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Modelagem molecular (Parte I)

Predio da estrutura engenharia de proteinas e aplicaes em

Sumario

Mtodos de determinao da estrutura de proteinas Principios Fundamentais Foras em Biomolculas Modelagem de Biomolculas
Mecnica M i

molecular l l

Mtodos de otimizao de estrutura Predio de estrutura de Proteinas


Modelagem

comparativa (ou por homologia)

Docking

Modelagem Vs Engenharia de proteinas

Mtodos para alterar a funo de uma proteina

Mtodos de obteno da estrutura 3D

Cristalografia de Raios-X Espectroscopia de Ressonncia Magntica Nuclear (RMN) Mtodos toricos


Ab initio i ii Baseado em conhecimento


Montagem de fragmentos R Reconhecimento h i d enovelamento de l Modelagem comparativa ou por homologia

Cristalografia de RaiosRaios-X

Princpio do mtodo

Cristalografia g de RaiosRaios-X

Parmetos de qualidade da estrutura:

Resoluo:

Relacionada ao espaamento dos planos de tomos na clula cristalina. Quanto maior a resoluo, maior o detalhamento da informao estrutural;

Fator-R:

Uma medida U did de d quanto t dos d dados d d originais i i i o modelo d l cristalogrfico i t l fi explica. li O Fator-R proporcional resoluo; Quanto maior o Fator-R maior a qualidade do modelo.

Pontos fracos

Ressonncia Magntica g Nuclear

Princpio do Mtodo

Ressonncia Magntica g Nuclear

Nuclear Overhauser effect (NOE)

Ressonncia Magntica Nuclear

Determinao da estrutura

Pontos Fracos

Princpios fundamentais

Energia

A anlise energtica permite predizer que processos moleculares podem ocorrer sob determinadas condies A energia a soma da energia potencial calculada a partir de foras inter- e intramoleculares l l atrativas i ou repulsivas li e a energia cintica devida movimentao molecular. Todas as tcnicas de qumica computacional definem energia de forma que o sistema de menor energia o mais estvel Desta forma, encontrar a conformao mais estvel de uma molcula encontrar sua f forma d menor energia de i .

Foras em biomolculas

Interaes eletrostticas:

A presena do solvente afeta enormemente esta interao; Quanto Q anto maior a capacidade do solvente sol ente em estabilizar estabili ar dois ons separados (constante dieltrica D) menor a energia de estabilizao decorrente da aproximao do dos ons; As solues aquosas que caracterizam os principais meios biolgicos possuem entre outras caractersticas a excelente capacidade de estabilizar ons em soluo (D ~ 80). Em gua, a energia de interao de dois ons, de carga oposta, a 3,0 de distncia 1,4 kcal/mol.

Foras em biomolculas

Interaes de van der Waals:


Tambm conhecidas como foras (disperso) de London; Ocorrem devido flutuaes na distribuio eletrnica das molculas, mesmo apolares; A atrao entre dois tomos varia com r -6; Torna-se muito importante entre molculas apolares l ( (e.g. hid hidrocarbonetos) b ) com extensa superfcie de contato (0,5-1,0 kcal/mol);

Rvdw (2)

A curva experimental usualmente modelada como um potencial pareado onde a repulso entre dois tomos varia com r -12 e a atrao varia com r 6 (potencial de L Lennard-Jones). dJ )

Foras em biomolculas

Interaes dipolo-dipolo:

A densidade eletrnica nas ligaes C-X (X = N, O, S) permanentemente deslocada para o tomo mais eletronegativo;

Isto cria um dipolo eltrico permanente que pode interagir com ons, outros dipolos ou grupos neutros. A energia varia com r 2, r 3 e r 6, respectivamente; Dipolos induzidos podem ocorrer quando uma carga pontual ou um dipolo aproximado de uma molcula neutra. Neste caso, a energia de interao tambm varia aproximadamente com r 6; So normalmente modeladas como um potencial Lennard Lennard-Jones, Jones, aplicando aplicando-se se os raios de van der Waals e a profundidade do poo adequada;

Foras em biomolculas

Ligaes de hidrognio:

Talvez a mais estudada, porm menos compreendida das interaes intermoleculares; Possui componentes eletrostticos e de van der Waals; Em protenas, ocorre entre pares X-HX, onde X= N, O, (S). A interao maximizada quando o nguloXX 180o e a distncia X-X 3,5 ; Cada ligao de hidrognio coopera com 1-3 1 3 kcal/mol, podendo totalizar centenas em um protena; Satisfao do pares HBD-HBA => Estrut. Sec.

Foras em biomolculas

Foras em biomolculas
y

Efeito Hidrofbico:
y

Origina-se Origina se da alta fora coesiva entre molculas de gua (ligaes de Hidrognio).

Regra de Solubilidade:
y y

Polar Polar Polar-Polar Apolar-Apolar

Grande G d i importncia t i na formao f de d do d cerne de d protenas t globulares l b l e no processo de enovelamento; Somente S corretamente modelado d l d com a i incluso l explicita li i de d molculas de gua no sistema.

Foras em biomolculas
O efeito hidrofbico em protenas:
Efeito hidrofbico considerado uma das principais foras atuantes no enovelamento de protenas Resulta no empacotamento dos resduos apolares no cerne das protenas

gua

Resduos hidrofbicos

Resduos hidroflicos

Foras em biomolculas
Importncia da solvatao: Interaes intermoleculares so determinadas por contatos hidrofbicos

Ligaes de hidrognio so compensadas pelo solvente

Modelagem de biomolculas

Mecnica molecular

A expresso de energia da mecnica molecular consiste de um simples equao algbrica da energia de um composto. No usa uma funo de onda ou densidade eletrnica total.

As constantes nessa equao so obtidas de dados espectroscopicos ou de calculos ab initio. Um conjunto de equaes e suas constantes associadas chamado de campo de fora.

Modelagem de biomolculas
Termos do Campo de Fora da Mecnica Molecular
Estiramento de ligao e ngulos planares.

ngulos de toro (proprios)


v

Modelagem de biomolculas
Termos do Campo de Fora da Mecnica Molecular
ngulos de Toro (improprios)

Termos cruzados

Modelagem de biomolculas
Termos do Campo de Fora da Mecnica Molecular
Interaes eletrostticas
As propriedades eletrostticas de uma molcula so conseqncia da distribuio de eltrons e ncleos, sendo desta forma razovel considerar que se deve ser capaz de encontrar um conjunto de cargas atmicas parciais usando mecnica quntica. Infelizmente, a carga parcial no uma quantidade observvel experimentalmente e no pode ser obtida de forma obvia a partir da funo de onda. Isto explica porque inmeras formas de calcular cargas parciais tm sido propostas, propostas e porque ainda h debate considervel sobre o melhor mtodo para deriv-las.

Cargas derivadas do potencial eletrosttico molecular

Modelagem de biomolculas
Termos do Campo de Fora da Mecnica Molecular
Van der Waals
Potencial Lennard Lennard-Jones Jones O potencial LJ caracterizado por uma parte atrativa que varia 6 e uma parte com r-6 t repulsiva l i que varia com r-12

Modelagem de biomolculas
Campos de fora populares
y

AMBER (Assisted model building with energy refinement)


y

tanto um campo de fora como um programa de mecnica molecular. Foi parametrizado especificamente para protenas t e cidos id nuclicos. li AMBER usa somente t 5 termos t covalentes l t e no-covalentes l t juntamente j t t com um sofisticado tratamento eletrosttico. Nenhum termo cruzado esta presente. Resultados so excelentes para protenas e cidos nuclicos, mas podem ser errneos para outros sistemas.

CHARMM (Chemistry at Harvard macromolecular mechanics)


y

Foi originalmente vislumbrado para proteinas e acidos nucleicos. Tem sido aplicado para uma gama de biomolculas, biomolculas dinmica molecular, molecular solvatao, solvatao empacotamento cristalino, cristalino analise vibracional, e estudos QM/MM. CHARMM usa cinco termos, um dos quais um termo eletrostatico.

GROMOS (Gronigen molecular simulation)


y

O campo de fora GROMOS popular para a predio do movimento dinmico de molculas l l e de d lquido. l id Tambm T b usado d para modelagem d l d biomolculas, de bi l l usando d 5 termos t , um dos quais um termo eletrosttico.

Mtodos de Otimizao

O problema
Mtodos

no-derivativos Mtodos derivativos


Primeira

f =0 xi

Sinal da funo

derivada
;

Steepest descent Conjugated gradients

2 f >0 2 xi

Curvatura

Segunda

derivada

Critrio

de terminao

F = ma
V F = r

Predio da estrutura de protenas


y

Tudo que voc precisa a seqncia de uma protena com homologia reconhecida a uma estrutura conhecida. conhecida E a tendncia ficar mais fcil... fcil

Um projeto de predio de estrutura


Nova Seqncia Busca em B a ncos Assina lamento de Domnios

Predi o de Enovela mento

No

Homlogo No PDB ?

A li da Anlise d Fa mlia 3D

S im
Enovelamento R econhecido ?

Alinha mento Mltiplo

S im

Alinha mento Seq-Estrutura q

Modela gem por Homologia

No

Alinha mento Estrut. Secund Estrut Secund.

Dados Experimenta is

Predi o Ab initio

Pred. Estrutura Secundria Modelo 3D Refinamento Estrutura l

Modelagem comparativa
Rigid body assembly - Composer C & SwissModel S i M d l Segment matching - SEGMOD Vriend et al. (1994) Satisfaction S ti f ti of f spatial ti l restraints t i t - MODELLER

Modelagem comparativa

Etapas em comum
Identificao dos moldes (templates) Alinhamento da sequncia alvo com a sequncia do molde

Um projeto de modelagem por homologia

Obteno do Alinhamento estrutural

Caracterizao da famlia

Busca por similaridade em bancos de seqncias Identificao da funo/domnios da PTN; Retirada de sequncias de PTNs homlogas (mesma famlia) para alinhamento mltiplo;

Alinhamento mltiplo de seqncias homlogas;


Alinhamento mltiplo de estruturas secundrias; Assinalamento de regies conservadas/funcionais

Um projeto de modelagem por homologia

Otimizao do alinhamento com auxlio do modelo (Threading)

Discriminao da probabilidade de uma mutao em funo da sua posio na estrutura: estrutura

Mutaes hidrofbico hidroflico no cerne na protena so improvveis;

Inseres/delees dentro de elementos de estrutura secundria so raras;

Modelagem por homologia

O processo de modelagem por corpos rigidos


Reconhecimento/seleo dos moldes; Alinhamento:

Correo/otimizao;

Gerao da cadeia principal (backbone); Construo dos alas (loops) cannicos (busca em bancos de dados); Gerao/otimizao das cadeias laterais (side chains); Modelagem ab initio de alas; Otimizao geral (minimizao de energia); Verificao do modelo.

Rigid body assembly: SwissModel


Construo do arcabouo
Computado ao se fazer a mdia da posio de cada tomo na seqncia alvo, baseado na localizao dos tomos correspondentes no molde. Quando mais de um molde esta disponvel, a contribuio relativa ou peso de cada estrutura determinada pelo seu grau local de similaridade na seqncia com o molde.

Alas Al no-conservadas d
Algoritmo Spare part" busca por fragmentos que poderiam ser acomodados nos arcabouos das entradas do PDB d t determinadas i d com resoluo l melhor lh que 2.5 2 5 . Cada ala definida pelo seu comprimento e seus apoios", ou seja, as coordenadas de carbono alfa (Ca) dos quatro resduos precedendo ou seguindo ala. As partes avulsas (spare parts) aceitas so ordenadas conforme seus rmsd, e o arcabouo de Ca adicionado ao modelo baseado nos cinco melhores fragmentos.

Um projeto de modelagem por homologia

Modelando alas

Indels so esperadas quando a identidade entre duas seqncias inferior 75%; Quando inseres ocorrem, no h um molde no qual se basear; Abordagens para modelar alas:

Cannicos: identificao atravs de busca em bancos de dados utilizando tili d a mesma abordagem b d para modelagem d l d rotmeros; de t No-conservados: modelagem ab initio

Um projeto de modelagem por homologia

Modelando alas

A maior fonte de erros durante o processo de modelagem; Fontes de alteraes na conformao de alas em protenas homlogas:

Contatos no cristal 75% Mutaes de resduos pequenos volumosos; Mutaes envolvendo prolina.

