Tema 1: Diversidad Vrica

1. Los virus. Definicin Los virus son partculas que tienen por un lado un cido nucleico que puede ser ADN o ARN, y por otro lado este cido nucleico en la parte extracelular tiene una envuelta que se llama cpside. Esta cpside es una cubierta proteica que lo que hace es proteger al cido nucleico cuando est fuera de la clula de distintos agentes que lo pueden alterar. Esto es lo que se conoce como nucleocpside, a la parte del cido nucleico y de la protena.A parte de esto los virus tambin tiene una envoltura que es una membrana externa de todos los virus animales debido al proceso por el que salen de la clula. No todos la tienen es por eso que hay virus desnudos y virus envueltos.

Una de las caratersticas de los virus que lo hace diferente al resto las clulas es que tienen distintos materiales genticos, los virus tienen una mayor versatilidad en cuanto al material gentico, los hay que tienen DNA bicatenario o DNA monocatenario, RNA simple+ o - etc. Adems la estructura tambin pueden ser distinta, pueden ser cidos nucleicos circulares o lineales; el nmero de molculas de cido nucleico en cada virus tambin cambia, pueden ser uno puede ser varias. El tamao vara mucho de unos virus a otros. Tenemos virus que tienen DNA de doble cadena, DNA de una cadena, o bien RNA de polaridad positiva o negativa. El RNA de polaridad positiva es el que realmente se puede utilizar como mensajero y nos va a dar lugar a las protenas. El RNA negativo nunca se va a poder traducir. Existen molculas que tienen RNA de doble cadena, esas dos cadenas sern complementarias

tanto la positiva como negativa. Vemos que la versatilidad en cuanto su genoma es muy alta por lo cual vamos a tener que afrontar distintas maneras de replicarse y de codificar las protenas. Una de las formas que primero se describi para poder clasificar los distintos virus, era segn el cido nucleico que tenan, eso va a determinar todo un tipo de replicacin y de produccin de protenas que va a ser diferente en cada uno de ellos. Eso es lo que hizo Baltimore, que hizo una primera clasificacin basndose fundamentalmente en la composicin del genoma, cual es la ruta que utiliza para conseguir el RNA mensajero y como va a hacer la replicacin del cido nucleico. Basado en eso estableci 7 grupos: -Grupo 1: DNA de doble cadena -Grupo 2: DNA de cadena simple -Grupo 3: RNA de doble cadena -Grupo 4: RNA de cadena simple de polaridad positiva -Grupo 5: RNA de cadena negativa -Grupo 6: Virus con RNA monocatenaria pero necesita un intermediario de DNA en su proceso de replicacin -Grupo 7: Virus de DNA bicatenario pero que se replica con un intermediario de RNA, utilizan la retrotranscriptasa Esta clasificacin tenemos que tener en cuenta que hay dos conceptos que se solapan en esta clasificacin y que realmente son diferentes los mecanismos que tiene la clula para replicar y para transcribir. La replicacin es hacer una copia del propio material genetico y lo que es la transcripcin es a partir de ese material gentico sintetizar un RNA mensajero que es el nico que se va a poder traducir y producir protenas, son dos conceptos relacionados pero bastante diferentes, entonces cada virus va tener una manera replicarse y otra de transcribirse a veces se solapan y a veces son diferentes. Otra cosa es importante para lo que vamos a ver ahora de los diferentes grupos, es el dogma central de la biologa. En el cual las clulas normalmente tienen copias de DNA de doble cadena, este DNA de doble cadena se va transcribir en un RNA mensajero que se va a traducir en una protena.

En todas las clulas humanas, bacterias, tienen DNA polimerasas dependientes de DNA que son las que se han encargado de replicar el DNA de doble cadena, van a sintetizar ms DNA para replicarlo y van a tener RNA polimerasas dependientes de DNA que van a sintetizar a partir del DNA una molcula de RNA que va a sintetizar el RNA mensajero para traducir las proteinas. Esto es de lo que dispone un virus cuando infecta, la clulas van a tener DNA polimerasas dependientes de RNA y RNA polimerasas dependientes de DNA. Si necesita otro tipo de enzimas va a tener que fabricarlas en el y llevarlas consigo para poder llevar a cabo estos procesos. Vamos viendo grupo por grupo las diferencias en la replicacin y la produccin del RNA mensajero: Grupo 1: Tienen DNA de doble cadena. Los herpesvirus son de este grupo. Los virus de este grupo cuando entren en la clula van a aportar un DNA de doble cadena que va a poder utilizar la propia RNA polimerasa del hospedador para sintetizar un RNA mensajero que se traduce a distintas protenas del virus. En algunos casos esta misma produccin produce replicasas propias que va servir para hacer ms copias del DNA de doble cadena, en algunos grupos es as en otros utilizan la propia DNA polimerasa del hospedador.

Grupo 2: Aportan como material gentico un DNA monocatenario, positivo o negativo, y en este caso utilizan la DNA polimerasa del hospedador que va a ser capaz de sintetizar una molcula de doble cadena. Cuando entra esta copia se duplica, sintetiza la otra cadena y ya tenemos un DNA de doble cadena. Este DNA de doble cadena la clula lo interpreta y con la RNA polimerasa del hospedador va sintetizar un mensajero que va a traducirlo a protenas del virus. A partir de esta copia tambin puede sintetizar las cadenas por positivas y al final tenemos el mismo material gentico duplicado. Como vemos en este caso no necesitan ninguna

polimerasa especial ya que utilizan tanto la DNA polimerasa del hospedador como la RNA polimerasa del hospedador.

Grupo 3: Aqu se complica ms porque tenemos virus RNA. No tenemos RNA de doble cadena en la clula implicado en ningn proceso por lo tanto cuando entra el RNA de doble cadena para poder transcribirle y para poder replicarlo va tener que aportar el propio virus la maquinaria porque nosotros no tenemos ningn RNA polimerasa dependiente de RNA. El propio virus adems del RNA cuando infecta va a tener que infectar con su propia protena y adems poner una RNA polimerasa que a partir del RNA de doble cadena sea capaz de sintetizar cadenas + que ests ya lo reconoce como mensajero y las traduce en protenas vricas. Dentro de estas protenas vricas uno de los genes que transporta este virus es una rplicasa propia que le va a permitir replicar este RNA de cadena simple de polaridad positiva para hacer copias para generar muchos copias de doble cadena. En este caso no utiliza la maquinaria celular porque no tiene nada que sintetizar, necesita RNA polimerasa que no es dependiente de DNA como las que tenemos en las clulas. Tiene que infectar tanto el material gentico como la propia polimerasa del virus.

Grupo 4: En este caso ya tenemos como material gentico un RNA de polaridad positiva, al ser de polaridad positiva ya se puede utilizar directamente como mensajero. Un ejemplo es el picornavirus. Muchas veces utilizan los tRNA como un RNA policistrnico, de manera que sintetizan un RNA grande que sintetiza protenas que pueden mediante proteasas dividir en diferentes protenas. En otros casos este RNA sintetiza una sola protena. Dentro de estas protenas est una rplicasa que es la que va utilizar para generar un RNA de doble cadena, es decir, va a sintetizar una cadena negativa, y esta cadena negativa la va a utilizar como molde para generar ms cadenas positivas de manera que al final tengamos el material gentico del virus. Como vemos en este caso puede utilizar el material gentico directamente para ser traducido pero necesita una replicasa para poder replicar realmente el material gentico.

Grupo 5: En el caso de los virus de cadena negativa, es una situacin que con este RNA no pudo hacer nada, tiene que aportar su propia RNA polimerasa y a partir de esta cadena negativa sintetizar una positiva que es la que ya se va traducir. De la misma manera que antes est RNA polimerasa viral va a generar una forma replicadora, va sintetizar una copia de la cadena negativa y este molde positivo lo utilizar para hacer ms copias negativas de manera que al final va a

generar copias negativas. Al final tiene protenas y tiene material gentico por lo que tiene toda la maquinaria, tambin utiliza sus propias polimerasas.

Grupo 6: Aqu estn los retrovirus. Tiene la particularidad de que el material gentico que tiene el virus es RNA de polaridad positiva pero que no se va traducir directamente sino que lo que va hacer es que va sintetizar o se va a copiar en una molcula de DNA de cadena negativa y posteriormente sta acta como molde y se sintetiza un DNA de doble cadena. Esto lo hace una enzima que es la retrotranscriptasa. ste DNA de doble cadena se integra directamente en el DNA del hospedador (en forma de lo que se conoce como provirus) y una vez integrado acta como el DNA de la clula husped ,se transcribe a RNA de polaridad positiva y esto se traduce a protenas. En este caso el virus cuando infecta, pone el RNA de polaridad positiva y adems la retrotranscriptasa y entonces a partir del RNA, que no lo utiliza como mensajero, lo utiliza como molde para sintetizar una doble cadena de DNA que se integra y en este caso con la RNA polimerasa del hospedador lo que va hacer es sintetizar mRNA de polaridad positiva que ya va sintetizar la las protenas viricas que van hacer copias del propio material gentico.

Grupo 7: En este caso utiliza la RNA polimerasa del hospedador y adems utiliza la retrotranscriptasa. En este caso es DNA de doble cadena pero son unas cadenas que no son completas, no estn completamente solapadas, hay huecos, esto es lo primero que hace cuando entra la clula; rellenar estos huecos. Al ser DNA de doble cadena no hay ningn problema. La RNA polimerasa del hospedador es capaz de a partir de este DNA de doble cadena sintetizar un RNA mensajero que se traduce en protenas viricas y en retrotranscriptasa. En este caso utiliza la retrotranscriptasa para el proceso de replicacin, es decir, a partir de la molcula de RNA de polaridad positiva va sintetizar una molcula de DNA y luego el DNA de doble cadena, que es lo

que es el material gentico de este virus. Este proceso un poco diferente y necesita como molde el RNA mensajero para sintetizar la doble molcula de DNA.

En resumen podemos decir que lo que hay dentro de la clula y lo que tiene que aportar el virus son conceptos clave. La nica vez que no puede utilizar polimerasas es cuando son RNA polimerasas dependientes de RNA.

Esta es una clasificacin que sigue vigente desde hace mucho tiempo, pero realmente existe todo un Comit internacional de taxonoma de virus que se cre en el ao 71 y este comit lo que hace es intentar clasificar los virus igual que el resto de los seres vivos. Esta clasificacin intenta ser ms uniforme y tener en cuenta una serie de caractersticas; la ltima clasificacin que hay ah 6 rdenes, 94 familias, 22 subfamilias, 395 gneros, 2950 especies Qu caractersticas tienen en cuenta? -El husped que tiene -el cido nucleicos -La simetria de la capside

-el dimetro del virin -el nmero de capsomero -las propiedades inmunolgicas

-nmero de genes

-el mapa genmico

-la localizacin de la replicacin -patogenos o no

-la presencia/ausencia de DNA intermediario

Esta clasificacin de virus est continuamente evolucionando. Una de las clasificaciones que ms se utiliza es la clasificacin segn el hospedador, segn el hospedador tenemos que hay virus bacterianos,virus eucariotas Virus de procariotas los virus de procariotas la mayora son de DNA de doble cadena, aunque existen de los otros tipos. Las cuatro familias son fundamentalmente bacterifagos, en este caso tienen una morfologa con una cpside compleja en la que tienen una parte icosadrica y otra parte helicoidal, y en otros casos tiene una morfologa mucho ms compleja. Esto se sabe que es necesario porque realmente los procariotas tienen una pared celular muy fuerte que tienen que atravesar los bacterifagos para poder inocular el DNA. Eso ha llevado a crear morfologas que realmente ejercen una presin muy fuerte cuando inyectan el DNA para que puedan atravesar las paredes.

