Tema 3. Proteinas. Composicion y Estructura

Bioqumica
Estructural y Metablica
Tema 3. Protenas: composicin y estructura
Bioqumica Estructural y Metablica

TEMA 3. Protenas: composicin y estructura. Enlace pep)dico. Pp0dos. Niveles de organizacin estructural de las protenas. Estructura primaria. Protenas homlogas. Estructura secundaria, terciaria y cuaternaria de las protenas. Principales mo0vos de estructura secundaria: hlices alfa, lminas beta y giros beta. Fuerzas que estabilizan la estructura tridimensional. Desnaturalizacin de las protenas. Principales agentes desnaturalizantes.
Jess Navas Mndez

OBJETIVOS
Reconocer los niveles estructurales de las protenas. Comprender el concepto de homologa. Familias de protenas. Ortlogos y parlogos. Diferenciar las dis0ntas estructuras secundarias. Comprender los factores que determinan su estructura tridimensional. Relacionar la estructura con la funcin de las protenas. Comprender cmo la estructura y la funcin se alteran cuando cambia el entorno molecular.
Jess Navas Mndez

LOS AMINOCIDOS SE PUEDEN UNIR POR ENLACES PEPTDICOS

Dos aminocidos
Eliminacin de una molcula de agua
Enlace pep)dico
... Formacin del enlace CO-NH

Extremo amino Extremo carboxilo
GarreJ and Grisham. Biochemistry. 4 ed. 2009. Jess Navas Mndez

PEPTIDOS Y PROTEINAS
PpOdo: hasta 50 aminocidos. OligoppOdo: pp0do pequeo. PolippOdo: pp0do grande. Oligmero: protena formada por subunidades idn0cas llamadas protmeros. Protenas sencillas y conjugadas (poseen grupo prostOco).
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GLUTATIN
Glu-Cys-Gly (L-glutamil-L-cisteinil-glicina)
Principal pp0do de las clulas. Papeles biolgicos: - Defensa celular contra compuestos oxidantes: H2O2 + 2GSH GSSG + 2 H2O. - Mantenimiento de las protenas en estado reducido.
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PPTIDOS PEQUEOS CON FUNCIONES BIOLGICAS IMPORTANTES

Hormonas: oxitocina (9 aacs), factor liberador de 0rotropina (3 aacs). AnObiOcos. Venenos (amani0na). Edulcorante (aspartamo).
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PROTENAS: PRINCIPALES POLMEROS ESTRUCTURALES Y FUNCIONALES DE LOS SERES VIVOS

Catlisis de reacciones enzim0cas, transporte de vitaminas, minerales, oxgeno y combus0bles. Estructura de tejidos, transmisin nerviosa, contraccin muscular y mo0lidad celular. Coagulacin sangunea, defensas inmunolgicas, hormonas y molculas reguladoras.
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CLASIFICACIN DE PROTENAS SEGN SU GRUPO PROSTTICO

CLASE Lipoprotenas Glucoprotenas Fosfoprotenas Hemoprotenas Flavoprotenas Metaloprotenas GRUPO PROSTTICO Lpidos Carbohidratos Fosfato Hemo Nucle0dos avina Hierro Zinc Calcio Molibdeno EJEMPLO B-Lipoprotena Ig G Casena leche Hemoglobina Succinato DH Ferri0na Alcohol DH Calmodulina Dinitrogenasa
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SECUENCIA DE LA INSULINA DE VACA

La insulina 0ene dos cadenas unidas por dos puentes disulfuro. La cadena A 0ene 21 aa y la B 0ene 30 aa.
GarreJ and Grisham. Biochemistry. 4 ed. 2009. Jess Navas Mndez

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NIVELES DE ORGANIZACIN DE LAS PROTENAS

Estruct. Primaria Estruct. secundaria Estruct. terciaria Estruct. Cuaternaria
Aminocidos Hlice alfa Cadena polipep)dica Subunidades ensambladas
Lehninger Principles of Biochemistry. 5 ed. Freeman, 2009.
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FACTORES QUE DETERMINAN LA CONFORMACIN PROTEICA

Adems de la estructura primaria, las condiciones csico-qumicas del entorno: el pH, concentracin salina, temperatura y otros factores ambientales. Desnaturalizacin es la prdida de la conformacin de una protena. Una protena desnaturalizada pierde su ac0vidad biolgica.
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CARACTERIZACIN DE UNA PROTENA

Composicin de aminocidos. Carga elctrica (pI). Estructura primaria, secundaria, terciaria, y en las protenas mul0mricas, su estructura cuaternaria.
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ESTRUCTURA PRIMARIA
Sirve para entender sus propiedades funcionales, iden0car la familia a la que pertenece y describir los polimorsmos y las protenas mutantes que causan enfermedades moleculares. Se determina a par0r de la secuencia del gen o secuenciando la protena.
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LA FUNCIN DE UNA PROTENA DEPENDE DE SU SECUENCIA DE AMINOCIDOS

