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UNIVERSIDADE FEDERAL DE MINAS GERAIS FACULDADE DE FARMCIA QUMICA FARMACUTICA

7) Na barra Tools, selecionar PT. Na janela Tabela peridica, selecionar N+ (nitrognio quaternrio) e selecionar o carbono C8 (ele se transforma em N8). 8) Ainda na janela Tabela peridica, selecionar O (oxignio) e selecionar o 4 -hidrognio (ele se transforma em 4-O). 9) Na barra Tools, selecionar Build e, em seguida, selecionar cada um dos trs hidrognios do N8 (eles se transformam em metila). 10) Para otimizar a geometria: no menu Compute, selecionar Minimize. 11) Para salvar o arquivo: no menu File, selecionar Save. Na caixa de dilogo, dar um nome ao arquivo (sem extenso, a extenso colocada pelo prprio programa de acordo com o tipo de arquivo que vai ser salvo; por exemplo, para arquivos do tipo PCMODEL, o programa coloca a extenso pcm). Selecionar Salvar. 12) Desenhar, no papel, a projeo de Newman para o confrmero desenhado da muscarina em relao ao ngulo O1-C2-C3-N8. Para visualizar, use o boto direito do mouse para movimentar a molcula at a posio de cavalete e, em seguida, para a projeo de Newman.

Professora Thais Horta lvares da Silva Stefnia Neiva Lavorato (bolsita CAPES-REUNI)

TUTORIAIS DE MODELAGEM MOLECULAR

EXERCCIO 1 DESENHO DA MUSCARINA: DETERMINAO DA CONFORMAO E CONFIGURAO ABSOLUTA E DESENHO DA PROJEO DE NEWMAN Este exerccio permite a visualizao tridimensional da estrutura da muscarina, o treinamento em desenho e visualizao de projeo de Newman e determinao da configurao absoluta de frmacos quirais. A interao entre frmaco e seu receptor (biomacromolcula) depende de interaes especficas entre ambas as molculas. Assim, a configurao absoluta determina o arranjo espacial dos tomos de uma molcula e, portanto, aspecto essencial para a interao frmaco-receptor.

HO
4 5 3 2

H3C
7

O
1

+ N(CH3)3
6 8

Muscarina

13) Determinar se a conformao da muscarina desenhada, em relao ao ngulo O1-C2-C3-N8, sinperiplanar (SP), +sinclinal (+SC), -sinclinal (-SC), +anticlinal (+AC), -anticlinal (-AC) ou antiperiplanar (AP). Verificar se a conformao menos energtica tambm a bioativa. 14) Determinar a configurao absoluta dos trs carbonos quirais da muscarina (ismero R ou S).

1) Para abrir a livraria de anis: na barra Tools, selecionar Rings. 2) Na janela da livraria de anis, selecionar C5 (ciclopentano). Um ciclopentano na conformao em envelope desenhado na tela. As estruturas do banco de dados das livrarias de desenho (Rings, Amino Acids, Sugars, Nucleotides e Organometallics) j se encontram otimizadas e na conformao mais estvel para aquela molcula. 3) No menu View, selecionar Tubular bonds para visualizar melhor a estrutura tridimensional. 4) Para colocar a molcula em posies diferentes: arrastar o mouse com o boto do lado direito apertado. Colocar a muscarina em posio semelhante da estrutura desenhada acima. 5) Para mudar o tomo 1 para oxignio: na barra Tools, selecionar Del e, em seguida, selecionar os dois tomos de hidrognio ligados ao carbono da frente (C1). Os tomos so apagados. Na barra Tools, selecionar PT (Tabela peridica). Na janela Tabela peridica, selecionar O (oxignio) e selecionar o carbono 1 da estrutura (C1). O tomo 1 se colore de vermelho. 6) Para transforma H em metila: na barra Tools, selecionar Build e, em seguida, selecionar o 5 -hidrognio (ele se transforma em 5 -metila). Selecionar o 2 -hidrognio. Ele se transforma em 2 -metila. Selecionar um dos hidrognios do C6 (2-metila).

EXERCCIO 2- DESENHO DA EPINEFRINA, OTIMIZAO DA ESTRUTURA E PROJEO DE NEWMAN DE FRMACOS QUIRAIS Este exerccio permite o treinamento em desenho e visualizao de projeo de Newman de estruturas de frmacos quirais. A interao entre o frmaco e seu receptor (biomacromolcula) depende de interaes especficas entre ambas as molculas. A configurao absoluta determina o arranjo espacial tomos de uma molcula e, portanto, aspecto essencial para a interao frmaco-receptor. Por exemplo, o ismero R-(-)-epinefrina apresenta atividade vasopressora superior ao ismero S-(+), sendo aquele tambm a forma isomrica preferencialmente produzida pelo nosso organismo. Sabe-se ainda que a N-metildopamina, derivado desoxi da epinefrina, apresenta atividade similar ao ismero S. Tais compostos apresentam, em comum, dois pontos de interao com os receptores adrenrgicos: um por meio das hidroxilas cateclicas e do anel aromtico e outro pelo grupo amino carregado positivamente. A maior atividade demonstrada pelo ismero R se deve a um ponto de interao adicional entre a hidroxila ligada ao carbono quiral e o receptor, permitindo assim a maior potncia de ao alcanada por parte desse composto.
C B HO A HO HO H
+

EXERCCIO 3- DESENHO DO PROPRANOLOL, OTIMIZAO DA ESTRUTURA E PROJEO DE NEWMAN DE FRMACOS QUIRAIS Este exerccio permite o treinamento em desenho e visualizao de projeo de Newman de estruturas de frmacos quirais. A interao entre o frmaco e seu receptor (biomacromolcula) depende de interaes especficas entre ambas as molculas. A configurao absoluta determina o arranjo espacial tomos de uma molcula e, portanto, aspecto essencial para a interao frmaco-receptor. Por exemplo, o apenas o ismero (S)-propranolol apresenta atividades teraputicas teis por apresentar trs pontos de reconhecimento ao receptor beta-adrenrgico e o metablito de seu ismero (R) apresenta propriedades indesejadas relacionadas inibio da converso do hormnio da tiride tiroxina triiodotironina.

