FITOPAC 1

MANUAL DE USUÁRIO

1995.

G. J. Shepherd
Depto. de Botânica IB da UNICAMP CxP 6109 CAMPINAS 13081 SP - Brasil

AVISO IMPORTANTE

Embora tentou-se evitar possíveis erros e "bugs" nos programas, testando com conjuntos de dados e contra outros programas, é quase uma certeza que ainda existem alguns. Se você encontra erros, ou tem sugestões para melhorar os programas, mande uma carta ao autor, explicando sua sugestão ou descrevendo em que circunstâncias o erro ocorreu. No caso de erros, ajuda achar o problema se você pode incluir uma cópia dos dados que provocaram o erro, junto com uma descrição da análise sendo realizada. Estes sugestões e avisos de erros serão utilizados par melhorar e corrigir a próxima versão do programa.

INTRODUÇÃO

O que é FITOPAC ?
FITOPAC é um conjunto de programas para análises fitossociológicas que permite calcular parâmetros fitossociológicos e analisar dados de levantamentos de vegetação de diversas maneiras. Alguns programas também podem ser úteis para análises de outros tipos de dados, particularmente em taxonomia. Embora existam, no exterior, vários “pacotes” de programas para análise de dados ecológicos, estes freqüentemente não são bem adaptados aos tipos de dados normalmente coletados aqui no Brasil, especialmente em vegetação lenhosa de florestas e cerrados, ou são difíceis de usar, especialmente por pessoas que não tem muita experiência no uso de computadores. O objetivo do atual “pacote” é de fornecer os programas necessários para análises de dados obtidos em vegetação típico do Brasil, e de permitir seu uso sem exigir grande conhecimento de computação, embora um certo mínimo evidentemente é necessário. Os programas foram montados para utilizar microcomputadores do tipo IBM-PC compatíveis. Embora isso limita, um pouco, o tamanho de levantamento que pode ser analisado, tem a vantagem de facilitar acesso aos programas pois não necessita de computador de grande porte. De qualquer maneira, os limites para esta versão (10.000 indivíduos, 1000 amostras e 1000 espécies para cálculo de parâmetros fitossociológicos e 400 parcelas e 250 espécies para matrizes de parcela x espécie) devem acomodar a maioria de levantamentos atualmente realizados, e são comparáveis com os limites impostos por outros programas para microcomputadores. Em geral, pretende-se que estes programas sejam utilizados para análise de vegetação lenhosa, embora seja possível utilizar alguns programas para análise de outros tipos de dados.

O que tem no FITOPAC ?
A versão 1 do FITOPAC contem os seguintes programas : PREPARE - este programa é utilizado na preparação de dados para FITOPAC, oferecendo facilidades para verificação dos dados de campo, e formatando o arquivo de dados para uso com os outros programas. CADERNO - fornece listagens dos dados de campo, podendo ordenar os dados em diversas maneiras. PARAMS - calcula parâmetros fitossociológicos para um levantamento usando amostragem por parcelas ou quadrantes. Inclui índices de diversidade, além dos parâmetros normais empregados em fitossociologia (por ex. Densidade Relativa, Dominância Relativa, IVI, IVC, etc.). Também fornece alguns gráficos simples. CRIAMAT - este programa prepare matrizes de parcelas x espécies a partir de um arquivo de dados de campo. Estas matrizes são usadas para outras análises (PCA, análise de aglomerados, etc.). O programa tem facilidades para manipulação das matrizes (transformações, remoção de espécies raras, etc.). Permite, também a entrada de matrizes em forma de arquivos ASCII MATRIZ - para manipulação e “tradução” de matrizes de dados em diferentes formatos, permitindo importação ou exportação de dados para outros programas e pacotes. COEF - calcula uma variedade de coeficientes de similaridade e distâncias (distância euclidiana, Bray_Curtis, “Canberra”, etc.), usados para análise de agrupamentos (“Cluster Analysis”). CLUSTER - para Análise de Agrupamentos (“Cluster Analysis”), incluindo diversos tipos de agrupamento (vizinho mais próximo, média de grupo, etc.). ORD - para diversos tipos de ordenação, incluindo Análise de Componentes Principais (PCA), Análise de Coordenadas Principais (PCO) e Análise de Correspondências (CA - também conhecida como Análise de Médias Recíprocas - RA). Estas análises são amplamente utilizadas em estudos de vegetação. Os últimos três programas também são de interesse para pessoas usando técnicas de taxonomia numérica com dados taxonômicos.

Histórico
O desenvolvimento do FITOPAC começou com a expansão de estudos fitossociológicos no Departamento de Botânica da UNICAMP. Diversos pessoas sofreram com o processo de calcular parâmetros fitossociológicos, as vezes passando vários dias fazendo os cálculos, errando, e repetindo tudo de novo, tudo na base de calculadoras simples. Decidi, então, escrever um programa básico para fazer estes cálculos no computador central da 3

FITOPAC . expandir os programas para fazer outros tipos de análises. Manual de usuário. e que o manual seja um pouco mais útil. e a versão anterior como :Shepherd. Este programa ficou cada vez mais procurado com o aumento em levantamentos em cerrados e matas. um manual totalmente deficiente e diversos “bugs” horrorosos ! Com a atual versão. embora sem dúvida ainda restam alguns ! Em geral. a primeira “oficial” do FITOPAC. 1988. acredito que as análises oferecidas agora são mais diversas e produzem informações mais completas e úteis para o usuário. a atual deve ser citado como :Shepherd. G. 4 . FITOPAC 1. G. UNICAMP. e ao mesmo tempo. O resultado foi a “versão preliminar” do FITOPAC que foi liberada em 1988. facilitando o acesso. espero que finalmente o interface com o usuário esteja um pouco mais coerente. mas o processo de utilização foi muito difícil pois tínhamos somente um velho terminal que usava papel e que servia o Instituto de Biologia inteiro.J. utilizando FORTRAN como linguagem de programação. apesar de um interface de usuário totalmente incoerente (com alguns programas em FORTRAN e outros em Turbo Pascal). 1995.FITOPAC 1 universidade.J. decidi transferir os programas para uso em micros. naquela época um PDP-10. e que acabou sendo bastante utilizado na UNICAMP e em diversos outros locais. Para citar as diferentes versões. e que os piores “bugs” foram exterminados.versão preliminar. Departamento de Botânica. Departamento de Botânica. UNICAMP. Com a introdução de microcomputadores.

640 Kbytes de memória.). Um coprocessador numérico 8087 não é essencial. então. especialmente com PCA. então. Se você usa o comando PATH \FITOPAC. precisa também instalar o sistema operacional (formata os disquetes com opção “/S” ou use o comando “SYS” . Os programas foram compilados usando uma opção para “emular” um coprocessador e podem correr em micros com ou sem o coprocessador. (os programas não rodam em micro tipo “Apple” ou CP/M !). e é particularmente útil se você pretende fazer muitas análises de dados numéricos. utilizar os programas a partir de qualquer outro subdirectório no disco rígido (por ex. ser guardados num lugar seguro. \DADOS). 5 . Dois drives tipo “floppy” ou um “floppy” e um disco rígido (Winchester). \FITOPAC) e copia todos os programas para este subdirectório. Este último é muito mais rápido e quase essencial para levantamentos mais extensas . A primeira coisa que você deve fazer é copiar os disquetes para produzir uma cópia de trabalho. pode. servindo de reserva. 3. 2.INSTALAÇÃO Equipamento necessário 1. Os originais podem. 8000 indivíduos não cabem num disquete de 360 Kbytes ! 4. Os disquetes não são protegidos e podem ser copiados usando “DISKCOPY”. “COPY” ou qualquer copiadora de disquetes. Instalação no micro. Se você quer dar um “boot” a partir destes disquetes. Este coprocessador aumenta em três vezes ou mais a velocidade de processamento de dados numéricos. caso haja algum “acidente” com sua cópia de trabalho (alguém derramou café nos disquetes. No momento. os programas estão configuradas para usar memória cheia. Se você tem um disco rígido. Um microcomputador do tipo IBM-PC compatível. sugiro que você cria um subdirectório (por ex. Estas análises vão demorar muito se sua matriz é grande e não tiver um coprocessador.arquivos com mais que aprox.repare que os disquetes vem sem sistema operacional). Os programas são distribuídos em disquetes. mas é altamente recomendável. etc. etc.

). é melhor utilizar um disquete para cada levantamento. Note-se que alguns processadores de texto como “Redator” v 1.) usando o arquivo FITOPAC e os programas apropriados (PARAMS. porque não produzem arquivos ASCII. FITOPAC utiliza dois arquivos ASCII como ponto de partida. no meio do texto. etc. O que você precisa ? a) Em primeiro lugar. Estes arquivos são preparados usando o editor de texto.). você precisa de um editor de texto para entrada dos dados . c)A terceira necessidade é uma lista das famílias e espécies incluídas no levantamento. 4) Análises básicas (parâmetros fitossociológicos.PREPARANDO DADOS PARA FITOPAC Passos necessários para análises usando FITOPAC 1) Preparação dos dados: essencialmente a preparação dos dados de campo num formato apropriado para o programa. etc.1 (até revisão r02) não podem ser usados. deixando bastante espaço para arquivos que serão criados durante as análises posteriores. Se você está utilizando um micro com disco rígido (Winchester). Se você está com dúvidas se o seu editor funcionará. preferivelmente vazio. Se aparecem na tela uma série de caracteres estranhos misturados com o texto. utilizar planilhas como Lotus 123. O primeiro arquivo contém os nomes das famílias e das espécies. prontos para serem gravados num disquete usando um editor de texto. 2) Entrada. desde que haja facilidades para produzir arquivos ASCII (a maioria tem) e uma capacidade suficiente para seus dados (um levantamento grande pode ocupar 5000 linhas ou mais) b)A segunda coisa que você precisa é um disquete formatado. também. Estes arquivos serão utilizados pelo programa “PREPARE” para produzir um novo arquivo contendo os dados no formato específico necessário para os outros programas do FITOPAC. e contêm os dados de campo do seu levantamento. usando programa PREPARE. Considerações Gerais. Embora seus dados possam ocupar somente uma parte pequena do disquete. e o segundo tem os dados numéricos do levantamento. 6 . Qualquer editor capaz de produzir arquivos ASCII pode ser utilizado . d)Os dados de campo formam o último item necessário para iniciar o trabalho de entrada de dados. particularmente se você pretende executar análises mais complexas. No caso de levantamentos muito extensos. Wordstar(em modo não-documento). gravação e verificação dos dados num disquete. você pode precisar de mais que um disquete.por exemplo. usando o editor de texto. etc. isso indica que o editor não pode ser usado. usando programa CRIAMAT. 3) Transformação dos dados em arquivo FPD. sugere-se a criação de um subdirectório específico para os dados. pois não produz somente caracteres ASCII. MS-Word(arquivo não formatado) e o Norton Editor. tente mostrar um arquivo produzido pelo editor usando o comando DOS “TYPE”. 5) Preparação de uma matriz de dados a partir do arquivo FPD para outras análises (PCA. É possível. análise de agrupamentos.FITOPAC (ainda) não tem facilidades para entrada direta dos seus dados. Entrando os dados 1. etc. e incluem uma série de códigos para a impressora.

No nosso exemplo. 1. criar uma “família”. Nomes mais compridos podem ser entrados. caso você não queira incluí-las nas análises. 2.podem ser batidos em qualquer ordem. mas o uso da ordem numérica facilita o processo de verificação dos nomes e ajuda a evitar a utilização do mesmo número para dois nomes. Onde a família ou gênero da espécie já é conhecido. se quiser. e as regras para nomes de arquivos. o número da família. começando com o número da espécie. deve ser dado um número para cada morfoespécie. e cuide de manté-las atualizadas. seu uso facilitará a manipulação de arquivos posteriormente. No caso de espécies desconhecidas. se você tem um levantamento realizado em São José dos Campos. Myrtaceae 2. Os nomes das famílias são batidos um por linha. Sugere-se o uso de algumas extensões padrões para os arquivos usados com FITOPAC. um espaço. você pode tentar dividir as desconhecidas em mais que uma família. “Desconhecida” para acomodar estas espécies. onde há indivíduos mortos.NMS” e “SAOJOSE. especialmente em análises mais complexas onde numerosos arquivos podem ser gerados. Em geral. também. se não mais freqüentemente. mais um espaço e finalmente o nome da espécie. e depois o nome da família. você pode criar uma espécie “mortas” com número e tudo. É particularmente importante evitar o uso das extensões reservadas pelo FITOPAC. pois os parâmetros calculados para famílias não estarão corretos..DAD” para os dois arquivos básicos. esta técnica pode criar problemas.. Serão tratadas como espécie e família normal no processamento. começando com o número da família.não é nada agradável gastar vários dias batendo um conjunto de dados e depois descobrir que vai ter que repetir tudo porque alguém derrubou uma xícara de café em cima do seu disquete ! Mantenha cópias de segurança. Não é necessário que os nomes sejam entrados seguindo ordem numérica . e uma família “mortas” também. etc.FPM” para matrizes de espécies x amostra. em primeiro lugar. isso daria “SAOJOSE. De novo. Em seguida. desde que o número da família e espécie corresponda ao que você usou no resto dos dados. Em geral. É melhor usar um nome descritivo para os arquivos. São estes números que serão utilizados pelos programas para ligar as epécies às famílias e os dados numéricos com as respectivas espécies.Myrcia sp20.DAD” para o arquivo de dados numéricos. você pode colocar uma linha com “999”. O FITOPAC utiliza duas extensões próprias. é necessário somente dar um número e um nome temporário para cada um (por ex. deve ter um nome por linha. dando a extensão “. além de periodicamente “salvar” seus dados enquanto está usando o editor de texto. Neste caso. Indivíduos mortos ou desconhecidos podem ser incluídos mas é necessário tomar alguns cuidados com os nomes usados. procure no manual do “DOS” ou qualquer livro que explica como usar um micro. mas serão truncados pelo programa. O formato do arquivo de nomes deve ficar semelhante àquele da fig.Utilizando FITOPAC Antes de começar batendo os dados. mas não é essencial. um possível nome para os seus arquivos seria “SAOJOSE” (note-se que acentos e símbolos especiais normalmente não são permitidos em nomes de arquivos). Após a última espécie. O primeiro arquivo a ser preparado deve ser o arquivo de nomes. “. e seria melhor tentar melhorar as identificações do seu material antes de tentar analisar os dados. Myrcia sp1. Em levantamentos onde há muitas espécies desconhecidas. vem a lista das espécies. um espaço.FPD” para arquivos de dados de levantamentos e “. você precisa dar um número para cada família e um número para cada espécie. Se você não entende o uso de extensões. Este arquivo contém. E uma falsa economia pensar que não vale a pena comprar um outro disquete . E extremamente importante FAZER COPIA DE SEGURANÇA (backup) dos dados num segundo disquete ! Normalmente você deve copiar todos seus arquivos de trabalho. Uso de extensões e nomes de arquivos. mas é evidente que este procedimento não é muito recomendável. use o mesmo nome para os arquivos de nomes e dados. uma lista das famílias das espécies incluídas no levantamento. embora o limite máximo de 8 caracteres para nomes de arquivos em DOS as vezes seja um pouco limitante. Myrtaceae 1.2. Os nomes devem ter. Como exemplo. no fim de cada dia. 7 . O Arquivo de Nomes.NMS” para o arquivo de nomes. no mínimo. Será necessário. e a extensão “. Nomes para “mortas” e desconhecidos. Em alguns programas existe a opção de excluir espécies. e um nome do tipo “desconhecida 1”. no máximo.). 35 caracteres. ou outras matrizes. Após a última família. você deve bater uma linha contendo somente “999” para indicar o fim das famílias. 3. pois isso pode criar problemas quando os programas procurem arquivos no disco. Embora os nomes e extensões sugeridos aqui não sejam obrigatórios. cada uma com um número de espécie e o número da família a qual pertence.

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4. O arquivo de Dados.
O arquivo de dados contém todos os dados numéricos, isto é, as medições feitas para cada indivíduo que entrou no levantamento. O formato exato dos dados depende do tipo de levantamento, mas essencialmente segue o padrão usado para anotar os dados no campo. No momento, o limite de comprimento para cada linha no arquivo de dados é de 255 caracteres. Em geral, o formato dos dados é “livre” - não há necessidade de manter os números alinhados em colunas, e desde que você bate pelo menos um espaço entre números, espaços a mais não atrapalham. Números inteiros não precisam ter um ponto decimal e “0”. Se for utilizada a opção de “correção automática” no programa “PREPARE”, você pode usar uma virgula em vez de ponto decimal, mas neste caso, qualquer virgula encontrada no arquivo de dados será tratado como um ponto decimal. O uso do teclado numérico do micro facilita a entrada de dados numéricos e ajuda reduzir erros. Para usar o teclado numérico, você precisa apertar a tecla “Num Lock” - deve acender uma luzinha indicando que o “num lock” está ligado - e começar digitando os números. Note, porém que você não pode usar “PgUp”, “Del”, “Ins”, setas, etc. quando “NumLock” está ligado. Medidas de perímetro ou diâmetro podem ser usadas e estes podem ser em centímetros ou metros, mas não se pode misturar tipos de medições ou unidades no mesmo levantamento - por exemplo, tem que ser usado perímetro em metros para todos os indivíduos de um levantamento. No caso de diâmetros/perímetros múltiplos (vários ramos no mesmo indivíduo), devem ser batidos os valores individuais separados por um “+”, e o programa “PREPARE” calculará um diâmetro/perímetro equivalente. Por exemplo, no caso de ter um indivíduo com três ramos, com perímetros de 12, 14 e 20 centímetros, você bate 12+14 + 20 (note-se que pode ter ou não ter espaços entre os números - são opcionais). Alturas normalmente devem ser expressas em metros. No caso de não ter medidas de alturas, pode omitir este dado (no programa “PREPARE”, há uma opção para dados sem alturas). Para os diferentes métodos de levantamento tem formatos de dados diferentes, geralmente correspondendo aproximadamente ao formato dos dados obtidos no campo. No momento, os tipos de levantamento que o pacote pode analisar são os seguintes :Levantamentos usando parcelas: Na primeira linha do arquivo vem o número da primeira parcela. Os “números” de parcelas podem conter letras e outros códigos, até um total de 35 caracteres, mas não podem ter um espaço em branco* . Por exemplo “1A”, “201”, “22.01”, “1/55a” e “parcela_30” são todos aceitáveis como “número” de parcela. Depois, vêm os dados para os indivíduos da parcela, um indivíduo por linha, na seguinte ordem : no. do indivíduo (opcional - se você não quer incluir, os programas criam uma numeração própria), perímetro/diâmetro (em cm. ou metros), altura (opcional) e número da espécie (obrigatório). Em casos onde foram medidas as posições espaciais dos indivíduos, os coordenadas X e Y de cada indivíduo podem ser incluídas, depois do número da espécie. Após o último indivíduo da parcela, na linha seguinte, vem o número da próxima parcela, e em seguida, os dados dos indivíduos. Este processo continua até a inclusão dos dados do último indivíduo. Não é necessário incluir qualquer sinal especial para indicar o fim dos dados. A ordem de entrada das parcelas não é fixa, podendo ser até aleatória, desde que todos os indivíduos de uma parcela estejam juntos. Se você pretende analisar subconjuntos ou blocos de parcelas dentro de um levantamento, a inclusão das parcelas em grupos que correspondem aos blocos a serem analisadas vai facilitar a análise, embora isso não seja obrigatório. Fig. 1.3 mostra o formato esperado para dados deste tipo. Levantamentos usando o método de quadrantes : O formato neste caso é mais simples, tendo uma linha para cada indivíduo, com os seguintes dados - no. de ponto, no. de indivíduo (opcional), distância do ponto (obrigatório), perímetro/diâmetro, altura (opcional) e número da espécie (obrigatório). Se você não quer entrar um número de indivíduo, os programas criam uma numeração própria. Os pontos podem entrar em qualquer ordem, mas para facilitar análises de subconjuntos ou blocos de pontos, é melhor entrar os pontos em blocos que correspondem aos blocos a serem analisados. Coordenadas X e Y podem ser incluídas após o número da espécie. Fig. 1.4 mostra o formato esperado para dados deste tipo.

C. Um exemplo
Para ilustrar o uso do FITOPAC, podemos tomar um exemplo (imaginário) que mostra os passos básicos. Fizemos um levantamento dentro de uma área de mata na região de São José dos Campos, instalando 100 parcelas espalhadas ao acaso ao longo de um gradiente altitudinal. Estamos interessados inicialmente em ter uma idéia geral da
* A versão preliminar de FITOPAC permitia espaços aqui. Se você realmente insiste, pode colocar espaços, desde que haja um “t” (ou “T”) no final da última linha da parcela anterior (fig. 1.5). Repare que isso não é possível na primeira parcela!

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Utilizando FITOPAC composição da mata como um todo, mas também gostaríamos de investigar o efeito do gradiente altitudinal sobre a composição da vegetação. Temos todos as medidas de campo, e a identificação das espécies essencialmente está completa, restando somente 3 ou quatro espécies desconhecidas. Em primeiro lugar, preparamos a lista de famílias e espécies encontrados no levantamento, dando um número para cada família e cada espécie. Uma família “Desconhecida” e espécies “desconhecida 1” a “desconhecida 4” são criadas para acomodar as espécies não identificadas. O número de espécie apropriado é anexado aos dados para cada indivíduo, nos dados de campo, e cuidadosamente verificado antes de começar trabalhando com o computador. Em seguida, escolhe-se um nome apropriado para nossos arquivos. Como nosso levantamento foi feito em São José dos Campos, vamos usar SAOJOSE para o nome dos arquivos, e começamos criando os arquivos SAOJOSE.NMS e SAOJOSE.DAD, utilizando um editor de texto. Entramos os nomes e dados nos dois arquivos seguindo o formato descrito acima. Neste ponto, é interessante imprimir uma listagem dos dois arquivos, para verificar os dados antes de qualquer processamento. Se possível, é mais fácil trabalhar com duas pessoas, uma “cantando” os dados e a outra verificando na listagem. Embora chato, este passo é muito importante, pois a integridade e confiabilidade das análises posteriores são inteiramente dependente de ter dados corretos nestes arquivos. Os programas podem detectar alguns erros mais grosseiros, mas não há como detectar o fato que você bateu 44.5 em vez de 55.4 para o perímetro de indivíduo no. 445, por exemplo. Portanto, é essencial que a verificação dos dados seja feita com muito cuidado e atenção. Após ter verificado os dados, podemos converter estes arquivos numa forma que pode ser usada pelos outros programas. Utilizamos o programa “PREPARE” para converter os arquivos de nomes e dados numéricos num arquivo “.FPD”, batendo PREPARE SAOJOSE. Como estamos empregando as extensões normais do FITOPAC, precisamos bater somente SAOJOSE e o programa vai criar todos os nomes de arquivo necessários. Enquanto está lendo os dados, o programa tenta detectar alguns erros comuns, e da uma oportunidade para corrigi-los, editando os dados. Portanto, é útil ter uma cópia dos dados de campo a mão, permitindo verificação imediata se o programa detecta qualquer problema. Note-se que qualquer correção feita utilizando PREPARE tem efeito somente no arquivo “.FPD” e não nos arquivos “.NMS” e “.DAD” ! O resultado é um arquivo SAOJOSE.FPD, contendo todos os dados e pronto para uso pelos outros programas. Uma vez que temos este arquivo, podemos proceder com a análise dos dados. Antes de começar com a análise propriamente dito, porém, é muito útil fazer uma listagem completa dos dados, que fornece um recorde permanente do conjunto de dados em formato fácil de consultar, e permite recuperar de algum “desastre” onde os arquivos de dados são perdidos (isso não deve ser possível se você está fazendo cópias de segurança - “backups” - de todos seus arquivos, mas nunca se sabe !). Para fazer a listagem, utilize o programa “CADERNO”, batendo simplesmente CADERNO SAOJOSE, e uma listagem dos dados será produzida no arquivo SAOJOSE.LST. Se quiser mandar diretamente para a impressora, bate CADERNO SAOJOSE IMP. Normalmente é útil ter uma listagem dos dados ordenados por parcela (ponto) ou na ordem de entrada dos dados (que geralmente é igual), e, também, uma listagem por espécie que facilita a localização de todos os membros de uma espécie, sem ter que percorrer a listagem inteira. Esta última listagem também é muito útil para localizar possíveis erros - uma espécie que não está presente, mas que você sabe deve estar na listagem, ou uma espécie com diversos indivíduos quando deve ter somente um, pode funcionar como um aviso que houve algum erro na transcrição dos dados, e qualquer discrepância deste tipo deve ser notada e verificada. Tendo uma listagem dos dados, e satisfeitos que estão corretos, podemos proceder com o resto da análise. Normalmente, o próximo passo seria de correr o programa “PARAMS” para calcular os parâmetros fitossociológicos para nosso levantamento. Batemos, então, PARAMS SAOJOSE, e produziremos um arquivo SAOJOSE.LST contendo os resultados dos cálculos dos parâmetros fitossociológicos. Para muitos estudos, os resultados obtidos até aqui seriam suficientes, fornecendo um resumo da área levantada e elementos para comparações entre nosso levantamento e outros levantamentos. No nosso caso, porém, queremos ainda investigar a variação dentro de nossa área e o efeito do gradiente altitudinal. Para analisar melhor este tipo de questão, podemos utilizar outros recursos do FITOPAC. Em primeiro lugar, as parcelas do levantamento podem ser distribuidas em blocos, correspondendo a faixas altitudinais - por ex. bloco 1 contém todas as parcelas entre altitudes de 100 a 200 m. - e estes blocos podem ser analisados individualmente utilizando as facilidades para sub-análises no programa “PARAMS”, ainda com nosso arquivo SAOJOSE.FPD, especificando quais parcelas pertencem a cada bloco, sem a necessidade de criar arquivos novos para cada bloco. Assim, podemos realizar uma análise direta do gradiente, e comparar os parâmetros fitossociológicos de cada faixa altitudinal. Com isso, teríamos uma boa visão do grau e tipo de mudança que ocorre com altitude. Em segundo lugar, podemos aplicar métodos de ordenação e classificação, utilizando os programas “ORD”, para análise de componentes principais, e “CLUSTER” para análise de agrupamentos. Estes métodos exigem uma matriz de amostras x espécies que é criado por uso do programa “CRIAMAT”, que fornece diversas opções de tipo de matriz, transformações dos dados e eliminação de espécies raras, amostras aberrantes, etc. Batendo CRIAMAT SAOJOSE e indicando nossos opções, produzirá um novo arquivo

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FITOPAC 1 SAOJOSE.FPM que contém a matriz com as transformações e modificações selecionadas. Repare, de novo, que não precisamos especificar extensões, e o próprio programa cria os nomes e arquivos necessários. Em seguida podemos correr uma análise de componentes principais, batendo ORD SAOJOSE, e os resultados serão colocados no arquivo SAOJOSE.LST. Este tipo de ordenação é uma técnica extremamente poderosa para detecção e descrição de gradientes ambientais. Se queremos produzir uma classificação das parcelas, formando grupos contendo parcelas que são semelhantes entre si, podemos usar análise de agrupamentos. Neste caso, precisamos criar, primeiro, um arquivo de coeficientes de similaridade ou distâncias, que indiquem o grau de semelhança entre as amostras. Este arquivo é produzido pelo uso do programa “COEF”, batendo COEF SAOJOSE, que vai resultar num arquivo SAOJOSE.FPC contendo os coeficientes selecionados. Após disso, batendo CLUSTER SAOJOSE fornece os resultados desta análise no arquivo SAOJOSE.LST. Assim, podemos analisar nossos dados de diferentes maneiras, extraindo diferentes tipos de informações e formando uma visão mais completa da variação dentro de nosso levantamento. Além das análises fornecidas por FITOPAC, é possível utilizar os dados da matriz de amostras x espécies no arquivo SAOJOSE.FPM com outros pacotes estatísticos ou ecológicos. O programa “MATRIZ” permite “traduzir” o arquivo FITOPAC nos formatos usados por pacotes como “SYSTAT”, NT-SYS e os programas “DECORANA” e “TWINSPAN” de Hill (Hill, 19??), entre outros. Dessa maneira, é possível fazer praticamente qualquer tipo de análise multivariada ou outro tipo de análise estatístico, mesmo que não seja incluída no próprio FITOPAC.

