Aplicaciones de la computacin paralela en bioinformtica.

TM.Lic. David Ormeo R. Lab. Simulacin Molecular CEMCC

Simulaciones de Dinmicas moleculares (MD)

Metodologa que calcula el comportamiento de una o varias molculas, analizadas en razn del tiempo transcurrido. Basados en los principios de la segunda Ley de Newton o principio fundamental del movimiento y la Ley de elasticidad de Hooke. Proveen de informacin detallada acerca de las fluctuaciones y cambios conformacionales de protenas y cidos nucleicos. En la actualidad estos mtodos son utilizados para la investigacin de la estructura, dinmica y termodinmica de molculas biolgicas.

CHEN J, KIM A. Brownian Dynamics, Molecular Dynamics, and Monte Carlo modeling of colloidal systems. Advances in Colloid and Interface Science 2004; 112(1-3): 159-173.

PyMol
Pymol desarrollado por Delano et al

Interfaz grafica
A
Consola Tcl/Tk GUI

Visor

VMD Visual Molecular Dynamics

Theoretical and Computational Biophysics Group en el Instituto para Ciencia Avanzada y Tecnologa de la universidad de Illinois en Urbana-Champaign

Interfaz grafica.
A
Men principal

B
Visor OpenGL

C Terminal de
comandos

D
Consola Tk/Tcl

PuTTy
Desarrollado por Simon Tatham, en Cambridge, Inglaterra

Interfaz grafica
A B

Secure Shell Client (SSH)

Desarrollado por SSH Communications Security, USA

Interfaz grafica
A
2
Secure File Transfer Client

1
Conexin

NAMD
NAMD, ganador de un premio Gordon Bell en 2002, es un cdigo para dinmica molecular en paralelo diseado para simulaciones de alto desempeo,de sistemas biomoleculares. NAMD es escalable a cientos de procesadores en plataformas de punta y decenas de procesadores en comodos clusters usando eternet gigabit. NAMD usa el programa de presentacin grfica molecular VMD para la configuracin de la simulacin y anlisis de trayectorias, tambien es compatible con AMBER, CHARMM y X-PLOR. NAMD a usado tradicionalmente menos de 100MB -300 MB en simulaciones de 100.000 o menos atomos. Esta memoria extra se distribuye a travs de los procesadores durante el trabajo en paralelo, pero una estacin de trabajo sola puede quedarse sin memoria fsica en sistemas grandes.

Informacin obtenida desde el sitio web de NAMD.

Informacin obtenida desde el sitio web del cluster Biowulf del NIH (national institutes of health) de USA.

Archivos de estructura y topologa.

Campos de fuerza y variables de clculos.

Archivos de salida.

Temperatura, tiempo de simulacin y minimizacin de energa.

Uso de NAMD
Dirigirse a la carpeta que contenga los archivos para la simulacion (PSF; PDB; archivos de parametros y scripts). Llamar al programa y ejecutarlo con el numero de nodos que se crea necesario: namd2 x~/nodelist script.namd>log.log

Efectos de la aplicacin de un script para la minimizacin de energa sobre la fibra amiloide. La figura corresponde a una representacin grafica (tipo NewCartoon) de la estructura de la fibra -amiloide, visualizada a travs del programa VMD. En (A) se observa la estructura inicial la cual fue sometida a un protocolo de minimizacin de energa. En (B) se observa a la fibra -amiloide luego de una simulacin de 5 fentosegundos (2000 pasos), realizados por el software NAMD en el CEMCC de la UFRO.

AA

Efectos de la aplicacin de un script que simula el efecto del aumento de temperatura sobre la fibra amiloide en diversos solventes. La figura corresponde a una representacin grafica (tipo NewCartoon) de la fibra amiloide visualizada a travs del programa VMD. Las simulaciones corresponden a un aumento de la temperatura desde 0 a 100 C. En (A) y (B) se observa la estructura inicial la cual fue solvatada y sometida a un protocolo de simulacin. En (C) y (D) se observa la fibra amiloide luego de una simulacin de 5 fentosegundos (run 2000) en NaCl 1M y KCl 1 M respectivamente. Las simulaciones fueron realizadas en el software NAMD en el cluster del CEMCC de la UFRO.

Referencias
Sitio web NAMD: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ Sitio web VMD: http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ Sitio web Biowulf, NIH: http://biowulf.nih.gov/