Cours de Biophysique Molculaire

Prof : Marie Carmelle PAUL AUSTIN

Chaptre I - La Structure Atomique - les diffrents modles
La matire est constitue datomes, dans les proportions suivantes: O: 65%, C: 18%, H: 10%, N: 3%, Ca: 2%, etc; les biomolcules, elles aussi formes partir de ces atomes, prsentent cependant, une structure beaucoup plus complexe. La matire vivante se trouve compose, dune part, en grande partie deau, 65%; et galement de protines , lments structuraux et de dfense de lorganisme et des lipides et acides gras ; ces deux derniers groupes de molcules forment, pour lessentiel, la totalit des structures de rserves nergtiques de la cellule vivante. Dautre part, les glucides, de mme que les acides nucliques ont un rle structurant dans la cellule. Cette diversit fonctionnelle est lie une diversit structurale. Et la complexit des systmes polymriques doit nous ramener certains rappels fondamentaux, concernant la structure de la matire (atome). Les modles atomiques- fondements et limites: 1- Le modle de Thomson (1808):

Latome se prsente ainsi : un nuage dlectrons emprisonns dans une sphre positive. Au centre, se trouve localises les particules positives du noyau; et dans la priphrie, incrustes dans la sphre, les particules ngatives, disposes en des loci, selon un arrangement rgulier. En gnral, les lectrons sont au repos . quand ils sont excits, ils oscillent de part et dautre, en mettant une seule frquence lectromagntique. Ce modle, ou masse htrogne, sil permet de comprendre lmission qualitative de la lumire par llectron, ne suffit pas pour expliquer les spectres dabsorption des lectrons, savoir les diffrents tats de transition permises des lectrons

Limites de ce modle: L'lectron oscille de part et d'autre , mais reste dans une seule position, dite d'quilibre. Il ne se dplace pas. Initialement au "repos", il peut tre excit ou ject 2- Le modle de Rutherford-Perrin: mcanique classique (1911) Latome est construit selon le modle plantaire, celui du systme solaire: les lectrons orbitant (tournant) autour du noyau central. Les lectrons sont disposs en des cercles concentriques. Il existe un espace vide entre les diffrentes orbites lectroniques, ngatives et celles positives du noyau. Ce modle sexplique par le fait que les particules alpha(), trs lourdes pouvaient traverser la matire sans aucune dviation ou dispersion. Et la diffraction observe (rebondissement) tait tout aussi massive. Lobservation la plus vidente est la suivante: toute la masse de latome se trouve concentre dans le noyau. Rutherford avait dj mis en vidence la prsence du noyau, par son exprience avec des particules alpha (particules lourdes). Il dduit que les charges identiques se repoussent et rien ne semble s opposer la trajectoire de ces particules. La thorie de Rutherford assume que les particules sont disperses, rfractes grce des points stationnaires observs et rpertoris sur la feuille dor utilise. Cette thorie donne une estimation de la taille du point dimpact quest le noyau. Do ce vide lintrieur de latome.. Selon la mcanique classique de Newton, le modle de Rutherford propose le schma suivant : les lectrons tournent autour du noyau selon un mouvement continu. Ils restent en orbite grce aux forces dattraction et de rpulsion (loi de Coulomb) pour des particules de charge oppose. Dans le cas le plus lmentaire de la liaison lectronnoyau, deux forces sont en prsence: a) une force centripte dattraction lectronique: F1 = k . Z
R b) une force centrifuge:

F2 = mv = mr
Z = numro

atomique, Ze = charge totale du noyau, e = charge de l'lectron m = masse de llectron, r = distance noyau-lectron, k = constante de Planck, dpendant des units, v = vitesse de llectron, = angle de rotation de llectron, r = vitesse angulaire

L'orbite est stable, la trajectoire reste stable galement (loi de Coulomb): F1 = F2

Z

= mr

Ee

= 1 mv =

1 mr

L'nergie totale de l'lectron = nergie potentielle + nergie cintique . Dans ce modle, lorbite reste stable si la trajectoire reste stable, elle aussi, selon un mouvement continu des lectrons. Un tel mouvement circulaire, continu, doit sacclrer et mettre continuellement de lnergie (quation de Maxwell). Car tout mouvement (travail) saccompagne soit dune dpense nergtique, soit dun changement de vitesse, de la magnitude, de la direction 9nature vectorielle du mouvement de llectron). Paradoxalement, cette mission continue dnergie implique une perte graduelle dnergie et la convergence de llectron vers le noyau (selon le concept de la thorie du champ lectromagntique). Donc, latome devient instable.

