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Biomoléculas: Aminoácidos Peptídios e Proteínas magnojunqueira@gmail.com Modificado de Prof. Sebastien Charneau - UnB 1

Biomoléculas:

Aminoácidos

Peptídios e

Proteínas

Biomoléculas: Aminoácidos Peptídios e Proteínas magnojunqueira@gmail.com Modificado de Prof. Sebastien Charneau - UnB 1

magnojunqueira@gmail.com

Modificado de Prof. Sebastien Charneau - UnB

1

Quais são os principais elementos

químicos dos organismos vivos?

Quais são os principais elementos químicos dos organismos vivos? C, H, O, N- 99% da massa

C, H, O, N- 99% da massa da maioria das células

O que são compostos orgânicos?

Moléculas que contêm um esqueleto de carbono, seja

ele formado por uma cadeia linear, ramificada ou cíclica.

de carbono, seja ele formado por uma cadeia linear, ramificada ou cíclica. Por que o carbono

Por que o carbono e não outro elemento?

Grupos Funcionais

Grupos Funcionais 4

Hierarquia da célula

Nível 4: as células e Nível 3: Complexos Nível 2: Nível 1: unidades suas organelas
Nível 4: as células e
Nível 3: Complexos
Nível 2:
Nível 1: unidades
suas organelas
supramoleculares
Macromoléculas
monoméricas
nucleotídeos
Cromossomo
aminoácidos
Proteína
Membrana Plasmática
Celulose
açúcares
Parede celular

Lipídeos

5

Componentes moleculares de uma célula de

Escherichia coli

Componentes moleculares de uma célula de Escherichia coli Quase toda a matéria sólida é substância orgânica

Quase toda a matéria sólida é substância orgânica (proteínas, ácidos nucléicos, polissacarídeos e lipídeos)

As estruturas das biomoléculas (proteínas, DNA, etc) resultam diretamente de suas interações com o ambiente aquoso.

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Onde podemos encontrar proteínas numa célula bacteriana?

E nas células eucariotas animal/planta?

E nas células eucariotas animal/planta? 8  Estrutura física e funcionalidade

8

Estrutura física e funcionalidade

fontes de proteínas e aminoácidos

nutrientes alimentares

fontes de proteínas e aminoácidos nutrientes alimentares Complementos 9
fontes de proteínas e aminoácidos nutrientes alimentares Complementos 9
fontes de proteínas e aminoácidos nutrientes alimentares Complementos 9
fontes de proteínas e aminoácidos nutrientes alimentares Complementos 9

Complementos

fontes de proteínas e aminoácidos nutrientes alimentares Complementos 9
fontes de proteínas e aminoácidos nutrientes alimentares Complementos 9

9

Proteínas

- do grego: protos primeira, mais importante

- Macromoléculas mais abundantes nas células vivas

- Expressão da informação genética

primeira, mais importante - Macromoléculas mais abundantes nas células vivas - Expressão da informação genética 10

As proteínas são polímeros de resíduos de

α-aminoácidos. Eles variam de acordo com

seu grupo R ou cadeia lateral

As proteínas são polímeros de resíduos de α -aminoácidos. Eles variam de acordo com seu grupo
As proteínas são polímeros de resíduos de α -aminoácidos. Eles variam de acordo com seu grupo

11

Nomenclatura dos aminoácidos 12

Nomenclatura

dos

aminoácidos

12

Com exceção da glicina os aminoácidos

possuem estereoisômeros

Com exceção da glicina os aminoácidos possuem estereoisômeros 13

13

Assimetria dos AA

A partir do carbono em C2 (ou Cα) = centro quiral, existe:

2 enantiômeros (isômeros ópticos)

Assimetria dos AA A partir do carbono em C2 (ou C α ) = centro quiral,

Presentes sempre na forma L; exceções

Proteínas de alguns moluscos marinhos

(“cone snails”)

Abundantes em

peptidioglicanos

presentes em

paredes celulares de

bactérias

moluscos marinhos (“cone snails”) • Abundantes em peptidioglicanos presentes em paredes celulares de bactérias 15
moluscos marinhos (“cone snails”) • Abundantes em peptidioglicanos presentes em paredes celulares de bactérias 15
15
15

Classificação dos aminoácidos

normalmente baseada na polaridade do

grupo R (cadeia lateral)

Hidrofóbicos

na polaridade do grupo R (cadeia lateral) Hidrofóbicos Alifáticos Aromáticos Hidrofílicos Carregados

Alifáticos

Aromáticos

Hidrofílicos

lateral) Hidrofóbicos Alifáticos Aromáticos Hidrofílicos Carregados Positivamente C a rregados Negativamente Não