C HO O H
+

A B NH H O

C H OH B
+ NH

C H OH A HO HO B
+ NHCH 3

C B A HO HO
+

NHCH3 H

NHCH3 H

H A A

(R)-(-)-Epinefrina

(S)-Propranolol
(S)-(+)-Epinefrina N-metildopamina

(R)-Propranolol

1) Construir a estrutura da epinefrina, usando as ferramentas e as livrarias de desenho do programa PCMODEL. 2) Otimizar a estrutura (minimizar a EE): No menu COMPUTE selecione MINIMIZE. 3) Salvar a estrutura: Selecione no menu FILE a opo SAVE. 4) Determinar se este o ismero R ou S. 5) Apagar a hidroxila (Del na barra TOOLS). Adicionar hidrognios (H A/D na barra TOOLS) e desenhar a hidroxila na posio contrria para obter outro ismero da epinefrina, otimizar e salvar. 6) Desenhar no papel a projeo de Newman da R-epinefrina, em relao ao ngulo torsional CC-C-N. Para visualizar, use o boto direito do mouse para movimentar a molcula at a posio de cavalete e em seguida para a projeo de Newman.

1) Construir a estrutura do propranolol, usando as ferramentas e as livrarias de desenho do programa PCMODEL. 2) Otimizar a estrutura (minimizar a EE): No menu COMPUTE selecione MINIMIZE. 3) Salvar a estrutura: Selecione no menu FILE a opo SAVE. 4) Determinar se este o ismero R ou S. 5) Apagar a hidroxila (Del na barra TOOLS). Adicionar hidrognios (H A/D na barra TOOLS) e desenhar a hidroxila na posio contrria para obter o ismero propranolol, otimizar e salvar. 6) Desenhar a projeo de Newman do (S)-propranolol, em relao ao ngulo torsional O-C-C-O. Para visualizar, use o boto direito do mouse para movimentar a molcula at a posio de cavalete e em seguida para a projeo de Newman.

7) conhecido que as -feniletilaminas interagem com os receptores adrenrgicos e com a enzima monoaminoxidase na conformao antiperiplanar. Determinar qual a conformao apresentada pelo ismero R otimizado e verificar se esta a conformao bioativa.

EXERCCIO 4- COMPARAO DOS ESTEREOISMEROS Z E E-DIETILESTILBESTROL COM SEU PROTTIPO ESTRADIOL Neste exerccio as estruturas do estradiol e de seus anlogos Z e E-dietilestilbestrol, obtidos por estratgia de simplificao molecular, so desenhadas e otimizadas por minimizao com mecnica molecular. As distncias entre os oxignios dos grupos hidroxilas so medidas e comparadas s distncias do prottipo estrognico. Comparando-se distncias interatmicas pode se verificar que apenas o ismero sinttico E-dietilestilbestrol interagem fortemente com o receptor estrognico.
C H 3 OH H H HO estradiol H HO E-dietilestilbestrol OH Z-dietilestilbestrol

EXERCCIO 5MOLECULAR

DESENHO

DA

ACETILCOLINA E

MUSCARINA

SUPERPOSIO

Este exerccio permite a visualizao tridimensional da estrutura da acetilcolina e da muscarina em diferentes formatos (ligaes cilndricas, em varetas, varetas e bolas, espao preenchido e superfcie de pontos) e fazer medidas de comprimentos das ligaes, ngulos de ligao e de toro. A superposio das molculas da acetilcolina e muscarina permite verificar a semelhana estrica entre ambas. A comparao de molculas que atuam no mesmo receptor a base do QSAR (relao quantitativa estrutura- atividade) e da construo do modelo farmacofrico. Neste exerccio utiliza-se o programa PCMODEL 9.2 da Serena Software (http:/www.serenasoft.com). Exerccio de desenho da acetilcolina

OH HO

O C H 3C
2 1

CH 3 N+

CH2 O
3 4

1) Construir a estrutura do estradiol, usando as ferramentas e as livrarias de desenho do programa PCMODEL. 2) Otimizar a estrutura (minimizar a EE): No menu COMPUTE selecione MINIMIZE. 3) Salvar a estrutura: Selecione no menu FILE a opo SAVE. 4) Medir as distncias entre as hidroxilas: selecionar a opo QUERY no menu TOLLS e, em seguida, os tomos de oxignio e um ponto vazio na tela. A medida aparece na tela. 1) Abrir o programa PCMODEL.

