FITOPAC 1

MANUAL DE USUÁRIO

1995.

G. J. Shepherd
Depto. de Botânica IB da UNICAMP CxP 6109 CAMPINAS 13081 SP - Brasil

AVISO IMPORTANTE

Embora tentou-se evitar possíveis erros e "bugs" nos programas, testando com conjuntos de dados e contra outros programas, é quase uma certeza que ainda existem alguns. Se você encontra erros, ou tem sugestões para melhorar os programas, mande uma carta ao autor, explicando sua sugestão ou descrevendo em que circunstâncias o erro ocorreu. No caso de erros, ajuda achar o problema se você pode incluir uma cópia dos dados que provocaram o erro, junto com uma descrição da análise sendo realizada. Estes sugestões e avisos de erros serão utilizados par melhorar e corrigir a próxima versão do programa.

INTRODUÇÃO

O que é FITOPAC ?
FITOPAC é um conjunto de programas para análises fitossociológicas que permite calcular parâmetros fitossociológicos e analisar dados de levantamentos de vegetação de diversas maneiras. Alguns programas também podem ser úteis para análises de outros tipos de dados, particularmente em taxonomia. Embora existam, no exterior, vários “pacotes” de programas para análise de dados ecológicos, estes freqüentemente não são bem adaptados aos tipos de dados normalmente coletados aqui no Brasil, especialmente em vegetação lenhosa de florestas e cerrados, ou são difíceis de usar, especialmente por pessoas que não tem muita experiência no uso de computadores. O objetivo do atual “pacote” é de fornecer os programas necessários para análises de dados obtidos em vegetação típico do Brasil, e de permitir seu uso sem exigir grande conhecimento de computação, embora um certo mínimo evidentemente é necessário. Os programas foram montados para utilizar microcomputadores do tipo IBM-PC compatíveis. Embora isso limita, um pouco, o tamanho de levantamento que pode ser analisado, tem a vantagem de facilitar acesso aos programas pois não necessita de computador de grande porte. De qualquer maneira, os limites para esta versão (10.000 indivíduos, 1000 amostras e 1000 espécies para cálculo de parâmetros fitossociológicos e 400 parcelas e 250 espécies para matrizes de parcela x espécie) devem acomodar a maioria de levantamentos atualmente realizados, e são comparáveis com os limites impostos por outros programas para microcomputadores. Em geral, pretende-se que estes programas sejam utilizados para análise de vegetação lenhosa, embora seja possível utilizar alguns programas para análise de outros tipos de dados.

O que tem no FITOPAC ?
A versão 1 do FITOPAC contem os seguintes programas : PREPARE - este programa é utilizado na preparação de dados para FITOPAC, oferecendo facilidades para verificação dos dados de campo, e formatando o arquivo de dados para uso com os outros programas. CADERNO - fornece listagens dos dados de campo, podendo ordenar os dados em diversas maneiras. PARAMS - calcula parâmetros fitossociológicos para um levantamento usando amostragem por parcelas ou quadrantes. Inclui índices de diversidade, além dos parâmetros normais empregados em fitossociologia (por ex. Densidade Relativa, Dominância Relativa, IVI, IVC, etc.). Também fornece alguns gráficos simples. CRIAMAT - este programa prepare matrizes de parcelas x espécies a partir de um arquivo de dados de campo. Estas matrizes são usadas para outras análises (PCA, análise de aglomerados, etc.). O programa tem facilidades para manipulação das matrizes (transformações, remoção de espécies raras, etc.). Permite, também a entrada de matrizes em forma de arquivos ASCII MATRIZ - para manipulação e “tradução” de matrizes de dados em diferentes formatos, permitindo importação ou exportação de dados para outros programas e pacotes. COEF - calcula uma variedade de coeficientes de similaridade e distâncias (distância euclidiana, Bray_Curtis, “Canberra”, etc.), usados para análise de agrupamentos (“Cluster Analysis”). CLUSTER - para Análise de Agrupamentos (“Cluster Analysis”), incluindo diversos tipos de agrupamento (vizinho mais próximo, média de grupo, etc.). ORD - para diversos tipos de ordenação, incluindo Análise de Componentes Principais (PCA), Análise de Coordenadas Principais (PCO) e Análise de Correspondências (CA - também conhecida como Análise de Médias Recíprocas - RA). Estas análises são amplamente utilizadas em estudos de vegetação. Os últimos três programas também são de interesse para pessoas usando técnicas de taxonomia numérica com dados taxonômicos.

Histórico
O desenvolvimento do FITOPAC começou com a expansão de estudos fitossociológicos no Departamento de Botânica da UNICAMP. Diversos pessoas sofreram com o processo de calcular parâmetros fitossociológicos, as vezes passando vários dias fazendo os cálculos, errando, e repetindo tudo de novo, tudo na base de calculadoras simples. Decidi, então, escrever um programa básico para fazer estes cálculos no computador central da 3

expandir os programas para fazer outros tipos de análises. decidi transferir os programas para uso em micros. naquela época um PDP-10.FITOPAC 1 universidade. FITOPAC 1. a atual deve ser citado como :Shepherd. apesar de um interface de usuário totalmente incoerente (com alguns programas em FORTRAN e outros em Turbo Pascal).versão preliminar. 1988. um manual totalmente deficiente e diversos “bugs” horrorosos ! Com a atual versão. O resultado foi a “versão preliminar” do FITOPAC que foi liberada em 1988. Departamento de Botânica. Manual de usuário. Departamento de Botânica. e a versão anterior como :Shepherd. UNICAMP.J. utilizando FORTRAN como linguagem de programação. Este programa ficou cada vez mais procurado com o aumento em levantamentos em cerrados e matas. espero que finalmente o interface com o usuário esteja um pouco mais coerente. G. Para citar as diferentes versões. e que o manual seja um pouco mais útil. mas o processo de utilização foi muito difícil pois tínhamos somente um velho terminal que usava papel e que servia o Instituto de Biologia inteiro. e ao mesmo tempo. a primeira “oficial” do FITOPAC. G. e que os piores “bugs” foram exterminados. 4 .J. UNICAMP. facilitando o acesso. Com a introdução de microcomputadores. e que acabou sendo bastante utilizado na UNICAMP e em diversos outros locais. acredito que as análises oferecidas agora são mais diversas e produzem informações mais completas e úteis para o usuário. 1995. FITOPAC . embora sem dúvida ainda restam alguns ! Em geral.

3. Este coprocessador aumenta em três vezes ou mais a velocidade de processamento de dados numéricos. ser guardados num lugar seguro. etc. etc. \FITOPAC) e copia todos os programas para este subdirectório. \DADOS). e é particularmente útil se você pretende fazer muitas análises de dados numéricos. Um microcomputador do tipo IBM-PC compatível. especialmente com PCA. Se você usa o comando PATH \FITOPAC. Os disquetes não são protegidos e podem ser copiados usando “DISKCOPY”. (os programas não rodam em micro tipo “Apple” ou CP/M !). precisa também instalar o sistema operacional (formata os disquetes com opção “/S” ou use o comando “SYS” . então. 8000 indivíduos não cabem num disquete de 360 Kbytes ! 4. Estas análises vão demorar muito se sua matriz é grande e não tiver um coprocessador. 5 . utilizar os programas a partir de qualquer outro subdirectório no disco rígido (por ex. Um coprocessador numérico 8087 não é essencial. Dois drives tipo “floppy” ou um “floppy” e um disco rígido (Winchester).arquivos com mais que aprox. Este último é muito mais rápido e quase essencial para levantamentos mais extensas . mas é altamente recomendável. A primeira coisa que você deve fazer é copiar os disquetes para produzir uma cópia de trabalho. 640 Kbytes de memória. Instalação no micro.repare que os disquetes vem sem sistema operacional). No momento. Se você quer dar um “boot” a partir destes disquetes. Os originais podem. sugiro que você cria um subdirectório (por ex. Os programas são distribuídos em disquetes. “COPY” ou qualquer copiadora de disquetes. 2. pode.). caso haja algum “acidente” com sua cópia de trabalho (alguém derramou café nos disquetes.INSTALAÇÃO Equipamento necessário 1. Se você tem um disco rígido. servindo de reserva. Os programas foram compilados usando uma opção para “emular” um coprocessador e podem correr em micros com ou sem o coprocessador. os programas estão configuradas para usar memória cheia. então.

desde que haja facilidades para produzir arquivos ASCII (a maioria tem) e uma capacidade suficiente para seus dados (um levantamento grande pode ocupar 5000 linhas ou mais) b)A segunda coisa que você precisa é um disquete formatado. Se você está com dúvidas se o seu editor funcionará. Wordstar(em modo não-documento). sugere-se a criação de um subdirectório específico para os dados. FITOPAC utiliza dois arquivos ASCII como ponto de partida. você precisa de um editor de texto para entrada dos dados . isso indica que o editor não pode ser usado. No caso de levantamentos muito extensos. tente mostrar um arquivo produzido pelo editor usando o comando DOS “TYPE”. Estes arquivos são preparados usando o editor de texto. gravação e verificação dos dados num disquete. utilizar planilhas como Lotus 123.1 (até revisão r02) não podem ser usados. pois não produz somente caracteres ASCII. preferivelmente vazio. É possível. etc. 5) Preparação de uma matriz de dados a partir do arquivo FPD para outras análises (PCA. Entrando os dados 1. no meio do texto.). porque não produzem arquivos ASCII. Se aparecem na tela uma série de caracteres estranhos misturados com o texto. e incluem uma série de códigos para a impressora. Embora seus dados possam ocupar somente uma parte pequena do disquete. Considerações Gerais. MS-Word(arquivo não formatado) e o Norton Editor. usando programa CRIAMAT.FITOPAC (ainda) não tem facilidades para entrada direta dos seus dados. Qualquer editor capaz de produzir arquivos ASCII pode ser utilizado . 3) Transformação dos dados em arquivo FPD. prontos para serem gravados num disquete usando um editor de texto. Note-se que alguns processadores de texto como “Redator” v 1. 2) Entrada. é melhor utilizar um disquete para cada levantamento. d)Os dados de campo formam o último item necessário para iniciar o trabalho de entrada de dados. você pode precisar de mais que um disquete. 6 . e contêm os dados de campo do seu levantamento. etc. particularmente se você pretende executar análises mais complexas. Estes arquivos serão utilizados pelo programa “PREPARE” para produzir um novo arquivo contendo os dados no formato específico necessário para os outros programas do FITOPAC. c)A terceira necessidade é uma lista das famílias e espécies incluídas no levantamento. usando o editor de texto. também.) usando o arquivo FITOPAC e os programas apropriados (PARAMS. 4) Análises básicas (parâmetros fitossociológicos. etc. deixando bastante espaço para arquivos que serão criados durante as análises posteriores.). usando programa PREPARE. análise de agrupamentos.PREPARANDO DADOS PARA FITOPAC Passos necessários para análises usando FITOPAC 1) Preparação dos dados: essencialmente a preparação dos dados de campo num formato apropriado para o programa. Se você está utilizando um micro com disco rígido (Winchester). etc. O primeiro arquivo contém os nomes das famílias e das espécies.por exemplo. O que você precisa ? a) Em primeiro lugar. e o segundo tem os dados numéricos do levantamento.

e a extensão “. um espaço. Nomes mais compridos podem ser entrados.). Uso de extensões e nomes de arquivos. pois os parâmetros calculados para famílias não estarão corretos. 3. mais um espaço e finalmente o nome da espécie. Neste caso. “.2. mas é evidente que este procedimento não é muito recomendável. o número da família. Nomes para “mortas” e desconhecidos. onde há indivíduos mortos. Como exemplo. 1. pois isso pode criar problemas quando os programas procurem arquivos no disco. No caso de espécies desconhecidas. Após a última família. é necessário somente dar um número e um nome temporário para cada um (por ex. e depois o nome da família. no mínimo.não é nada agradável gastar vários dias batendo um conjunto de dados e depois descobrir que vai ter que repetir tudo porque alguém derrubou uma xícara de café em cima do seu disquete ! Mantenha cópias de segurança. no fim de cada dia.. E uma falsa economia pensar que não vale a pena comprar um outro disquete . embora o limite máximo de 8 caracteres para nomes de arquivos em DOS as vezes seja um pouco limitante. Serão tratadas como espécie e família normal no processamento.FPM” para matrizes de espécies x amostra. Em seguida. criar uma “família”. você pode tentar dividir as desconhecidas em mais que uma família.podem ser batidos em qualquer ordem. Indivíduos mortos ou desconhecidos podem ser incluídos mas é necessário tomar alguns cuidados com os nomes usados. Onde a família ou gênero da espécie já é conhecido. dando a extensão “. e uma família “mortas” também. e cuide de manté-las atualizadas.Myrcia sp20. ou outras matrizes. além de periodicamente “salvar” seus dados enquanto está usando o editor de texto.Utilizando FITOPAC Antes de começar batendo os dados. caso você não queira incluí-las nas análises. se não mais freqüentemente. uma lista das famílias das espécies incluídas no levantamento. O primeiro arquivo a ser preparado deve ser o arquivo de nomes. deve ter um nome por linha. especialmente em análises mais complexas onde numerosos arquivos podem ser gerados. De novo. 2. Os nomes das famílias são batidos um por linha. É particularmente importante evitar o uso das extensões reservadas pelo FITOPAC. Este arquivo contém. No nosso exemplo. Em geral. começando com o número da família. um espaço.DAD” para o arquivo de dados numéricos. O Arquivo de Nomes. 7 . procure no manual do “DOS” ou qualquer livro que explica como usar um micro. vem a lista das espécies. Após a última espécie. mas não é essencial. use o mesmo nome para os arquivos de nomes e dados.FPD” para arquivos de dados de levantamentos e “. Não é necessário que os nomes sejam entrados seguindo ordem numérica . você pode criar uma espécie “mortas” com número e tudo. também. Myrtaceae 1. O formato do arquivo de nomes deve ficar semelhante àquele da fig. Em geral.NMS” para o arquivo de nomes. 35 caracteres. isso daria “SAOJOSE. “Desconhecida” para acomodar estas espécies. esta técnica pode criar problemas. Embora os nomes e extensões sugeridos aqui não sejam obrigatórios. no máximo. você deve bater uma linha contendo somente “999” para indicar o fim das famílias. começando com o número da espécie. mas serão truncados pelo programa. O FITOPAC utiliza duas extensões próprias. se quiser.NMS” e “SAOJOSE. Em alguns programas existe a opção de excluir espécies. e um nome do tipo “desconhecida 1”. você pode colocar uma linha com “999”. Sugere-se o uso de algumas extensões padrões para os arquivos usados com FITOPAC. deve ser dado um número para cada morfoespécie. Será necessário. Os nomes devem ter. cada uma com um número de espécie e o número da família a qual pertence. Myrcia sp1. se você tem um levantamento realizado em São José dos Campos. E extremamente importante FAZER COPIA DE SEGURANÇA (backup) dos dados num segundo disquete ! Normalmente você deve copiar todos seus arquivos de trabalho. É melhor usar um nome descritivo para os arquivos. Em levantamentos onde há muitas espécies desconhecidas. um possível nome para os seus arquivos seria “SAOJOSE” (note-se que acentos e símbolos especiais normalmente não são permitidos em nomes de arquivos). São estes números que serão utilizados pelos programas para ligar as epécies às famílias e os dados numéricos com as respectivas espécies.DAD” para os dois arquivos básicos. etc. mas o uso da ordem numérica facilita o processo de verificação dos nomes e ajuda a evitar a utilização do mesmo número para dois nomes. Se você não entende o uso de extensões. desde que o número da família e espécie corresponda ao que você usou no resto dos dados.. em primeiro lugar. e as regras para nomes de arquivos. você precisa dar um número para cada família e um número para cada espécie. seu uso facilitará a manipulação de arquivos posteriormente. Myrtaceae 2. e seria melhor tentar melhorar as identificações do seu material antes de tentar analisar os dados.

FITOPAC 1

4. O arquivo de Dados.
O arquivo de dados contém todos os dados numéricos, isto é, as medições feitas para cada indivíduo que entrou no levantamento. O formato exato dos dados depende do tipo de levantamento, mas essencialmente segue o padrão usado para anotar os dados no campo. No momento, o limite de comprimento para cada linha no arquivo de dados é de 255 caracteres. Em geral, o formato dos dados é “livre” - não há necessidade de manter os números alinhados em colunas, e desde que você bate pelo menos um espaço entre números, espaços a mais não atrapalham. Números inteiros não precisam ter um ponto decimal e “0”. Se for utilizada a opção de “correção automática” no programa “PREPARE”, você pode usar uma virgula em vez de ponto decimal, mas neste caso, qualquer virgula encontrada no arquivo de dados será tratado como um ponto decimal. O uso do teclado numérico do micro facilita a entrada de dados numéricos e ajuda reduzir erros. Para usar o teclado numérico, você precisa apertar a tecla “Num Lock” - deve acender uma luzinha indicando que o “num lock” está ligado - e começar digitando os números. Note, porém que você não pode usar “PgUp”, “Del”, “Ins”, setas, etc. quando “NumLock” está ligado. Medidas de perímetro ou diâmetro podem ser usadas e estes podem ser em centímetros ou metros, mas não se pode misturar tipos de medições ou unidades no mesmo levantamento - por exemplo, tem que ser usado perímetro em metros para todos os indivíduos de um levantamento. No caso de diâmetros/perímetros múltiplos (vários ramos no mesmo indivíduo), devem ser batidos os valores individuais separados por um “+”, e o programa “PREPARE” calculará um diâmetro/perímetro equivalente. Por exemplo, no caso de ter um indivíduo com três ramos, com perímetros de 12, 14 e 20 centímetros, você bate 12+14 + 20 (note-se que pode ter ou não ter espaços entre os números - são opcionais). Alturas normalmente devem ser expressas em metros. No caso de não ter medidas de alturas, pode omitir este dado (no programa “PREPARE”, há uma opção para dados sem alturas). Para os diferentes métodos de levantamento tem formatos de dados diferentes, geralmente correspondendo aproximadamente ao formato dos dados obtidos no campo. No momento, os tipos de levantamento que o pacote pode analisar são os seguintes :Levantamentos usando parcelas: Na primeira linha do arquivo vem o número da primeira parcela. Os “números” de parcelas podem conter letras e outros códigos, até um total de 35 caracteres, mas não podem ter um espaço em branco* . Por exemplo “1A”, “201”, “22.01”, “1/55a” e “parcela_30” são todos aceitáveis como “número” de parcela. Depois, vêm os dados para os indivíduos da parcela, um indivíduo por linha, na seguinte ordem : no. do indivíduo (opcional - se você não quer incluir, os programas criam uma numeração própria), perímetro/diâmetro (em cm. ou metros), altura (opcional) e número da espécie (obrigatório). Em casos onde foram medidas as posições espaciais dos indivíduos, os coordenadas X e Y de cada indivíduo podem ser incluídas, depois do número da espécie. Após o último indivíduo da parcela, na linha seguinte, vem o número da próxima parcela, e em seguida, os dados dos indivíduos. Este processo continua até a inclusão dos dados do último indivíduo. Não é necessário incluir qualquer sinal especial para indicar o fim dos dados. A ordem de entrada das parcelas não é fixa, podendo ser até aleatória, desde que todos os indivíduos de uma parcela estejam juntos. Se você pretende analisar subconjuntos ou blocos de parcelas dentro de um levantamento, a inclusão das parcelas em grupos que correspondem aos blocos a serem analisadas vai facilitar a análise, embora isso não seja obrigatório. Fig. 1.3 mostra o formato esperado para dados deste tipo. Levantamentos usando o método de quadrantes : O formato neste caso é mais simples, tendo uma linha para cada indivíduo, com os seguintes dados - no. de ponto, no. de indivíduo (opcional), distância do ponto (obrigatório), perímetro/diâmetro, altura (opcional) e número da espécie (obrigatório). Se você não quer entrar um número de indivíduo, os programas criam uma numeração própria. Os pontos podem entrar em qualquer ordem, mas para facilitar análises de subconjuntos ou blocos de pontos, é melhor entrar os pontos em blocos que correspondem aos blocos a serem analisados. Coordenadas X e Y podem ser incluídas após o número da espécie. Fig. 1.4 mostra o formato esperado para dados deste tipo.

C. Um exemplo
Para ilustrar o uso do FITOPAC, podemos tomar um exemplo (imaginário) que mostra os passos básicos. Fizemos um levantamento dentro de uma área de mata na região de São José dos Campos, instalando 100 parcelas espalhadas ao acaso ao longo de um gradiente altitudinal. Estamos interessados inicialmente em ter uma idéia geral da
* A versão preliminar de FITOPAC permitia espaços aqui. Se você realmente insiste, pode colocar espaços, desde que haja um “t” (ou “T”) no final da última linha da parcela anterior (fig. 1.5). Repare que isso não é possível na primeira parcela!

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Utilizando FITOPAC composição da mata como um todo, mas também gostaríamos de investigar o efeito do gradiente altitudinal sobre a composição da vegetação. Temos todos as medidas de campo, e a identificação das espécies essencialmente está completa, restando somente 3 ou quatro espécies desconhecidas. Em primeiro lugar, preparamos a lista de famílias e espécies encontrados no levantamento, dando um número para cada família e cada espécie. Uma família “Desconhecida” e espécies “desconhecida 1” a “desconhecida 4” são criadas para acomodar as espécies não identificadas. O número de espécie apropriado é anexado aos dados para cada indivíduo, nos dados de campo, e cuidadosamente verificado antes de começar trabalhando com o computador. Em seguida, escolhe-se um nome apropriado para nossos arquivos. Como nosso levantamento foi feito em São José dos Campos, vamos usar SAOJOSE para o nome dos arquivos, e começamos criando os arquivos SAOJOSE.NMS e SAOJOSE.DAD, utilizando um editor de texto. Entramos os nomes e dados nos dois arquivos seguindo o formato descrito acima. Neste ponto, é interessante imprimir uma listagem dos dois arquivos, para verificar os dados antes de qualquer processamento. Se possível, é mais fácil trabalhar com duas pessoas, uma “cantando” os dados e a outra verificando na listagem. Embora chato, este passo é muito importante, pois a integridade e confiabilidade das análises posteriores são inteiramente dependente de ter dados corretos nestes arquivos. Os programas podem detectar alguns erros mais grosseiros, mas não há como detectar o fato que você bateu 44.5 em vez de 55.4 para o perímetro de indivíduo no. 445, por exemplo. Portanto, é essencial que a verificação dos dados seja feita com muito cuidado e atenção. Após ter verificado os dados, podemos converter estes arquivos numa forma que pode ser usada pelos outros programas. Utilizamos o programa “PREPARE” para converter os arquivos de nomes e dados numéricos num arquivo “.FPD”, batendo PREPARE SAOJOSE. Como estamos empregando as extensões normais do FITOPAC, precisamos bater somente SAOJOSE e o programa vai criar todos os nomes de arquivo necessários. Enquanto está lendo os dados, o programa tenta detectar alguns erros comuns, e da uma oportunidade para corrigi-los, editando os dados. Portanto, é útil ter uma cópia dos dados de campo a mão, permitindo verificação imediata se o programa detecta qualquer problema. Note-se que qualquer correção feita utilizando PREPARE tem efeito somente no arquivo “.FPD” e não nos arquivos “.NMS” e “.DAD” ! O resultado é um arquivo SAOJOSE.FPD, contendo todos os dados e pronto para uso pelos outros programas. Uma vez que temos este arquivo, podemos proceder com a análise dos dados. Antes de começar com a análise propriamente dito, porém, é muito útil fazer uma listagem completa dos dados, que fornece um recorde permanente do conjunto de dados em formato fácil de consultar, e permite recuperar de algum “desastre” onde os arquivos de dados são perdidos (isso não deve ser possível se você está fazendo cópias de segurança - “backups” - de todos seus arquivos, mas nunca se sabe !). Para fazer a listagem, utilize o programa “CADERNO”, batendo simplesmente CADERNO SAOJOSE, e uma listagem dos dados será produzida no arquivo SAOJOSE.LST. Se quiser mandar diretamente para a impressora, bate CADERNO SAOJOSE IMP. Normalmente é útil ter uma listagem dos dados ordenados por parcela (ponto) ou na ordem de entrada dos dados (que geralmente é igual), e, também, uma listagem por espécie que facilita a localização de todos os membros de uma espécie, sem ter que percorrer a listagem inteira. Esta última listagem também é muito útil para localizar possíveis erros - uma espécie que não está presente, mas que você sabe deve estar na listagem, ou uma espécie com diversos indivíduos quando deve ter somente um, pode funcionar como um aviso que houve algum erro na transcrição dos dados, e qualquer discrepância deste tipo deve ser notada e verificada. Tendo uma listagem dos dados, e satisfeitos que estão corretos, podemos proceder com o resto da análise. Normalmente, o próximo passo seria de correr o programa “PARAMS” para calcular os parâmetros fitossociológicos para nosso levantamento. Batemos, então, PARAMS SAOJOSE, e produziremos um arquivo SAOJOSE.LST contendo os resultados dos cálculos dos parâmetros fitossociológicos. Para muitos estudos, os resultados obtidos até aqui seriam suficientes, fornecendo um resumo da área levantada e elementos para comparações entre nosso levantamento e outros levantamentos. No nosso caso, porém, queremos ainda investigar a variação dentro de nossa área e o efeito do gradiente altitudinal. Para analisar melhor este tipo de questão, podemos utilizar outros recursos do FITOPAC. Em primeiro lugar, as parcelas do levantamento podem ser distribuidas em blocos, correspondendo a faixas altitudinais - por ex. bloco 1 contém todas as parcelas entre altitudes de 100 a 200 m. - e estes blocos podem ser analisados individualmente utilizando as facilidades para sub-análises no programa “PARAMS”, ainda com nosso arquivo SAOJOSE.FPD, especificando quais parcelas pertencem a cada bloco, sem a necessidade de criar arquivos novos para cada bloco. Assim, podemos realizar uma análise direta do gradiente, e comparar os parâmetros fitossociológicos de cada faixa altitudinal. Com isso, teríamos uma boa visão do grau e tipo de mudança que ocorre com altitude. Em segundo lugar, podemos aplicar métodos de ordenação e classificação, utilizando os programas “ORD”, para análise de componentes principais, e “CLUSTER” para análise de agrupamentos. Estes métodos exigem uma matriz de amostras x espécies que é criado por uso do programa “CRIAMAT”, que fornece diversas opções de tipo de matriz, transformações dos dados e eliminação de espécies raras, amostras aberrantes, etc. Batendo CRIAMAT SAOJOSE e indicando nossos opções, produzirá um novo arquivo

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FITOPAC 1 SAOJOSE.FPM que contém a matriz com as transformações e modificações selecionadas. Repare, de novo, que não precisamos especificar extensões, e o próprio programa cria os nomes e arquivos necessários. Em seguida podemos correr uma análise de componentes principais, batendo ORD SAOJOSE, e os resultados serão colocados no arquivo SAOJOSE.LST. Este tipo de ordenação é uma técnica extremamente poderosa para detecção e descrição de gradientes ambientais. Se queremos produzir uma classificação das parcelas, formando grupos contendo parcelas que são semelhantes entre si, podemos usar análise de agrupamentos. Neste caso, precisamos criar, primeiro, um arquivo de coeficientes de similaridade ou distâncias, que indiquem o grau de semelhança entre as amostras. Este arquivo é produzido pelo uso do programa “COEF”, batendo COEF SAOJOSE, que vai resultar num arquivo SAOJOSE.FPC contendo os coeficientes selecionados. Após disso, batendo CLUSTER SAOJOSE fornece os resultados desta análise no arquivo SAOJOSE.LST. Assim, podemos analisar nossos dados de diferentes maneiras, extraindo diferentes tipos de informações e formando uma visão mais completa da variação dentro de nosso levantamento. Além das análises fornecidas por FITOPAC, é possível utilizar os dados da matriz de amostras x espécies no arquivo SAOJOSE.FPM com outros pacotes estatísticos ou ecológicos. O programa “MATRIZ” permite “traduzir” o arquivo FITOPAC nos formatos usados por pacotes como “SYSTAT”, NT-SYS e os programas “DECORANA” e “TWINSPAN” de Hill (Hill, 19??), entre outros. Dessa maneira, é possível fazer praticamente qualquer tipo de análise multivariada ou outro tipo de análise estatístico, mesmo que não seja incluída no próprio FITOPAC.

