Metabolismo do RNA O RNA tem funo de armazenar e transmitir informaes, alm de funo cataltica na forma de RNA ribossomal (ribozimas).

Conhecem-se h muito tempo as molculas de RNA mensageiro, RNA ribossomal e RNA transportador. Porm, atualmente descobriram-se novas molculas de RNA que no se encaixam em nenhuma das supracitadas. Acredita-se que essas molculas tenham a funo de regulao da expresso gnica. A transcrio um processo em que, a partir de um molde de DNA, feita uma molcula de RNA. Existem, tambm, algumas enzimas que so capazes de sintetizar RNA a partir de outras molculas de RNA ou que so capazes de sintetizar DNA a partir de RNA. Porm, o foco da aula ser o processo de transcrio. A replicao duplica o DNA inteiro de uma clula. J a transcrio um processo mais especfico, seletivo: apenas trechos (genes) importantes para a clula so transcritos. A transcrio precisa de um molde, o DNA. Ela, tambm, possui a mesma direo que a replicao: 5 3. Outra semelhana entre a transcrio e a replicao a diviso em iniciao, elongao e terminao e a semelhana entre processos transcritivos em eucariotos e procariotos. RNA POLIMERASE A enzima responsvel pela transcrio a RNA polimerase. Ela precisa de um molde de DNA para funcionar e polimeriza na direo 5 3, mas possui uma grande diferena em relao DNA polimerase: ela no precisa de um primer para comear a copiar o molde como a DNA polimerase precisa. Ela possui vrias subunidades distintas: as subunidades so responsveis pelo reconhecimento do trecho promotor do DNA, a subunidade responsvel pela ligao ao DNA, a subunidade est envolvida na elongao e no incio da cadeia e a subunidade est envolvida com o incio da transcrio e, tambm, com a interao com protenas regulatrias que controlam os processos transcritivos. Em procariotos percebeu-se que, geralmente, havia subunidades ligadas s subunidades , e com tamanhos diferentes. Assim, a RNA polimerase passou a ser estudada separando-se as diversas regies desta. As subunidades catalticas (, e ) passaram a ser chamadas de ncleo da RNA polimerase. E as subunidades que no tm funo cataltica, mas sim de reconhecimento do DNA, passaram a ser estudadas como subunidades separadas. Dessa forma, tendo somente as subunidades catalticas (ncleo), no possvel iniciar a transcrio, j que estas subunidades so incapazes de reconhecer os trechos promotores. Assim, faz-se essencial a presena das subunidades . Com o estudo das subunidades , percebeu-se que elas tinham tamanhos diferentes e, conseqentemente, reconheciam seqncias de DNA diferentes. Ou seja, cada subunidade especfica para reconhecimento de um certo tipo de gene.