CH2
5

CH 3
7

CH 3
10

Acetilcolina

2) Na barra Tolls (ferramentas) selecionar o boto Draw (desenhar) - uma linha tracejada indicar que se est no modo de desenho Draw. 3) Mover o cursor para a janela de desenho e apertar o boto esquerdo do mouse uma vez. Um ponto aparecer na tela indicando um tomo de carbono (o carbono o tipo de tomo padro para desenho no PCMODEL). 3) Afastar o cursor para direita e apertar o boto esquerdo do mouse novamente. Aparece uma linha que significa uma ligao entre dois carbonos j desenhados. 4) Repetir a operao at obter uma cadeia com sete tomos de carbono. 5) Voltar barra Tolls e selecionar Draw para continuar o desenho de um ponto diferente do ltimo tomo desenhado. Selecionar o tomo 2 da cadeia e um ponto acima na tela para desenhar o tomo 8. Repetir a operao para adicionar os tomos 9 e 10 ligados ao tomo 6. 6) Para transformar C em outros tipos de tomo: selecionar no menu Tools a opo PT (Tabela Peridica). Aparece a caixa de dilogo Periodic Table. Selecionar o O (oxignio) e, em seguida, os tomos 3 e 8. Os tomos 3 e 8 ficam coloridos de vermelho, que a cor para o oxignio no PCMODEL. Selecionar o N+ (nitrognio positivo) e, em seguida, o tomo 6. O tomo 6 fica colorido de azul escuro. 7) Para introduzir a ligao dupla: selecionar a ferramenta Add_B (adiciona ligao) e, em seguida, o centro da ligao correspondente (entre os tomos 2 e 8). Selecionar Update. Um procedimento alternativo desenhar uma ligao em cima da ligao C2-O8 utilizando a ferramenta Draw. 8) Para adicionar hidrognios e pares de eltrons livres: selecionar a ferramenta H/AD (adiciona e apaga hidrognios).

5) Seguir os passos de 1 a 4 para os ismeros E e Z-dietilestilbestrol.

9) Para otimizar a estrutura (minimizar a energia estrica): no menu Compute (calcular) selecionar Minimize (minimizar a energia). A geometria da estrutura otimizda e na janela ao lado (Output) so fornecidos os seguintes dados da molcula: a energia estrica (em Kcal/mol), o calor de formao (em Kcal/mol), o momento de dipolo e o xLogP. 10) Para girar a molcula: pressionar o boto direito do mouse e mover o cursor.

11) Verificar se a estrutura otimizada apresenta uma conformao adequada. Caso a molcula apresente uma conformao pouco provvel como, por exemplo, o nitrognio no estar tetradrico, mover os tomos para posies mais adequadas usando a ferramenta Move (mover). 12) Para mover tomos: retirar os hidrognios com a ferramenta HA/D, selecionar a ferramenta Move e, em seguida, selecionar o tomo a ser movido e a nova posio. Adicionar os hidrognios e minimizar novamente. 13)- Para mudar os modos visualizao: no menu View selecionar as opes Stick (modelo em varetas), Ball and stick (modelo em varetas e bolas), Pluto (modelo em varetas e bolas), Tubular bonds (modelo cilndrico), CPK (modelo em espao preenchido) e Dot surface (modelo em superfcie de pontos). 14) Para salvar: selecionar no menu File a opo Save. Aparece na tela a caixa de dilogo Salvar como. Nesta caixa selecionar o diretrio onde o arquivo vai ser salvo, escrever o nome do arquivo e selecionar o tipo de arquivo (pcm). Selecione Salvar. O PCMODEL capaz de salvar arquivos em diferentes formatoscomo pcm, do prprio do PCMODEL, MMX, MM3, Mopac, Alchemy, Sybyl, Macromodel, CHEM-3D, PDB, Jaguar, Gaussian, Games, etc. Exerccio de desenho da muscarina

arquivo que vai ser salvo, por exemplo, para arquivos do tipo PCMODEL, o programa coloca a extenso pcm). Selecionar Salvar. Exerccio de superposio da acetilcolina e muscarina 1) Para abrir duas molculas na mesma tela: com a muscarina j na tela, selecionar Compare no menu Analyse. Na janela Compare selecionar Selected (para comparar tomos selecionados) e Next Structure (para abrir o arquivo da acetilcolina). Na janela de Abrir selecionar o nome do arquivo da acetilcolina. As duas estruturas so colocadas na tela lado a lado. 2) Para selecionar os tomos que vo ser superpostos: na barra Tools selecionar Sel_Atom e selecionar, na ordem, os tomos O1, C2, C6 e N8 da muscarina e O3, C4, C5 e N6 da acetilcolina (Fig. 6.14).

HO 4
5

3 2

H3C
7

O
1

N+(CH3)3
6 8

Muscarina
1) Para abrir a livraria de anis: Na barra Tools selecionar Rings. 2) Na janela da livraria de anis selecionar C5 (ciclopentano). Um ciclopentano na conformao em envelope desenhado na tela. As estruturas do banco de dados das livrais de desenho (Rings, Amino Acids, Sugars, Nucleotides e Organometallics) j se encontram otimizadas e na conformao mais estvel para aquela molcula. 3) No menu View selecionar Tubular bonds para visualizar melhor a estrutura tridimensional. 4) Para colocar a molcula em posies diferentes: arrastar o mouse com o boto do lado direito apertado. Colocar a muscarina em posio semelhante da estrutura desenhada acima. 5) Para mudar o tomo 1 para oxignio: na barra Tools selecionar Delete (apagar) e, em seguida, selecionar os dois tomos de hidrognio ligados ao carbono da frente (C1). Os tomos so apagados. Na barra Tools selecionar PT (Tabela Peridica). Na janela Tabela Peridica selecionar O (oxignio) e selecionar o carbono 1 da estrutura (C1). O tomo 1 se colore de vermelho. 6) Para transformar H em metila: na barra Tools selecionar Build e, em seguida, selecionar o 5 -hidrognio (ele se transforma em 5 -metila). Selecionar, o 2 -hidrognio. Ele se transforma em 2 -metila. Selecionar um dos hidrognios do C6 (2 -metila). 7) Na barra Tools selecionar PT. Na janela da tabela peridica selecionar N+ (nitrognio quaternrio) e selecionar o carbono C8 (ele se transforma em N8). Selecionar o 4-hidrognio (ele se transforma em 4-O). 8) Na barra Tools selecionar Build e, em seguida, selecionar cada um dos trs hidrognios do N8 (eles se transformam em metilas). 9)- Para otimizar a geometria: no menu Compute selecionar Minimize. 10) Para salvar o arquivo: no menu File selecione Save. Na caixa de dilogo dar um nome ao arquivo (sem extenso, a extenso colocada pelo prprio programa de acordo com o tipo de