É no. da família 1 Anacardiaceae 2 Bombacaceae 3 Compositae 4 Myrtaceae 5 Ulmaceae 6 Desconhecida 7 Morta 999 ï final das famílias 1 1 Anacardium occidentalis 2 3 Bellis perennis 3 2 Eriotheca sp. 4 4 Myrcia lingua 5 4 Myrcia sp1 6 4 Myrcia sp2 7 4 Myrcia sp3 8 2 Pseudobombax sp. 9 5 Trema micrantha 10 6 Desconhecida 1 11 6 Desconhecida 2 12 7 Morta Ç no. da família Çno. da espécie

Fig. 1.2. Exemplo de um arquivo de nomes - SAOJOSE.NMS. (Você não bate as partes em itálico !)

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da primeira parcela 1 1 34. da terceira parcela 13 40 18 7 14 5 + 6+8. da segunda parcela 6 5.5 12 2 10. do indivíduo Fig. (Você não bate as partes em itálico !) 11 .5 5.SAOJOSE.DAD. da espécie      Ç--.5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 22. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando parcelas . 1.Utilizando FITOPAC É no.5 8 ï último indivíduo    Ç no.5 1 5 33.5 5 3 2a ï no.5 15 9 9 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 44 16 6 11 22 6 11 12 10 4 4 2b ï no.5 3 6 7 25 8 8 8 55.0 15 4 16 120 35.7 7 5 3 40 12.no.3.altura    Ç--.perímetro/diâmetro  Ç--.5 10 4 110 30.

5 15 9 9 4.2 5.3 34.4.altura      Ç--.15 33. de ponto 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 3 3 4 4 4 4 1 3. do indivíduo Fig.SAOJOSE.9 5 + 6+8.perímetro/diâmetro    Ç--.2 44 16 6 11 2.2 40 18 7 14 1.3 22.5 120 35.3 22 6 11 12 0.7 7 5 3 0. 1.0 15 4 16 2.FITOPAC 1 É no.5 8 ï último indivíduo Ç no.1 10 4 4 13 5.77 110 30. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando quadrantes . (Você não bate as partes em itálico !) 12 .5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 4.5 12 2 1.distância  Ç--.7 55.5 3 6 7 2.5 1 5 0.3 25 8 8 8 6.6 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 7.6 40 12.DAD.5 5 3 6 2.5 10. da espécie        Ç--.no.5 5.5 10 4 3.

5 5 3 t ï repare no “t” Esta e parcela 2a ï no. da primeira parcela 1 1 34. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando parcelas e nomes com espaços para as parcelas . 1.SAOJOSE.5 1 5 33.5 15 9 9 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 44 16 6 11 22 6 11 12 10 4 4 t ï repare no “t” Esta e parcela 2b ï no.5 12 2 10.5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 22.5 10 4 110 30.perímetro/diâmetro  Ç--.5 3 6 7 25 8 8 8 55. da espécie      Ç--. da segunda parcela com espaços 6 5.altura    Ç--.0 15 4 16 120 35.5 8 ï último indivíduo    Ç no.7 7 5 3 40 12.DAD. (Você não bate as partes em itálico !) 13 .Utilizando FITOPAC É no.5.5 5.no. da terceira parcela com espaços 13 40 18 7 14 5 + 6+8. do indivíduo Fig.

Se você especifique a rota “PATH C:\FITOPAC”. gravar os “scores” de uma PCA . Uso de arquivos em FITOPAC.veja a seção “Rotas. Arquivos FPD são o ponto de partida para todos os outros programas em FITOPAC. “PARAMS” e “CADERNO”. menus.que assim podem ser introduzidos em outros programas. estes servem para qualquer uma dos programas. Arquivos deste tipo também podem ser usados para armazenar os resultados de análises . Portanto. batendo “A:Nome_do_programa”. com disco rígido No caso de um sistema com disco rígido. ou que são comuns a diversos deles. todos tem o mesmo estilo de interface e utilizam os mesmos tipos de comandos. e será necessário para outros programas na próxima versão. e as colunas as espécies. Por exemplo. etc. dados de análises de 14 . Usando os programas. O programa é chamado. junto com a parcela ou ponto onde o indivíduo foi encontrado. é mais conveniente trabalhar com drive “B” ativo. Em geral. onde as linhas da matriz representam as amostras. uma vez que você aprenda utilizar os comandos básicos. geralmente na forma de matrizes de parcelas x espécies. este será o primeiro arquivo a ser preparado. O primeiro é para dados de campo. com disco flexível("floppy") Com 2 drives “floppy” . Este tipo de arquivo tem a extensão “FPM” (FitoPac-Matriz) e são preparadas de um arquivo “FPD” usando o programa CRIAMAT. Normalmente. diretórios e configuração” para mais detalhes. é muito mais fácil usar os programas quando estão instalados no disco rígido e seus dados podem estar acomodados no próprio disco rígido ou num disquete flexível. descrevendo os comandos e características que são comuns a todos os programas. bate “B:”. Arquivos de dados FITOPAC utiliza três formatos especiais para arquivos de dados. Este tipo de arquivo também é utilizado para armazenar dados que normalmente vem em forma de matriz . você pode usar drive “A” (floppy) para os arquivos de dados ou criar um subdirectório para os dados.por ex. Alternativamente. você pode usar o programa a partir do subdirectório onde está instalada e especificar onde vai buscar os arquivos de dados via o comando “Rotas” ou pelo linha de comando . portanto. Este capítulo descreve a maneira em que você interage com os programas. utilizando o programa PREPARE. FITOPAC utiliza a extensão “FPD” (FitoPac-Dados) para estes arquivos.coloque o disquete de programas no drive “A” e o disquete com seus dados no drive “B”. Normalmente. se a tela mostra “A>“.UTILIZANDO FITOPAC O FITOPAC é interativo. é possível fazer um Análise de Componentes Principais sobre uma matriz de dados de parcelas x espécies e depois usar a matriz de “scores” resultante para calcular distâncias ou outros coeficientes no programa “COEF”. O segundo tipo de arquivo é utilizado para matrizes de dados. Embora cada programa é independente. com um interface comum para todos os programas e pode ser usado em computadores com disco rígido ou em sistemas com somente discos tipo flexíveis (“floppy”). Este tipo de arquivo é utilizado pelos programas “COEF” e “ORD”.por ex. batendo somente o nome do programa. consistindo de uma lista das observações dos indivíduos encontrados no levantamento. e a tela deve passar a mostrar “B>“. e dai em diante todos os arquivos são lidos ou criados no disco em drive B. Arquivos do tipo “FPD” são usados pelos programas “CRIAMAT”. Este último será necessário no caso de levantamentos grandes onde os dados não cabem num disquete. pode usar os programas a partir do drive “A” ou qualquer subdirectório no disco rígido.

Repare que arquivos “LST” de listagens geralmente são abertos de tal modo que novas listagens são anexadas ao arquivo. ??. especialmente em casos onde resultados de uma análise serão utilizados como entrada para uma outra análise. Esta opção abre uma janela pedindo os nomes dos arquivos de entrada e saída. são arquivos que contém informações sobre a configuração atual dos programas (rotas. e não são gravadas em cima dos dados já existentes. são criados por diversos programas para armazenar dados temporariamente enquanto estão trabalhando. bate o nome do arquivo a ser usado depois do nome do programa .eu normalmente prefiro fazer duas cópias . as extensões e outros arquivos necessários. os arquivos de entrada e saída são especificados. Você pode.por ex. criar um único arquivo com todas as listagens das análises realizadas . Esta última opção é interessante se você quer imprimir mais que uma cópia dos resultados . A seqüência normal para análise de dados de um levantamento seria a preparação dos arquivos de dados numéricos e nomes. usando um editor de texto. ORD). Na maioria dos programas. pois o programa não vai usar de novo. Se você não especifica saída para impressora. Nas descrições mais detalhadas dos programas. e. bate somente o nome do programa . Não são essenciais para o funcionamento dos programas. Estes arquivos são produzidos pelo programa “COEF” e. ou um outro arquivo. e que podem estar gravados em diversos diretórios (veja a seção “Rotas. se não quiser o nome pré-fixado que o programa oferece .LST utilizará o arquivo SAOJOSE. com extensões “DAD” e “NMS”. você pode especificar o arquivo de saída na linha de comando também. e tem a extensão “FPC” (FitoPac-Coeficientes). Note que neste exemplo. arquivos subsidiários podem ser necessários.LST como arquivo de saída de resultados.HLP”.FPC como arquivo de entrada e SJ. tomar cuidado que novas análises não são anexas a arquivos velhos . arquivos de configuração . ORD SAOJOSE IMP).a única limitação é o espaço disponível no disco. 15 .depois você não entende porque sua listagem da última análise não saiu ! Saiu. Neste caso. mas está anexada no final do arquivo antigo. o próprio programa apaga estes arquivos no final de processamento e você não deve vê-los. os arquivos necessários são especificadas na descrição do programa. porém.por ex. sim. são arquivos contendo as informações para o sistema de ajuda. O calculo dos parâmetros fitossociológicos e listagem dos dados podem ser feitas a partir do arquivo “FPD”. Caso queira fazer uma PCA ou Análise de Agrupamentos.). e depois acione o comando “Arquivos”. PREPARE SAOJOSE. O uso destes extensões não é obrigatório. 2) pela linha de comando . Outros tipos de arquivos Além dos arquivos usados para armazenar dados. A maioria dos programas utiliza um arquivo de entrada e um arquivo de saída. em seguida. você pode jogar os resultados diretamente para a impressora especificando “IMP” ou “PRN” como arquivo de saída (ex. o programa grava os resultados num arquivo préfixado (geralmente o nome do arquivo de dados com a extensão “LST” . Não esquece de deixar um espaço entre os dois nomes. geralmente precisa entrar somente o nome do arquivo de dados e os programas criam. mas simplificará a utilização dos programas. os programas do FITOPAC utilizam diversos outros tipos de arquivos :arquivos de ajuda .extensão “. Neste caso.por ex. o arquivo de entrada não tem extensão pois usa a extensão padrão ("FPC") de um arquivo de coeficientes. Onde o programa pode produzir uma listagem de resultados (por ex. a criação de um arquivo “FPD” via o programa “PREPARE”.extensão “. CLUSTER SAOJOSE SJ. este tipo de arquivo pode ser removido. Os programas permitem especificar os arquivos a serem usados em duas maneiras : 1) Usando o comando “Arquivos” presente no menu principal de cada programa (mais fácil se você não conhece bem os programas). Se você segue o esquema sugerido aqui. Arquivos de coeficientes de similaridade ou distâncias entre amostras ou espécies formam o terceiro tipo de arquivo.Utilizando FITOPAC solo ou outras variáveis ambientais. por enquanto. preferências de impressora.LST"). As relações entre os diferentes tipos de arquivo são mostrados na fig. a não ser em casos onde processamento foi interrompido prematuramente. Geralmente é necessário bater somente o nome do arquivo de entrada e o programa cria automaticamente o arquivo de saída necessário.TMP”. Estes dados podem ser entrados diretamente ou via uma planilha (veja o capítulo “Preparando Dados"). Nestes casos. se este já foi criado. arquivos temporários . Precisa. portanto.por ex. que depois pode ser impresso. são utilizados somente pelos programas “CLUSTER” e “ORD”. utilize “CRIAMAT” para criar um arquivo “FPM”. PREPARE. Normalmente. mas o sistema de ajuda não fica disponível sem estes arquivos (veja a seção “sistema de ajuda").se você é mais experiente e quer evitar a tela introdutória.uma para rabiscar e a outra para servir de cópia de “biblioteca”. “SAOJOSE.CNF”. automaticamente.extensão “. diretórios e configuração). Em alguns casos. etc.

se não.FITOPAC 1 Rotas. É importante. A outra maneira de especificar subdirectórios é via a linha de comando. mas não o de arquivos temporários. A “Rota para arquivos temporários” pode ser usada para determinar onde os programas que produzem arquivos temporários irão gravá-los. ou especificar somente uma das rotas. Se utilizar este método.quando selecionado. aumentando a velocidade de processamento consideravelmente em alguns casos. e . o programa vai parar com um erro. diretórios e configuração No caso de sistemas com disco rígido. também. mas note que todos os arquivos de dados usados devem estar no mesmo subdirectório. Esta opção é utilizado para mudar os nomes dos subdirectórios onde o programa vai procurar os arquivos de dados ou gravar os arquivos de resultados. Exemplos : - 16 . Se tiver um disco do tipo “RAMdrive”. Estes subdirectórios podem ser diferentes. abre uma tela que permite modificar os nomes :Mudar rotas Rota para dados C:\FITOPAC\ Rota para resultados/listagens C:\FITOPAC\ Rota para arquivos temporarios C:\FITOPAC\ Nome de um diretorio/sub-diretorio (F3 para lista) Na “Rota para dados” você pode especificar o subdirectório onde os arquivos de dados estão armazenados. é necessário especificar a rota dos arquivos de entrada e saída quando estes não estiveram no subdirectório especificado na configuração. que exista espaço suficiente no disco “RAM” . enquanto a “Rota para resultados/listagens” especifica onde os arquivos de resultados e listagens serão mandados. Você pode colocar a rota antes do nome dos arquivo apropriado na linha de comando. porém. Normalmente não há necessidade de modificar este subdirectório pois os arquivos temporários devem ser apagados pelo próprio programa antes de terminar a análise. escolher rotas diferentes para entrado e saída. Pode. É possível especificar os subdirectórios de entrada e saída por este mecanismo. No menu principal de todos os programas existe uma opção “Rotas”. porém. pode ser interessante especificar este disco para receber os arquivos temporários. os subdirectórios utilizados para os arquivos de dados e resultados podem ser determinados em diversas maneiras.

” em algum lugar). Interagindo com os programas Teclas especiais. Note que em alguns casos. esta forma de diretório será produzido. procurando e gravando arquivos no sub-diretório que estava ativo quando o programa foi chamado. simplesmente apertando a tecla F1. como indicado na figura ao lado. Se for numa situação onde o programa está pedindo variáveis ou observações. 17 . contendo dados em “\cerrados” e “\matas”. por exemplo depois de processar uma análise completa.* lista todos os arquivos. Se não tiver um arquivo de configuração local. F2 . “\CERRADOS” e “\MATAS”. Permite “mudar de idéia” e volta ao passo anterior. Por exemplo. *. Esta segue as regras normais para DOS . pode colocar um arquivo de \CERRADOS configuração em cada um destes sub-diretórios. em \matas.Voltar à pergunta/menu anterior. Você pode ter um arquivo de configuração em qualquer subdirectório e FITOPAC utilizará a configuração especificada no diretório ativo. enquanto que em \cerrados a rota de entrada poderia ser \cerrados e de dados saida \cerrados também. PARAMS SAOJOSE procurará os dados no C:\DADOS\ e vai gravar os resultados no mesmo subdirectório. Você pode obter ajuda em quase qualquer ponto onde precisa responder a uma pergunta ou decidir entre diferentes opções. e na ausência deste. *. As rotas utilizadas por FITOPAC estão armazenadas em C:\ arquivos de configuração que tem a extensão “. PARAMS C:\OUTROS\SAOJOSE C:\RESULT\SAOJOSE vai procurar os arquivos de dados no subdirectório C:\outros\ e gravar os resultados no subdirectório C:\result\. usam os valores “default” já embutidos no FITOPAC. Você pode gravar o arquivo de configuração usando a tecla F5 dentro de qualquer programa ou com o programa “CONFIG” Desta maneira. PARAMS C:\OUTROS\SAOJOSE C:\OUTROS\SAOJOSE procurará os dados no subdirectório C:\outros\ e gravar os resultados no mesmo. os programas utilizam automaticamente o arquivo present no subdiretório do FITOPAC. FITOPAC utiliza algumas teclas que tem a mesma função em todos os programas. o programa sugere primeiro uma “mascara” para procurar arquivos.Diretório.por ex. Em situações onde um nome de arquivo é esperado. e os programas vão utilizar a configuração “local” do subdiretório ativo. dependendo da parte do programa onde foi ativada. F3 . PARAMS C:\OUTRO\SAOJOSE vai procurar os arquivos de dados no subdirectório C:\outros\ e vai gravar os resultados em C:\dados\. não é possível voltar às opções anteriores pois a análise ou transformação já está completa. além de mais um no “\fitopac”. Estas teclas são :F1 .Ajuda.FPD todos com extensão “FPD”. a rota de entrada \MATAS pode ser \matas e de saida \resultad. Note que é necessário colocar a rota para entrada e saída neste caso.CNF”. Esta tecla produz um diretório de arquivos ou uma listagem de variáveis ou observações.Utilizando FITOPAC supondo que a configuração esteja com C:\DADOS\ para a rota de entrada e saída. Isso quer dizer que você pode manter configurações que são específicos para cada \FITOPAC subdirectório. você pode agrupar seus dados em diversos subdiretórios no disco e ter uma configuração específica para cada agrupamento. Se você tiver seu disco rígido com os sub-diretórios “\FITOPAC”. Você pode rodar FITOPAC a partir de qualquer um destes diretórios (desde que o seu dados “path” contém “\FITOPAC.

um nome ou uma frase deve ser entrado. caso houve algum “desastre”. impressora. e a opção desejada pode ser selecionada batendo a letra em maiuscula daquela opção.um caractere à direita ¥. Todos os programas apresentam um menu principal. Funciona somente em pontos onde o programa está esperando alguma resposta. Este tipo de menu também é utilizado em diversos programas para escolher opções onde diversas operações podem ser realizadas. Nestes casos. e esta opção será selecionada diretamente. ou utilizando as teclas de seta ( ← e → ) para colocar o cursor em cima da opção e apertando a tecla <ENTER> para selecionar a opção. c) se você quer dar uma resposta totalmente diferente. Esta tecla permite que você abandone o processamento e para o programa. Note que sua resposta pode ser editada até o ponto em que você aperta <ENTER>. sem a necessidade de mudar o cursor e bater <ENTER>. quando encontram um erro). Diversos tipos de informações podem ser solicitados (por ex. o programa vai perguntar em que sub-diretório você quer gravar a configuração. O segundo tipo de menu é do tipo “drop down” e aparece dentro de uma janela na tela. etc. Ao apertar esta tecla. Veja o capítulo do programa CONFIG para mais detalhes. utilize as teclas de seta à direita ou <END> para aceitar a resposta que então pode ser editada utilizando as teclas normais. Dois tipos de menu são utilizados. b) se quer utilizar parte da resposta fornecida.Grava a configuração de rotas.CNF no disco e este configuração será usada como o “default” até que seja modificada de novo. onde as opções disponíveis são apresentadas na primeira linha da tela. Menus Os programas utilizam menus extensamente para selecionar alguma opção. simplesmente bate <ENTER>. F5 . Este tipo de menu é utilizado para escolher opções dentro de uma lista. começa batendo sua resposta diretamente e a resposta pré-fixada. por exemplo manipulação de matrizes ou escolha de gráficos. Se você quer parar o programa no meio de algun cálculo. esta tecla permite “escapar” de situações onde você não pode continuar e quer voltar ao menu principal ou anterior. será descartada.Alterar a configuração da impressora e outros características do programa. Alternativamente. os programas precisam de informaçôes mais extensas e apresentam uma tela que funciona como uma espécie de “formulário” para ser preenchido. mas os programas utilizam 2 formatos de resposta. pode bater a letra ou número que aparece na frente da opção. por exemplo para escolher um entre diversos transformações de dados. o nome de um arquivo ou algum valor numérico) ou fazem perguntas para saber como proceder (por ex. A informação solicitada pode ser de vários tipos.um caractere à esquerda £. ou se por algum motivo. ou se não tem uma resposta pré-fixada pelo programa. A escolha de opções pode ser feito em duas maneiras. Neste caso. Telas e perguntas Em vários pontos.FITOPAC 1 F4 . use Ctrl-Break (bate a tecla “Break” enquanto está segurando a tecla “Ctrl"). o programa frequentemente oferece uma resposta pré-fixada ("default value") que pode ser aceita inteiramente. precisa parar neste ponto. você pode responder em diferentes maneiras : a) se quer utilizar a resposta pré-fixada pelo programa (que aparece em vídeo inverso). A maioria são do tipo onde um valor numérico. As teclas usadas para editar a resposta são as seguintes : ¤→ .na maioria dos programas.uma linha para cima ¢ . O mais simples é de usar as teclas de seta para cima e para baixa para mudar o cursor (a opção que aparece com fundo de cor diferente) até a opção que você deseja e apertar a tecla <ENTER>.uma linha para baixo 18 . se existe. no arquivo FITOPAC. F10 -Sair do programa. Esc . parcialmente ou descartada.

vai até o último item na tela PgDn . separados por um “-” . para serem transformados. “23 . A seleção pode ser feita diretamente na janela. Se a inserção está desligada. uma das respostas possíveis aparece em vídeo inverso. apagando texto existente na posição do cursor.fim da resposta µ ± .Utilizando FITOPAC ² . por ex. Quando inserção está ligado. pode utilizar a tecla F3 para chamar uma janela que mostra as variáveis ou objetos disponíveis. utilizando as seguintes teclas :enter .por ex.vai até o início da lista Ctrl + PgDn .ligar e desligar inserção.6-8. o que você escreve será sobreposto.vai até o último item na lista Você pode selecionar uma mistura de itens individuais e listas de itens com o uso apropriada das teclas de seleção e seleção de blocos. aparece o sinal “INS” no topo da tela e qualquer coisa que você bate é inserida na posição do cursor.terminar seleção e continuar processamento Esc . Alguns programas (por ex. O uso de números freqüentemente é inconveniente e.por ex “s” para “sim” e “n” para “não”. geralmente na forma de uma pergunta do tipo “Quais espécies”. Pode misturar ítens individuais e listas.selecionar o ítem na atual posição do cursor . 19 .5. Você pode selecionar uma lista de números batendo o primeiro e último número da lista. pode utilizar a tecla PgDn para sair sem a necessidade de completar todas. os programas pedem que você especifique um ou mais variáveis ou objetos. as respostas às perguntas são dados da maneira descrita acima. etc. Normalmente. 23 .inicia ou termina a seleção de um bloco Home .apague o caractere na posição do cursor Backspace . Nestes casos.35” selecionará todos os objetos/variáveis de 23 a 35 inclusivos. etc.55 66 77 98-100 seria aceitável.apague a resposta inteira . ou F6 . O segundo tipo de pergunta que os programas apresentam ocorre onde existem somente 2 ou mais respostas préfixada do tipo “sim/não” ou “norte/sul”.página anterior Ctrl + PgUp . Nestes casos..apague o caractere antes do cursor ¦K.4. Itens individuais são especificados usando os números apropriados separados por espaços ou por vírgulas por ex. Quando o valor apropriado está visível. mas algumas outras teclas ajudam “navegar” dentro da tela : Ctrl → Pula à próxima pergunta ou à direita Ctrl ← Pula à pergunta anterior ou à esquerda ↑ Pula para cima ↓ Pula para baixo PgDn Terminar.início da resposta ¶ . 1. batendo a letra inicial da opção desejada seleciona aquela opção e coloca o cursor na próxima pergunta . deixando modificadas somente as respostas já selecionadas até este ponto.abandonar seleção espaço . em qualquer combinação por ex.próxima página PgUp . utilizados numa análise. Especificando listas de variáveis e objetos Em vários pontos. ou algo parecido. você sai da tela após de responder à última pergunta. ou se só precisa modificar uma ou duas. e a resposta pode ser mudada apertando a tecla de espaço. Alternativamente. pode ser selecionado batendo <ENTER> ou ->. 1. pode especificar os objetos ou variáveis batendo “t” para todos ou batendo os números dos objetos ou variáveis apropriados. PREPARE e CRIAMAT) podem precisar de uma série mais extensa de dados e apresentam uma ou mais telas de perguntas. mas se todas as respostas pré-fixadas são satisfatórias. como alternativa.vai até o primeiro item na tela End . Nestes casos.3.

você pode incluir ou excluir indivíduos. Estas opções são descritas aqui para evitar repetição das informações em cada programa. 31 e 33.por ex.23. todos os indivíduos de parcelas 1 . e depois quer analisar os dados incluindo somente os indivíduos com diâmetros maiores que 10 cm. bate a tecla “Esc”. É possível estabelecer condições relativamente complexas. F10 Sair INCLUIR_AMOS[TRAS] . PARAMS e CRIAMAT.selecionar amostras para serem excluídas da análise . Desta maneira. uma mensagem aparece dizendo que ajuda não está disponível. e se estes não foram localizados. existe o comando “Filtro” no menu principal que chama o menu de filtro onde você especifica os detalhes do filtro que quer aplicar :Incluir_amos Excluir_amos iNcluir_espe eXcluir_espe Diam. especificando como os dados serão lidos. Opções comuns a diversos programas Vários programas oferecem as mesmas opções. se quiser retirar as “mortas” quando estas foram registrados no arquivo de dados. Assim. Neste caso.selecionar amostras para serem incluídas na análise . e mínimo de 33 cm. Deve aparecer uma tela fornecendo uma explicação sucinta de que o programa espera neste ponto ou explicando as opções disponíveis. Para sair da tela de ajuda. EXCLUIR_ESPE[CIES] . Este sistema de ajuda depende da presença dos arquivos de ajuda (com extensão “. F4 Impressora. F3 Selecionar.selecionar as espécies que serão excluídas na atual análise .10. com diâmetro máximo de 55 cm.. de amostra ou espécie que você determina com o uso do filtro. pode incluir ou excluir blocos de amostras. Nestes programas. no.útil quando você pretende analisar somente um número limitado de espécies. por ex. você pode especificar dentro de PARAMS um filtro que aceita somente indivíduos com diâmetro mínimo de 10 cm. se você tiver um levantamento por parcelas onde incluiu todos os indivíduos com diâmetros maiores que 5 cm. altura. especificando “filtros" Em programas que usam arquivos de dados do tipo “FPD”. Esta facilidade também é muito útil em casos onde você quer analisar blocos de amostras e não o levantamento inteiro. de acordo com os limites de diâmetro/perímetro. INCLUIR_ESPE[CIES] .mais conveniente quando você quer incluir a maioria das amostras e só excluir algumas.conveniente quando você quer analisar somente um número pequeno de amostras. você pode pedir ajuda. F5 Gravar config. sem a necessidade de rebater os dados ou alterar o arquivo de dados.HLP"). 20 . EXCLUIR_AMOS[TRAS] ./altura Continue Especificar AMOSTRAS para INCLUIR ------------------------------------------------------------------------ -----------------------------------------------------------------------F1 Ajuda. Nos programas que utilizam filtros. com altura abaixo de 10 m e excluindo espécies 56 e 91.por ex. apertando a tecla F1. dependendo do conjunto de características escolhidas .FITOPAC 1 Sistema de Ajuda Na maioria de lugares onde um programa pede alguma informação ou espera alguma ação. Correndo o programa com este filtro dará a análise desejada. existe uma opção que permite estabelecer um “filtro” . particularmente para modificação de dados e seleção de indivíduos. inclusive quando estas não são contíguas no arquivo de dados..selecionar espécies que serão incluídas na análise . 15 . é mais fácil manter os dados para levantamentos complexos dentro de um único arquivo “FPD” e correr as sub-análises necessários utilizando o filtro para especificar os limites para cada uma delas.

