INSTITUTO DE CINCIAS BIOMDICAS ABEL SALAZAR

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S.R.

UNIVERSIDADE DO PORTO
Ano lectivo 2012-2013

Lic. Bioqumica- Biologia Molecular I Mestrado Integrado Bioengenharia Biologia Celular e Molecular II
Responsvel: Prof. Cludio Enrique Sunkel Cariola (cesunkel@ibmc.up.pt) Aulas tericas BQ-MIB: Prof. Cludio E.Sunkel Aulas Prticas BQ: Prof. Cludio E.Sunkel e Carlos Conde Datas e temas das aulas tericas Data Fev 13 14 20 21 28 Maro 06 07 13 14 21 Abril 03 04 10 11 18 24 Maio 02 22 23 29 30 Aulas 1. Introduo 2. Estrutura e organizao do DNA I 3. Estrutura e organizao do DNA II 4. Replicao do DNA I 5. Replicao do DNA II 6. Transcrio I 7. Transcrio II 8. Transcrio III 9. Processamento de RNAs I 10. Processamento de RNAs II 11. Cdigo gentico e traduo I 12. Cdigo gentico e Traduo II 13. Mutao 14. Reparao 15. Recombinao 16. Regulao da expresso genica Procariotas I 17. Regulao da expresso genica Procariotas II 18. Regulao da Expresso genica Eucariotas I 19. Regulao da Expresso genica Eucariotas II 20. Regulao da Expresso genica Eucariotas III 21. Tcnicas DNA recombinante 22. Tcnicas DNA recombinante 23. Tcnicas DNA recombinante 24. Tcnicas DNA recombinante 25. Tcnicas DNA recombinante 26. Tcnicas DNA recombinante 27. Tcnicas DNA recombinante 28. Tcnicas DNA recombinante 29. Tcnicas DNA recombinante 30. Tcnicas DNA recombinante 31. Tcnicas DNA recombinante 32. Vrus I 33. Oncogenes e anti-oncogenes II

Horrios Tericas MIB Quartas: 13:00 14:00 Tericas BQ e MIB Quartas: 14:00 15:00 Quintas: 11:00 13:00 Anf. 7 Anf. 7 Anf 7 (a programar)

Prticas: BQ Sala Laboratrio Gentica Molecular piso 1 Ef I T1 Quartas 15:00-17:00 T2 Quintas 14:00-16:00 T3 Sextas 10:00-12:00 Avaliao: BQ Exame final 70% Relatrios prticas 30% (50% aprovao mnima) (2/3 das prticas so obrigatrias)

Cada grupo de trabalho dever entregar uma cpia dos Relatrios das prticas na forma de um livro indicando na primeira pgina os nomes de todos os membros do grupo at o dia 14 de Junho. Avaliao MIB Exame Final 100%

Aulas prticas
Biologia Molecular Licenciatura Bioqumica
Trabalho 1. Extraco de DNA genmico de Drosophila melanogaster Semana: 6 8 de Maro Trabalho 2. Extraco de DNA plasmdico de Escherichia coli Semana: 13 15 de Maro Trabalho 3. Anlise electrofortica de DNA digerido com enzimas de restrio Semana: 20 22 de Maro Trabalho 4. Elaborao do mapa de restrio de um plasmdeo recombinante Semana: 3 5 de Abril Trabalho 5. PCR - Polimerase Chain Reaction Semana: 10 12 de Abril Trabalho 6. Transformao de Escherichia coli com DNA plasmdico Semana: 17 19 de Abril Trabalho 7. Sequenciao de DNA Semana: 15 17 de Maio Trabalho 8. Clonagem de cDNA -TUB (Parte I) Semana: 22 24 de Maio Trabalho 9. Clonagem de cDNA -TUB (Parte II) Semana: 5 - 7 de Junho

Sumrios dos temas a abordar nas aulas tericas:

1. Introduo e enquadramento 2-4. Estrutura e organizao do DNA Descoberta do material gentico. Composio do DNA. Estrutura do DNA. Desnaturao e renaturao do DNA. Estrutura da cromatina. Tipos de DNA. A matriz nuclear. O scaffold. Tipos de DNA, cpia nica, moderadamente repetitivo e altamente repetitivo. 5-6. Replicao do DNA Dogma central da biologia moderna. Polimerizao do DNA. Modelo geral da replicao. Enzimas envolvidas na replicao. Replicao tipo rolling circle. Replicao tipo D loop. Replicao do fagos de cadeia simples. 7-8.Transcrio Tipos de RNA. Estrutura do promotor. Protenas envolvidas no inicio da transcrio. Complexo de pre-iniciao. Elongao. Terminao. 9-10. Processamento Processamento de RNAs. Intres e exes. Processamento de tRNAS. Processamento de rRNAs. Processamento de mRNAs. Processamento nas mitocndrias. RNA editing. 11. Cdigo Gentico O cdigo gentico. O cdigo gentico universal. Alteraes ao cdigo gentico. 12. Traduo Quadro de leitura. Estrutura dos tRNAs. Conceito wobble. Iniciao. Elongao. Terminao. 13-22. Tcnicas de DNA recombinante Enzimas de restrio. Vectores: plasmideos, fagos l, cosmideos, fagos P1, YACs. Mapas de restrio. Vectores de expresso. Radioistopos. Bibliotecas genmicas. Bibliotecas de cDNA. Bibliotecas de expresso. Chromosome walking. Sequenciao mtodo Sanger. Southern blot. Northern blot. Western blot. Primer extension. Hibridao in situ. Anlise promotores e interaces por retardao em gel e Footprinting. RNA de interferncia. Construo de organismos transgnicos.

Construo de ratinhos KO. Mutantes condicionias. Anlise da expresso genica por micro arrays. Sequenciao automtica. Deep-whole genome sequencing. 23-24. Alteraes no DNA e reparao Mutaes espontneas e induzidas. Mutaes frameshift. Mutaes pontuais. Transio, transvero, nonsence, missence. Mutaes silenciosas, de neutras, DNA. transposio, reversveis. Mutaes supressoras. Reparao

Fotoreactivao. Alquilao. Exciso. mismatch. Recombinacional ou ps-replicao. Genes SOS. Reparao propensa a erros. 25. Recombinao Homloga. Local especfica. 26-28. Regulao da expresso gentica em Procaritas Modelo geral da regulao. Opero da lactose. Opero da arabinose. Opero do triptofano. Terminao da transcrio. Regulao gentica do fago . 29-31. Regulao da expresso gentica em Eucariotas Sinais de controlo celular. Anlise experimental de promotores. Transcrio. Processamento. Transporte e estabilidade do mRNA. Traduo do mRNA. Protenas activadoras. Expresso dos genes GAL. Expresso dos genes de choque trmico. Metilao. Matriz nuclear. 32-33.Virus Classificao. Estrutura. Infeco. Estratgias de replicao. 34. Oncogenes Oncogenes Oncogene viral. Oncogene celular. Tipos de oncogenes. Mecanismos de induo de tumores. Activao de oncogenes. 35-36. Induo de tumores Induo da proliferao por desregulao do ciclo celular. Tanslocaes e mutaes. Anti-oncogenes. Inactivao de anti-oncogenes, retinoblastoma e p53.

Bibliografia recomendada
Lewis,B (2001) Genes IX - Oxford University Press.

Watson, J.D., Gilman, M., Witkowski, J. & Zoller, M. (2006) Recombinant DNA

- Scientific American Books 3nd. Edition.

Biologia Celular e Molecular, 5 edio, Coordenadores C.Azevedo e

C.E.Sunkel, Lidel, 2012.

Alberts, Johnson, Lewis, Raff, Roberts, & Walter (2008) The Molecular

Biology of the Cell. Garland Publishing, NY, USA. 5rd Edition. Online:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=mboc4.TOC&depth=2 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=mcb.TOC