É no. da família 1 Anacardiaceae 2 Bombacaceae 3 Compositae 4 Myrtaceae 5 Ulmaceae 6 Desconhecida 7 Morta 999 ï final das famílias 1 1 Anacardium occidentalis 2 3 Bellis perennis 3 2 Eriotheca sp. 4 4 Myrcia lingua 5 4 Myrcia sp1 6 4 Myrcia sp2 7 4 Myrcia sp3 8 2 Pseudobombax sp. 9 5 Trema micrantha 10 6 Desconhecida 1 11 6 Desconhecida 2 12 7 Morta Ç no. da família Çno. da espécie

Fig. 1.2. Exemplo de um arquivo de nomes - SAOJOSE.NMS. (Você não bate as partes em itálico !)

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Utilizando FITOPAC É no. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando parcelas .altura    Ç--.5 15 9 9 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 44 16 6 11 22 6 11 12 10 4 4 2b ï no. da espécie      Ç--.7 7 5 3 40 12.SAOJOSE.5 5 3 2a ï no. da primeira parcela 1 1 34.0 15 4 16 120 35. do indivíduo Fig.5 10 4 110 30.3.DAD.5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 22.perímetro/diâmetro  Ç--. 1.5 12 2 10.5 5.5 1 5 33. da segunda parcela 6 5.no. da terceira parcela 13 40 18 7 14 5 + 6+8.5 3 6 7 25 8 8 8 55. (Você não bate as partes em itálico !) 11 .5 8 ï último indivíduo    Ç no.

5 8 ï último indivíduo Ç no.FITOPAC 1 É no.6 40 12. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando quadrantes .5 1 5 0.6 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 7.2 40 18 7 14 1.15 33.perímetro/diâmetro    Ç--. (Você não bate as partes em itálico !) 12 . 1.5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 4.77 110 30. de ponto 1 1 1 1 2 2 2 2 3 3 3 3 4 4 4 4 1 3.5 15 9 9 4.SAOJOSE.5 3 6 7 2.5 10 4 3.distância  Ç--.9 5 + 6+8.5 12 2 1.4.1 10 4 4 13 5.5 5.7 55.3 25 8 8 8 6.5 5 3 6 2.3 22 6 11 12 0. do indivíduo Fig.5 120 35.7 7 5 3 0.no.5 10.3 34.2 5.DAD.3 22.2 44 16 6 11 2.0 15 4 16 2. da espécie        Ç--.altura      Ç--.

SAOJOSE.no.5 15 9 9 23+12+15 10 3 ï perímetro múltiplo 10 44 16 6 11 22 6 11 12 10 4 4 t ï repare no “t” Esta e parcela 2b ï no. (Você não bate as partes em itálico !) 13 . da primeira parcela 1 1 34. 1.5.5 1 5 33.altura    Ç--.0 15 4 16 120 35. da segunda parcela com espaços 6 5.5 3 6 7 25 8 8 8 55. Exemplo de um arquivo de dados de um levantamento usando parcelas e nomes com espaços para as parcelas .5 10 4 110 30.5 +10 2 4 ï perímetro múltiplo 15 22.5 8 ï último indivíduo    Ç no.5 5. da terceira parcela com espaços 13 40 18 7 14 5 + 6+8. da espécie      Ç--.perímetro/diâmetro  Ç--.Utilizando FITOPAC É no. do indivíduo Fig.5 12 2 10.7 7 5 3 40 12.5 5 3 t ï repare no “t” Esta e parcela 2a ï no.DAD.

e dai em diante todos os arquivos são lidos ou criados no disco em drive B. ou que são comuns a diversos deles. O programa é chamado. Este tipo de arquivo é utilizado pelos programas “COEF” e “ORD”. dados de análises de 14 . Arquivos deste tipo também podem ser usados para armazenar os resultados de análises . Arquivos de dados FITOPAC utiliza três formatos especiais para arquivos de dados. bate “B:”.por ex. O segundo tipo de arquivo é utilizado para matrizes de dados.veja a seção “Rotas. com disco flexível("floppy") Com 2 drives “floppy” . geralmente na forma de matrizes de parcelas x espécies. Portanto. diretórios e configuração” para mais detalhes. O primeiro é para dados de campo. uma vez que você aprenda utilizar os comandos básicos. junto com a parcela ou ponto onde o indivíduo foi encontrado. e a tela deve passar a mostrar “B>“. consistindo de uma lista das observações dos indivíduos encontrados no levantamento. Por exemplo. Este capítulo descreve a maneira em que você interage com os programas. com um interface comum para todos os programas e pode ser usado em computadores com disco rígido ou em sistemas com somente discos tipo flexíveis (“floppy”). “PARAMS” e “CADERNO”. etc. estes servem para qualquer uma dos programas. descrevendo os comandos e características que são comuns a todos os programas.UTILIZANDO FITOPAC O FITOPAC é interativo. portanto. se a tela mostra “A>“. e será necessário para outros programas na próxima versão. é mais conveniente trabalhar com drive “B” ativo.por ex. pode usar os programas a partir do drive “A” ou qualquer subdirectório no disco rígido. onde as linhas da matriz representam as amostras.coloque o disquete de programas no drive “A” e o disquete com seus dados no drive “B”. é possível fazer um Análise de Componentes Principais sobre uma matriz de dados de parcelas x espécies e depois usar a matriz de “scores” resultante para calcular distâncias ou outros coeficientes no programa “COEF”. batendo somente o nome do programa. e as colunas as espécies. este será o primeiro arquivo a ser preparado. Este tipo de arquivo tem a extensão “FPM” (FitoPac-Matriz) e são preparadas de um arquivo “FPD” usando o programa CRIAMAT. FITOPAC utiliza a extensão “FPD” (FitoPac-Dados) para estes arquivos.que assim podem ser introduzidos em outros programas. Este último será necessário no caso de levantamentos grandes onde os dados não cabem num disquete. gravar os “scores” de uma PCA . com disco rígido No caso de um sistema com disco rígido. menus. Uso de arquivos em FITOPAC. Arquivos do tipo “FPD” são usados pelos programas “CRIAMAT”. todos tem o mesmo estilo de interface e utilizam os mesmos tipos de comandos. Alternativamente. Este tipo de arquivo também é utilizado para armazenar dados que normalmente vem em forma de matriz . é muito mais fácil usar os programas quando estão instalados no disco rígido e seus dados podem estar acomodados no próprio disco rígido ou num disquete flexível. batendo “A:Nome_do_programa”. Se você especifique a rota “PATH C:\FITOPAC”. Arquivos FPD são o ponto de partida para todos os outros programas em FITOPAC. você pode usar o programa a partir do subdirectório onde está instalada e especificar onde vai buscar os arquivos de dados via o comando “Rotas” ou pelo linha de comando . Normalmente. Usando os programas. você pode usar drive “A” (floppy) para os arquivos de dados ou criar um subdirectório para os dados. Em geral. Normalmente. Embora cada programa é independente. utilizando o programa PREPARE.

Repare que arquivos “LST” de listagens geralmente são abertos de tal modo que novas listagens são anexadas ao arquivo. As relações entre os diferentes tipos de arquivo são mostrados na fig. arquivos de configuração . Neste caso. O uso destes extensões não é obrigatório.LST"). Precisa. Estes arquivos são produzidos pelo programa “COEF” e. ORD SAOJOSE IMP). a criação de um arquivo “FPD” via o programa “PREPARE”.LST como arquivo de saída de resultados. mas está anexada no final do arquivo antigo. e. Onde o programa pode produzir uma listagem de resultados (por ex. arquivos subsidiários podem ser necessários. A maioria dos programas utiliza um arquivo de entrada e um arquivo de saída.depois você não entende porque sua listagem da última análise não saiu ! Saiu. com extensões “DAD” e “NMS”. Neste caso. se não quiser o nome pré-fixado que o programa oferece . Normalmente. portanto. este tipo de arquivo pode ser removido. o próprio programa apaga estes arquivos no final de processamento e você não deve vê-los. Se você não especifica saída para impressora.HLP”.extensão “.extensão “.TMP”. Os programas permitem especificar os arquivos a serem usados em duas maneiras : 1) Usando o comando “Arquivos” presente no menu principal de cada programa (mais fácil se você não conhece bem os programas). e que podem estar gravados em diversos diretórios (veja a seção “Rotas. etc. utilize “CRIAMAT” para criar um arquivo “FPM”.CNF”. e tem a extensão “FPC” (FitoPac-Coeficientes). são arquivos contendo as informações para o sistema de ajuda.uma para rabiscar e a outra para servir de cópia de “biblioteca”. usando um editor de texto. os arquivos necessários são especificadas na descrição do programa. as extensões e outros arquivos necessários. bate somente o nome do programa . mas simplificará a utilização dos programas.por ex. Você pode. Esta opção abre uma janela pedindo os nomes dos arquivos de entrada e saída. automaticamente. PREPARE SAOJOSE. Estes dados podem ser entrados diretamente ou via uma planilha (veja o capítulo “Preparando Dados"). o arquivo de entrada não tem extensão pois usa a extensão padrão ("FPC") de um arquivo de coeficientes. ??. Não são essenciais para o funcionamento dos programas. a não ser em casos onde processamento foi interrompido prematuramente. são arquivos que contém informações sobre a configuração atual dos programas (rotas. você pode especificar o arquivo de saída na linha de comando também. mas o sistema de ajuda não fica disponível sem estes arquivos (veja a seção “sistema de ajuda"). são criados por diversos programas para armazenar dados temporariamente enquanto estão trabalhando. são utilizados somente pelos programas “CLUSTER” e “ORD”. Geralmente é necessário bater somente o nome do arquivo de entrada e o programa cria automaticamente o arquivo de saída necessário. Nestes casos. CLUSTER SAOJOSE SJ.por ex. criar um único arquivo com todas as listagens das análises realizadas . pois o programa não vai usar de novo. Arquivos de coeficientes de similaridade ou distâncias entre amostras ou espécies formam o terceiro tipo de arquivo. 2) pela linha de comando .FPC como arquivo de entrada e SJ. Se você segue o esquema sugerido aqui. por enquanto. sim. ou um outro arquivo. Outros tipos de arquivos Além dos arquivos usados para armazenar dados.Utilizando FITOPAC solo ou outras variáveis ambientais. que depois pode ser impresso. “SAOJOSE. o programa grava os resultados num arquivo préfixado (geralmente o nome do arquivo de dados com a extensão “LST” . bate o nome do arquivo a ser usado depois do nome do programa . tomar cuidado que novas análises não são anexas a arquivos velhos .eu normalmente prefiro fazer duas cópias . O calculo dos parâmetros fitossociológicos e listagem dos dados podem ser feitas a partir do arquivo “FPD”. você pode jogar os resultados diretamente para a impressora especificando “IMP” ou “PRN” como arquivo de saída (ex. os arquivos de entrada e saída são especificados. Esta última opção é interessante se você quer imprimir mais que uma cópia dos resultados . Não esquece de deixar um espaço entre os dois nomes. PREPARE. A seqüência normal para análise de dados de um levantamento seria a preparação dos arquivos de dados numéricos e nomes.LST utilizará o arquivo SAOJOSE. geralmente precisa entrar somente o nome do arquivo de dados e os programas criam. ORD). Na maioria dos programas.extensão “.se você é mais experiente e quer evitar a tela introdutória. 15 . porém.). diretórios e configuração). e depois acione o comando “Arquivos”. e não são gravadas em cima dos dados já existentes. os programas do FITOPAC utilizam diversos outros tipos de arquivos :arquivos de ajuda . Em alguns casos. Note que neste exemplo. se este já foi criado.por ex. Nas descrições mais detalhadas dos programas. preferências de impressora. Caso queira fazer uma PCA ou Análise de Agrupamentos. arquivos temporários . especialmente em casos onde resultados de uma análise serão utilizados como entrada para uma outra análise.a única limitação é o espaço disponível no disco. em seguida.por ex.

Normalmente não há necessidade de modificar este subdirectório pois os arquivos temporários devem ser apagados pelo próprio programa antes de terminar a análise. pode ser interessante especificar este disco para receber os arquivos temporários. aumentando a velocidade de processamento consideravelmente em alguns casos. mas note que todos os arquivos de dados usados devem estar no mesmo subdirectório. e . enquanto a “Rota para resultados/listagens” especifica onde os arquivos de resultados e listagens serão mandados. o programa vai parar com um erro. é necessário especificar a rota dos arquivos de entrada e saída quando estes não estiveram no subdirectório especificado na configuração. A “Rota para arquivos temporários” pode ser usada para determinar onde os programas que produzem arquivos temporários irão gravá-los. mas não o de arquivos temporários. Você pode colocar a rota antes do nome dos arquivo apropriado na linha de comando. abre uma tela que permite modificar os nomes :Mudar rotas Rota para dados C:\FITOPAC\ Rota para resultados/listagens C:\FITOPAC\ Rota para arquivos temporarios C:\FITOPAC\ Nome de um diretorio/sub-diretorio (F3 para lista) Na “Rota para dados” você pode especificar o subdirectório onde os arquivos de dados estão armazenados. Se tiver um disco do tipo “RAMdrive”. Pode. também.FITOPAC 1 Rotas.quando selecionado. No menu principal de todos os programas existe uma opção “Rotas”. ou especificar somente uma das rotas. porém. Exemplos : - 16 . os subdirectórios utilizados para os arquivos de dados e resultados podem ser determinados em diversas maneiras. porém. diretórios e configuração No caso de sistemas com disco rígido. A outra maneira de especificar subdirectórios é via a linha de comando. É importante. escolher rotas diferentes para entrado e saída. É possível especificar os subdirectórios de entrada e saída por este mecanismo. Se utilizar este método. que exista espaço suficiente no disco “RAM” . Estes subdirectórios podem ser diferentes. Esta opção é utilizado para mudar os nomes dos subdirectórios onde o programa vai procurar os arquivos de dados ou gravar os arquivos de resultados.se não.

o programa sugere primeiro uma “mascara” para procurar arquivos. contendo dados em “\cerrados” e “\matas”. Você pode obter ajuda em quase qualquer ponto onde precisa responder a uma pergunta ou decidir entre diferentes opções. Esta tecla produz um diretório de arquivos ou uma listagem de variáveis ou observações.* lista todos os arquivos. você pode agrupar seus dados em diversos subdiretórios no disco e ter uma configuração específica para cada agrupamento. em \matas.Voltar à pergunta/menu anterior. Permite “mudar de idéia” e volta ao passo anterior. Você pode ter um arquivo de configuração em qualquer subdirectório e FITOPAC utilizará a configuração especificada no diretório ativo. além de mais um no “\fitopac”. *.por ex. Note que em alguns casos. *. PARAMS C:\OUTROS\SAOJOSE C:\OUTROS\SAOJOSE procurará os dados no subdirectório C:\outros\ e gravar os resultados no mesmo. enquanto que em \cerrados a rota de entrada poderia ser \cerrados e de dados saida \cerrados também. usam os valores “default” já embutidos no FITOPAC. “\CERRADOS” e “\MATAS”.” em algum lugar). Esta segue as regras normais para DOS . e os programas vão utilizar a configuração “local” do subdiretório ativo.Utilizando FITOPAC supondo que a configuração esteja com C:\DADOS\ para a rota de entrada e saída. Interagindo com os programas Teclas especiais. As rotas utilizadas por FITOPAC estão armazenadas em C:\ arquivos de configuração que tem a extensão “. os programas utilizam automaticamente o arquivo present no subdiretório do FITOPAC. Isso quer dizer que você pode manter configurações que são específicos para cada \FITOPAC subdirectório. Estas teclas são :F1 . dependendo da parte do programa onde foi ativada. PARAMS C:\OUTRO\SAOJOSE vai procurar os arquivos de dados no subdirectório C:\outros\ e vai gravar os resultados em C:\dados\. Se não tiver um arquivo de configuração local. Se for numa situação onde o programa está pedindo variáveis ou observações. por exemplo depois de processar uma análise completa. Por exemplo.Ajuda. Em situações onde um nome de arquivo é esperado. FITOPAC utiliza algumas teclas que tem a mesma função em todos os programas. Se você tiver seu disco rígido com os sub-diretórios “\FITOPAC”. e na ausência deste.Diretório. a rota de entrada \MATAS pode ser \matas e de saida \resultad. como indicado na figura ao lado. PARAMS SAOJOSE procurará os dados no C:\DADOS\ e vai gravar os resultados no mesmo subdirectório. Você pode rodar FITOPAC a partir de qualquer um destes diretórios (desde que o seu dados “path” contém “\FITOPAC. pode colocar um arquivo de \CERRADOS configuração em cada um destes sub-diretórios. Você pode gravar o arquivo de configuração usando a tecla F5 dentro de qualquer programa ou com o programa “CONFIG” Desta maneira. não é possível voltar às opções anteriores pois a análise ou transformação já está completa. simplesmente apertando a tecla F1. F2 . PARAMS C:\OUTROS\SAOJOSE C:\RESULT\SAOJOSE vai procurar os arquivos de dados no subdirectório C:\outros\ e gravar os resultados no subdirectório C:\result\. F3 . Note que é necessário colocar a rota para entrada e saída neste caso. 17 .FPD todos com extensão “FPD”. procurando e gravando arquivos no sub-diretório que estava ativo quando o programa foi chamado.CNF”. esta forma de diretório será produzido.

um caractere à esquerda £. por exemplo manipulação de matrizes ou escolha de gráficos. A escolha de opções pode ser feito em duas maneiras. ou utilizando as teclas de seta ( ← e → ) para colocar o cursor em cima da opção e apertando a tecla <ENTER> para selecionar a opção. Diversos tipos de informações podem ser solicitados (por ex. As teclas usadas para editar a resposta são as seguintes : ¤→ .um caractere à direita ¥. Todos os programas apresentam um menu principal. c) se você quer dar uma resposta totalmente diferente. parcialmente ou descartada. e a opção desejada pode ser selecionada batendo a letra em maiuscula daquela opção. pode bater a letra ou número que aparece na frente da opção. F5 . quando encontram um erro).CNF no disco e este configuração será usada como o “default” até que seja modificada de novo.FITOPAC 1 F4 . simplesmente bate <ENTER>. Se você quer parar o programa no meio de algun cálculo. mas os programas utilizam 2 formatos de resposta. Este tipo de menu também é utilizado em diversos programas para escolher opções onde diversas operações podem ser realizadas. A informação solicitada pode ser de vários tipos. o programa vai perguntar em que sub-diretório você quer gravar a configuração. Dois tipos de menu são utilizados. caso houve algum “desastre”. utilize as teclas de seta à direita ou <END> para aceitar a resposta que então pode ser editada utilizando as teclas normais. no arquivo FITOPAC.uma linha para cima ¢ . se existe. impressora. os programas precisam de informaçôes mais extensas e apresentam uma tela que funciona como uma espécie de “formulário” para ser preenchido. etc. Menus Os programas utilizam menus extensamente para selecionar alguma opção. O segundo tipo de menu é do tipo “drop down” e aparece dentro de uma janela na tela. e esta opção será selecionada diretamente. o nome de um arquivo ou algum valor numérico) ou fazem perguntas para saber como proceder (por ex. será descartada. Esc . Este tipo de menu é utilizado para escolher opções dentro de uma lista. onde as opções disponíveis são apresentadas na primeira linha da tela. Note que sua resposta pode ser editada até o ponto em que você aperta <ENTER>.na maioria dos programas. Telas e perguntas Em vários pontos. você pode responder em diferentes maneiras : a) se quer utilizar a resposta pré-fixada pelo programa (que aparece em vídeo inverso). precisa parar neste ponto. Nestes casos.Grava a configuração de rotas. ou se por algum motivo. Esta tecla permite que você abandone o processamento e para o programa. começa batendo sua resposta diretamente e a resposta pré-fixada. F10 -Sair do programa. A maioria são do tipo onde um valor numérico. esta tecla permite “escapar” de situações onde você não pode continuar e quer voltar ao menu principal ou anterior. b) se quer utilizar parte da resposta fornecida.uma linha para baixo 18 . o programa frequentemente oferece uma resposta pré-fixada ("default value") que pode ser aceita inteiramente. Neste caso. ou se não tem uma resposta pré-fixada pelo programa. um nome ou uma frase deve ser entrado. Alternativamente. sem a necessidade de mudar o cursor e bater <ENTER>. Funciona somente em pontos onde o programa está esperando alguma resposta. por exemplo para escolher um entre diversos transformações de dados.Alterar a configuração da impressora e outros características do programa. O mais simples é de usar as teclas de seta para cima e para baixa para mudar o cursor (a opção que aparece com fundo de cor diferente) até a opção que você deseja e apertar a tecla <ENTER>. Veja o capítulo do programa CONFIG para mais detalhes. use Ctrl-Break (bate a tecla “Break” enquanto está segurando a tecla “Ctrl"). Ao apertar esta tecla.

Nestes casos.5. Itens individuais são especificados usando os números apropriados separados por espaços ou por vírgulas por ex. ou se só precisa modificar uma ou duas. Se a inserção está desligada.início da resposta ¶ .35” selecionará todos os objetos/variáveis de 23 a 35 inclusivos. ou algo parecido. apagando texto existente na posição do cursor. separados por um “-” .vai até o último item na lista Você pode selecionar uma mistura de itens individuais e listas de itens com o uso apropriada das teclas de seleção e seleção de blocos.abandonar seleção espaço . mas se todas as respostas pré-fixadas são satisfatórias.inicia ou termina a seleção de um bloco Home . O segundo tipo de pergunta que os programas apresentam ocorre onde existem somente 2 ou mais respostas préfixada do tipo “sim/não” ou “norte/sul”.ligar e desligar inserção.vai até o primeiro item na tela End .vai até o início da lista Ctrl + PgDn .selecionar o ítem na atual posição do cursor .6-8. A seleção pode ser feita diretamente na janela. deixando modificadas somente as respostas já selecionadas até este ponto.fim da resposta µ ± . para serem transformados.Utilizando FITOPAC ² . as respostas às perguntas são dados da maneira descrita acima. uma das respostas possíveis aparece em vídeo inverso.por ex “s” para “sim” e “n” para “não”. Quando o valor apropriado está visível. O uso de números freqüentemente é inconveniente e. como alternativa.vai até o último item na tela PgDn . os programas pedem que você especifique um ou mais variáveis ou objetos. Nestes casos. etc. Pode misturar ítens individuais e listas.3. geralmente na forma de uma pergunta do tipo “Quais espécies”. 1. ou F6 .apague o caractere na posição do cursor Backspace .página anterior Ctrl + PgUp .apague o caractere antes do cursor ¦K. em qualquer combinação por ex. batendo a letra inicial da opção desejada seleciona aquela opção e coloca o cursor na próxima pergunta .4.55 66 77 98-100 seria aceitável. Nestes casos. 1.próxima página PgUp . utilizados numa análise. 23 . PREPARE e CRIAMAT) podem precisar de uma série mais extensa de dados e apresentam uma ou mais telas de perguntas. Quando inserção está ligado. você sai da tela após de responder à última pergunta. utilizando as seguintes teclas :enter . Alternativamente. etc. Você pode selecionar uma lista de números batendo o primeiro e último número da lista. pode utilizar a tecla PgDn para sair sem a necessidade de completar todas. pode ser selecionado batendo <ENTER> ou ->.por ex. Normalmente. “23 .terminar seleção e continuar processamento Esc . 19 ..apague a resposta inteira . e a resposta pode ser mudada apertando a tecla de espaço. o que você escreve será sobreposto. mas algumas outras teclas ajudam “navegar” dentro da tela : Ctrl → Pula à próxima pergunta ou à direita Ctrl ← Pula à pergunta anterior ou à esquerda ↑ Pula para cima ↓ Pula para baixo PgDn Terminar. pode especificar os objetos ou variáveis batendo “t” para todos ou batendo os números dos objetos ou variáveis apropriados. Especificando listas de variáveis e objetos Em vários pontos. pode utilizar a tecla F3 para chamar uma janela que mostra as variáveis ou objetos disponíveis. Alguns programas (por ex. aparece o sinal “INS” no topo da tela e qualquer coisa que você bate é inserida na posição do cursor. por ex.

de acordo com os limites de diâmetro/perímetro. F4 Impressora. 31 e 33. Para sair da tela de ajuda. você pode incluir ou excluir indivíduos. existe o comando “Filtro” no menu principal que chama o menu de filtro onde você especifica os detalhes do filtro que quer aplicar :Incluir_amos Excluir_amos iNcluir_espe eXcluir_espe Diam. EXCLUIR_AMOS[TRAS] .por ex.selecionar as espécies que serão excluídas na atual análise . F5 Gravar config. particularmente para modificação de dados e seleção de indivíduos. Nos programas que utilizam filtros.selecionar espécies que serão incluídas na análise . especificando como os dados serão lidos. pode incluir ou excluir blocos de amostras.FITOPAC 1 Sistema de Ajuda Na maioria de lugares onde um programa pede alguma informação ou espera alguma ação.. e se estes não foram localizados.HLP"). bate a tecla “Esc”. no. você pode pedir ajuda. sem a necessidade de rebater os dados ou alterar o arquivo de dados. Deve aparecer uma tela fornecendo uma explicação sucinta de que o programa espera neste ponto ou explicando as opções disponíveis. inclusive quando estas não são contíguas no arquivo de dados. 15 . EXCLUIR_ESPE[CIES] . você pode especificar dentro de PARAMS um filtro que aceita somente indivíduos com diâmetro mínimo de 10 cm. É possível estabelecer condições relativamente complexas. Estas opções são descritas aqui para evitar repetição das informações em cada programa. e mínimo de 33 cm.10. se quiser retirar as “mortas” quando estas foram registrados no arquivo de dados. se você tiver um levantamento por parcelas onde incluiu todos os indivíduos com diâmetros maiores que 5 cm. Opções comuns a diversos programas Vários programas oferecem as mesmas opções.mais conveniente quando você quer incluir a maioria das amostras e só excluir algumas. Assim. F3 Selecionar. de amostra ou espécie que você determina com o uso do filtro.23.por ex.selecionar amostras para serem excluídas da análise . com diâmetro máximo de 55 cm./altura Continue Especificar AMOSTRAS para INCLUIR ------------------------------------------------------------------------ -----------------------------------------------------------------------F1 Ajuda. é mais fácil manter os dados para levantamentos complexos dentro de um único arquivo “FPD” e correr as sub-análises necessários utilizando o filtro para especificar os limites para cada uma delas. PARAMS e CRIAMAT. Este sistema de ajuda depende da presença dos arquivos de ajuda (com extensão “. com altura abaixo de 10 m e excluindo espécies 56 e 91.selecionar amostras para serem incluídas na análise . INCLUIR_ESPE[CIES] . 20 . existe uma opção que permite estabelecer um “filtro” . dependendo do conjunto de características escolhidas .conveniente quando você quer analisar somente um número pequeno de amostras. uma mensagem aparece dizendo que ajuda não está disponível. Correndo o programa com este filtro dará a análise desejada. F10 Sair INCLUIR_AMOS[TRAS] . apertando a tecla F1. especificando “filtros" Em programas que usam arquivos de dados do tipo “FPD”. Desta maneira. altura. todos os indivíduos de parcelas 1 . e depois quer analisar os dados incluindo somente os indivíduos com diâmetros maiores que 10 cm.útil quando você pretende analisar somente um número limitado de espécies. Esta facilidade também é muito útil em casos onde você quer analisar blocos de amostras e não o levantamento inteiro.. Nestes programas. por ex. Neste caso.