Este opção é muito útil quando você precisa produzir diversas versões de uma matriz com diferentes combinações de variáveis ou amostras. de acordo com os valores selecionados nos respetivos “interruptores”. editar os nomes das variáveis e utilizar a planilha para fazer correções. cm 0. aplicar uma série de operações na mesma matriz .. Uma vez que o programa tem uma matriz de dados ativo. o programa solicita uma lista de colunas a serem mascaradas. mas não são gravadas ou transformadas enquanto mascaradas.Transform traNspor Planilha nOmes Adicionar Imprime Continue Mascarar uma ou mais especies ou amostras ------------------------------------------------------------- Pode escolher qualquer opção./Perim.é preciso ter cuidado com esta opção quando você utilize transformações ! REST[AURAR] . CONTINUE .Permite restaurar colunas ou linhas previamente mascaradas. manipulando matrizes Os programas que utilizam matrizes de dados oferecem uma opção para modificação ou manipulação de matrizes. depois transformar as variáveis não-mascaradas. e podem ser recuperadas utilizando a opção “Rest”. É possível. aparece o menu de manipulação de dados :Mascarar Rest./Perim. Colunas ou linhas mascaradas não são eliminadas permanentemente. portanto.Elim. e esta opção é selecionada. especificando como perímetro/diâmetro ou em centímetros/metros.Este comando abre a tela de especificação de diâmetro e altura :Bate valores para maximo e minimo maximo Diam. ou use a tecla F3 para uma lista das colunas.00 minimo 0. 1000000 Altura 1000.por exemplo : mascarar algumas variáveis. Você pode então preencher os valores desejados para o máximo e mínimo para altura e diâmetro/perímetro. sem a necessidade de recarregar a matriz completa cada vez.Utilizando FITOPAC DIAM/ALTUR . Note que linhas mascaradas também não serão transformadas ou gravadas .voltar ao programa principal. Note que o programa volta a esta tela após cada uma destas opções (exceto “Continue") e você pode utilizar diversas opções antes de voltar para o programa principal.permite “mascarar” temporariamente uma ou mais colunas (normalmente espécies ou variáveis) ou linhas da matriz. aceitavel. Este sempre aparece como a opção “Modificar” nos menus destes programas. 21 . Note que todas as colunas ou linhas que estavam mascaradas serão restauradas. pois as colunas e linhas mascaradas não são eliminadas permanentemente. Quando você seleciona esta opção.0000 perim.0000 Bate valor para maximo Diam. Seguem descrições das funções de cada opção :MASCARAR . Bate os números das colunas.

matriz 1 1111 1111 matriz 2 2222 2222 matriz final 1111 1111 2222 2222 22 .Esta opção permite a fusão de duas matrizes. as duas matrizes contém colunas (variáveis) diferentes e a matriz final terá um número de colunas igual à soma das colunas das duas matrizes originais. aperte a tecla “ESC” para voltar ao menu de manipulação de dados. NOMES .Permite transformar qualquer combinação de colunas ou linhas da matriz. você virá abrir uma janela com os nomes das colunas ou linhas da matriz. ADICIONAR . corrige. ou de diferentes lotes. TRANSPOR .e. Depois. Terminando as modificações.Este comando pode ser utilizado para transpor a matriz (tornar as colunas linhas e as linhas colunas). A planilha permite uma série de outras operações que são descritas mais detalhadamente na seção “Usando a planilha” .. e normalmente você sempre deve utiliza-la. PgDn. É necessário quando pretende. etc. fornecendo um mecanismo para criar matrizes que combinam dados de diferentes tipos. Quando seleciona esta opção. Quando termina a edição.cabeça . carregue primeiro a matriz de dados de vegetação e depois utilize esta opção para acrescentar os dados de solo. produzindo um arquivo final que contém uma matriz com ambos os conjuntos de dados. Para fundir as duas matrizes.o nome então é colocada numa janela de edição. aperte “ENTER” e o programa volta à lista de nomes de colunas ou linhas. i. ou manipula os dados. a um outro arquivo de dados de vegetação já produzido pelo programa CRIAMAT. o programa pergunta o nome do arquivo contendo a segunda matriz. Quando você seleciona esta opção.Elimina permanentemente linhas ou colunas. cada vez que importa dados de um arquivo que não esteja no formato FITOPAC. i.Chama a planilha. você pode querer acrescentar dados sobre composição de solo. e pode altera-lo utilizando as teclas normais de edição.e. TRANSFORMAR . matriz 1 1111 1111 matriz 2 2222 2222 matriz final 11112222 11112222 Na segunda alternativa. Funciona da mesma maneira que o comando de mascarar. PLANILHA . Este arquivo tem que ser um arquivo em formato FITOPAC. PgUp. supõe-se que as colunas são iguais e que a segunda matriz representa um acréscimo no número de linhas na matriz final (amostras adicionais). um por linha. Veja a seção “Transformando dados” na parte geral do manual para uma descrição mais completa do uso de transformações. utilizando diversas transformações. Esta opção é muito útil para confirmar que uma “importação” de uma matriz funcionou corretamente.cauda No primeiro caso.FITOPAC 1 ELIM[INAR] .lado ao lado B . que estão num arquivo já existente. aparece um menu perguntando que tipo de fusão você quer : A . permitindo que você inspeciona.Com esta opção. Por ex. Utilize as teclas de seta. por ex. criar uma matriz de coeficientes de semelhança entre as variáveis.. para colocar o cursor no nome que você quer alterar e aperte a tecla “ENTER” . você pode alterar ou editar os nomes das colunas ou linhas. mas os itens eliminados não podem ser restaurados.

No caso de fusão “cabeça . De novo. Os nomes das colunas podem ser truncados se estão compridos e as colunas estreitas. Se quiser. Caso você queira acrescentar poucos dados e prefere entrá-los diretamente. O nome preestabelecido pelo programa é o nome do arquivo de entrada com a extensão “LST”. As mesmas observações valem para este caso. Se você quer mandar a impressão para um arquivo. só precisa usar a tecla “ENTER”. o número de linhas nas duas matrizes deve ser igual. mas você deve ser muito cauteloso no uso da matriz resultante. Que tipo de análise você pretende fazer com estes dados ? As matrizes realmente podem ter números diferentes de linhas ? Não ocorreu algum tipo de erro ? O programa também avisa se os nomes das linhas não são iguais. bate outro. CONTINUE . Quando seleciona esta opção. e o nome sugerido é satisfatório. Mais tarde. Caso haja qualquer diferença em nomes de colunas ou linhas. o programa avisa e preenche as linhas vazias da matriz menor com “dados faltando”. Usando a planilha A planilha fornecida no FITOPAC é bastante rudimentar . É importante notar que no caso de fusão “lado ao lado”.não é comparável com “Lotus 123” ou “Quattro” . se quiser mandar diretamente para a impressora. manipulá-los e importá-los de novo. As colunas vazias da matriz menor serão preenchidas com “valor faltando”. mas o número de colunas visíveis na tela será reduzido.Imprime a matriz ou diretamente na impressora ou dentro de um arquivo que pode ser impresso mais tarde. Os nomes das colunas estão na primeira linha da tela e os nomes das linhas na primeira coluna. Se você precisa de manipulações mais sofisticados. os nomes utilizados na matriz final são os nomes do primeiro arquivo.cauda”. 23 . pode mostrar o nome completo ampliando a largura da coluna. bate “PRN” em vez do nome do arquivo. pode utilizar os recursos de exportação do programa “MATRIZ” para transferir seus dados a uma planilha comercial. Se não quiser usar este nome. ou altera o nome.Utilizando FITOPAC Assim. você pode ampliar uma matriz de uma maneira bastante flexível. ??.mas permite uma série de operações simples além de entrada e inspeção da matriz.deixar o módulo de modificação de matriz e voltar ao programa principal. e a matriz vai ser “impressa” no arquivo. pode imprimir na impressora utilizando os comandos normais do DOS como “PRINT” ou “COPY”. A planilha permite :• • • • • • • • Inspecionar a matriz Entrar e corrigir dados Mascarar/eliminar linhas/colunas Transformar linhas/colunas Ordenar a matriz usando uma coluna como chave de ordenação Ordenar a matriz utilizando nomes das linhas como chave Adicionar linhas/colunas Inserir linhas/colunas A planilha não possui facilidades para o uso de formulas. Quando chama a planilha. utilizando o menu de comandos. verá na tela uma representação da matriz semelhante àquela na fig. o programa avisa se há qualquer diferença em número de colunas ou diferenças nos nomes das colunas. Se não estiver. IMPRIME . o número de colunas nas duas matrizes deve ser igual. o programa perguntará o nome do arquivo para a impressão da matriz. uma alternativa é de utilizar a planilha e as facilidades que esta tem para acrescentar linhas ou colunas individuais.

600 2.800 0.6 exemplo da tela da planilha O resto da tela contém células com os valores numéricos da matriz.500 Mg -0 0.Ordenar matriz por nome de amostra Colunas e Linhas ativam outros menus que permitem operações com a coluna ou linha atualmente ativa (veja abaixo).900 1.250 0. Qualquer ação de edição ou alteração de conteúdo da matriz ocorre na célula ativa indicada pelo cursor. Ao selecionar esta opção.400 4.Linhas C .100 0. de decimais permite controlar o número de casas decimais mostradas na tela.700 0.200 M. PgUp e PgDn mudam uma tela para cima e para baixo respetivamente. Ctrl → e Ctrl ← mudam uma tela para direta e esquerda respetivamente.400 4.200 0.500 1.O. aparece um menu oferecendo várias opções:A .200 4. mas existem algumas diferenças no efeito de algumas teclas.800 1.100 0. Enter abre uma janela de edição que permite editar o valor presente na célula ativa.700 0.Ordenar matriz F .600 1a 1b 1d 2c 2b 4d 5b 5c 5d 5e 6c 7c Fig.800 3. Para alterar algum dado. Esc saia da planilha e volta ao menu de manipulação de dados.240 Ca -0 0.290 0. representado por caracteres com cores invertidos na tela.100 0.400 4.600 4.200 0.600 3.200 4. Porém. como em Lotus 123.9 começa entrar um número na célula ativa.300 0.400 2.200 4.240 0. Ctrl PgUp e Ctrl PgDn mudam o cursor até a primeira ou última linha da matriz respetivamente. caso sejam muito compridos. sem apagá-lo completamente.400 1.100 5.800 3.800 5.500 0.800 1.400 0.270 0. Note que esta opção não afeta a acuracia de armazenamento dos dados que continua inalterada.800 2. portanto.100 0. No. -0 1.400 3.Colunas B .000 P -0 2. / chama o menu de outros comandos disponíveis na planilha. ou quer ver os nomes das colunas.300 4. 24 .FITOPAC 1 pHCaCl4.200 4.400 0. o programa perguntará quantas casas decimais você quer utilizar.010 0.100 2. Quando aperta esta tecla.600 0. ? entra “valor faltando” na célula ativa. de decimais E .800 3. vão caber poucas colunas na tela. na direção indicada.290 0.800 2. Os comandos utilizados pela planilha são semelhantes aqueles das planilhas comerciais.000 4.No. você precisa posicionar o cursor em cima da célula desejada e só depois começar a editar o valor.230 0.200 4.230 0. se você precisa ver dados numéricos com mais precisão.100 0.600 0.100 4.100 0.Largura das colunas D .1.400 2.350 0.600 0.100 1.100 0.300 4.100 4. se você utilize uma largura de coluna muito grande. Os outros recursos da planilha são acionados pelo uso da tecla “/”. Largura das colunas altera a largura das colunas na tela.100 K -0 0. Home muda o cursor até o início da linha na tela End muda o cursor até o fim da linha na tela Ctrl Home muda o cursor para o início da linha da matriz Ctrl End muda o cursor para o fim da linha da matriz + − 0.800 2. com uma destas células contendo o cursor. Note que a posição do cursor também é indicada por uma mudança na cor dos nomes da linha e coluna correspondentes. eliminando o valor atualmente presente. que marca a célula atualmente ativa.700 1.700 0.800 3. As teclas usadas são os seguintes :↑ ↓ ← → as teclas de seta mudam a posição do cursor..290 0. etc.

Ao selecionar esta opção. o programa vai abrir um novo menu de transformações :- 25 .. em ordem ascendente ou descendente. utilizando o conjunto padrão de transformações (veja a seção “transformações"). Esta linha/coluna não será gravada/impressa. Portanto.aplica uma transformação à linha/coluna selecionada. A chave primária é a coluna atualmente ativa (onde o cursor está localizado) e é a coluna usada para fazer a ordenação básica enquanto a chave secundária serve para ordenar quando tem valores iguais na chave primária. ALTERAR NOME . INSERIR . verá um menu suplementar mostrando as operações que podem ser feitas com linhas e colunas individuais.Transformar F .Adicionar B . mas ainda está presente na matriz e pode ser desmascarada utilizando as facilidades do menu de manipulação da matriz. o programa vai perguntar qual coluna deve ser usada como a chave secundária. pode inserir linhas/colunas no meio da planilha. Ordenar matriz por nome de amostra permite ordenar a matriz utilizando os nomes das amostras como chave para ordenação.Inserir C .Utilizando FITOPAC Ordenar matriz permite ordenar as linhas da matriz de acordo com os valores contidos na coluna ativa. Esta opção pode ser útil quando você tem duas matrizes com as amostras em ordens diferentes e quer juntá-las para criar uma única matriz. MASCARAR . Neste caso. Não pode ser recuperada posteriormente . Transformações Ao selecionar a opção “transformações” dentro do menu de manipulação de matrizes. Permite o acerescimo de uma linha/coluna à matriz quando você precisa adicionar mais dados.Eliminar E .insere uma linha/coluna imediatamente antes (à esquerda ou acima) da célula ativa indicada pelo cursor. ELIMINAR .e após a última linha/coluna na planilha.Mascarar D .permite mascarar a linha/coluna ativa.adiciona mais uma linha/coluna no final da planilha i. abrindo uma janela de edição.permite modificar o nome da linha/coluna.Aterar nome ADICIONAR .elimina a linha/coluna da matriz. etc.use com cautela ! TRANSFORMAR . Estas são :A . Quando você seleciona as opções de operações com linhas e colunas. ordenando ambas pelos nomes das amostras assegura que as amostras estão nas linhas correspondentes das duas matrizes antes de tentar juntá-las.

. de variaveis : 39 [0] Tipo de transformaçao : nenhuma Direçao : Coluna No. each with 3 levels : 0-20 cm.subtrair o valor minimo [x . Abre um menu oferecendo diversos tipos de transformação :Transformaçoes simples A . F4 Impressora.centrar [x .xmed.converter em presencia/ausencia As definições das transformações podem ser encontradas na seção “Notas técnicas”. SELECIONE .proporçao [x/Σx] O .: 0 Sanata Genebra survey soil data set. de parcelas : 40 [0] no. TIPO .xmin] S .quadrado [x²] C . Para transformações como logaritmo.selecionar as colunas ou linhas a serem transformadas .xmin/(xmax-xmin)] P . F3 Selecionar.dividir pelo desvio padrao [x/d. 26 .logaritmo natural [ln(x)] F .logaritmo comun + constante [log(x + c)] I .logaritmo natural + constante[ln(x + c)] G .escolhe o tipo de transformação a ser aplicada.depende da resposta ao item anterior.p. F10 Sair DIREÇAO .] N .raiz quadrado [√x] D .estandardizar [(x .x] Q . F5 Gravar config. 39 soil variables for 40 samples.c] K .subtrair um constante [x .multiplicar por um constante [x * c] L .dividir pelo valor maximo [x/xmax] R .FITOPAC 1 Direçao Selecione tIpo Transforme Continue transformar por coluna ou por linha ------------------------------------------------------------no. etc. 40-60 cm and 80-100 cm.indique a direção de transformação . a direção de transformação é indiferente.“ranging” [x .logaritmo comun [log(x)] H .centragem duplo T .arcoseno [arcsen¹(x/Σx)] J . no final deste capítulo. mais para outros como estandardização é de vital importância.xmed)/d. -----------------------------------------------------------------F1 Ajuda. de itens selecion.por coluna ou por linha.repor valor faltando com media U .reciproco [1/x] B .raiz quadrado + constante [√(x + c)] E .x] M .p.

que a imagem é mandada diretamente para a impressora e não para um arquivo.por ex.se você tem dúvidas. onde diferentes grupos podem ser destacados ou uma terceira variável pode ser sobreposta. abre uma tela :Arquivo Variável Símbolos cOres Tamanho fiXo Continue O comando “Variável” fica disponível somente depois de escolher um arquivo. Se sua impressora não produz gráficos. a imagem na tela é mandada para a impressora. consulte Grieg-Smith (1983) ou Legendre & Legendre (1983). se você tem uma impressora que tem um modo gráfico equivalente ao modo gráfico densidade dupla das impressoras “Epson”. no caso de querer várias cópias). Note. e oferecer uma série de opções. Impressão de Gráficos Diversos programas no pacote produzem gráficos na tela . Estes podem ser impressos. Não é possível discutir a aplicação e propriedades de cada tipo de transformação aqui . você pode alterar o tamanho. Esta transformação não é usada com muito freqüência e normalmente seria utilizado quando você quer combinar matrizes contendo dados quantitativos e binários. com cada ponto é diferente dos outros. depois desta transformação. sua cor e tamanho podem ser controlados de acordo com uma (ou mais) variáveis fornecidos à partir de um arquivo do tipo “FPM”. e os comandos “Símbolos” e “cOres” depois de escolher uma variável. na forma de tamanho de símbolo. impressoras “Rima"). Isso permite a aplicação de diversas transformações na mesma matriz de dados. permitindo um alto grau de flexibilidade na aplicação das transformações.transformar as linhas/colunas selecionadas com a transformação escolhida. cor e tipo de símbolo usado. que podem ser especificados junto com sua cor e tamanho. ou não usa códigos “Epson”. verifique no manual se a sua impressora pode utilizar o código Esc 'L' n1 n2 (onde n1 e n2 indiquem quantos bytes de caracteres gráficos vão seguir). será armazenada na forma de números reais. Ao escolher esta opção. e que utiliza os códigos de comando de “Epson” (por ex. 27 . e que deve funcionar em praticamente qualquer impressora. FITOPAC não tem facilidades para combinação de variáveis ou cálculo de fórmulas (Se você precisa. ORD).voltar ao menu anterior (modificação de matriz) Quando a tela de transformações é acionada. Se não pode utilizar este código. o programa se mantém neste modo até que você selecione o comando continue. É possível aplicar uma série de transformações em seqüência no mesmo grupo de variáveis. Quando um gráfico é apresentado na tela. Modificando símbolos em gráficos de dispersão. Note que a impressora tem que estar ligada. ou aplicar diferentes transformações em diferentes grupos de variáveis ou em variáveis individuais. na maioria dos casos existe uma opção para produzir um gráfico alternativo utilizando somente os caracteres normais da impressora. etc. não posso verificar quais impressoras funcionam. mais ou menos na forma vista na tela. antes de mandar imprimir o gráfico. e com papel. Como não tenho acesso a muitos tipos de impressora. pois. diagramas de dispersão. Note que a matriz resultante precisa obedecer os limites para número de colunas para uma matriz quantitativo. Os símbolos podem ser alterados de duas maneiras . Se quiser mandar a imagem para um arquivo (por ex. Se você bate Ctrl-P (segure a tecla “Ctrl.1) símbolos fixos. Pelo uso dos comandos nesta opção. No caso de ter problemas com esta facilidade. existem alguns programas utilitários que interceptam listagens para a impressora e armazenam os dados num arquivo. a única transformação disponível é de transformar a matriz para uma matriz de dados quantitativos. não será possível usar este método de imprimir gráficos. onde o símbolo usado. os programas esperem até que você bate uma tecla para continuar. e bate um “P"). pode usar uma planilha e depois importar os dados). existe esta opção que permite alterar os símbolos utilizados no gráfico em diversas maneiras.Utilizando FITOPAC TRANSFORME . e que são iguais para todos os pontos e 2) símbolos variáveis. também. No caso de arquivos de dados binários. Em programas que mostram gráficos de dispersão (PARAMS. Repare que precisa acionar este comando para realizar as transformações ! CONTINUE . Esta última opção permite a produção de gráficos mais sofisticados.

Repare. grupo 1 será representado pelo símbolo “¡“. a repetição dos símbolos ou cores pode resultar em confusão pois o mesmo símbolo ou cor seriam utilizados em mais que um grupo. 7.. A alocação das cores segue a seguinte padrão :- cor azul claro verde claro ciano claro vermelho claro magenta clara amarelo branco marrom grupos 1..17. os símbolos e depois voltar e escolher uma outra variável para controlar a cor ou tamanho dos símbolos..19.9.12. Quando chega em grupo 8... Assim..9. você pode aplicar símbolos e cores ao mesmo tempo.22... De novo.20.... 8 vai repetir o mesmo símbolo usado para grupo 1... Se você aplica uma variável continua.escolhe um arquivo “FPM” que contem dados que você deseja representar no diagrama de dispersão atualmente ativo.14. Este tipo de gráfico é particularmente útil em ordenação quando se deseja comparar os resultados de uma ordenação com os resultados de uma análise de agrupamento. No caso de ter grupos numerosos...20. Caso contrário. 4.17. 3. 2. não recomendo o uso de variáveis continuas aqui (tamanho de símbolo é mais apropriado ..24. 4.21. as cores são aplicadas de uma maneira cíclica.. de tal maneira que grupo no. inclusive. é possível diferenciar até 56 grupos diferentes antes de começar a repetir as combinações de símbolo e cor. mas neste caso com 8 cores disponíveis. As diferentes variáveis podem.14.∆. 6..13.u. esta opção deve ser utilizado com variáveis que representam valores inteiros . grupo 2 por “o“.23. 5...19. que as 28 .i...18.. deve ter uma linha para cada ponto.utilize símbolos diferentes para os pontos de acordo com o valor na variável escolhida no comando anterior. vir de diferentes arquivos. cores diferentes ou qualquer combinação dos três. 2.esta opção tem um efeito semelhante ao anterior. o programa vai truncar o valor e tratar a parte inteira do número como um número inteiro . O arquivo pode conter 1 ou mais variáveis que contem informações suplementares ou complementares aos dados usados para produzir o gráfico...21..32 vira 4 e 10.escolhe uma variável do arquivo que será representada no gráfico na forma de símbolos diferentes. escolhidos utilizando o comando anterior.18. É disponível somente com adaptadores de vídeo do tipo EGA ou VGA.13. de uma maneira semelhante aos símbolos..veja abaixo)..e. mas neste caso muda a cor do símbolo...¡. mas de vez em quando pode ser útil.99 vira 10. Variáveis contínuas são tratadas da mesma maneira. Você pode escolher uma variável. etc.∇. Normalmente. Os símbolos usados são aplicados na ordem . 8.16.por ex...15.8.. portem.12.11. 3..11. utilizá-la para modificar por ex..... e. o programa dará uma mensagem de erro e não vai aceitar o uso do arquivo escolhido.o.+.15.16.. 6.10. 5.. 7. 4. SIMBOLOS .por exemplo uma variável que representa o grupo ao qual o ponto pertence após uma análise de agrupamento (um arquivo deste tipo pode ser produzido no programa “CLUSTER”).. o ciclo começa a repetir.. normalmente deve utilizar uma variável que contem somente números inteiros.e.FITOPAC 1 ARQUIVO . dando a seguinte seqüência :- símbolo ¡ o ∆ ∇ u + × grupos 1. CORES .× -i.10. Em geral. Para evitar esta situação. Repare que o número de linhas neste arquivo deve ser idêntico ao número de pontos no gráfico ... VARIAVEL . mas com outra cor..

e o sistema de numeração das espécies e famílias é uniforme. média de grupo). ou para restaurar o padrão normal depois de aplicar uma das opções anteriores. com diversas amostras com composições semelhantes. e mandar todos os arquivos de resultados para este disquete. e aceitam tranqüilamente duas ou mais parcelas ou pontos no. vindo de três arquivos diferentes. ligação completa) e o tamanho dos símbolos representa os escores dos indivíduos no terceiro eixo. seria possível produzir um gráfico de dispersão onde os dois eixos representam os primeiros dois componentes. Na prática. caso você não gosta deste. Esta opção é melhor para variáveis contínuas. com três variáveis diferentes. FIXO .. Você pode utilizar estes comandos para produzir gráficos relativamente complexos. B2. não recomendo gráficos complexos deste tipo porque sua interpretação é muito difícil. qualquer mudanças em identificações.Este comando permite escolha de símbolo. Portanto. ou algo semelhante. B1. embora o número de espécies aceitável para um dado levantamento é limitado (no momento. Desta maneira. Embora os programas não utilizam diretamente a numeração das parcelas ou pontos que você indica. Quando se aplica este comando. e não recomendo que você tenta mostrar tantas informações no mesmo gráfico. será necessário quebrar os dados em blocos de 400 ou menos parcelas. embora o uso de disquetes que alta densidade permitem levantamentos mais extensos (mas a leitura é l-e-n-t-o !). No caso de levantamentos mais extensas ou mais complexas.bate somente o nome do programa e espera o programa perguntar o nome dos arquivos de entrada e saida. o programa divide a variável em 10 faixas iguais e utiliza um tamanho de símbolo diferente para cada faixa. pode responder B:SAOJOSE para o arquivo de entrada e A:SAOJOSE para o arquivo de saida. Como um arquivo de nomes pode conter até 1000 espécies. após ter carregado o programa. A2. e depois juntar os dados dos blocos a mão. mais é provável que este limite ficará para outros tipos de análise. TAMANHO . Se tiver mais.Utilizando FITOPAC cores serão perdidas quando a tela é impressa utilizando Ctrl-P. pode utilizar símbolos. embora também pode ser usada com variáveis inteiras. e difíceis de interpretar. fica difícil distinguir várias parcelas com a mesma numeração nas listagens. 1. Em geral. onde a letra indica o levantamento individual e o número a parcela ou ponto dentro do levantamento. dentro de uma ordenação utilizando PCA. as cores representam os grupos obtidos com uma segunda análise de agrupamento (por ex. os símbolos representam os grupos obtidos com uma análise de agrupamento (por ex. devido às limitações de memória em computadores tipo IBM-PC. porém. 3) O limite em número de parcelas (atualmente 400) deve ser suficiente para a maioria dos casos. esta versatilidade pode ser útil. um único arquivo de nomes pode servir para uma ampla série de levantamentos. 1000 espécies para PARAMS e 250 espécies para programas que usam uma matriz de parceles x espécies). caso precisa fazer um resumo da área inteira. colocar um disquete vazio no seu lugar. 29 . etc. Se você precisa usar um micro que só tem discos flexíveis com um levantamento onde o arquivo de dados não deixa espaço para resultados. desde que eles utilizam o mesmo arquivo de nomes e a mesma numeração das espécies. sugere-se que seja dada uma numeração do tipo A1. é mais facil criar um único arquivo de nomes para todos os levantamentos da área.8000 indivíduos).. etc. Por ex. gráficos com muitos grupos logo ficam muito confusos. calcular parâmetros para cada bloco. cor e tamanho e aplica uma combinação fixa para todos os pontos. 4) Levantamentos grandes praticamente exigem o uso de um disco rígido (o limite para um disquete flexível de 360 Kb é algo em torno de 7 . desde que você não exagera ! Levantamentos grandes. às vezes. Desta maneira. Pode ser utilizada para mudar o padrão pré-fixada do programa. Se você normalmente usa drive A: para o programa. Neste caso. FITOPAC pode ser utilizado para levantamentos de vários tamanhos. precisam ser feitas somente uma vez. pelo menos no cálculo de parâmetros fitossociológicos. mas. 2) Pode criar arquivos de dados separados para cada levantamento e depois combiná-los. você pode tirar o disquete do programa.este comando utiliza a variável escolhida para determinar o tamanho do símbolo do ponto correspondente. permitindo combinar arquivos sem problemas. é melhor não especificar os arquivos na linha de comando . e deve ser adequado para a maioria de estudos práticos. Pretende-se tentar ampliar os limites para permitir o uso de levantamentos maiores. cores e tamanhos simultaneamente. algumas “dicas” ajudam :1) Quando você vai ter uma série de levantamentos dentro de uma mesma área.

Ocorreu algum problema de “hardware” i.. Quando ocorre este tipo de erro. as mensagens de erro são descritas dentro de cada capítulo descrevendo o programa sendo usado. Alguns destes erros podem ser resultado de algum erro interno do programa e neste caso devem dar uma mensagem avisando que você deve entrar em contato com o autor do programa. Verifique que o nome e diretório estão corretos. mas alguns erros são mais sérios e podem parar a execução. (na leitura do disco) Falha de “hardware” . Veja manual de DOS.e não param o programa. se possível. Erro de procura no disco .Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais. Impressora sem papel . Normalmente não deve ocorrer se você tem 640 Kbytes de RAM .Não tem papel na impressora. uma cópia dos dados sendo analisados ajudarão a encontrar o problema. Retire o selo de proteção e mande gravar de novo.e com a parte física do computador. o símbolo N indica um erro fatal. Favor avisar autor ! Nome do arquivo nao foi “assigned” . Erro de leitura de “hardware” .protegido ou diretório cheio ? .O programa não conseguiu localizar alguns dados dentro do arquivo sendo lido. Verifique a rota. Favor avisar autor ! Acesso ao arquivo negado . Rota invalida . Em muitos casos. Numero de arquivos abertos excessivo . o programa também oferece uma série de opções. os erros são interceptados pelo programa e não são “fatais” . 4 pode criar problemas pois utiliza mais memória do que as versões anteriores ou posteriores.Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais.O programa não obteve autorização do DOS para escrever neste arquivo. Setor não encontrado . Este contato é importante porque me avisa que existem problemas dentro do programa e que preciso tomar medidas para corrigí-las. Uma copia da tela com a mensagem. Pode ocorrer se usar o nome de um arquivo protegido ("read only") ou quando o diretório está cheio (provável somente em disquetes de 360 KB). Erros gerais Memória insuficiente .Geralmente indica que o disco está cheio.e com a parte física do computador.Indica um erro que ocorreu quando o programa tentou ler um arquivo no disco. Coloque um disquete ou feche a porta e mande gravar de novo.Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais. N Erros com arquivos Arquivo não foi encontrado . Neste manual. Possíveis causas são sujeira no cabeçote do drive ou algum problema mecânica ou eletrônica no drive ou placa controladora. ou disco danificado. 30 .Não tem disquete ou a porta do drive está aberta. especificando como o erro deve ser corrigido. Codigo de acesso invalido . Nas descrições seguintes.O programa tentou escrever para um disquete com selo de proteção ("write protected").Problema de formatação do disco. Também causado por problemas no drive ou com a gravação do arquivo sendo lido.não é um erro do programa em si. os programas tentam detectar diversos tipos de erros nos dados e nas respostas fornecidas pelo usuário. você pode contribuir para melhorar os programas ou pelo menos avisar outros que o problema existe. indicando o erro com uma mensagem dentro de uma janela de erro. Desta maneira.. Este erro ocorre quando não tem memória RAM suficiente para a análise desejada. Este erro é causado por problemas físicas de leitura .A rota ("path") não existe ou por algun motivo não é valida. mas para opções comuns a diversos programas são descritas aqui. ou que ocorreu algum outro problema quando o programa tentou gravar um arquivo. Consulte manual de DOS.O programa não conseguiu localizar o arquivo indicado. Favor avisar autor ! Erro de leitura (Erro de CRC) no disco . junto com uma descrição da análise sendo feita e. Drive nao esta pronto . Terminando execução. Se necessário. o programa vai parar pois não é possível guarantir a continuação da análise sem corrupção da memória RAM. utilize a tecla F3 para mostrar o conteudo do diretório. mas o uso de MS-DOS v. Disquete protegido .i. quando apropriado.Ocorreu algum problema de “hardware” i.FITOPAC 1 Mensagens de Erro Em geral. Erro de gravação no disco . Na maioria dos casos.

Os tipos de erros detectados são resumidos na tabela abaixo : transformação reciproco quadrado raiz quadrado raiz quadrado + constante logaritmo natural logaritmo natural + constante logaritmo comum logaritmo comum + constante arcoseno subtrair um constante multiplicar por um constante estandardizar centrar proporção "ranging" dividir pelo desvio padrão dividir pelo valor máximo subtrair o valor mínimo centragem duplo repor valor faltando com media converter em presencia/ausência L . não é permitido calcular raiz quadrado ou logaritmo de números negativos. e o tipo de erro detectado pelo programa :- 31 . ou podem ser eliminadas. o módulo de transformações tenta detectar erros potenciais antes de aplicar a transformação e emita uma mensagem de erro se encontrar algum problema. Embora o programa deve detectar a maioria dos possíveis erros com transformações.Utilizando FITOPAC Outros erros comuns filtros manipulando matrizes planilha transformações Diversos tipos de erros são possíveis durante o processo de transformação. possivelmente indicando que houve algum erro. pois na realidade não são variáveis e não acrescentam informações.interpretação duvidosa * . Por exemplo. variáveis onde o máximo é igual ao mínimo são duvidosas. você deve verificar seus dados com cuidado para ter certeza que as transformações que pretende aplicar são válidas e que podem ser aplicadas ao tipo de dados contido na sua matriz. Em geral. Geralmente oferece. opções para abandonar a transformação ou repor valores problemáticos com “dados faltando”.produz um erro valor 0 L valor -vo L * L * L * L xmin = xmax outros L * L * L ? L L soma = 0 dp = 0 max = 0 todos faltando * ? . As mensagens de erro começam com uma tela indicando as variáveis onde um possível erro foi detectado. então.depende do constante Em geral.

transformar somente variaveis sem erros D . valor de zero encontrado . o que não é permitido para a transformação atual (por ex.volta à tela anterior (geralmente a de modificação de matriz). . Esta opção não está disponível em algumas circunstâncias . = min.a variável contem um valor negativo. Pode ser resultado de algum erro ou um efeito de mascarar as únicas observações que tinham valores diferentes. valor negativo encontrado .coloca valor faltando em cada célula da matriz onde a condição de erro for encontrado (dentro das colunas/linhas selecionadas).escolher uma nova transformaçao C . se o desvio padrão para uma variável for 0.0 . Geralmente ocorre porque foram mascaradas os poucos dados válidos dentro de uma variável com muitos dados faltando. Os principais tipos de erro detectados são os seguintes :nenhum dado válido .o valor máximo é igual ao mínimo nesta variável. menos que 2 dados válidos . abandonando as transformações por enquanto (por ex. então todas as observações para aquela variável teriam que ser descartadas. 32 .a soma dos dados nesta variável é zero (com proporção).FITOPAC 1 logaritmo natural : Possiveis erros na transformaçao ? pHCaCl-0 : valor de zero ou negativo encontrado M. as linhas mascaradas são justamente aquelas com dados válidos.voltar ao programa principal Estas opções tem os seguintes efeitos :SUBSTITUIR ERROS COM “VALOR FALTANDO” .com estandardização ou divisão pelo desvio padrão. -0 : valor de zero ou negativo encontrado Mg -0 : valor de zero ou negativo encontrado Após a listagem das variáveis problemáticas.por exemplo com uma matriz contendo zeros.para transformações onde nenhum destes valores é permitido (por ex.0 . você deve usar log + constante e não log simples.por ex.não há variação .a variável contem um zero e para a transformação atual isso não é permitido (por ex.0 . valor de zero ou negativo encontrado . deixando as variáveis com erros não transformados. indica que não há variação nos valores desta variável.substituir erros com “valor faltando” B . TRANSFORMAR VARIAVEIS SEM ERROS . raiz quadrado). VOLTAR AO PROGRAMA PRINCIPAL .. max. Pode ser resultado de algum erro ou um efeito de mascarar as únicas observações que tinham valores diferentes.a transformação necessita de dois ou mais valores válidos (por ex. por acaso. se você quer examinar ou corrigir a matriz com a planilha).volta à tela de transformações para poder optar para uma nova transformação.o variável contem somente “valor faltando”. Útil quando você errou na transformação que queria usar .com divisão pela máxima indica que o valor máxima encontrado nesta variável é igual a zero e não pode ser usada para divisão. aparece um menu oferecendo opções disponíveis para contornar os erros ou abandonar as transformações :Açao desejada?. ESCOLHER UMA NOVA TRANSFORMAÇÃO . A . soma = 0. logaritmo).transformar somente aquelas variáveis onde não foram encontrados erros. máximo = 0. com recíproco).O.. Isso pode acontecer em casos onde você está mascarando diversos linhas de uma coluna que tem muitos dados faltando e se. desvio padrão = 0. dividir por desvio padrão). Os programas normalmente não oferecem esta opção nestes casos.

Notas Técnicas transformações As transformações utilizadas no módulo de manipulação de matrizes podem ser representadas da seguinte maneira (onde Xij é o valor na matriz original para linha i e coluna j. é importante usar as facilidades para mascarar linhas ou colunas com bastante cuidado quando você pretende transformar uma matriz. Xmax o valor máximo da coluna j. Portanto. Yij o valor produzido pela transformação. A única saída é de eliminar as colunas que excedem o limite ou criar mais que uma matriz. Xmin o valor mínimo da coluna j e C é um constante especificado pelo usuário) :recíproco Yij = arcoseno 1 Xij Yij = arcsen ( X ) ∑X ij quadrado 2 Yij = Xij raiz quadrado Yij = subtrair um constante Yij = Xij . e onde os componentes restantes tem valores muito diferentes daqueles que foram mascarados. Conversão não é possível. Esta cautela deve ser aumentada mais ainda quando tem muitos dados faltando na matriz. ∑ X é a soma dos valores na coluna j.C multiplicar por um constante Yij = Xij * C Xij estandardizar Yij = raiz quadrado + constante Yij = Xij + C centrar X −X s ij j j logaritmo natural Yij = ln(xij) logaritmo natural + constante Yij = ln(Xij + C) logaritmo comum Yij = log(Xij) Yij = proporção Yij = X −X ij j X ∑X ij "ranging" logaritmo comum + constante Yij = log(Xij + C) Yij = X −X X −X ij max min min 33 .Utilizando FITOPAC Em geral. . No caso de transformação de uma matriz binária em matriz de números reais. a causa mais comum de problemas é a aplicação de transformações em variáveis onde diversos componentes foram mascaradas.A matriz binária tem um número de colunas maior que o limite permitida para matrizes de dados contínuos (que são armazenadas como números reais). a única mensagem de erro é :Número excessivo de [colunas] . X j é a média da coluna j. sj o desvio padrão da coluna j.

centrar.Xmin centragem duplo Yij = Xij − X j − Xi + X . X s ij j dividir pelo valor máximo Yij = X X ij max subtrair o valor minimo Yij = Xij . proporção. este constante pode ser deixado como 0. mas em alguns casos você pode querer usar outro valor. Ao escolher esta opção. substituindo linha por coluna em cada. de acordo com as necessidades da análise que pretende usar. a direção não altera o resultado. onde X é a média geral para todos os valores da matriz No caso de transformações por linha. o programa pede o valor máximo que deve ser usado para “ausência”. converter em presencia/ausência Esta transformação permite transformar uma matriz de valores reais (variáveis contínuas) em matriz binário.FITOPAC 1 dividir pelo desvio padrão Yij = repor valor faltando com media Nesta transformação. estandardizar. dividir pelo máximo e repor valor faltando com média. dividir por desvio padrão. 34 . as mesmas definições podem ser usadas. permitindo que casos com valores faltando podem ser utilizados em análises que normalmente não permitem. “ranging”. Normalmente. todos os casos de “valor faltando” são substituídos pelo valor da média da coluna. e qualquer célula da matriz que contém um valor igual ou menor será tratada como “ausente” (0). Para as transformações restantes. para as transformações arcseno.

Blackwell. 1983. Quantitative Plant Ecology. L. Legendre. Amsterdam. & Legendre. P. P.Utilizando FITOPAC Bibliografia Grieg-Smith. 1983. Numerical Ecology. 35 . Elsevier. Oxford.

FPD” do FITOPAC que serve como entrada para programas como “PARAMS” e “CRIAMAT” ou um arquivo ASCII contendo informações que podem ser lidos por outros programas como “SYSTAT”. não há necessidade de seguir um formato especial para entrada dos dados. mas é essencial que exista espaço suficiente no disco para gravar estes arquivos além do arquivo “FPD” final. Se você utiliza o conjunto padrão para os nomes dos arquivos. É importante notar que PREPARE cria dois arquivos temporários enquanto está processando os dados. este programa é essencial para preparar os dados de um levantamento para serem analisados com FITOPAC. geralmente com a extensão “NMS” e 2) os dados numéricos. Permite ler um arquivo de dados crus que essencialmente seguem o formato usado para coletar os dados no campo e transforma este arquivo no formato mais ordenado e padronizado utilizado para os outros programas do pacote. e é provável que você encontra diversos tipos de mensagens de erro durante o uso deste programa. “PREPARE” utiliza como entrada dois arquivos ASCII contendo 1) os nomes das famílias e espécies encontrados no levantamento. Como exemplo. A estrutura e preparação destes arquivos é descrito no capítulo “Preparando dados para FITOPAC”. geralmente com a extensão “DAD”. Além de converter o formato dos dados.DAD contendo os nomes e dados numéricos respetivamente. é necessário bater somente PREPARE <NOME> e o programa vai buscar e criar os arquivos necessários automaticamente . Caso você queira utilizar nomes diferentes para cada arquivo.PROGRAMA PREPARE Função O programa “PREPARE” tem a função de ler os dados para levantamentos utilizando arquivos preparados pelo usuário e converter estes dados no formato padrão usado pelos outros programas do FITOPAC (formato FPD).NMS e SAOJOSE. descrevendo os indivíduos encontrados durante o levantamento. para entender os tipos de erro que o programa pode encontrar. “dBASE” ou “123”. mas é evidente que não é possível detectar todos os possíveis tipos de erros.PREPARE <NOMES> <DADOS> <SAIDA>.. Embora a função do programa seja muito simples. é especialmente importante que você lê com atenção a seção sobre “detecção de erros e mensagens de erro”. pode bater PREPARE SAOJOSE. existem muitas possibilidades para erros nos arquivos de dados crus. facilitando um pouco a tarefa e minimizando os erros que normalmente resultam quando é necessário bater os dados num formato diferente daquele utilizado no campo. e especificando a extensão se não utilizou as extensões normais. tentando detectar possíveis erros. portanto. Estes arquivos (que tem a extensão “TMP") normalmente são removidos pelo próprio programa no fim de processamento e não são “visíveis” para o usuário. consulte Grieg-Smith(19??).FPD será criado automaticamente. Antes de usar este programa. 2 de entrada e um de saída.NMS” no diretório . colocando a rota para cada arquivo antes do nome se estiveram em diretórios diferentes. se você quer usar um arquivo de nomes “MATAS. Brower & Zar(19??) e Krebs(19??). o programa também verifica certos aspectos dos dados. Arquivos necessários Para utilizar este programa. e as maneiras de corrigir os erros detectados. Normalmente. você normalmente precisa especificar três arquivos. O arquivo de saída produzido pelo programa pode ser um arquivo “. pode especificá-los na seguinte seqüência :. se você criou SAOJOSE. No momento. Introdução Este programa é a “porta de entrada” para a maioria dos usuários do FITOPAC. Desta maneira. Existe também a opção de produzir um arquivo “ASCII” que pode ser lido por outros programas ou pacotes como “SYSTAT” ou “Lotus 123”.por ex. e o arquivo SAOJOSE. Tentei introduzir testes para detectar os erros mais comuns. PREPARE é capaz de ler e transformar dados para os seguintes tipos de levantamento :• Levantamentos usando parcelas (quadrat survey) • Levantamentos usando quadrantes (point-centered quadrants) Para uma descrição destes métodos.

no. Utilização Tela principal :- Arquivos Rotas Tipo Cabeçalho Nomes Dados Verificar Fitopac ascIi Sair Escolher tipo de levantamento -------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo de nomes : GENEBRA. centímetros/metros. Veja a seção “Preparando dados para FITOPAC” para uma discussão mais completa destes parâmetros. somente após a leitura de um arquivo de dados numéricos. somente depois de ler um arquivo de nomes e os itens com ***. *nomes. o arquivo de dados “GENEBRA. e que acompanham os dados durante as análises posteriores.Parcelas Q . Ao escolher esta opção. F3 Selecionar. As informações são fornecidas preenchendo duas telas de perguntas.DAT” no diretório C:\DADOS\ e gravar os resultados no arquivo “G2. os itens marcados com **.completa as informações complementares que os programas de FITOPAC necessitam. Os itens marcados * estão disponíveis somente depois de completar os dados do cabeçalho. é melhor completar estas perguntas pois facilitam a identificação dos arquivos posteriormente.versão 1 D:\NOMES\. F5 Gravar config. de indivíduo presente. aparecerá um menu mostrando os tipos disponíveis Tipo de levantamento ? P .FPD Rotas Rota para nomes : C:\FITOPAC\ Rota para dados : C:\FITOPAC\ Rota para saida : C:\FITOPAC\ Tipo de amostragem : parcela -------------------------------------------------------------------F1 Ajuda. altura presente e coordenados X e Y ausentes). mas.selecione o tipo de levantamento a ser processado.DAD Arquivo saida : GENEBRA. etc.FITOPAC .Quadrantes CABEÇALHO . ***fitopac e ***ascii. F4 Impressora. você pode usar os comandos normais para mudar arquivos e rotas dentro do programa. F10 Sair As opções oferecidas no menu principal são tipo. Segue a explicação de cada opção :TIPO . Os dados geográficos na primeira tela não são estritamente necessários. e neste caso precisa bater somente PREPARE. você pode especificar esta combinação na seguinte maneira :PREPARE D:\NOMES\MATAS C:\DADOS\GENEBRA C:\XYZ\G2 Repare que a ordem dos arquivos é importante ! Se não quiser especificar os arquivos na linha de comando. cabeçalho. **dados.FPD” no diretório C:\XYZ\. ***verificar. sem qualquer nome de arquivo. em geral.) são essenciais se você não utilizou o padrão preestabelecido por PREPARE (perímetro em centímetros. sendo impressos com as listagens produzidas por diversos programas. Os campos descrevendo os parâmetros usados (perímetro/diâmetro.NMS Arquivo de dados : GENEBRA. No .

Também é impresso nas listagens. Latitude : 0 ° 0 ' 0 “ Sul Longitude : 0 ° 0 ' 0 “ Oeste Coordenados geográficos para este levantamento Altitude : 0. Responsavel : Bate os nomes dos responsávies para o levantamento. Estado : Sigla do estado onde se localizou o levantamento. os campos de comprimento e largura de parcela são obrigatórios. Este título será impresso nas listagens de todas as análises posteriores. Até 160 caracteres. e o programa não deixa você proceder sem estas informações (são essenciais para os cálculos dos parâmetros fitossociológicos). Local : Local onde se localizou o levantamento. Pode ter até 160 caractéres. As telas que aparecem com a escolha desta opção são as seguintes :Dados do Levantamento Titulo : Bate um título descritivo para este levantamento.programa PREPARE caso de levantamentos por parcelas.0 Altitude em m da área estudada 3 . Municipio : Município onde se localizou o levantamento.

Não pode misturar os dois no mesmo arquivo ! Diametro/Perimetro minimo : 0. Veja a seção “Detecção de erros e mensagens de erro” para uma descrição dos erros que podem ser detectados. Não pode misturar os dois no mesmo arquivo ! Perimetro/Diametro em Centimetros ou Metros : Centimetro Indique se mediu perímetro/diâmetro em centímetros ou metros.00 Indique o perímetro/diâmetro mínimo para este levantamento. Os dados são lidos linha por linha e armazenados num arquivo temporário no disco antes de serem gravados no formato final com os comandos “fitopac” e “ascii”.e.ler um arquivo de dados com intercepção de certos tipos de erros.FITOPAC . Repare que você pode utilizar o mesmo arquivo de nomes com diversos arquivos de dados. Esta informação é essencial para levantamentos com parcelas. Não é necessário ler o arquivo de nomes de novo para cada arquivo de dados . Esta opção carrega um arquivo de nomes e tenta interceptar certos tipos de erros comuns (veja a seção “Detecção de erros e mensagens de erro” para uma descrição dos erros que podem ser detectados). No final da leitura de dados aparece a seguinte tela :- * É necessário ler o arquivo de nomes primeiro porque o programa tenta verificar se os números de espécie nos dados numêricos estão consistentes com a lista de nomes.versão 1 Outras Informaçoes Comprimento das parcelas : 0. de individuo presente : Sim "Sim” se você está incluindo um número para cada indivíduo. nas mesmas unidades utilizadas na medição. DADOS . Usou Perimetro ou Diametro : Perimetro Indique se você mediu perímetro ou diâmetro dos indivíduos. Mediu altura : Sim "Sim” se você mediu altura dos indivíduos. Coordenados XY presentes : Nao "Sim” se você está incluindo coordenados X e Y para cada indivíduo NOMES . Esta opção fica disponível somente após a leitura de um arquivo de nomes i.00 Largura das parcelas : 0. No. você precisa usar o comando “nomes” antes de “dados"*.ler e verificar o arquivo de nomes.o programa armazena os nomes até que você manda ler um outro arquivo de nomes. .00 Comprimento e largura das parcelas em levantamentos que utilizaram parcelas.

Repare que o número de espécies e famílias apresentado se refere ao número presente no arquivo de dados e não no arquivo de nomes. individuos no. uma altura máxima de 60 m para um levantamento de cerrado seria um tanto suspeito.72 8. Por exemplo. mas se quiser.700 332. descrito abaixo. altura e.788 Esta tela é muito importante e deve ser lida com cuidado pois oferece uma oportunidade para descobrir eventuais erros que o programa não foi capaz de detectar.DAD “Levantamento de Mata Atlantica" no.73 40. Este processo pode ser facilitado pelo comando “verificar”.0.000 medio 3. O número de espécies e famílias também deve ser observado com cuidado.82 distancia 0. distância. um valor de diâmetro mínimo abaixo do menor diâmetro que você utilizou no seu levantamento sugere que houve um erro na entrada dos dados e que você deve verificar todos os dados. pontos 160 no. VERIFICAR .847 16.000 maximo 9. você pode ter um único arquivo de nomes que você utiliza com diversos arquivos de dados e neste caso.Com este comando você pode verificar os dados antes de grava-los no arquivo final. no caso de levantamentos por quadrantes.programa PREPARE arquivo : UBATUBA. Quando você seleciona esta opção. aparece uma tela onde você pode especificar os valores para máximo e mínimo para cada parâmetro :Limites para Verificaçao dos dados minimo maximo diametro 0 altura 0. Repare que o uso de limites muito “estreitas” vai produzir uma quantidade grande de “alarmes falsos” mas é praticamente garantido que vai mostrar qualquer 5 . é normal que os arquivos de dados não contém indivíduos pertencentes a todas as espécies ou famílias no arquivo de nomes. pode alterar estes limites.00 Os valores que o programa sugere inicialmente são a média ± 3 x desvio padrão para cada parâmetro. especies 640 123 42 no.000 3.050 30. e oferece a oportunidade de corrigir o valor “estranho” ou deixar como está. caso seja correto. Valores que ficam fora desta faixa são atípicos e devem ser conferidos com cuidado. Permite estabelecer limites para diâmetro/perímetro. Da mesma maneira. Qualquer indivíduo que não se encaixa nestes limites é assinalada e o programa dará uma mensagem que existe um valor “suspeito” para este indivíduo. Por exemplo.00 202. familias minimo distancia diametro altura 0.437 68.000 35. colocando os valores que achar mais apropriados. com um mínimo absoluto de 0.

FITOPAC - versão 1

valor suspeito. Por outro lado, o uso de limites muito “amplos” vai produzir poucos “alarmes falsos”, mas vai detectar somente valores muito extremos. É difícil dar uma recomendação geral pois os limites mais eficientes dependem do levantamento e o padrão de variação dos indivíduos, e o usuário terá que descobrir os valores mais apropriados por um processo de tentativa e erro. FITOPAC - Gravar o arquivo de dados no formato FITOPAC - FPD. Este é o formato usado pelos outros programas do FITOPAC e é a opção normal. Repare que os dados não são gravados automaticamente - você precisa mandar grava-los ! ASCII - Gravar o arquivo de dados no formato ASCII, permitindo que serve como entrada para outros programas que aceitam este formato (por ex. SYSTAT, Lotus 123). Os dados numéricos são gravados normalmente, e os nomes das espécies, famílias e amostras podem ser acrescentados para cada indivíduo. Ao escolher esta opção, aparece uma tela que permite “ligar” ou “desligar” a gravação dos nomes e determinar o número de caracteres que aparecem em cada nome. Este último dado é necessário pois alguns programas não aceitam nomes longos (por ex. SYSTAT aceita no máximo 12 caracteres) - o normal para FITOPAC é 35 caracteres. A tela tem o seguinte formato :-

Gravar nomes em arquivo ASCII ?

Nomes de especies Nomes de familias

Sim Quer gravar o nome de espécie para cada indivíduo ? Sim Quer gravar o nome de família para cada indivíduo ? Sim Quer gravar o nome da amostra (parcela ou ponto) para cada indivíduo ? 35 Indique o comprimento dos nomes em número de caracteres

Nomes de amostras

Quantos caracteres :

Exemplos dos diferentes formatos de arquivo que podem ser gravados com esta opção são mostrados na fig. ??.

Detecção de erros e mensagens de erro
A fase de entrada de dados é a mais difícil em termos de introdução de erros, e como os resultados de todas as análises posteriores dependem da qualidade e accuracia dos dados crus, vale a pena fazer um esforço grande para evitar possíveis problemas nesta fase. Mesmo que os dados sejam digitados com muito cuidado e verificados posteriormente, é surpreendentemente fácil introduzir erros na digitação. Coisas simples como esquecer de deixar um espaço entre dois números ou pular um dos valores na linha podem ter conseqüências graves porque o programa vai tentar ler os valores errados deste ponto em diante. Tentei, portanto, introduzir uma série de testes e verificações dos dados que ajudam detectar problemas no arquivo de dados. Para começar, o programa lê o arquivo como linhas de texto que são interpretadas internamente, e aplica uma série de testes nos dados obtidos. Dessa maneira, problemas que ocorrem em uma linha não “contaminam” o resto do arquivo, e, caso seja necessário, uma dada linha pode ser descartada sem prejudicar a leitura do resto do arquivo. Normalmente o programa da uma mensagem de erro quando ocorre alguma linha no arquivo que não pode ser interpretada ou que apresenta valores inconsistentes, e, em seguida, oferece algumas opções permitindo consertar o erro, reeditando a linha do arquivo ou abandonar o arquivo, caso o problema seja muito grave. Embora tentei detectar uma proporção razoável dos erros comuns, é essencial notar que não é possível detectar todos os possíveis erros ! Se você bate “3.4” em vez de “4.3” para uma distância, por exemplo, é praticamente impossível detectar este tipo de erro, e a única maneira de encontrá-lo é uma revisão minuciosa do arquivo de dados, antes de usar FITOPAC. Portanto, não confie que “PREPARE” vai encontrar todos os erros no seu arquivo.

programa PREPARE

Segue agora uma descrição dos tipos de erros que o programa é capaz de detectar :Arquivo de nomes Nomes de famílias - o programa verifica a presença de • nomes duplicados - o mesmo nome usado com dois números de família • número de família fora dos limites de FITOPAC • número de família faltando Nomes de espécies - o programa detecta • nomes duplicados - mesmo nome para duas espécies • número de família incompatível com a lista de famílias • número de família que não tem nome associado • número de espécie fora dos limites de FITOPAC • número de espécie ou família faltando • número de espécie já utilizado para outra espécie Dados numéricos - o programa detecta • caracteres “ilegais” na linha (letras ou símbolos) • espaço ou valor faltando na linha (i.e. o número de “itens” na linha está errado) • números decimais onde deve ter um número inteiro • números que não podem ser interpretados • número de espécie fora dos limites do FITOPAC • número de espécie não presente na lista de espécies Quando um erro é detectado, o programa para o processamento do arquivo e apresenta uma mensagem de erro, mostrando também a linha onde o erro ocorreu e alguma explicação do tipo de erro encontrado como mostra o seguinte exemplo onde esqueceu-se de colocar um espaço depois do número da família “Abobraceae” no arquivo de nomes :? ERRO ? arquivo : ERROS.NMS *** linha 8

9Abobraceae ——^

Nao foi possivel interpretar o numero da familia

Qualquer tecla..