3) Para comparar as molculas: na janela Compare selecionar Calculate. Verificar a semelhana estrica entre as duas molculas. Na janela lateral so fornecidos os dados do clculo de similaridade (RMS- Root Mean Square). Quanto menor for o valor de RMS maior a similaridade entre as posies dos tomos comparados.

EXERCCIO 5- BUSCA DE ESTRUTURAS TRIDIMENSIONAIS NO PROTEIN DATA BANK E VISUALIZAO DA PROTEASE DO HIV COMPLEXADA COM O AMPRENAVIR Este exerccio permite conhecer e fazer buscas no Protein Data Bank (PDB), o maior banco de dados de estruturas tridimensionais de protenas. A estrutura da protease do HIV (vrus da imunodeficincia adquirida) complexada com o amprenavir ser explorada utilizando um programa de visualizao, o Accelrys DS Visualizer (disponvel no stio http://www.accelrys.com). A compreenso das interaes entre um ligante e a macromolcula alvo a base do processo de planejamento racional de frmacos baseado na estrutura. A inibio da protease do HIV (PR) tem sido uma das estratgias para o desenvolvimento de frmacos para o tratamento da AIDS (sndrome da imunodeficincia adquirida). A PR uma protease asprtica, de forma elipside e apresenta-se como um dmero simtrico. Ela responsvel pela clivagem das poliprotenas precursoras do HIV em protenas funcionais, como as protenas da matriz e do capsdio, a nucleoprotena, a protease, a transcriptase reversa e a integrase, sendo muito importante nos estgios finais de maturao viral. O bloqueio deste processo detm a produo de virions infecciosos. A expresso da PR em bactrias produziu quantidades suficientes da enzima que permitiram a determinao de sua estrutura por cristalografia de raios X. Alm disso, foram determinadas as estruturas da enzima cocristalizada com inibidores.

Os inibidores da PR foram planejados racionalmente para conter um carbono tetradrico, por exemplo, um istero hidroxietilenoamina, no lugar da carbonila da ligao peptdica do substrato protico natural, de modo a imitar a geometria do estado de transio do processo de hidrlise (Fig. 6.8). Compostos contendo tal modificao estrutural formam um complexo mais estvel com a enzima do que o estado de transio do substrato normal. Alm disto, o grupo isstero hidroxietilenoamina no clivvel, sendo, portanto resistente hidrlise. Estes compostos so inibidores competitivos da PR. Uma outra caracterstica essencial a presena de grupos volumosos que ocupam os bolsos da protease e melhoram a afinidade por que fazem diversas interaes de van der Waals.
(Leu) Asn (Ile) Val (Ser) Val

Gln

(Phe) Tyr

Pro

poliprotena viral

substrato N H O

N O

ligao peptdica

inibidor N H N OH O funo hidroxietilnica

Estrutura tridimensional da protease do HIV A PR catalisa a hidrlise de ligaes peptdicas entre aminocidos especficos. O substrato protico encaixado na enzima sofre o ataque nucleoflico de uma molcula de gua, presente no stio ativo, sobre o carbono carbonlico da ligao peptdica e convertido em um intermedirio tetradrico, que clivado resultando em duas novas protenas. Os resduos de aspartato (ASP25 e ASP25), presentes no stio ativo da PR, participam do processo de hidrlise como doadores e aceptores de prtons.
HO HO HO

Planejamento racional dos inibidores da PR por substituio biosostrica da carbonila da ligao peptdica por um grupo hidroxietileno. O desenvolvimento do Saquinavir, o primeiro inibidor de PR aprovado, baseou-se na utilizao do grupo hidroxietileno e na especificidade da PR em clivar as ligaes Phe-Pro e Tyr-Pro . Um aumento significativo da potncia farmacolgica foi alcanado pela substituio do anel pirrolidnico da prolina por um anel decaidroisoquinolinco, que aumenta a afinidade pelo receptor. Tem baixa biodisponibilidade oral. A absoro dependente da formulao.

H N H H O Asp25 O O

H N R' H O H O Asp25'
-

N H H

N O OH R' O O H

H N H H O H O O

Asp 25

HN R' O O
-

Asp 25' O H OH N O N H H P2' P1'

O HO

O O Asp25 O

N P2

O N H

CONH2 O H N O

O Asp25'

Asp25'

Asp25

Saquinavir P1

poliprotena viral

estado de transio tetradrico

protenas funcionais

Saquinavir complexado com a PR

Mecanismo de hidrlise das poliprotenas do HIV catalisada pela PR.

