Chapitre 1-introduction

I la biochimie, dfinition.
- biochimie=chimie de la vie - structures des molcules biologiques - ractivit : fonction molculaire et cellulaire

Identifier et dcrire les molcules biologiques : - lipides - Glucides - Protines - Acide nuclique - Mtabolites - Eau Identifier et dcrire les mcanismes ractionnels : -bionergtique -mtabolisme -transmission de linformation Comprendre les mcanismes molculaires lorigine de la vie.

II- Echelles dobservation du vivant

Figure 1 Lobservation commence par lil nu = de lorganisme au tissu 1m => taille dun organisme humain

1dm/1 cm=> taille dun organe humain 1 mm => taille dun tissu humain La seconde chelle dobservation est la microscopie photonique=du tissu la cellule 10m=> taille moyenne dune cellule 1 nm=> taille moyenne dune C procaryote (bactries)

III- Les principaux atomes

1. Les principaux atomes Carbonne Hydrogne Oxygne Nitrogne (ancien nom de lAzote, nitrogen en anglais) Phosphore Soufre Les principaux atomes=non mtaux Corps humain, matire hydrate : Abondance en % atomique (nb datome/100 atomes) : H, O, C, N, P, S Abondance en % massique (masse en g/100G) : O, C, H, N, P, S Remarques : Moyens mnmotechniques pour retenir les atomes non mtaux du vivant : SPONCH Lees molcules biologiques ou biomolcules sont compos des molcules organiques CHON 2. Les ions : Chargs positivement, les cations, sont des mtaux (alcalins et alcalinoterreux) Alcalins, monovalents : Na+, K+ ~96%= lments organiques

Alcalino-terreux, bivalent : Ca+, Mg+ Les ions chargs ngativement, les anions, ce sont des halognes F-, Cl-, Br-, IPar ordre dabondance (%atomes) : Ca+ (plus abondant que P et S) 1. Les oligo-lments

IV- Les biomolcules

1. Dfinitions, rappels
Molcules : assemblage covalent datomes (ex : une molcule deau HO => 3 atomes) Masse molaire (MM) : masse dune mole de la molcule=somme des masses des masses molaires des atomes constituant la molcule. (ex : MM(HO) = 1+1+16 =18g/mol) Masse molculaire : masse dune molcule

-Unit de masse = gramme(g) Ex : M molculaire (HO)= MM(HO)/ N a= 18/6.022*10^23 =2.99*10^-23 g _Unit de masse = u m a(unit de masse atomique ) 1uma=masse de 1/12 de la masse dun atome de 12C =MM(12C)/ 12/Na =12/12/6.022

UMA= mme nombre que la masse molaire La masse molaire de leau est de 18g/mol La masse molculaire de leau est de 18 uma -Unit de masse = Dalton (Da) => Unit trs utilis en biologie

1Da = masse 1/12 de la masse dun atome de C Idem que lUMA mais mesure partir dun mlange C(12)+C(13) La masse molaire de leau est 18g/mol En UMA la masse molaire de leau est de 18 Liaisons covalentes entre atome : un lectron de la couche externe mis en commun par chaque atome :partage dune paire d- ; le nombre deformant la couche externe correspond au nbr d- pouvant shybrider et donc au nbr de doubles liants. Les liaisons covalentes entre atomes correspondent la gomtrie de la molcule. Ex : C 6 e- dont 4 pouvant shybrider => 4 doublets liants

4 liaisons simples =carbone ttragonal, gomtrie ttradrique (majoritaire)

Doubles liaisons : gomtrie plane Carbonne trigonal

Carbonne asymtrique, centre de chiralit 4 substituants diffrents Les molcules possdant un ou plusieurs carbones asymtrique sont chirales (pas de plan, daxe ou de centre de symtrie), car non superposables a leur image dans un miroir Elles sont donc deux formes diffrentes, ce sont des nantiomres, ces deux molcules ne possd pas les mmes proprits sur la lumire polarise. Lun est lrogyre=dvie le plan de la lumire droite Lautre et lvogyre=dvie le plan de la lumire gauche

Pour les distinguer il y a deux nomenclatures diffrentes : Selon Cahn_Ingold_Prelog : configuration absolue R&S Selon fisher : serie D&L

Attention, les nomenclatures et le sens giratoire nont rien en commun !

