El origen y la evolucin de los virus como organismos Molecular Claudiu I.

Bandea Centro Nacional de Enfermedades Infecciosas, Centros para el Control y Prevencin de Enfermedades, Atlanta, GA 30333 cbandea@cdc.gov / 20 de octubre 2009 Los virus son las formas de vida ms abundantes y el repertorio de genes virales es mayor que la de los genes celulares. Tambin es evidente que los virus han desempeado un papel importante en la conduccin de la evolucin celular, y, sin embargo, los virus no son parte de la biologa de la corriente principal, ni estn incluidos en el rbol de la vida. Una de las razones de esta paradoja importante en la biologa es el dogma errneo de los virus como partculas virales y su origen evolutivo enigmtico. En este artculo se presenta una visin alternativa sobre la naturaleza de los virus basados en sus propiedades durante la fase intracelular de su ciclo de vida, cuando los virus expresan caractersticas comparables a las de muchas especies de parsitos celulares. Apoyo de esta opinin acerca de la naturaleza de los virus es un nuevo modelo hipottico evolutivo para su origen de parsitos de especies celulares que se fusionan con clulas de acogida. Al perder su membrana y la estructura celular en la clula husped, estos nuevos tipos de especies parsitas obtenido acceso completo a los precursores para la sntesis de las molculas especficas y mecanismos del husped de procesamiento de informacin, tales como la traduccin, lo que cre oportunidades nicas de parsitos y evolutivo. Para identificar los virus intracelular durante su etapa de su ciclo de vida, en la que sus molculas especficas son gratuitos o se dispersa dentro de la clula husped, este documento introduce el concepto de "estructura molecular" y los virus de las etiquetas como "organismos moleculares". Entre los virus existentes, el ciclo de vida del virus de la viruela y otros virus complejos que se fusionan con las clulas husped proporciona pruebas convincentes para el modelo de fusin. Una de las consecuencias ms notables del modelo de fusin es que los nuevos linajes virales se origin a partir de especies parsitas celulares en toda la historia de la vida, y que este proceso podra seguir siendo activo. Sorprendentemente, parece que varias especies de parsitos celulares estn actualmente evolucionando en organismos moleculares. Lo ms notable, sin embargo, de acuerdo con este modelo, varios parsitos que se encuentran actualmente clasificados como organismos celulares son en realidad organismos moleculares reales. Las pruebas actuales para la hiptesis de fusin es fuerte y es totalmente comprobable mediante enfoques experimentales y filogenticos. Las implicaciones acadmicas y de investigacin de este modelo, lo que apoya la inclusin de los virus en el rbol de la vida, son muy significativos. Algunas de estas implicaciones se discuten en ms detalle en otros dos artculos de esta serie, que presenta un modelo unificador para el origen y evolucin de dominios celulares y virales, incluyendo el origen de la vida. ________________________________________________________________________________ ______ Introduccin

Los virus son las formas de vida ms abundantes y el repertorio de genes virales es mayor que la de los genes celulares (1-3). Tambin es evidente que los virus han jugado un papel importante en el impulso de la evolucin celular (4-12), y sin embargo, los virus estn establecidos fuera de la biologa general y paradigmas evolutivos y no se incluyen en el rbol de la Vida (TOL) (13-15 ). Una de las razones de esta paradoja importante en la biologa es el dogma errneo de los virus como partculas virales y su origen evolutivo enigmtico. Desde su descubrimiento hace un siglo, los virus han sido conceptualmente identificados con sus partculas virales y se define sobre la base de las propiedades de estas partculas. Las partculas virales son estructuras muy especializadas que son utilizadas por muchos virus para su transmisin a las clulas husped nuevos [por hechos completos acerca de los virus y ver su ciclo de vida (16)]. Este papel de las partculas virales en el ciclo de vida viral explica sus propiedades particulares, tales como su estado aparente inerte o la presencia de un solo tipo de cido nucleico - ADN o ARN. Muchos virus, sin embargo, no producen partculas virales, usando modos alternativos de transmisin, tales como la transmisin vertical madre a las clulas hijas (17-19). Claramente, las propiedades biolgicas fundamentales de todos los virus, si lo hacen o no producen partculas virales se expresan durante la fase intracelular de ciclo vital del virus, cuando los virus replican su genoma y sintetizar sus molculas especficas, muchas de las cuales no son componentes de la partculas virales. Sobre la base de estos datos sobre el ciclo de vida viral y en un modelo reduccionista de su origen y la evolucin de parsitos de especies celulares, suger a principios de 1980 de que el dogma de virus como partculas virales tergiversa su naturaleza, y que los virus se debe identificar con su formas intracelulares (20). Desde principios de esta publicacin, se ha hecho cada vez ms evidente que este dogma no puede conciliarse con los modernos avances y conocimientos acerca de los virus, y puntos de vista similares, independientemente acerca de la naturaleza de los virus estn emergiendo (4, 21). Por ejemplo, al reflexionar sobre el dogma de virus como partculas virales, Jean-Michel Claverie recientemente pregunt "y si hemos perdido totalmente la verdadera naturaleza de (al menos algunos) los virus?" (4), y argument Didier Raoult y Patrick Forterre para un cambio de la manera en que definimos los virus (21). En este trabajo se presenta un modelo de fusin hipottica para el origen de los linajes virales de especies parsitas celulares que con el fin de tener un mejor acceso a los recursos de acogida fusionados con su clula husped. De acuerdo con este modelo, miles de especies de parsitos celulares evolucionaron en linajes virales en toda la historia de la vida y, sorprendentemente, no hay evidencia de que este proceso est todava en marcha. Este documento describe tambin la diversificacin evolutiva de los linajes virales por la evolucin reductiva en una mirada de especies virales con nuevos modos de reproduccin y transmisin, y se concluye con una propuesta para la inclusin de los virus en el TOL. La evidencia para el modelo de fusin es fuerte y acadmico de las implicaciones de la investigacin podra ser muy importante. Una de las aplicaciones de investigacin ms pragmtico de la nueva visin acerca de los virus de la naturaleza y la evolucin

es en el mbito de las encefalopatas espongiformes transmisibles (EET) o enfermedades prinicas, que se presenta en un artculo separado (22). Este es uno de una serie de tres artculos que presentan un amplio escenario, unificadora en el origen y evolucin de dominios virales y celulares que pueden conducir a un cambio significativo de paradigma en biologa (23). El dogma de los virus como partculas virales El dogma de los virus como partculas virales tienen una larga historia, que se inici a comienzos del siglo pasado, cuando los virus se identific por primera vez como un grupo distinto de los agentes infecciosos [revisado en (16, 24, 25)]. El cuestionamiento de la validez de este dogma, que ha guiado a varias generaciones de investigadores a los extraordinarios descubrimientos y avances en virologa y en campos relacionados con la biomedicina, es un reto. Sin duda, al centrarse en la etapa infecciosa en el ciclo vital del virus, el dogma de virus como partculas virales ha sido un enfoque intuitivo y prctico para llevar a cabo la investigacin, especialmente desde el punto de vista mdico y de salud pblica. Sin embargo, como se argumenta a lo largo de esta serie de artculos, este dogma es conceptualmente errneo y evolutivamente, y ms importante an, podra haber limitado el potencial para el progreso en muchos campos de la biomedicina (22; 23). Teniendo en cuenta la importancia de este dogma, es imprescindible la presentacin de su desarrollo histrico, aunque sea brevemente. En 1892, el botnico ruso Dimitri Ivanovsky public el primer informe que muestra que el agente que causa la enfermedad del mosaico del tabaco pas filtros valle de porcelana que se presume de conservar todos los patgenos microbianos celulares [revisado en (16, 24, 25)]. Ivanovsky propone que el agente que pasa a travs de los poros muy pequeos de los filtros de porcelana y caus las enfermedades no era el del mosaico del tabaco patgeno microbiano, pero una toxina producida por este patgeno. Unos aos ms tarde, Martinus Beijerinck, microbilogo holands, mostr que el agente filtrable del mosaico del tabaco en plantas reproducidas recientemente infectadas y lleg a la conclusin de que el agente era un microbio y no una toxina. Para explicar la caracterstica de que el microbio del mosaico del tabaco a pasar a travs de los poros muy pequeos de los filtros de porcelana, Beijerinck propuesto que el patgeno no era un microorganismo celular, ni tampoco una entidad "partculas", pero un nuevo tipo de microorganismo que tena una estructura fluida , lo que le permiti pasar a travs de poros muy pequeos. En base a esta y experimentos adicionales, Beijerinck propuso que el agente infeccioso del mosaico del tabaco era un "contagio vivum fluidum" - un fluido vivo contagioso. Durante las prximas dcadas, numerosos "agentes filtrables", o virus, ya que fueron etiquetados eventualmente, infectar plantas, animales y bacterias fueron identificadas. Aunque Ivanovsky y otros investigadores durante ese perodo temprano hizo estudiar la forma intracelular de estos patgenos, el foco de la investigacin y que el concepto de desarrollo acerca de su naturaleza, que se centr en las unidades transmisibles, infecciosas - Las partculas virales [revisado en (16; 2426)]. En 1935, bioqumico estadounidense Wendell Stanley cristaliza el virus del mosaico del tabaco (es decir, las partculas virales del virus) que muestra que este y todos los otros virus presumiblemente, aunque no tienen una estructura de fluido, eran fundamentalmente diferentes