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Os primeiros inibidores de protease do HIV lanados no mercado teraputico, como o saquinavir, ritonavir e indinavir, apresentavam baixa biodisponibilidade por via oral devido ao carter peptdico deles. O amprenavir foi desenvolvido por planejamento racional baseado na estrutura tridimensional da protease do HIV. Para se melhorar a interao com a protease a estratgia foi otimizar a interao com os aspartatos catalticos, introduzir grupos que tivessem interao com uma molcula de gua que faz interaes com os resduos Ile50 e Ile50 (localizados nas alas) e manter os grupos volumosos que fazem interaes de van der Waals com os resduos localizados nos bolsos da protease. Alm disto, o amprenavir no apresenta carter peptdico.
D25' D 25

O OH O OH N
-

L23

P1'
P81 G 27

O
G 48 I50'

O O

H N

OH N S O

P2

V32 D29

O O

H N

O S O

I50 G 48

Amprenavir
A28' D29'

NH2
H O NH HN CH3 O O ILE50' CH3 H

P2'

D 30 R6' G27 P81 I84'

Amprenavir
D25'

NH2

D 30' ILE50

H3C

P1

H3C

Amprenavir complexado com a PR.

7) Na lateral direita selecionar a opo Dowload files e depois PDB text. Abre-se uma janela de salvar ou abrir arquivo. Salvar o arquivo. Exerccio de visualizao da protease complexada com o amprenavir 1) Abrir o programa Accelrys DS Visualizer. No menu File selecionar a opo Open. Abrir o arquivo 3EKV.pdb. 2) Selecionar a ferramenta de rotao esquerdo apertado. . Para rodar a molcula, arrastar o mouse com o boto

Exerccio de busca no PDB da protease do HIV complexada com o amprenavir 1) No Internet Explorer, entrar no site www.rcsb.org/pdb. 2) Na pgina principal do Protein Data Bank, observar o nmero de estruturas depositadas at o momento. 3) Na linha de busca (search) digitar: amprenavir. Selecionar site search. 4) Abre-se uma janela com a lista de arquivos que combinam com esta palavra-chave (amprenavir). 5) Observar os dados referentes estrutura que tem cdigo identificador 3EKV (Crystal structure of the wild type HIV-1 protease with the inhibitor, Amprenavir - protease do HIV complexada com o frmaco inibidor, amprenavir). Todas as estruturas depositadas no PDB so identificadas por um cdigo identificador alfa-numrico. 6) Selecionar 3EKV. Abre-se uma janela com os dados de 3EKV. Observar, novamente,os dados referentes estrutura: Primary Citation, Molecular Description, Source, Ligand Chemical Component (a aproximao do mouse ao identificador do ligante-478 faz aparecer a estrutura do amprenavir) e Experimental Details.

3) Abrir uma janela hierrquica (marcar no menu View a opo Hierarchy). Observar, na janela hierrquica, a lista de aminocidos das cadeias A e B, os ligantes (o amprenavir o ligante 478200 e ACT501, ACT502, ACT503 e ACT504 so acetatos que cristalizaram com a protena) e as molculas de gua de cristalizao (HOH). 4) Desmarcar, na janela hierrquica, todos os acetatos (ACT501, ACT502, ACT503 e ACT504) e todas as molcular de gua, exceto HOH108. Este procedimento serve para esconder as partes do complexo que no se deseja visualizar. Para desmarcar selecione o smbolo dentro do quadradro.

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5) Na janela hierrquica, selecionar as cadeias A e B (selecione A com o mouse e, com a tecla shift apertada, selecione tambm B com o mouse). 6) No menu View selecionar a opo Display Style.

16) Na janela hierrquica selecionar a cadeia A. Selecionar a opo Display Style e, na pasta Atom, selecionar as opes CPK e Color- Custom. Mudar tambm o modo de vizualizao do amprenavir para CPK e colocar uma outra cor diferente. Verificar a complementaridade entre a PR e o amprenavir. Faa o mesmo para cadeia B. Entre cada mudana de modo de visualizao procure observar, novamente, os bolsos, as alas que fecham o stio ativo, as terminaes N e C interdigitadas e o amprenavir ocupando as cavidades do stio ativo.

7) Na janela Display Style selecionar na pasta Atom a opo None e na pasta Protein as opes solid ribbon e color by- aminoacid chain. OK.

8) Selecionar com o boto esquerdo do mouse um ponto vazio na tela para desfazer a marcao das cadeias A e B. 9) Na janela hierrquica, selecionar 478200. No menu View, selecionar a opo Display Style. Na janela Display Style selecionar Scaled ball and stick e Color- by element. 10) Arrastar o mouse com o boto do lado esquerdo pressionado para visualizar a estrutura em 3D. Observar bolsos, as alas que fecham o stio ativo, as terminaes N e C interdigitadas e o ligante ocupando a cavidade do stio ativo. 11) Na janela hierrquica, selecionar ASP25 da cadeia A e, com o boto CTRL apertado selecionar, ASP25 da cadeia B (aspartatos catalticos). Na janela Display Style selecionar na pasta Atom as opes Stick e Color-custom. 13) Selecionar no menu Structure a opo Monitor- H Bond. Observar as ligaes de hidrognio entre os aspartatos catalticos e a hidroxila do amprenavir. 15) Na janela hierrquica, selecionar ILE50 da cadeia A e com o boto CTRL apertado selecionar ILE50 da cadeia B. Selecionar Display Style e, na janela aberta, selecionar na pasta Atom as opes Stick e Color-custom. Observar as ligaes de hidrognio entre os oxignios do amprenavir e a gua de cristalizao e entre a gua e os nitrognios da cadeia principal dos resduos ILE50 e ILE50 (Fig.6.12).