.permite “mascarar” temporariamente uma ou mais colunas (normalmente espécies ou variáveis) ou linhas da matriz.Elim.Transform traNspor Planilha nOmes Adicionar Imprime Continue Mascarar uma ou mais especies ou amostras ------------------------------------------------------------- Pode escolher qualquer opção. e podem ser recuperadas utilizando a opção “Rest”.Utilizando FITOPAC DIAM/ALTUR .é preciso ter cuidado com esta opção quando você utilize transformações ! REST[AURAR] . Bate os números das colunas. editar os nomes das variáveis e utilizar a planilha para fazer correções. aplicar uma série de operações na mesma matriz . depois transformar as variáveis não-mascaradas.0000 Bate valor para maximo Diam. portanto. Uma vez que o programa tem uma matriz de dados ativo.00 minimo 0. de acordo com os valores selecionados nos respetivos “interruptores”. o programa solicita uma lista de colunas a serem mascaradas. manipulando matrizes Os programas que utilizam matrizes de dados oferecem uma opção para modificação ou manipulação de matrizes.Permite restaurar colunas ou linhas previamente mascaradas. Quando você seleciona esta opção. e esta opção é selecionada. aceitavel. especificando como perímetro/diâmetro ou em centímetros/metros.Este comando abre a tela de especificação de diâmetro e altura :Bate valores para maximo e minimo maximo Diam. 21 . Este opção é muito útil quando você precisa produzir diversas versões de uma matriz com diferentes combinações de variáveis ou amostras. Colunas ou linhas mascaradas não são eliminadas permanentemente. É possível. sem a necessidade de recarregar a matriz completa cada vez. Note que o programa volta a esta tela após cada uma destas opções (exceto “Continue") e você pode utilizar diversas opções antes de voltar para o programa principal. Note que todas as colunas ou linhas que estavam mascaradas serão restauradas.por exemplo : mascarar algumas variáveis. CONTINUE . Note que linhas mascaradas também não serão transformadas ou gravadas ./Perim. aparece o menu de manipulação de dados :Mascarar Rest. 1000000 Altura 1000. Você pode então preencher os valores desejados para o máximo e mínimo para altura e diâmetro/perímetro. cm 0. Este sempre aparece como a opção “Modificar” nos menus destes programas.voltar ao programa principal. pois as colunas e linhas mascaradas não são eliminadas permanentemente. Seguem descrições das funções de cada opção :MASCARAR . ou use a tecla F3 para uma lista das colunas.0000 perim. mas não são gravadas ou transformadas enquanto mascaradas./Perim.

e. corrige. ou de diferentes lotes. Quando termina a edição. você virá abrir uma janela com os nomes das colunas ou linhas da matriz. supõe-se que as colunas são iguais e que a segunda matriz representa um acréscimo no número de linhas na matriz final (amostras adicionais). um por linha. Utilize as teclas de seta. Quando seleciona esta opção.Chama a planilha. cada vez que importa dados de um arquivo que não esteja no formato FITOPAC. A planilha permite uma série de outras operações que são descritas mais detalhadamente na seção “Usando a planilha” . Terminando as modificações. TRANSPOR . TRANSFORMAR . Esta opção é muito útil para confirmar que uma “importação” de uma matriz funcionou corretamente. o programa pergunta o nome do arquivo contendo a segunda matriz.Permite transformar qualquer combinação de colunas ou linhas da matriz..cauda No primeiro caso.o nome então é colocada numa janela de edição. É necessário quando pretende. você pode alterar ou editar os nomes das colunas ou linhas. Por ex. i. PgUp. ADICIONAR . i. matriz 1 1111 1111 matriz 2 2222 2222 matriz final 11112222 11112222 Na segunda alternativa. por ex. aparece um menu perguntando que tipo de fusão você quer : A . PLANILHA . etc.FITOPAC 1 ELIM[INAR] . Veja a seção “Transformando dados” na parte geral do manual para uma descrição mais completa do uso de transformações. para colocar o cursor no nome que você quer alterar e aperte a tecla “ENTER” . a um outro arquivo de dados de vegetação já produzido pelo programa CRIAMAT..Esta opção permite a fusão de duas matrizes.e. utilizando diversas transformações. as duas matrizes contém colunas (variáveis) diferentes e a matriz final terá um número de colunas igual à soma das colunas das duas matrizes originais. você pode querer acrescentar dados sobre composição de solo. NOMES .cabeça . aperte “ENTER” e o programa volta à lista de nomes de colunas ou linhas. PgDn.Com esta opção. permitindo que você inspeciona. aperte a tecla “ESC” para voltar ao menu de manipulação de dados.Elimina permanentemente linhas ou colunas. que estão num arquivo já existente. Funciona da mesma maneira que o comando de mascarar. e pode altera-lo utilizando as teclas normais de edição.Este comando pode ser utilizado para transpor a matriz (tornar as colunas linhas e as linhas colunas). e normalmente você sempre deve utiliza-la. Este arquivo tem que ser um arquivo em formato FITOPAC. Depois. Quando você seleciona esta opção. carregue primeiro a matriz de dados de vegetação e depois utilize esta opção para acrescentar os dados de solo. criar uma matriz de coeficientes de semelhança entre as variáveis. produzindo um arquivo final que contém uma matriz com ambos os conjuntos de dados. ou manipula os dados. matriz 1 1111 1111 matriz 2 2222 2222 matriz final 1111 1111 2222 2222 22 . mas os itens eliminados não podem ser restaurados. Para fundir as duas matrizes.lado ao lado B . fornecendo um mecanismo para criar matrizes que combinam dados de diferentes tipos.

o programa avisa e preenche as linhas vazias da matriz menor com “dados faltando”. pode utilizar os recursos de exportação do programa “MATRIZ” para transferir seus dados a uma planilha comercial. Caso você queira acrescentar poucos dados e prefere entrá-los diretamente. Quando chama a planilha. Os nomes das colunas estão na primeira linha da tela e os nomes das linhas na primeira coluna. você pode ampliar uma matriz de uma maneira bastante flexível. Se não quiser usar este nome. bate outro. e o nome sugerido é satisfatório. pode imprimir na impressora utilizando os comandos normais do DOS como “PRINT” ou “COPY”.Utilizando FITOPAC Assim. ??. uma alternativa é de utilizar a planilha e as facilidades que esta tem para acrescentar linhas ou colunas individuais. só precisa usar a tecla “ENTER”. É importante notar que no caso de fusão “lado ao lado”. manipulá-los e importá-los de novo. Se não estiver. Caso haja qualquer diferença em nomes de colunas ou linhas. ou altera o nome. IMPRIME . se quiser mandar diretamente para a impressora. utilizando o menu de comandos. De novo.mas permite uma série de operações simples além de entrada e inspeção da matriz.deixar o módulo de modificação de matriz e voltar ao programa principal. Que tipo de análise você pretende fazer com estes dados ? As matrizes realmente podem ter números diferentes de linhas ? Não ocorreu algum tipo de erro ? O programa também avisa se os nomes das linhas não são iguais.cauda”.Imprime a matriz ou diretamente na impressora ou dentro de um arquivo que pode ser impresso mais tarde. As colunas vazias da matriz menor serão preenchidas com “valor faltando”. mas o número de colunas visíveis na tela será reduzido. bate “PRN” em vez do nome do arquivo. CONTINUE . 23 .não é comparável com “Lotus 123” ou “Quattro” . Mais tarde. No caso de fusão “cabeça . o programa perguntará o nome do arquivo para a impressão da matriz. e a matriz vai ser “impressa” no arquivo. os nomes utilizados na matriz final são os nomes do primeiro arquivo. A planilha permite :• • • • • • • • Inspecionar a matriz Entrar e corrigir dados Mascarar/eliminar linhas/colunas Transformar linhas/colunas Ordenar a matriz usando uma coluna como chave de ordenação Ordenar a matriz utilizando nomes das linhas como chave Adicionar linhas/colunas Inserir linhas/colunas A planilha não possui facilidades para o uso de formulas. Os nomes das colunas podem ser truncados se estão compridos e as colunas estreitas. As mesmas observações valem para este caso. Usando a planilha A planilha fornecida no FITOPAC é bastante rudimentar . Se quiser. O nome preestabelecido pelo programa é o nome do arquivo de entrada com a extensão “LST”. Se você quer mandar a impressão para um arquivo. Se você precisa de manipulações mais sofisticados. o número de colunas nas duas matrizes deve ser igual. o programa avisa se há qualquer diferença em número de colunas ou diferenças nos nomes das colunas. o número de linhas nas duas matrizes deve ser igual. mas você deve ser muito cauteloso no uso da matriz resultante. pode mostrar o nome completo ampliando a largura da coluna. Quando seleciona esta opção. verá na tela uma representação da matriz semelhante àquela na fig.

se você utilize uma largura de coluna muito grande. como em Lotus 123.400 0.100 0. aparece um menu oferecendo várias opções:A .400 2.800 0.100 0.6 exemplo da tela da planilha O resto da tela contém células com os valores numéricos da matriz.250 0. que marca a célula atualmente ativa. vão caber poucas colunas na tela.800 1.100 5.100 1. portanto.200 M.600 0.900 1.270 0. Qualquer ação de edição ou alteração de conteúdo da matriz ocorre na célula ativa indicada pelo cursor. mas existem algumas diferenças no efeito de algumas teclas. de decimais E .400 3. Os comandos utilizados pela planilha são semelhantes aqueles das planilhas comerciais. Ao selecionar esta opção.600 0. No. Ctrl PgUp e Ctrl PgDn mudam o cursor até a primeira ou última linha da matriz respetivamente. Ctrl → e Ctrl ← mudam uma tela para direta e esquerda respetivamente.400 4. 24 .290 0.230 0.200 4.100 2.600 1a 1b 1d 2c 2b 4d 5b 5c 5d 5e 6c 7c Fig.Colunas B .700 0.800 2.800 2.300 4. Note que a posição do cursor também é indicada por uma mudança na cor dos nomes da linha e coluna correspondentes.350 0. Esc saia da planilha e volta ao menu de manipulação de dados.010 0.400 2.400 1.400 4.800 3. etc. Note que esta opção não afeta a acuracia de armazenamento dos dados que continua inalterada.100 0.240 Ca -0 0.800 3. de decimais permite controlar o número de casas decimais mostradas na tela.700 0. eliminando o valor atualmente presente.200 0. Enter abre uma janela de edição que permite editar o valor presente na célula ativa. com uma destas células contendo o cursor.200 4.500 0. você precisa posicionar o cursor em cima da célula desejada e só depois começar a editar o valor.500 Mg -0 0.600 2.200 4. Largura das colunas altera a largura das colunas na tela.O. Os outros recursos da planilha são acionados pelo uso da tecla “/”.. sem apagá-lo completamente. Home muda o cursor até o início da linha na tela End muda o cursor até o fim da linha na tela Ctrl Home muda o cursor para o início da linha da matriz Ctrl End muda o cursor para o fim da linha da matriz + − 0.100 0.800 2.600 0. PgUp e PgDn mudam uma tela para cima e para baixo respetivamente.600 3.230 0. Para alterar algum dado.600 4.FITOPAC 1 pHCaCl4.800 3.9 começa entrar um número na célula ativa. ou quer ver os nomes das colunas. / chama o menu de outros comandos disponíveis na planilha.800 1.800 3.Linhas C .Ordenar matriz por nome de amostra Colunas e Linhas ativam outros menus que permitem operações com a coluna ou linha atualmente ativa (veja abaixo).Ordenar matriz F .700 1.No. Porém. se você precisa ver dados numéricos com mais precisão.100 0. As teclas usadas são os seguintes :↑ ↓ ← → as teclas de seta mudam a posição do cursor. o programa perguntará quantas casas decimais você quer utilizar.290 0. ? entra “valor faltando” na célula ativa.200 0.000 P -0 2. Quando aperta esta tecla.100 4. -0 1.400 4.100 K -0 0.100 0.500 1.240 0.Largura das colunas D .400 0.800 5.200 4.300 0.700 0.000 4.100 0.1. caso sejam muito compridos. na direção indicada.300 4.200 4.100 4.290 0. representado por caracteres com cores invertidos na tela.

Aterar nome ADICIONAR . ordenando ambas pelos nomes das amostras assegura que as amostras estão nas linhas correspondentes das duas matrizes antes de tentar juntá-las.Adicionar B . Permite o acerescimo de uma linha/coluna à matriz quando você precisa adicionar mais dados. mas ainda está presente na matriz e pode ser desmascarada utilizando as facilidades do menu de manipulação da matriz.Transformar F .insere uma linha/coluna imediatamente antes (à esquerda ou acima) da célula ativa indicada pelo cursor. Estas são :A . Esta opção pode ser útil quando você tem duas matrizes com as amostras em ordens diferentes e quer juntá-las para criar uma única matriz. pode inserir linhas/colunas no meio da planilha.permite mascarar a linha/coluna ativa.use com cautela ! TRANSFORMAR .Eliminar E .Inserir C . em ordem ascendente ou descendente. utilizando o conjunto padrão de transformações (veja a seção “transformações"). ELIMINAR . Quando você seleciona as opções de operações com linhas e colunas. Esta linha/coluna não será gravada/impressa. MASCARAR . o programa vai perguntar qual coluna deve ser usada como a chave secundária. A chave primária é a coluna atualmente ativa (onde o cursor está localizado) e é a coluna usada para fazer a ordenação básica enquanto a chave secundária serve para ordenar quando tem valores iguais na chave primária.aplica uma transformação à linha/coluna selecionada.e após a última linha/coluna na planilha. abrindo uma janela de edição. INSERIR .permite modificar o nome da linha/coluna.Utilizando FITOPAC Ordenar matriz permite ordenar as linhas da matriz de acordo com os valores contidos na coluna ativa. etc. verá um menu suplementar mostrando as operações que podem ser feitas com linhas e colunas individuais. Ordenar matriz por nome de amostra permite ordenar a matriz utilizando os nomes das amostras como chave para ordenação.Mascarar D . Transformações Ao selecionar a opção “transformações” dentro do menu de manipulação de matrizes.elimina a linha/coluna da matriz. Portanto. Não pode ser recuperada posteriormente . o programa vai abrir um novo menu de transformações :- 25 ..adiciona mais uma linha/coluna no final da planilha i. Neste caso. ALTERAR NOME . Ao selecionar esta opção.

xmin/(xmax-xmin)] P .: 0 Sanata Genebra survey soil data set. 39 soil variables for 40 samples.xmin] S .subtrair um constante [x . no final deste capítulo.multiplicar por um constante [x * c] L .escolhe o tipo de transformação a ser aplicada.p. F3 Selecionar.estandardizar [(x . a direção de transformação é indiferente.por coluna ou por linha. de variaveis : 39 [0] Tipo de transformaçao : nenhuma Direçao : Coluna No.p. de parcelas : 40 [0] no.raiz quadrado [√x] D .“ranging” [x . F4 Impressora. -----------------------------------------------------------------F1 Ajuda..] N .dividir pelo desvio padrao [x/d.selecionar as colunas ou linhas a serem transformadas .xmed.indique a direção de transformação . F10 Sair DIREÇAO . de itens selecion. etc. 26 .FITOPAC 1 Direçao Selecione tIpo Transforme Continue transformar por coluna ou por linha ------------------------------------------------------------no.raiz quadrado + constante [√(x + c)] E .logaritmo natural + constante[ln(x + c)] G .c] K .repor valor faltando com media U .proporçao [x/Σx] O .x] M .depende da resposta ao item anterior. SELECIONE .arcoseno [arcsen¹(x/Σx)] J .x] Q .reciproco [1/x] B . 40-60 cm and 80-100 cm.logaritmo comun + constante [log(x + c)] I .subtrair o valor minimo [x .dividir pelo valor maximo [x/xmax] R . Para transformações como logaritmo. Abre um menu oferecendo diversos tipos de transformação :Transformaçoes simples A .logaritmo natural [ln(x)] F . F5 Gravar config.quadrado [x²] C .converter em presencia/ausencia As definições das transformações podem ser encontradas na seção “Notas técnicas”. each with 3 levels : 0-20 cm.centragem duplo T .xmed)/d.logaritmo comun [log(x)] H . TIPO . mais para outros como estandardização é de vital importância.centrar [x .

também. Os símbolos podem ser alterados de duas maneiras . os programas esperem até que você bate uma tecla para continuar. Em programas que mostram gráficos de dispersão (PARAMS. 27 . abre uma tela :Arquivo Variável Símbolos cOres Tamanho fiXo Continue O comando “Variável” fica disponível somente depois de escolher um arquivo. onde diferentes grupos podem ser destacados ou uma terceira variável pode ser sobreposta. e oferecer uma série de opções. Note. antes de mandar imprimir o gráfico. e que são iguais para todos os pontos e 2) símbolos variáveis. com cada ponto é diferente dos outros. No caso de arquivos de dados binários. FITOPAC não tem facilidades para combinação de variáveis ou cálculo de fórmulas (Se você precisa. não posso verificar quais impressoras funcionam. Se quiser mandar a imagem para um arquivo (por ex. permitindo um alto grau de flexibilidade na aplicação das transformações. Pelo uso dos comandos nesta opção. e que utiliza os códigos de comando de “Epson” (por ex. Não é possível discutir a aplicação e propriedades de cada tipo de transformação aqui . será armazenada na forma de números reais. na forma de tamanho de símbolo. se você tem uma impressora que tem um modo gráfico equivalente ao modo gráfico densidade dupla das impressoras “Epson”. É possível aplicar uma série de transformações em seqüência no mesmo grupo de variáveis.transformar as linhas/colunas selecionadas com a transformação escolhida. e bate um “P"). que a imagem é mandada diretamente para a impressora e não para um arquivo. existe esta opção que permite alterar os símbolos utilizados no gráfico em diversas maneiras. Esta transformação não é usada com muito freqüência e normalmente seria utilizado quando você quer combinar matrizes contendo dados quantitativos e binários. e que deve funcionar em praticamente qualquer impressora. a imagem na tela é mandada para a impressora. verifique no manual se a sua impressora pode utilizar o código Esc 'L' n1 n2 (onde n1 e n2 indiquem quantos bytes de caracteres gráficos vão seguir). Note que a matriz resultante precisa obedecer os limites para número de colunas para uma matriz quantitativo. mais ou menos na forma vista na tela. Repare que precisa acionar este comando para realizar as transformações ! CONTINUE . Impressão de Gráficos Diversos programas no pacote produzem gráficos na tela . diagramas de dispersão. Se não pode utilizar este código. e os comandos “Símbolos” e “cOres” depois de escolher uma variável. Esta última opção permite a produção de gráficos mais sofisticados. depois desta transformação. consulte Grieg-Smith (1983) ou Legendre & Legendre (1983). pois. Estes podem ser impressos.voltar ao menu anterior (modificação de matriz) Quando a tela de transformações é acionada. no caso de querer várias cópias). o programa se mantém neste modo até que você selecione o comando continue. sua cor e tamanho podem ser controlados de acordo com uma (ou mais) variáveis fornecidos à partir de um arquivo do tipo “FPM”. Se sua impressora não produz gráficos.Utilizando FITOPAC TRANSFORME .por ex. Ao escolher esta opção. Como não tenho acesso a muitos tipos de impressora. pode usar uma planilha e depois importar os dados). Quando um gráfico é apresentado na tela.se você tem dúvidas. impressoras “Rima"). Se você bate Ctrl-P (segure a tecla “Ctrl. Isso permite a aplicação de diversas transformações na mesma matriz de dados.1) símbolos fixos. etc. ORD). Note que a impressora tem que estar ligada. na maioria dos casos existe uma opção para produzir um gráfico alternativo utilizando somente os caracteres normais da impressora. No caso de ter problemas com esta facilidade. que podem ser especificados junto com sua cor e tamanho. não será possível usar este método de imprimir gráficos. cor e tipo de símbolo usado. onde o símbolo usado. e com papel. existem alguns programas utilitários que interceptam listagens para a impressora e armazenam os dados num arquivo. ou aplicar diferentes transformações em diferentes grupos de variáveis ou em variáveis individuais. você pode alterar o tamanho. Modificando símbolos em gráficos de dispersão. a única transformação disponível é de transformar a matriz para uma matriz de dados quantitativos. ou não usa códigos “Epson”.

CORES . esta opção deve ser utilizado com variáveis que representam valores inteiros . Caso contrário.esta opção tem um efeito semelhante ao anterior. deve ter uma linha para cada ponto. 5.. mas de vez em quando pode ser útil..× -i.. 8. A alocação das cores segue a seguinte padrão :- cor azul claro verde claro ciano claro vermelho claro magenta clara amarelo branco marrom grupos 1.. que as 28 .FITOPAC 1 ARQUIVO ..8. grupo 1 será representado pelo símbolo “¡“.. utilizá-la para modificar por ex.. Para evitar esta situação.22.20. 8 vai repetir o mesmo símbolo usado para grupo 1.. É disponível somente com adaptadores de vídeo do tipo EGA ou VGA.. etc.∇. 6.. 5. 2.. Se você aplica uma variável continua.19.15..e. de uma maneira semelhante aos símbolos.¡.∆. 3. o ciclo começa a repetir..10.. e.+. VARIAVEL .23.14.u.. 4. SIMBOLOS .12. Repare... De novo. Você pode escolher uma variável.15.11.. a repetição dos símbolos ou cores pode resultar em confusão pois o mesmo símbolo ou cor seriam utilizados em mais que um grupo. mas neste caso com 8 cores disponíveis. inclusive... portem. o programa vai truncar o valor e tratar a parte inteira do número como um número inteiro . de tal maneira que grupo no.11. mas com outra cor... dando a seguinte seqüência :- símbolo ¡ o ∆ ∇ u + × grupos 1. é possível diferenciar até 56 grupos diferentes antes de começar a repetir as combinações de símbolo e cor...9.18.16.i. Normalmente. 4. as cores são aplicadas de uma maneira cíclica.. não recomendo o uso de variáveis continuas aqui (tamanho de símbolo é mais apropriado .escolhe uma variável do arquivo que será representada no gráfico na forma de símbolos diferentes..por ex..10.o.21. cores diferentes ou qualquer combinação dos três..99 vira 10.13..20... 7..... 4. 7..17. Em geral. Assim. As diferentes variáveis podem..14.18. No caso de ter grupos numerosos. Repare que o número de linhas neste arquivo deve ser idêntico ao número de pontos no gráfico .. Os símbolos usados são aplicados na ordem . o programa dará uma mensagem de erro e não vai aceitar o uso do arquivo escolhido.21.. O arquivo pode conter 1 ou mais variáveis que contem informações suplementares ou complementares aos dados usados para produzir o gráfico...escolhe um arquivo “FPM” que contem dados que você deseja representar no diagrama de dispersão atualmente ativo. Variáveis contínuas são tratadas da mesma maneira.19. normalmente deve utilizar uma variável que contem somente números inteiros.12.32 vira 4 e 10..16..17.13.. os símbolos e depois voltar e escolher uma outra variável para controlar a cor ou tamanho dos símbolos. vir de diferentes arquivos. 3.24. 2. você pode aplicar símbolos e cores ao mesmo tempo. grupo 2 por “o“. escolhidos utilizando o comando anterior. mas neste caso muda a cor do símbolo. Quando chega em grupo 8. Este tipo de gráfico é particularmente útil em ordenação quando se deseja comparar os resultados de uma ordenação com os resultados de uma análise de agrupamento. 6..veja abaixo).por exemplo uma variável que representa o grupo ao qual o ponto pertence após uma análise de agrupamento (um arquivo deste tipo pode ser produzido no programa “CLUSTER”).9.utilize símbolos diferentes para os pontos de acordo com o valor na variável escolhida no comando anterior.e.

e o sistema de numeração das espécies e famílias é uniforme. pode responder B:SAOJOSE para o arquivo de entrada e A:SAOJOSE para o arquivo de saida. ligação completa) e o tamanho dos símbolos representa os escores dos indivíduos no terceiro eixo. as cores representam os grupos obtidos com uma segunda análise de agrupamento (por ex.Utilizando FITOPAC cores serão perdidas quando a tela é impressa utilizando Ctrl-P. Portanto. porém. e deve ser adequado para a maioria de estudos práticos. sugere-se que seja dada uma numeração do tipo A1. os símbolos representam os grupos obtidos com uma análise de agrupamento (por ex. Neste caso. ou para restaurar o padrão normal depois de aplicar uma das opções anteriores. um único arquivo de nomes pode servir para uma ampla série de levantamentos. pode utilizar símbolos. desde que você não exagera ! Levantamentos grandes. precisam ser feitas somente uma vez. 2) Pode criar arquivos de dados separados para cada levantamento e depois combiná-los. vindo de três arquivos diferentes. esta versatilidade pode ser útil.8000 indivíduos).. e não recomendo que você tenta mostrar tantas informações no mesmo gráfico. desde que eles utilizam o mesmo arquivo de nomes e a mesma numeração das espécies. e difíceis de interpretar. ou algo semelhante. será necessário quebrar os dados em blocos de 400 ou menos parcelas. cores e tamanhos simultaneamente. gráficos com muitos grupos logo ficam muito confusos. B1.Este comando permite escolha de símbolo. Se você normalmente usa drive A: para o programa. mais é provável que este limite ficará para outros tipos de análise. com três variáveis diferentes. seria possível produzir um gráfico de dispersão onde os dois eixos representam os primeiros dois componentes. FITOPAC pode ser utilizado para levantamentos de vários tamanhos. é mais facil criar um único arquivo de nomes para todos os levantamentos da área. embora o uso de disquetes que alta densidade permitem levantamentos mais extensos (mas a leitura é l-e-n-t-o !). FIXO . embora também pode ser usada com variáveis inteiras. Esta opção é melhor para variáveis contínuas. mas. pelo menos no cálculo de parâmetros fitossociológicos. 1. 3) O limite em número de parcelas (atualmente 400) deve ser suficiente para a maioria dos casos. e aceitam tranqüilamente duas ou mais parcelas ou pontos no. etc. 1000 espécies para PARAMS e 250 espécies para programas que usam uma matriz de parceles x espécies). Embora os programas não utilizam diretamente a numeração das parcelas ou pontos que você indica. Quando se aplica este comando. Pretende-se tentar ampliar os limites para permitir o uso de levantamentos maiores. fica difícil distinguir várias parcelas com a mesma numeração nas listagens. algumas “dicas” ajudam :1) Quando você vai ter uma série de levantamentos dentro de uma mesma área. com diversas amostras com composições semelhantes. etc. após ter carregado o programa. e mandar todos os arquivos de resultados para este disquete. cor e tamanho e aplica uma combinação fixa para todos os pontos. permitindo combinar arquivos sem problemas. Se tiver mais. A2. o programa divide a variável em 10 faixas iguais e utiliza um tamanho de símbolo diferente para cada faixa.. às vezes. média de grupo). devido às limitações de memória em computadores tipo IBM-PC. Na prática. você pode tirar o disquete do programa. onde a letra indica o levantamento individual e o número a parcela ou ponto dentro do levantamento. Desta maneira. Desta maneira. e depois juntar os dados dos blocos a mão. Por ex. Como um arquivo de nomes pode conter até 1000 espécies. Pode ser utilizada para mudar o padrão pré-fixada do programa. caso precisa fazer um resumo da área inteira. 29 .este comando utiliza a variável escolhida para determinar o tamanho do símbolo do ponto correspondente. caso você não gosta deste. não recomendo gráficos complexos deste tipo porque sua interpretação é muito difícil. é melhor não especificar os arquivos na linha de comando . calcular parâmetros para cada bloco. TAMANHO . Se você precisa usar um micro que só tem discos flexíveis com um levantamento onde o arquivo de dados não deixa espaço para resultados. Em geral. colocar um disquete vazio no seu lugar. B2. No caso de levantamentos mais extensas ou mais complexas. dentro de uma ordenação utilizando PCA. Você pode utilizar estes comandos para produzir gráficos relativamente complexos. 4) Levantamentos grandes praticamente exigem o uso de um disco rígido (o limite para um disquete flexível de 360 Kb é algo em torno de 7 .bate somente o nome do programa e espera o programa perguntar o nome dos arquivos de entrada e saida. embora o número de espécies aceitável para um dado levantamento é limitado (no momento. qualquer mudanças em identificações.

Ocorreu algum problema de “hardware” i.e com a parte física do computador.não é um erro do programa em si.FITOPAC 1 Mensagens de Erro Em geral.Geralmente indica que o disco está cheio. uma cópia dos dados sendo analisados ajudarão a encontrar o problema. Também causado por problemas no drive ou com a gravação do arquivo sendo lido. ou disco danificado. Favor avisar autor ! Erro de leitura (Erro de CRC) no disco . Desta maneira. utilize a tecla F3 para mostrar o conteudo do diretório.Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais. Erro de procura no disco . o programa também oferece uma série de opções.Não tem papel na impressora. mas o uso de MS-DOS v. Erros gerais Memória insuficiente .O programa não conseguiu localizar alguns dados dentro do arquivo sendo lido. Disquete protegido . Este erro ocorre quando não tem memória RAM suficiente para a análise desejada. ou que ocorreu algum outro problema quando o programa tentou gravar um arquivo. Veja manual de DOS. Alguns destes erros podem ser resultado de algum erro interno do programa e neste caso devem dar uma mensagem avisando que você deve entrar em contato com o autor do programa. Este erro é causado por problemas físicas de leitura . Normalmente não deve ocorrer se você tem 640 Kbytes de RAM .O programa não conseguiu localizar o arquivo indicado. N Erros com arquivos Arquivo não foi encontrado . Erro de leitura de “hardware” . Este contato é importante porque me avisa que existem problemas dentro do programa e que preciso tomar medidas para corrigí-las.O programa tentou escrever para um disquete com selo de proteção ("write protected"). Quando ocorre este tipo de erro. você pode contribuir para melhorar os programas ou pelo menos avisar outros que o problema existe.. Setor não encontrado . Neste manual. Uma copia da tela com a mensagem. o símbolo N indica um erro fatal. Rota invalida .Problema de formatação do disco. Na maioria dos casos. Em muitos casos.e não param o programa. 4 pode criar problemas pois utiliza mais memória do que as versões anteriores ou posteriores.protegido ou diretório cheio ? . Verifique que o nome e diretório estão corretos. Se necessário. mas alguns erros são mais sérios e podem parar a execução.A rota ("path") não existe ou por algun motivo não é valida. Coloque um disquete ou feche a porta e mande gravar de novo. 30 . as mensagens de erro são descritas dentro de cada capítulo descrevendo o programa sendo usado. Consulte manual de DOS. Numero de arquivos abertos excessivo . Nas descrições seguintes. os erros são interceptados pelo programa e não são “fatais” . junto com uma descrição da análise sendo feita e. Erro de gravação no disco . quando apropriado. Possíveis causas são sujeira no cabeçote do drive ou algum problema mecânica ou eletrônica no drive ou placa controladora.Indica um erro que ocorreu quando o programa tentou ler um arquivo no disco. Retire o selo de proteção e mande gravar de novo. Pode ocorrer se usar o nome de um arquivo protegido ("read only") ou quando o diretório está cheio (provável somente em disquetes de 360 KB).i. Favor avisar autor ! Acesso ao arquivo negado . Drive nao esta pronto .Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais.Ocorreu algum problema de “hardware” i. Terminando execução. se possível. Codigo de acesso invalido . mas para opções comuns a diversos programas são descritas aqui. Impressora sem papel .. indicando o erro com uma mensagem dentro de uma janela de erro. os programas tentam detectar diversos tipos de erros nos dados e nas respostas fornecidas pelo usuário. o programa vai parar pois não é possível guarantir a continuação da análise sem corrupção da memória RAM. (na leitura do disco) Falha de “hardware” . especificando como o erro deve ser corrigido.Indica um erro no programa que não deve ocorrer em circunstâncias normais.e com a parte física do computador.Não tem disquete ou a porta do drive está aberta.O programa não obteve autorização do DOS para escrever neste arquivo. Verifique a rota. Favor avisar autor ! Nome do arquivo nao foi “assigned” .

produz um erro valor 0 L valor -vo L * L * L * L xmin = xmax outros L * L * L ? L L soma = 0 dp = 0 max = 0 todos faltando * ? . Embora o programa deve detectar a maioria dos possíveis erros com transformações. Por exemplo. opções para abandonar a transformação ou repor valores problemáticos com “dados faltando”. variáveis onde o máximo é igual ao mínimo são duvidosas.interpretação duvidosa * . pois na realidade não são variáveis e não acrescentam informações. Em geral.depende do constante Em geral. e o tipo de erro detectado pelo programa :- 31 . As mensagens de erro começam com uma tela indicando as variáveis onde um possível erro foi detectado. não é permitido calcular raiz quadrado ou logaritmo de números negativos. possivelmente indicando que houve algum erro. então. o módulo de transformações tenta detectar erros potenciais antes de aplicar a transformação e emita uma mensagem de erro se encontrar algum problema. Geralmente oferece. você deve verificar seus dados com cuidado para ter certeza que as transformações que pretende aplicar são válidas e que podem ser aplicadas ao tipo de dados contido na sua matriz.Utilizando FITOPAC Outros erros comuns filtros manipulando matrizes planilha transformações Diversos tipos de erros são possíveis durante o processo de transformação. ou podem ser eliminadas. Os tipos de erros detectados são resumidos na tabela abaixo : transformação reciproco quadrado raiz quadrado raiz quadrado + constante logaritmo natural logaritmo natural + constante logaritmo comum logaritmo comum + constante arcoseno subtrair um constante multiplicar por um constante estandardizar centrar proporção "ranging" dividir pelo desvio padrão dividir pelo valor máximo subtrair o valor mínimo centragem duplo repor valor faltando com media converter em presencia/ausência L .

substituir erros com “valor faltando” B . então todas as observações para aquela variável teriam que ser descartadas. aparece um menu oferecendo opções disponíveis para contornar os erros ou abandonar as transformações :Açao desejada?. . menos que 2 dados válidos . = min.a variável contem um zero e para a transformação atual isso não é permitido (por ex. Esta opção não está disponível em algumas circunstâncias . Isso pode acontecer em casos onde você está mascarando diversos linhas de uma coluna que tem muitos dados faltando e se.com estandardização ou divisão pelo desvio padrão. ESCOLHER UMA NOVA TRANSFORMAÇÃO . max. Os principais tipos de erro detectados são os seguintes :nenhum dado válido . desvio padrão = 0. com recíproco).0 .para transformações onde nenhum destes valores é permitido (por ex. Pode ser resultado de algum erro ou um efeito de mascarar as únicas observações que tinham valores diferentes.transformar somente aquelas variáveis onde não foram encontrados erros.coloca valor faltando em cada célula da matriz onde a condição de erro for encontrado (dentro das colunas/linhas selecionadas). valor de zero ou negativo encontrado .volta à tela anterior (geralmente a de modificação de matriz).por ex. VOLTAR AO PROGRAMA PRINCIPAL . soma = 0. valor de zero encontrado . TRANSFORMAR VARIAVEIS SEM ERROS . 32 . Útil quando você errou na transformação que queria usar . -0 : valor de zero ou negativo encontrado Mg -0 : valor de zero ou negativo encontrado Após a listagem das variáveis problemáticas. você deve usar log + constante e não log simples.a variável contem um valor negativo.por exemplo com uma matriz contendo zeros. deixando as variáveis com erros não transformados. Os programas normalmente não oferecem esta opção nestes casos.o variável contem somente “valor faltando”.volta à tela de transformações para poder optar para uma nova transformação. A . se você quer examinar ou corrigir a matriz com a planilha). as linhas mascaradas são justamente aquelas com dados válidos.não há variação . o que não é permitido para a transformação atual (por ex.escolher uma nova transformaçao C .a soma dos dados nesta variável é zero (com proporção).0 .a transformação necessita de dois ou mais valores válidos (por ex.com divisão pela máxima indica que o valor máxima encontrado nesta variável é igual a zero e não pode ser usada para divisão. por acaso. abandonando as transformações por enquanto (por ex. máximo = 0.transformar somente variaveis sem erros D .O. valor negativo encontrado . indica que não há variação nos valores desta variável. se o desvio padrão para uma variável for 0.. dividir por desvio padrão).FITOPAC 1 logaritmo natural : Possiveis erros na transformaçao ? pHCaCl-0 : valor de zero ou negativo encontrado M.voltar ao programa principal Estas opções tem os seguintes efeitos :SUBSTITUIR ERROS COM “VALOR FALTANDO” . Geralmente ocorre porque foram mascaradas os poucos dados válidos dentro de uma variável com muitos dados faltando.o valor máximo é igual ao mínimo nesta variável.0 . raiz quadrado).. logaritmo). Pode ser resultado de algum erro ou um efeito de mascarar as únicas observações que tinham valores diferentes.

Portanto. Xmax o valor máximo da coluna j. No caso de transformação de uma matriz binária em matriz de números reais.A matriz binária tem um número de colunas maior que o limite permitida para matrizes de dados contínuos (que são armazenadas como números reais). a única mensagem de erro é :Número excessivo de [colunas] . sj o desvio padrão da coluna j. Yij o valor produzido pela transformação. Notas Técnicas transformações As transformações utilizadas no módulo de manipulação de matrizes podem ser representadas da seguinte maneira (onde Xij é o valor na matriz original para linha i e coluna j. Esta cautela deve ser aumentada mais ainda quando tem muitos dados faltando na matriz. ∑ X é a soma dos valores na coluna j.C multiplicar por um constante Yij = Xij * C Xij estandardizar Yij = raiz quadrado + constante Yij = Xij + C centrar X −X s ij j j logaritmo natural Yij = ln(xij) logaritmo natural + constante Yij = ln(Xij + C) logaritmo comum Yij = log(Xij) Yij = proporção Yij = X −X ij j X ∑X ij "ranging" logaritmo comum + constante Yij = log(Xij + C) Yij = X −X X −X ij max min min 33 . e onde os componentes restantes tem valores muito diferentes daqueles que foram mascarados. X j é a média da coluna j. A única saída é de eliminar as colunas que excedem o limite ou criar mais que uma matriz. a causa mais comum de problemas é a aplicação de transformações em variáveis onde diversos componentes foram mascaradas. Xmin o valor mínimo da coluna j e C é um constante especificado pelo usuário) :recíproco Yij = arcoseno 1 Xij Yij = arcsen ( X ) ∑X ij quadrado 2 Yij = Xij raiz quadrado Yij = subtrair um constante Yij = Xij . Conversão não é possível. .Utilizando FITOPAC Em geral. é importante usar as facilidades para mascarar linhas ou colunas com bastante cuidado quando você pretende transformar uma matriz.

X s ij j dividir pelo valor máximo Yij = X X ij max subtrair o valor minimo Yij = Xij . 34 . estandardizar. Normalmente. a direção não altera o resultado. para as transformações arcseno. as mesmas definições podem ser usadas. todos os casos de “valor faltando” são substituídos pelo valor da média da coluna. proporção. Ao escolher esta opção.Xmin centragem duplo Yij = Xij − X j − Xi + X . substituindo linha por coluna em cada. o programa pede o valor máximo que deve ser usado para “ausência”. permitindo que casos com valores faltando podem ser utilizados em análises que normalmente não permitem. este constante pode ser deixado como 0. dividir pelo máximo e repor valor faltando com média. de acordo com as necessidades da análise que pretende usar. converter em presencia/ausência Esta transformação permite transformar uma matriz de valores reais (variáveis contínuas) em matriz binário. dividir por desvio padrão. Para as transformações restantes. “ranging”. mas em alguns casos você pode querer usar outro valor. centrar. onde X é a média geral para todos os valores da matriz No caso de transformações por linha.FITOPAC 1 dividir pelo desvio padrão Yij = repor valor faltando com media Nesta transformação. e qualquer célula da matriz que contém um valor igual ou menor será tratada como “ausente” (0).

& Legendre. Amsterdam. 1983. 1983. 35 . Numerical Ecology.Utilizando FITOPAC Bibliografia Grieg-Smith. Elsevier. Legendre. P. P. Quantitative Plant Ecology. L. Blackwell. Oxford.

descrevendo os indivíduos encontrados durante o levantamento.por ex. este programa é essencial para preparar os dados de um levantamento para serem analisados com FITOPAC. PREPARE é capaz de ler e transformar dados para os seguintes tipos de levantamento :• Levantamentos usando parcelas (quadrat survey) • Levantamentos usando quadrantes (point-centered quadrants) Para uma descrição destes métodos. colocando a rota para cada arquivo antes do nome se estiveram em diretórios diferentes. Como exemplo. Desta maneira. você normalmente precisa especificar três arquivos. É importante notar que PREPARE cria dois arquivos temporários enquanto está processando os dados. portanto. é necessário bater somente PREPARE <NOME> e o programa vai buscar e criar os arquivos necessários automaticamente . Se você utiliza o conjunto padrão para os nomes dos arquivos. o programa também verifica certos aspectos dos dados.. Normalmente.FPD será criado automaticamente.PREPARE <NOMES> <DADOS> <SAIDA>. Existe também a opção de produzir um arquivo “ASCII” que pode ser lido por outros programas ou pacotes como “SYSTAT” ou “Lotus 123”. para entender os tipos de erro que o programa pode encontrar. geralmente com a extensão “NMS” e 2) os dados numéricos. geralmente com a extensão “DAD”. Além de converter o formato dos dados.FPD” do FITOPAC que serve como entrada para programas como “PARAMS” e “CRIAMAT” ou um arquivo ASCII contendo informações que podem ser lidos por outros programas como “SYSTAT”. existem muitas possibilidades para erros nos arquivos de dados crus. mas é essencial que exista espaço suficiente no disco para gravar estes arquivos além do arquivo “FPD” final. se você criou SAOJOSE. tentando detectar possíveis erros. “PREPARE” utiliza como entrada dois arquivos ASCII contendo 1) os nomes das famílias e espécies encontrados no levantamento. Permite ler um arquivo de dados crus que essencialmente seguem o formato usado para coletar os dados no campo e transforma este arquivo no formato mais ordenado e padronizado utilizado para os outros programas do pacote. “dBASE” ou “123”. pode bater PREPARE SAOJOSE. Estes arquivos (que tem a extensão “TMP") normalmente são removidos pelo próprio programa no fim de processamento e não são “visíveis” para o usuário. e é provável que você encontra diversos tipos de mensagens de erro durante o uso deste programa.PROGRAMA PREPARE Função O programa “PREPARE” tem a função de ler os dados para levantamentos utilizando arquivos preparados pelo usuário e converter estes dados no formato padrão usado pelos outros programas do FITOPAC (formato FPD). Caso você queira utilizar nomes diferentes para cada arquivo. A estrutura e preparação destes arquivos é descrito no capítulo “Preparando dados para FITOPAC”. Introdução Este programa é a “porta de entrada” para a maioria dos usuários do FITOPAC. Brower & Zar(19??) e Krebs(19??). facilitando um pouco a tarefa e minimizando os erros que normalmente resultam quando é necessário bater os dados num formato diferente daquele utilizado no campo. Embora a função do programa seja muito simples. pode especificá-los na seguinte seqüência :. mas é evidente que não é possível detectar todos os possíveis tipos de erros. 2 de entrada e um de saída. é especialmente importante que você lê com atenção a seção sobre “detecção de erros e mensagens de erro”.DAD contendo os nomes e dados numéricos respetivamente. e o arquivo SAOJOSE. Arquivos necessários Para utilizar este programa. e as maneiras de corrigir os erros detectados. se você quer usar um arquivo de nomes “MATAS. Antes de usar este programa.NMS” no diretório . No momento. não há necessidade de seguir um formato especial para entrada dos dados. e especificando a extensão se não utilizou as extensões normais. Tentei introduzir testes para detectar os erros mais comuns. consulte Grieg-Smith(19??). O arquivo de saída produzido pelo programa pode ser um arquivo “.NMS e SAOJOSE.

de indivíduo presente. Utilização Tela principal :- Arquivos Rotas Tipo Cabeçalho Nomes Dados Verificar Fitopac ascIi Sair Escolher tipo de levantamento -------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo de nomes : GENEBRA. *nomes. centímetros/metros. F5 Gravar config. mas. em geral.DAD Arquivo saida : GENEBRA. e que acompanham os dados durante as análises posteriores.Parcelas Q . sendo impressos com as listagens produzidas por diversos programas. Ao escolher esta opção. F10 Sair As opções oferecidas no menu principal são tipo.FITOPAC . você pode especificar esta combinação na seguinte maneira :PREPARE D:\NOMES\MATAS C:\DADOS\GENEBRA C:\XYZ\G2 Repare que a ordem dos arquivos é importante ! Se não quiser especificar os arquivos na linha de comando.FPD” no diretório C:\XYZ\. As informações são fornecidas preenchendo duas telas de perguntas. Os campos descrevendo os parâmetros usados (perímetro/diâmetro.Quadrantes CABEÇALHO . é melhor completar estas perguntas pois facilitam a identificação dos arquivos posteriormente. Os dados geográficos na primeira tela não são estritamente necessários. No .FPD Rotas Rota para nomes : C:\FITOPAC\ Rota para dados : C:\FITOPAC\ Rota para saida : C:\FITOPAC\ Tipo de amostragem : parcela -------------------------------------------------------------------F1 Ajuda. os itens marcados com **.DAT” no diretório C:\DADOS\ e gravar os resultados no arquivo “G2. somente após a leitura de um arquivo de dados numéricos. F3 Selecionar. Os itens marcados * estão disponíveis somente depois de completar os dados do cabeçalho.completa as informações complementares que os programas de FITOPAC necessitam. F4 Impressora. Segue a explicação de cada opção :TIPO . o arquivo de dados “GENEBRA. Veja a seção “Preparando dados para FITOPAC” para uma discussão mais completa destes parâmetros. **dados. aparecerá um menu mostrando os tipos disponíveis Tipo de levantamento ? P .selecione o tipo de levantamento a ser processado. somente depois de ler um arquivo de nomes e os itens com ***.) são essenciais se você não utilizou o padrão preestabelecido por PREPARE (perímetro em centímetros. altura presente e coordenados X e Y ausentes). ***fitopac e ***ascii.NMS Arquivo de dados : GENEBRA. no. e neste caso precisa bater somente PREPARE. você pode usar os comandos normais para mudar arquivos e rotas dentro do programa. sem qualquer nome de arquivo.versão 1 D:\NOMES\. cabeçalho. ***verificar. etc.

Até 160 caracteres. Municipio : Município onde se localizou o levantamento. Responsavel : Bate os nomes dos responsávies para o levantamento. Estado : Sigla do estado onde se localizou o levantamento. Local : Local onde se localizou o levantamento.programa PREPARE caso de levantamentos por parcelas. Este título será impresso nas listagens de todas as análises posteriores. Latitude : 0 ° 0 ' 0 “ Sul Longitude : 0 ° 0 ' 0 “ Oeste Coordenados geográficos para este levantamento Altitude : 0. Pode ter até 160 caractéres.0 Altitude em m da área estudada 3 . os campos de comprimento e largura de parcela são obrigatórios. Também é impresso nas listagens. As telas que aparecem com a escolha desta opção são as seguintes :Dados do Levantamento Titulo : Bate um título descritivo para este levantamento. e o programa não deixa você proceder sem estas informações (são essenciais para os cálculos dos parâmetros fitossociológicos).

No final da leitura de dados aparece a seguinte tela :- * É necessário ler o arquivo de nomes primeiro porque o programa tenta verificar se os números de espécie nos dados numêricos estão consistentes com a lista de nomes.e. Não pode misturar os dois no mesmo arquivo ! Diametro/Perimetro minimo : 0.versão 1 Outras Informaçoes Comprimento das parcelas : 0. Mediu altura : Sim "Sim” se você mediu altura dos indivíduos. de individuo presente : Sim "Sim” se você está incluindo um número para cada indivíduo. Coordenados XY presentes : Nao "Sim” se você está incluindo coordenados X e Y para cada indivíduo NOMES . DADOS . Esta opção fica disponível somente após a leitura de um arquivo de nomes i. . Veja a seção “Detecção de erros e mensagens de erro” para uma descrição dos erros que podem ser detectados.ler um arquivo de dados com intercepção de certos tipos de erros. Esta opção carrega um arquivo de nomes e tenta interceptar certos tipos de erros comuns (veja a seção “Detecção de erros e mensagens de erro” para uma descrição dos erros que podem ser detectados). Os dados são lidos linha por linha e armazenados num arquivo temporário no disco antes de serem gravados no formato final com os comandos “fitopac” e “ascii”.00 Largura das parcelas : 0.FITOPAC .00 Indique o perímetro/diâmetro mínimo para este levantamento. Não é necessário ler o arquivo de nomes de novo para cada arquivo de dados . Repare que você pode utilizar o mesmo arquivo de nomes com diversos arquivos de dados. Usou Perimetro ou Diametro : Perimetro Indique se você mediu perímetro ou diâmetro dos indivíduos. nas mesmas unidades utilizadas na medição. No.ler e verificar o arquivo de nomes. Não pode misturar os dois no mesmo arquivo ! Perimetro/Diametro em Centimetros ou Metros : Centimetro Indique se mediu perímetro/diâmetro em centímetros ou metros. você precisa usar o comando “nomes” antes de “dados"*.o programa armazena os nomes até que você manda ler um outro arquivo de nomes.00 Comprimento e largura das parcelas em levantamentos que utilizaram parcelas. Esta informação é essencial para levantamentos com parcelas.

Por exemplo. você pode ter um único arquivo de nomes que você utiliza com diversos arquivos de dados e neste caso. Repare que o número de espécies e famílias apresentado se refere ao número presente no arquivo de dados e não no arquivo de nomes. Quando você seleciona esta opção. individuos no. Qualquer indivíduo que não se encaixa nestes limites é assinalada e o programa dará uma mensagem que existe um valor “suspeito” para este indivíduo.000 3.000 medio 3. pode alterar estes limites. Valores que ficam fora desta faixa são atípicos e devem ser conferidos com cuidado. familias minimo distancia diametro altura 0.0.Com este comando você pode verificar os dados antes de grava-los no arquivo final. uma altura máxima de 60 m para um levantamento de cerrado seria um tanto suspeito.000 35.788 Esta tela é muito importante e deve ser lida com cuidado pois oferece uma oportunidade para descobrir eventuais erros que o programa não foi capaz de detectar. é normal que os arquivos de dados não contém indivíduos pertencentes a todas as espécies ou famílias no arquivo de nomes.82 distancia 0.437 68. no caso de levantamentos por quadrantes.72 8. Permite estabelecer limites para diâmetro/perímetro. colocando os valores que achar mais apropriados. altura e.847 16.programa PREPARE arquivo : UBATUBA. Este processo pode ser facilitado pelo comando “verificar”. O número de espécies e famílias também deve ser observado com cuidado. pontos 160 no. Por exemplo.DAD “Levantamento de Mata Atlantica" no. aparece uma tela onde você pode especificar os valores para máximo e mínimo para cada parâmetro :Limites para Verificaçao dos dados minimo maximo diametro 0 altura 0.050 30.000 maximo 9.00 202. mas se quiser. caso seja correto. descrito abaixo. distância. Repare que o uso de limites muito “estreitas” vai produzir uma quantidade grande de “alarmes falsos” mas é praticamente garantido que vai mostrar qualquer 5 . com um mínimo absoluto de 0. VERIFICAR . um valor de diâmetro mínimo abaixo do menor diâmetro que você utilizou no seu levantamento sugere que houve um erro na entrada dos dados e que você deve verificar todos os dados.73 40.700 332. e oferece a oportunidade de corrigir o valor “estranho” ou deixar como está.00 Os valores que o programa sugere inicialmente são a média ± 3 x desvio padrão para cada parâmetro. Da mesma maneira. especies 640 123 42 no.

FITOPAC - versão 1

valor suspeito. Por outro lado, o uso de limites muito “amplos” vai produzir poucos “alarmes falsos”, mas vai detectar somente valores muito extremos. É difícil dar uma recomendação geral pois os limites mais eficientes dependem do levantamento e o padrão de variação dos indivíduos, e o usuário terá que descobrir os valores mais apropriados por um processo de tentativa e erro. FITOPAC - Gravar o arquivo de dados no formato FITOPAC - FPD. Este é o formato usado pelos outros programas do FITOPAC e é a opção normal. Repare que os dados não são gravados automaticamente - você precisa mandar grava-los ! ASCII - Gravar o arquivo de dados no formato ASCII, permitindo que serve como entrada para outros programas que aceitam este formato (por ex. SYSTAT, Lotus 123). Os dados numéricos são gravados normalmente, e os nomes das espécies, famílias e amostras podem ser acrescentados para cada indivíduo. Ao escolher esta opção, aparece uma tela que permite “ligar” ou “desligar” a gravação dos nomes e determinar o número de caracteres que aparecem em cada nome. Este último dado é necessário pois alguns programas não aceitam nomes longos (por ex. SYSTAT aceita no máximo 12 caracteres) - o normal para FITOPAC é 35 caracteres. A tela tem o seguinte formato :-

Gravar nomes em arquivo ASCII ?

Nomes de especies Nomes de familias

Sim Quer gravar o nome de espécie para cada indivíduo ? Sim Quer gravar o nome de família para cada indivíduo ? Sim Quer gravar o nome da amostra (parcela ou ponto) para cada indivíduo ? 35 Indique o comprimento dos nomes em número de caracteres

Nomes de amostras

Quantos caracteres :

Exemplos dos diferentes formatos de arquivo que podem ser gravados com esta opção são mostrados na fig. ??.

Detecção de erros e mensagens de erro
A fase de entrada de dados é a mais difícil em termos de introdução de erros, e como os resultados de todas as análises posteriores dependem da qualidade e accuracia dos dados crus, vale a pena fazer um esforço grande para evitar possíveis problemas nesta fase. Mesmo que os dados sejam digitados com muito cuidado e verificados posteriormente, é surpreendentemente fácil introduzir erros na digitação. Coisas simples como esquecer de deixar um espaço entre dois números ou pular um dos valores na linha podem ter conseqüências graves porque o programa vai tentar ler os valores errados deste ponto em diante. Tentei, portanto, introduzir uma série de testes e verificações dos dados que ajudam detectar problemas no arquivo de dados. Para começar, o programa lê o arquivo como linhas de texto que são interpretadas internamente, e aplica uma série de testes nos dados obtidos. Dessa maneira, problemas que ocorrem em uma linha não “contaminam” o resto do arquivo, e, caso seja necessário, uma dada linha pode ser descartada sem prejudicar a leitura do resto do arquivo. Normalmente o programa da uma mensagem de erro quando ocorre alguma linha no arquivo que não pode ser interpretada ou que apresenta valores inconsistentes, e, em seguida, oferece algumas opções permitindo consertar o erro, reeditando a linha do arquivo ou abandonar o arquivo, caso o problema seja muito grave. Embora tentei detectar uma proporção razoável dos erros comuns, é essencial notar que não é possível detectar todos os possíveis erros ! Se você bate “3.4” em vez de “4.3” para uma distância, por exemplo, é praticamente impossível detectar este tipo de erro, e a única maneira de encontrá-lo é uma revisão minuciosa do arquivo de dados, antes de usar FITOPAC. Portanto, não confie que “PREPARE” vai encontrar todos os erros no seu arquivo.

programa PREPARE

Segue agora uma descrição dos tipos de erros que o programa é capaz de detectar :Arquivo de nomes Nomes de famílias - o programa verifica a presença de • nomes duplicados - o mesmo nome usado com dois números de família • número de família fora dos limites de FITOPAC • número de família faltando Nomes de espécies - o programa detecta • nomes duplicados - mesmo nome para duas espécies • número de família incompatível com a lista de famílias • número de família que não tem nome associado • número de espécie fora dos limites de FITOPAC • número de espécie ou família faltando • número de espécie já utilizado para outra espécie Dados numéricos - o programa detecta • caracteres “ilegais” na linha (letras ou símbolos) • espaço ou valor faltando na linha (i.e. o número de “itens” na linha está errado) • números decimais onde deve ter um número inteiro • números que não podem ser interpretados • número de espécie fora dos limites do FITOPAC • número de espécie não presente na lista de espécies Quando um erro é detectado, o programa para o processamento do arquivo e apresenta uma mensagem de erro, mostrando também a linha onde o erro ocorreu e alguma explicação do tipo de erro encontrado como mostra o seguinte exemplo onde esqueceu-se de colocar um espaço depois do número da família “Abobraceae” no arquivo de nomes :? ERRO ? arquivo : ERROS.NMS *** linha 8

9Abobraceae ——^

Nao foi possivel interpretar o numero da familia

Qualquer tecla..