Cada protena 0ene un nmero de residuos y secuencia carcters0cos. Las protenas con0enen regiones esenciales para su funcin, cuya secuencia se encuentra conservada. La estructura primaria de una protena puede variar en diferentes especies y dentro de la misma especie entre individuos, tejidos del mismo individuo y fase del desarrollo (el 20-30% de las protenas humanas son polimrcas). Una mutacin puntual puede producir un cambio en la secuencia de aacs que resulta en una protena defectuosa, causando una patologa. En otros casos se producen deleciones (distrona en la enfermedad de Duchene).
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QU INFORMACIN PROPORCIONA LA SECUENCIA DE AMINOCIDOS?
Prediccin de su estructura 3D, su funcin, localizacin celular y su evolucin. Clasicacin de las protenas en familias (25% de iden0dad mnima para pertenecer a la misma familia). Deteccin de mo0vos relacionados con funciones importantes (localizacin celular, modicacin qumica y vida media).
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PROTENAS DE FUNCIN SIMILAR TIENEN FRAGMENTOS DE SECUENCIA SIMILARES
Sabiendo la secuencia de una protena, se puede predecir si su funcin se parece a la de protenas de funcin ya conocida.
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PROTEINAS HOMLOGAS
Molculas homlogas: derivan de un antecesor comn. La homologa se maniesta por una similitud signica0va en la secuencia de nucle0dos y aminocidos, casi siempre proyectada en la estructura 3D y en la funcin. Protenas homlogas: 0enen secuencias de aacs y funciones semejantes. Homlogos ortlogos: homlogos presentes en especies dis0ntas, con funciones idn0cas o similares. Homlogos parlogos: homlogos presentes en la misma especie. Se diferencian en sus funciones bioqumicas detalladas. Ejemplo: mioglobina y hemoglobina.
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Gen ancestral
Especiacin
Genes ortlogos
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Gen ancestral
Duplicacin gnica
Genes parlogos
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SECUENCIAS DE LA MIOGLOBINA HUMANA Y DE CACHALOTE (ORTLOGOS)
Mathews & Van Holde. Jess Navas Mndez

ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS DE PROTENAS CON EL USO DE HUECOS
Jess Navas Mndez

Jess Navas Mndez

ESTRUCTURA SECUNDARIA
Patrones repe00vos que se forman al plegarse los polipp0dos. Puede predecirse con bastante abilidad a par0r de la secuencia. Tipos de estructura secundaria ms frecuentes: Hlice alfa, lmina plegada y giro .
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EL ENLACE PEPTDICO ES PLANO Y RGIDO

Los seis tomos del grupo pep)dico estn en el mismo plano debido al carcter de doble enlace parcial del enlace pep)dico.
GarreJ, R.H. and Grisham, C.M. Biochemistry. 2 ed. Saunders College Publishing. 1999. Jess Navas Mndez

LA RESONANCIA DE ELECTRONES CONFIERE AL ENLACE PEPTDICO CARCTER DE DOBLE ENLACE PARCIAL
Un doble enlace puro C-O permiOra la rotacin alrededor del C-N.
Un doble enlace C=N impedira la rotacin pero en ese caso habra una carga neta negaOva en el O
La verdadera densidad electrnica es intermedia. La barrera para la rotacin C-N es de unos 88 kJ/mol, que es suciente para mantener el grupo amido en un plano.

HAY LIBRE ROTACIN ALREDEDOR DE LOS ENLACES C-CO y C-N
Nelson, DL and Cox, M.M. Lehninger Principles of Biochemistry. 3 ed. Worth Publishers, 2000. Jess Navas Mndez

Un pp0do puede tener varias conformaciones segn los ngulos Phi y Psi (adopta la ms favorable desde el punto de vista energ0co = menores impedimento estrico y repulsin electrost0ca).
Planos del enlace amida
Cadena lateral
Aminocidos

HLICE ALFA: ESTRUCTURA RGIDA EN FORMA DE VARILLA QUE SE FORMA CUANDO UNA CADENA POLIPEPTDICA SE RETUERCE EN UNA CONFORMACIN HELICOIDAL A DERECHAS
Se forma un puente de H entre el CO de un aminocido y el NH del cuarto aminocido por detrs.


HLICE ALFA
Un puente de H entre el CO de un aminocido y el NH del cuarto por detrs. 3,6 aacs por vuelta de hlice. 5,4 Amstrong (0,15 nm) de distancia entre vuelta y vuelta. Dextrgira.

Las cadenas laterales sobresalen de manera perpendicular al eje de la hlice.