GENES O gene uma seqncia especfica de nucleotdeos de DNA que poder ser transcrita em RNA e, aps esse processo, poder ser sintetizada em protena e, finalmente, desempenhar determinada funo ou controlar determinada caracterstica. Na sua cadeia, o gene possui uma regio chamada de regio codificadora de protenas, que sero os nucleotdeos que propriamente daro origem ao RNA atravs de transcrio e conseqentemente s protenas. Tambm possui uma regio, na sua extremidade 5 (incio), chamada regio promotora e uma seqncia, na sua extremidade 3 (fim), chamada seqncia de terminao. Entre as regies codificadoras de protenas e as extremidades 5 e 3 (promotora e terminadora) pode haver seqncias que no sero transcritas: esto ali apenas para efeitos regulatrios. Os genes no so todos transcritos ou expressos de uma vez s. Trata-se de um processo seletivo e que precisa de muita regulao para que cada gene seja expresso no momento em que for necessrio. Ou seja, sob determinadas condies fisiolgicas, as regies regulatrias vo favorecer ou inibir a expresso de certos genes. Os genes so divididos de acordo com suas funes e seu grau de expresso. Cada tipo de gene reconhecido, como visto acima, por uma subunidade diferente. So os principais tipos de genes: Housekeeping genes so aqueles genes essenciais vida do organismo, ou seja, so expressos SEMPRE, sob quaisquer condies. Genes regulados pela disponibilidade de nitrognio Genes expressos em altas temperaturas Genes expressos na fase estacionria Genes expressos para sntese de flagelo (bactrias) Genes expressos durante choque trmico e stress oxidativo Genes expressos quando a bactria (no caso) cresce em presena de Fe .
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Como o prprio nome j diz, esses genes sero expressos quando sua funo for requerida (com exceo dos housekeeping genes). Por exemplo: se uma bactria est vivendo em um meio sem Fe , no tem por que seus genes de protenas relacionadas ao metabolismo de ferro continuarem a ser expressos.
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Porm, como fazer com que as bactrias, no caso, expressassem seus genes somente nos momentos adequados? Atravs das subunidades especficas para cada gene. Por exemplo, a subunidade que reconhece os promotores dos housekeeping genes so as subunidades 70. As subunidades que reconhecem os promotores dos genes expressos em altas temperaturas so as subunidades 32. Assim, a 32 s vai estar funcionando (no inibida) quando houver condies de temperatura extremas. Sob temperaturas normais, essa subunidade 32 no estar presente, conseqentemente no vai detectar a regio promotora dos genes para temperaturas extremas e, finalmente, no haver transcrio desses genes sem que haja a necessidade. A 70, por outro lado, jamais ser inibido, j que a expresso dos genes cujos promotores ele identifica essencial. Porm, da mesma forma, a subunidade 70 no ser capaz de identificar os promotores especficos para alta temperatura, por exemplo. Dessa forma, atravs da regulao das subunidades , que reconhecem os promotores dos genes, possvel regular a expresso gnica. Alm das subunidades da RNA polimerase, participam da expresso gnica protenas ativadoras de transcrio e protenas repressoras de transcrio. A atividade dessas protenas est citada na aula 23, sobre regulao da expresso gnica. Convencionou-se que a primeira base de um gene a ser transcrita, na extremidade 5, possui um sinal +. Todas as bases acima desta primeira possuem um sinal -. Por exemplo, a regio promotora dos genes reconhecidos pela subunidade 70 -10,-25. Ou seja, a subunidade 70 liga-se nas posies -10 e -25 do gene. Para identificar se uma subunidade ou no capaz de reconhecer determinado promotor de um gene, utiliza-se o conceito de seqncias consenso. Esse conceito parte da percepo de que as regies promotoras identificadas pelas mesmas subunidades nem sempre so as mesmas. Algumas bases nesse processo podem ser diferentes. Mas h a chamada seqncia consenso, porcentagem do nmero de bases que aparece em todos os promotores de genes de uma mesma subunidade . Diferena nas seqncias consenso, assim, indicariam uma diferena na subunidade que reconheceria a regio promotora dos dois diferentes genes. Analogamente, uma seqncia consenso parecida indicaria uma mesma unidade para reconhecer a regio promotora de dois genes diferentes. TRANSCRIO EM PROCARIOTOS 1 Iniciao O processo de reconhecimento de uma zona promotora pela subunidade da RNA polimerase e de ligao do ncleo da RNA polimerase nessa regio a chamada iniciao da transcrio. A RNA polimerase completa (com ncleo + subunidades ) chamada de holoenzima para. Com a ligao dessa holoenzima para com o DNA, tem-se a formao do chamado complexo fechado, em que h um complexo entre o promotor do gene e a subunidade da RNA polimerase. A RNA polimerase, a partir de ento, capaz de desenrolar o DNA e partir para uma estrutura chamada de complexo aberto. Depois da formao do complexo aberto, a subunidade solta-se do ncleo da RNA polimerase, que far a transcrio propriamente dita. A subunidade participa, assim, do reconhecimento do promotor, da

formao do complexo fechado e da formao do complexo aberto, mas no participa da elongao da transcrio. Quando molcula de RNA estiver, de fato, sendo gerada, a subunidade j ter deixado a estrutura da holoenzima para, sendo o ncleo da RNA polimerase o responsvel pela elongao. 2 Elongao O processo de elongao catalisado pela RNA polimerase muito parecido com o processo de elongao catalisado pela DNA polimerase: o ncleo da RNA polimerase vai ligar o fosfato 5 no OH 3. Com isso, a fita de RNA vai aumentar no sentido 5 3. No se sabe se a RNA polimerase possui atividade revisora, mas sabe-se que a RNA polimerase capaz de corrigir nucleotdeos colocados na seqncia de uma maneira errada. 3- Terminao Tambm guiada por uma seqncia de nucleotdeos especfica no DNA. Existem dois modos de fazer a terminao da transcrio do RNA: -independente e -dependente. No modo -independente, acontece o aparecimento de uma seqncia no DNA rica em determinadas bases, como adenina por exemplo. Essas bases permitem que ocorra a formao de um loop no RNA que est sendo transcrito. Esse loop vai alterar a estrutura do complexo RNA RNA polimerase DNA, fazendo com que a RNA polimerase se solte do DNA e do RNA que est sendo sintetizado. Com isso, a transcrio foi feita (terminada). A terminao baseada na protena (-dependente) diferente. Muitas vezes, enquanto a RNA polimerase vai transcrevendo o RNA, esse RNA j vai sendo traduzido por cromossomos dentro da clula. A protena capaz de ligar em stios do RNA onde no h ribossomos traduzindo. Quando a protena se liga nessa seqncia no-codificadora do RNA, chamada de RNA blue, ela se enrola nesse RNA e desloca esse RNA que est sendo transcrito pela RNA polimerase para fora da enzima, soltandoo desta e soltando a RNA polimerase do DNA tambm. TRANSCRIO EM EUCARIOTOS Assim como a transcrio nos procariotos, a transcrio nos eucariotos tambm tem iniciao, elongao e terminao. A enzima responsvel pela transcrio , tambm, uma RNA polimerase, com vrias caractersticas em comum com a RNA polimerase de procariotos. Porm, a RNA polimerase de eucariotos precisa de auxlio de outras protenas (fatores de transcrio) que a RNA polimerase de procariotos no precisa. Outra diferena entre procariotos e eucariotos a estrutura dos genes. Os genes eucariticos tambm tm regies promotoras, regies de transcrio, regies terminadoras e regies nas extremidades que no codificam para protenas. Porm, nas regies codificadoras de protenas, os eucariotos tm ntrons e xons e a RNA polimerase de eucariotos no possui subunidades para reconhecimento da zona promotora dos genes! Substituindo a regio central do gene dos procariotos que codifica para protenas, os genes dos eucariotos possuem ntrons e xons. Quando o gene procaritico transcrito, a molcula de RNA gerada