EXERCCIOS
CONH2 O N N H O H N OH N O N H Saquinavir H H
O O O O H N OH N S O NH2

Amprenavir

1) Que tipo de reao catalisada pela protease? 2) Qual o papel da protease para diminuir a energia de ativao na reao catalisada por ela? 3) Quais so os resduos de aminocidos da protease envolvidos na catlise enzimtica? 4) Na molcula do amprenavir circule o grupo hidroxietilenoamina. Qual a importncia da estereoqumica da hidroxila? 5) Explique porque grupo hidroxietilenoamina funciona como um isstero do estado de transio. 6) Qual o papel das cadeias laterais na interao do amprenavir com a protease? Qual a importncia do posicionamento desta cadeias laterais? 7) Circule na molcula do saquinavir os grupos que conferem a esta molcula um carter peptdico. 8) Porque foi importante retirar o carter peptdico dos inibidores de protease (compare o saquinavir com o amprenavir).

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EXERCCIO 4- DESENHO E ISMEROS CONFORMACIONAIS DA ACETILCOLINA A estereoisomeria conformacional muito importante para o reconhecimento da molcula pelo seu biorreceptor e tambm explica a diferenciao entre subtipos de receptor. Em relao ao ngulo de toro O3-C4-C5-N6, a acetilcolina interage com o receptor colinrgico muscarnico na conformao antiperiplanar e com o receptor nicotnico na conformao sinclinal.

10) Para otimizar a estrutura (minimizar a energia estrica): no menu Compute (calcular) selecionar Minimize (minimizar a energia). A geometria da estrutura otimizda e na janela ao lado (Output) so fornecidos os seguintes dados da molcula: a energia estrica (em Kcal/mol), o calor de formao (em Kcal/mol), o momento de dipolo e o xLogP. 11) Para girar a molcula: pressionar o boto direito do mouse e mover o cursor. 12) Verificar se a estrutura otimizada apresenta uma conformao adequada. Caso a molcula apresente uma conformao pouco provvel como, por exemplo, o nitrognio no estar tetradrico, mover os tomos para posies mais adequadas usando a ferramenta Move (mover). 13) Para mover tomos: retirar os hidrognios com a ferramenta HA/D, selecionar a ferramenta Move e, em seguida, selecionar o tomo a ser movido e a nova posio. Adicionar os hidrognios e minimizar novamente. 14) Para mudar os modos visualizao: no menu View selecionar as opes Stick (modelo em varetas), Ball and stick (modelo em varetas e bolas), Pluto (modelo em varetas e bolas), Tubular bonds (modelo cilndrico), CPK (modelo em espao preenchido) e Dot surface (modelo em superfcie de pontos). 15) Para salvar: selecionar no menu File a opo Save. Aparece na tela a caixa de dilogo Salvar como. Nesta caixa selecionar o diretrio onde o arquivo vai ser salvo, escrever o nome do arquivo e selecionar o tipo de arquivo (pcm). Selecione Salvar. O PCMODEL capaz de salvar arquivos em diferentes formatoscomo pcm, do prprio do PCMODEL, MMX, MM3, Mopac, Alchemy, Sybyl, Macromodel, CHEM-3D, PDB, Jaguar, Gaussian, Games, etc. Estudo dos ismeros conformacionais da acetilcolina O ngulo O3-C4-C5-N6 vai ser rodado usando a opo rotate bond do programa PCMODEL. Os confrmeros sero analisados (distncias, ngulos de toro e energias estricas sero medidos). Os dados encontrados para as conformaes da acetilcolina sero utilizados para propor um farmacforo para os frmacos colinrgicos muscarnicos.
0 SP -SC
3 4 5

receptor colinrgico muscarnico

receptor colinrgico nicotnico

Este exerccio permite a visualizao tridimensional da estrutura da acetilcolina em diferentes formatos (ligaes cilndricas, em varetas, varetas e bolas, espao preenchido e superfcie de pontos) e fazer medidas de comprimentos de ligaes, ngulos de ligao e de toro, utilizandose o programa PCMODEL 9.2 da Serena Software (http://www.serenasoft.com). Exerccio de desenho da acetilcolina 1) Abrir o programa PCMODEL. 2) Na barra Tolls (ferramentas) selecionar o boto Draw (desenhar) - uma linha tracejada indicar que se est no modo de desenho Draw. 3) Mover o cursor para a janela de desenho e apertar o boto esquerdo do mouse uma vez. Um ponto aparecer na tela indicando um tomo de carbono (o carbono o tipo de tomo padro para desenho no PCMODEL). 4) Afastar o cursor para direita e apertar o boto esquerdo do mouse novamente. Aparece uma linha que significa uma ligao entre dois carbonos j desenhados. 5) Repetir a operao at obter uma cadeia com sete tomos de carbono. 6) Voltar barra Tolls e selecionar Draw para continuar o desenho de um ponto diferente do ltimo tomo desenhado. Selecionar o tomo 2 da cadeia e um ponto acima na tela para desenhar o tomo 8. Repetir a operao para adicionar os tomos 9 e 10 ligados ao tomo 6. 7) Para transformar C em outros tipos de tomo: selecionar no menu Tools a opo PT (Tabela Peridica). Aparece a caixa de dilogo Periodic Table. Selecionar o O (oxignio) e, em seguida, os tomos 3 e 8. Os tomos 3 e 8 ficam coloridos de vermelho, que a cor para o oxignio no PCMODEL. Selecionar o N+ (nitrognio positivo) e, em seguida, o tomo 6. O tomo 6 fica colorido de azul escuro. 8) Para introduzir a ligao dupla: selecionar a ferramenta Add_B (adiciona ligao) e, em seguida, o centro da ligao correspondente (entre os tomos 2 e 8). Selecionar Update. Um procedimento alternativo desenhar uma ligao em cima da ligao C2-O8 utilizando a ferramenta Draw. 9) Para adicionar hidrognios e pares de eltrons livres: selecionar a ferramenta H/AD (adiciona e apaga hidrognios).