FACTORES QUE AFECTAN A LA ESTABILIDAD DE LA HLICE ALFA

Repulsin o atraccin electrost0ca entre residuos. Impedimento estrico (entre residuos adyacentes y entre residuos separados por 3 4 aminocidos). La prolina y la glicina 0enen un efecto desestabilizador de la alfa hlice.
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DOS PROTENAS FORMADAS MAYORITARIAMENTE POR HLICES ALFA
Mioglobina
Jess Navas Mndez
Bacteriodopsina

CONFORMACIN EN LMINA BETA

Se forman cuando se alinean de lado dos o ms segmentos de cadenas polipep)dicas. Esqueleto de la cadena polipep)dica extendido en zig-zag. Las cadenas polipep)dicas en zig-zag se disponen de manera adyacente formando una lmina estabilizada por puentes de H. Lminas beta paralelas (cadenas orientadas en la misma direccin) y an0paralelas (orientadas en direcciones opuestas).
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Hoja beta paralela

3 1
Hoja beta an0paralela

HOJA BETA ANTIPARALELA

C N C
N C

HOJA BETA PARALELA

N N N

GIROS BETA
Son elementos de conexin entre hlices alfa y/o lminas beta. Determinan un cambio de direccin de las cadenas polipep)dicas. Se forma un puente de hidrgeno entre un residuo (n) y el situado tres aminocidos despus (n+3). La prolina y la glicina abundan en los giros beta.
Jess Navas Mndez

An0paralela
GIRO BETA
2
Paralela

LA PROBABILIDAD DE FORMAR HLICE ALFA O LMINA BETA ES, EN CIERTA MEDIDA, PREDECIBLE A PARTIR DE LA SECUENCIA DE AMINOCIDOS, SEGN LOS NGULOS Y

PUEDE HABER LARGOS FRAGMENTOS DE PROTENA SIN ESTRUCTURA SECUNDARIA DEFINIDA
Quimotripsina

ESTRUCTURA TERCIARIA
Estructura espacial de la protena. Depende de la secuencia de aacs y puede predecirse. Se determina por difraccin de RX. MoOvo: patrn de plegamiento caracters0co que aparece en varias protenas. Dominio: regin de la cadena polipep)dica que puede plegarse de manera estable e independiente.
Jess Navas Mndez

Determinacin de la estructura de una protena por difraccin de rayos X.
Jess Navas Mndez

ESTRUCTURA TERCIARIA DE LAS PROTENAS

Cada protena posee una nica estructura 3D. La estructura 3D de una protena depende de la secuencia de aacs. La funcin de una protena depende de su estructura 3D. La estructura 3D se estabiliza mediante enlaces disulfuro y fuerzas no covalentes. Dentro de la gran variedad de las protenas se reconocen algunos patrones estructurales comunes.
Jess Navas Mndez

FUERZAS QUE ESTABILIZAN LA ESTRUCTURA TERCIARIA

Cys Asp COO - 2 + NH 3 Lys 3 H O Ser Phe Ile Glu CO O- Tyr Val
S
1
OH
4
CH3 CH3 CH3 CH3
S
Cys
1. Puentes di-sulfuro. 2. Atraccin electrost0ca. 3. Puentes de hidrgeno. 4. Interaccin hidrofbica.

Jess Navas Mndez

Protenas naOvas son las que se encuentran en su conformacin funcional plegada (la ms estable). Las interacciones que estabilizan la conformacin na0va de una protena son los puentes disulfuro y las interacciones no covalentes. La conformacin ms estable es la que permite la formacin del mximo nmero de puentes de hidrgeno dentro de la protena. En general los residuos hidrofbicos quedan orientados hacia el interior de la protena, lejos del contacto con el entorno acuoso. Los residuos hidroclicos quedan orientados hacia el exterior.
Jess Navas Mndez

La secuencia de aminocidos permite predecir con cierta aproximacin la estructura tridimensional de dominios no muy grandes de protenas.

ORTLOGOS Y PARLOGOS TIENEN ESTRUCTURAS TERCIARIAS SEMEJANTES
(Stryer, 2002) Jess Navas Mndez

BIBLIOGRAFA
Lehninger Principles of Biochemistry. 5 ed. Freeman, 2009. Caps 3, 4. Marks Basic Medical Biochemistry. A clinical approach. 3 ed. LWW., 2008. Caps 6, 7. Devlin. Textbook of Biochemistry with Clinical correla>ons. 7 ed. Wiley, 2010. Cap 9. Feduchi y cols. Bioqumica: conceptos esenciales. Panamericana, 2011. Cap 5. Berg, Tymoczko and Stryer. Biochemistry. 7 ed. WH. Freeman, 2011. Caps 2, 3. Voet and Voet. Biochemistry. 4 ed. Wiley, 2011. Caps 7, 8. Baynes and Dominiczak. Bioqumica Mdica. 3 ed. Elsevier, 2011. Cap 2. GarreJ and Grisham. Biochemistry. 4 ed. 2009. Caps 5, 6.
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