de los microorganismos celulares convencionales (27). Pronto, se descubri que los virus contenidos principalmente protenas y cidos nucleicos (28), sin embargo a diferencia de microorganismos celulares, aparentemente contenan solamente un tipo de cido nucleico, ya sea ADN o ARN. Esta presunta diferencia fundamental bioqumica entre virus y clulas ha sido una de las caractersticas definitorias de los virus en la actualidad. Por ejemplo, en la dcada de 1970 en su libro seminal La Biologa molecular del gen, James Watson escribi "todos los virus difieren fundamentalmente de las clulas, que tienen tanto ADN como ARN, en que los virus contienen solamente un tipo de cido nucleico, que puede ser tanto ADN o ARN "(29). Una dcada ms tarde, en un diccionario de Virologa, los virus fueron definidos como "unidades infecciosas consisten en ARN o ADN encerrado en una capa protectora" (30). En la dcada de 1990, un texto clsico microbiologa indic que los virus "constan de un genoma, ya sea ARN o ADN, que est rodeado por una protena protectora shell" (31). Y, ms recientemente, los virus han sido descritos en los siguientes trminos "Los virus ms simples consisten en una capa de protena formada principalmente de muchas copias de un polipptido de cadena nica que rodea a un pequeo genoma compuesto por slo tres genes. Los virus ms complejos tienen genomas ms grandes de hasta varios cientos de genes, rodeado por una cscara elaborado compuesto de muchas protenas diferentes "(32). Adems de describir los virus tiene un solo tipo de la Naturaleza Precedings: hdl: 10101/npre.2009.3886.1: Publicado 21 oct 2009 3 cido nucleico y una estructura relativamente simple, muchas publicaciones, entre las que la biologa, la microbiologa, la virologa o libros de texto publicados en el ltimo medio siglo, describir los virus, que no tiene actividad metablica o aumento de tamao. Curiosamente, durante los aos 1950 y 1960, cuando el conocimiento emergente de la biologa molecular de los virus se integran en el dogma de virus como partculas virales, Andre Lwoff un cientfico francs prominente y uno de los fundadores de la moderna virologa propuestas en su artculo, "La Concepto de Virus ", que los virus se define principalmente en funcin de sus propiedades durante la fase intracelular, vegetativo de su ciclo de vida (33). Lwoff, sin embargo, define los virus intracelulares con las mismas propiedades que las de las partculas virales (Cuadro 1) y, paradjicamente, su papel reforzado el dogma de virus como partculas virales. Por the1970s, este dogma estaba bien establecida. Incluso una clara evidencia de lo contrario tenido poco efecto. Por ejemplo, en ese tiempo, era de conocimiento comn que durante su etapa intracelular, "virus de ADN" tienen ambos cidos nucleicos, ADN y ARN, sin embargo, a causa de los virus dogma como partculas virales, los virus se define como tener slo un tipo de nucleico cido (ver citas anteriores). Este es buen ejemplo de la potencia de los conceptos en la ciencia, un concepto que tergiversa los hechos puede seguir siendo viable durante dcadas. Como se ha argumentado a lo largo de este y los otros documentos de esta serie (22, 23), la definicin de virus utilizando las propiedades de las partculas virales tergiversa su naturaleza. Metafricamente hablando, la comparacin de las partculas virales con clulas comunes es como comparar manzanas y naranjas. Al igual que otras especies de parsitos intracelulares, los virus

pasan por varias etapas de su ciclo de vida y, por lo tanto, una suma integrada de todas estas etapas las define. Tambin, similar a muchas otras especies de parsitos intracelulares, virus sintetizar sus molculas, replicar su genoma, y reproducir exclusivamente dentro de su entorno nico - la clula husped. Por lo tanto, las propiedades estructurales y biolgicas de los virus durante esta etapa intracelular, que es la fase de madurez, reproductiva en el ciclo de vida viral, debe ser utilizado principalmente para definir los virus, y estas propiedades deben ser comparados con los de otros parsitos intracelulares. El problema evidente con este enfoque es que, a diferencia de las especies parasitarias celulares, durante la fase intracelular de ciclo de vida viral las molculas virales no estn rodeados por una membrana del virus especfico, pero son ms o menos libre o dispersa dentro de la clula husped. Histricamente, esta fase del ciclo de vida viral fue referido como una "fase de eclipse" con el fin de denotar la desaparicin de los virus (es decir, la desaparicin de las partculas vricas). Aunque ningn investigador de renombre en este campo creen que los virus literariamente desaparecer, hay soluciones claras sobre cmo identificar los virus durante la fase intracelular de su ciclo de vida se han propuesto [discute con ms detalle en (20)], y el dogma de virus como viral partculas se ha mantenido vigente hasta nuestros das. Una posible solucin a este problema cientfico importante se presenta a continuacin en el contexto de un modelo de fusin hipottico para el origen de los virus como organismos con un nuevo tipo de biolgico Cuadro 1. Lowff definicin de virus en funcin de su intracelular [citar (a)] o [quote (b)] extracelular propiedades: (A) "entidades estrictamente intracelulares y patgenos potencialmente con una fase infecciosa, y (i) que posean slo un tipo de cido nucleico, (ii) la multiplicacin en forma de su material gentico, (iii) que no pueden crecer y se someten a la fisin binaria , (iv) carece de un sistema de Lipmann "una (B) "infecciosas, potencialmente patgenas, entidades nucleoproteinic (i) que posean slo un tipo de cido nucleico, que (ii) se reproducen a partir de su material gentico, (iii) son incapaces de crecer y experimentar la fisin binaria, y (iv) estn desprovistas de un sistema Lipmann "b _______________ un regalo italicization en el texto original; sistema Lipmann se refiere al metabolismo energtico. b italicization y (i) a (iv) se aade al texto original. organizacin y estructura. Un modelo de fusin para el origen de los virus En la exploracin del origen y evolucin de los virus, es til para concebir un primer virus o ancestral (AV). Dado que los virus coevolucionado con sus clulas husped, es relevante para analizar el origen y la evolucin de la AV en referencia al ltimo ancestro comn universal (LUCA)

de los tres dominios celulares - Archaea, Bacteria y Eukarya (34-38). Con LUCA como referencia, las hiptesis sobre el origen de la cada de AV dentro de tres vas evolutivas generales (6, 20, 39): [I] Origen de pre-celulares elementos genticos que evolucionaron como parsitos del linaje LUCA y eventualmente como parsitos de los tres dominios de la evolucin de celulares (denominados pre-celular Teora); [Ii] La evolucin de escapar material celular gentica de LUCA linaje o el de las especies de bacterias, arqueas y eukaryal (Teora endgena); [Iii] Origen de parsitos de organismos celulares dentro del linaje LUCA, o de parsitos de especies de bacterias, arqueas y eukaryal de evolucin reductiva (Teora reductora). En cuanto a la va evolutiva para la diversificacin de AV que conduce a corrientes familias virales, las teoras pre-celular y endgena implica que AV era un relativamente simple elemento parsito gentico que adquirido nuevos genes y evolucionado y diversificado en los virus ms complejos con genomas ms grandes. Por el contrario, la teora reductora propone que AV era ms bien un complejo de especies de parsitos celulares que, debido a su entorno nico (el Precedings Naturaleza: HDL: 10101/npre.2009.3886.1: Publicado 21 oct 2009 4 clula husped), perdi un gran nmero de genes y evolucionado y se ha diversificado en los virus menos complejas con genomas ms pequeos. Las tres vas evolutivas permitir origen independiente de mltiples AV (es decir, origen polifiltico), pero slo la endgena y las teoras reductivas compartir la interesante posibilidad de que AVs se origin a partir del linaje LUCA y sus descendientes - Archaea, Bacteria y Eukarya - a lo largo de su evolucin historia, con la perspectiva notable que este proceso an est activo. Cabe destacar tambin en este punto que, en la exploracin del origen y evolucin de los virus, es importante distinguir entre el origen de AVS y su diversificacin evolutiva que conduce al origen de nuevas familias virales o especies de distinta complejidad y ciclo de vida, que se discute en este ltimo artculo. Histricamente, las hiptesis sobre el origen y evolucin de los virus sigui en general las opiniones acerca de su naturaleza (6, 20, 39). Este es un testimonio fuerte de la influencia significativa de la vista sobre la naturaleza de los virus en las opiniones acerca de su origen evolutivo (ver ms abajo). Al principio, cuando se descubrieron los virus como agentes filtrables, era razonable pensar que estas especies parsitas minutos se origin a partir de los parsitos ms complejas por evolucin reductiva. Despus se demostr, sin embargo, que algunos virus (es decir, partculas virales) tienen una estructura no celular y bioqumica de una reminiscencia de composicin relativamente simple de los miembros de las entidades vivientes primera hiptesis, la hiptesis de su origen antiguo de pre-organismos celulares fue popular . Y ms tarde, cuando los elementos genticos mviles fueron descubiertos, la teora endgena sobre el origen de los virus se escap de material gentico celular se ha difundido.

Hasta las ltimas dcadas, el conocimiento acerca de los virus y otros microorganismos fue limitado, lo que impide el desarrollo de teoras generales acerca de su origen y evolucin. Adems, debido a la visin errnea acerca de la naturaleza de los virus, las hiptesis sobre su origen se centr en la partcula viral, una restriccin que depende, en particular la hiptesis reductora. Esto se elocuentemente descrita por Salvador Luria y Darnell James: "El argumento ms fuerte en contra del origen regresiva de los virus parsitos celulares es la organizacin no celular de los virus Las cpsides virales son morfogenticamente anlogo a los orgnulos celulares compuestas de subunidades proteicas, tales como. flagelos bacterianos, filamentos de actina, y similares, y no a las membranas celulares .... Esta teora hoy tiene poco recomendable, al menos en su forma original ". (39). En el modelo evolutivo para el origen de los virus presentados anteriormente (20), propuse que los linajes virales evolucionaron a partir de especies de parsitos intracelulares que modific gradualmente su membrana celular para permitir un mayor acceso a los recursos de la clula husped, a la larga perder esta membrana en la clula husped . Puntos de vista similares sobre las posibles ventajas obtenidas por los parsitos por la prdida de su membrana celular dentro de la clula husped se sugirieron medio siglo antes por el australiano bilogo McFarlane Burnet (40, 41), y ms recientemente por Richard Matthews (42), un virlogo de la planta de Nueva Zelanda. Sobre la base de una propuesta anterior sobre el significado de "hibridacin celular", o la fusin celular, por la evolucin temprana celular (20), que presento aqu un modelo de fusin para el origen de la AV. Este modelo propone que la evolucin linajes virales y proceden de especies parsitas que se fusionan con las clulas husped, por un proceso en el que la membrana del parsito celular fusionado con la membrana celular del husped. Al perder su membrana celular y que tiene sus componentes libres o dispersa dentro de la clula husped, estas especies parasitarias tenan un mejor acceso a los recursos de las clulas husped ", tales como aminocidos, lpidos, y los nucletidos para la sntesis de sus molculas especficas. Ms significativamente, sin embargo, estos parsitos tena acceso a los mecanismos de la clula husped de procesamiento de informacin, en particular a la traduccin, que crea oportunidades nicas de parsitos y evolutiva. Despus de sintetizar molculas y sus mltiples rondas de replicacin de su genoma utilizando los recursos de acogida, estas especies parsitas virales dirigi la morfognesis de clulas reproductivas como formas diferenciadas en que las esporas infecciosas-como las estructuras, que se inici un nuevo ciclo de vida mediante la fusin con otro host las clulas. Entre los virus existentes, el ciclo de vida de los poxvirus proporciona pruebas convincentes para el modelo de fusin (Fig. 1): [I] partculas poxviral, que son clulas similares a las estructuras que contienen un ncleo-ncleo, se fusionan con las clulas husped por un mecanismo en el que los fusibles de membrana poxvirus con la membrana celular del husped (16; 43); [Ii] Despus de la fusin con la clula husped, poxvirus transcribir sus genes tempranos (aproximadamente 100 genes) dentro del ncleo-ncleo utilizando su propia maquinaria de

transcripcin, que incluye una subunidad de multi-ADN-polimerasa dependiente de RNA, factores de transcripcin y topoisomerasas, as como enzimas para la nivelacin, la metilacin, y la poliadenilacin de los transcritos. Luego, poxvirus sintetizar sus protenas utilizando equipos del anfitrin traduccin y replicar su genoma utilizando su maquinaria propia replicacin. Estas actividades virales estn asociadas con un conglomerado microscpicamente distintos de molculas virales llamado viroplasm (44; 45) (Fig. 1-1); [Iii] Para reproducir, poxvirus inducir el ensamblaje de las membranas viral en la periferia de la viroplasm, formando clulas similares a las estructuras que incluyen un genoma, maquinaria transcripcional completa, y muchas otras molculas virales (1-1 Fig.). Estas clulas como poxviral recin formado formas reproductivas diferenciar por una bona fide proceso de diferenciacin celular en formas transmisibles, infecciosas (Fig. 1-2a / f). El conjunto de poxvirales estructuras similares a clulas en la periferia de las viroplasmas es fundamentalmente similar del montaje dentro de clulas de levadura parentales de progenies que finalmente se diferencian en esporas de levadura (46; 47). Aparentemente, en poxvirus y algunos otros virus complejos (45, 48), Naturaleza Precedings: hdl: 10101/npre.2009.3886.1: Publicado 21 oct 2009 5 la viroplasm entero est encerrado en una membrana especfica para el virus, que es una fuerte indicacin de la estructura de sus antepasados celular; [Iv] Para completar su ciclo de vida, las partculas poxvirales salir de la clula husped por diversos mecanismos controlados por el virus parental. Despus de la liberacin de su progenie, los virus parentales, as como la clula husped muere. Figura 1. Morfognesis de clulas como poxvirales formas reproductiva y su diferenciacin en partculas virales [a partir de (48); Ver (16; 49) para micrografas electrnicas similares]. 1. Morfognesis de clulas poxvirales-como las estructuras (flechas) en la periferia de dos viroplams parentales (V). 2. La diferenciacin de una clula de tipo poxviral recin ensamblada forma reproductiva en una partcula viral infecciosa (2a a 2f). La diferenciacin del ncleo-ncleo es evidente (flechas). Reproducido con el amable permiso de Elsevier de referencia (48) . Naturaleza Precedings: hdl: 10101/npre.2009.3886.1: Publicado 21 oct 2009 6 Como se ha mencionado en la seccin anterior, debido al dogma de virus como partculas virales, la cuestin de cmo identificar los poxvirus y otros virus durante su etapa intracelular de su ciclo de vida se abord raramente. El enfoque agnstico de no abordar este tema no obstante, hay varias soluciones posibles [vase (20) para una discusin ms detallada de este tema]. Un enfoque limitado sera la identificacin de los organismos virales durante su etapa intracelular de su ciclo

de vida con su genoma, con exclusin de todas las otras molculas especficas virales, tales como los transcritos virales o protenas. Por el contrario, con un enfoque integrador extremo, los virus pueden ser identificados con la totalidad de los invitados clula / virus complejo. Creo que ninguno de estos dos enfoques respeta la individualidad de organismos virales, y que no facilitan una comparacin equilibrada de los virus con otras especies de parsitos intracelulares o simbitica con el fin de definir sus propiedades biolgicas fundamentales. Alternativamente, he propuesto para identificar los virus durante su desarrollo intracelular con todas sus molculas especficas, que son ms o menos libre o dispersa dentro de la clula husped (20). Sin embargo, si en una etapa particular durante su desarrollo intracelular de algunos virus consistir nicamente en su genoma y no tienen otras molculas especficas, es evidente que durante esa etapa particular de su ciclo de vida estos virus deben ser identificados con su genoma. Como una manera descriptiva para identificar los virus durante el desarrollo intracelular con la suma de integracin de todas sus molculas, este documento propone el concepto de una estructura molecular, y que etiqueta los virus y los elementos relacionados virales como organismos moleculares. A pesar de que algunos virus se desarrollan una estructura similar a la clula durante algunas etapas de su ciclo de vida y, obviamente, los organismos celulares tambin estn hechos de molculas, este nuevo concepto est diseado especficamente para enfatizar la diferencia fundamental entre los organismos parsitos virales y celulares durante su desarrollo intracelular, cuando ambos tipos de organismos que expresan propiedades biolgicas similares (Fig. 2, vase tambin el recuadro 2 en una seccin posterior de este documento). La importancia y las implicaciones de una estructura molecular en la evolucin conjunta de los virus y sus clulas husped se trata ms detalladamente aqu y en ms detalle en otro artculo de esta serie (23), sino que implica que con el fin de aprovechar al mximo el recursos de acogida, incluyendo la replicacin del husped, la transcripcin, y los mecanismos de traduccin, la biologa molecular del parsito y la de la clula husped debe ser compatible. Por lo tanto, el modelo predice que la fusin slo parsitos que infectan a los anfitriones en el dominio celular mismo tendra la oportunidad de evolucionar en linajes virales - El AVS. En consecuencia, los antepasados de los poxvirus como AVs probablemente eran parsitos organismos celulares eukaryal, y los antepasados o las bacterias que infectan a AVS o Archaea son parsitos especies de bacterias o arqueas, respectivamente. Es muy probable, sin embargo, que las primeras especies virales parasitarias origin a partir de los linajes Luca antes el origen de dominios celulares, y que estas especies virales tempranos desempeado un papel importante en el origen de dominios celulares (23). La importancia de la evaluacin de las hiptesis sobre el origen evolutivo de los virus antes o despus del origen de los dominios celulares ha sido elocuentemente discutido en otras publicaciones (6, 7). Figura 2. Comparacin del ciclo de vida de un parsito intracelular genrico que mantiene una estructura celular dentro de la clula husped (panel inferior) con la de un parsito que se fusiona con la clula husped y se desarrolla una estructura molecular (panel superior) Naturaleza Precedings: hdl: 10101/npre.2009.3886.1: Publicado 21 oct 2009

7 No hay duda de que los conceptos de la estructura molecular y el organismo molecular son ms sugestivamente prevn dentro del marco del modelo de fusin para el origen de los virus de la especie de parsitos celulares (Fig. 2), pero estos conceptos todava podra aplicarse incluso si los virus de origen y evolucionado de acuerdo con las otras dos teoras. Aunque circunstancial, las tendencias evolutivas de los virus existentes podran ser la evidencia ms convincente para la evaluacin de las hiptesis sobre el origen de los virus. Si esta evidencia indica que, en general, los virus han ido evolucionando hacia los virus ms complejos, que tendra sentido para favorecer la vista predicho por las teoras pre-celulares endgenos y que la AVs eran relativamente simples elementos genticos. Por el contrario, si esta evidencia indica que la tendencia general de los linajes vricos ha sido a evolucionar en los virus menos complejas con menor genoma, entonces tendra ms sentido a favor de la teora reductora. Debido a su genoma relativamente pequea y fuerte transferencia lateral de genes (LGT), la actual tendencia general en la evolucin de los virus es difcil de evaluar (50). Pero, a medida que ms genomas virales secuenciados y mejorar los programas actuales de anlisis filogenticos, esta tendencia podra ser ms evidente. Hay, sin embargo, la evidencia abrumadora para una tendencia reductora evolutivo parasitaria y endo-simbiticas especies celulares [revisado en (5155)]. La clave para entender la tendencia reductiva evolutivo de la especie parsita intracelular o simbitica es su ambiente nico - la clula husped. Este entorno particular puede proporcionar estas especies, bsicamente, con todos los precursores para la sntesis de sus molculas especficas, que genera la oportunidad para que las especies pierden muchos de sus genes y evolucionan genomas ms pequeos. No hay duda de que con el fin de superar los sistemas de defensa del husped o, en el caso de especies parsitas celulares para evolucionar elaborados mecanismos para el transporte de precursores tales como aminocidos, lpidos, o nucletidos travs de su membrana celular, algunos parsitos intracelulares han ganado los nuevos genes. En comparacin con sus parientes no parasitarias o no simbitica, sin embargo, todos los parsitos intracelulares y endosimbiontes tienen un genoma ms pequeo [revisado en (51-55)]. De acuerdo con la teora pre-celular sobre el origen de los virus, que en la actualidad es la opinin prevaleciente (6, 7, 50), los virus se origin antes de la evolucin de los primeros organismos celulares, 3 a 4 millones de aos. Esta teora ha sido particularmente atractivo porque, en relacin con el presunto mundo del ARN (56), que proporciona una solucin relativamente fcil a la pregunta sobre el origen evolutivo de los "virus de ARN" (6, 7, 50). En ausencia de registros fsiles tradicionales, evidencia directa de la teora pre-celular que provienen principalmente de anlisis filogentico del genoma viral existente o secuencias de protenas. Debido a la alta tasa evolutiva de los genomas de ARN, sin embargo, la homologa de secuencia entre "los virus de ARN" descienden de un antepasado comn se espera que desaparecen en unas pocas decenas de miles de aos, como mximo (8; 57, 58). Y, aunque la tasa de evolucin de "virus de ADN" es varios rdenes de magnitud menor que la de los "virus de ARN", su relacin evolutiva sera difcil de reconocer despus de un perodo relativamente corto en la escala de tiempo geolgico [hay que sealar, sin embargo , que esta rpida evolucin no se aplica necesariamente a los virus

endgenos, cuyo genoma se replica como parte del genoma del husped (59)]. Por lo tanto, utilizando genmica viral existente o secuencias de protenas para inferir posibles relaciones evolutivas entre los virus que se remontan a unos pocos millones de dlares o incluso unos pocos cientos de millones de aos es questionable.1 Esto deja a la teora pre-celular con poco basada en la secuencia filogentica pruebas. De manera similar, no hay evidencia para la teora endgena. Al parecer, los celulares elementos genticos mviles que antes se consideraban posibles precursores celulares endgenos para el origen de los virus (61) son restos evolutivos virales (6265). La teora reductora sobre el origen de AV fue cuestionada (39), ya que no se puede conciliar con el concepto errneo de virus como partculas virales. Sin embargo, en el contexto del concepto de virus como organismos moleculares y que el modelo de fusin para el origen de AVS, la evidencia para el origen de los virus a partir de especies parasitarias celular es fuerte. Claramente, el ciclo de vida del virus de la viruela es un modelo ideal para el modelo de fusin. Sera difcil incluso tericamente concebir un caso ms fuerte. El ciclo de vida del virus de la viruela es exactamente lo que el modelo de fusin para el origen de AV predice. Por otra parte, el reciente descubrimiento de mimiviruses, que tienen varios restos indiscutibles celulares, incluyendo: (a) una estructura similar a la clula durante al menos algunas fases de su desarrollo intracelular; (b) clulas como formas de reproduccin; (c) un genoma ms grande que el de muchas especies celulares parasitarias o simbitica; (c) restos de una maquinaria de traduccin, y (v) la presencia de ADN y ARN en su celular como partculas virales, es una fuerte evidencia de su origen a partir de parsitos de especies celulares (66 - 69). En particular, la presencia de restos de maquinaria de traduccin, una caracterstica que se encuentra tambin en otros virus tales como chloroviruses (70), podra ser mejor explicado por una evolucin de reduccin de una especie de parsitos celulares segn lo predicho por el modelo de fusin. Una fuerza obvia del modelo de fusin, en comparacin con las otras hiptesis sobre el origen de los virus, es que puede ser abordado experimentalmente. Celulares especies parsitas se pueden fusionar con las clulas de acogida con el fin de estudiar su potencial de desarrollo como organismos parsitos moleculares. Por otra parte, si los nuevos linajes virales se origin a partir de especies parsitas celulares a lo largo de la historia de la vida como lo predice el 1 Estas cuestiones filogenticos basados en la secuencia son inherentes no slo a los virus, sino tambin a parsitos especies celulares que han evolucionado a una velocidad diferente en comparacin con sus contrapartes no parsitas. Por ejemplo, basndose en el anlisis filogentico de los genes ribosmicos, que estn entre los genes celulares ms conservadas, la microsporidios fueron clasificados inicialmente como pre-eukaryal especies [revisado en (60)]. Recientemente, sin embargo, se ha demostrado que los antepasados de estas especies altamente reducidas parsitos se reproducen sexualmente especies de hongos que debido a su ambiente intracelular nico no slo han perdido numerosos genes, sino tambin sus mitocondrias [revisado en (60)]. Naturaleza Precedings: hdl: 10101/npre.2009.3886.1: Publicado 21 oct 2009 8