Depois de apertar uma tecla, aparece um menu para determinar qual a ação que o usuário deseja tomar :Açao desejada ? E - Editar linha P - Pular linha T - Terminar processamento deste arquivo

Se escolher “Editar linha”, você pode utilizar as teclas normais de edição para alterar a linha (neste caso inserindo um espaço depois do número da família) e continuar o processamento. Esta seria a opção normal. Repare que esta

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FITOPAC - versão 1

opção NÃO corrige o arquivo original contendo os dados crus - este continua como estava, e se você quer corrigi-lo, terá que usar o editor de texto para alterá-lo. A opção “Pular linha” simplesmente ignora esta linha do arquivo e continua processando a próxima. Esta opção é útil se por acaso entrou alguma linha contendo “lixo” que não deveria estar presente, ou se você quer procurar outros erros antes de alterar o arquivo de dados. A opção “Terminar processamento” abandona o arquivo e volta ao menu principal, e pode ser usado onde houve algum erro mais grave (arquivo errado, tipo de levantamento errado, etc.). Em alguns casos pode haver mais opções - por ex. acrescentar uma espécie quando um número de espécie não declarada é encontrado. As principais mensagens de erro são as seguintes :Arquivo de nomes Nao foi possivel interpretar o numero da familia O número da família está faltando ou você esqueceu de bater um espaço depois do número (mais comum) ou tem algum caractere “ilegal” no meio do número. Este no. de familia nao existe na lista de familias O número de família dado para uma espécie não foi declarado na lista de famílias. Este numero ja esta sendo usado para a familia .............. O número de família encontrado nesta linha já foi utilizado para algum outro nome de família anteriormente. Não pode usar o mesmo número para duas famílias diferentes. Numero de familia invalido ....minimo = 1 e maximo = X Se ocorrer enquanto está lendo os nomes das famílias, é porque o número da família é muito grande ou menor que 1. Pode também ocorrer enquanto o programa está lendo os nomes das espécies e neste caso o máximo corresponde ao maior número na lista de famílias. No. de especie invalido ....minimo = 1 e maximo = X O número de espécie está fora dos limites aceitáveis pelo FITOPAC - deve ser maior que 0 e menor que o número máximo de espécies (1000 nesta versão). Pode ser causado também pela falta de um espaço entre o número de espécie e número de família - o programa tenta ler esta combinação como o número de espécie. Este numero ja esta sendo usado pela especie.......... O número de espécie encontrado nesta linha já foi utilizado para algum outro nome de espécie anteriormente. Não pode usar o mesmo número para duas espécies diferentes. Este nome ja foi usado para especie X Já existe uma outra espécie com o mesmo nome. Repare que diferenças entre maiúscula e minúscula são desprezadas aqui - “Planta vulgaris” é a mesma coisa que “PLANTA VULGARIS”. Nomes duplicados não são permitidos porque é impossível distinguí-los posteriormente nas listagens produzidas pelas análises. Arquivo de dados Este no. de especie nao existe no arquivo de nomes O número de espécie usado aqui não foi declarada na lista de espécies. Linha muito comprida ? (max = 255 caracteres) Esta versão de PREPARE só pode ler linhas de até 255 caracteres. Se o programa chega até 255 caracteres e ainda detecta mais texto na linha sendo lida, emitirá esta mensagem de erro porque é provável que a linha não será lida corretamente. Geralmente, este número de caracteres é suficiente, e é raro encontrar esta mensagem de erro, mas em casos onde há um número muito grande de caules múltiplos (por ex. uma touceira de bambu), é possível ultrapassar este limite. Neste caso, a única saída é de calcular manualmente um perímetro/diâmetro equivalente para alguns caules, até o comprimento da linha ficar menor que 255 caracteres. Repare, também, que não é necessário ter espaços ao redor do ‘+’ quando você está batendo dados para indivíduos com caules múltiplos (veja a seção “Preparando dados para FITOPAC” para mais detalhes do formato). Nao foi possivel interpretar esta linha - caractere ilegal ?? Geralmente este erro ocorre quando o programa detecta algum caractere “ilegal” na linha - por ex. alguma letra.

O arquivo de dados é lido linha por linha na forma de texto que posteriormente é interpretado pelo programa. Limitações e problemas O número de espécies. possivelmente indicando algum erro. Uma vez que os dados de um indivíduo (uma linha) forma interpretados e verificados. são lidos primeiro os nomes das famílias e espécies e após a leitura e verificação. Nao foi possivel interpretar este numero Ocorreu algum problema que dificultou a interpretação do número. e pelo número de amostras no caso de levantamentos que utilizam o método de quadrantes. médias e outros valores para cada parâmetro. Na prática. Deve ser um numero inteiro Foi encontrado um número decimal onde o programa esperava um número inteiro. com diversos testes e formas de verificação. Enquanto os dados são lidos e gravados. PARAMS) e não pode ser modificado nesta versão. Notas técnicas O programa nunca mantém todos os dados em memória RAM ao mesmo tempo. Terminada a leitura de um conjunto de nomes. Os dados são gravados em formato final somente quando o usuário escolhe uma das opções “FITOPAC” ou “ASCII”. Desta maneira. o programa lê um (ou vários) arquivos de dados. Neste último caso. Esta especie nao existe no arquivo de nomes O número de espécie para este indivíduo não está incluído entre os números de espécies no arquivo de nomes. de especie grande demais ou pequeno demais O número de espécie para este indivíduo ultrapassa os limites de número de espécie para esta versão de FITOPAC. mas necessita de espaço em disco para armazenar os dados. o número máximo de indivíduos será determinado pelo espaço disponível no disco. estes últimos são gravados num arquivo temporário. ainda tem mais texto nesta linha. famílias e amostras é limitado pelos outros programas do FITOPAC (por ex. Isso geralmente é resultado de um espaço faltando entre dois valores. Geralmente ocorre por causa de um espaço faltando entre um número decimal e um inteiro. Dados a mais nesta linha ? O programa leu uma série de dados que correspondem ao número de valores esperado. é possível evitar limitações de RAM se o número de indivíduos for muito grande. No. mínimos. um levantamento pode conter um número praticamente ilimitado de indivíduos. são gravados num segundo arquivo temporário e não mantidos na memória RAM. no caso de levantamentos por parcelas. 9 . Em vez disso. Bibliografia Brower & Zar Grieg-Smith. o programa acumula os máximos. Pode ser um erro no número ou uma espécie que acidentalmente foi excluída do arquivo de nomes. o programa oferece a opção de acrescentar uma nova espécie para a lista de nomes. Mesmo assim. ou algum valor que foi esquecido. Desde que não ultrapassa os limites impostos pelo número de espécies. Krebs. Este tipo de situação pode ocorrer quando você acidentalmente insere um espaço entre dois dígitos do número de espécie ou talvez um espaço depois do ponto decimal da altura. Se a opção de verificação for escolhida. C. famílias e amostras. o programa lê os dados do arquivo temporário.programa PREPARE Pelo menos um valor ou espaço faltando O programa tentou “contar” o número de valores na linha e encontrou um valor menor que o esperado.

Calcula a maioria dos parâmetros comuns como densidade relativa. de espécies.densidade total. Esta versão tem facilidades para especificar subconjuntos de dados. frequência absoluta e relativa e também uma série de parâmetros para o levantamento como um todo . a listagem pode ser bastante volumosa se você usa todas as opções . Utilização A tela principal é apresentado abaixo :- 1 .índice de Shannon.1. Se você opta para gravar as tabelas de resultados. as formulas utilizadas e detalhes dos cálculos são descritas na seção “Notas Técnicas”.precisa deixar espaço no disco de saida.FPM). tabela de parâmetro das famílias.FPD” como entrada e pode produzir arquivos de listagem e arquivos dos tipo “. 2. Arquivos necessários PARAMS utiliza um arquivo de dados “. portanto. pode especificar o nome de cada arquivo individualmente (o programa pergunta antes de gravar). Você pode especificar na linha de comando os nomes dos arquivos de entrada e saida. a ordem. Cansei de tentar satisfazer todos os usuários com relação à ordem dos parâmetros e quais parâmetros deviam ser incluidos nas tabelas . “PARAMS SAOJOSE” vai utilizar o arquivo “SAOJOSE.LST”. 3. responsável pelo cálculo de parâmetros fitossociológicos. Introdução PARAMS é o programa central do FITOPAC. Alem dos cálculos de parâmetros básicos.FPM” contendo os resultados produzidos. no. tabela de parâmetros das parcelas (somente para levantamentos utilizando parcelas). etc. esta versão possui uma série de melhorias e facilidades que devem aumentar consideravelmente a utilidade do programa. Repare que para levantamentos grandes. parâmetros gerais características do levantamento como um todo .FPD” como arquivo de dados e os resultados serão gravados no arquivo “SAOJOSE.PROGRAMA PARAMS Função Este programa calcula parâmetros fitossociológicos para levantamentos que utilizam os métodos de quadrantes (Point-centered Quarter method) e parcelas (Quadrat method). Embora a maioria dos parâmetros disponíveis já são calculados pelo programa correspondente na versão preliminar do FITOPAC.RES” utilizaria SAOJOSE. Calcula a maioria dos parâmetros fitossociológicos normalmente utilizados em levantamentos de vegetação arbórea/arbustiva e fornece algumas gráficos simples resumindo os resultados.não tinha duas pessoas que concordavam na mesma ordem e parâmetros ! Na versão atual. você mesmo pode elaborar o padrão que prefere. por ex. densidade total. os nomes. 4. Se não gostar do conjunto padrão que vem embutido no programa. area basal total.tabela de parâmetros das espécies.FPM e PARCELAS. FAMILIAS. Espécies . etc.FPM. a largura das colunas e quais colunas são impressas. Uma outra característica desta versão é a flexibilidade possível na impressão de tabelas de resultados. Os parâmetros fitossociológicos calculados são armazenados em quatro tabelas :.FPD como arquivo de dados e gravaria a listagem em SJ1.) via o programa MATRIZ e utilizados em programas gráficos. índices de diversidade. etc. além de quais tabelas são impressas podem ser modificados pelo usuário e o conjunto de preferências pode ser gravado. permitindo diversas sub-análises no mesmo levantamento. ou utilizar os nomes prefixados (ESPECIES. e provavelmente será o programa mais utilizado pela maioria dos usuários. Uma lista completa dos parâmetros. permitindo que todos as análises sejam impressas da mesma maneira. o programa tem algumas facilidades para produção de gráficos simples e pode gravar tabelas de parâmetros em arquivos do tipo FITOPAC padrão (FPM) que podem ser traduzidos para outros formatos (Lotus 123.RES. “PARAMS SAOJOSE SJ1.

pode correr a análise completa para um levantamento. Enquanto estiver dentro do programa. Nesta situação. IMPRIMIR .11 e 13 . CALCULAR . nomes dos parâmetros). Diversos outros tipos de filtro podem ser especificados. *Imprimir. inicialmente incluindo todos os indivíduos com DAP ≥ 3 cm.Este comando é utilizado para alterar as tabelas de resultados e a maneira em que elas são impressas. ou utilizando os caracteres normais da impressara. a ordem dos parâmetros nas tabelas.FITOPAC . Os gráficos aparecem inicialmente na tela e podem ser impressas ou via uma cópia da tela.Produzir gráficos a partir das tabelas de resultados.O filtro é usado para determinar quais são as espécies. Calcular. no. de decimais. re-fazendo os cálculos. Desta maneira. com idivíduos menores que 10 m de altura e com diâmetros menores que 20 cm. diâmetro e altura para produzir análises muito específicas por exemplo. excluindo mortas e desconhecidas. Segue uma descrição de cada comando :FILTRO . a ordenação usada dentro das tabelas e detalhes da impressão das tabelas (largura das colunas.versão 1 Os principais comandos são os seguintes :. permitindo o uso dos recursos gráficos ou estatísticos de outros programas. Você pode alterar quais são os parâmetros incluidos.Filtro. O uso do filtro dá uma flexibilidade bastante grande. incluindo ou excluindo blocos de parcelas para fazer sub-análises dentro de um levantamento grande. Estes podem ser do tipo gráfico de dispersão ou histograma. Portanto. o programa deve incluir todos os indivíduos no arquivo de dados. e você pode correr diversos tipos de análise no mesmo arquivo de dados utilizando um filtro diferente para cada análise. pois a exclusão dos indivíduos menores altera o método de amostragem e não é compatível com o método de quadrantes. você pode produzir uma tabela de parâmetros fitossociológicos e depois utilizar “Harvard Graphics” ou “Quattro” para produzir os gráficos desejados. GRAVAR . incluindo ou excluindo espécies (por exemplo indivíduos mortos onde estes foram incluidios).23. e depois uma série de sub-análises de vários tipos especificando um filtro diferente para cada sub-análise. A seção “Gráficos” descreve o uso desta opção. onde você quer comparar com um outro levantamento onde o DAP mínimo foi de 5 cm. Os indivíduos usados são selecionados de acordo com o filtro especificado antes de iniciar este comando. *Graficos e *graVar. você pode fazer qualquer número de análises. somente parcelas 1 .Gravar as tabelas de resultados no disco em arquivos do tipo “FPM” que depois podem ser traduzidos (pelo programa MATRIZ) para arquivos do tipo “Lotus 123” ou “SYSTAT”. se você não especifique um filtro. A maneira em que o filtro é especificado é descrita na seção ???? . Os gráficos produzidos aqui são relativamente simples. mas permitem ter uma indicação do comportamento dos parâmetros sem sair do programa. produzindo uma análise que é comparável com o levantamento feito com DAP de 5 cm (se todas as outras características do levantamento forem iguais). dependendo da saida escolhida. Os valores pré-estabelecidos pelo programa são tão amplos que não devem excluir qualquer indivíduo em levantamentos normais.começa a leitura dos dados e o cálculo dos parâmetros fitossociológicos que são armazendos em diferentes tabelas.imprime as tabelas de resultados diretamente na impressora ou num arquivo. amostras e indivíduos que serão aceitas na análise atual. É possível utilizar praticamente qualquer combinação de unidades de amostragem. GRAFICOS . Os detalhes de como alterar as tabelas são descritas na seção “Alterando as tabelas”. Note que este método não funciona com levantamentos que utilizem o método de quadrantes. Um exemplo seria o caso de um levantamento utilizando parcelas. 2 . especies. Os comandos marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de fazer os cálculos para um dado levantamento. alterando o arquivo de dados ou o filtro e. você pode especificar um filtro que exclua todos os indivíduos com DAP < 5 cm. Portanto. ou diferentes combinações de altura e diâmetro para analizar diferentes estratos. além de quais tabelas são impressas. depois. aLterar. ALTERAR .

Dentro deste módulo. TABELA .n classes C . o número de barras é variável.n classes + resto D . mas a soma dos valores nas barras mostradas atinge pelo menos x% do total do parâmetro escolhido(fig. na forma de uma “fila". Também aparece uma tela perguntando quantas barras e tipo de barra. frequentamente mais convenientamente. Uma vez que uma fila de gráficos foi criado. Note que nem todas as combinações são úteis .Diagrama de dispersao B . de graficos especificados : 0 TIPO . Gráficos de barra . As diferenças entre estes gráficos são as seguintes :n classes .é igual ao anterior mas acrescenta uma última barra que repesenta a proporção do parâmetro representada pelas espécies ou famílias restantes. Densidade Relativa contra número de indivíduos simplesmente produz uma linha reta pois o primeiro é derivado do segundo por uma multiplicação simples. ??). primeiros x % + resto . onde diversos gráficos podem ser selecionados ao mesmo tempo e depois mostrados e impressos um a um.programa PARAMS (manual versão 01/05/98) Alterando as tabelas Gráficos A tela de gráficos permite escolher entre diferentes tipos de gráficos e a tabela de onde serão extraidos os dados.Esta opção abre um menu permitindo escolher qual das tabelas de resultados será utilizada (espécies. n classes + resto . primeiros x % .primeiros x % E . e a forma em que os gráficos serão mostrados na tela ou impressos. com respeito ao parâmetro escolhido. e produz o gráfico.Grafico de barra .Grafico de barra . Esta opção abre um menu que mostra os tipos disponíveis :Tipo de grafico A . Aparece uma tela perguntando quantas barras você quer no gráfico. famílias ou parcelas). ??). na forma de um diagrma de dispersão (fig.mostra n + 1 barras dos quais os primeiros n correspondem às primeiras n espécies ou famílias e o último que representa a soma das espécies ou famílias restantes. O número máximo de barras é ??.primeiros x % + resto Diagrama de dispersão . ou.Grafico de barra . O programa não dá qualquer aviso. de graficos especificados” informa quantos gráficos estão na fila. mesmo que seja inutil. com as espécies ou famílias ordenadas de maior para menor. A porcentagem é especificada numa tela que aparece logo em seguida e que permite também especificar o tipo de barra.é um gráfico que mostra a relação entre dois parâmetros.por ex. Tipo tAbela Vars Opçoes Simbolos Desenhar Imprimir Proximo aNterior Continue Tipo de grafico desejado Tipo de grafico : Diagrama de dispersao Tabela atual : Especies No. você pode especificar os gráficos um de cada vez. o campo “No.neste gráfico.todos mostram a quantidade absoluta ou porcentagem do parâmetro escolhido em cada espécie ou família. 3 . e se prefere barras simples ou “3D".mostra n barras correspondendo às primeiras n espécies ou famílias(fig.Grafico de barra .Escolher o tipo de gráfico desejado. ??).

Rel Titulo Levantamento de Mata Atlantica . o programa cria uma fila de dois gráficos . Se você seleciona mais que um parâmetro. No caso de diagramas de dispersão. a tela que aparece é a seguinte :Opçoes para grafico Freq.versão 1 VARS . OPÇOES .Ubatuba Permite alterar o título que aparece no gráfico maximo minimo intervalo Freq.0000 Modifique o máximo. além do intervalo da escala Quantas barras ? 10 Escolhe quantas barras você quer no gráfico (deve ser de 1 a 100) Barras “3-D” ? Nao Mostrar as barras em forma “3-D” ou não “Etiquetar” barras ? Sim Colocar “etiquetas” nas barras. mínimo e intervalo da escala horizontal “Etiquetar” pontos ? Sim Colocar uma “etiqueta” em cada ponto no gráfico.0000 0. uma fila de quatro gráficos (DoR x DR. Para diagramas de dispersão.esta opção abre uma tela que permite alterar os limites das escalas dos gráficos além de algumas outras características no caso de histogramas.Rel * Dens. espécie. mínimo e intervalo da escala vertical Dens. No caso de escolher “DR” e “IVI” como eixos horizontais e “DoR” e “FR” como verticais.0000 1.DoR x DR e FR x DR.Rel Titulo Levantamento de Mata Atlantica .0000 0. uma para o eixo horizontal e a outra para o eixo vertical. mostrando família. você pode selecionar um ou mais parâmetros em cada lista. Por exemplo.Rel 9. se você seleciona “DR” como eixo horizontal e “DoR” e “FR” como os eixos verticais.0000 Modifique o máximo.0000 Indique os valores máximo e mínimo para a escala vertical.Rel 60. Você pode escolher um ou mais parâmetros da tabela selecionada na opção anterior para produzir um ou mais gráficos de barra. etc.FITOPAC . 4 . duas listas de parâmetros aparecem. FR x DR. De novo.a ação desta opção depende do tipo de gráfico.Rel 8. DoR x IVI e FR x IVI) será criado.0000 5. o programa vai criar uma fila de gráficos que podem ser examinados em sequência usando a opção “PROXIMO”. abre uma única lista de variáveis (parâmetros) que podem ser selecionados para produzir gráficos.Ubatuba Permite alterar o título que aparece no gráfico maximo minimo intervalo Freq. a tela é :Opçoes para grafico Freq. permitindo identificá-los Para gráficos de barra com número de classes fixo.0000 1.0000 0. No caso de gráficos de barra.

Mas em comparações entre levantamentos. O uso desta opção é descrito na seção “Opções comuns a diversos programas” no capítulo “Utilizando FITOPAC”. IMPRIMIR . Normalmente o programa tenta selecionar escalas que utilizam o máximo possível da tela compatível com unidades de escala razoáveis. os gráficos saem com escalas diferentes. a única diferença desta tela é a substituição da pergunta “Qual porcentagem” em vez de “Quantas barras”.volte ao gráfico anterior (se existe). Por exemplo. PROXIMO .imprime o gráfico atual na saida já selecionada ao entrar no programa. SIMBOLOS . ANTERIOR . em fig. Se você precisa de gráficos com a mesma escala. Veja a seção ??? para mais detalhes. DESENHAR . 4. Estas opções são muito úteis no caso de estudos comparativos onde é essencial ter gráficos que utilizam os mesmos escalas.programa PARAMS (manual versão 01/05/98) No caso de gráficos de barra com porcentagem fixa. pode utilizar esta opção para controlar a aparência dos gráficos finais.desenha o gráfico atual na tela. Note que esta forma de impressão do gráfico utiliza as caracteres normais da impressora e não é uma cópia da tela (fig. Esta opção também pode ser utilizada para ampliar ou “encolher” uma região de um gráfico de dispersão. Se quiser imprimir uma cópia da tela utilize Ctrl P. Mensagens de erro Limitações e problemas Notas técnicas Bibliografia 5 .escolhe o próximo gráfico na fila (se ainda tiver). permitindo alterar a porcentagem total do parâmetro que será mostrado em forma de barras. a região no canto inferior esquerda da fig. ??). 1 foi ampliado pela modificação do limite máximo das escalas verticais e horizontais.Permite alterar os símbolos utilizados em diagrams de dispersão. ou mesmo sub-analises do mesmo levantamento.

Diagrama de dispersão. 6 .FITOPAC .versão 1 Figuras Fig. com “etiquetas” nos pontos. 1.

com “etiquetas nas barras e sem efeito “3-D” 7 . 2 Gráfico de barras com número fixo (10 ) barras + resto (“outros”).programa PARAMS (manual versão 01/05/98) Fig.

versão 1 Fig. sem “resto” e com “etiquetas” e efeito “3-D” 8 .FITOPAC . 3. Gráfico de barras. com primeiros 75% do parâmetro representado.

9 . 1 ampliada por modificação das escalas verticais e horizontais.programa PARAMS (manual versão 01/05/98) Fig. 4. Parte da fig.

exatamente o que é preciso para calcular os parâmetros fitossociológicos para o levantamento. O arquivo de entrada é um arquivo do tipo “FPD”. ou alguma outra medida mais complexa como número de indivíduos (muito comum) ou área basal ou volume. O programa tem opções para criar os seguintes tipos de matriz :• presença/ausência • número de indivíduos • área basal • volume (é necessário ter dados de altura no arquivo “FPD” para este tipo de matriz) O programa também tem facilidades para manipulação da matriz. CRIAMAT permite a criação de uma matriz deste tipo e seu armazenamento na forma de um arquivo do tipo “FPM” para análises posteriores (veja também a seção “Uso de arquivos em FITOPAC”). onde os dados originais de cada indivíduo são descartados e substituídos com algum tipo de média ou contagem para a unidade de amostragem. na forma CRIAMAT ENTRADA SAIDA. O arquivo de saída é um arquivo do tipo “FPM” que contem a matriz criada por CRIAMAT. Em levantamentos que utilizam o método de quadrantes. Normalmente. Os arquivos podem ser especificados na linha de comando. enquanto “CRIAMAT SAOJOSE SJ1” vais utilizar “SAOJOSE. particularmente análises de ordenação e agrupamento onde nos precisamos de uma matriz que contém as unidades de amostragem como linhas e as espécies como colunas e onde cada célula da matriz contém alguma medida da presença de uma dada espécie dentro de uma das unidades de amostragem.PROGRAMA CRIAMAT Função A função do programa CRIAMAT é de gerar uma matriz parcelas x espécies a partir de um arquivo de dados de levantamento. incluindo transformações dos dados e a retirada de espécies raras. “CRIAMAT SAOJOSE” vai utilizar “SAOJOSE.FPD” como entrada e “SJ1. o primeiro passo na análise dos dados de um levantamento será o cálculo dos parâmetros fitossociológicos. mas em muitos casos é interessante passar para uma fase posterior de análises mais detalhadas de variação dentro da área amostrada e detecção de padrões e gradientes ecológicos. os arquivos também podem ser especificados dentro do programa utilizando o comando “ARQUIVOS”. Este programa trabalha. Utilização A tela principal é apresentada abaixo :- . do tipo “FPD”. Esta medida pode ser simples presença ou ausência (geralmente representados por 1 e 0 respetivamente). portanto. descrevendo um levantamento utilizando parcelas. Como sempre.FPD” como arquivo de entrada e vai criar o arquivo “SAOJOSE. não é apropriado para outros tipos de análise. Assim. No arquivo de dados de levantamento existe uma lista de todos os indivíduos com suas respetivas medidas para cada unidade de amostragem (parcela ou ponto). normalmente não faz sentido criar este tipo de matriz pois o número de indivíduos em cada ponto é restrito a 4 e não é apropriado usar análises de agrupamento ou ordenação nestas circunstâncias. torna-se necessário uma mudança no formato dos dados pois este último conjunto de análises geralmente trabalha com um resumo dos dados.FPM” como saída. porém.FPM” como o arquivo de saída. Neste ponto. Este formato. Introdução Este programa forma o elo de ligação entre os programas “PREPARE” e “PARAMS” e o resto do FITOPAC. somente com levantamentos feitos utilizando o método de parcelas. Arquivos necessários Este programa utiliza um arquivo de entrada e um de saída.

/abs.indica a presença de uma espécie numa unidade de amostragem com um “1” e sua ausência por um “0”. masC**.calcula o volume total (em forma de cilindro .área basal x altura) de cada espécie em cada unidade de amostragem. MODIFICAR . pres. matriZ*. utilizando o conjunto padrão de ferramentas de modificação de matrizes. o programa apresenta um menu para determinar qual o critério que deve ser usado para mascarar espécies raras.aplica um filtro na entrada de dados para selecionar somente um subconjunto dos dados .calcula a área basal total de cada espécie em cada unidade de amostragem Volume .Tipo. FILTRO .) -------------------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : GENEBRA. etc. TIPO .por ex. Ao escolher este comando. Presença/ausência .Presença/ausencia Você pode escolher qual destes tipos de matriz que pretende criar. MASCARAR Mascarar as espécies raras. Área basal . selecionar somente indivíduos acima de 10 cm de diâmetro. Modificar**. Isso quer dizer que você pode restaurar estas espécies em casos onde muda de idéia. Filtro*. sendo que os comandos marcados com um asterisco estão disponíveis somente após a escolha de um arquivo “FPD” de entrada e os comandos marcados com dois asteriscos estão disponíveis somente após a criação de uma matriz. Veja a seção “especificando “filtros” ” para mais explicações.transformar. Note que é necessário ter medidas de altura no arquivo “FPD” para poder utilizar esta opção. etc. eliminar algumas espécies/amostras. o filtro e o tipo de matriz selecionados. com as seguintes cracterísticas Número de indivíduos .Volume D . o programa abre um menu :A . etc. Veja a seção “manipulando matrizes ” para mais detalhes.Especificar o tipo de matriz que você pretende criar.Modificar a matriz criada . ou onde o critério de exclusão que utilizou não estava correto.Area basal C .conta quantos indivíduos de cada espécie tem em cada unidade de amostragem.criar a matriz utilizando o arquivo. Ao escolher esta opção.Numero de individuos B . MATRIZ . Segue uma descrição de cada comando. Note que as espécies raras são mascaradas e não eliminadas permanentemente.. Gravar** e Imprimir**.FPD Arquivo saida : GENEBRA Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Tipo de matriz : No. indivs.Arquivos Rotas Tipo Filtro matriZ Modificar masC Gravar Imprimir Sair Escolher o tipo de matriz desejado (no. O critério usado para medir raridade e o valor de corte podem ser determinados :- . de individuos Os comandos disponíveis são os seguintes :.

enquanto espécies que tem um valor maior ou igual ao valor especificado serão mantidas. GRAVAR . “TWINSPAN” e “CANOCO”. de indivíduos. o programa abre uma tela para pedir que você especifique o valor mínimo aceitável para inclusão de uma espécie. por algum motivo você não está satisfeito com o resultado (o critério foi rigoroso demais. uma em cada formato. o programa determina quais são as espécies que serão mascaradas e apresenta uma mensagem na tela. . pode gravar cada matriz duas vezes.Fitopac B . Ao escolher este comando. Em seguida. Valor absoluto . com diferentes critérios de exclusão aplicando o comando “MASCARAR” diversos vezes.grava a matriz no disco como arquivo. Se necessário.equivalente a densidade relativa.Cornell Onde Fitopac é o formato normal do FITOPAC (Um arquivo “FPM”) e “Cornell” é o formato usado pelos programas como “DECORANA”. Porcentagem . o programa abre um menu que pede o formato de arquivo desejado :- A . de amostras. de amostras .A .espécies mascaradas não atingem um mínimo de porcentagem (do número de indivíduos. Também pode criar diversas matrizes. indicando quantas espécies foram mascaradas e quantas sobraram :- ** Foram mascaradas XX especies ** Deixando um total de YY especies Se. área basal ou volume) menor que o valor especificado no próximo passo.Porcentagem C . de amostras B .espécies serão mascaradas se ocorrem num número de unidades de amostragem menor que um número mínimo especificado no próximo passo. área basal ou volume . tomando o cuidado de gravar cada matriz formada (com nomes diferentes) e restaurando as espécies mascaradas após a gravação da matriz.as espécies mascaradas tem um valor absoluto (de no.No. deixando poucas espécies ou foi aplicado o critério errado). porcentagem ou valor absoluto) menor que o valor especificado será mascarada. Após a escolha do valor de corte.Valor absoluto onde : no. Note que uma espécie com um valor (no. dominância relativa e volume relativa respectivamente) que será especificada no próximo passo. pode utilizar os recursos de modificação da matriz para restaurar as espécies mascaradas (veja a seção ”manipulando matrizes” para mais informações).