Limites de ce modle: Ce modle est impensable mme en mcanique classique (acclration entrane perte dnergie). De plus, lnergie totale ne peut pas varier de faon continue, ceci est contredit par labsorption denergie. Initialement, l'lectron n'est pas au "repos"; il est attir par le noyau. Il risque d'entrer en collision avec lui, selon la loi d'attraction de Coulomb (charges opposes). Mme quand cette proposition est innovatrice et radicale par raport celle de Thompson : toute la masse de latome est concentre dans le noyau, un vide existe entre le noyau et les particules beta, (lectrons). Cette proposition nexplique pas la trajectoire dfinie des lectrons, placs en orbite initiale, sans perte dnergie. 3- Le modle de Bohr : mcanique quantique (1913) Ce modle fait intervenir la fois la mcanique classique et celle non classique, dite mcanique quantique (inspire des travaux de Max Planck). Bohr reconnat que le modle propos par Rutherford ne pouvait exister mme avec la thorie classique. Il retient de

Rutherford le fait que toute la masse se concentre dans le noyau et le modle plantaire, avec au centre le noyau positif , les electrons, ngatifs tournant autour du centre. Latome dhydrogne, H est considr comme un systme solaire form dune seule plante (un seul lectron), avec une force de gravitation du systme constitue par les forces lectrostatiques dattraction des particules de charges opposes. Deux forces sont donc en prsence, la gravitation et les forces lectrostatiques. Ces deux forces sont inversement proportionnelles au carr de la distance entre les particules concernes. La solution la stabilit du modle est prsente en une srie de postulats qui fixent la taille de latome. Ceci requiert une constante, lie une longueur, alors que masse et charge nen prsentent pas. Bohr nota que la constante de Planck, k (quantum) produit une mesure de longueur (action) lorsquelle est combine avec la charge et la masse.

Voici les postulats de Bohr: a) Selon la mcanique classique, un lectron dans un atome se dplace dans une orbite circulaire ou tat stationnaire autour du noyau, selon la loi dattraction de Coulomb ; latome nmet pas dnergie dans les tats stationnaires. b) Malgr leur acclration constante, les lectrons dans les orbites stationnaires nmettent pas de rayonnement lectromagntique. A moins que llectron passe dune orbitale priphrique une plus centrale (externeinterne). Les orbites disponibles sont limites celles o le momentum orbital L, est un multiple entier de : h/2 (L = nh), les lectrons ne peuvent occuper quune suite discrte (discontinue) dorbitales permises, de valeur quantifie. c) Lnergie du quantum est gale la diffrence des nergies de llectron sur les orbites avant et aprs transition. La notion de discontinuit est essentielle; le moment de llectron doit tre un multiple entier du quantum daction : mvr = nh, o n = 1, 2, 3 mR = nh

la frquence de cette radiation mise est gale = Ei Ef. h E = h = Ei - Ef E = h joules

Lnergie totale dun lectron se dplaant dans une des orbitales permises peut tre calcule en faisant la somme des nergies potentielle et cintique:
U = - Ze (cintique) ; 4r Et = U + K + = K = 1 mv = Ze (potentielle) 2 42r

- Ze. x 1 (4)2h n

le changement (diffrence) dnergie entre les transitions (orbitales permises) dune orbitale une autre: E = [mZe ] x {1 - 1} = (4)2h n1 n2
h = 6.63x10-34 Kg/m/sec

h c
c = 3x10cm.sec-

En dautres termes, selon la thrie du champ lectromagntique, llectron ne possde aucune nergie quand il est au repos, dans un tat, Eo, stationnaire ou initial,

loign du noyau. Le travail (ou nergie potentielle) fournir sera fonction de son rapprochement du noyau; au fur et mesure quil sen approche, llectron va perdre de lnergie. Llectron aura tendance absorber de lnergie, au fur et mesure quil sen loigne. 4- Le modle de de Broglie: mcanique ondulatoire (1924)

Dans sa proposition, Louis de Broglie labore une interprtation de la quantisation du modle atomique de Bohr. Si llectron est une particule avec un moment angulaire quantifi, il est aussi une onde (principe de dualit de la matire). Selon la mcanique ondulatoire, chaque particule en mouvement est associe une onde de longueur donde, ainsi dfinie :
= h= h p mv pmv (quantit de mouvement)