-30
8

30 SC 90 AC

O
2 1

O 0 1 2 3

N+
6 7 10

-90 -AC AP -150 180 150

0- (C1-C2-O3-C4)

1- (C2-O3-C4-C5) 2 - (O3-C4-C5-N6)

3- (C4-C5-N6-C7)

1) Aps desenho e otimizao da estrutura da acetilcolina, colocar a molcula totalmente distendida: selecionar a ferramenta Sel-atm (selecionar tomos) e, em seguida, selecione os tomos de C1-C2-O3-C4 (um ponto cinza indicar os tomos selecionados). Selecionar a ferramenta Rot-B (rodar uma ligao). Na caixa de dilogo Rotate Bond usar a barra de rolagem para selecionar um ngulo prximo a 180 . Repita a operao para rodar C2-O3-C4-C5 e O3-C4-C5-N6. 2) Otimizar novamente a geometria. 3) Durante a execuo das tarefas seguintes, preencher a Tabela 1. 4) Com a ferramenta Sel-atm selecionar os tomos de O3-C4-C5-N6. Selecionar a ferramenta Rot-B. Na caixa de dilogo Rotate Bond usar a barra de rolagem para marcar 180 .

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5) Calcular a energia estrica usando a opo Single Point E do menu COMPUTE. Na janela ao lado (OUTPUT) fornecida a energia estrica da molcula na conformao atual (MMX Energy em Kcal/mol). 6) Para medir o ngulo O3-C4-C5-N6: Selecionar a ferramenta Query e, em seguida, os tomos O3, C4, C5 e N6 e um ponto vazio na tela. A medida do ngulo (em graus) aparece na tela. 7) Para medir a distncia entre O3 e N6: Selecionar a ferramenta Query e, em seguida, os tomos O3 e N6 e um ponto vazio na tela. A medida da distncia (em ) aparece na tela. Repetir a operao para obter as medidas das distncias C1-N6 e N6-C8. 8) Repetir as quatro ltimas operaes com o ngulo O3-C4-C5-N6 com valores de 120, 60 e 0 . Tabela 1: Dados dos confrmeros da Ach. Nome da Conformao
1

EXERCCIO 6- DESENHO, OTIMIZAO DA ESTRUTURA E PROJEO DE NEWMAN DE FRMACOS (exerccio com auxlio da monitoria) 1) Fazer o desenho da acetilcolina usando diferentes ferramentas do menu TOOLS (por exemplo, construa a cadeia de tomos usando a ferramenta BUILD). Fazer a projeo de Newman da acetilcolina em relao aos tomos O3,C4,C5,N6.
8 O C 2 H3C 1 O 3 4 CH2 CH2 5 6 9 CH3 +

CH3 10

CH3 7

2) Desenhar e otimizar a geometria dos seguintes frmacos quirais Desenhar a estrutura das seguintes molculas. (observar a estereoqumica ). Distncia C1-N6 () Distncia N6-O8 () EE (Kcal/mol) 3) Desenhar a projeo de Newman em relao ao ngulo de toro definido pelos tomos marcados (A, B, C, D). 4) Medir as distncias A-D. 5) Medir o ngulo torsional assinalado (ABCD).

ngulo O3-C4-C5-N6 0 60 120 180

Distncia O3-N6 ()

Conformaes: sinperiplanar (SP), sinclinal (SC), anticlinal (AC) e antiperiplanar (AP).

9) Desenhar, no papel, as projees de Newman para os confrmeros da ACh em relao ao ngulo O3-C4-C5-N6. Para visualizar, use o boto direito do mouse para movimentar a molcula at a posio de cavalete e em seguida para a projeo de Newman.

OH
CH3
D

OH
C B
C B

N O

CH3

HO
B C D A

O
D

A CH3

OH

OH
A

OH
MENTOL

CIANIDANOL

ALFAPRODINA

10) Utilize e complete o modelo da Figura seguinte para propor um farmacforo (requerimentos estricos e eletrnicos) para uma molcula apresentar atividade colinrgica muscarnica (consulte os dados necessrios na Tabela 1).

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SUMRIO RPIDO DO MENU TOOLS Select Draw Seleciona tomos Desenha um esqueleto de carbonos ou no plano da tela ou no plano do primeiro tomo selecionado Build Gera uma estrutura 3-D pela substituio de hidrognios selecionados por grupos metila. Iniciando do etano, qualquer hidrognio selecionado ser substitudo por metila Update H/AD Add_B In Out Del Move RotB Query Atualiza a estrutura e redesenha a tela Adiciona e deleta hidrognios e pares de eltrons livres Aumenta a ordem de ligao da ligao selecionada Empurra um tomo para dentro do plano da tela Puxa um tomo para fora do plano da tela Deleta um tomo ou ligao Move um tomo. Selecione Move, selecione o tomo e selecione a nova posio. Roda a ligao central de quatro tomos selecionados Pergunta distncias, ngulos e diedros selecionados. Primeiro selecione Query, ento selecione 2, 3 ou 4 tomos seguidos de um espao branco na janela de desenho. As respostas so removidas pela seleo do boto Update duas vezes. Caixa de dilogo para escolher tipos de tomos Caixa de dilogo para escolher tipos de metal Caixa de dilogo para ler sistemas cclicos selecionados Caixa de dilogo para ler (e conectar) aminocidos Caixa de dilogo para ler (e conectar) acares Caixa de dilogo para ler nucleosdeos