nessa transcrio j considerada o RNA mensageiro, ou seja, produto final. Entretanto, em genes eucariticos, a primeira molcula de RNA transcrita no o produto final (RNA mensageiro), mas sim uma molcula de RNA transcrito-primrio. Para que o RNA transcrito-primrio seja transformado em RNA mensageiro, ele deve passar por um processo chamado de processamento do RNA. Durante o processamento do RNA, haver revestimento da ponta 5, adenilao da ponta 3 e remoo dos ntrons. Em eucariotos, so encontradas trs RNA polimerase principais: a RNA polimerase I, envolvida na sntese de RNA ribossomal, a RNA polimerase II, envolvida na sntese de RNA mensageiro (transcritoprimrio) e a RNA polimerase III, envolvida na sntese do RNA transportador e de RNAs ribossomais especiais. Essas RNA polimerase vo reconhecer promotores de genes da mesma forma, porm, a RNA polimerase de eucariotos necessita da presena de diversas protenas acessrias. Essa caracterstica vlida para todas as RNA polimerase supracitadas (I, II e III). Essas protenas acessrias podem ser os fatores de transcrio. Os fatores de transcrio para a RNA polimerase I so os TF-I e os fatores de transcrio para a RNA polimerase III so os TF-III. A RNA polimerase de eucariotos mais estudada a RNA polimerase II, pois ela a responsvel pela formao do transcrito primrio. Conforme j dito, para funcionamento dessa protena h necessidade de fatores de transcrio, os TF-II. Sem a presena dos TF-II, a RNA polimerase II no consegue se ligar ao DNA, no consegue formar o complexo fechado e no h formao do complexo aberto e transcrio do RNA. O processo de transcrio catalisado pela RNA polimerase II comea pela protena TDP. Logo depois dela vem a TFB. Ambas se ligam no DNA. Aps essa ligao, a protena TF-IIf traz consigo a RNA polimerase II para o sistema. Depois disso, ligam-se ao sistema TF-IIe e TF-IIh, formando o complexo fechado. Depois da formao do complexo aberto, a elongao s ser possvel se a RNA polimerase II for fosforilada. A fosforilao dessa enzima na poro C terminal vai fazer com que ocorra a liberao do complexo de elongao. Resumidamente: saem o TF-IIe e o TF-IIh e entram no complexo os fatores de elongao. Esses fatores de elongao, juntamente com o a RNA polimerase-II vo fazer com que haja incio o processo de elongao. Quando ocorre a terminao do RNA transcrito-primrio, ocorre tambm a desfosforilao da RNA polimerase-II. A desfosforilao dessa enzima vai fazer com que ela se solte do DNA e libere o transcrito primrio. PROCESSAMENTO DO RNA EM EUCARIOTOS PROCESSAMENTO DE RNA NO CAI NA PROVA! S DESCOBRI DEPOIS DE OUVIR O UDIO INTEIRO! -.Durante o processamento do RNA, a ponta 5 vai receber um revestimento chamado de cap e a ponta 3 vai receber uma cauda adenilada poli A (AAA)n. Depois, por uma srie de processos, o RNA vai perder seus ntrons e, somente com os xons e a cauda poli A, o RNA tornar-se- maduro. A poliadenilao na ponta 3 e o cap na ponta 3 acontece para estabilizao do RNA mensageiro, protegendo-o de

