El Coronel Molina asumi la presidencia el 1 de julio de 1972.

Aprovechando la bonanza de los precios del caf, lanz un plan de construccin de infraestructura con el lema "una escuela por da". Se construyeron hospitales y escuelas y la presa hidroelctrica del Cerrn Grande. En 1976, el presidente Molina propuso implementar un plan de reforma agraria cautelosa que fue rechazado por los sectores empresariales del pas, la ANEP y la oligarqua rural. Este proyecto comprenda 59,000 hectreas de la regin oriental tradicionalmente algodonera para ser distribuida a 12,000 familias campesinas, y los dueos latifundistas iban a recibir el precio real en el mercado, pero este proyecto fue abandonado. Los propietarios afectados se unieron para formar el Frente de Agricultores de la Regin Oriental (FARO) y junto a la ANEP se unieron para movilizar a casi todo el sector privado en contra de la reforma propuesta.2 Logros Construyo Aeropuerto Internacional de Comalapa, la presa hidroelctrica Cerrn Grande, el Ingenio Azucarero del Jiboa (INJIBOA), la geotrmica de Ahuachapn, la Televisin Educativa, el Banco de Fomento Agropecuario, el Fondo Social para la Vivienda, el Instituto Nacional de Pensiones de los Empleados Pblicos (INPEP) y el Fondo de Financiamiento y Garanta para la Pequea Empresa (FIGAPE), entre otros.3 Mientras realizaba algunas reformas moderadas, el gobierno de Molina se propuso reprimir con fuerza a los grupos de izquierda. El 19 de julio de 1972 orden la ocupacin militar de la Universidad de El Salvador bajo la acusacin de ser el centro de operaciones de los grupos armados de izquierda. Durante el gobierno de Molina, los cuerpos de seguridad realizaron una violenta represin de la oposicin, entre los hechos de violencia estatal destac la Masacre del 30 de julio de 1975, cuando una manifestacin de protesta de estudiantes universitarios fue disuelta a balazos, provocando decenas de muertos y desaparecidos. En los ltimos meses de su gobierno, la crisis poltica se intensific. En las elecciones presidenciales de febrero de 1977, hubo nuevas acusaciones de se haba cometido fraude a favor del candidato del PCN, Carlos Humberto Romero, protegido de Molina. Los grupos armados de izquierda secuestraron al empresario Roberto Poma y al Ministro de Relaciones Exteriores, Mauricio Borgonovo Pohl. Los grupos paramilitares de ultraderecha asesinaron a los sacerdotes jeusitas Rutilio Grande (12 de marzo de 1977) y Alfonso Navarro (11 de mayo de 1977) que pertenecan a los sectores progresistas de la Iglesia Catlica. El Coronel Molina termin su perodo presidencial el 1 de julio de 1977. Luego de abandonar el gobierno, vivi fuera del pas. Regres a El Salvador en 1992.