Epimer Enantiomer Remove LP Retype Copy_To_Clipboard Orient_XY Orient_XZ Orient_YZ

Epimeriza o tomo selecionado atravs da troca de dois ligantes selecionados Reflete a estrutura atravs de um eixo especificado Remove os pares de eltrons livres Fora o PCMODEL a reatribuir os tipos atmicos Copia a imagem da estrutura para a memria Orienta trs tomos selecionados no plano XY (XZ ou YZ) com o primeiro tomo na origem, o segundo no eixo e o terceiro no plano

Build Solvent Box/Solvate Buid Periodic Box Menu View Control Panel Labels Mono/Stereo Stick Figure Ball Stick Pluto Tubular bonds CPK Surface Dot Surface Ribbon Menu Compute Minimize Single point Use External charges Minimiza a estrutura atual Calcula a energia da estrutura atual Carrega a caixa de dilogo para mudar a escala, fazer translaes e rotaes de estruturas Carrega a caixa de dilogo para mudana dos rtulos das estruturas Alterna entre a viso mono e estreo Mostra todas estruturas como figuras stick (basto) Mostra todas estruturas como figuras pau e bola Mostra todas estruturas no modo Pluto de pau e bola Mostra todas estruturas como tubos Mostra todas ou as estruturas selecionadas com superfcie CPK Mostra todas ou as estruturas selecionadas com superfcie de pontos Mostra diagrama Ribon para peptdeos ou cidos nuclicos

PT Metals Rings AA Su Nu

Cancel Apaga a caixa de dilogo Tools. A caixa de dilogo pode ser recuperada usando a opo Draw do menu Edit.

SUMRIO RPIDO DAS FUNES DA BARRA DE MENU DO PCMODEL Menu File Open Save Save graphic Print Read pcmod.bak Exit Menu Edit Draw Erase Structure Name Hide hidrogens Recupera o menu TOOLS Apaga todas estruturas Edita ou entra com o nome da estrutura Faz os hidrognios da estrutura ficarem invisveis, mas presentes Sai do PCMODEL L um arquivo a partir do disco Salva um arquivo para o disco Salva a imagem grfica para o disco Imprime a estrutura corrente e a janela de energia

Use Gasteiger charges Normal Vibrational Modes Mopac Ampac Gaussian Orbitals Vibrations GMMX Metropolis MC Vibrational Mode Search Dynam Auto Dock Manual Dock Simulao de dinmica molecular Roda o programa de qumica quntica MOPAC Roda o programa de qumica quntica AMPAC Roda o programa de qumica quntica ab initio Gaussian Roda o programa Orbdraw para visualizar os orbitais moleculares e as densidades eletrnicas Roda o programa Vibrator para visualizao dos modos vibracionais Roda o programa de busca conformacional GMMX

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Batch Rot_E Dihedral Driver Menu Analyze Surface Area Volume Compare Dihedral Map Movie Dot Map Multi Structure File Assign Sym Menu Substr Read Create Move Connect Erase Hide Dont Minimize Menu Template Rings Amino acids Sugar Nucleosides Organo Metallics Transition State Functional Groups Menu Mark H Bonds Pi atoms Metal Coord TS_BondOrders Fix Atoms Fix Distance Fix Torsions Resert Menu Options

L um arquivo de estruturas mltiplo e minimiza todas estruturas Avalia a barreira de energia rotacional obtida por rotor rgido Avalia a barreira de energia rotacional obtida por busca seqencial com minimizao Calcula a rea da superfcie da molcula Calcula o volume da molcula Compara estruturas diferentes Mostra os resultados dos clculos de dihedral drive Mostra, em sequncia, as estruturas de um arquivo de estruturas mltiplas

Printout Dielc DPDP Minimizer MMX_Pi Calc Standard Constants Added Constants Stereo Pluto VDW surface Dot surface Force Field MMX MM3*

Estabelece a quantidade de sada no arquivo de sada, PCMOD.OUT Apaga a constante dieltrica Troca entre os clculos dipolo-dipolo e os eletrostticos Estabelece opes para a minimizao Estabelece opes para clculos pi Fora o uso do conjunto de dados padro (default) Permite o uso de constantes adicionais armazenadas em um arquivo Muda a direo de rotao do mostrador estreo Estabelece opes para a visualizao Pluto Estabelece opes para a visualizao VDW Estabelece opes para a visualizao de superfcie de pontos

L um arquivo de estrutura e rotula a estrutura como substrutura Rotula a estrutura selecionada como substrutura Move a substrutura selecionada Liga duas estruturas Apaga a substrutura selecionada Oculta da tela a substrutura selecionada Marca a substrutura selecionada e esta no ser minimizada nos clculos de mecnica molecular abre as livrarias

MMFF94 Amber Oplsaa Menu Help About Verso corrente do PCMODEL

Marca as ligaes de hidrognio Marca os tomos pi Estabelece a soma de eltrons, carga e coordenao de tomos metlicos Estabelece as ordens de ligao para ligaes de Fixa tomos para no moverem durante a minimizao Fixa uma distncia entre quaisquer dois tomos- acima de 10 pares Fixa ngulos diedro Apaga qualquer uma das marcaes acima e tambm substrutura associada estados de transio

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