Panel 13-2 The complete citric acid cycle

AD+

CH3 C COOpyruvate

NADH

HS CoA

CO2 O CH3 C
next cycle acetyl CoA (2C)

S CoA HS CoA H2O COOCH2

Step 1

The complete citric acid cycle. The two carbons from acetyl CoA that enter this turn of the cycle (shadowed in red ) will be converted to CO2 in subsequent turns of the cycle: it is the two carbons shadowed in blue that are converted to CO2 in this cycle.

COONADH + H+

C O CH2 COOCOOoxaloacetate (4C)

NAD+

HO C COOCH2 COOcitrate (6C)

Step 2

Step 8

COOH C OH CH2 malate (4C) COOH 2O

C O CH2
oxaloacetate (4C)

COO-

COOCH2 isocitrate (6C) HC COOHO CH COO-

CITRIC ACID CYCLE Step 3

NAD+

fumarate (4C) Step 7

COOCH CH COOFADH2 Step 6 succinate (4C)

-ketoglutarate (5C) succinyl CoA (4C) Step 4

COOCH2 CH2 C O COO-

COOCH2 CH2 COOGTP Step 5

H 2O

COOCH2 CH2 S CoA

NAD+

C O
GDP + Pi NADH + H+

FAD

HS CoA

HS CoA

CO2

Details of the eight steps are shown below. For each step, the part of the molecule that undergoes a change is shadowed in blue, and the name of the enzyme that catalyzes the reaction is in a yellow box.

Step 1

After the enzyme removes a proton from the CH3 group on acetyl CoA, the negatively charged CH2- forms a bond to a carbonyl carbon of oxaloacetate. The subsequent loss by hydrolysis of the coenzyme A (CoA) drives the reaction strongly forward.

COOO C CH3 S CoA + C CH2 COOacetyl CoA oxaloacetate

citrate synthase

S CoA

H2O

COOCH2 + HS CoA + H+

CH2 HO C CH2 COOS-citryl-CoA intermediate

COO-

HO

C CH2

COO-

COOcitrate

Step 2

An isomerization

reaction, in which water is first removed and then added back, moves the hydroxyl group from one carbon atom to its neighbor.

COOH HO H C C C H COOH
aconitase

H 2O H

COOC C H COOH

H2O

COOH H C C C H COOH

COOcitrate

H 2O

H2O

HO

COOcis-aconitate intermediate

COOisocitrate

Step 3

In the first of

COOisocitrate dehydrogenase

COO-

COO-

four oxidation steps in the cycle, the carbon carrying the hydroxyl group is converted a carbonyl group. Theto immediate product is unstable, losing CO2 while still bound to the enzyme.

H H HO

C C C

H COOH

H H

C C C

H COOO
H+ CO2

H H

C C C

H H O

NAD+ NADH + H+

COOisocitrate

COOoxalosuccinate intermediate

COOa-ketoglutarate

COOStep 4 The a-ketoglutarate dehydrogenase complex closely resembles the large enzyme complex that converts pyruvate to acetyl CoA (pyruvate dehydrogenase). It likewise catalyzes an oxidation that produces NADH, CO2, and a high-energy thioester bond to coenzyme A (CoA).

COOa-ketoglutarate dehydrogenase complex + HS CoA

H H

C C C

H H O

H H

C C C

H H O

COOa-ketoglutarate

NAD+

NADH + H+ CO2

S CoA

succinyl-CoA

Step 5

A phosphate

COOH H C C C H H O H 2O
Pi GDP GTP

COOH H C C H H
+ HS CoA

molecule from solution displaces the CoA, forming a high-energy phosphate linkage to succinate. This phosphate is then passed to GDP to form GTP. (In bacteria and plants, ATP is formed instead.)

succinyl-CoA synthetase

COO-

S CoA
succinyl-CoA

succinate

Step 6

In the third

COOH H C C H H

oxidation step in the cycle, FAD removes two hydrogen atoms from succinate.

succinate dehydrogenase

COOC H C COOfumarate

COOsuccinate

FAD

FADH2

Step 7

The addition of

COOC H C COOfumarate

fumarase

COOHO H C C H H

water to fumarate places a hydroxyl next to a carbonyl group carbon.

H2O

COOmalate

Step 8

In the last of four

COO-

malate dehydrogenase

COO-

oxidation steps in the cycle, the carbon carrying the hydroxyl group is converted to a carbonyl group, regenerating the oxaloacetate needed for step 1.

HO H

C C

H H
NAD
+

C CH2
NADH + H
+

COOmalate

COOoxaloacetate

Siklus asam sitrat lengkap. kedua karbon dari asetil KoA yang masuk ini pergantian siklus (dibayangi merah) akan dikonversi menjadi CO2 secara bergiliran berikutnya dari siklus: itu adalah dua karbon dibayangi dengan warna biru yang dikonversi menjadi CO2 dalam siklus ini. Rincian dari delapan langkah yang ditunjukkan di bawah ini. Untuk setiap langkah, bagian dari molekul yang mengalami perubahan yang dibayangi dengan warna biru, dan nama enzim yang mengkatalisis reaksi dalam kotak kuning. Langkah 1 setelah Enzim menghilangkan proton dari kelompok CH3 pada asetil KoA, yang negatif dikenakan CH2-bentuk a ikatan karbon karbonil dari oksaloasetat. itu selanjutnya kerugian oleh hidrolisis koenzim A (CoA) drive reaksi kuat maju. Langkah 2 Reaksi isomerisasi, dimana air pertama dihapus dan kemudian ditambahkan kembali, bergerak hidroksil kelompok dari satu atom karbon ke tetangganya Langkah 3 Pada bagian pertama dari empat langkah oksidasi dalam siklus, karbon membawa gugus hidroksil dikonversi menjadi gugus karbonil. Produk langsung tidak stabil, kehilangan CO2 sementara masih terikat enzim. Langkah 4 A-ketoglutarat dehidrogenase kompleks erat menyerupai enzim besar kompleks yang mengkonversi piruvat untuk asetil (piruvat KoA dehidrogenase). Hal ini juga mengkatalisis oksidasi yang

menghasilkan NADH, CO2, dan energi tinggi thioester obligasi untuk koenzim A (CoA).

Langkah 5
Sebuah molekul fosfat dari solusi menggusur CoA, membentuk energi tinggi fosfat linkage untuk suksinat. ini fosfat ini kemudian diteruskan ke GDP untuk membentuk GTP. (Dalam bakteri

dan tanaman, ATP terbentuk sebagai gantinya.) langkah 6 Pada langkah oksidasi ketiga dalam siklus, FAD dehidrogenase suksinat menghilangkan atom hidrogen dari dua suksinat. Langkah 7 Penambahan air untuk fumarat menempatkan gugus hidroksil sebelah karbon karbonil. Langkal 8 Dalam terakhir dari empat langkah oksidasi dalam siklus, karbon yang membawa gugus hidroksil dikonversi menjadi gugus karbonil, regenerasi oksaloasetat yang diperlukan untuk langkah 1.