modelo de fusin, deberamos esperar encontrar especies existentes celulares en su camino a la evolucin en organismos moleculares. La literatura cientfica actual abunda en ejemplos de parsitos y simbiontes que se han desarrollado por evolucin reductiva de organismos ms complejos (51-55). Tal como se presenta en la seccin siguiente, utilizando el modelo de fusin de los virus de origen como una hiptesis de trabajo, identifiqu varias especies de bacterias, arqueas y eukaryal que podran ser en evolucin en organismos moleculares. Sorprendentemente, sin embargo, desde hace ms de un siglo, los investigadores han estado estudiando las algas parasitarias (71) y hongos (72) que se puede hacer desarrollar una estructura molecular dentro de sus clulas husped (73-81). Cabe destacar que estos parsitos se fusionan con clulas de acogida y desarrollarse como organismos moleculares. Existantes especies parasitarias potencialmente evolucionando hacia organismos moleculares Antes de discutir la perspectiva notable que varias especies celulares existentes parsitos podra estar evolucionando en organismos moleculares, es importante reiterar que slo los parsitos que tienen una biologa molecular compatible con la de sus clulas husped sera capaz de fusionarse con las clulas de acogida, desarrollar un estructura molecular, y evolucionar como organismos moleculares. Esto significa, por ejemplo, que las numerosas bacterias y parsitos que infectan clulas simbitica eukaryal anfitrionas no sera capaz de evolucionar en especies virales. De hecho, hay muchas especies bacterianas y parasitarias endo-simbitica, como Carsonella, Portiera, Tremblaya, que tienen genomas mucho ms pequeos que algunos virus [revisado en (82-84)]. El genoma de algunas de estas especies bacterianas es tan pequeo como 160 kb (que codifica aproximadamente 30 protenas), que es slo una fraccin de la capacidad de codificacin del genoma mimivirus, que codifica para ms de 900 protenas. Debido a la biologa molecular de estas especies bacterianas no es compatible con el de su anfitrin, sin embargo, necesitan mantener una membrana celular y una estructura celular dentro de su clula husped eukaryal y, por lo tanto, es poco probable que evolucionar en especies virales por una fusin mecanismo. Como se propone en otro artculo de esta serie (23), el Archaea tres dominios celulares, Bacteria y Eukarya se origin a partir del linaje LUCA por la evolucin de los mecanismos anti-fusin, como las paredes celulares (Bacteria y Eukarya} o membranas con lpidos composicin distinta ( Archaea), que conducen a su aislamiento reproductivo y la especiacin. Debido a estos dispositivos de fusin anti-, con el fin de desarrollarse en organismos molecular (es decir, AV), estos parsitos archaeal, bacterial, y eukaryal tendran que desarrollar especiales como mecanismos de fusin. una va evolutiva que podra explicar el origen de AVs de estos linajes no fusin sera similar a la del parsito externo archaeal Nanoarchaeum equitans, que tiene un genoma muy pequeo (570 kb) a aproximadamente la mitad del tamao del genoma mimivirus (85 ;. 86) Presumiblemente, este parsito externo de las especies Ignicoccus archaeal perdido un gran nmero de sus genes, ya que tena acceso a los metabolitos de la clula husped a travs de una especial membrana a membrana conexin an no definido, pero probablemente implica algn tipo de membrana fusin (85; 86). Estos parsitos externos eventualmente adquirir la capacidad de inyectar su citoplasma y genoma en la clula husped y se desarrollan como organismos moleculares.

Este modelo de evolucin para el origen de los linajes virales que infectan a las bacterias y Archaea est fuertemente apoyado por el ciclo de la vida actual del cabezal de numerosos virus y bacterias y arqueas cola que inyectan su genoma y otras molculas en la clula husped. Los antepasados de estos virus fueron probablemente los parsitos externos con un ciclo de vida similar a la de N. equitans y Vampirococcus (87). Tambin es probable que algunos virus que infectan especies eukaryal originado por un mecanismo similar. Por ejemplo, las partculas virales de chloroviruses, que son clulas similares a las estructuras rodeadas por una pared de glicoprotena, y adjuntar a degradar la pared celular de su alga verde de acogida para extruir su contenido en la clula husped (70), dejando su espora -como la capa exterior de la clula husped. El ciclo de vida de chloroviruses, que tienen ms de 300 genes que codifican protenas, incluyendo restos de maquinaria de traduccin, sugiere que sus antepasados eran externos especies celulares parasitarias. Entre las bacterias, Bdellovibrio bacteriovorus y muchos otros parsitos que infectan bacterias ubicuas otras especies bacterianas [revisado en (87-89)] son ejemplos persuasivas de parsitos linajes bacterianos que estn potencialmente en evolucin en organismos moleculares. B. bacteriovorus penetra en la membrana externa de su clula husped, hidroliza la pared celular, y se establece como un parsito en el periplasma de acogida. Desde dentro del periplasma, el parsito se degrada sistemticamente los componentes de sistema principal, en ltima instancia, hacerse cargo de la totalidad de la clula husped. Al igual que los virus, este parsito intracelular replica su genoma varias veces y luego induce la formacin de internos, nuevo tipo clula progenie, que se diferencian en formas transmisibles, infecciosas. Entonces, el parsito parental lisa la clula husped y su progenie son liberados en busca de nuevos huspedes. Aparentemente, B. bacteriovorus mantiene una membrana celular, y por lo tanto una estructura celular, durante todo su ciclo de vida. Es relativamente sencillo, sin embargo, imaginar cmo B. bacteriovorus y otros similares especies bacterianas parasitarias podra perder su membrana celular dentro de la clula husped y se desarrollan como organismos moleculares. Adems, no sera sorprendente descubrir que algunas de las especies existentes parasitarias o bacterianas que infectan arqueas huspedes bacterianos o archaeal, respectivamente, son en realidad organismos moleculares reales. Al igual que en las especies parsitas Arqueales bacteriana, tambin hay numerosas especies eukaryal parsitas, como las algas y los hongos, que pueden ser cambiantes en organismos moleculares. Sorprendentemente, parece que algunas de estas especies parasitarias son ya verdaderos organismos parsitos moleculares, aunque actualmente no se reconocen como tales (73-81). Segn lo predicho por el modelo de fusin para el origen de AV, estos parsitos de hongos y algas: (a) se fusionan con clulas de acogida, (b) desarrollar una estructura molecular, (c) replicar su genoma y sintetizar sus otras molculas especficas con el anfitrin recursos mviles, y (d) generan Naturaleza Precedings: hdl: 10101/npre.2009.3886.1: Publicado 21 oct 2009 9