Carregados

Positivamente

Carregados

Negativamente

Não

carregados

16

Aminoácidos hidrofóbicos

Aminoácidos hidrofóbicos 17

17

Aminoácidos aromáticos Grupo Fenila Grupo Fenol Grupo Indol 18

Aminoácidos aromáticos

Grupo Fenila Grupo Fenol Grupo Indol
Grupo Fenila
Grupo Fenol
Grupo Indol

18

Aminoácidos hidrofílicos

Grupo Sulfidrila Grupo pirrolidina
Grupo Sulfidrila
Grupo
pirrolidina
Aminoácidos hidrofílicos Grupo Sulfidrila Grupo pirrolidina 19

19

Aminoácidos Básicos

Grupo guanidino Grupo imidazol
Grupo
guanidino
Grupo imidazol

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Aminoácidos ácidos

Aminoácidos ácidos 21

Forma zwitterion dos aminoácidos

Em solução, 1 AA é um íon dipolar ou zwitterion

• Em solução, 1 AA é um íon dipolar ou zwitterion Forma não-iônica Forma zwitteriônica •

Forma não-iônica

Forma zwitteriônica

Pode agir como ácido (doador de prótons)

• Pode agir como ácido ( doador de prótons) HA ↔ H + + A -

HA ↔ H + + A -

Pode agir como base (receptor de prótons)

+ + A - • Pode agir como base ( receptor de prótons) A - +

A - + H + ↔ AH

Reagem tanto em ácido

quanto em base:

Substancias anfóteras

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Curva de titulação de 1 aminoácido

Baseada na desprotonação

de titulação de 1 aminoácido Baseada na desprotonação Região de tamponamento devida ao grupo -NH2 Ka
de titulação de 1 aminoácido Baseada na desprotonação Região de tamponamento devida ao grupo -NH2 Ka

Região de tamponamento

devida ao grupo -NH2

Ka = [H + ] [A - ]

[HA ]

[H + ] = Ka [HA ]

[A - ]

- log [H + ] = - log Ka + log [A - ] [HA ]

pH = pKa + log [A - ] [HA ]

Região de tamponamento devida ao grupo -COOH

Curvas de titulação predizem as cargas elétricas dos aminoácidos:

pH da solução a cima do seu pI, sua carga elétrica será negativa

23

Curva de titulação de 1 aminoácido

com grupo R ionizável

pI=

3,22

Com 3 estágios

pI=

7,59

Curvas de titulação predizem as cargas elétricas

dos aminoácidos

Propriedades dos aminoácidos primários

Curvas de titulação predizem as cargas elétricas dos aminoácidos Propriedades dos aminoácidos primários 25

25

A maioria dos Aminoácidos são produzidos a

partir de compostos presentes no organismo

Glicose Aspartato Ác. pirúvico Alanina Ác. acético oxaloacetato Ác. aspartico Ác. cetoglutarico Ác.
Glicose
Aspartato
Ác. pirúvico
Alanina
Ác. acético
oxaloacetato
Ác. aspartico
Ác. cetoglutarico
Ác. glutámico

oxaloacetato

Ác. acético

Aminoácidos essenciais

- Valina

- Isoleucina

- Leucina

- Metionina

- Treonina

- Lisina

- Triptofano

- Fenilalanina

Devem ser

obtidos pela

alimentação!

26

Outros aminoácidos

Outros aminoácidos - 4-hidroxiprolina - 5-hidroxilisina - 6- N- Metilisina - γ -carboxiglutamato - desmosina -
Outros aminoácidos - 4-hidroxiprolina - 5-hidroxilisina - 6- N- Metilisina - γ -carboxiglutamato - desmosina -

- 4-hidroxiprolina

- 5-hidroxilisina

- 6-N-Metilisina

- γ-carboxiglutamato

- desmosina

- Ornitina

- citrulina

- ~300 outros

- 5-hidroxilisina - 6- N- Metilisina - γ -carboxiglutamato - desmosina - Ornitina - citrulina -
- 5-hidroxilisina - 6- N- Metilisina - γ -carboxiglutamato - desmosina - Ornitina - citrulina -
- 5-hidroxilisina - 6- N- Metilisina - γ -carboxiglutamato - desmosina - Ornitina - citrulina -

Ligação peptídica

Ligação amida

Ligação covalente

Liberação de uma molécula de água:

1aa + 1aa = 1 dipeptídeo + 1 H2O

Ligação amida • Ligação covalente • Liberação de uma molécula de água: 1aa + 1aa =
Ligação amida • Ligação covalente • Liberação de uma molécula de água: 1aa + 1aa =