degradao e tornando-o muito mais estvel que o RNA dos procariotos, visto que a molcula de RNA em si, sem nenhum processamento, muito instvel. Alm disso, o cap e a cauda poli A esto relacionados com o reconhecimento correto do RNA no momento da traduo e tambm esto relacionados com processos de regulao da expresso gnica. 1. POLIADENILAO DA EXTREMIDADE 3 A cauda poli A fica na poro 3 da molcula de RNA mensageiro. Alm da importncia fisiolgica, essa cauda permite aos pesquisadores uma fcil separao do RNA mensageiro dos demais tipos de RNA, visto que a cauda poli A permite a ligao do RNA numa coluna T (que liga caudas poli A), separando o RNA mensageiro do transcrito-primrio e do RNA ribossomal. A cauda poli A colocada no RNA por uma enzima chamada de poliadenilato polimerase, que vai gastar ATP para realizar sua funo. A enzima endonuclease vai se ligar em pores AAU e AAA do RNA e vai retirar pores de RNA que foram sintetizadas a mais pela RNA polimerase. 1. REVESTIMENTO CAP DA EXTREMIDADE 5 O revestimento cap uma base invertida do tipo metil-guanosina colocada na ponta 5 do RNA, que vai proteger essa ponta. Alm disso, pode ocorrer uma metilao das bases prximas ao cap. Um complexo enzimtico quem coloca a cap metil-guanosina na ponta 5. Trata-se de um processo, como j dito, que deixa a molcula de RNA mais estvel. Os processos de formao de cap, poliadenilao da cauda, retirada do RNA extra e, posteriormente, retirada dos ntrons, so esquematizados na figura abaixo:

1. RETIRADA DOS NTRONS A retirada dos ntrons vai completar o processamento do RNA. O processamento de ntrons pode ser dividido em vrios tipos. Em cada um desses tipos podem ser utilizadas, para retirar os ntrons, somente molculas de RNA ou molculas de RNA com protenas acessrias. No processamento de ntrons do grupo, ocorre a presena de dois xons com um ntron no meio. A entra em ao uma guanosina que, funcionando como um nuclefilo, ataca a base A, que se ligava a um U do xon. Dessa forma um dos pedaos do ntron est livre. Depois, o OH desse xon que se desligou do ntron ataca a base do xon ainda ligado no ntron, fazendo com que haja rompimento da ligao ntron-xon e formao de ligao xon-xon, liberando o ntron para o meio e um RNA transcrito somente com xons. O processamento dos ntrons do grupo II tambm baseado na sada do ntron do meio dos xons. Porm, o ataque nuclefilo do processamento dos ntrons do grupo II acontece por uma base que est presente no prprio ntron. Ento, o OH de um xon faz um ataque nucleoflico no outro xon e h a ligao entre eles, liberando o ntron indesejado para o meio e formando uma cadeia de RNA somente com xons. Abaixo figura mostrando o processamento de ntrons do grupo I e grupo II:

Processamento de ntrons do grupo I

Processamento de ntrons do grupo II Tanto o processamento de ntrons do grupo I e do grupo II no necessita da formao do complexo protico chamado spliceossomo. Nos ntrons do grupo III, por sua vez, acontece a formao de um spliceossomo para retirada dos ntrons. O spliceossomo formado por vrias protenas que vo se ligar ao ntron e vo retirar o ntron do RNA. Esse ntron vai sair do meio dos xons interagindo com algumas protenas do spliceossomo. Assim como o processamento dos ntrons do grupo III, o processamento dos ntrons do grupo IV tambm necessita da presena de protenas acessrias. 1. MODIFICAES PARA FORMAO DO RNA TRANSPORTADOR Para dar origem ao RNA transportador, o RNA transcrito originalmente pode sofrer vrias modificaes. Alm de ocorrer um splice (retirada de uma grande poro do RNA original), as bases do RNA transportador tambm so modificadas. Assim, o RNA transportador pode ter bases diferenciadas derivadas das bases originais AUGC. 1. DIFERENTES PROCESSAMENTOS EM DIFERENTES TECIDOS

Dependendo do tecido onde os genes esto sendo expressos, eles podem sofrer processamento diferentes. Por exemplo, temos o gene da calcitonina. Quando esse gene processado na tireide ele vai ser processado de uma maneira, gerando a calcitonina. No crebro, esse mesmo RNA processado de uma maneira diferente, pois ele no vai codificar para a calcitonina, mas sim para uma outra protena. Assim consegue-se ter duas protenas um pouco diferente atravs de um transcrito primrio igual que veio de um mesmo gene. Dessa forma percebe-se como esse processo importante para economia de material gentico.