Dentro de los bacterifagos, hay dos tipos: -Fagos Virulentos: su misin es lisar la clula. Va a introducir el DNA, lo va a replicar, va generar los viriones, van a lisar la clula y los virines van a salir fuera, esto es lo que se denomina ciclo ltico. Conlleva la muerte del hospedador. -Fagos atemperados: pueden llevar a cabo otro ciclo que se llama ciclo lisognico. Este ciclo es un ciclo en el cual el DNA del fago se integra en el DNA de la bacteria en este caso y se mantiene integrado dentro del genoma de manera que no lisa la clula, simplemente se mantienen en el genoma y permite a la clula crecer, dividirse, simplemente llevando el

material gentico del fago insertado. En determinadas condiciones esto lo hace el fago cuando no son muy buenas las condiciones. Este ciclo lisognico permite crecer a la clula y en determinadas condiciones de induccin esto puede saltar, puede separarse del DNA y empezar el ciclo litico y generar partculas viricas que lisen la clula.

Virus de arqueas tienen unas morfologas bastante raras. Son los morfologa es que hasta ahora no estaban identificadas y que han empezado a aparecer en los virus de arqueas. En este caso la mayora de los genomas es DNA de doble cadena, en casi todos los casos circular. Dentro de las arqueas tambin hay 3 grupos identificados: unos son los metangenos y otros son los halofilos, en general los virus que infectan estos grupos son ms parecidos a los bacterifago, tienen cabeza y cola. El tercer grupo son los hipertermfilo. Los que afectan a hipertermofilos son los que se ha demostrado que son bastante atpicos: tienen forma de roseta, limn Estas morfologas son diferentes debido a que tienen que hacer frente a condiciones extremas. Virus de eucariotas tenemos virus de plantas, virus animales y virus de hongos. Los ms estudiados son los virus animales porque son los que producen enfermedades en el hombre. En este caso hay algunos que son de DNA otros de RNA, algunos envueltos y otros no, y la diferencia est en que la replicacin puede ser en el citoplasma con el ncleo, el lugar de ensamblaje tambin vara y el tipo de cpsula. Tenemos una variabilidad mucho ms alta y en el caso de los eucariotas los virus RNA normalmente se replican en el citoplasma y los virus DNA normalmente en el ncleo, esto es as porque la mayora de los virus DNA utilizar material

del propio hospedador por lo que RNA polimerasa si las DNA polimerasa se estn en el ncleo por lo que el DNA tiene que llegar hasta ncleo para llegar a las propias enzimas mientras que en el caso de los virus RNA estos aportan su propio material o por lo cual no necesita ir al ncleo puesto que no necesita la maquinaria del ncleo, por eso la mayora de los casos lo hacen en el citoplasma aunque hay excepciones como el retrovirus por ejemplo que es un virus RNA pero que necesita integrar el DNA en el genoma y para ello tiene que ir al ncleo. En el caso de los virus DNA, los posvirus pasan al ncleo porque utilizan otro mecanismo que ya veremos. Ejemplos: en el caso los virus animales cuando se infectan por un virus puede pasar varias cosas: -Pueden producir cncer. Virus tumorales -Lisar la clula -Se libera lentamente y no afecta de manera traen drsticamente a la clula -Infeccin latente: se queda de forma latente la clula y en algn momento surge la infeccin Los virus vegetales son muy parecidos a los animales en sentido amplio, y la caracterstica que tienen los virus vegetales es que a veces necesitan un intermediario para poder multiplicarse. Muchos de los intermediarios de los vegetales son insectos. Los virus de las clulas vegetales tiene el mismo problema que los bacterifago os, y es que las clulas vegetales tienen unas paredes celulares muy fuertes, entonces el mecanismo que utilizan para poder entrar en las clulas vegetales son abrasiones, es decir, heridas que haya o bien las picaduras de insectos que bien hacen heridas en las hojas o los tallos y es por donde penetran los virus. Para pasar de una clula otra utilizan los plasmo dcimos, que son estructuras que comunica las clulas vegetales. Trabajar con virus vegetales es bastante difcil, cultivarlos en los laboratorios; en muchos casos se cultivan en cultivos vegetales o bien en cultivos celulares. Tambin llama la atencin la morfologa de los vegetales, ya que predomina fundamentalmente la morfologa helicoidal. Esta morfologa predomina por qu favorece la entrada al vegetal ya que es ms pequeo que una icosadrica por ejemplo.