. etc. IMPRIMIR . o arquivo de saída criado automaticamente será “SAOJOSE. Por exemplo.FPM”.. é melhor manter o nome sugerido pelo programa. Normalmente. etc. se você bateu “CRIAMAT SAOJOSE” para entrar no programa. você pode alterar este nome . antes de gravar a matriz no arquivo designado. Mesmo em casos onde precisa utilizar diferentes nomes de arquivo. mas. o programa abre uma tela com campos para título. transformações. ou para um arquivo de listagem (o “default” do programa). esta deve ser gravada antes de utilizar as facilidades para mascarar espécies raras (ou mascarar amostras). o programa pede o nome do arquivo de saída que no caso de arquivo FITOPAC normalmente será o nome do arquivo de entrada com a extensão “FPM”. Repare que espécies (ou amostras) mascaradas não são incluídas na matriz gravada. e se você quer manter uma matriz com todas as espécies. particularmente em casos onde você cria um número muito grande de arquivos com diferentes critérios de corte. não é possível utilizar o mesmo nome para todos os arquivos resultantes. e onde é possível confundir o que foi feito em cada matriz. onde obviamente.normalmente idêntico ao responsável pelo levantamento} Colunas da matriz sao : {normalmente espécies} Linhas da matriz sao : {normalmente amostras ou parcelas} Geralmente é bastante útil manter estes dados atualizados pois eles ajudam entender a saida das análises realizadas posteriormente. se necessário.isso geralmente só é requerido no caso de gravar diversas versões da matriz com diferentes níveis de corte ou com diferentes transformações dos dados. permitindo que você anota as modificações feitas e estas anotações aparecem nas listagens de resultados de todos os programas que utilizam esta matriz :Verifique as informaçoes complementares da matriz Titulo : {aqui você pode especificar a origem dos dados e qualquer critério de exclusão de espécies raras aplicado para esta matriz} Responsavel {nome do responsável pelos dados .Após a escolha do formato de gravação.imprime a matriz. Finalmente. sugiro a manutenção sempre da extensão (“FPM” para arquivos FITOPAC e “DAT” para arquivos Cornell) para simplificar uso dos arquivos com outros programas. ou diretamente para a impressora se você tecla “IMP” ou “PRN” como arquivo de saída.

Este programa tem facilidades para editar uma matriz de dados. Tentou-se fornecer. Entre os formatos disponíveis (veja “arquivos necessários”. no máximo com nomes de variáveis e amostras. Portanto. é necessário ter uma maneira de introduzi-los para produzir um arquivo tipo “FPM” que pode ser lido pelo programa apropriado. verifique que realmente é válido e pode ser lido pelo pacote utilizado para criá-lo. É especialmente importante notar que este programa forma um elo de ligação entre FITOPAC e programas como “DECORANA”. e os diferentes graus de sofisticação de funções que podem ser representadas em cada formato de arquivo. eliminar linhas ou colunas. transpor a matriz e imprimir a matriz. ou imprima a matriz. que um arquivo “SYS” foi criado pelo pacote SYSTAT e pode ser lido por aquele programa. “TWINSPAN” e. ler a seção sobre limitações do programa antes de utilizar “MATRIZ” para tradução de arquivos. Permite também a entrada direta de matrizes de dados por meio de uma planilha simples. e pode ser útil mesmo que você não queira utilizar o próprio formato FITOPAC. Este formato não está disponível em pacotes comerciais e pode ser bastante trabalhoso converter um arquivo em outro formato para uso com programas que utilizem o formato CORNELL.por ex. o programa funciona como um “tradutor” ou centro de intercâmbio entre diversos formatos de arquivo.a função do programa é de traduzir matrizes simples. portanto.todos amplamente usados na análise de dados ecológicos. sem a necessidade de produzir um arquivo “ASCII” intermediário como normalmente seria o caso. porém. não tentei incluir todas as possiveis variantes para cada formato .PROGRAMA MATRIZ Função O programa matriz fornece funções para manipulação de matrizes de dados e para “tradução” de matrizes em um formato de arquivo para outro. Espero. ou examine o arquivo resultante com um editor de texto para confirmar que a tradução realmente foi bem sucedida. abaixo). que normalmente seriam obtidos como uma série de variáveis para cada amostra. facilitando o uso de outros tipos de análise não fornecidos no próprio FITOPAC. mais recentemente. Não tem facilidades para dados não-numéricos. transformar linhas ou colunas da matriz. no atual programa. antes de tentar importar um arquivo. um utilitário capaz de “traduzir” dados em forma de matriz para o formato requerido pelo FITOPAC via uma planilha simples que permite entrar os dados. que esta tradução seja útil para pesquisadores na área de fitossociologia. Neste programa. Além da entrada direta de dados. é impossível fornecer um programa que possa traduzir qualquer arquivo (por exemplo do Lotus 123) para todos os outros formatos. o formato “CORNELL” é particularmente útil pois este é utilizado pelos programas “DECORANA”.cam todas as etapas necessárias para produção de matrizes do tipo “amostra x espécie” a partir dos arquivos originais de dados de campo. Dada a diversidade em estrutura de arquivo possível. Quando utilizar este programa. junto com funções que facilitam a manipulação da matriz. Supõe-se que o arquivo especificado seja um arquivo válido no formato especificado . e que naturalmente formam uma matriz com as amostras formando as linhas e as variáveis medidas formando as colunas. em muitos casos é necessário introduzir outros tipos de matrizes de dados que são adquiridos diretamente em forma de matriz. Um exemplo seria dados de composição de solo. Caso deseja analisar este tipo de dados utilizando os programas do FITOPAC. Erros no arquivo sendo importado provavelmente darão resultados inesperados e podem jogar você fora do programa ou “travar” o micro. É essencial. e com dados numéricos. Utilizando “MATRIZ” é possível criar e manipular uma matriz de dados com Lotus 123 e depois transformar o arquivo “WK1” do Lotus em arquivo “SYSTAT”. examine os dados usando a planilha. 1 . “TWINSPAN” e “CANOCO”. “CANOCO” . além de funções para “importar” arquivos em outros formatos para o formato “FITOPAC” e “exportar” dados para uma variedade de outros formatos. Introdução Embora os programas do FITOPAC forne. Não dá para confiar cegamente no processo de tradução porque não é possivel prever todas as possiveis “complicações” que podem surgir ! Repare também que o programa não faz uma verificação de dados quando você está importando de outros formatos (exceto no caso de arquivos ASCII).

sendo necessário colocar somente o nome do arquivo de dados quando chamar o programa .WK1 SYSTAT . Permite intercambiar dados diretamente com esta planilha. utilizar 123 para entrar e manipular matrizes de dados e depois transferi-los diretamente para FITOPAC.por ex. com espaços entre os números . As combinações de importação e exportação de dados disponíveis estão resumidos na fig. contendo somente números. CORNELL . As extensões utilizadas aqui são as seguintes :FITOPAC . e não é necessário digitar a extensão se você vai utilizar o conjunto padrão de extensões.essencialmente uma matriz de dados sem qualquer outro tipo de informações.versão 1 Arquivos necessários MATRIZ pode importar e exportar arquivos em diversos formatos. veja Hill (1979) ou ter Braak (1988). NTSYS .formato da planilha LOTUS 123 (arquivos WK1 . mas versões posteriores ainda podem ler este formato. e arquivos neste formato também podem ser importados pela maioria dos processadores de texto. Os formatos disponíveis no momento são os seguintes : FPM . o programa tenta “adivinhar” a extensão apropriada para cada tipo de arquivo.SYS DIF .veja a seção “importando dados” para mais informações.formato condensado utilizado pelos programas produzidos pela Universidade de Cornell (DECORANA. embora a representação interna dos dados e o tipo de arquivo básico seja de um arquivo “FPM” do FITOPAC. SYSTAT .muitas planilhas e pacotes estatísticas são capazes de importar e exportar arquivos neste formato. Este pacote tem diversas opções para taxonomia numérica e análises multivariadas.da versão 2. Repare que alguns programas como “SYSTAT” exigem o uso de uma extensão especifica (neste caso “SYS") e não aceitam outras extensões. este formato é disponivel somente para exportar arquivos.DAT ASCII . LOTUS 123 . Portanto. geralmente é preferível utilizar as extensões fornecidas pelo programa e não altera-las. Utilização Especificando arquivos A especificação dos arquivos a serem usados segue o esquema normal do FITOPAC. onde “SAOJOSE” é o nome do arquivo de dados que deseja manipular. DIF . Permite transferir dados para análise com este pacote sem a necessidade de produzir um arquivo ASCII intermediário. É possivel.DAT LOTUS 123 . É válido somente para versão 3. Muitas planilhas (por ex.(Data Interchange Format) .arquivos simples. este formato é disponivel somente para exportar arquivos.formato utilizado pelo pacote estatístico “SYSTAT”. “MATRIZ SAOJOSE”. você pode precisar de um arquivo contendo os nomes das colunas e outro com nomes das linhas da matriz . Excell) e programas estatísticos ou gráficos podem ler este formato.DIF 2 .formato utilizado pelo pacote “NTSYS” de Rohlf (1989). Além do arquivo de dados. ASCII . ?.FITOPAC . No momento. Em geral. Para detalhes deste formato.0 do “SYSTAT”.FPM CORNELL .1).TWINSPAN) e por CANOCO. portanto. Diversos pacotes estatísticos ou planilhas conseguem ler este tipo de arquivo. No momento.formato normal do FITOPAC.

e o programa voltará à tela principal.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) Tela principal : Arquivos Rotas Imptipo eXptipo Ler Titulos Modificar Exportar imPrimir Sair Tipos de arquivo para importaçao/exportaçao ------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : MAT1 Arquivo saida : MAT1 Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Tipos de arquivo Importaçao : FPM Exportaçao : FPM ------------------------------------------------------------- Os principais comandos disponíveis são Imptipo. Para mais informações sobre a planilha. Ao acionar este comando.Direta Escolha a opção que indica o tipo de arquivo você deseja utilizar. Note que o menu de importação não é idêntico ao menu de exportação pois alguns formatos podem ser utilizados somente para exportação.. Títulos. Ao acionar este comando..Systat W . dos quais os comandos marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de ler uma matriz de dados.selecione o tipo de arquivo a ser usado para exportação de dados. No caso da opção “D”.Cornell S . F .o formato normal do FITOPAC). entrar dados diretamente. pronto para entrada dos dados.FPM A . veja a seção “Utilizando a planilha”. Segue uma descrição de cada comando :IMPTIPO .selecione o tipo de arquivo a ser usado para importação de dados.Lotus WK1 D .ASCII C . Tipo de arquivo ?. EXPTIPO . (a opção pré-selecionado é “FPM” . Ler. 3 . *Exportar e *imPrimir. o programa cria uma matriz vazia e depois entra diretamente no modo planilha. eXptipo. *Modificar. aparece um menu com as opções para exportação. aparece um menu com as opções importação.

0000 Em conversões para matrizes de presença/ausência. o programa vai abrir esta tela automaticamente. Valor de corte para presença/ausencia 0. LER .FPM A . No caso de arquivos em formato “WK1”. Embora não seja essencial colocar um título. o programa mostrará a seguinte tela :- Tipo de leitura do arquivo ? Transpor enquanto le Nao Se quiser. Estas informações devem ser verificadas com cuidado para confirmar que todos os dados foram importados corretamente.0 normalmente é o mais usado. com um limite máximo de 250 variáveis. Para alguns formatos. TÍTULOS .Cornell S . especialmente quando você está trabalhando com análises mais complexas que produzem diversas matrizes de dados. Normalmente qualquer matriz em planilha é tratada como uma matriz de dados quantitativos. É utilizado somente na conversão para arquivos binários. parando somente quando os dados foram lidos ou se ocorrer um erro que o programa é capaz de detectar. Converter em presença/ausencia Nao Permite converter uma matriz armazenada na planilha em matriz binário. qualquer valor acima do valor indicado aqui é considerado uma “presença” e convertido em valor “1”. Para a maioria das opções de formato. enquanto valores iguais ou menores que o valor indicado são tratados como ausências e recebem o valor “0”. o programa apresenta uma mensagem indicando quantos linhas e colunas da matriz foram lidas.DIF Escolhe a opção que indica o tipo de arquivo você deseja utilizar. 4 . e o programa voltará à tela principal.versão 1 Tipo de arquivo ?. Permite o uso da planilha para entrar matrizes de dados binários onde o número de variáveis aceitável pelo FITOPAC é maior que o número de colunas disponíveis na planilha. frequentemente este é útil para identificar diferentes matrizes. Se não ocorreu algum erro. antes de gravar a matriz. mas caso você queira tratar valores abaixo de um certo nível como ausências. Esta opção é útil se você quer colocar as linhas da planilha nas colunas da matriz e as colunas da planilha nas linhas da matriz. O valor pré-estabelecido de 0. o programa precisa de informações complementares antes de iniciar a importação e mostrará uma tela de perguntas antes de começar a importação. esta opção permite.Systat W .FITOPAC .altera o título e outras informações sobre a matriz que foi importada..iniciar a leitura de um arquivo de dados. o programa vai transpor a matriz enquanto está lendo os dados. No mínimo o título será exportado junto com os dados na maioria de formatos de exportação. F .Lotus WK1 N . Note que quando a opção de exportação é “FPM” (formato FITOPAC).. o programa começa a importar os dados imediatamente.NTSYS D .ASCII C .

pode ser qualquer valor numérico. como área basal. o programa tentará dar alguma indicação de onde ocorreu o problema. comprimentos. o procedimento é um pouco mais complexo. etc. Esta informação é essencial . e pode ser utilizada junto com a opção semelhante no processo de exportação de dados (veja “EXPORTAR” para mais informações). use a tecla de espaço ou “s” para mudar este campo para “sim” e depois preenche o próximo campo - ´ Valor usado para indicar dados faltando : -9999. especialmente se você tem um grande número de matrizes diferentes. Para arquivos em formato “ASCII”. Não é essencial. Se não quiser utilizar qualquer uma destas opções.miXto Dados quantitativos são quantidades numéricas. Quando o arquivo de dados acaba. O arquivo ASCII só pode conter números e espaços ! Se um caractere “proibido” é encontrado. Caso você tenha dados faltando. pois o programa precisa de algumas informações adicionais antes de começar a importação. pesos. Titulo : Bate um título que descreve a matriz de dados. mas pára neste ponto e você precisará utilizar um editor de texto para corrigir seu arquivo antes de continuar. simplesmente apertando .programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) A opção de transposição da matriz enquanto é lida pelo programa permite a manipulação de matrizes que não caberiam dentro de uma planilha normal. Tem dados faltando : Nao Se não tiver dados faltando na matriz. Dados mistos incluem uma mistura de dados quantitativos e binários.e a resposta deve ser um número inteiro de 1 até o máximo permitido por esta versão do programa. mas não deve ser um valor que pode ocorrer entre os dados normais. escolhendo a opção apropriada do menu “Tipo de dados” :- ´ Q . Dados do tipo presença/ausência são dados onde somente a presença ou ausência de uma espécie ou caractere é indicada. sem qualquer preocupação com a quantidade presente. número de individuos. -999 é comum. Depois deste menu. aparece uma tela “Descrição da Matriz” com vários campos pedindo informações sobre os dados a serem importados :Quantas variáveis : 0 Indique quantas variáveis (colunas) a matriz tem.você não vai poder continuar sem este dado . você digita o valor que utilizou para indicar dados faltando na sua matriz .Presença/ausencia X . O primeiro passo é indicar o tipo de dados que você pretende importar. pode pular este campo e o próximo.0000 Aqui. o programa começa a importar os dados. parando se encontrar qualquer tipo de caractere não numérico.Quantitativo P . pode usar para continuar. mas ajuda você a identificar a matriz depois. o programa informará quantos linhas de dados foram lidas verifique estas informações para ter certeza que a leitura de dados foi bem-sucedida ! O programa em seguida vai pedir informações sobre os nomes das variáveis com o menu “Nomes das variáveis” :- ´ 5 . Uma vez que completou os campos desta tela (não esqueça do para sair).

com a exceção da última opção “Usar uma das variáveis (colunas)”.versão 1 A . esta opção oferece o método mais conveniente de fornecer os nomes.Entrar diretamente pelo teclado Criar automaticamente . etc. Quando o número de variáveis é grande. mas o número de linhas no arquivo tem que ser igual ao número de variáveis. e caso prefira utilizar este. tecle o prefixo desejado. Lembre de usar a tecla para sair da janela de edição. Entrar diretamente pelo teclado . Eixo2. Por exemplo.em casos onde o número de variáveis não é tão grande ou onde você prefere não criar outros arquivos. antes de entrar no programa “MATRIZ”. Este arquivo pode ser criado com um processador de texto em modo “não documento” (sem formatação). O menu e as opções oferecidas aqui são praticamente idênticos àqueles dos nomes das variáveis. do tipo Var1. Veja a seção “??” para uma explicação mais detalhada. mascarar ou eliminar linhas ou colunas. o nome no. etc. Ler os nomes de um arquivo . Para arquivos ASCII e DIF :- « ³ ´ ° 6 . esta opção permite que você digita os nomes das variáveis diretamente.Criar automaticamente . bata o nome do arquivo contendo os nomes e estes serão lidos diretamente. EXPORTAR . com uma linha numerada para você incluir onome de cada variável.Exportar a matriz no formato de exportação esolhido com o comando TIPOS. um arquivo ASCII contendo os nomes das variáveis. o programa vai pedir um prefixo para os números das variáveis. entrando “Eixo” como prefixo vai resultar em variáveis com nomes do tipo Eixo1. utilizar a planilha.Na maioria dos casos. Para alguns formatos (SYSTAT. Uma vez que os nomes das variáveis foram criados ou lidos. 1 tem que corresponder a variável 1. Note que os nomes podem ser preenchidos em qualquer ordem. o programa vai solicitar algumas informações complementares. Se você seleciona esta opção. que permite copiar os valores em uma das variáveis para uso como nome. Var2. o programa também vai solicitar nomes para as linhas (amostras). Para utilizar esta opção. Se quiser modificar o prefixo. Quando o programa pedir. transformar dados. Pode deixar uma linha em branco onde não quer dar um nome para alguma variável. você precisa criar. Isso pode ser útil se uma das variáveis representar um grupo ao qual a amostra pertence e você quer somente uma indicação do grupo no nome da amostra. o processo é totalmente automático. basta apertar a tecla . usando as teclas de seta e e para colocar o cursor na linha correspondente ao nome que você deseja incluir. Nos outros formatos. etc. 2 à segunda variável. acresentar dados de uma outra matriz.Modificar a matriz. O programa abre uma janela de edição. mas o nome no. O prefixo já fornecido pelo programa é “Var”.Ler os nomes de um arquivo C .“Var1 a VarN" B . e assim por diante. Cornell). um por linha. MODIFICAR . para cada variável. e o programa simplesmente informa quando termina de gravar o arquivo de saída.neste caso o próprio programa se encarrega de criar uma série de nomes. é mais conveniente dar nomes individuais para cada variável.FITOPAC .

Permitir “_” em nomes de variáveis ? Sim Permitir ou não a presença do caratere “_” nos nomes de variáveis e objetos. Note que o programa NÃO verifica os limites da matriz antes de gravá-la e é capaz de produzir um arquivo “WK1” que ultrapassa o tamanho máximo permitido por Lotus 123 e outras planilhas. Neste caso. um por linha. em no. No caso de arquivos ASCII. normalmente esta opção não é necessária. o programa vai pedir o nome do arquivo a ser usado para imprimir. Se quiser mandar a matriz diretamente para a impressora. Incluir nomes das variáveis Sim No caso de arquivos DIF. mas alguns pacotes estatísticas não aceitam variáveis não-numéricas. se o número de linhas na sua matriz é inferior a 256. inferior ao número de colunas permitidas na maioria das planilhas (geralmente 256). pois o número máximo de variáveis utilizado por FITOPAC é 250. o programa pergunta somente se você quer os nomes das variáveis e amostras. produz um arquivo contendo os nomes. estas informações complementares ajudam a identificar o arquivo. No caso de arquivos ASCII. Mensagens de Erro 7 . incluir ou não os nomes de amostras como uma das colunas da matriz. Para exportação em formato “WK1”. e é. mas nem todos aceitam. Pode ser lido por planilhas e alguns pacotes estatísticos. Este tipo de variável pode ser lido por planilhas. de caracteres. o programa pergunta se quer transpor a matriz enquanto é gravado. que então será gravada na planilha com as linhas originais nas colunas e as colunas nas linhas. Quando você seleciona esta opção. Para dados binários. Para exportação em formato “FPM”.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) Especificaçao da saida Comprimento dos nomes das variáveis 8 Indique aqui o comprimento. Embora não sejam obrigatórias. os nomes são colocados dentro de um arquivo que contem um nome por linha. utilizando as facilidades para mascarar linhas e colunas. dos nomes de variáveis e linhas da matriz no(s) arquivo(s) de saída. voçê precisará “cortar” a matriz em blocos. FITOPAC pode aceitar até 1000 variáveis e estas não caberiam na planilha. Para dados quantitativos. antes de tentar exportá-la para este formato. e podem ser úteis quando se tem um número elevado de arquivos com diferentes matrizes. o programa abre uma tela para verificação das informações complementares da matriz antes de gravá-la. este método pode ser usado para manipular matrizes que normalmente não caberiam na planilha. digite “IMP” ou “PRN” para o nome de arquivo. porém. portanto. O uso deste caractere torna os nomes mais legíveis. Como a importação de arquivos “WK1” também permite transpor a matriz. No caso de nomes com duas partes (por ex. incluir ou não os nomes das variáveis como uma linha da matriz. Se a sua matriz tiver mais que 256 linhas e 256 colunas. mas alguns pacotes estatísticos não permitem o uso deste caractere em nomes de variáveis. No caso de arquivos NTSYS. você pode transpor a matriz.Imprimir a matriz ou num arquivo no disco ou diretamente na impressora. IMPRIMIR . nomes de espécies). Incluir nomes das amostras Sim No caso de arquivos DIF.

com exceção da primeira. Os nomes das colunas (variáveis) devem estar na primeira linha da planilha. Repare que os programas do pacote Cornell geralmente têm limites muito mais amplos no número de espécies e amostras. a maioria de pesquisadores que utilizam o pacote Cornell já deixam espaços entre os dados. No caso de linhas ou colunas inteiramente não-numéricas.o programa lê e escreve diretamente o formato binário utilizado por SYSTAT versão 3. Note que dados numéricos em FITOPAC são armazenados como números de 4 bytes e não 8 bytes como em SYSTAT. é possível você exceder o limite de número de espécies para programas do pacote Cornell .FITOPAC .versão 1 Limitações e problemas Cada formato de arquivo incluído aqui tem certas limitações em termos de características como comprimento permitido para nomes de variáveis.0. No caso de matrizes do tipo presença/ausência. embora seja possível produzir um arquivo perfeitamente válido para o formato Cornell onde não há espaços entre os números (fig. portanto. para alguns programas. ??). mesmo que os números de espécies e amostras estejam dentro dos limites teóricos do programa . A mais importante destas é a necessidade de ter pelo menos um espaço entre números (fig. é necessário que você especifique este dado. com poucos valores de zero. Na maioria dos casos. que será utilizada como nome das amostras. e de qualquer modo. mas para arquivos DIF ou ASCII. Dados não-numéricos em qualquer outra posição na planilha serão solenemente descartados e substituídos por “valor faltando”. O programa ignora gráficos e formatação dentro da planilha. A intenção aqui é traduzir o tipo de matriz simples que geralmente é encontrado em estudos fitossociológicos. e pressupõe que todos os números individuais estejam separados por espaços. uma perda de precisão. e você precisa estar ciente das limitações dos formatos que pretende usar e do atual programa. caracteres permitidos em nomes. é necessário neste caso especificar se este caractere pode ser utilizado. Uma vez que foi feita a tradução. Em geral. e esperar que vá ser traduzida fielmente. STATGRAPHICS não permite o uso do caractere “_” no nome. O tamanho do nome pode ser mais problemático na exportação. nomes de colunas e linhas podem ter no máximo 35 caracteres em FITOPAC. isto não se constitui em um problema sério. etc. 8 . No caso dos formatos SYSTAT e Cornell. Pode haver. e valores faltando são representados por uma célula em branco. onde você precisa saber o comprimento do nome usado pelo programa que você pretende empregar. Também é possível exceder o espaço de armazenamento disponível se tiver uma matriz cheia. Também existem. enquanto SYSTAT aceita sem problemas. Portanto. A planilha produzida quando se exporta para Lotus 123 contém a matriz com os nomes das variáveis (colunas) na primeira linha e os nomes das amostras (linhas) na primeira coluna. ??). Quando você importa um arquivo neste formato. grau de precisão e outras atributos. não há maneira de se recuperar as fórmulas originais. Os dados numéricos são inseridos nas linhas e colunas apropriadas. estas serão descartadas. Lotus 123 . Como a maioria de pacotes estatísticos utilizam nomes mais curtos (geralmente 8 ou 12 caracteres).o programa consegue ler matrizes simples. Na exportação de arquivos para o formato Cornell. são descartadas variáveis não-numéricas. e os nomes das linhas (amostras). portanto. Você deve verificar se a matriz resultante cabe dentro de uma planilha 123. mas nomes mais compridos em planilhas serão truncados.a ocorrência deste tipo de erro depende da versão do pacote que você está utilizando. No caso de exportação de arquivos para SYSTAT. e a matriz não será traduzida. O programa não lê o formato FORTRAN especificado no início do arquivo Cornell (veja Hill 1979 ou ter Braak 1988 para uma descrição do formato Cornell).veja o manual de Hill (1979) para informações sobre este problema. etc. assim. SYSTAT . porque utilizam um sistema de armazenamento mais eficiente para matrizes esparsas com muitos zeros. na primeira coluna. normalmente não ocorrem problemas na importação de dados destes pacotes. É possível. Se você tenta traduzir um arquivo que exceda os limites impostos pelo FITOPAC. o programa lê o valor numérico associado com a fórmula. não se faz qualquer verificação dos limites de número de colunas e linhas na matriz. receberá uma mensagem de erro. não deve haver grandes problemas. É impossível prever todas as combinações necessários para os diferentes programas estatísticos e planilhas. contendo somente dados numéricos e nomes de colunas e linhas. limitações nos caracteres permitidos em nomes de variáveis . não adianta “bolar” uma planilha complicadíssima com tudo quanto é tipo de formatação. o programa automaticamente produz nomes do tamanho correto. pois é necessário somente inserir espaços nas colunas apropriadas no arquivo Cornell para permitir leitura do arquivo. Onde foram colocadas fórmulas na planilha.por ex.a leitura de arquivos em formato Cornell é sujeita a várias limitações sérias. O formato DIF pode ser usado para transferir dados de FITOPAC para STATGRAPHICS e. Seguem algumas observações mais específicas sobre cada formato : Cornell . produzir uma matriz que exceda os limites da versão de SYSTAT que você está utilizando e em conseqüência você precisa verificar esta limitação antes de tentar utilizar o arquivo. mas descarta todas as informações sobre a fórmula em si. Repare que o programa não verifica limites de tamanho de matriz. e são reconhecidos os dados faltando.