28

Formação da cadeia de aminoácidos

Formação da cadeia de aminoácidos Ligação peptídica 29

Ligação peptídica

A estrutura de um pentapeptídeo:

serilgliciltirosilalanileucina:

SerGlyTyrAlaLeu

S-G-Y-A-L

Cadeias laterais

Gly – Tyr – Ala – Leu S- G -Y- A -L Cadeias laterais Extremidade Aminoterminal

Extremidade

Aminoterminal

(N-terminal)

Ligações peptídicas

Extremidade

Carboxiterminal

(C-terminal)

30

Peptídeos

Se mais de 50 aa polipeptídeo ou

proteína

2 aas- dipeptídeo, 3 aas- tripeptídeo

Se menos de 50 aa oligopeptídeo

Os peptídeos podem ser biologicamente

ativos

tripeptídeo • Se menos de 50 aa  oligopeptídeo • Os peptídeos podem ser biologicamente ativos

Insulina

31

Proteínas

Proteínas 32
Cálculo estimado da massa de uma proteína: Média 20 aa: 138 Média proporções: 128 Ligação
Cálculo estimado da massa de uma proteína: Média 20 aa: 138 Média proporções: 128 Ligação

Cálculo estimado da massa de uma

proteína:

Média 20 aa: 138

Média proporções: 128

Ligação peptídica: - 1 H2O= 18

Média subtraída: 128- 18= 110

Número de aa de uma proteína x 110=

massa molecular da proteína em Da (Daltons)

Ex. Hemoglobina tem 574 resíduos

574 x 110= 63.140 Da ou 63 kDa

Níveis estruturais das proteínas

Primária

Secundária

Terciária

Quartenária

Hemoglobina

Estrutura primária- sequência linear de resíduos de

aminoácidos N terminal-MVLGGCRT

FRTPLKHGF-C

terminal

Proteínas: compostos orgânicos formados por unidades de aminoácidos unidos por ligações

peptídicas, constituindo longas cadeias

moleculares (macromoléculas), portanto com

grande peso molecular e enorme diversidade

(número incalculável de tipos variando com as espécies e com os indivíduos)

Proteínas= Polímeros, resultantes de

desidratação de aminoácidos e cada resíduo de

aminoácido liga-se a seu vizinho por um tipo específico de ligação covalente, a ligação

amida, chamada ligação peptídica.

Níveis estruturais das proteínas

Primária

Secundária

Terciária

Quartenária

Hemoglobina

Estrutura primária- sequência linear de resíduos de

aminoácidos N terminal-MVLGGCRT

FRTPLKHGF-C

terminal

Ligações e forças

Covalentes (fortes)

- oferecem rotação dos átomos ligados

- Cadeia (esqueleto) pode dobrar em muitas formas

Não covalentes (fracas) (1/20 da força de covalentes):

- Pontes de hidrogênio (H no meio de sanduíche de átomos que atraem

elétrons normalmente O ou N)

- Pontes iônicas (depende de carga e distancia entre grupos)

- Atrações Van der Waals (depende da distancia entre moléculas)

Resultado ação conjunta de muitas ligações fracas = arranjo

forte

37
37

Proteínas estabilizadas por pontes dissulfetos

Ligações S-S:

Ocorrem entre cadeias laterais de cisteínas adjacentes na proteína enovelada Aumentam estabilidade da estrutura (= grampos atômicos) Podem ocorrer:

Dentro de uma cadeia polipeptídica (intra-cadeia)

Entre cadeias polipeptídicas diferentes (‘ínter-cadeia’) ex: em dímeros

Onde ocorre: Formação de S-S canalizada no reticulo endoplasmático

(‘ínter - cadeia’) ex: em dímeros Onde ocorre: Formação de S-S canalizada no reticulo endoplasmático 38

38

Hidrofobia e estrutura

Moléculas hidrofóbicas (incluindo cadeias laterais apolares) (por exemplo em aas fenilalanina, leucina, valina, triptofano) agrupam no meio da molécula (= evita contato com água)

Moléculas polares (por exemplo arginina, histidina, glutamina) ficam lado de fora podem interagir com água e formar pontes de hidrogênio

histidina, glutamina) – ficam lado de fora – podem interagir com água e formar pontes de

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Estrutura secundária

-Dobramento da cadeia peptídica de acordo com as

interações entres os aas:

- α-hélices

- conformação β

- curvatura β

- alças

peptídica de acordo com as interações entres os aas: - α -hélices - conformação β -

a-Hélice

3,6 aa por volta

− As cadeias laterais orientadas para o exterior da hélice − São estabilizadas por pontes
− As cadeias laterais orientadas para o
exterior da hélice
− São estabilizadas por pontes de H
entre o grupo amino do aa1 e o grupo
carboxila do aa5  mais 4 aa
− A maioria das α-hélices são destras
− Encontradas em quase todas as
proteínas principalmente nas de
membrana
41

α-hélices

α -hélices Comum em proteínas de membrana celulares (ex: proteínas de transporte; receptores) • A porção

Comum em proteínas de membrana celulares

(ex: proteínas de transporte; receptores)

A porção de proteínas atravessando bicamada

lipídica – normalmente em forma de α-hélices

Esqueleto polipeptídico (interior) hidrofílica

Cadeias laterais (exterior aas amarelo e verde)

hidrofóbica (fazem contato com caudas

hidrofóbicas de fosfolipídeos)

Conformação b e folha b

- cadeia peptídica em zig-zag

- estabilizada por pontes H entre

segmentos de proteínas.

- as duas cadeias podem estar

em posição paralela ou

antiparalela.

antiparalela paralela
antiparalela
paralela
antiparalela paralela 44

44

curvatura β e alças

- muda a direção da cadeia

polipeptídica

- A estrutura forma um ângulo de

180º com 4 aminoácidos. O

primeiro e o quarto interagem por pontes de hidrogênio

- Glicina e prolina são geralmente

encontradas nessa estrutura

por pontes de hidrogênio - Glicina e prolina são geralmente encontradas nessa estrutura alça curvatura β

alça

curvatura β

por pontes de hidrogênio - Glicina e prolina são geralmente encontradas nessa estrutura alça curvatura β
por pontes de hidrogênio - Glicina e prolina são geralmente encontradas nessa estrutura alça curvatura β

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Estrutura terciária

- forma final tridimensional da cadeia polipeptídica

- dobramento e combinação entre estruturas α e β em formas

compactas (domínios).

da cadeia polipeptídica - dobramento e combinação entre estruturas α e β em formas compactas (domínios).

46

Proteínas: Estrutura terciária conformação tridimensional

Maneiras de apresentar: Esqueleto, Fita, Arame, Espaço preenchido

terciária – conformação tridimensional Maneiras de apresentar: Esqueleto, Fita, Arame, Espaço preenchido 47
47
47

Exemplos

Exemplos 48
49
Barril β
Barril β
Barril β 50
O premio Nobel de química 2008 atribuído ao Japonês Osamu Shimomura e aos Americanos Martin

O premio Nobel de química 2008 atribuído ao Japonês

Osamu Shimomura e aos Americanos Martin Chalfie e

Roger Y. Tsien para a descoberta e o desenvolvimento da proteína fluorescente verde, que permite, por

exemplo, detectar os primeiros sinais do câncer ou da

doença de Alzheimer

A proteína GFP foi descoberta pela 1a vez na medusa Aequorea victoria em 1962.

do câncer ou da doença de Alzheimer A proteína GFP foi descoberta pela 1a vez na

51

Estrutura quartenária

Estrutura quartenária 52
52
52

Forma

Proteínas Fibrosas

Proteínas Globulares

Forma • Proteínas Fibrosas • Proteínas Globulares 53

Número de Cadeias Polipeptídicas

Monoméricas

Oligoméricas

54
54

Composição

Proteínas Simples

Proteínas Conjugadas

Grupo prostético

Simples • Proteínas Conjugadas – Grupo prostético Representação da mioglobina e seu grupo prostético HEME 55
Simples • Proteínas Conjugadas – Grupo prostético Representação da mioglobina e seu grupo prostético HEME 55

Representação da mioglobina e seu

grupo prostético HEME

55

Qual a função das proteínas?

Estrutura terciária

Qual a função das proteínas? Estrutura terciária função biológica Habilidade de ligar com outras moléculas

função biológica

Habilidade de ligar com outras moléculas

função biológica Habilidade de ligar com outras moléculas Catalisadores receptores motores defesa transporte 56

Catalisadores

função biológica Habilidade de ligar com outras moléculas Catalisadores receptores motores defesa transporte 56

receptores

função biológica Habilidade de ligar com outras moléculas Catalisadores receptores motores defesa transporte 56

motores

função biológica Habilidade de ligar com outras moléculas Catalisadores receptores motores defesa transporte 56

defesa

função biológica Habilidade de ligar com outras moléculas Catalisadores receptores motores defesa transporte 56

transporte

Proteínas ligam-se a outras moléculas

Ligação muito específica (a proteína liga com um / poucas outras moléculas (entre milhares que existem)

‘Ligante’ = qualquer molécula ligada a proteína (íon, molécula pequena,

macromolécula)

Como ocorre a ligação?

Vários ligações não-covalentes fracas (pontes de hidrogênio, iônicas, Van der

Waals)

Precisa muitas pontes para ter interação efetiva

Somente possível se o ligante cabe na proteína (= mão em luva)

Precisa muitas pontes para ter interação efetiva Somente possível se o ligante cabe na proteína (=

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FUNÇÕES DAS PROTEÍNAS:

- Catálise enzimática- quase todas as reações químicas

que ocorrem nas células são catalisadas por enzimas

- Catálise enzimática- quase todas as reações químicas que ocorrem nas células são catalisadas por enzimas

Suporte mecânico

- colágeno forma os tendões e cartilagens. Elastina

forma os ligamentos. Queratina forma o cabelo,

unhas, chifres e penas.

e cartilagens. Elastina forma os ligamentos. Queratina forma o cabelo, unhas, chifres e penas. Estrutura quartenária!

Estrutura quartenária!

60
60

Actina

Filamentos

intermediários

Microtúbu

los

Colágeno

-Hélice distinta das α-Hélices: para esquerda e 3 resíduos por passo

- conteúdo rico em Gly e Pro (50%)

-Repetição Gly-X-Pro (HyPro)

62
62
: para esquerda e 3 resíduos por passo - conteúdo rico em Gly e Pro (50%)

Doenças causadas por substituição de aminoácidos no colágeno

- Substituição de uma glicina por um resíduo de

cadeia R maior como Ser ou Cys

- Osteogenesis Imperfecta- 1:21000

- Síndrome de Ehlers-Danlos-1:5000

um resíduo de cadeia R maior como Ser ou Cys - Osteogenesis Imperfecta- 1:21000 - Síndrome
um resíduo de cadeia R maior como Ser ou Cys - Osteogenesis Imperfecta- 1:21000 - Síndrome

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Defesa

- anticorpos

- venenos de cobras e outros animais

- toxinas de bactérias e plantas.

Imunoglobulina

de cobras e outros animais - toxinas de bactérias e plantas. Imunoglobulina α -Hemolisina de Staphylococcus
de cobras e outros animais - toxinas de bactérias e plantas. Imunoglobulina α -Hemolisina de Staphylococcus

α-Hemolisina de Staphylococcus aureus

Motilidade e contração

- Actina e miosina no músculo

- Tubulina -> microtubulos + dineína= propulsão de cílios e flagelos

contração - Actina e miosina no músculo - Tubulina -> microtubulos + dineína= propulsão de cílios
contração - Actina e miosina no músculo - Tubulina -> microtubulos + dineína= propulsão de cílios

Transporte e armazenamento

- Hemoglobina transporta O 2 - lipoproteínas levam gorduras do fígado para outros órgãos.

levam gorduras do fígado para outros órgãos. partículas lipoprotéicas Apolipoproteínas colesterol T A

partículas lipoprotéicas

Apolipoproteínas

órgãos. partículas lipoprotéicas Apolipoproteínas colesterol T A G s e ésteres do colesterol

colesterol

TAGs e

ésteres do

colesterol

Fosfolípidios

(camada)

Anemia falciforme

- Substituição do Glu 6 por uma Val na cadeia β

- Hemoglobina S que se agregam quando desoxigenada formando hemácias em forma de foice

Hemácias normais

S que se agregam quando desoxigenada formando hemácias em forma de foice Hemácias normais Hemácias falciformes

Hemácias falciformes

67
67

Como determinar a estrutura 3D final

de proteínas?

Como determinar a estrutura 3D final de proteínas? Cristalografia Raio X • difração de pontos (=posição

Cristalografia Raio X

difração de pontos (=posição de átomos)

Pode modelar 3-D baseado nos dados do difração

Espectroscopia de ressonância magnética nuclear

Proteína em campo magnético forte

Mede distancia entre núcleos de Hidrogênios

Junto com seqüência de aas pode modelar

estrutura 3-D

• Mede distancia entre núcleos de Hidrogênios • Junto com seqüência de aas – pode modelar

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Eletroforese em gel de poliacrilamida- SDS PAGE

Eletroforese em gel de poliacrilamida- SDS PAGE

O que é o SDS?

O que é o SDS?
Para que ele serve?

Para que ele serve?

Focalização Isoelétrica

Focalização Isoelétrica
Géis bidimensionais

Géis

bidimensionais

A base para Proteoma

A base para Proteoma