verificar até que ponto os grupos podem ser distinguidos e criar funções discriminantes para separá-los. até todas as variáveis no arquivo. numa forma extrema. você pode acresentar permanentamente os números de identificação dos grupos selecionados à matriz de dados originais. fornecendo média. Quando tem menos que quatro objetos no grupo. Antes de imprimir esta listagem. Se não se definem bem os grupos existentes nos dados. ou com outros pacotes estatísticas via as facilidades paratradução” de formatos. ou lineares ou mais irregulares.voltar à tela principal. este método pode ser extremamente útil. Esta situação parece ser mais comum em estudos taxonômicos. pois consegue seguir as configurações mais complexas. não é possível acrescentar os números de grupo. algumas recomendações podem ser feitas. produzindo um gráfico do tipoBox & Whisker” (Tukey. Na prática. Ligação completa. Recomendações sobre escolha de métodos. usando “Systat". que ocupa um extremo do espectro de métodos e ligação completo no outro. a colocação dos objetos nos ‘grupos’ é um tanto arbitrária. onde. porém. é apresentado somente uma linha representando o máximo e mínimo do grupo. Por exemplo. O método de Ward também tende a produzir grupos relativamente compactos e esféricos. produz grupos extremamente bem definidos. Ligação mínima produz dendrogramas que normalmente são de pouca utilidade na maioria de situações reais. de grupo a matriz .com esta opção. Milligan & Cooper.FITOPAC . Scheibler & Scheibler. antes de proceder ao próximo grupo (figura 7).versão 1 VAR[IÁVEL] . e a escolha depende do tipo de dados que o usuário tem e do tipo de agrupamentos que ele procura (por ex. que é pouco informativa. por outro lado. mas produz um resumo grupo por grupo. e 50 % dos membros caiem dentro da faixa entre os “quartiles” (i. “Statgraphics” ou qualquer outro pacote estatística que tem facilidades para este tipo de análise.Diagrama “Box & Whisker” .

fornece resultados comparáveis com média de grupo e método de Ward (Milligan & Cooper. Em estudos com dados reais. Já. geralmente foi comparável ou.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) resultados bons para dados de composição florística e em estudos taxonômicos.25 geralmente funcionam bem. mais do que produzir realmente uma classificação de grupos distintos. o mais satisfatório. algumas destas propriedades são perdidas. porém. Em geral. dentre as técnicas aglomerativas/hierárquicas (Milligan. [ No momento. alguns métodos não são combinatoriais. sem a necessidade de recalcular a matriz inteira. Parece ser particularmente útil para estudos ecológicos onde em muitos casos queremos ‘dissecar’ o que é essencialmente contínuo. e. Portanto. 1985). dij e o número de objetos em i e j. Com este número. os agrupamentos produzidos são quase sempre mais fáceis para interpretar do que as classificações produzidas por outros métodos. em algumas situações. o que quer dizer que os coeficientes calculados nas etapas posteriores da análise são de exatamente o mesmo tipo e tem as mesmas propriedades que os coeficientes iniciais. ] Compatibilidade entre coeficientes e métodos. Nos estudos citados anteriormente. Scheibler & Schneider. não é necessário usar os dados originais ou a matriz de coeficientes original para atualizar a matriz. produz resultados bons. Limitações e problemas Limites O número máximo de objetos (UTOs) é 400. se não o melhor. 2) a estratégia pode também ser compatível. É sugerido por Milligan (1987) que valores de β em torno de -0. melhor que o método de Ward (especialmente com coeficientes de correlação). djk. dependendo do valor de β escolhido. valores de β na faixa de -0. Scheibler & Schneider. 1987. O método de média de grupo é. Normalmente. isso é considerado indesejável. em geral. Com alguns coeficientes. 1981. Milligan & Cooper.4 a -0. e neste caso o coeficiente de um grupo k com o novo grupo formado pela fusão dos grupos i e j pode ser expresso inteiramente em termos dos coeficientes dik. Os outros métodos mencionados produzem resultados entre os extremos de ligação mínima e ligação completa. Esta propriedade de formação de inversões é considerada altamente indesejável por muitos autores que consideram estes métodos obsoletos.7 são necessários para obter resultados satisfatórios. O algorítmo empregado neste programa utiliza a estratégia combinatorial (combinatorial strategy) de Lance & Williams (1967). Os estudos com dados artificiais sugerem também que o método de Ward é quase sempre um dos melhores. análises vão ser bastante demoradas e os dendrogramas apresentados na tela serão muito “apertados". o método flexível é bastante interessante por que a intensidade de agrupamento pode ser controlada. alguns coeficientes teoricamente não podem ser utilizados em combinação com alguns métodos de agrupamento. utilizando diferentes valores do parâmetro β (beta). 1985). Lance e Williams distinguem duas situações: 1) a estratégia de agrupamento pode ser combinatorial. No caso dos métodos de centroide e mediano. em alguns casos. pois os coeficientes nas fases posteriores não são iguais aos originais.2 a -0. No caso de uma estratégia incompativel. 1987. Enquanto esta técnica facilita a programação e permite a inclusão de uma diversidade de métodos dentro de um único programa. e não é mais possível interpretar os resultados com confiança. 7 . o dendrograma resultante pode mostrar inversões: nestas o nível de fusão entre dois grupos é inferior (distância menor) do que o último nível de fusão dentro de um ou ambos os grupos (o nível de fusão não aumenta monotónicamente). embora em conjuntos de dados onde casos extremos (‘outliers’) são comuns. onde os novos coeficientes dos grupos formados são calculados a partir dos anteriores. não há espaço suficiente para fazer análises de agrupamento com o número máximo de objetos e o programa dará uma mensagem dememória insuficiente” se tentar.