Depois de apertar uma tecla, aparece um menu para determinar qual a ação que o usuário deseja tomar :Açao desejada ? E - Editar linha P - Pular linha T - Terminar processamento deste arquivo

Se escolher “Editar linha”, você pode utilizar as teclas normais de edição para alterar a linha (neste caso inserindo um espaço depois do número da família) e continuar o processamento. Esta seria a opção normal. Repare que esta

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FITOPAC - versão 1

opção NÃO corrige o arquivo original contendo os dados crus - este continua como estava, e se você quer corrigi-lo, terá que usar o editor de texto para alterá-lo. A opção “Pular linha” simplesmente ignora esta linha do arquivo e continua processando a próxima. Esta opção é útil se por acaso entrou alguma linha contendo “lixo” que não deveria estar presente, ou se você quer procurar outros erros antes de alterar o arquivo de dados. A opção “Terminar processamento” abandona o arquivo e volta ao menu principal, e pode ser usado onde houve algum erro mais grave (arquivo errado, tipo de levantamento errado, etc.). Em alguns casos pode haver mais opções - por ex. acrescentar uma espécie quando um número de espécie não declarada é encontrado. As principais mensagens de erro são as seguintes :Arquivo de nomes Nao foi possivel interpretar o numero da familia O número da família está faltando ou você esqueceu de bater um espaço depois do número (mais comum) ou tem algum caractere “ilegal” no meio do número. Este no. de familia nao existe na lista de familias O número de família dado para uma espécie não foi declarado na lista de famílias. Este numero ja esta sendo usado para a familia .............. O número de família encontrado nesta linha já foi utilizado para algum outro nome de família anteriormente. Não pode usar o mesmo número para duas famílias diferentes. Numero de familia invalido ....minimo = 1 e maximo = X Se ocorrer enquanto está lendo os nomes das famílias, é porque o número da família é muito grande ou menor que 1. Pode também ocorrer enquanto o programa está lendo os nomes das espécies e neste caso o máximo corresponde ao maior número na lista de famílias. No. de especie invalido ....minimo = 1 e maximo = X O número de espécie está fora dos limites aceitáveis pelo FITOPAC - deve ser maior que 0 e menor que o número máximo de espécies (1000 nesta versão). Pode ser causado também pela falta de um espaço entre o número de espécie e número de família - o programa tenta ler esta combinação como o número de espécie. Este numero ja esta sendo usado pela especie.......... O número de espécie encontrado nesta linha já foi utilizado para algum outro nome de espécie anteriormente. Não pode usar o mesmo número para duas espécies diferentes. Este nome ja foi usado para especie X Já existe uma outra espécie com o mesmo nome. Repare que diferenças entre maiúscula e minúscula são desprezadas aqui - “Planta vulgaris” é a mesma coisa que “PLANTA VULGARIS”. Nomes duplicados não são permitidos porque é impossível distinguí-los posteriormente nas listagens produzidas pelas análises. Arquivo de dados Este no. de especie nao existe no arquivo de nomes O número de espécie usado aqui não foi declarada na lista de espécies. Linha muito comprida ? (max = 255 caracteres) Esta versão de PREPARE só pode ler linhas de até 255 caracteres. Se o programa chega até 255 caracteres e ainda detecta mais texto na linha sendo lida, emitirá esta mensagem de erro porque é provável que a linha não será lida corretamente. Geralmente, este número de caracteres é suficiente, e é raro encontrar esta mensagem de erro, mas em casos onde há um número muito grande de caules múltiplos (por ex. uma touceira de bambu), é possível ultrapassar este limite. Neste caso, a única saída é de calcular manualmente um perímetro/diâmetro equivalente para alguns caules, até o comprimento da linha ficar menor que 255 caracteres. Repare, também, que não é necessário ter espaços ao redor do ‘+’ quando você está batendo dados para indivíduos com caules múltiplos (veja a seção “Preparando dados para FITOPAC” para mais detalhes do formato). Nao foi possivel interpretar esta linha - caractere ilegal ?? Geralmente este erro ocorre quando o programa detecta algum caractere “ilegal” na linha - por ex. alguma letra.

Notas técnicas O programa nunca mantém todos os dados em memória RAM ao mesmo tempo.programa PREPARE Pelo menos um valor ou espaço faltando O programa tentou “contar” o número de valores na linha e encontrou um valor menor que o esperado. com diversos testes e formas de verificação. Os dados são gravados em formato final somente quando o usuário escolhe uma das opções “FITOPAC” ou “ASCII”. Desta maneira. famílias e amostras. Pode ser um erro no número ou uma espécie que acidentalmente foi excluída do arquivo de nomes. o programa oferece a opção de acrescentar uma nova espécie para a lista de nomes. e pelo número de amostras no caso de levantamentos que utilizam o método de quadrantes. Neste último caso. Em vez disso. O arquivo de dados é lido linha por linha na forma de texto que posteriormente é interpretado pelo programa. Este tipo de situação pode ocorrer quando você acidentalmente insere um espaço entre dois dígitos do número de espécie ou talvez um espaço depois do ponto decimal da altura. Limitações e problemas O número de espécies. Bibliografia Brower & Zar Grieg-Smith. é possível evitar limitações de RAM se o número de indivíduos for muito grande. No. mínimos. Uma vez que os dados de um indivíduo (uma linha) forma interpretados e verificados. Enquanto os dados são lidos e gravados. são lidos primeiro os nomes das famílias e espécies e após a leitura e verificação. possivelmente indicando algum erro. Geralmente ocorre por causa de um espaço faltando entre um número decimal e um inteiro. ainda tem mais texto nesta linha. um levantamento pode conter um número praticamente ilimitado de indivíduos. ou algum valor que foi esquecido. Na prática. médias e outros valores para cada parâmetro. o número máximo de indivíduos será determinado pelo espaço disponível no disco. o programa lê os dados do arquivo temporário. o programa acumula os máximos. mas necessita de espaço em disco para armazenar os dados. famílias e amostras é limitado pelos outros programas do FITOPAC (por ex. 9 . no caso de levantamentos por parcelas. de especie grande demais ou pequeno demais O número de espécie para este indivíduo ultrapassa os limites de número de espécie para esta versão de FITOPAC. Esta especie nao existe no arquivo de nomes O número de espécie para este indivíduo não está incluído entre os números de espécies no arquivo de nomes. C. Dados a mais nesta linha ? O programa leu uma série de dados que correspondem ao número de valores esperado. estes últimos são gravados num arquivo temporário. Se a opção de verificação for escolhida. são gravados num segundo arquivo temporário e não mantidos na memória RAM. Desde que não ultrapassa os limites impostos pelo número de espécies. o programa lê um (ou vários) arquivos de dados. Nao foi possivel interpretar este numero Ocorreu algum problema que dificultou a interpretação do número. PARAMS) e não pode ser modificado nesta versão. Terminada a leitura de um conjunto de nomes. Deve ser um numero inteiro Foi encontrado um número decimal onde o programa esperava um número inteiro. Krebs. Mesmo assim. Isso geralmente é resultado de um espaço faltando entre dois valores.

parâmetros gerais características do levantamento como um todo . Introdução PARAMS é o programa central do FITOPAC. etc. Você pode especificar na linha de comando os nomes dos arquivos de entrada e saida.FPD” como entrada e pode produzir arquivos de listagem e arquivos dos tipo “. Arquivos necessários PARAMS utiliza um arquivo de dados “. esta versão possui uma série de melhorias e facilidades que devem aumentar consideravelmente a utilidade do programa.FPM” contendo os resultados produzidos. Uma lista completa dos parâmetros.FPM). além de quais tabelas são impressas podem ser modificados pelo usuário e o conjunto de preferências pode ser gravado. o programa tem algumas facilidades para produção de gráficos simples e pode gravar tabelas de parâmetros em arquivos do tipo FITOPAC padrão (FPM) que podem ser traduzidos para outros formatos (Lotus 123. você mesmo pode elaborar o padrão que prefere. Utilização A tela principal é apresentado abaixo :- 1 .FPM e PARCELAS. Embora a maioria dos parâmetros disponíveis já são calculados pelo programa correspondente na versão preliminar do FITOPAC. Se não gostar do conjunto padrão que vem embutido no programa.) via o programa MATRIZ e utilizados em programas gráficos. de espécies. Se você opta para gravar as tabelas de resultados. por ex. índices de diversidade.precisa deixar espaço no disco de saida. e provavelmente será o programa mais utilizado pela maioria dos usuários. responsável pelo cálculo de parâmetros fitossociológicos. 4.não tinha duas pessoas que concordavam na mesma ordem e parâmetros ! Na versão atual. tabela de parâmetros das parcelas (somente para levantamentos utilizando parcelas). ou utilizar os nomes prefixados (ESPECIES. “PARAMS SAOJOSE” vai utilizar o arquivo “SAOJOSE. etc. Uma outra característica desta versão é a flexibilidade possível na impressão de tabelas de resultados. Esta versão tem facilidades para especificar subconjuntos de dados.densidade total.LST”.tabela de parâmetros das espécies. 2. pode especificar o nome de cada arquivo individualmente (o programa pergunta antes de gravar). a ordem. etc. a listagem pode ser bastante volumosa se você usa todas as opções . “PARAMS SAOJOSE SJ1.índice de Shannon. os nomes. portanto. Os parâmetros fitossociológicos calculados são armazenados em quatro tabelas :. Espécies . tabela de parâmetro das famílias.FPD” como arquivo de dados e os resultados serão gravados no arquivo “SAOJOSE.1. Calcula a maioria dos parâmetros comuns como densidade relativa. densidade total. Alem dos cálculos de parâmetros básicos. Cansei de tentar satisfazer todos os usuários com relação à ordem dos parâmetros e quais parâmetros deviam ser incluidos nas tabelas . no. a largura das colunas e quais colunas são impressas. Calcula a maioria dos parâmetros fitossociológicos normalmente utilizados em levantamentos de vegetação arbórea/arbustiva e fornece algumas gráficos simples resumindo os resultados. Repare que para levantamentos grandes.RES. permitindo que todos as análises sejam impressas da mesma maneira. 3. permitindo diversas sub-análises no mesmo levantamento. as formulas utilizadas e detalhes dos cálculos são descritas na seção “Notas Técnicas”. frequência absoluta e relativa e também uma série de parâmetros para o levantamento como um todo .PROGRAMA PARAMS Função Este programa calcula parâmetros fitossociológicos para levantamentos que utilizam os métodos de quadrantes (Point-centered Quarter method) e parcelas (Quadrat method).FPD como arquivo de dados e gravaria a listagem em SJ1.RES” utilizaria SAOJOSE. area basal total.FPM. FAMILIAS.

FITOPAC . especies. Um exemplo seria o caso de um levantamento utilizando parcelas. Os gráficos produzidos aqui são relativamente simples.O filtro é usado para determinar quais são as espécies. Calcular. Nesta situação. de decimais. A seção “Gráficos” descreve o uso desta opção. GRAFICOS .imprime as tabelas de resultados diretamente na impressora ou num arquivo. re-fazendo os cálculos. se você não especifique um filtro. excluindo mortas e desconhecidas. você pode fazer qualquer número de análises. pois a exclusão dos indivíduos menores altera o método de amostragem e não é compatível com o método de quadrantes. *Imprimir.11 e 13 . Os gráficos aparecem inicialmente na tela e podem ser impressas ou via uma cópia da tela. A maneira em que o filtro é especificado é descrita na seção ???? .Este comando é utilizado para alterar as tabelas de resultados e a maneira em que elas são impressas. Os indivíduos usados são selecionados de acordo com o filtro especificado antes de iniciar este comando. mas permitem ter uma indicação do comportamento dos parâmetros sem sair do programa. Portanto. incluindo ou excluindo espécies (por exemplo indivíduos mortos onde estes foram incluidios). Enquanto estiver dentro do programa. Segue uma descrição de cada comando :FILTRO . no. pode correr a análise completa para um levantamento. e depois uma série de sub-análises de vários tipos especificando um filtro diferente para cada sub-análise. alterando o arquivo de dados ou o filtro e. IMPRIMIR . ou utilizando os caracteres normais da impressara. com idivíduos menores que 10 m de altura e com diâmetros menores que 20 cm. É possível utilizar praticamente qualquer combinação de unidades de amostragem. além de quais tabelas são impressas. Portanto.começa a leitura dos dados e o cálculo dos parâmetros fitossociológicos que são armazendos em diferentes tabelas.Filtro. Os valores pré-estabelecidos pelo programa são tão amplos que não devem excluir qualquer indivíduo em levantamentos normais. GRAVAR . você pode especificar um filtro que exclua todos os indivíduos com DAP < 5 cm. Diversos outros tipos de filtro podem ser especificados. depois. O uso do filtro dá uma flexibilidade bastante grande. e você pode correr diversos tipos de análise no mesmo arquivo de dados utilizando um filtro diferente para cada análise. *Graficos e *graVar. diâmetro e altura para produzir análises muito específicas por exemplo.23. Desta maneira.Gravar as tabelas de resultados no disco em arquivos do tipo “FPM” que depois podem ser traduzidos (pelo programa MATRIZ) para arquivos do tipo “Lotus 123” ou “SYSTAT”. Os detalhes de como alterar as tabelas são descritas na seção “Alterando as tabelas”. ALTERAR . Note que este método não funciona com levantamentos que utilizem o método de quadrantes. Você pode alterar quais são os parâmetros incluidos. amostras e indivíduos que serão aceitas na análise atual. somente parcelas 1 . ou diferentes combinações de altura e diâmetro para analizar diferentes estratos. incluindo ou excluindo blocos de parcelas para fazer sub-análises dentro de um levantamento grande. CALCULAR . a ordem dos parâmetros nas tabelas. o programa deve incluir todos os indivíduos no arquivo de dados.versão 1 Os principais comandos são os seguintes :. Estes podem ser do tipo gráfico de dispersão ou histograma. permitindo o uso dos recursos gráficos ou estatísticos de outros programas. onde você quer comparar com um outro levantamento onde o DAP mínimo foi de 5 cm. inicialmente incluindo todos os indivíduos com DAP ≥ 3 cm. 2 . dependendo da saida escolhida. Os comandos marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de fazer os cálculos para um dado levantamento. aLterar. produzindo uma análise que é comparável com o levantamento feito com DAP de 5 cm (se todas as outras características do levantamento forem iguais). você pode produzir uma tabela de parâmetros fitossociológicos e depois utilizar “Harvard Graphics” ou “Quattro” para produzir os gráficos desejados. nomes dos parâmetros).Produzir gráficos a partir das tabelas de resultados. a ordenação usada dentro das tabelas e detalhes da impressão das tabelas (largura das colunas.

onde diversos gráficos podem ser selecionados ao mesmo tempo e depois mostrados e impressos um a um. As diferenças entre estes gráficos são as seguintes :n classes . de graficos especificados” informa quantos gráficos estão na fila. ou.n classes + resto D . o número de barras é variável.neste gráfico. Note que nem todas as combinações são úteis . Tipo tAbela Vars Opçoes Simbolos Desenhar Imprimir Proximo aNterior Continue Tipo de grafico desejado Tipo de grafico : Diagrama de dispersao Tabela atual : Especies No. na forma de uma “fila". mesmo que seja inutil.programa PARAMS (manual versão 01/05/98) Alterando as tabelas Gráficos A tela de gráficos permite escolher entre diferentes tipos de gráficos e a tabela de onde serão extraidos os dados. primeiros x % + resto . na forma de um diagrma de dispersão (fig. Uma vez que uma fila de gráficos foi criado.Grafico de barra . A porcentagem é especificada numa tela que aparece logo em seguida e que permite também especificar o tipo de barra.Esta opção abre um menu permitindo escolher qual das tabelas de resultados será utilizada (espécies. o campo “No. e produz o gráfico. de graficos especificados : 0 TIPO . primeiros x % . 3 . n classes + resto . ??).é um gráfico que mostra a relação entre dois parâmetros. Dentro deste módulo.n classes C . e se prefere barras simples ou “3D". com as espécies ou famílias ordenadas de maior para menor. famílias ou parcelas). ??). com respeito ao parâmetro escolhido. Esta opção abre um menu que mostra os tipos disponíveis :Tipo de grafico A . mas a soma dos valores nas barras mostradas atinge pelo menos x% do total do parâmetro escolhido(fig.Grafico de barra .primeiros x % + resto Diagrama de dispersão . Aparece uma tela perguntando quantas barras você quer no gráfico.Escolher o tipo de gráfico desejado. e a forma em que os gráficos serão mostrados na tela ou impressos. Densidade Relativa contra número de indivíduos simplesmente produz uma linha reta pois o primeiro é derivado do segundo por uma multiplicação simples. O programa não dá qualquer aviso. você pode especificar os gráficos um de cada vez.Grafico de barra . ??). O número máximo de barras é ??. Também aparece uma tela perguntando quantas barras e tipo de barra.primeiros x % E .mostra n barras correspondendo às primeiras n espécies ou famílias(fig. Gráficos de barra .todos mostram a quantidade absoluta ou porcentagem do parâmetro escolhido em cada espécie ou família.Grafico de barra . frequentamente mais convenientamente. TABELA .Diagrama de dispersao B .por ex.é igual ao anterior mas acrescenta uma última barra que repesenta a proporção do parâmetro representada pelas espécies ou famílias restantes.mostra n + 1 barras dos quais os primeiros n correspondem às primeiras n espécies ou famílias e o último que representa a soma das espécies ou famílias restantes.

o programa vai criar uma fila de gráficos que podem ser examinados em sequência usando a opção “PROXIMO”.Rel * Dens.0000 0.versão 1 VARS .Rel Titulo Levantamento de Mata Atlantica .0000 Modifique o máximo. OPÇOES . No caso de escolher “DR” e “IVI” como eixos horizontais e “DoR” e “FR” como verticais. mostrando família.a ação desta opção depende do tipo de gráfico. abre uma única lista de variáveis (parâmetros) que podem ser selecionados para produzir gráficos. mínimo e intervalo da escala horizontal “Etiquetar” pontos ? Sim Colocar uma “etiqueta” em cada ponto no gráfico. duas listas de parâmetros aparecem.0000 5.Rel Titulo Levantamento de Mata Atlantica .0000 0.0000 1. De novo. além do intervalo da escala Quantas barras ? 10 Escolhe quantas barras você quer no gráfico (deve ser de 1 a 100) Barras “3-D” ? Nao Mostrar as barras em forma “3-D” ou não “Etiquetar” barras ? Sim Colocar “etiquetas” nas barras.Ubatuba Permite alterar o título que aparece no gráfico maximo minimo intervalo Freq.DoR x DR e FR x DR. a tela é :Opçoes para grafico Freq. mínimo e intervalo da escala vertical Dens. Se você seleciona mais que um parâmetro. 4 . você pode selecionar um ou mais parâmetros em cada lista. Você pode escolher um ou mais parâmetros da tabela selecionada na opção anterior para produzir um ou mais gráficos de barra.Rel 60. Por exemplo.esta opção abre uma tela que permite alterar os limites das escalas dos gráficos além de algumas outras características no caso de histogramas.Rel 9. a tela que aparece é a seguinte :Opçoes para grafico Freq. DoR x IVI e FR x IVI) será criado.0000 1. No caso de gráficos de barra. espécie.FITOPAC . permitindo identificá-los Para gráficos de barra com número de classes fixo. uma para o eixo horizontal e a outra para o eixo vertical. etc. FR x DR. se você seleciona “DR” como eixo horizontal e “DoR” e “FR” como os eixos verticais.Ubatuba Permite alterar o título que aparece no gráfico maximo minimo intervalo Freq. o programa cria uma fila de dois gráficos . No caso de diagramas de dispersão. Para diagramas de dispersão.0000 Indique os valores máximo e mínimo para a escala vertical.Rel 8.0000 Modifique o máximo.0000 0. uma fila de quatro gráficos (DoR x DR.

Veja a seção ??? para mais detalhes. Estas opções são muito úteis no caso de estudos comparativos onde é essencial ter gráficos que utilizam os mesmos escalas.volte ao gráfico anterior (se existe). Se quiser imprimir uma cópia da tela utilize Ctrl P. Se você precisa de gráficos com a mesma escala.programa PARAMS (manual versão 01/05/98) No caso de gráficos de barra com porcentagem fixa. em fig.imprime o gráfico atual na saida já selecionada ao entrar no programa. ??). Mensagens de erro Limitações e problemas Notas técnicas Bibliografia 5 . Note que esta forma de impressão do gráfico utiliza as caracteres normais da impressora e não é uma cópia da tela (fig. O uso desta opção é descrito na seção “Opções comuns a diversos programas” no capítulo “Utilizando FITOPAC”. SIMBOLOS .Permite alterar os símbolos utilizados em diagrams de dispersão. IMPRIMIR . 1 foi ampliado pela modificação do limite máximo das escalas verticais e horizontais.desenha o gráfico atual na tela. Por exemplo. permitindo alterar a porcentagem total do parâmetro que será mostrado em forma de barras. os gráficos saem com escalas diferentes. 4. a única diferença desta tela é a substituição da pergunta “Qual porcentagem” em vez de “Quantas barras”. Mas em comparações entre levantamentos. PROXIMO . Normalmente o programa tenta selecionar escalas que utilizam o máximo possível da tela compatível com unidades de escala razoáveis. pode utilizar esta opção para controlar a aparência dos gráficos finais. DESENHAR . ou mesmo sub-analises do mesmo levantamento. ANTERIOR . Esta opção também pode ser utilizada para ampliar ou “encolher” uma região de um gráfico de dispersão. a região no canto inferior esquerda da fig.escolhe o próximo gráfico na fila (se ainda tiver).

1.FITOPAC . Diagrama de dispersão. com “etiquetas” nos pontos. 6 .versão 1 Figuras Fig.

2 Gráfico de barras com número fixo (10 ) barras + resto (“outros”).programa PARAMS (manual versão 01/05/98) Fig. com “etiquetas nas barras e sem efeito “3-D” 7 .

3.FITOPAC . sem “resto” e com “etiquetas” e efeito “3-D” 8 .versão 1 Fig. Gráfico de barras. com primeiros 75% do parâmetro representado.

programa PARAMS (manual versão 01/05/98) Fig. 9 . Parte da fig. 1 ampliada por modificação das escalas verticais e horizontais. 4.

FPD” como entrada e “SJ1. Este formato. Neste ponto. descrevendo um levantamento utilizando parcelas. enquanto “CRIAMAT SAOJOSE SJ1” vais utilizar “SAOJOSE. incluindo transformações dos dados e a retirada de espécies raras. Introdução Este programa forma o elo de ligação entre os programas “PREPARE” e “PARAMS” e o resto do FITOPAC. Utilização A tela principal é apresentada abaixo :- . Assim. exatamente o que é preciso para calcular os parâmetros fitossociológicos para o levantamento. porém. Normalmente. O arquivo de saída é um arquivo do tipo “FPM” que contem a matriz criada por CRIAMAT. não é apropriado para outros tipos de análise.FPM” como saída. “CRIAMAT SAOJOSE” vai utilizar “SAOJOSE.PROGRAMA CRIAMAT Função A função do programa CRIAMAT é de gerar uma matriz parcelas x espécies a partir de um arquivo de dados de levantamento. torna-se necessário uma mudança no formato dos dados pois este último conjunto de análises geralmente trabalha com um resumo dos dados. ou alguma outra medida mais complexa como número de indivíduos (muito comum) ou área basal ou volume. No arquivo de dados de levantamento existe uma lista de todos os indivíduos com suas respetivas medidas para cada unidade de amostragem (parcela ou ponto). Arquivos necessários Este programa utiliza um arquivo de entrada e um de saída. o primeiro passo na análise dos dados de um levantamento será o cálculo dos parâmetros fitossociológicos. Em levantamentos que utilizam o método de quadrantes. CRIAMAT permite a criação de uma matriz deste tipo e seu armazenamento na forma de um arquivo do tipo “FPM” para análises posteriores (veja também a seção “Uso de arquivos em FITOPAC”). onde os dados originais de cada indivíduo são descartados e substituídos com algum tipo de média ou contagem para a unidade de amostragem. os arquivos também podem ser especificados dentro do programa utilizando o comando “ARQUIVOS”. O programa tem opções para criar os seguintes tipos de matriz :• presença/ausência • número de indivíduos • área basal • volume (é necessário ter dados de altura no arquivo “FPD” para este tipo de matriz) O programa também tem facilidades para manipulação da matriz. na forma CRIAMAT ENTRADA SAIDA. do tipo “FPD”.FPM” como o arquivo de saída. O arquivo de entrada é um arquivo do tipo “FPD”. mas em muitos casos é interessante passar para uma fase posterior de análises mais detalhadas de variação dentro da área amostrada e detecção de padrões e gradientes ecológicos. somente com levantamentos feitos utilizando o método de parcelas. normalmente não faz sentido criar este tipo de matriz pois o número de indivíduos em cada ponto é restrito a 4 e não é apropriado usar análises de agrupamento ou ordenação nestas circunstâncias. Como sempre.FPD” como arquivo de entrada e vai criar o arquivo “SAOJOSE. portanto. Os arquivos podem ser especificados na linha de comando. Este programa trabalha. particularmente análises de ordenação e agrupamento onde nos precisamos de uma matriz que contém as unidades de amostragem como linhas e as espécies como colunas e onde cada célula da matriz contém alguma medida da presença de uma dada espécie dentro de uma das unidades de amostragem. Esta medida pode ser simples presença ou ausência (geralmente representados por 1 e 0 respetivamente).

aplica um filtro na entrada de dados para selecionar somente um subconjunto dos dados . TIPO . MASCARAR Mascarar as espécies raras. sendo que os comandos marcados com um asterisco estão disponíveis somente após a escolha de um arquivo “FPD” de entrada e os comandos marcados com dois asteriscos estão disponíveis somente após a criação de uma matriz. Presença/ausência . etc. ou onde o critério de exclusão que utilizou não estava correto. Segue uma descrição de cada comando. utilizando o conjunto padrão de ferramentas de modificação de matrizes. indivs. Veja a seção “manipulando matrizes ” para mais detalhes.conta quantos indivíduos de cada espécie tem em cada unidade de amostragem.Modificar a matriz criada . etc. o programa apresenta um menu para determinar qual o critério que deve ser usado para mascarar espécies raras. pres.Especificar o tipo de matriz que você pretende criar.área basal x altura) de cada espécie em cada unidade de amostragem. com as seguintes cracterísticas Número de indivíduos .indica a presença de uma espécie numa unidade de amostragem com um “1” e sua ausência por um “0”. masC**.transformar. Modificar**. O critério usado para medir raridade e o valor de corte podem ser determinados :- . o filtro e o tipo de matriz selecionados.criar a matriz utilizando o arquivo. de individuos Os comandos disponíveis são os seguintes :.Presença/ausencia Você pode escolher qual destes tipos de matriz que pretende criar. Gravar** e Imprimir**.. etc. o programa abre um menu :A . eliminar algumas espécies/amostras.) -------------------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : GENEBRA. MATRIZ . Isso quer dizer que você pode restaurar estas espécies em casos onde muda de idéia. Ao escolher esta opção. Ao escolher este comando.calcula a área basal total de cada espécie em cada unidade de amostragem Volume . Note que as espécies raras são mascaradas e não eliminadas permanentemente. FILTRO . matriZ*.Numero de individuos B .Arquivos Rotas Tipo Filtro matriZ Modificar masC Gravar Imprimir Sair Escolher o tipo de matriz desejado (no. Note que é necessário ter medidas de altura no arquivo “FPD” para poder utilizar esta opção.por ex. Filtro*.calcula o volume total (em forma de cilindro .Volume D . selecionar somente indivíduos acima de 10 cm de diâmetro. Veja a seção “especificando “filtros” ” para mais explicações./abs.Area basal C .Tipo.FPD Arquivo saida : GENEBRA Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Tipo de matriz : No. MODIFICAR . Área basal .

pode utilizar os recursos de modificação da matriz para restaurar as espécies mascaradas (veja a seção ”manipulando matrizes” para mais informações). “TWINSPAN” e “CANOCO”. de amostras.A . com diferentes critérios de exclusão aplicando o comando “MASCARAR” diversos vezes.espécies mascaradas não atingem um mínimo de porcentagem (do número de indivíduos. área basal ou volume) menor que o valor especificado no próximo passo. indicando quantas espécies foram mascaradas e quantas sobraram :- ** Foram mascaradas XX especies ** Deixando um total de YY especies Se.equivalente a densidade relativa. Se necessário. uma em cada formato. o programa abre uma tela para pedir que você especifique o valor mínimo aceitável para inclusão de uma espécie. enquanto espécies que tem um valor maior ou igual ao valor especificado serão mantidas.Porcentagem C . Ao escolher este comando. de amostras B . pode gravar cada matriz duas vezes. deixando poucas espécies ou foi aplicado o critério errado). dominância relativa e volume relativa respectivamente) que será especificada no próximo passo. o programa determina quais são as espécies que serão mascaradas e apresenta uma mensagem na tela. Também pode criar diversas matrizes. Porcentagem .as espécies mascaradas tem um valor absoluto (de no. Em seguida. Valor absoluto . de amostras . de indivíduos. tomando o cuidado de gravar cada matriz formada (com nomes diferentes) e restaurando as espécies mascaradas após a gravação da matriz. .espécies serão mascaradas se ocorrem num número de unidades de amostragem menor que um número mínimo especificado no próximo passo. Note que uma espécie com um valor (no.grava a matriz no disco como arquivo.Cornell Onde Fitopac é o formato normal do FITOPAC (Um arquivo “FPM”) e “Cornell” é o formato usado pelos programas como “DECORANA”. Após a escolha do valor de corte. por algum motivo você não está satisfeito com o resultado (o critério foi rigoroso demais. o programa abre um menu que pede o formato de arquivo desejado :- A . GRAVAR .No.Fitopac B . área basal ou volume .Valor absoluto onde : no. porcentagem ou valor absoluto) menor que o valor especificado será mascarada.

particularmente em casos onde você cria um número muito grande de arquivos com diferentes critérios de corte. ou diretamente para a impressora se você tecla “IMP” ou “PRN” como arquivo de saída.FPM”. Normalmente. o programa abre uma tela com campos para título. Mesmo em casos onde precisa utilizar diferentes nomes de arquivo. se necessário. sugiro a manutenção sempre da extensão (“FPM” para arquivos FITOPAC e “DAT” para arquivos Cornell) para simplificar uso dos arquivos com outros programas. se você bateu “CRIAMAT SAOJOSE” para entrar no programa. . e onde é possível confundir o que foi feito em cada matriz. Repare que espécies (ou amostras) mascaradas não são incluídas na matriz gravada.Após a escolha do formato de gravação. transformações. é melhor manter o nome sugerido pelo programa. IMPRIMIR . o programa pede o nome do arquivo de saída que no caso de arquivo FITOPAC normalmente será o nome do arquivo de entrada com a extensão “FPM”. etc.. o arquivo de saída criado automaticamente será “SAOJOSE. Finalmente. Por exemplo. e se você quer manter uma matriz com todas as espécies.imprime a matriz. etc. não é possível utilizar o mesmo nome para todos os arquivos resultantes. antes de gravar a matriz no arquivo designado. você pode alterar este nome .normalmente idêntico ao responsável pelo levantamento} Colunas da matriz sao : {normalmente espécies} Linhas da matriz sao : {normalmente amostras ou parcelas} Geralmente é bastante útil manter estes dados atualizados pois eles ajudam entender a saida das análises realizadas posteriormente. esta deve ser gravada antes de utilizar as facilidades para mascarar espécies raras (ou mascarar amostras).isso geralmente só é requerido no caso de gravar diversas versões da matriz com diferentes níveis de corte ou com diferentes transformações dos dados. mas. ou para um arquivo de listagem (o “default” do programa). permitindo que você anota as modificações feitas e estas anotações aparecem nas listagens de resultados de todos os programas que utilizam esta matriz :Verifique as informaçoes complementares da matriz Titulo : {aqui você pode especificar a origem dos dados e qualquer critério de exclusão de espécies raras aplicado para esta matriz} Responsavel {nome do responsável pelos dados . onde obviamente.