celular-como formas de reproduccin que se diferencian en las esporas, que comienzan un ciclo de vida nueva por la fusin con otras clulas husped [revisado en (73-81)]. La idea de una gran complejidad especies parsitas celulares evolucionan en virus parece poco probable. Hay, sin embargo, varios parsitos eukaryal y endo-simbiontes con genomas ms pequeos que el de los virus grandes. As, claramente, el potencial de profunda evolucin reductiva de clulas eukaryal est bien soportado (54; 90-92). En el modelo de fusin para la evolucin reductiva de especies parsitas eukaryal en linajes virales, los parsitos se pierden sus orgnulos como las mitocondrias , los plastidios, y mucho del sistema cito-membrana - que se encuentran fcilmente en su entorno nico, el eukaryal la clula husped. El ncleo, sin embargo, que est fuertemente acoplado con la expresin gnica, se mantendra evolutivamente durante largos perodos antes de que pudiera perderse a travs de evolucin reductiva. Sera de esperar, por lo tanto, que algunos virus complejos pueden tener restos de una membrana nuclear y el ncleo. Curiosamente, con esta prediccin como hiptesis de trabajo, me encontr con datos publicados que apoyan este modelo evolutivo. Como se muestra mediante tomografa de electrones (93), la poxviral clulas como partculas infecciosas aparentemente contienen una membrana nuclear genuino, que desmonta durante la replicacin del genoma poviral y la morfognesis de nuevas similares a clulas progenies y vuelve a ensamblar durante la diferenciacin de estos recin formados por clulas hija como formas en partculas virales infecciosas (vase la fig. 1-2F). Los cuerpos laterales de estas partculas representan un citoplasma condensado viral (Fig. 1-2d). De acuerdo con el modelo de fusin para el origen de los virus que se presentan aqu, una especie de parsitos que se fusiona con la clula husped y se desarrolla una estructura molecular es un organismo molecular genuino. Como se propone en el modelo evolutivo de la diversificacin evolutiva de las especies virales que se presentan en la seccin siguiente, durante las primeras etapas de evolucin reductiva, el AV producida por clulas reproductivas como formas diferenciadas en que las partculas virales. En efecto, las partculas vricas producidas por poxvirus, mimivirus, y dems virus grandes tienen una estructura similar a la clula y una composicin bioqumica que son comparables a las de las formas transmisibles de reproduccin de algunas especies celulares parasitarias. Muchos virus, sin embargo, no envueltos producir partculas virales, que no se asemejan a una estructura celular. El origen evolutivo de estas partculas, especficamente la evolucin de las protenas de la cpsida, se ha considerado fundamental para comprender el origen de los virus y sus relaciones evolutivas (6, 7, 50). Debido a que no se encontr homologa de secuencia entre los genes existentes cpside y los genes celulares, se ha propuesto que los genes de la cpsida se origin a partir de un grupo de genes que precedi al origen de las clulas (6, 7, 50; 94; 95). Con base en este supuesto, los genes de la cpsida se han considerado como los genes virales sello, o el "yo" de los virus, y se utiliza como prueba del origen de los virus de pre-celulares antepasados (6, 7, 50, 94, 95) . Parece, sin embargo, que-como las protenas cpside se encuentran comnmente entre las especies celulares existentes, pero debido a que su secuencia no es homloga a la de protenas de cpside viral que no fueron identificados por los programas filogenticos empleados usualmente en tales bsquedas. Sorprendentemente, algunos de los mejores ejemplos de la cpside-como las protenas estn entre las protenas celulares ms abundante y ubicua - las protenas de la capa S-

bacterias y Arqueales y las protenas formadoras de poros en todos los dominios celulares [revisado en (96-99)]. La similitud estructural y funcional entre las bacterias y archaea capa Sprotenas y algunas de las protenas de la cpside viral es sorprendente: (a) son todos ricos en dominios de hoja -, (b) auto-ensamblan en varias configuraciones, incluyendo un comn -viral como simetra hexagonal, (c) forma de poros como asambleas, (d) tienen un papel protector del medio ambiente, y (e) no es poca homologa de secuencia entre las protenas o ninguna S-capa de diferentes especies (96; 97). Esta ltima caracterstica es muy importante, ya que indica que a pesar de similares funciones estructurales y funcionales, y probable origen evolutivo comn, no fuerte homologa de secuencia entre las protenas de la capa S-pueden ser detectados, por lo tanto, ninguna homologa de secuencia entre los genes de la cpside viral y sus supuestos ancestros de genes celulares se debe esperar. Las protenas que forman microcompartments bacterianas son otro grupo de protenas que no slo se asemejan a las protenas de la cpsida, pero sorprendentemente, se ensamblan en partculas virales como las estructuras (100). Estas protenas, sin embargo, podra ser genuinos protenas virales del virus simbiticas que coevolucionaron con sus clulas husped, ms que hipotticas precursores celulares de protenas de la cpside viral. Algunos otros intrigantes celulares cpside protenas similares son aquellos asociados con la formacin de tubos de esporas y polar en microsporidios. Microsporidios es un grupo muy grande de eukaryal parsitos intracelulares (ms de 1200 especies identificadas hasta ahora) que infectan a numerosas especies eukaryal [revisado en (60)]. La etapa intercelular y el modo de reproduccin de estos parsitos son muy diversas, con algunas especies que producen decenas de progenies internas dentro de la clula parental. Al igual que en los virus, la nica forma que es viable fuera de las clulas husped, y la nica forma infecciosa en su ciclo de vida, es sus esporas, que son anlogas a las partculas virales (vase la Tabla 2). An ms notable es el hecho de que para empezar un nuevo ciclo de vida de las esporas de microsporidios no entran en las clulas husped, pero similar a las partculas virales de algunos virus, tales como los de chloroviruses, inyectan su genoma junto con el esporoplasma en la clula husped a travs de un tubo polar - una estructura muy largo a base de protenas que es expulsado de la espora en el citoplasma de la clula husped con alta velocidad. La capa de la espora y otras estructuras asociadas internos, incluida la membrana celular parental, se dejan fuera de las clulas husped, un fenmeno similar a la observada durante la infeccin de las clulas de algas por chloroviruses (70). A diferencia de chloroviruses, que desarrollan una estructura molecular dentro de la clula husped, el esporoplasma de microsporidios est aparentemente rodeado por una membrana microsporidial especfico y mantiene una estructura celular durante el desarrollo intracelular. Sin embargo, es posible que algunas especies de microsporidios se desarrollan una molecular Precedings Naturaleza: hdl: 10101/npre.2009.3886.1: Publicado 21 oct 2009 10 estructura dentro de la clula husped, pero debido al pensamiento convencional que ha sido pasado por alto. Utilizando el modelo de la fusin como una hiptesis de trabajo, los investigadores en este campo podra descubrir que algunas especies de microsporidios son

genuinos o relacionados organismos moleculares. Claramente, microsporidios constituyen uno de los mejores sistemas de modelos experimentales para el estudio de la posible evolucin de los parsitos en los organismos eukaryal moleculares. Diversificacin evolutiva de los virus En el modelo de fusin para el origen de los virus, los nuevos linajes virales se origin a partir de especies parsitas celulares a lo largo de la historia de la vida. La gran mayora de las familias virales existentes, sin embargo, se origin a partir de otros virus de evolucin reductiva. Algunos de los pasos principales hipotticos en la diversificacin evolutiva reductora de poxvirus como AVs (referido como "virus envueltos") en los virus que producen formas transmisibles anlogos a los producidos por las otras clases principales de virus existentes son [en opinin (16) ; (Fig. 3)]: [I] Origen de los virus que abandonaron la produccin de formas similares a clulas reproductivas y utiliza sus nucleoprotenas ncleos como formas infecciosas transmisibles (en la actualidad, estas especies virales se conocen como "virus no envuelta). Estas formas novedosas transmisibles entrado en las clulas husped por endocitosis o mediante la inyeccin de su genoma y otras molculas necesarias en las clulas husped; [Ii] Origen del plsmido como especies virales de los virus que han evolucionado los mecanismos alternativos de transmisin que no requieren la produccin de partculas virales, como la transmisin endgena o vertical. En este modelo, los plsmidos de conjugacin representan una etapa evolutiva de transicin; [Iii] En ltima instancia, un extremo va reductora evolutiva llev al origen de organismos virales (no mostrado en la figura. 3) que consta de un genoma de replicacin (por ejemplo, viroides) que no codifica para las protenas, o a la lnea germinal, virus endgenos que produjo transmisibles solamente protenas partculas virales, que pueden entrar en nuevas clulas husped y activar el padre o un virus endgeno relacionado a producir similares transmisibles, slo protenas partculas virales, tal como se describe en un artculo aparte en esta serie (22), este fenmeno conducido al desarrollo de la hiptesis del prin engaosa de la naturaleza de las encefalopatas espongiformes transmisibles. Figura 3. Va reductora evolutivo de una especie parasitarias celulares que conducen a la evolucin de los organismos moleculares que producen formas transmisibles (es decir, partculas virales) anlogos a los de los principales grupos de especies virales existentes. El modelo evolutivo anterior describe el origen de los grupos principales de virus existentes de acuerdo con sus mecanismos de reproduccin y transmisin (Fig. 3). Hay, sin embargo, un gran nmero de intermedios linajes virales que abarcan estos grupos principales [revisado en (16)]. El origen y la evolucin de los linajes vricos que producen partculas virales contienen un genoma de ARN es desconcertante (101; 102). Teniendo en cuenta la popularidad del mundo de ARN modelo para el origen de la vida (56), no es sorprendente que el origen evolutivo de los "virus de ARN" se ha asociado con este perodo presunta ancestral (6, 7, 50).