é possível utilizar combinações incompatíveis ou do tipo não combinatorial. Clifford. Academic Press. a modificação sugerida por Anderberg (1973). 1985).por ex. An Introduction to Numerical Classification. você é inteiramente responsável pela interpretação da análise resultante! Se não conhece bem estes métodos.R.versão 1 As combinações consideradas combinatoriais e compatíveis são resumidas na tabela seguinte : tipo de coeficiente. é necessário pesquisar somente estes valores mínimos. 1973.FITOPAC . recomenda-se evitar combinações incompatíveis. onde o valor mínima de cada coluna da matriz de coeficientes é armazenado. mínima lig. e parecem produzir resultados úteis. M. em alguns casos. completa média de grupo média ponderada centróide mediano Ward flexível distância simples +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/+ -/? +/+ +/+ distância quadrada +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ combinatorial/compatível distância Manhattan +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/+ -/? +/+ correlação +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/-/? +/- Em geral. Cluster Analysis for Applications. & Stevenson. Este tem a vantagem de permitir diversos métodos de agrupamento com essencialmente uma única transformação. Academic Press. H. método lig. Para aumentar a velocidade de processamento. foi utilizada. combinações onde tem um ‘-’ na tabela devem ser evitadas : o programa dará uma mensagem indicando que uma combinação e incompatível. De modo geral. Portanto. também. New York. diminuindo consideravelmente o tempo necessário para processamento. e. W. 8 . Apesar dos possíveis problemas. Neste caso. Schiebler & Schneider. e não a matriz inteira. somente com distâncias quadradas. Bibliografia Anderberg. simplificando a programação e oferecendo todos os métodos dentro do mesmo programa. Notas técnicas O programa utiliza o algorítmo de Wishart (1969) para realizar o agrupamento. nota-se que os primeiros 4 métodos são compatíveis e combinatoriais para qualquer coeficiente enquanto os últimos 4 devem ser usados somente com distâncias. desde que usados com cautela. várias técnicas teoricamente incompatíveis são usadas com coeficientes como correlação (especialmente o método de Ward . mas permite continuar com a análise se você quiser.T. e desde que se reconhece que não são implementações exatas do método original. New York. 1975. Neste caso.

Monte carlo tests of the accuracy of cluster analysis algorithms: a comparison of hierarchical and nonhierarchical methods. Hierarchical systems. Milligan. G. An Introduction to Mathematical Taxonomy. Scheibler. Multivariate Behavioural Research 20 : 283-304. B. & Sokal. 1981. Everitt. A study of the beta-flexible clustering method (WPS 87-61). B. 1984. 1987. Wiley. An algorithm for hierarchical classifications. Chapman & Hall. P. W.A. Milligan..F. G. Computer J. Measurement 11 : 329-354. Methodology review: Clustering methods. 1969. Reading. Wishart. 9 : 373-380. A general theory of classificatory sorting strategies 1. London. New York.W. G. J. Freeman & Co. Mass. San Francisco.H. 1967. Cluster Analysis (2nd ed. & Cooper. 1981.T. Addison-Wesley.D. D. E. 1973. Chapman & Hall. Exploratory Data Analysis. D. W. Faculty of Management Sciences. Gordon. Classification. The Interpretation of Ecological Data.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Dunn.). A. Tukey.W. R. Columbus OH: Ohio State University. London. 1982. Applied Psychological 9 . Lance. 1980. Multivariate Behavioural Research 16 : 397407.G.H. Pielou. W. M.C. Manly. B. & Everitt. Milligan.C. London. & Wiliiams.R. 1986.S. 1987. Heineman Educational Books. A review of monte carlo tests of cluster analysis.W.S. Biometrics 25 : 165-170. G. Numerical Taxonomy. Sneath. Cambridge University Press. 1977.N. 1985. & Schneider. G. Multivariate Satistical Methods.W.