Espero. Além da entrada direta de dados. ou imprima a matriz. Não tem facilidades para dados não-numéricos. o programa funciona como um “tradutor” ou centro de intercâmbio entre diversos formatos de arquivo. Introdução Embora os programas do FITOPAC forne. um utilitário capaz de “traduzir” dados em forma de matriz para o formato requerido pelo FITOPAC via uma planilha simples que permite entrar os dados. Este programa tem facilidades para editar uma matriz de dados. e com dados numéricos. que um arquivo “SYS” foi criado pelo pacote SYSTAT e pode ser lido por aquele programa. Utilizando “MATRIZ” é possível criar e manipular uma matriz de dados com Lotus 123 e depois transformar o arquivo “WK1” do Lotus em arquivo “SYSTAT”. Permite também a entrada direta de matrizes de dados por meio de uma planilha simples. Supõe-se que o arquivo especificado seja um arquivo válido no formato especificado . Dada a diversidade em estrutura de arquivo possível. Tentou-se fornecer.a função do programa é de traduzir matrizes simples. “TWINSPAN” e “CANOCO”. ou examine o arquivo resultante com um editor de texto para confirmar que a tradução realmente foi bem sucedida. é impossível fornecer um programa que possa traduzir qualquer arquivo (por exemplo do Lotus 123) para todos os outros formatos.cam todas as etapas necessárias para produção de matrizes do tipo “amostra x espécie” a partir dos arquivos originais de dados de campo. É essencial. junto com funções que facilitam a manipulação da matriz. o formato “CORNELL” é particularmente útil pois este é utilizado pelos programas “DECORANA”. “CANOCO” . Portanto. Quando utilizar este programa. que esta tradução seja útil para pesquisadores na área de fitossociologia. no máximo com nomes de variáveis e amostras. antes de tentar importar um arquivo. transpor a matriz e imprimir a matriz. “TWINSPAN” e. eliminar linhas ou colunas. além de funções para “importar” arquivos em outros formatos para o formato “FITOPAC” e “exportar” dados para uma variedade de outros formatos. 1 . não tentei incluir todas as possiveis variantes para cada formato .por ex. abaixo). e os diferentes graus de sofisticação de funções que podem ser representadas em cada formato de arquivo. mais recentemente. no atual programa. ler a seção sobre limitações do programa antes de utilizar “MATRIZ” para tradução de arquivos. e pode ser útil mesmo que você não queira utilizar o próprio formato FITOPAC. facilitando o uso de outros tipos de análise não fornecidos no próprio FITOPAC.todos amplamente usados na análise de dados ecológicos. Caso deseja analisar este tipo de dados utilizando os programas do FITOPAC. transformar linhas ou colunas da matriz. porém. é necessário ter uma maneira de introduzi-los para produzir um arquivo tipo “FPM” que pode ser lido pelo programa apropriado. Não dá para confiar cegamente no processo de tradução porque não é possivel prever todas as possiveis “complicações” que podem surgir ! Repare também que o programa não faz uma verificação de dados quando você está importando de outros formatos (exceto no caso de arquivos ASCII).PROGRAMA MATRIZ Função O programa matriz fornece funções para manipulação de matrizes de dados e para “tradução” de matrizes em um formato de arquivo para outro. verifique que realmente é válido e pode ser lido pelo pacote utilizado para criá-lo. que normalmente seriam obtidos como uma série de variáveis para cada amostra. Um exemplo seria dados de composição de solo. Entre os formatos disponíveis (veja “arquivos necessários”. Este formato não está disponível em pacotes comerciais e pode ser bastante trabalhoso converter um arquivo em outro formato para uso com programas que utilizem o formato CORNELL. Neste programa. examine os dados usando a planilha. Erros no arquivo sendo importado provavelmente darão resultados inesperados e podem jogar você fora do programa ou “travar” o micro. portanto. em muitos casos é necessário introduzir outros tipos de matrizes de dados que são adquiridos diretamente em forma de matriz. É especialmente importante notar que este programa forma um elo de ligação entre FITOPAC e programas como “DECORANA”. e que naturalmente formam uma matriz com as amostras formando as linhas e as variáveis medidas formando as colunas. sem a necessidade de produzir um arquivo “ASCII” intermediário como normalmente seria o caso.

(Data Interchange Format) . É válido somente para versão 3.da versão 2.formato condensado utilizado pelos programas produzidos pela Universidade de Cornell (DECORANA. o programa tenta “adivinhar” a extensão apropriada para cada tipo de arquivo. utilizar 123 para entrar e manipular matrizes de dados e depois transferi-los diretamente para FITOPAC. mas versões posteriores ainda podem ler este formato.FPM CORNELL . No momento. É possivel. Este pacote tem diversas opções para taxonomia numérica e análises multivariadas.por ex. No momento.1). ASCII .essencialmente uma matriz de dados sem qualquer outro tipo de informações. LOTUS 123 . Em geral. Além do arquivo de dados. e não é necessário digitar a extensão se você vai utilizar o conjunto padrão de extensões. este formato é disponivel somente para exportar arquivos. Os formatos disponíveis no momento são os seguintes : FPM .DIF 2 . Permite transferir dados para análise com este pacote sem a necessidade de produzir um arquivo ASCII intermediário. Para detalhes deste formato.muitas planilhas e pacotes estatísticas são capazes de importar e exportar arquivos neste formato.formato normal do FITOPAC.veja a seção “importando dados” para mais informações. veja Hill (1979) ou ter Braak (1988). onde “SAOJOSE” é o nome do arquivo de dados que deseja manipular. Diversos pacotes estatísticos ou planilhas conseguem ler este tipo de arquivo. DIF .arquivos simples. CORNELL .FITOPAC . As extensões utilizadas aqui são as seguintes :FITOPAC .0 do “SYSTAT”. embora a representação interna dos dados e o tipo de arquivo básico seja de um arquivo “FPM” do FITOPAC. “MATRIZ SAOJOSE”. Portanto. Muitas planilhas (por ex. portanto. e arquivos neste formato também podem ser importados pela maioria dos processadores de texto.formato da planilha LOTUS 123 (arquivos WK1 . As combinações de importação e exportação de dados disponíveis estão resumidos na fig.formato utilizado pelo pacote estatístico “SYSTAT”. Utilização Especificando arquivos A especificação dos arquivos a serem usados segue o esquema normal do FITOPAC.DAT LOTUS 123 . sendo necessário colocar somente o nome do arquivo de dados quando chamar o programa . ?.versão 1 Arquivos necessários MATRIZ pode importar e exportar arquivos em diversos formatos. Permite intercambiar dados diretamente com esta planilha. SYSTAT .DAT ASCII . NTSYS . com espaços entre os números . geralmente é preferível utilizar as extensões fornecidas pelo programa e não altera-las. Excell) e programas estatísticos ou gráficos podem ler este formato. Repare que alguns programas como “SYSTAT” exigem o uso de uma extensão especifica (neste caso “SYS") e não aceitam outras extensões.WK1 SYSTAT . contendo somente números.SYS DIF . este formato é disponivel somente para exportar arquivos.formato utilizado pelo pacote “NTSYS” de Rohlf (1989).TWINSPAN) e por CANOCO. você pode precisar de um arquivo contendo os nomes das colunas e outro com nomes das linhas da matriz .

Lotus WK1 D . veja a seção “Utilizando a planilha”.o formato normal do FITOPAC). 3 . Títulos.. entrar dados diretamente. pronto para entrada dos dados. Segue uma descrição de cada comando :IMPTIPO . aparece um menu com as opções importação. Para mais informações sobre a planilha. (a opção pré-selecionado é “FPM” . EXPTIPO . eXptipo. e o programa voltará à tela principal. No caso da opção “D”. *Modificar.. o programa cria uma matriz vazia e depois entra diretamente no modo planilha. aparece um menu com as opções para exportação. dos quais os comandos marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de ler uma matriz de dados.selecione o tipo de arquivo a ser usado para importação de dados.ASCII C .selecione o tipo de arquivo a ser usado para exportação de dados. Ao acionar este comando. Tipo de arquivo ?. Ao acionar este comando.FPM A . F .Direta Escolha a opção que indica o tipo de arquivo você deseja utilizar. Note que o menu de importação não é idêntico ao menu de exportação pois alguns formatos podem ser utilizados somente para exportação.Cornell S .Systat W . *Exportar e *imPrimir.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) Tela principal : Arquivos Rotas Imptipo eXptipo Ler Titulos Modificar Exportar imPrimir Sair Tipos de arquivo para importaçao/exportaçao ------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : MAT1 Arquivo saida : MAT1 Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Tipos de arquivo Importaçao : FPM Exportaçao : FPM ------------------------------------------------------------- Os principais comandos disponíveis são Imptipo. Ler.

mas caso você queira tratar valores abaixo de um certo nível como ausências. Valor de corte para presença/ausencia 0.Lotus WK1 N . enquanto valores iguais ou menores que o valor indicado são tratados como ausências e recebem o valor “0”. No mínimo o título será exportado junto com os dados na maioria de formatos de exportação.0 normalmente é o mais usado. o programa começa a importar os dados imediatamente. e o programa voltará à tela principal.. Para a maioria das opções de formato.FPM A .Cornell S . Estas informações devem ser verificadas com cuidado para confirmar que todos os dados foram importados corretamente. o programa mostrará a seguinte tela :- Tipo de leitura do arquivo ? Transpor enquanto le Nao Se quiser. É utilizado somente na conversão para arquivos binários.0000 Em conversões para matrizes de presença/ausência. Note que quando a opção de exportação é “FPM” (formato FITOPAC). Permite o uso da planilha para entrar matrizes de dados binários onde o número de variáveis aceitável pelo FITOPAC é maior que o número de colunas disponíveis na planilha.Systat W . antes de gravar a matriz. esta opção permite. o programa apresenta uma mensagem indicando quantos linhas e colunas da matriz foram lidas. o programa vai abrir esta tela automaticamente. F . o programa precisa de informações complementares antes de iniciar a importação e mostrará uma tela de perguntas antes de começar a importação. Converter em presença/ausencia Nao Permite converter uma matriz armazenada na planilha em matriz binário. TÍTULOS . especialmente quando você está trabalhando com análises mais complexas que produzem diversas matrizes de dados.iniciar a leitura de um arquivo de dados. Esta opção é útil se você quer colocar as linhas da planilha nas colunas da matriz e as colunas da planilha nas linhas da matriz. Se não ocorreu algum erro. No caso de arquivos em formato “WK1”. LER .altera o título e outras informações sobre a matriz que foi importada. parando somente quando os dados foram lidos ou se ocorrer um erro que o programa é capaz de detectar.. frequentemente este é útil para identificar diferentes matrizes.NTSYS D .FITOPAC . o programa vai transpor a matriz enquanto está lendo os dados.ASCII C . com um limite máximo de 250 variáveis. Embora não seja essencial colocar um título. Normalmente qualquer matriz em planilha é tratada como uma matriz de dados quantitativos. Para alguns formatos. O valor pré-estabelecido de 0. qualquer valor acima do valor indicado aqui é considerado uma “presença” e convertido em valor “1”.DIF Escolhe a opção que indica o tipo de arquivo você deseja utilizar. 4 .versão 1 Tipo de arquivo ?.

comprimentos.e a resposta deve ser um número inteiro de 1 até o máximo permitido por esta versão do programa.miXto Dados quantitativos são quantidades numéricas.você não vai poder continuar sem este dado . use a tecla de espaço ou “s” para mudar este campo para “sim” e depois preenche o próximo campo - ´ Valor usado para indicar dados faltando : -9999. o programa informará quantos linhas de dados foram lidas verifique estas informações para ter certeza que a leitura de dados foi bem-sucedida ! O programa em seguida vai pedir informações sobre os nomes das variáveis com o menu “Nomes das variáveis” :- ´ 5 . mas não deve ser um valor que pode ocorrer entre os dados normais. Tem dados faltando : Nao Se não tiver dados faltando na matriz. o programa tentará dar alguma indicação de onde ocorreu o problema. o programa começa a importar os dados. Dados mistos incluem uma mistura de dados quantitativos e binários. mas ajuda você a identificar a matriz depois. -999 é comum. Caso você tenha dados faltando. Se não quiser utilizar qualquer uma destas opções. Quando o arquivo de dados acaba. Não é essencial. o procedimento é um pouco mais complexo. número de individuos. especialmente se você tem um grande número de matrizes diferentes. O primeiro passo é indicar o tipo de dados que você pretende importar. Esta informação é essencial . você digita o valor que utilizou para indicar dados faltando na sua matriz . Uma vez que completou os campos desta tela (não esqueça do para sair). como área basal. sem qualquer preocupação com a quantidade presente. Titulo : Bate um título que descreve a matriz de dados. etc. pois o programa precisa de algumas informações adicionais antes de começar a importação.Presença/ausencia X . Depois deste menu.pode ser qualquer valor numérico.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) A opção de transposição da matriz enquanto é lida pelo programa permite a manipulação de matrizes que não caberiam dentro de uma planilha normal. pode usar para continuar. e pode ser utilizada junto com a opção semelhante no processo de exportação de dados (veja “EXPORTAR” para mais informações). O arquivo ASCII só pode conter números e espaços ! Se um caractere “proibido” é encontrado. aparece uma tela “Descrição da Matriz” com vários campos pedindo informações sobre os dados a serem importados :Quantas variáveis : 0 Indique quantas variáveis (colunas) a matriz tem.Quantitativo P . pode pular este campo e o próximo. mas pára neste ponto e você precisará utilizar um editor de texto para corrigir seu arquivo antes de continuar. simplesmente apertando . pesos. Para arquivos em formato “ASCII”. escolhendo a opção apropriada do menu “Tipo de dados” :- ´ Q . Dados do tipo presença/ausência são dados onde somente a presença ou ausência de uma espécie ou caractere é indicada.0000 Aqui. parando se encontrar qualquer tipo de caractere não numérico.

esta opção oferece o método mais conveniente de fornecer os nomes. você precisa criar. Quando o programa pedir. com uma linha numerada para você incluir onome de cada variável. Entrar diretamente pelo teclado . Nos outros formatos. Note que os nomes podem ser preenchidos em qualquer ordem. mascarar ou eliminar linhas ou colunas. Este arquivo pode ser criado com um processador de texto em modo “não documento” (sem formatação). mas o número de linhas no arquivo tem que ser igual ao número de variáveis. acresentar dados de uma outra matriz. Pode deixar uma linha em branco onde não quer dar um nome para alguma variável. um por linha. e caso prefira utilizar este. usando as teclas de seta e e para colocar o cursor na linha correspondente ao nome que você deseja incluir. Quando o número de variáveis é grande.Modificar a matriz. Uma vez que os nomes das variáveis foram criados ou lidos. com a exceção da última opção “Usar uma das variáveis (colunas)”.Ler os nomes de um arquivo C . O menu e as opções oferecidas aqui são praticamente idênticos àqueles dos nomes das variáveis. o programa também vai solicitar nomes para as linhas (amostras). Por exemplo. Para utilizar esta opção. Var2. Veja a seção “??” para uma explicação mais detalhada.versão 1 A . Se quiser modificar o prefixo. MODIFICAR . esta opção permite que você digita os nomes das variáveis diretamente. 1 tem que corresponder a variável 1. é mais conveniente dar nomes individuais para cada variável. utilizar a planilha.Exportar a matriz no formato de exportação esolhido com o comando TIPOS.Criar automaticamente . para cada variável. um arquivo ASCII contendo os nomes das variáveis.neste caso o próprio programa se encarrega de criar uma série de nomes. EXPORTAR .FITOPAC . Ler os nomes de um arquivo .Entrar diretamente pelo teclado Criar automaticamente . Lembre de usar a tecla para sair da janela de edição. basta apertar a tecla .“Var1 a VarN" B . Isso pode ser útil se uma das variáveis representar um grupo ao qual a amostra pertence e você quer somente uma indicação do grupo no nome da amostra. O prefixo já fornecido pelo programa é “Var”. 2 à segunda variável. o programa vai pedir um prefixo para os números das variáveis. antes de entrar no programa “MATRIZ”. Cornell). Para arquivos ASCII e DIF :- « ³ ´ ° 6 . e o programa simplesmente informa quando termina de gravar o arquivo de saída. o nome no. o processo é totalmente automático. Para alguns formatos (SYSTAT. e assim por diante. tecle o prefixo desejado. bata o nome do arquivo contendo os nomes e estes serão lidos diretamente. O programa abre uma janela de edição.em casos onde o número de variáveis não é tão grande ou onde você prefere não criar outros arquivos. o programa vai solicitar algumas informações complementares. do tipo Var1. entrando “Eixo” como prefixo vai resultar em variáveis com nomes do tipo Eixo1. que permite copiar os valores em uma das variáveis para uso como nome. Se você seleciona esta opção.Na maioria dos casos. Eixo2. etc. mas o nome no. etc. transformar dados. etc.

pois o número máximo de variáveis utilizado por FITOPAC é 250. Se a sua matriz tiver mais que 256 linhas e 256 colunas. Neste caso. dos nomes de variáveis e linhas da matriz no(s) arquivo(s) de saída. antes de tentar exportá-la para este formato. O uso deste caractere torna os nomes mais legíveis. você pode transpor a matriz. Para exportação em formato “FPM”. Para dados quantitativos. o programa vai pedir o nome do arquivo a ser usado para imprimir. e é. mas alguns pacotes estatísticos não permitem o uso deste caractere em nomes de variáveis. o programa abre uma tela para verificação das informações complementares da matriz antes de gravá-la. o programa pergunta somente se você quer os nomes das variáveis e amostras. e podem ser úteis quando se tem um número elevado de arquivos com diferentes matrizes. de caracteres. Incluir nomes das variáveis Sim No caso de arquivos DIF. IMPRIMIR . Incluir nomes das amostras Sim No caso de arquivos DIF. porém. Como a importação de arquivos “WK1” também permite transpor a matriz. Para exportação em formato “WK1”. um por linha. inferior ao número de colunas permitidas na maioria das planilhas (geralmente 256). produz um arquivo contendo os nomes. Para dados binários. FITOPAC pode aceitar até 1000 variáveis e estas não caberiam na planilha. este método pode ser usado para manipular matrizes que normalmente não caberiam na planilha. No caso de nomes com duas partes (por ex. incluir ou não os nomes das variáveis como uma linha da matriz. normalmente esta opção não é necessária. Se quiser mandar a matriz diretamente para a impressora.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) Especificaçao da saida Comprimento dos nomes das variáveis 8 Indique aqui o comprimento. que então será gravada na planilha com as linhas originais nas colunas e as colunas nas linhas. estas informações complementares ajudam a identificar o arquivo. Mensagens de Erro 7 . Embora não sejam obrigatórias. portanto. mas nem todos aceitam. os nomes são colocados dentro de um arquivo que contem um nome por linha. voçê precisará “cortar” a matriz em blocos. No caso de arquivos ASCII. se o número de linhas na sua matriz é inferior a 256. Note que o programa NÃO verifica os limites da matriz antes de gravá-la e é capaz de produzir um arquivo “WK1” que ultrapassa o tamanho máximo permitido por Lotus 123 e outras planilhas. nomes de espécies). em no. mas alguns pacotes estatísticas não aceitam variáveis não-numéricas. No caso de arquivos NTSYS.Imprimir a matriz ou num arquivo no disco ou diretamente na impressora. No caso de arquivos ASCII. Quando você seleciona esta opção. incluir ou não os nomes de amostras como uma das colunas da matriz. Permitir “_” em nomes de variáveis ? Sim Permitir ou não a presença do caratere “_” nos nomes de variáveis e objetos. digite “IMP” ou “PRN” para o nome de arquivo. utilizando as facilidades para mascarar linhas e colunas. Este tipo de variável pode ser lido por planilhas. Pode ser lido por planilhas e alguns pacotes estatísticos. o programa pergunta se quer transpor a matriz enquanto é gravado.

para alguns programas. e a matriz não será traduzida. Pode haver.FITOPAC .a leitura de arquivos em formato Cornell é sujeita a várias limitações sérias. Seguem algumas observações mais específicas sobre cada formato : Cornell . são descartadas variáveis não-numéricas. Repare que os programas do pacote Cornell geralmente têm limites muito mais amplos no número de espécies e amostras. Você deve verificar se a matriz resultante cabe dentro de uma planilha 123. STATGRAPHICS não permite o uso do caractere “_” no nome. Se você tenta traduzir um arquivo que exceda os limites impostos pelo FITOPAC. Na exportação de arquivos para o formato Cornell. A planilha produzida quando se exporta para Lotus 123 contém a matriz com os nomes das variáveis (colunas) na primeira linha e os nomes das amostras (linhas) na primeira coluna. Note que dados numéricos em FITOPAC são armazenados como números de 4 bytes e não 8 bytes como em SYSTAT. portanto. a maioria de pesquisadores que utilizam o pacote Cornell já deixam espaços entre os dados. é necessário neste caso especificar se este caractere pode ser utilizado. porque utilizam um sistema de armazenamento mais eficiente para matrizes esparsas com muitos zeros. onde você precisa saber o comprimento do nome usado pelo programa que você pretende empregar. ??). estas serão descartadas.0. No caso dos formatos SYSTAT e Cornell. isto não se constitui em um problema sério. não se faz qualquer verificação dos limites de número de colunas e linhas na matriz. 8 . uma perda de precisão. que será utilizada como nome das amostras. o programa lê o valor numérico associado com a fórmula. produzir uma matriz que exceda os limites da versão de SYSTAT que você está utilizando e em conseqüência você precisa verificar esta limitação antes de tentar utilizar o arquivo. nomes de colunas e linhas podem ter no máximo 35 caracteres em FITOPAC. pois é necessário somente inserir espaços nas colunas apropriadas no arquivo Cornell para permitir leitura do arquivo. O formato DIF pode ser usado para transferir dados de FITOPAC para STATGRAPHICS e. Também é possível exceder o espaço de armazenamento disponível se tiver uma matriz cheia. e são reconhecidos os dados faltando. Onde foram colocadas fórmulas na planilha.versão 1 Limitações e problemas Cada formato de arquivo incluído aqui tem certas limitações em termos de características como comprimento permitido para nomes de variáveis. O programa não lê o formato FORTRAN especificado no início do arquivo Cornell (veja Hill 1979 ou ter Braak 1988 para uma descrição do formato Cornell). caracteres permitidos em nomes. Lotus 123 . e você precisa estar ciente das limitações dos formatos que pretende usar e do atual programa. é necessário que você especifique este dado. assim. normalmente não ocorrem problemas na importação de dados destes pacotes. O tamanho do nome pode ser mais problemático na exportação. Os nomes das colunas (variáveis) devem estar na primeira linha da planilha. É possível. Portanto. grau de precisão e outras atributos. No caso de linhas ou colunas inteiramente não-numéricas. A intenção aqui é traduzir o tipo de matriz simples que geralmente é encontrado em estudos fitossociológicos.a ocorrência deste tipo de erro depende da versão do pacote que você está utilizando. com poucos valores de zero.o programa lê e escreve diretamente o formato binário utilizado por SYSTAT versão 3. etc. No caso de matrizes do tipo presença/ausência. etc. mas para arquivos DIF ou ASCII. Como a maioria de pacotes estatísticos utilizam nomes mais curtos (geralmente 8 ou 12 caracteres).veja o manual de Hill (1979) para informações sobre este problema. portanto. No caso de exportação de arquivos para SYSTAT. Quando você importa um arquivo neste formato. e os nomes das linhas (amostras). SYSTAT . mas nomes mais compridos em planilhas serão truncados. A mais importante destas é a necessidade de ter pelo menos um espaço entre números (fig. mesmo que os números de espécies e amostras estejam dentro dos limites teóricos do programa . limitações nos caracteres permitidos em nomes de variáveis . não adianta “bolar” uma planilha complicadíssima com tudo quanto é tipo de formatação. Na maioria dos casos. Também existem.por ex. e pressupõe que todos os números individuais estejam separados por espaços. é possível você exceder o limite de número de espécies para programas do pacote Cornell . e valores faltando são representados por uma célula em branco. contendo somente dados numéricos e nomes de colunas e linhas. o programa automaticamente produz nomes do tamanho correto. e de qualquer modo. não deve haver grandes problemas.o programa consegue ler matrizes simples. não há maneira de se recuperar as fórmulas originais. Dados não-numéricos em qualquer outra posição na planilha serão solenemente descartados e substituídos por “valor faltando”. ??). e esperar que vá ser traduzida fielmente. Os dados numéricos são inseridos nas linhas e colunas apropriadas. mas descarta todas as informações sobre a fórmula em si. Uma vez que foi feita a tradução. embora seja possível produzir um arquivo perfeitamente válido para o formato Cornell onde não há espaços entre os números (fig. enquanto SYSTAT aceita sem problemas. receberá uma mensagem de erro. Em geral. É impossível prever todas as combinações necessários para os diferentes programas estatísticos e planilhas. na primeira coluna. com exceção da primeira. Repare que o programa não verifica limites de tamanho de matriz. O programa ignora gráficos e formatação dentro da planilha.

principal components analysis and redundancy analysis (version 2.programa MATRIZ (manual versão 01/05/98) Notas técnicas Bibliografia Hill.F. ter Braak. NTSYS-pc. A FORTRAN Program for Detrended Correspondence Analysis and Reciprocal Averaging. New York.5. Section of Ecology and Systematics. CANOCO . 1989. F. M. 1988. DECORANA. Agricultural Mathematics Group. Exeter Publishing Ltd. Version 1.. 1979. Wageningen.1). 9 . Rohlf. C. Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System. New York.J.a FORTRAN program for canonical community ordination by [partial] [detrended] [canonical] correspondence analysis.J. Cornell University.O.