Naturaleza Precedings: hdl: 10101/npre.2009.3886.1: Publicado 21 oct 2009 11 Cuadro 2. Comparacin de las propiedades biolgicas de las especies parasitarias virales que forman partculas virales infecciosas (por ejemplo poxvirus) y las de celulares especies parasitarias que hace que las esporas infecciosas (por ejemplo, microsporidios).

Celulares especies parsitas virales especies parasitarias Extracelular Extracelular Intracelular intracelular

Metabolisma - + - + Crecimientob - + - + Reproduccin - + - + Infectividad + - + -

A definida como la suma integrada de las actividades asociadas con la sntesis de molculas, incluyendo carbohidratos, lpidos, protenas, y cidos nucleicos. b definida como un incremento en el nmero de molculas especficas. La evidencia actual, sin embargo, apoya un modelo alternativo, comprobable evolutivo en el que "los virus de ARN" se origin de "virus de ADN." La gran mayora "de los virus de ARN" producir partculas de virus con un valor positivo (es decir, transcripcin-like) del ARN del genoma, y hay pruebas relativamente fuerte que los virus de toma de partculas virales que contienen RNAs de doble hebra evolucionaron a partir de virus que producen positivos ARN de cadena sencilla que contienen partculas virales (103; 104). Estos hallazgos podran ser indicios de su origen evolutivo. En los virus que tienen un nmero relativamente pequeo de genes, los transcritos de ARN puede sustituir a un genoma de ADN basada, que se convierte en prescindible. Probablemente, los antepasados de los "virus de ARN", fueron los virus con un genoma de ADN que produce partculas virales que llevan un genoma de ADN y transcripcin de ARN. Estas especies virales descarta su genoma despus de los transcritos de RNA fueron capaces de replicarse dentro de la clula husped. Al igual que "los virus de ARN", los retrovirus desarrollado la capacidad de empacar sus transcripciones de todo el genoma, que se tapan y se polyadenylated, dentro de las partculas virales. Sin embargo, para ser capaz de insertar su genoma en el genoma del husped para oportunidades de transmisin verticales, los retrovirus utilizar estas transcripciones como una plantilla para la sntesis de un genoma de ADN. Teniendo en cuenta que slo unos pocos

aminocidos cambios confieren una polimerasa de cido nucleico de la caracterstica de replicacin de ADN o molculas de ARN (105; 106), o que las partculas virales se pueden encapsidar ARN o molculas de ADN (107), las transiciones evolutivas de "ADN virus "a" virus de ARN "o las transiciones evolutivas entre diferentes tipos de" virus de ARN ", tales como los que tienen genomas segmentados y no segmentados (108), aparecen relativamente sencillo y abierto a pruebas de laboratorio. El modelo de fusin predice que la primera AVs se origin a partir del linaje LUCA antes del origen de dominios celulares (23). Tambin prev que miles de nuevos linajes AV se origin a partir de archaeal bacteriana, o eukaryal especies parsitas celulares a lo largo de la historia de la vida, y que estos eventos evolutivos estn todava en curso. Claramente, los dominios celulares y virales tienen una larga y rica historia co-evolutiva que deben estar representados en el rbol de la Vida (TOL). Debido a su estructura molecular, los virus son propensos a la LGT intenso [revisado en (15; 109)]. Es probable, por lo tanto, que durante largos perodos de evolucin la mayora si no todos los genes en algunos linajes virales han sido reemplazados por genes de otros virus o de otras fuentes, posiblemente varias veces ms. Adems, debido a una alta tasa evolutiva de los genes virales, es posible que mucho de homologa de secuencia entre divergentes linajes virales ha sido borrado. Evidentemente, en estos casos, la lnea de descenso de los virus existentes no puede ser establecida por la secuencia basada en el anlisis filogentico. Esto tambin es cierto para algunas especies celulares, en particular las especies parsitas, lo que llev a abrir interrogantes sobre el valor y la validez del TOL [revisado en (110)]. La intencin de la TOL, sin embargo, es el de establecer la lnea de la pendiente entre los grupos de organismos o especies, no necesariamente las relaciones evolutivas entre sus genes. Ciertamente, cada uno de los millones de genes celulares y virales tiene una historia evolutiva que puede ser revelado por un rbol filogentico basado en la secuencia, pero muchos de estos rboles a base de genes no representan una TOL que refleja la lnea de descenso entre las especies. El problema, por lo tanto, no podra ser con la TOL pero con el enfoque reduccionista de generar una TOL basa exclusivamente en el anlisis filogentico basado en la secuencia. Como se discuti recientemente [vase (15) y la correspondencia asociada (111-117)], la cuestin de la clasificacin de los virus como entidades vivientes o no vivientes, que se ha disputado desde que los virus fueron descubiertos a finales del siglo pasado (20 ), es de gran relevancia en la evaluacin de la conveniencia de incluir virus en el TOL. No hay duda de que, haciendo hincapi en las propiedades de las partculas virales, el dogma de virus como partculas virales ha jugado un papel importante en retratar a los virus como no vivos entidades discutidas en [ref. (20)]. En efecto, es difcil considerar que una entidad aparentemente inerte tal como la partcula viral de estar vivo, aunque en ltima instancia, la definicin de una entidad como vivo, o no, depende de la definicin de la vida. En el marco conceptual de los virus como organismos moleculares, sin embargo, su naturaleza biolgica Precedings: hdl: 10101/npre.2009.3886.1: Publicado 21 oct 2009 12

propiedades son evidentes (ver Cuadro 2 y Fig. 2.). Y, ciertamente, sera easer para aceptar los virus como organismos e incluirlos en el TOL en el contexto del modelo de fusin para el origen de los virus parsitos de especies celulares, que en el marco de las teoras pre-celulares o endgeno. Si los antepasados de los virus estaban viviendo especies celulares como predice el modelo de fusin, entonces sera difcil racionalizar que los virus, que son sus descendientes, no son entidades vivientes. Por otro lado, si los antepasados de los virus fueron relativamente simples elementos genticos de replicacin, entonces puede ser easer argumentar a favor de su clasificacin como no vivos entidades. Como se discuti anteriormente en esta seccin, la mayora, si no todos los virus existentes origin a partir de otros virus por evolucin de reduccin divergente. Por lo tanto, el problema de la inclusin de los virus en el TOL, o no, se refiere fundamentalmente a la relacin evolutiva entre los virus ancestrales (es decir, la AVS) y los dominios celulares. Si el AVs origin antes de las clulas segn lo predicho por la teora pre-celular, entonces su diversificacin que conduce a los linajes vricos existentes generara una TOL que es independiente, o paralelo, a la de las especies celulares (Fig. 4, panel I). En este caso, la historia de la vida se representa por dos separados de la lnea de descenso tols, a, tol celular y un TOL viral. Si asumimos que los organismos celulares primera descienden de los virus, entonces la rama celular del TOL sera raz en la base de la rama viral de la TOL (Fig. 4, panel II). En contraste, el modelo de fusin para el origen de los virus predice que miles de AVs origin a partir de parsitos de especies celulares, tanto antes como despus de que el origen de tres dominios celulares, bacterias, arqueas y Eukarya (23), (Fig. 4, panel III) . El estado vivos como no vivos, de los virus no obstante, la justificacin para no incluir virus en el TOL se basa en la interpretacin de los datos filogenticos moleculares virales dentro del contexto de las opiniones convencionales sobre el origen del virus, lo que lleva a profundos desacuerdos conceptuales y metodolgicos problemas [vase (15) y asociado correspondencia (111 a 117]). Curiosamente, utilizando el modelo de la fusin como una hiptesis de trabajo para la interpretacin de los datos moleculares filogenticos actuales, muchos de estos problemas y metodolgico restringe se resuelven. Por ejemplo, el modelo de fusin predice que los virus son polifiltico (Fig. 4, panel III), que no se origin a partir de pre-celulares antepasados, y que por parsitos procedentes de especies celulares mediante la evolucin de reduccin, muchos de los virus existentes son complejos espera que contienen restos celulares y genes que estn estrechamente relacionados con los de sus anfitriones. Este ltimo aspecto es de gran relevancia para la interpretacin de los datos actuales en el campo de la filogentica molecular viral, ya que muchos de los genes virales que en la actualidad son considerados como genes celulares adquiridos por los virus de su ejrcito LGT [revisado en (15)] podra representan verdaderos genes virales que descendieron de sus antepasados celulares parsitos. No hay duda de que, debido a la rpida evolucin y LGT intenso, gran parte de la seal filogentica vertical, basada en la secuencia de los linajes tempranos del virus probablemente ha erosionado. Considerando tambin que, como se predijo por el modelo de fusin, miles de nuevos linajes virales y proceden de especies celulares en toda la historia de la vida, que sera muy difcil, si no