H, C, N, O sont les + petits lments du tableau priodique capables de former des liaisons covalentes, qui seront particulirement fortes (car petite masse atomique). IL est de mme pour le soufre S et le phosphore P. La Gomtrie des liaisons de ces principaux lments est ttradrique ; mthane (CH4) ammoniac (NH3), eau (H2O) acide sulfurique (H2SO4) et acide phosphorique (H3PO4).

Liaisons polaire ou apolaire : si les deux atomes lis covalentement ont une lectrongativit similaire ou identique alors la liaison est apolaire. Dans le cas inverse elle est polaire.

Par ex : O-H est polaire car O est plus lectrongatif que H C-H est polaire , C et H ont la mme lectrongativit Dipole : les e- ne sont pas rpartie uniformment le long de la liaisons car ils sont attirs par un atome plus lectrongatif Molcules polaires ou apolaires : selon si elles possdent un moment dipolaires ex : O de leau est plus lectrongatif que H => H2O est un diple, cest une molcule polaire : 2 charges delta gales mais de signes opposes Cl : les proprits covalences des atomes qui constituent les biomolcules les rendent particulirement stables, flexibles et ractives.

1. Les macromolcules biologiques

Macromolcule = trs grande molcules de masse molaire trs leve, cest un assemblage covalent de molcules appel aussi un polymre. Les monomres : -oses simples -> polysaccharides -acides amins -> protines -Nuclotides-> acides nucliques

Les lipides sont des cas particulier, cest une classe de molcules trs varies, tous ne sont pas des macromolcules. Ex : Triglycrides, phosphoglycrolipides, terpnes. Les monomres peuvent aussi sassocier entre catgorie

V- Interaction molculaires et cohsion des macromolcules

Force des liaisons intra, inter molculaire. Ex lhydrolyse de lATP qui intervient dans de nombreux processus biologiques ; permet le transfert de lnergie de la liaison. La cohsion des macromolcules est essentielle leur

Force des liaisons intra et inter-molculaires (photo) Liaisons hydrogne (liaison H)

-Interaction lctrostatique de type diple permanent-diple permanent -Liaison entre un H dun diple et dun atome lectrongatif dun autre diple =>Accepteur de liaison H et donneur de liaison H =>accepteur et donneurs fortement lectrongatifs (doublets non liant) Interactions ioniques

-Interaction entre charge(+) et charge (-) => ponts ionique , par exemple : NaCl -Interaction entre charge et diple permanent Par exemple : Mg+ entour de molcules deau Forces de van der Waals :

-interaction entre 2 dipoles permanents petit moment dipolaire

-interaction entre diple permanent et diple transitoire (induction dun moment dipolaire par la proximit des charges) -interaction entre deux diples transitoires (diples induits lun par lautre) Formation de diples instantans et transitoires => diples induits par la proximit de lautre atome. attraction mutuelle sexerant distance optimale trs courte. Atomes trop proches->les nuages lectroniques, de mme charge se repoussent Atomes trop loigns-> pas dinfluence des diples instantans.

->de faible nergie, trs courte distance. ->trs nombreuses dans les macromolcules biologiques En rsum :

Interaction polaires : -Liaisons hydrognes, interaction ioniques=>spcifiques -Interaction de Van der Waals =>non spcifiques Interaction apolaires= hydrophobes -interaction de Van der Waals => non spcifiques

VI- Eau et effet hydrophobe

Les liaisons non covalentes stablissent n trs courte distance =>il faut que les groupements soient proches dans lspace Grce leffet hydrophobe, les biomolcules adhrent les unes aux autres via leurs groupements hydrophobes (huile dans leau) Les molcules hydrophobes ou des portions de molcules tendent sagrger en prsence deau. Leau est le solvant des biomolcules

-70% en moyenne des organismes vivants -Les biomolcules sont en solution dans leau Rappels :

-Solvant= molcule majoritaire (99%) -soluts=molcules minoritaires (1%) -concentration : o o Quantit de soluts/volume total de solution Concentration molaire=Quantit (mol) de soluts /L de solution (mol/l) o Concentration massique= masse (g) masse (g) de soluts/ L de solution (g/L) Les macromolcules sassocient entre elles par des liaisons non covalentes pour former des complxes macromolculaires Par exemple : les ribosomes, arn, proteines..

VIII- Composition molculaire de la cellule