F.J. Version 1. ter Braak.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) Notas técnicas Bibliografia Hill. Rohlf. New York. Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System.5. CANOCO . A FORTRAN Program for Detrended Correspondence Analysis and Reciprocal Averaging. Exeter Publishing Ltd. DECORANA. C. M. Section of Ecology and Systematics.J. New York. 1989. NTSYS-pc. Agricultural Mathematics Group. 1988.. F. 1979.O.a FORTRAN program for canonical community ordination by [partial] [detrended] [canonical] correspondence analysis. Wageningen. Cornell University.1). principal components analysis and redundancy analysis (version 2. 9 .

FPM como entrada e SAOPAULO. 1 .na literatura de taxonomia numérica). O programa tem. Caso quiser fazer uma comparação entre espécies. Pielou (1984) e Sneath & Sokal(1973). a matriz calculada pelo COEF a partir de um arquivo “FPM” deste tipo será uma matriz de semelhanças entre amostras. se optar pela impressão da matriz. Clifford & Stevenson (1975). basta especifica-lo como segundo nome de arquivo quando chama o programa . Legendre & Legendre (1983). Arquivos necessários O arquivo de entrada para este programa é um arquivo de tipo “FPM”. ou na hora de produzí-la. contendo dados numéricos (quantitativos). Como as comparações normalmente são simétricas. não importando se você compara objeto A com B ou B com A. e portanto. Normalmente. o uso deste programa é essencial para produzir as matrizes necessárias para análise de aglomerados. COEF SAOJOSE SAOPAULO vai utilizar o arquivo SAOJOSE. algumas facilidades para comparar matrizes e converter entre diferentes formatos de arquivo. Também é possível imprimir e manipular em várias maneiras a matriz de coeficientes produzida. ou na opção de modificação de matriz no próprio COEF. A matriz normal produzida pelo programa CRIAMAT coloca as amostras como linhas. Introdução Este programa serve como elo de ligação entre as matrizes de dados produzidas pelos programas CRIAMAT e MATRIZ e os programas CLUSTER e ORD (quando se deseja utilizar Análise de Coordenados Principais). é necessário armazenar somente a metade da matriz.. Para informações mais completas. Se por alguma razão você prefere um outro nome para o arquivo “FPC”. Normalmente é necessário especificar somente o nome do arquivo “FPM”. Gordon (1981). caso pede uma listagem da matriz).FPM como entrada e produz SAOJOSE.FPC como saida. Para diversos tipos de análise. um arquivo LST contendo a listagem. oferecendo diversos coeficientes de semelhança e distâncias amplamente utilizados para estudos ecológicos e taxonômicos. Utiliza. ainda. Esta matriz contém todas as possíveis comparações entre pares dos objetos sendo comparados (também conhecidos como Unidades Taxonômicas Operacionais .por ex. Por ex. matrizes retangulares de dados no formato “FPM”. COEF SAOJOSE vai utilizar o arquivo SAOJOSE. e tem facilidades para calcular distâncias geográficas entre localides quando fornecido com os coordenados correspondentes.PROGRAMA COEF Função O programa “COEF” permite o cálculo e gravação de matrizes de coeficientes de distância ou semelhança para uso em análise de aglomerados e análise de coordenados pricipais. COEF permite o cálculo e armazenamento de uma matriz deste tipo. As saidas do programa são um arquivo do tipo “FPC” contendo a matriz de coeficientes e. e o programa cria automaticamente um arquivo “FPC” com o mesmo nome do arquivo de entrada. precisa transpor a matriz “FPM”.UTOs . recomendo Dunn & Everitt (1982). na forma de uma matriz triangular. Não é possível discutir as propriedades de todos os coeficientes dentro deste manual. contendo uma matriz de dados onde as linhas da matriz representam os objetos a serem comparadas. binários (presença/ausência) ou mixtos (com diferentes tipos de variáveis). como entrada.LST.FPC como saida (e SAOJOSE. é essencial calcular uma matriz que mostra o grau de semelhança ou dessemelhança entre uma série de amostras ou espécies.

quadrada media D .Urbani & Buser Q .selecione o tipo de coeficiente que deseja calcular.succesive 10 % overlaps As opções oferecidas no menu principal são Ler. após o cálculo dos coeficientes.0 dupl.Baroni .Kulczynski O . J .Canberra excl. I . de variables : 200 [0] Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Coeficiente atual : distancia euclidiana simples test data set .Hamann S . *modificar. COEF[ICIENTE] .diferenca de tamanho N .FPM no.“simple matching" L .Bray Curtis H . de objects : 11 [0] Arquivo saida : MAT1. aparece um menu de coeficientes mostrando todos os coeficientes disponiveis no programa para o tipo de arquivo de dados escolhido (binário.dist. Horn) L .correlacao J .Canberra incl. Os itens marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de selecionar um arquivo de entrada.Yule T .ler o arquivo de dados.Gower S .distancia manhattan media F .Morisita (mod. Ao escolher esta opção.dist.Ochiai P .distancia euclidiana simples C . Você só vai poder selecionar o coeficiente após a leitura do arquivo de dados. formato. Segue a explicação de cada ítem :LER .correlacao P .Jaccard M .chi-quadrado U . Para dados binários A .diferenca de forma I . quantitativo ou mixto).distancia euclidiana quadrada B .chi-quadrado com Yates Para dados quantitativos A .diferenca de forma O .Marczewski-Steinhaus Q .distancia euclidiana quadrada B . *coef.distancia euclidiana media E .FPC no.diferenca de tamanho H .Marczewski-Steinhaus K .distancia euclidiana simples C . *calcular. euclid.Morisita K .Tanimoto R . fOrmato Modificar calcUlar Imprimir Manipular Sair Escolher o coeficiente a ser calculado -----------------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : MAT1. euclid. quadrada media D .0 dupl.versão 1 Utilização Tela principal : Arquivos Rotas Ler Coef.distancia corda M . imprimir e manipular.Rogers . e no caso de imprimir.FITOPAC .distancia euclidiana media E .Kulczynski R .distancia manhattan total F .Bray Curtis G .Dice/Sorenson/Czekanowski N .distancia manhattan media G .Distancia geografica 2 .

programa COEF (manual versão 30/04/98) Note que nem todos os coeficientes são aplicaveis com qualquer tipo de dados de entrada . Veja o capítulo “Opções comuns a vários programas” para uma descrição mais detalhada desta opção. As transformações são particularmente importantes pois é necessário transformar as colunas da matriz antes de calcular muitos coeficientes.pode ser FITOPAC (FPC) ou NTSYS. efetivamente não existe limite para o número de caracteres. embora o limite para o número de objetos (400) continua válido. F5 Gravar config. MANIPULAR .imprime a matriz de coeficientes num arquivo que terá o nome do arquivo de saida com a extensão “LST”. especialmente onde o número de objetos é grande. somente o coeficiente de Gower é disponível.veja a seção “Limitações e Problemas” para informações sobre possíveis incompatibilidades. F3 Selecionar. Tome cuidado com esta opção pois a listagem obtida pode ser muito volumosa. Canberra e Manhattan média). e depois combinar estas matrizes (dando um peso proporcional ao número de caracteres para cada um) para dar uma matriz final que é equivalente à matriz calculada diretamente utilizando todos os caracteres de uma vez. CALCULAR . calcular o complemento de uma matriz de coeficientes e calcular o coeficiente de correlação cofenética entre duas matrizes.permite manipular arquivos de coeficientes (combinar arquivos. converter entre formatos de arquivo. IMPRIMIR .permite combinar duas até quatro matrizes em uma matriz só. Estas incluem a possibilidade de combinar duas ou mais matrizes de dados. As modificações disponíveis incluem transformar. F10 Sair Segue uma descrição de cada opção :COMBINAR . alem de transpor e imprimir a matriz de dados e acesso à planilha para inspeção e modificação de dados individuais.) Veja a seção “Manipulando matrizes”. Lembre que o número de coeficientes na matriz é uma função do número de objetos ao quadrado ! A impressão de uma matriz de coeficientes destrui a matriz de dados que está na memória do micro e será necessário re-ler a matriz para calcular mais coeficientes. etc. Veja a seção “Limitações e problemas” para mais informações. Por exemplo. Para dados mixtos. eliminar ou mascarar linhas ou colunas da matriz. Desta maneira. Ao selecionar esta opção. Mas voce pode criar 3 arquivos de dados. Não é possível combinar distâncias com semelhanças. não seria possível calcular uma matriz de coeficientes diretamente pois o máximo de caracteres quantitativos é 250. FORMATO . O principal uso desta opção é em casos onde você tem demais caracteres para calcular a matriz de coeficientes diretamente.esta opção é muito importante pois permite a modificação da matriz de dados antes de calcular os coeficientes. Manipulando matrizes COEF oferece algumas facilidades para manipulação de matrizes de coeficientes. cOmbinar conVerter comPlemento coFenetica Continue Combinar 2 ou mais matrizes de coeficientes ------------------------------------------------ ------------------------------------------------------F1 Ajuda. F4 Impressora. alguns coeficientes são exatamente iguais (por ex. Para dados binários. Você também pode utilizar esta facilidade para criar matrizes que combinam diferentes tipos de caracteres.escolher o formato do arquivo de coeficientes . e o programa dará uma mensagem de erro se tentar. 2 com 250 caracteres e um com 150 caracteres. MODIFICAR .inicia o calculo da matriz de coeficientes e a gravação do arquivo “FPC” onde são armazenados. se tiver uma matriz com 650 caracteres quantitativos. abre a seguinte tela:- . calcular um coeficiente para cada matriz.

calcula o coeficiente de correlação cofenética entre qualquer par de matrizes e mostra um gráfico plotando os valores da primeira matriz contra os valores correspondentes da segunda matriz. 1. FITOPAC → SYSTAT ou NTSYS). COFENETICA . caso queira alterar o equilibrio entre as matrizes. Semelhante à opção para correlação cofenética em programa CLUSTER.FITOPAC .o valor de similaridade. aparece uma tela pedindo os nomes dos arquivos de entrada e saida a serem usados na conversão :Arquivos Arquivo de entrada ? : MAT1.00 0. CONVERTER .calcula o complemento da matriz de coeficientes .00 0.FITOPAC > NTSYS B . 4 . Repare que só pode ser usado com matrizes do mesmo tamanho.00 Nome de arquivo FPC contendo matriz de coeficientes Você pode entrar com os nomes de até quatro matrizes que serão combinadas. junto com o peso a ser dado a cada uma.isto é.permite converter arquivos de um formato para outro (por ex. Este peso normalmente é igual ou proporcional ao número de caracteres usados para produzir cada matriz.versão 1 Arquivos a serem combinados arquivo nnnnnn nnnnnn nnnnnn nnnnnn peso 0.NTSYS > FITOPAC C . transformando similaridade em distância.0 . Ao escolher esta opção. mas pode ser usado com outras matrizes e não somente com a dendrograma. mas você pode usar outros pesos. aparece um menu mostrando as conversões disponíveis :- A .SYSTAT > FITOPAC em seguida.00 0.FITOPAC > SYSTAT D .DAT COMPLEMENTO .FPC Arquivo de saida ? : MAT1. O valor do coeficiente na matriz final é calculado a partir da seguinte expressão C f = pC+pC +pC +pC 1 1 2 ∑p i =1 2 4 3 3 4 4 i onde Ci é o valor do coeficiente em matriz 1 e pi é o valor dado para o peso para matriz 1.

devido a limitações de espaço. Com dados binários.88 de latitude e -47. o limite é 1000 colunas. existem algumas limitações importantes. Neste caso. e se você quiser calcular outos coeficientes utilizando a mesma matriz modificada. graus + (minutos + segundos/60)/60) com latitude na primeira coluna da matriz e longitude na segunda. Portanto. a matriz resultante vai subestimar as distâncias para estes objetos.programa COEF (manual versão 30/04/98) Dados faltando Embora não seja tão comum em matrizes de dados ecológicos.geralmente ocorre quando se usa um coeficiente de correlação. recomendo que. não foi possível medir um ou mais dos objetos sendo estudados. O coeficiente é calculado somente com base nas comparações válidas entre os objetos. pois o programa ignora comparações individuais onde faltam dados. Neste caso. matrizes de dados taxonômicos frequentamente contém dados faltando . o programa mostra uma mensagem de erro e para o processamento da matriz. e um ou ambos os objetos tem exatamente o mesmo valor para todas suas variáveis. A presença de dados faltando na matriz de dados não é um problema na maioria dos casos. no.se não for usada a distância média. Um outro problema que pode surgir é a falta de comparações válidas.e. O uso das facilidades para combinar matrizes.em uma ou mais variáveis. porém. Para dados qualitativos (presença/ausência). ocorre 5 . caso haja um número grande de dados faltando. quando você seleciona a opção para imprimir a matriz de coeficientes. Este problema pode ser evitado por eliminação de um ou ambos os objetos envolvidos. No caso de cálculo de distância geográfica. Latitudes ao Sul devem ser negativos e longitudes Oeste também. o limite é 250 colunas. É possível que ocorra uma situação onde ambos os objetos tem aproximadamente a metade dos dados faltando. e a matriz não pode ser usada. ou completando a matriz com mais dados reais para estes objetos. precisará refazer todas as modificações. de comparações validas = 0 . mas cada um tem variaveis diferentes faltando. em casos onde você pretende modificar a matriz de dados e calcular diversos coeficientes. uma variável é rejeitada se um ou outro ou ambos os objetos tem dados faltando para esta variável. permite utilizar um número quase ilimitado de variáveis (veja a seção “Manipulando matrizes"). é necessário somente recarregar a matriz após a impressão. acima. Como alternativo. Não pode ter dados faltando ! Mensagens de erro O programa produz uma mensagem de erro quando encontra uma situação que produzirá uma matriz com valores que não são válidos. No cálculo do coeficiente entre dois objetos.a causa desta mensagem é a ausência de valores válidos para algum par de objetos. matrizes com muitos dados faltando devem ser tratados com bastante cautela. calcule todas as matrizes de coeficientes primeiro. O resultado vai ser uma tentativa de calcular semelhança ou distância entre objetos que não tem nenhum variável válida em comum. Limitações e problemas O número máximo de objetos é 400. e neste caso. pois os coeficientes calculados não são muito confiaveis. e não é possível ler uma matriz com mais que 400 linhas nesta versão. porém. Os coordenados geográficos devem estar em graus decimais (i. Depois pode imprimí-las utilizando a opção de nome de arquivo na operação de impressão para controlar quais matrizes são impressas. Valor do coeficiente não definido . Como não é possível armazenar os coeficientes calculados junto com a matriz de dados originais na memória RAM do micro. se possível. Veja o comentário em “Dados faltando”. Veja Dunn & Everitt (1982) e Clifford & Stephenson (1975) para uma discussão deste ponto. qualquer modificações que foram feitas na matriz de dados são perdidas. SP ficariam : -22. Este ponto é particularmente importante se tiver alguns objetos com muitos dados faltando . A única maneira de resolver este problema é de eliminar um ou ambos os objetos envolvidos ou completar a matriz com dados novos. o programa precisa remover a matriz de dados da memória RAM. pode criar uma matriz já modificada utilizando CRIAMAT ou MATRIZ. Assim. Em geral. Esta situação geralmente ocorrerá em matrizes com muitos valores faltando. Note que a opção de impressão pode imprimir qualquer matriz tipo “FPC” e não está restrita ao último arquivo gravado. O número máximo de colunas (variaveis) depende do tipo de matriz. No caso de distâncias eclidianas e manhattan.08 de longitude. os coordenados para a cidade de Campinas. Para matrizes de dados quantitativos. recomenda-se o uso da distância média pois a presença de dados faltando vai diminuir a distância total calculada.

etc. Notas técnicas Os coeficientes não são armazenados em RAM. com N variáveis e M amostras :é o valor observado para variável k na amostra i.FITOPAC . para variáveis contínuas. ik x x ik é a média das observações para amostra i. Nas definições. a cópia da matriz de dados que está na memória RAM é destruida e os coeficientes recuperados do arquivo “FPC” para impressão. para todas as variáveis de 1 a N. 6 . Distância euclidiana simples d ij = d 2 ij d ij = (b + c) para dados binários. devido ao problema de armazenar a matriz de dados e a matriz de coeficientes ao mesmo tempo. M é o número total de amostras (UTOs). b onde amostra i tinha o valor “0” e amostra j o valor “1”. as formulas utilizam a seguinte tabela :- UTO i + - U T O j + a b - c d onde a é o número total de variaveis onde amostras i e j ambos tinham o valor “1”. os seguintes símbolos são usados :Para uma matriz de dados X. N é o número total de variáveis. coeficientes que utilizem dados quantitativos - Distância euclidiana quadrada 2 d ij=∑ ( xik − x jk ) 2 k =1 N d 2 ij = (b + c) para dados binários. As formulas utilizadas para calcular os coeficientes são descritas abaixo. mas são gravados imediatamente no arquivo “FPC”.versão 1 quando d e (b ou c) tem valores de 0. Para dados binários. Pode ser corrigido removendo um ou ambos os objetos. Quando se opta pela impressão da matriz de coeficientes. ou alterando a codificação das variáveis.

Esta é a forma original e mais comum deste coeficiente. mas excluindo comparações onde ambos as amostras tem o valor 0. para dados binários.Curtis d BC = ∑ x −x ∑ (x + x k =1 ik k =1 N ik N jk d jk BC = ) (b + c ) para dados binários [ 2 a +(b + c)] "Canberra metric” incluindo zero duplo d CANij = 1 N x −x ∑( + x x N ik ik k =1 jk jk ) d CANij = (b + c ) para dados binários N "Canberra metric” excluindo 0 duplo igual ao anterior. 1975). excluindo zero duplo (a + b + c ) 7 . Distância Manhattan média {"Mean Character Difference"} d Mij= 1 N ∑ − N k =1 x ik x jk d Mij = (b + c ) para dados binários N Bray . N Distância Manhattan total {"city block metric"} d Mij=∑ xik − x jk k =1 N d Mij =(b + c) para dados binários. (veja Clifford & Stephenson. N Distância euclidiana média d ij = d N 2 ij d ij = (b + c ) para dados binários. d CANij = (b + c ) .programa COEF (manual versão 30/04/98) Distância euclidiana quadrada média d 2 ij = d N 2 ij d 2 ij = (b + c ) para dados binários.

x jk ) (∑ xik + ∑ x jk ) k =1 k =1 k =1 M M M ou = SSOR para dados binários Distância geográfica . total de indivíduos em amostra i. mas λ = N i 2 ik 2 Distância corda d ij = 2(1 − cos θ ) onde cos θij = ∑x x k =1 ik M 2 M k =1 ik k =1 M jk 2 jk ∑x ∑x Diferença de tamanho d ij = d ij = ou N N 1 (∑ xik − ∑ x jk ) 2 N 2 k =1 k =1 ou d ij = (b − c ) 2 para dados binários N2 Diferença de forma N N 2 1 N 1 ( xik − x jk ) − N 2 (∑ xik − ∑ x jk )2 ∑ N k =1 k =1 k =1 d ij = N (b + c)−(b − c) 2 para dados binários N2 Correlação r ij = ∑ (x − x )(x − x ) ∑ ( x − x ) ∑ (x − x ) ik i jk j 2 ik i jk j 2 r ij = ( ad − bc) (dados binários) ( a + b )( c + d )( a + c)(b + d ) Marczewski-Steinhaus S St = 2∑ min( xik .Esta opção calcula a distância em kilómetros entre dois pontos na superficie da terra quando são fornecidas as latitudes e longitudes dos pontos. espécie k. de indivíduos em amostra i. É fornecida para permitir comparações entre matrizes de 8 . Morisita modificado por Horn i ∑n igual ao anterior.versão 1 Morisita C = Lij (λi + λ j) N i N j 2 ∑ nik n jk onde λ = i ∑ n (n − 1) N ( N − 1) ik ik i i nik = no.FITOPAC . e Ni = no.

Urbani & Buser S S S BUB = ad + a ( ad + a + b + c) Rogers-Tanimoto RT = = (a + d) (a + d)+ 2(b + c) (a + d) − (b + c) (a + b + c + d) Hamann H Yule S Y = ad − bc ad + bc 9 . mas pode haver problemas no caso de localidades que são muito próximos (menos que 10 minutos de ângulo de separação) devido ao acúmulo de erro no cálculo. 1988) Em geral. coeficientes que utilizem dados binários - Concordância simples {"Simple matching"} S SM = (a + d) N Jaccard S JAC = a (a + b + c ) Dice/Sorenson/Czekanowski S S KUL SOR = 2a (2 a + b + c ) Kulczynski 1 a a = [ + ] 2 ( a + b) ( a + c ) Ochiai S OCH = a [(a + b)(a + c)] Baroni . os resultados são bastante satisfatórios. i e j. e a distância em kilómetros entre os pontos é dado por dist ij = 2π .. θ 360 ij o utilizando 6371 km.cos LATj. A formula usada para calcular a distância entre dois pontos. (Butler & Bell. utilizando o teste de Mantel. é fácil converter os arquivos produzidos aqui ao formato NTSYS e utilizar este programa para realizar o teste.sin LATj + cos LATi.cos( LONGi − LONGj ) onde θij é o angulo entre os dois pontos. é cosθ ij = sin LATi. Embora a atual versão de FITOPAC não inclui o teste de Mantel.programa COEF (manual versão 30/04/98) semelhança e distância geográfica entre os locais representados na matriz de semelhança.6371. como o raio médio da terra.

& Sokal. Legendre. Freeman. Sneath. Academic Press. & Stephenson 1975.0 SG = ∑ wk S k =1 N k ∑w k =1 N k Bibliografia Butler. 1983. An Introduction to Mathematical Taxonomy.C. Longman.versão 1 Chi . 1973. London. então wk = 0. para variáveis quantitativas : Sk = ( X ik − max k X X −X jk ) w k = 1.R. Gordon. 1981. B. Harlow. G.D. L. An introduction to numerical classification. 1984. Elsevier.0 min k para variáveis multiestado para variáveis binárias Sk = 1. Para cada variável.FITOPAC .C.T. & Legendre. Classification. Wiley. London. J. 1988. The Interpretation of Ecological Data. 1982. R.0 se Xik = Xjk Sk = 1. Numerical Ecology. E. San Francisco. & Everitt.0 wk = 1. Interpretation of Geological Maps.quadrado χ 2 ij = N (ad − bc) 2 (a + b)(c + d)(a + c)(b + d) N ( ad − bc − N ) 2 χij = (a + b)(c + d)(a + c2)(b + d) 2 Chi . England. H. Numerical Taxonomy. Clifford. k. se Xik ou Xjk está faltando. Cambridge University Press.0.A. Pielou. P.M. Chapman & Hall. 10 .S. B.0 se Xik = Xjk = 1 wk = 1.quadrado com correção de Yates Coeficients para misturas de varíaveis Coeficiente de Gower W é o peso para cada comparação. A.H. & Bell. Dunn.D. P.