imposible, para erradicar muchos de los linajes vricos existentes para el TOL en una convencional manera. Figura 4. Representacin esquemtica de TOL basa en la visin actual sobre el origen y evolucin de los virus (vase el texto para el debate). Para simplificar, los rboles se dibujan con una topologa bifurca y con slo unos pocos ramas ilustrativos. Los linajes celulares se muestran como lneas continuas y los linajes vricos como lneas de puntos. Las flechas indican el intercambio de material gentico entre linajes celulares y virales. Panel I representa dos tols independientes, un viral TOL (VTOL) y un celular TOL (CTOL). Panel II representa un viral-first/cellular TOL (vcTOL), en el que los linajes celulares ancestrales tienen sus races en la base de una rama viral ancestral. Mesa III representa una TOL celular primer \ vrica (cvTOL) en la que varios linajes virales se origin a partir de linajes celulares. Naturaleza Precedings: hdl: 10101/npre.2009.3886.1: Publicado 21 oct 2009 13 Sin embargo, estas dificultades metodolgicas no debe anular virus el derecho a ser incluidos en el TOL. Una posible solucin a este problema metodolgico es de prever que el TOL est incrustado en cscara viral (23) Resumen y perspectiva El dogma de los virus como partculas virales tergiversa la naturaleza de los virus y los virus se ha fijado aparte de los principales paradigmas biolgicos y evolutivos. Por otra parte, como se discute aqu y en los dems artculos de esta serie, este dogma ha limitado potencial para el progreso en muchos campos de la bio-mdicas (22, 23). Es evidente que el dogma de virus como partculas de virus ya no puede integrar de forma productiva los rpidos avances en nuestro conocimiento acerca de los virus y las clulas. No es de extraar, pues, que visiones alternativas estn emergiendo (4, 21). Similar a otras especies de parsitos, virus pasan a travs de varias etapas de desarrollo en su ciclo de vida y, por lo tanto, una suma integrada de todas estas etapas las define. Es dentro de su entorno de la clula husped, sin embargo, que los virus que expresan la esencia de todos los organismos - sntesis de sus molculas especficas, el crecimiento y la reproduccin. Para identificar los virus durante la etapa intracelular cuando sus molculas se dispersan dentro de la clula husped, este documento propone el concepto de la estructura molecular y virus marcados como organismos moleculares. Estos conceptos establecer la base para la inclusin de diversas entidades biolgicas, tales como plsmidos, virus endgenos, elementos de transposicin, viroides, fagos y virus, dentro del mismo dominio de organizacin biolgica - la viral, o molecular, dominio. El modelo de fusin propone que los virus se origin a partir de parsitos organismos celulares que se fusionan con la clula husped. Entre los virus actuales, el ciclo de vida del virus de la viruela y otros virus complejos proporciona pruebas convincentes para el modelo de fusin. Algunos de

estos virus tienen indudables restos celulares que son mejor explicados por un origen evolutivo de antepasados celulares. Una de las consecuencias ms notables del modelo de fusin es que los linajes virales nuevas origin a partir de especies parsitas celulares largo de la historia de la vida y que este proceso podra seguir siendo activo. Sorprendentemente, como predice el modelo de fusin, varios existente fusible parasitaria especies de hongos y algas con sus clulas husped y se desarrollan como organismos moleculares. Adems de estas especies eukaryal parasitarias, hay tambin varios parsitos bacterianos y archaeal que podran estar evolucionando en organismos moleculares, aunque por especiales como fusin mecanismos. El modelo de fusin para el origen de los virus apoya la idea de que estamos vivos, y que deben ser incluidos en el TOL. Sin embargo, debido a miles de nuevos linajes virales origin a partir de parsitos especies celulares largo de la historia de la vida, y debido a su rpida evolucin y LGT intenso, es difcil colocar los linajes virales en TOL. Aunque, algunos de los linajes que se originaron ms recientemente podra tener sus races a TOL de una manera convencional ms probablemente no puede. Una posible solucin sera la de prever que muchas de las ramas de la TOL estn alojados en una carcasa viral (23). En perspectiva, el modelo actual en el origen y evolucin de los virus como organismos molecular tiene aplicaciones inmediatas de investigacin (22) y que podra cambiar radicalmente nuestra visin sobre la historia de la vida (23). Resumen y perspectiva El dogma de los virus como partculas virales tergiversa la naturaleza de los virus y los virus se ha fijado aparte de los principales paradigmas biolgicos y evolutivos. Por otra parte, como se discute aqu y en los dems artculos de esta serie, este dogma ha limitado potencial para el progreso en muchos campos de la bio-mdicas (22, 23). Es evidente que el dogma de virus como partculas de virus ya no puede integrar de forma productiva los rpidos avances en nuestro conocimiento acerca de los virus y las clulas. No es de extraar, pues, que visiones alternativas estn emergiendo (4, 21). Similar a otras especies de parsitos, virus pasan a travs de varias etapas de desarrollo en su ciclo de vida y, por lo tanto, una suma integrada de todas estas etapas las define. Es dentro de su entorno de la clula husped, sin embargo, que los virus que expresan la esencia de todos los organismos - sntesis de sus molculas especficas, el crecimiento y la reproduccin. Para identificar los virus durante la etapa intracelular cuando sus molculas se dispersan dentro de la clula husped, este documento propone el concepto de la estructura molecular y virus marcados como organismos moleculares. Estos conceptos establecer la base para la inclusin de diversas entidades biolgicas, tales como plsmidos, virus endgenos, elementos de transposicin, viroides, fagos y virus, dentro del mismo dominio de organizacin biolgica - la viral, o molecular, dominio. El modelo de fusin propone que los virus se origin a partir de parsitos organismos celulares que se fusionan con la clula husped. Entre los virus actuales, el ciclo de vida del virus de la viruela y

otros virus complejos proporciona pruebas convincentes para el modelo de fusin. Algunos de estos virus tienen indudables restos celulares que son mejor explicados por un origen evolutivo de antepasados celulares. Una de las consecuencias ms notables del modelo de fusin es que los linajes virales nuevas origin a partir de especies parsitas celulares largo de la historia de la vida y que este proceso podra seguir siendo activo. Sorprendentemente, como predice el modelo de fusin, varios existente fusible parasitaria especies de hongos y algas con sus clulas husped y se desarrollan como organismos moleculares. Adems de estas especies eukaryal parasitarias, hay tambin varios parsitos bacterianos y archaeal que podran estar evolucionando en organismos moleculares, aunque por especiales como fusin mecanismos. El modelo de fusin para el origen de los virus apoya la idea de que estamos vivos, y que deben ser incluidos en el TOL. Sin embargo, debido a miles de nuevos linajes virales origin a partir de parsitos especies celulares largo de la historia de la vida, y debido a su rpida evolucin y LGT intenso, es difcil colocar los linajes virales en TOL. Aunque, algunos de los linajes que se originaron ms recientemente podra tener sus races a TOL de una manera convencional ms probablemente no puede. Una posible solucin sera la de prever que muchas de las ramas de la TOL estn alojados en una carcasa viral (23). En perspectiva, el modelo actual en el origen y evolucin de los virus como organismos molecular tiene aplicaciones inmediatas de investigacin (22) y que podra cambiar radicalmente nuestra visin sobre la historia de la vida (23).