Esta matriz contém todas as possíveis comparações entre pares dos objetos sendo comparados (também conhecidos como Unidades Taxonômicas Operacionais .FPC como saida (e SAOJOSE.FPM como entrada e produz SAOJOSE.na literatura de taxonomia numérica). algumas facilidades para comparar matrizes e converter entre diferentes formatos de arquivo. precisa transpor a matriz “FPM”. Normalmente é necessário especificar somente o nome do arquivo “FPM”. Introdução Este programa serve como elo de ligação entre as matrizes de dados produzidas pelos programas CRIAMAT e MATRIZ e os programas CLUSTER e ORD (quando se deseja utilizar Análise de Coordenados Principais). ou na hora de produzí-la. caso pede uma listagem da matriz). O programa tem. oferecendo diversos coeficientes de semelhança e distâncias amplamente utilizados para estudos ecológicos e taxonômicos. se optar pela impressão da matriz. Caso quiser fazer uma comparação entre espécies. não importando se você compara objeto A com B ou B com A. Por ex. como entrada. Para diversos tipos de análise. Se por alguma razão você prefere um outro nome para o arquivo “FPC”. e o programa cria automaticamente um arquivo “FPC” com o mesmo nome do arquivo de entrada. ou na opção de modificação de matriz no próprio COEF. ainda. Legendre & Legendre (1983).PROGRAMA COEF Função O programa “COEF” permite o cálculo e gravação de matrizes de coeficientes de distância ou semelhança para uso em análise de aglomerados e análise de coordenados pricipais. um arquivo LST contendo a listagem. Normalmente. é necessário armazenar somente a metade da matriz. binários (presença/ausência) ou mixtos (com diferentes tipos de variáveis).LST. Também é possível imprimir e manipular em várias maneiras a matriz de coeficientes produzida. Para informações mais completas. na forma de uma matriz triangular.UTOs . contendo uma matriz de dados onde as linhas da matriz representam os objetos a serem comparadas. Pielou (1984) e Sneath & Sokal(1973). contendo dados numéricos (quantitativos). é essencial calcular uma matriz que mostra o grau de semelhança ou dessemelhança entre uma série de amostras ou espécies. Não é possível discutir as propriedades de todos os coeficientes dentro deste manual.por ex. basta especifica-lo como segundo nome de arquivo quando chama o programa . As saidas do programa são um arquivo do tipo “FPC” contendo a matriz de coeficientes e.. Gordon (1981). COEF SAOJOSE SAOPAULO vai utilizar o arquivo SAOJOSE. e portanto. Arquivos necessários O arquivo de entrada para este programa é um arquivo de tipo “FPM”. matrizes retangulares de dados no formato “FPM”. recomendo Dunn & Everitt (1982). 1 . A matriz normal produzida pelo programa CRIAMAT coloca as amostras como linhas. a matriz calculada pelo COEF a partir de um arquivo “FPM” deste tipo será uma matriz de semelhanças entre amostras. COEF permite o cálculo e armazenamento de uma matriz deste tipo. o uso deste programa é essencial para produzir as matrizes necessárias para análise de aglomerados.FPM como entrada e SAOPAULO. Como as comparações normalmente são simétricas.FPC como saida. Clifford & Stevenson (1975). COEF SAOJOSE vai utilizar o arquivo SAOJOSE. e tem facilidades para calcular distâncias geográficas entre localides quando fornecido com os coordenados correspondentes. Utiliza.

FPM no.0 dupl. euclid. Os itens marcados com asterisco estão disponíveis somente depois de selecionar um arquivo de entrada.correlacao J . quantitativo ou mixto).correlacao P . COEF[ICIENTE] .distancia euclidiana media E . quadrada media D .distancia corda M .distancia euclidiana simples C .Tanimoto R .Bray Curtis G . formato.Canberra excl. J .Rogers . Você só vai poder selecionar o coeficiente após a leitura do arquivo de dados.Kulczynski R .Ochiai P .diferenca de forma I .dist. de variables : 200 [0] Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Coeficiente atual : distancia euclidiana simples test data set . de objects : 11 [0] Arquivo saida : MAT1. aparece um menu de coeficientes mostrando todos os coeficientes disponiveis no programa para o tipo de arquivo de dados escolhido (binário. Horn) L .distancia manhattan media G .distancia euclidiana quadrada B . após o cálculo dos coeficientes.Jaccard M .Gower S .chi-quadrado U .diferenca de tamanho N .diferenca de forma O .Bray Curtis H . e no caso de imprimir.Kulczynski O . Segue a explicação de cada ítem :LER .Yule T .Baroni . Ao escolher esta opção. I .Dice/Sorenson/Czekanowski N .FITOPAC .0 dupl.Marczewski-Steinhaus K . imprimir e manipular.versão 1 Utilização Tela principal : Arquivos Rotas Ler Coef.diferenca de tamanho H .Hamann S .Morisita K . quadrada media D .chi-quadrado com Yates Para dados quantitativos A .distancia manhattan media F . euclid. Para dados binários A .distancia euclidiana quadrada B .Canberra incl. *calcular.distancia euclidiana media E .succesive 10 % overlaps As opções oferecidas no menu principal são Ler.distancia euclidiana simples C .ler o arquivo de dados.Morisita (mod. *coef.FPC no.“simple matching" L .Distancia geografica 2 .selecione o tipo de coeficiente que deseja calcular. *modificar. fOrmato Modificar calcUlar Imprimir Manipular Sair Escolher o coeficiente a ser calculado -----------------------------------------------------------------------------arquivos Arquivo entrada : MAT1.distancia manhattan total F .Marczewski-Steinhaus Q .dist.Urbani & Buser Q .

Canberra e Manhattan média).pode ser FITOPAC (FPC) ou NTSYS. Para dados binários. alem de transpor e imprimir a matriz de dados e acesso à planilha para inspeção e modificação de dados individuais. etc. F4 Impressora.escolher o formato do arquivo de coeficientes . e depois combinar estas matrizes (dando um peso proporcional ao número de caracteres para cada um) para dar uma matriz final que é equivalente à matriz calculada diretamente utilizando todos os caracteres de uma vez.permite manipular arquivos de coeficientes (combinar arquivos.) Veja a seção “Manipulando matrizes”. As transformações são particularmente importantes pois é necessário transformar as colunas da matriz antes de calcular muitos coeficientes. Veja a seção “Limitações e problemas” para mais informações. não seria possível calcular uma matriz de coeficientes diretamente pois o máximo de caracteres quantitativos é 250. efetivamente não existe limite para o número de caracteres. calcular o complemento de uma matriz de coeficientes e calcular o coeficiente de correlação cofenética entre duas matrizes. Mas voce pode criar 3 arquivos de dados. 2 com 250 caracteres e um com 150 caracteres. Desta maneira.programa COEF (manual versão 30/04/98) Note que nem todos os coeficientes são aplicaveis com qualquer tipo de dados de entrada . FORMATO . O principal uso desta opção é em casos onde você tem demais caracteres para calcular a matriz de coeficientes diretamente. CALCULAR . Estas incluem a possibilidade de combinar duas ou mais matrizes de dados.veja a seção “Limitações e Problemas” para informações sobre possíveis incompatibilidades. Você também pode utilizar esta facilidade para criar matrizes que combinam diferentes tipos de caracteres. especialmente onde o número de objetos é grande. converter entre formatos de arquivo. abre a seguinte tela:- . IMPRIMIR . eliminar ou mascarar linhas ou colunas da matriz. Não é possível combinar distâncias com semelhanças. Por exemplo. Veja o capítulo “Opções comuns a vários programas” para uma descrição mais detalhada desta opção. cOmbinar conVerter comPlemento coFenetica Continue Combinar 2 ou mais matrizes de coeficientes ------------------------------------------------ ------------------------------------------------------F1 Ajuda. Manipulando matrizes COEF oferece algumas facilidades para manipulação de matrizes de coeficientes. MODIFICAR .imprime a matriz de coeficientes num arquivo que terá o nome do arquivo de saida com a extensão “LST”. Para dados mixtos. somente o coeficiente de Gower é disponível. calcular um coeficiente para cada matriz. F5 Gravar config. e o programa dará uma mensagem de erro se tentar.inicia o calculo da matriz de coeficientes e a gravação do arquivo “FPC” onde são armazenados.esta opção é muito importante pois permite a modificação da matriz de dados antes de calcular os coeficientes. Ao selecionar esta opção.permite combinar duas até quatro matrizes em uma matriz só. F3 Selecionar. MANIPULAR . alguns coeficientes são exatamente iguais (por ex. Lembre que o número de coeficientes na matriz é uma função do número de objetos ao quadrado ! A impressão de uma matriz de coeficientes destrui a matriz de dados que está na memória do micro e será necessário re-ler a matriz para calcular mais coeficientes. embora o limite para o número de objetos (400) continua válido. As modificações disponíveis incluem transformar. Tome cuidado com esta opção pois a listagem obtida pode ser muito volumosa. F10 Sair Segue uma descrição de cada opção :COMBINAR . se tiver uma matriz com 650 caracteres quantitativos.

FITOPAC → SYSTAT ou NTSYS). mas pode ser usado com outras matrizes e não somente com a dendrograma.00 Nome de arquivo FPC contendo matriz de coeficientes Você pode entrar com os nomes de até quatro matrizes que serão combinadas. Este peso normalmente é igual ou proporcional ao número de caracteres usados para produzir cada matriz. COFENETICA . mas você pode usar outros pesos.00 0. transformando similaridade em distância.00 0.permite converter arquivos de um formato para outro (por ex. 1. junto com o peso a ser dado a cada uma.0 .FITOPAC .NTSYS > FITOPAC C . CONVERTER .calcula o complemento da matriz de coeficientes .versão 1 Arquivos a serem combinados arquivo nnnnnn nnnnnn nnnnnn nnnnnn peso 0. Ao escolher esta opção.00 0. Semelhante à opção para correlação cofenética em programa CLUSTER. caso queira alterar o equilibrio entre as matrizes.FPC Arquivo de saida ? : MAT1. aparece uma tela pedindo os nomes dos arquivos de entrada e saida a serem usados na conversão :Arquivos Arquivo de entrada ? : MAT1.calcula o coeficiente de correlação cofenética entre qualquer par de matrizes e mostra um gráfico plotando os valores da primeira matriz contra os valores correspondentes da segunda matriz. Repare que só pode ser usado com matrizes do mesmo tamanho. 4 .FITOPAC > SYSTAT D .DAT COMPLEMENTO .SYSTAT > FITOPAC em seguida.o valor de similaridade.isto é. aparece um menu mostrando as conversões disponíveis :- A .FITOPAC > NTSYS B . O valor do coeficiente na matriz final é calculado a partir da seguinte expressão C f = pC+pC +pC +pC 1 1 2 ∑p i =1 2 4 3 3 4 4 i onde Ci é o valor do coeficiente em matriz 1 e pi é o valor dado para o peso para matriz 1.

Depois pode imprimí-las utilizando a opção de nome de arquivo na operação de impressão para controlar quais matrizes são impressas. o programa precisa remover a matriz de dados da memória RAM. devido a limitações de espaço. é necessário somente recarregar a matriz após a impressão. mas cada um tem variaveis diferentes faltando. Valor do coeficiente não definido . O resultado vai ser uma tentativa de calcular semelhança ou distância entre objetos que não tem nenhum variável válida em comum. Portanto. uma variável é rejeitada se um ou outro ou ambos os objetos tem dados faltando para esta variável. Os coordenados geográficos devem estar em graus decimais (i. É possível que ocorra uma situação onde ambos os objetos tem aproximadamente a metade dos dados faltando. Veja o comentário em “Dados faltando”. e um ou ambos os objetos tem exatamente o mesmo valor para todas suas variáveis. existem algumas limitações importantes. quando você seleciona a opção para imprimir a matriz de coeficientes. a matriz resultante vai subestimar as distâncias para estes objetos. Como alternativo. acima. e se você quiser calcular outos coeficientes utilizando a mesma matriz modificada. caso haja um número grande de dados faltando. Com dados binários.a causa desta mensagem é a ausência de valores válidos para algum par de objetos. Este ponto é particularmente importante se tiver alguns objetos com muitos dados faltando . Para dados qualitativos (presença/ausência). e neste caso. matrizes de dados taxonômicos frequentamente contém dados faltando . O número máximo de colunas (variaveis) depende do tipo de matriz. matrizes com muitos dados faltando devem ser tratados com bastante cautela. porém. e não é possível ler uma matriz com mais que 400 linhas nesta versão. Este problema pode ser evitado por eliminação de um ou ambos os objetos envolvidos.e. graus + (minutos + segundos/60)/60) com latitude na primeira coluna da matriz e longitude na segunda. e a matriz não pode ser usada. No cálculo do coeficiente entre dois objetos. Para matrizes de dados quantitativos. pois o programa ignora comparações individuais onde faltam dados. pois os coeficientes calculados não são muito confiaveis. A única maneira de resolver este problema é de eliminar um ou ambos os objetos envolvidos ou completar a matriz com dados novos. em casos onde você pretende modificar a matriz de dados e calcular diversos coeficientes. Esta situação geralmente ocorrerá em matrizes com muitos valores faltando. não foi possível medir um ou mais dos objetos sendo estudados. no. recomendo que. Latitudes ao Sul devem ser negativos e longitudes Oeste também. Limitações e problemas O número máximo de objetos é 400. A presença de dados faltando na matriz de dados não é um problema na maioria dos casos. pode criar uma matriz já modificada utilizando CRIAMAT ou MATRIZ. ou completando a matriz com mais dados reais para estes objetos. recomenda-se o uso da distância média pois a presença de dados faltando vai diminuir a distância total calculada. o programa mostra uma mensagem de erro e para o processamento da matriz. No caso de cálculo de distância geográfica. Como não é possível armazenar os coeficientes calculados junto com a matriz de dados originais na memória RAM do micro. Em geral. precisará refazer todas as modificações.se não for usada a distância média. de comparações validas = 0 . No caso de distâncias eclidianas e manhattan. Neste caso.08 de longitude. ocorre 5 . O uso das facilidades para combinar matrizes. SP ficariam : -22. Veja Dunn & Everitt (1982) e Clifford & Stephenson (1975) para uma discussão deste ponto. o limite é 1000 colunas. qualquer modificações que foram feitas na matriz de dados são perdidas. se possível. porém. Neste caso. Note que a opção de impressão pode imprimir qualquer matriz tipo “FPC” e não está restrita ao último arquivo gravado. Um outro problema que pode surgir é a falta de comparações válidas.88 de latitude e -47.programa COEF (manual versão 30/04/98) Dados faltando Embora não seja tão comum em matrizes de dados ecológicos. Não pode ter dados faltando ! Mensagens de erro O programa produz uma mensagem de erro quando encontra uma situação que produzirá uma matriz com valores que não são válidos. calcule todas as matrizes de coeficientes primeiro. permite utilizar um número quase ilimitado de variáveis (veja a seção “Manipulando matrizes"). O coeficiente é calculado somente com base nas comparações válidas entre os objetos.em uma ou mais variáveis.geralmente ocorre quando se usa um coeficiente de correlação. Assim. os coordenados para a cidade de Campinas. o limite é 250 colunas.

6 . ik x x ik é a média das observações para amostra i. coeficientes que utilizem dados quantitativos - Distância euclidiana quadrada 2 d ij=∑ ( xik − x jk ) 2 k =1 N d 2 ij = (b + c) para dados binários. Quando se opta pela impressão da matriz de coeficientes. M é o número total de amostras (UTOs). mas são gravados imediatamente no arquivo “FPC”. Distância euclidiana simples d ij = d 2 ij d ij = (b + c) para dados binários. Para dados binários. para variáveis contínuas. as formulas utilizam a seguinte tabela :- UTO i + - U T O j + a b - c d onde a é o número total de variaveis onde amostras i e j ambos tinham o valor “1”.FITOPAC . Nas definições. com N variáveis e M amostras :é o valor observado para variável k na amostra i. a cópia da matriz de dados que está na memória RAM é destruida e os coeficientes recuperados do arquivo “FPC” para impressão. b onde amostra i tinha o valor “0” e amostra j o valor “1”. os seguintes símbolos são usados :Para uma matriz de dados X. N é o número total de variáveis. devido ao problema de armazenar a matriz de dados e a matriz de coeficientes ao mesmo tempo. ou alterando a codificação das variáveis. etc. Pode ser corrigido removendo um ou ambos os objetos. As formulas utilizadas para calcular os coeficientes são descritas abaixo.versão 1 quando d e (b ou c) tem valores de 0. Notas técnicas Os coeficientes não são armazenados em RAM. para todas as variáveis de 1 a N.

d CANij = (b + c ) . excluindo zero duplo (a + b + c ) 7 . N Distância Manhattan total {"city block metric"} d Mij=∑ xik − x jk k =1 N d Mij =(b + c) para dados binários. (veja Clifford & Stephenson. para dados binários.programa COEF (manual versão 30/04/98) Distância euclidiana quadrada média d 2 ij = d N 2 ij d 2 ij = (b + c ) para dados binários. Distância Manhattan média {"Mean Character Difference"} d Mij= 1 N ∑ − N k =1 x ik x jk d Mij = (b + c ) para dados binários N Bray . 1975).Curtis d BC = ∑ x −x ∑ (x + x k =1 ik k =1 N ik N jk d jk BC = ) (b + c ) para dados binários [ 2 a +(b + c)] "Canberra metric” incluindo zero duplo d CANij = 1 N x −x ∑( + x x N ik ik k =1 jk jk ) d CANij = (b + c ) para dados binários N "Canberra metric” excluindo 0 duplo igual ao anterior. Esta é a forma original e mais comum deste coeficiente. mas excluindo comparações onde ambos as amostras tem o valor 0. N Distância euclidiana média d ij = d N 2 ij d ij = (b + c ) para dados binários.

espécie k. Morisita modificado por Horn i ∑n igual ao anterior. É fornecida para permitir comparações entre matrizes de 8 . x jk ) (∑ xik + ∑ x jk ) k =1 k =1 k =1 M M M ou = SSOR para dados binários Distância geográfica . e Ni = no.Esta opção calcula a distância em kilómetros entre dois pontos na superficie da terra quando são fornecidas as latitudes e longitudes dos pontos.versão 1 Morisita C = Lij (λi + λ j) N i N j 2 ∑ nik n jk onde λ = i ∑ n (n − 1) N ( N − 1) ik ik i i nik = no. mas λ = N i 2 ik 2 Distância corda d ij = 2(1 − cos θ ) onde cos θij = ∑x x k =1 ik M 2 M k =1 ik k =1 M jk 2 jk ∑x ∑x Diferença de tamanho d ij = d ij = ou N N 1 (∑ xik − ∑ x jk ) 2 N 2 k =1 k =1 ou d ij = (b − c ) 2 para dados binários N2 Diferença de forma N N 2 1 N 1 ( xik − x jk ) − N 2 (∑ xik − ∑ x jk )2 ∑ N k =1 k =1 k =1 d ij = N (b + c)−(b − c) 2 para dados binários N2 Correlação r ij = ∑ (x − x )(x − x ) ∑ ( x − x ) ∑ (x − x ) ik i jk j 2 ik i jk j 2 r ij = ( ad − bc) (dados binários) ( a + b )( c + d )( a + c)(b + d ) Marczewski-Steinhaus S St = 2∑ min( xik . de indivíduos em amostra i.FITOPAC . total de indivíduos em amostra i.

mas pode haver problemas no caso de localidades que são muito próximos (menos que 10 minutos de ângulo de separação) devido ao acúmulo de erro no cálculo.Urbani & Buser S S S BUB = ad + a ( ad + a + b + c) Rogers-Tanimoto RT = = (a + d) (a + d)+ 2(b + c) (a + d) − (b + c) (a + b + c + d) Hamann H Yule S Y = ad − bc ad + bc 9 . os resultados são bastante satisfatórios. e a distância em kilómetros entre os pontos é dado por dist ij = 2π .cos LATj.6371. A formula usada para calcular a distância entre dois pontos. coeficientes que utilizem dados binários - Concordância simples {"Simple matching"} S SM = (a + d) N Jaccard S JAC = a (a + b + c ) Dice/Sorenson/Czekanowski S S KUL SOR = 2a (2 a + b + c ) Kulczynski 1 a a = [ + ] 2 ( a + b) ( a + c ) Ochiai S OCH = a [(a + b)(a + c)] Baroni .programa COEF (manual versão 30/04/98) semelhança e distância geográfica entre os locais representados na matriz de semelhança. é cosθ ij = sin LATi. 1988) Em geral. utilizando o teste de Mantel.. (Butler & Bell.sin LATj + cos LATi. i e j.cos( LONGi − LONGj ) onde θij é o angulo entre os dois pontos. é fácil converter os arquivos produzidos aqui ao formato NTSYS e utilizar este programa para realizar o teste. θ 360 ij o utilizando 6371 km. Embora a atual versão de FITOPAC não inclui o teste de Mantel. como o raio médio da terra.

A. Longman.H. Classification. 1988. Clifford. Cambridge University Press.0 se Xik = Xjk = 1 wk = 1. Academic Press. P. E. Harlow. Numerical Ecology.A. 1973. Interpretation of Geological Maps. Legendre. London. Numerical Taxonomy. The Interpretation of Ecological Data. Sneath.T. An introduction to numerical classification. & Bell. Pielou. 1983. Para cada variável.C. para variáveis quantitativas : Sk = ( X ik − max k X X −X jk ) w k = 1. 10 . J. & Everitt.quadrado com correção de Yates Coeficients para misturas de varíaveis Coeficiente de Gower W é o peso para cada comparação. 1981.R. Wiley.D.0 SG = ∑ wk S k =1 N k ∑w k =1 N k Bibliografia Butler. London. Chapman & Hall. L. & Stephenson 1975.C.0.0 se Xik = Xjk Sk = 1. Freeman. & Sokal. B. England. então wk = 0. An Introduction to Mathematical Taxonomy.0 wk = 1. 1984. G.0 min k para variáveis multiestado para variáveis binárias Sk = 1. se Xik ou Xjk está faltando. & Legendre. Gordon. R. P.quadrado χ 2 ij = N (ad − bc) 2 (a + b)(c + d)(a + c)(b + d) N ( ad − bc − N ) 2 χij = (a + b)(c + d)(a + c2)(b + d) 2 Chi . k. B.D.M. Elsevier.S.FITOPAC . H. 1982. Dunn. San Francisco.versão 1 Chi .

Quando você chama o programa. Manly (1986). mas o programa pode ser usado para análises de qualquer tipo de dados onde são válidas estas técnicas. o programa cria. correlação ou distâncias produzido pelo programa ‘COEF’. 1 . Estes partem de uma matriz de semelhança ou distância. Pielou (1984) e Sneath & Sokal (1973) para uma discussão mais ampla da teoria e aplicações de análise de agrupamentos.se você utilizar um outro tipo de arquivo. representa a hierarquia de grupos. Esta técnica é utilizada em situações onde não temos uma ideia pré-formada da delimitação dos grupos.aglomerativo’.FPC’ como arquivo de entrada e ‘POCOS. (contendo uma matriz de coeficientes) e um arquivo de saida (onde os resultados serão gravados). na realidade. Portanto. Caso você queira utilizar um arquivo com outra extensão. será preciso um arquivo contendo a matriz de dados. é necessário bater o nome completo deste. Produz dendrogramas dos agrupamentos obtidos e fornece várias análises suplementares. não é necessário bater a extensão.FPC’. matriz esta usada para calcular os coeficientes. mais ou menos objetivamente. em muitos casos. chamando o programa com a linha ‘CLUSTER POCOS’’. nem quantos grupos realmente existem na coleção de objetos. Os exemplos utilizados neste manual serão quase inteiramente ecológicos. o arquivo ‘NOME. um mensagem de erro aparecerá. considerando-se cada objeto (parcela ou amostra de vegetação) como um grupo inicialmente. como coeficiente de correlação cofenética e análises das propriedades dos grupos obtidos. Everitt (1980). e o program vai pedir o nome de um arquivo tipo ‘. O termo ‘Análise de agrupamentos’. Devem ser consultados os livros de Clifford & Stevenson (1975). você pode especificar os arquivos de entrada e saida na linha de comando. incluindo a maioria dos métodos comuns como média de grupo e vizinho mais próximo. automaticamente.FPC’. No atual programa. Arquivo de entrada : O programa utiliza um arquivo de coeficientes de similaridade. um diagrama que mostra o nível de semelhança entre os grupos. Dunn & Everitt (1982). Permite utilizar diversos tipos de agrupamento hierarquico . e manda toda a saida para este arquivo.LST’ como arquivo de saida.PROGRAMA CLUSTER Função Este programa produz uma análise de agrupamentos (cluster analysis) a partir de uma matriz de coeficientes de similaridade ou distâncias. É uma maneira de se investigar. Gordon (1981). assim. com propriedades e filosofias diferentes. successivamente. será usada o arquivo ‘POCOS. Não se pode usar um outro tipo de arquivo como entrada . Um dendrograma. Arquivo de saida : Quando não se especifica um arquivo de saida. CLUSTER ENTRADA SAIDA”. . até que permanece somente um grupo.LST’.por ex. é fornecido um conjunto de oito métodos de agrupamento. tem sido amplamente usada em ecologia e atualmente é empregada extensamente em campos de estudo variando de literatura até geologia. com extensão e tudo. e. as relações entre amostras e até que ponto nos podemos reconhecer subconjuntos que mostram mais semelhança entre si e que podem ser considerados como classes ou grupos distintos. Utilização Arquivos necessários São necessários: um arquivo de entrada. inclui uma vasta diversidade de métodos. e juntando o par de grupos mais próximos. Se você quer analisar os grupos formados. baseando-se em algum conjunto de características destes objetos. E no critério utilizado para decidir qual é o par de grupos mais próximos em cada passo da análise que os métodos diferem. todos do tipo ‘hierârquico .aglomerativo. Introdução Análise de agrupamentos é uma técnica que é utilizada para formar grupos de objetos ou UTOs (Unidades Taxonômicos Operacionais). embora utilizada inicialmente em estudos taxonômicos. O programa já supoe que o arquivo de entrada tenha a extensão ‘. São extremamente diversas as aplicações da análise de agrupamentos. Esta técnica.