Um projeto de modelagem por homologia

Contatos no cristal

Um projeto de modelagem por homologia


Mutaes de resduos pequenos volumosos Mutao XPro

Rigid body assembly: SwissModel


Completando a cadeia principal
Os nitrognios e carbonilas da cadeia principal precisam ser completados; Realizado usando uma biblioteca de fragmentos de cadeia principal pentapeptidicos derivados de entradas do PDB determinadas com resoluo melhor que 2.0 Estes fragmentos so ento ajustados a seqncias sobrepostas de cinco tomos Ca do modelo alvo. Em seguida, adiciona-se ao modelo as coordenadas de cada tripeptideo central para cada tomo (N, C, O) da cadeia principal do alvo. Este processo fornece cadeias principais modeladas que diferem das coordenadas experimentais por aprox. 0.2 rms.

Adicionando cadeias laterais


Para a a muitas u as das cade cadeias as laterais a e a s da p protena o e a no o ha a informao estrutural disponvel nos moldes. Os rotmeros mais provveis de cada cadeia lateral dependem da conformao da cadeia principal. Os tomos definindo os ngulos 1 e 2 de cadeias laterais incompletas podem ser usados para restringir a escolha de rotmeros.

Um projeto de modelagem por homologia

Modelagem das cadeias laterais

Quando o nmero de mutaes pequeno (seqID > 95%) estas podem ser modeladas manualmente a partir de uma biblioteca de rotmeros que leva l em considerao d o ambiente b ( f (conformao d cadeia da d principal); Essa abordagem capaz de predizer a conformao local de um resduo com at 85% de acerto. Na maioria dos casos, muitas mutaes ocorrero ao mesmo tempo, ento no possvel determinar o ambiente espacial de um resduo com certeza; Quando mais de dois resduos influenciam a cadeia lateral a ser modelada, d l d uma exploso l combinatria bi t i pode d ocorrer.

Um projeto de modelagem por homologia

Modelagem das cadeias laterais


A

soluo do jogador profissional

Um projeto de modelagem por homologia

Modelagem de mutaes pontuais

90% das cadeias laterais em estruturas homlogas, no variam em 1;

Uma mutao pontual pode causar dramticas alteraes na funo ou estabilidade de uma protenas, mas raramente em sua estrutura 3D;

Somente resduos no-conservados tm suas cadeias laterais adicionadas;

SwissPDB Viewer

SwissModel/Swiss PDB Viewer SwissModel/Swiss_PDB

Satisfaction of spatial restraints

Programas e servidores teis em modelagem por homologia de protenas

Docking g Aspectos tericos

Docking
Aspectos tericos: A i li limitaes i Importncia p da entropia p

Docking
A Aspectos tericos: i algortimos l i
Interao hidrofbica

FLExX
encaixe i de d tringulos i l de d stios de interao do receptor em tomos complementares l t (quimicamente) do ligante

Ligao de hidrognio

DOCK
encaixe geomtrico de centro de esferas que preenchem o stio de interao com tomos do ligante

Docking
Aspectos tericos: A i li limitaes i Flexibilidade do receptor p

Docking P Preparao
Representao p do stio de ligao g

Docking Preparao
Estados de protonao podem mudar

Softwares de Docking disponveis

Pacotes de modelagem disponveis para download na internet

Bibliografia
Frenkel, D. e B. Smit. Understanding molecular simulation: from algorithms to applications. San Diego: Academic Press. Press 2002. 2002 xxii, xxii 638 p. p p. p Leach, A. R. Molecular modelling: principles and applications. Harlow, England; New York: Prentice Hall. 2001. xxiv, 744 p., [16] p. of plates p. Schleyer, P. V. R. Encyclopedia of computational chemistry. Chichester: New York: J. Wiley. 1998. 5 v. (xxix, 3429 p.) p. Schlick, T. Schlick T Molecular modeling and simulation: an interdisciplinary guide. guide New York: Springer. 2002. xliii, 634 p. p. (Interdisciplinary applied mathematics; v. 21) Young, D. C. Computational Chemistry. A Pratical guide for applying techiniques to realworld ld problems. bl N York. New Y k Wiley. Wil 2001. 2001 365p. 365 Cramer C.J. Essentials of computational Chemistry. Theory and Models. Wiley (2002). 550p. Becker, O.M.; MacKerrell A.D.; Roux, B.; Watanabe, M. Computational Biochemistry and Biophysics. Marcel Dekker Inc. (2001). 512p. Hltje, H-D.; Hltje H D Sippl W.; W Rognan, Rognan D.; D Folkers, Folkers G. G Molecular Molec lar Modeling: Modeling Basic Principles and Applications. Wiley-VCH; 2 Sub edition (2003). 240p.