versão 1 Figura 1 Dendrograma desenhada na tela 10 .FITOPAC .

94 5.99 15.94 UTO modern dog-+-------+ +---------+ prehistoric -+-------+ | +--------+ cuon-+-----------------+ | +------+ golden jacka-+--------------------------+ | +--------------------+ dingo-+---------------------------------+ | | chinese wolf-+---------------------+ | +--------------------------------+ indian wolf-+---------------------+ +------+-------+------+-------+------+------+-----+----+ 0 | 4 | 8 | 12 | 16 2 6 10 14 distancia euclidiana simples Figura 2. Exemplo de listagem de dendrograma 11 .44 9.programa CLUSTER **** ** ** (manual versão 30/04/98) Dendrograma **** Tipo de coeficente : distancia euclidiana simples Tipo de agrupamento : Media de grupo (UPGMA) Nivel de fusao 2.25 15.99 7.04 4.

12 .versão 1 Figura 3 Gráfico produzido para correlação cofenética.FITOPAC .

programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Figura 4 Fase de escolha de grupos . 13 .4 grupos já foram selecionados.

14 . 6c. 5c. 1b. 12c. com 20 membros *** Membros do agrupamento sao : 11d. 13d. 5d. 17b. Listagem dos membros dos grupos. 2c. 11a. 20d. *** Agrupamento : Grupo 2. 5b. 15e. 10b. 19b.versão 1 membros dos grupos selecionados *** *** Agrupamento : Grupo 1. com 4 membros *** Membros do agrupamento sao : 1a. 13e. com 16 membros *** Membros do agrupamento sao : 2b. 16c. 8d. 17c. 10a. 16a. 8c. 10c. 5e. 4d. 19e. 14a. Figura 5. 11e. *** Agrupamento : Grupo 3. 17a. 18d. 12a. 12e. 1d. 7c. 10d. 11c. 20b. 15a.*** FITOPAC .

.O. 2...2745 minimo 4...000 maximo 4...200 4.900 N 16 4 20 Variavel no.. *** Media 4.... 15 .. 2 Grupo grupo grupo grupo 1.800 4.... Resultados de análise de grupos por variável.5944 0.700 4..600 maximo 4..700 1.*** programa CLUSTER Resumo por variavel *** (manual versão 30/04/98) Variavel no.380 pH CaCl-0 desvio padrao 0. 2.856 1. 1 Grupo grupo grupo grupo 1.400 4.250 4.100 4.3410 minimo 2.1915 0. 3..700 N 16 4 20 Figura 6.. -0 desvio padrao 0.3464 0. *** Media 3.387 4.000 4...900 3. 3.105 M.2094 0.600 0.

856 2....230 maximo 4.600 0...250 1.0283 minimo 4. Figura 7......0681 minimo 4. M.3464 1.285 desvio padrao 0. K -0.2745 0.380 4. 16 ..700 5.400 1.versão 1 *** Resumo por grupo *** *** grupo 1 *** Media 4.806 0.000 0.. Resultados de análise de variáveis por grupo..010 maximo 4.. K -0...400 0.800 0.625 0..700 5.700 3. *** grupo 2 *** Media 4.. K -0. P -0..270 desvio padrao 0..6778 0.800 0....290 N 4 4 4 4 Variavel pH CaCl-0...100 2.600 1.O.. -0..300 N 20 20 20 20 Variavel pH CaCl-0....900 2..105 1.4569 0...640 0..5944 0.. P -0....600 1..O.2094 0.480 N 16 16 16 16 Variavel pH CaCl-0....9044 0.214 desvio padrao 0.. -0....800 0.. M.3410 0...... *** grupo 3 *** Media 4.800 4...200 3.000 0.000 3.1103 minimo 4.387 3...O.1915 0..FITOPAC .. -0. M.. P -0.100 maximo 4..900 4.

programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Figura 8 Exemplo de um gráfico “Box & Whiskers". 17 .