As opções de tipo de agrupamento são apresentados no menu ‘Tipo de agrupamento desejado’ e a opção desejada pode ser escolhida. No caso de se utilizar a opção de saida de “Analisar os Agrupamentos” (veja “Opções de Saida” . Dendro. *Cofen e *Grupos. também.selecione o metodo de agrupamento que deseja utilizar. mandar a saida diretamente para a impressora.FPC’ como entrada e os resultados serão colocados no arquivo ‘POCOS. *Imprimir. batendo a letra apropriada ou utilizando as setas e <ENTER>.FITOPAC . Pode-se. Os comandos marcados com um asterísco estão disponíveis somente depois de produzir um dendrograma utilizando o comando “Dendr”.por ex. batendo ‘IMP’ para o arquivo de saida. Segue uma descrição de cada comando :METODO . 2 . bate este nome após o nome do arquivo de entrada.abaixo).FPC Arquivo saida : A. incluindo diversas medidas de semelhança. Tela principal Arquivos Rotas Metodo Dendro dEsen Imprimir Cofen Grupos Sair Escolher o metodo de agrupamento a ser usado ———————————————————————————————————————— —— arquivos Arquivo entrada : A.RES’.RES’ vai utilizar ‘POCOS. *dEsen.versão 1 Caso você queira especificar o nome do arquivo de saida.FPM’ que contém os dados originais utilizados para calcular a matriz de coeficientes de distância ou semelhança. Dados O programa aceita qualquer um dos coeficientes produzidos por ‘COEF’. que certas combinações de coeficiente e método de agrupamento podem criar problemas (veja limitações e problemas. ‘CLUSTER POCOS POCOS. correlação e diversos tipos de distância (veja a descrição do programa COEF para detalhes destas opções). lembrando de deixar um espaço entre os dois . porém. será também preciso o arquivo ‘. embaixo). Note.LST Rotas Rota entrada : C:\FITOPAC\ Rota saida : C:\FITOPAC\ Metodo atual : Media de grupo (UPGMA) Os principais comandos disponíveis são : Metodo.

a se formar . é o critério utilizado para decidir se dois grupos devem ser ligados. Teoricamente. aparentamente com resultados bons. (Weighted average.Ligaçao completa C . mas este método não é tão extremo como o método de ligação completa. É compatível com qualquer tipo de coeficiente. UPGMA. UPGMC) O critério usado neste método é a distância entre os centroides ou vetores de médias dos grupos sendo comparados. Ligação completa. o critério utilizado para ligação dos grupos é a média de distância ou semelhança de todos os pares de objetos com um em cada grupo. Centróide. 1987). Grupos relativamente compactos e esféricos tendem. Média ponderada. Apesar disso. a distância máxima (ou semelhança mínima) entre qualquer par de objetos. weighted centroid.Metodo de Ward (Variancia minima) H . a soma dos quadrados das distâncias entre os membros de um grupo e o centroide do grupo . utiliza um critério que é exatamente o contrário da ligação mínima. ser interpretados com bastante cautela. aglomerativo. um de cada um dos dois grupos. apesar de qualquer diferença em tamanho. Este critério resulta em grupos extensas e ‘straggling’. O método tende a produzir grupos compactos e esféricos. é utilizada como critério para ligação de grupos. nearest neighbour. Compatível com qualquer coeficiente.Media ponderada (WPGMA) E . sem a formação de grupos nítidos. A transformação utilizada no programa não é compatível com coeficientes de similaridade ou correlação. Mediano.Sneath & Sokal (1973). Este método pode produzir ‘inversões’ no dendrograma.Ligaçao minima B . hierárquico. Compatível somente com coeficientes de distância. vizinho mais distante) Neste método. Também está sujeito a inversões no dendrograma. group average) Aqui.Mediano G . Método de Ward. São oito. (Centroid. este método só faz sentido quando utilizado com distância euclidiana quadrada.Metodo flexivel Todos os métodos de agrupamento são do tipo SAHN . minimum method. (Ward’s method. mas concede peso igual para os grupos. frequentamente formando uma ‘cadeia’ ou ‘escada’. (Complete linkage. Este método é compatível com distância euclidiana e coeficientes de diferença de tamanho e de forma. vários autores utilizam este método com outros tipos de coeficiente (Wishart.sequencial. portanto. sem sobreposição . Esta escada é caracterizada pelos objetos ligando-se um a um. minimum variance) Neste caso. 3 . onde a distância de ligação entre dois grupos pode ser inferior ao nível de ligações anteriores. O método é compatível com qualquer tipo de coeficiente. WPGMA. Ligação completa. (Average linkage. como no método anterior. tende a dar pesos iguais aos grupos. e tem a tendência de formar grupos extremamente compactos e esféricos. Da mesma maneira que a média ponderada. no total :Ligação mínima. A próxima ligação será feita utilizando o par de grupos que produz o menor aumento neste soma. McQuitty’s similarity analysis) Este método é semelhante à média de grupo. (Median. Média de grupo. vizinho mais próximo) O critério utilizado para ligar dois grupos neste método é a distância mínima (ou semelhança máxima) entre qualquer par de objetos. furthest neighbour. deveria dar resultados melhores onde grupos de tamanhos muito diferentes estão sendo comparados. Os resultados devem.Centroide F .programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Tipo de agrupamento desejado ? A . centroide ponderado) Este método é a variante ponderada do centroide. (Single linkage. maximum method. e você pode utilizar estes coeficientes se ignorar os avisos do programa.Media de grupo (UPGMA) D . Teoricamente. WPGMC. sendo um de cada grupo. porém. sem considerar o seu tamanho. então.

Note que é essencial ter o arquivo “. deve-se utilizar diversos critérios para tomar uma decisão sobre a validade de uma classificação. 1982). mas se o número de objetos é grande.e valores relativamente altos do coefiente de correlação cofenética são possíveis em situações onde ocorre distorção razoável na classificação produzida. Este método é compatível somente com distância euclidiana e não com correlação. < 0. análises de grandes números de objetos levarão muito mais tempo que análises menores.FITOPAC . entre os valores -1. Além disso. em micros mais lentos que não tem co-processador numérico. Esta opção produz uma listagem do dendrograma no arquivo de saida. É especialmente importante aqui a possibilidade de se inspecionar as variáveis originalmente usadas para produzir a matriz de semelhança/distância. plotando os valores da matriz de coeficientes original contra os valores cofenéticos do dendrograma (figura 3). na prática. no formato mostrado na figura 2. DENDRO . é possível simular o efeito de diversos métodos de agrupamento. Caso você queira analisar os agrupamentos menores. Este tipo de critério deve ser usado com bastante cautela não existe um teste de significância satisfatório . pode utilizar o comando “Grupos” . Portanto. nem sempre dá a classificação mais satisfatória. especialmente nos níveis inferiores. 1973).7 . e onde estão ocorrendo estes problemas (Sneath & Sokal. Atualmente. Portanto. (Lance_Williams’ flexible method) Este método foi proposto por Lance & Williams (1967) e permite variar um parâmetro. 4 . sem o uso do modo gráfico.0 produzem agrupamentos muito compactos. assim permitindo determinar quais variávies são importantes na separação dos grupos.0. O gráfico dá uma idéia melhor de possíveis distorções da matriz original. e.25 geralmente é satisfatório. quanto mais alto o valor desta correlação. 1980) indiquem uma má classificação ou que os agrupamentos não são satisfatórios. O programa também fornece um gráfico.versão 1 Método flexível. mas.0 até (mas não incluindo) 1. pode-se usar a opção imprimir o dendrograma. Com valores positivos de beta. oferece uma maneira de escolher entre classificações alternativas. utilizando o método de agrupamento especificado.calcula o valor do coeficiente de correlação cofenético (Sneath & Sokal. mas. é conhecido que o método de Média de Grupo (UPGMA) sempre otimiza a correlação cofenética (Gauch. semlhantes a ligação completa. só precisa bater <ENTER>. Qualquer outra tecla volta à tela principal.25). melhor é a representação dos dados originais fornecida pelo dendrograma. Se quiser usar o valor sugerido pelo programa (-0. Beta. mas valores perto de -1. o método produz resultados semelhantes a ligação mínima. variando o valor de beta. portanto. O valor deste coeficiente serve como indicador. dendrogramas que contém inversões não são corretamente impressos. e existem sugestões que valores baixos (por ex. IMPRIMIR . Você pode imprimir a tela resultante apertando Ctrl-P (veja ‘Imprimindo gráficos’).Esta é a opção mais complexa pois fornece diversos tipos de análise dos agrupamentos presentes no dendrograma atual. 1973).Everitt. o dendrograma vai parecer muito ‘apertado’. e a listagem pode ser extensa no caso de análises com grande número de objetos. Alternativamente. Esta opção calcula a correlação entre a matriz de coeficientes original e a matriz de valores cofenéticos que corresponde ao dendrograma produzido na atual análise. O tempo de processamento necessário é proporcional ao quadrado do número de objetos sendo agrupados.Analizar os agrupamentos. opção que tem facilidades para selecionar e aumentar partes do dendrograma. o dendrograma ocupa uma página para cada 30 objetos. DESEN[HAR] . de preferência no mesmo disquete ou sub-diretório que a matriz de coeficientes. Se esta opção é escolhida. COFEN[ÉTICO] . podem requerer várias horas de cálculos.imprime o dendrograma usando o conjunto normal de caracteres da impressora. Este coeficiente. embora os principais divisões (geralmente os mais importantes e interessantes) ainda serão evidentes. a listagem será extensa . Lance & Williams sugerem que um valor perto de -0. GRUPOS . Neste formato.FPM” usado para produzir a matriz de coeficientes se você pretende realizar análises das variáveis originais. Em geral. No caso de análises com um número grande de objetos.O dendrogram é desenhado na tela (figura 1) quando se escolha esta opção. o programa pede um valor para beta.Este comando inicia o cálculo do dendrograma a partir da matriz de coeficientes fornecida no arquivo de entrada.

Note que a escolha de um grupo anula qualquer escolha anterior envolvendo aquele grupo. utilizando as teclas de seta. Para selecionar um grupo. deixando claro qual é a parte do dendrograma que está sendo selecionada (fig. já foram selecionados 4 grupos. no dendrograma de fig. 4. e o ramo do dendrograma associado é desenhado com uma linha pontilhada. Permite examinar um ramo em mais detalhe. Por exemplo. « escolher o ramo atual para análise µ “desfazer” a escolha de um grupo ° terminar escolha de grupos e continuar análise. 4). com um cursor apontando para o nó que representa a raiz do dendrograma. As teclas usadas para “navegação” são as seguintes :- ¤ mude para o ramo à direita ¥ mude para o ramo à esquerda £ mude para o nó anterior (¢ não tem função aqui) §+ ¤ mude para o objeto mais à direita deste grupo §+ ¥ mude para o objeto mais à esquerda deste grupo + ² Vai até a raiz do dendrograma amplia (“zoom”). e depois aperta a tecla <ENTER>. a escolha do nó acima de grupos 1 e 2 vai anular estes grupos e criar um novo grupo 5 que contém os membros dos dois grupos originais. Sair Definir os grupos para analise ______________________________________________________________ Metodo atual : Media de grupo (UPGMA) Segue uma descrição da função de cada comando :DEFINIR . Quando terminar a escolha de grupos. o programa apresenta um gráfico do dendrograma (fig. 4). voltando ao dendrograma original. aperte a tecla <ESC> para continuar.esta opção simplesmente imprime no arquivo de saida uma lista dos membros de cada grupo selecionado (fig.desfazer o aumento. 5). aparece um quadrado ao redor da raiz do grupo junto com o número dado para este grupo (fig. Pode-se voltar quantas vezes quiser a este opção. voltando a esta opção uma vez que o primeiro nível de análises foi feito. especialmente em dendrogramas mais “apertados". Se você pretende analisar grupos ‘encaixados’ desta maneira.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Definir Membros Var Grupo Box/whisk Acres. O primeiro passo é de selecionar os grupos que você pretende analisar. MEMBROS .Depois da escolha desta opção. 5 . 4). Você pode “navegar” ao redor do dendrograma. . precisa fazer mais que um ciclo de análise. O cursor indica o nó ativo. 4. preenchendo a tela só com este ramo. examinando e escolhendo grupos para análises mais aprofundadas. Quando você escolhe um grupo.Imprimir listagem dos membros dos grupos . No dendrograma de fig. você posiciona o cursor no nó do dendrograma que é a raiz do grupo (ou ramo do dendrograma) que se pretende analisar.

mínimo e desvio padrão do variável para cada grupo (fig. e tende a ser insatisfatória como classificação. que ocupa um extremo do espectro de métodos e ligação completo no outro. Portanto. produzindo uma ‘escada’. onde grupos bem irregulares podem ocorrer com mais facilidade. não é possível acrescentar os números de grupo. Inevitavelmente. 1987. GRUPO . Apesar disso. a colocação dos objetos nos ‘grupos’ é um tanto arbitrária. Mas em casos onde os grupos tem formas estranhas. Os números de grupo serão colocados numa variável chamado “Grupo” que é adicionada à matriz como o último variável. e grupos que são formados somente com o uso deste método devem ser vistos com uma certa ‘desconfiança’. Milligan. este método pode ser extremamente útil. Esta listagem permite investigar quais são as variáveis que distinguem melhor entre diferentes grupos.FITOPAC . pois consegue seguir as configurações mais complexas. Ligação completa. Fora da caixa. Neste caso. Podemos fazer um contraste entre ligação mínima. porém.Diagrama “Box & Whisker” . permitindo qualquer combinação desde uma variável só.no. o processo de ‘encadeiamento’ (chaining). “Statgraphics” ou qualquer outro pacote estatística que tem facilidades para este tipo de análise. é apresentado somente uma linha representando o máximo e mínimo do grupo.com esta opção.voltar à tela principal. Ligação mínima produz dendrogramas que normalmente são de pouca utilidade na maioria de situações reais. Quando tem menos que quatro objetos no grupo. aparentamente bem distinctos. ou com outros pacotes estatísticas via as facilidades paratradução” de formatos. imprimindo os dados para cada variável para um dado grupo. é que este método vai produzir ‘grupos’. 50 % dos membros do grupo tem valores menores que o mediano. No caso de objetos que não estão dentro de um dos grupos selecionados. pode acrescentar os números de grupos à matriz original e utilizar esta matriz para uma análise de discriminantes. A consequência disso. algumas recomendações podem ser feitas. Por exemplo. na realidade. ou lineares ou mais irregulares. geralmente. Os vários levantamentos feitos mostram que não existe um método que é nitidamente superior aos outros em todas as circumstâncias. e 50 % dos membros caiem dentro da faixa entre os “quartiles” (i. que tendem a ser mais ou menos esféricos. 1977) para cada variavel selecionada. você pode acresentar permanentamente os números de identificação dos grupos selecionados à matriz de dados originais. desde que não haja muitas amostras intermediárias. o programa pergunta quais variáveis você quer utilizar. mas. amostras intermediarias liguem os grupos precocemente e estas ligações escondem a estrutura que na realidade está presente. 6). Com este gráfico. que é pouco informativa. e os extremos da caixa representando os “quartiles".Resumir dados por grupo . numa forma extrema. 1985).esta opção imprime um resumo de cada grupo. de grupo a matriz . Quando uma matriz já contém o número máximo de variáveis. temos uma distribuição contínua. fornecendo média. muito compactos. se você quer verificar até que ponto os grupos podem ser distinguidos e criar funções discriminantes para separá-los. Scheibler & Scheibler. onde as amostras se ligam com o dendrograma uma por uma. e a escolha depende do tipo de dados que o usuário tem e do tipo de agrupamentos que ele procura (por ex. por outro lado.versão 1 VAR[IÁVEL] . será dado o valor de “dados faltando” para esta variável. com uma linha central representando o mediano. Figura 8 mostra um exemplo deste tipo de gráfico. permitindo o uso destes grupos em outros programas deste pacote. antes de proceder ao próximo grupo (figura 7). mas produz um resumo grupo por grupo. SAIR . onde. dois “whiskers” representam o máximo e mínimo do grupo para a variável. A diversidade de métodos de se formar agrupamentos cria muitas dúvidas e questões sobre a sua aplicação.esta opção é um equivalente gráfico do “Resumir dados por variável". dentro da caixa). Antes de imprimir esta listagem. Recomendações sobre escolha de métodos.e. ACRES[CENTAR] .Terminar analise de grupos . produz grupos extremamente bem definidos. torna-se fácil comparar os grupos e investigar o grau de sobreposição entre os grupos nas variáveis selecionadas. os resultados são mais aceitáveis dos que os de ligação completa. máximo. produzindo um gráfico do tipoBox & Whisker” (Tukey. Se não se definem bem os grupos existentes nos dados. Esta opção é útil quando você quer caracterizar um grupo específico. 1981. Milligan & Cooper. cada grupo é apresentado como uma caixa (“box”).Resumir dados por variavel . O método de Ward também tende a produzir grupos relativamente compactos e esféricos. Mostra. este método frequentamente produz 6 . até todas as variáveis no arquivo. Também pede uma lista das variáveis que devem ser usadas. Esta situação parece ser mais comum em estudos taxonômicos.semelhante à opção anterior. Na prática. BOX/WHISK . variavel por variavel. usando “Systat".

os agrupamentos produzidos são quase sempre mais fáceis para interpretar do que as classificações produzidas por outros métodos. o método flexível é bastante interessante por que a intensidade de agrupamento pode ser controlada. Lance e Williams distinguem duas situações: 1) a estratégia de agrupamento pode ser combinatorial. valores de β na faixa de -0. Nos estudos citados anteriormente. isso é considerado indesejável. onde os novos coeficientes dos grupos formados são calculados a partir dos anteriores. No caso dos métodos de centroide e mediano. Portanto. Já. Enquanto esta técnica facilita a programação e permite a inclusão de uma diversidade de métodos dentro de um único programa. e. alguns métodos não são combinatoriais. fornece resultados comparáveis com média de grupo e método de Ward (Milligan & Cooper. o dendrograma resultante pode mostrar inversões: nestas o nível de fusão entre dois grupos é inferior (distância menor) do que o último nível de fusão dentro de um ou ambos os grupos (o nível de fusão não aumenta monotónicamente). dij e o número de objetos em i e j. ] Compatibilidade entre coeficientes e métodos. utilizando diferentes valores do parâmetro β (beta). em algumas situações. Os estudos com dados artificiais sugerem também que o método de Ward é quase sempre um dos melhores.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) resultados bons para dados de composição florística e em estudos taxonômicos. É sugerido por Milligan (1987) que valores de β em torno de -0. porém. não há espaço suficiente para fazer análises de agrupamento com o número máximo de objetos e o programa dará uma mensagem dememória insuficiente” se tentar. algumas destas propriedades são perdidas. se não o melhor. 1985). embora em conjuntos de dados onde casos extremos (‘outliers’) são comuns. 1987. dentre as técnicas aglomerativas/hierárquicas (Milligan. Em estudos com dados reais. 7 . melhor que o método de Ward (especialmente com coeficientes de correlação). Scheibler & Schneider. O método de média de grupo é. sem a necessidade de recalcular a matriz inteira. Scheibler & Schneider. djk. o que quer dizer que os coeficientes calculados nas etapas posteriores da análise são de exatamente o mesmo tipo e tem as mesmas propriedades que os coeficientes iniciais. análises vão ser bastante demoradas e os dendrogramas apresentados na tela serão muito “apertados". e neste caso o coeficiente de um grupo k com o novo grupo formado pela fusão dos grupos i e j pode ser expresso inteiramente em termos dos coeficientes dik. 1981. Com este número. Milligan & Cooper. pois os coeficientes nas fases posteriores não são iguais aos originais.2 a -0. No caso de uma estratégia incompativel.7 são necessários para obter resultados satisfatórios. alguns coeficientes teoricamente não podem ser utilizados em combinação com alguns métodos de agrupamento. em geral. dependendo do valor de β escolhido. em alguns casos. mais do que produzir realmente uma classificação de grupos distintos. 1987. e não é mais possível interpretar os resultados com confiança. [ No momento. geralmente foi comparável ou. O algorítmo empregado neste programa utiliza a estratégia combinatorial (combinatorial strategy) de Lance & Williams (1967).25 geralmente funcionam bem. Em geral. Com alguns coeficientes. Limitações e problemas Limites O número máximo de objetos (UTOs) é 400. produz resultados bons. Normalmente. 2) a estratégia pode também ser compatível. Parece ser particularmente útil para estudos ecológicos onde em muitos casos queremos ‘dissecar’ o que é essencialmente contínuo. Esta propriedade de formação de inversões é considerada altamente indesejável por muitos autores que consideram estes métodos obsoletos. o mais satisfatório.4 a -0. não é necessário usar os dados originais ou a matriz de coeficientes original para atualizar a matriz. Os outros métodos mencionados produzem resultados entre os extremos de ligação mínima e ligação completa. 1985).

An Introduction to Numerical Classification. H. também.R. recomenda-se evitar combinações incompatíveis. & Stevenson. e não a matriz inteira. a modificação sugerida por Anderberg (1973). De modo geral. Schiebler & Schneider. é necessário pesquisar somente estes valores mínimos. Portanto. em alguns casos.T. onde o valor mínima de cada coluna da matriz de coeficientes é armazenado. você é inteiramente responsável pela interpretação da análise resultante! Se não conhece bem estes métodos. Notas técnicas O programa utiliza o algorítmo de Wishart (1969) para realizar o agrupamento. Neste caso. Academic Press.versão 1 As combinações consideradas combinatoriais e compatíveis são resumidas na tabela seguinte : tipo de coeficiente. método lig. desde que usados com cautela. Academic Press. mas permite continuar com a análise se você quiser. 1973. 8 . mínima lig. diminuindo consideravelmente o tempo necessário para processamento. Este tem a vantagem de permitir diversos métodos de agrupamento com essencialmente uma única transformação. Apesar dos possíveis problemas. completa média de grupo média ponderada centróide mediano Ward flexível distância simples +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/+ -/? +/+ +/+ distância quadrada +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ +/+ combinatorial/compatível distância Manhattan +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/+ -/? +/+ correlação +/+ +/+ +/+ +/+ -/+ +/-/? +/- Em geral. somente com distâncias quadradas. 1985). Bibliografia Anderberg. e.FITOPAC . nota-se que os primeiros 4 métodos são compatíveis e combinatoriais para qualquer coeficiente enquanto os últimos 4 devem ser usados somente com distâncias. combinações onde tem um ‘-’ na tabela devem ser evitadas : o programa dará uma mensagem indicando que uma combinação e incompatível. 1975. M. simplificando a programação e oferecendo todos os métodos dentro do mesmo programa. várias técnicas teoricamente incompatíveis são usadas com coeficientes como correlação (especialmente o método de Ward . Para aumentar a velocidade de processamento. foi utilizada. New York. W. e parecem produzir resultados úteis. é possível utilizar combinações incompatíveis ou do tipo não combinatorial.por ex. New York. Clifford. e desde que se reconhece que não são implementações exatas do método original. Cluster Analysis for Applications. Neste caso.

1982. R. Milligan. Heineman Educational Books. Chapman & Hall.H. & Everitt. Classification. Wishart. & Sokal. Chapman & Hall. Lance. London. M.H. Numerical Taxonomy. Milligan. Milligan. San Francisco. G. The Interpretation of Ecological Data. Multivariate Behavioural Research 16 : 397407.).. Sneath. London. Mass. New York. 1985.C.S. 1981. 1973. G. 1987.C.D. & Wiliiams. Freeman & Co.W.N. Monte carlo tests of the accuracy of cluster analysis algorithms: a comparison of hierarchical and nonhierarchical methods.R. D. A review of monte carlo tests of cluster analysis. W. Exploratory Data Analysis. Faculty of Management Sciences. London. Cluster Analysis (2nd ed. Biometrics 25 : 165-170.G. 1977. Tukey. Measurement 11 : 329-354. J. Everitt. Addison-Wesley. P. & Cooper. Reading. W. Computer J.F.programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Dunn. Scheibler. 1969. An algorithm for hierarchical classifications. W. G. A. An Introduction to Mathematical Taxonomy. A general theory of classificatory sorting strategies 1. Pielou. Multivariate Satistical Methods. D. B. Columbus OH: Ohio State University.A. Gordon. 9 : 373-380.W. & Schneider. Applied Psychological 9 . Manly. G. 1984. Wiley. E. 1981. G. 1987. 1986. B.W. 1967. A study of the beta-flexible clustering method (WPS 87-61).S. Multivariate Behavioural Research 20 : 283-304. Hierarchical systems. 1980. Methodology review: Clustering methods. Cambridge University Press.W.T. B.

FITOPAC .versão 1 Figura 1 Dendrograma desenhada na tela 10 .

99 7.99 15.94 5.44 9. Exemplo de listagem de dendrograma 11 .programa CLUSTER **** ** ** (manual versão 30/04/98) Dendrograma **** Tipo de coeficente : distancia euclidiana simples Tipo de agrupamento : Media de grupo (UPGMA) Nivel de fusao 2.25 15.94 UTO modern dog-+-------+ +---------+ prehistoric -+-------+ | +--------+ cuon-+-----------------+ | +------+ golden jacka-+--------------------------+ | +--------------------+ dingo-+---------------------------------+ | | chinese wolf-+---------------------+ | +--------------------------------+ indian wolf-+---------------------+ +------+-------+------+-------+------+------+-----+----+ 0 | 4 | 8 | 12 | 16 2 6 10 14 distancia euclidiana simples Figura 2.04 4.

12 .FITOPAC .versão 1 Figura 3 Gráfico produzido para correlação cofenética.

4 grupos já foram selecionados. 13 .programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Figura 4 Fase de escolha de grupos .

16c. 15e.versão 1 membros dos grupos selecionados *** *** Agrupamento : Grupo 1. 17c. 5c. 18d. 10d. 5b. 6c. 10c. 19b. *** Agrupamento : Grupo 2. Listagem dos membros dos grupos. com 16 membros *** Membros do agrupamento sao : 2b. com 20 membros *** Membros do agrupamento sao : 11d. 8c. Figura 5. 7c. 1b. 13e. 12a. 20d. 15a. 17b. 2c. 10b. 14 . 11c. 10a. 16a. 14a. 12e. 4d. 13d. 20b. *** Agrupamento : Grupo 3. 11a. 17a. 8d. 1d. 19e.*** FITOPAC . com 4 membros *** Membros do agrupamento sao : 1a. 5e. 11e. 5d. 12c.

1 Grupo grupo grupo grupo 1.600 0.5944 0.600 maximo 4.700 N 16 4 20 Figura 6. 2.250 4...... Resultados de análise de grupos por variável..105 M.3464 0..2745 minimo 4.. 3. *** Media 4..100 4.900 N 16 4 20 Variavel no.2094 0..387 4.000 4.900 3.. 2 Grupo grupo grupo grupo 1.856 1..O..400 4.800 4.*** programa CLUSTER Resumo por variavel *** (manual versão 30/04/98) Variavel no. *** Media 3.000 maximo 4.. 3.1915 0..3410 minimo 2.700 1... -0 desvio padrao 0.. 2.700 4.... 15 .380 pH CaCl-0 desvio padrao 0.200 4.

387 3.600 1.800 0.856 2..700 5..FITOPAC . P -0.6778 0.4569 0.480 N 16 16 16 16 Variavel pH CaCl-0.1915 0...105 1.2745 0. M...400 0.290 N 4 4 4 4 Variavel pH CaCl-0...2094 0. *** grupo 2 *** Media 4.800 4. -0..3464 1.versão 1 *** Resumo por grupo *** *** grupo 1 *** Media 4..300 N 20 20 20 20 Variavel pH CaCl-0..800 0.900 4..100 2..250 1...806 0. P -0.800 0. Resultados de análise de variáveis por grupo.....O....010 maximo 4.700 5. 16 .....230 maximo 4.640 0... K -0..5944 0.000 0.380 4.....1103 minimo 4..400 1.700 3.285 desvio padrao 0. M.. -0. K -0. -0.0283 minimo 4.O.200 3.3410 0.......0681 minimo 4.625 0. M... Figura 7.100 maximo 4........600 1.900 2.214 desvio padrao 0.9044 0....O..000 0. *** grupo 3 *** Media 4.....000 3. P -0...600 0. K -0.270 desvio padrao 0.

17 .programa CLUSTER (manual versão 30/04/98) Figura 8 Exemplo de um gráfico “Box & Whiskers".

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