Pielou (1984) e Sneath & Sokal (1973) para uma discussão mais ampla da teoria e aplicações de análise de agrupamentos. successivamente. Utilização Arquivos necessários São necessários: um arquivo de entrada.FPC’. Os exemplos utilizados neste manual serão quase inteiramente ecológicos. mais ou menos objetivamente. Arquivo de entrada : O programa utiliza um arquivo de coeficientes de similaridade. Dunn & Everitt (1982). No atual programa. correlação ou distâncias produzido pelo programa ‘COEF’. O termo ‘Análise de agrupamentos’. em muitos casos. Não se pode usar um outro tipo de arquivo como entrada . . com extensão e tudo. Esta técnica. baseando-se em algum conjunto de características destes objetos. assim. Um dendrograma.PROGRAMA CLUSTER Função Este programa produz uma análise de agrupamentos (cluster analysis) a partir de uma matriz de coeficientes de similaridade ou distâncias.LST’.FPC’ como arquivo de entrada e ‘POCOS. automaticamente. Esta técnica é utilizada em situações onde não temos uma ideia pré-formada da delimitação dos grupos. representa a hierarquia de grupos. Caso você queira utilizar um arquivo com outra extensão. e juntando o par de grupos mais próximos.por ex.aglomerativo. o programa cria. incluindo a maioria dos métodos comuns como média de grupo e vizinho mais próximo. será usada o arquivo ‘POCOS. e o program vai pedir o nome de um arquivo tipo ‘. é necessário bater o nome completo deste. É uma maneira de se investigar. Portanto. Gordon (1981). tem sido amplamente usada em ecologia e atualmente é empregada extensamente em campos de estudo variando de literatura até geologia. nem quantos grupos realmente existem na coleção de objetos. Permite utilizar diversos tipos de agrupamento hierarquico . 1 . inclui uma vasta diversidade de métodos. embora utilizada inicialmente em estudos taxonômicos. você pode especificar os arquivos de entrada e saida na linha de comando. considerando-se cada objeto (parcela ou amostra de vegetação) como um grupo inicialmente. e. um diagrama que mostra o nível de semelhança entre os grupos.LST’ como arquivo de saida. um mensagem de erro aparecerá. Quando você chama o programa. Arquivo de saida : Quando não se especifica um arquivo de saida. até que permanece somente um grupo.aglomerativo’. CLUSTER ENTRADA SAIDA”. na realidade. não é necessário bater a extensão. (contendo uma matriz de coeficientes) e um arquivo de saida (onde os resultados serão gravados). todos do tipo ‘hierârquico . o arquivo ‘NOME. mas o programa pode ser usado para análises de qualquer tipo de dados onde são válidas estas técnicas. como coeficiente de correlação cofenética e análises das propriedades dos grupos obtidos. chamando o programa com a linha ‘CLUSTER POCOS’’. O programa já supoe que o arquivo de entrada tenha a extensão ‘. Se você quer analisar os grupos formados. Estes partem de uma matriz de semelhança ou distância. São extremamente diversas as aplicações da análise de agrupamentos. E no critério utilizado para decidir qual é o par de grupos mais próximos em cada passo da análise que os métodos diferem. Produz dendrogramas dos agrupamentos obtidos e fornece várias análises suplementares. com propriedades e filosofias diferentes. Manly (1986). é fornecido um conjunto de oito métodos de agrupamento.se você utilizar um outro tipo de arquivo. e manda toda a saida para este arquivo. matriz esta usada para calcular os coeficientes. as relações entre amostras e até que ponto nos podemos reconhecer subconjuntos que mostram mais semelhança entre si e que podem ser considerados como classes ou grupos distintos.FPC’. Everitt (1980). Devem ser consultados os livros de Clifford & Stevenson (1975). Introdução Análise de agrupamentos é uma técnica que é utilizada para formar grupos de objetos ou UTOs (Unidades Taxonômicos Operacionais). será preciso um arquivo contendo a matriz de dados.

porém.selecione o metodo de agrupamento que deseja utilizar. bate este nome após o nome do arquivo de entrada.FPC’ como entrada e os resultados serão colocados no arquivo ‘POCOS.abaixo). Segue uma descrição de cada comando :METODO .FPM’ que contém os dados originais utilizados para calcular a matriz de coeficientes de distância ou semelhança. mandar a saida diretamente para a impressora. também. batendo a letra apropriada ou utilizando as setas e <ENTER>. correlação e diversos tipos de distância (veja a descrição do programa COEF para detalhes destas opções).FPC Arquivo saida : A.FITOPAC . Note.por ex. Tela principal Arquivos Rotas Metodo Dendro dEsen Imprimir Cofen Grupos Sair Escolher o metodo de agrupamento a ser usado ———————————————————————————————————————— —— arquivos Arquivo entrada : A. Dendro. *Cofen e *Grupos. embaixo). 2 . será também preciso o arquivo ‘.RES’ vai utilizar ‘POCOS. ‘CLUSTER POCOS POCOS. No caso de se utilizar a opção de saida de “Analisar os Agrupamentos” (veja “Opções de Saida” . Os comandos marcados com um asterísco estão disponíveis somente depois de produzir um dendrograma utilizando o comando “Dendr”. *dEsen. lembrando de deixar um espaço entre os dois . incluindo diversas medidas de semelhança. *Imprimir.versão 1 Caso você queira especificar o nome do arquivo de saida. que certas combinações de coeficiente e método de agrupamento podem criar problemas (veja limitações e problemas. Dados O programa aceita qualquer um dos coeficientes produzidos por ‘COEF’. Pode-se.LST Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Metodo atual : Media de grupo (UPGMA) Os principais comandos disponíveis são : Metodo. batendo ‘IMP’ para o arquivo de saida. As opções de tipo de agrupamento são apresentados no menu ‘Tipo de agrupamento desejado’ e a opção desejada pode ser escolhida.RES’.

sequencial. portanto. o critério utilizado para ligação dos grupos é a média de distância ou semelhança de todos os pares de objetos com um em cada grupo.Ligaçao minima B . São oito. aparentamente com resultados bons. utiliza um critério que é exatamente o contrário da ligação mínima. Também está sujeito a inversões no dendrograma. McQuitty’s similarity analysis) Este método é semelhante à média de grupo. Compatível com qualquer coeficiente. a soma dos quadrados das distâncias entre os membros de um grupo e o centroide do grupo . a se formar .Mediano G . Centróide. mas este método não é tão extremo como o método de ligação completa. Média de grupo. WPGMC. porém. no total :Ligação mínima. (Ward’s method. aglomerativo. (Complete linkage. mas concede peso igual para os grupos. O método é compatível com qualquer tipo de coeficiente. este método só faz sentido quando utilizado com distância euclidiana quadrada.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Tipo de agrupamento desejado ? A .Ligaçao completa C . 3 . ser interpretados com bastante cautela. sem sobreposição . maximum method. nearest neighbour. Da mesma maneira que a média ponderada. sendo um de cada grupo. Os resultados devem. Ligação completa. a distância máxima (ou semelhança mínima) entre qualquer par de objetos. como no método anterior. então. Esta escada é caracterizada pelos objetos ligando-se um a um. e você pode utilizar estes coeficientes se ignorar os avisos do programa. group average) Aqui. Este método pode produzir ‘inversões’ no dendrograma.Metodo flexivel Todos os métodos de agrupamento são do tipo SAHN . Ligação completa. weighted centroid. onde a distância de ligação entre dois grupos pode ser inferior ao nível de ligações anteriores. A próxima ligação será feita utilizando o par de grupos que produz o menor aumento neste soma. (Single linkage. frequentamente formando uma ‘cadeia’ ou ‘escada’. tende a dar pesos iguais aos grupos. O método tende a produzir grupos compactos e esféricos. furthest neighbour. e tem a tendência de formar grupos extremamente compactos e esféricos. Este critério resulta em grupos extensas e ‘straggling’. É compatível com qualquer tipo de coeficiente. hierárquico. sem a formação de grupos nítidos. Este método é compatível com distância euclidiana e coeficientes de diferença de tamanho e de forma. (Median. WPGMA. um de cada um dos dois grupos. 1987). (Average linkage. apesar de qualquer diferença em tamanho. Método de Ward. sem considerar o seu tamanho. Compatível somente com coeficientes de distância. (Weighted average. UPGMC) O critério usado neste método é a distância entre os centroides ou vetores de médias dos grupos sendo comparados. Apesar disso.Media ponderada (WPGMA) E . Teoricamente. minimum method.Sneath & Sokal (1973). Mediano.Centroide F . minimum variance) Neste caso. vários autores utilizam este método com outros tipos de coeficiente (Wishart. (Centroid. é utilizada como critério para ligação de grupos.Media de grupo (UPGMA) D . deveria dar resultados melhores onde grupos de tamanhos muito diferentes estão sendo comparados.Metodo de Ward (Variancia minima) H . A transformação utilizada no programa não é compatível com coeficientes de similaridade ou correlação. Grupos relativamente compactos e esféricos tendem. UPGMA. Teoricamente. é o critério utilizado para decidir se dois grupos devem ser ligados. vizinho mais distante) Neste método. Média ponderada. centroide ponderado) Este método é a variante ponderada do centroide. vizinho mais próximo) O critério utilizado para ligar dois grupos neste método é a distância mínima (ou semelhança máxima) entre qualquer par de objetos.

Este método é compatível somente com distância euclidiana e não com correlação. o programa pede um valor para beta. é conhecido que o método de Média de Grupo (UPGMA) sempre otimiza a correlação cofenética (Gauch. O gráfico dá uma idéia melhor de possíveis distorções da matriz original. DESEN[HAR] .Analizar os agrupamentos. IMPRIMIR . entre os valores -1.0 produzem agrupamentos muito compactos. dendrogramas que contém inversões não são corretamente impressos. variando o valor de beta. Se esta opção é escolhida. análises de grandes números de objetos levarão muito mais tempo que análises menores. semlhantes a ligação completa. Esta opção produz uma listagem do dendrograma no arquivo de saida. O tempo de processamento necessário é proporcional ao quadrado do número de objetos sendo agrupados. < 0. sem o uso do modo gráfico. Note que é essencial ter o arquivo “.imprime o dendrograma usando o conjunto normal de caracteres da impressora. Caso você queira analisar os agrupamentos menores. Atualmente. portanto. em micros mais lentos que não tem co-processador numérico. mas. No caso de análises com um número grande de objetos.25). embora os principais divisões (geralmente os mais importantes e interessantes) ainda serão evidentes.Everitt.FPM” usado para produzir a matriz de coeficientes se você pretende realizar análises das variáveis originais.FITOPAC .versão 1 Método flexível. o dendrograma ocupa uma página para cada 30 objetos. Neste formato. e. assim permitindo determinar quais variávies são importantes na separação dos grupos. Lance & Williams sugerem que um valor perto de -0. o dendrograma vai parecer muito ‘apertado’. É especialmente importante aqui a possibilidade de se inspecionar as variáveis originalmente usadas para produzir a matriz de semelhança/distância. é possível simular o efeito de diversos métodos de agrupamento. Além disso. utilizando o método de agrupamento especificado. e existem sugestões que valores baixos (por ex. o método produz resultados semelhantes a ligação mínima. plotando os valores da matriz de coeficientes original contra os valores cofenéticos do dendrograma (figura 3). na prática. 1982).O dendrogram é desenhado na tela (figura 1) quando se escolha esta opção. só precisa bater <ENTER>.calcula o valor do coeficiente de correlação cofenético (Sneath & Sokal. podem requerer várias horas de cálculos. quanto mais alto o valor desta correlação. (Lance_Williams’ flexible method) Este método foi proposto por Lance & Williams (1967) e permite variar um parâmetro. a listagem será extensa . oferece uma maneira de escolher entre classificações alternativas. Qualquer outra tecla volta à tela principal.Este comando inicia o cálculo do dendrograma a partir da matriz de coeficientes fornecida no arquivo de entrada. GRUPOS . de preferência no mesmo disquete ou sub-diretório que a matriz de coeficientes. e a listagem pode ser extensa no caso de análises com grande número de objetos. deve-se utilizar diversos critérios para tomar uma decisão sobre a validade de uma classificação. O valor deste coeficiente serve como indicador.25 geralmente é satisfatório. 1973). Alternativamente. 1980) indiquem uma má classificação ou que os agrupamentos não são satisfatórios. nem sempre dá a classificação mais satisfatória. COFEN[ÉTICO] . Esta opção calcula a correlação entre a matriz de coeficientes original e a matriz de valores cofenéticos que corresponde ao dendrograma produzido na atual análise.e valores relativamente altos do coefiente de correlação cofenética são possíveis em situações onde ocorre distorção razoável na classificação produzida. mas. 1973).0 até (mas não incluindo) 1. Se quiser usar o valor sugerido pelo programa (-0.7 . pode utilizar o comando “Grupos” . mas se o número de objetos é grande. Em geral. Portanto. Com valores positivos de beta. Beta. no formato mostrado na figura 2. Portanto. O programa também fornece um gráfico. melhor é a representação dos dados originais fornecida pelo dendrograma. pode-se usar a opção imprimir o dendrograma. Este tipo de critério deve ser usado com bastante cautela não existe um teste de significância satisfatório . mas valores perto de -1. especialmente nos níveis inferiores.0. 4 . e onde estão ocorrendo estes problemas (Sneath & Sokal. DENDRO .Esta é a opção mais complexa pois fornece diversos tipos de análise dos agrupamentos presentes no dendrograma atual. Você pode imprimir a tela resultante apertando Ctrl-P (veja ‘Imprimindo gráficos’). Este coeficiente. opção que tem facilidades para selecionar e aumentar partes do dendrograma.

no dendrograma de fig. deixando claro qual é a parte do dendrograma que está sendo selecionada (fig. e o ramo do dendrograma associado é desenhado com uma linha pontilhada. utilizando as teclas de seta. aperte a tecla <ESC> para continuar. com um cursor apontando para o nó que representa a raiz do dendrograma. 4). 5 .Imprimir listagem dos membros dos grupos . aparece um quadrado ao redor da raiz do grupo junto com o número dado para este grupo (fig. Você pode “navegar” ao redor do dendrograma. MEMBROS . Quando terminar a escolha de grupos. Quando você escolhe um grupo. Permite examinar um ramo em mais detalhe. especialmente em dendrogramas mais “apertados". 5). preenchendo a tela só com este ramo. « escolher o ramo atual para análise µ “desfazer” a escolha de um grupo ° terminar escolha de grupos e continuar análise. 4).Depois da escolha desta opção. Sair Definir os grupos para analise ______________________________________________________________ Metodo atual : Media de grupo (UPGMA) Segue uma descrição da função de cada comando :DEFINIR . As teclas usadas para “navegação” são as seguintes :- ¤ mude para o ramo à direita ¥ mude para o ramo à esquerda £ mude para o nó anterior (¢ não tem função aqui) §+ ¤ mude para o objeto mais à direita deste grupo §+ ¥ mude para o objeto mais à esquerda deste grupo + ² Vai até a raiz do dendrograma amplia (“zoom”). No dendrograma de fig. já foram selecionados 4 grupos. voltando ao dendrograma original.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Definir Membros Var Grupo Box/whisk Acres. O primeiro passo é de selecionar os grupos que você pretende analisar. Se você pretende analisar grupos ‘encaixados’ desta maneira. você posiciona o cursor no nó do dendrograma que é a raiz do grupo (ou ramo do dendrograma) que se pretende analisar. 4). voltando a esta opção uma vez que o primeiro nível de análises foi feito.esta opção simplesmente imprime no arquivo de saida uma lista dos membros de cada grupo selecionado (fig. a escolha do nó acima de grupos 1 e 2 vai anular estes grupos e criar um novo grupo 5 que contém os membros dos dois grupos originais. Note que a escolha de um grupo anula qualquer escolha anterior envolvendo aquele grupo. 4. O cursor indica o nó ativo. precisa fazer mais que um ciclo de análise. Por exemplo. Pode-se voltar quantas vezes quiser a este opção. . examinando e escolhendo grupos para análises mais aprofundadas. Para selecionar um grupo. e depois aperta a tecla <ENTER>. o programa apresenta um gráfico do dendrograma (fig.desfazer o aumento. 4.

algumas recomendações podem ser feitas. 1985). que ocupa um extremo do espectro de métodos e ligação completo no outro. o processo de ‘encadeiamento’ (chaining). variavel por variavel. produz grupos extremamente bem definidos. com uma linha central representando o mediano. que é pouco informativa. Ligação completa. desde que não haja muitas amostras intermediárias. ACRES[CENTAR] .Resumir dados por grupo . Quando tem menos que quatro objetos no grupo. de grupo a matriz . produzindo um gráfico do tipoBox & Whisker” (Tukey.Resumir dados por variavel . 6). muito compactos. Podemos fazer um contraste entre ligação mínima. Na prática. antes de proceder ao próximo grupo (figura 7). Apesar disso. se você quer verificar até que ponto os grupos podem ser distinguidos e criar funções discriminantes para separá-los. torna-se fácil comparar os grupos e investigar o grau de sobreposição entre os grupos nas variáveis selecionadas. No caso de objetos que não estão dentro de um dos grupos selecionados. Esta opção é útil quando você quer caracterizar um grupo específico.esta opção é um equivalente gráfico do “Resumir dados por variável". Milligan. é que este método vai produzir ‘grupos’. por outro lado. e grupos que são formados somente com o uso deste método devem ser vistos com uma certa ‘desconfiança’. Quando uma matriz já contém o número máximo de variáveis. amostras intermediarias liguem os grupos precocemente e estas ligações escondem a estrutura que na realidade está presente. Inevitavelmente. GRUPO . dois “whiskers” representam o máximo e mínimo do grupo para a variável. que tendem a ser mais ou menos esféricos. BOX/WHISK . Ligação mínima produz dendrogramas que normalmente são de pouca utilidade na maioria de situações reais.FITOPAC . A diversidade de métodos de se formar agrupamentos cria muitas dúvidas e questões sobre a sua aplicação. será dado o valor de “dados faltando” para esta variável. Antes de imprimir esta listagem. 50 % dos membros do grupo tem valores menores que o mediano. e a escolha depende do tipo de dados que o usuário tem e do tipo de agrupamentos que ele procura (por ex.versão 1 VAR[IÁVEL] . Mostra. este método pode ser extremamente útil. A consequência disso. Esta listagem permite investigar quais são as variáveis que distinguem melhor entre diferentes grupos.Diagrama “Box & Whisker” .esta opção imprime um resumo de cada grupo. mas produz um resumo grupo por grupo. 1977) para cada variavel selecionada. usando “Systat". Se não se definem bem os grupos existentes nos dados. “Statgraphics” ou qualquer outro pacote estatística que tem facilidades para este tipo de análise.com esta opção. ou lineares ou mais irregulares. máximo. ou com outros pacotes estatísticas via as facilidades paratradução” de formatos. e os extremos da caixa representando os “quartiles". Com este gráfico. onde. numa forma extrema. é apresentado somente uma linha representando o máximo e mínimo do grupo. onde grupos bem irregulares podem ocorrer com mais facilidade. o programa pergunta quais variáveis você quer utilizar. pode acrescentar os números de grupos à matriz original e utilizar esta matriz para uma análise de discriminantes. Mas em casos onde os grupos tem formas estranhas. produzindo uma ‘escada’. Os vários levantamentos feitos mostram que não existe um método que é nitidamente superior aos outros em todas as circumstâncias. dentro da caixa). e 50 % dos membros caiem dentro da faixa entre os “quartiles” (i. a colocação dos objetos nos ‘grupos’ é um tanto arbitrária.Terminar analise de grupos . Scheibler & Scheibler. temos uma distribuição contínua. Por exemplo. Figura 8 mostra um exemplo deste tipo de gráfico. os resultados são mais aceitáveis dos que os de ligação completa. até todas as variáveis no arquivo. Milligan & Cooper.voltar à tela principal. pois consegue seguir as configurações mais complexas. Fora da caixa. permitindo qualquer combinação desde uma variável só. permitindo o uso destes grupos em outros programas deste pacote. e tende a ser insatisfatória como classificação. onde as amostras se ligam com o dendrograma uma por uma. SAIR . Os números de grupo serão colocados numa variável chamado “Grupo” que é adicionada à matriz como o último variável. na realidade. fornecendo média. 1981. Neste caso. aparentamente bem distinctos.semelhante à opção anterior. mas.no. Também pede uma lista das variáveis que devem ser usadas. não é possível acrescentar os números de grupo. geralmente. imprimindo os dados para cada variável para um dado grupo. mínimo e desvio padrão do variável para cada grupo (fig. cada grupo é apresentado como uma caixa (“box”). Portanto. você pode acresentar permanentamente os números de identificação dos grupos selecionados à matriz de dados originais. 1987.e. Recomendações sobre escolha de métodos. porém. este método frequentamente produz 6 . O método de Ward também tende a produzir grupos relativamente compactos e esféricos. Esta situação parece ser mais comum em estudos taxonômicos.

djk.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) resultados bons para dados de composição florística e em estudos taxonômicos. não há espaço suficiente para fazer análises de agrupamento com o número máximo de objetos e o programa dará uma mensagem dememória insuficiente” se tentar. algumas destas propriedades são perdidas. 1987. o que quer dizer que os coeficientes calculados nas etapas posteriores da análise são de exatamente o mesmo tipo e tem as mesmas propriedades que os coeficientes iniciais. Nos estudos citados anteriormente. Parece ser particularmente útil para estudos ecológicos onde em muitos casos queremos ‘dissecar’ o que é essencialmente contínuo. Lance e Williams distinguem duas situações: 1) a estratégia de agrupamento pode ser combinatorial. No caso dos métodos de centroide e mediano. o dendrograma resultante pode mostrar inversões: nestas o nível de fusão entre dois grupos é inferior (distância menor) do que o último nível de fusão dentro de um ou ambos os grupos (o nível de fusão não aumenta monotónicamente). dependendo do valor de β escolhido. 1985). dentre as técnicas aglomerativas/hierárquicas (Milligan. Portanto. 7 . e não é mais possível interpretar os resultados com confiança. Com alguns coeficientes. e. e neste caso o coeficiente de um grupo k com o novo grupo formado pela fusão dos grupos i e j pode ser expresso inteiramente em termos dos coeficientes dik. O algorítmo empregado neste programa utiliza a estratégia combinatorial (combinatorial strategy) de Lance & Williams (1967). isso é considerado indesejável. Normalmente. melhor que o método de Ward (especialmente com coeficientes de correlação). Esta propriedade de formação de inversões é considerada altamente indesejável por muitos autores que consideram estes métodos obsoletos. mais do que produzir realmente uma classificação de grupos distintos. Em estudos com dados reais. em alguns casos. Scheibler & Schneider.25 geralmente funcionam bem. Os outros métodos mencionados produzem resultados entre os extremos de ligação mínima e ligação completa. valores de β na faixa de -0. alguns métodos não são combinatoriais.2 a -0. 1981. o método flexível é bastante interessante por que a intensidade de agrupamento pode ser controlada. Enquanto esta técnica facilita a programação e permite a inclusão de uma diversidade de métodos dentro de um único programa. Milligan & Cooper. No caso de uma estratégia incompativel. [ No momento. Os estudos com dados artificiais sugerem também que o método de Ward é quase sempre um dos melhores. utilizando diferentes valores do parâmetro β (beta). em geral. fornece resultados comparáveis com média de grupo e método de Ward (Milligan & Cooper.4 a -0. Com este número. alguns coeficientes teoricamente não podem ser utilizados em combinação com alguns métodos de agrupamento. geralmente foi comparável ou. O método de média de grupo é. onde os novos coeficientes dos grupos formados são calculados a partir dos anteriores. em algumas situações. análises vão ser bastante demoradas e os dendrogramas apresentados na tela serão muito “apertados". porém. o mais satisfatório. 2) a estratégia pode também ser compatível. Já. os agrupamentos produzidos são quase sempre mais fáceis para interpretar do que as classificações produzidas por outros métodos. Limitações e problemas Limites O número máximo de objetos (UTOs) é 400. Em geral.7 são necessários para obter resultados satisfatórios. pois os coeficientes nas fases posteriores não são iguais aos originais. 1987. É sugerido por Milligan (1987) que valores de β em torno de -0. sem a necessidade de recalcular a matriz inteira. se não o melhor. dij e o número de objetos em i e j. produz resultados bons. Scheibler & Schneider. embora em conjuntos de dados onde casos extremos (‘outliers’) são comuns. não é necessário usar os dados originais ou a matriz de coeficientes original para atualizar a matriz. 1985). ] Compatibilidade entre coeficientes e métodos.

FITOPAC . nota-se que os primeiros 4 métodos são compatíveis e combinatoriais para qualquer coeficiente enquanto os últimos 4 devem ser usados somente com distâncias. mínima lig. você é inteiramente responsável pela interpretação da análise resultante! Se não conhece bem estes métodos. diminuindo consideravelmente o tempo necessário para processamento. Bibliografia Anderberg. onde o valor mínima de cada coluna da matriz de coeficientes é armazenado. é possível utilizar combinações incompatíveis ou do tipo não combinatorial. New York. Notas técnicas O programa utiliza o algorítmo de Wishart (1969) para realizar o agrupamento. e parecem produzir resultados úteis. completa média de grupo média ponderada centróide mediano Ward flexível distância simples +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/+ -/? +/+ +/+ distância quadrada +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ combinatorial/compatível distância Manhattan +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/+ -/? +/+ correlação +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/-/? +/- Em geral. Neste caso. New York.versão 1 As combinações consideradas combinatoriais e compatíveis são resumidas na tabela seguinte : tipo de coeficiente. De modo geral. recomenda-se evitar combinações incompatíveis. Portanto. em alguns casos. e. combinações onde tem um ‘-’ na tabela devem ser evitadas : o programa dará uma mensagem indicando que uma combinação e incompatível.T. Academic Press. Clifford. W. a modificação sugerida por Anderberg (1973). & Stevenson. método lig. 8 . somente com distâncias quadradas. várias técnicas teoricamente incompatíveis são usadas com coeficientes como correlação (especialmente o método de Ward . Schiebler & Schneider. mas permite continuar com a análise se você quiser. 1985). também. Apesar dos possíveis problemas. 1973. simplificando a programação e oferecendo todos os métodos dentro do mesmo programa. 1975. Neste caso. M. H.R. é necessário pesquisar somente estes valores mínimos. e não a matriz inteira. e desde que se reconhece que não são implementações exatas do método original. desde que usados com cautela. Para aumentar a velocidade de processamento. Cluster Analysis for Applications. Academic Press. foi utilizada. An Introduction to Numerical Classification. Este tem a vantagem de permitir diversos métodos de agrupamento com essencialmente uma única transformação.por ex.

Cluster Analysis (2nd ed. 1980. Freeman & Co. G. Computer J. Addison-Wesley. Applied Psychological 9 . Pielou. G.W. 1969. New York.C. & Schneider. San Francisco. 1973.W. 1981. Lance.S. 1987. Manly. Chapman & Hall. Milligan. London. A review of monte carlo tests of cluster analysis. Chapman & Hall.D. London. Wiley. Tukey. An algorithm for hierarchical classifications.W. & Sokal. 1981. R. Milligan. P. A study of the beta-flexible clustering method (WPS 87-61). Heineman Educational Books. 1985. A general theory of classificatory sorting strategies 1.H. Numerical Taxonomy.S. J. W. An Introduction to Mathematical Taxonomy. 1984. Measurement 11 : 329-354. Multivariate Behavioural Research 16 : 397407. 9 : 373-380.F. Gordon. Classification. Wishart. & Cooper. B.N. & Wiliiams. Milligan.G. Sneath. E. The Interpretation of Ecological Data. 1982. D.W. D. G. & Everitt. G. London.C. Multivariate Behavioural Research 20 : 283-304. Scheibler. Reading. W.T. Methodology review: Clustering methods. Hierarchical systems. Cambridge University Press.).A. B. B. W. 1986. Mass. Multivariate Satistical Methods. G. Faculty of Management Sciences. 1977. Biometrics 25 : 165-170. A. 1967. Monte carlo tests of the accuracy of cluster analysis algorithms: a comparison of hierarchical and nonhierarchical methods. M. Everitt.R. 1987.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Dunn.H. Columbus OH: Ohio State University. Exploratory Data Analysis..

FITOPAC .versão 1 Figura 1 Dendrograma desenhada na tela 10 .

44 9.programa CLUSTER **** ** ** (manual versão 30/04/98) Dendrograma **** Tipo de coeficente : distancia euclidiana simples Tipo de agrupamento : Media de grupo (UPGMA) Nivel de fusao 2.99 7.94 5.04 4.25 15.94 UTO modern dog-+-------+ +---------+ prehistoric -+-------+ | +--------+ cuon-+-----------------+ | +------+ golden jacka-+--------------------------+ | +--------------------+ dingo-+---------------------------------+ | | chinese wolf-+---------------------+ | +--------------------------------+ indian wolf-+---------------------+ +------+-------+------+-------+------+------+-----+----+ 0 | 4 | 8 | 12 | 16 2 6 10 14 distancia euclidiana simples Figura 2. Exemplo de listagem de dendrograma 11 .99 15.

versão 1 Figura 3 Gráfico produzido para correlação cofenética.FITOPAC . 12 .

4 grupos já foram selecionados.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Figura 4 Fase de escolha de grupos . 13 .

17c. 1d. 12e. com 20 membros *** Membros do agrupamento sao : 11d. 20b. 19b. 11e. 20d. com 4 membros *** Membros do agrupamento sao : 1a. 5e. 16a. 15e. 10a. 14 . 10b.versão 1 membros dos grupos selecionados *** *** Agrupamento : Grupo 1. 6c.*** FITOPAC . *** Agrupamento : Grupo 3. 14a. 17b. 10d. Figura 5. 16c. 5d. 8d. 13d. 12c. 1b. 7c. *** Agrupamento : Grupo 2. com 16 membros *** Membros do agrupamento sao : 2b. 2c. 13e. 11c. 15a. 5b. Listagem dos membros dos grupos. 17a. 19e. 4d. 8c. 18d. 5c. 12a. 10c. 11a.

.1915 0..5944 0.000 4.100 4..856 1.600 0.000 maximo 4.*** programa CLUSTER Resumo por variavel *** (manual versão 30/04/98) Variavel no...2094 0. 3... 3..900 3..250 4.3464 0. 1 Grupo grupo grupo grupo 1. -0 desvio padrao 0. 2. 2.. *** Media 3... *** Media 4.105 M.2745 minimo 4.. Resultados de análise de grupos por variável.700 N 16 4 20 Figura 6..387 4..3410 minimo 2.O...400 4.900 N 16 4 20 Variavel no..200 4.. 2 Grupo grupo grupo grupo 1.800 4.380 pH CaCl-0 desvio padrao 0..700 1.600 maximo 4.700 4. 15 ..

290 N 4 4 4 4 Variavel pH CaCl-0.FITOPAC .480 N 16 16 16 16 Variavel pH CaCl-0.....400 1. K -0.. M. -0... P -0... P -0...6778 0.700 5.O..5944 0.......270 desvio padrao 0.. -0.285 desvio padrao 0..100 2.700 5.0283 minimo 4. M..640 0.105 1...625 0...800 0.. *** grupo 3 *** Media 4..387 3....000 0.... Figura 7.800 0..2094 0. M.900 2.. 16 .200 3.000 0.250 1. P -0.100 maximo 4.000 3.214 desvio padrao 0.230 maximo 4.800 4.300 N 20 20 20 20 Variavel pH CaCl-0.600 1.700 3..1103 minimo 4... K -0. *** grupo 2 *** Media 4. -0.806 0.600 0..O....O.3464 1..versão 1 *** Resumo por grupo *** *** grupo 1 *** Media 4....9044 0.400 0...010 maximo 4.380 4........856 2.600 1.4569 0. Resultados de análise de variáveis por grupo. K -0..900 4.0681 minimo 4.800 0.2745 0..1915 0..3410 0...

17 .programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Figura 8 Exemplo de um gráfico “Box & Whiskers".