Nous pouvons lier ces deux proprits: mvr =pr = nh, o n = 1, 2, 3, 2 p = moment linaire, dans une orbitale de rayon, r p = h (dans l'quation de Bohr) O hr = nh 2 2 r = nl ; n = 1, 2, 3,

La trajectoire de llectron est un multiple entier de la longueur donde: 2r = n = nh (thorie orbitale) mvr Toujours, selon la mcanique ondulatoire, on ne peut pas localiser prcisment un atome, une particule donne. On peut seulement tablir la probabilit de trouver cette particule dans un tat nergtique donn et un endroit (locus) donn (principe dincertitude de Heinsenberg, 1927). Plus la prcision dune mesure sur la position est grande, plus grande est lincertitude sur la quantit de mouvement qui y est associe. Et inversement. Ce principe exprime la limite naturelle impose la prcision des mesures simultanes de la position et de la quantit de mouvement des particules: xpx > h 2 Cette relation implique que, dans une exprience donne, on puisse mettre en vidence soit le caractre ondulatoire, soit le caractre dune particule, mais pas les

deux la fois. Au cours du processus, le moment peut tre soit suprieur ou gal h/2. Selon le principe dincertitude de Heisenberg, position et moment de llectron ne peuvent tre connus, mais estims par des calculs de probabilit: = (x, y, z)t : position et moment de l'lectron = fonction donde dpend du volume de lespace occup par llectron et aussi du temps ou moment. P (probabilit de distribution) = t = 1 (quation donde de Schrodinger, 1926) : P (probabilit) = t = 0 -------- sphre infinie P (probabilit) = t = 1 -------- il existe au moins un chance de localiser un lectron nergie totale = E cintique (K) + E potentielle (U) E = K + U(x) E = px + U(x) Zm E =h . + U(x) Zm x E = H = = (x,y,z) t H = - h . { + + } + U 8m x +y +z H=K+U Le modle de de Broglie a conduit la thorie orbitale (nature double de la matire onde-particule). En effet, selon cette thorie: a) llectron est une particule (masse) et aussi une onde (photon) qui existe trois dimensions (3-D), diffrents niveaux dnergie b) sa position peut tre estime par des calculs de probabilit c) une orbitale exprime le degr de probabilit de localisation de llectron. Cest une rgion de lespace (x, y, z) dans lequel llectron se trouve un moment donn, t d) les niveaux dnergie ou orbitales sont exprimes par lquation donde et les nombres quantiques Niveaux nergtiques et transitions (dplacements) permises E/ (eV) Kcal. niveau d'E

-0.05 -1.51 -3.4

300.8 293.7 278.5 234.9

5 4 3 2

0 -13.6 Spectre de raies de quelques atomes (en nm) H 650, 500, 450, 400 He 700, 600, 500, 490, 470, 430 Hg 630, 570, 560, 550, 490, 430, 431, 400, 398 Na 580 (bande du sodium) Les nombres quantiques configuration lectronique

Un lectron dans un atome possde quatre (4) nombres quantiques: 1- un nombre quantique principal, n ce sont les niveaux nergtiques principaux ou fondamentaux, K, L, M, N, etc.. reprsents par les nombres entiers, 1, 2, 3, 4, etc. 2- un nombre quantique secondaire, l il indique la forme de lorbitale ou plus prcisment la trajectoire de llectron ou son moment angulaire. Les valeurs de l sont comprises entre 0 et n-1 Ainsi : l = 0 (s); l = 1 (p); l = 2 (d); l = 3 (f) 3- un nombre quantique de spin, s il exprime le mouvement de rotation de llectron sur lui-mme, tout en tournant autour du noyau. Ce mouvement de rotation ou spin se fait dans les deux sens: gauche (-) et droite (+)

4- un nombre quantique magntique, m il dcrit une boucle de courant appele diple magntique

Quelques rappels sur la configuration lectronique: principe dexclusion de Pauli (les 4 nombres quantiques des lectrons ne sont jamais identiques, au moins le spin est diffrent ou oppos) rgle de Hund (les lectrons remplissent les sous-orbitales un un, puis viennent se placer en spin oppos, dans les sous-orbitales vides) ordre de remplissage des orbitales (le remplissage se fait des niveaux internes ceux externes, dnergie croissante) Probabilit de localisation de l'lectron de l'atome d'Hydrogne, H: